lowQualScore                  :                                                                    2222222222                        
lowQualScore                  :    1  0 11  22    11 11  11 111    0    0    3  0     0 5     0  0 7777777777 0 6666     11     66   
lowQualScore                  :    .  . ..  ..    .. ..  .. ...    .    .    .  .     . .     .  . .......... . ....     ..     ..   
lowQualScore                  :    8  8 11  99    11 11  11 444    8    5    0  8     8 5     8  8 5555555555 9 2222     22     44   
consensus                     : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTG-ATTGG-TTCATTT-GA-C----T-----T-T----AGCAA--CATTC-NTTA
Reference ( gi|96000 )        : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATCTG-ATTGG-TCCATTT-GA-C----A-----T-T----AGCAA--CATTC-ATTA
gi|96003                      : ATA-AT-T--TA---TTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATATG-ATTGG-TCCATTT-GA-C----T-----T-T----AGCAA--CATT
gi|96002                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--A--AC--T---TGTA-ACATGCACTCTG-ATTGG-TTCATTT-GA-C----C-----T-T----AGCAA--CATTttctat
gi|96009                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTC-ATTGG-TTCATTT-GG-CT---T-----T-T----AGCAA--CATTC-ATTAtttt
gi|95997                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--C--AA--T---TGTG-ACACGCAATCTG-ATTGG-TTCATTT-GA-C----T-----T-T----AGCAA--AATTC-TTTAt
gi|96004                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--G---TGTA-ACACACAATCTG-ATTGG-TTCATTT-GA-C----T-----T-T----AGCAA--AATTC-
gi|96008                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--G--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTG-ATTGG-TTCATTT-GA-T----T-----T-T----AGCAA--CATCC-ATTAtatat
gi|96010                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATTCAATTTG-ATTGG-TTCATTT-GA-CT---T-----T-T----GGCAA--CATTC-ATTAt
gi|96001                      : ATA-AT-T--CA--GTTT--C--AC--T---TGTA-ACACGCAATCTG-ATTGG-TTCATTT-GA-T----T-----T-T----ATCAA--CATTC-t
gi|96006                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATGTG-ATTGG-TTCA-AT-GA-C----T-----T-T----AGCAA--CATTC-tt
gi|95998                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTG-ATTGG-TTCATTT-GA-C----T-----T-T----AGCAA--GTTTC-TTTAtt
gi|96012                      : ATG-AT-T--AAG-ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTG-ATTGG-TTCATTC-GA-C----T-----T-T----CGCAA--CATTC-GTTAt
gi|96013                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--A--AC--T---TGTA-ACACTAAATTTG-ATCGG-TTCATTT-GA-C----T-----T-TC---AGCAA--CATTC-ATTt
gi|96007                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-GCAGGCAATCTG-ATTGG-GTCATTT-GA-C----T-----T-T----AGCAA--CAgt
gi|96018                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTTAATTTC-ATTGG-ATCATTT-GA-CT---T-----T-T----AGCAA--TATTC-ATTA
gi|96015                      : ATA-AT-T--TTTTATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTG-ACTGG-TTCATTT-GA-C----T-----TGT----AGCAA--CATTC-t
gi|96011                      : ATG-AT-T--TG--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTG-ATTGG-TTCATTC-AA-C----T-----T-G----ATCAA--CATTC-TTTA
gi|96005                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--C--AT--T---TGTA-ACACACAATTTG-ATTGG-TTCATTT-GC-C----T-----T-T----ATCAA--TATTC-TTTAt
gi|96020                      : ATA-AT-T--TA--GTTT--T--AC--T---TCTA-ACATTCAATTTG-ATTGG-TTCAATT-GA-CT---T-----T-T----AGCAA--CATGC-ATTAt
gi|96019                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATTCCGTTTG-ATTGG-TTCATTA-GA-CT---T-----T-T----ATCAA--CATTC-ATTAt
gi|96016                      : ATA-AT-T--TA--ACTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTG-ATAGA-TTCATTT-GA-CTTA-A-----T-TTAGCAGCAG--CATTC-TTTAt
gi|96017                      : ATA-AT-T--TG--AGTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTG-ATTGG-TTCATTT-GA-CT---T-----T-T----AGCCA--TATTt
gi|96021                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AA--T---TGTA-ACACTCAATTCG-ATTGG-TTCATTT-GA-CTTTAA-----A-T----AGCAA--CTTTgctt
gi|96014                      : ATA-GA-T--TA--ATAT--C--AC--T---TGTA-ACACGAAATCTG-ATTGG-TTCATTT-GA-T----T-----A-T----AGAAA--CATTC-
