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lowQualScore : . . . . . . .. . ... ... . . . . . . ......... .... . . . . . ...... . .... ... ........ .. .. . ....... . . . .. .. . . ... ... . .. ..... .. . ...... . .. . . ... .. ..
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Reference ( gi|69665 ) : CAGGCCCC-G-G-A-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-G-A-CTT--T-A----A----A-GTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--T-TG---TA-----C--A--A--TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-A--ATT-TG-CA---GACACTATTAA--TTTGAT
gi|69666 : CAGGCCCC-G-G-A-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-G-A-CTT--T-A----A----A-GTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--T-TG---TA-----C--A--A--TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--T------AAA--C-TCT------T-A--ATT-TG-CA---GACACTATTAA--TTTGAT
gi|69667 : CAGGCCCT-GTG-A-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-G-A-CTT---------A----A-GTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--TG-T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---A---TGACC--TC-----ACA--C-TCC------T-A--ATT-TG-CA---GACACTAGAAG--TTTGAT
gi|69668 : CAGGCCCT-G-GGA-TCAT-G-A--AA-C---A---GAA-T-T-A-G-A-CTT---------A----A-CTC-AA-AATTT-CA-GCT------A-C--C-TG---TA-----G--A--A--TG-T-------T-G-A-T--TG--C-T-T---T----GAAC--TG-----AAA--C-ACT------T-A--ATT-TG-CA---CACACTAATAA--TTTGAT
gi|69673 : CAAGCCCC-G-GGA-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-C-A-A-A-CTT--A-G----A----A-GCC-AA-AATTT-AA-ATC------A-C--C-TG---TA-----CAAA--A--TG-T-------G-CAA-T--TA--T-T-T---T---TTAAC--TG-----AGA--C-TCT------T-A--ATT-TG-CA---GATA
gi|69670 : CAGGCCCC-G-GGA-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-G-A-CT-----A----A----C-GTC-AA-AATTT-CA-ATT------A-C--T-TG---TA-----A--A--A--TG-T-------T-T-A-T--TA--T-C-A---TAA-TG-GC--CG-----GAA--C-TCT------T-A--ATT-TG-CA---AAAACTAGAAA--TTTTAT
gi|69671 : CAGGCGTCAG-G-A-TCA----A--AA-G---A---AAT-C-T-T-G-A-CTT--A-A----ATTG-A-GTT-AA-AATTT-TA-ATC------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--TG-T-------C-C-A-T--TA--C-T-T---T---GTAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-A--ATT-TG-CA---GACACTAGGAA--TTTG
gi|69669 : CAGGCCCC-G-GGA-TCAT-G-A--AA-C---G---AAC-T-T-T-G-A-CTT---------A----A-GTA-AA-AATTT-CA-ATA------G-C--C-TG---TA-----A--A--A--TG-T-------T-T-A-T--TA--C-T-A---T---TGACC--TG-----AAT--C-TCT------T-----------CA---GACACTAGAAA--TATGAT
gi|69672 : CAGGCCCC-G-GGA-TCAG-G-A--AA-C---A---AAT-T-C-A-G-A-CTT---------A----C-GTC-A------T-----TG------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--G-TCT------T-A--ATT-TG-CT---GACACTA
gi|69674 : CAGGCCCC-G-GGA-TCAT-G-A--AA-T---A---AAC-T-T-G-G-A-CTT--TAA----A----A-GTC-AA-AATTT-CA-ACA------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--TG-----------------------------------------TA-----AAA--C-TCT------T-A--TTT-TG-CA---GACACTAGAAA--TTTGATgaaat
gi|69679 : CAGGCCTC-G-G-G-TTAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-T-A-ATT--C-----------A-GTC-GA-AATTT-CA-GTC--------C--C-TA---TA-----T-----------T-------T-T-G-T--TA--A-T-T---T---TGAAG--TG-----AAA--C----------T-A--ATT-CG-CA---GATACTGAAAA--GTTGATt
