lowQualScore                  :                  222                          33    1              1                          1111  11111111111                                                                                                                                                 11   
lowQualScore                  :                  555                          33    5              5     99 3 2 4  1 1 666  1 1111  77777777777  0   77777777777 1  0     444 0  55  0 0 1111      0  0 111 0 0   4444444444  77777 11 2  1 1   22222 2 777  11 33   11  11  44 7 2   2222      33   
lowQualScore                  :                  ...                          ..    .              .     .. . . .  . . ...  . ....  ...........  .   ........... .  .     ... .  ..  . . ....      .  . ... . .   ..........  ..... .. .  . .   ..... . ...  .. ..   ..  ..  .. . .   ....      ..   
lowQualScore                  :                  000                          00    0              5     22 3 5 7  9 8 222  3 4444  22222222222  9   55555555555 8  9     999 9  66  8 8 8888      8  8 555 8 8   5555555555  11111 22 0  0 0   55555 0 222  44 55   55  66  44 9 5   7777      11   
consensus                     : GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-GTCATCACGTTTGAAGATCCTGAAGG--T-G-A-AT-T-T-C-AT-T--G-ATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TCA-GCC----TCTTCA-TTTA
Reference ( gi|27845 )        : GCGGGTCGATAAAGGAGTTAGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGCTGTCATAACGTTTGAAGATCCTGAAGG--T-G-A-AT-T-T-C-AT-T--G-ATT------A-C-AT-GTT-A---------A-CG-GTGCT---A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TAA-GCC----TCTTCA-GTTA
gi|27843                      : GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-ATCATCACGTTTGAAGATCC-GAAGG--T-G-A-AT-T-T-C-AT-T--G-ATT------A-C-AT-GTT-A---------A-CG-GTGCT---A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT---A--AA--TAA-GCT----TCTTCA-GTTA
gi|27842                      : GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-ATCATCACGTTTGAAGATCC-GAAGG--T-G-A-AT-T-T-C-AT-T--G-ATT------A-C-AT-GTT-A---------A-CG-GTGCT---A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT---A--AA--TAA-GCT----TCTTCA-GTTA
gi|27844                      : GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGCAGTCATCACGTTTGAAGATCC-GAAGG--T-G-A-AT-T-T-C-AT-T--G-ATT------A-C----GTA-A---------A-TG-GTGCT---A-CC-ATT-G-G----TGCGAGACGAA---A-G-ACCA---------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--AC-AAT---A--AA--TAA-GCT----TCTTCA-GTTA
gi|27850                      :                                                            GAAGAT--TGAAAT--TTG-T-AT-TCT-T-TT-T--GCATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A-AA-C-ATC-----T-TGG-GC--AT-AAT--AA--AA--
gi|27851                      :                                                                  CCTGAGGG--G-G-T-AT-T-----AT------ATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CA-GTGCA---A-CC-TTT-G-G----TGCAAG-CA-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TTT-GCC----TCTTCA-TTTAaattgtttggtt
gi|27852                      :                                                                aggCTAAAGGAAT-G-ATAT-A-T-CGAT-T--G-ATA------A-T-AT-GTTTA---------A-TG-GTGCT---A-T--GCT-GTG----TGTGAG-CG-A---A-GAATC----------CT-----A--A-AACC-ATG-----T-TA--AT--A--AAT--AA--GG--AAA-CCC----TCTTCA-TTTA
gi|27853                      :                                                                     tAAGGGAT-G-ATAT-A-T-C-GA-T--A-ATA------A-C-AT-GTT-A---------A-TG-GCACT---A-CT-GCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CT--------A-AA-C-ATG-----T-T---GT--A--AAT--AA--AA--TAA-CCC----TCTTCA-TTTA
gi|27854                      :                                                                       AGG--T-GTA-AC-T-T-A-ATAC--G-GT-----------AT-GTT-G---------A-CG-ATGCT---A-CC-GCT-G-G----TGC-------A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AATAAAA--AA--TCA-GCC----TCTTCA-
gi|27846                      :                                                                          --T-G-T-AT-C-C-C-AT-TCTA-ATT------AAC-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CT-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-GTG-----T-T---GC--A--AAT--AA--AT--TTA-GTC----TCTTCA-TTTA
gi|27855                      :                                            cccattcacctcattaaatctggagtcaac--T-G-A-ATGT-C-C-AT-T----ATTTCCTA-A-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27856                      :                                                                          --T-G-A-AT-C-TAC-AC-T----ATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CA-GTGCT---A-CC-GTT-G-A----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27857                      :                                                                          --T-G-A-AT-T-T-T-GG-T----ATT--------C-GT-TTC-A---------G-CT-CTACT---A-CC-GTT-G-G----TGTAAG-AA-A---A-G-ACC----------C------A--A-AA-C-ATC-----T-T---CC--A--AAT--AA--AAC-CAA-G-C----TCTTCA-TTTA
gi|27859                      :                                                                               -A-AT-T-T-T-TT-T--T-CTA------A-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---C-CG-GTT-G-G----TGTGAG-CA-A---A-G-ACC----------CTAATTAA--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--ATT--AA--AA--TCA-GCC----TCGTTATGTTA
gi|27849                      :                                                                               -A-AT-T-T---GT-T--G---T------A-A-AT-GTT-ATTTGTTTGCA-CG-GTGCT---ATCC-ATT-G-G----TG-GAG-TG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A----C-ATC-----T-TTG-GC--A--AAT--AA--AA--TCA-AAC----TCTTCA--TTA
gi|27858                      :                                                   tcattacttgcattgaattagaatttaa-A-AT-T-T-A-AT-C----ATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CA-GTGGC---A-CC-GTT-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CA-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---AC--A--A
gi|27860                      :                                                                               -A-AT-C-T-T-AT-T-----------------AT-GTA-G---------A-CG-TTG-T---G-CC-ATT-T-G----TACGA--CG-G---A-G-ATC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--CAGTAA--TA-----------TTCA-ATTA
gi|27861                      :                                                                                 -AT-T-A-T-AT-T--A-AT-----------AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC-----------------------------C-----T-T---GT--A--AAT--AC--AA--TCA-GCC----TCTTCA-
gi|27862                      :                                                                                   T-T-T-T-AT-C----ATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CA-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGTGAT-CA-A---A-G-ATC----------CT-----A--A-AG-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TCG-CCC----TCTTCA-TTTA
gi|27863                      :                                                                                   T-T-T-T-GT-T--G-ATTTTTATAA-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27864                      :                                                                                    -T-T-C-AC-A--A-ATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CA-GTGCT---A-CT-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A---------ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TTA-GCC----TCTTCA-TTTA
gi|27865                      :                                                                                    -T-T-A-AT-T--G-AT-------A-T--T-GTT-G---------A-CGAGTGCTG--A-GC-AT--G-A----TGCGAG-CA-ATTAATG-ACC----------CT-----A--A-CA-T-ATC-----T-TTGGGC--A--A-T--AA--A---TCA-GCC----TCTTCA-TTTA
gi|27866                      :                                                                                      -T-T-AT-T--A-ATA------A-TTAT-GTT-G---------A-CA-GTGCT---A-CT-GTT-G-AATGATGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A-----------T-----T-T---GC--A--AAT--AA--AG--TCA-GCC----TCTGCA-TTTA