gi|96022                      : ATATAT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACTCTCAAT-TG-AATGG-TTCATTT-GA-C----T-----T-T----AGCTA--CATTtgtat
gi|96025                      : ATG-AT-A--TA--AGTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTC-ATTGG-TTTATTT-GA-C----AT----T-T----AGCTA--CATT
gi|96026                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCAATCTG-ATTGA-CTCATT
gi|96024                      : ATA-AT-C--TA--ATTT--TTAAA--T---TTTA-ACACGCAATTTA-ATTGC-TTAATTT-AA-C----T-----T-T----AGCAA--CATT
gi|95999                      : ATA-AT-TCTTT--ATTT--C--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTG-ATTGG-TTCA-TT-GA-T----------T-T----AGCAA--GTTTCTATTAgttta
gi|96029                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATCTG-ATTGG-CTGAAAC-AA-G----A-----T-TG---AGCAA--CATt
gi|96030                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATTTG-ATTGG-CTGAAAC-AA-G----A-----T-TG---AGCAA--CATTT-GTTA
gi|96035                      : ATA-AT-C--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATATG-ATTAG-t
gi|96033                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATTTG-ATTGG--CTA----AA-C----ACAGATT-C----AGCAA--CATct
gi|96031                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--G--AC--T---TGTA-ACACGCAATATG-ATTGG-
gi|96028                      : ATATAT-A--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-GCACGCAATCTG-ATTTG-TTCATTT-ct
gi|96023                      : ACA-ATAT--TA--CTAT--A--AC--T---T-TA-ACACGTAATTTG-ATTGG-TTCATTT-GA-T----T-----T-T----ATCAA--CATTC-TTTA
gi|96027                      : ATG-AT-T--TA--ATTT-----AG--A---TGTT-AAATGTAATTTG-ATTGG-TTCATCT-GA-C----T-----T-C----AGCTA--CATTC-TTTAt
gi|96032                      : ATG-AT-T--TA--AATT--T--AC--T---TGTATACACGCAATTTG-ATGGGTTTCA-TT-GA-G----T-----T-T----ATCAA--
gi|96034                      : ATA-AT-T--AA--ATTT--T--AT--T---TATA-ACATGCAATCTG-ACT-------------------------T-T----AGCAA--CATTC-TTTAtgtcaaacattcttt
gi|96036                      :  TN-AT-T--TA--ACTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTG-ATAGA-TTCATTT-GA-CTTA-A-----T-TTAGCAGCAG--CATTC-TTTA
gi|96037                      :  TA-AT-T--T----TTT--T--TCCAT---TGTA-AAACACAATCTG-ACTGG-TTCATTC-AA-C----T-----T-C----ATCAA--CATTt
gi|96038                      :  TA-AT-T--TA--ATAT--T--CG--A---TATA-ACAAGCAATCTGAATTGG-TTCATTT-TA-C----T-----T-T----AGAAA--
gi|96039                      :    -AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTG-ATTGG-TTCAATT-GA-C----T-----T-T----GGCAA--CATTC-ATTA
gi|96041                      :    -AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTG-ATTTG-CTCATCT-AA-C----------T-T----TGCAA--CATTC-CTTAt
gi|96042                      :    -AT-T--TA--ATTT--C--AT--T---TGCA-AAACGCTATTTG-ATTGG-TTCATCT-TA-C----
gi|96043                      :      T-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCACTTTT-ATTGG-TTCATTT-TA-C----T-----T-C----AGCAA--CATTC-TTTAtt
gi|96044                      :      T-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-AACCTCAATTTG-ATTGG-TTCGTTT-GA-CT---T-----T-T----AGCAt
gi|96047                      :      T-T--TA--CTTT--T--AT--TAAATGTT--CACTAAATTTG-ATTGG-TTCATTTTGA-C----T-----T-T----AGCAA--CATTC-ATTA
gi|96045                      :      T-T--TATCATTT--T------T---TGTA-ACACTTATTTTG-ATTGG-TTCATTG-GA-C----T-----A-T----AGCAA--CATTC-TTTAt
gi|96046                      :      T-C--TA--GTTT--G--A---T---TGTA-AAACATAATCTG-ATTGG-CTCATTT-GA-C----T-----C-T----ACCAA--CATTt
gi|96049                      :         --TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACCCAATTTG-ATTGG-TTCATTA-GATT----T-----T-T----ATTAA--CATCT-GTTAgttttat
gi|96040                      :             --ATTTGAT--AC--T---TGTA-ACACGTAATCTG-ATTAG-TTCATTT-GA-C----T-----T-T----AGCAAAGAATTC-TTTAt
gi|96048                      :                                               TG-ATTGG-TTCATTT-GA-C----T-----T-T----AGCAA--CATTC-ATTAt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                         1111                                  
lowQualScore                  :    1  0 11  22    11 11  11 111    0    0        0    0  11111     0  0 0000  7777777 0   2222222  11     1   
lowQualScore                  :    .  . ..  ..    .. ..  .. ...    .    .        .    .  .....     .  . ....  ....... .   .......  ..     .   
