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lowQualScore                  :        ....... .  . .   ....  . .     . ......   .     ...   ......   . .   .. .. ............................. ......  ....  ..... ............ . .  . ...    ..   . .    ...     .    .... . ..       
lowQualScore                  :        0000000 6  2 4   5555  1 0     0 777777   0     555   333333   9 9   33 33 55555555555555555555555555555 333333  0000  33333 888888888888 0 0  0 777    22   0 0    999     0    6666 1 55       
consensus                     : CCCCCTTG------A-CAGA-TGT----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A----------C-------T-A------TT----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CAAA-G-TTTC--NTGGAA-ATCC----A-T--CGACAAA
Reference ( gi|107025 )       : CCCCCTTC------A-CAAA-TGT----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A----------C-------C-A------TT----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-TAAA-G-TTTC--GTGGAA-ATCC----A-T--CAACAAA
gi|107027                     : CCCCCCTG------A-CAGA-TGT----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCT---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A----------C-------C-A------TT----AC-----T--------A---A-G-AA-C---TTTT-TAAA-G-TTTC--TTGGAA-ATCC----A-T--CAACAAA
gi|107026                     : CCCCCTTG------A-CAGA-TGT----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCA---ATC------CAA-A-CTT--T--T--------A----------A-------T-A------TT----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-TAAA-G-TTTC--CTGGAA-ATCC----A-T--TAATAAAt
gi|107030                     : CCCCCTTG------A-CAGA-TGT----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATTCT---GTC------CAA-G-GTT--T--T--------A----------C-------T-A------TT----AC-----T--------A---A-C-AA-T---TTCCTTAAA-G-TTTC--CAAGAA-ATCC----A-T--TAt
gi|107028                     : CCCACTTG------A-CAAA-TGT----CT-G-TGAAA-A------TCA-ATCTT---ATCTATCTCCAA-G-CTT--T--T--------A----------C-------T-A------TC----AC-----T--------A---A-C-AA-T---TTCC-CAAAGG-TTTC--GTAGAA-ATCC----G-T--CAA
gi|107032                     : CCCCCTTG------A-CAGT-TGT----TT-C-TGAAA-A------TAA-ATCCC---ATC------CAA-G-GT------------------------------------A------TT----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-AAAA-G-TTTC--ATGAAA-ATCC----A-T--TAACAAAggaat
gi|107035                     : CCCCCTTG--------------GT----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A----------C-------T-T------TA----AG-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CAAA-G-TTTC--GTTGAA-ATCC----A-T--CAAGAAAt
gi|107033                     : CTCCCTTG------A-CAGA-TGT----CT----GACA-A------TCA-ATCCC---AAA------CAA-G-CTT--T--C--------A----------C-------T-AAA----TT----AT-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CAAA-G-TTTC--ATAGAA-ATCC----A-T--CCACAAAt
gi|107031                     : CCCCCTTG------A-TAGA-TGT----CT-C-CAGAA-A------TCA-ATCCC---CTC------CAA-G-CTT--T--T--------A----------C-------T-A------T--------------------------------C---TTCC-CTAA-G-CTTC--CTGGAA-ATCC----A-T--CAAt
gi|107037                     : CCCCCTTG------A-CAGA-T-------------AAA-A------TTA-ATCCCTGCATC------CAA-A-CCT--T--T--------A----------C-------C-A------TT----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCT-CAAA-G-TTTC--CTGGAA-
gi|107034                     : CTCCCTTG------T-TAGA-TGT----CT-A-TAAAA-A------TCA-ATTCC---ATG------TAA-C-CTT--T--T--------G----------C-------T-A------TT----CA-----T--------A---A-T-AA-A---TTCC-CAAA-G-TTTC--ATAGAA-ATCC----A-T--TCACAA
gi|107039                     : CCCCCTTTTGGACTA-CGGA-TGT----CT-T---AAA-A------TCA--TCCA---GTC------CAA-G-CTT--T--TGCAAGTTGA----------C-------T-A------TT----AC-----T--------A---A-C-AA-CTATTTCC-AAAA-C-TTTCCGATAGAA-AATC----ATT--CAACAA
gi|107040                     : CCCCATTG------A-TAGA-TGT----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CAA-G-C
gi|107038                     : CCCCCTTGG-----A-CAGACTGTACATCT-CGTAAAA-A------TCA-ATTCC---AT-------CAA-G-TTTA-T--T--------AAACTAAAACTT-------C-A-------T----ACT----T--------A---A-A-AA-C---TTCC--AAA-G-TTT---GC-GAA-ATCC----A-T--CAACAAA
gi|107041                     : CCTCTTTG------A-CTGA-TGT----CTGC-TAAAA-AATAA--CCA-ATCCA---ATC------CAA-G-TTT--T----------------------C-------T-A------TT-----C-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CCAA-G--TTCAAATAGAA-ATCt
gi|107042                     : CCCCCTTG------A-CAGA-TTT----TT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCA---ATC------T--------------------------------------------------TT----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCG-TA
gi|107045                     :  CCCCCCA------A-CAGA-TGT----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CAA-G-CCT--T--T--------A----------C-------T-A------TT----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-AAAG-G-TTTC--CTGGAA-ATCC----T-T--TCACAAA
gi|107044                     :  CCCCTTG------T-CAGC-TGT----CT-C-TTAAACG------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A----------C-------T-A------TC----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTTC-CAAA-G-TTTC--CTGGAA-ATCC----A-T--CAATAAAt
gi|107047                     :  CCCCTTA------AATAGA-TGT----CT-C-TAAAA-A------CCT-ATCCC---ATC------CAA-G-CTG--T--T--------A----------C-------T-A------TT----AC-----T--------A---A-C-GA-C---TTCT-GAAG-G-TTCC--CTGGAA-ATCC----A-G--CAACAGAt
gi|107048                     :  CTCTTTG------A-CAGA-CGT----CT-C-TAAAA-G------GCA-ATCCC---AAT------CAT-G-CTT--A--T--------A----------C-------C-A------TT----AC-----T--------T---A-C-AA-T---TTCC-TAAA-G-TTTC--ATGGAA-ATCC----A-T--TGACAA
gi|107046                     :  CCCCTTC------A-TAA--TGT----CT-C-TAAAA-A------TGA-ATTCT---AAC------CAA-G-CTT--T--T--------A----------CTACAATGT-A------TT----AT-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CAAA-G-TGTC--ATAGAA-ATCT----A-T--TGACA
