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lowQualScore                  :      ..   ... ...  . .. ... ...       .. ......   ... .......   ... .   ...... .......      ....  ..    ..        . ...  . . .. ......  .  ........... .  ...    .      ..       . . ..       
lowQualScore                  :      88   999 777  5 33 888 999       99 888888   777 3333333   777 1   777777 1111111      9999  11    11        9 000  8 4 22 999999  7  55555555555 9  666    9      22       9 0 22       
consensus                     : AAATA--AAT--CT---TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-TT-TAATGCA
Reference ( gi|81354 )        : AAATA--AAT--AT---TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-TA-TAATGCA
gi|81355                      : AAATA--AAT--CT---TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---TGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---TA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-TA-TAATGCA
gi|81356                      : AAATC--AAT--CT---TT-T--T---C---AGTAAAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGAATCC-T-TA-TAATGCA
gi|81358                      : AAATA--AAT--CT---TT-T--T---C---AGTATAT--AGGCCTACAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-
gi|81357                      : AAATA--TAT--CT---TT-TTTT---C---AGTATAT--A------CAT---T-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAATCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-TT-TAATGCA
gi|81360                      : AAATA--AAT--CT---TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAA---TGTAC------G-------TACATA----TC--AAGG---TA---CA-T---GT-A-A--C-C----CA-TT-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-TT-TAATGCA
gi|81361                      : AAATA--A-T--CT---TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA-----C--AAGG--ATAACCCA-T---AA-------------------------------------ATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-TT-TAATGCA
gi|81362                      : AAATA--AAT--CT---TT-T--T---C---AGTATACCAA------TATTGTA-------CAT----GTAC------G-------CATATA----CC--AAGG--CTAACCCA-T---AA-A-G----T----CC-AA-----G--G--G-CT---TAAT-TCCAAT--GGGGTCCTT-TT-TAATGTA
gi|81364                      : AAAAA--AAT--CT---TC-T--TTGCC---AGTATA---A------CATT--A-------GAT---CGTACATGTACG-------TATAT-----CC--AAGGTGATAACC-A-C---TA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT----ATTCTCCAAT--GGGGTCC-T-TA-TAATGCA
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gi|81363                      : AAATA--AAT--CA---TT-T--T---C---AGTATAT--A------TAT---ATACACAGGATATACGTAC------A-------TATACATGTGCC--AAGG--ATAACCCA-T---TA-A------T----CA-AGCCTTTA--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-TT-TAATGCA
gi|81366                      : AAATATCAAT--CT---TA-A--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAA---TATAG------G-------TACATA----CC--AAGT--ATAACCCA-T---TA-A-G--C-T----CATAA-----------G-CTACAAATT-TCCGAT--GGGGTCA-T-TT-TAATGC
gi|81367                      : AAATA--AAT--CT---TTAT--T---G---AGTATAA--A------CAT---A-------GAA---TATAC------G-------CACATA----CA--AAAG--ATAACCCA-C---AA-AAG--C-T----CG-T------G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--ACGGTTT-T-T
gi|81368                      : AAATA--AAT--CT---TT-TA-T---C---AGTTTAT--A------CAC---A-------GAT---CGTAC------GTACTGTATATATA----AC--AAAG--AATACTCA-T---TT-A-G--C-T----CA-AA-----G------------------CCAAT--GGATACC-TCTATTAATGCAgaatac
gi|81369                      : AAATA--AAT--GT---TT-TATT---T---GGTATAT--A------CAT---A-------------CATAC------A-------AATATA-----------G--ATA---TA-T---AA-AAG--C-T----TG-AA-----A--G----CA---TATT-TCCGAT--GGGGTCC-T-T--TGATGC
gi|81370                      : AAATA--AAT--CT---TTAT--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAA---TATAC------G-------TACACA----CA--AAGG--ATA
gi|81371                      :  AATA--AAT--CT---TT-T--TT--C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATA------CC--AAGG--ATAACCCA-TGATAA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--TGGGTCC-T-TA-TAATGCA
gi|81372                      :  AATA--AA---ATCTTTT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAA------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACTCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-CT---TATT-TCCATT--GGGGTCC-G-TT-TAATGCA
gi|81373                      :  AATA--AAT--CT---TT-AA-T---C---AGTATAT--A------TAG---A-------AATA--TATAC------G-------TAAACA----CC--AAGG--ATAACCT--------------C-T----TA-A------------G-CT---TATT-CCCTAT--GGGGTCT-T-TT-TAATGCA
gi|81374                      :   ATA--AAT--CT---TT-T--T---C---AGCATAT--A------CAC---A-------GAC---CGTAT------G-------TTTATA----CC--AAGG--GTAATTCA-T---TA-A-G--C-T----CA-CA-----T--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GATATCC-T-TT-TAA
gi|81359                      :     A--AAT--ATCT-TT-T--T---C---AGTGTGT--A------CAT---A-------GAT---TGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ACAACCCA-T---TA-A-G--T-T----C--AC-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--TAGGTCC-T-TT-TCATACA
gi|81375                      :         AT--TT---TT-T--T---CCCCAGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-TT-TAATGCA
