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Reference ( gi|123352 )       :                                               TTTCCA-GTG-ATTT-CA--CG-AA--T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GTG-------A---------TT--CACG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-GGATTTTCGCGA-AA-ATCCCT----AG-TTACACAGTCTAAC-TGTAACATATA
gi|123351                     :                                               TTCCCA-GTG-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-TAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----A--ATG-------AT--------TT--TACG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-GGA-TTTCGCG--AA-ATCCCT----GG-TTACACAGTCTTGC-TGTAACATATA
gi|123354                     :                                               TTTCCA-GTA-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------AGAGA---A---A----C-----G--GTG-------ATTAT-----TT--CACG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TTAGTGG--TTTCGCG--AA-ATCCCT----AG-TTACACAGTCTTAC-TGT-ACATGTA
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gi|123358                     :                                               TTTCTA-GTG-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--C-CTAGAAT--TT-------AAGG-ATTTTCAT-G-A-AAAGT----C-C----------------------AGTGA---A---T----C-----A--GGG-------A---------TTT-CATG-A--A-TTTCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-GGAATTTCGCGA-AA-AT-CCT----AG--TACACAGTTT-AC-TGTAACATAt
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gi|123384                     :                tcagggatttcgtgataattactggggcaccTTTCCA-GTA-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------
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gi|123356                     :                                                TTCCAAGTG-ATTT-CA--TG-AAAAT-C--C-CTAGAATATTT---T--TAGTG-ATTT-CAC-G-A-AAAGT----C-C--------T----A--------AGTGA---A---T----C-----A--GGG-------A---------TTT-CATG-A--A-TTTCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-GGA-TTTCGCG--AA-ATCCCT----AG-TTACACAGTTTTACTTGT-ACATAtgacaccttcatttta
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gi|123381                     :                                                tTTCA-GGA-AATT-CA--TG-AA--T-CACC-CT---GT--TTCACT--TAGGA-AGTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---------------------------A---------TT--CTAG-G--A-TTTCGT-GAA---A--gctttttagggatttcgcgatccagccctagttacacagttttactgtaacatcta
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gi|123362                     :                                                  CTA-GGG-ATTTTCG--CG-AAAAT-C--C-CTAAAAC--TT---T--CAGGG-AATT-CGT-G---AA--T----CAC--------T--------------GTTT---C---A----CTT---A--GTG-------AT--------TT--CATG-A--A-ATCACT-AAA---A--A--CT---CTAG-GGA--TTCGTG--AA-ATCACT----GG-
gi|123354                     :                                                  CTA-GGG-ATTT-CG--CG-AA--A-C--CACTAAAAC--TT---T--CAGGG-AATT-CGT-G-A-AA--TAAT-CAC--------C--------------GTTT---C---T----CTT---A--GTG-------A---------TTT-CATG-A--A-ATCACT-AAA---A--A--CT---CTAG-GGA-TTTCGTGA-AA-
gi|123377                     :                                        tttccagtaaCTA-GGG-ATTT-CG--CG-AAA-T-C--G-CTAAAAC--TT---T--CAGGG-AATT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----G--------TTTCACTTA---G----C-----A--AT------------------TT--CGTG-A--A-ATCACT-AAA---A--A---C---TCAG-GGA-TTTCGTGA-AA-ttacacagtcttactgtacatgta
gi|123361                     :                                                  CCA-GTG-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-TAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----A--ATG-------AT--------TT--TACG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-GGA-TTTCGCG--AA-ATCCCT----GG-ttaaacaatctcactgtaacatata
gi|123361                     :                                                  CCA-GGG-ATTT-CG--CG-AAA-T-C--C-CTAAAAC--TT---T--CAGGG-AATT-CGT-A-A-AA--T----CAT--------T--------------GTTT---C---A----CTT---A--GTG-------AT--------TT--CATA-A--A-ATCACT-AAA---A--A--CT---CTAG-GGA-TTTCGTG--AA-ATCACT----GG-
gi|123363                     :                                                  CCA-GTA-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------AGAGA---A---A----C-----G--GTG-------ATTAT-----TT--CACG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TTAGTGG--TTTCGCG--AA-ATCCCT----AG-
gi|123363                     :                                                  CTA-GGG-ATTT-CG--CG-AA--A-C--CACTAAAAC--TT---T--CAGGG-AATT-CGT-G-A-AA--TAAT-CAC--------C--------------GTTT---C---T----CTT---A--GTG-------A---------TTT-CATG-A--A-ATCACT-AAA---A--A--CT---CTAG-GGA-TTTCGTGA-AA-
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gi|123356                     :                                                 aCTA-GGG-ATTT-CG--CG-AAA-T-C--C-CTAAAAC--TT---T--CAGGA-AATT-CAT-G-A-AA--T----CCC--------T----G--------ATTCA---C---T----T-----A--G-G-------ACTT------TT--CGTG-A--A-ATCACT-AAA---AATA--TT---CTAG-GGATTTTCATGA-AA-ttgcacagttttactgtaacatata
gi|123364                     :                                        ttccaagtgaCTA-GGG-ATTT-CG--CG-AAA-T-C--G-CTAAAAC--TT---T--CAGGG-AATT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----G--------TTTCACTTA---G----C-----A--AT------------------TT--CGTG-A--A-ATCACT-AAA---A--A---C---TCAG-GGA-TTTCGTGA-AACGTCC------AG-TTAttacacagttttacttgtacata
gi|123366                     :                                                  CTA-GGG-ATTT-CG--CG-AAA-T-C--C-CTAAAAC--TT---T--CAGGA-AATT-CAT-G-A-AA--T----CCC--------T----G--------ATTCA---C---T----T-----A--G-G-------ACTT------TT--CGTG-A--A-ATCACT-AAA---AATA--TT---CTAG-GGATTTTCATG--AA-ATCACTTGGAAA-TTACACA
gi|123382                     :                                                  CCA-GTG-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAAT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CACTACCCCGGT----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GTG-------AT--------TT--CACG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TCAG-tttccttttacacata
gi|123381                     :                                                  CCA-GTG-ATTT-CA--CG-AA--A-T--C-CTAGAAT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AC--T----TCC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----AGGGTG-------A---------TT--CATG-A--A-TTTCCT-G-A---A--GCTTT---TTAG-GGA-TTTCGCGA-
gi|123365                     :                                                  CTA-GGG-AATT-CG--CG-AAA-T-C--C-CTAAAAC--TT---T--CAGGG-AATT-CAT-G-A-AA--TTTAATAC--------T--------------GTTT---C---A----CTT---C--GCC-------AT--------TT--CATG-A--A-ATTATT-AAA---A--A--TT---CTAG-GGATTTT-GTGA-AA-
gi|123383                     :                                                  CCA-GTG-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----TGC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GTG-------AT--------TT--CACG-A--A-TTtttttag
gi|123369                     :                                             tttttCTA-GGG-ATTT-CG--CG-AAA-T-C--G-CTAAAAC--TT---T--CAGGG-AATT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----