gi|107043                     :  CCCCTTG------A-AAGA-TGT----GT-C-TAGAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CTT-G-CTT--T--T--------A----------T-------T-AATTTATTT----AC-----T--------T---A-C-AA-T---TTCC-TAAA-G-TTTC--ATAAAA-TTCT----A-T--CAACAAA
gi|107049                     :  CCCCTTG------A-CAGA-TGT----CT-C-TAAAA-A------TCA-ATTCC---ATC--------A-G-C-T--T--T--------A----------C-------C-A------TT----AC-----T--------A---A-T-At
gi|107050                     :   CCCCTG------A-TAGA-TGT----CT-T-TGAAA-A------TTA----------TC------AAA-G-CTT--T--A--------A----------C-------T-A------TT----AC-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-AAAA-G-TTTC--CTGGAA-ATCC----A-T--CAACAAA
gi|107052                     :   CCCTTG------A-CAGA-TTT----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATTCC---ATT------GTA-G-CTT--T--T--------A----------C-------T-A------TT----AT-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-ATAA-G-TTTC--CAATCA-ATGC----A-T--CAAGAAAt
gi|107029                     :                -CAGA-TGT----CT-C-CGAAA-A------TCA-ATCCC---TTC------CAA-G-TTT--T--T--------TTTT-------C-------T-A------TA----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CAAA-G-TTTG--GTGGAA-ATCC----A-T--t
gi|107053                     :   cccccatgacacctgAGA-TTT----TT-C-TAAAA-AA-----TCA-ATCCC---ATT------CAA-A-CGT--T--T--------A----------C-------T-A------TT----TC-----G--------T---C-C-AG-C---TTTC-CAAA-G-TTTT--CTGGAA-ATCC----A-T--TGACAAA
gi|107054                     :               ccttgA-TGT----TT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------C----------C-------T-A------AA----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CAAG-A-TTTT--GTAAAA-ATCC----A-A--CGACAAAt
gi|107057                     :               tgaccg-TGT----CC-C-TTGAC-A------TCA-ATCCA---ATT------CAT-G-CTC--A--T--------A----------C-------T-T------TT----AC----------------------AA-T---TTCC-AATA-G-TTTC--ATGGAA-ATCC----A-T--TGATAA
gi|107055                     :                     ggGT----CT-C-AAAAT-A------TCA-ATTCC---ATCGAT---CAACG-CTT--T--T--------A----------C-------T-A------TT----AC-----T--------AT--A-C-AA-C---TTCC-CAAG-G-TTCC---TGGAA-ATCCATGGA-T--CAACAAA
gi|107058                     :                  agatgGT----CT---TAAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-GTCTT--T--TA-------A----------C-------T-AAG----TT----GCATACTT--------A---A-A-AA-C---TTCC-AAAA-G-TTTCT-GCGGAA-ATCC----A-TCCCAACCAAt
gi|107059                     :                        T----CT---TGACG-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A----------C-------T-A------TT----AC-----TAG------A---A-T-AT-T---TTCC-TAAA-A-TTTC--GTAGAA-ATCC----A-T--CGAGAAAt
gi|107051                     :                         ----CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CCT--T--T--------A----------C-------T-A------TT----AC-----C--------A---A-C-AA-C---TTCC-CAAA-G-TTTC--CTGGAA-ATCC----A-T--CAACAAAt
gi|107060                     :                 ccattgac----CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-GTT--T--T--------A----------C-------T-A------TT----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CAAA-G-TTTC--CTGGCG-ATCC----A-T--CAACAAAt
gi|107061                     :                         ----CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCAC---ACC------CAA-G-CTT--T--T--------A----------C-------T-A------TT----AC-----G--------A---A-CAAA-A---TTCT-CAAA-G-TTTC--ATGGAA-ATCC----A-T--TGACAAAt
gi|107062                     :                              T-C-TGAAA-AGTATTATCATATTCCT--ATCGCTT--CAA-G-CTTGCTAAT--------A----------C-------T-A------TT----AC-----T--------ATAGA-C-AA-C---TTC--TCAA-G-TGTC--CTGGAA-ATCCATTGA-T--CAACAAAt
gi|107056                     :                               -C-TGAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--C--------A----------C-------T-A------TT----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CAAA-G-TTTC--CTGGAA-ATCC----A-T--TAACAAAt
gi|107063                     :                          gatgc-C-TAAAA-A------ATA-GTTCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A----------T-------C-AC-----TT----GC-----T--------A---A-C-AATC---TTCC-TCAA-GTTTTC--GTAGAATATCt
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gi|107065                     :                                 -TGAAT-G------TCA-ACCCC---ATC------CAA-G-TTT--T--T--------A----------C-------C-A------TTTTTAAA-----T--------A---A-G-AA-C---TTCC---------------TGGAA-ATCC----A-T--CAACAAAt
gi|107066                     :                                    AAC-A------TC---TCCNT--ACC------CAA-G-CTT--T--T--------T----------C-------T-A------TT----AC-----TCTACATGTA---A-C-AT-C---TCCC-CAAA-G-TTTC--CTGGAA-ATAT----A-T--CAACAAAt
gi|107036                     :                                       -A------TCA-ATCCC---ATC------CA---------T--T--------A--------------------A------TA----AC-----A--------A---AAC-AA-C---TTCC-TAAA-G-TTTT--GTGGAA-ATCC----A-T--TGACAAAt
gi|107067                     :                               cccccttgac------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--C--T--------C----------C-------T-A------TA----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-AAAA-G-TTTC--CTGGAA-ATCT----A-T--CAACAAAt
gi|107068                     :                                                      CC---CTC------CAA-G-TTT--T--T--------T----------T-------CTA------TA----AC-----T--------G---A-C-AA-C---TTCC-CAGA-G-TTTC--GTGGAA-ATCC----A-T--CAAGAAAt





Alignments
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lowQualScore                  :        ... . . ... ......  .  . ....  . .     . ......   .     ...   ......   . .   .. .. ........ ...   ....... .. ....  ..... ........ ... . .  . ...    .. .  .     ...     .    .... .  . .    
