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Reference ( gi|113027 )       : TTTAAA-AAGT-C-GT-T--AAATT-G-TT-CA-A--------A-TTG-G-CG--A--CA-A-------T-T-C--GACT-TC-TT-----T-AT-AT-C----G-ACAT----------AGAG-AACA-A-A-AG-GT-GC-T-C---C-G--TA--A-A----CG-TTTCCGT
gi|113029                     : TTTAAA-AAGT-C-GT-T--ACATT-G-TT-CA-A--------A-TTG-G-CG--A--CA-A-------T-T-C--GACT-TC-TT-----T-AT-AT-C----G-ACAT----------ACAG-ATCA-A-G-AG----GC-T-C---C-G--TA--A-A----CG-TTTCTGT
gi|113028                     : TTTAAT-AAGT-C-GT-T--AATTT-G-TT-CA-A--------A-TTG-G-CG--A--CA-T-------G-T-C--GACT-TC-TT-----T-AT-AT-C----GAACAT----------AGAGAAACA-A-G-AG-GT-GC-T-C---C-G--TA--A-A----CG-TTTCCGTa
gi|113041                     : TTTAAG-AAGT-C-GT-T--AAATT-GATT-CA-A--------A-TTGCG-CG--A--CA-AA------T-T-C--GACT-TT-TTAT---T-AT-AT-C----G-ACAT----------ACAG-AACA-A-G-AG-GT-GC-T-C---C-G--TA--A-A----CG-TTTCCGTa
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gi|113053                     :   TAAT-AAGT-C-GT-T--AATTT-G-TT-CA-A--------A-TCG-G-CG--A--T--A-------T-T-----------------------------------CAT----------AGAG-AACA-A-C-AC-GT-GC-T-C---T-T--CA--A-C----CT-TTTCCGTtta
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gi|113061                     :    AAA-AGGT-C-GCCT--AAATT-G-TT-CA-A--------A-TCAAG-CG--AGCCA-T-------T-T-C--TACT-TT-TT----------AT-C----G-ATA-----------AGAG-AAAA-ACG-GG-GT-GC-T-C---C-G--TA--G-AAT--CG-TTTCCGTa
gi|113058                     :    AAA-AAAT-C-GC-A--AATTT-G-CT-CA-G--------A-TCG-G-CG--A--TA-T-------T-T-C--GACT-TC-CT-----T-TT-AT-C----G-GCAT----------AGAA-AA-A-C-A-GGTGT-GC-T-C---C-T--TA--A-C----CG-CTa
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Reference ( family-465 )      :  TTTAAA-AAGT-C-GT-T--AAATT-G-TT-CAA--------A-TC---G-GC--G--A--C--AT-TTC--GACT-TC-TT-----T-AT-AT-C----G-ACAT----------AGAG-AACA-A-GAG-GT-GC-T-C---C-G--TA--A-A----CG-TTTCCGT
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Reference ( family-465 )      :  TTTAAA-AAGT-C-GT-T--AAATT-G-TT-CAA--------A-TC---G-GC--G--A--C--AT-TTC--GACT-TC-TT-----T-AT-AT-C----G-ACAT----------AGAG-AACA-A-GAG-GT-GC-T-C---C-G--TA--A-A----CG-TTTCCGT
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gi|113052                     :   TTAAA-ATGT-C-GT-C--AGATT-G-TT-TAA--------A-TC---G-GC--G--A--C--AT-TTA--GTTT-TC-TT-----T--T-AT-C----G-ATAT----------AGAC-AACA-A-GAG-GT-GC-T-C---C-T--TA--A-A----CG-TTTa
gi|113053                     :    TAAT-AAGT-C-GT-T--AATTT-G-TT-CAA--------A-TC---G-GC--G--A--T--AT-T-----------------------------------CAT----------AGAG-AACA-A-CAC-GT-GC-T-C---T-T--CA--A-C----CT-TTTCCGT
gi|113054                     :    TAAA-AAAT-T-AT-T--TAATT---TT-GAA--------A-TC---G-GC--G--A--C--AT-TTTT-GAC---A-TT-----G-AT-AT-C----A-GCATGTTGACCATTAGAA-AACA-A-GAG-GT-GC-T-C---C-T--TA--A-A----CA-TTTCCa
gi|113055                     :     AAA-AAGT-T-GT-T--AAATT-G-TT-CAA--------A-TC---G-GC--A--A--C--AA-TTT--GACT-TC-TT-----T-TT-AT-C----A-ACAA----------AGAA-AACA-A-GAG-GT-GC-T-C---T-G--TA--A-A----TG-TTCCTGTtta