lowQualScore                  :    8  8 11  99    11 11  11 333    8    3        8    8  99999     8  8 0000  9999999 8   7777777  22     0   
consensus                     : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATTCTTTA
Reference ( family-393 )      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATTCNTTA
gi|95997                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--C--AA--T---TGTG-ACACGCAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--AATTCTTTA
gi|95998                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--GTTTCTTTA
gi|95999                      : ATA-AT-TCTTT--ATTT--C--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CA-TT-GA------TT-------T-AGC-------AA--t
gi|96000                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATCTGA-TTGG-TC-----CATTT-GA-C----AT-------T-AGC-------AA--CATTCATTAgtttctattat
gi|96001                      : ATA-AT-T--CA--GTTT--C--AC--T---TGTA-ACACGCAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-ATC-------AA--CATTCT
gi|96002                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--A--AC--T---TGTA-ACATGCACTCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----CT-------T-AGC-------AA--CATTTTTT
gi|96003                      : ATA-AT-T--TA---TTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTGG-TC-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATTTTCTA
gi|96004                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--G---TGTA-ACACACAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--AATTCt
gi|96005                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--C--AT--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GC-C----TT-------T-ATC-------AA--TATTCTTTAtatat
gi|96006                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATGTGA-TTGG-TT-----CA-AT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATTCTt
gi|96007                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-GCAGGCAATCTGA-TTGG-GT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CA
gi|96008                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--G--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-AGC-------AA--CATCCATTA
gi|96009                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTCA-TTGG-TT-----CATTT-GG-CT---TT-------T-AGC-------AA--CATTCATTAt
gi|96010                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-GGC-------AA--CATTCATTAt
gi|96011                      : ATG-AT-T--TG--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTC-AA-C----TT-------G-ATC-------AA--CATTCTTTAt
gi|96012                      : ATG-AT-T--AAG-ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTC-GA-C----TT-------T-CGC-------AA--CATTCGTTAt
gi|96013                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--A--AC--T---TGTA-ACACTAAATTTGA-TCGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------TCAGC-------AA--CATTCATTt
gi|96014                      : ATA-GA-T--TA--ATAT--C--AC--T---TGTA-ACACGAAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TA-------T-AGA-------AA--CATTCTGTAgt
gi|96015                      : ATA-AT-T--TTTTATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-CTGG-TT-----CATTT-GA-C----TTG------T-AGC-------AA--CATTCt
gi|96016                      : ATA-AT-T--TA--ACTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TAGA-TT-----CATTT-GA-C----TTAATTTAGC-AGC-------AG--CATTCTTTA
gi|96017                      : ATA-AT-T--TG--AGTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------CA--TATTGCTTt
gi|96018                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTTAATTTCA-TTGG-AT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------AA--TATTCATTA
gi|96019                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATTCCGTTTGA-TTGG-TT-----CATTA-GA-CT---TT-------T-ATC-------AA--CATTCATTAt
gi|96020                      : ATA-AT-T--TA--GTTT--T--AC--T---TCTA-ACATTCAATTTGA-TTGG-TT-----CAATT-GA-CT---TT-------T-AGC-------AA--CATGCATTAt
gi|96021                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AA--T---TGTA-ACACTCAATTCGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TTTAAA---T-AGC-------AA--CTTTt
gi|96022                      : ATATAT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACTCTCAATT-GA-ATGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------TA--CATT
gi|96023                      : ACA-ATAT--TA--CTAT--A--AC--T---T-TA-ACACGTAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-ATC-------AA--CATTCTTTA
gi|96024                      : ATA-AT-C--TA--ATTT--TTAAA--T---TTTA-ACACGCAATTTAA-TTGC-TT-----AATTT-AA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATTGTTTAt
gi|96025                      : ATG-AT-A--TA--AGTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTCA-TTGG-TT-----TATTT-GA-CA---TT-------T-AGC-------TA--CATT
gi|96026                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCAATCTGA-TTGA-CT-----CATT
gi|96027                      : ATG-AT-T--TA--ATTT-----AG--A---TGTT-AAATGTAATTTGA-TTGG-TT-----CATCT-GA-C----TT-------C-AGC-------TA--CATTCTTTA
gi|96028                      : ATATAT-A--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-GCACGCAATCTGA-TTTG-TT-----CATTT-
gi|96029                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATCTGA-TTGG-CT-----GA----AA-CAAGATT-------G-AGC-------AA--CAT
gi|96030                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATTTGA-TTGG-CT-----GA----AA-CAAGATT-------G-AGC-------AA--CATTTGTTA
gi|96031                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--G--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTGG-CT-----t
gi|96032                      : ATG-AT-T--TA--AATT--T--AC--T---TGTATACACGCAATTTGA-TGGGTTT-----CA-TT-GA-G----TT-------T-ATCAATGTCAAA--CATTCTTT
gi|96033                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATTTGA-TTGG-CTAAACACA----GA------TT-------C-AGC-------AA--CAT
