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lowQualScore                  :        ...     .    .... .........    ....  . ..        .  . . .  . .... .....   ....  .. .. .  . . .............................  ..   . . ...  .. ... ........... . ...  ......  ..  .. .. . .. .  ...... ... .. .. . .... . . . .. .  . .. . .. . . .. ...  . ..........  . .. .. . .   .. .. . .   . . ..  . ........ ..... . .... .......... .......... ... .... .  .... .......   .... . . . . .  .................................. ....  ... . .. .. . . .  . ....  .. . . .     
lowQualScore                  :        444     5    3333 444444444    1111  4 22        1  1 1 0  0 0000 22222   4444  00 33 6  8 6 22222222222222222222222222222  88   3 3 000  77 222 11111111111 2 444  111111  22  00 44 2 22 2  111111 999 77 77 2 1111 2 5 2 77 2  5 77 2 77 2 5 99 333  2 8888888888  4 33 66 0 0   55 22 0 0   9 9 22  9 33333333 55555 9 9999 0000000000 6666666666 888 1111 9  2222 0000000   7777 9 0 0 0 0  2222222222222222222222222222222222 2222  888 1 00 00 1 1 2  1 7777  55 1 1 1     
consensus                     : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----AAA---TGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----G-A-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-T---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
Reference ( gi|98186 )        : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----AAA---TGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----G-A-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-C---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AC-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98184                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------CCACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA--T--G-AT-CAAT----------AT--------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GA--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----G-A-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-C---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----C----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98185                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA--T--G-AT-CAA------------TA-------TT-C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--TT--A----G--T-TT------G---G--T--G-C----G-A-G-T--G--C-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-C---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98187                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-AC-A----AA-A--CTCGCAAA-TG-T-T-GAGG----G-----AAA---TGA--T--G-AT-C-A-----------ATA-------T--T----CC--GAA-C-A---TA--A---T-----TA----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----C-G-A-T--G-GC-A--T-A--C-A----G---TA-A----T-C---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C--G----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98188                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----CA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GACG----G-----AAA---TGA--T--A-AT-TAAT----------AT--------T--C----CG--AAA-T-A---TG--A---T-----T-----A-GGATGA------AA--GT--A--ATG--T-TTG-----G---G--T--G-C----G-A-GTT--G-GC-A--TAA--C-ATT--G---TA-A----T-C---CT-C--GA-T-T-CAAATT--A-T-CCGTC-AGTCG-T--------A-----T-AGCTTT----------G----------C---AATACC-TT----T-------TTA----A-A-T-A-G-CA----------------AG----------------T----TC---T-ATAC--T-G-T-AA-T----AATGA-CAC-TCCAT
gi|98189                      : ATACAGGAGGTTGTGATGTC----C-------C-ACAA----GA-AAGCTCCGGAA--G-TGT-GA-G----GCGAA-AGA---TGA--TT-G-AT-CAA-----------GTA-------TT-C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----A-----A-AT--AA------GA--GTG-A--A-G--T-TT------G---G--T--G-CC---G-A-G-T--G-GC-A--T-A--C-ACT--G---TA--------T---CT-G--G--T-T-CAAGAT--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-------T-------TCT----A-A-T-A-G-C-----------------A-----------------T----TG---AGAT-C--T-G-T--A-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98190                      :    CAAG---TTGTG-TAT-----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA--T--G-AC-TCA-----------ATA-------T--TT---CG--A---C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------CA--GT--A--A-G--T-TT------G------T--G-C----G-A-G-T--G--C-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----G-C---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CA-T--------AAT---C-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTTA---A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-TAAA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98191                      :     AAG---TTGTG-TATT----C-------A-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----GAA-----A--T--G-AT--AA-----------ATA-------TT-C----CA--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----T-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----G-A-G-T--G-GC-G--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-T---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CA-C--------A-----TAA----T----------A----------A---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-GTT-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98193                      :     AAG---TTGTG-TATT----C-------A-ACAA----AA-C--GTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---AGA--T--T-AT-CAA------------TA-------T--CT---CG--AAA-C-A---GG--A---T-----T-----C-A---AA------AG--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----G-A-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-T---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TGGGGTT-------TTT----ATA-T-A-G-CAAAAATACCGATCGGACA-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-GCCAT