gi|113056                     :     AAA-AAG--C-GT-T--TACTT-G-TT-CAA--------A-TT---G-GT--G--A--C--AT-TTC--GACT-TC-TT-----T-AT-AT-C----G-ACAT----------ACAG-AACA-A-AAG-GT----T-C---C-C--TA--a
gi|113057                     :     AAA-AAAT-C-GC-A--AATTT-G-CT-CAG--------A-TC---G-GC--G--A--T--AT-TTC--GACT-TC-CT-----T-TT-AT-C----G-ACAT----------AGAA-AACA-A-GGT-GT-GC-T-C---C-T--TA--A-C----CG-CTTCCGT
gi|113058                     :     AAA-AAAT-C-GC-A--AATTT-G-CT-CAG--------A-TC---G-GC--G--A--T--AT-TTC--GACT-TC-CT-----T-TT-AT-C----G-GCAT----------AGAA-AAAC-A-GGT-GT-GC-T-C---C-T--TA--A-C----CG-CTa
gi|113059                     :        -AAGT-C-GT-T--AATTG-G-TT-CAAGT------A-TT---GTGC--G--AG-C--AT-GTC--GACTATC-TT-----T-A--AT-A----A-ACAT----------GGAG-AAAC-A-GAGTGT-GCTT-C---C-G--TG--A-AACCCCG-TTTCCGcgta
gi|113060                     : aatgAAA-AAGT-T-GT-T--GAATT-C-TT-CGA--------A-TC---G-GC--G--A--T--AT-TTC--GACT-TC-TT-----T-TT-TA-C----G-ACAT----------GGAA-AACA-A-TTG-GT-GA-A-C---T-T--TA--A-T----CG-TTTTCGT
gi|113061                     :     AAA-AGGT-C-GCCT--AAATT-G-TT-CAA--------A-TCA--A-GC--G--AGCC--AT-TTC--TACT-TT-T---------T-AT-C----G-ATA-----------AGAG-AAAA-ACGGG-GT-GC-T-C---C-G--TA--G-AAT--CG-TTTCCGTa
gi|113062                     :     AAG-AAGT-C-TT-T--AAAT--G-TA-TAA--------A--C---A-AAAAG--A--CTTAT-TTC--GACT-TC-TT-----T-TT-GT-C----G-ACAT----------AGAA-AATA-A-TTG-GT-GC-C-T---C-T--TA--A-T----CG-TTTCCGTa
gi|113063                     :        -AAGT-C-GT-T--AAATT-G-TT-CAA--------A-GT---G-GC--G--A--C--AT-TTC--GACT-T---------------T-C----------------------AG-AATA-A-GAG-GT-GC-T-CGATCGG--TA--A-A----CG-TTTa
gi|113064                     :       t-AAGTGC-GT-T--CGATT-G-TTTCAAC-------A-TT---T-GC--GTAA--C--AT-GTC--GA-T-TC-TTGAATTT-AT-AT-C----GTACAT----------AGAG-ACAA-A-GAG-GT-GC-T-C---C-G--TAAGA-G----CG-TTTCCGT
gi|113065                     :           GT-C-GT-T--AAATT-G-TT-CGA--------A-TC---G-GC--A--A--T--AT-TTG--GATT-TC-TT-----T-TT-AT-C----T-ACAT----------AGAC-AACA-A-GAG-GT-GT-T-C---C-T--TA--A-A----CG-TT
gi|113066                     :               -GT-T--GAATT-C-TT-CGA--------A-TC---G-AC--G--A--T--AT-TTC--GACT-TC-TT-----T-TT-AT-C----G-AAAT----------AGAA-AACA-A-TAG-GT-GC-T-C---C-T--TA--A-T----CG-TTTCTGT
gi|113067                     :                  -T--AAATT-G-TT-CAA--------AATT---G-GC--G--A--C--AT-TTC--AACT-TT-TT-----TTAT-AT-T----G-ATAT----------AGAG-AACA-A-GAG-GT-GT-T-T---C-G--TA--A-A-----G-TTTa
gi|113068                     :                                                                             T-TC-GT-----T-AT-AT-C----G-ACAT----------GGAG-AACA-A-GAG-GT-GCTT-T---C-GATTA--ATA----CG-TTTCCG


blockSeqs                     :        T    G C    TT          T   CTTGGCGA   ATTG C  AA TA GC TT  A   TC       T  GAATT AA      AATT A    GTTGACCATT         G C   T  C  T A GAT GAT   AG T ACCC  A
blockSeqs                     :        .    . .    C           T   GT         CA   T  .  .  A  .   G   T        C  AT    TA      .    T    .                  . .   .  .  T . .   GG    .  . AT    .