gi|69676 : CAGGCCCC-G-GGA-TCAT-G-T--AA-C---A---AAC-T-C-AAG-A-GTT--T-A----A-------TC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-TG---GA-----A--G--A--TG-T-------T-C-A-T--TATTT-T-T---T---TTAAC----------AA--C-T-T------T-A--CTT-TG-t
gi|69678 : CAGGCCCT-G-ATA-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-CAA-G-A-CTT--C-----------A-GTC-AA-CATTT-CA-AAC------A-C--C-TG---CA-----A--A--A--TG-T-------T-C-A-T--TT--C-T-T---A---TGAGC--T-----------C-C--------------TT-TG-CA---GATACTGT
gi|69677 : CAGGCCCC-G-G-G-TCAT-G-T--AA-C---A---AAC-T-CAA-G-A-GTT--T-A----A-------TC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-TG----A-----A--G--A--T--T-------T-C-A-T--TAT-T-T-T---T---TTAA----------AAA--C-T-T------T-A--CTT-TG-
gi|69680 : CAGGCCCC-G-GGA-TCAC-G-A--AA-C---A---C-C-T-T-A-A-G-CTT---------A----A-GTC-AA-AATCT-CA-AT
gi|69681 : CAGGCCCC-G-GGA-TCAC-G-A--AA-C---A---C-C-T-T-A-A-AGCTT---------A----A-GTC-AA-AATCT-CA-AT
gi|69683 : CAGGCCCC-AAG-A-CCAT---A--AA-CTGAG---AAC-----A-G-A-CTT---------A----A-GTC-AA-AATTT-TA-ATT------A-C--T-TA---TA-----
gi|69684 : CAGGCCCC-AAG-A-CCAT---A--AA-CTGAG---AA----T-A-G-A-CTT---------A----A-GTC-AA-AATTT-TG-ATT------A-C--T-TA---TA-----
gi|69682 : CAGGCCCC-G-GGA-TCAT-G-A--------------------------------T-A----A------GTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-TA---TA-----A--A--T--TG-T-------
gi|69675 : CAGGCCCCAG-G-A-TCAT-G-A--AA-C-------ATT-T-T-A-A-G-CTT---------A----A-GTC-AA-AATCT-AA-A--------A-A--T-TGGAATA-----A--A--A--TGATTGTGCAGT-C-A-A--TA--A-T-T---T---CAAAA--TA-----AAA--T-TGT------T-A--
gi|69685 : CAGGCCCC-AAG-A-CCAT---A--AA-CTGAG---AA----T-A-G-A-CTT---------A----A-GTCTAA-AATTC-AA-ATCCAGTTAA-C--T-TG----AGAAT-T--A--A--TT-T-------T-C-A-T--AA--T-T-T---------AA---TG-----AAA--C-TTT------T-A--AT
gi|69687 : AGGCCCCTG-G-A-TTGT-G-T--AA-C---A---AAC-T-TGA-G-A------T-G----A----C-GTC-AA-TCTTT-CA---C--------C--TGTG---TG-----C--ATGA--TG-T-------T-C-A-T--TA--T-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-ACT------T-A--ATT-TG-CA---GACACAAGAAA--TGTGAT
gi|69688 : GGCCTC-G-GGA-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-ACG-A-CTT---------A----A-CTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--T-TG---TA-----T--A--A--TG-T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-A--GTT-TG-CA---GACACTAGAAA--TTTGAT
gi|69689 : GGCCCC-G-GGA-TCAT-G-A--AA-C---A---AGC-T-T-A-G-A-CTT---------A----A-GTA-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--TG-C-------T-C-A-T--AA--C-T-T---G---TGAAG--TG-----AAA--C-AAT------T-A--ATT-TG-CA---GACACAAGAAA--TTTGATt
gi|69691 : GGCCCA-G-GGA-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-C-A-G-A-CAT---------A----A-GTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C----TG---T------C--A--ATCTA-T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---T---TGATT--TG-----AAA--C-TCT------T-A--ATT-TA-CA---GACACTAGAAA--ATTGAT
gi|69690 : GGCCCCAG-G-G-TCAT-C-A--AA-C---A---GAC-T-C-A-G-A-CTT--T-G-----------GTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-CG---TC-----A--A--A--TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAGC--TG-----AAA--T-TTT------T-A--ATT-AG-CA---GACACt
