lowQualScore                  :                                            11111111         222222222                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :         3333    1   1 1    5  1  22     22 00000000   7777  666666666 22 1 222 1 1  666666 33     1    1  1  1   2222      2   1 1 2 11  1  1 555 1  111    111 1      33   1     1  5555     1   2 2222  2  22 3   1    
lowQualScore                  :         ....    .   . .    .  .  ..     .. ........   ....  ......... .. . ... . .  ...... ..     .    .  .  .   ....      .   . . . ..  .  . ... .  ...    ... .      ..   .     .  ....     .   . ....  .  .. .   .    
lowQualScore                  :         7777    7   7 7    2  7  44     44 66666666   5555  444444444 11 5 777 5 0  222222 88     5    5  5  5   9999      0   0 0 0 33  0  9 666 0  777    777 0      88   0     0  1111     0   1 2222  1  44 1   0    
consensus                     : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------CAC----AT-------ATA--C-C---A-GTAC------T--AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--GC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
Reference ( gi|71758 )        : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------CAC----AT-------GGA--C-C---A-GTAC------T--AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--AC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71759                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------CAC----AT-------ATA--C-C---A-GTAC------T--AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--GC-TG-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71761                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A--TTT-AA-TA--TAGTT-----------CAC----AT-------ATA--C-C---A-GTAC------T--AAACA-TT-C-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--GC-TG-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTGGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71760                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------CAC----AT-------ATA--C-----A-GTAC------T--AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--GC-TG-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCTGCTGG-CGGGG-CC----TTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71762                      : GATGTGAT----TATT-CAC-A-ATTT-GA-TA--TAGTT--T--------CAC----AT-------ATA--TACTTGA-GTAC------T--AAACA-TTGC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--AC-TT-T---C-CTTAATTGA---T-AGCCCT--CAGCCGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTT
gi|71763                      : GATGTGAT----AATT-CGT-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------CGC----AT-------ATA--C-C---A-GTAC------T--AAACA-TTAA-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--TC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CTG-TGGGG-CC----CTTGC-TGA-A----TA-TG--T-AAA-TTTT
gi|71765                      : GATGTGAT----AAGT-CACCA-ATTT-AA--A--TAGTT--T--------CAC----AT-------GGA--C-C---A-GTAT------T--AAACA-TTAC-TGTTA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--G--TT-T---C-C----TTGA---T-AGCCCT--GGG-CGGAG--C----GTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71764                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TTGTT--T--------CAC----AT-------ATA--C-C---A-GTACATGTACT--AAACA-TCAA-TG-CA-TCA----AATACA-GAT-G-T-T--GC-TT-T---C-CT---TTGA---T-A-CCCT--CGG-CGGGG-CCCTAGCTTGC-TGA-C----CA-TA--T-CAT-TTTT
gi|71768                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------CAA----AT-------GGA--T-C---A-GTAC------T--AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--AT-TA-T---C-CT---TTGA---T-A---------------G-CC----CTTAC-TCA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71766                      : GATATGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AG-TA--TAGT-------------------------------------------AC------T--AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-C-C--GC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CTG-CAGGA-TC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71769                      : GATACAAT----AATT-CGC-A-ATTT-AA-TG--TATTC--TAA------CAC----AA-------ATA--C-C---C-GACC------T--AAACA-TTGC-TG-TA-TCA----AATATA-GAT-G-T-T--AC-TTAT---C--------AA---T-AACCCT--AAG-TGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-
gi|71770                      : GATACAAT----AATT-CGC-A-ATTT-AA-TG--TATTC--TAA------CAC----AA-------ATA--C-C---C-GACC------T--AAACA-T-GC-TG-TA-TCA----AATATA-GAT-G-T-T--AC-TTAT---C--------AA---T-AACCCT--AAG-TGGGG-CC----CTTGC-CGA-C----CA-TG--T-CAG-
gi|71771                      : GATGTTAT----AAT--CAT-A-AGT--AA--A--TAGGT--T--------CAT----ATTTAATTTATA--A-C---A-GTACA-----T--AGACA-TGGTGTG-GA-CCA----AATACA-GAT-G-T-C--GC-TT-------CC---TTGA---T-AGCTCT--CGC-GGGGG-CCT---CTTAC-TGA-C----CA-TG--TCCAG-TTT
gi|71772                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTTTAA-TA--TAGTT--T--------CAC----AA-------ATA--C-C---A-GAAC------T--AAACATTTAT-TG-TA-TCA----AATACA-GA
gi|71773                      : GATATGAT----AATT-CAC-A-ATTCAAA-TA--TAGTT--T--------CACAA--ATACAA---GAA--C-T---A-AAAC------TA-AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----A
gi|71767                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------CAC----AT-------ATA--C-C---A-GCA
gi|71776                      :  ATGTGATTTATAATT-CAC-AGATTT-AAATA--TAGTT--C--------C-C----AT-------ATA--C-C---A-GTAC------T--AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--GC-TG-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71775                      :  ATATGAT----ACTT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------CAC----AT-------ATA--C-C---A-GTAC------T--AAACA-TTAT-TA-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--GC-TT-T---C-CT---TTAA---T-AGCTCT--CAG-TGGGG-CC----ATTGT-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71774                      :  ATATGAT----ACTT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------CAC----AT-------ATA--C-C---A-GTAC------T--AAACA-TTAT-TA-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--GC-TT-T---C-CT---TTAA---T-AGCTCT--CAG-TGGGG-CC----ATTGT-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71777                      :  ATG-GAT----AATTTCGC-A-ATTTTAA-TA--TAGTT--T--------CGC----AT-------T-A--C-C---A-GTAC------T--AAGCA-TTAA-TG-CA-TCA----AATACA-GAT-ATT-C--GC-TT-T---C-CT---TTAA---T-AGCCCTTCCAG-GGGGA-CC----CTGAC-TGA-C----TATTGT-T-CAA-TTT