gi|81376                      :              T---TT-T--A---C---A-TATAT---------CAC---A-------G-T---C-TAC------G-------TACACA----CG--TAGG--ATAACCCATT---AA-A-G--CAA----CA-AT-----ATTGTTG-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-T
gi|81377                      :                  cT-T--T---C---AGTATA---A------CAT---A-------TAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-
gi|81378                      :                             ---AATACAT--A------CAA---A-------AAT---C-TAC------A-------TTCATA----AC--AAGT--TTAATCCA-TG--AA-A-G--C-C----CA-AG-----A--A--T-CT---TATT-TTCAAT--GGGACCT-T-TT-TAATGTA
gi|81379                      :                                 GTGTAT--A------CAT----------------------------G-------TACATA----CG--AAGG--G-AACCCA-T---GAGA-G--C-TTGATCG-AA-----A--G---------TATT-TCCAAT--GGGATCC-T-TT-TCATGCA
gi|81380                      :                                   ATGT--A------TAT---A-------GAA---TAGAC------G-------TACATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---TA-A-G--C-T----CG-AG-----G--A--G-AT---TA
gi|81381                      :                                     AT--A------TAG---A-------AAT----ATAC------A-------TCCATA----CC--AAGG--ATAACCCA-TA--AA-A-A--C-T----GA-AA--------A--G-CT---TATT-TCTAAT--GGGGTCC-T-TT-TAATTCA
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gi|81383                      :                                       --A------CAT---G-------GAT---AATAT------G--------ACATAA---CC--AAGGG-ATAACCCA-T---AATA-G--C-T----GT-AG-----T--A--A-CT---TATT-TATAAT--GGGATCC-T-
gi|81384                      :                                          ------CAT---A-------TAT---TG-AT------A-------TA-ATA----GCTTAATG--ATAACCCA-T---AA-A-A--G-T----TA-AAAT---G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGAGTCC-T-T
gi|81385                      :                                                                         ------G-------TAAATA----CC--A-GG--ATAACCCA-TG--AA-A-G--C-T----C--GA-----G--A--G-C----TATT-TCCAAT--TTGATTC-T-T
gi|81386                      :                                                                                -------TAAATT----CC--TAGG--ATAACCCA-T---AA-A-AGAC-A----CG-AA-----A--T----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-t
gi|81387                      :                                                                                        ATATC----CT--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-C----TA-AA-----G--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-T
gi|81388                      :                                                                                        ATA-A----CCT-AAGG--ATAACCCA-T---AA-AAG--C-T----GA-AA-----TC-A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-TA-t
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gi|81391                      :                                                                                         TATC----CT--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-C----TA-AA--------G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGCCC-T-T
gi|81390                      :                                                                                         TAT-----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA---G--C-C----TA-AA-----G--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-Tt
gi|81392                      :                                                                                         TATC----CT--AAGG--ATAACCCA-T---AA-C-G--C-C----TA-AA--------G--G-CT---TGTT-TCCAAT--GGGGTCt
gi|81393                      :                                                                                         TACA----CCT-AAGG--ATAGCCCA-TG--AA-A-G--C-A----CT-A------G--T--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-T--TAAatctgttagt
gi|81394                      :                                                                                         TGTA----CCT-AAGG--ATAACCCA-T---TA-A-A--C----------------------G-CT---TCTT-TCCAAT--GGGGTCC-T-a
gi|81395                      :                                                                                          ATA----CC--AGGG--ATAACCCG-TG--AA-A-G--T-T----CG-AA-----A--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCG-T-TT-TAAAGCA
gi|81396                      :                                                                                             ----CC--AAGG--ATGACCCA-TG--AA-A-G--C-A----TA-GA-----G--AATG-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-T
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gi|81398                      :                                                                                                      AGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--GTCT---TATT-TCCAAT--GGGGTCC-T-TA-TAAAGCA
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Alignments
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lowQualScore                  :      ..  .   ..  . .. ... ...       .. ......   ... .......   ...     ...... .......      ....  ..    ..        . ...  . . .. . ....  .  .............  ...    .      ..      .. .  ..        
