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Reference ( gi|31333 )        :                                  TACAT-A-TCAT-T----ATAAG-GG-AAA-CT-----TAG--A-TT-ATTA-TA-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTACA-TATTAT
gi|31337                      :                                  TACAT-A-TCAT-T----ATAAG-GG-AAA-CT-----TA---A-TT-ATTA-TA-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTGCA-TATTAT
gi|31332                      :                                  TACAT-A-TTAT-T----ATAAG-GG-AAA-CT------AG--A-TT-ATTA-TA-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTACA-TATCAT
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gi|31364                      : atagttattgtagagaaaaccactagcattgatTATAT-G-TTAT-T----GTAAG-GG-AA---C-----TAG--A-TT-ATTA-CA-------T--A------------------TCATTAT---A-A----GG------GCAAACTAT-AGA-TT-ATTATA-
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gi|31376                      : atattgtaaataaggtaactaaattatT-A-TTAT-TATA--A-----G---GG-AAA-AT------AG-A-T--T-ATTAT-A-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G--AAC--T-AGA-TT-ATTACA-TATCAT
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Reference ( family-385 )      :                        TACAT-A-TTAT-TGTA--A-----G---GG-AAA-CT-----TAG-A-T--T-ATTAC-A-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTACA-TATTAT
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gi|31376                      : atattgtaaataaggtaactaaattatT-A-TTAT-TATA--A-----G---GG-AAA-AT------AG-A-T--T-ATTAT-A-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G--AAC--T-AGA-TT-ATTACA-TATCAT
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gi|31383                      :                                                              -----TAGCA-T--T-ATTAC-A-------T--A------------------TTATTAT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTATA-TGTTAT


blockSeqs                     :                                         TA CATAA TAA        TGAAACT  C   AT A       ATGTACA TA TTGTAAAATAATGATTTT       TAT   ATAA  GAAACT A    TA A      A      T
blockSeqs                     :                                         .  ATAA  A          CACT     C   .  G       T       .  .                        .     ATAA  GAAACT C    T  A      A      T
blockSeqs                     :                                         .  ATAA  .          TAT      .   .  .       .       .  .                        .     G     .      .    T  A      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          TT       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    A  C      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          TT       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    T  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          TT       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    T  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          TT       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          TT       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          TA       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          TA       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          CT       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          TA       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          TC       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          CT       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          TC       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          CT       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          AT       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          CT       .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          T        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
blockSeqs                     :                                         .  .     .          C        .   .  .       .       .  .                        .     .     .      .    .  .      .      .
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originalCons                  :                        TACAT-A-TTAT-TGTA--A-----G---GG-AAA-CT-----TAG-A-T--T-ATTAC-A-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTACA-TATTAT
finalCons                     :                        TACAT-A-TTAT-TGTA--A-----G---GG-AAA-CT-----TAG-A-T--T-ATTAC-A-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTACA-TATTAT





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lowQualScore                  :                             8 8    8    00 00000 000  7   7 3333333  5 7 00 5     7 1111111 00 444444444444444444       333 7 9999  333333 5    77 0   8  5      6      
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Reference ( family-385 )      :                        TACAT-A-TTAT-TGTA--A-----G---GG-AAA-CT-----TAG-A-T--T-ATTAC-A-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTACA-TATTAT
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gi|31369                      :                        TACAT-A-TTAT-TGTA--A-----G---GG-AAA-CT-----CAG--------ATTAC-A-------T--G------------------TTATTGT---T-A----GGGAAACTG-AAAC--T-AGA-TG-ATTGTA-TGTTAT
gi|31370                      :                        TACAT-A-T-AT-TGTA--AATAA-G---GT-AAA-CT------AA-A-T--T-ATTAC-A-------T--A------------------TTATT-T---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-T
gi|31371                      :                        TATAT-G-TTAT-TGTA--A-----G---GG-AA---C-----TAG-A-T--T-ATTAC-A-------T--A------------------TCA-TAT---A-A----GG------G-AAACT-T-AGA--T-ATTAT--TATTAT
gi|31372                      :                        TACAT-G-TTAT--GTT--A-----G---GG-AAA-C-------AG-AAT--T-ATTAC-A-------T--A------------------T-ATTGT---A-AATAAGG------T-AAAC--T-AAA-TT-ATTACA-TATTAT
gi|31373                      :                          CAT-G-TTAT-TATA--A-----G---GA-AAA-CC------AG-A-T--T-ATTAC-A-------T--G------------------TTATTGC---A-A----GG------T-AAAC--T-ATA-TT-ATTACA-
gi|31374                      :                           AT-AGTTAT-TGTA--G-----A---GA-AAA-CCAC---TAGCA-T--TGATTAC-A-------T--A------------------TTATTAT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTATA-TGTTAT
gi|31375                      :                                 TAT-TGTA--A-----ATAAGG-TAA-CT------AA-A-T--T-ATTAC-A-------T--A------------------TTATTGT---A-A----GG------G-AAAC--TCAG-----ATTACA-TGTTAT
gi|31375                      :                       aTACAT-A-TTAT-TGTA--A-----G---GG-AAA-CT-----CAG--------ATTAC-A-------T--G------------------TTAT
gi|31376                      : atattgtaaataaggtaactaaattatT-A-TTAT-TATA--A-----G---GG-AAA-AT------AG-A-T--T-ATTAT-A-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G--AAC--T-AGA-TT-ATTACA-TATCAT
gi|31377                      :                            T-A-TTGT-TATA--A-----G---GG-AAA-C------TAG-A-T--T-ATTAC-AT------T--A------------------TTATTGA---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTACA-TATTAT
gi|31378                      :                                 TAT-TGTA--ACATAAG---GA-AAA-C--------A-A-T--T-ATTAT-A-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TC-ATTACA-TATCAT
gi|31379                      :                            T-G-TTAT-TGTA--A-----G---GG-AA---C-----TAG-A-T--T-ATTAC-A-------T--A------------------TCATTAT---A-A----GG------G-AAACT-T-AGA-TT-ATTATA-TGTTAT
gi|31380                      :                               -TTAT-TGTA--------G---AG-AAA-CA-----TAG-A-T--T-ATTAC-A-------T--A------------------TTATTAT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTATA-TGTTAT
gi|31381                      :                               -TTAT-TGTA--A-----G---GG-AA---C-----TAG-A-T--T-ATTAC-A-------T--A------------------TTATAAT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTATA-TGT
gi|31382                      :                                            -----G---GG-AAA-AT------AG-A-T--T-ATTAT-A-------T--G------------------TTATTGT---A-A----GA------G-AAAC--
gi|31383                      :                                                              -----TAGCA-T--T-ATTAC-A-------T--A------------------TTATTAT---A-A----GG------G-AAAC--T-AGA-TT-ATTATA-TGTTAT