gi|123387                     :                                                 cCTA-GGG-ATTT-CG--CG-AAA-T-C--C-CTAAAAC--TT---T--CAGGA-AATT-CAT-G-A-AA--T----CCC--------T----G--------Attaaacaatctcac
gi|123367                     :                                             gtgtaaCA-GGG-AATT-CG--TG-AA--T-C--A-CT---GT--TTCACT--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----CTCT--A--GGG-------A---------TT--CGTG-A--A-ATCACT-GGA---A--A--Tttcac
gi|123390                     :                                                   CA-GTG-ATTT-CA--CG-AA--T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GT
gi|123370                     :                                                   CA-GGG-ATTT-CA--TG-AAT-T-T--C-CTGAAAG--TT---T--TAGGGAATTT-CGC-GAA-AA--T----C-C--------T-------------AGT-A---C---A----C-----A--GT
gi|123391                     :        cattaatttgaaacctgttcttattgtttctatgttacagtaaCA-GTG-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----TGC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GTattcac
gi|123388                     :                                                   CA-GTG-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-TAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----A--AT
gi|123369                     :                                                   CA-GTG-ATTT-CA--CG-AAT-T-C--C-CTGAAAG--TT---T--TAGCG-ATTT-CGC-G-A-AA--T----CCC--------T-------------AGTTA---A---A----C-----A--AT------------------CT--CAC
gi|123387                     :                                                   CA-GGG-ATTT-CA--TG-AAT-T-T--C-CTGAAAG--TT---T--TAGGG-ATTT-CGC-G-A-AA--T----CCC--------T----A--------
gi|123389                     :                                            gtgtaacCA-GTG-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAAT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------attcac
gi|123353                     :                                                    A-GTG-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--TT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----
gi|123382                     :                                               tttccA-GTG-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--TT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----accccggtaagtgaaacagtgatttcacgaattccctgaaagtttcag
gi|123368                     :    ctgaaactttcagggaattcgtgaaatcactgtttcacttaccggggtA-GTG-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--TT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----gg
gi|123390                     :              cagggaattcgtgaaatcactgtttcacttaccggggtA-GTG-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--CT---C--TAGGG-ATT--CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----ggaaat
gi|123391                     :                                                   cA-GCA-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--CT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----aagtgaaacagt
gi|123388                     :                                                   cA-GTG-ATTT-CA--TA-AAA-T-C--A-CTAAAAA--CT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----aagtgaaacagt
gi|123359                     :                                                   cA-GTG-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--CT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----TAC--------T----G-----------GA---A---A----------G--GTG-------GCCTGGTATTTT--CACG-A--A-ATCCCT-GAaagtgaaacaat
gi|123384                     :                                                tcttA-GTG-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--CT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----TAC--------T----G-----------GA---A---A----------G--GTG-------GCCTGGTATTTT--CACG-A--A-ATCCCT-GActtggatttatttctcgtaacatacagtttcctgtacat
gi|123372                     :                                                    A-GTG-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--TT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------TGG--A--------AATGA---C---A----C-----a
gi|123373                     :                                                    A-GCA-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--CT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------TGG--A--------AATGA---C---A----C-----cttcatttttcacaa
gi|123389                     :                                                    A-GTG-ATTT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--TT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----cttcatttta
gi|123371                     :                                                   cA-GTG-ATTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CTAGAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-TAT-G-A-AA--T----CAC--------T----a
gi|123371                     :                                                    A-GTG-ATTT-CA--TA-AAA-T-C--A-CTAAAAA--CT---C--TAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----
gi|123375                     :                                                         -ATTT-CA--CA-AAA-T-C--C-CTAGAAT--TT---T--TAATA-ATTT-CAT-G-A-AA--T----GGC--------G----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GTATT-----AAAT------TT--CATG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-GGA-TTTCGCG--AA-TTCCCT----AG-TTGCACAGTTTTAC-TGTAACATATA
gi|123365                     :                                                         -ATTT-CA--CA-AAA-T-C--C-CTAGAAT--TT---T--TAATA-ATTT-CAT-G-A-AA--T----GGC--------G----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GTATT-----AAAT------TT--CATG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-GGA-TTTCGCG--AA-TTCCCT----AG-
gi|123376                     :                                                         -ATTT-CG--CGTAA--T-C--C-CTGGATA--TT---T--CAGTG-ATTA-CGT-G-A-AA--T----C-C--------C----G--------AGTGA---A---A----C-----G--GGG-------A---------TTA-CGTG-T--A-TTCACT-GAA---A--T--GT---TCAG-GGA-TTACGCG--TA-TTCCCG----AG-GTACGTGTTCTTAC-TGTAACATATAttttag
gi|123374                     :                                                         -ATTT-CA--CG-AA--TTC--C-CTGAAAG--TT---T--TAGTG-GTTT-CGC-G-A-AA--T----CCC--------T-------------AGTTA---C---A----C-----A--GT
gi|123377                     :                                                           TTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CT-GAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAC-G-A-AA--T----TGC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GTG-------AT--------TT--CACG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-CGA-TTTCGCG--AA-ATCCCT----AG-TTAAACAATCTCAC-TGTAACATATA
gi|123364                     :                                                           TTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CT-GAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAC-G-A-AA--T----TGC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GTG-------AT--------TT--CACG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-CGA-TTTCGCG--AA-ATCCCT----AG-
gi|123358                     :                                                           TTT-CG--CG-AAATT-C--C-CTAAAAC--TT---T--CAGGA-AATT-CAT-G-A-AA--T----CCC--------T----G--------ATT--------------C-----A--CTG-------GACTT-----TT--CATG-A--A-AATCCT-TAA---A-----TT---CTAG-GGA-TTTCATG--AA-ATCACT----AG-cgtccagtta