gi|27867                      :                                                                                          -AT-T----ATT------AAT-AT-GTT-T---------A-CG-GTGGT---A-CC-GTT-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CTTAATAA--A-AA-C-ATC-----T-T---GC-----AAT--AA--
gi|27868                      :                                                                                            T-T--C-ATA------A-T-AT-GTT-T---------A-CG-GTGCT---A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-A-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TTA-GCC----TCTTCA-TTTA
gi|27871                      :                                                                                             -T--G-ATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27870                      :                                                                                             -T--A-ATA------A-C-AT-GTT-A---------ATCG-GCACTTT-A-CTTGCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CTA----A--A-AA-C-ATT-----TGT---AT--A--AAT--AA--AAATTAACCCC----TCTTCA-TTTA
gi|27869                      :                                                                                             -T--A-ATA------A-C-AT-GTT-A---------ATCG-GCACTTT-A-CTTGCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CTA----A--A-AA-C-ATT-----TGT---AT--A--AAT--AA--AAATTAACCCC----TCTTCA-TTTA
gi|27873                      :                                                                                             -T--G-ATT------AAT-AT-GTT-G---------A-CA-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-TG-A---A-G-ATC----------CT-----A--G-GG-T-AGC-----T-T---G
gi|27874                      :                                                                                             -T--A-ATT------A-T--T-GTT-T---------A-CG--TGCT---A-C--GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----GTTA-AA-C-ATT-----C-T---GC--C--AAT--A
gi|27872                      :                                                                                             -T--G-ATA------A-T-ATAGTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC----------GT-----A--
gi|27875                      :                                                                                                  -ATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACCATTATGGCATTT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TCA-GCT----TCTTCA-TTTA
gi|27876                      :                                                                                                  -ATT------AAT-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--T-AA-C-AAC-----T-T---GC--A--AGT--AA--AA--TCA-GCA----TCTTCA-TTTA
gi|27877                      :                                                                                                  -ATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGTT---A-CC-GTT-G-G----TGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ACCATGTTT-T---GC--A--AAG--AA--AA--
gi|27848                      :                                                                                                  -ATA------A-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--aa
gi|27878                      :                                                              atcatatgctttgaacatacaatgtattgtataatcacaT------A-CTAT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CT-GTT-G-G----TACGAG-CG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A-AA-C-ACC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TCA-GCCTCAATCTTCA-TTTA
gi|27879                      :                                                                                                      ------A-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-A-G----CGCGAG-CA-A---A-G-ACA----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--C--AAA--AA--AA--TCA-GCC----TCTTTA-
gi|27880                      :                                                                                                      ------A-C-AT--TT-A---------A-AT-ATGCTGATA-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CT-----G--A-AA-T-ATT-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TTA-GCC----TCTTCA-
gi|27881                      :                                                                                                      ------A-T-AT-GTG-A---------A-CA-GTGCA---A-CG-TTT-T-T----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC-----------T-----A--ATAA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AT--AA--TTA-GCC----TCTTCA-TTT
gi|27883                      :                                                                                                      ------A-T-AT-GTT-G---------A-CG-ATGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGA--CG-A---A-G-ACC----------CTTG---G--A-AA-CTATT-----T-TTGGGCCTA--AAA--AA--AA--TAA-G
gi|27882                      :                                                                                                      ------A-T-AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TGCGAT-TG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27847                      :                                                                                                      ------A-T-AT-GTT-G---------A-TG-GTGCT---A-CC-GTT-G-G----TACGAG-CG-A---A-G-ACC----------
gi|27884                      :                                                             gtcagcccaccatgcttcacagaagagaggctcagcatttgaggtcagta-AT-GTT-G---------A-TG-GTGCT---A-CC-GTTTG-G----TGCGAG-CA-A---A-G-ACC----------CT-----A--ATAA-C-ATA-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TCA-GCC----TCTTCA-TTTA
gi|27885                      :                                                                                                               -AT-GTT-G---------A-CG-GTGCT---A-CT-GTT-G-G----TCCAAG-CG-A---A-G-TCC----------CT--------A-AA-C-ATC-----T-T---GT--A--A
gi|27886                      :                                                                                                                 T-GTT-G---------A-CG-GTGAT---A-CC-GTT-G-T----TGCAAG-CG-A---A-A-ACT----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AA--TCA-GCC----TCTTCA-
gi|27887                      :                                                                                                                        ---------A-CG-GTGCT---A-CC-GTT-G-C----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------GT-----A--A-AC-C-ATC-----T-A---AC--A--CAT--AA--AT--TTA-GCC----TCTTCA-TTTA
gi|27888                      :                                                                                                                                                    TT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GT--A--AAT--AA--AA--TCA-GCT----TCTTCA-CTTA
gi|27890                      :                                                                                                                                                    TT-G-A----CGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---AC--ATGTAT--AA--AA--TCA-GCC----TCTGCA-TTTA
gi|27889                      :                                                                                                                                                    TN-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--





Alignments
lowQualScore                  :                                                     22           1111        1     11111                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                                                     22           4444      0 2     11111 3 6   2 444 22  77  1   1  0   0 0 1  0     33 0  1   0 0 1111      0  0 111 0 0   4444444444  77777 11 2  1 1   22222 2 777  11 33   33  11      33  2222       1   
lowQualScore                  :                                                     ..           ....      . .     ..... . .   . ... ..  ..  .   .  .   . . .  .     .. .  .   . . ....      .  . ... . .   ..........  ..... .. .  . .   ..... . ...  .. ..   ..  ..      ..  ....       .   