gi|96034                      : ATA-AT-T--AA--ATTT--T--AT--T---TATA-ACATGCA--------------------ATCT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATTCTTTA
gi|96035                      : ATA-AT-C--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTAG-CT-----
gi|96036                      :  TN-AT-T--TA--ACTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TAGA-TT-----CATTT-GA-C----TTAATTTAGC-AGC-------AG--CATTCTTTA
gi|96037                      :  TA-AT-T--T----TTT--T--TCCAT---TGTA-AAACACAATCTGA-CTGG-TT-----CATTC-AA-C----TT-------C-ATC-------AA--CATTt
gi|96038                      :  TA-AT-T--TA--ATAT--T--CG--A---TATA-ACAAGCAATCTGAATTGG-TT-----CATTT-TA-C----TT-------T-AGA-------AA--
gi|96039                      :    -AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CAATT-GA-C----TT-------T-GGC-------AA--CATTCATTA
gi|96040                      :             --ATTTGAT--AC--T---TGTA-ACACGTAATCTGA-TTAG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AAAGAATTCTTTAt
gi|96041                      :    -AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TTTG-CT-----CATCT-AA-C----TT-------T--GC-------AA--CATTCCTTAt
gi|96042                      :    -AT-T--TA--ATTT--C--AT--T---TGCA-AAACGCTATTTGA-TTGG-TT-----CATCT-TA-C----TT-------
gi|96043                      :      T-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCACTTTTA-TTGG-TT-----CATTT-TA-C----TT-------C-AGC-------AA--CATTCTTTA
gi|96044                      :      T-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-AACCTCAATTTGA-TTGG-TT-----CGTTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------At
gi|96045                      :      T-T--TATCATTT--T------T---TGTA-ACACTTATTTTGA-TTGG-TT-----CATTG-GA-C----TA-------T-AGC-------AA--CATTCTTTA
gi|96046                      :      T-C--TA--GTTT--G--A---T---TGTA-AAACATAATCTGA-TTGG-CT-----CATTT-GA-C----TC-------T-ACC-------AA--CATTGTTTt
gi|96047                      :      T-T--TA--CTTT--T--AT--TAAATGTT--CACTAAATTTGA-TTGG-TT-----CATTTTGA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATTCATTAtat
gi|96048                      :                                            ACTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATTCATTAt
gi|96049                      : ttaatttc--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACCCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTA-GATT----TT-------T-ATT-------AA--CATCTGTTAt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                         1111                                    
lowQualScore                  :    1  0 11  22    11 11  11 111    0    0        0    0  11111     0  0 0000  7777777 0   2222222  11    1 11   
lowQualScore                  :    .  . ..  ..    .. ..  .. ...    .    .        .    .  .....     .  . ....  ....... .   .......  ..    . ..   
lowQualScore                  :    8  8 11  99    11 11  11 333    8    3        8    8  99999     8  8 0000  9999999 8   7777777  22    0 55   
consensus                     : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
Reference ( family-393 )      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|95997                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--C--AA--T---TGTG-ACACGCAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--AATT-CT-TTA
gi|95998                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--GTTT-CT-TTA
gi|95999                      : ATA-AT-TCTTT--ATTT--C--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CA-TT-GA------TT-------T-AGC-------AA--GTTT-CTATTAt
gi|96000                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATCTGA-TTGG-TC-----CATTT-GA-C----AT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96001                      : ATA-AT-T--CA--GTTT--C--AC--T---TGTA-ACACGCAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-ATC-------AA--CATT-CT-
gi|96002                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--A--AC--T---TGTA-ACATGCACTCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----CT-------T-AGC-------AA--CATT-TT-TT
gi|96003                      : ATA-AT-T--TA---TTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTGG-TC-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-TT-CTA
gi|96004                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--G---TGTA-ACACACAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--AATT-CT-ATAt
gi|96005                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--C--AT--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GC-C----TT-------T-ATC-------AA--TATT-CT-TTAt
gi|96006                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATGTGA-TTGG-TT-----CA-AT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-t
gi|96007                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-GCAGGCAATCTGA-TTGG-GT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CA
gi|96008                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--G--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-AGC-------AA--CATC-CA-TTA
gi|96009                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTCA-TTGG-TT-----CATTT-GG-CT---TT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96010                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-GGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96011                      : ATG-AT-T--TG--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTC-AA-C----TT-------G-ATC-------AA--CATT-CT-TTAt
gi|96012                      : ATG-AT-T--AAG-ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTC-GA-C----TT-------T-CGC-------AA--CATT-CG-TTAt
gi|96013                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--A--AC--T---TGTA-ACACTAAATTTGA-TCGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------TCAGC-------AA--CATT-CA-TTt