gi|71778                      :  ATGTGAT----AACT-CAA-A-G----AG-T------TT--T--------TAC----A----------A--T-A---A-GT-T------T--A--TA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-G--GC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAG-TTTT
gi|71779                      :  ATACGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTTAGT--------CACTTTCAT-------AAATAC-C---A-GAAC------T--AAACA-TTAC-TG-TA-TCAAAATAATACA-AAT-G-T-G--GC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGC
gi|71781                      :       AT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TACTTAGTC--TAATACAAATAC----AT-------ATA--C-C---A-G-AC------CCGAAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACT-GAT-G-C-C--AC-AC-T---C-CT---TTGA---T-A
gi|71782                      :         ----AATT-CAC-A--TCT-AA-TA--TGGTT--T--------CACC---AT-------ATA--C-C---ACGCAC------T--AAACA-TTTG-CG-TA-T-A----AATACA-GAT-G-A-C--GC-TT-C---C-TT---TTGA---TAAACCCT--CGG-CGGGG-CA----CTTGC-TGA-C----CA-TG--TCCCG-TTTT
gi|71783                      :                                            --------CAT----AT-------ATA--C-C---A--TAC------C--AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GATGG-T-C--GC-TT-TTG-C-CT------A---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGT-TGA-T----CA-TA--T-CAG-TTTT
gi|71784                      :                                                            T-------GTA--C-C---G-GAAT------T--AAATT-TTAC-CG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--TA-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGTCCT--CGG-TATGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TA--T-CAG-CTTT
gi|71785                      :                                                                      A--C-C---A-GTAT------T--AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-T-C--GC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-CCATGCA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71780                      :                                                                                                ATA-TTAC-TG-TA-TCA----A-TACA-GAT-G-T----GC-TT-T---CGCT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAGATTTT
gi|71786                      :                                                            tgtgataaactcaaagagtttttacaatacaagtttACA-TGAT-TA-TAATCA----TATGCA-GAT-A-T----GC-TT-------AT---TTAAACAT-ATGCCT--CAG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----TT-TG--T-CAG-
gi|71788                      :                                                                                                                  ----AATACAAGAT-G-TTC--AT-TT-CAAAC-TT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CCG---CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71787                      :                                                                                                                  ----AATACAAGAT-G-TTC--AT-TT-CAAAC-TT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CCG---CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71789                      :                                                                                                                       ATACA-GAT-G-T-C--AC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71790                      :                                                                                                                       ACACA-GAT-G-T-C--AC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71791                      :                                                                                                                       ATACA-GAT-G-T-C--AC-TT-T---C-CT---TTTA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71793                      :                                                                                                                       ATACA-GAT-G-T-C--AC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--TAG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71792                      :                                                                                                                       ATACA-GAT-G-T-C--AC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTAC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71794                      :                                                                                                                       ATACA-GAT-G-T-C--AC-TT-T---C-CT---TGGA---T-AGCCCT--CGG-C-GGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTT
gi|71795                      :                                                                                                                       ATAAA-GAT-G-T-C--AT-TT-C---A-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGACC----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71796                      :                                                                                                                       ATACA-GAT-G-C-C--AC-TT-T---C--T---TTGA---T-AAGCCT--CGG-CGGGGGCC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71797                      :                                                                                                                       ATACA-GAT-G-T-C--AC-TT-T---C-CT---T-GA---T-AGCCTG--TGG-CGGG--CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71798                      :                                                                                                                       ATACA-GAC-G-T----AC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCC----TGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TGGTT-CAG-TTTT
gi|71799                      :                                                                                                                       ATGCA-GAT-G-T-C--AC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AG-----------------C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAG-TTTT
gi|71800                      :                                                                                                                       ACACA-GAT-G-T-CCCACCTT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGA-CGGGG-CC----C
gi|71801                      :                                                                                                                        TACA-GAT-G-T-C--AC-TT-G---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTACTTGA-C----CATTG--T-CAG-TTT