gi|98192                      :     AAG---TTGTG-TATT----C-------A-ACAA----AAAA--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----GAATATTGA--T--GAAT-CAAT----------AT--------T--C----CGTCAAA-C-A---TG--A---T-----TTTA--A-A---AA------AA--GT--T--A-GT-T-TT------T---G--T--G-C----G-A-G-T--G-GCTA--A-A--C-A-T--G---TA-AT---T-T---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG----------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-T-----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T---------A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98194                      :     AAG---TTGTG-TATT----C-------A-ACAA----AA-A--ATCCGGAA-CG-T-T-GA-GA---G-----AAA---TGA--T--G-AT-C-A-----------ATA-------T--T----CG--AAA-C-AG--TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-T----G-A-G-T--G-GC-A--T-A--C---T--A---TA-ATAATT-T---CT-C--GATT-T-CAA--T--ATT-CCG-C-AC-CG-TTTTATTG-A-----T-T----T----------T----------CTTAA----CGTGA---T-------TTT----G-A-T-A-G--A----------------A-----------------T----TC---A-A--T--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-ACCAT
gi|98195                      :     AAG---TTGTG-TATT----C-------A-ATAA----AA------CCGAAT-CG-T-T-GA-G----GCCGAAAAA---TGA--T--G-AT-C-A-----------ATA-------T--C----CGA-AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA---T--A--C-GT-T-TT------G---A--T--G-C----G-A-G-T--G-GC-A--T-ACCC-A-T--G---TA-A----T-T---CT-C--G--T-T-CAAT-T--A-TCCCG-C-C--CG-G--------A-----T-A---------------GACT-------C---C----C-CG----T-------TTTTTTAA-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-TAAA-T----AA--A-C-C-TCCA
gi|98196                      :     AGG---TTGTG-TATTGGGGCAGGAGGGC-A-AA----AA-A--CTCCGGAAACG-T-T-GA-G----G-----GAAAGATGAGGT--G-AT-CAA------------TA-------TT-C----CG--AAA-C-AGGGTGGGA---T-----T-----A-A---AAA-----AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--TGGG-C----G-A-G-T--G-GC-A--T-AGGC-A-T--G---TA-A----T-TGGGTT-CGGG--T-C-AAA--TA-A-T-CCA-C-A--CG-T--------AGAATGT-A----TCAATGGCGGAG----------C---G------TG----T-------TTTA---A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------TGGGGTCGGGA-AT-C--T-G-T-AAGTGAGAGA--A-C-C-TCCAT
gi|98197                      :     AAG---TTGTG-T--T----T-------C-ACAAGAA-AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-GCATGG-----AAA---AGACTT--A-TT-CAATTATCCTGTCCATA-------T--C----CG--AAC-A-A---TG--A---T-----TT----A-A---GA------AA--GT--ATGA-G--T-TG------G---G--T--G-CTCAAA-ACG-T--GCGC-AACT-A--C-A-T--G---TA-AA---T-T---CT-CA-G--T-T-CA---T--A-T-C-G-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---AC---C-TG----T-------TTTTTA-A-A-T-A-
gi|98198                      :             GTG-TATT----C-------A-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CA-T-T-GA-G----GA----AAA---AGA--T--A-AT-CAAT----------AT--------T--C----CG--AAA-T-A---TG--A---T-----T-----G-A---AAAATAAGAA--AT--A--A-G--T-TT------T---G--T--G-C----G-A-A-T--G-GC-A--T------A-T--G---CATA----T-T---TT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-TCG------TG-TA-------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTTAA--A-A-T-A-G-CA----------------AAATTTACCGATTGGACGT----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T-----G--A-C-C-TCCAT
gi|98199                      :             GTG-TATT--------------ACAAGATAAA-A--CTCCGGA---G-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA-----A-ATGCGA-----------ATA-------T--TACGACG--AAA-C-A---TG--A---TACATAT-----ATA---GA------AA--TT--A--A-GATT-TT------G---GAGT--G-C----G-ATG-T--G-AC-A--A-AA-C-A-T--G---TG-A----TTC---CT-C--G--T-T-CAA--TT-A-T-CCG-C-A--AG-T--------A-----T-A----TT---------G----------CT--A----C-TG----T-------TTG----A-A-T-A-A-CA----------------A-----------------T----TC---A-A--T--T-G-T-AA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98200                      :              TG-TACT----C-------C-ACAA----GA-A--CTCCGGAA-CG-T-TTGA-G----G-----GA----TGA--TTTG-AT-CCA-----------ATA-------T--T----CG--AAA-CGA---TG--A---T-----------A-A---AA------AA--CG--A--A-G--T-TT------GCC-G--T--GGC----G-A-G-T--A--C-A--T-A--CCA-TC-G---TA-A----TTC---CT-CT-G--T-TTCAA--TTAA-A-CCGTC-A--TG-TCCCATGAGA-----T-T----T----------G----------C---T----C-TG----T-------T------A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C--CCAT
gi|98201                      :                                  -ATAA----AA-A--CTCC-GAA-CGTT-T-GA-G----G-----GAA---TGT--T--G-AG-CAAT----------AT--------T--C----CG--AAAGC-A---TG--A---TC----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-AGTT-TT------G---G--T--G------G-A-G-G--A-GC-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----C-C---CTGC--G--TAT-C-A--T--A-T-CCG-C----CG-T--------A-----T------T----------G----------C---AG---C-TG----T-------TTT----A-A-A-A----A----------------A-----------------T----TC---A-AT-C----G-T-AA-T-----A--A-T-C-TCCAT
gi|98202                      :                                                       AA-CT-T-T-GAAG----G-----AAA---AGA--T--G-AT-CAA------------TAG------T--C----CA--AAA-T-G---TG------------------------------------------------T-TT------G---G--T--G-C----G-A-A-T--G-AC-A--T-A----------------A----T-T---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-TCG-T-----G-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------
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gi|98206                      :                                                                                       A--T--G-AT-CAATATA-------ATAACT----T--C----CG--AAA-C-A---TG--AATATA----T-----A-A---AA------AA--ATTCA--A-G--T-TTTGGTGCG---G--T--G-CTTA-G-A-G-TTAG-GC-A--T-A--T-A-T--G---TA-A----T-C---CTAC--AGTT-T-CAAT-T--A-T-CCG-C-T--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------CCA-A----C-TG----TAACTCTGTTT----A-A-T-A-A-CC----------------A-----------------T----CC---A-
