lowQualScore                  :                                                                                    22222222222222                                                                                                                                                                                                11111111111                           
lowQualScore                  :       22 1 2 22 1 222 99  4444 0 2222  222  0 0 3333 11 333 0 11 1 0 33   22  2222 00000000000000 22   33333  111 11 4444  2 0 1 4444 4444    0  0 0 0    1 222  0  22 0 2 1 2  1 1 1 555555 111 22 1 11 22  111 0 1 2222 333 1 222 1 1   3333 1  3 2 22 2 11 33 2  22 3 33   11 4  1 2 111    1 00000000000  2 11 222   66  1 2  6    
lowQualScore                  :       .. . . .. . ... ..  .... . ....  ...  . . .... .. ... . .. . . ..   ..  .... .............. ..   .....  ... .. ....  . . . .... ....    .  . . .    . ...  .  .. . . . .  . . . ...... ... .. . .. ..  ... . . .... ... . ... . .   .... .  . . .. . .. .. .  .. . ..   .. .  . . ...    . ...........  . .. ...   ..  . .  .    
lowQualScore                  :       44 0 0 44 0 666 44  2222 9 0000  999  9 9 8888 22 444 9 22 8 9 00   99  3333 11111111111111 33   88888  555 11 3333  5 8 6 1111 5555    9  9 9 9    6 222  9  22 9 7 9 8  9 0 9 777777 666 66 9 33 22  666 9 9 9999 555 0 666 0 0   9999 0  0 0 44 0 44 44 0  44 1 88   44 1  0 1 888    0 22222222222  1 44 888   44  1 1  7    
consensus                     : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-G-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG--C-G-C-------C-C--A--CCT-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGTAT
Reference ( gi|71600 )        : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-GAA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG--C-G-C-------T-C--A--CCT-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--T-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGAGTAT
gi|71602                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-A-G----A--T---C-G--A-A-A--TTT--GG--C-G-C-------C-C--A--CTT-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TA--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGAT-TT-T-GTGGTA
gi|71601                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-C-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG--C-G-C-------A-C--A--TCC-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TATT-CA-C-C-G-AC-A---TC-TG--T-T-T-A-TT-T-A-T----A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAG--G-AC-A-A---GAGA-T-T--T------TC-A--T---CATC-TT-T-GGAGTATctttaggaga
gi|71603                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-AAATTT--TG--C-G-C-------CAC--A--CCT-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---G-A---G-T-CCC----A-CT-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGGT-TT-G-GGGGTATtttaggagaaatt
gi|71606                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-C----AA---CA-G-A----G--T---C-C--A-A-A--TTT--GG--C-G-C-------C-A--A--CCT-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-C---C--A-T--C--AG---T-G-T----A---A-A---G-T-TCC----A-CT-T-GA-A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAAA-T-C--T------TC-A--T---TGTC-TT-TGGGGGTATtttaagagaaatt
gi|71608                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----A-T----AA---CA-ATG----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG--C-GGC-------C-C--A--CCT-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TGTT-CA-C-C-GAAT-----TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-TG---A-T---C--A-T--C--AA---T-G-TC---A---G-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--GT-T-TT--A-A--CAA--A-AC-A-A---GAG--T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GAGGTATtctaagagaaatt
gi|71604                      : ATCTAT--A-T-TT-A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-C--A-A-T--TTT--GG--C-G-C-------A-C--A--TCC-----TA---T--T----TAAT-T-C----A--C-T-TT-C--C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G--A-A--GTTT-TT--A-A--CAA--GAAC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaggaaaa
gi|71610                      : ATATAT--A-T-T--A-C---T--AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG--T-G-T-------C-A--A--CCT-----CA---T--T----TA-T-T-A----A--C-TGTT-CA-T-C-GGAC-A---TC-CA--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-C---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TTC----A-CT-T-G--A-A--G--A-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-TGGGGGTATtttaggagaaatt
gi|71607                      : ATCT-T--A-TAT--A-C---T-AAAC---T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG--C-G-C-------C-C--A--CC------TA---T--T----TA-T-T-T----C--C-TG-T-CA-C-C-GGAC-A---TC-AAT-T-T-T-A-TT-T-A-T----A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---GTT-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TTA-A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGATT-T--T------TC-A--T---CGTT-CT-T-GGGGTATtt
gi|71605                      : ATCTAT--G-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-A--A-A-A--TTT--GG--C-G-C-------A-C--A--TCC-----TA---T--T----CA-T-T-C----A--C-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G-------------------------------A-A---GATA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaggaagaaatt
gi|71611                      : ATCTAT--A-T-T--AAC---T-AAA----T-T----AA---CA-A-GA---G--TATAC-G--A-A-A--TTTTAGA--C-GAC-------C-C--A--CCT------A---T--C----TACT-T-C----A--C-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T---A-TT-T-A-T----A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----T---A-A---G-T-TCC----A-CC---G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GATA-T-C--T------TC-G--T---CGT--TT-T-GTAttcagaagaaatt
gi|71609                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA------------------------------------------A--TTT--GG--A-G-C-------A-C--A--TCC-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TGAT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-A-A-CT-C-A-T----A-G---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G--A-A--G--T-TTTAA-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C---------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTATattttaggagaa
gi|71612                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-A-G----G--TC--C-G--A-C-AT-TTT--GG--C-G-----------C--A--CAT-----TA---T--T----TT-T-T-C----A--C-TAGT-CA---C-GGAC-A---TC-TA----T-T-A-TT-G-ACT----A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----AC--T-A---G-T-T-T----A-CC-T-G--A-G-------TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TTCT-GGCGTATtttaggagaaatt
gi|71613                      : ATCTA---A-T-T--A-CA--T-AAA----G-T----AA---CA-A-G----G--T---C-C--A-A-T--TTT--GAGTC-A-CA------T-C--C--CCT-----TA---T--T----TA-T-T-CC---A--C-TGTT-CA-C-C-GGAC-AA--TC-TA--T-TGT-A-TT-C-A-T----A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A-----T-TCT----A-CC-T-G----A--G--T-TT----A--CAA--G-AC-A-A---GAAA---C--T------TC-ATTT---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaggaaatt
gi|71614                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AG---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG--T-G-T-------C-A--A--CCT-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--T-TGTT-CA-T-C-GGAC-A---TT-TT--T-T-T-A-TC-T-A-T----G-T---C--G-T--C--AA---C-G-T----A---T-A---G-C-TCT----A-GC-C-G--A-A--C--T-TT--G-A--TAA----AT-A-A---TAA---------------C-A--T---CGTC-TT-C-GGtttagagaaatt
gi|71619                      : ATATAT--A-T-T--A-T---T---A----T-G----AAAT-CA-A-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG--T-G-T-------C-A--A--TCT-----TA---T--T----TA-T-T-T----G--T-TGTT-TA-C-T-GGAC-A---TC-TG--T-T-T-G-GT-T-A-T----G-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-T---G-T-TCC----A-GC-T-A--A-A--C--T-TT--A-A--CAA--C-AC-A-A---AAGA-T-A--T------TA-A--T---CGTC-TT-T-GGGgaaatttcgagagaaatt
gi|71618                      : ATTTAT--A-T-T--A-T---C-AAA----T-T----AT---GA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG--T-G---------T-C--A--ATTGTATATA---C--TG---TA-T-T-C----A--T-TGTT-CA-T-T-GGAC-A---TG-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-C---C--A-T--T--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCC----A-AC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAAA-TAA--TAA----TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGGATattttgcggaaaaa
gi|71616                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-G-G----T--T---C-G--A-A-A--TTT--GG--C-G-C---------C--A--TC------TA---T--T-------T-T-T----A----TGTT----C-C-GGAC-----TC-TA--T-T-T-ATTT-T-A-TATA-A-T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC------A-AGTG--T-TT--ATA--C-A--G-AC-A-A---GAG--T-C--T------TC-A--T---CGttcggggagaaa
gi|71615                      : ATCT-T--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTTT-GG--T-G-C-------C-A--A--CCT-----TA---T--T----AT-T-T-C----A--T-TGTT-CA-T-C-GGAC-ATTTTT-TT--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-T------G-T--C--AA---C-G-T----A---T-A---G-T-TCC----A-GC-C-A--A-A--G--T-TT--AGA--C-A--G-AC-A-A----AGA-T-A--TATGTAATC-A--T---CATC-TT-T-TGGGTATatatttcgtatttagggaaatt
gi|71620                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---AC-A-G----G--TC--C-G------A--TTT--GG--CAG-C-------A-C--C--CGT-----AA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TGGT-CACC-C-GGAC-A---TC-TG--T-T-A-T-TT-T-A-T----A-T---C--A-TCCC--AA---T-G-T----A---G-A---G-TCCCC----A-CCTT-GCCA-A--G--T-TT--A-A--CAA--GAAC-A-A---GAAA-T-C--T------TC----------TC-TT-T-GGttgaggagaaatt
gi|71617                      : ATCTATG-A-T-T--A-CACTC-AAA----TCT----AA---CACA-G----G--T---C-G--A-A----TTT--GG--A-G-C-------A-C--A--TCTA----CG---T--T----TA-T-TAC----AC-T-TGTTTCA-C-C-GGACCA---TC-CA--T-T-TTA-TT-T-A-T----A-T---C--A-T--CTTAA-----G-T--------T-A---G-T-TC-----A-CCAT-G--ACA--G--T-TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-A--C------TC-A--T---CGCA-TT-T-GGCGTATcacgttttttggagaaatt
gi|71621                      : ATCTATCTA-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-C--A-A-A--TTT--TG--T-G-T-------C-A--A--CCT-----TA---T--A----TA-T-T-C----A--T-TTTT-AA---------------------------A-TT-T-A-T----G-T---C--G-T--C--AA---A-G-T----A---T-A---G-T-TCC----A-GT-C-A--A-A--G--T-TG--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-A--A------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGAtaggagaaatt
gi|71622                      : ATCTAT--A-C-TTAA-C---T-AAAGT--C-T----AA---CA-A-G----G--T---CCG--ATA-A--TTT--GG--A-G-C-------A-C--A--CCTG----TA------T----TA-T-T-C----A--C-TGTT-CA-C-TAGAAA-A---TC-TG--T-TGT-A-TT-T-A-TA---A-T---C--A-T--C--AA---T-G-TTAAGA---A-A---A-T-CCCACA-A-CC-T-G--A-A--G--TCTT--ATA--CAA--G-AC-A-AAAGAAGA-T-C--T------TC-A--TA--CGTT-TT-T-agattttaggagacatt
gi|71625                      : ATATAT--A-T-C--A-T---T-TAA----T-C----AT---CC-G-C----G--T---C-A--A-A-A--TTG--GG--T-G-A-------T-A--A--TTT-----TA---T--T----TA-T-G-C----A--C-TGTT-CA-C-C-GGGC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T---T----G-TTGCC--A-A--T--AA---T-G-T----A---C-A---T-T-TCC----A-GC-T-C--A-A--A--T-TG--A-A--CAA--G-AC-A-A----AGC-T-A--G------CC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGGATtgtgcgtataataaatcggagaaat
gi|71626                      : ATCTAA--A-C-T--A-C---T-GAA----T-G----AA---GA-G-A----G--T---T-G--A-A-A--TTG--GG--C-G-T-------C-G--A--TC-------A---T--T----TA-T-G-C----A--T-TGT-----------GC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----C-C---C--A-T--T--AA---T-G-T----A---T-A---G-C-CTC----A-GC-TGG--A-A--G--C-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AATA-T-A--A------TC-A--A---GGTCTTT-T-GGAgtcggggaggaaat
gi|71623                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-G----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG--C-G-C---------CAAA--CCT-----TA---T--CA---TA-T-T-C----A--C-TGTC----C-C-GGAC-A---T--TC--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-T---T--G-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---gtctctgggagaaa
gi|71624                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-A--A-A-A--TTT--GG--T-G-T-------C-A--A--CCT-----TA---T--T----TA-T-T-G----A--T-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---TT-T---T-T-T-A-
gi|71630                      : ATCTAT--A-T-T--A-T---T-AAAACAAG-T----AA---CA-G-GA---G--T---C-G--G-A-A--ATT--GG--T-G-T-------C-A--A--TCT-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--T-AGTT-CG-C-C-GG----------------------TT-T-A-T----G-C---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TC
gi|71627                      : ATCTAT--AAT-T--A-C---T-AAA----T-T----AAACGCA-A-G----G--T---C-A--A-AGA--TTT--GG--C-G-C---------C--A--CCT-----TA---T--TC---TA-T-TAC----A----CGTT-CA-C-C-CGAC-A---TCTTA--T-T-
gi|71629                      : ATCTAT--G-C-T--A-T---T-AAA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG--T-G---------T-C--AAATCT-----TA---A--T----TA-T-T-C----A--T-TGTT-CA-C-T-GGAC-A---T
gi|71632                      : ATCTAT--A-G-C--A-T---T-AAA----T-T----AA---CA-G-A----A--T---C-G--A-A-A--TTT--TG--T-G-T---------------CCT-----AA---A--T----TA-TAT-C----A--T------------------A---GC-CA--T-T-T-A-TT-C-A-T----G-C---C--ACT--C--AA---T-G-T----A---T-A---A-G-TCC----AGCC-C-A--A-A--G--T-TT--A-A--CAATCG-ACAA-A---GTGA-T-T--A------TC-A--T---TAT--TC-T-GGA
gi|71631                      : ATCTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-G-G----G--T---C-C--G-A-A--TTT--GG--A-G-C-------A-C--A--CCG-----TA---T--T----TA-T-T-C----ggattttcgaggagaaa
gi|71634                      : ATTTAT--A-T-T--A-T---C-AAA----T-T----AA---GA-G-A----G--T---C----A-A-A--TTG--GG--T-G-T-------C-C--A--TTG-----TA---TACTACAGTA-T-T-C----A--T-TGTT-CA---T-GGAC-A---TG-TA--T-T-TAA-TT-T-A-T----G-----C--ACT--T--AA---T-G-T----A---TGA---G-T-TAT----T-CC-A-A--ACA--G----TT--A-A--CAA--A-GC-A-A---AAAA-A-T--A------AC-A------CGTCGTT-T-GGGGGAT
gi|71628                      : ATCTAT--A-CGT--A-C---TTAAA----T-TGGATAA---CA-A-GTCGCG--C---C-G--G-A-A--TTTT-GG--C-G-CACCATTTT-T--A--CCT-----AC---T--T----TA-T-T-C----A--C-GGAT-CC-C-C-GGACAA---TC-TACCT-T-T-AGTT-T-ATT----A-T------A-T--C--AATTTT-G-T----AAACT-AGGTG-T-TCCTACGA-CCATGG--A-A--G--T-TT--C-ATGCAA--GAAC-ATA---GAGA-T----T------TC-G--T---CGTA-TT-T-Gttgggagaaa
