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Reference ( gi|78491 )        : CAGTGAT--TTT-T-T---AAGG-GC-C---A--TT-TTGG-G--T-CC-G-A-AT-AT--C---GGC---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-CC-C-A-AA---AAT--TG-C----T-AAT-TTT
gi|78493                      : CAGTGAT--TTTTT-T---AAGG-GC-C---A--TT-TTGG-G--T-CC-G-A-AT-TT--C---GGC---C-C-------------T-C-C-------C------CT-CC-C-A-AA---AAT--TG-C----T-AAT-TTT
gi|78495                      : CAGTGAT--TTT-T-T---AAGA-GC-T---A--TT-TTGG-G--T-CC-T-A-AT-TT--T---GGT---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-CC-C-A-AA---AGT--TG-C----T-AAT-TTT
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|78508                      : CAGTGA-T--T-TT--T----AA-G-GC-CC--A--TT-TT-GG-G--T-CC-GAA--TT-T--T---ATC---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-TC-C-A-AA---ACTTGC-C----AAC-TTT
gi|78509                      : CAGTGA-T--T-TTT-T----AAAG-GC-CC--C--AA-TT-GC-G--T-CT-GAA--TA-C--A---GGC---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-CA-C-AGAA---AATTGT-C----CAT-TT
gi|78510                      : CAGGGA-T--T-TT--T----AA-G-GC-CT--A--TT-AT-GG-G--T-CC-GAA--TG-T--C---GGC---C-C-------T----TT-C-T-------C------CT-CC-T-A-AA---AATTGC-T----GTT-TTT
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gi|78512                      : CAGTGA-T--T-TTT-T----AA-G-GG-CC--A--TT-TT-GG-G----CC-GA----T-T--C---GGC---C-C-------T----TTCC-C-------C------CT-CC-CAA-AA---AATTGTGC----TAT-TTTt
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gi|78514                      : CAGTGA-T--T-TTT------AA-G-GC-C---A--TT-TT-TA-G--C-CC-GAA--TA-T--C---GGC---C-A-------T----TT-C-C-------C------CT-CC-C-A-AA---TATT-T-T----AAT-TTT
gi|78515                      : CAGTGA----T-TTT-T----AA-G-GC-CA--AT-TT-TT-TA-G--C-CC-GAA--TA----C---GGC---C-CA------T----TT-T-C-------C------CTGCC-C-A-AA---TATT
gi|78516                      : CAGTGA-T--T-TTT-TT---AA-G-GT-CC--A--TTATT-GG-G--TTCC-GAA--TT-T--C---GGC---C-C-------T----TT-C-CA------C------CT-CC-C-C-AACACAATTGC-CCCTTAAT-TTTttatttt
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gi|78518                      : CAGTGA-T--T-TTT-T----AA-T-GC-CC--C--AT-TT-GT-G--T--C-GAA--TA----C---GGC---C-C-------T----TT-C-C-------CT-----CT-CC-----AA---AATT-C-C------T-TTTt
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78521 ): CAGTGATTTTTTGGGGGCCAAAATGCCACCGATATTCGGCCGTTTCCCCTCCCAAAAATTG
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Reference ( family-422 )      : CAGTGA-T--T-TTT-T----AA-G-GC-CC--A--TT-TT-GG-G--T-CC-GAA--TN-T--C---GGC---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-CC-C-A-AA---AATTGC-C----AAT-TTT
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gi|78494                      : CAGTGA-T--T-TTT-T----AA-G-GG-CC--AATTT-TC-GG-G--T-CC-GA---TT-T--C---GGC---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-CC-C---AA---AATTGC-T----AAT-TTT
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gi|78531                      :   GTGA-T--T-TTT-TTTTAAG-G-GC-CC--A--TT-TTGGG-G--T-CC-GAATTTT-T--C---GGC---C-C-------C----TT-T-C-------C------CT-CA-A-A-AT---AATTCC-T----AA
gi|78532                      :   GTGA-T--TTTTT-T----AA-GAGC-CCTAA--TT-T---G-G--T-CCAAAA--TA-TAACTAGGGCATGC-CTTTTGTTT----TT-C-C-------C------CT-CA-C-A-AA---AATTGC-
gi|78533                      :    TGA-T--T-TTT-T----AA-G-GG-CC--A--TT-TT-GG-G--T-CC-GAA--TT-T--CG--GGC---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-CC-C---AA---AATTGC-T----ATT-TTT
gi|78534                      :    TGA-T--T-TTT-TC---AA-G-GG-CC--C--TT-TT-GG----T-CC--AA--TT-T--C---GCC---C-C-------T----TC-C-C-------C------CT-CC-C-A-AA---AATTGC-T----AAT-TTT
gi|78535                      :      A-T--T-TTT-T----AA-G-GC-CT--A--TT-TT-GG-G--T-CC-GAA--TT-C--C---GGC---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-TT-C-A-AA---AAATGA-C----ATT-TTT
gi|78536                      :      A-T--T-TTT-T----AA-G-CC-CA--A--CC-TT-GG-G--T-CC-GAA--T--T--C---GGC---C-C-------T----TT-C-C-------CT-----CA-CC-C-A-AA---
gi|78537                      :                                   --TT-TG-GG-G--T-CC-GAA--TA-T--C---GGG---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-CC-C-A-AA---AATTGC-C----AGG-TTTgtgcta
gi|78538                      :                                 aatttT-TT-GG-GGTT-CC-GAA--CA-T--C---GGG---C-C-------TCTTTTT-C-C-------C------CT-CC-C-A-AA---AATTGC-C----A


