lowQualScore                  :                                                                          11                                                                                               444444444444444444444444444444444444444444444444                                              111111111111111111          22222222222                                  1                      22222222222                1   
lowQualScore                  :       1 11  2     2222 55 1 2 55555555  1 11  8 2  1 1  1  2222 5 7777   44 4444   1  1   3    1 3333 11 333  666666666      4 22222  11 1  11 1 1  2222 222 11  1 333    000000000000000000000000000000000000000000000000 1    11 7777777 3 1  333  222 77 11 1 2222   111111111111111111          11111111111 222  5555   1  22     8888   4   6 1 22  1   1   222    11111111111  1   3 5 1 1   1   
lowQualScore                  :       . ..  .     .... .. . . ........  . ..  . .  . .  .  .... . ....   .. ....   .  .   .    . .... .. ...  .........      . .....  .. .  .. . .  .... ... ..  . ...    ................................................ .    .. ....... . .  ...  ... .. .. . ....   ..................          ........... ...  ....   .  ..     ....   .   . . ..  .   .   ...    ...........  .   . . . .   .   
lowQualScore                  :       2 77  4     5555 44 1 0 44444444  0 44  2 9  0 0  0  0000 6 5555   88 0000   0  0   9    0 8888 33 444  777777777      9 44444  33 0  33 0 0  0000 666 33  0 444    555555555555555555555555555555555555555555555555 1    66 0000000 4 2  333  111 33 77 2 7777   555555555555555555          66666666666 666  7777   5  11     4444   8   0 6 22  6   6   999    33333333333  7   5 2 7 7   9   
consensus                     : CAGGGC-T--GT-CGCTG----C-NC-T-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----CGG----GTCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TC---GAT-C-TTTTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-T-----T----A--TGA------TAN-A-AT----A--T-TATG--A--C----A-A-AA---AA---TC-A--A-A----AAG---------------TC-TATTTTTATTC---G-N----A---GT----ATT-TC--AGAAC-ACNGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---AATTA--N-T-----TG-TTT-A-T-T-AGCAAAA
Reference ( gi|20660 )        : CAGGGC-T--GT-CGCTG----C-CC-T-T--------TT-T--GGCA-CA-G-GG-TC----CAG----GTCTGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TC---AAT-C-TTTTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--A-----T-T-----T----A--TGA------TAG-A-AT----A--T-TATG--A--C----A-A-AA---AA---TT-A--A-A----AAG---------------TC-TATTTTTATTC---G-T----A---GT----ATT-TC--AGAAC-ACAGTC-TTTGT-G--TG-CTT-TTT---AATTA--C-T-----TA-TTT-A-T-T-AGCCAAA
gi|20661                      : CAGGGC-T--GT-CGCTG----C-CC-T-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----CGG----GTCCGTG-T-AAA-TT-GGGGAAAA-T----T--A---TC---AAT-A-TTTTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-T-----T----A--TGA------TAA-A-AT---------TATG--A--C----A-A-AA---TA---TG-A--A-A----AAG---------------TC-TATTTTTATTT---G-T----A---GT----ATA-TC--AGAAC-ATAGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---GATTA--C-T-----TA-TTT-A-A-T-AGCAAA
gi|20665                      : CAGAGC-T--GT-CGCTG----C-CC-T-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----TGG----GACTGTC-T-AAA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TC---GAT-C-TTTTTC-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--C-----T-T-----T----A--TGA------TAA-A-------A--T-TATG--A--C----A-A-AAT--TA---TC-A--A-A----AAG---------------TC-TATTTTTATTT---G-T----A---GA----TTT-TC--AGAGC-ACGGTC-TTATT-G--TG-TTT-TTT---AATTA--A-T-----TG-TTT-A-T-T-AGCAAAA
gi|20664                      : CAGGGC-T--GT-CGCTG----C-CC-T-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----CGG----AACCGTC-T-GAA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TC---AAT-C-TTTTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-T-----T----A--TGA------TA--C-AT-------T-TATG--A--C----A-A-AA---AA---TC-A--A-A----AAG---------------TC-TATTTTTTTTC---A-A----A---GT----ATT-TT--AGA---ACAGTC-TATTT-G--TG-CTT-TTT---AATTA--A-T-----TG-TTT-A-T-T-
gi|20667                      : CAGGGC-T--GT-CGCTG----C-CC-T-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----CGG----GTCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--G---TT---GAT-C-TTTTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-T-----T----A--TGA------TAA-A-------A--T-TATG--A--C----C-A-AA---AA------A--A-------------------------------------------T----A---GT----ATT-TC--AAAAC-ACAGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTA---AATTA--C-T-----TA-TTT-A-T-T-AGCCAAAtgtagtaaaa
gi|20666                      : CAGTGT-T--GT-CGTTG----C-CC-T-T--------TT-T--TGTA-CA-G-GG-TC----CGG----GTCCATC-C-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TC---CAT-C-TTTTGG-G-----TC--A-AA--T-T-GA----G------AA-T---TTTT--G-----T-T-----T----A--TGA------TAA-A-------A--T-TATG--A--CAAAAA-A-AA---AA---TC-A--A-A----ATG---------------TC-TATTTTTATTC---G-T----A---GTATTAATT-TC--AGAACAACA-TC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---AATTA--C--------A-ATT-A-T-T-AGCAAAA
gi|20663                      : CAGGG--T--GT-CGCTG----C-CC-T-T--------TT-T--GGTAACA-G-GG-TC----CGG----GTCCGTG-T-ATA-TC-GGGGAAAA-T----T--A---TC---AAT-A-TTTTTG-G-----TC--A-AA--T---GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-T-----T----AA-TGA------TA--A-AT-------T-TATG--A--C----A-A-AA---TA---TG-A--A-C----AAG---------------TC-TATTTTTATTT---G-T----A---GT----AAT-CC--AGAAC-ATAGTCTTTTTT-G--TG--TT-TTT---GATTAC-C-T-----TA-TTTAA-T-T-AGCAAA
gi|20662                      : CAGGG--T--GT-CGCTG----C-CC-T-T--------TT-T--GGTAACA-G-GG-TC----CGG----GTCCGTG-T-ATA-TC-GGGGAAAA-T----T--A---TC---AAT-A-TTTTTG-G-----TC--A-AA--T---GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-T-----T----AA-TGA------TA--A-AT-------T-TATG--A--C----A-A-AA---TA---TG-A--A-C----AAG---------------TC-TATTTTTATTT---G-T----A---GT----AAT-CC--AGAAC-ATAGTCTTTTTT-G--TG--TT-TTT---GATTAC-C-T-----TA-TTTAA-T-T-AGCAAA
gi|20669                      : CAGGGC-T--GT-CTTTG----C-CC-T-T--------TT-T--GGTA-TA-G-GG-TC----CAG----GTCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--G---TC---GAT-C-TTTGTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-T-----T----A--TGA------TAA-A-------A--T-TATG--A--T----A-A-AA---AA---TT-A--A-A----AAAC--------------TA-TATTTTTATTC---A-T----A---GT----A
gi|20672                      : CAGGGC-T--GT-CTCTA----C-CC-T-T--------TT-A--GGTA-CA-G-G--TA----CGG----GTC-ATC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TT---GGT-C-TTTTTA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--C-----T-T-----T----A--GGA------TGC-A-------A--T-TATG--ATTC----A-A-GT---AT---TT-A--A-A----AGT---------------CC-TGTTTTTATTC---A-A----A---GT----ATT-TC--AGAAC-ACTGTC-TTTTT-G--TC-CCT-TTT---ATTCAATT-T-----TG-TTT-ATT-T-AGCAAAA