lowQualScore                  :      66  8   44  3 66 666 888       88 777777   555 2222222   555     666666 2222222      9999  00    11        9 888  7 3 22 9 8888  6  9999999999999  555    9      22      22 9  44        
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Reference ( family-418 )      : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
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gi|81355                      : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---TGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---TA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--ATAATGCA
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gi|81357                      : AAATA--TA-TCT--TT-TTTT---C---AGTATAT--A------CAT---T-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAATCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
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gi|81359                      : AAATA-----TCT--TT-T--T---C---AGTGTGT--A------CAT---A-------GAT---TGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ACAACCCA-T---TA-A-G--T-T----C--AC-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--TAGGTC--C-TT--TTCATACA
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gi|81366                      : AAATATCAA-TCT--TA-A--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAA---TATAG------G-------TACATA----CC--AAGT--ATAACCCA-T---TA-A-G--C-T----CATAA-----------G-CTACAAATT-TCCGAT--GGGGTC--A-TT--TTAATGC
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gi|81371                      :  AATA--AA-TCT--TT-T--TT--C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATA------CC--AAGG--ATAACCCA-TGATAA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--TGGGTC--C-TT--ATAATGCA
gi|81372                      :  AATA--AAATCT--TT-TT-T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAA------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACTCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-CT---TATT-TCCATT--GGGGTC--C-GT--TTAATGCA
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gi|81375                      :         A-TTT--TT-T--T---CCCCAGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
gi|81376                      :            CT--TT-T--A---C---A-TATAT---------CAC---A-------G-T---C-TAC------G-------TACACA----CG--TAGG--ATAACCCATT---AA-A-G--CAA----CA-AT-----ATTGTTG-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--
gi|81377                      :                 T-T--T---C---AGTATA---A------CAT---A-------TAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-
gi|81378                      :                           ---AATACAT--A------CAA---A-------AAT---C-TAC------A-------TTCATA----AC--AAGT--TTAATCCA-TG--AA-A-G--C-C----CA-AG-----A--A--T-CT---TATT-TTCAAT--GGGACC--T-TT--TTAATGTA
gi|81379                      :                               GTGTAT--A------CAT----------------------------G-------TACATA----CG--AAGG--G-AACCCA-T---GAGA-G--C-TTGATCG-AA-----A--G---------TATT-TCCAAT--GGGATC--C-TT--TTCATGCA
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gi|81381                      :                                   AT--A------TAG---A-------AAT----ATAC------A-------TCCATA----CC--AAGG--ATAACCCA-TA--AA-A-A--C-T----GA-AA--------A--G-CT---TATT-TCTAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATTCA
gi|81382                      :                                   AT--A------AAT---A-------AAT---C---T------G-------TTCATA----CC--AAGG--ATAACCTA-T----A-A-G--C-T----CATAA-----------G-CT---TATT-TCCCTT--GGGGT---C-TT--TTGATGCA
gi|81383                      :                                     --A------CAT---G-------GAT---AATAT------GA------CATA-A----CC--AAGGG-ATAACCCA-T---AATA-G--C-T----GT-AG-----T--A--A-CT---TATT-TATAAT--GGGATC--C-T
gi|81384                      :                                        ------CAT---A-------TAT---TG-AT------A-------TA-ATA----GCTTAATG--ATAACCCA-T---AA-A-A--G-T----TA-AAAT---G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGAGTC--C-TT--
gi|81385                      :                                                                       ------G-------TAAATA----CC--A-GG--ATAACCCA-TG--AA-A-G--C-T----C--GA-----G--A--G-C----TATT-TCCAAT--TTGATT--C-TT--
gi|81386                      :                                                                              -------TAAATT----CC--TAGG--ATAACCCA-T---AA-A-AGAC-A----CG-AA-----A--T----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-T
gi|81387                      :                                                                                      ATATC----CT--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-C----TA-AA-----G--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--
gi|81388                      :                                                                                      ATA-A----CCT-AAGG--ATAACCCA-T---AA-AAG--C-T----GA-AA-----TC-A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TTA-TTA
gi|81389                      :                                                                                      ATA-A----CT--AAGG--ATAACCCA-T---AA-AAG--A-T----GA-AA-----TC-A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-T
gi|81390                      :                                                                                       TAT-----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA---G--C-C----TA-AA-----G--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--
gi|81391                      :                                                                                       TATC----CT--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-C----TA-AA-----G--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGCC--C-TT--
