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lowQualScore                  :     2 999  9 9   9         11 7   7   9    7    7  33 33  44444444444444444444444 7777   000  000 000    9999  7 7  000    5  6666666666666  0000    444444444444444  44 44 6 666 8    6 9999  4444 9   9  666666666 333  8 9 55    55   0 88 555  555  8  88  88   4444444444444444444444444 55  66    8   444  333333333  3  00000000000000000000000000000000  9999    5 2 2   77 2 2 6666    2  00000000  2  4     22222  77777  111 77  66   111 99    3 1 1 1  99  1   66 1 1 1   2   77     77 77 2 5 4444444444444444444444444444444444   555555555555555555 2  2 666666  2222 0000000 222222 333  2222    77 7777   9  88 3 333  88      8     
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Reference ( gi|79276 )        : ATTT-GG--CT-A-ATT-CCCTGGAAA--T-TGC-CGTTGCAG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT-T--C-CCG-GC---------T---AC-T-C--GTAA--TCC-T-CT---AG---ACTTT--TC--TTTT---TT--A----A--TAC-AC---A--AA--AAGA-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAC---G-T-GT-CA-TGGAT-----TA-----AC---G--TC--ACG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--T-G-C----T-TG--TAC-GA----C----ACAATG-CTTTG-T--A------A------A-CG-T------TG----T-------T------A---GT----AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--TTCAAC-GGCAA
gi|79277                      : ATTT-GG--CT-A-ATT-CCCTGGAAA--T-TGC-CGTTGCAGAGACT-AA--T--CC-------C--------CCG----G----GCG---TT---ATTAGTCA----TAGT-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------CT--C--G-A---G-AACT-A----AT-T--C-CCG-GC---------T---AC-T-C--GTAA--TCC-T-CT---AG---ACTTT--TC--TTTT---TT--A----A--TAC-AC---A--AA--AAGA-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------TG----T-AT-A-A-TTT--T-T-C----AGCC-AAC---G-T-GC-CA-TGATT-----TA-----AC---G--TC--ACG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-TCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--T-G-C----T-TG--TAC-GA----C----ACAATG-CGTTG-T--A------A------A-CG-T------TG----T-------T------A---GT----AAAC--A--C-GGCAGA--CGA---AC--TTCAAC-GGCA
gi|79279                      : ATTTAGG--CT-A-ATT-CC-TGGAAA--T-TGC-CGTTG-AG-GCAT-AA--T--CC-------C----------A----G----GCG---TT---A---GTCAA---TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-A-CT-A----AT-T--C-CCG-GC---------T---AC-T-C--GTAA--TC-----T---AG---ACTTT--TC--TTTT---T---A----A--TAC-AC---A--AA--AAGA-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TCAT-G-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAC---G-T-GT-CA-TGGAT-----TA-----AC---G--TC--ACG---T--AT-A-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--T-G-C----T-TG--TAC-GA----C----ACACTG-CTTTG-T--A------A------A-CG-T------TG----T-------T------A---GT----AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--TTCACC-GGCAA
gi|79278                      : ATTT-GG--CT-A-ATT-CCCTAGAAA--T-TGC-CGTAACAG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT-T--A-CCG-GC---------T---AC-T-C--GTAA--TCC-T-CT---AG---ATTTT--TT--TTTT---TTC-A----A--TAT-ACAAAA--AA--AAGA-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TCATAA-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAA---G-T-GT-CA-TGAAT-----TA-----AC---G--TC--ACG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--TGG-T----T-TG--TAC-G-----C----ACAATG-CTTTG-T--AAATGTTA------A-CA-T------TG----T-------A------A---GT----AAAC--A--C-AGC-GA--A-A---AC--TTCAAC-GACAA