gi|123378                     :                                                        tttTTT-CG--CG-AAATT-C--C-CTAAAAC--TT---T--CAGGA-AATT-CAT-G-A-AA--T----CCC--------T----G--------ATT--------------C-----A--CTG-------GACTT-----TT--CATG-A--A-AATCCT-TAA---A-----TT---CTAG-GGA-TTTCATG--AA-ATCACT----AG-atcctagtacacagtttactgtaacata
gi|123370                     :                                                           TTT-CG--CG-AAATT-C--C-CTAAAAC--TT---T--CAGGA-AATT-CAT-G-A-AA--T----CCC--------T----G--------Aaaattcacaattccttttacacaatcttact
gi|123392                     : cattaatttgaaacctgttcttattgtttctatgttacagtaaactgtgtactaggatTTT-CA--CG-AAA-T-C--C-CT-GAGT--TT---T--TAGTG-ATTT-CAC-G-A-AA--T----TGC--------T----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GTttcac
gi|123381                     :                                                            TT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--TT---C--TAG-G-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----
gi|123355                     : tcgcgaaatccctaaaaagcttcaggaaattcatgaatcaccctgtttcacttaggaagTT-CG--TG-AAA-T-C--A-CT---GT--TTCACT--TAGCA-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----CTCT--A--GGG-------AT--------TT--CGTG-A--A-ATCACT-GGA---A--gg
gi|123379                     :                                                           tTT-CG--TG-AAA-T-C--A-CT---GT--TTCACT--TAGCA-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----CTCT--A--GGG-------AT--------TT--CGTG-A--A-ATCACT-GGA---A--A--Tttaaaaatagtttta
gi|123383                     :                                                            TT-CG--TG-AAA-T-C--A-CT---GT--TTCACT--TAGCA-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----CTCT--A--GGG-------AT--------TT--CGTG-A--A-ATCACT-G
gi|123380                     :                                                     tttttaaTT-CA--TG-AA--T-CACC-CT---GT--TTCACT--TAGGA-AGTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---ATTC-T-----A--G-G-------AT--------TT--CGTG-A--A-ATCACTGGAA---A--G--GTGCCCCAG-TAATTATCACG--AA-ATCCCT----g
gi|123385                     :                                                            TT-CA--TG-AAA-T-C--A-CTAAAAA--TT---C--TAG-G-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------TGGAAA--------GGTGC---C---C----C-----A--GTA-------A---------TTATCACG-A--A-ATCCCT-GA
gi|123353                     :                                                                                -CTGAAAC--TT---T--CAGGG-AATT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----GTTTCACTTACCGG---G---G----T-----A--GTG-------A---------TTT-CATG-A--A-ATCACT-AAA---A--A--TT---CTAG-GGA-TTTCGTG--AA-ATCACT----GG-cttcctaagtgaaacag
gi|123382                     :                                                                             ttt-CTGAAAC--TT---T--CAGGG-AATT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----GTTTCACTTACCGG---G---G----T-----A--GTG-------A---------TTT-CATG-A--A-ATCACT-AAA---A--A--TT---CTAG-GGA-TTTCGTG--AA-ATCACT----GG-
gi|123390                     :                                                                                      GT--TTCACT--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----CTCT--A--GGG-------A---------TT--CGTG-A--A-ATCACT-G
gi|123370                     :                                                                                      GT--TC---T--TATTG-TTTC-TAT-G-------T----TAC----------------------AGT-A---A---A----C-----T--GTGTACTAGGA---------TTTTCGCG-A--AATTCCCT-AAA---A--C--TT---TCAG-GAA-ATTCATG--AA-ATCCCT----GA-TT-CACagt
gi|123391                     :                                                                      cattaatttgaaacctGT--TTCACT--TAGCA-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----CTCT--A--GGG-------AT--------TT--CGTG-A--A-ATCACT-G
gi|123388                     :                                                                                      GT--TTCACT--TAGTG-ATTT-CAT-A-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----CTCT--A--GGG-------AT--------TT--CGTG-A--A-ATCACT-Gagt
gi|123385                     :                                                                                      GT--TTCACT--TAGGA-AGTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---ATTC-T-----A--G-G-------AT--------TT--CGTG-A--A-ATCACTGGAA---A--G--GTGCCCCAG-TAATTATCACG--AA-ATCCCT----aat
gi|123392                     :                                                                                    tcGT--TTCACT--TAGCA-ATTT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----C-----------------------------T--CAGG-G--A-TTTCGT-GAA---A--ag
gi|123355                     :                                                                                       T--TT---T--TAAT-----T-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----G--------TTTCACTTA---G----C-----A--AT------------------TT--CATG-A--A-ATCACT-AAA---A--A--CT---CTAG-GGA-TTTCGTG--AA-ATCACT----GG-agt
gi|123383                     :                                                                                    tttT--TT---T--TAAT-----T-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----G--------TTTCACTTA---G----C-----A--AT------------------TT--CATG-A--A-ATCACT-AAA---A--A--CT---CTAG-GGA-TTTCGTG--AA-ATCACT----GG-tagtttta
gi|123372                     :                                                                                       T--TT---C--CAGTG-ATTT-CAC-G-A-AA--T----CCC--------T----A-----------GA---ATTTT----T-----A--GTG-------AT--------TT--CATG-A--A-ATCACT-
gi|123359                     :                                                                                        --TC---T--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----CTCT--A--GGG-------AT--------TT--CGTGAA--A-TTACTG-GAA---A--G--GTGGCCT-G-GTATTTTCACG--AA-ATCCCT----tgacaccttcatttttcacaa
gi|123359                     :                                                                                            ---T--CAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--A----TAC--------C----A--------GGCCA---C---CTTTCC-----A--GTA-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---G--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATG--AA-ATCACT----Agacttggatttatttctcgtaacatacagtttcctgtacat
gi|123385                     :                                                                                         tct---T--CAGGG-ATTT-CGT-G-ATAA--T----TAC--------T----G--------GG-GC---A---C----CTTTCCA--GTG-------AT--------TT--CACG-A--A-AT-CCT-AGA---A--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATGA-AC-TTCCTA----AG-TGAAACAGcttggatttatttctcgtaacatacagtttcctgtacat
gi|123384                     :                                                                                            ---T--CAGGG-ATTT-CGT-G-A-AA--A----TAC--------C----A--------GGCCA---C---CTTTCC-----A--GTA-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---G--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATG--AA-ATCACT----A
