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consensus                     :       GGGGTTGCTA-CCATTT-----------AAACAA-A---CT-TG----AA---------T-----------------G-----------------CTTC-CA-T----------------GTTAA-----TTTGAC-A---AA--CTG-N--ACA----C-T-GACTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-TTT-T--AA---A--N-A-TA---T------TTCC--CTA-TATA
Reference ( gi|23801 )        :       GGGGTTGCTA-CCATCT-----------AAACAA-A---CT-TG----AA---------T-----------------G-----------------CTTC-CA-A----------------GTTAA-----TTTGAC-A---AA--CTG-A--ACA----C-T-GTCTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-TTT-T--AA---A--T-A-TA---T------TTCC--CTA-TATA
gi|23804                      :       GGGGTTGCTA-CCATTT-----------AAACAA-A---CT-TG----AA---------T-----------------G-----------------CTTC-CA-A----------------GTTAA-----TTTGACAA---AA--CTG-A--ATA----C-T-GTCTGTTCT---T--G---A---G----A---A---A---A------A-ATT-T--TA---A--T-A-TA---T------TTCC--CTA-TATA
gi|23805                      :       GGGGTTGCTA-CCCTTT-----------AAACAA-A---CT-TG----CA---------T-----------------G-----------------CTTC-CA-A----------------GTTAA-----TTTGAC-G---AA--CTG-A--ACA----C-T-GTCTGTTCT---T--G---A---G----A---A---T---A------T-TTT-C--TA---A--T-A-TA---T------TTCC--CCA-
gi|23806                      :       GGGGTTGCTG-CCATTT-----------AAACAG-A---CT-TG----AA---------T-----------------G-----------------CTTC-CA-T----------------GTTAC-----TTTGAC-A---AA--CTG-T--ACA----A-T-GACTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-TTT-T--TA---A--T-A-TA---T------TTTC--CTA-TATA
gi|23808                      :       GGAATTGATA-CCATTT-----------AAACAA-A---CT-TG----AA---------C-----------------G-----------------CCTC-CT-T----------------GTTAA-----TTTGAC-A---AA--CAG-A--ACA----C-T-GACTGCTCT---T--G---G---G----G---A---G---A------T-TTT-T--AG---A--T-A-TA---T------TTTC--CTA-TATA
gi|23810                      :       GGGCTTGCTA-CCATTT-----------AAACAA-A---GT-TG----AA---------T-----------------G-----------------TTTC-CA-A----------------GTTAA-----TTTGAC-T---AA--TT--A--ACA----C-T-GTCTGTTCT---T--G---A---G----A---A-------A------T-TTT-----A---A--T-A-TA---T------ATCT--C-A-TATA
gi|23811                      :       GGGGTTGCTA-CAATTT-----------GAACAA-AAA-CG-TG----AA---------T-----------------G-----------------ATTC-CA-T----------------ATTAA-----TTTGAC-A---AA--CTG-A--ACA----C-T-GACTTTTC
gi|23812                      :       GGGG--GCTA-CCATTT-----------GAACAA-AATACG-TG----AA---------T-----------------G-----------------ATTC-CA-T----------------GTTAA-----TTTGAC-A---AA--CTG-A--GCA----C-T-GACTTTTC
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gi|23815                      :       GGGGTC---A-CCATTT-----------GAACAA-A---CT-TG----AA---------TATTCACTATACAATGATG-----------------CTTC-CA-T----------------ATTTA-----TTTGAC-A---AA--CTC-T--GCA----C-T-TGCAGTTCT---T--G---AGAAG----A---A---G---A------T-TTT-T--TA---A--G-A-TA---G------TTCC--CAA-TATA
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gi|23816                      :       GGGGTT---A-CCATTT-----------GAAGAA-T---CT-TG----AA---------TCTACACCATATATAGATA-----------------TTTC-TG-T----------------GTTAA-----TTCATC-A---AA--CTG-T--ACA----C-T-GACTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-TGT-T--TA---A--G-A-TA---T------TTAC--CTATTATA
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gi|23807                      :       GGGG--GCCA-ACATTT-----------GAACAA-A---AT-TG----AA---------TTTACACTATGCAATAATA-----------------CTTC-CA-T----------------GTTAA-----TTTCAC-A---AA--CTG-T--GCA----T-T-CAATGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-TTT-
