lowQualScore : 11111 11111111 111
lowQualScore : 4 1 1 333 22 1 555 3333333 8888 22 22222 111 555555 0 66666 0 1 1 22 1 222 11 0 0 88888 22 11 33333 444 0 33 0 0 44444444 1 111 111 55 0 55555555 2222 333333 0 333333 11 8 0 2222 11 11 555 1 1 1 111 11 1 2 1 11 22
lowQualScore : . . . ... .. . ... ....... .... .. ..... ... ...... . ..... . . . .. . ... .. . . ..... .. .. ..... ... . .. . . ........ . ... ... .. . ........ .... ...... . ...... .. . . .... .. .. ... . . . ... .. . . . .. ..
lowQualScore : 8 2 6 111 00 1 888 4444444 3333 44 44444 777 666666 9 66666 9 9 9 22 9 555 22 9 9 99999 22 22 44444 000 9 00 9 9 77777777 7 555 666 33 9 11111111 8888 111111 9 555555 33 7 9 0000 33 33 333 0 0 0 888 44 0 1 1 55 11
consensus : TTTGTATGAA-AATA---TA-ATT-TC---TT-------T--N-AA--AAAT-----A---A------T-T-----G-A-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----CT--TCC--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC-T------A-G----GT-G----AA-A------T--AAAT-C----AAGCAGTA--A--T--CA-AA-A-TT---TT--GAAAA-TTCC-TATGGT-GG--AACATTT
Reference ( gi|89472 ) : TTTTTATGAA-AATA---TA-ATT-TC---TT-------T--G-AA--AAAT-----A---A------T-T-----G-A-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----AT--TCC--C-----A---TA-G--A-C-T--CT----A-A---TGTAA---A-GTTC-T------G-G----GT-G----AA-A------T--ATAT-C----AAGCAGTA--A--T--AA-AA-A-TT---TT--GAAAA-TTCC-TATGGT-GG--AACATTT
gi|89473 : TTTTTATGAA-A-TA---TA-ATT-TC---TT-------T--G-AA--AAAT-----A---A------T-T-----G-A-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----AT----C--C-----A---TA-G--A-C-T--CT----A-A---TGTAA---ATGTTC-T------G-G----GT------AA-A------T--ATAT-C----AAGCAGTAATA--T--AA-AA-A-TT---TT--GAAAA-TTCC-TATGGT-GG--AACATTT
gi|89478 : TTTTTATGAA-AATA---TA-ATT-TC---AT-------T--A-AA--AAAT-----A---A------T-T-----G-A-T-A--AA-ACA---T--G-T-C----AT--TCC--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-GTTC-T------G-G----GT-G----AA-A------T--ATAT-CTTGAAAGCAGTA--A--C--CA-AA-A-TT---TT--CAAAA-TTCC-TATGGT-GG--AACATTT
gi|89474 : TTTTTATGAA-AATA---TA-ATT-TC---TT-------T--G-AA--AAAT-----A---A------T-T-----C-A-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----TT--TCT--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-AATA-T------G-G----GT-G----AA-A------T--ATAT-C----AAGCAGTA--A--TC-AA-AATA-TT---TT----AAA-TTCC-TATGGT-GG--AACATTT
gi|89471 : TTTGTATGGA-AATA---TA-ATT-TC---TT-------T--T-AA--AAAT-----A---A------T-TT----G-A-T-A--AA-TCA---T--G-C-T----CT--TCC--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC-A------A-A----GT-G----AA-A------T--AAAT-C----AAGCAGTA--A--T--AA-AA-A-TT---TT--GAAAA-TTCC-TATGGT-GG--AATATTT
gi|89481 : TTTTTATGAA-AACA---TA-ATT-TC---TT-------T--GAAA--AAAT-----A---A------T-T-----G-A---A--AA-AAA---T--G-A-T----AT--TCC--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-GTTC-G------A-G----GT-G----AA-A------T--ATGT-C----GAGCAGTA--A--T--CA-AA-A--T---TT--GAAAA-TCCC-TATGGT-GG--AACATTT
gi|89475 : TTTGTATGAA-AATA---AA-ATT-TCG--TT-------T--G-AA--AA-T-----A---A------T-T-----G-A-TTA--AA-ATA---T--A-C-T----CT--TCC--C-----A---TA-C--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC-T------A-G----GT-A----AA-A------T--AAAT-C----AAGCATTA--A--T--CA-AA-A-TT---TA--GAAAA-TTCC-AATGAC-GA--AATATTT
gi|89495 : TTGTTATGAA-AATA---TT-ATT-TC---GT-------T--G-AA--AAAT-----A---A------T-T-----G-A-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----AT--TCC--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-GTTC-T------G-G----GT-G----AA-A------
gi|89476 : TTTGTATGAA-AAAA---TA-ACT-TC---TT-------T--T-AA--AAAT-----A---A------T-TT----A-A-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----CT--TAC--A-----A---TA-C--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC-T------T-G----GT-G----AA-A------T--AAAT-C----CAGCAGAA--A--T--CA-AC-A-TT---TT--GAAAA-TTTC-TATAAT-GG--A
gi|89480 : TTTGTATGAA-AGTA---TA-ACT-TC---TT-------T--T-GA--CAAT-----A---A------T-TC----G-A-T-A--AA-ACA---T--G-A-T----CT--TCG--C-----A---TA-G--A-C-A--TC----A-A---TATAA---A-CTTC-T------G-G----GT-ACTATAA-A------T--AAAT-G----AAGCAATA--A--T--CA-AA-A-TT---TT--GAAAA-ATCCTTATGGT-GG--A
gi|89479 : TTTGTATGAA-AATA---TG-ATT-TC---TT-------T--C-AA--AAAT-----A---A------T-TT----G-A-T-A--AA-ACA---T--T-T-T----CT--TCC--C-----A---TA-G--T-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC-T------A-G----GT-G----AA-A------T--AAAT-G----AAACAGTT--A--T--CA-AA-A-TT---T------------C-CATGGT-AG--ATTATTTttagtt
gi|89489 : TTTTTATGAA-GAAAACTTG-ATT-TC---TT-------TTGG-AA--AAAT-----A---A------T-T-----G-C-C-A--AA-ACA---T--G-C-T----AT--TCC--C-----ATG-TA-G--A-C-T--TC----ATA---TGCTA---A-GTTT-G------A-G----GT-G----AATA------T---TAT-C----GAGC-GTA--A--T---A-AA-A-TT---TT--GAAAA-TCC----TGGT-GG---ACATTT
gi|89486 : TTTGTATGAA-AATA---TC-ATT-TC---TT-------T--G-AA--AATT-----T---A------T-T-----T-C-A-A--AA-ACA---T--G-C-T----GT--TCC--C-----G---TA-A--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC-CGGGGGGG-G----GG-G----GG-A------T--AAAT-C----AAGCAGTA--A--T--CA-AA-A-TTAAAAA--AAAAA-T------TGGT-GG--AATATTT
gi|89482 : TTTGTATGAA-AA-A---TT-ATT-TG---TG-------T--C-AA--AAAT-----A---AC-----T-T-----G-A-T-A--AA-A------------T----CT--TCA--C-----A---T--G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-ATTA-T------A-G----AT-C----AA-A------T--AAAT-C----AAAAAGTA--A--T--CA-AA-G-GT---TT--GAAAA-TTCC-TATGGT-GG--ATTATTT
gi|89483 : TTTGTATGAA-AATA---TA-ATT-TC---TT-------A--T-AA--AACT-----A---T------T-TT----A-A-T-G--AA-ACA---T--G-C-T----TT--CCC--C-----A---TA-G--A-C-T--TA----A-A---TGTAAAACA-ATTT-A------A-A----GG-G----AC-A------T--AAAT-C----CAGCAGTA--A--T--CA-AA-A-TT---CT--GACAA-TCCC-TAAGCT-GG--
gi|89485 : TTTGTATAAA-AATA---TT-ATT-AC---TT-------T--T-AA--AGAT-----A---A------T-TT----A-A-T-A--AA--CA---T--G-C-T----CA--TCC--C-----A---TA-G--A-C-----------------GTAT---G-ATTC-T------A-G----GT-G----AA-A------T--AAAT-C----AAGCAG--------------A-A-TT---TT--TAAAA-TTCC-AATGGT-CG--Acttatt
gi|89492 : TTTTTTTGAA-AA------A-ATT-TA---TTGTTGTGTT--G-AA--AAA----------A------TGT-----G-A-T-A--AA--CA------A-C------AT--TTC--C-----A---TA-G--A-C-TTTCT----A-----TATAT---A-GTTT-T------G-GT---GTTG----AA-A------T--ATAT-C----AAGCAGTA--A--TTCCA-AA-A-TT---TTTAAAAAA-TTCCTTTTGGT-GG--AGCATTT
gi|89487 : TTTCTATGAA-AAGA---TC-ATT-TT------------------A--AAAC----------------T-T-----G-ACT-A--AA-ACA---T--T-T-T----CT--TCT--T-----T---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAG---A-ATTT-T------A-G----GT-G----AG-A------T--AAAT-C----AAGATGTA--A--T--CA-AA-A-TT---TT--GAAAA-ATCG-TATGGT-TG--ATTATTT
gi|89490 : TTTCTATAAA-A------TG-ATT-TC---TT-------T--C-AA--AAA----------A------T-TCTTTTA-A-T-A--AA-GGA---T--G-G-C----AT--TTT--TTTTTAA---TA-C--A-G----------A-A---TGTAA---A-ATTC-A------A-G----GT-G----AA-A------T--AAAT-C----AATTAGTA--AATC--AA-AA-G-TT---TT------A-TTCC-TATGGT-GG--A
gi|89488 : TTTGCATTGA-GACA---TA-TTT-TC---TT-------T--T-AA--AA-T-----A---A------T-TT----G-A-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----CT--TCC--C-----A---TA-T--A-C-T--GT----A-A---
gi|89477 : TTTGATGAA-AATA---TA-ATT-TC---TT-------T--G-AA--AA-T-----A---A------T-T-----G-AAT-AG-AA-ACAA--T--G-C-T----AT--TCC--C-----A---TA-G--A-C-G--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC-T------G-G----TT-T----AA-A------T--ATAT-C----AAGCAGTA--A--T--CA-AA-A-TT---TT--GAAAA-TTCC-T-TGGT-GG--AACATTTaagtggttataaacca