lowQualScore                  :        333 3 3 333 555555  2  1 3333  0 0     0 666666   9     444   111111   9 9   22 33 33333333 888   5555555 33 0000  33333 66666666 666 9 9  0 777    00 0  0     000     0    2222 1  2 1    
consensus                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--NTGGAA-ATCC----A-TCGA-CAAA
Reference ( family-442 )      : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--NTGGAA-ATCC----A-TCGA-CAAA
gi|107025                     : CCCCCTT---C-A-C---A------AA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-TA-AA-GTTTC--GTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAA
gi|107026                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCA---ATC------CAA-A-CTT--T--T--------A---ATA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-TA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TTAA-TAAA
gi|107027                     : CCCCCCT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCT---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-G-AA-C---TTTT-TA-AA-GTTTC--TTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107028                     : CCCACTT---G-A-C---A------AA-TG-T----CT-G-TGAAA-A------TCA-ATCTT---ATCTATCTCCAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--C----AC-----T--------A---A-C-AA-T---TTCC-CA-AAGGTTTC--GTAGAA-ATCC----G-TCAA-t
gi|107029                     : CCCCCAT---G-A-C---ACCTGCAGA-TG-T----CT-C-CGAAA-A------TCA-ATCCC---TTC------CAA-G-TTT--T--T--------TTTTCTA-------T--A----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTG--GTGGAA-ATCC----A-TCggaat
gi|107030                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATTCT---GTC------CAA-G-GTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-T---TTCCTTA-AA-GTTTC--CAAGAA-ATCC----A-T
gi|107031                     : CCCCCTT---G-A-T---A------GA-TG-T----CT-C-CAGAA-A------TCA-ATCCC---CTC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T----------------------------------C---TTCC-CT-AA-GCTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-ta
gi|107032                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GT-TG-T----TT-C-TGAAA-A------TAA-ATCCC---ATC------CAA-G----------------------GTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-AA-AA-GTTTC--ATGAAA-ATCC----A-TTAA-CAAA
gi|107033                     : CTCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT----GACA-A------TCA-ATCCC---AAA------CAA-G-CTT--T--C--------A---CTAAA-----T--T----AT-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CA-AA-GTTTC--ATAGAA-ATCC----A-TCCA-CAAAt
gi|107034                     : CTCCCTT---G-T-T---A------GA-TG-T----CT-A-TAAAA-A------TCA-ATTCC---ATG------TAA-C-CTT--T--T--------G---CTA-------T--T----CA-----T--------A---A-T-AA-A---TTCC-CA-AA-GTTTC--ATAGAA-ATCC----A-TTCA-CAAt
gi|107035                     : CCCCCTT---G------------------G-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTT-------T--A----AG-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CA-AA-GTTTC--GTTGAA-ATCC----A-TCAA-GAAA
gi|107036                     : CCCCCTT---G-A-C---A-----------------------------------TCA-ATCCC---ATC------CA---------T--T--------A---ATA---------------AC-----A--------A---AAC-AA-C---TTCC-TA-AA-GTTTT--GTGGAA-ATCC----A-TTGA-CAAAt
gi|107037                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-T--------------AAA-A------TTA-ATCCCTGCATC------CAA-A-CCT--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCT-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-t
gi|107038                     : CCCCCTT---GGA-C---A------GACTG-TACATCT-CGTAAAA-A------TCA-ATTCC---ATC-------AA-G-TTTA-T--T--------AAA-CTAAAACT--TCAT----AC-----TT-------A---A-A-AA-C---TTCC--A-AA-GTTTG--C--GAA-ATCC----A-TCAA-CAAA
gi|107039                     : CCCCCTTTTGG-A-CTACG------GA-TG-T----CT-T---AAA-A------TCA--TCCA---GTC------CAA-G-CTT--T--TGCAAGTTGA---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-CTATTTCC-AA-AA-CTTTCCGATAGAA-AATC----ATTCAA-CAAt
gi|107040                     : CCCCATT---G-A-T---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CAA-G-C
gi|107041                     : CCTCTTT---G-A-C---T------GA-TG-T----CTGC-TAAAA-AATAA--CCA-ATCCA---ATC------CAA-G-TTT--T---------------CTA-------T--T-----C-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CC-AA-G-TTCAAATAGAA-ATC
gi|107042                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TT-T----TT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCA---ATC------T------------------------------------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTC
gi|107043                     :  CCCCTT---G-A-A---A------GA-TG-T----GT-C-TAGAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CTT-G-CTT--T--T--------A---TTAATTTAT-T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-T---TTCC-TA-AA-GTTTC--ATAAAA-TTCT----A-TCAA-CAAAgta
gi|107044                     :  CCCCTT---G-T-C---A------GC-TG-T----CT-C-TTAAACG------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--C----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTTC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-TAAAt
gi|107045                     :  CCCCCC---A-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CAA-G-CCT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-AA-AG-GTTTC--CTGGAA-ATCC----T-TTCA-CAAAt
gi|107046                     :  CCCCTT---C-A-T---A-------A-TG-T----CT-C-TAAAA-A------TGA-ATTCT---AAC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTACAATGTAT--T----AT-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTGTC--ATAGAA-ATCT----A-TTGA-CAt
gi|107047                     :  CCCCTT---A-AAT---A------GA-TG-T----CT-C-TAAAA-A------CCT-ATCCC---ATC------CAA-G-CTG--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-GA-C---TTCT-GA-AG-GTTCC--CTGGAA-ATCC----A-GCAA-CAGA