gi|98209                      :                                                                                                     gagaaatagagaTA-------T--T----CC--CAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AAA-----AA--GT--A--A-G--T-TT------G---A--T--G-C----G-A-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-T---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----C-A----T----------GTATATGCACTC---A----C-TG----T-------TTT----A-A-TAA-G-CA----------------A-----------------T----TT---A-AT-C--T-G-T-AA-TA---AA--A-C-C-TCCAT
gi|98210                      :                                                                                                                 TA-------T--T----CA--AAA-C-A---TG--A---T-------------A---AA------AA--------------T-TT------A------T----C----G-A-G----G-GC-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-T---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CC--C-A--CG-T--------AT----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A----------------------TC---A-AT-CTTT-G-T-AA-T----AA--A-C-CATCCAT
gi|98208                      :                                                                                                                  A-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---A--T--G-C----G-A-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-T---AT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AT-T----GA--A-C-C-TCCAT
gi|98211                      :                                                                                                                 ta-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AAT-GT--A--A-GG-T-TT------G---G--T--G-C----A-A-T-T--G-CC-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-T---CT-T--T--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------AT----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-GA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-T-TCTAT
gi|98204                      :                                                                                                                  t-------T--C----CGG-AAA-C-A---TG--A---A-----T-----A-A---AA------AAA-GC--A--A-G--T-TTT-----G---A--T--G-C----G-A-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--GT--TA-AT---T-T---CT-C--G--T-T-CAA--T--A---CCG-C-A--CGTT--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----AGA-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TT---A-A--T--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TTCAT
gi|98212                      :                                                                                                     cattgaatcaaataattcatcagggtatttG--AAA-C-A---TT--A---T-----------A-A---AA------AG--GT----------T-TT------G---A--T----C----GCA-G-T--G-GCCA--T-A--C-A-TTTG---TA-A----T-T---CT-C--C--T-T-CAA--T--G-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G--------------A----C-TG----TA------TTT----A-A-T---G-CA----------------A----------------------TC---A-AT-C--TCG-T-AA-TC---AA--A-C-C--CCAT
gi|98213                      :                                                                                                                                        A-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--T-C----G-A-G-T--G-AC-A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-T---CT-C--G--T-G-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CA-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-TA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98214                      :                                                                                                                                        A-T-A---TG--A---T-----------A-A---AA------GA--AT--A--A-G--T-TT------G---A--T--G-T----G-A-A-T--G-GC-A------------------TA-A----T-T---CT-C--G--T-T-TAA--T--A-T-TCG------TG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TCT----A-A-T-A-G-AA----------------A-----------------
gi|98215                      :                                                                                                                                                  --A---T-----T-----A-A---AA------AA--GC--A--A-G--T-TT------G---A--T--G-C----G-A-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--A---TA-A----T-T---AT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-AG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98216                      :                                                                                                                                                  --A---T-----T-----A-A---AG------AA--GC--A--A----T-TT------G---A--T--G-C----G-A-G-T--G-G--A--T-A--C-A-T--G---TA-A----T-T---CT-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-T-C-CCCAT
gi|98217                      :                                                                                                                                                                                                                                                        --G---TA-A----T-G---TT-T--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CA-T--------A-----T-T----T----------G----------C---G------TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------AAAATACTGATCGGACG-T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-
gi|98218                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-CAA--T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----T----A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98219                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-CA---T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TT-----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98220                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-CA---T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-T-----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98222                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-CA---T--A-G-ACG-CGA--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------CC--A----C-TG----T-------TTT----A-C-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98221                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-CA---T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----T-A-T-AGG-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A---C-TCCAT