gi|123384                     :                                                                                                --TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----CTCT--A--GGG-------AT--------TT--CGTGAA--A-TTACTG-GAA---A--G--GTGGCCT-G-GTATTTTCACG--AA-ATCCCT----
gi|123387                     :                                                                                              tc--TAGGG-ATTT-CGC-G-A-AA--T----CCC--------T----A--------A-------A---A----CTTTCAG--GAA-------A---------TT--CATG-A--A-ATCCCT-GA
gi|123389                     :                                                                                         gtgtaac--TAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---ATTC-T-----A--GGG-------AT--------TT--CGTG-A--A-ATCACT-Gttcac
gi|123367                     :                                                                                                   AGGG-AATT-CGT-G-A-A---T----CAC--------T--------------GTTT---C---A----CTT---A--GTG-------A---------TTT-CATG-A--A-ATCACT-AAA---A--A--CT---CTAG-GGA--TTCGTG--AA-ATCACT----GG-
gi|123368                     :                                                                                                  cAGGG-AATT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----GTTTCACTTACCGG---G---G----T-----A--GTG-------A---------TTT-CATG-A--A-ATCACT-AAA---A--A--TT---CTAG-GGA-TTTCGTG--AA-ATCACT----GG-aaat
gi|123380                     :                                                                                                  cAGGG-ATTT-CGT-G-ATAA--T----TAC--------T----G--------GG-GC---A---C----CTTTCCA--GTG-------AT--------TT--CACG-A--A-AT-CCT-AGA---A--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATGA-AC-TTCCTA----AG-TGAAACAGaaat
gi|123372                     :                                                                                      ttcatgaatcaccAGTG-ATTT-CAT-G-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---ATTC-T-----A--GGG-------AT--------TT--CGTG-A--A-ATCACT-GGA---A--A--T
gi|123389                     :                                                                                                   AGTG-ATTT-CAC-G-A-AA--T----CCC--------T----A-----------GA---ATTTT----T-----A--GTG-------AT--------TT--CATG-A--A-ATCACT-gacaccttcatttttcacaa
gi|123371                     :                                                                                                  cAGTG-ATTT-CAT-A-A-AA--T----CAC--------T----A--------A---A---A---A----CTCT--A--GGG-------AT--------TT--CGTG-A--A-ATCACT-a
gi|123379                     :                                                                                                          TT-CGT-G-A-AA--T----CAC--------T----G--------TTTCACTTA---G----C-----A--AT------------------TT--CATG-A--A-ATCACT-AAA---A--A--CT---CTAG-GGA-TTTCGTG--AA-ATCACT----GG-
gi|123386                     :                                                                                                            -CGT-G-A-AA--T----CCC--------C----A--------AGTGA---A---A----C-----A--GGG-------A---------TT---ACG-AGTA-TTCTCT-GAA---A--T--AT---TCAG-GGACTA-CGCGT-AA--TCCCT----AG-GTAAATGCTCTTAC-TGTAACATATAaaat
gi|123356                     :                                                                                                                                                        GTGT---A---A----CT----A--GGG-------A---------TTT-CGCG-A--A-ATCCCT-AAA---A--C--TT---TCAG-GAAATT-CATGA-AA--TCCCT----GA-TT-CAC
gi|123370                     :                                                                                            ttccaagtgatttcatgaaaatccctagaatatttttagtgatttcacgaaaagtcctaaGTGA---A---T----C-----A--GGG-------A---------TTT-CATG-A--A-TTTCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-GGAATTTCGCGA-AA-AT-CCT----AG--TACACAGTTT-AC-TGTAACATAagttttacttgtacata
gi|123387                     :                                                                                                                          cattaatttgaaacctgttcttattgtttcGTGA---A---T----C-----A--GGG-------A---------TTT-CATG-A--A-TTTCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-GGA-TTTCGCG--AA-ATCCCT----AG-TTACAC
gi|123387                     :                                                                                                                                                        GTGT---A---A----CT----A--GGG-------A---------TTT-CGCG-A--A-ATCCCT-AAA---A--C--TT---TCAG-GAAATT-CATGA-AA--TCCCT----GA-TT-CAC
gi|123367                     :                                                                                                                                                                    ----C-----A--GTG-------AT--------TT--CACG-A--A--TCCCT-AGA---G--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATG--AA-ATCACTA---AG-TGAAACAGT
gi|123353                     :                                                                                                                                                   cagggaattcgtgaatc----C-----A--GTG-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---A--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATG--AA-ATCACT----Agaaat
gi|123382                     :                                                                                                                                                                tttc----C-----A--GTG-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---A--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATG--AA-ATCACT----Accccggtaagtgaaacagtgatttcacgaattccctgaaagtttcag
gi|123381                     :                                                                                                                     ctgaaactttcagggaattcgtgaaatcactgtttcacttaccgggg----C-----A--GTG-------AT--------TT--CACG-A--A-AT-CCT-AGA---A--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATGA-AC-TTCCTA----AG-TGAAACAGg
gi|123368                     :                                                                                                                          tcgcgaaatccctaaaaagcttcaggaaattcatgaatcacc----C-----A--GTG-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---A--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATG--AA-ATCACT----Ag
gi|123355                     :                                                                                                                               cagggaattcgtgaaatcactgtttcacttaccgggg----C-----A--GTG-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---G--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATGA-AA-TTGCTA----AG-TGAAACAGTgaaat
gi|123379                     :                                                                                                                                                                tttc----C-----A--GTG-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---G--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATGA-AA-TTGCTA----AG-TGAAACAGTgatttcacgaattaaaaatagtttta
gi|123383                     :                                                                                                                                                         ttcgtgaaatc----C-----A--GTG-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---G--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATGA-AA-TTGCTA----AG-TGAAACAGTgaaat