gi|69695 : GGCCCG-G-G-AATCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-C-A-G-A-CTT---------A----A-ATC-AA-AATTT-CA-ATG------A-C--T-TG---TA-----A--A--A--TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-G---T---TTAAT--TG-----AAA--C-TTT------T-A--AT
gi|69693 : GGCCCCAG-G-A-TCAT-G-A--AG-C---A---AAC-T-A-A-A-A-CTT--C-A-----------GTG-AA-AAGTT-CA-ATG------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--TG-T-------C-C-A-T--TA--C-A-T---T---TAGGC--TG-----AAA--C-TCT------T-A--ATC-TG-CA---GAC
gi|69694 : GGCCTC-G-GGA-TCAT-T-A--AA-T---A---AAC-T-T-A-G-A-CTT---------A----A-GTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--TG-TTTTA---T-T-G-T--TA--C-T-TACATGTATCACC--TG-----AAA--C-TCT------T-A--ATT-TG-TA---TGCCCAAGAAA--TTTGAT
gi|69697 : GGCCCC-G-GGA-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-G-A-CCT--T-----------A-GTC--A-AATTT-CACATC------A-C--C-GG---T------C--A--A---A-T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---A---TCAACCTTG------AA--C-TCT------T-A--ATT-TG-CAG--GAAACTA
gi|69696 : GGCCCC-G-GGA-TCAT-G-A--CA-G---A---AAT-T-T-A-G-A-CTA--A-T----A----A-GTC-AA-AATTT-CG-ATC------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--TG-T-------T-C-A-T--T----------------------------------C-TTT------T-A--ATT-TG-CG---CACACTAATAA--TTTGATgaaat
gi|69698 : GGTCCC-G-GGA-TCAG-A-A--AA-C---A---AACTT-T-A-GCA-CTT---------A----A-GTT-AA-AATTT-CA-GTC------ACC--C-TG---CG-----CAAA--A--TG-T-------T-C-ATT--TA--C-G-T---T---TGATC--TT-----GAA--C-TCT------T-A--ATT-TG-CACGGAACACAA--AG--TTTGA
gi|69700 : GGCCCCAG-G-A-TCAT-G-A--AAAC---A---ACT-T-T-G-A-A-CTT---------A----A-CTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C----TG---TA-----A--A--C--TG-T-------T-C---T--TA--CTT-T---T---TGAAC--TG-----TA-----TCG------T-ATGA-T-TG-CA---GACAC-AGAAA--TTTGAct
gi|69701 : GGCTCCAG-G-A-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-G-A-CTT--C-C----ATTGTATGTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--Tct
gi|69699 : GGCTCC-G-G-G-ATATAG-A--AA-C---A---T-C-T-T-A-A-G-CTT---------A----A-GTC-AA-AATTT-GA-ATA------A-C--T-TGCAATA-----A--A--A--TGAT-------T-C-
gi|69702 : GCCCC-G-G-A-ATAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-G-A-CTT---------A----A-GCC-AA----TT-TA-GTC------AAC--C-TG---CAA----C--A--A--TG-T-------T-A-A-T--TA--T-T-T---T---TGATC--TG-----AAA--C-TCT------T-A--A-T-TG-CA---GGCACTCGAAG--TTTGA
gi|69703 : GCCTC-G-GGA-TCAC-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-G-A-ATTAAT-C----A----A-GTT-AA-AATTT-CA-AAC------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--TT-C-------T-C-G-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TGCAGCTAGA--C-TCG------A-A--ATT-TG-ct
gi|69692 : CCCC-G-G-A-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-C-A-G-A-CTT---------A----C-GTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-TG---TAAAATTT--A--A--TG-T-------T-G-A-TTATA--T-T-T---T---TGAAC--CG-----AAA-----CT------T-A--ATT-TT-CA---GACATTA
gi|69705 : ggcCCCG-G-G-A-TCAT-GAA--AA-T---ATATAAC---T-A-G-A-GTT--A-ATGATA----A-CTC--A-AATTT-CA-AAA------G-C--T------TA-----A--A--AT-TA-T-------T-C-A-T--T---C-T-T---T---TGAAA--TG-----AAT--C--CT------T-A--ATTATGCCA---GACAATAAGAAATTTTGATgaaatgttatt
gi|69708 : -G-G-A-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-G-A-CT-----A----A----A-GAC-AA-AATTT-TA-ATC------A-C--T-TG---TA-----A--A--A--TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---C---TTAAC--TG-----AAA--C-TCTTACATGT-A--ATT-TG-CA---GACACCGCTAA--TTTGATt