gi|89494 : TTGTATGAA-AAAA---TA--TT-TC---TT-------T--T-AA--AAAT-----A---A------T-TT----G-A-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----CC--TCC--C-----A---TA-G--A-C-A--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC-T------A-G----GT-C----AG-A------T--AAAT-C----AAGAAGTA--A--T--CA-AA-A-GT---TT--GAAAA-TTCA-TATGGT-GGGTAATATTT
gi|89496 : TTGTATGAA---TA---T---TT-TC---GT-------T--G-AA--AA-T-----A---A------T-T-----G-A-TGA--AA-ACA---T----C-T----CT--TCC--------A---TA-GT-A-C-T---T----A-AAATTGTAA---A-GTTC-T------G-G----GT-A----A
gi|89493 : TTTGATGAA-AATA---TA-ATT-TCAT-TT-------C--G-AA--GA-------A---A------T-TTC---A-A-T-G--TA-ACA---T--G-C-T----TT--TCC--G-----A---CA-GT-A-C-T--TT----C-G---TGTAA---A-AT
gi|89497 : TATGAA-AATA---TC-ATT-TC---TT-------T--G-AG--AAAT-----A---A------T-T-----TCA-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----GT--TCC--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC-C------G-G----GG-A----AA-A------T--AAAT-A----AAACAGTA--A--T--CA-AA-A-TT---TT--GAAAA-TTCA-TTTGGT-GA--AATATTTaaatcacgcagttatca
gi|89484 : tgTATGAA-AAAA---AT-ATT-TCCTGTT-------T--------AGGT-----A---AC-----T-T-----G-T-T-A--TA-ACA---T--G-C-T----CT--TCC--T-----A---TA-A--A-C-T--TC----A-A---TATAA---T-ATTC-T------A-G----GT-T----AA-A------T--AAAT-C----AAGAAGTA--A--T--CA-AA-A-GT---TT--GAAAA-TTCC-TGTGGT-GG--ATTATTT
gi|89500 : ttggTAAGAA-AATT---CA-ATT-TC---TT-------T--T-AA--AGA-----------------------------------A-ATG---T--T-T-T----TT--TCC--A-----G---TA-G--A-C-T--TT----A-A---TGTAA---A-ACTA-T------A-C----GT-G----AA-ATACATGT--ACAT-C----AAGCAGTA--A--T---A-TA-A-TT---TT--GTAAA-TCCT-TATGGT-GG--
gi|89498 : gTATGAA-AATA---TA-ATT-CC---TT-------T--T-CA--AAAT-----A---GT-----T-T-----A-A-T-A--AA-ACA---C--G-CTT----CT--TCC--C-----ATATTA-G--ACC-T--TC----A-A---TGTAA---A-A-TC-T------GTA----GT-T----A------------ATAT-C----AA
gi|89501 : tgTATGAA-AA-A---TT-CTT-TC---TT-------T--T-AA--AAAT-----A---AATTAATT-T-----G-A-T-A--AA-ACATATT--G-C-TCTTCAG--TCC--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A--------------TTC-T------A-T----GT-C----AA-A------T--Aaactcaaataatc
gi|89502 : ATGGA-AAAA---TA-ATT-TC---TT-------T--T-AA--AAAT-----A---A------T-TT----G-A-T-A--AA-ATA---T--G-C-T----CT--TCC--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-G---TGTAA---A-ATTC-T------A-G----GT-C----AA-A------T--AAAT-C----AAGCAGTG--G-------------------T--GAAAA-TTCC-TATGGT-GG--GTTATTTa
gi|89491 : ATTAA-AATA---CA-ATT-TC---TT-------C--T-AA--GAATGTTTTA---A------T-T-----A-C-T-AGTAT-ACA---T--G-T-T----CT--TCC--T-----A---AA-TTCA-C-T--TTGAACA-A---TATAG---A-ATTT-A------C-G----GT-G----AA-A------T--AAGC-C----AAGCACTG--A--G--AA-CA-A-TT---TT--GTAAA-TCCC-TTTGGT-GA--ATTATT
gi|89499 : ttcgaTGAATAATA---TC-ATT-CT---TA-------T--G-AA--AAAA-----A---A------T-C-----A-A-T-A--AACACA---T--GGC-T----ACC-TCC--C-----AAT-TA-G----C-T--TC----ATG---TGTAA---A--TTCGC------A-G----GT-G----GA-A------T--AAAT-C----AAGCAATG--A--T--CA-AA----T---TT--G-GAA-TTCC-
gi|89504 : tgtattAA-AATAA--TATATT-CC---TT-------A--T-AA--AAAT-----G---A------T-TT----A-A-T-T--AA-ACA---T--G-C-T----CT--TCC--C-----A---TA-G--T-C-T--TC----A-A---TGTAC---A-ACTC-T------A-G----GT-G----AA-A------T--AAAT-A----AATCAATA--A--TAAAA-AA-A-AT---TT--GAAAA-TTCC-TATGGT-GG--Acccattgggata
gi|89505 : A-AACA---TA-ATT-TC---TT-------T--T-GA--AAAT---------A------T-T-----G-A-C-A--AACAAA---T--G-C-T----ATTGTCC--CCG---A---TAGG--A-C-T--C-----A-A---TGTAA---G-GTTC-G------A-G----GA-G----AA-----------ATAT-C----GAGCA-TG--A--T--AATAA-ATTT---TT--GAAAA-TTCT-T-TGGTGGG--AACATTTttactt
gi|89506 : -AATA---TT-ACTATC---TT-------T--T-AC--AAAC-----A---A------T-TT----G-A-T-A--AA-ATA---TATG-C-T----CT--CCC--C-----A---TA-G--A-C-G--TC----A-A---TGTAA---G-ATTC-T------A-GATAGGT-G----AA-A------T--AAAT-C----AAACAGTA--A--T--CA-AA-A-CT---TT--GAAAA-TTCC-TATGGT-GG--GTTATTT
gi|89507 : ATG---TA-ACT-TTGA-TT-------T--G-TAT-AGAT-----ATAGA------T-T-----T-T-T-A--AA-ATA---T--G-C-T----CC--TCA--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGCAA---A-TTTC-T------A-G----AT-C----AA-A------T--AAAT-C----AAGAATTG--A--T--CA-AA-G-GT---TT--GAAAATTTTC-TATAGT-GG--
gi|89508 : T-TC---TT-------T--GCAG--GAAT-----A---T------T-TT----G-A-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----CT--TTC--C-----A---TG-A--A-CAT--CG----A-A----GTAA---A-ATTC-T------C-A----GT-G----AA-A------T--AAAT-C----AAGCAATT--A--T--TA-AA-A-TT---TT--GCTAA-TTCC-TATGGT-GG--A
gi|89509 : C---TT-------T--C-AACGATAT-----A---A------T-T-----G-A-T-A--AA--CA---T--A-T-C----GT--TCC--------A---TA-G--A-C-T--TC----T-G---TGTAA---A-ATTC-T------A-G----GT-T----AC-AT-----T--AAAT-C----AAGCAGT------T--AA-AA-T-TT---TG--GAAAA-TT
gi|89510 : ---TT-------T--G-GA--AA-T-----A---T------T-TT----G-A-T-A--AA-GTA---A--G-T-T----CT--GTC--T-----A---TA-A--A-C-T--TC----A-A---AGTAA---A-ATTC-A------C-G----GT-G----AA-A------T--AAAT-C----AAGCAGTA--C--T--TA-AA-A-
gi|89503 : t-AA--AAAT-----T---A------C-T-----G-A-T-A--AA-ACA---T--G-C-T----AT--TCCTTC-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC--------G-G----GT-G----AA-A------T--ATTTTC----AAGCAGTA--A--T--CA-AA-A------TT--GAAAC-TT-C-TGTGGT-GG--ATAATTT
gi|89512 : atgaaaaataattatgctagtagaaaaa-AA--AAAT----------------T-T-----A-A-T-A--AA-ACA---A--G-C-T----CT--TCG--C-----A---AA-A--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-TCTC-T------A-C----AT---------A------T--AAAT-C----ATACGGTA--
gi|89511 : aaaT-----A---A------T-TT----G-A-T-A--AA-GCA---T--G-C-C----CT--TTC--C-----A---TA-G--A-T----------------TGTA--------------------G----GT-A----AA-A------T--AAAT-C----AATAAGTG--A--T--CA-AA-A-TT---TC--TAAAA--TCT-TATGGT-Gccaatttt
gi|89513 : ttaagcg------T-T-----A-A-T-A--AA-GCA---T--G-T-T----TT--TCC--C-----A---TG-G--A-C-T--TC----T-T---TGTAA------TTT-T------A-A----G-------AA-A------T--AAAT-C----AAGCAGTA--A--T--CA-AA-A-TT---TT--GTAAA-TTCT-TATGGT-GG--A
gi|89514 : atatt-T-----A-A-T-A--AG-GCA---T--G-G-T----AT--TCC--C-----A---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-GTTG-A------A-G----GT-G----AA-A------TAAAAAC-C----AAGCAGTA--A--T--CA-AA-C-TT---TT--GGAtgttt
gi|89515 : A---T--A-C-T----AT--TCC--C-----G---TA-G--A-C-T--TC----A-A---TGTAA---A-ATTC-T------G-G----TT-T----AA-A------T--ATTT-C----TAGCAGTA--A--T--CA-AC-A-AT---TT--GAAAC-TTCG-TATGGT-GG--AATACTT
gi|89516 : aataagtgt-----A---TA-A--A-C-T--TC----A-A---CGTAA---A-GTTC-T------G-A----GT-G----AA-A------T--ATAT-C----GAGCATTA--A--T--CA-AA-A-TT---TT--GAAAA-TTTC-TATGGT-GG--ATCATTT
gi|89517 : ----A-A---TGTAA---A-ATAC-T------G-G----GT-G----GA-A------T--GAAT-C----AAGCAGTA--A--A--CA-AC-A-TT---TT--GAAAA-TGTC-TATGGT-GA--AATATTT
gi|89518 : atttc----AA-A---------ATAT-C----AAGAAGTA--A--T--CA-AA-A-GT---TT--GAAAA-TTCC-TATGGT-GG--ATAATTT
gi|89519 : gatAT-C----AAGCAGTA--A--T--CA-AA-A-TT---TT--GATAA-TTCC-TATGGT-GG--AACATTT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 11 1 1 333 33 1 222 333333 444 11 33333 22222 666666 0 33 0 1 1 22 33 0 222 33333 0 0 111 1111 11 0 333 22 0 2222 1 11 0 111 0 0 222222 0 2222 333333 0 22 3333333 11 1111 11 0 11 22 0 22 1 2 111 1 11 11
lowQualScore : . .. . . ... .. . ... ...... ... .. ..... ..... ...... . .. . . . .. .. . ... ..... . . ... .... .. . ... .. . .... . .. . ... . . ...... . .... ...... . .. ....... .. .... .. . .. .. . .. . . ... . .. ..