gi|123390                     :                                                                                                                                                  tttttaattcgtgaaatc----C-----A--GTG-------AT--------TT--CACG-A--A--TCCCT-AGA---G--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATG--AA-ATCACTA---AG-TGAAACAGTg
gi|123391                     :                                                                                                                                                                    ----C-----A--GTG-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---G--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATGA-AA-TTGCTA----AG-TGAAACAGT
gi|123388                     :                                                                                                                                                                    ----C-----A--GTG-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---G--T--TT---TTAG-TGATTTT-ATG--AA-ATCACTA---AG-TGAAACAAT
gi|123369                     :                                                                                                                                                                    ----C-----A--GTG-------A---------TTT-CACG-A--A-TTCCCT-GAA---A--G--TT---TTAG-CGA-TTTCGCG--AA-ATCCCT----AG-TTAAACAATCTCAC-
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gi|123373                     :                                                                                                                                                               agtga----C-----A--GTG-------A---------TTT-CACG-A--A-ATCCCT-AGA---G--T--TT---TTAG-TGA-TTTCATGA-AA-gaaatgacaccttcatttttcacaa
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Reference ( family-462 )      :                                                                                           TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAA--A-T-CCCTAGAAT--TT---TTAGNGA-TTTCG-TGAAA--TCAC--------T----AAGTGAAA---CA--GTG--A---------T--T-CACG-A--A-ATCCCT-GAAA-NTT---TTAGG-G-A-TT-TCGCGA-AAATCCCTAG----------------T--TANACAGTCTTAC-TGTAACATATA
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gi|123371                     :                                                                  cattaatttgaaacctgttcttattgtttcA-GTG-ATTTCA--CGAA--A-T-CCCTAGAGT--TT---TTAGTGA-TTTTA-TGAAA--TCAC--------T----
gi|123372                     :                                                                                           TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAA--A-T-CCCTAGAAT--TT---TTAGTGA-TTTCA-TGAAA--TCAC--------T----
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gi|123378                     :                                                                                                       TTTCG--CGAA--A-TTCCCTAAAAC--TT---TCAGGAA-ATTCA-TGAAA--TCCC--------T----GATT-------CA--CTG--GACTT-----T--T-CATGAA--A-ATCCTT---AA-ATT---CTAGG-G-A-TT-TCATG--AAATCACTAGAAATTCACAATTCCTTT--TACACAATCTTAC-Tttcacaattccttttacacaatcttact
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gi|123380                     :                                                                                                        TTCA--TGAATCA---CCCTG---T--TTCACTTAGGAA-GTTCA-TGAAA--TCAC--------T----AA---AAATTCTA--G-G--AT--------T--T-CGTG-A--A-ATCACTGGAAA-GGTGCCCCAGT-A-A-TTATCACG--AAATCCCTggtgccccagtaattatcacgaaatccct
gi|123380                     :                                                                                                        TTCA--TGAA--A-T-CACTAAAAA--TT---CTAG-GA-TTTCG-TGAAA--TCAC--------TGGAAAGGTGCCC---CA--GTA--A---------TTAT-CACG-A--A-ATCCCT-
gi|123381                     :                                                                ttcatgaatcaccctgtttcacttaggaagCCA-GTG-ATTTCA--CGAA--A-T-CC-TAGAAT--TT---TTAGTGA-TTTCA-TGAAC--TTCC--------T----AAGTGAAA---CAGGGTG--A---------T--T-CATG-A--A-TTTCCT-GAAGCTTT---TTAGG-G-A-TT-TCGCGA-
gi|123382                     :                                                                                              CCA-GTG-ATTTCA--CGAA--A-T-CCCTAGAAT--TT---TTAGTGA-TTTCA-TGAAA--TCACTACCCCGGT----AAGTGAAA---CA--GTG--AT--------T--T-CACG-A--A-TTCCCT-GAAA-GTT---TCAG
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lowQualScore                  :                                2   0      22     8 9         55            7   9  9  88  6 3333333333333         33333 88  0000 1111111 222  0 0     44 1      2   333  77        4 4       0 00       6  2222222222222222    99     3    7   3       
consensus                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTTAC-TGTAACATATA
Reference ( family-462 )      :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTTAC-TGTAACATATA
gi|123351                     :                          TTCCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-TAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--AT----G-------A---TT-T-TACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-GG----------------TTAC--ACAGTCTTGC-TGTAACATATA
gi|123352                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAA--T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A----T-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-ATTTTCGCGAA--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTAAC-TGTAACATATA
gi|123353                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCACTACCCCGGT----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTCAG
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gi|123371                     : cattaatttgaaacctgttcttattgtttcA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-TAT-GA-AA--TCAC--------T----
gi|123372                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----
gi|123372                     :                               A-GTG-ATTTCA--TGAAA-T-CACTAAAAA--TTCTAGGGATTT-CGT-GA-AA--TCAC--------TGG--AAATGACAC-----C--TT----C-------ATT-TT-T-CACAA--tgacaccttcatttttcacaa
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gi|123373                     :                               A-GCA-ATTTCA--TGAAA-T-CACTAAAAA--CTCTAGGGATTT-CGT-GA-AA--TCAC--------TGG--AAATGACAC-----C--TT----C-------A---TT-T-TAtgacaccttcatttta
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gi|123378                     :                                      TTTCG--CGAAA-TTCCCTAAAAC--TTTCAGGAAATT-CAT-GA-AA--TCCC--------T----GATT----C-----A--CT----G-------GACTTT-T-CATGA--A-AATCCT-TAA---A---TTCTAGGG-A-TTTCATG-A--AATCACT-AGAAATTCACAATTCCTTTTAC--ACAATCTTAC-Tttcacaattccttttacacaatcttact
gi|123379                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TTGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-
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gi|123380                     :                                                                    AGGGATTT-CGT-GATAA--TTAC--------T----GGG-GCACCTTTCCA--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-AT-CCT-AGA---AT--TTTTAGTG-A-TTTCATG-A--ACTTCCTAAG----------------TGAA--ACAGggtgccccagtaattatcacgaaatccct