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gi|23813                      :       GGAGTCGC----CATTT-----------GAACAA-A---CT-TG----AA---------T-----------------A-----------------TTCA-CA-ATACACTGATGTTTCATGTTTA-----TTTGAC-ATTTAA--CTC-T--GCA----C-T-TGCAGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-TTT-T--AA---G----A-TT---G------TTCC--CAA-TATAt
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gi|23823                      :        GGGGTGTT---CATTT-----------AAACTA-A---CT-TG----AA---------T-----------------G-----------------CTTC-CA-T----------------GTTAA-----TTTGAT-A---AA--CTG-A--ACA----C-C-AGCTGTTGT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-TTT-T--TATGCA--T-A-TA---
gi|23824                      :        GGGTGAGTA-TCATTT-----------AAAAAA-A---GT-TA----AA---------T-----------------G-----------------CTTC-CA-T----------------GTTGA-----TTTCAT-A---AA--TTG-A--TCA----C-T-AACTATTCT---T--G----------------A---G---A------T-TTT-T--AA---A--A-A-TATTTT------TTCA--CTA-TATA
gi|23825                      :        GGGTTGCTA-CCATAT-----------AAACAA-A---CT-TG----AA---------T-----------------G-----------------TTTC-CA-T----------------GTCAA-----TATATC-G---CA--TTG-A--AC-----T-T-GTCT
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gi|23827                      :            TGC-A-CCAT-T-----------AAACAA-A---CT-TA----AA---------T-----------------G-----------------CTTC-CA-A----------------GTTAA-----TT--GC-----AA--CTG-A--A-A----C-T-GTCTGTTTC---T--T---A---G----A---A---G---A------T-TTT-T--AA---A--T-AGCA---T------TTCC--CTA-TATA
gi|23828                      :            TGCTAACCATATTTAA-------AAAAAA-A---CT-TG----AACTCACTATAT-----------------A-----------------CTTG-T-------------------GTAAA-----TTTGGC-A---AA--CT--ATTACA----T-T-TGCTATTCT---T--G---A---G----A---G---G---A------C-GTT-T--TA---A--T-A-CA---T------TTCC--CTA-TATA
gi|23831                      :             GCTA-TCATTT-----------GAACAA-A---CT-CG----AA---------TCTACACTATACTATAATA-----------------CTTC-CA-T----------------GTTGA-----TTTCGC-A---AA--CTG-T--GCA----C-T-TATTGTTCTTCAT--C---A---G----A---A---G---A------T-TTT-T--CA---C--G-A-TA---T------TTCC--CTT-TATA
gi|23829                      :             GCCA-CCATTT-----------GAACAA-A---CT-TG----AA---------TCTTCACTATACAATGATG-----------------CTTC-CA-T----------------ATTTA-----TTTGAC-A---AA--CTT-T--TTA----C-T-TGCAGTTTT---T--G---A---G----A---G---GAAAA------T-TTT-T--AA---G----A-TA---T------TTCCTACTA-TA
gi|23830                      :             GCCA-TCATTT-----------GAACAA-A---CT-TG----AA---------TCTTCACTATATAATTATG-----------------CTTC-CA-T----------------ATTTA-----TTTGAC-A---AAATCTG-----CA----C-T-TGCAGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-TT
gi|23832                      :             GCCA-CCATTT-----------GAACAA-T---CT-TG----AA---------TATTCATTATATAATGATG-----------------CTTC-CG-T----------------GTTTA-----TTTGAC-A---AATTCTG-C--ACA----T----TCAGTTCT---T--GAGTA---G----A---A---G---A--------TTT-C--AA---A--G-A-TA---T------TTCC--
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gi|23838                      :                   CATTT-----------AAATAA-A---CT-TG----AA---------T-----------------G-----------------CTTC-CA-T----------------GTTAA-----TTTGAA-A---GA--CTG-A--ACA----C-C-AACTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---AAGATTTT-TTT-T--AT---A--G-A-TA---T------TCTC--CAA-TATA
gi|23839                      :                   CATTT-----------AAACAA-A---TT-TG----AG---------T-----------------G-----------------CTTT-AA-T----------------TTTAA-----TTTGAC-A---GA--CTG-A--GCA----C---AACTGTTCT---T--G---A---G----AAGGA---G---A------T-TTTAA--AA---A--G-A-TA---T------TCTC--ATA-TATA