gi|98224                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-CA---T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----AC---A-TC-C--G-T-T-AA-T-----A--A-C-C-TCCAT
gi|98223                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-CA---T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-AA---T----------GG---------C---A----C-TG----T-------TTT----A---T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-A--T-G-T-AA-TG---AA--A-C-C-TCCAT
gi|98225                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-TCA--T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T----------G----------C---A----C-GG----T--------------A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-CTGT-G-T-AA-T----AA--ACC-C-TCCAT
gi|98226                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                   --T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----G-A----T----------G----------C---A----C-TG----T-------TTTTAAAA-A-T-A-G-CAATAATACCGATCGAACA-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--C-C-C-TCCAT
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Alignments 
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Reference ( family-449 )      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----AAA---TGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98184                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------CCACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA--T--G-AT-C-A-----------ATAT------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GA--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----C-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98185                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA--T--G-AT-CAAT----------AT--------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--TT--A----G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G--C-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98186                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----AAA---TGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AC-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98187                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-AC-A----AA-A--CTCGCAAA-TG-T-T-GAGG----G-----AAA---TGA--T--G-AT-C-A-----------ATA-------T--T----CC--GAA-C-A---TA--A---T-----TA----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----CG-A-T--G-GC-A--T-A--C-A----G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C--G----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
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gi|98205                      :                                  cattgaatcaaataattcatcagggtattt-GA-G----A-----AAA----GA--T--T-AT-TCA-----------ATA-------TT-C----CG--AAA-T-A---TA--A---T-----T-----A-A---AT------A----T--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-A-T--G-GC-A--T-A----A-T--T---T-A-G----T----------------------------------------G-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------
gi|98206                      :                                                                                      aA--T--G-AT-CAATATA-------ATAACT----T--C----CG--AAA-C-A---TG--AATATA----T-----A-A---AA------AA--ATTCA--A-G--T-TTTGGTGCG---G--T--G-CTTA-GA-G-TTAG-GC-A--T-A--T-A-T--G---T-A-A----TC---C-TAC--AGTT-T-CAA--TT-A-T-CCG-C-T--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------CCA-A----C-TG----TAACTCTGTTT----A-A-T-A-A-CC----------------A-----------------T----CC---A-
gi|98207                      :                                                         gagaaatagaga----G-----AAA---AGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------TATC----CG--AAA-T-A---TG--A---T-----T-----A-A---GA------AA--GT--A--A-G--T-TT------T---G--T--G-C----GA-A-T--G-GC-A--T---------------T-A-AG---TT---C-T-C--G----T-CAA--T--A-C-TCG-
gi|98208                      :                                                                                                                  A-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---A--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---A-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AT-T----GA--A-C-C-TCCATttgataaaactgaattaaaatagaaatttacctgt
gi|98209                      :                                                                                                               taTA-------T--T----CC--CAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AAA-----AA--GT--A--A-G--T-TT------G---A--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----C-A----T-----GTATATGCACTC---A----C-TG----T-------TTT----A-A-TAA-G-CA----------------A-----------------T----TT---A-AT-C--T-G-T-AA-TA---AA--A-C-C-TCCAT
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Alignments 
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lowQualScore                  :        ...     .    .... .........    ....  . ..        .  . . .  . .... .....   ....  .. .. .  . .............   ....... .. ....  ..   . . ...  .. ... ........... . ...  ......  ..  .. .. . .. .  ...... ... .. .. . ....  . . .. .  . .. . .. . . .. ... . . ....  ... . . .. .. . .   .. .. . .   . . ..  . ........ ..... . .... ..... .......... ... .... .  .... .......   .... . . . . .  .................................. ....  ... .  . .. . . .  . ....  .. . . .     