gi|71802                      :                                                                                                                              AT-G-T-C--AC-TT-T---C-CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGACC----CA-TG--TCCAG-TTTT
gi|71803                      :                                                                                                                                         C-TT-TG--C-CT---TTGA---T-AGCCCTA-CTG-CGAGG--C----CTTGA-TGA------CA-TG--T-CAG-TTTT





Alignments
lowQualScore                  :         3333    1   1 1    3  3  22     22 99999999 1  4444  4444444 22   1 222 555555 0  1 6666666     1    1  1  1   2222      1   1 1  0 111  1 22 4444  111    111 0      33   1     1  5555     1   2 2222  2  22 3   1    
lowQualScore                  :         ....    .   . .    .  .  ..     .. ........ .  ....  ....... ..   . ... ...... .  . .......     .    .  .  .   ....      .   . .  . ...  . .. ....  ...    ... .      ..   .     .  ....     .   . ....  .  .. .   .    
lowQualScore                  :         4444    6   6 6    2  2  22     22 88888888 5  8888  8888888 00   4 555 555555 2  5 9999999     4    4  4  4   8888      9   0 0  2 666  9 22 9999  666    666 9      77   0     0  0000     0   0 1111  0  44 0   0    
consensus                     : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
Reference ( family-433 )      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71758                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------G--GAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71759                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71760                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-----A------GTAC-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCTGCTGG-CGGGG-CC----TTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71761                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A--TTT-AA-TA--TAGTT-----------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TT-C-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTGGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71762                      : GATGTGAT----TATT-CAC-A-ATTT-GA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TATACTTGA------GTAC-T-------AAACA-TTGC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CTTAATTGA---T-AGCCCT--CAGCCGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTT
gi|71763                      : GATGTGAT----AATT-CGT-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-GC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAA-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCTC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CTG-TGGGG-CC----CTTGC-TGA-A----TA-TG--T-AAA-TTTT
gi|71764                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TTGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---AGTACATGTAC-T-------AAACA-TCAA-TG-CA-TCA----AATACA-GAT-G-TTGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-A-CCCT--CGG-CGGGG-CCCTAGCTTGC-TGA-C----CA-TA--T-CAT-TTTT
gi|71765                      : GATGTGAT----AAGT-CACCA-ATTT-AA--A--TAGTT--T--------C-AC----AT-------G--GAC-C---A------GTAT-T-------AAACA-TTAC-TGTTA-TCA----AATACA-GAT-G-TCG----TT-T--C----C----TTGA---T-AGCCCT--GGG-CGGAG--C----GTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71766                      : GATATGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AG-TA--TAGT-------------------------------------------------AC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-CCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CTG-CAGGA-TC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71767                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GCA
gi|71768                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AA----AT-------G--GAT-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCAT---TA-T--C----CT---TTGA---T-A---------------G-CC----CTTAC-TCA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71769                      : GATACAAT----AATT-CGC-A-ATTT-AA-TG--TATTC--TAA------C-AC----AA-------A--TAC-C---C------GACC-T-------AAACA-TTGC-TG-TA-TCA----AATATA-GAT-G-TTAC---TTAT--C-----------AA---T-AACCCT--AAG-TGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-
gi|71770                      : GATACAAT----AATT-CGC-A-ATTT-AA-TG--TATTC--TAA------C-AC----AA-------A--TAC-C---C------GACC-T-------AAACA-T-GC-TG-TA-TCA----AATATA-GAT-G-TTAC---TTAT--C-----------AA---T-AACCCT--AAG-TGGGG-CC----CTTGC-CGA-C----CA-TG--T-CAG-
gi|71771                      : GATGTTAT----AAT--CAT-A-AGT--AA--A--TAGGT--T--------C-AT----ATTTAATTTA--TAA-C---A------GTACAT-------AGACA-TGGTGTG-GA-CCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT---------CC---TTGA---T-AGCTCT--CGC-GGGGG-CCT---CTTAC-TGA-C----CA-TG--TCCAG-TTT
gi|71772                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTTTAA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AA-------A--TAC-C---A------GAAC-T-------AAACATTTAT-TG-TA-TCA----AATACA-GA
gi|71773                      : GATATGAT----AATT-CAC-A-ATTC-AAATA--TAGTT--T--------C-AC----AA-------A--TAC-A---A------GAAC-TAAAACTAAAACA-TTAC-TG-TA-TCA----A
gi|71774                      :  ATATGAT----ACTT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAT-TA-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTAA---T-AGCTCT--CAG-TGGGG-CC----ATTGT-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71775                      :  ATATGAT----ACTT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAT-TA-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTAA---T-AGCTCT--CAG-TGGGG-CC----ATTGT-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71776                      :  ATGTGATTTATAATT-CAC-AGATTT-AAATA--TAGTT--C--------C--C----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71777                      :  ATG-GAT----AATTTCGC-A-ATTTTAA-TA--TAGTT--T--------C-GC----AT----------TAC-C---A------GTAC-T-------AAGCA-TTAA-TG-CA-TCA----AATACA-GAT-ATTCGC---TT-T--C----CT---TTAA---T-AGCCCTTCCAG-GGGGA-CC----CTGAC-TGA-C----TATTGT-T-CAA-TTT
gi|71778                      :  ATGTGAT----AACT-CAA-A-G----AG-T------TT--T--------T-AC----A--------A--TA------A------GT-T-T-------A--TA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TGGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAG-TTTT