gi|23842                      :                    ATTT-----------AAACAA-G---CT-TG----AA---------T-----------------G-----------------CTTC-AA-T----------------GATAA-----TTTGAC-A---TA--ATG-A--ACA----C-C-AACTGTTCT---T----------G----A---A---G---A------T-TTT-T--AA---
gi|23841                      :                    ATTT-----------AAAAAA-A---ATATA----AA---------T-----------------G-----------------CGTC-TA-T----------------ATTAA-----TTTGAC-A---AA--ATG-A--ACA----C-C-ACCTGTTCT---T--A---A---G----A---A---A---A------T-TTTAA--AA---A--G-A-TT---T------TTCC--TTA-TATA
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gi|23843                      :                    ATTT-----------AAACAA-G---CT-TG----AAA--------G-----------------G-----------------CTTC-AA-T----------------GATAA-----TTTGAC-A---TA--ATG-A--ACA----C-C-AACTGTTTT--------------G----A---A---G---A------T-TTT-T--AA---
gi|23834                      :                    ATCT-----------AAA----A---CTATGCAATAA---------T-----------------A-----------------CTTC-CA-T----------------GTTGA-----TTTGCA-A---AA--CT-----ACA----C-T-TACTGTTCT---T--G---A---GCAG-A---A---G---A------A-TTT-T--AC---C--G-A-TA---T------TTCC--CTA--ATA
gi|23844                      : accatttgaacaaaattggaTTT-----------GAACAA-A---CT-TG----AA---------T-----------------CTACACTATATACTAAATCTTC-CA-T----------------GTTCA-----TCAGGC-A---AA--TTG-T--GCA----C-T-TATTGTTCT---T--G---A---G----A---AAC-G---A------T-TTT-TA-AA---A--A-A-TA---T------TTCC--CTA-TAT
gi|23845                      :                                    AATAACA---CT-TC----CA---------T-----------------G------------------TTC-CA-T----------------GTTCA-----TTTGGG-A---AA--CTT-T--GCA----T-T-GACTGTTGT---T--G---A---G----A---C---A---A------T-TTT-TA-AA---A--G-A-TA---T------TTCC--CTA-TATA
gi|23821                      :                                         -A---CC-TG----AAGA-------T-----------------G-----------------CTTG-CA-T----------------ATTGA-----TT-----A---AA--CTA-A--TCATAGCC-T-TTCTGCTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-TTT-T--AA---T--G-A-TG---T------TTCC--CT
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gi|23848                      :                      gggggccaacatttgtacactatata-TG----GA---------T-----------------G-----------------TTCC-CA-T----------------GGCAA-----TTCGAC-A---AA--CTA-C--ACA----C-T-GATTGTTTT---T--G---A---G----A---A---A---A------A-TT----------A--T-A-TA---
gi|23802                      :                                                   ----AA---------T-----------------A-----------------CTTC-CA-T----------------GTTGA-----TTTGGC-A---AA--CTG-T--GCA----C-T-TACTGTTCT---TCAGC--A---G----A---A---G---A------T-TTT---------A--TGA-TA---T------TTCC--CTA-TATAa
gi|23849                      :         ggggaccaccatttgaataaaattgaatctaacctatacaat----AA---------T-----------------A-----------------CTTT-CA-T----------------GTTGA-----TTTGGC-A---AA--CTG-T--GCA----C-T-TACTGTTCT---T--A---A---G----C---AGGGG---A------T-TTT-T--TA---C--G-A-TA---T------TTCC--CTA-TATA
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gi|23820                      :                                  GGGG--GCTA-CCAT--TTGGAAAAATAACAAAAA----A-A---CG-TG-------------------GA---------T-----------------G-----------------AT----------------TC-CAAT-GTTAA-----TTTGAC-A---AA--CTG---ACA----CGGACTTTTAC---T--A---A---G----A---T---A---A------TCCTACTTT-T--ATA---A--GA-TG---T----
gi|23821                      :                                                                          -A---CC-TG-------------------AAGA-------T-----------------G-----------------CT----------------TG-CA-T-ATTGA-----TT-----A---AA--CTA-A-TCATAGCCTTTCTGCTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---T--GA-TG---T----TTCC--CT