gi|79280                      : ATTT-GG--CT-A-ATT-CCCTAAAAA--A-TGC-CGCTGCAG-GATT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GTG---TT---A---GTCA----TA-T-CA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT-T--C-CCG-GC---------T---AC-T-C--GTAA--TCC-T-CT---AG---ACTTT--CC--T-----------------------------------------------------------TG----------TT--------------------CG----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----AACC-AAC---G-T-GC-CA-TGGGT-----TA-----AC---G--TC--ACG---T--ATGA-C-A-C-TA--AC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--T-G-CG---C-TG--TAC-GA----C----ACAATG-CTTTG-T--A------A------A-CG-T------TG----TTACATG-T------A---GT----AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--T
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gi|79283                      : ATTT-G---CT-AGATT-CCCTGGAA---T-TGC-CGTTGCCA-GACT-AA--T--CC-------C----------G----G----GCG---TT---A----TCA----TA---GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--A-A---G-A-CT-A----ATCT--C-CCG-G----------T---AC-T-C--GTAA--TCC-T-CC---AG---AC-TT--TC--TTTG---TT--AAGTGA--TAC-AA---A--AA--AGAA-CCC---GA---------AA-------------TT--------------------C-----TCAT-A-A-TTT--T-T-C----AGCCAAAC---GTT-GC-CA---GAT-----TA-----AC---A--TC--ACG------A-TA-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TC-CA--A--G-G-C----A-TAT-TACGGA----C----ACA----TTCTG-T--A------A------A-C--T------TG----T------------------AT-----AAC--A--C-GGC--A--C-A---AC--TTCAACTGGCAA
gi|79284                      : ATTT-G---CT-G-ATT-CCCTGGAAAA-T-TGC-TGTTGCAG-GACTAAA--T--CC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A----TCA-----A-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CT-C---------------TT--T--G-A-----AACTAA----AT-C--C-CCG-GC---------CTAAACAT-C--GTA-----C-T-CT---AG---ACTTT--TT--CTTT---TTGAA----A--TATAAC---A--AA--AAGACCCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TCAT-A-G-GTTCCT-T-TACGAAGCC--ACTTGA-T-GC-AA-TGGATTTA--TA-----AG---G--TC--ACG---CAGATTA-C-G-C-TAAGAC-GCG--A-T-T-GTT-ACG--TATCA--A--T-G-A----T-TGT-TAC-GAGTACC----AAAATGCCTTTGCT--A------A------A-CG-T------TT----T-------T------A---GT----AAAC--A--CGGGC-GA--C-AAAGAC--TTCAA--GGCAA
gi|79285                      : ATTT-GGAGCT-A-ATTTCCCTGGAAAACT-TGC--GTTGCAG-GACT-AAGAT--CC-------C--------C-A----G----GCGGTGTT---A---GTCA----TA-T--A---ACTA-ATGCGGCGGGTCTGGCCGCGATTGC---------------TTGTC--GCA---G-AAC--A----AT-T--C-CCG-TC---------T---AC-T-TCGGTAA--TCCGT-CT---AG---ACTTT--TCTTTTTT---TT--A----A--TAC-ACGA-A--GA--AAGA-CCCCCGAA---------AA-TG----------TT--------------------CGCTCTTCAT-A-GTTTT--T-T-C----AGCA-AGCA--G-TGGTACA-TGGGTTCATATA-----AC---G--TC--ACGTAAT--ATTA-CGG-C-TA--ACGGCT--G-A-T-GTT-ACG--TCACA--AATT-G-CTTCGT-TG--TAC-GC----CCCTTACAATG-CTTTG-TA-A------A------A-CG-T------------T-------T------AT--GT----AAAC--ATTC-GGC-GA--C-A---AC--TTCA
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gi|79282                      : ATTT-GG--CT-A-ATT-CCCTAAAAA--T-TGC-CGTTTCAG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-A----G----GCA---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT-T--C-CCG-GC---------T---AC-T-C--GTAA--T
gi|79287                      : ATTT-G---CT-G-ATT-CCCTGAAAA--T-CAC-CGTAAAAA-GACT-CA--T--TC-------C--------C------T----GCA---AT---A-----CA---------GA---ATC---T-------------CC----CTGCAAAAAGG--------TT--T--T-ACACA-AACT-A----TT-A--C-ACA-AA---------T---AT-T-C--GGAA--CAC-T--T---AG---CAATT--TC--TTTCAAGTT--A-----------AG---G--AG--AAGT-CCC---GATACATTTCGAA-TGCAAATAGAAATG--------------------CG----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAT---A-A-GT-CA-TGGAT-----TA-----GC---G--TC--ACG---T--ATTA-C-G-C-TT--AG-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A------------------------------------TG-CTTTG-T--G------A------A-CG-TTGA---TG----T-------T------T---GT----AAAC--A--T-GGC-GA--C-A---AC--TTCAAC-GGCAAgttcgtcatagtttttcagccaacgtaccatggattaacgtcacgtattctgctaacgctattgttacgtcacaatgcgttgtacgaacatgctttgtaaaaactttgtttacatgtagtaaacacggcgacaac