gi|71633                      : ATCTAT--A-T----A-C---T-AAA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-AG-TTT--GG--C-A-C-------A-C--A--TCC-----TA---T--T----TA-G-T-CTCTTA--C-TGTT-C--T-C-G----A---TT-TG--C-TGT-A-TT-T-A-GAGAAA-T---T--G-T--C--AA---T-A-T----A---cgtgattatttaggagaaatt
gi|71635                      :  TCTAT--A-T----A-C---TTAAA----T-T----TA---CA-A-G----GCGT---C-G--G-A-A--TTT--GG--C-G-C-------A-C--A--TCA-----TA---T--T----TA-T-T-CACT-A--C-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--TAT-T-A-TTATAA-T----A-T---C--A-T--CA-AA---T-GTT----A---T-A-----T-TCT----A-CC-T-G--A-A--A--G-TT--A-A--CAA--GAAC-A-A---G-GA-T-C--T------TCTG--T---CGTA-TT-T-GG
gi|71636                      :  TCTAA--A-A-C--A-T---T-AAA----T-C----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG--T-G-T-------T-G--C--TCT-----TA---T--T----TA-T-T-C----G--T-TGTT-CA-T-C-GGAC-A---Tttatttaggagga
gi|71637                      :   CTA---A-T-T--A-C---T-AA-------T----AA---CA-A-G----G--T---C-GCCG-A-A--TTT--GG--A-GGC-------A-C--A--TCC-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--A-CGTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----A-T---CAAA-C--C--AA---T-G-T----G---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-AACCAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTAT
gi|71638                      :   CTAT--A-T-T--A-C---T-AAA----T-T----AA---CT-A-G----G--T---C-A--A-A-A--TTT--GG--C-G-C-------A-C--A--TCC-----TA---T--T----TA-T-T-tttaggaaatt
gi|71639                      :    TAT--T-T-T--A-C---C-AAA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-A--AGA-A--TAT--TG--T-G---------T-A--A--CCA-----TACATT--T----CA-T-C-G----A--TATGTT-CA-T-C-GGAC-A---GC-TT--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-T---CTGA-T--C--AA-----G-T----AT--T-AC--G-T-TCC----A-GC-C-A--A-A--G--G-TT--
gi|71640                      :     AC--A-T-T--A-------AAA----T-C----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG--T-G-T-------T-G--C--TCT-----TA---T--T----TA-T-T-C----G--T-TGTT-CA-T-C-GGAC-A---T
gi|71641                      :                 -C---T-AAA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---T-G--A-A-A--TCT--GG--C-G-T-------C-A--A--CTT-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TGTT-CG-C-C-AGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-A---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--GT-T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAGA-T-A--T------GC-A--T---CGTA-TT-T-GGAGGAT
gi|71642                      :                 -C---T-AAA----T-G----AA---AA-A-A----G--T---C-A--A-A-A--TTG--AG--T-G-T-------T-G--C--TGT-----TA---T--G----TA-T-T-C----A--T-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-C-T-A-TT-T-A-T----G-C---T--A-T--C--AA---T-G-T----A---C-A---G-T-TTC----A-GC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAGA--------------CAA--T---CGTC-TT-T-GGGttcgggtagaaatt
gi|71643                      :                         AA----T-T----AA----A-A-G----G--T---C-G--G-A-A--TTT--GG----G-A-------G-C--AATCCT-----T-------T----TA-T-T-C----ACAT-AGTT-CA-C-C-GG-C-A---TC-TA--C-T-G-T-TT-T-A-T----AGT---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-TCT----A-C--T-G--A-A--G--T-TT--A-AG-CAA-----C-A-A---GAGA-T-C--T------TC-G--T---CGTA-TT-T-GGCGTATggtggggggagaaatt
gi|71644                      :                                                a----G--T---C-G--G-A-A--TAG--GG--T-G-T-------C-A--A--TTT-----TA---T--A----TA-C-T-C----A--T-TGTT-TA-A-T-GGAC-A---TC-CA--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-C---C--A-T--C--AG---T-G-T----A---C-A---G-T-TCC----A-CT-T-C--A-A--G--T-TT--A-G--C-A--G-AC-A-A---AAGA-T-A--A------TC-A--T---GGTC-TA-T-GGGGGATttttaggaagaaatt
gi|71645                      :                                                             -G--G-A-A--TTT--GG--G-A-C------------A--TCT------A---T--T----TAAT-T-C-------C-TGTT--A-C-G-GAAT-A----C-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----A-T---------------A---T-A-T----G---T-T---G-T-T------A--C-T-G--A-A--G--G-TT-------CCA--G-AC-ATA---GAGA-T-TTAT------TC-G--T---TATG-TT-T-GG-GTATttccgggg
gi|71646                      :                                                                           --GG--C-G-C---------A--A--TCC-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---Ttttagagaa
gi|71647                      :                                                                                                --A--CCT-----TA---T--T----TA-T-C-C----A--T-TGTT-CA-T-C-GGAC-A---TT-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-C---C--G-T--C--AA---C-GGT----A---T-A---G-T-TCC----A-GC-C-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-G--A------TC-A--T---CATC-TT-T-GGG
gi|71648                      :                                                                                                --A--CCT-----TA---T--T----TA-T-T-C----A--C-TGTT-CA-C-C-GGAC-A---Tgttttgaggagaaa
gi|71649                      :                                                                                                                                -C----A--C-TGTT-CA-CAC-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T------T---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---T-A---G-T-CTA----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-G--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTAT
gi|71650                      :                                                                                                                                                          C-A---TT-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T----G-C---C--A-C--C--AA---T-G-T----A---C-T---G-T-TCC----A-GC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AG-A-A---AAGA-T-A--A------TC-A--T---CATT-TT-T-GGAGTATtttaggagaaatt
gi|71651                      :                                                                                                                                                           -A---CC-CA--T-T-T-AATTAT-A-T----A-T---C--A-T--C--AA---TGG-T----A---T-A---G-T-TCC----A--C-T-G--A-C--G--TATT--A-A--CAA----AC-A-A---GAGA-T-C--G------TC-A--TGCGCGTCATT-C-GGTATATttcgggcagaaa
gi|71652                      :                                                                                                                                                                                              ---C--A-T--C--AA---T-G-T----A---C-A---A-T-TTC----A-GC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AACA-T-A--A------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGgttgagagatatt

lowQualScore                  :     1  22 1 1 22 0 222 1 111  4444 0 2222  111  111 3333 11 222 0 11 1 0 22   22  222222 999999 222222   1  111 2222 4444  2  1 4444  1 1   0  0 0 0    1 222  0  22 0 2 1 1  0 0 0 44444 111 22 1 11 22  111  2 2222 333 0 222 1 1   3333 1  2 2 22 2 11 33 2  22 3 33   11 4  1 2 111    1 99999999999  2 11 222   44  1 2       
lowQualScore                  :     .  .. . . .. . ... . ...  .... . ....  ...  ... .... .. ... . .. . . ..   ..  ...... ...... ......   .  ... .... ....  .  . ....  . .   .  . . .    . ...  .  .. . . . .  . . . ..... ... .. . .. ..  ...  . .... ... . ... . .   .... .  . . .. . .. .. .  .. . ..   .. .  . . ...    . ...........  . .. ...   ..  . .       