lowQualScore : 2 77 1 6 111 44 1 999 000000 888 44 44444 44444 555555 9 44 9 8 8 22 11 9 888 11111 9 9 666 9999 22 9 999 99 9 7777 7 22 9 555 9 9 444444 8 6666 333333 9 11 5555555 22 8888 22 9 22 44 9 33 0 1 888 1 55 33
consensus : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC---TT------TT--AA--AAA-----T-----AA------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CTT---C----C--C-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
Reference ( family-411 ) : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC---TT------TN--AA--AAA-----T-----AA------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CTT---C----C--C-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89471 : TTTGT-AT--GGA-AATA---TA-ATT-TC---TT------TT--AA--AAA-----T-----AA------T-TT-G-A-T-A--AA--TCA-T---G-----C-T-CTT---C----C--C-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-A------A-A----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AATATTT
gi|89472 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC---TT------TG--AA--AAA-----T-----AA------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-ATT---C----C--C-A---TAG--A-CTC----TA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89473 : TTTTT-AT--GAA-A-TA---TA-ATT-TC---TT------TG--AA--AAA-----T-----AA------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT---------C--C-A---TAG--A-CTC----TA-A--TGTAAATG---T-TC-T------G-G----GT------AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-AATAT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89474 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC---TT------TG--AA--AAA-----T-----AA------T-T--C-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-TTT---C----T--C-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---A-TA-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TATT--TTAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89475 : TTTGT-AT--GAA-AATA---AA-ATT-TC---GT------TT--GA--AAA-----T-----AA------T-T--G-A-TTA--AA--ATA-T---A-----C-T-CTT---C----C--C-A---TAC--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-A----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--TT-A--AT--CAAAA-TTTA--GAAAA-TTCC-AA---TGAC-GA--AATATTT
gi|89476 : TTTGT-AT--GAA-AAAA---TA-ACT-TC---TT------TT--AA--AAA-----T-----AA------T-TT-A-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CTT---A----C--A-A---TAC--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------T-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----CAGCA--GA-A--AT--CAACA-TTTT--GAAAA-TTTC-TA---TAAT-GG--A
gi|89477 : TTTG--AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC---TT------TG--AA--AA------T-----AA------T-T--G-AAT-AG-AA--ACAAT---G-----C-T-ATT---C----C--C-A---TAG--A-CGT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------G-G----TT-T----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-T----TGGT-GG--AACATTT
gi|89478 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC---AT------TA--AA--AAA-----T-----AA------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----T-C-ATT---C----C--C-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TCTTGAAAGCA--GT-A--AC--CAAAA-TTTT--CAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89479 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TG-ATT-TC---TT------TC--AA--AAA-----T-----AA------T-TT-G-A-T-A--AA--ACA-T---T-----T-T-CTT---C----C--C-A---TAG--T-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TG----AAACA--GT-T--AT--CAAAA-TTT------------C-CA---TGGT-AG--ATTATTT
gi|89480 : TTTGT-AT--GAA-AGTA---TA-ACT-TC---TT------TT--GA--CAA-----T-----AA------T-TC-G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----A-T-CTT---C----G--C-A---TAG--A-CAT----CA-A--TATAAA-C---T-TC-T------G-G----GT-ACTATAAA-T--A-A-----A--TG----AAGCA--AT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-ATCCTTA---TGGT-GG--A
gi|89481 : TTTTT-AT--GAA-AACA---TA-ATT-TC---TT------TG--AA--AAAA----T-----AA------T-T--G-A---A--AA--AAA-T---G-----A-T-ATT---C----C--C-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-G------A-G----GT-G----AAA-T--A-T-----G--TC----GAGCA--GT-A--AT--CAAAA--TTT--GAAAA-TCCC-TA---TGGT-GG--AACATTTttagtt
gi|89482 : TTTGT-AT--GAA-AA-A---TT-ATT-TG---TG------TC--AA--AAA-----T-----AAC-----T-T--G-A-T-A--AA--A---------------T-CTT---C----A--C-A---T-G--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TA-T------A-G----AT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAAAA--GT-A--AT--CAAAG-GTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--ATTATTT
gi|89483 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC---TT------AT--AA--AAC-----T-----AT------T-TT-A-A-T-G--AA--ACA-T---G-----C-T-TTC---C----C--C-A---TAG--A-CTT----AA-A--TGTAAA-ACAAT-TT-A------A-A----GG-G----ACA-T--A-A-----A--TC----CAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTCT--GACAA-TCCC-TA---AGCT-GG--
gi|89484 : TTGGT-AT--GAA-AAAA---AT-ATT-TCCTGTT------T-------AGG-----T-----AAC-----T-T--G-T-T-A--TA--ACA-T---G-----C-T-CTT---C----C--T-A---TAA--A-CTT----CA-A--TATAAT-A---T-TC-T------A-G----GT-T----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCC-TG---TGGT-GG--ATTATTTcttatt
gi|89485 : TTTGT-AT--AAA-AATA---TT-ATT-AC---TT------TT--AA--AGA-----T-----AA------T-TT-A-A-T-A--AA---CA-T---G-----C-T-CAT---C----C--C-A---TAG--A-C-------------GTATG-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--G------------AA-TTTT--TAAAA-TTCC-AA---TGGT-CG--A
gi|89486 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TC-ATT-TC---TT------TG--AA--AAT-----T-----TA------T-T--T-C-A-A--AA--ACA-T---G-----C-T-GTT---C----C--C-G---TAA--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-CGGGGGGG-G----GG-G----GGA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTAA--AAAAA-------AAATTGGT-GG--AATATTT
gi|89487 : TTTCT-AT--GAA-AAGA---TC-ATT-TT----------------A--AAA-----C-------------T-T--G-ACT-A--AA--ACA-T---T-----T-T-CTT---C----T--T-T---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAGA-A---T-TT-T------A-G----GT-G----AGA-T--A-A-----A--TC----AAGAT--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-ATCG-TA---TGGT-TG--ATTATTT
gi|89488 : TTTGC-AT--TGA-GACA---TA-TTT-TC---TT------TT--AA--AA------T-----AA------T-TT-G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CTT---C----C--C-A---TAT--A-C------------TGTAAA-A---G-T-----------G----GT-T------A-T--A-A-----A--CC----A
gi|89489 : TTTTT-AT--GAA-GAAAACTTG-ATT-TC---TT------TTGGAA--AAA-----T-----AA------T-T--G-C-C-A--AA--ACA-T---G-----C-T-ATT---C----C--C-ATG-TAG--A-CTT----CATA--TGCTAA-G---T-TT-G------A-G----GT-G-----AA-T--ATT-----A--TC----GAGC---GT-A--AT---AAAA-TTTT--GAAAA-TCC-------TGGT-GG---ACATTT
gi|89490 : TTTCT-AT--AAA-A------TG-ATT-TC---TT------TC--AA--AAAATTCTT-------------T-T--A-A-T-A--AA--GGA-T---GGCATTT-T-TTT---T----T--A-A---TAC--A-G-------A-A--TGTAAA-A---T-TC-A------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AATTA--GTAA--AT--CAAAAGTTTT------A-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89491 : TTCGA-AT--TAA-AATA---CA-ATT-TC---TT------CT--AA--GAA-----TGTTTTAA------T-T--A-C-T-AGTAT--ACA-T---G-----T-T-CTT---C----C--T-A---AATTCA-CTTTGAACA-A--TATAGA-A---T-T--T------ACG----GT-G----AAA-T--A-A-----G--CC----AAGCA--CT-G--AG--AACAA-TTTT--GTAAA-TCCC-TT---TGGT-GA--ATTATT
gi|89492 : TTTTT-TT--GAA-AA------A-ATT-TA---TTGTTGTGTT--GA--AAA-----------AA------TGT--G-A-T-A--AACAACA-T---------------T---T----C--C-A---TAG--A-CTTT---CT-A--TATATA-G---T-TT-T------G-GT---GTTG----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--ATTCCAAAA-TTTTTAAAAAA-TTCCTTT---TGGT-GG--AGCATTT
gi|89493 : TTTG--AT--GAA-AATA---TA-ATT-TCA--TT------TC--GA--AGA-----------AA------T-TTCA-A-T-G--TA--ACA-T---G-----C-T-TTT---C----C--G-A---CAGT-A-CTT----TC-G--TGTA----------------------------------AAA-T--A-A-----A--TC----ACGCA--GT-T--AT--CA
gi|89494 : TTGT-AT--GAA-AAAA---T--ATT-TC---TT------TT--AA--AAA-----T-----AAT-----T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CCT---C----C--C-A---TAG--A-CAT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-C----AGA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCA-TA---TGGT-GGGTAATATTT
gi|89495 : TTGTTAT--GAA-AATA---TT-ATT-TC---GT------TG--AA--AAA-----T-----AA------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-ATT---C----C--C-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-
gi|89496 : TTGT-AT--GAA---TA---T---TT-TC---GT------TG--AA--AA------T-----AA------T-T--G-A-TGA--AA--ACA-T---------C-T-CTT--------C--C-A---TAGT-A-CTT----AA-AATTGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-A----A
gi|89497 : TGT-AT--GAA-AATA---TC-ATT-TC---TT------TG--AG--AAA-----T-----AA------T-T--TCA-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-GTT---C----C--C-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-C------G-G----GG-A----AAA-T--A-A-----A--TA----AAACA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCA-TT---TGGT-GA--AATATTT
gi|89498 : TGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-CC---TT------TT--CA--AAA-----T-----AGT-----T-T--A-A-T-A--AA--ACA-C---G-----CTT-CTT---C----C--C-ATATTAG--ACCTT----CA-A--TGTAAA-A---TCTG-T------A-G----TT-A----ATA-TC-A-A-----AACTC----A---A--AT-A--AT--C
gi|89499 : TGT-ATTTGAATAATA---TC-ATT-CT---TA------TG--AA--AAA-----A-----AA------T-C--A-A-T-A--AAC-ACA-T---GG----C-TACCT---C----C--C-AAT-TAG----CTT----CATG--TGTAAA-----T-TCGC------A-G----GT-G----GAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--AT-G--AT--CAAA---TTT--G-GAA-TTCC-
gi|89500 : GT-AA--GAA-AATT---CA-ATT-TC---TT------TT--AA--AGA----------------------------------A--ATG-T---T-----T-T-TTT---C----C--A-G---TAG--A-CTT----TA-A--TGTAAA-A---C-TA-T------A-C----GT-G----AAA-T--ACATGTACA--TC----AAGCA--GT-A--AT---ATAA-TTTT--GTAAA-TCCT-TA---TGGT-GG--cccattgggata