lowQualScore                  :        000     4    0000 222222222    6666  2 11        0  0 0 9  7 7777 33333   5555  88 11 5  7 3333333333333   7777777 22 9999  77   3 3 888  77 111 55555555555 2 333  999999  11  99 33 2 00 2  999999 888 77 99 2 9999  4 2 77 2  4 77 2 55 2 4 88 111 2 2 0000  222 4 4 22 55 9 9   55 11 9 9   8 9 22  9 33333333 55555 9 9999 33333 6666666666 444 1111 9  9999 0000000   7777 9 0 0 0 0  2222222222222222222222222222222222 2222  888 1  1 00 1 2 2  1 5555  55 1 1 1     
consensus                     : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----AAA---TGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
Reference ( family-449 )      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----AAA---TGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98184                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------CCACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA--T--G-AT-C-A-----------ATAT------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GA--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----C-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98185                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA--T--G-AT-CAAT----------AT--------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--TT--A----G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G--C-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98186                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----AAA---TGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AC-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98187                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-AC-A----AA-A--CTCGCAAA-TG-T-T-GAGG----G-----AAA---TGA--T--G-AT-C-A-----------ATA-------T--T----CC--GAA-C-A---TA--A---T-----TA----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----CG-A-T--G-GC-A--T-A--C-A----G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C--G----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98188                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----CA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GACG----G-----AAA---TGA--T--A-AT-T-A-----------ATAT------T--C----CG--AAA-T-A---TG--A---T-----T-----A-GGATGA------AA--GT--A--ATG--T-TTG-----G---G--T--G-C----GA-GTT--G-GC-A--TAA--C-ATT--G---T-A-A----TC---C-T-C--GA-T-T-CAAATT--A-T-CCGTC-AGTCG-T--------A-----T-AGCTTT-----G----------C---AATACC-TT----T-------TTA----A-A-T-A-G-CA----------------AG----------------T----TC---T-ATAC--T-G-T-AA-T----AATGA-CAC-TCCAT
gi|98189                      : ATACAGGAGGTTGTGATGTC----C-------C-ACAA----GA-AAGCTCCGGAA--G-TGT-GA-G----GCGAA-AGA---TGA--TT-G-AT-CAA-----------GTA-------TT-C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----A-----A-AT--AA------GA--GTG-A--A-G--T-TT------G---G--T--G-CC---GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-ACT--G---T-A-------T---C-T-G--G--T-T-CAAGAT--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-------T-------TCT----A-A-T-A-G-C-----------------A-----------------T----TG---AGAT-C--T-G-T--A-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98190                      :    CAAG---TTGTG-TAT-----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA--T--G-AC-TCA-----------ATA-------T--TT---CG--A---C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------CA--GT--A--A-G--T-TT------G------T--G-C----GA-G-T--G--C-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----GC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CA-T--------AAT---C-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTTA---A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-TAAA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98191                      :     AAG---TTGTG-TATT----C-------A-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----GAA-----A--T--G-AT--AA-----------ATA-------TT-C----CA--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----T-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-G--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CA-C--------A-----TAA----T-----A----------A---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-GTT-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98192                      :     AAG---TTGTG-TATT----C-------A-ACAA----AAAA--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----GAATATTGA--T--GAAT-C-A-----------ATAT------T--C----CGTCAAA-C-A---TG--A---T-----TTTA--A-A---AA------AA--GT--T--A-GT-T-TT------T---G--T--G-C----GA-G-T--G-GCTA--A-A--C-A-T--G---T-A-AT---TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG----------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-T-----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T---------A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98193                      :     AAG---TTGTG-TATT----C-------A-ACAA----AA-C--GTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---AGA--T--T-AT-CAA------------TA-------T--CT---CG--AAA-C-A---GG--A---T-----T-----C-A---AA------AG--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TGGGGTT-------TTT----ATA-T-A-G-CAAAAATACCGATCGGACA-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-GCCAT
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gi|98195                      :     AAG---TTGTG-TATT----C-------A-ATAA----AA------CCGAAT-CG-T-T-GA-G----GCCGAAAAA---TGA--T--G-AT-C-A-----------ATA-------T--C----CGA-AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA---T--A--C-GT-T-TT------G---A--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-ACCC-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAAT-T--A-TCCCG-C-C--CG-G--------A-----T-A----------GACT-------C---C----C-CG----T-------TTTTTTAA-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-TAAA-T----AA--A-C-C-TCCA
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gi|98197                      :     AAG---TTGTG-T--T----T-------C-ACAAGAA-AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-GCATGG-----AAA---AGACTT--A-TT-CAATTATCCTGTCCATA-------T--C----CG--AAC-A-A---TG--A---T-----TT----A-A---GA------AA--GT--ATGA-G--T-TG------G---G--T--G-CTCAAAACG-T--GCGC-AACT-A--C-A-T--G---T-A-AA---TT---C-T-CA-G--T-T-CA---T--A-T-C-G-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---AC---C-TG----T-------TTTTTA-A-A-T-A-
gi|98198                      :             GTG-TATT----C-------A-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CA-T-T-GA-G----GA----AAA---AGA--T--A-AT-C-A-----------ATAT------T--C----CG--AAA-T-A---TG--A---T-----T-----G-A---AAAATAAGAA--AT--A--A-G--T-TT------T---G--T--G-C----GA-A-T--G-GC-A--T------A-T--G---C-ATA----TT---T-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-TCG------TG-TA-------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTTAA--A-A-T-A-G-CA----------------AAATTTACCGATTGGACGT----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T-----G--A-C-C-TCCAT