gi|79288                      : ATTT-TG--CT-G-ATT-CCCTGAAAA--T-CAC-CGTAAAAA-GACT-GA--T--TC-------C--------C-T----G-----CA---------------A----TA-C-AG---ACTATCT-------------CC----CTGCCAAAAGGTGTGACAGTC--T--G-AT--G-AACT-A----AC-A--CACC---C---------T---AT-T-C--GGAA--CAC-T--T---AG---CAATT--TC--TTC--------A----AGTTA--AG---G--AA--AAGT-TCC---GA---------AA-CG----------TTTCGAATGCAAATAGAAAATGCG----TCAT-A-G-TTT--T-T-TT---AGCC-AAT---A-A-GT-CA-TG-AT-----TG------C---G--TC--ACG---T--GTTA-C-G-C-CA--GC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--G--T---T----T-T-------------------------CTTTG-T--A------AACGTTGA-CG-T------TG----T-------T------A---GT-----AAC--A--T-GGC-GA--C-A---AC--TTCAAT-GGCAA
gi|79289                      : ATTT-G---CT-G-ATT-CCCTGAAAA--T-CAC-CGTAAAAA-GACT-GA--T--TC-------C--------C-
gi|79290                      : ATAT-GG--CT-A-ATT-CCCTGGAAA--T-TGC-TGTTGCGG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCA---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------Ctgcaatacagactatctccctgcaaaaaggtgtgacagtctgatgaactaagtctaacacacacctattcggaacactgagcaatttctttcaagttaaggaaaagttccgatacgtttcgaatgcaaatatagaaatgtgtcatagtttttcggccaatcatggattagcgtcacgtattacgctattcttacgtcacaatgctttgtaaacgttgatgttgaacattagtaaacatggtgacaatttcaacggcaa
gi|79291                      : ATAT-GG--GC-A-AGT-CCCTGGGAA--A-TGC-CGTTGCGG-GACG-AA--T--TC-------CAGTTTTGTC-G----T----GCT---TT---A---GTTAATATTA-C-GATACGCTA-AT-------------CC----CTGA---------------CT--T--G-A---A-AACT-A----TT-T--C-CCA-GC---------T---AT-C-T--GTAG------T-CT---AGGTCACCTTGACG--TTTG---TC--A----A--TAC-A
gi|79292                      : ATTT-G---CT-G-ATT-CCCTGAAAA--T-CAC-CGTAAAAA-GACT-GA--T--TC-------C--------C------T----GCA---------------A----TA-C-AG---ACTATCT-------------CC----CTGCAAAAAGGTGCGATAGTC--T--G-AT--G-AACT-A----AC-A--C-ACA-CC---------T---AT-T-C--GGAA--CAC-T--T---AG---CAGTT--TC--TTT---------------------C---A--AGTTAAG--------GA---------AA-AG----------TTC-------------------CG------AT-ACG-TTT-------------CG-AAT---G-C--T-AA-TAGAA-----AA-----GC---G--TC--ATAT--T--ATTA-C-G-C-CG--GT-GCT--A-T-T-GTT-AC
gi|79293                      :   TT-GG--CA-A-ATT-CCCTGGAAA--T-TGC-CGTTGCAG-GACT-AT--A--CC-------G--------T-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-AA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT-T--C-CCA-GC---------T---AC-T-C--GTAA--TCC-T--T---AG---ACTTT--TC--TTTT---TT--A----A--TAT-AC---A--AA--AAGA-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TCAT-A---TTT--T-T-C----A-CC-AAC---G-T-GC-CA-TGGAT-----TA-----AC---G--TC--ACG---T--ATTA-T-G-C-TA--AC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--T-G-CA---T-TG--TAC-GA----C----CCAATG-C-TTG-T--A------A------A-CG-T------TG----T-------T------A---GT----AAAC--A--C-GGC-AA--C-A---AA--TTCAAC-GGCAA
gi|79294                      :   TC-GG--CT-A-AT--CCCTGAAAA--T--GC-CGT-GCAG-GACT-AA--T--CC-------A--------C-A----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GT---ACTT-A--------------CC----CTGC---------------CT--TTGG-A---G-AACTTA----AT-T--C-CCG-GT---------T---AC-T-C--GTAAA-TCC-T-CT---AG---ACTTT--TC--TTTT---T---A----G--TAT-AG---A--AA--AAGA-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CA----TCAT-A-G-TTT--TGT-C----AGCC-AAC---A-T-GT-CA-TGGAT-----TA-----AC---G--TC--ACG---TA-ATTATC-G-CTTAATAC-GCTTAA-T-T-GT