gi|89501 : T-AT--GAA-AA-A---TT-CTT-TC---TT------TT--AA--AAA-----T-----AAATTAATT-T--G-A-T-A--AA--ACA-TATTG-----C-T-CTT---CAGTCC--C-A---TAG--A-CTT----C----------A-A---T-TC-T------A-T----GT-C----AAA-T--A-A-----
gi|89502 : -AT--GGA-AAAA---TA-ATT-TC---TT------TT--AA--AAA-----T-----AA------T-TT-G-A-T-A--AA--ATA-T---G-----C-T-CTT---C----C--C-A---TAG--A-CTT----CA-G--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-G--G------------T--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--GTTATTT
gi|89503 : --AA--AAA-----T-----TA------C-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-ATT---C----CTTC-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC--------G-G----GT-G----AAA-T--ATT-----T--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA---TT--GAAAC-TT-C-TG---TGGT-GG--ATAATTT
gi|89504 : atgaaaaataattatgctagtagaaaaaAA-AATAA--TATATT-CC---TT------AT--AA--AAA-----T-----GA------T-TT-A-A-T-T--AA--ACA-T---G-----C-T-CTT---C----C--C-A---TAG--T-CTT----CA-A--TGTACA-A---C-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TA----AATCA--AT-A--ATAAAAAAA-ATTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89505 : A-AACA---TA-ATT-TC---TT------TT--GA--AAA-----T-----A-------T-T--G-A-C-A--AAC-AAA-T---G-----C-T-ATTGTCC----C--CGA---TAG--G-ACT----CA-A--TGTAAG-G---T-TC-G------A-G----GA-G----AAA-T----------A--TC----GAGCATGAT-A--AT---AAAT-TTTT--GAAAA-TTCT-T----TGGTGGG--AACATTTttactt
gi|89506 : -AATA---TT-ACTATC---TT------TT--AC--AAA-----C-----AA------T-TT-G-A-T-A--AA--ATA-TAT-G-----C-T-CTC---C----C--C-A---TAG--A-CGT----CA-A--TGTAAG-A---T-TC-T------A-GATAGGT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAACA--GT-A--AT--CAAAA-CTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--GTTATTT
gi|89507 : -T-A--AA--ATA-T---G-----C-T-CCT---C----A--C-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGCAAA-T---T-TC-T------A-G----AT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--TT-G--AT--CAAAG-GTTT--GAAAATTTTC-TA---TAGT-GG--
gi|89508 : atgtaactttgatttgtatagatatagattttT-TC---TT------TGC-AG--GAA-----T-----AT------T-TT-G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CTT---T----C--C-A---TGA--A-CAT----CG-A--AGTAAA-A---T-TC-T------C-A----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--AT-T--AT--TAAAA-TTTT--GCTAA-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89509 : C---TT------TC--AACGATA-----T-----AA------T-T--G-A-T-A--AA---CA-T---A-------T-CGT---T----C--C-A---TAG--A-CTT----CT-G--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-T----ACATT--A-A-----A--TC----AAGCA--G------T--TAAAA-TTTTG-GAAAA-TT
gi|89510 : ---TT------TT--GG--AAA-----T-----AT------T-TT-G-A-T-A--AA--GTA-A---G-----T-T-CTG---T----C--T-A---TAA--A-CTT----CA-A--AGTAAA-A---T-TC-A------C-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--CT--TAAAA-
gi|89511 : -----T-----AA------T-TT-G-A-T-A--AA--GCA-T---G-----C-C-CTT---T----C--C-A---TAG--A-------------------------T-TG-T------A-G----GT-A----AAA-T--A-A-----A--TC----AATAA--GT-G--AT--CAAAA-TTTC--TAAAA--TCT-TA---TGGT-G
gi|89512 : ttaagcg--AA--AAA-----T-------------T-T--A-A-T-A--AA--ACA-A---G-----C-T-CTT---C----G--C-A---AAA--A-CTT----CA-A--TGTAAA-T---C-TC-T------A-C----AT--------A-T--A-A-----A--TC----ATACG--GT----AC--C--AA-TTTT--
gi|89513 : aaa------T-T--A-A-T-A--AA--GCA-T---G-----T-T-TTT---C----C--C-A---TGG--A-CTT----CT-T--TGTAA------T-TT-T------A-A----G-------AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GTAAA-TTCT-TA---TGGT-GG--A
gi|89514 : atatt-T--A-A-T-A--AG--GCA-T---G-----G-T-ATT---C----C--C-A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TG-A------A-G----GT-G----AAA-TAAA-A-----A--CC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAC-TTTT--GGAtgttt
gi|89515 : A-T---A-----C-T-ATT---C----C--C-G---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------G-G----TT-T----AAA-T--A-T-----T--TC----TAGCA--GT-A--AT--CAACA-ATTT--GAAAC-TTCG-TA---TGGT-GG--AATACTT
gi|89516 : aataagtgt-A---TAA--A-CTT----CA-A--CGTAAA-G---T-TC-T------G-A----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----GAGCA--TT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTTC-TA---TGGT-GG--ATCATTT
gi|89517 : --A-TTT----CA-A--TGTAAA-A---T-AC-T------G-G----GT-G----GAA-T--G-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AA--CAACA-TTTT--GAAAA-TGTC-TA---TGGT-GA--AATATTT
gi|89518 : -G----AT-A----AAA-T--A----------TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--ATAATTT
gi|89519 : -----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GATAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 11 1 1 444 22 1 22 1 222222 555555 11 33333 22222 1 777777 0 22 0 1 1 22 33 0 222 33333 0 0 11 1111 11 11 333 22 0 2222 1 11 0 111 0 0 222222 0 2222 333333 0 22 3333333 11 1111 11 0 11 22 0 22 1 2 111 1 11 11
lowQualScore : . .. . . ... .. . .. . ...... ...... .. ..... ..... . ...... . .. . . . .. .. . ... ..... . . .. .... .. .. ... .. . .... . .. . ... . . ...... . .... ...... . .. ....... .. .... .. . .. .. . .. . . ... . .. ..
lowQualScore : 2 77 1 3 222 44 1 44 0 999999 222222 33 33333 44444 0 333333 9 22 9 8 8 22 11 9 888 11111 9 9 22 9999 22 22 999 99 9 7777 7 22 9 555 9 9 444444 8 6666 333333 9 11 5555555 22 8888 22 9 22 44 9 33 0 1 888 1 55 33
consensus : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
Reference ( family-411 ) : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89471 : TTTGT-AT--GGA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--TCA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-A------A-A----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AATATTT
gi|89472 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTC----TA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89473 : TTTTT-AT--GAA-A-TA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--------C--C--A---TAG--A-CTC----TA-A--TGTAAATG---T-TC-T------G-G----GT------AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-AATAT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89474 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--C-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-TT--TC----T--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---A-TA-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TATT--TTAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89475 : TTTGT-AT--GAA-AATA---AA-ATT-TC--G-T------T---T--GA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-TTA--AA--ATA-T---A-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAC--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-A----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--TT-A--AT--CAAAA-TTTA--GAAAA-TTCC-AA---TGAC-GA--AATATTT
gi|89476 : TTTGT-AT--GAA-AAAA---TA-ACT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-A-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TA----C--A--A---TAC--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------T-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----CAGCA--GA-A--AT--CAACA-TTTT--GAAAA-TTTC-TA---TAAT-GG--A
gi|89477 : TTTG--AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T------GA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-AAT-AG-AA--ACAAT---G-----C-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CGT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------G-G----TT-T----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-T----TGGT-GG--AACATTT
gi|89478 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--A-T------T---A--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----T-C-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TCTTGAAAGCA--GT-A--AC--CAAAA-TTTT--CAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89479 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TG-ATT-TC--T-T------T---C--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--ACA-T---T-----T-T-CT--TC----C--C--A---TAG--T-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TG----AAACA--GT-T--AT--CAAAA-TTT------------C-CA---TGGT-AG--ATTATTT
gi|89480 : TTTGT-AT--GAA-AGTA---TA-ACT-TC--T-T------T---T--GA--CAA-----T-----A-A------T-TC-G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----A-T-CT--TC----G--C--A---TAG--A-CAT----CA-A--TATAAA-C---T-TC-T------G-G----GT-ACTATAAA-T--A-A-----A--TG----AAGCA--AT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-ATCCTTA---TGGT-GG--A
gi|89481 : TTTTT-AT--GAA-AACA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAAA----T-----A-A------T-T--G-A---A--AA--AAA-T---G-----A-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-G------A-G----GT-G----AAA-T--A-T-----G--TC----GAGCA--GT-A--AT--CAAAA--TTT--GAAAA-TCCC-TA---TGGT-GG--AACATTTttagtt
gi|89482 : TTTGT-AT--GAA-AA-A---TT-ATT-TG--T-G------T---C--AA--AAA-----T-----A-AC-----T-T--G-A-T-A--AA--A---------------T-CT--TC----A--C--A---T-G--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TA-T------A-G----AT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAAAA--GT-A--AT--CAAAG-GTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--ATTATTT
gi|89483 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------A---T--AA--AAC-----T-----A-T------T-TT-A-A-T-G--AA--ACA-T---G-----C-T-TT--CC----C--C--A---TAG--A-CTT----AA-A--TGTAAA-ACAAT-TT-A------A-A----GG-G----ACA-T--A-A-----A--TC----CAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTCT--GACAA-TCCC-TA---AGCT-GG--
gi|89484 : TTGGT-AT--GAA-AAAAA--TA-TTT-CC--TGT------T---T--AG--G-------T-----A-AC-----T-T--G-T-T-A--TA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--T--A---TAA--A-CTT----CA-A--TATAAT-A---T-TC-T------A-G----GT-T----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCC-TG---TGGT-GG--ATTATTTcttatt