gi|71779                      :  ATACGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTTAGT--------C-ACTTTCAT-------AAATAC-C---A------GAAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCAAAATAATACA-AAT-G-TGGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGC
gi|71780                      :   TGTGAT----AA---------ACTC-AA--A--GAGTT--T--------TTAC----A--------A--TAC-A---A------GT-T-T-------A--TA-TTAC-TG-TA-TCA----A-TACA-GAT-G-T-GC---TT-T--CG---CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAGATTTT
gi|71781                      :       AT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TACTTAGTC--TAATACAAAT-AC----AT-------A--TAC-C---A------G-AC-CCG-----AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACT-GAT-G-CCAC---AC-T--C----CT---TTGA---T-A
gi|71782                      :         ----AATT-CAC-A--TCT-AA-TA--TGGTT--T--------C-ACC---AT-------A--TAC-C---AC-----GCAC-T-------AAACA-TTTG-CG-TA-T-A----AATACA-GAT-G-ACGC---TT-C--C----TT---TTGA---TAAACCCT--CGG-CGGGG-CA----CTTGC-TGA-C----CA-TG--TCCCG-TTTT
gi|71783                      :                                            --------C-AT----AT-------A--TAC-C---A-------TAC-C-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GATGG-TCGC---TT-TTGC----CT------A---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGT-TGA-T----CA-TA--T-CAG-TTTT
gi|71784                      :                                                             T-------G--TAC-C---G------GAAT-T-------AAATT-TTAC-CG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCTA---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGTCCT--CGG-TATGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TA--T-CAG-CTTT
gi|71785                      :                                                                         AC-C---A------GTAT-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-CCATGCA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71786                      :                                                                                                      ACA-TGAT-TA-TAATCA----TATGCA-GAT-A-T-GC---TT---------AT---TTAAACAT-ATGCCT--CAG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----TT-TG--T-CAG-
gi|71787                      :                                                                                                                        ----AATACAAGAT-G-TTCA---TT-T--CAAACTT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CCG---CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71788                      :                                                                                                                        ----AATACAAGAT-G-TTCA---TT-T--CAAACTT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CCG---CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71789                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71790                      :                                                                                                                             ACACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71791                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTTA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71792                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTAC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71793                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--TAG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71794                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TGGA---T-AGCCCT--CGG-C-GGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTT
gi|71795                      :                                                                                                                             ATAAA-GAT-G-TCAT---TT-C--A----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGACC----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71796                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-CCAC---TT-T--C-----T---TTGA---T-AAGCCT--CGG-CGGGGGCC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71797                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---T-GA---T-AGCCTG--TGG-CGGG--CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71798                      :                                                                                                                             ATACA-GAC-G-T-AC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCC----TGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TGGTT-CAG-TTTT
gi|71799                      :                                                                                                                             ATGCA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AG-----------------C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAG-TTTT
gi|71800                      :                                                                                                                             ACACA-GAT-G-TCCCACCTT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGA-CGGGG-CC----C
gi|71801                      :                                                                                                                              TACA-GAT-G-TCAC---TT-G--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTACTTGA-C----CATTG--T-CAG-TTT
gi|71802                      :                                                                                                                                    AT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGACC----CA-TG--TCCAG-TTTT
gi|71803                      :                                                                                                                                            C---TT-TG-C----CT---TTGA---T-AGCCCTA-CTG-CGAGG--C----CTTGA-TGA------CA-TG--T-CAG-TTTT





Alignments
lowQualScore                  :         3333    1   1 1    3  3  22     22 99999999 1  4444  4444444 22   1 222 555555 0  1 6666666     1    1  1  1   2222      1   1 1  0 111  1 22 4444  111    111 0      33   1     1  5555     1   2 2222  2  22 3   1    
lowQualScore                  :         ....    .   . .    .  .  ..     .. ........ .  ....  ....... ..   . ... ...... .  . .......     .    .  .  .   ....      .   . .  . ...  . .. ....  ...    ... .      ..   .     .  ....     .   . ....  .  .. .   .    