gi|96014                      : ATA-GA-T--TA--ATAT--C--AC--T---TGTA-ACACGAAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TA-------T-AGA-------AA--CATT-CT-GTAgt
gi|96015                      : ATA-AT-T--TTTTATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-CTGG-TT-----CATTT-GA-C----TTG------T-AGC-------AA--CATT-Ct
gi|96016                      : ATA-AT-T--TA--ACTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TAGA-TT-----CATTT-GA-C----TTAATTTAGC-AGC-------AG--CATT-CT-TTA
gi|96017                      : ATA-AT-T--TG--AGTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------CA--TATTGCT-t
gi|96018                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTTAATTTCA-TTGG-AT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------AA--TATT-CA-TTA
gi|96019                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATTCCGTTTGA-TTGG-TT-----CATTA-GA-CT---TT-------T-ATC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96020                      : ATA-AT-T--TA--GTTT--T--AC--T---TCTA-ACATTCAATTTGA-TTGG-TT-----CAATT-GA-CT---TT-------T-AGC-------AA--CATG-CA-TTAt
gi|96021                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AA--T---TGTA-ACACTCAATTCGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TTTAAA---T-AGC-------AA--CTTT-t
gi|96022                      : ATATAT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACTCTCAATT-GA-ATGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------TA--CATT-
gi|96023                      : ACA-ATAT--TA--CTAT--A--AC--T---T-TA-ACACGTAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-ATC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96024                      : ATA-AT-C--TA--ATTT--TTAAA--T---TTTA-ACACGCAATTTAA-TTGC-TT-----AATTT-AA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-GT-TTAt
gi|96025                      : ATG-AT-A--TA--AGTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTCA-TTGG-TT-----TATTT-GA-CA---TT-------T-AGC-------TA--CATT-
gi|96026                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCAATCTGA-TTGA-CT-----CATT
gi|96027                      : ATG-AT-T--TA--ATTT-----AG--A---TGTT-AAATGTAATTTGA-TTGG-TT-----CATCT-GA-C----TT-------C-AGC-------TA--CATT-CT-TTA
gi|96028                      : ATATAT-A--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-GCACGCAATCTGA-TTTG-TT-----CATTT-
gi|96029                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATCTGA-TTGG-CT-----GA----AA-CAAGATT-------G-AGC-------AA--CAT
gi|96030                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATTTGA-TTGG-CT-----GA----AA-CAAGATT-------G-AGC-------AA--CATT-TG-TTA
gi|96031                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--G--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTGG-CT-----t
gi|96032                      : ATG-AT-T--TA--AATT--T--AC--T---TGTATACACGCAATTTGA-TGGGTTT-----CA-TT-GA-G----TT-------T-ATCAATGTCAAA--CATT-CT-TT
gi|96033                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATTTGA-TTGG-CTAAACACA----GA------TT-------C-AGC-------AA--CAT
gi|96034                      : ATA-AT-T--AA--ATTT--T--AT--T---TATA-ACATGCA--------------------ATCT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96035                      : ATA-AT-C--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTAG-CT-----
gi|96036                      :  TN-AT-T--TA--ACTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TAGA-TT-----CATTT-GA-C----TTAATTTAGC-AGC-------AG--CATT-CT-TTA
gi|96037                      :  TA-AT-T--T----TTT--T--TCCAT---TGTA-AAACACAATCTGA-CTGG-TT-----CATTC-AA-C----TT-------C-ATC-------AA--CATT-t
gi|96038                      :  TA-AT-T--TA--ATAT--T--CG--A---TATA-ACAAGCAATCTGAATTGG-TT-----CATTT-TA-C----TT-------T-AGA-------AA--
gi|96039                      :    -AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CAATT-GA-C----TT-------T-GGC-------AA--CATT-CA-TTA
gi|96040                      :             --ATTTGAT--AC--T---TGTA-ACACGTAATCTGA-TTAG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AAAGAATT-CT-TTAt
gi|96041                      :    -AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TTTG-CT-----CATCT-AA-C----TT-------T--GC-------AA--CATT-CC-TTAt
gi|96042                      :    -AT-T--TA--ATTT--C--AT--T---TGCA-AAACGCTATTTGA-TTGG-TT-----CATCT-TA-C----TT-------
gi|96043                      :      T-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCACTTTTA-TTGG-TT-----CATTT-TA-C----TT-------C-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96044                      :      T-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-AACCTCAATTTGA-TTGG-TT-----CGTTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------At
gi|96045                      :      T-T--TATCATTT--T------T---TGTA-ACACTTATTTTGA-TTGG-TT-----CATTG-GA-C----TA-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96046                      :      T-C--TA--GTTT--G--A---T---TGTA-AAACATAATCTGA-TTGG-CT-----CATTT-GA-C----TC-------T-ACC-------AA--CATT-GT-TTt
gi|96047                      :      T-T--TA--CTTT--T--AT--TAAATGTT--CACTAAATTTGA-TTGG-TT-----CATTTTGA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAtat
gi|96048                      :                                            ACTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96049                      : ttaatttc--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACCCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTA-GATT----TT-------T-ATT-------AA--CATt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                         1111                                    
lowQualScore                  :    1  0 11  22    11 11  11 111    0    0        0    0  11111     0  0 0000  7777777 0   2222222  11    1 11   
lowQualScore                  :    .  . ..  ..    .. ..  .. ...    .    .        .    .  .....     .  . ....  ....... .   .......  ..    . ..   