lowQualScore                  :     0  33 0 0 33 9 666 8 666  1111 9 8888  666  000 7777 22 444 9 22 7 9 99   99  222222 999999 333333   6  444 9999 2222  4  6 0000  7 7   8  8 8 8    6 222  9  11 9 7 8 8  9 9 9 11111 666 66 9 33 22  666  8 9999 555 9 666 0 0   8888 0  9 0 33 0 33 33 0  33 0 88   44 0  0 0 888    0 55555555555  0 44 888   11  0 1       
consensus                     : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-CA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGTAT
Reference ( family-390 )      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-CA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGTAT
gi|71600                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-G---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-T-CA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AT-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGAGTAT
gi|71601                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-C-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-A-CA------TCC-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-ATT-CA-C-C-G-AC-A---TC-TG--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAG--G-AC-A-A---GAGA-T-T--T------TC-A--T---CATC-TT-T-GGAGTAT
gi|71602                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----A--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-CA------CTT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TA--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGAT-TT-T-GTGGTAtttaggagaaatt
gi|71603                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-AAATTT--TG----C-G-C-CACA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---G-A---G-T-CCC----A-CT-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGGT-TT-G-GGGGTATctttaggaga
gi|71604                      : ATCT-AT--A-T-TT-A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-C--A-A-T--TTT--GG----C-G-C-A-CA------TCC-TA---T----T----TAATT-C----AC-T--TT-C--C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G--A-A--GTTT-TT--A-A--CAA--GAAC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaagagaaatt
gi|71605                      : ATCT-AT--G-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-A--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-A-CA------TCC-TA---T----T----CA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G-------------------------------A-A---GATA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaggagaaatt
gi|71606                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-C----AA---CA-G-A----G--T---C-C--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-AA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--A-T--C--AG---TG-T----A---A-A---G-T-TCC----A-CT-T-GA-A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAAA-T-C--T------TC-A--T---TGTC-TT-TGGGGGTATttcagaagaaatt
gi|71607                      : ATCTTAT--A-T----A-C---T-A---AAC---T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-CA------CC--TA---T----T----TA-TT-T----CC-T-G-T-CA-C-C-GGAC-A---TC-AAT-T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---GTT-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TTA-A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGATT-T--T------TC-A--T---CGTT-CT-T-GGGGTATtctaagagaaatt
gi|71608                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----A-T----AA---CA-ATG----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-GGC-C-CA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GAAT-----TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---GAT---C--A-T--C--AA---TG-TC---A---G-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--GT-T-TT--A-A--CAA--A-AC-A-A---GAG--T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GAGGTATtttaggaagaaatt
gi|71609                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA------------------------------------------A--TTT--GG----A-G-C-A-CA------TCC-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GAT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-A-A-CT-C-A-T---A-G---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G--A-A--G--T-TTTAA-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C---------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaggaaaa
gi|71610                      : ATAT-AT--A-T-T--A-C---T-A---A-----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----T-G-T-C-AA------CCT-CA---T----T----TA-TT-A----AC-T-GTT-CA-T-C-GGAC-A---TC-CA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TTC----A-CT-T-G--A-A--G--A-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-TGGGGGTATtttaggagaaatt
gi|71611                      : ATCT-AT--A-T-T--AAC---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-GA---G--TATAC-G--A-A-A--TTTTAGA----C-GAC-C-CA------CCT--A---T----C----TACTT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T---A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----T---A-A---G-T-TCC----A-CC---G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GATA-T-C--T------TC-G--T---CGTT-TT-tt
gi|71612                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--TC--C-G--A-C-AT-TTT--GG----C-G-----CA------CAT-TA---T----T----TT-TT-C----AC-T-AGT-CA---C-GGAC-A---TC-TA----T-T-A-TT-G-ACT---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----AC--T-A---G-T-T-T----A-CC-T-G--A-G-------TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TTCT-GGCGTATgtagattttaggagaa
gi|71613                      : ATCT-A---A-T-T--A-CA--T-A---AA----G-T----AA---CA-A-G----G--T---C-C--A-A-T--TTT--GAGTCAC-A-T-C-C-------CCT-TA---T----T----TA-TT-CC---AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-AA--TC-TA--T-TGT-A-TT-C-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A-----T-TCT----A-CC-T-G----A--G--T-TT----A--CAA--G-AC-A-A---GAAA---C--T------TC-ATTT---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaggaaatt
gi|71614                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AG---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----T-G-T-C-AA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AT-T-GTT-CA-T-C-GGAC-A---TT-TT--T-T-T-A-TC-T-A-T---G-T---C--G-T--C--AA---CG-T----A---T-A---G-C-TCT----A-GC-C-G--A-A--C--T-TT--G-A--TAA----AT-A-A---TAA---------------C-A--T---CGTC-TT-C-GGGtttagagaaatt
gi|71615                      : ATCT--T--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTTT-GG----T-G-C-C-AA------CCT-TA---T----T----AT-TT-C----AT-T-GTT-CA-T-C-GGAC-ATTTTT-TT--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T------G-T--C--AA---CG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-GC-C-A--A-A--G--T-TT--AGA--C-A--G-AC-A-A----AGA-T-A--TATGTAATC-A--T---CATC-TT-T-TGGGTATaaatttcgagagaaatt
gi|71616                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-G----T--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G---C-CA------TC--TA---T----T-------TT-T----A--T-GTT----C-C-GGAC-----TC-TA--T-T-T-ATTT-T-A-TATAA-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC------A-AGTG--T-TT--ATA--C-A--G-AC-A-A---GAG--T-C--T------TC-A--T---CGttgaggagaaatt
gi|71617                      : ATCT-ATG-A-T-T--A-CACTC-A---AA----TCT----AA---CACA-G----G--T---C-G--A-A----TTT--GG----A-G-C-A-CA------TCTACG---T----T----TA-TTAC----AC-TTGTTTCA-C-C-GGACCA---TC-CA--T-T-TTA-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--CTTAA----G-T--------T-A---G-T-TC-----A-CCAT-G--ACA--G--T-TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-A--C------TC-A--T---CGCA-TT-T-GGCGTATatatttcgtatttagggaaatt
gi|71618                      : ATTT-AT--A-T-T--A-T---C-A---AA----T-T----AT---GA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG----T-G-T-C-AA------TTG-TA---TATACTG---TA-TT-C----AT-T-GTT-CA-T-T-GGAC-A---TG-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--A-T--T--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-AC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAAA-TAA--TAA----TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGGATtaggagaaatt
gi|71619                      : ATAT-AT--A-T-T--A-T---T-ATGAAA----T-----------CA-A-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG----T-G-T-C-AA------TCT-TA---T----T----TA-TT-T----GT-T-GTT-TA-C-T-GGAC-A---TC-TG--T-T-T-G-GT-T-A-T---G-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-T---G-T-TCC----A-GC-T-A--A-A--C--T-TT--A-A--CAA--C-AC-A-A---AAGA-T-A--T------TA-A--T---CGTC-TT-T-GGGGttcggggagaaa
gi|71620                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-TA---AA---CA-G-G----T--C---C-G------A--TTT--GG----CAG-C-A-CC------CGT-AA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GGT-CACC-C-GGAC-A---TC-TG--T-T-A-T-TT-T-A-T---A-T---C--A-TCCC--AA---TG-T----A---G-A---G-TCCCC----A-CCTT-GCCA-A--G--T-TT--A-A--CAA--GAAC-A-A---GAAA-T-C--T------TC----------TC-TT-T-GGattttgcggaaaaa
gi|71621                      : ATCT-ATCTA-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-C--A-A-A--TTT--TG----T-G-T-C-AA------CCT-TA---T----A----TA-TT-C----AT-T-TTT-AA---------------------------A-TT-T-A-T---G-T---C--G-T--C--AA---AG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-GT-C-A--A-A--G--T-TG--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-A--A------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGcacgttttttggagaaatt
gi|71622                      : ATCT-AT--A-C-TTAA-C---T-A---AAGT--C-T----AA---CA-A-G----G--T---CCG--ATA-A--TTT--GG----A-G-C-A-CA------CCTGTA---T----T-----A-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-TAGAAA-A---TC-TG--T-TGT-A-TT-T-A-TA--A-T---C--A-T--C--AA---TG-TTAAGA---A-A---A-T-CCCACA-A-CC-T-G--A-A--G--TCTT--ATA--CAA--G-AC-A-AAAGAAGA-T-C--T------TC-A--TA--CGTT-TT-T-aagattttaggagacatt
gi|71623                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-G----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-CAAA------CCT-TA---T----CA---TA-TT-C----AC-T-GTC----C-C-GGAC-A---T--TC--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T---T--G-T--C--AA---TG-T----A---T-A---tgtgcgtataataaatcggagaaat