gi|123381                     :                ttcatgaatcaccCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CC-TAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AC--TTCC--------T----AAGTGAAAC-----AGGGT----G-------A----T-T-CATGA--A-TTTCCT-G-A---AGCTTTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--
gi|123382                     :                             CCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCACTACCCCGGT----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTCAG
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gi|123385                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CC-TAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AC--TTCC--------T----AAGTGAAAC-----A--Gcttcctaagtgaaacag
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lowQualScore                  :                                2   1      11     1 0         22            1   0  0  44  7 3333333333333         22222 33  2222 9999999 333  1 1     11 1      1   222  33        4 4       3 22       1  2222222222222222    22     4    2   2       
lowQualScore                  :                                .   .      ..     . .         ..            .   .  .  ..  . .............         ..... ..  .... ....... ...  . .     .. .      .   ...  ..        . .       . ..       .  ................    ..     .    .   .       
lowQualScore                  :                                2   0      22     8 9         55            7   9  9  88  6 3333333333333         33333 88  0000 1111111 222  0 0     44 1      2   333  77        4 4       0 00       6  2222222222222222    99     3    7   3       
consensus                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTTAC-TGTAACATATA
Reference ( family-462 )      :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTTAC-TGTAACATATA
gi|123351                     :                          TTCCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-TAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--AT----G-------A---TT-T-TACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-GG----------------TTAC--ACAGTCTTGC-TGTAACATATA
gi|123352                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAA--T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A----T-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-ATTTTCGCGAA--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTAAC-TGTAACATATA
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gi|123371                     : cattaatttgaaacctgttcttattgtttcA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-TAT-GA-AA--TCAC--------T----
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gi|123380                     :                                                                    AGGGATTT-CGT-GATAA--TTAC--------T----GGG-GCACCTTTCCA--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-AT-CCT-AGA---AT--TTTTAGTG-A-TTTCATG-A--ACTTCCTAAG----------------TGAA--ACAGggtgccccagtaattatcacgaaatccct
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gi|123385                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CC-TAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AC--TTCC--------T----AAGTGAAAC-----A--Gcttcctaagtgaaacag
gi|123386                     :                                             tcagggatttcgtgataattactggggcacc-CGT-GA-AA--TCCC--------C----AAGTGAAAC-----A--GG----G-------A---TT----ACGAGTA-TTCTCT-GAA---AT--ATTCAGGG-A-CTACGCG-T--AATCCCT-AG----------------GTAA--ATGCTCTTAC-TGTAACATATA
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gi|123391                     :                              CA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TTGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----
gi|123392                     :                                      TTTCA--CGAAA-T-CCCT-GAGT--TTTTAGTGATTT-CAC-GA-AA--TTGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----


blockSeqs                     :                                A   G      AA     A           AT            T         AG  A TACCCCGGT             TTTCC GG  ATTA TACTAGG ACT  A T     GT A      T   AAT  CT        A T       A TC       A  AAATTCACAATTCCTT    AT     C    T   A
blockSeqs                     :                                A   .      .      A           AT            T         AG  A TACCCCGGT             .     GG  .    TTAA    TT   . .     .  .      .   .    CT        A T       A .        .  A                   .      C    .   A
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         AG  A TACCCCGGT             .     GG  .    ATT     .    . .     .  .      .   .    .         A T       . .        .  .                   .      T    .   A
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         AG  G TGGAA                 .     .   .    ATT     .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      T    .   A
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   C TGGAA                 .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      T    .   A
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A TGGAA                 .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      C    .   A
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A TGG                   .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      T    .   A
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   C TGG                   .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      C    .   A
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      C    .   A
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      C    .   .
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      C    .   .
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   G T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      .    .   .
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   G T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      .    .    
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .      .    .    
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .                
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .                
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .                
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                   .                
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                                    
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   G G                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                                    
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                                    
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   G T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                                    
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   G T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                                    
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   C T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .        .  .                                    