gi|20671                      : CAGGGC-T--GT-CTCTA----C-CC-T-T--------TT-A--GGTA-CA-G-G--TA----CGG----GTC-ATC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TT---GGT-C-TTTTTA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--C-----T-T-----T----A--GGA------TGC-A-------A--T-TATG--ATTC----A-A-GT---AT---TT-A--A-A----AGT---------------CC-TGTTTTTATTC---A-A----A---GT----ATT-TC--AGAAC-ACTGTC-TTTTT-G--TC-CCT-TTT---ATTCAATT-T-----TG-TTT-ATT-T-AGCAAAA
gi|20670                      : CAGGGC-T--GT-CGCTG----C-AC-C-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----CGG----GTCCGT----ACA-TT-GGG-AAAA-T----T--G---TT---GAT-CATTTTTT-A-----TT--A-AA--C-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-T-----C----A--TGAAACTTTTAA-A-AT----A------------------A-A-AA---AA---TC-A--A-A----GAC---------------TA-TATTTATATTC---G-A----A---AT----ATT-TC--AGAAC-ACTGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTC---AACGA--A-T-----TG-TTT-ATT-T-AGCAAAA
gi|20673                      : CAGGGC-T--GT-CACTA----C-GC-T-T--------TT-T--GGTG-CA-G-GG-TC----CAG----GTCCATT-T-TGA-TT-GGG--AAA-T----C--A---GC---GAT-C-TTTTGG-G-----TC--A-AACTC-T-GA----A---A--AA-T---TCTT--G-----T-T-----T----A--TGA------TAT-A-------A--T-TACG--A--T----A-A-AA---CA---TC-ATTT-A----AAG---------------TCTTATTTTTATTC---A-A----A---GT----ATT-TC--AGAAC-AC-------TGC-------CTT-TTT---AGTTC--A-T-----TA-TTT-A-T-T-AGCAAAA
gi|20668                      : CAGGGC-T--GTTCGCTG----C-CC-T-TGGT-----TT-T--GGT--CA-G-GGGTC----CGG----GTC-GTC-TTAGA-TT-GGG-AAAA-T----T--G---TT---GATGC-TTTTTG-G-----TC--ACAA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-T-----TA---A--TGA------TAA-A-------A--T-TATG--A--C----A-A-AA---------C-A--A-------------------------------------------T----A---GT----ATT-TCCAAAAAC-ACAGTCTTTTTT-G--TG-C-T-TTA---AATTA--C-TTA---TA-TTT-A-T-T-AGCCAAA
gi|20674                      : CAGGGC-T--GT-CACTG----C-AC-T-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----TGG----GTCCATT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T----C--A---TC---GAT-C-TTTTGG-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-----------ACAAATT-T-----T----A--TGA------TAC-A-ATT---A--T-GATA--A--A----A-A-AA---AA---TTCA--A-A----AAT---------------TC-TTTTTTTATT--------------------------------AC-ACCGTC-TTTTT-G--TG-CTT-GTT---AATT
gi|20675                      : CAGGGC-T--GT-CACTG----A-AC-T-TTTTACTTATT-T--AGTA-CT-G-GG-TC----C----------------GGA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TC---GAT-C-TTTTAG-G-----TC-----A--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-TTTAAAT----A--TGA------TAC-A-------A--T-TATG--A--T----A-A-TC---AA---TC-A--A-A----AAG---------------TT-TATTTT--------------------T----ATT-TC--GGAAC-ACTGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTC---AATTC--A-T-----TG-TTT-A-T-T-AGcaatgccttagcaaaa
gi|20676                      : CAGGGC-T--GT-CACTG----C-AT-A-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-AC----CGG----TTCCTTT-T-AAA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TT---GGG-T-TTTTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----G-T-----T----A--TGT------CAG---AT----A--C-AATT--A--C----A-ATAA---AA---AC-A--A-ATACTAAG---------------CA-GGTTTTTATTC---A-A----A---GT----ATT-TC--AAAAT--TTGTC-CTTTT-G--TA-CTT-TTT---CATT---C-A-----TAGTTT-A-T-C-GGTGAAA
gi|20677                      : CAGGGC-T--GT-CACTGTGCAC-AC-T-T--------TT-T--AGTA-CA-G-GG-TC----CAG----GTCCATT-T-TGA-TT-AGG-AAAA-T----T--A---TC---AGG-A-TTTTTG-G-----TT--A-AA--T-T-TG----G---A--AA-T---GTTT--G------------------------------------------A--T-TATA--A--T----A-A-AA---A-----C-A--A-A----AGG---------------CA-TGTTTTTATTC---A-A----A---GT----ATC-TC--AAAA------TC-TTT-C-G--TG-CTT-T------ATTC--T-T-----TG-TTT-A-T-C-AACAAA
gi|20678                      : CAGGGC-T--GT-CACAG----C-A--T-G--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----C-G----GT------T-AGG-TT-GGG-AAAG-A----T--A---TC---AAT-A-TTTTTA-C-----TT--T-AA--T-T-GG----G---A--TT-T---TTTTTAA-----A-T-----T----A--TGA------AAC-A-------A--T-TATG--A-------A-A-AA---AA---GA-A--A-A----AAGAAATAAAAATAAAATTT-TATTTTTATTT---A-TTCAAA---GT----ATT-TC--AAAAT--CTGAC-TTTTT-G--TA-CTT-TTT---AATTC--A-T-----TG-TTC-A-T-TAAGCTAAA
gi|20679                      : CAGGGA-TATGT-CACTG----CATC-T-T--------TT-T--GGTAACA-GTGG-TC----TGG----GTCCATC-T-AGA-TTGGGG-GAAA-T----C--C---GC---GAT-C-TTTTTG-G-----TC----AA--T-T-GGAAACA---A--AA-T---TTTT------------------------TGA------TAC-A-ATAAAAA--T-TA-G--A--T----A-A-AA---AA---TTCA--A-A----AAG---------------TC-T-TTTa
gi|20682                      : CAGGGC-T--GT-CACAG----C-ATAT-T--------TT-T--GG-A-CA-G-GG-AC----CAG----GTCCCTT-G-AGA-TT-GGG--AAA-T----T--A---GC----AT-C-ATTTTGAA-----TC--A-AT--T-T-GG----G---A--AA-T---T-----------T-T-----C----A--CGG------AAA-C-AT----A--T-TATA--A--C----ATA-GA---AA---TG-A--A-A----
gi|20680                      : CAGGGC-T--GT-CGCAG----C-AT-A-T--------TT-T--GGGA-CA-G-GG-AC----CGG----GTCCCTC-A-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--AGCGTC---A-----TTTTAA-A-----TC--A-AA--T-T-GT----G---A--AA-T---TTT
gi|20681                      : CAGGGC-T--GT-CACAG----C-AT-A-T--------TT-T--GGGA-CA-G-GG-GC----CGG----GTCCCTT-G-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---AC----GT-C-ATTTTGAA-----TC--A-AA--T-TGGG----G---A--AA-T---TTTC--A-----
gi|20683                      : CAGGGC-T--GT-CATAG----C-AC-A-T--------TT-T--GGGA-CA-G-GG-AC----CAG----GTTCATT-G-AGA-TT-GGG--AAA-T----T--A---GCGT-AA-----TTTTGAA-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTC--A-------------C----A---GA------AAT-A-A-----A--T-TATA--A--C----A-aggaaataaaatta
gi|20684                      : CAGGGC-T--GT-CACAG----C-AT-A-T--------TT-T--GGGA-CA-G-GG-ACTGGGCAG----GTCCCTT-G-AGA-TT-GGG-AAAA-T----A--A---GC----AT-CATTTTAA-A-----TC--A-AA--T-T-GG----T---A--AA-T---TTTC--A------------------A--GGA------AAT-A-A-----A--T-TATA--A--C----ACC-AATCTAA---TT----A-A----AAT---------------TA-TATTTTTGT
gi|20685                      : CAGGACAT--AT-CACAG----C-AT-A-T--------TT-T--GGAA-CA-G-GG-AC----CGG----GTCCCTC-G-AGA-TT-AGG-AAAA-T----T--A---AC----GT-C-ATTTTGAA-----TA--A-AG--T-T-GG----G---A--A------TTTT--A----------------------AA------AGG-A-ATAA--A--T-TGTA--A--C----ATA-GA---AA---TG-A--A----------------------------ATTTTTCTTA---A-TAA--A---GT----ATC-TC--
gi|20686                      : CAGGGC-T--GT-CAACA----A-CA-TAT--------TT-T--GGGA-CA-G-AG-AC----TAG----GTCCCTT-G-AGAATT-TGG-AAAA-T----T--AGTGTC---A------TTTTGAA-----TC--A-AA--T-T-AA----G---A--AA-T---TTTC--A------------------A--GGAAT----TAG---------A--T-TATA--A--C----A-
gi|20688                      : CAGGGC-T--TT-AAC-A----C-CA-TGT--------TT-T--GGGA-CT-G-GG-GC----CAGCAGGGTCAATC---AAA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---GC---AG----CTTTGG-G-----GG--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TC---------------------------------------A-AC----A--T-TGGG--A--A----A-A-AA---TAGCTTT-A--A-A----AAA---------------TT-TAGTTTT
