lowQualScore                  :     0  1 66 0 3333 1    0 11   1 0 1  1 1 0 0  00 222222  333333333 11  0 22222222 0  555555 2 11   33333333333333 1111 0 11    0 0 0    
lowQualScore                  :     .  . .. . .... .    . ..   . . .  . . . .  .. ......  ......... ..  . ........ .  ...... . ..   .............. .... . ..    . . .    
lowQualScore                  :     8  6 88 8 8888 5    8 00   5 8 5  4 4 5 5  66 999999  555555555 11  5 11111111 5  999999 3 11   22222222222222 4444 9 11    5 5 5    
consensus                     : GACT-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------C-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
Reference ( gi|37955 )        : GACT-GA-C-GG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37956                      : GACT-GA-C-GG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATA
gi|37958                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CACT-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37957                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--AAACA-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37959                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CA-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37962                      : GACT-GA-C-TG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GTTA-T-A-ATA
gi|37964                      : GACT-GA-C-GG-A----T-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TATAC------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37960                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A----T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37961                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--CAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--T-G-T--TGT--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37963                      : GACT-GA-C-AG-A--------GT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37968                      : GAAT-GA-C-GG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--A------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-G-AT
gi|37966                      : GACT-GA-T-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CC-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-CA-------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37971                      : GACT-GA-C-TG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-G-T-A-TA--C------CCTCGACCCT-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37967                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GGAT-A--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------T-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-TAA-ATAA
gi|37977                      : GAAT-GA-C-GG-A----C-GGGT-C--AAA-A---CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CA-C--------A-AC-T--C-C-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37970                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-G--A-G----TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37969                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA---------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37976                      : GACT-GA-C-TG-A----C-TGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-ACAT--C-GTT--TGA--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37972                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GG-T-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-G--C-G-T--TTC--------------G-T--GTG--GGTA-T-A-ATAA
gi|37973                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GG-T-C--GAA-A-A-CA-T------A--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37974                      : GACG-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--T-T-A-TA--C------CT-------C-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-ATATA
gi|37975                      : GACT-GAAC-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CA-------C-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--T----------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATA
gi|37978                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-AACA--------A--C------CT-------C-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37979                      : GACT-GA-C-AGCA----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CCCG-----T-C--CG-C--------A-A--T--C-G-T--TGC--------------G-T--T-G--GG-A-T-A-ATAA
gi|37983                      : GACT-GA-CTGA-A----C-CTGT-C--AAA-A-A-CA-TAT-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGCA-------------A-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37980                      : GACT-GA-C-AG-AA---C-GGGT-C--TAA-A-A-CA-T-T-A-TA--CA-----CC-------T-C--CG-C--------A-AA-T--C-GTT--TGC--------------G-T--G-G--GATATT-A-ATAA
gi|37981                      : GACTTGA-C-AG-A----C-GCGT-C--AAA-A-A-CA-T-TTA-CA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--TATA-T-
gi|37965                      : GACT-GA-C-GG-------------T--AAA-A-A-C--T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------GTT--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37984                      : GACT-GA-C-GG-AGTGAC-AGGT-C--AAA-A-A-CA-A-T-A-TA--T------CC---------C--AG-C--------A-ACTT--T-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37982                      : GACT-GA-C-AG-A----C-GGGTTC--AAG-A-A-CAAT-T-A-TA--C------CC-------T-C--CA-C--------A-AC-TC-C-G-T--T-C--------------G-T--G-A--GGTA-T-A-A
gi|37985                      : GACT-GA-C-TG-A----G-CGGT-C--AAA-GCA-CA-T-T-A-TA--C------CT-------T-C--CGGC--------A-AC-TG-C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-
gi|37986                      : GACT-GAGC-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-AACA-T-T-A-TA------------------T-C--CG-C-------------T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-
gi|37991                      : GACT-GA-C-GG-A----C-GAGT-C--ATA-A-A-CG-T-T-A-TA--C------AC-------T-C--CG-C--------A-AT-T-----------C--------------G-T--G-A--GATA-A-A-ATAA
gi|37987                      : GACT-GA-C-TG-C----CTGGGT-C--AAA-A-A-CA-G-T-A-TA--CATGTACCC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-
gi|37990                      : GACT-GA-C-TG-A----C-AGAT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--T------CC-------T-C--CA-C--------A-AC-T--C-A-T--AGC--------------
gi|37988                      : GACT-GA-C-AG-ATCA-C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-A
gi|37989                      : GACT-GA-C-AG-C----T-GAGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--CAA----AG-------T-C--CG-C----------AC-T--C-G-TTGTGC--------------G-TTAG-G--GGTA-T-A-A
gi|37992                      : GACA-GA-C-AG-A----CAGGGT-----GA-A-A-CA-TAT-A-TA--C------CC-------C-C--CA----------A-AC-TTCC-T-T--TGT--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37993                      : GACA-GA-C-AG-A----C-AGGT----GAA-A-A-CC-TAT-A-TA--C------CC-------C-C--CC-CCAAAAAAAA-AC-T--C-G-T--T-T--------------G-C--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37994                      : GAAT-GA-C-AG-A----C-AGGA-C--AAA-A-A-CA-A-T-A-TG--C------CC-------C-C--CA-T--------A-ACTT--C-GAT--CAC--------------G----G-G--GGCA-T-A-AAAA
gi|37995                      :  ACT-GA-C-AG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-AC-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-A--T--C-G-TA-TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37996                      :  ACA-GA-C-AG-A----C-TGGT-C--AAA-A-A-CT-A-T-G-TA--C------CA---------A--AG-T--------A-AC-T--TTG-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37997                      :   CT-GA-C-TG-A----T-GGGT-CTCAAATA-A-CA-T---A-TA------------------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-GA-GGTA-T-A-ATAA