lowQualScore                  :                                                     44           2222      7 4     88888 1 2   4 888 66  22  1   0  9   9 9 8  9     33 9  7   8 8 7777      8  8 444 8 8   4444444444  00000 11 0  0 0   44444 0 111  44 44   66  66      44  7777       5   
consensus                     :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-GTCATCACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA
Reference ( family-410 )      :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-GTCATCACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27842                      :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-ATCATCACGTTT----GAAGATCC-GAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-TAC-AT-GTT-A-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT---A--AATAAG--CT----TCTTCAG-TTA
gi|27843                      :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-ATCATCACGTTT----GAAGATCC-GAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-TAC-AT-GTT-A-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT---A--AATAAG--CT----TCTTCAG-TTA
gi|27844                      :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGCAGTCATCACGTTT----GAAGATCC-GAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT---T-AC-GTA-A-A-TG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAGACGAA---A-G-ACCA---------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--AC-AAT---A--AATAAG--CT----TCTTCAG-TTA
gi|27845                      :       GCGGGTCGATAAAGGAGTTAGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGCTGTCATAACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-TAC-AT-GTT-A-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATAAG--CC----TCTTCAG-TTA
gi|27846                      :                                                                                                             T-AAC-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-GTG-----T-T---GC--A--AAT--AA--ATTTAG--TC----TCTTCAT-TTA
gi|27847                      : cccattcacctcattaaatctggagtcaactgtatcccattctaatGTCAGC--CCACCATGCTTCACAGAAGA----GAGGC--TCAG-C-ATT-T-G-AGGTCA-GT-AAT-AT-GTT-G-A-TG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TACGAG-CG-A---A-G-ACC----------
gi|27848                      :                                                                                                           -AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27849                      :                                                                                atcatatgctttgaacatacaatgtattgtataatcacaTT-GCA-CG-GTGCT--ATCC-ATT-G-G----TG-GAG-TG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A----C-ATC-----T-TTG-GC--A--AAT--AA--AATCAA--AC----TCTTCAT-
gi|27850                      :               tcattacttgcattgaattagaatttaaaatttgttgtaaatgttatttgt----GAAGAT--TGAAAT--TT-G-T-ATTCT-T-T--TTGCAT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A-AA-C-ATC-----T-TGG-GC--AT-AAT--AA--AAa
gi|27851                      :                                                                            CCTGAGGG--G--G-T-ATT-----A--T---AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCA--A-CC-TTT-G-G----TGCAAG-CA-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTTG--CC----TCTTCAT-TTAaattgtttggtt
gi|27852                      :                                                                          aggCTAAAGGAAT--G-ATATA-T-CGA--TTG-AT-AAT-AT-GTTTA-A-TG-GTGCT--A-T--GCT-GTG----TGTGAG-CG-A---A-GAATC----------CT-----A--A-AACC-ATG-----T-TA--AT--A--AAT--AAGGAA--AC--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27853                      :                                                                               tAAGGGAT--G-ATATA-T-C-G--ATA-AT-AAC-AT-GTT-A-A-TG-GCACT--A-CT-GCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CT--------A-AA-C-ATG-----T-T---GT--A--AAT--AA--AATAAC--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27854                      :                                                                                 AGG--T--GTA-ACT-T-A-A--T---AC-GGT-AT-GTT-G-A-CG-ATGCT--A-CC-GCT-G-G----TGC-------A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AATAAAA--AATCAG--CC----TCTTCA
gi|27855                      :                                                                                                             T-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27856                      :                                                                  tgaatgtccattatttcc--T--G-A-ATC-TAC-A--CT--AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CC-GTT-G-A----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27857                      :                                                                                                                                  TACT--A-CC-GTT-G-G----TGTAAG-AA-A---A-G-ACC----------C------A--A-AA-C-ATC-----T-T---CC--A--AAT--AA--AACCAA--GC----TCTTCAT-TTA
gi|27858                      :                                                                 tgaattttggtattcgtttcagctc-A-ATT-T-A-A--TC--AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGGC--A-CC-GTT-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CA-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---AC--A--A
gi|27859                      :                                                                                          -A-ATT-T-T-T--TTT-CT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--C-CG-GTT-G-G----TGTGAG-CA-A---A-G-ACC----------CTAATTAA--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--ATT--AA--AATCAG--CC----TCGTTATGTTA
gi|27860                      :                                                                                                             T-ATT-AT-GTA-G-A-CG-TTG-T--G-CC-ATT-T-G----TACGA--CG-G---A-G-ATC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--
gi|27861                      :                                                                                                        aatctT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC-----------------------------C-----T-T---GT--A--AAT--AC--AATCAG--CC----TCTTCAcagtaatattcaatta
gi|27862                      :                                                                                       attatatTT-T-T-A--TC--AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGTGAT-CA-A---A-G-ATC----------CT-----A--A-AG-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCGC--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27863                      :                                                                                                      --TTT-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27864                      :                                                                                    ttttgttgattT-T-C-A--CAA-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A---------ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27865                      :                                                                                               T-T-A-A--TTG-AT-A-T--T-GTT-G-A-CGAGTGCTG-A-GC-AT--G-A----TGCGAG-CA-ATTAATG-ACC----------CT-----A--A-CA-T-ATC-----T-TTGGGC--A--A-T--AA--A-TCAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27866                      :                                                                                                -T-T-A--TTA-AT-AATTAT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CT-GTT-G-AATGATGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A-----------T-----T-T---GC--A--AAT--AA--AGTCAG--CC----TCTGCAT-TTA