lowQualScore                  :    8  8 11  99    11 11  11 333    8    3        8    8  99999     8  8 0000  9999999 8   7777777  22    0 55   
consensus                     : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
Reference ( family-393 )      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|95997                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--C--AA--T---TGTG-ACACGCAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--AATT-CT-TTA
gi|95998                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--GTTT-CT-TTA
gi|95999                      : ATA-AT-TCTTT--ATTT--C--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CA-TT-GA------TT-------T-AGC-------AA--GTTT-CTATTAt
gi|96000                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATCTGA-TTGG-TC-----CATTT-GA-C----AT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96001                      : ATA-AT-T--CA--GTTT--C--AC--T---TGTA-ACACGCAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-ATC-------AA--CATT-CT-
gi|96002                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--A--AC--T---TGTA-ACATGCACTCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----CT-------T-AGC-------AA--CATT-TT-TT
gi|96003                      : ATA-AT-T--TA---TTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTGG-TC-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-TT-CTA
gi|96004                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--G---TGTA-ACACACAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--AATT-CT-ATAt
gi|96005                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--C--AT--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GC-C----TT-------T-ATC-------AA--TATT-CT-TTAt
gi|96006                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATGTGA-TTGG-TT-----CA-AT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-t
gi|96007                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-GCAGGCAATCTGA-TTGG-GT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CA
gi|96008                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--G--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-AGC-------AA--CATC-CA-TTA
gi|96009                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTCA-TTGG-TT-----CATTT-GG-CT---TT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96010                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-GGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96011                      : ATG-AT-T--TG--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTC-AA-C----TT-------G-ATC-------AA--CATT-CT-TTAt
gi|96012                      : ATG-AT-T--AAG-ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTC-GA-C----TT-------T-CGC-------AA--CATT-CG-TTAt
gi|96013                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--A--AC--T---TGTA-ACACTAAATTTGA-TCGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------TCAGC-------AA--CATT-CA-TTt
gi|96014                      : ATA-GA-T--TA--ATAT--C--AC--T---TGTA-ACACGAAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TA-------T-AGA-------AA--CATT-CT-GTAgt
gi|96015                      : ATA-AT-T--TTTTATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-CTGG-TT-----CATTT-GA-C----TTG------T-AGC-------AA--CATT-Ct
gi|96016                      : ATA-AT-T--TA--ACTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TAGA-TT-----CATTT-GA-C----TTAATTTAGC-AGC-------AG--CATT-CT-TTA
gi|96017                      : ATA-AT-T--TG--AGTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------CA--TATTGCT-t
gi|96018                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTTAATTTCA-TTGG-AT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------AA--TATT-CA-TTA
gi|96019                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATTCCGTTTGA-TTGG-TT-----CATTA-GA-CT---TT-------T-ATC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96020                      : ATA-AT-T--TA--GTTT--T--AC--T---TCTA-ACATTCAATTTGA-TTGG-TT-----CAATT-GA-CT---TT-------T-AGC-------AA--CATG-CA-TTAt
gi|96021                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AA--T---TGTA-ACACTCAATTCGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TTTAAA---T-AGC-------AA--CTTT-t
gi|96022                      : ATATAT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACTCTCAATT-GA-ATGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------TA--CATT-
gi|96023                      : ACA-ATAT--TA--CTAT--A--AC--T---T-TA-ACACGTAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-ATC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96024                      : ATA-AT-C--TA--ATTT--TTAAA--T---TTTA-ACACGCAATTTAA-TTGC-TT-----AATTT-AA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-GT-TTAt
gi|96025                      : ATG-AT-A--TA--AGTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTCA-TTGG-TT-----TATTT-GA-CA---TT-------T-AGC-------TA--CATT-
gi|96026                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCAATCTGA-TTGA-CT-----CATT
gi|96027                      : ATG-AT-T--TA--ATTT-----AG--A---TGTT-AAATGTAATTTGA-TTGG-TT-----CATCT-GA-C----TT-------C-AGC-------TA--CATT-CT-TTA
gi|96028                      : ATATAT-A--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-GCACGCAATCTGA-TTTG-TT-----CATTT-
gi|96029                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATCTGA-TTGG-CT-----GA----AA-CAAGATT-------G-AGC-------AA--CAT
gi|96030                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATTTGA-TTGG-CT-----GA----AA-CAAGATT-------G-AGC-------AA--CATT-TG-TTA
gi|96031                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--G--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTGG-CT-----t
gi|96032                      : ATG-AT-T--TA--AATT--T--AC--T---TGTATACACGCAATTTGA-TGGGTTT-----CA-TT-GA-G----TT-------T-ATCAATGTCAAA--CATT-CT-TT
gi|96033                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATTTGA-TTGG-CTAAACACA----GA------TT-------C-AGC-------AA--CAT
gi|96034                      : ATA-AT-T--AA--ATTT--T--AT--T---TATA-ACATGCA--------------------ATCT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96035                      : ATA-AT-C--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTAG-CT-----
gi|96036                      :  TN-AT-T--TA--ACTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TAGA-TT-----CATTT-GA-C----TTAATTTAGC-AGC-------AG--CATT-CT-TTA
gi|96037                      :  TA-AT-T--T----TTT--T--TCCAT---TGTA-AAACACAATCTGA-CTGG-TT-----CATTC-AA-C----TT-------C-ATC-------AA--CATT-t
gi|96038                      :  TA-AT-T--TA--ATAT--T--CG--A---TATA-ACAAGCAATCTGAATTGG-TT-----CATTT-TA-C----TT-------T-AGA-------AA--