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gi|81395                      :                                                                                        ATA----CC--AGGG--ATAACCCG-TG--AA-A-G--T-T----CG-AA-----A--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--G-TT--TTAAAGCA
gi|81396                      :                                                                                           ----CC--AAGG--ATGACCCA-TG--AA-A-G--C-A----TA-GA-----G--AATG-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--
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gi|81398                      :                                                                                                    AGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--GTCT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--ATAAAGCA
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Alignments
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Reference ( family-418 )      : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
gi|81354                      : AAATA--AA-TAT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--ATAATGCA
gi|81355                      : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---TGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---TA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--ATAATGCA
gi|81356                      : AAATC--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTAAAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGAATC--C-TT--ATAATGCA
gi|81357                      : AAATA--TA-TCT--TT-TTTT---C---AGTATAT--A------CAT---T-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAATCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
gi|81358                      : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--AGGCCTACAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-
gi|81359                      : AAATA-----TCT--TT-T--T---C---AGTGTGT--A------CAT---A-------GAT---TGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ACAACCCA-T---TA-A-G--T-T----C--AC-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--TAGGTC--C-TT--TTCATACA
gi|81360                      : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAA---TGTAC------G-------TACATA----TC--AAGG---TA---CA-T---GT-A-A--C-C----CA-TT-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
gi|81361                      : AAATA--A--TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA-----C--AAGG--ATAACCCA-T---AA-------------------------------------ATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
gi|81362                      : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATACCAA------TATTGTA-------CAT----GTAC------G-------CATATA----CC--AAGG--CTAACCCA-T---AA-A-G----T----CC-AA-----G--G--G-CT---TAAT-TCCAAT--GGGGTC--CTTT--TTAATGTA
gi|81363                      : AAATA--AA-TCA--TT-T--T---C---AGTATAT--A------TAT---ATACACAGGATATACGTAC------A-------TATACATGTGCC--AAGG--ATAACCCA-T---TA-A------T----CA-AGCCTTTA--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
gi|81364                      : AAAAA--AA-TCT--TC-T--TTGCC---AGTATA---A------CATT--A-------GAT---CGTACATGTACG-------TATAT-----CC--AAGGTGATAACC-A-C---TA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT----ATTCTCCAAT--GGGGTC--C-TT--ATAATGCA
gi|81365                      : AAATA--AA-TCTATTT-T--T---C---AGTATAT--A------CGT---A-------AAT---CGTAC------G-------TATCTA----AT--AAGG--ATAATCCA-C---TG-A-G--C-G----C--AA-----G--G--G-CT---TACT-TCCAATTGGGGATC--A-TT--
gi|81366                      : AAATATCAA-TCT--TA-A--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAA---TATAG------G-------TACATA----CC--AAGT--ATAACCCA-T---TA-A-G--C-T----CATAA-----------G-CTACAAATT-TCCGAT--GGGGTC--A-TT--TTAATGC
gi|81367                      : AAATA--AA-TCT--TTAT--T---G---AGTATAA--A------CAT---A-------GAA---TATAC------G-------CACATA----CA--AAAG--ATAACCCA-C---AA-AAG--C-T----CG-T------G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--ACGGT---T-TT--TGAATAC
gi|81368                      : AAATA--AA-TCT--TT-TA-T---C---AGTTTAT--A------CAC---A-------GAT---CGTAC------GTACTGTATATATA----AC--AAAG--AATACTCA-T---TT-A-G--C-T----CA-AA-----G------------------CCAAT--GGATAC--C-TCTATTAATGCA
gi|81369                      : AAATA--AA-TGT--TT-TATT---T---GGTATAT--A------CAT---A-------------CATAC------A-------AATATA-----------G--ATA---TA-T---AA-AAG--C-T----TG-AA-----A--G----CA---TATT-TCCGAT--GGGGTC--C--T--TTGATGC
gi|81370                      : AAATA--AA-TCT--TTAT--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAA---TATAC------G-------TACACA----CA--AAGG--ATA
gi|81371                      :  AATA--AA-TCT--TT-T--TT--C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATA------CC--AAGG--ATAACCCA-TGATAA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--TGGGTC--C-TT--ATAATGCA
gi|81372                      :  AATA--AAATCT--TT-TT-T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAA------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACTCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-CT---TATT-TCCATT--GGGGTC--C-GT--TTAATGCA
gi|81373                      :  AATA--AA-TCT--TT-AA-T---C---AGTATAT--A------TAG---A-------AATA--TATAC------G-------TAAACA----CC--AAGG--ATAACCT--------------C-T----TA-A------------G-CT---TATT-CCCTAT--GGGGTC--T-TT--TTAATGCA
gi|81374                      :   ATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGCATAT--A------CAC---A-------GAC---CGTAT------G-------TTTATA----CC--AAGG--GTAATTCA-T---TA-A-G--C-T----CA-CA-----T--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GATATC--C-TT--TTAA
gi|81375                      :         A-TTT--TT-T--T---CCCCAGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