gi|69686 : -G-G-A-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-T-T-A-A-A-ATT--T-A----A------GTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-TG---T--------------------------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---GGAAC--AG-----AAT--T-TCT------T-A--ATT-TG-CA---GACACAAGAAA--TTTTATt
gi|69704 : aggtcttg-G-G-A-TCAT-T-GTTAA-C---A---AAC-T-C-A-G-A-CTT--C-A-----------GTC-AACAATTTGCA-ATC------A-CACC-TG---TA-----A--A--A--AA-G-------T-C-A-T--TA--C-TGT---T---TAAAT--CG-----AAAAGC-TCT------TTA--ATT-TG-CA---AACACTAGCAA--TTT
gi|69706 : ccctg-G-A-A-TCA----A--AA-C---A---AAC-T-C-A-G-A-C-T--T-A----A----A-TTC-AA-TATTT-CACATG------A-C--T-TG---TA-----A--A--A--TG-T-----------A-T--TA--T-T-G---T---TTAAT--CG-----AAA--CTTTT------T-A--ATG-TG-
gi|69707 : ccag-G-A-A-TCAT-G-A--CA-C---A---AAC-T-T-TTG-A--TT--T-A----A----A--TC-AA-A-TTT-CA-ATG------A-C--T-TG---T---------A--A--TG-T-------TCC-A-T--TA--T-G-T---T---TATAT--TG-----AAA--CTTTT------T-A--AT
gi|69709 : ccag-G-A-TCAT-G-A--AA-C---A---AAC-TCC-A-G-A-C-T--T-A----A----A---T-AA-AA-TT-CA-ATG------A-C--T-TGC--TA--------A--A--TG-T-------T-C-
gi|69710 : ----A----A-GTC-AA-AATTT-CA-ATC------A-C--C-TG---TA-----A--A--A--TG-T-------T-C-A-C--TG--T-T-T---T---TGAAC--AG-----AAA--C-TCT------T-A--ATT-TA-CA---GACACTAGGAC--TTTGAT
gi|69711 : ----A----A-GTC-AT-AATTT-CA-ATC------A-C--C-AG---TA-----C--A--A--TG-T-------T-A-A-A--TA--T-T-T---T---TTAAC--TT-----AAA--C-TCC------T-A--ATT-TA-CA---GACACTAt
gi|69712 : ----A----A-GTC-AT-AATTT-CA-ATC------A-C--C-AG---TA-----A--A--A--TG-T-------T-A-A-T--AT--C-T-T---T---T-AAC--TT-----AAA--C-TCT------T-A--A-T-TA-CA---GACACTAaacattttat
Alignments
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Reference ( family-421 ) : CAGGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---GACACT-AGAAA-TTTGAT
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gi|69666 : CAGGCCCCGG-ATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------TTA-AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--T---TG---T----AC-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--T------AAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---GACACT-ATTAA-TTTGAT
gi|69667 : CAGGCCCTGTGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---A---TGACC--TC-----ACA--C-TCC------T-AAT--T-TG-CA---GACACT-AGAAG-TTTGAT
gi|69668 : CAGGCCCTGGGATCAT-G-A--AAC---A---GAAT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----C-----TC-AA-AATTT-CA-GCT------AC--C---TG---T----AG-----A-A-TG-T-------T-G-A-T--TG--C---T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-ACT------T-AAT--T-TG-CA---CACACT-AATAA-TTTGAT
gi|69669 : CAGGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---G---AACT-T-T-G-A-CT-------T---AA-----G-----TA-AA-AATTT-CA-ATA------GC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-T-A-T--TA--C-T-A---T---TGACC--TG-----AAT--C-TCT------T-----------CA---GACACT-AGAAA-TATGAT
gi|69670 : CAGGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------A---AC-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATT------AC--T---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-T-A-T--TA--T-C-A---TAA-TG-GC--CG-----GAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---AAAACT-AGAAA-TTTTAT