gi|89485 : TTTGT-AT--AAA-AATA---TT-ATT-AC--T-T------T---T--AA--AGA-----T-----A-A------T-TT-A-A-T-A--AA---CA-T---G-----C-T-CA--TC----C--C--A---TAG--A-C-------------GTATG-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--G------------AA-TTTT--TAAAA-TTCC-AA---TGGT-CG--A
gi|89486 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TC-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAT-----T-----T-A------T-T--T-C-A-A--AA--ACA-T---G-----C-T-GT--TC----C--C--G---TAA--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-CGGGGGGG-G----GG-G----GGA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTAA--AAAAA-------AAATTGGT-GG--AATATTT
gi|89487 : TTTCT-AT--GAA-AAGA---TC-ATT-T----------------T--AA--AAC-----T----------------T--G-ACT-A--AA--ACA-T---T-----T-T-CT--TC----T--T--T---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAGA-A---T-TT-T------A-G----GT-G----AGA-T--A-A-----A--TC----AAGAT--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-ATCG-TA---TGGT-TG--ATTATTT
gi|89488 : TTTGC-AT--TGA-GACA---TA-TTT-TC--T-T------T---T---A--AAA-----T-----A-AT-----T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAT--A-C------------TGTAAA-A---G-T-----------G----GT-T------A-T--A-A-----A--CC----A
gi|89489 : TTTTT-AT--GAA-GAAAACTTG-ATT-TC--T-T------T---TGGAA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-C-C-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----C--C--ATG-TAG--A-CTT----CATA--TGCTAA-G---T-TT-G------A-G----GT-G-----AA-T--ATT-----A--TC----GAGC---GT-A--AT---AAAA-TTTT--GAAAA-TCC-------TGGT-GG---ACATTT
gi|89490 : TTTCT-AT--AAA-A------TG-ATT-TC--T-T------T---C--AA--AAAATTCTT--------------T-T--A-A-T-A--AA--GGA-T---GGCATTT-T-TT--TT----T--A--A---TAC--A-G-------A-A--TGTAAA-A---T-TC-A------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AATTA--GTAA--AT--CAAAAGTTTT------A-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89491 : TTCGA-AT--TAA-AATA---CA-ATT-TC--T-T------C---T--AA--GAA-----TGTTTTA-A------T-T--A-C-T-AGTAT--ACA-T---G-----T-T-CT--TC----C--T--A---AATTCA-CTTTGAACA-A--TATAGA-A---T-T--T------ACG----GT-G----AAA-T--A-A-----G--CC----AAGCA--CT-G--AG--AACAA-TTTT--GTAAA-TCCC-TT---TGGT-GA--ATTATT
gi|89492 : TTTTT-TT--GAA-AA------A-ATT-TA--T-TGTTGTGT---T--GA--AAA-----------A-A------TGT--G-A-T-A--AACAACA-T-----------------TT----C--C--A---TAG--A-CTTT---CT-A--TATATA-G---T-TT-T------G-GT---GTTG----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--ATTCCAAAA-TTTTTAAAAAA-TTCCTTT---TGGT-GG--AGCATTT
gi|89493 : TTTG--AT--GAA-AATA---TA-ATT-TCA-T-T------T---C--GA--AGA-----------A-A------T-TTCA-A-T-G--TA--ACA-T---G-----C-T-TT--TC----C--G--A---CAGT-A-CTT----TC-G--TGTA----------------------------------AAA-T--A-A-----A--TC----ACGCA--GT-T--AT--CA
gi|89494 : TTGT-AT--GAA-AAAA---T--ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-AT-----T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CC--TC----C--C--A---TAG--A-CAT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-C----AGA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCA-TA---TGGT-GGGTAATATTT
gi|89495 : TTGTTAT--GAA-AATA---TT-ATT-TC--G-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-
gi|89496 : TTGT-AT--GAA---TA---T---TT-TC--G-T------T------GA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-TGA--AA--ACA-T---------C-T-CT--T-----C--C--A---TAGT-A-CTT----AA-AATTGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-A----A
gi|89497 : TGT-AT--GAA-AATA---TC-ATT-TC--T-T------T---G--AG--AAA-----T-----A-A------T-T--TCA-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-GT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-C------G-G----GG-A----AAA-T--A-A-----A--TA----AAACA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCA-TT---TGGT-GA--AATATTT
gi|89498 : TGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-CC--T-T------T---T--CA--AAA-----T-----A-GT-----T-T--A-A-T-A--AA--ACA-C---G-----CTT-CT--TC----C--C--ATATTAG--ACCTT----CA-A--TGTAAA-A---TCTG-T------A-G----TT-A----ATA-TC-A-A-----AACTC----A---A--AT-A--AT--C
gi|89499 : TGT-ATTTGAATAATA---TC-ATT-CT--T-A------T---G--AA--AAA-----A-----A-A------T-C--A-A-T-A--AAC-ACA-T---GG----C-TACC--TC----C--C--AAT-TAG----CTT----CATG--TGTAAA-----T-TCGC------A-G----GT-G----GAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--AT-G--AT--CAAA---TTT--G-GAA-TTCC-
gi|89500 : GT-AA--GAA-AATT---CA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AGA-----------------------------------A--ATG-T---T-----T-T-TT--TC----C--A--G---TAG--A-CTT----TA-A--TGTAAA-A---C-TA-T------A-C----GT-G----AAA-T--ACATGTACA--TC----AAGCA--GT-A--AT---ATAA-TTTT--GTAAA-TCCT-TA---TGGT-GG--cccattgggata
gi|89501 : T-AT--GAA-AA-A---TT-CTT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-AATTAATT-T--G-A-T-A--AA--ACA-TATTG-----C-T-CT--TCAGTCC--C--A---TAG--A-CTT----C----------A-A---T-TC-T------A-T----GT-C----AAA-T--A-A-----
gi|89502 : -AT--GGA-AAAA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--ATA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-G--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-G--G------------T--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--GTTATTT
gi|89503 : --AA--AAA-----T-----T-A------C-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----CTTC--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC--------G-G----GT-G----AAA-T--ATT-----T--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA---TT--GAAAC-TT-C-TG---TGGT-GG--ATAATTT
gi|89504 : atgaaaaataattatgctagtagaaaaaAA-AATAA--TATATT-CC--T-T------A---T--AA--AAA-----T-----G-A------T-TT-A-A-T-T--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--T-CTT----CA-A--TGTACA-A---C-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TA----AATCA--AT-A--ATAAAAAAA-ATTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89505 : A-AACA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--GA--AAA-----T-------A------T-T--G-A-C-A--AAC-AAA-T---G-----C-T-ATTGTC----C--CCGA---TAG--G-ACT----CA-A--TGTAAG-G---T-TC-G------A-G----GA-G----AAA-T----------A--TC----GAGCATGAT-A--AT---AAAT-TTTT--GAAAA-TTCT-T----TGGTGGG--AACATTTttactt
gi|89506 : -AATA---TT-ACTATC--T-T------T---T--AC--AAA-----C-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--ATA-TAT-G-----C-T-CT--CC----C--C--A---TAG--A-CGT----CA-A--TGTAAG-A---T-TC-T------A-GATAGGT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAACA--GT-A--AT--CAAAA-CTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--GTTATTT
gi|89507 : ATG---TA-ACT-TTGAT-T------TGTAT--AG--ATA-----T-----AGA------T-T--T-T-T-A--AA--ATA-T---G-----C-T-CC--TC----A--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGCAAA-T---T-TC-T------A-G----AT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--TT-G--AT--CAAAG-GTTT--GAAAATTTTC-TA---TAGT-GG--
gi|89508 : T-TC--T-T------TG--C--AG--GAA-----T-----A-T------T-TT-G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TT----C--C--A---TGA--A-CAT----CG-A--AGTAAA-A---T-TC-T------C-A----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--AT-T--AT--TAAAA-TTTT--GCTAA-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89509 : C--T-T------T---C--AACGATA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA---CA-T---A-------T-CG--TT----C--C--A---TAG--A-CTT----CT-G--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-T----ACATT--A-A-----A--TC----AAGCA--G------T--TAAAA-TTTTG-GAAAA-TT
gi|89510 : --T-T------T---T--GG--AAA-----T-----A-T------T-TT-G-A-T-A--AA--GTA-A---G-----T-T-CT--GT----C--T--A---TAA--A-CTT----CA-A--AGTAAA-A---T-TC-A------C-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--CT--TAAAA-
gi|89511 : ------T---T--AA--GCG-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--GCA-T---G-----C-C-CT--TT----C--C--A---TAG--A-------------------------T-TG-T------A-G----GT-A----AAA-T--A-A-----A--TC----AATAA--GT-G--AT--CAAAA-TTTC--TAAAA--TCT-TA---TGGT-G
gi|89512 : --AA--AAA-----T--------------T-T--A-A-T-A--AA--ACA-A---G-----C-T-CT--TC----G--C--A---AAA--A-CTT----CA-A--TGTAAA-T---C-TC-T------A-C----AT--------A-T--A-A-----A--TC----ATACG--GT----AC--C--AA-TTTT--
gi|89513 : aaa------T-T--A-A-T-A--AA--GCA-T---G-----T-T-TT--TC----C--C--A---TGG--A-CTT----CT-T--TGTAA------T-TT-T------A-A----G-------AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GTAAA-TTCT-TA---TGGT-GG--A
gi|89514 : atatt-T--A-A-T-A--AG--GCA-T---G-----G-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TG-A------A-G----GT-G----AAA-TAAA-A-----A--CC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAC-TTTT--GGAtgttt
gi|89515 : A-T---A-----C-T-AT--TC----C--C--G---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------G-G----TT-T----AAA-T--A-T-----T--TC----TAGCA--GT-A--AT--CAACA-ATTT--GAAAC-TTCG-TA---TGGT-GG--AATACTT
gi|89516 : aataagtgt--A---TAA--A-CTT----CA-A--CGTAAA-G---T-TC-T------G-A----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----GAGCA--TT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTTC-TA---TGGT-GG--ATCATTT
gi|89517 : --A-TTT----CA-A--TGTAAA-A---T-AC-T------G-G----GT-G----GAA-T--G-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AA--CAACA-TTTT--GAAAA-TGTC-TA---TGGT-GA--AATATTT
gi|89518 : -G----AT-A----AAA-T--A----------TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--ATAATTT
gi|89519 : -----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GATAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 11 1 1 444 22 1 22 1 222222 555555 11 33333 22222 1 777777 0 22 0 1 1 22 33 0 222 33333 0 0 11 1111 11 11 333 22 0 2222 1 11 0 111 0 0 222222 0 2222 333333 0 22 3333333 11 1111 11 0 11 22 0 22 1 2 111 1 11 11
lowQualScore : . .. . . ... .. . .. . ...... ...... .. ..... ..... . ...... . .. . . . .. .. . ... ..... . . .. .... .. .. ... .. . .... . .. . ... . . ...... . .... ...... . .. ....... .. .... .. . .. .. . .. . . ... . .. ..