gi|27867                      :                                                                                                    -A--TTA-TT-AAT-AT-GTT-T-A-CG-GTGGT--A-CC-GTT-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CTTAATAA--A-AA-C-ATC-----T-T---GC-----AAT--AA--
gi|27868                      :                                                                                                      --TTC-AT-AAT-AT-GTT-T-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-A-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27869                      :                                                                                                         TA-AT-AAC-AT-GTT-A-ATCG-GCACTTTA-CTTGCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CTA----A--A-AA-C-ATT-----TGT---AT--A--AATA-AA--AATTAACCCC----TCTTCAT-TTA
gi|27870                      :                                                                                                         TA-AT-AAC-AT-GTT-A-ATCG-GCACTTTA-CTTGCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CTA----A--A-AA-C-ATT-----TGT---AT--A--AATA-AA--AATTAACCCC----TCTTCAT-TTA
gi|27871                      :                                                                                                         TG-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27872                      :                                                                                                         TG-AT-AAT-ATAGTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC----------GT-----A--
gi|27873                      :                                                                                                         TG-ATTAAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-TG-A---A-G-ATC----------CT-----A--G-GG-T-AGC-----T-T---G
gi|27874                      :                                                                                                                    T-GTT-T-A-CG--TGCT--A-C--GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----GTTA-AA-C-ATT-----C-T---GC--C--AAT--A
gi|27875                      :                                                                                                    taattat-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACCATTATGGCATTT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CT----TCTTCAT-TTA
gi|27876                      :                                                                                                             T-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--T-AA-C-AAC-----T-T---GC--A--AGT--AA--AATCAG--CA----TCTTCAT-TTA
gi|27877                      :                                                                                                         at-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGTT--A-CC-GTT-G-G----TGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ACCATGTTT-T---GC--A--AAG--AA--AA
gi|27878                      :                                                                                                             T-ACT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TACGAG-CG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A-AA-C-ACC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CCTCAATCTTCAT-TTAaa
gi|27879                      :                                                                                                                AT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-A-G----CGCGAG-CA-A---A-G-ACA----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--C--AAA--AA--AATCAG--CC----TCTTTA
gi|27880                      :                                                                                                  -C-A--TTT-A--AAT-AT-GCT-G-A--------T--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CT-----G--A-AA-T-ATT-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTAG--CC----TCTTCA
gi|27881                      :                                                                                                               aAT-AT-GTG-A-A-CA-GTGCA--A-CG-TTT-T-T----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC-----------T-----A--ATAA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AT--AATTAG--CC----TCTTCAT-TT
gi|27882                      :                                                                                                                AT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAT-TG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27883                      :                                                                                                                AT-AT-GTT-G-A-CG-ATGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGA--CG-A---A-G-ACC----------CTTG---G--A-AA-CTATT-----T-TTGGGCCTA--AAA--AA--AATAAG--
gi|27884                      :                                                                                                                  -AT-GTT-G-A-TG-GTGCT--A-CC-GTTTG-G----TGCGAG-CA-A---A-G-ACC----------CT-----A--ATAA-C-ATA-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27885                      :                                                                                                                  -AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TCCAAG-CG-A---A-G-TCC----------CT--------A-AA-C-ATC-----T-T---GT--A--A
gi|27886                      :                                                                                                                    T-GTT-G-A-CG-GTGAT--A-CC-GTT-G-T----TGCAAG-CG-A---A-A-ACT----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCA
gi|27887                      :                                                                                                                           -A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-C----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------GT-----A--A-AC-C-ATC-----T-A---AC--A--CAT--AA--ATTTAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27888                      :                                                                                                                                              TT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GT--A--AAT--AA--AATCAG--CT----TCTTCAC-TTA
gi|27889                      :                                                                                                                                              TN-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--
gi|27890                      :                                                                                                                                              TT-G-A----CGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---AC--ATGTAT--AA--AATCAG--CC----TCTGCAT-TTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                     22           1111        1     11111                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                                                     22           4444      0 2     11111 3 6   2 444 22  77  1   1  0   0 0 1  0     33 0  1   0 0 1111      0  0 111 0 0   4444444444  77777 11 2  1 1   22222 2 777  11 33   33  11      33  2222       1   
lowQualScore                  :                                                     ..           ....      . .     ..... . .   . ... ..  ..  .   .  .   . . .  .     .. .  .   . . ....      .  . ... . .   ..........  ..... .. .  . .   ..... . ...  .. ..   ..  ..      ..  ....       .   