lowQualScore                  :         4444    6   6 6    2  2  22     22 88888888 5  8888  8888888 00   4 555 555555 2  5 9999999     4    4  4  4   8888      9   0 0  2 666  9 22 9999  666    666 9      77   0     0  0000     0   0 1111  0  44 0   0    
consensus                     : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
Reference ( family-433 )      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71758                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------G--GAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71759                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71760                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-----A------GTAC-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCTGCTGG-CGGGG-CC----TTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71761                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A--TTT-AA-TA--TAGTT-----------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TT-C-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTGGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71762                      : GATGTGAT----TATT-CAC-A-ATTT-GA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TATACTTGA------GTAC-T-------AAACA-TTGC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CTTAATTGA---T-AGCCCT--CAGCCGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTT
gi|71763                      : GATGTGAT----AATT-CGT-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-GC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAA-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCTC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CTG-TGGGG-CC----CTTGC-TGA-A----TA-TG--T-AAA-TTTT
gi|71764                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TTGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---AGTACATGTAC-T-------AAACA-TCAA-TG-CA-TCA----AATACA-GAT-G-TTGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-A-CCCT--CGG-CGGGG-CCCTAGCTTGC-TGA-C----CA-TA--T-CAT-TTTT
gi|71765                      : GATGTGAT----AAGT-CACCA-ATTT-AA--A--TAGTT--T--------C-AC----AT-------G--GAC-C---A------GTAT-T-------AAACA-TTAC-TGTTA-TCA----AATACA-GAT-G-TCG----TT-T--C----C----TTGA---T-AGCCCT--GGG-CGGAG--C----GTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71766                      : GATATGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AG-TA--TAGT-------------------------------------------------AC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-CCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CTG-CAGGA-TC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71767                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GCA
gi|71768                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AA----AT-------G--GAT-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCAT---TA-T--C----CT---TTGA---T-A---------------G-CC----CTTAC-TCA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71769                      : GATACAAT----AATT-CGC-A-ATTT-AA-TG--TATTC--TAA------C-AC----AA-------A--TAC-C---C------GACC-T-------AAACA-TTGC-TG-TA-TCA----AATATA-GAT-G-TTAC---TTAT--C-----------AA---T-AACCCT--AAG-TGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-
gi|71770                      : GATACAAT----AATT-CGC-A-ATTT-AA-TG--TATTC--TAA------C-AC----AA-------A--TAC-C---C------GACC-T-------AAACA-T-GC-TG-TA-TCA----AATATA-GAT-G-TTAC---TTAT--C-----------AA---T-AACCCT--AAG-TGGGG-CC----CTTGC-CGA-C----CA-TG--T-CAG-
gi|71771                      : GATGTTAT----AAT--CAT-A-AGT--AA--A--TAGGT--T--------C-AT----ATTTAATTTA--TAA-C---A------GTACAT-------AGACA-TGGTGTG-GA-CCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT---------CC---TTGA---T-AGCTCT--CGC-GGGGG-CCT---CTTAC-TGA-C----CA-TG--TCCAG-TTT
gi|71772                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTTTAA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AA-------A--TAC-C---A------GAAC-T-------AAACATTTAT-TG-TA-TCA----AATACA-GA
gi|71773                      : GATATGAT----AATT-CAC-A-ATTC-AAATA--TAGTT--T--------C-AC----AA-------A--TAC-A---A------GAAC-TAAAACTAAAACA-TTAC-TG-TA-TCA----A
gi|71774                      :  ATATGAT----ACTT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAT-TA-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTAA---T-AGCTCT--CAG-TGGGG-CC----ATTGT-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71775                      :  ATATGAT----ACTT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAT-TA-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTAA---T-AGCTCT--CAG-TGGGG-CC----ATTGT-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71776                      :  ATGTGATTTATAATT-CAC-AGATTT-AAATA--TAGTT--C--------C--C----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71777                      :  ATG-GAT----AATTTCGC-A-ATTTTAA-TA--TAGTT--T--------C-GC----AT----------TAC-C---A------GTAC-T-------AAGCA-TTAA-TG-CA-TCA----AATACA-GAT-ATTCGC---TT-T--C----CT---TTAA---T-AGCCCTTCCAG-GGGGA-CC----CTGAC-TGA-C----TATTGT-T-CAA-TTT
gi|71778                      :  ATGTGAT----AACT-CAA-A-G----AG-T------TT--T--------T-AC----A--------A--TA------A------GT-T-T-------A--TA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TGGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAG-TTTT
gi|71779                      :  ATACGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTTAGT--------C-ACTTTCAT-------AAATAC-C---A------GAAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCAAAATAATACA-AAT-G-TGGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGC
gi|71780                      :   TGTGAT----AA---------ACTC-AA--A--GAGTT--T--------TTAC----A--------A--TAC-A---A------GT-T-T-------A--TA-TTAC-TG-TA-TCA----A-TACA-GAT-G-T-GC---TT-T--CG---CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAGATTTT
gi|71781                      :       AT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TACTTAGTC--TAATACAAAT-AC----AT-------A--TAC-C---A------G-AC-CCG-----AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACT-GAT-G-CCAC---AC-T--C----CT---TTGA---T-A
gi|71782                      :         ----AATT-CAC-A--TCT-AA-TA--TGGTT--T--------C-ACC---AT-------A--TAC-C---AC-----GCAC-T-------AAACA-TTTG-CG-TA-T-A----AATACA-GAT-G-ACGC---TT-C--C----TT---TTGA---TAAACCCT--CGG-CGGGG-CA----CTTGC-TGA-C----CA-TG--TCCCG-TTTT
gi|71783                      :                                            --------C-AT----AT-------A--TAC-C---A-------TAC-C-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GATGG-TCGC---TT-TTGC----CT------A---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGT-TGA-T----CA-TA--T-CAG-TTTT
gi|71784                      :                                                             T-------G--TAC-C---G------GAAT-T-------AAATT-TTAC-CG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCTA---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGTCCT--CGG-TATGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TA--T-CAG-CTTT