gi|69671 : CAGGCGTCAGGATCA----A--AAG---A---AATC-T-T-G-A-CT-------T---AAATTGAG-----TT-AA-AATTT-TA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------C-C-A-T--TA--C-T-T---T---GTAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---GACACT-AGGAA-TTTG
gi|69672 : CAGGCCCCGGGATCAG-G-A--AAC---A---AATT-C-A-G-A-CT-------T---AC-----G-----TC-A------T-----TG------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--G-TCT------T-AAT--T-TG-CT---GACACT-AGAAA-
gi|69673 : CAAGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-C-A-A-A-CT-------TAG-AA-----G-----CC-AA-AATTT-AA-ATC------AC--C---TG---TAC--AA-----A-A-TG-T-------G-CAA-T--TA--T-T-T---T---TTAAC--TG-----AGA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---GATA
gi|69674 : CAGGCCCCGGGATCAT-G-A--AAT---A---AACT-T-G-G-A-CT-------TTAAAA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ACA------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-----------------------------------------TA-----AAA--C-TCT------T-ATT--T-TG-CA---GACACT-AGAAA-TTTGAT
gi|69675 : CAGGCCCCAGGATCAT-G-A--AAC-------ATTT-T-A-A-G-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATCT-AA-A--------AA--T---TGGAAT----AA-----A-A-TGATTGTGCAGT-C-A-A--TA--A-T-T---T---CAAAA--TA-----AAA--T-TGT------T-At
gi|69676 : CAGGCCCCGGGATCAT-G-T--AAC---A---AACT-C-AAG-A-GT-------T---TA-----A-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---G----AA-----G-A-TG-T-------T-C-A-T--TATTT-T-T---T---TTAAC----------AA--C-T-T------T-ACT--T-TG-
gi|69677 : CAGGCCCCGGG-TCAT-G-T--AAC---A---AACT-CAA-G-A-GT-------T---TA-----A-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG--------AA-----G-A-T--T-------T-C-A-T--TAT-T-T-T---T---TTAA----------AAA--C-T-T------T-ACT--T-TG-
gi|69678 : CAGGCCCTGATATCAT-G-A--AAC---A---AACT-C-AAG-A-CT-------T---CA-----G-----TC-AA-CATTT-CA-AAC------AC--C---TG---C----AA-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TT--C-T-T---A---TGAGC--T-----------C-C------------T--T-TG-CA---GATACT-
gi|69679 : CAGGCCTCGGG-TTAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-T-A-AT-------T---CA-----G-----TC-GA-AATTT-CA-GTC-------C--C---TA---T-------------A-T--T-------T-T-G-T--TA--A-T-T---T---TGAAG--TG-----AAA--C----------T-AAT--T-CG-CA---GATACT-GAAAA-GTTGATgt
gi|69680 : CAGGCCCCGGGATCAC-G-A--AAC-------ACCT-T-A-A-G-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATCT-CA-ATt
gi|69681 : CAGGCCCCGGGATCAC-G-A--AAC-------ACCT-T-A-A-AGCT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATCT-CA-AT
gi|69682 : CAGGCCCCGGGATCAT-G-A----------------------------------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TA---T----AA-----A-T-TG-T-------
gi|69683 : CAGGCCCCAAGACCAT---A--AACTGAG---AAC----A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-TA-ATT------AC--T---TA---T----A
gi|69684 : CAGGCCCCAAGACCAT---A--AACTGAG---AA---T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-TG-ATT------AC--T---TA---T----A
gi|69685 : CAGGCCCCAAGACCAT---A--AACTGAG---AA---T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TCTAA-AATTC-AA-ATCCAGTTAAC--T---TG---A----GAATT--A-A-TT-T-------T-C-A-T--AA------T---T---TAA----TG-----AAA--C-TTT------T-AAT--