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   G T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .                                                
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   C G                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .         . .       . .                                                
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A C                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .                                                                      
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   C T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .                                                                      
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .   .    .                                                                      
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   G T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .                                                                               
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .                                                                               
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .                                                                               
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .      .                                                                               
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   C T                     .     .   .    .       .    . .     .  .                                                                                      
blockSeqs                     :                                .   .      .      .           .             .         .   C T                     .     .   .    .       .    . .     .  .                                                                                      
blockSeqs                     :                                    .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .     .  .                                                                                      
blockSeqs                     :                                    .      .      .           .             .         .   A C                     .     .   .    .       .    . .     .                                                                                         
blockSeqs                     :                                    .      .      .           .             .         .   A T                     .     .   .    .       .    . .                                                                                               
blockSeqs                     :                                           .      .           .             .         .   G T                     .     .   .                                                                                                                   
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blockSeqs                     :                                                                            .         .   . .                                                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                          
originalCons                  :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTTAC-TGTAACATATA
finalCons                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTTAC-TGTAACATATA





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lowQualScore                  :                                2   1      11     1 0         22            1   0  0  44  7 3333333333333         22222 33  2222 9999999 333  1 1     11 1      1   222  33        4 4       3 22       1  2222222222222222    22     4    2   2       
lowQualScore                  :                                .   .      ..     . .         ..            .   .  .  ..  . .............         ..... ..  .... ....... ...  . .     .. .      .   ...  ..        . .       . ..       .  ................    ..     .    .   .       
lowQualScore                  :                                2   0      22     8 9         55            7   9  9  88  6 3333333333333         33333 88  0000 1111111 222  0 0     44 1      2   333  77        4 4       0 00       6  2222222222222222    99     3    7   3       
consensus                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTTAC-TGTAACATATA
Reference ( family-462 )      :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTTAC-TGTAACATATA
gi|123351                     :                          TTCCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-TAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--AT----G-------A---TT-T-TACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-GG----------------TTAC--ACAGTCTTGC-TGTAACATATA
gi|123352                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAA--T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A----T-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-ATTTTCGCGAA--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTAAC-TGTAACATATA
gi|123353                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCACTACCCCGGT----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTCAG
gi|123354                     :                          TTTCCA-GTA-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGAGAAAC-----G--GT----GATT----A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGTG-G-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTCTTAC-TGT-ACATGTA
gi|123355                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TTGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-T----T-AAAAATAG--TTTTA
gi|123356                     :                           TTCCAAGTG-ATTTCA--TGAAAAT-CCCTAGAATATTTTTAGTGATTT-CAC-GA-AAAGTC-C--------T----AAGTGAATC-----A--GG----G-------A---TT-T-CATGA--A-TTTCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTTTTACTTGT-ACATA
gi|123357                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CC-TAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AC--TTCC--------T----AAGTGAAAC-----AGGGT----G-------A----T-T-CATGA--A-TTTCCT-G-A---AGCTTTTTAGGG-A-TTTCGCG-ATCCAGCCCT-AG----------------TTAC--ACAGTTTTAC-TGTAACATCTA
gi|123358                     :                          TTTCTA-GTG-ATTTCA--TGAAA-T-CCCTAGAAT--TT--AAGGATTTTCAT-GA-AAAGTC-C--------------AGTGAATC-----A--GG----G-------A---TT-T-CATGA--A-TTTCCT-GAA---AG--TTTTAGGGAA-TTTCGCG-A--AAATCCT-AG-----------------TAC--ACAGT-TTAC-TGTAACATA
gi|123359                     :                          TTTCCA-GTA-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----AAG
gi|123359                     :                              tA-GTG-ATTTCA--TGAAA-T-CACTAAAAA--CTCTAGGGATTT-CGT-GA-AA--TTAC--------TGGAAAGGTGGCCT-----G--GT----A-------T---TT-T-CACGA--A-ATCCCT-GA--------CTT---GG-A-TTT---------ATTTCT-CG----------------TAACATACAGT-TTCC-TGT-ACATggtggcctggtattttcacgaaatccctgacttggatttatttctcgtaacatacagtttcctgtacat
gi|123360                     :                       tcttTTCCA-GTGGATTTAAAACGAAA-T-C--TAGAAT--TTTTAGTTGTTT-CATTGA-AC--TTCC--------T----A-GTGAAAC-----A--GG----G-------A---TT---CATGA--A-TTTCCTTGAA---AG--TTTTAGGG-ATTTTCGC--A--AATCCCT-AGA---------------TTAC--ACAGTTTTAC-TGTAACATATA
gi|123361                     :                             CCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-TAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--AT----G-------A---TT-T-TACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-GG----------------
gi|123362                     :                             CCA-GTG-ATTTCA--CGAA--T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A----T-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-ATTTTCGCGAA--AATCCCT-AG----------------