gi|20687                      : CAGGGC-T--GT-CGCAG----C-AC-T-T--------TT-T--GGGA-CT-G-GG-TC----CGG----GTCCGTC-T-
gi|20689                      :  AGGGC-T---T-CGCTG----C-AC-T-T--------TT----GGTA-CA-G-GG-TC----CGG----GT---------GA-TT-GGT-GAAA-T----CTAA---TC---GAT-C-TTTTTG-G-----GT--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---TTTT--G-----T-C-----T----AA-TGA------TA-----------------------------A-A-AA---AA---TT-C--T-A----AAG---------------TT-TTCTTCTATTA---A-T----A---TTCTA-ATT-TC--AGAAC--CTGTC-CTTTT-G--TG-CTT-TTT----ATTA--TGTCAATGTA-TTT-A-T-T-AGCAAAA
gi|20691                      :   GGGC-T--GT-CGCTG----C-CC-T-T--------TA-T--TATA-CA-G-GG-TC----C-GTT--GTCCGTCCT-AGA-TT-GGG-AAAT-G----T--G---TC---GAT-C-TTTTTG-G-----TCTCA-AA--T-T-GG--------A--AA-T---TTTT--G-----T-T-----T----AAATGA------TAA-A-AT---------TATG--A--C----A-A-AA---AA---TC-A--A-A----AAG------------------TATTTTTATTG---T-T----A---GT----A---TC--AGAAC-AAAGTC-TTTTT-GATTG-C-T-TTT---AATTA--T-T-----TA-TTT-A-T-T-AGCAAAA
gi|20690                      :   GGGC-T--GTACGCTG----G-GC-T-T--------TG-TCAGGTA--A-G-GG-TC----CGGTT--GTGTATC-T-GGG-T----G-AAAA-T----T--A---TC---AAT-T-TATATG-GAGCGTTC--A-AC--TGT-TG----G---A--AA-C---TCTT--A-----TAT-----T----T--TGA------TAGTG-AT----AAAT-TATG--A--C----A-A-AA---TA---TG-A--A-C----AAG---------------TC-TA-TTTTATTT---GTT----A---GT----A-A-TC--A-AAC-ATAGTC-TTTTTAG--TGACTTATTTTCGACTTA--C-TCTCA-TA-TTT-A-TAT-AGCAAA
gi|20692                      :   GGGC-T--GT-CACTG----C-AT-T-T--------TT-T--GG-----------TC----CA----------TT-C-AAA-TT-GGG-AAAA-TAAC-T--A---CCGGTAAT-C-TTTATG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AG-T---TTTT--------T-TAA---T----A--TGA------T-----AT----A--TATATA--A--T----C-A-AA---AA---T-----G-A----AAG---------------TT-TCTTTTCATTCAAGG-G----AAATGT----ATT-TC--AAAAT-TCTGTC-TATTT-G--TG-CTT-T------ATTT--CAT-----TG-TTT-A-C-T-AG
gi|20693                      :    GGC-T--GT-CACTG----T-AC-T-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----CGG----GTCCATT-T-TGA-TT-GGGGAAAA-T----T--A---TC---GGG-T-ATTTTG-G------------G--T-T-TG----G---A--AA-T---TT---------------------------GG------AAG-A-AT----G--T-TTTGTTA--T----G-A-TA---AA---CT-A--A-A------G---------------CA-TGTGTTTATT-----------A---AT----ATTCTC--AAAAT--CTGTC-CTTTT-G--TG-CTT-Taaa
gi|20694                      :               GCTG----T-TA-T-T--------TTCT--GGTA-CA-A-GG-TC----CGG----GTTCATT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T----C--A---TCG--AAT-A-CTTATG-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---A--AGTT---TTTT--G-----T-A-----C----A--TG-------TAT-A-AT----G--T-TGTA--A--A----A-T-AA---AA---T
gi|20696                      :                           -T-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----TGG----GTCCTTT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TT---AAT-CTTTTTTT-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---C--AT-T---TTTT--T-----T-T-----T----gccaaaa
gi|20697                      :                           -T-T--------TT-T----CA-CAAG-GG-TC----CTGT---GGCTTTT-T-GAA-TT-GGG-AAAA-T----T--G---TC---AAT-A--TTTCA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-
gi|20695                      :                           -T-T--------TT-T--TACA--A-G-GG-TT----CTGT---GGCTTTC---AAA-TT-GGG-AAAAAT----T--G---TC---AAT-A-TTTC-A-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---AATAA-TCAGTTTT--A-----T-
gi|20698                      :                     ctacattt-T--------TT-T--GGTA-CA-G-GG-TC----CGG----GTCCATT-T-AGA-TT-GAA-TAAA-TTGCAT--A---TC---A---T-TTTTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----A---A--AA-T---TTTT--G-----G-T-----T----A--TGT------CAG-ATACA---A--T-TATG--T--T----A-A-AA---AA------G--A-A----AAA---------------CA-TATTTTTATcataaataagttttaaaatcatatcaaaaa
gi|20699                      :                             -T--------TT-T--GGTA-CA-G-G--TC----CA----------TT-T-ACA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TT---GAT-C-TCTTTG-G-----TC--A-GA--T-T-TG----G-------A-T---ATTT--A-----T-T-----T----T--T---------------T----A--T-TATG--A--T----A-A-AA---AT---TG-A--AGA----AAG---------------TT-TATTTTTATTC---A-A----A---GT----ATT-TC--AAA----------TTT---------CTT-TCT---GAGTC--A-T-----TG-TTT-A-T-T-AGC
gi|20700                      :                             -T--------TT-T--TACA-AA-G-GG-TC----CTGT---GGCT-TC-C-AAA-TT-GGG-AAAA-T----T--G---TC---GAT-A--TTTCA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----GA--A--AA-TTAGTTTT--A-----T-aaga
gi|20701                      :                                              GTA-CA-G-GG-TC----TGG----GTCCTTT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---TC---AAT-CTTTTTTT-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---C--AT-T---TTTT--T-----T-T-----TTATCA--TGG------TAC-A-------A--T-TAT-----------A-A-GA---AA---TT-A--A-A----AAG---------------TT-TA----TATC----------------T----ATT-TC--AATAC-TCTGTC-TCTTT-G--TG-C-T-TTT---AATTC--A-T-----TG-TTT-A-T-T-AACAAAcgtaaatgagtttcaaaatgatatcaaacag
gi|20702                      :                                                   A-G-GG--C----CGG----GCC-ATT-C-AAA-TT-GGG-AAAA-T----T--A---GC---AGC-A-TTTTGG-G-----TA--A-AA--T-T-GG----G---A--AA-T---
gi|20703                      :                                                                                                                                -----TC--A-AA--T-T-GG----GAAAA--AA-T---TTAT--A------------------A--CGA------TAC-A-------A--T-TAGG--A--CAA--A-A-AA---AA---TT-A--A-A----AAG---------------TT-TATTTTTATTC---A-A----A---GG----TTT-TC----AAC-ACCGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---AATTC--A-T-----TG-TTT-A-T-T-AGTAAAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                  111111111111111                 222222222222                                                                            1111111                                                            111111111                      
lowQualScore                  :       1 11  2  1   2222 22 1  111  1 11   1 2  22 0  22 0  2222  33 2222   4 3333   1  1   3    1 111 11   444444  1 66  111    4 22222  11 0  11 0 0  2222 111 11 11 33333 1    222222222222222 2 4444  333333  888888888888      7777777 3   333  77777777 11 1 2222   999999999999999999 0  2222      5555555 222  5555   1  22     333   4     1 22  1   1   222 3333   000000000     3 4 444 1   1    
lowQualScore                  :       . ..  .  .   .... .. .  ...  . ..   . .  .. .  .. .  ....  .. ....   . ....   .  .   .    . ... ..   ......  . ..  ...    . .....  .. .  .. . .  .... ... .. .. ..... .    ............... . ....  ......  ............      ....... .   ...  ........ .. . ....   .................. .  ....      ....... ...  ....   .  ..     ...   .     . ..  .   .   ... ....   .........     . . ... .   .    