gi|71785                      :                                                                         AC-C---A------GTAT-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-CCATGCA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71786                      :                                                                                                      ACA-TGAT-TA-TAATCA----TATGCA-GAT-A-T-GC---TT---------AT---TTAAACAT-ATGCCT--CAG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----TT-TG--T-CAG-
gi|71787                      :                                                                                                                        ----AATACAAGAT-G-TTCA---TT-T--CAAACTT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CCG---CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71788                      :                                                                                                                        ----AATACAAGAT-G-TTCA---TT-T--CAAACTT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CCG---CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71789                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71790                      :                                                                                                                             ACACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71791                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTTA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71792                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTAC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71793                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--TAG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71794                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TGGA---T-AGCCCT--CGG-C-GGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTT
gi|71795                      :                                                                                                                             ATAAA-GAT-G-TCAT---TT-C--A----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGACC----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71796                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-CCAC---TT-T--C-----T---TTGA---T-AAGCCT--CGG-CGGGGGCC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71797                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---T-GA---T-AGCCTG--TGG-CGGG--CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71798                      :                                                                                                                             ATACA-GAC-G-T-AC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCC----TGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TGGTT-CAG-TTTT
gi|71799                      :                                                                                                                             ATGCA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AG-----------------C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAG-TTTT
gi|71800                      :                                                                                                                             ACACA-GAT-G-TCCCACCTT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGA-CGGGG-CC----C
gi|71801                      :                                                                                                                              TACA-GAT-G-TCAC---TT-G--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTACTTGA-C----CATTG--T-CAG-TTT
gi|71802                      :                                                                                                                                    AT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGACC----CA-TG--TCCAG-TTTT
gi|71803                      :                                                                                                                                            C---TT-TG-C----CT---TTGA---T-AGCCCTA-CTG-CGAGG--C----CTTGA-TGA------CA-TG--T-CAG-TTTT


blockSeqs                     :         TTAT    T   C G    T  A  CT     AG AATACAAA T  TTTC  TTAATTT AA   A TTG GTACAT    A AAAACTA     T    G  T  A   AAAT      A          ACC  A TG AAAC  TAA    ACA        GC            CTAG     T   C CATG  T  GT C   A
blockSeqs                     :         .       .   . .    T  A  .      .  AA       .  C     .       .    . .   C         . CG          .    .  .  .   .         A          .    A G  AAAC  .      .          TC            T        .   C .     T  T  C   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  AA       .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  G     .      .          A             G        .   . .     .  .  C   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             G        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :         .       .   . .    .  .  .      .  .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                            .        .  .     .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                              .       .    . .   .         . .           .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                           . .   .                       .    .  .  .   .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                        .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                        .         .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .        .   . .     .  .  .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .          .             .                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .          .    . .  .     .      .                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                             .    . .  .     .      .                                                        


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
finalCons                     : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT





Alignments
lowQualScore                  :         3333    1   1 1    3  3  22     22 99999999 1  4444  4444444 22   1 222 555555 0  1 6666666     1    1  1  1   2222      1   1 1  0 111  1 22 4444  111    111 0      33   1     1  5555     1   2 2222  2  22 3   1    
lowQualScore                  :         ....    .   . .    .  .  ..     .. ........ .  ....  ....... ..   . ... ...... .  . .......     .    .  .  .   ....      .   . .  . ...  . .. ....  ...    ... .      ..   .     .  ....     .   . ....  .  .. .   .    