lowQualScore                  :                                                     44           2222      7 4     88888 1 2   4 888 66  22  1   0  9   9 9 8  9     33 9  7   8 8 7777      8  8 444 8 8   4444444444  00000 11 0  0 0   44444 0 111  44 44   66  66      44  7777       5   
consensus                     :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-GTCATCACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA
Reference ( family-410 )      :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-GTCATCACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27842                      :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-ATCATCACGTTT----GAAGATCC-GAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-TAC-AT-GTT-A-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT---A--AATAAG--CT----TCTTCAG-TTA
gi|27843                      :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-ATCATCACGTTT----GAAGATCC-GAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-TAC-AT-GTT-A-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT---A--AATAAG--CT----TCTTCAG-TTA
gi|27844                      :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGCAGTCATCACGTTT----GAAGATCC-GAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT---T-AC-GTA-A-A-TG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAGACGAA---A-G-ACCA---------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--AC-AAT---A--AATAAG--CT----TCTTCAG-TTA
gi|27845                      :       GCGGGTCGATAAAGGAGTTAGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGCTGTCATAACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-TAC-AT-GTT-A-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATAAG--CC----TCTTCAG-TTA
gi|27846                      :                                                                                                             T-AAC-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-GTG-----T-T---GC--A--AAT--AA--ATTTAG--TC----TCTTCAT-TTA
gi|27847                      : cccattcacctcattaaatctggagtcaactgtatcccattctaatGTCAGC--CCACCATGCTTCACAGAAGA----GAGGC--TCAG-C-ATT-T-G-AGGTCA-GT-AAT-AT-GTT-G-A-TG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TACGAG-CG-A---A-G-ACC----------
gi|27848                      :                                                                                                           -AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27849                      :                                                                                atcatatgctttgaacatacaatgtattgtataatcacaTT-GCA-CG-GTGCT--ATCC-ATT-G-G----TG-GAG-TG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A----C-ATC-----T-TTG-GC--A--AAT--AA--AATCAA--AC----TCTTCAT-
gi|27850                      :               tcattacttgcattgaattagaatttaaaatttgttgtaaatgttatttgt----GAAGAT--TGAAAT--TT-G-T-ATTCT-T-T--TTGCAT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A-AA-C-ATC-----T-TGG-GC--AT-AAT--AA--AAa
gi|27851                      :                                                                            CCTGAGGG--G--G-T-ATT-----A--T---AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCA--A-CC-TTT-G-G----TGCAAG-CA-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTTG--CC----TCTTCAT-TTAaattgtttggtt
gi|27852                      :                                                                          aggCTAAAGGAAT--G-ATATA-T-CGA--TTG-AT-AAT-AT-GTTTA-A-TG-GTGCT--A-T--GCT-GTG----TGTGAG-CG-A---A-GAATC----------CT-----A--A-AACC-ATG-----T-TA--AT--A--AAT--AAGGAA--AC--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27853                      :                                                                               tAAGGGAT--G-ATATA-T-C-G--ATA-AT-AAC-AT-GTT-A-A-TG-GCACT--A-CT-GCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CT--------A-AA-C-ATG-----T-T---GT--A--AAT--AA--AATAAC--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27854                      :                                                                                 AGG--T--GTA-ACT-T-A-A--T---AC-GGT-AT-GTT-G-A-CG-ATGCT--A-CC-GCT-G-G----TGC-------A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AATAAAA--AATCAG--CC----TCTTCA
gi|27855                      :                                                                                                             T-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27856                      :                                                                  tgaatgtccattatttcc--T--G-A-ATC-TAC-A--CT--AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CC-GTT-G-A----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27857                      :                                                                                                                                  TACT--A-CC-GTT-G-G----TGTAAG-AA-A---A-G-ACC----------C------A--A-AA-C-ATC-----T-T---CC--A--AAT--AA--AACCAA--GC----TCTTCAT-TTA
gi|27858                      :                                                                 tgaattttggtattcgtttcagctc-A-ATT-T-A-A--TC--AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGGC--A-CC-GTT-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CA-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---AC--A--A
gi|27859                      :                                                                                          -A-ATT-T-T-T--TTT-CT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--C-CG-GTT-G-G----TGTGAG-CA-A---A-G-ACC----------CTAATTAA--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--ATT--AA--AATCAG--CC----TCGTTATGTTA
gi|27860                      :                                                                                                             T-ATT-AT-GTA-G-A-CG-TTG-T--G-CC-ATT-T-G----TACGA--CG-G---A-G-ATC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--
gi|27861                      :                                                                                                        aatctT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC-----------------------------C-----T-T---GT--A--AAT--AC--AATCAG--CC----TCTTCAcagtaatattcaatta
gi|27862                      :                                                                                       attatatTT-T-T-A--TC--AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGTGAT-CA-A---A-G-ATC----------CT-----A--A-AG-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCGC--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27863                      :                                                                                                      --TTT-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27864                      :                                                                                    ttttgttgattT-T-C-A--CAA-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A---------ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27865                      :                                                                                               T-T-A-A--TTG-AT-A-T--T-GTT-G-A-CGAGTGCTG-A-GC-AT--G-A----TGCGAG-CA-ATTAATG-ACC----------CT-----A--A-CA-T-ATC-----T-TTGGGC--A--A-T--AA--A-TCAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27866                      :                                                                                                -T-T-A--TTA-AT-AATTAT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CT-GTT-G-AATGATGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A-----------T-----T-T---GC--A--AAT--AA--AGTCAG--CC----TCTGCAT-TTA
gi|27867                      :                                                                                                    -A--TTA-TT-AAT-AT-GTT-T-A-CG-GTGGT--A-CC-GTT-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CTTAATAA--A-AA-C-ATC-----T-T---GC-----AAT--AA--
gi|27868                      :                                                                                                      --TTC-AT-AAT-AT-GTT-T-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-A-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27869                      :                                                                                                         TA-AT-AAC-AT-GTT-A-ATCG-GCACTTTA-CTTGCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CTA----A--A-AA-C-ATT-----TGT---AT--A--AATA-AA--AATTAACCCC----TCTTCAT-TTA
gi|27870                      :                                                                                                         TA-AT-AAC-AT-GTT-A-ATCG-GCACTTTA-CTTGCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CTA----A--A-AA-C-ATT-----TGT---AT--A--AATA-AA--AATTAACCCC----TCTTCAT-TTA
gi|27871                      :                                                                                                         TG-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27872                      :                                                                                                         TG-AT-AAT-ATAGTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC----------GT-----A--
gi|27873                      :                                                                                                         TG-ATTAAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-TG-A---A-G-ATC----------CT-----A--G-GG-T-AGC-----T-T---G
gi|27874                      :                                                                                                                    T-GTT-T-A-CG--TGCT--A-C--GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----GTTA-AA-C-ATT-----C-T---GC--C--AAT--A
gi|27875                      :                                                                                                    taattat-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACCATTATGGCATTT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CT----TCTTCAT-TTA
gi|27876                      :                                                                                                             T-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--T-AA-C-AAC-----T-T---GC--A--AGT--AA--AATCAG--CA----TCTTCAT-TTA