lowQualScore                  :       2 66  4  1   4444 11 1  777  0 33   0 9  22 9  22 9  0000  11 0000   1 3333   0  0   8    0 777 33   999999  0 11  777    8 33333  33 9  33 9 9  0000 666 33 33 33333 0    999999999999999 2 6666  111111  333333333333      6666666 3   111  88888888 66 1 4444   555555555555555555 3  7777      4444444 555  5555   5  00     888   6     5 11  5   5   888 4444   444444444     2 8 444 6   7    
consensus                     : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----CA-C-TT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--G---AT-C--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAN-AAT----A--TTATGA--C----A-AAA---AA----T--CA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTATTC---G-NA---GT----ATT-TC--AGAACACNGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTA--NT----TGTTT-A-T---T-AGC-AAAA
Reference ( family-452 )      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----CN-C-TT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--G---AT-C--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAN-AAT----A--TTATGA--C----A-AAA---AA----T--CA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTATTC---G-NA---GT----ATT-TC--AGAACACNGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTA--NT----TGTTT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20660                      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----CC-C-TT---TT-T--GGC-A-CA--G-GG--T-CC----AG--G----TCTGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--A---AT-C--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTAT----T--T-----A-T----GA------TAG-AAT----A--TTATGA--C----A-AAA---AA----T--TA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTATTC---G-TA---GT----ATT-TC--AGAACACAGTC-TTTGT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTA--CT----TATTT-A-T---T-AGC-CAAA
gi|20661                      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----CC-C-TT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTG-T-AAA-TT-GGGGAAAA-T---T--ATC--A---AT-A--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAA-AAT--------TATGA--C----A-AAA---TA----T--GA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTATTT---G-TA---GT----ATA-TC--AGAACATAGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---G----ATTA--CT----TATTT-A-A---T-AGC-AAA
gi|20662                      : CAGGG--T--GT-CG-CTG----CC-C-TT---TT-T--GGT-AACA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTG-T-ATA-TC-GGGGAAAA-T---T--ATC--A---AT-A--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T---GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----AAT----GA------TA--AAT-------TTATGA--C----A-AAA---TA----T--GA--A-C----AAG---------------TC-TATT----TTTATTT---G-TA---GT----AAT-CC--AGAACATAGTCTTTTTT-G--TG--TT-TTT---G----ATTAC-CT----TATTTAA-T---T-AGC-AAA
gi|20663                      : CAGGG--T--GT-CG-CTG----CC-C-TT---TT-T--GGT-AACA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTG-T-ATA-TC-GGGGAAAA-T---T--ATC--A---AT-A--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T---GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----AAT----GA------TA--AAT-------TTATGA--C----A-AAA---TA----T--GA--A-C----AAG---------------TC-TATT----TTTATTT---G-TA---GT----AAT-CC--AGAACATAGTCTTTTTT-G--TG--TT-TTT---G----ATTAC-CT----TATTTAA-T---T-AGC-AAA
gi|20664                      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----CC-C-TT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--A----ACCGTC-T-GAA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--A---AT-C--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAC--AT-------TTATGA--C----A-AAA---AA----T--CA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTTTTC---A-AA---GT----ATT-TT--AGAACA--GTC-TATTT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTA--AT----TGTTT-A-TTTGT-AGT-AAAA
gi|20665                      : CAGAGC-T--GT-CG-CTG----CC-C-TT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CT----GG--G----ACTGTC-T-AAA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--G---AT-C--TT---TTTC-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTCT----T--T-----A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--C----A-AAAT--TA----T--CA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTATTT---G-TA---GA----TTT-TC--AGAGCACGGTC-TTATT-G--TG-TTT-TTT---A----ATTA--AT----TGTTT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20666                      : CAGTGT-T--GT-CG-TTG----CC-C-TT---TT-T--TGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCATC-C-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--C---AT-C--TT---TTGG-G-----TC--A-AA--T-T-GA----G------A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--CAAAAA-AAA---AA----T--CA--A-A----ATG---------------TC-TATT----TTTATTC---G-TA---GTATTAATT-TC--AGAACAACATC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTA--C------AATT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20667                      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----CC-C-TT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTT--G---AT-C--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--C----C-AAA---AA--------A--A-----------------------------------------------TA---GT----ATT-TC--AAAACACAGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTA---A----ATTA--CT----TATTT-A-T---T-AGC-CAAA
gi|20668                      : CAGGGC-T--GTTCG-CTG----CC-C-TTGGTTT-T--GGT---CA--G-GGG-T-CC----GG--G----TC-GTC-TTAGA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTT--G---ATGC--TT---TTTG-G-----TC--ACAA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--TA----A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--C----A-AAA------------CA--A-----------------------------------------------TA---GT----ATT-TCCAAAAACACAGTCTTTTTT-G--TG-C-T-TTA---A----ATTA--CTTA--TATTT-A-T---T-AGC-CAAA
gi|20669                      : CAGGGC-T--GT-CT-TTG----CC-C-TT---TT-T--GGT-A-TA--G-GG--T-CC----AG--G----TCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTC--G---AT-C--TT---TGTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--T----A-AAA---AA----T--TA--A-A----AAAC--------------TA-TATT----TTTATTC---A-TA---GT----A
gi|20670                      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----CA-C-CT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGT----ACA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTT--G---AT-CA-TT---TTTT-A-----TT--A-AA--C-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--C-----A-T----GAAACTTTTAA-AAT----A---------------A-AAA---AA----T--CA--A-A----GAC---------------TA-TATT----TATATTC---G-AA---AT----ATT-TC--AGAACACTGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTC---A----ACGA--AT----TGTTT-ATT---T-AGC-AAAA
gi|20671                      : CAGGGC-T--GT-CT-CTA----CC-C-TT---TT-A--GGT-A-CA--G-G---T-AC----GG--G----TC-ATC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATT--G---GT-C--TT---TTTA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTCT----T--T-----A-G----GA------TGC-A------A--TTATGATTC----A-AGT---AT----T--TA--A-A----AGT---------------CC-TGTT----TTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AGAACACTGTC-TTTTT-G--TC-CCT-TTT---A----TTCAATTT----TGTTT-ATT---T-AGC-AAAA
gi|20672                      : CAGGGC-T--GT-CT-CTA----CC-C-TT---TT-A--GGT-A-CA--G-G---T-AC----GG--G----TC-ATC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATT--G---GT-C--TT---TTTA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTCT----T--T-----A-G----GA------TGC-A------A--TTATGATTC----A-AGT---AT----T--TA--A-A----AGT---------------CC-TGTT----TTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AGAACACTGTC-TTTTT-G--TC-CCT-TTT---A----TTCAATTT----TGTTT-ATT---T-AGC-AAAA