lowQualScore : 2 77 1 3 222 44 1 44 0 999999 222222 33 33333 44444 0 333333 9 22 9 8 8 22 11 9 888 11111 9 9 22 9999 22 22 999 99 9 7777 7 22 9 555 9 9 444444 8 6666 333333 9 11 5555555 22 8888 22 9 22 44 9 33 0 1 888 1 55 33
consensus : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
Reference ( family-411 ) : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89471 : TTTGT-AT--GGA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--TCA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-A------A-A----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AATATTT
gi|89472 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTC----TA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89473 : TTTTT-AT--GAA-A-TA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--------C--C--A---TAG--A-CTC----TA-A--TGTAAATG---T-TC-T------G-G----GT------AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-AATAT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89474 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--C-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-TT--TC----T--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---A-TA-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TATT--TTAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89475 : TTTGT-AT--GAA-AATA---AA-ATT-TC--G-T------T---T--GA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-TTA--AA--ATA-T---A-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAC--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-A----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--TT-A--AT--CAAAA-TTTA--GAAAA-TTCC-AA---TGAC-GA--AATATTT
gi|89476 : TTTGT-AT--GAA-AAAA---TA-ACT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-A-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TA----C--A--A---TAC--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------T-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----CAGCA--GA-A--AT--CAACA-TTTT--GAAAA-TTTC-TA---TAAT-GG--A
gi|89477 : TTTG--AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T------GA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-AAT-AG-AA--ACAAT---G-----C-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CGT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------G-G----TT-T----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-T----TGGT-GG--AACATTT
gi|89478 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--A-T------T---A--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----T-C-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TCTTGAAAGCA--GT-A--AC--CAAAA-TTTT--CAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89479 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TG-ATT-TC--T-T------T---C--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--ACA-T---T-----T-T-CT--TC----C--C--A---TAG--T-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TG----AAACA--GT-T--AT--CAAAA-TTT------------C-CA---TGGT-AG--ATTATTT
gi|89480 : TTTGT-AT--GAA-AGTA---TA-ACT-TC--T-T------T---T--GA--CAA-----T-----A-A------T-TC-G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----A-T-CT--TC----G--C--A---TAG--A-CAT----CA-A--TATAAA-C---T-TC-T------G-G----GT-ACTATAAA-T--A-A-----A--TG----AAGCA--AT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-ATCCTTA---TGGT-GG--A
gi|89481 : TTTTT-AT--GAA-AACA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAAA----T-----A-A------T-T--G-A---A--AA--AAA-T---G-----A-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-G------A-G----GT-G----AAA-T--A-T-----G--TC----GAGCA--GT-A--AT--CAAAA--TTT--GAAAA-TCCC-TA---TGGT-GG--AACATTTttagtt
gi|89482 : TTTGT-AT--GAA-AA-A---TT-ATT-TG--T-G------T---C--AA--AAA-----T-----A-AC-----T-T--G-A-T-A--AA--A---------------T-CT--TC----A--C--A---T-G--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TA-T------A-G----AT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAAAA--GT-A--AT--CAAAG-GTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--ATTATTT
gi|89483 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------A---T--AA--AAC-----T-----A-T------T-TT-A-A-T-G--AA--ACA-T---G-----C-T-TT--CC----C--C--A---TAG--A-CTT----AA-A--TGTAAA-ACAAT-TT-A------A-A----GG-G----ACA-T--A-A-----A--TC----CAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTCT--GACAA-TCCC-TA---AGCT-GG--
gi|89484 : TTGGT-AT--GAA-AAAAA--TA-TTT-CC--TGT------T---T--AG--G-------T-----A-AC-----T-T--G-T-T-A--TA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--T--A---TAA--A-CTT----CA-A--TATAAT-A---T-TC-T------A-G----GT-T----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCC-TG---TGGT-GG--ATTATTTcttatt
gi|89485 : TTTGT-AT--AAA-AATA---TT-ATT-AC--T-T------T---T--AA--AGA-----T-----A-A------T-TT-A-A-T-A--AA---CA-T---G-----C-T-CA--TC----C--C--A---TAG--A-C-------------GTATG-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--G------------AA-TTTT--TAAAA-TTCC-AA---TGGT-CG--A
gi|89486 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TC-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAT-----T-----T-A------T-T--T-C-A-A--AA--ACA-T---G-----C-T-GT--TC----C--C--G---TAA--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-CGGGGGGG-G----GG-G----GGA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTAA--AAAAA-------AAATTGGT-GG--AATATTT
gi|89487 : TTTCT-AT--GAA-AAGA---TC-ATT-T----------------T--AA--AAC-----T----------------T--G-ACT-A--AA--ACA-T---T-----T-T-CT--TC----T--T--T---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAGA-A---T-TT-T------A-G----GT-G----AGA-T--A-A-----A--TC----AAGAT--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-ATCG-TA---TGGT-TG--ATTATTT
gi|89488 : TTTGC-AT--TGA-GACA---TA-TTT-TC--T-T------T---T---A--AAA-----T-----A-AT-----T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAT--A-C------------TGTAAA-A---G-T-----------G----GT-T------A-T--A-A-----A--CC----A
gi|89489 : TTTTT-AT--GAA-GAAAACTTG-ATT-TC--T-T------T---TGGAA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-C-C-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----C--C--ATG-TAG--A-CTT----CATA--TGCTAA-G---T-TT-G------A-G----GT-G-----AA-T--ATT-----A--TC----GAGC---GT-A--AT---AAAA-TTTT--GAAAA-TCC-------TGGT-GG---ACATTT
gi|89490 : TTTCT-AT--AAA-A------TG-ATT-TC--T-T------T---C--AA--AAAATTCTT--------------T-T--A-A-T-A--AA--GGA-T---GGCATTT-T-TT--TT----T--A--A---TAC--A-G-------A-A--TGTAAA-A---T-TC-A------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AATTA--GTAA--AT--CAAAAGTTTT------A-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89491 : TTCGA-AT--TAA-AATA---CA-ATT-TC--T-T------C---T--AA--GAA-----TGTTTTA-A------T-T--A-C-T-AGTAT--ACA-T---G-----T-T-CT--TC----C--T--A---AATTCA-CTTTGAACA-A--TATAGA-A---T-T--T------ACG----GT-G----AAA-T--A-A-----G--CC----AAGCA--CT-G--AG--AACAA-TTTT--GTAAA-TCCC-TT---TGGT-GA--ATTATT
gi|89492 : TTTTT-TT--GAA-AA------A-ATT-TA--T-TGTTGTGT---T--GA--AAA-----------A-A------TGT--G-A-T-A--AACAACA-T-----------------TT----C--C--A---TAG--A-CTTT---CT-A--TATATA-G---T-TT-T------G-GT---GTTG----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--ATTCCAAAA-TTTTTAAAAAA-TTCCTTT---TGGT-GG--AGCATTT
gi|89493 : TTTG--AT--GAA-AATA---TA-ATT-TCA-T-T------T---C--GA--AGA-----------A-A------T-TTCA-A-T-G--TA--ACA-T---G-----C-T-TT--TC----C--G--A---CAGT-A-CTT----TC-G--TGTA----------------------------------AAA-T--A-A-----A--TC----ACGCA--GT-T--AT--CA
gi|89494 : TTGT-AT--GAA-AAAA---T--ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-AT-----T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CC--TC----C--C--A---TAG--A-CAT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-C----AGA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCA-TA---TGGT-GGGTAATATTT
gi|89495 : TTGTTAT--GAA-AATA---TT-ATT-TC--G-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-
gi|89496 : TTGT-AT--GAA---TA---T---TT-TC--G-T------T------GA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-TGA--AA--ACA-T---------C-T-CT--T-----C--C--A---TAGT-A-CTT----AA-AATTGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-A----A
gi|89497 : TGT-AT--GAA-AATA---TC-ATT-TC--T-T------T---G--AG--AAA-----T-----A-A------T-T--TCA-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-GT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-C------G-G----GG-A----AAA-T--A-A-----A--TA----AAACA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCA-TT---TGGT-GA--AATATTT
gi|89498 : TGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-CC--T-T------T---T--CA--AAA-----T-----A-GT-----T-T--A-A-T-A--AA--ACA-C---G-----CTT-CT--TC----C--C--ATATTAG--ACCTT----CA-A--TGTAAA-A---TCTG-T------A-G----TT-A----ATA-TC-A-A-----AACTC----A---A--AT-A--AT--C
gi|89499 : TGT-ATTTGAATAATA---TC-ATT-CT--T-A------T---G--AA--AAA-----A-----A-A------T-C--A-A-T-A--AAC-ACA-T---GG----C-TACC--TC----C--C--AAT-TAG----CTT----CATG--TGTAAA-----T-TCGC------A-G----GT-G----GAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--AT-G--AT--CAAA---TTT--G-GAA-TTCC-
gi|89500 : GT-AA--GAA-AATT---CA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AGA-----------------------------------A--ATG-T---T-----T-T-TT--TC----C--A--G---TAG--A-CTT----TA-A--TGTAAA-A---C-TA-T------A-C----GT-G----AAA-T--ACATGTACA--TC----AAGCA--GT-A--AT---ATAA-TTTT--GTAAA-TCCT-TA---TGGT-GG--cccattgggata
gi|89501 : T-AT--GAA-AA-A---TT-CTT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-AATTAATT-T--G-A-T-A--AA--ACA-TATTG-----C-T-CT--TCAGTCC--C--A---TAG--A-CTT----C----------A-A---T-TC-T------A-T----GT-C----AAA-T--A-A-----
gi|89502 : -AT--GGA-AAAA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--ATA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-G--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-G--G------------T--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--GTTATTT
gi|89503 : --AA--AAA-----T-----T-A------C-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----CTTC--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC--------G-G----GT-G----AAA-T--ATT-----T--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA---TT--GAAAC-TT-C-TG---TGGT-GG--ATAATTT