gi|79295                      :       G--CT-A-CTT-TTCAGGAAC--T-TGC-CGTTGC-G-GATT-AA--TTTCCTCTTTTTC--------C-G----T----GCG---TCGTCA---GTCAA---TA-TTGA---GCTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--
gi|79296                      :        --CT-A-ATT-CCAAGGAAA--T-TGC-TGTTGTGA-GACT-AA--T--TC-------T--------C-ATTTTGCTATGTA---TT---A---GTCAATGTTG-T-G-----CTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---A-AGCT-A----AT-T--C-CCA-GT---------T---AC-A-A--GTAA--TCC-T-CT---AG---A-TTT--TA--TTTT---AG--A----A--TAT-AG---A--AA--AAAA-AAC---TA---------TA-TGT---------TT--------------------CT----CCAT-A-G-TTT--T-T-C----AGCC-A
gi|79297                      :            -A-ATT-CCCTGGAAA--T-TGC-CGTTGCAG-TACA-AA--T--TC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----A
gi|79298                      :                           A--T-TGC-CGTTGCAG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT-T--C-CCG-GC---------T---ACAT-C--GTAA--TCC-T-CT---AG---ACTTT--TC--TTTT---TT--A----A--TAC-AC---A--AA--AAGA-CCT---GA---------AA-TG----------TT--------------------CA----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAC---G-G-GT-CA-TGGAT-----TA-----AC---G--TC--ATG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--T-G-CT---T-TG--TACAAA----C----ACAATG-CTTTG-T--A------A------A-CG-T------TG----T-------T------A---GT----AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--TTCAAC-AGCAA
gi|79299                      :                           A--T-TGC--GTTGCAG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT----C-CCG-GC---------T---AC-T-C--GTAT--ACC-T-CT---AG---AC-TT--TC--TTTT---TT--A----A--TAC-AC---A--AA--AAGA-CCT---GA---------AA-TG----------TT--------------------CA----TCATAA-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAC---G-G-GT-CA-TGGAT-----TA-----AC---G--TC--ATG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--T-G-CT---T-TG--TAC-AA----C----ACAATG-CTTTG-T--A------A------A-CG-T------TG----T-------T------A---GT----AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--TTCAAC-AGCAA
gi|79300                      :                                        GCAG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-
gi|79301                      :                                                                                                                    A---ACTA-AT-------------CCACA-TCGC---------------TT--T--GGA---G-CACC-ACCTTAT-TGCT-CCGTGC---------T---AC-TTC--GTAAACTCC-T-CT---AG---ACTTT--TC--TGTT---TT--A----A--TAT-AC---ATTAA--AA-A-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----AGCC--AC---G-T-GC-CA-TGGAT-----TA-----AC---G--TC--ACG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-T-GTT-A-G--TCACA--A--T-G-CT---T-TG--TAC-GA----C----ACAATG-CTTTG-T--A------A------A-CG-TC-----TG----T-------TACATGAA---GT----AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--T
gi|79303                      :                                                                                                                                                      ---------------TC--T--G-AT--G-AACT-A----AG-G--C-ACA-CC---------T---AT-T-C--GGAA--TAC-T--T---AG---CAATT--TC--TTTCAAGTT--A----A--GG----------AA--AAGT-TCC---GA---------TA-CG----------TTTCGAATGCAAATAGAAAAG-CG----TCAT-A-G-TTT--T-G-C----AGCC-AAT---A-A-GT-CA-TGAAC-----TA-----GC---G--TC--ACA---C--ACTA-T-G-C-TA--AC-TCT--A-T-T-GTT-ACG--TTACA--G--A-G-CT---T-TG--TA---------------AAAG---TTG------------------A-CG-T------TG----T-------T------A---GT----AAAT--A--T-GGC-GA--C-A---AC--TTTATC-GGCAA