gi|20673                      : CAGGGC-T--GT-CA-CTA----CG-C-TT---TT-T--GGT-G-CA--G-GG--T-CC----AG--G----TCCATT-T-TGA-TT-GGG--AAA-T---C--AGC--G---AT-C--TT---TTGG-G-----TC--A-AACTC-T-GA----A---A--A--A-----T-TCTTGT----T--T-----A-T----GA------TAT-A------A--TTACGA--T----A-AAA---CA----T--CATTT-A----AAG---------------TCTTATT----TTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AGAACACTGC--------------CTT-TTT---A----GTTC--AT----TATTT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20674                      : CAGGGC-T--GT-CA-CTG----CA-C-TT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CT----GG--G----TCCATT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---C--ATC--G---AT-C--TT---TTGG-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---A--A--AACAAAT-TTT----------------A-T----GA------TAC-AAT--------TATGA--T----A-AAA---AAAAATT--CA--A-A----AAT---------------TC-TTTT----TTTATT----------------------------ACACCGTC-TTTTT-G--TG-CTT-GTT---A----ATTC--AA----TGCC----T---T-AGC-AAAA
gi|20675                      : CAGGGC-T--GT-CA-CTG----AA-C-TT---TT-T--ACTTA-TT--T-AG--TACT----GG--G----TCCG------GA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--G---AT-C--TT---TTAG-G-----TC--A-----T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--TTAAATA-T----GA------TAC-AAT--------TATGA--T----A-ATC---AA----T--CA--A-A----AAG---------------TT-TATT----TTTATT---------------------TC--GGAACACTGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTC---A----ATTC--AT----TGTTT-A-T---T-AG
gi|20676                      : CAGGGC-T--GT-CA-CTG----CA-T-AT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--A-CC----GG--T----TCCTTT-T-AAA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATT--G---GG-T--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGG----T--T-----A-TGTCAGA------TAC-A------A--TTACAA--T----A-AAA---A--------CA--A-ATACTAAG---------------CA-GGTT----TTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AAAAT-TTGTC-CTTTT-G--TA-CTT-TTT---C----ATTC--AT----AGTTT-A-T---C-GGT-GAAA
gi|20677                      : CAGGGC-T--GT-CA-CTGTGCACA-C-TT---TT-T--AGT-A-CA--G-GG--T-CC----AG--G----TCCATT-T-TGA-TT-AGG-AAAA-T---T--ATCAGG---A-----TT---TTTG-G-----TT--A-AA--T-T-TG----G---A--A--A-----T-GTTTG----------------------------------------A--TTATAA--T----A-AAA---A--------CA--A-A----AGG---------------CA-TGTT----TTTATTC---A-AA---GT----ATC-TC--AAAA-----TC--TTTC-G--TG-CTT-T----------ATTC--TT----TGTTT-A-T---C-AAC-AAA
gi|20678                      : CAGGGC-T--GT-CA-CAG----CA---TG---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG------------T-T-AGG-TT-GGG-AAAG-A---T--ATC--A---AT-A--TT---TTTA-C-----TT--T-AA--T-T-GG----G---------A-----T-TTTTTTTAAAT--T-----A-T----GA------AAC-A------A--TTATGA-------A-AAA---AA----G--AA--A-A----AAGAAATAAAAATAAAATTT-TATTTTTATTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AAAAT-CTGAC-TTTTT-G--TA-CTT-TTT---A----ATTC--AT----TGTTC-A-T---TAAGCTAAAA
gi|20679                      : CAGGGA-TATGT-CA-CTG----CATC-TT---TT-T--GGT-AACA--GTGG--T-CT----GG--G----TCCATC-T-AGA-TTGGGG-GAAA-T---C--CGC--G---AT-C--TT---TTTG-G-----TC----AA--T-T-GGAAACA---A--A--A-----T-TTTT-----------------T----GA------TAC-AATAAAAA--TTA-GA--T----A-AAA---AAT---T--CA--A-A----AAG---------------TC-T-TT----T
gi|20680                      : CAGGGC-T--GT-CG-CAG----CA-T-AT---TT-T--GGG-A-CA--G-GG--A-CC----GG--G----TCCCTC-A-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--AGC--G----T-CA-TT---TTAA-A-----TC--A-AA--T-T-GT----G---A--A--A-----T-TTT
gi|20681                      : CAGGGC-T--GT-CA-CAG----CA-T-AT---TT-T--GGG-A-CA--G-GG--G-CC----GG--G----TCCCTT-G-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--AAC--G----T-C--AT---TTTGAA-----TC--A-AA--T-TGGG----G---A--A--A-----T-TTT
gi|20682                      : CAGGGC-T--GT-CA-CAG----CA-TATT---TT-T--GG--A-CA--G-GG--A-CC----AG--G----TCCCTT-G-AGA-TT-GGG--AAA-T---T--AGC------AT-C--AT---TTTGAA-----TC--A-AT--T-T-GG----G---A--A--A-----T-T----T----T--C-----A-C----GG------AAA-CAT----A--TTATAA--C----ATAGA---AA----T--GA--A-A----caaggaaataaaatta
gi|20683                      : CAGGGC-T--GT-CA-TAG----CA-C-AT---TT-T--GGG-A-CA--G-GG--A-CC----AG--G----TTCATT-G-AGA-TT-GGG--AAA-T---T--AGC--G----T-A--AT---TTTGAA-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTCA--------C-----A------GA------AAT-AA-----A--TTATAA--C----A-
gi|20684                      : CAGGGC-T--GT-CA-CAG----CA-T-AT---TT-T--GGG-A-CA--G-GG--A-CT----GG--GCAGGTCCCTT-G-AGA-TT-GGG-AAAA-T---A--AGC------AT-CA-TT---TTAA-A-----TC--A-AA--T-T-GG----T---A--A--A-----T-TTTCA--------------A-G----GA------AAT-AA-----A--TTATAA--C----ACCAATCTAA----T--T---A-A----AAT---------------TA-TATT----TTTGT
gi|20685                      : CAGGACAT--AT-CA-CAG----CA-T-AT---TT-T--GGA-A-CA--G-GG--A-CC----GG--G----TCCCTC-G-AGA-TT-AGG-AAAA-T---T--AAC--G----T-C--AT---TTTGAA-----TA--A-AG--T-T-GG----G---A--A----------TTTTA--------A-----A-A----GG------AAT-AA-----A--TTGTAA--C----ATAGA---AA----T--GA--A-A----------------------TT-T-TT----CTTAAT----A-AA---GT----ATC-TC--
gi|20686                      : CAGGGC-T--GT-CAACAA----CA-T-AT---TT-T--GGG-A-CA--G-AG--A-CT----AG--G----TCCCTT-G-AGAATT-TGG-AAAA-T---T--AGT--G----T-C--AT---TTTGAA-----TC--A-AA--T-T-AA----G---A--A--A-----T-TTT
gi|20687                      : CAGGGC-T--GT-CG-CAG----CA-C-TT---TT-T--GGG-A-CT--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTC-T-caaggaattagattataaca
gi|20688                      : CAGGGC-T--TT-AA-CAC----CA-T-GT---TT-T--GGG-A-CT--G-GG--G-CCAGCAGG--G----TCAATC---AAA-TT-GGG-AAAA-T---T--AGC------AG-C---T---TTGG-G-----GG--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-T-----------------------------------C-AAC----A--TTGGGA--A----A-AAA---TAGCT-T--TA--A-A----AAA---------------TT-TAGT----TTT
gi|20689                      :  AGGGC-T---T-CG-CTG----CA-C-TT---TT----GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----T---------GA-TT-GGT-GAAA-T---CTAATC--G---AT-C--TT---TTTG-G-----GT--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----C--TA----A-T----GA------TA-------------------------A-AAA---AA----T--TC--T-A----AAG---------------TT-TTCT----TCTATTA---A-TA---TTCTA-ATT-TC--AGAAC-CTGTC-CTTTT-G--TG-CTT-TTT---ATTATGTCA--ATG---TATTT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20690                      :   GGGC-T--GTACG-CTG----GG-C-TT---TG-TCAGGT-A--A--G-GG--T-CC----GGTTG----TGTATC-T-GGG-T----G-AAAA-T---T--ATC--A---AT-T--TA---TATG-GAGCGTTC--A-AC--TGT-TG----G---A--A--A-----C-TCTTATA---T--T-----T-T----GA------TAGTGAT----AAATTATGA--C----A-AAA---TA----T--GA--A-C----AAG---------------TC-TA-T----TTTATTT---GTTA---GT----A-A-TC--A-AACATAGTC-TTTTTAG--TGACTTATTTTCGA----CTTA--CTCTCATATTT-A-TA--T-AGC-AAA
gi|20691                      :   GGGC-T--GT-CG-CTG----CC-C-TT---TA-T--TAT-A-CA--G-GG--T-CC----GTT-G----TCCGTCCT-AGA-TT-GGG-AAAT-G---T--GTC--G---AT-C--TT---TTTG-G-----TCTCA-AA--T-T-GG--------A--A--A-----T-TTTTGT----T--TAA---A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--C----A-AAA---AA----T--CA--A-A----AAG------------------TATT----TTTATTG---T-TA---GT----A---TC--AGAACAAAGTC-TTTTT-GATTG-C-T-TTT---A----ATTA--TT----TATTT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20692                      :   GGGC-T--GT-CA-CTG----CA-T-TT---TT-T--GGT-------------------------------CCATT-C-AAA-TT-GGG-AAAA-TAACT--ACC--GGTAAT-C--TT---TATG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--G-----T-TTTT-T----TAAT-----A-T----GA------TAT--AT----A---TATAA--T----C-AAA---AA----T------G-A----AAG---------------TT-TCTT----TTCATTCAAGG-GAAATGT----ATT-TC--AAAATTCTGTC-TATTT-G--TG-C---TTT---A----TTTC--AT----TGTTT-A-C---T-AGA-AA
gi|20693                      :    GGC-T--GT-CA-CTG----TA-C-TT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCATT-T-TGA-TT-GGGGAAAA-T---T--ATC--GGGTAT-T--TTGGGTTTG-G---------A-AA--T-T-TG----G---A--AGAA-----TGTTTTGT----T--------A-T----GA------TAA-ACT----A-------------------------------------------AAG---------------CA-TGTG----TTTATT-------A---AT----ATTCTC--AAAAT-CTGTC-CTTTT-G--TG-CTT-T