gi|71624                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-A--A-A-A--TTT--GG----T-G-T-C-AA------CCT-TA---T----T----TA-TT-G----AT-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TT-T---T-T-T-A-
gi|71625                      : ATAT-AT--A-T-C--A-T---T-T---AA----T-C----AT---CC-G-C----G--T---C-A--A-A-A--TTG--GG----T-G-A-T-AA------TTT-TA---T----T----TA-TG-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGGC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T---T---G-TTGCC--A-A--T--AA---TG-T----A---C-A---T-T-TCC----A-GC-T-C--A-A--A--T-TG--A-A--CAA--G-AC-A-A----AGC-T-A--G------CC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGGAT
gi|71626                      : ATCT-AA--A-C-T--A-C---T-G---AA----T-G----AA---GA-G-A----G--T---T-G--A-A-A--TTG--GG----C-G-T-C-GA------TC---A---T----T----TA-TG-C----AT-T-GT-----------GC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---C-C---C--A-T--T--AA---TG-T----A---T-A---G-C-CTC----A-GC-TGG--A-A--G--C-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AATA-T-A--A------TC-A--A---GGTC-TT-T-TGGgtcggggaggaaat
gi|71627                      : ATCT-AT--AAT-T--A-C---T-A---AA----T-T----AAACGCA-A-G----G--T---C-A--A-AGA--TTT--GG----C-G---C-CA------CCT-TA---T----TC---TA-TTAC----AC---GTT-CA-C-C-CGAC-A---TCTTA--T-T-aggtctctgggagaaa
gi|71628                      : ATCT-AT--A-CGT--A-C---TTA---AA----T-TGGATAA---CA-A-GTCGCG--C---C-G--G-A-A--TTTT-GG----C-G-CAC-CATTTTTACCT-AC---T----T----TA-TT-C----AC-G-GAT-CC-C-C-GGACAA---TC-TACCT-T-T-AGTT-T-A-T---T-A---T--A-T--C--AATTTTG-T----AAACT-AGGTG-T-TCCTACGA-CCATGG--A-A--G--T-TT--C-ATGCAA--GAAC-ATA---GAGA-T----T------TC-G--T---CGTA-TT-T-
gi|71629                      : ATCT-AT--G-C-T--A-T---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG----T-G-T-CAAA------TCT-TA---A----T----TA-TT-C----AT-T-GTT-CA-C-T-GGAC-A---Tcgtgattatttaggagaaatt
gi|71630                      : ATCT-AT--A-T-T--A-T---T-A---AAACAAG-T----AA---CA-G-GA---G--T---C-G--G-A-A--ATT--GG----T-G-T-C-AA------TCT-TA---T----T----TA-TT-C----AT-A-GTT-CG-C-C-GG----------------------TT-T-A-T---G-C---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TC
gi|71631                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-G----G--T---C-C--G-A-A--TTT--GG----A-G-C-A-CA------CCG-TA---T----T----TA-TT-C----
gi|71632                      : ATCT-AT--A-G-C--A-T---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----A--T---C-G--A-A-A--TTT--TG----T-G-T-C-C---------T-AA---A----T----TA-T-----------------A-T-C---AT-A---GC-CA--T-T-T-A-TT-C-A-T---G-C---C--ACT--C--AA---TG-T----A---T-A---A-G-TCC----AGCC-C-A--A-A--G--T-TT--A-A--CAATCG-ACAA-A---GTGA-T-T--A------TC-A--T---TAT--TC-T-GGAG
gi|71633                      : ATCT-AT--A-T----A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-AG-TTT--GG----C-A-C-A-CA------TCC-TA---T----T----TA-GT-CTCTTAC-T-GTT-C--T-C-G----A---TT-TG--C-TGT-A-TT-T-A-ggattttcgaggagaaa
gi|71634                      : ATTT-AT--A-T-T--A-T---C-A---AA----T-T----AA---GA-G-A----G--T---C----A-A-A--TTG--GG----T-G-T-C-CA------TTG-TA---TAC--TACAGTA-TT-C----AT-T-GTT-CA---T-GGAC-A---TG-TA--T-T-TAA-TT-T-A-T---G-----C--ACT--T--AA---TG-T----A---TGA---G-T-TAT----T-CC-A-A--ACA--G----TT--A-A--CAA--A-GC-A-A---AAAA-A-T--A------AC-A------CGTCGTT-T-GGGGGATgagaaattgtcaatata
gi|71635                      :  TCT-AT--A-T----A-C---TTA---AA----T-T----TA---CA-A-G----GCGT---C-G--G-A-A--TTT--GG----C-G-C-A-CA------TCA-TA---T----T----TA-TT-CACT-AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--TAT-T-A-TTATAA-T---A-T---C--A-T--CA-AA---TGTT----A---T-A-----T-TCT----A-CC-T-G--A-A--A--G-TT--A-A--CAA--GAAC-A-A---G-GA-T-C--T------TCTG--T---CGTA-TT-T-GGttgggagaaa
gi|71636                      :  TCT-AA--A-A-C--A-T---T-A---AA----T-C----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG----T-G-T-T-GC------TCT-TA---T----T----TA-TT-C----GT-T-GTT-CA-T-C-GGAC-A---Tttatttaggagga
gi|71637                      :   CT-A---A-T-T--A-C---T-A---A-------T----AA---CA-A-G----G--T---C-GCCG-A-A--TTT--GG----A-G-G-CACA------TCC-TA---T----T----TA-TT-C----AA-C-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---CAAA-C--C--AA---TG-T----G---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-AACCAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTAT
gi|71638                      :   CT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CT-A-G----G--T---C-A--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-A-CA------TCC-TA---T----T----TA-TT-tttaggaaatt
gi|71639                      :    T-AT--T-T-T--A-C---C-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-A--AGA-A--TAT--TG----T-G-T-A--A------CCA-TACATT----T----CA-TC-G----ATAT-GTT-CA-T-C-GGAC-A---GC-TT--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T---CTGA-T--C--AA----G-T----AT--T-AC--G-T-TCC----A-GC-C-A--A-A--G--G-TT--
gi|71640                      :     -AC--A-T-T--A-------A---AA----T-C----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG----T-G-T-T-GC------TCT-TA---T----T----TA-TT-C----GT-T-GTT-CA-T-C-GGAC-A---T
gi|71641                      :                  -C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---T-G--A-A-A--TCT--GG----C-G-T-C-AA------CTT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CG-C-C-AGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-A---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--GT-T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAGA-T-A--T------GC-A--T---CGTA-TT-T-GGAGGAT
gi|71642                      :                  -C---T-A---AA----T-G----AA---AA-A-A----G--T---C-A--A-A-A--TTG--AG----T-G-T-T-GC------TGT-TA---T----G----TA-TT-C----AT-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-C-T-A-TT-T-A-T---G-C---T--A-T--C--AA---TG-T----A---C-A---G-T-TTC----A-GC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAGA--------------CAA--T---CGTC-TT-T-GGGGttcgggtagaaatt
gi|71643                      :                        -A---AA----T-T----AA----A-A-G----G--T---C-G--G-A-A--TTT--GG----G-A-G-C-AA------TCC-T----T----T----TA-TT-C----ACATAGTT-CA-C-C-GG-C-A---TC-TA--C-T-G-T-TT-T-A-TA--G-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCT----A-C--T-G--A-A--G--T-TT--A-AG-CAA-----C-A-A---GAGA-T-C--T------TC-G--T---CGTA-TT-T-GGCGTATggtggggggagaaatt
gi|71644                      :                                                     ----G--T---C-G--G-A-A--TAG--GG----T-G-T-C-AA------TTT-TA---T----A----TA-CT-C----AT-T-GTT-TA-A-T-GGAC-A---TC-CA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--A-T--C--AG---TG-T----A---C-A---G-T-TCC----A-CT-T-C--A-A--G--T-TT--A-G--C-A--G-AC-A-A---AAGA-T-A--A------TC-A--T---GGTC-TA-T-GGGGGATttttaggaagaaatt
gi|71645                      :                                                                 -G--G-A-A--TTT--GG----G-A-C----A------TCT--A---T----T----TAATT-C-----C-T-GTT--A-C-G-GAAT-A----C-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---------------A---TA-T----G---T-T---G-T-T------A--C-T-G--A-A--G--G-TT-------CCA--G-AC-ATA---GAGA-T-TTAT------TC-G--T---TATG-TT-T--GGGTATttccgggg
gi|71646                      :                                                                               --GG----C-G-C-A--A------TCC-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---Ttttagagaa
gi|71647                      :                                                                                                A------CCT-TA---T----T----TA-TC-C----AT-T-GTT-CA-T-C-GGAC-A---TT-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--G-T--C--AA---CGGT----A---T-A---G-T-TCC----A-GC-C-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-G--A------TC-A--T---CATC-TT-T-GGGG
gi|71648                      :                                                                                                A------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---Tgttttgaggagaaa
gi|71649                      :                                                                                                                               -C----AC-T-GTT-CA-CAC-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T-----T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-CTA----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-G--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTAT
gi|71650                      :                                                                                                                                                        C-A---TT-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--A-C--C--AA---TG-T----A---C-T---G-T-TCC----A-GC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AG-A-A---AAGA-T-A--A------TC-A--T---CATT-TT-T-GGAGTATtttaggagaaatt
gi|71651                      :                                                                                                                                                        C-A---TT-TA--A-T-T-A-T----A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TGGT----A---T-A---G-T-TCC----A-C--T-G--A-C--G--TATT--A-A--CAA----AC-A-A---GAGA-T-C--G------TC-A--TGCGCGTCATT-C-GGTATATttcgggcagaaa
gi|71652                      :                                                                                                                                                                                        acc---C--A-T--C--AA---TG-T----A---C-A---A-T-TTC----A-GC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AACA-T-A--A------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGgttgagagatatt

lowQualScore                  :     1  22 1 1 22 0 222 1 111  4444 0 2222  111  111 3333 11 222 0 11 1 0 22   22  222222 999999 222222   1  111 2222 4444  2  1 4444  1 1   0  0 0 0    1 222  0  22 0 2 1 1  0 0 0 44444 111 22 1 11 22  111  2 2222 333 0 222 1 1   3333 1  2 2 22 2 11 33 2  22 3 33   11 4  1 2 111    1 99999999999  2 11 222   44  1 2       
lowQualScore                  :     .  .. . . .. . ... . ...  .... . ....  ...  ... .... .. ... . .. . . ..   ..  ...... ...... ......   .  ... .... ....  .  . ....  . .   .  . . .    . ...  .  .. . . . .  . . . ..... ... .. . .. ..  ...  . .... ... . ... . .   .... .  . . .. . .. .. .  .. . ..   .. .  . . ...    . ...........  . .. ...   ..  . .       