gi|123363                     :                             CCA-GTA-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGAGAAAC-----G--GT----GATT----A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGTG-G-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------
gi|123364                     :                                      TTTCA--CGAAA-T-CCCT-GAGT--TTTTAGTGATTT-CAC-GA-AA--TTGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGCG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------
gi|123365                     :                                    -ATTTCA--CAAAA-T-CCCTAGAAT--TTTTAATAATTT-CAT-GA-AA--TGGC--------G----AAGTGAAAC-----A--GTATTAA-------A---TT-T-CATGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--ATTCCCT-AG----------------cgtccagtta
gi|123366                     :                          TTTCCAAGTG-ATTTCA--TGAAAAT-CCCTAGAATATTTTTAGTGATTT-CAC-GA-AAAGTC-C--------T----AAGTGAATC-----A--GG----G-------A---TT-T-CATGA--A-TTTCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------ttttag
gi|123367                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAA--T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A----T-T-CACGA--A-TTCCCT-Gttacacatttccttttacacata
gi|123368                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCACTACCCCGGT----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-Gt
gi|123369                     :                                                                                                                 C-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGCG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAA--ACAATCTCAC-t
gi|123370                     :                              CA-TTA-ATTT-----GAAA----CCT---GT--TCTTATTGTTTC-TAT-G------TTAC--------------AGT-AAAC-----T--GT----GTACTAGGA---TT-TTCGCGA--AATTCCCT-AAA---AC--TTTCAGGA-A-ATTCATG-A--AATCCCT-GA----------------TT-C--AC
gi|123370                     :                                                                                                           GTGAATC-----A--GG----G-------A---TT-T-CATGA--A-TTTCCT-GAA---AG--TTTTAGGGAA-TTTCGCG-A--AAATCCT-AG-----------------TAC--ACAGT-TTAC-TGTAACATA
gi|123371                     : cattaatttgaaacctgttcttattgtttcA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-TAT-GA-AA--TCAC--------T----
gi|123372                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----
gi|123372                     :                               A-GTG-ATTTCA--TGAAA-T-CACTAAAAA--TTCTAGGGATTT-CGT-GA-AA--TCAC--------TGG--AAATGACAC-----C--TT----C-------ATT-TT-T-CACAA--tgacaccttcatttttcacaa
gi|123373                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TTGC--------T----
gi|123373                     :                               A-GCA-ATTTCA--TGAAA-T-CACTAAAAA--CTCTAGGGATTT-CGT-GA-AA--TCAC--------TGG--AAATGACAC-----C--TT----C-------A---TT-T-TAtgacaccttcatttta
gi|123374                     :                                                                                                                                 -------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGTG-G-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--ACAGT
gi|123375                     :                                    -ATTTCA--CAAAA-T-CCCTAGAAT--TTTTAATAATTT-CAT-GA-AA--TGGC--------G----AAGTGAAAC-----A--GT----ATTAA---A---TT-T-CATGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--ATTCCCT-AG----------------TTGC--ACAGTTTTAC-TGTAACATATA
gi|123376                     :                                    -ATTTCG--CGTAA-T-CCCTGGATA--TTTCAGTGATTA-CGT-GA-AA--TC-C--------C----GAGTGAAAC-----G--GG----G-------A---TT-A-CGTGT--A-TTCACT-GAA---AT--GTTCAGGG-A-TTACGCG-T--ATTCCCG-AG----------------GTAC--GTGTTCTTAC-TGTAACATATA
gi|123377                     :                                      TTTCA--CGAAA-T-CCCT-GAGT--TTTTAGTGATTT-CAC-GA-AA--TTGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTTAGCG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAA--ACAATCTCAC-TGTAACATATA
gi|123378                     :                          TTTCTA-GTG-ATTTCA--TGAAA-T-CCCTAGAAT--TT--AAGGATTTTCAT-GA-AAAGTC-C--------------AGTGAATC-----A--GG----G-------A---TT-T-CATGA--A-TTTCCT-GAA---AG--TTTTAGGGAA-TTTCGCG-A--AA
gi|123378                     :                                      TTTCG--CGAAA-TTCCCTAAAAC--TTTCAGGAAATT-CAT-GA-AA--TCCC--------T----GATT----C-----A--CT----G-------GACTTT-T-CATGA--A-AATCCT-TAA---A---TTCTAGGG-A-TTTCATG-A--AATCACT-AGAAATTCACAATTCCTTTTAC--ACAATCTTAC-Tttcacaattccttttacacaatcttact
gi|123379                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TTGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-
gi|123380                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CC-TAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AC--TTCC--------T----AAGTGAAAC-----AGGGT----G-------A----T-T-CATGA--A-t
gi|123380                     :                                                                    AGGGATTT-CGT-GATAA--TTAC--------T----GGG-GCACCTTTCCA--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-AT-CCT-AGA---AT--TTTTAGTG-A-TTTCATG-A--ACTTCCTAAG----------------TGAA--ACAGggtgccccagtaattatcacgaaatccct
gi|123381                     :                ttcatgaatcaccCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CC-TAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AC--TTCC--------T----AAGTGAAAC-----AGGGT----G-------A----T-T-CATGA--A-TTTCCT-G-A---AGCTTTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--
gi|123382                     :                             CCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCACTACCCCGGT----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TTCCCT-GAA---AG--TTTCAG
gi|123383                     :                             CCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TTGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----G-------A---TT-T-CACGA--A-TT
gi|123384                     :                          tttttA-GTG-ATTTCA--TGAAA-T-CACTAAAAA--CTCTAGGGATTT-CGT-GA-AA--TTAC--------TGGAAAGGTGGCCT-----G--GT----A-------T---TT-T-CACGA--A-ATCCCT-GA
gi|123384                     :                          TTTCCA-GTA-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----Aa
gi|123385                     :         tcagggatttcgtgaaaataccaggccaccTTCA--TGAAA-T-CACTAAAAA--TTCTAG-GATTT-CGT-GA-AA--TCAC--------TGGAAAGGTGCCCC-----A--GT----A-------A---TTAT-CACGA--A-ATCCCT-GA
gi|123385                     :                          TTTCCA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CC-TAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AC--TTCC--------T----AAGTGAAAC-----A--Gcttcctaagtgaaacag
gi|123386                     :                                             tcagggatttcgtgataattactggggcacc-CGT-GA-AA--TCCC--------C----AAGTGAAAC-----A--GG----G-------A---TT----ACGAGTA-TTCTCT-GAA---AT--ATTCAGGG-A-CTACGCG-T--AATCCCT-AG----------------GTAA--ATGCTCTTAC-TGTAACATATA
gi|123387                     :                                                                                                           GTGAATC-----A--GG----G-------A---TT-T-CATGA--A-TTTCCT-GAA---AG--TTTTAGGG-A-TTTCGCG-A--AATCCCT-AG----------------TTAC--AC
gi|123388                     :                              CA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-TAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--AT----
gi|123389                     :                              CA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAAT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----A
gi|123390                     :                              CA-GTG-ATTTCA--CGAA--T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TCAC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----
gi|123391                     :                              CA-GTG-ATTTCA--CGAAA-T-CCCTAGAGT--TTTTAGTGATTT-CAT-GA-AA--TTGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----
gi|123392                     :                                      TTTCA--CGAAA-T-CCCT-GAGT--TTTTAGTGATTT-CAC-GA-AA--TTGC--------T----AAGTGAAAC-----A--GT----