gi|20694                      :               G-CTG----TT-A-TT---TTCT--GGT-A-CA--A-GG--T-CC----GG--G----TTCATT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---C--ATC--GA--AT-A--CT---TATG-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---A--A--GT----T-TTTTGT----A--C-----A-T----G-------TAT-AAT----G--TTGTAA--A----A-TAA---AA----TGCCA--A-A----A
gi|20695                      :                -CTA----CA-T-TT---TT-T--TTT-A-CA--A-GGGTT-CT----GT--G----GCTTTC---AAA-TT-GGG-AAAAAT---T--GTC--A---AT-A--TT---TC-A-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---AATA--A-----T-CAGT-T----T--T-----A-T----CA------TA--AAT----AAGTTTTAA--A----A-TCA---TA----T--CA--A-A----AA
gi|20696                      :                            -TT---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CT----GG--G----TCCTTT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATT--A---AT-CT-TT---TTTT-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---C--A--T-----T-TTTTTT----T--T-----
gi|20697                      :                            -TT---TT-T----C-A-CAA-G-GG--T-CC----TGT-G----GCTTTT-T-GAA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTC--A---AT-A---T---TTCA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----
gi|20698                      :                              T---TT-T--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCATT-T-AGA-TT-GAA-TAAA-T---T--GCA--T---AT-CATTT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----A---A--A--A-----T-TTTTGG----T--T-----A-TGTCAGA------TAC-A------A--TTATGT--T----A-AAA---AA--------G--A-A----AAA---------------CA-TATT----TTTAT
gi|20699                      :                              T---TT-T--GGT-A-CA--G-G--------------------TCCATT-T-ACA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATT--G---AT-C--TC---TTTG-G-----TC--A-GA--T-T-TG----G---A--T--A-----T-TTATTT----T--T--------------------------T----A--TTATGA--T----A-AAA---AT----T--GA--AGA----AAG---------------TT-TATT----TTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AAA---------TTT---------CTT-TCT---G----AGTC--AT----TGTTT-A-T---T-AGC-AAGA
gi|20700                      :                              T---TT-T----T-A-CAAAG-GG--T-CC----TG--T----GGCTTC-C-AAA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTC--G---AT-A---T---TTCA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----A-TTAGTT----T--T-----A-T----CG------TAA-A
gi|20701                      :                                         GT-A-CA--G-GG--T-CT----GG--G----TCCTTT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--A---AT-CT-TT---TTTT-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---C--A--T-----T-TTTTTT----T--TTATC-A-T----GG------TAC-A------A--TTAT---------A-AGA---AA----T--TA--A-A----AAG---------------TT-TA--------TATC------------T----ATT-TC--AATACTCTGTC-TCTTT-G--TG-C-T-TTT---A----ATTC--AT----TGTTT-A-T---T-AAC-AAAtgagtttcaaaatgatatcaaacag
gi|20702                      :                                               A--G-GG----CC----GG--G-----CCATT-C-AAA-TT-GGG-AAAA-T---T--AGC--A---GC-A--TT---TTGG-G-----TA--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-
gi|20703                      :                                                                                                                                   -----TC--A-AA--T-T-GG----GAAAA--A--A-----T-TTATA--------------A-C----GA------TAC-A------A--TTAGGA--CAA--A-AAA---AA----T--TA--A-A----AAG---------------TT-TATT----TTTATTC---A-AA---GG----TTT-TC----AACACCGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTC--AT----TGTTT-A-T---T-AGT-AAAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                  111111111111111                 222222222222                                                                            1111111                                                            111111111                      
lowQualScore                  :       1 11  2  1   2222 222 1  111   11   1 2  22 0  22 0  2222  33 2222   4 3333   1  1   3    1 111 11   444444  1 66  111    4 22222  11 0  11 0 0  2222 111 11 11 33333 1    222222222222222 2 4444  333333  888888888888      7777777 3   333  77777777 11 1 2222   999999999999999999 0  2222      5555555 222  5555   1  22     333   4     1 22  1   1   222 3333   000000000     3 4 444 1   1    
lowQualScore                  :       . ..  .  .   .... ... .  ...   ..   . .  .. .  .. .  ....  .. ....   . ....   .  .   .    . ... ..   ......  . ..  ...    . .....  .. .  .. . .  .... ... .. .. ..... .    ............... . ....  ......  ............      ....... .   ...  ........ .. . ....   .................. .  ....      ....... ...  ....   .  ..     ...   .     . ..  .   .   ... ....   .........     . . ... .   .    
lowQualScore                  :       2 66  4  1   4444 777 1  777   33   0 9  22 9  22 9  0000  11 0000   1 3333   0  0   8    0 777 33   999999  0 11  777    8 33333  33 9  33 9 9  0000 666 33 33 33333 0    999999999999999 2 6666  111111  333333333333      6666666 3   111  88888888 66 1 4444   555555555555555555 3  7777      4444444 555  5555   5  00     888   6     5 11  5   5   888 4444   444444444     2 8 444 6   7    
consensus                     : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----C-A-C-TT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--G---AT-C--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAN-AAT----A--TTATGA--C----A-AAA---AA----T--CA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTATTC---G-NA---GT----ATT-TC--AGAACACNGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTA--NT----TGTTT-A-T---T-AGC-AAAA
Reference ( family-452 )      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----C-A-C-TT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--G---AT-C--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAN-AAT----A--TTATGA--C----A-AAA---AA----T--CA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTATTC---G-NA---GT----ATT-TC--AGAACACNGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTA--NT----TGTTT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20660                      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----C-C-C-TT---TTT--GGC-A-CA--G-GG--T-CC----AG--G----TCTGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--A---AT-C--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTAT----T--T-----A-T----GA------TAG-AAT----A--TTATGA--C----A-AAA---AA----T--TA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTATTC---G-TA---GT----ATT-TC--AGAACACAGTC-TTTGT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTA--CT----TATTT-A-T---T-AGC-CAAA
gi|20661                      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----C-C-C-TT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTG-T-AAA-TT-GGGGAAAA-T---T--ATC--A---AT-A--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAA-AAT--------TATGA--C----A-AAA---TA----T--GA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTATTT---G-TA---GT----ATA-TC--AGAACATAGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---G----ATTA--CT----TATTT-A-A---T-AGC-AAA
gi|20662                      : CAGGG--T--GT-CG-CTG----C-C-C-TT---TTT--GGT-AACA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTG-T-ATA-TC-GGGGAAAA-T---T--ATC--A---AT-A--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T---GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----AAT----GA------TA--AAT-------TTATGA--C----A-AAA---TA----T--GA--A-C----AAG---------------TC-TATT----TTTATTT---G-TA---GT----AAT-CC--AGAACATAGTCTTTTTT-G--TG--TT-TTT---G----ATTAC-CT----TATTTAA-T---T-AGC-AAA
gi|20663                      : CAGGG--T--GT-CG-CTG----C-C-C-TT---TTT--GGT-AACA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTG-T-ATA-TC-GGGGAAAA-T---T--ATC--A---AT-A--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T---GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----AAT----GA------TA--AAT-------TTATGA--C----A-AAA---TA----T--GA--A-C----AAG---------------TC-TATT----TTTATTT---G-TA---GT----AAT-CC--AGAACATAGTCTTTTTT-G--TG--TT-TTT---G----ATTAC-CT----TATTTAA-T---T-AGC-AAA