gi|23822                      : ggggtccctgaaattaacaaacttgaattgcactGGGTTGCTA-CCAT--TT-----------AAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------C-----------------G-----------------CC----------------TC-CAAT-GTTAA-----TTTGTC-A---AA--CTG-A-ACA----CTGACTATTCC---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----GTT-A--G-A---A--TA-TA---T----TTTC--CTA-TATA
gi|23823                      :                                   GGGGTGTT---CAT--TT-----------AAACT----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-T-GTTAA-----TTTGAT-A---AA--CTG-A-ACA----CCAGCTGTTGT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--
gi|23824                      :                                   GGGTGAGTA-TCAT--TT-----------AAAAA----A-A---GT-TA-------------------AA---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-T-GTTGA-----TTTCAT-A---AA--TTG-A-TCA----CTAACTATTCT---T--G----------------A---G---A------T-----TTT-T--A-A---A--AA-TATTTT----TTCA--CTA-TATAtatgcatata
gi|23825                      :                                   GGGTTGCTA-CCAT--AT-----------AAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G-----------------TT----------------TC-CA-T-GTCAA-----T
gi|23826                      :                                    GGGTGCTA-TCAT--TTT----------AAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G------------------T----------------TC-CA-A-GTTAA-----TTTTAC-A---AA--CTG-A-ACA----TTGTCTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----GTT-A--C-A---A--TA-TC---T----TTCC--CTA-TATAatatcgcattgaacttgtct
gi|23827                      :                                       TGC-A-CCAT--T------------AAACA----A-A---CT-TA-------------------AA---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-A-GTTAA-----TT--GC-----AA--CTG-A-A-A----CTGTCTGTTTC---T--T---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---A--TAGCA---T----TTCC--CTA-TATA
gi|23828                      :                                       TGCTAACCATATTT-----------AAAAA----A-AAA-CT-TG-------------------AACTCACTATAT-----------------A-----------------CT----------------T---G-T-GTAAA-----TTTGGC-A---AA--CTA-TTACA----TTTGCTATTCT---T--G---A---G----A---G---G---A------C-----GTT-T--T-A---A--TA-CA---T----TTCC--CTA-TATA
gi|23829                      :                                        GCCA-CCAT--TT-----------GAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------TCTTCACTATACAATGATG-----------------CT----------------TC-CA-T-ATTTA-----TTTGAC-A---AA--CTT-T-TTA----CTTGCAGTTTT---T--G---A---G----A---G---GAAAA------T-----TTT-T----A---A--GA-TA---T----TTCCTACTA-TA
gi|23830                      :                                        GCCA-TCAT--TT-----------GAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------TCTTCACTATATAATTATG-----------------CT----------------TC-CA-T-ATTTA-----TTTGAC-A---AA--ATC-T-GCA----CTTGCAGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----TT
gi|23831                      :                                        GCTA-TCAT--TT-----------GAACA----A-A---CT-CG-------------------AA---------TCTACACTATACTATAATA-----------------CT----------------TC-CA-T-GTTGA-----TTTCGC-A---AA--CTG-T-GCA----CTTATTGTTCTTCAT--C---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--C-A---C--GA-TA---T----TTCC--CTT-TATA
gi|23832                      :                                        GCCA-CCAT--TT-----------GAACA----A-T---CT-TG-------------------AA---------TATTCATTATATAATGATG-----------------CT----------------TC-CG-T-GTTTA-----TTTGAC-A---AATTCTG-C-ACA----TTCA--GTTCT---T--GAGTA---G----A---A---G---A------------TTT-C--A-A---A--GA-TA---T----TTCC--
gi|23833                      :                                          TA-CCAT--TT-----------GATCA----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-T-GTTAA-----TTTGAC-A---AA--CTT-A-ACA----CTGAGTGTTCT---T--G---G---A----A---A---G---G------T-----TTT-