gi|81376                      :            CT--TT-T--A---C---A-TATAT---------CAC---A-------G-T---C-TAC------G-------TACACA----CG--TAGG--ATAACCCATT---AA-A-G--CAA----CA-AT-----ATTGTTG-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--
gi|81377                      :                 T-T--T---C---AGTATA---A------CAT---A-------TAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-
gi|81378                      :                           ---AATACAT--A------CAA---A-------AAT---C-TAC------A-------TTCATA----AC--AAGT--TTAATCCA-TG--AA-A-G--C-C----CA-AG-----A--A--T-CT---TATT-TTCAAT--GGGACC--T-TT--TTAATGTA
gi|81379                      :                               GTGTAT--A------CAT----------------------------G-------TACATA----CG--AAGG--G-AACCCA-T---GAGA-G--C-TTGATCG-AA-----A--G---------TATT-TCCAAT--GGGATC--C-TT--TTCATGCA
gi|81380                      :                                 ATGT--A------TAT---A-------GAA---TAGAC------G-------TACATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---TA-A-G--C-T----CG-AG-----G--A--G-AT---TA
gi|81381                      :                                   AT--A------TAG---A-------AAT----ATAC------A-------TCCATA----CC--AAGG--ATAACCCA-TA--AA-A-A--C-T----GA-AA--------A--G-CT---TATT-TCTAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATTCA
gi|81382                      :                                   AT--A------AAT---A-------AAT---C---T------G-------TTCATA----CC--AAGG--ATAACCTA-T----A-A-G--C-T----CATAA-----------G-CT---TATT-TCCCTT--GGGGT---C-TT--TTGATGCA
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gi|81384                      :                                        ------CAT---A-------TAT---TG-AT------A-------TA-ATA----GCTTAATG--ATAACCCA-T---AA-A-A--G-T----TA-AAAT---G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGAGTC--C-TT--
gi|81385                      :                                                                       ------G-------TAAATA----CC--A-GG--ATAACCCA-TG--AA-A-G--C-T----C--GA-----G--A--G-C----TATT-TCCAAT--TTGATT--C-TT--
gi|81386                      :                                                                              -------TAAATT----CC--TAGG--ATAACCCA-T---AA-A-AGAC-A----CG-AA-----A--T----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-T
gi|81387                      :                                                                                      ATATC----CT--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-C----TA-AA-----G--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--
gi|81388                      :                                                                                      ATA-A----CCT-AAGG--ATAACCCA-T---AA-AAG--C-T----GA-AA-----TC-A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TTA-TTA
gi|81389                      :                                                                                      ATA-A----CT--AAGG--ATAACCCA-T---AA-AAG--A-T----GA-AA-----TC-A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-T
gi|81390                      :                                                                                       TAT-----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA---G--C-C----TA-AA-----G--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--
gi|81391                      :                                                                                       TATC----CT--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-C----TA-AA-----G--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGCC--C-TT--
gi|81392                      :                                                                                       TATC----CT--AAGG--ATAACCCA-T---AA-C-G--C-C----TA-AA--------G--G-CT---TGTT-TCCAAT--GGGGTCATC-TG--TTAGT
gi|81393                      :                                                                                       TACA----CCT-AAGG--ATAGCCCA-TG--AA-A-G--C-A----CT-A------G--T--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TAAA
gi|81394                      :                                                                                       TGTA----CCT-AAGG--ATAACCCA-T---TA-A-A--C----------------------G-CT---TCTT-TCCAAT--GGGGTC--C-T
gi|81395                      :                                                                                        ATA----CC--AGGG--ATAACCCG-TG--AA-A-G--T-T----CG-AA-----A--G----CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--G-TT--TTAAAGCA
gi|81396                      :                                                                                           ----CC--AAGG--ATGACCCA-TG--AA-A-G--C-A----TA-GA-----G--AATG-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--
gi|81397                      :                                                                                           ----CC--AAGG--ATGACCCA-TG--AA-A-G--C-A----GA-AA-----G--AATG-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTT--C-TT--
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gi|81401                      :                                                                                                                                          -----G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTT--C-TT--TTAATGCA


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blockSeqs                     :      .   .   .   A AT T   .         .  .        T   .         A       .      A            .     T     G           GT   T A .    .     T  ATTGTTG        .             .       .     A 
blockSeqs                     :      .   .   .   . A  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     T     .           G    . A .    .     T  ATGAG          .             .       .     . 