gi|96039                      :    -AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CAATT-GA-C----TT-------T-GGC-------AA--CATT-CA-TTA
gi|96040                      :             --ATTTGAT--AC--T---TGTA-ACACGTAATCTGA-TTAG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AAAGAATT-CT-TTAt
gi|96041                      :    -AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TTTG-CT-----CATCT-AA-C----TT-------T--GC-------AA--CATT-CC-TTAt
gi|96042                      :    -AT-T--TA--ATTT--C--AT--T---TGCA-AAACGCTATTTGA-TTGG-TT-----CATCT-TA-C----TT-------
gi|96043                      :      T-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCACTTTTA-TTGG-TT-----CATTT-TA-C----TT-------C-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96044                      :      T-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-AACCTCAATTTGA-TTGG-TT-----CGTTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------At
gi|96045                      :      T-T--TATCATTT--T------T---TGTA-ACACTTATTTTGA-TTGG-TT-----CATTG-GA-C----TA-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96046                      :      T-C--TA--GTTT--G--A---T---TGTA-AAACATAATCTGA-TTGG-CT-----CATTT-GA-C----TC-------T-ACC-------AA--CATT-GT-TTt
gi|96047                      :      T-T--TA--CTTT--T--AT--TAAATGTT--CACTAAATTTGA-TTGG-TT-----CATTTTGA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAtat
gi|96048                      :                                            ACTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96049                      : ttaatttc--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACCCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTA-GATT----TT-------T-ATT-------AA--CATt


blockSeqs                     :    T    CT  TT    GA TA  CA AAA                          AAACA          AAGA  AATTTAG     AATGTCA  AG      TA
blockSeqs                     :    T    .   TC    .  .   .  .                            .              AAGA  AATTTAG     .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   G     .  .   .  .                            .              T     TAAA        .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              T     G           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              T     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              T     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              T     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              T     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              A     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              T     .           .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       G 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       G 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       C 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       T 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .       A 
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .         
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .         
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .         
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .         
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .         
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .         
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .         
blockSeqs                     :    .    .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .         
blockSeqs                     :         .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .         
blockSeqs                     :         .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .        .         
blockSeqs                     :         .   .     .  .   .  .                            .              .     .           .                  
blockSeqs                     :         .   .     .  .   .  .                            .              .     .                              
blockSeqs                     :         .   .     .  .   .  .                            .                                                   
blockSeqs                     :         .   .     .  .   .  .                            .                                                   
blockSeqs                     :             .     .  .   .  .                            .                                                   
blockSeqs                     :                                                          .                                                   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
finalCons                     : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                         1111                                    
lowQualScore                  :    1  0 11  22    11 11  11 111    0    0        0    0  11111     0  0 0000  7777777 0   2222222  11    1 11   
lowQualScore                  :    .  . ..  ..    .. ..  .. ...    .    .        .    .  .....     .  . ....  ....... .   .......  ..    . ..   
lowQualScore                  :    8  8 11  99    11 11  11 333    8    3        8    8  99999     8  8 0000  9999999 8   7777777  22    0 55   
consensus                     : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
Reference ( family-393 )      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|95997                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--C--AA--T---TGTG-ACACGCAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--AATT-CT-TTA
gi|95998                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--GTTT-CT-TTA
gi|95999                      : ATA-AT-TCTTT--ATTT--C--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CA-TT-GA------TT-------T-AGC-------AA--GTTT-CTATTAt
gi|96000                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATCTGA-TTGG-TC-----CATTT-GA-C----AT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96001                      : ATA-AT-T--CA--GTTT--C--AC--T---TGTA-ACACGCAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-ATC-------AA--CATT-CT-
gi|96002                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--A--AC--T---TGTA-ACATGCACTCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----CT-------T-AGC-------AA--CATT-TT-TT
gi|96003                      : ATA-AT-T--TA---TTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTGG-TC-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-TT-CTA
gi|96004                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--G---TGTA-ACACACAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--AATT-CT-ATAt
gi|96005                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--C--AT--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GC-C----TT-------T-ATC-------AA--TATT-CT-TTAt