gi|20664                      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----C-C-C-TT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--A----ACCGTC-T-GAA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--A---AT-C--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAC--AT-------TTATGA--C----A-AAA---AA----T--CA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTTTTC---A-AA---GT----ATT-TT--AGAACA--GTC-TATTT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTA--AT----TGTTT-A-TTTGT-AGT-AAAA
gi|20665                      : CAGAGC-T--GT-CG-CTG----C-C-C-TT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CT----GG--G----ACTGTC-T-AAA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--G---AT-C--TT---TTTC-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTCT----T--T-----A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--C----A-AAAT--TA----T--CA--A-A----AAG---------------TC-TATT----TTTATTT---G-TA---GA----TTT-TC--AGAGCACGGTC-TTATT-G--TG-TTT-TTT---A----ATTA--AT----TGTTT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20666                      : CAGTGT-T--GT-CG-TTG----C-C-C-TT---TTT--TGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCATC-C-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--C---AT-C--TT---TTGG-G-----TC--A-AA--T-T-GA----G------A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--CAAAAA-AAA---AA----T--CA--A-A----ATG---------------TC-TATT----TTTATTC---G-TA---GTATTAATT-TC--AGAACAACATC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTA--C------AATT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20667                      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----C-C-C-TT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTT--G---AT-C--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--C----C-AAA---AA--------A--A-----------------------------------------------TA---GT----ATT-TC--AAAACACAGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTA---A----ATTA--CT----TATTT-A-T---T-AGC-CAAA
gi|20668                      : CAGGGC-T--GTTCG-CTG----C-C-C-TTGGTTTT--GGT---CA--G-GGG-T-CC----GG--G----TC-GTC-TTAGA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTT--G---ATGC--TT---TTTG-G-----TC--ACAA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--TA----A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--C----A-AAA------------CA--A-----------------------------------------------TA---GT----ATT-TCCAAAAACACAGTCTTTTTT-G--TG-C-T-TTA---A----ATTA--CTTA--TATTT-A-T---T-AGC-CAAA
gi|20669                      : CAGGGC-T--GT-CT-TTG----C-C-C-TT---TTT--GGT-A-TA--G-GG--T-CC----AG--G----TCCGTC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTC--G---AT-C--TT---TGTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--T-----A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--T----A-AAA---AA----T--TA--A-A----AAAC--------------TA-TATT----TTTATTC---A-TA---GT----A
gi|20670                      : CAGGGC-T--GT-CG-CTG----C-A-C-CT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGT----ACA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTT--G---AT-CA-TT---TTTT-A-----TT--A-AA--C-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--C-----A-T----GAAACTTTTAA-AAT----A---------------A-AAA---AA----T--CA--A-A----GAC---------------TA-TATT----TATATTC---G-AA---AT----ATT-TC--AGAACACTGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTC---A----ACGA--AT----TGTTT-ATT---T-AGC-AAAA
gi|20671                      : CAGGGC-T--GT-CT-CTA----C-C-C-TT---TTA--GGT-A-CA--G-G---T-AC----GG--G----TC-ATC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATT--G---GT-C--TT---TTTA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTCT----T--T-----A-G----GA------TGC-A------A--TTATGATTC----A-AGT---AT----T--TA--A-A----AGT---------------CC-TGTT----TTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AGAACACTGTC-TTTTT-G--TC-CCT-TTT---A----TTCAATTT----TGTTT-ATT---T-AGC-AAAA
gi|20672                      : CAGGGC-T--GT-CT-CTA----C-C-C-TT---TTA--GGT-A-CA--G-G---T-AC----GG--G----TC-ATC-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATT--G---GT-C--TT---TTTA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTCT----T--T-----A-G----GA------TGC-A------A--TTATGATTC----A-AGT---AT----T--TA--A-A----AGT---------------CC-TGTT----TTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AGAACACTGTC-TTTTT-G--TC-CCT-TTT---A----TTCAATTT----TGTTT-ATT---T-AGC-AAAA
gi|20673                      : CAGGGC-T--GT-CA-CTA----C-G-C-TT---TTT--GGT-G-CA--G-GG--T-CC----AG--G----TCCATT-T-TGA-TT-GGG--AAA-T---C--AGC--G---AT-C--TT---TTGG-G-----TC--A-AACTC-T-GA----A---A--A--A-----T-TCTTGT----T--T-----A-T----GA------TAT-A------A--TTACGA--T----A-AAA---CA----T--CATTT-A----AAG---------------TCTTATT----TTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AGAACACTGC--------------CTT-TTT---A----GTTC--AT----TATTT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20674                      : CAGGGC-T--GT-CA-CTG----C-A-C-TT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CT----GG--G----TCCATT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---C--ATC--G---AT-C--TT---TTGG-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---A--A--AACAAAT-TTT----------------A-T----GA------TAC-AAT--------TATGA--T----A-AAA---AAAAATT--CA--A-A----AAT---------------TC-TTTT----TTTATT----------------------------ACACCGTC-TTTTT-G--TG-CTT-GTT---A----ATTC--AA----TGCC----T---T-AGC-AAAA
gi|20675                      : CAGGGC-T--GT-CA-CTG----A-A-C-TT---TTT--ACTTA-TT--T-AG--TACT----GG--G----TCCG------GA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--G---AT-C--TT---TTAG-G-----TC--A-----T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----T--TTAAATA-T----GA------TAC-AAT--------TATGA--T----A-ATC---AA----T--CA--A-A----AAG---------------TT-TATT----TTTATT---------------------TC--GGAACACTGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTC---A----ATTC--AT----TGTTT-A-T---T-AG
gi|20676                      : CAGGGC-T--GT-CA-CTG----C-A-T-AT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--A-CC----GG--T----TCCTTT-T-AAA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATT--G---GG-T--TT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGG----T--T-----A-TGTCAGA------TAC-A------A--TTACAA--T----A-AAA---A--------CA--A-ATACTAAG---------------CA-GGTT----TTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AAAAT-TTGTC-CTTTT-G--TA-CTT-TTT---C----ATTC--AT----AGTTT-A-T---C-GGT-GAAA
gi|20677                      : CAGGGC-T--GT-CA-CTGTGCAC-A-C-TT---TTT--AGT-A-CA--G-GG--T-CC----AG--G----TCCATT-T-TGA-TT-AGG-AAAA-T---T--ATCAGG---A-----TT---TTTG-G-----TT--A-AA--T-T-TG----G---A--A--A-----T-GTTTG----------------------------------------A--TTATAA--T----A-AAA---A--------CA--A-A----AGG---------------CA-TGTT----TTTATTC---A-AA---GT----ATC-TC--AAAA-----TC--TTTC-G--TG-CTT-T----------ATTC--TT----TGTTT-A-T---C-AAC-AAA
gi|20678                      : CAGGGC-T--GT-CA-CAG----C-A---TG---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG------------T-T-AGG-TT-GGG-AAAG-A---T--ATC--A---AT-A--TT---TTTA-C-----TT--T-AA--T-T-GG----G---------A-----T-TTTTTTTAAAT--T-----A-T----GA------AAC-A------A--TTATGA-------A-AAA---AA----G--AA--A-A----AAGAAATAAAAATAAAATTT-TATTTTTATTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AAAAT-CTGAC-TTTTT-G--TA-CTT-TTT---A----ATTC--AT----TGTTC-A-T---TAAGCTAAAA
gi|20679                      : CAGGGA-TATGT-CA-CTG----C-ATC-TT---TTT--GGT-AACA--GTGG--T-CT----GG--G----TCCATC-T-AGA-TTGGGG-GAAA-T---C--CGC--G---AT-C--TT---TTTG-G-----TC----AA--T-T-GGAAACA---A--A--A-----T-TTTT-----------------T----GA------TAC-AATAAAAA--TTA-GA--T----A-AAA---AAT---T--CA--A-A----AAG---------------TC-T-TT----T
gi|20680                      : CAGGGC-T--GT-CG-CAG----C-A-T-AT---TTT--GGG-A-CA--G-GG--A-CC----GG--G----TCCCTC-A-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--AGC--G----T-CA-TT---TTAA-A-----TC--A-AA--T-T-GT----G---A--A--A-----T-TTT