lowQualScore                  :     0  33 0 0 33 9 666 8 666  1111 9 8888  666  000 7777 22 444 9 22 7 9 99   99  222222 999999 333333   6  444 9999 2222  4  6 0000  7 7   8  8 8 8    6 222  9  11 9 7 8 8  9 9 9 11111 666 66 9 33 22  666  8 9999 555 9 666 0 0   8888 0  9 0 33 0 33 33 0  33 0 88   44 0  0 0 888    0 55555555555  0 44 888   11  0 1       
consensus                     : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-CA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGTAT
Reference ( family-390 )      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-CA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGTAT
gi|71600                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-G---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-T-CA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AT-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGAGTAT
gi|71601                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-C-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-A-CA------TCC-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-ATT-CA-C-C-G-AC-A---TC-TG--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAG--G-AC-A-A---GAGA-T-T--T------TC-A--T---CATC-TT-T-GGAGTAT
gi|71602                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----A--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-CA------CTT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TA--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGAT-TT-T-GTGGTAtttaggagaaatt
gi|71603                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-AAATTT--TG----C-G-C-CACA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---G-A---G-T-CCC----A-CT-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGGT-TT-G-GGGGTATctttaggaga
gi|71604                      : ATCT-AT--A-T-TT-A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-C--A-A-T--TTT--GG----C-G-C-A-CA------TCC-TA---T----T----TAATT-C----AC-T--TT-C--C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G--A-A--GTTT-TT--A-A--CAA--GAAC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaagagaaatt
gi|71605                      : ATCT-AT--G-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-A--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-A-CA------TCC-TA---T----T----CA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G-------------------------------A-A---GATA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaggagaaatt
gi|71606                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-C----AA---CA-G-A----G--T---C-C--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-AA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--A-T--C--AG---TG-T----A---A-A---G-T-TCC----A-CT-T-GA-A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAAA-T-C--T------TC-A--T---TGTC-TT-TGGGGGTATttcagaagaaatt
gi|71607                      : ATCTTAT--A-T----A-C---T-A---AAC---T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-CA------CC--TA---T----T----TA-TT-T----CC-T-G-T-CA-C-C-GGAC-A---TC-AAT-T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---GTT-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TTA-A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGATT-T--T------TC-A--T---CGTT-CT-T-GGGGTATtctaagagaaatt
gi|71608                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----A-T----AA---CA-ATG----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-GGC-C-CA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GAAT-----TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---GAT---C--A-T--C--AA---TG-TC---A---G-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--GT-T-TT--A-A--CAA--A-AC-A-A---GAG--T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GAGGTATtttaggaagaaatt
gi|71609                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA------------------------------------------A--TTT--GG----A-G-C-A-CA------TCC-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GAT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-A-A-CT-C-A-T---A-G---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G--A-A--G--T-TTTAA-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C---------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaggaaaa
gi|71610                      : ATAT-AT--A-T-T--A-C---T-A---A-----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----T-G-T-C-AA------CCT-CA---T----T----TA-TT-A----AC-T-GTT-CA-T-C-GGAC-A---TC-CA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TTC----A-CT-T-G--A-A--G--A-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-TGGGGGTATtttaggagaaatt
gi|71611                      : ATCT-AT--A-T-T--AAC---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-GA---G--TATAC-G--A-A-A--TTTTAGA----C-GAC-C-CA------CCT--A---T----C----TACTT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T---A-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----T---A-A---G-T-TCC----A-CC---G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GATA-T-C--T------TC-G--T---CGTT-TT-tt
gi|71612                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--TC--C-G--A-C-AT-TTT--GG----C-G-----CA------CAT-TA---T----T----TT-TT-C----AC-T-AGT-CA---C-GGAC-A---TC-TA----T-T-A-TT-G-ACT---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----AC--T-A---G-T-T-T----A-CC-T-G--A-G-------TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TTCT-GGCGTATgtagattttaggagaa
gi|71613                      : ATCT-A---A-T-T--A-CA--T-A---AA----G-T----AA---CA-A-G----G--T---C-C--A-A-T--TTT--GAGTCAC-A-T-C-C-------CCT-TA---T----T----TA-TT-CC---AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-AA--TC-TA--T-TGT-A-TT-C-A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A-----T-TCT----A-CC-T-G----A--G--T-TT----A--CAA--G-AC-A-A---GAAA---C--T------TC-ATTT---CGTA-TT-T-GGCGTATtttaggaaatt
gi|71614                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AG---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----T-G-T-C-AA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AT-T-GTT-CA-T-C-GGAC-A---TT-TT--T-T-T-A-TC-T-A-T---G-T---C--G-T--C--AA---CG-T----A---T-A---G-C-TCT----A-GC-C-G--A-A--C--T-TT--G-A--TAA----AT-A-A---TAA---------------C-A--T---CGTC-TT-C-GGGtttagagaaatt
gi|71615                      : ATCT--T--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTTT-GG----T-G-C-C-AA------CCT-TA---T----T----AT-TT-C----AT-T-GTT-CA-T-C-GGAC-ATTTTT-TT--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T------G-T--C--AA---CG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-GC-C-A--A-A--G--T-TT--AGA--C-A--G-AC-A-A----AGA-T-A--TATGTAATC-A--T---CATC-TT-T-TGGGTATaaatttcgagagaaatt
gi|71616                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-G----T--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G---C-CA------TC--TA---T----T-------TT-T----A--T-GTT----C-C-GGAC-----TC-TA--T-T-T-ATTT-T-A-TATAA-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCT----A-CC------A-AGTG--T-TT--ATA--C-A--G-AC-A-A---GAG--T-C--T------TC-A--T---CGttgaggagaaatt
gi|71617                      : ATCT-ATG-A-T-T--A-CACTC-A---AA----TCT----AA---CACA-G----G--T---C-G--A-A----TTT--GG----A-G-C-A-CA------TCTACG---T----T----TA-TTAC----AC-TTGTTTCA-C-C-GGACCA---TC-CA--T-T-TTA-TT-T-A-T---A-T---C--A-T--CTTAA----G-T--------T-A---G-T-TC-----A-CCAT-G--ACA--G--T-TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-A--C------TC-A--T---CGCA-TT-T-GGCGTATatatttcgtatttagggaaatt
gi|71618                      : ATTT-AT--A-T-T--A-T---C-A---AA----T-T----AT---GA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG----T-G-T-C-AA------TTG-TA---TATACTG---TA-TT-C----AT-T-GTT-CA-T-T-GGAC-A---TG-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--A-T--T--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-AC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAAA-TAA--TAA----TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGGATtaggagaaatt
gi|71619                      : ATAT-AT--A-T-T--A-T---T-ATGAAA----T-----------CA-A-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG----T-G-T-C-AA------TCT-TA---T----T----TA-TT-T----GT-T-GTT-TA-C-T-GGAC-A---TC-TG--T-T-T-G-GT-T-A-T---G-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-T---G-T-TCC----A-GC-T-A--A-A--C--T-TT--A-A--CAA--C-AC-A-A---AAGA-T-A--T------TA-A--T---CGTC-TT-T-GGGGttcggggagaaa
gi|71620                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-TA---AA---CA-G-G----T--C---C-G------A--TTT--GG----CAG-C-A-CC------CGT-AA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GGT-CACC-C-GGAC-A---TC-TG--T-T-A-T-TT-T-A-T---A-T---C--A-TCCC--AA---TG-T----A---G-A---G-TCCCC----A-CCTT-GCCA-A--G--T-TT--A-A--CAA--GAAC-A-A---GAAA-T-C--T------TC----------TC-TT-T-GGattttgcggaaaaa
gi|71621                      : ATCT-ATCTA-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-C--A-A-A--TTT--TG----T-G-T-C-AA------CCT-TA---T----A----TA-TT-C----AT-T-TTT-AA---------------------------A-TT-T-A-T---G-T---C--G-T--C--AA---AG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-GT-C-A--A-A--G--T-TG--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-A--A------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGcacgttttttggagaaatt
gi|71622                      : ATCT-AT--A-C-TTAA-C---T-A---AAGT--C-T----AA---CA-A-G----G--T---CCG--ATA-A--TTT--GG----A-G-C-A-CA------CCTGTA---T----T-----A-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-TAGAAA-A---TC-TG--T-TGT-A-TT-T-A-TA--A-T---C--A-T--C--AA---TG-TTAAGA---A-A---A-T-CCCACA-A-CC-T-G--A-A--G--TCTT--ATA--CAA--G-AC-A-AAAGAAGA-T-C--T------TC-A--TA--CGTT-TT-T-aagattttaggagacatt
gi|71623                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-G----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-CAAA------CCT-TA---T----CA---TA-TT-C----AC-T-GTC----C-C-GGAC-A---T--TC--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T---T--G-T--C--AA---TG-T----A---T-A---tgtgcgtataataaatcggagaaat
gi|71624                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-A--A-A-A--TTT--GG----T-G-T-C-AA------CCT-TA---T----T----TA-TT-G----AT-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TT-T---T-T-T-A-
gi|71625                      : ATAT-AT--A-T-C--A-T---T-T---AA----T-C----AT---CC-G-C----G--T---C-A--A-A-A--TTG--GG----T-G-A-T-AA------TTT-TA---T----T----TA-TG-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGGC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T---T---G-TTGCC--A-A--T--AA---TG-T----A---C-A---T-T-TCC----A-GC-T-C--A-A--A--T-TG--A-A--CAA--G-AC-A-A----AGC-T-A--G------CC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGGAT
gi|71626                      : ATCT-AA--A-C-T--A-C---T-G---AA----T-G----AA---GA-G-A----G--T---T-G--A-A-A--TTG--GG----C-G-T-C-GA------TC---A---T----T----TA-TG-C----AT-T-GT-----------GC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---C-C---C--A-T--T--AA---TG-T----A---T-A---G-C-CTC----A-GC-TGG--A-A--G--C-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AATA-T-A--A------TC-A--A---GGTC-TT-T-TGGgtcggggaggaaat
gi|71627                      : ATCT-AT--AAT-T--A-C---T-A---AA----T-T----AAACGCA-A-G----G--T---C-A--A-AGA--TTT--GG----C-G---C-CA------CCT-TA---T----TC---TA-TTAC----AC---GTT-CA-C-C-CGAC-A---TCTTA--T-T-aggtctctgggagaaa
gi|71628                      : ATCT-AT--A-CGT--A-C---TTA---AA----T-TGGATAA---CA-A-GTCGCG--C---C-G--G-A-A--TTTT-GG----C-G-CAC-CATTTTTACCT-AC---T----T----TA-TT-C----AC-G-GAT-CC-C-C-GGACAA---TC-TACCT-T-T-AGTT-T-A-T---T-A---T--A-T--C--AATTTTG-T----AAACT-AGGTG-T-TCCTACGA-CCATGG--A-A--G--T-TT--C-ATGCAA--GAAC-ATA---GAGA-T----T------TC-G--T---CGTA-TT-T-
gi|71629                      : ATCT-AT--G-C-T--A-T---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG----T-G-T-CAAA------TCT-TA---A----T----TA-TT-C----AT-T-GTT-CA-C-T-GGAC-A---Tcgtgattatttaggagaaatt
gi|71630                      : ATCT-AT--A-T-T--A-T---T-A---AAACAAG-T----AA---CA-G-GA---G--T---C-G--G-A-A--ATT--GG----T-G-T-C-AA------TCT-TA---T----T----TA-TT-C----AT-A-GTT-CG-C-C-GG----------------------TT-T-A-T---G-C---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TC
gi|71631                      : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-G----G--T---C-C--G-A-A--TTT--GG----A-G-C-A-CA------CCG-TA---T----T----TA-TT-C----
gi|71632                      : ATCT-AT--A-G-C--A-T---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----A--T---C-G--A-A-A--TTT--TG----T-G-T-C-C---------T-AA---A----T----TA-T-----------------A-T-C---AT-A---GC-CA--T-T-T-A-TT-C-A-T---G-C---C--ACT--C--AA---TG-T----A---T-A---A-G-TCC----AGCC-C-A--A-A--G--T-TT--A-A--CAATCG-ACAA-A---GTGA-T-T--A------TC-A--T---TAT--TC-T-GGAG
gi|71633                      : ATCT-AT--A-T----A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-A-G----G--T---C-G--A-A-AG-TTT--GG----C-A-C-A-CA------TCC-TA---T----T----TA-GT-CTCTTAC-T-GTT-C--T-C-G----A---TT-TG--C-TGT-A-TT-T-A-ggattttcgaggagaaa
gi|71634                      : ATTT-AT--A-T-T--A-T---C-A---AA----T-T----AA---GA-G-A----G--T---C----A-A-A--TTG--GG----T-G-T-C-CA------TTG-TA---TAC--TACAGTA-TT-C----AT-T-GTT-CA---T-GGAC-A---TG-TA--T-T-TAA-TT-T-A-T---G-----C--ACT--T--AA---TG-T----A---TGA---G-T-TAT----T-CC-A-A--ACA--G----TT--A-A--CAA--A-GC-A-A---AAAA-A-T--A------AC-A------CGTCGTT-T-GGGGGATgagaaattgtcaatata
gi|71635                      :  TCT-AT--A-T----A-C---TTA---AA----T-T----TA---CA-A-G----GCGT---C-G--G-A-A--TTT--GG----C-G-C-A-CA------TCA-TA---T----T----TA-TT-CACT-AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--TAT-T-A-TTATAA-T---A-T---C--A-T--CA-AA---TGTT----A---T-A-----T-TCT----A-CC-T-G--A-A--A--G-TT--A-A--CAA--GAAC-A-A---G-GA-T-C--T------TCTG--T---CGTA-TT-T-GGttgggagaaa
gi|71636                      :  TCT-AA--A-A-C--A-T---T-A---AA----T-C----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG----T-G-T-T-GC------TCT-TA---T----T----TA-TT-C----GT-T-GTT-CA-T-C-GGAC-A---Tttatttaggagga
gi|71637                      :   CT-A---A-T-T--A-C---T-A---A-------T----AA---CA-A-G----G--T---C-GCCG-A-A--TTT--GG----A-G-G-CACA------TCC-TA---T----T----TA-TT-C----AA-C-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---CAAA-C--C--AA---TG-T----G---T-A---G-T-TCT----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-AACCAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTAT
gi|71638                      :   CT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CT-A-G----G--T---C-A--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-A-CA------TCC-TA---T----T----TA-TT-tttaggaaatt
gi|71639                      :    T-AT--T-T-T--A-C---C-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---C-A--AGA-A--TAT--TG----T-G-T-A--A------CCA-TACATT----T----CA-TC-G----ATAT-GTT-CA-T-C-GGAC-A---GC-TT--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T---CTGA-T--C--AA----G-T----AT--T-AC--G-T-TCC----A-GC-C-A--A-A--G--G-TT--
gi|71640                      :     -AC--A-T-T--A-------A---AA----T-C----AA---CA-G-A----G--T---C-G--A-A-A--TTG--GG----T-G-T-T-GC------TCT-TA---T----T----TA-TT-C----GT-T-GTT-CA-T-C-GGAC-A---T
gi|71641                      :                  -C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-A----G--T---T-G--A-A-A--TCT--GG----C-G-T-C-AA------CTT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CG-C-C-AGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-A---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--GT-T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAGA-T-A--T------GC-A--T---CGTA-TT-T-GGAGGAT
gi|71642                      :                  -C---T-A---AA----T-G----AA---AA-A-A----G--T---C-A--A-A-A--TTG--AG----T-G-T-T-GC------TGT-TA---T----G----TA-TT-C----AT-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-C-T-A-TT-T-A-T---G-C---T--A-T--C--AA---TG-T----A---C-A---G-T-TTC----A-GC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AAGA--------------CAA--T---CGTC-TT-T-GGGGttcgggtagaaatt
gi|71643                      :                        -A---AA----T-T----AA----A-A-G----G--T---C-G--G-A-A--TTT--GG----G-A-G-C-AA------TCC-T----T----T----TA-TT-C----ACATAGTT-CA-C-C-GG-C-A---TC-TA--C-T-G-T-TT-T-A-TA--G-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCT----A-C--T-G--A-A--G--T-TT--A-AG-CAA-----C-A-A---GAGA-T-C--T------TC-G--T---CGTA-TT-T-GGCGTATggtggggggagaaatt
gi|71644                      :                                                     ----G--T---C-G--G-A-A--TAG--GG----T-G-T-C-AA------TTT-TA---T----A----TA-CT-C----AT-T-GTT-TA-A-T-GGAC-A---TC-CA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--A-T--C--AG---TG-T----A---C-A---G-T-TCC----A-CT-T-C--A-A--G--T-TT--A-G--C-A--G-AC-A-A---AAGA-T-A--A------TC-A--T---GGTC-TA-T-GGGGGATttttaggaagaaatt
gi|71645                      :                                                                 -G--G-A-A--TTT--GG----G-A-C----A------TCT--A---T----T----TAATT-C-----C-T-GTT--A-C-G-GAAT-A----C-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---A-T---------------A---TA-T----G---T-T---G-T-T------A--C-T-G--A-A--G--G-TT-------CCA--G-AC-ATA---GAGA-T-TTAT------TC-G--T---TATG-TT-T--GGGTATttccgggg
gi|71646                      :                                                                               --GG----C-G-C-A--A------TCC-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---Ttttagagaa
gi|71647                      :                                                                                                A------CCT-TA---T----T----TA-TC-C----AT-T-GTT-CA-T-C-GGAC-A---TT-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--G-T--C--AA---CGGT----A---T-A---G-T-TCC----A-GC-C-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-G--A------TC-A--T---CATC-TT-T-GGGG
gi|71648                      :                                                                                                A------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---Tgttttgaggagaaa