gi|107048                     :  CTCTTT---G-A-C---A------GA-CG-T----CT-C-TAAAA-G------GCA-ATCCC---AAT------CAT-G-CTT--A--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-T---TTCC-TA-AA-GTTTC--ATGGAA-ATCC----A-TTGA-CAA
gi|107049                     :  CCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TAAAA-A------TCA-ATTCC---ATC--------A-G-C-T--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-T-A
gi|107050                     :   CCCCT---G-A-T---A------GA-TG-T----CT-T-TGAAA-A------TTA----------TC------AAA-G-CTT--T--A--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-AA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAA
gi|107051                     :   CCATT---G-A-C---------------------CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CCT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----C--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107052                     :   CCCTT---G-A-C---A------GA-TT-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATTCC---ATT------GTA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AT-----T--------A---A-C--A-T---TTTC-CATAA-GTTTC--CAATCA-ATGC----A-TCAA-GAAAt
gi|107053                     :    CCTT---G-A------------GA-TT-T----TT-C-TAAAA-AA-----TCA-ATCCC---ATT------CAA-A-CGT--T--T--------A---CTA-------T--T----TC-----G--------T---C-C-AG-C---TTTC-CA-AA-GTTTT--CTGGAA-ATCC----A-TTGA-CAAAt
gi|107054                     :       T---G-A-C---C------GA-TG-T----TT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------C---CTA-------A--A----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AG-ATTTT--GTAAAA-ATCC----A-ACGA-CAAAt
gi|107055                     :                ---A------GA-TGGT----CT-C-AAAAT-A------TCA-ATTCC---ATCGAT---CAACG-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------AT--A-C-AA-C---TTCC-CA-AG-G-TTC--CTGGAA-ATCCATGGA-TCAA-CAAA
gi|107056                     :                    ------GA-TG-C----CT----GAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--C--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TTAA-CAAAt
gi|107057                     :                    ------GG-TG-T----CC-C-TTGAC-A------TCA-ATCCA---ATT------CAT-G-CTC--A--T--------A---CTT-------T--T----AC----------------------AA-T---TTCC-AA-TA-GTTTC--ATGGAA-ATCC----A-TTGA-TAAt
gi|107058                     :                              G-T----CT---TAAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-GTCTT--T--TA-------A---CTAAG-----T--T----GCATACTT--------A---A-A-AA-C---TTCC-AA-AA-GTTTCT-GCGGAA-ATCC----A-TC
gi|107059                     :                               -T----CT---TGACG-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----TAG------A---A-T-AT-T---TTCC-TA-AA-ATTTC--GTAGAA-ATCC----A-TCGA-GAAAccaaccaat
gi|107060                     :                                 ----CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-GTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--CTGGCG-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107061                     :                                 ----CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCAC---ACC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----G--------A---A-CAAA-A---TTCT-CA-AA-GTTTC--ATGGAA-ATCC----A-TTGA-CAAAt
gi|107062                     :                                      T-C-TGAAA-AGTATTATCATATTCCT--ATCGCTT--CAA-G-CTTGCTAAT--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------ATAGA-C-AA-C---TTCT-CA-A--GTGTC--CTGGAA-ATCC----A-TTGATCAAt
gi|107063                     :                                       -C-TAAAA-A------ATA-GTTCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---TCAC------T--T----GC-----T--------A---A-C-AATC---TTCCTCA-AG-TTTTC--GTAGAATATCcaaat
gi|107064                     :                                       -C-TGAAT-G------TCA-ATTTC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----GA-----T--------A---A-G-AA-----------------TTTC--CTGCAA-ATCC----A-TCGA-CAAA
gi|107065                     :                                         -TGAAT-G------TCA-ACCCC---ATC------CAA-G-TTT--T--T--------A---CCA-------T--TTTTAAA-----T--------A---A-G-AA-C---TTCC---------------TGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107066                     :                                            AAC-A------TC---TCCNT--ACC------CAA-G-CTT--T--T--------T---CTA-------T--T----AC-----TCTACATGTA---A-C-AT-C---TCCC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATAT----A-TCAA-CAAAt
gi|107067                     :                                                 ------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--C--T--------C---CTA-------T--A----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-AA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCT----A-TCAA-CAAAt
gi|107068                     :                                                              CC---CTC------CAA-G-TTT--T--T--------TT--CTA-------T--A----AC-----T--------G---A-C-AA-C---TTCC-CA-GA-GTTTC--GTGGAA-ATCC----A-TCAA-GAAAt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                          1111111                                                                                   
lowQualScore                  :        222 1 1 222 333333  1  1 2222  1 1     1 555555   0     333   666666   0 0   22 11 44444444 333   1111111 11 2222  22222 55555555 222 0 0  1 111    33 1  1     555     1    2222 1  2 1    
lowQualScore                  :        ... . . ... ......  .  . ....  . .     . ......   .     ...   ......   . .   .. .. ........ ...   ....... .. ....  ..... ........ ... . .  . ...    .. .  .     ...     .    .... .  . .    