gi|37998                      :     -GA-C-TG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|37999                      :     -GA-C-TG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-A
gi|38000                      :     -GA-C-TG-A----C-GGGT-C--AAA-A-T-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--AG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|38001                      :     -GA-C-TG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-------C------TC-------T-C--CG-C--------G-TC-T--C-G-T--TGC--------------A-T--G-G--GG-A-T-A-GT
gi|38002                      :     -GA-C-TG-A----C-GGGT-C--AAA-A-T-CA-A-T-A-TA--C------CC---------C--AG-T--------A-ACTT--C-G----CAC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|38003                      :     -GA-C-CG-A----T-GGGT----ATA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------TC-------T-C--CA-C--------A-AC-T--T-A-T--TGC--------------A-T--G-G--
gi|38004                      :       A-C-AG-A----C-GGA--C--AAA-A-A-CAAT-T-AATA--TA-----CC-------T-C--AG-C--------A-AC-TT-C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|38005                      :       A-C-TG-A----T-GGGT-C--AAA-A-A-CA-A-T-A-TA--C------CC---------C--AA-C--------A-ACTT--C-A-T--TGC--------------A-T--G-G--AGTA-T-A-AT
gi|38008                      :            G-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------C-C--CG-C--------A-AA-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|38009                      :             -A----C-GGGT-C--AAA-A-A-CA-T-T-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--G--A-T-A-AT
gi|38007                      :                           --AAA-A-A-CA-T-A-A-TA--C------CC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--CGCCCCGGGCTCATCGTG-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA
gi|37956                      :                               cagactgA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-AT
gi|37958                      :                gactgacggacgggtcaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-Aa
gi|37957                      :              gactgacagacgggtcaaaaacacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-ATaa
gi|37959                      :               gactgacagacgggtcaaacaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGT--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-ATaa
gi|37962                      :                gactgacagacgggtcaaaaacA-T-T-A-TA--A------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-AT
gi|37964                      :                gactgactgacgggtcaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T---ATAAa
gi|37960                      :               gactgacggatgggtcaaaaacaA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-AT
gi|37961                      :                  gactgacagacgggtcaaaaA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CA-C--------A-AC-A--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-ATaa
gi|37998                      :                gactgacagacgggtccaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-ATaa
gi|37963                      :                    gactgacgggtcaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-AT
gi|37966                      :                   gactgacagagtcaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-GTT--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-Aaa
gi|37971                      :               gactgatagacgggtcaaaaaccA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGT
gi|38000                      :    gactgactgacgggtcaaaaacagtataccctcgA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC----------------T--GAG--GGTA-T-A-ATGAaa
gi|38008                      :                      gactgacgggtcaaaaA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-T-T--TGC--------------G-G--G-G--GGTA-T-A-ATaa
gi|37977                      :                        gacgggtcaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AG-G--A-G-T--TGT--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-ATaa
gi|37970                      :                 gaatgacggacgggtcaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A--C-T--C-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-AT
gi|37969                      :                gactgacagacgggtcaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G----G-A--GGTA-T-A-AT
gi|37972                      :                gactgacagacgggtcaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------A-CA-CG-A--------A-AC-G--C-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-AT
gi|37973                      :                 gactgacagacggtcaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-aa
gi|37975                      :                 gactgacagacggtcgaaaacA-T-T-A-TA--C------CC------------CA-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--G-T--GGTA-T-A-ATaa
gi|37995                      :               gactgaacagacgggtcaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------ATA-----C-GAT--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-Aa
gi|38009                      :                actgacagacgggtcaaaaaacA-T-T-A-T----------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-AT
gi|37978                      :                         acgggtcaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--G-A--GGT
gi|37983                      :              gactgacagacgggtcaaaaaacaA-T-T-A-TA--C------CC-------CAT--TG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-aa
gi|37965                      :            gactgactgaacctgtcaaaaacataA-T-T-A-TA--C------CC---------CAACG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-A
gi|37984                      :                      gactgacggtaaaaacA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-ACAA--A-G-T--TGC----------------T--G-G--GATA-T-A-
gi|38004                      :          gactgacggagtgacaggtcaaaaacaaA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-GA-A-G-T--TGC----------------T--G-A--GGTA-T-A-TTAAaa
gi|38006                      :                    acagacggacaaaaacaaA-T-T-A-TA--C------C--------T-C--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-AT
gi|38006                      :                cagactgggtaaacgttccgtaA-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G----G-A--GGTA-T-A-AT
gi|37999                      :                 cagactgggtaaacgttccgta-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-AT
gi|37967                      :                     gactgacgggtcaaaaac-T-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--AGC--------------G-G--A-G--GGTA-T-A-AT
gi|37974                      :                   gactgacagacggataaaaaac-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--A-G-T--TGC--------------G-G--G-A--GGTA-T-A-Aataa
gi|37985                      :                   gacggacagacgggtcaaaaac-T-A-TA--C------CC-------C-A--CG-C--------A-AC-G--CAG-T--TGC----------------C--G-GAAGGTA-T-A-ATtata
gi|38010                      :                                   gactgactgagcggtcaaagcacC-------T-C--CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ACAA
gi|38011                      :                                                                     --CG-C--------A-AC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G--GGTA-T-A-ATAA





Alignments
lowQualScore                  :     0  1 1 0 4444 2    0 11   1 0 1 22222222 2 2 0 0  11 333333  444 2222222 0 0 33333333   3 33 0 2 11   44444444444444 0 11 0 0    0 0 0    
lowQualScore                  :     .  . . . .... .    . ..   . . . ........ . . . .  .. ......  ... ....... . . ........   . .. . . ..   .............. . .. . .    . . .    