lowQualScore                  :         4444    6   6 6    2  2  22     22 88888888 5  8888  8888888 00   4 555 555555 2  5 9999999     4    4  4  4   8888      9   0 0  2 666  9 22 9999  666    666 9      77   0     0  0000     0   0 1111  0  44 0   0    
consensus                     : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
Reference ( family-433 )      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71758                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------G--GAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71759                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71760                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-----A------GTAC-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCTGCTGG-CGGGG-CC----TTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71761                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A--TTT-AA-TA--TAGTT-----------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TT-C-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTGGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71762                      : GATGTGAT----TATT-CAC-A-ATTT-GA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TATACTTGA------GTAC-T-------AAACA-TTGC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CTTAATTGA---T-AGCCCT--CAGCCGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTT
gi|71763                      : GATGTGAT----AATT-CGT-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-GC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAA-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCTC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CTG-TGGGG-CC----CTTGC-TGA-A----TA-TG--T-AAA-TTTT
gi|71764                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TTGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---AGTACATGTAC-T-------AAACA-TCAA-TG-CA-TCA----AATACA-GAT-G-TTGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-A-CCCT--CGG-CGGGG-CCCTAGCTTGC-TGA-C----CA-TA--T-CAT-TTTT
gi|71765                      : GATGTGAT----AAGT-CACCA-ATTT-AA--A--TAGTT--T--------C-AC----AT-------G--GAC-C---A------GTAT-T-------AAACA-TTAC-TGTTA-TCA----AATACA-GAT-G-TCG----TT-T--C----C----TTGA---T-AGCCCT--GGG-CGGAG--C----GTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71766                      : GATATGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AG-TA--TAGT-------------------------------------------------AC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-CCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CTG-CAGGA-TC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71767                      : GATGTTAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GCA
gi|71768                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTT--T--------C-AA----AT-------G--GAT-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCAT---TA-T--C----CT---TTGA---T-A---------------G-CC----CTTAC-TCA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71769                      : GATACAAT----AATT-CGC-A-ATTT-AA-TG--TATTC--TAA------C-AC----AA-------A--TAC-C---C------GACC-T-------AAACA-TTGC-TG-TA-TCA----AATATA-GAT-G-TTAC---TTAT--C-----------AA---T-AACCCT--AAG-TGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-
gi|71770                      : GATACAAT----AATT-CGC-A-ATTT-AA-TG--TATTC--TAA------C-AC----AA-------A--TAC-C---C------GACC-T-------AAACA-T-GC-TG-TA-TCA----AATATA-GAT-G-TTAC---TTAT--C-----------AA---T-AACCCT--AAG-TGGGG-CC----CTTGC-CGA-C----CA-TG--T-CAG-
gi|71771                      : GATGTTAT----AAT--CAT-A-AGT--AA--A--TAGGT--T--------C-AT----ATTTAATTTA--TAA-C---A------GTACAT-------AGACA-TGGTGTG-GA-CCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT---------CC---TTGA---T-AGCTCT--CGC-GGGGG-CCT---CTTAC-TGA-C----CA-TG--TCCAG-TTT
gi|71772                      : GATGTGAT----AATT-CAC-A-ATTTTAA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AA-------A--TAC-C---A------GAAC-T-------AAACATTTAT-TG-TA-TCA----AATACA-GA
gi|71773                      : GATATGAT----AATT-CAC-A-ATTC-AAATA--TAGTT--T--------C-AC----AA-------A--TAC-A---A------GAAC-TAAAACTAAAACA-TTAC-TG-TA-TCA----A
gi|71774                      :  ATATGAT----ACTT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAT-TA-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTAA---T-AGCTCT--CAG-TGGGG-CC----ATTGT-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71775                      :  ATATGAT----ACTT-CAC-A-ATTT-TA-TA--TAGTT--T--------C-AC----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTAT-TA-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTAA---T-AGCTCT--CAG-TGGGG-CC----ATTGT-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71776                      :  ATGTGATTTATAATT-CAC-AGATTT-AAATA--TAGTT--C--------C--C----AT-------A--TAC-C---A------GTAC-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TG-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71777                      :  ATG-GAT----AATTTCGC-A-ATTTTAA-TA--TAGTT--T--------C-GC----AT----------TAC-C---A------GTAC-T-------AAGCA-TTAA-TG-CA-TCA----AATACA-GAT-ATTCGC---TT-T--C----CT---TTAA---T-AGCCCTTCCAG-GGGGA-CC----CTGAC-TGA-C----TATTGT-T-CAA-TTT
gi|71778                      :  ATGTGAT----AACT-CAA-A-G----AG-T------TT--T--------T-AC----A--------A--TA------A------GT-T-T-------A--TA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TGGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAG-TTTT
gi|71779                      :  ATACGAT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TA--TAGTTAGT--------C-ACTTTCAT-------AAATAC-C---A------GAAC-T-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCAAAATAATACA-AAT-G-TGGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGC