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gi|98200                      :              TG-TACT----C-------C-ACAA----GA-A--CTCCGGAA-CG-T-TTGA-G----G-----GA----TGA--TTTG-AT-CCA-----------ATA-------T--T----CG--AAA-CGA---TG--A---T-----------A-A---AA------AA--CG--A--A-G--T-TT------GCC-G--T--GGC----GA-G-T--A--C-A--T-A--CCA-TC-G---T-A-A----TT---CCT-CT-G--T-TTCAA--TTAA-A-CCGTC-A--TG-TCCCATGAGA-----T-T----T-----G----------C---T----C-TG----T-------T------A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C--CCAT
gi|98201                      :                                  -ATAA----AA-A--CTCC-GAA-CGTT-T-GA-G----G-----GAA---TGT--T--G-AG-C-A-----------ATAT------T--C----CG--AAAGC-A---TG--A---TC----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-AGTT-TT------G---G--T--G------GA-G-G--A-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----CC---C-TGC--G--TAT-C-A--T--A-T-CCG-C----CG-T--------A-----T------T-----G----------C---AG---C-TG----T-------TTT----A-A-A-A----A----------------A-----------------T----TC---A-AT-C----G-T-AA-T-----A--A-T-C-TCCAT
gi|98202                      :                                                       AA-CT-T-T-GAAG----G-----AAA---AGA--T--G-AT-CAA------------TAG------T--C----CA--AAA-T-G---TG------------------------------------------------T-TT------G---G--T--G-C----GA-A-T--G-AC-A--T-A-----------------A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-TCG-T-----G-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------
gi|98203                      :                                                        A-CG-T-A-GA-G----G-----AAAA--TGA--T--GGAG-GAA-----------ACAACTTTTTT--C----CG--AAA-T-AA--TG--A---T-----TTTTGTA-A---AA------AATTGT--ATCA-G--TCTT------GAGTG--C--G-C----GA-G----G-GC-A--A-A--A-A-T--GGCGT-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-TCG-T-------T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TT----T-------TTT----
gi|98204                      :                                                                                                                   -------T--C----CGG-AAA-C-A---TG--A---A-----T-----A-A---AA------AAA-GC--A--A-G--T-TTT-----G---A--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---TTA-A----TTT--C-T-C--G--T-T-CAA--T--A---CCG-C-A--CGTT--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----AGA-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TT---A-AT----T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TTCAT
gi|98205                      :                                  cattgaatcaaataattcatcagggtattt-GA-G----A-----AAA----GA--T--T-AT-TCA-----------ATA-------TT-C----CG--AAA-T-A---TA--A---T-----T-----A-A---AT------A----T--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-A-T--G-GC-A--T-A----A-T--T---T-A-G----T----------------------------------------G-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------
gi|98206                      :                                                                                      aA--T--G-AT-CAATATA-------ATAACT----T--C----CG--AAA-C-A---TG--AATATA----T-----A-A---AA------AA--ATTCA--A-G--T-TTTGGTGCG---G--T--G-CTTA-GA-G-TTAG-GC-A--T-A--T-A-T--G---T-A-A----TC---C-TAC--AGTT-T-CAA--TT-A-T-CCG-C-T--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------CCA-A----C-TG----TAACTCTGTTT----A-A-T-A-A-CC----------------A-----------------T----CC---A-
gi|98207                      :                                                         gagaaatagaga----G-----AAA---AGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------TATC----CG--AAA-T-A---TG--A---T-----T-----A-A---GA------AA--GT--A--A-G--T-TT------T---G--T--G-C----GA-A-T--G-GC-A--T---------------T-A-AG---TT---C-T-C--G----T-CAA--T--A-C-TCG-
gi|98208                      :                                                                                                                  A-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---A--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---A-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AT-T----GA--A-C-C-TCCATttgataaaactgaattaaaatagaaatttacctgt
gi|98209                      :                                                                                                               taTA-------T--T----CC--CAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AAA-----AA--GT--A--A-G--T-TT------G---A--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----C-A----T-----GTATATGCACTC---A----C-TG----T-------TTT----A-A-TAA-G-CA----------------A-----------------T----TT---A-AT-C--T-G-T-AA-TA---AA--A-C-C-TCCAT
gi|98210                      :                                                                                                                 TA-------T--T----CA--AAA-C-A---TG--A---T-------------A---AA------AA--------------T-TT------A------T----C----GA-G----G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CC--C-A--CG-T--------AT----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A----------------------TC---A-AT-CTTT-G-T-AA-T----AA--A-C-CATCCAT
gi|98211                      :                                                                                                                   -------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AAT-GT--A--A-GG-T-TT------G---G--T--G-C----AA-T-T--G-CC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-T--T--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------AT----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-GA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-T-TCTAT
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gi|98221                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-CA---T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----T-A-T-AGG-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A---C-TCCAT
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gi|98223                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-CA---T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-AA---T-----GG---------C---A----C-TG----T-------TTT----A---T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-A--T-G-T-AA-TG---AA--A-C-C-TCCAT
gi|98224                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-CA---T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----AC-----AT-C--C-GTT-AA-T-----A--A-C-C-TCCAT
gi|98225                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-TCA--T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-GG----T--------------A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-CTGT-G-T-AA-T----AA--ACC-C-TCCAT