gi|69686 : AGGTCTTGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-A-AATT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T--------------------------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---GGAAC--AG-----AAT--T-TCT------T-AAT--T-TG-CA---GACACA-AGAAA-TTTTAT
gi|69687 : AGGCCCCTGGATTGT-G-T--AAC---A---AACT-TGA-G-A--T-------G---AC-----G-----TC-AA-TCTTT-CA-----------C--C---TG---TGTGCAT-----G-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--T-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-ACT------T-AAT--T-TG-CA---GACACA-AGAAA-TGTGAT
gi|69688 : GGCCTCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-ACG-A-CT-------T---AA-----C-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--T---TG---T----AT-----A-A-TG-T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-AGT--T-TG-CA---GACACT-AGAAA-TTTGAT
gi|69689 : GGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AGCT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TA-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-C-------T-C-A-T--AA--C-T-T---G---TGAAG--TG-----AAA--C-AAT------T-AAT--T-TG-CA---GACACA-AGAAA-TTTGATt
gi|69690 : GGCCCCAGGGTCAT-C-A--AAC---A---GACT-C-A-G-A-CT-------T---TG-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---CG---T----CA-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAGC--TG-----AAA--T-TTT------T-AAT--T-AG-CA---GACAC
gi|69691 : GGCCCAGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-C-A-G-A-CA-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------A---C---TG---T----CA-----ATC-TA-T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---T---TGATT--TG-----AAA--C-TCT------T-AAT--T-TA-CA---GACACT-AGAAA-ATTGAT
gi|69692 : GGCCCCCGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-C-A-G-A-CT-------T---AC-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AAAATTTA-A-TG-T-------T-G-A-TTATA--T-T-T---T---TGAAC--CG-----AAA-----CT------T-AAT--T-TT-CA---GACATT-AGAAA-t
gi|69693 : GGCCCCAGGATCAT-G-A--AGC---A---AACT-A-A-A-A-CT-------T---CA-----G-----TG-AA-AAGTT-CA-ATG------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------C-C-A-T--TA--C-A-T---T---TAGGC--TG-----AAA--C-TCT------T-AAT--C-TG-CA---GACgttatt
gi|69694 : GGCCTCGGGATCAT-T-A--AAT---A---AACT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-TTTTA---T-T-G-T--TA--C-T-TACATGTATCACC--TG-----AAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-TA---TGCCCA-AGAAA-TTTGAT
gi|69695 : GGCCCGGGAATCAT-G-A--AAC---A---AACT-C-A-G-A-CT-------T---AA-----A-----TC-AA-AATTT-CA-ATG------AC--T---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-G---T---TTAAT--TG-----AAA--C-TTT------T-AAT--
gi|69696 : GGCCCCGGGATCAT-G-A--CAG---A---AATT-T-A-G-A-CTAA-----T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CG-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--T----------------------------------C-TTT------T-AAT--T-TG-CG---CACACT-AATAA-TTTGAT
gi|69697 : GGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CC-------T---TA-----G-----TC--A-AATTT-CACATC------AC--C---GG---T----CA-----A-A----T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---A---TCAACCTTG------AA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CAG--GAAACT-AGAAA-