gi|23834                      :                                           A-CCAT--TT-----------GAACA----A-A---AT-TGGAATCTAAAACTATGCAATAA---------T-----------------A-----------------CT----------------TC-CA-T-GTTGA-----TTTGCA-A---AA--CT----ACA----CTTACTGTTCT---T--GAGCA---G----A---A---G---A------A-----TTT-T--A-C---C--GA-TA---T----TTCC--CTA--ATA
gi|23835                      :                                            -CCAT--TT-----------TAACA----T-A---CT-TG-------------------AA---------TCTACACTATATATTGATG-----------------TT----------------TC-CA-T-GCTAA-----TTTGGC-A---AA--TTG-T-ACA----CGGACTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----CTT-T--T-A---A--AA-TA---T----TTTC--TTA-TATA
gi|23836                      :                                              CAT--TT-----------AAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G-----------------AT----------------TC-CA-T-GTTAA-----TTTGAC-A---GA--CTG-A-ACA----CCAACTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-C--T-C---C--TA-TA---T----ACGC--CTA-TGTA
gi|23837                      :                                              CAT--TT-----------TAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-T-GTTAA-----TATGAC-A---AA--CTG-A-ACA----CAAACTGTTCT---T--G---A---C----A---A---GA--A------T-----TTT-TTAA-A---A--CA-TA---T----TCTT--CTA-TATA
gi|23838                      :                                              CAT--TT-----------AAATA----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-T-GTTAA-----TTTGAA-A---GA--CTG-A-ACA----CCAACTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---AAGATTTT-----TTT-T--A-T---A--GA-TA---T----TCTC--CAA-TATA
gi|23839                      :                                              CAT--TT-----------AAACA----A-A---TT-TG-------------------AG---------T-----------------G-----------------CT----------------TT-AA-T-TTTAA-----TTTGAC-A---GA--CTG-A-GCA----C-AACTGTTCT---T--G---A---G----AAGGA---G---A------T-----TTTAA--A-A---A--GA-TA---T----TCTC--ATA-TATA
gi|23840                      :                                               AT--TT-----------AAACT----ATA---CA-TT-------------------AA---------T-----------------A-----------------CT----------------TC-CA-T-GTTGA-----TTTGGC-A---AA--CTT-T-GCA----CTTACTGTTCT---T--G---A---G----C---A---G---A------T-----TTT-T--------T--TA-CA---T----TTCC--C
gi|23841                      :                                               AT--TT-----------AAAAA----A-A---ATATA-------------------AA---------T-----------------G-----------------CG----------------TC-TA-T-ATTAA-----TTTGAC-A---AA--ATG-A-ACA----CCACCTGTTCT---T--A---A---G----A---A---A---A------T-----TTTAA--A-A---A--GA-TT---T----TTCC--TTA-TATA
gi|23842                      :                                               AT--TT-----------AAACA----A-G---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-AA-T-GATAA-----TTTGAC-A---TA--ATG-A-ACA----CCAACTGTTCT---T----------G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---
gi|23843                      :                                               AT--TT-----------AAACA----A-G---CT-TG-------------------AAA--------G-----------------G-----------------CT----------------TC-AA-T-GATAA-----TTTGAC-A---TA--ATG-A-ACA----CCAACTGTTTT--------------G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---
gi|23844                      :                                                T--TT-----------GAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------CTACACTATATACTAAATCT----------------TC-CA-T-GTTCA-----TCAGGC-A---AA--TTG-T-GCA----CTTATTGTTCT---T--G---A---G----A---AAC-G---A------T-----TTT-TA-A-A---A--AA-TA---T----TTCC--CTA-TAT