gi|98226                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                   --T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----G-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTTTAAAA-A-T-A-G-CAATAATACCGATCGAACA-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--C-C-C-TCCAT
gi|98227                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CG-C-A--CG-T--------A-------A----T-----G----------C---AGC--C-TG----T-------TTT----A-AAT-A-GGCA----------------AA----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT


blockSeqs                     :        AGG     A    GGGG AGGAGGGC     GATA  A AG        A  T G T  G CATG CCGAA   TATT  GG TT A  G AATTATCCTGTCC   ACTTTTT AT ACGA  TC   G G GGG  GG ATA ACATAT      T GAT  AATAAG  TT  TC TG T AT C  TGGTGC AGT AG GG G TCAA  C T TA C  T AC A CC C T TT GCG T T TAAT  GGG C G GG AT       AT TA       T   GT    CCCATGAG GAATG   GCTT CAATG TATATGCACT TTA ATAC G  GGGT AACTCTG   TTTA T          AAATTTACCGATTGGACG                 GGGG  GGG G  A TT C T A  G GAGA  TG C A A
blockSeqs                     :        .       .    .    C            GAA   . .         .  . . .  C A    CGAA    AGAT  CT T  G  . AATATA          ACT     T  T     A    . . G    .  .   TTTTGT      . T    A       A   G  TC . GT .  G      CC  .  C  . TTA   T . .  .  C .  . GG . C C  .   . . T     T   C A A  GT       GA A        T   C     TTTATTG  AT      A    T     ACT        GGA GC   G  A    A         TAAA G          AAAATACCGATCGGACA                  .     .   .  . TG . T A  . A     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    C            .     . .         .  . . .  A .    G       AT    .  .  .  . AAT             T       T  T     G    . . A    .  .   TTTA        . .    A       T   .  .  . T  .  T      .   .  .  . C     . . .  .  . .  . A  . . .  .   . . A     .   . . T  A        T  T        .   .     A        T       .    .     G          CA  C    .  .    .         TTA  .          AAAATACTGATCGGACG                  .     .   .  . .  . . .  . C     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    C            .     . .         .  . . .  . .    G       T     .  .  .  . AAT             T       T  .     .    . . .    .  .   TA          . .    .       .   .  .  . T  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . G     .   . . .  .        .  T        .   .     .        T       .    .     .          T   G    .  .    .         AA   .          ATAATACCGATCGAACA                  .     .   .  . .  . . .  . G     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    C            .     . .         .  . . .  . .    G       T     .  .  .  . AA              T       .  .     .    . . .    .  .   TT          . .    .       .   .  .  . G  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          C   .    .  .    .         A    .          AG                                 .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    C            .     . .         .  . . .  . .    A       T     .  .  .  . AA              T       .  .     .    . . .    .  .   CT          . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         A    .          AA                                 .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    C            .     . .         .  . . .  . .    G       T     .  .  .  . CA              G       .  .     .    . . .    .  .   AT          . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    A            .     . .         .  . . .  . .    .       T     .  .  .  . AA              .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    A            .     . .         .  . . .  . .    .       T     .  .  .  . AA              .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    A            .     . .         .  . . .  . .    .       A     .  .  .  . GA              .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    A            .     . .         .  . . .  . .    .       T     .  .  .  . CA              .       .  .     .    . . .    .  .   A           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    A            .     . .         .  . . .  . .    .       T     .  .  .  . AA              .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :        .       .    .    C            .     . .         .  . . .  . .    .       A     .  .  .  . AA              .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                .    .    A            .     . .         .  . . .  . .    .       A     .  .  .  . CA              .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                .    .    C            .     . .         .  . . .  . .    .       T     .  .  .  . AA              .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                .    .    .            .     . .         .  . . .  . .    .       T     .  .  .  . A               .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                       .     . .         .  . . .  . .    .       T     .  .  .  . A               .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                         .  . . .  . .    .       A     .  .  .  . A               .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                         .  . . .  . .    .       A     .  .  .  . A               .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                .  . .    .       .     .  .  .  . A               .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                     .    .       .     .  .  .  . A               .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                        .  .  .  . A               .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                   .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                   .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                   .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                   .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                   .       .  .     .    . . .    .  .   T           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                    .    . . .    .  .   .           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                         . . .    .  .   .           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                         . . .    .  .   .           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .  .   .           . .    .       .   .  .  . .  .  .      .   .  .  . .     . . .  .  . .  . .  . . .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                       .  .   . . .     .   . . .  .        .  .        .   .     .        .       .    .     .          .   .    .  .    .         .    .          A                                  .     .   .  . .  . . .  . .     .  . . .