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gi|69699 : GGCTCCGGGAT-ATAG-A--AAC---A---T-CT-T-A-A-G-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-GA-ATA------AC--T---TGCAAT----AA-----A-A-TGAT-------T-C-ct
gi|69700 : GGCCCCAGGATCAT-GAA--AAC---A---ACTT-T-G-A-A-CT-------T---AA-----C-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------A---C---TG---T----AA-----A-C-TG-T-------T-C---T--TA--CTT-T---T---TGAAC--TG-----TA-----TCG------T--ATGAT-TG-CA---GACAC--AGAAA-TTTGA
gi|69701 : GGCTCCAGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CTTCCATTGT---AT-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-Tct
gi|69702 : GCCCCGGAAT-AT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----CC-AA----TT-TA-GTCA-----AC--C---TG---C----AAC----A-A-TG-T-------T-A-A-T--TA--T-T-T---T---TGATC--TG-----AAA--C-TCT------T-AA---T-TG-CA---GGCACT-CGAAG-TTTGA
gi|69703 : GCCTCGGGATCAC-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-AT-------T---AATCAA-G-----TT-AA-AATTT-CA-AAC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TT-C-------T-C-G-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TGCAGCTAGA--C-TCG------A-AAT--T-TG-ct
gi|69704 : CCCTGGGATCAT-T-GTTAAC---A---AACT-C-A-G-A-CT-------T---CA-----G-----TC-AACAATTTGCA-ATC------ACACC---TG---T----AA-----A-A-AA-G-------T-C-A-T--TA--C-TGT---T---TAAAT--CG-----AAAAGC-TCT------TTAAT--T-TG-CA---AACACT-AGCAA-TTT
gi|69705 : CCCGGGATCAT-GAA--AAT---ATATAAC--T-A-G-A-GT-------T---AAT----GATAACTC--A-AATTT-CA-A-A------AG--C---T----T----AA-----A-ATTA-T-------T-C-A-T--T---C-T-T---T---TGAAA--TG-----AAT--C--CT------T-AAT--TATGCCA---GACAATAAGAAATTTTGAT
gi|69706 : CCAGGAATCA----A--AAC---A---AACT-C-A-G-A-CT-------T---AA-----AT----TC-AA-TATTT-CACATG------AC--T---TG---T----AA-----A-A-TG-T-----------A-T--TA--T-T-G---T---TTAAT--CG-----AAA--CTTTT------T-AAT--G-TG-t
gi|69707 : CCAGGAATCAT-G-A--CAC---A---AACT-T-TTG-A-TT-------T---AA-----A-----TC-AA-A-TTT-CA-ATG------AC--T---TG---T-----------A-A-TG-T-------TCC-A-T--TA--T-G-T---T---TATAT--TG-----AAA--CTTTT------T-AAT--
gi|69708 : GGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------A---AA-----G-----AC-AA-AATTT-TA-ATC------AC--T---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---C---TTAAC--TG-----AAA--C-TCTTACATGT-AAT--T-TG-CA---GACACC-GCTAA-TTTGAT
gi|69709 : GATCAT-G-A--AAC---A---AACTCC-A-G-A-CT-------T---AA-----A-----T--AA-AA-TT-CA-ATG------AC--T---TG---C----TA-----A-A-TG-T-------T-C-t
gi|69710 : ---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-C-A-C--TG--T-T-T---T---TGAAC--AG-----AAA--C-TCT------T-AAT--T-TA-CA---GACACT-AGGAC-TTTGAT
gi|69711 : ---AA-----G-----TC-AT-AATTT-CA-ATC------AC--C---AG---T----AC-----A-A-TG-T-------T-A-A-A--TA--T-T-T---T---TTAAC--TT-----AAA--C-TCC------T-AAT--T-TA-CA---GACACT-AAACA-TTTTATt
gi|69712 : ---AA-----G-----TC-AT-AATTT-CA-ATC------AC--C---AG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-A-A-T--AT--C-T-T---T---T-AAC--TT-----AAA--C-TCT------T-AA---T-TA-CA---GACACT-AAACA-TTTTAT
Alignments
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lowQualScore : . . .. ... ... . . . . . ....... ... ..... ..... . . . . ...... .. ... ... .... ..... . . . ....... . . . .. .. . . ... ... . .. ..... .. . ...... . .. . . ... . .