gi|89504 : atgaaaaataattatgctagtagaaaaaAA-AATAA--TATATT-CC--T-T------A---T--AA--AAA-----T-----G-A------T-TT-A-A-T-T--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--T-CTT----CA-A--TGTACA-A---C-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TA----AATCA--AT-A--ATAAAAAAA-ATTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89505 : A-AACA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--GA--AAA-----T-------A------T-T--G-A-C-A--AAC-AAA-T---G-----C-T-ATTGTC----C--CCGA---TAG--G-ACT----CA-A--TGTAAG-G---T-TC-G------A-G----GA-G----AAA-T----------A--TC----GAGCATGAT-A--AT---AAAT-TTTT--GAAAA-TTCT-T----TGGTGGG--AACATTTttactt
gi|89506 : -AATA---TT-ACTATC--T-T------T---T--AC--AAA-----C-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--ATA-TAT-G-----C-T-CT--CC----C--C--A---TAG--A-CGT----CA-A--TGTAAG-A---T-TC-T------A-GATAGGT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAACA--GT-A--AT--CAAAA-CTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--GTTATTT
gi|89507 : ATG---TA-ACT-TTGAT-T------TGTAT--AG--ATA-----T-----AGA------T-T--T-T-T-A--AA--ATA-T---G-----C-T-CC--TC----A--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGCAAA-T---T-TC-T------A-G----AT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--TT-G--AT--CAAAG-GTTT--GAAAATTTTC-TA---TAGT-GG--
gi|89508 : T-TC--T-T------TG--C--AG--GAA-----T-----A-T------T-TT-G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TT----C--C--A---TGA--A-CAT----CG-A--AGTAAA-A---T-TC-T------C-A----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--AT-T--AT--TAAAA-TTTT--GCTAA-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89509 : C--T-T------T---C--AACGATA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA---CA-T---A-------T-CG--TT----C--C--A---TAG--A-CTT----CT-G--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-T----ACATT--A-A-----A--TC----AAGCA--G------T--TAAAA-TTTTG-GAAAA-TT
gi|89510 : --T-T------T---T--GG--AAA-----T-----A-T------T-TT-G-A-T-A--AA--GTA-A---G-----T-T-CT--GT----C--T--A---TAA--A-CTT----CA-A--AGTAAA-A---T-TC-A------C-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--CT--TAAAA-
gi|89511 : ------T---T--AA--GCG-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--GCA-T---G-----C-C-CT--TT----C--C--A---TAG--A-------------------------T-TG-T------A-G----GT-A----AAA-T--A-A-----A--TC----AATAA--GT-G--AT--CAAAA-TTTC--TAAAA--TCT-TA---TGGT-G
gi|89512 : --AA--AAA-----T--------------T-T--A-A-T-A--AA--ACA-A---G-----C-T-CT--TC----G--C--A---AAA--A-CTT----CA-A--TGTAAA-T---C-TC-T------A-C----AT--------A-T--A-A-----A--TC----ATACG--GT----AC--C--AA-TTTT--
gi|89513 : aaa------T-T--A-A-T-A--AA--GCA-T---G-----T-T-TT--TC----C--C--A---TGG--A-CTT----CT-T--TGTAA------T-TT-T------A-A----G-------AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GTAAA-TTCT-TA---TGGT-GG--A
gi|89514 : atatt-T--A-A-T-A--AG--GCA-T---G-----G-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TG-A------A-G----GT-G----AAA-TAAA-A-----A--CC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAC-TTTT--GGAtgttt
gi|89515 : A-T---A-----C-T-AT--TC----C--C--G---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------G-G----TT-T----AAA-T--A-T-----T--TC----TAGCA--GT-A--AT--CAACA-ATTT--GAAAC-TTCG-TA---TGGT-GG--AATACTT
gi|89516 : aataagtgt--A---TAA--A-CTT----CA-A--CGTAAA-G---T-TC-T------G-A----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----GAGCA--TT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTTC-TA---TGGT-GG--ATCATTT
gi|89517 : --A-TTT----CA-A--TGTAAA-A---T-AC-T------G-G----GT-G----GAA-T--G-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AA--CAACA-TTTT--GAAAA-TGTC-TA---TGGT-GA--AATATTT
gi|89518 : -G----AT-A----AAA-T--A----------TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--ATAATTT
gi|89519 : -----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GATAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
blockSeqs : T TT T T ACT AT A GA G GTTGTG GTAT CG ATTCT GTTTT ATTAAT TC A T GT CA ATT GCATT TG AGTC TT CG TAT TC TGAA T AT CAA GGGGGG ATAG ACTAT AA CATGTAC AC TTGA TG AT TC TA T T AAT G GT AC
blockSeqs : . . . T A A . A . . TGG . A . C T C G G C AT G . . . . TG T T T . . . T TG C TT . . . . AA G . T . . . AC
blockSeqs : . . . T A A . . . . GC . . . C T . . . C . . . . . . AT T . . . . . . G . TT . . . . . . . . . . . AC
blockSeqs : . . . T . A . . . . G . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . . . . . . . . AT
blockSeqs : . . . A . A . . . . G . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . AC
blockSeqs : . . . T . A . . . . G . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . . . . . . . . AC
blockSeqs : . . . T . A . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : . . . T . A . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . AC
blockSeqs : . . . T . G . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : . . . C . A . . . . C . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : . . . T . A . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . AT
blockSeqs : . . . A . T . . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : . . . T . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . AC
blockSeqs : . . . T . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : . . . G . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . GC
blockSeqs : . . . C . C . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . AT
blockSeqs : . . . A . C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . AT
blockSeqs : . . . T . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : . . . T . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . TA
blockSeqs : . . . A . G . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . AC
blockSeqs : . . . T . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . TT
blockSeqs : . . . T . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . AT
blockSeqs : . . . T . A . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . TC
blockSeqs : . . . T . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . AT
blockSeqs : . . . T . C . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . TA
blockSeqs : . . . T . A . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . . AC
blockSeqs : . . . A . C . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : **
originalCons : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
finalCons : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 11 1 1 444 22 1 22 1 222222 555555 11 33333 22222 1 777777 0 22 0 1 1 22 33 0 222 33333 0 0 11 1111 11 11 333 22 0 2222 1 11 0 111 0 0 222222 0 2222 333333 0 22 3333333 11 1111 11 0 11 22 0 22 1 2 111 1 11 11
lowQualScore : . .. . . ... .. . .. . ...... ...... .. ..... ..... . ...... . .. . . . .. .. . ... ..... . . .. .... .. .. ... .. . .... . .. . ... . . ...... . .... ...... . .. ....... .. .... .. . .. .. . .. . . ... . .. ..
lowQualScore : 2 77 1 3 222 44 1 44 0 999999 222222 33 33333 44444 0 333333 9 22 9 8 8 22 11 9 888 11111 9 9 22 9999 22 22 999 99 9 7777 7 22 9 555 9 9 444444 8 6666 333333 9 11 5555555 22 8888 22 9 22 44 9 33 0 1 888 1 55 33
consensus : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
Reference ( family-411 ) : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89471 : TTTGT-AT--GGA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--TCA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-A------A-A----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AATATTT
gi|89472 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTC----TA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89473 : TTTTT-AT--GAA-A-TA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--------C--C--A---TAG--A-CTC----TA-A--TGTAAATG---T-TC-T------G-G----GT------AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-AATAT--AAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89474 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--C-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-TT--TC----T--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---A-TA-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TATT--TTAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89475 : TTTGT-AT--GAA-AATA---AA-ATT-TC--G-T------T---T--GA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-TTA--AA--ATA-T---A-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAC--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-A----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--TT-A--AT--CAAAA-TTTA--GAAAA-TTCC-AA---TGAC-GA--AATATTT
gi|89476 : TTTGT-AT--GAA-AAAA---TA-ACT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-A-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TA----C--A--A---TAC--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------T-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----CAGCA--GA-A--AT--CAACA-TTTT--GAAAA-TTTC-TA---TAAT-GG--A
gi|89477 : TTTG--AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------T------GA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-AAT-AG-AA--ACAAT---G-----C-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CGT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------G-G----TT-T----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCC-T----TGGT-GG--AACATTT
gi|89478 : TTTTT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--A-T------T---A--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----T-C-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TCTTGAAAGCA--GT-A--AC--CAAAA-TTTT--CAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT
gi|89479 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TG-ATT-TC--T-T------T---C--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--ACA-T---T-----T-T-CT--TC----C--C--A---TAG--T-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TG----AAACA--GT-T--AT--CAAAA-TTT------------C-CA---TGGT-AG--ATTATTT
gi|89480 : TTTGT-AT--GAA-AGTA---TA-ACT-TC--T-T------T---T--GA--CAA-----T-----A-A------T-TC-G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----A-T-CT--TC----G--C--A---TAG--A-CAT----CA-A--TATAAA-C---T-TC-T------G-G----GT-ACTATAAA-T--A-A-----A--TG----AAGCA--AT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-ATCCTTA---TGGT-GG--A
gi|89481 : TTTTT-AT--GAA-AACA---TA-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAAA----T-----A-A------T-T--G-A---A--AA--AAA-T---G-----A-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-G------A-G----GT-G----AAA-T--A-T-----G--TC----GAGCA--GT-A--AT--CAAAA--TTT--GAAAA-TCCC-TA---TGGT-GG--AACATTTttagtt