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Reference ( family-449 )      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----AAA---TGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98184                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------CCACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA--T--G-AT-C-A-----------ATAT------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GA--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----C-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98185                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----GG----AAA---TGA--T--G-AT-CAAT----------AT--------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--TT--A----G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G--C-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-T-C-TCCAT
gi|98186                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-G----G-----AAA---TGA--T--G-AT-CAA-----------ATA-------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----GA-G-T--G-GC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AC-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98187                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-AC-A----AA-A--CTCGCAAA-TG-T-T-GAGG----G-----AAA---TGA--T--G-AT-C-A-----------ATA-------T--T----CC--GAA-C-A---TA--A---T-----TA----A-A---AA------AA--GT--A--A-G--T-TT------G---G--T--G-C----CG-A-T--G-GC-A--T-A--C-A----G---T-A-A----TC---C-T-C--G--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C--G----T-------TTT----A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT
gi|98188                      : ATACAAG---TTGTG-TATT----C-------C-ACAA----CA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GACG----G-----AAA---TGA--T--A-AT-T-A-----------ATAT------T--C----CG--AAA-T-A---TG--A---T-----T-----A-GGATGA------AA--GT--A--ATG--T-TTG-----G---G--T--G-C----GA-GTT--G-GC-A--TAA--C-ATT--G---T-A-A----TC---C-T-C--GA-T-T-CAAATT--A-T-CCGTC-AGTCG-T--------A-----T-AGCTTT-----G----------C---AATACC-TT----T-------TTA----A-A-T-A-G-CA----------------AG----------------T----TC---T-ATAC--T-G-T-AA-T----AATGA-CAC-TCCAT
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gi|98197                      :     AAG---TTGTG-T--T----T-------C-ACAAGAA-AA-A--CTCCGGAA-CG-T-T-GA-GCATGG-----AAA---AGACTT--A-TT-CAATTATCCTGTCCATA-------T--C----CG--AAC-A-A---TG--A---T-----TT----A-A---GA------AA--GT--ATGA-G--T-TG------G---G--T--G-CTCAAAACG-T--GCGC-AACT-A--C-A-T--G---T-A-AA---TT---C-T-CA-G--T-T-CA---T--A-T-C-G-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---AC---C-TG----T-------TTTTTA-A-A-T-A-
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gi|98211                      :                                                                                                                   -------T--C----CG--AAA-C-A---TG--A---T-----T-----A-A---AA------AAT-GT--A--A-GG-T-TT------G---G--T--G-C----AA-T-T--G-CC-A--T-A--C-A-T--G---T-A-A----TT---C-T-T--T--T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------AT----T-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTT----A-A-T-A-G-GA----------------A-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-T-TCTAT
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gi|98225                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                --G--T-T-TCA--T--A-G-ACG-C-A--CG-T--------A-----T-A----T-----G----------C---A----C-GG----T--------------A-A-T-A-G-CA----------------A-----------------T----TC---A-AT-CTGT-G-T-AA-T----AA--ACC-C-TCCAT
gi|98226                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                   --T-T-CAA--T--A-T-CCG-C-A--CG-T--------A-----G-A----T-----G----------C---A----C-TG----T-------TTTTAAAA-A-T-A-G-CAATAATACCGATCGAACA-----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--C-C-C-TCCAT
gi|98227                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CG-C-A--CG-T--------A-------A----T-----G----------C---AGC--C-TG----T-------TTT----A-AAT-A-GGCA----------------AA----------------T----TC---A-AT-C--T-G-T-AA-T----AA--A-C-C-TCCAT