lowQualScore                  :        333 3 3 333 555555  2  1 3333  0 0     0 666666   9     444   111111   9 9   22 33 33333333 888   5555555 33 0000  33333 66666666 666 9 9  0 777    00 0  0     000     0    2222 1  2 1    
consensus                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--NTGGAA-ATCC----A-TCGA-CAAA
Reference ( family-442 )      : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--NTGGAA-ATCC----A-TCGA-CAAA
gi|107025                     : CCCCCTT---C-A-C---A------AA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-TA-AA-GTTTC--GTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAA
gi|107026                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCA---ATC------CAA-A-CTT--T--T--------A---ATA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-TA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TTAA-TAAA
gi|107027                     : CCCCCCT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCT---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-G-AA-C---TTTT-TA-AA-GTTTC--TTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107028                     : CCCACTT---G-A-C---A------AA-TG-T----CT-G-TGAAA-A------TCA-ATCTT---ATCTATCTCCAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--C----AC-----T--------A---A-C-AA-T---TTCC-CA-AAGGTTTC--GTAGAA-ATCC----G-TCAA-t
gi|107029                     : CCCCCAT---G-A-C---ACCTGCAGA-TG-T----CT-C-CGAAA-A------TCA-ATCCC---TTC------CAA-G-TTT--T--T--------TTTTCTA-------T--A----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTG--GTGGAA-ATCC----A-TCggaat
gi|107030                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATTCT---GTC------CAA-G-GTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-T---TTCCTTA-AA-GTTTC--CAAGAA-ATCC----A-T
gi|107031                     : CCCCCTT---G-A-T---A------GA-TG-T----CT-C-CAGAA-A------TCA-ATCCC---CTC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T----------------------------------C---TTCC-CT-AA-GCTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-ta
gi|107032                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GT-TG-T----TT-C-TGAAA-A------TAA-ATCCC---ATC------CAA-G----------------------GTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-AA-AA-GTTTC--ATGAAA-ATCC----A-TTAA-CAAA
gi|107033                     : CTCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT----GACA-A------TCA-ATCCC---AAA------CAA-G-CTT--T--C--------A---CTAAA-----T--T----AT-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CA-AA-GTTTC--ATAGAA-ATCC----A-TCCA-CAAAt
gi|107034                     : CTCCCTT---G-T-T---A------GA-TG-T----CT-A-TAAAA-A------TCA-ATTCC---ATG------TAA-C-CTT--T--T--------G---CTA-------T--T----CA-----T--------A---A-T-AA-A---TTCC-CA-AA-GTTTC--ATAGAA-ATCC----A-TTCA-CAAt
gi|107035                     : CCCCCTT---G------------------G-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTT-------T--A----AG-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CA-AA-GTTTC--GTTGAA-ATCC----A-TCAA-GAAA
gi|107036                     : CCCCCTT---G-A-C---A-----------------------------------TCA-ATCCC---ATC------CA---------T--T--------A---ATA---------------AC-----A--------A---AAC-AA-C---TTCC-TA-AA-GTTTT--GTGGAA-ATCC----A-TTGA-CAAAt
gi|107037                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-T--------------AAA-A------TTA-ATCCCTGCATC------CAA-A-CCT--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCT-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-t
gi|107038                     : CCCCCTT---GGA-C---A------GACTG-TACATCT-CGTAAAA-A------TCA-ATTCC---ATC-------AA-G-TTTA-T--T--------AAA-CTAAAACT--TCAT----AC-----TT-------A---A-A-AA-C---TTCC--A-AA-GTTTG--C--GAA-ATCC----A-TCAA-CAAA
gi|107039                     : CCCCCTTTTGG-A-CTACG------GA-TG-T----CT-T---AAA-A------TCA--TCCA---GTC------CAA-G-CTT--T--TGCAAGTTGA---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-CTATTTCC-AA-AA-CTTTCCGATAGAA-AATC----ATTCAA-CAAt
gi|107040                     : CCCCATT---G-A-T---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CAA-G-C
gi|107041                     : CCTCTTT---G-A-C---T------GA-TG-T----CTGC-TAAAA-AATAA--CCA-ATCCA---ATC------CAA-G-TTT--T---------------CTA-------T--T-----C-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CC-AA-G-TTCAAATAGAA-ATC
gi|107042                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TT-T----TT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCA---ATC------T------------------------------------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTC
gi|107043                     :  CCCCTT---G-A-A---A------GA-TG-T----GT-C-TAGAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CTT-G-CTT--T--T--------A---TTAATTTAT-T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-T---TTCC-TA-AA-GTTTC--ATAAAA-TTCT----A-TCAA-CAAAgta
gi|107044                     :  CCCCTT---G-T-C---A------GC-TG-T----CT-C-TTAAACG------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--C----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTTC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-TAAAt
gi|107045                     :  CCCCCC---A-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CAA-G-CCT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-AA-AG-GTTTC--CTGGAA-ATCC----T-TTCA-CAAAt
gi|107046                     :  CCCCTT---C-A-T---A-------A-TG-T----CT-C-TAAAA-A------TGA-ATTCT---AAC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTACAATGTAT--T----AT-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTGTC--ATAGAA-ATCT----A-TTGA-CAt
gi|107047                     :  CCCCTT---A-AAT---A------GA-TG-T----CT-C-TAAAA-A------CCT-ATCCC---ATC------CAA-G-CTG--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-GA-C---TTCT-GA-AG-GTTCC--CTGGAA-ATCC----A-GCAA-CAGA
gi|107048                     :  CTCTTT---G-A-C---A------GA-CG-T----CT-C-TAAAA-G------GCA-ATCCC---AAT------CAT-G-CTT--A--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-T---TTCC-TA-AA-GTTTC--ATGGAA-ATCC----A-TTGA-CAA
gi|107049                     :  CCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TAAAA-A------TCA-ATTCC---ATC--------A-G-C-T--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-T-A
gi|107050                     :   CCCCT---G-A-T---A------GA-TG-T----CT-T-TGAAA-A------TTA----------TC------AAA-G-CTT--T--A--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-AA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAA
gi|107051                     :   CCATT---G-A-C---------------------CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CCT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----C--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107052                     :   CCCTT---G-A-C---A------GA-TT-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATTCC---ATT------GTA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AT-----T--------A---A-C--A-T---TTTC-CATAA-GTTTC--CAATCA-ATGC----A-TCAA-GAAAt
gi|107053                     :    CCTT---G-A------------GA-TT-T----TT-C-TAAAA-AA-----TCA-ATCCC---ATT------CAA-A-CGT--T--T--------A---CTA-------T--T----TC-----G--------T---C-C-AG-C---TTTC-CA-AA-GTTTT--CTGGAA-ATCC----A-TTGA-CAAAt