gi|23845                      :                                                                 AATA----ACA---CT-TC-------------------CA---------T-----------------G------------------T----------------TC-CA-T-GTTCA-----TTTGGG-A---AA--CTT-T-GCA----TTGACTGTTGT---T--G---A---G----A---C---A---A------T-----TTT-TA-A-A---A--GA-TA---T----TTCC--CTA-TATA
gi|23846                      :                                                                                T-TG-------------------A----------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-A-ATTTA-----TTTCAC-A---AA--CTC-T-GCA----CTTGCAGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---A--TA-TA---T----GTCC--CAA-TATA
gi|23847                      :                                                                                T-TC-------------------AA---------TA----------------G-----------------CT----------------TT-TA-T-GGTAA-----TTTGAC-A---AA--CCG-T-ACA----CTGACTGTTCT---T--C---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---A--TA-TG---T----TT-C--CTA-TATA
gi|23848                      :                                                                                 -TG-------------------GA---------T-----------------G-----------------TT----------------CC-CA-T-GGCAA-----TTCGAC-A---AA--CTA-C-ACA----CTGATTGTTTT---T--G---A---G----A---A---A---A------A-----TTA-T--A-
gi|23849                      :                                                                                    -------------------AA---------T-----------------A-----------------CT----------------TT-CA-T-GTTGA-----TTTGGC-A---AA--CTG-T-GCA----CTTACTGTTCT---T--A---A---G----C---AGGGG---A------T-----TTT-T--T-A---C--GA-TA---T----TTCC--CTA-TATAtaa
gi|23850                      :                                                                                                        A---------T-----------------G-----------------TT----------------TC-CA-C-GTTAA-----TTTAAC-A---AA--CTG-T-GCA----CTGGCTGTTCT---T--G---A---A----A---A---GT--A------A-----TCA-T--A-A---ACCTA-TA---T----T
gi|23851                      :                                                                                                        A---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-T-ATTTA-----TTTGAC-A---AA--CTC-T-GCA----CTTGCAATTCT---T--G---A---G----AAGGA---G---A------T-----TTT-T--T-A---A--GA-TA---T----TTCC--CGA-TATA
gi|23852                      :                                                                                                                                                                         C-CA-G-GTTGA-----TTTGGC-A---AA--CTG-T-GCA----CTTGTAGTTCT---T--G---A---GAAAAA---A---G---G------C-----TTT-T--A-A---A--GA-TA---T----TCCC--CAA-TA
gi|23853                      :                                                                                                                                                                                                -A---AA--TTG-A-ACA----ATGACTGTTC-------G---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A------CA-TA---T----TTTC--CTA-TATA


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blockSeqs                     :                                      T     .    .   T               .    C AA      .                    GA        ATTCACTATACAATGATG                   .                    A       .            .    .    TT    .     TG       .   .  AGC GAA .    AGG AC  A   T      A       A AT   .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . AA      .                    A         TTACACTATGCAATAATA                   .                    .       .            .    .    T     .     GT       .   .  C   .   .    .   .   A   .      .       . AA   .   G      .   .       .    .