gi|89482 : TTTGT-AT--GAA-AA-A---TT-ATT-TG--T-G------T---C--AA--AAA-----T-----A-AC-----T-T--G-A-T-A--AA--A---------------T-CT--TC----A--C--A---T-G--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TA-T------A-G----AT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAAAA--GT-A--AT--CAAAG-GTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--ATTATTT
gi|89483 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-TC--T-T------A---T--AA--AAC-----T-----A-T------T-TT-A-A-T-G--AA--ACA-T---G-----C-T-TT--CC----C--C--A---TAG--A-CTT----AA-A--TGTAAA-ACAAT-TT-A------A-A----GG-G----ACA-T--A-A-----A--TC----CAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTCT--GACAA-TCCC-TA---AGCT-GG--
gi|89484 : TTGGT-AT--GAA-AAAAA--TA-TTT-CC--TGT------T---T--AG--G-------T-----A-AC-----T-T--G-T-T-A--TA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--T--A---TAA--A-CTT----CA-A--TATAAT-A---T-TC-T------A-G----GT-T----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCC-TG---TGGT-GG--ATTATTTcttatt
gi|89485 : TTTGT-AT--AAA-AATA---TT-ATT-AC--T-T------T---T--AA--AGA-----T-----A-A------T-TT-A-A-T-A--AA---CA-T---G-----C-T-CA--TC----C--C--A---TAG--A-C-------------GTATG-A---T-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--G------------AA-TTTT--TAAAA-TTCC-AA---TGGT-CG--A
gi|89486 : TTTGT-AT--GAA-AATA---TC-ATT-TC--T-T------T---G--AA--AAT-----T-----T-A------T-T--T-C-A-A--AA--ACA-T---G-----C-T-GT--TC----C--C--G---TAA--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-CGGGGGGG-G----GG-G----GGA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTAA--AAAAA-------AAATTGGT-GG--AATATTT
gi|89487 : TTTCT-AT--GAA-AAGA---TC-ATT-T----------------T--AA--AAC-----T----------------T--G-ACT-A--AA--ACA-T---T-----T-T-CT--TC----T--T--T---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAGA-A---T-TT-T------A-G----GT-G----AGA-T--A-A-----A--TC----AAGAT--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-ATCG-TA---TGGT-TG--ATTATTT
gi|89488 : TTTGC-AT--TGA-GACA---TA-TTT-TC--T-T------T---T---A--AAA-----T-----A-AT-----T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAT--A-C------------TGTAAA-A---G-T-----------G----GT-T------A-T--A-A-----A--CC----A
gi|89489 : TTTTT-AT--GAA-GAAAACTTG-ATT-TC--T-T------T---TGGAA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-C-C-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----C--C--ATG-TAG--A-CTT----CATA--TGCTAA-G---T-TT-G------A-G----GT-G-----AA-T--ATT-----A--TC----GAGC---GT-A--AT---AAAA-TTTT--GAAAA-TCC-------TGGT-GG---ACATTT
gi|89490 : TTTCT-AT--AAA-A------TG-ATT-TC--T-T------T---C--AA--AAAATTCTT--------------T-T--A-A-T-A--AA--GGA-T---GGCATTT-T-TT--TT----T--A--A---TAC--A-G-------A-A--TGTAAA-A---T-TC-A------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AATTA--GTAA--AT--CAAAAGTTTT------A-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89491 : TTCGA-AT--TAA-AATA---CA-ATT-TC--T-T------C---T--AA--GAA-----TGTTTTA-A------T-T--A-C-T-AGTAT--ACA-T---G-----T-T-CT--TC----C--T--A---AATTCA-CTTTGAACA-A--TATAGA-A---T-T--T------ACG----GT-G----AAA-T--A-A-----G--CC----AAGCA--CT-G--AG--AACAA-TTTT--GTAAA-TCCC-TT---TGGT-GA--ATTATT
gi|89492 : TTTTT-TT--GAA-AA------A-ATT-TA--T-TGTTGTGT---T--GA--AAA-----------A-A------TGT--G-A-T-A--AACAACA-T-----------------TT----C--C--A---TAG--A-CTTT---CT-A--TATATA-G---T-TT-T------G-GT---GTTG----AAA-T--A-T-----A--TC----AAGCA--GT-A--ATTCCAAAA-TTTTTAAAAAA-TTCCTTT---TGGT-GG--AGCATTT
gi|89493 : TTTG--AT--GAA-AATA---TA-ATT-TCA-T-T------T---C--GA--AGA-----------A-A------T-TTCA-A-T-G--TA--ACA-T---G-----C-T-TT--TC----C--G--A---CAGT-A-CTT----TC-G--TGTA----------------------------------AAA-T--A-A-----A--TC----ACGCA--GT-T--AT--CA
gi|89494 : TTGT-AT--GAA-AAAA---T--ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-AT-----T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CC--TC----C--C--A---TAG--A-CAT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-C----AGA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCA-TA---TGGT-GGGTAATATTT
gi|89495 : TTGTTAT--GAA-AATA---TT-ATT-TC--G-T------T---G--AA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-G----AAA-
gi|89496 : TTGT-AT--GAA---TA---T---TT-TC--G-T------T------GA--AAA-----T-----A-A------T-T--G-A-TGA--AA--ACA-T---------C-T-CT--T-----C--C--A---TAGT-A-CTT----AA-AATTGTAAA-G---T-TC-T------G-G----GT-A----A
gi|89497 : TGT-AT--GAA-AATA---TC-ATT-TC--T-T------T---G--AG--AAA-----T-----A-A------T-T--TCA-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-GT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-C------G-G----GG-A----AAA-T--A-A-----A--TA----AAACA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTCA-TT---TGGT-GA--AATATTT
gi|89498 : TGT-AT--GAA-AATA---TA-ATT-CC--T-T------T---T--CA--AAA-----T-----A-GT-----T-T--A-A-T-A--AA--ACA-C---G-----CTT-CT--TC----C--C--ATATTAG--ACCTT----CA-A--TGTAAA-A---TCTG-T------A-G----TT-A----ATA-TC-A-A-----AACTC----A---A--AT-A--AT--C
gi|89499 : TGT-ATTTGAATAATA---TC-ATT-CT--T-A------T---G--AA--AAA-----A-----A-A------T-C--A-A-T-A--AAC-ACA-T---GG----C-TACC--TC----C--C--AAT-TAG----CTT----CATG--TGTAAA-----T-TCGC------A-G----GT-G----GAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--AT-G--AT--CAAA---TTT--G-GAA-TTCC-
gi|89500 : GT-AA--GAA-AATT---CA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AGA-----------------------------------A--ATG-T---T-----T-T-TT--TC----C--A--G---TAG--A-CTT----TA-A--TGTAAA-A---C-TA-T------A-C----GT-G----AAA-T--ACATGTACA--TC----AAGCA--GT-A--AT---ATAA-TTTT--GTAAA-TCCT-TA---TGGT-GG--cccattgggata
gi|89501 : T-AT--GAA-AA-A---TT-CTT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-AATTAATT-T--G-A-T-A--AA--ACA-TATTG-----C-T-CT--TCAGTCC--C--A---TAG--A-CTT----C----------A-A---T-TC-T------A-T----GT-C----AAA-T--A-A-----
gi|89502 : -AT--GGA-AAAA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--AA--AAA-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--ATA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-G--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-G--G------------T--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--GTTATTT
gi|89503 : --AA--AAA-----T-----T-A------C-T--G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-AT--TC----CTTC--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC--------G-G----GT-G----AAA-T--ATT-----T--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA---TT--GAAAC-TT-C-TG---TGGT-GG--ATAATTT
gi|89504 : atgaaaaataattatgctagtagaaaaaAA-AATAA--TATATT-CC--T-T------A---T--AA--AAA-----T-----G-A------T-TT-A-A-T-T--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TC----C--C--A---TAG--T-CTT----CA-A--TGTACA-A---C-TC-T------A-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TA----AATCA--AT-A--ATAAAAAAA-ATTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89505 : A-AACA---TA-ATT-TC--T-T------T---T--GA--AAA-----T-------A------T-T--G-A-C-A--AAC-AAA-T---G-----C-T-ATTGTC----C--CCGA---TAG--G-ACT----CA-A--TGTAAG-G---T-TC-G------A-G----GA-G----AAA-T----------A--TC----GAGCATGAT-A--AT---AAAT-TTTT--GAAAA-TTCT-T----TGGTGGG--AACATTTttactt
gi|89506 : -AATA---TT-ACTATC--T-T------T---T--AC--AAA-----C-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--ATA-TAT-G-----C-T-CT--CC----C--C--A---TAG--A-CGT----CA-A--TGTAAG-A---T-TC-T------A-GATAGGT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAACA--GT-A--AT--CAAAA-CTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--GTTATTT
gi|89507 : ATG---TA-ACT-TTGAT-T------TGTAT--AG--ATA-----T-----AGA------T-T--T-T-T-A--AA--ATA-T---G-----C-T-CC--TC----A--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGCAAA-T---T-TC-T------A-G----AT-C----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGAA--TT-G--AT--CAAAG-GTTT--GAAAATTTTC-TA---TAGT-GG--
gi|89508 : T-TC--T-T------TG--C--AG--GAA-----T-----A-T------T-TT-G-A-T-A--AA--ACA-T---G-----C-T-CT--TT----C--C--A---TGA--A-CAT----CG-A--AGTAAA-A---T-TC-T------C-A----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--AT-T--AT--TAAAA-TTTT--GCTAA-TTCC-TA---TGGT-GG--A
gi|89509 : C--T-T------T---C--AACGATA-----T-----A-A------T-T--G-A-T-A--AA---CA-T---A-------T-CG--TT----C--C--A---TAG--A-CTT----CT-G--TGTAAA-A---T-TC-T------A-G----GT-T----ACATT--A-A-----A--TC----AAGCA--G------T--TAAAA-TTTTG-GAAAA-TT
gi|89510 : --T-T------T---T--GG--AAA-----T-----A-T------T-TT-G-A-T-A--AA--GTA-A---G-----T-T-CT--GT----C--T--A---TAA--A-CTT----CA-A--AGTAAA-A---T-TC-A------C-G----GT-G----AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--CT--TAAAA-
gi|89511 : ------T---T--AA--GCG-----T-----A-A------T-TT-G-A-T-A--AA--GCA-T---G-----C-C-CT--TT----C--C--A---TAG--A-------------------------T-TG-T------A-G----GT-A----AAA-T--A-A-----A--TC----AATAA--GT-G--AT--CAAAA-TTTC--TAAAA--TCT-TA---TGGT-G
gi|89512 : --AA--AAA-----T--------------T-T--A-A-T-A--AA--ACA-A---G-----C-T-CT--TC----G--C--A---AAA--A-CTT----CA-A--TGTAAA-T---C-TC-T------A-C----AT--------A-T--A-A-----A--TC----ATACG--GT----AC--C--AA-TTTT--
gi|89513 : aaa------T-T--A-A-T-A--AA--GCA-T---G-----T-T-TT--TC----C--C--A---TGG--A-CTT----CT-T--TGTAA------T-TT-T------A-A----G-------AAA-T--A-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GTAAA-TTCT-TA---TGGT-GG--A
gi|89514 : atatt-T--A-A-T-A--AG--GCA-T---G-----G-T-AT--TC----C--C--A---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-G---T-TG-A------A-G----GT-G----AAA-TAAA-A-----A--CC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAC-TTTT--GGAtgttt
gi|89515 : A-T---A-----C-T-AT--TC----C--C--G---TAG--A-CTT----CA-A--TGTAAA-A---T-TC-T------G-G----TT-T----AAA-T--A-T-----T--TC----TAGCA--GT-A--AT--CAACA-ATTT--GAAAC-TTCG-TA---TGGT-GG--AATACTT
gi|89516 : aataagtgt--A---TAA--A-CTT----CA-A--CGTAAA-G---T-TC-T------G-A----GT-G----AAA-T--A-T-----A--TC----GAGCA--TT-A--AT--CAAAA-TTTT--GAAAA-TTTC-TA---TGGT-GG--ATCATTT
gi|89517 : --A-TTT----CA-A--TGTAAA-A---T-AC-T------G-G----GT-G----GAA-T--G-A-----A--TC----AAGCA--GT-A--AA--CAACA-TTTT--GAAAA-TGTC-TA---TGGT-GA--AATATTT
gi|89518 : -G----AT-A----AAA-T--A----------TC----AAGAA--GT-A--AT--CAAAA-GTTT--GAAAA-TTCC-TA---TGGT-GG--ATAATTT
gi|89519 : -----A--TC----AAGCA--GT-A--AT--CAAAA-TTTT--GATAA-TTCC-TA---TGGT-GG--AACATTT