gi|79304                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                   --TAT-AC---A--AA--AAGA-CCC---AA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAC---G-T-GT-CA-TGGAT-----TA-----AC---G--TC--ACG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--G-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--T-G------T-TGTTTAC-GC----C----ACAATG-CTTTG-T--T------A------A-CG-T------TG----T-------A------A---GT----AAAC--A--C-AGC-GA--A-A---AC--TTCAAC-GACAA
gi|79305                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                           ---A--AA--AAGA-CCA---AA---------AA-TG----------TT--------------------TG----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAT---G-
gi|79282                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A-CTC---GT---------AA-TG----------TT--------------------CG----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAC---G-T-AC-CA-TGGAT-----TA-----AC---G--TC--ACG---T--ATTC-T-G-C-TA--AC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--T-G-CG---T-TG--TAC-GA---------AC-ATG-CTTTG-TAAA------A------A-CT-T------TG----TTTACATGT------A---GT----AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--
gi|79306                      :                                                                                                                                                                                                               atttggctaattccctaaaaattgccgtttcaggactaatccccaggcattagtcatatgaactaatccctgctttgagaactaattcccggct---GA---------AA-TG--------------------------------CG----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAT---A-A-GT-CG-TAGAT-----TA-----GC---G--TC--ACG---T--GTTA-C-G-C-CA--GC-GCT--A-T-T-GTT-ACG--TCACA--A--T-G-C----T-T---TAT-AA---------ACG------TTG------------------A-CG-T------TG----T-------T------A---GT----AAAC--A--T-GGC-TA--C-A---AC--TTCAAC-GGCAA
gi|79307                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---GA---------AA-TG--------------------------------CG----TCAT-A-G-TTT--T-TTC----AGCC-AAT---A-A-GT-CG-TGGAT-----TA-----GCC--G--TC--ACG---T--TTTA-C-G-C--A--GT-GCT--A-T-T-GTT---------------------------TG--T---------C----ACAATG-CTTTG-T--A------A------A-CG-TTGACGTTG----T-------T------A---GT----AAAC--A--T-GGC-GA--C-A---AC--TTCAAC-GGCAA
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gi|79289                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---GA---------AA-TG----------T----------------------G----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----GGCC-AA---------T-CA-TGGAT-----TA-----GC---G--TC--ACG---T--ATT------------AC-GCT--A-T-T-CTT-ACG--TCACA--A--T-G-CT---T-TG--TA---------------AACG---TTG------------------A-TG-T------TGAACAT-------T------A---GT----AAAC--A--T-GGT-GA--C-A---AT--TTCAAC-GGCAA
gi|79311                      :                                                                                                                             atttgctgattccctgaaaatcaccgtaaaaagactgattccctgcaatacagactatctccctgcaaaaaggtgtgacagtctgatgaactaagtctaacacacacctattcggaacactgagcaatttctttcaagttaaggaaaagttccgatacgtttcgaatgcaaatata---GA---------AA-TG--------------------------------CG----TCAT-A-G-TTT--T-T-C----GACC-AA---------T-CA-TGGAC-----TA-----GC---G--TT--ACG---T--ATTG-C-G-C-TA--AC-GCC---------TT-ATG--TTA----------------T-CG--T---------C----ACAGTG-CTTTG-T--A------A------A-CG-T------TGACCAT-------T------A---GT----AAAC--A--T-GGC-AA--C-A---AT--TTCAAC-GTCAA