gi|27877                      :                                                                                                         at-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGTT--A-CC-GTT-G-G----TGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ACCATGTTT-T---GC--A--AAG--AA--AA
gi|27878                      :                                                                                                             T-ACT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TACGAG-CG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A-AA-C-ACC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CCTCAATCTTCAT-TTAaa
gi|27879                      :                                                                                                                AT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-A-G----CGCGAG-CA-A---A-G-ACA----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--C--AAA--AA--AATCAG--CC----TCTTTA
gi|27880                      :                                                                                                  -C-A--TTT-A--AAT-AT-GCT-G-A--------T--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CT-----G--A-AA-T-ATT-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTAG--CC----TCTTCA
gi|27881                      :                                                                                                               aAT-AT-GTG-A-A-CA-GTGCA--A-CG-TTT-T-T----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC-----------T-----A--ATAA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AT--AATTAG--CC----TCTTCAT-TT
gi|27882                      :                                                                                                                AT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAT-TG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27883                      :                                                                                                                AT-AT-GTT-G-A-CG-ATGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGA--CG-A---A-G-ACC----------CTTG---G--A-AA-CTATT-----T-TTGGGCCTA--AAA--AA--AATAAG--
gi|27884                      :                                                                                                                  -AT-GTT-G-A-TG-GTGCT--A-CC-GTTTG-G----TGCGAG-CA-A---A-G-ACC----------CT-----A--ATAA-C-ATA-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27885                      :                                                                                                                  -AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TCCAAG-CG-A---A-G-TCC----------CT--------A-AA-C-ATC-----T-T---GT--A--A
gi|27886                      :                                                                                                                    T-GTT-G-A-CG-GTGAT--A-CC-GTT-G-T----TGCAAG-CG-A---A-A-ACT----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCA
gi|27887                      :                                                                                                                           -A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-C----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------GT-----A--A-AC-C-ATC-----T-A---AC--A--CAT--AA--ATTTAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27888                      :                                                                                                                                              TT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GT--A--AAT--AA--AATCAG--CT----TCTTCAC-TTA
gi|27889                      :                                                                                                                                              TN-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--
gi|27890                      :                                                                                                                                              TT-G-A----CGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---AC--ATGTAT--AA--AATCAG--CC----TCTGCAT-TTA


blockSeqs                     :                                                     AG           CACA        T     TCA   T T   C CG  GG  GC  T              T        TT    T       ATGA           TTA       ATTATGGCAT  AATTA TT T        ATGTT G TGG  CT TG   AA  GG      CC  TCAA       G
blockSeqs                     :                                                     TG           .           T     AAT   . T   . AC  .   G   .              T        TT    T       .              .         A           TAATA .  T        .     G TGG  .  C    A   .       CC  .          .
blockSeqs                     :                                                     A            .           T     GAT   . .   . C   .   G   .              .        G     .       .              .         .           TG    .  .        .     . TG   .  T    A   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                     .            .           T     TT    . .   . C   .   G   .              .        .     .       .              .         .           A     .  .        .     . GG   .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                  .           .     T     . .   . C   .   A   .              .        .     .       .              .         .           A     .  .        .     . A    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                              .     T     . .   . G   .   G   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                              .     T     . .   . T   .   A   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                    G     . .   . C   .   T   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                    T     . .   . A   .   T   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                    T     . .   . A   .   A   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                          . .   . T   .   G   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                          . .   . T   .   A   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                . C   .   A   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                . A   .   C   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                . T   .   A   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                . C   .   A   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                  .   .   G   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                      .   G   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                      .   G   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                      .   T   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .          .
blockSeqs                     :                                                                                                              .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .           
blockSeqs                     :                                                                                                              .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .           
blockSeqs                     :                                                                                                              .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .           
blockSeqs                     :                                                                                                              .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .           
blockSeqs                     :                                                                                                              .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .   .           
blockSeqs                     :                                                                                                              .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .       .               
blockSeqs                     :                                                                                                              .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .                       
blockSeqs                     :                                                                                                              .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .                       
blockSeqs                     :                                                                                                              .              .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .   .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                             .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .                           
blockSeqs                     :                                                                                                                             .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .    .                           
blockSeqs                     :                                                                                                                             .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .                                
blockSeqs                     :                                                                                                                             .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .                                
blockSeqs                     :                                                                                                                             .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .    .  .                                