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blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . .       .                    .         ATTCACTATACAATGATG                   .                    .       .            .    .    A     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . T    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . .       .                    .         CTACACCATATATAGATA                   .                    .       .            .    .    A     .     CA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . T    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . .       .                    .         CTTCACTATACAATGATG                   .                    .       .            .    .    T     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . T    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . .       .                    .         CTTCACTATATAATTATG                   .                    .       .            .    .    T     .     TG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   C      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . .       .                    .         CTACACTATACTATAATA                   .                    .       .            .    .    A     .     GT       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . .       .                    .         ATTCATTATATAATGATG                   .                    .       .            .    .    T     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . C    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      C     .    .   .               .    . .       .                    .         CTACACTATATATTGATG                   .                    .       .            .    .    A     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . T    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . .       .                    .         CTACACTATATACTAAAT                   .                    .       .            .    .    A     .     TG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . T    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . .       .                    .         AG                                   .                    .       .            .    .    A     .     TG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      G     .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   A      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     TG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      T     .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     AA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      G     .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . G    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      .     .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     TT       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      .     .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    C     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . C    .   A      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      .     .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     AG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      .     .    .   .               .    . .       .                    .         A                                    .                    .       .            .    .    A     .     AA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . T    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      .     .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     GT       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . C    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      .     .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     GT       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                      .     .    .   .               .    . .       .                    .         C                                    .                    .       .            .    .    A     .     TG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                            .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     TG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . T    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                            .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     TG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . T    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                            .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     TA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   A      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                            .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     CA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                            .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    C     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   C      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                            .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     TA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                            .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                            .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     AA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                            .    .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     AA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                                 .   .               .    . .       .                    .         A                                    .                    .       .            .    .    A     .     AA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   A      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                                 .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     AA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . T    .   G      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                                 .   .               .    . .       .                    .         A                                    .                    .       .            .    .    T     .     TA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   T      .   .       .    .
blockSeqs                     :                                                 .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     AC       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . T    .   T      .   .       .     
blockSeqs                     :                                                 .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     AA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   G      .   .       .     
blockSeqs                     :                                                 .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     AA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . A    .   G      .   .       .     
blockSeqs                     :                                                 .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     TA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . .    .   G      .   .             
blockSeqs                     :                                                 .   .               .    . .       .                    .         A                                    .                    .       .            .    .    T     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . .    .   C      .   .             
blockSeqs                     :                                                 .   .               .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     TG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . .    .                            
blockSeqs                     :                                                                     .    . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . .    .                            
blockSeqs                     :                                                                          . .       .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    C     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . .                                 
blockSeqs                     :                                                                                    .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     TA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       . .                                 
blockSeqs                     :                                                                                    .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     GG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       .                                   
blockSeqs                     :                                                                                    .                    .         G                                    .                    .       .            .    .    T     .     TG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       .                                   
blockSeqs                     :                                                                                    .                    .         A                                    .                    .       .            .    .    T     .     TG       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .       .                                   