gi|71780                      :   TGTGAT----AA---------ACTC-AA--A--GAGTT--T--------TTAC----A--------A--TAC-A---A------GT-T-T-------A--TA-TTAC-TG-TA-TCA----A-TACA-GAT-G-T-GC---TT-T--CG---CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAGATTTT
gi|71781                      :       AT----AATT-CAC-A-ATTT-AA-TACTTAGTC--TAATACAAAT-AC----AT-------A--TAC-C---A------G-AC-CCG-----AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACT-GAT-G-CCAC---AC-T--C----CT---TTGA---T-A
gi|71782                      :         ----AATT-CAC-A--TCT-AA-TA--TGGTT--T--------C-ACC---AT-------A--TAC-C---AC-----GCAC-T-------AAACA-TTTG-CG-TA-T-A----AATACA-GAT-G-ACGC---TT-C--C----TT---TTGA---TAAACCCT--CGG-CGGGG-CA----CTTGC-TGA-C----CA-TG--TCCCG-TTTT
gi|71783                      :                                            --------C-AT----AT-------A--TAC-C---A-------TAC-C-------AAACA-TTAC-TG-TA-TCA----AATACA-GATGG-TCGC---TT-TTGC----CT------A---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGT-TGA-T----CA-TA--T-CAG-TTTT
gi|71784                      :                                                             T-------G--TAC-C---G------GAAT-T-------AAATT-TTAC-CG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCTA---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGTCCT--CGG-TATGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TA--T-CAG-CTTT
gi|71785                      :                                                                         AC-C---A------GTAT-T-------AAACA-TTTC-TG-TA-TCA----AATACA-GAT-G-TCGC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-CCATGCA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71786                      :                                                                                                      ACA-TGAT-TA-TAATCA----TATGCA-GAT-A-T-GC---TT---------AT---TTAAACAT-ATGCCT--CAG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----TT-TG--T-CAG-
gi|71787                      :                                                                                                                        ----AATACAAGAT-G-TTCA---TT-T--CAAACTT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CCG---CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71788                      :                                                                                                                        ----AATACAAGAT-G-TTCA---TT-T--CAAACTT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CCG---CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71789                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71790                      :                                                                                                                             ACACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71791                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTTA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71792                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTAC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71793                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--TAG-CGGGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71794                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TGGA---T-AGCCCT--CGG-C-GGG-CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTT
gi|71795                      :                                                                                                                             ATAAA-GAT-G-TCAT---TT-C--A----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGACC----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71796                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-CCAC---TT-T--C-----T---TTGA---T-AAGCCT--CGG-CGGGGGCC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71797                      :                                                                                                                             ATACA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---T-GA---T-AGCCTG--TGG-CGGG--CC----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-CAG-TTTT
gi|71798                      :                                                                                                                             ATACA-GAC-G-T-AC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCC----TGG-CGGGG--C----CTTGC-TGA-C----CA-TGGTT-CAG-TTTT
gi|71799                      :                                                                                                                             ATGCA-GAT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AG-----------------C----CTTGC-TGA-C----CA-TG--T-TAG-TTTT
gi|71800                      :                                                                                                                             ACACA-GAT-G-TCCCACCTT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGA-CGGGG-CC----C
gi|71801                      :                                                                                                                              TACA-GAT-G-TCAC---TT-G--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----TTTACTTGA-C----CATTG--T-CAG-TTT
gi|71802                      :                                                                                                                                    AT-G-TCAC---TT-T--C----CT---TTGA---T-AGCCCT--CGG-CGGGG-CC----CTTGC-TGACC----CA-TG--TCCAG-TTTT
gi|71803                      :                                                                                                                                            C---TT-TG-C----CT---TTGA---T-AGCCCTA-CTG-CGAGG--C----CTTGA-TGA------CA-TG--T-CAG-TTTT