lowQualScore : 9 8 22 777 666 9 7 6 9 8 1111111 999 77777 99999 8 8 8 7 444444 22 555 000 0000 88888 9 9 9 0000000 0 0 0 44 44 0 0 888 111 8 44 55555 44 0 999999 0 44 1 1 444 4 4
consensus : CAGGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---GACACT-AGAAA-TTTGAT
Reference ( family-421 ) : CAGGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---GACACT-AGAAA-TTTGAT
gi|69665 : CAGGCCCCGG-ATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------TTA-AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--T---TG---T----AC-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---GACACT-ATTAA-TTTGAT
gi|69666 : CAGGCCCCGG-ATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------TTA-AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--T---TG---T----AC-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--T------AAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---GACACT-ATTAA-TTTGAT
gi|69667 : CAGGCCCTGTGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---A---TGACC--TC-----ACA--C-TCC------T-AAT--T-TG-CA---GACACT-AGAAG-TTTGAT
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gi|69670 : CAGGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------A---AC-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATT------AC--T---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-T-A-T--TA--T-C-A---TAA-TG-GC--CG-----GAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---AAAACT-AGAAA-TTTTAT
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gi|69674 : CAGGCCCCGGGATCAT-G-A--AAT---A---AACT-T-G-G-A-CT-------TTAAAA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ACA------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-----------------------------------------TA-----AAA--C-TCT------T-ATT--T-TG-CA---GACACT-AGAAA-TTTGAT
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gi|69676 : CAGGCCCCGGGATCAT-G-T--AAC---A---AACT-C-AAG-A-GT-------T---TA-----A-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---G----AA-----G-A-TG-T-------T-C-A-T--TATTT-T-T---T---TTAAC----------AA--C-T-T------T-ACT--T-TG-
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gi|69688 : GGCCTCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-ACG-A-CT-------T---AA-----C-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--T---TG---T----AT-----A-A-TG-T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-AGT--T-TG-CA---GACACT-AGAAA-TTTGAT
gi|69689 : GGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AGCT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TA-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-C-------T-C-A-T--AA--C-T-T---G---TGAAG--TG-----AAA--C-AAT------T-AAT--T-TG-CA---GACACA-AGAAA-TTTGATt
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gi|69694 : GGCCTCGGGATCAT-T-A--AAT---A---AACT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-TTTTA---T-T-G-T--TA--C-T-TACATGTATCACC--TG-----AAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-TA---TGCCCA-AGAAA-TTTGAT
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gi|69697 : GGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CC-------T---TA-----G-----TC--A-AATTT-CACATC------AC--C---GG---T----CA-----A-A----T-------T-T-A-T--TA--C-T-T---A---TCAACCTTG------AA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CAG--GAAACT-AGAAA-
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Reference ( family-421 ) : CAGGCCCCGGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TG-T-------T-C-A-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TG-----AAA--C-TCT------T-AAT--T-TG-CA---GACACT-AGAAA-TTTGAT
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gi|69700 : GGCCCCAGGATCAT-GAA--AAC---A---ACTT-T-G-A-A-CT-------T---AA-----C-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------A---C---TG---T----AA-----A-C-TG-T-------T-C---T--TA--CTT-T---T---TGAAC--TG-----TA-----TCG------T--ATGAT-TG-CA---GACAC--AGAAA-TTTGA
gi|69701 : GGCTCCAGGATCAT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CTTCCATTGT---AT-----G-----TC-AA-AATTT-CA-ATC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-Tct
gi|69702 : GCCCCGGAAT-AT-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-CT-------T---AA-----G-----CC-AA----TT-TA-GTCA-----AC--C---TG---C----AAC----A-A-TG-T-------T-A-A-T--TA--T-T-T---T---TGATC--TG-----AAA--C-TCT------T-AA---T-TG-CA---GGCACT-CGAAG-TTTGA
gi|69703 : GCCTCGGGATCAC-G-A--AAC---A---AACT-T-A-G-A-AT-------T---AATCAA-G-----TT-AA-AATTT-CA-AAC------AC--C---TG---T----AA-----A-A-TT-C-------T-C-G-T--TA--C-T-T---T---TGAAC--TGCAGCTAGA--C-TCG------A-AAT--T-TG-ct
gi|69704 : CCCTGGGATCAT-T-GTTAAC---A---AACT-C-A-G-A-CT-------T---CA-----G-----TC-AACAATTTGCA-ATC------ACACC---TG---T----AA-----A-A-AA-G-------T-C-A-T--TA--C-TGT---T---TAAAT--CG-----AAAAGC-TCT------TTAAT--T-TG-CA---AACACT-AGCAA-TTT
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