blockSeqs                     :                                                                                                                             .        .     .       .              .         .           .     .  .        .     . .                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                             .        .     .       .              .         .           .     .                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                             .        .     .       .              .         .           .     .                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                             .        .     .       .              .         .           .     .                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                             .        .     .       .              .         .           .     .                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .     .       .              .         .           .     .                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .              .         .           .     .                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .              .         .           .     .                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                    .              .         .                                                                              


blockSeqCons                  :                                                     **
originalCons                  :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC-GTCATCACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA
finalCons                     :       GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC--TCATCACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TTG-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA





Alignments
lowQualScore                  :                                               22222          1111       11     11111                                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :                                               55555          2222       33     00000 666   2 444 22  9999  2   1  0   0 0 1  0     33 0  1   0 0 1111      0  0 111 0 0   4444444444  77777 11 2  1 1   22222 2 777  11 33   33  11      33  2222       1   
lowQualScore                  :                                               .....          ....       ..     ..... ...   . ... ..  ....  .   .  .   . . .  .     .. .  .   . . ....      .  . ... . .   ..........  ..... .. .  . .   ..... . ...  .. ..   ..  ..      ..  ....       .   
lowQualScore                  :                                               22222          1111       88     11111 999   2 111 55  2222  3   0  9   9 9 8  9     33 9  7   8 8 7777      8  8 444 8 8   4444444444  00000 11 0  0 0   44444 0 111  44 44   66  66      44  7777       5   
consensus                     : GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGCA-T--CATCACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TT--G-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA
Reference ( family-410 )      : GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC--T--CATCACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TT--G-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27842                      : GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGCA-T--CATCACGTTT----GAAGATCC-GAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TT--G-AT-TAC-AT-GTT-A-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT---A--AATAAG--CT----TCTTCAG-TTA
gi|27843                      : GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGCA-T--CATCACGTTT----GAAGATCC-GAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TT--G-AT-TAC-AT-GTT-A-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT---A--AATAAG--CT----TCTTCAG-TTA
gi|27844                      : GCGGGTCGATAAAGGAGATTGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGCAGT--CATCACGTTT----GAAGATCC-GAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TT--G-AT---T-AC-GTA-A-A-TG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAGACGAA---A-G-ACCA---------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--AC-AAT---A--AATAAG--CT----TCTTCAG-TTA
gi|27845                      : GCGGGTCGATAAAGGAGTTAGAGTATGACCCAGATACTCAGTCAGC--TGTCATAACGTTT----GAAGATCCTGAAGG--T--G-A-ATT-T-C-A--TT--G-AT-TAC-AT-GTT-A-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATAAG--CC----TCTTCAG-TTA
gi|27846                      :                                     CCCATTCACC--T--CATTAAATCT----GGAG-TC----AAC--T--G-T-ATC-C-C-A--TTCTA-ATTAAC-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-GTG-----T-T---GC--A--AAT--AA--ATTTAG--TC----TCTTCAT-TTA
gi|27847                      :                                         GTCAGC--C--CACCATGCTTCACAGAAGA----GAGGC--TCAG-C-ATT-T-G-AGGTC--A-GT-AAT-AT-GTT-G-A-TG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TACGAG-CG-A---A-G-ACC----------
gi|27848                      :                                                                                                         -AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27849                      :                                                                              atcatatgctttgaacatacaatgtattgtataatcacaTT-GCA-CG-GTGCT--ATCC-ATT-G-G----TG-GAG-TG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A----C-ATC-----T-TTG-GC--A--AAT--AA--AATCAA--AC----TCTTCAT-
gi|27850                      :           tcattacttgcattgaattagaatttaaaatttgttgtaaatgttatttgt----GAAGAT--TGAAAT--TT-G-T-ATTCT-T-T--TT--GCAT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A-AA-C-ATC-----T-TGG-GC--AT-AAT--AA--AAa
gi|27851                      :                                                                        CCTGAGGG--G--G-T-ATT-----A--T-----AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCA--A-CC-TTT-G-G----TGCAAG-CA-A---A-G-ACC----------TT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTTG--CC----TCTTCAT-TTAaattgtttggtt
gi|27852                      :                                                                      aggCTAAAGGAAT--G-ATATA-T-CGA--TT--G-AT-AAT-AT-GTTTA-A-TG-GTGCT--A-T--GCT-GTG----TGTGAG-CG-A---A-GAATC----------CT-----A--A-AACC-ATG-----T-TA--AT--A--AAT--AAGGAA--AC--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27853                      :                                                                           tAAGGGAT--G-ATATA-T-C-G--AT--A-AT-AAC-AT-GTT-A-A-TG-GCACT--A-CT-GCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CT--------A-AA-C-ATG-----T-T---GT--A--AAT--AA--AATAAC--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27854                      :                                                                             AGG--T--GTA-ACT-T-A-A--T-----AC-GGT-AT-GTT-G-A-CG-ATGCT--A-CC-GCT-G-G----TGC-------A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AATAAAA--AATCAG--CC----TCTTCA
gi|27855                      :                                                                                                           T-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27856                      :                                                              tgaatgtccattatttcc--T--G-A-ATC-TAC-A--CT----AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CC-GTT-G-A----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27857                      :                                                                                                                                TACT--A-CC-GTT-G-G----TGTAAG-AA-A---A-G-ACC----------C------A--A-AA-C-ATC-----T-T---CC--A--AAT--AA--AACCAA--GC----TCTTCAT-TTA
gi|27858                      :                                                             tgaattttggtattcgtttcagctc-A-ATT-T-A-A--TC----AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGGC--A-CC-GTT-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CA-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---AC--A--A
gi|27859                      :                                                                                      -A-ATT-T-T-T--TT--T-CT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--C-CG-GTT-G-G----TGTGAG-CA-A---A-G-ACC----------CTAATTAA--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--ATT--AA--AATCAG--CC----TCGTTATGTTA