gi|96006                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATGTGA-TTGG-TT-----CA-AT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-t
gi|96007                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-GCAGGCAATCTGA-TTGG-GT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CA
gi|96008                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--G--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-AGC-------AA--CATC-CA-TTA
gi|96009                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTCA-TTGG-TT-----CATTT-GG-CT---TT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96010                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-GGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96011                      : ATG-AT-T--TG--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTC-AA-C----TT-------G-ATC-------AA--CATT-CT-TTAt
gi|96012                      : ATG-AT-T--AAG-ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTC-GA-C----TT-------T-CGC-------AA--CATT-CG-TTAt
gi|96013                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--A--AC--T---TGTA-ACACTAAATTTGA-TCGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------TCAGC-------AA--CATT-CA-TTt
gi|96014                      : ATA-GA-T--TA--ATAT--C--AC--T---TGTA-ACACGAAATCTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TA-------T-AGA-------AA--CATT-CT-GTAgt
gi|96015                      : ATA-AT-T--TTTTATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-CTGG-TT-----CATTT-GA-C----TTG------T-AGC-------AA--CATT-Ct
gi|96016                      : ATA-AT-T--TA--ACTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TAGA-TT-----CATTT-GA-C----TTAATTTAGC-AGC-------AG--CATT-CT-TTA
gi|96017                      : ATA-AT-T--TG--AGTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------CA--TATTGCT-t
gi|96018                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTTAATTTCA-TTGG-AT-----CATTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------AA--TATT-CA-TTA
gi|96019                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATTCCGTTTGA-TTGG-TT-----CATTA-GA-CT---TT-------T-ATC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96020                      : ATA-AT-T--TA--GTTT--T--AC--T---TCTA-ACATTCAATTTGA-TTGG-TT-----CAATT-GA-CT---TT-------T-AGC-------AA--CATG-CA-TTAt
gi|96021                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AA--T---TGTA-ACACTCAATTCGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TTTAAA---T-AGC-------AA--CTTT-t
gi|96022                      : ATATAT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACTCTCAATT-GA-ATGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------TA--CATT-
gi|96023                      : ACA-ATAT--TA--CTAT--A--AC--T---T-TA-ACACGTAATTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-T----TT-------T-ATC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96024                      : ATA-AT-C--TA--ATTT--TTAAA--T---TTTA-ACACGCAATTTAA-TTGC-TT-----AATTT-AA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-GT-TTAt
gi|96025                      : ATG-AT-A--TA--AGTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTCA-TTGG-TT-----TATTT-GA-CA---TT-------T-AGC-------TA--CATT-
gi|96026                      : ATA-AT-T--CA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCAATCTGA-TTGA-CT-----CATT
gi|96027                      : ATG-AT-T--TA--ATTT-----AG--A---TGTT-AAATGTAATTTGA-TTGG-TT-----CATCT-GA-C----TT-------C-AGC-------TA--CATT-CT-TTA
gi|96028                      : ATATAT-A--TA--ATTT--C--AC--T---TGTA-GCACGCAATCTGA-TTTG-TT-----CATTT-
gi|96029                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATCTGA-TTGG-CT-----GA----AA-CAAGATT-------G-AGC-------AA--CAT
gi|96030                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATTTGA-TTGG-CT-----GA----AA-CAAGATT-------G-AGC-------AA--CATT-TG-TTA
gi|96031                      : ATG-AT-T--TA--ATTT--G--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTGG-CT-----t
gi|96032                      : ATG-AT-T--TA--AATT--T--AC--T---TGTATACACGCAATTTGA-TGGGTTT-----CA-TT-GA-G----TT-------T-ATCAATGTCAAA--CATT-CT-TT
gi|96033                      : ATA-AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTT-ACAAGCAATTTGA-TTGG-CTAAACACA----GA------TT-------C-AGC-------AA--CAT
gi|96034                      : ATA-AT-T--AA--ATTT--T--AT--T---TATA-ACATGCA--------------------ATCT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96035                      : ATA-AT-C--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACGCAATATGA-TTAG-CT-----
gi|96036                      :  TN-AT-T--TA--ACTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TAGA-TT-----CATTT-GA-C----TTAATTTAGC-AGC-------AG--CATT-CT-TTA
gi|96037                      :  TA-AT-T--T----TTT--T--TCCAT---TGTA-AAACACAATCTGA-CTGG-TT-----CATTC-AA-C----TT-------C-ATC-------AA--CATT-t
gi|96038                      :  TA-AT-T--TA--ATAT--T--CG--A---TATA-ACAAGCAATCTGAATTGG-TT-----CATTT-TA-C----TT-------T-AGA-------AA--
gi|96039                      :    -AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACTCAATTTGA-TTGG-TT-----CAATT-GA-C----TT-------T-GGC-------AA--CATT-CA-TTA
gi|96040                      :             --ATTTGAT--AC--T---TGTA-ACACGTAATCTGA-TTAG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AAAGAATT-CT-TTAt
gi|96041                      :    -AT-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACACAATTTGA-TTTG-CT-----CATCT-AA-C----TT-------T--GC-------AA--CATT-CC-TTAt
gi|96042                      :    -AT-T--TA--ATTT--C--AT--T---TGCA-AAACGCTATTTGA-TTGG-TT-----CATCT-TA-C----TT-------
gi|96043                      :      T-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACATGCACTTTTA-TTGG-TT-----CATTT-TA-C----TT-------C-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96044                      :      T-T--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-AACCTCAATTTGA-TTGG-TT-----CGTTT-GA-CT---TT-------T-AGC-------At
gi|96045                      :      T-T--TATCATTT--T------T---TGTA-ACACTTATTTTGA-TTGG-TT-----CATTG-GA-C----TA-------T-AGC-------AA--CATT-CT-TTA
gi|96046                      :      T-C--TA--GTTT--G--A---T---TGTA-AAACATAATCTGA-TTGG-CT-----CATTT-GA-C----TC-------T-ACC-------AA--CATT-GT-TTt
gi|96047                      :      T-T--TA--CTTT--T--AT--TAAATGTT--CACTAAATTTGA-TTGG-TT-----CATTTTGA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAtat
gi|96048                      :                                            ACTTGA-TTGG-TT-----CATTT-GA-C----TT-------T-AGC-------AA--CATT-CA-TTAt
gi|96049                      : ttaatttc--TA--ATTT--T--AC--T---TGTA-ACACCCAATTTGA-TTGG-TT-----CATTA-GATT----TT-------T-ATT-------AA--CATt