gi|79312                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A---------AA-TG----------CT--------------------CA----T-GT-A-G-TTT--T-T-C----AGCC-AAT---A-AAGT-CA-TGGAT-----TA-----GC---G--TC--ACG---T--GT-A-C-G-C-CA--GC-GCT--A-T-TTGTTTACG--TCACA--A--T-GGC----T-TG--TA---------------AAGG---TTG------------------A-CG-T-------G----T-------T------A---GTTA--AAAC--A--TTGGC-GA--C-A---AC--TTCAAC-GGCAA
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Reference ( family-447 )      :                                                                                                                                                                                 ATTT-GG--CT-A-ATT-CCCTGGAAA--T-TGC-CGTTGCAG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT-T--C-CCG-GC---------T---AC-T-C--GTAA--TCC-T-CT---AG---ACTTT--TC--TTTT---TT--A----A--TAC-AC---A--AA--AAGA-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TC-AT-A-G-TTT--T-TC----AGCC-AAC---G-T-GT-CA-TGGAT-----TA-----A-C---G--TC--ACG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-TG-TTACG--TCACA--A--T-G-C----T-TG--TAC-GA----C----ACAATG-CTTTG-T--A------A------A-CG-T----TG----T-------T------A-GT--AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--TTCAAC-GGCAA
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gi|79289                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---GA---------AA-TG----------T----------------------G----TC-AT-A-G-TTT--T-TC----GGCC-AA---------T-CA-TGGAT-----TA-----G-C---G--TC--ACG---T--ATT------------AC-GCT--A-T-TC-TTACG--TCACA--A--T-G-CT---T-TG--TA---------------AACG---TTG------------------A-TG-T----TGAACAT-------T------A-GT--AAAC--A--T-GGT-GA--C-A---AT--TTCAAC-GGCAAtgcaatacagactatctccctgcaaaaaggtgtgacagtctgatgaactaagtctaacacacacctattcggaacactgagcaatttctttcaagttaaggaaaagttccgatacgtttcgaatgcaaatatagaaatgtgtcatagtttttcggccaatcatggattagcgtcacgtattacgctattcttacgtcacaatgctttgtaaacgttgatgttgaacattagtaaacatggtgacaatttcaacggcaa
gi|79290                      : atttgctgattccctgaaaatcaccgtaaaaagactgattccctgcaatacagactatctccctgcaaaaaggtgtgacagtctgatgaactaagtctaacacacacctattcggaacactgagcaatttctttcaagttaaggaaaagttccgatacgtttcgaatgcaaatataATAT-GG--CT-A-ATT-CCCTGGAAA--T-TGC-TGTTGCGG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCA---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------C
gi|79291                      :                                                                                                                                                                                 ATAT-GG--GC-A-AGT-CCCTGGGAA--A-TGC-CGTTGCGG-GACG-AA--T--TC-------CAGTTTTGTC-G----T----GCT---TT---A---GTTAATATTA-C-GATACGCTA-AT-------------CC----CTGA---------------CT--T--G-A---A-AACT-A----TT-T--C-CCA-GC---------T---AT-C-T--GTAG------T-CT---AGGTCACCTTGACG--TTTG---TC--A----A--TAC-A
gi|79292                      :                                                                                                                                                                                 ATTT-G---CT-G-ATT-CCCTGAAAA--T-CAC-CGTAAAAA-GACT-GA--T--TC-------C--------C------T----GCA---------------A----TA-C-AG---ACTATCT-------------CC----CTGCAAAAAGGTGCGATAGTC--T--G-AT--G-AACT-A----AC-A--C-ACA-CC---------T---AT-T-C--GGAA--CAC-T--T---AG---CAGTT--TC--TTT---------------------C---A--AGTTAAG--------GA---------AA-AG----------TT--------------------C------CGAT-ACG-TTT------------CG-AAT---G-C--T-AA-TAGAA-----AA-----G-C---G--TC--ATAT--T--ATTA-C-G-C-CG--GT-GCT--A-T-TG-TTAC