gi|27860                      :                                                                                                           T-ATT-AT-GTA-G-A-CG-TTG-T--G-CC-ATT-T-G----TACGA--CG-G---A-G-ATC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--
gi|27861                      :                                                                                                      aatctT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC-----------------------------C-----T-T---GT--A--AAT--AC--AATCAG--CC----TCTTCAcagtaatattcaatta
gi|27862                      :                                                                                   attatatTT-T-T-A--TC----AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGTGAT-CA-A---A-G-ATC----------CT-----A--A-AG-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCGC--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27863                      :                                                                                                  --TT--T-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27864                      :                                                                                ttttgttgattT-T-C-A--CA--A-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A---------ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27865                      :                                                                                           T-T-A-A--TT--G-AT-A-T--T-GTT-G-A-CGAGTGCTG-A-GC-AT--G-A----TGCGAG-CA-ATTAATG-ACC----------CT-----A--A-CA-T-ATC-----T-TTGGGC--A--A-T--AA--A-TCAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27866                      :                                                                                            -T-T-A--TT--A-AT-AATTAT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CT-GTT-G-AATGATGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A-----------T-----T-T---GC--A--AAT--AA--AGTCAG--CC----TCTGCAT-TTA
gi|27867                      :                                                                                                -A--TT--A-TT-AAT-AT-GTT-T-A-CG-GTGGT--A-CC-GTT-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CTTAATAA--A-AA-C-ATC-----T-T---GC-----AAT--AA--
gi|27868                      :                                                                                                  --TT--C-AT-AAT-AT-GTT-T-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-A-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27869                      :                                                                                                     T--A-AT-AAC-AT-GTT-A-ATCG-GCACTTTA-CTTGCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CTA----A--A-AA-C-ATT-----TGT---AT--A--AATA-AA--AATTAACCCC----TCTTCAT-TTA
gi|27870                      :                                                                                                     T--A-AT-AAC-AT-GTT-A-ATCG-GCACTTTA-CTTGCT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CTA----A--A-AA-C-ATT-----TGT---AT--A--AATA-AA--AATTAACCCC----TCTTCAT-TTA
gi|27871                      :                                                                                                     T--G-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27872                      :                                                                                                     T--G-AT-AAT-ATAGTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC----------GT-----A--
gi|27873                      :                                                                                                     T--G-ATTAAT-AT-GTT-G-A-CA-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-TG-A---A-G-ATC----------CT-----A--G-GG-T-AGC-----T-T---G
gi|27874                      :                                                                                                                  T-GTT-T-A-CG--TGCT--A-C--GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----GTTA-AA-C-ATT-----C-T---GC--C--AAT--A
gi|27875                      :                                                                                                  taattat-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-ATT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACCATTATGGCATTT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CT----TCTTCAT-TTA
gi|27876                      :                                                                                                           T-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--T-AA-C-AAC-----T-T---GC--A--AGT--AA--AATCAG--CA----TCTTCAT-TTA
gi|27877                      :                                                                                                       at-AT-AAT-AT-GTT-G-A-CG-GTGTT--A-CC-GTT-G-G----TGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ACCATGTTT-T---GC--A--AAG--AA--AA
gi|27878                      :                                                                                                           T-ACT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TACGAG-CG-A---A-G-ACC----------CC-----A--A-AA-C-ACC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CCTCAATCTTCAT-TTAaa
gi|27879                      :                                                                                                              AT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-A-G----CGCGAG-CA-A---A-G-ACA----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--C--AAA--AA--AATCAG--CC----TCTTTA
gi|27880                      :                                                                                              -C-A--TT--T-A--AAT-AT-GCT-G-A--------T--A-CC-GTT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ATC----------CT-----G--A-AA-T-ATT-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATTAG--CC----TCTTCA
gi|27881                      :                                                                                                             aAT-AT-GTG-A-A-CA-GTGCA--A-CG-TTT-T-T----TGCGAG-CG-T---A-G-ACC-----------T-----A--ATAA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AT--AATTAG--CC----TCTTCAT-TT
gi|27882                      :                                                                                                              AT-AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGAT-TG-A---A-G-ACC----------CT-----A--
gi|27883                      :                                                                                                              AT-AT-GTT-G-A-CG-ATGCT--A-CC-GTT-G-G----TGCGA--CG-A---A-G-ACC----------CTTG---G--A-AA-CTATT-----T-TTGGGCCTA--AAA--AA--AATAAG--
gi|27884                      :                                                                                                                -AT-GTT-G-A-TG-GTGCT--A-CC-GTTTG-G----TGCGAG-CA-A---A-G-ACC----------CT-----A--ATAA-C-ATA-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27885                      :                                                                                                                -AT-GTT-G-A-CG-GTGCT--A-CT-GTT-G-G----TCCAAG-CG-A---A-G-TCC----------CT--------A-AA-C-ATC-----T-T---GT--A--A
gi|27886                      :                                                                                                                  T-GTT-G-A-CG-GTGAT--A-CC-GTT-G-T----TGCAAG-CG-A---A-A-ACT----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--AAT--AA--AATCAG--CC----TCTTCA
gi|27887                      :                                                                                                                         -A-CG-GTGCT--A-CC-GTT-G-C----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------GT-----A--A-AC-C-ATC-----T-A---AC--A--CAT--AA--ATTTAG--CC----TCTTCAT-TTA
gi|27888                      :                                                                                                                                            TT-G-G----TGCGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GT--A--AAT--AA--AATCAG--CT----TCTTCAC-TTA
gi|27889                      :                                                                                                                                            TN-G-G----TGCAAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---GC--A--
gi|27890                      :                                                                                                                                            TT-G-A----CGTGAG-CG-A---A-G-ACC----------CT-----A--A-AA-C-ATC-----T-T---AC--ATGTAT--AA--AATCAG--CC----TCTGCAT-TTA