gi|107054                     :       T---G-A-C---C------GA-TG-T----TT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------C---CTA-------A--A----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AG-ATTTT--GTAAAA-ATCC----A-ACGA-CAAAt
gi|107055                     :                ---A------GA-TGGT----CT-C-AAAAT-A------TCA-ATTCC---ATCGAT---CAACG-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------AT--A-C-AA-C---TTCC-CA-AG-G-TTC--CTGGAA-ATCCATGGA-TCAA-CAAA
gi|107056                     :                    ------GA-TG-C----CT----GAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--C--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TTAA-CAAAt
gi|107057                     :                    ------GG-TG-T----CC-C-TTGAC-A------TCA-ATCCA---ATT------CAT-G-CTC--A--T--------A---CTT-------T--T----AC----------------------AA-T---TTCC-AA-TA-GTTTC--ATGGAA-ATCC----A-TTGA-TAAt
gi|107058                     :                              G-T----CT---TAAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-GTCTT--T--TA-------A---CTAAG-----T--T----GCATACTT--------A---A-A-AA-C---TTCC-AA-AA-GTTTCT-GCGGAA-ATCC----A-TC
gi|107059                     :                               -T----CT---TGACG-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----TAG------A---A-T-AT-T---TTCC-TA-AA-ATTTC--GTAGAA-ATCC----A-TCGA-GAAAccaaccaat
gi|107060                     :                                 ----CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-GTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--CTGGCG-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107061                     :                                 ----CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCAC---ACC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----G--------A---A-CAAA-A---TTCT-CA-AA-GTTTC--ATGGAA-ATCC----A-TTGA-CAAAt
gi|107062                     :                                      T-C-TGAAA-AGTATTATCATATTCCT--ATCGCTT--CAA-G-CTTGCTAAT--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------ATAGA-C-AA-C---TTCT-CA-A--GTGTC--CTGGAA-ATCC----A-TTGATCAAt
gi|107063                     :                                       -C-TAAAA-A------ATA-GTTCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---TCAC------T--T----GC-----T--------A---A-C-AATC---TTCCTCA-AG-TTTTC--GTAGAATATCcaaat
gi|107064                     :                                       -C-TGAAT-G------TCA-ATTTC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----GA-----T--------A---A-G-AA-----------------TTTC--CTGCAA-ATCC----A-TCGA-CAAA
gi|107065                     :                                         -TGAAT-G------TCA-ACCCC---ATC------CAA-G-TTT--T--T--------A---CCA-------T--TTTTAAA-----T--------A---A-G-AA-C---TTCC---------------TGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107066                     :                                            AAC-A------TC---TCCNT--ACC------CAA-G-CTT--T--T--------T---CTA-------T--T----AC-----TCTACATGTA---A-C-AT-C---TCCC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATAT----A-TCAA-CAAAt
gi|107067                     :                                                 ------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--C--T--------C---CTA-------T--A----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-AA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCT----A-TCAA-CAAAt
gi|107068                     :                                                              CC---CTC------CAA-G-TTT--T--T--------TT--CTA-------T--A----AC-----T--------G---A-C-AA-C---TTCC-CA-GA-GTTTC--GTGGAA-ATCC----A-TCAA-GAAAt


blockSeqs                     :        TTG G A TAC CCTGCA  C  G ACAT  G         GTATTA         TGC   TATCTC         GC AA GCAAGTTG TTT   CAATGTA CA TTTA  ATACT CTACATGT TAG        TAT    TT          CGA          ATGG T  A T
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         ATAA           T     GCTT           A  .  A        AA    ATTTAT  .  .     .     AG       T          .      TC          AAA          .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         A              T     GAT            .  .  .        T     AAACT   .  .     .     T        .          .      T           TG           .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     AA      .  .     .     .        .          .      T           C            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     AG      .  .     .     .        .          .      C           T            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     C       .  .     .     .        .          .      C           G            .    .  C .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           G            .    .  C .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      A           C            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .  G .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           A            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           A            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      T           A            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           G            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      A           G            .    .  C .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .  G .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      T           C            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           A            .    .  G .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      A           C            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      G           A            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      T           C            .    .  G .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      A           A            .    .  G .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .  G .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .  G .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           G            .    .  A .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .  G .
blockSeqs                     :        .   . . .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      A           C            .    .  G .
blockSeqs                     :                .   .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      A           A            .    .  G .
blockSeqs                     :                    .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      T           G            .    .  A .
blockSeqs                     :                    .       .  . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .  A .
blockSeqs                     :                               . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           A            .    .  A .
blockSeqs                     :                               . .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .  A .
blockSeqs                     :                                 .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           G            .    .     
blockSeqs                     :                                 .     .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      A           C            .    .     