blockSeqs                     :         AT     TTTTA   A       TA AT          GT    C   TT ATAACTAG    ATG   TTTTGTT CTTT      CTTTAGT TTAGTC       A    CAC        CCTT   A
blockSeqs                     :         .      TT      A       .  T           GT    A   .  TGTC        .     A       .         A       T            A    T          A      .
blockSeqs                     :         .      TG      .       .  .           .     .   .  GACA        .     .       .         T       T            T    .          .      .
blockSeqs                     :         .      TT      .       .  .           .     .   .  TTCG        .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      TT      .       .  .           .     .   .  ATA         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      AT      .       .  .           .     .   .  TTC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
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blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  TTT         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  ATA         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  ACA         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  TTC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  TTC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  TTC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  ATA         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  ATA         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  TTC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  ACT         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      G       .       .  .           .     .   .  TGC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  TTT         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  ACA         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  GTC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  ATA         .     .       .         .       .            .    .          .      .
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blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  TTC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  TAC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  TTC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      T       .       .  .           .     .   .  TTC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      .       .       .  .           .     .   .  TCC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      .       .       .  .           .     .   .  ATC         .     .       .         .       .            .    .          .      .
blockSeqs                     :         .      .       .       .  .           .     .   .  ATC         .     .       .         .       .            .    .          .       
blockSeqs                     :         .      .       .       .  .           .     .   .  CC          .     .       .         .       .            .    .          .       
blockSeqs                     :         .      .       .       .  .           .     .   .  AC          .     .       .         .       .            .    .                  
blockSeqs                     :         .      .       .       .  .           .     .   .  AC          .     .       .         .       .            .    .                  
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blockSeqs                     :         .      .       .       .  .           .     .   .  TC          .     .       .         .       .                                    
blockSeqs                     :                                   .           .     .   .  TC          .     .       .         .                                            
blockSeqs                     :                                               .     .   .                                                                                   


blockSeqCons                  : 
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finalCons                     : CAGTGA-T--T-TTT-T----AA-G-GC-CC--A--TT-TT-GG-G--T-CC-GAA--TN-T--C---GGC---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-CC-C-A-AA---AATTGC-C----AAT-TTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78521 ): CAGTGATTTTTTGGGGGCCAAAATGCCACCGATATTCGGCCGTTTCCCCTCCCAAAAATTG
Unaligned ( gi|78524 ): CAGTGATTTTTTTCGGGCCAAAATGCCACCGATAATGGGTGGTTTCCCCTCCCAAAAATT






Alignments
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Reference ( family-422 )      : CAGTGA-T--T-TTT-T----AA-G-GC-CC--A--TT-TT-GG-G--T-CC-GAA--TN-T--C---GGC---C-C-------T----TT-C-C-------C------CT-CC-C-A-AA---AATTGC-C----AAT-TTT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78521 ): CAGTGATTTTTTGGGGGCCAAAATGCCACCGATATTCGGCCGTTTCCCCTCCCAAAAATTG
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