gi|79293                      :                                                                                                                                                                                   TT-GG--CA-A-ATT-CCCTGGAAA--T-TGC-CGTTGCAG-GACT-AT--A--CC-------G--------T-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-AA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT-T--C-CCA-GC---------T---AC-T-C--GTAA--TCC-T--T---AG---ACTTT--TC--TTTT---TT--A----A--TAT-AC---A--AA--AAGA-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TC-AT-A---TTT--T-TC----A-CC-AAC---G-T-GC-CA-TGGAT-----TA-----A-C---G--TC--ACG---T--ATTA-T-G-C-TA--AC-GCT--A-T-TG-TTACG--TCACA--A--T-G-CA---T-TG--TAC-GA----C----CCAATG-C-TTG-T--A------A------A-CG-T----TG----T-------T------A-GT--AAAC--A--C-GGC-AA--C-A---AA--TTCAAC-GGCAA
gi|79294                      :                                                                                                                                                                                   TC-GG--CT-A-AT--CCCTGAAAA--T--GC-CGT-GCAG-GACT-AA--T--CC-------A--------C-A----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GT---ACTT-A--------------CC----CTGC---------------CT--TTGG-A---G-AACTTA----AT-T--C-CCG-GT---------T---AC-T-C--GTAAA-TCC-T-CT---AG---ACTTT--TC--TTTT---T---A----G--TAT-AG---A--AA--AAGA-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CA----TC-AT-A-G-TTT--TGTC----AGCC-AAC---A-T-GT-CA-TGGAT-----TA-----A-C---G--TC--ACG---TA-ATTATC-G-CTTAATAC-GCTTAA-T-TG-T
gi|79295                      :                                                                                                                                                                                       G--CT-A-CTT-TTCAGGAAC--T-TGC-CGTTGC-G-GATT-AA--TTTCCTCTTTTTC--------C-G----T----GCG---TCGTCA---GTCAA---TA-TTGA---GCTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--
gi|79296                      :                                                                                                                                                                                        --CT-A-ATT-CCAAGGAAA--T-TGC-TGTTGTGA-GACT-AA--T--TC-------T--------C-ATTTTGCTATGTA---TT---A---GTCAATGTTG-T-G-----CTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---A-AGCT-A----AT-T--C-CCA-GT---------T---AC-A-A--GTAA--TCC-T-CT---AG---A-TTT--TA--TTTT---AG--A----A--TAT-AG---A--AA--AAAA-AAC---TA---------TA-TGT---------TT--------------------CT----CC-AT-A-G-TTT--T-TC----AGCC-A
gi|79297                      :                                                                                                                                                                                            -A-ATT-CCCTGGAAA--T-TGC-CGTTGCAG-TACA-AA--T--TC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----A
gi|79298                      :                                                                                                                                                                                                           A--T-TGC-CGTTGCAG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT-T--C-CCG-GC---------T---ACAT-C--GTAA--TCC-T-CT---AG---ACTTT--TC--TTTT---TT--A----A--TAC-AC---A--AA--AAGA-CCT---GA---------AA-TG----------TT--------------------CA----TC-AT-A-G-TTT--T-TC----AGCC-AAC---G-G-GT-CA-TGGAT-----TA-----A-C---G--TC--ATG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-TG-TTACG--TCACA--A--T-G-CT---T-TG--TACAAA----C----ACAATG-CTTTG-T--A------A------A-CG-T----TG----T-------T------A-GT--AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--TTCAAC-AGCAA