gi|20681                      : CAGGGC-T--GT-CA-CAG----C-A-T-AT---TTT--GGG-A-CA--G-GG--G-CC----GG--G----TCCCTT-G-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--AAC--G----T-C--AT---TTTGAA-----TC--A-AA--T-TGGG----G---A--A--A-----T-TTT
gi|20682                      : CAGGGC-T--GT-CA-CAG----C-A-TATT---TTT--GG--A-CA--G-GG--A-CC----AG--G----TCCCTT-G-AGA-TT-GGG--AAA-T---T--AGC------AT-C--AT---TTTGAA-----TC--A-AT--T-T-GG----G---A--A--A-----T-T----T----T--C-----A-C----GG------AAA-CAT----A--TTATAA--C----ATAGA---AA----T--GA--A-A----caaggaaataaaatta
gi|20683                      : CAGGGC-T--GT-CA-TAG----C-A-C-AT---TTT--GGG-A-CA--G-GG--A-CC----AG--G----TTCATT-G-AGA-TT-GGG--AAA-T---T--AGC--G----T-A--AT---TTTGAA-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTCA--------C-----A------GA------AAT-AA-----A--TTATAA--C----A-
gi|20684                      : CAGGGC-T--GT-CA-CAG----C-A-T-AT---TTT--GGG-A-CA--G-GG--A-CT----GG--GCAGGTCCCTT-G-AGA-TT-GGG-AAAA-T---A--AGC------AT-CA-TT---TTAA-A-----TC--A-AA--T-T-GG----T---A--A--A-----T-TTTCA--------------A-G----GA------AAT-AA-----A--TTATAA--C----ACCAATCTAA----T--T---A-A----AAT---------------TA-TATT----TTTGT
gi|20685                      : CAGGACAT--AT-CA-CAG----C-A-T-AT---TTT--GGA-A-CA--G-GG--A-CC----GG--G----TCCCTC-G-AGA-TT-AGG-AAAA-T---T--AAC--G----T-C--AT---TTTGAA-----TA--A-AG--T-T-GG----G---A--A----------TTTTA--------A-----A-A----GG------AAT-AA-----A--TTGTAA--C----ATAGA---AA----T--GA--A-A----------------------TT-T-TT----CTTAAT----A-AA---GT----ATC-TC--
gi|20686                      : CAGGGC-T--GT-CAACAA----C-A-T-AT---TTT--GGG-A-CA--G-AG--A-CT----AG--G----TCCCTT-G-AGAATT-TGG-AAAA-T---T--AGT--G----T-C--AT---TTTGAA-----TC--A-AA--T-T-AA----G---A--A--A-----T-TTT
gi|20687                      : CAGGGC-T--GT-CG-CAG----C-A-C-TT---TTT--GGG-A-CT--G-GG--T-CC----GG--G----TCCGTC-T-caaggaattagattataaca
gi|20688                      : CAGGGC-T--TT-AA-CAC----C-A-T-GT---TTT--GGG-A-CT--G-GG--G-CCAGCAGG--G----TCAATC---AAA-TT-GGG-AAAA-T---T--AGC------AG-C---T---TTGG-G-----GG--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-T-----------------------------------C-AAC----A--TTGGGA--A----A-AAA---TAGCT-T--TA--A-A----AAA---------------TT-TAGT----TTT
gi|20689                      :  AGGGC-T---T-CG-CTG----C-A-C-TT---TT---GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----T---------GA-TT-GGT-GAAA-T---CTAATC--G---AT-C--TT---TTTG-G-----GT--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-TTTTGT----C--TA----A-T----GA------TA-------------------------A-AAA---AA----T--TC--T-A----AAG---------------TT-TTCT----TCTATTA---A-TA---TTCTA-ATT-TC--AGAAC-CTGTC-CTTTT-G--TG-CTT-TTT---ATTATGTCA--ATG---TATTT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20690                      :   GGGC-T--GTACG-CTG----G-G-C-TT---TGTCAGGT-A--A--G-GG--T-CC----GGTTG----TGTATC-T-GGG-T----G-AAAA-T---T--ATC--A---AT-T--TA---TATG-GAGCGTTC--A-AC--TGT-TG----G---A--A--A-----C-TCTTATA---T--T-----T-T----GA------TAGTGAT----AAATTATGA--C----A-AAA---TA----T--GA--A-C----AAG---------------TC-TA-T----TTTATTT---GTTA---GT----A-A-TC--A-AACATAGTC-TTTTTAG--TGACTTATTTTCGA----CTTA--CTCTCATATTT-A-TA--T-AGC-AAA
gi|20691                      :   GGGC-T--GT-CG-CTG----C-C-C-TT---TAT--TAT-A-CA--G-GG--T-CC----GTT-G----TCCGTCCT-AGA-TT-GGG-AAAT-G---T--GTC--G---AT-C--TT---TTTG-G-----TCTCA-AA--T-T-GG--------A--A--A-----T-TTTTGT----T--TAA---A-T----GA------TAA-A------A--TTATGA--C----A-AAA---AA----T--CA--A-A----AAG------------------TATT----TTTATTG---T-TA---GT----A---TC--AGAACAAAGTC-TTTTT-GATTG-C-T-TTT---A----ATTA--TT----TATTT-A-T---T-AGC-AAAA
gi|20692                      :   GGGC-T--GT-CA-CTG----C-A-T-TT---TTT--GGT-------------------------------CCATT-C-AAA-TT-GGG-AAAA-TAACT--ACC--GGTAAT-C--TT---TATG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--G-----T-TTTT-T----TAAT-----A-T----GA------TAT--AT----A---TATAA--T----C-AAA---AA----T------G-A----AAG---------------TT-TCTT----TTCATTCAAGG-GAAATGT----ATT-TC--AAAATTCTGTC-TATTT-G--TG-C---TTT---A----TTTC--AT----TGTTT-A-C---T-AGA-AA
gi|20693                      :    GGC-T--GT-CA-CTG----T-A-C-TT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCATT-T-TGA-TT-GGGGAAAA-T---T--ATC--GGGTAT-T--TTGGGTTTG-G---------A-AA--T-T-TG----G---A--AGAA-----TGTTTTGT----T--------A-T----GA------TAA-ACT----A-------------------------------------------AAG---------------CA-TGTG----TTTATT-------A---AT----ATTCTC--AAAAT-CTGTC-CTTTT-G--TG-CTT-T
gi|20694                      :               G-CTG----TTA-T-TT---TCT--GGT-A-CA--A-GG--T-CC----GG--G----TTCATT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---C--ATC--GA--AT-A--CT---TATG-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---A--A--GT----T-TTTTGT----A--C-----A-T----G-------TAT-AAT----G--TTGTAA--A----A-TAA---AA----TGCCA--A-A----A
gi|20695                      :                -CTA----C-A-T-TT---TTT--TTT-A-CA--A-GGGTT-CT----GT--G----GCTTTC---AAA-TT-GGG-AAAAAT---T--GTC--A---AT-A--TT---TC-A-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---AATA--A-----T-CAGT-T----T--T-----A-T----CA------TA--AAT----AAGTTTTAA--A----A-TCA---TA----T--CA--A-A----AA
gi|20696                      :                             -TT---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CT----GG--G----TCCTTT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATT--A---AT-CT-TT---TTTT-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---C--A--T-----T-TTTTTT----T--T-----
gi|20697                      :                             -TT---TTT----C-A-CAA-G-GG--T-CC----TGT-G----GCTTTT-T-GAA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTC--A---AT-A---T---TTCA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----
gi|20698                      :                               T---TTT--GGT-A-CA--G-GG--T-CC----GG--G----TCCATT-T-AGA-TT-GAA-TAAA-T---T--GCA--T---AT-CATTT---TTTG-G-----TC--A-AA--T-T-GG----A---A--A--A-----T-TTTTGG----T--T-----A-TGTCAGA------TAC-A------A--TTATGT--T----A-AAA---AA--------G--A-A----AAA---------------CA-TATT----TTTAT
gi|20699                      :                               T---TTT--GGT-A-CA--G-G--------------------TCCATT-T-ACA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATT--G---AT-C--TC---TTTG-G-----TC--A-GA--T-T-TG----G---A--T--A-----T-TTATTT----T--T--------------------------T----A--TTATGA--T----A-AAA---AT----T--GA--AGA----AAG---------------TT-TATT----TTTATTC---A-AA---GT----ATT-TC--AAA---------TTT---------CTT-TCT---G----AGTC--AT----TGTTT-A-T---T-AGC-AAGA
gi|20700                      :                               T---TTT----T-A-CAAAG-GG--T-CC----TG--T----GGCTTC-C-AAA-TT-GGG-AAAA-T---T--GTC--G---AT-A---T---TTCA-G-----TC--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----A-TTAGTT----T--T-----A-T----CG------TAA-A
gi|20701                      :                                         GT-A-CA--G-GG--T-CT----GG--G----TCCTTT-T-AGA-TT-GGG-AAAA-T---T--ATC--A---AT-CT-TT---TTTT-G-----TG--A-AA--T-T-GG----G---C--A--T-----T-TTTTTT----T--TTATC-A-T----GG------TAC-A------A--TTAT---------A-AGA---AA----T--TA--A-A----AAG---------------TT-TA--------TATC------------T----ATT-TC--AATACTCTGTC-TCTTT-G--TG-C-T-TTT---A----ATTC--AT----TGTTT-A-T---T-AAC-AAAtgagtttcaaaatgatatcaaacag
gi|20702                      :                                               A--G-GG----CC----GG--G-----CCATT-C-AAA-TT-GGG-AAAA-T---T--AGC--A---GC-A--TT---TTGG-G-----TA--A-AA--T-T-GG----G---A--A--A-----T-
gi|20703                      :                                                                                                                                   -----TC--A-AA--T-T-GG----GAAAA--A--A-----T-TTATA--------------A-C----GA------TAC-A------A--TTAGGA--CAA--A-AAA---AA----T--TA--A-A----AAG---------------TT-TATT----TTTATTC---A-AA---GG----TTT-TC----AACACCGTC-TTTTT-G--TG-CTT-TTT---A----ATTC--AT----TGTTT-A-T---T-AGT-AAAA