blockSeqs                     :                                       .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      C           C            .    .     
blockSeqs                     :                                       .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      .           C                       
blockSeqs                     :                                       .         .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .      .           G                       
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blockSeqs                     :                                                 .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .          .                                          
blockSeqs                     :                                                 .              .     .              .  .  .        .     .       .  .     .     .        .                                                     
blockSeqs                     :                                                                .     .                                                                                                                         


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--NTGGAA-ATCC----A-TCGA-CAAA
finalCons                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--NTGGAA-ATCC----A-TCGA-CAAA





Alignments
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lowQualScore                  :        ... . . ... ......  .  . ....  . .     . ......   .     ...   ......   . .   .. .. ........ ...   ....... .. ....  ..... ........ ... . .  . ...    .. .  .     ...     .    .... .  . .    
lowQualScore                  :        333 3 3 333 555555  2  1 3333  0 0     0 666666   9     444   111111   9 9   22 33 33333333 888   5555555 33 0000  33333 66666666 666 9 9  0 777    00 0  0     000     0    2222 1  2 1    
consensus                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--NTGGAA-ATCC----A-TCGA-CAAA
Reference ( family-442 )      : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--NTGGAA-ATCC----A-TCGA-CAAA
gi|107025                     : CCCCCTT---C-A-C---A------AA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-TA-AA-GTTTC--GTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAA
gi|107026                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCA---ATC------CAA-A-CTT--T--T--------A---ATA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-TA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TTAA-TAAA
gi|107027                     : CCCCCCT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCT---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-G-AA-C---TTTT-TA-AA-GTTTC--TTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107028                     : CCCACTT---G-A-C---A------AA-TG-T----CT-G-TGAAA-A------TCA-ATCTT---ATCTATCTCCAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--C----AC-----T--------A---A-C-AA-T---TTCC-CA-AAGGTTTC--GTAGAA-ATCC----G-TCAA-t
gi|107029                     : CCCCCAT---G-A-C---ACCTGCAGA-TG-T----CT-C-CGAAA-A------TCA-ATCCC---TTC------CAA-G-TTT--T--T--------TTTTCTA-------T--A----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTG--GTGGAA-ATCC----A-TCggaat
gi|107030                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATTCT---GTC------CAA-G-GTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-T---TTCCTTA-AA-GTTTC--CAAGAA-ATCC----A-T
gi|107031                     : CCCCCTT---G-A-T---A------GA-TG-T----CT-C-CAGAA-A------TCA-ATCCC---CTC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T----------------------------------C---TTCC-CT-AA-GCTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-ta
gi|107032                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GT-TG-T----TT-C-TGAAA-A------TAA-ATCCC---ATC------CAA-G----------------------GTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-AA-AA-GTTTC--ATGAAA-ATCC----A-TTAA-CAAA
gi|107033                     : CTCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT----GACA-A------TCA-ATCCC---AAA------CAA-G-CTT--T--C--------A---CTAAA-----T--T----AT-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CA-AA-GTTTC--ATAGAA-ATCC----A-TCCA-CAAAt
gi|107034                     : CTCCCTT---G-T-T---A------GA-TG-T----CT-A-TAAAA-A------TCA-ATTCC---ATG------TAA-C-CTT--T--T--------G---CTA-------T--T----CA-----T--------A---A-T-AA-A---TTCC-CA-AA-GTTTC--ATAGAA-ATCC----A-TTCA-CAAt
gi|107035                     : CCCCCTT---G------------------G-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTT-------T--A----AG-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CA-AA-GTTTC--GTTGAA-ATCC----A-TCAA-GAAA
gi|107036                     : CCCCCTT---G-A-C---A-----------------------------------TCA-ATCCC---ATC------CA---------T--T--------A---ATA---------------AC-----A--------A---AAC-AA-C---TTCC-TA-AA-GTTTT--GTGGAA-ATCC----A-TTGA-CAAAt
gi|107037                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-T--------------AAA-A------TTA-ATCCCTGCATC------CAA-A-CCT--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCT-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-t
gi|107038                     : CCCCCTT---GGA-C---A------GACTG-TACATCT-CGTAAAA-A------TCA-ATTCC---ATC-------AA-G-TTTA-T--T--------AAA-CTAAAACT--TCAT----AC-----TT-------A---A-A-AA-C---TTCC--A-AA-GTTTG--C--GAA-ATCC----A-TCAA-CAAA
gi|107039                     : CCCCCTTTTGG-A-CTACG------GA-TG-T----CT-T---AAA-A------TCA--TCCA---GTC------CAA-G-CTT--T--TGCAAGTTGA---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-CTATTTCC-AA-AA-CTTTCCGATAGAA-AATC----ATTCAA-CAAt
gi|107040                     : CCCCATT---G-A-T---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CAA-G-C
gi|107041                     : CCTCTTT---G-A-C---T------GA-TG-T----CTGC-TAAAA-AATAA--CCA-ATCCA---ATC------CAA-G-TTT--T---------------CTA-------T--T-----C-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-CC-AA-G-TTCAAATAGAA-ATC
gi|107042                     : CCCCCTT---G-A-C---A------GA-TT-T----TT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCA---ATC------T------------------------------------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTC
gi|107043                     :  CCCCTT---G-A-A---A------GA-TG-T----GT-C-TAGAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CTT-G-CTT--T--T--------A---TTAATTTAT-T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-T---TTCC-TA-AA-GTTTC--ATAAAA-TTCT----A-TCAA-CAAAgta
gi|107044                     :  CCCCTT---G-T-C---A------GC-TG-T----CT-C-TTAAACG------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--C----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTTC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-TAAAt
gi|107045                     :  CCCCCC---A-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATT------CAA-G-CCT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-AA-AG-GTTTC--CTGGAA-ATCC----T-TTCA-CAAAt
gi|107046                     :  CCCCTT---C-A-T---A-------A-TG-T----CT-C-TAAAA-A------TGA-ATTCT---AAC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTACAATGTAT--T----AT-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTGTC--ATAGAA-ATCT----A-TTGA-CAt
gi|107047                     :  CCCCTT---A-AAT---A------GA-TG-T----CT-C-TAAAA-A------CCT-ATCCC---ATC------CAA-G-CTG--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-GA-C---TTCT-GA-AG-GTTCC--CTGGAA-ATCC----A-GCAA-CAGA
gi|107048                     :  CTCTTT---G-A-C---A------GA-CG-T----CT-C-TAAAA-G------GCA-ATCCC---AAT------CAT-G-CTT--A--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-T---TTCC-TA-AA-GTTTC--ATGGAA-ATCC----A-TTGA-CAA
gi|107049                     :  CCCCTT---G-A-C---A------GA-TG-T----CT-C-TAAAA-A------TCA-ATTCC---ATC--------A-G-C-T--T--T--------A---CCA-------T--T----AC-----T--------A---A-T-A
gi|107050                     :   CCCCT---G-A-T---A------GA-TG-T----CT-T-TGAAA-A------TTA----------TC------AAA-G-CTT--T--A--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AT-T---TTCC-AA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAA
gi|107051                     :   CCATT---G-A-C---------------------CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CCT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----C--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107052                     :   CCCTT---G-A-C---A------GA-TT-T----CT-C-TGAAA-A------TCA-ATTCC---ATT------GTA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AT-----T--------A---A-C--A-T---TTTC-CATAA-GTTTC--CAATCA-ATGC----A-TCAA-GAAAt
gi|107053                     :    CCTT---G-A------------GA-TT-T----TT-C-TAAAA-AA-----TCA-ATCCC---ATT------CAA-A-CGT--T--T--------A---CTA-------T--T----TC-----G--------T---C-C-AG-C---TTTC-CA-AA-GTTTT--CTGGAA-ATCC----A-TTGA-CAAAt
gi|107054                     :       T---G-A-C---C------GA-TG-T----TT-C-TGAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------C---CTA-------A--A----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AG-ATTTT--GTAAAA-ATCC----A-ACGA-CAAAt
gi|107055                     :                ---A------GA-TGGT----CT-C-AAAAT-A------TCA-ATTCC---ATCGAT---CAACG-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------AT--A-C-AA-C---TTCC-CA-AG-G-TTC--CTGGAA-ATCCATGGA-TCAA-CAAA
gi|107056                     :                    ------GA-TG-C----CT----GAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--C--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------T---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCC----A-TTAA-CAAAt
gi|107057                     :                    ------GG-TG-T----CC-C-TTGAC-A------TCA-ATCCA---ATT------CAT-G-CTC--A--T--------A---CTT-------T--T----AC----------------------AA-T---TTCC-AA-TA-GTTTC--ATGGAA-ATCC----A-TTGA-TAAt
gi|107058                     :                              G-T----CT---TAAAA-A------TCA-ATCCC---ATC------CAA-GTCTT--T--TA-------A---CTAAG-----T--T----GCATACTT--------A---A-A-AA-C---TTCC-AA-AA-GTTTCT-GCGGAA-ATCC----A-TC
gi|107059                     :                               -T----CT---TGACG-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----TAG------A---A-T-AT-T---TTCC-TA-AA-ATTTC--GTAGAA-ATCC----A-TCGA-GAAAccaaccaat
gi|107060                     :                                 ----CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-GTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-CA-AA-GTTTC--CTGGCG-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107061                     :                                 ----CC-C-TGAAT-G------TCA-ATCAC---ACC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----AC-----G--------A---A-CAAA-A---TTCT-CA-AA-GTTTC--ATGGAA-ATCC----A-TTGA-CAAAt
gi|107062                     :                                      T-C-TGAAA-AGTATTATCATATTCCT--ATCGCTT--CAA-G-CTTGCTAAT--------A---CTA-------T--T----AC-----T--------ATAGA-C-AA-C---TTCT-CA-A--GTGTC--CTGGAA-ATCC----A-TTGATCAAt
gi|107063                     :                                       -C-TAAAA-A------ATA-GTTCC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---TCAC------T--T----GC-----T--------A---A-C-AATC---TTCCTCA-AG-TTTTC--GTAGAATATCcaaat
gi|107064                     :                                       -C-TGAAT-G------TCA-ATTTC---ATC------CAA-G-CTT--T--T--------A---CTA-------T--T----GA-----T--------A---A-G-AA-----------------TTTC--CTGCAA-ATCC----A-TCGA-CAAA
gi|107065                     :                                         -TGAAT-G------TCA-ACCCC---ATC------CAA-G-TTT--T--T--------A---CCA-------T--TTTTAAA-----T--------A---A-G-AA-C---TTCC---------------TGGAA-ATCC----A-TCAA-CAAAt
gi|107066                     :                                            AAC-A------TC---TCCNT--ACC------CAA-G-CTT--T--T--------T---CTA-------T--T----AC-----TCTACATGTA---A-C-AT-C---TCCC-CA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATAT----A-TCAA-CAAAt
gi|107067                     :                                                 ------TCA-ATCCC---ATC------CAA-G-CTT--C--T--------C---CTA-------T--A----AC-----T--------A---A-C-AA-C---TTCC-AA-AA-GTTTC--CTGGAA-ATCT----A-TCAA-CAAAt
gi|107068                     :                                                              CC---CTC------CAA-G-TTT--T--T--------TT--CTA-------T--A----AC-----T--------G---A-C-AA-C---TTCC-CA-GA-GTTTC--GTGGAA-ATCC----A-TCAA-GAAAt