gi|79299                      :                                                                                                                                                                                                           A--T-TGC--GTTGCAG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-GA---ACTA-AT-------------CC----CTGC---------------TT--T--G-A---G-AACT-A----AT----C-CCG-GC---------T---AC-T-C--GTAT--ACC-T-CT---AG---AC-TT--TC--TTTT---TT--A----A--TAC-AC---A--AA--AAGA-CCT---GA---------AA-TG----------TT--------------------CA----TC-ATAA-G-TTT--T-TC----AGCC-AAC---G-G-GT-CA-TGGAT-----TA-----A-C---G--TC--ATG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-TG-TTACG--TCACA--A--T-G-CT---T-TG--TAC-AA----C----ACAATG-CTTTG-T--A------A------A-CG-T----TG----T-------T------A-GT--AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--TTCAAC-AGCAA
gi|79300                      :                                                                                                                                                                                                                        GCAG-GACT-AA--T--CC-------C--------C-G----G----GCG---TT---A---GTCA----TA-T-
gi|79301                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    A---ACTA-AT-------------CCACA-TCGC---------------TT--T--GGA---G-CACC-ACCTTAT-TGCT-CCGTGC---------T---AC-TTC--GTAAACTCC-T-CT---AG---ACTTT--TC--TGTT---TT--A----A--TAT-AC---ATTAA--AA-A-CCC---GA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TC-AT-A-G-TTT--T-TC----AGCC--AC---G-T-GC-CA-TGGAT-----TA-----A-C---G--TC--ACG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--A-T-TG-TTA-G--TCACA--A--T-G-CT---T-TG--TAC-GA----C----ACAATG-CTTTG-T--A------A------A-CG-TC---TG----T-------TACATGAA-GT--AAAC--A--C-GGC-GA--C-A---AC--T
gi|79302                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --------------------CG----TC-AT-A-G-TTT--T-TT----AGCC-ATT---A-A-GT-CA-TGGAT-----TA-----G-C---A--TC--ACA---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-TCT--A-T-TG-TTACG--TCACA--A--T-G-CT---T-TG--TA---------------AACG---TTG------------------A-CG-T----TG----TTAAC---T------A-GT--AAAC--A--T-GGC-GA--C-A---AC--TGCAAC-GGCAA
gi|79303                      :                                                                                                                                                                                                                                         tctgatgaactaacacacacctattcggaacacttagctatttctttcaagttaaggaaaagttccaatacaatttgaatgcaaatagaattg---------------TC--T--G-AT--G-AACT-A----AG-G--C-ACA-CC---------T---AT-T-C--GGAA--TAC-T--T---AG---CAATT--TC--TTTCAAGTT--A----A--GG----------AA--AAGT-TCC---GA---------TA-CG----------TTTCGAATGCAAATAGAAAAG-CG----TC-AT-A-G-TTT--T-GC----AGCC-AAT---A-A-GT-CA-TGAAC-----TA-----G-C---G--TC--ACA---C--ACTA-T-G-C-TA--AC-TCT--A-T-TG-TTACG--TTACA--G--A-G-CT---T-TG--TA---------------AAAG---TTG------------------A-CG-T----TG----T-------T------A-GT--AAAT--A--T-GGC-GA--C-A---AC--TTTATC-GGCAA
gi|79304                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --TAT-AC---A--AA--AAGA-CCC---AA---------AA-TG----------TT--------------------CG----TC-AT-A-G-TTT--T-TC----AGCC-AAC---G-T-GT-CA-TGGAT-----TA-----A-C---G--TC--ACG---T--ATTA-C-G-C-TA--AC-GCT--G-T-TG-TTACG--TCACA--A--T-G------T-TGTTTAC-GC----C----ACAATG-CTTTG-T--T------A------A-CG-T----TG----T-------A------A-GT--AAAC--A--C-AGC-GA--A-A---AC--TTCAAC-GACAA
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