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blockSeqs                     :      .   .   .   . A  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           G    . A .    .     .  GAATG          .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           G    . . .    .     .  TGTTG          .             .       .     . 
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blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           G    . . .    .     .  TCAG           .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           G    . . .    .     .  GGGT           .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  TCAG           .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GAG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :      .   .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :          .   .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :              .   . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GAG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :                  . .  .   .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  TGG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :                           .         .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GAG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                     .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GAG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                     .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  AAT            .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                     .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GAG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                     .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  TAA            .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                     .  .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GAG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                        .        .   .         .       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GTG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                                                       .      .            .     .     .           .    . . .    .     .  GAG            .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                                                              .            .     .     .           .    . . .    .     .  AG             .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  AG             .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  AG             .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  AT             .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  GG             .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  GG             .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  GG             .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  GG             .             .       .     . 
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  AG             .             .       .       
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  G              .             .       .       
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  G              .             .       .       
blockSeqs                     :                                                                                           .     .     .           .    . . .    .     .  G              .             .       .       
blockSeqs                     :                                                                                                       .           .    . . .    .     .  G              .             .       .       
blockSeqs                     :                                                                                                       .           .    . . .    .     .  G              .                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .                                            


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
finalCons                     : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                          1111111111111                                        
lowQualScore                  :      22  1   22  3 99 444 222       11 333333   333 4444444   333     333333 5555555      1111  44    22        0 888  1 4 11 0 1111  2  3333333333333  111    0      11      11 0  22        
lowQualScore                  :      ..  .   ..  . .. ... ...       .. ......   ... .......   ...     ...... .......      ....  ..    ..        . ...  . . .. . ....  .  .............  ...    .      ..      .. .  ..        
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consensus                     : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
Reference ( family-418 )      : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
gi|81354                      : AAATA--AA-TAT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--ATAATGCA
gi|81355                      : AAATA--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---TGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---TA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--ATAATGCA
gi|81356                      : AAATC--AA-TCT--TT-T--T---C---AGTAAAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAACCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--GGAATC--C-TT--ATAATGCA
gi|81357                      : AAATA--TA-TCT--TT-TTTT---C---AGTATAT--A------CAT---T-------GAT---CGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ATAATCCA-T---AA-A-G--C-T----CA-AA-----G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
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gi|81359                      : AAATA-----TCT--TT-T--T---C---AGTGTGT--A------CAT---A-------GAT---TGTAC------G-------TATATA----CC--AAGG--ACAACCCA-T---TA-A-G--T-T----C--AC-----G--G--G-CT---TATT-TCCAAT--TAGGTC--C-TT--TTCATACA
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gi|81361                      : AAATA--A--TCT--TT-T--T---C---AGTATAT--A------CAT---A-------GAT---CGTAC------G-------TATATA-----C--AAGG--ATAACCCA-T---AA-------------------------------------ATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--TTAATGCA
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gi|81365                      : AAATA--AA-TCTATTT-T--T---C---AGTATAT--A------CGT---A-------AAT---CGTAC------G-------TATCTA----AT--AAGG--ATAATCCA-C---TG-A-G--C-G----C--AA-----G--G--G-CT---TACT-TCCAATTGGGGATC--A-TT--
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gi|81376                      :            CT--TT-T--A---C---A-TATAT---------CAC---A-------G-T---C-TAC------G-------TACACA----CG--TAGG--ATAACCCATT---AA-A-G--CAA----CA-AT-----ATTGTTG-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTC--C-TT--
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gi|81401                      :                                                                                                                                          -----G--A--G-CT---TATT-TCCAAT--GGGGTT--C-TT--TTAATGCA