blockSeqs                     :        .    . .    T           .   T          T    .  .  .  A  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  T . .   GG    .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   C          T    .  .  .  G  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   A     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     T       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     T       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     C       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     T       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     T       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     T       .    .    .                  . .   .  .  . . .   C     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     T       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     T       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     T       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     T       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     T       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     A       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .     .
blockSeqs                     :        .    . .    .           .   .          C    .  .  .  .  .   .   .        .  .     .       .    .    .                  . .   .  .  . . .   T     .  . .      
blockSeqs                     :             . .    .           .   .          T    .  .  .  .  .   .   .        .  .     .       .    .    .                  . .   .  .  . . .   G     .           
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gi|113057                     :     AAA-AAAT-C-GC-A--AATTT-G-CT-CAG--------A-TC---G-GC--G--A--T--AT-TTC--GACT-TC-CT-----T-TT-AT-C----G-ACAT----------AGAA-AACA-A-GGT-GT-GC-T-C---C-T--TA--A-C----CG-CTTCCGT
gi|113058                     :     AAA-AAAT-C-GC-A--AATTT-G-CT-CAG--------A-TC---G-GC--G--A--T--AT-TTC--GACT-TC-CT-----T-TT-AT-C----G-GCAT----------AGAA-AAAC-A-GGT-GT-GC-T-C---C-T--TA--A-C----CG-CTa
gi|113059                     :        -AAGT-C-GT-T--AATTG-G-TT-CAAGT------A-TT---GTGC--G--AG-C--AT-GTC--GACTATC-TT-----T-A--AT-A----A-ACAT----------GGAG-AAAC-A-GAGTGT-GCTT-C---C-G--TG--A-AACCCCG-TTTCCGcgta
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gi|113061                     :     AAA-AGGT-C-GCCT--AAATT-G-TT-CAA--------A-TCA--A-GC--G--AGCC--AT-TTC--TACT-TT-T---------T-AT-C----G-ATA-----------AGAG-AAAA-ACGGG-GT-GC-T-C---C-G--TA--G-AAT--CG-TTTCCGTa
gi|113062                     :     AAG-AAGT-C-TT-T--AAAT--G-TA-TAA--------A--C---A-AAAAG--A--CTTAT-TTC--GACT-TC-TT-----T-TT-GT-C----G-ACAT----------AGAA-AATA-A-TTG-GT-GC-C-T---C-T--TA--A-T----CG-TTTCCGTa
gi|113063                     :        -AAGT-C-GT-T--AAATT-G-TT-CAA--------A-GT---G-GC--G--A--C--AT-TTC--GACT-T---------------T-C----------------------AG-AATA-A-GAG-GT-GC-T-CGATCGG--TA--A-A----CG-TTTa
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gi|113065                     :           GT-C-GT-T--AAATT-G-TT-CGA--------A-TC---G-GC--A--A--T--AT-TTG--GATT-TC-TT-----T-TT-AT-C----T-ACAT----------AGAC-AACA-A-GAG-GT-GT-T-C---C-T--TA--A-A----CG-TT
gi|113066                     :               -GT-T--GAATT-C-TT-CGA--------A-TC---G-AC--G--A--T--AT-TTC--GACT-TC-TT-----T-TT-AT-C----G-AAAT----------AGAA-AACA-A-TAG-GT-GC-T-C---C-T--TA--A-T----CG-TTTCTGT
gi|113067                     :                  -T--AAATT-G-TT-CAA--------AATT---G-GC--G--A--C--AT-TTC--AACT-TT-TT-----TTAT-AT-T----G-ATAT----------AGAG-AACA-A-GAG-GT-GT-T-T---C-G--TA--A-A-----G-TTTa
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