gi|71649                      :                                                                                                                               -C----AC-T-GTT-CA-CAC-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T-----T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-CTA----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--GAA--G-AC-A-A---GAGA-T-G--T------TC-A--T---CGTA-TT-T-GGCGTAT
gi|71650                      :                                                                                                                                                        C-A---TT-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-C---C--A-C--C--AA---TG-T----A---C-T---G-T-TCC----A-GC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AG-A-A---AAGA-T-A--A------TC-A--T---CATT-TT-T-GGAGTATtttaggagaaatt
gi|71651                      :                                                                                                                                                        C-A---TT-TA--A-T-T-A-T----A-T---A-T---C--A-T--C--AA---TGGT----A---T-A---G-T-TCC----A-C--T-G--A-C--G--TATT--A-A--CAA----AC-A-A---GAGA-T-C--G------TC-A--TGCGCGTCATT-C-GGTATATttcgggcagaaa
gi|71652                      :                                                                                                                                                                                        acc---C--A-T--C--AA---TG-T----A---C-A---A-T-TTC----A-GC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---AACA-T-A--A------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGgttgagagatatt


blockSeqs                     :        CT     TA   ACT T TGA  ACAA   GGAT  ACG      TCGC CG ATA   CC T   AA   TA  GTCAC  CCAC   TTTTTA   A  CAT ATAC ACAG  A  A TCTT  A T               C TTT     CC   G T T        ATAA  TGC AA C CC TT  TTT  T TAAG AAC   GGT       TACG    A G CC C GT TT C  TA G TG   TC A  A T AAG    T ATATGTAA     T TT GCG   CG  C G
blockSeqs                     :        G      T    A   T .    GT     A     .        A    .  C     .  G   T    T   CA     GCCC   .        G  .   AC   G     C  A ACT   A A               A A       T    G A G        GA    .   TG C .  A   .    G C    C     C         ACA     T G A  C .  T  A  A  T AC   .  A  . T .      . AATAA        A .  A     CA  . G
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    C      .     .        A    .  .     .  .   G    T   C      ACCC   .        .  .   .    A     A  . C     . .               . .       .    G . .        AA    .   .  . .  .   .    G .    T     .         .       A . .  . .  T  .  .  T G    .  A  . . .      . TTAT         . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      CCAA   .        .  .   .    C     .  . .     . .               . .       .    . . .        AG    .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  A  . . .      . TT           . .  .     T   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      CACC   .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     T   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      TCAA   .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      GCAC   .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      CCC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     T   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . TT           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   A      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      CCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      CCC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     T   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      TCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      TCC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      TCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . AC           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   A      CCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . AT           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      TCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . AA           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      TCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   A      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . AG           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      TCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . AA           . .  .     T   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . TA           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      TCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . TA           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      ATA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        C     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      TCG    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        T     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      TCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . AT           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CT           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      TCC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . AA           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   A      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . GA           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      TCC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . GT           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . AA           . .  .     G   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      TTG    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . CG           . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      CAC    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . AA           . .  .     A   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      TTG    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . C            . .  .     T   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   A      TCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . T            . .  .     C   . .
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      TTG    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . .            . .  .     .   .  
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      GCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        G     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .  . .    .  .  . . .      . .            . .  .            
blockSeqs                     :        .      .    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      TCA    .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        A     .   .  . .  .   .    . .    .     .         .       . . .  . .  .  .  .                                                           
blockSeqs                     :                    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   C      CC     .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .        .     .   .  . .  .   .    . .    .     .                                                                                               
blockSeqs                     :                    .   . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   T      CC     .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .              .   .  . .  .   .    . .    .     .                                                                                               
blockSeqs                     :                        . .    .      .     .        .    .  .     .  .   .    .   G      TA     .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    . . .                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                     .    .  .     .  .   .    .   T      CA     .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .       .    .                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                   .  .   .    .   G      C      .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                               .   C      C      .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                 .        .  .   .    .     .  . .     . .               . .                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                 .        .  .   .    .     .  . .                       . .                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                               .                         . .                                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-CA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGTAT
finalCons                     : ATCT-AT--A-T-T--A-C---T-A---AA----T-T----AA---CA-G-G----G--T---C-G--A-A-A--TTT--GG----C-G-C-C-CA------CCT-TA---T----T----TA-TT-C----AC-T-GTT-CA-C-C-GGAC-A---TC-TA--T-T-T-A-TT-T-A-T---G-T---C--A-T--C--AA---TG-T----A---T-A---G-T-TCC----A-CC-T-G--A-A--G--T-TT--A-A--CAA--G-AC-A-A---GAGA-T-C--T------TC-A--T---CGTC-TT-T-GGGGTAT