blockSeqs                     :                                                                                                         .         G                                    .                    .       .            .    .    A     .     GA       .   .  .   .   .    .   .   .   .      .                                           
blockSeqs                     :                                                                                                         .         G                                    .                    .       .            .    .    .     .     T                                                                                           
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blockSeqCons                  :                                  
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finalCons                     :                                  GGGGTTGCTA-CCAT--TT-----------AAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-T-GTTAA-----TTTGAC-A---AA--CTG-N-ACA----CTNACTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---A--NA-TA---T----TTCC--CTA-TATA





Alignments
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lowQualScore                  :                                      2   4 2    33  33333333333     9999 8 000  8  3333333333333333333  000000000 88888888888888888888888888888888888  2222222222222222  8  5 8     99999      8 333  11   666   6666  44       444 11 666 888 7777 888 555 888 111111 88888   6 0000 666 333 0  777 0000    44   1    
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Reference ( family-391 )      :                                  GGGGTTGCTA-CCAT--TT-----------AAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-T-GTTAA-----TTTGAC-A---AA--CTG-N-ACA----CTNACTGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---A--NA-TA---T----TTCC--CTA-TATA
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gi|23842                      :                                               AT--TT-----------AAACA----A-G---CT-TG-------------------AA---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-AA-T-GATAA-----TTTGAC-A---TA--ATG-A-ACA----CCAACTGTTCT---T----------G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---
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gi|23844                      :                                                T--TT-----------GAACA----A-A---CT-TG-------------------AA---------T-----------------CTACACTATATACTAAATCT----------------TC-CA-T-GTTCA-----TCAGGC-A---AA--TTG-T-GCA----CTTATTGTTCT---T--G---A---G----A---AAC-G---A------T-----TTT-TA-A-A---A--AA-TA---T----TTCC--CTA-TAT
gi|23845                      :                                                                 AATA----ACA---CT-TC-------------------CA---------T-----------------G------------------T----------------TC-CA-T-GTTCA-----TTTGGG-A---AA--CTT-T-GCA----TTGACTGTTGT---T--G---A---G----A---C---A---A------T-----TTT-TA-A-A---A--GA-TA---T----TTCC--CTA-TATA
gi|23846                      :                                                                                T-TG-------------------A----------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-A-ATTTA-----TTTCAC-A---AA--CTC-T-GCA----CTTGCAGTTCT---T--G---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---A--TA-TA---T----GTCC--CAA-TATA
gi|23847                      :                                                                                T-TC-------------------AA---------TA----------------G-----------------CT----------------TT-TA-T-GGTAA-----TTTGAC-A---AA--CCG-T-ACA----CTGACTGTTCT---T--C---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A---A--TA-TG---T----TT-C--CTA-TATA
gi|23848                      :                                                                                 -TG-------------------GA---------T-----------------G-----------------TT----------------CC-CA-T-GGCAA-----TTCGAC-A---AA--CTA-C-ACA----CTGATTGTTTT---T--G---A---G----A---A---A---A------A-----TTA-T--A-
gi|23849                      :                                                                                    -------------------AA---------T-----------------A-----------------CT----------------TT-CA-T-GTTGA-----TTTGGC-A---AA--CTG-T-GCA----CTTACTGTTCT---T--A---A---G----C---AGGGG---A------T-----TTT-T--T-A---C--GA-TA---T----TTCC--CTA-TATAtaa
gi|23850                      :                                                                                                        A---------T-----------------G-----------------TT----------------TC-CA-C-GTTAA-----TTTAAC-A---AA--CTG-T-GCA----CTGGCTGTTCT---T--G---A---A----A---A---GT--A------A-----TCA-T--A-A---ACCTA-TA---T----T
gi|23851                      :                                                                                                        A---------T-----------------G-----------------CT----------------TC-CA-T-ATTTA-----TTTGAC-A---AA--CTC-T-GCA----CTTGCAATTCT---T--G---A---G----AAGGA---G---A------T-----TTT-T--T-A---A--GA-TA---T----TTCC--CGA-TATA
gi|23852                      :                                                                                                                                                                         C-CA-G-GTTGA-----TTTGGC-A---AA--CTG-T-GCA----CTTGTAGTTCT---T--G---A---GAAAAA---A---G---G------C-----TTT-T--A-A---A--GA-TA---T----TCCC--CAA-TA
gi|23853                      :                                                                                                                                                                                                -A---AA--TTG-A-ACA----ATGACTGTTC-------G---A---G----A---A---G---A------T-----TTT-T--A-A------CA-TA---T----TTTC--CTA-TATA