lowQualScore                  :     8  5 2 7 3333 2    7 00   5 7 5 66666666 2 2 7 7  00 888888  666 3333333 7 7 22222222   6 11 7 1 77   99999999999999 7 00 7 7    8 8 8    
consensus                     : GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
Reference ( family-380 )      : GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCC--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37955                      : GACT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37956                      : GACT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATA
gi|37957                      : GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAACA-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37958                      : GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------ACT-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37959                      : GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-A-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37960                      : GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A------------T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37961                      : GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--CAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--T-G-T--TGT--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37962                      : GACT-GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GTTA-T-A-ATA
gi|37963                      : GACT-GA-CAG-A--------GT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37964                      : GACT-GA-CGG-A----T-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TATAC------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37965                      : GACT-GA-C-----------GGT----AAA-A-A-C----------T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------GTT--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37966                      : GACT-GA-TAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------C-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-CA-------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37967                      : GACT-GA-CAG-A----C-GGAT-A--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------TAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-TAA-ATAA
gi|37968                      : GAAT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--A------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-G-AT
gi|37969                      : GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA---------CCT--C-------C-G-C--------AAC-G--A-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37970                      : GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-G--A-G----TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37971                      : GACT-GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-G-T-A-TA--C------CCT--CGACCCTCC-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37972                      : GACT-GA-CAG-A----C-GG-T-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-G--C-G-T--TTC--------------G-T--GTG-GGTA-T-A-ATAA
gi|37973                      : GACT-GA-CAG-A----C-GG-T-C--GAA-A-A-C--------A-T------A--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37974                      : GACG-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C----------T-T-A-TA--C------CTC--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-ATATA
gi|37975                      : GACT-GAACAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CAC--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--T----------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATA
gi|37976                      : GACT-GA-CTG-A----C-TGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AACAT--C-GTT--TGA--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37977                      : GAAT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A---C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-A-C--------AAC-T--C-C-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37978                      : GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-AAC--------A--------A--C------CTC--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37979                      : GACT-GA-CAGCA----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCCGTC-------C-G-C--------AA--T--C-G-T--TGC--------------G-T--T-G-GG-A-T-A-ATAA
gi|37980                      : GACT-GA-CAG-AA---C-GGGT-C--TAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--CA-----CCT--C-------C-G-C--------AAA-T--C-GTT--TGC--------------G-T--G-G-GATATT-A-ATAA
gi|37981                      : GACTTGA-CAG-A----C-GCGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-TTA-CA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T------GGTA-T-A-
gi|37982                      : GACT-GA-CAG-A----C-GGGTTC--AAG-A-A-C--------AAT-T-A-TA--C------CCT--C-------C-A-C--------AAC-TC-C-G-T--T-C--------------G-T--G-A-GGTA-T-A-At
gi|37983                      : GACT-GA-CTG-AA---C-CTGT-C--AAA-A-A-C--------A-TAT-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGCA-------------A-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37984                      : GACT-GA-CGG-AGTGAC-AGGT-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TA---------TCC--C-------A-G-C--------AACTT--T-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37985                      : GACT-GA-CTG-A----G-CGGT-C--AAA-GCA-C--------A-T-T-A-TA--C------CTT--C-------C-GGC--------AAC-TG-C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-
gi|37986                      : GACT-GAGCAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-AAC--------A-T-T-A-TA--T------CC-------------------------GC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-
gi|37987                      : GACT-GA-CTG-C----CTGGGT-C--AAA-A-A-C--------A-G-T-A-TA--CATGTACCCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-
gi|37988                      : GACT-GA-CAG-ATCA-C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AA
gi|37989                      : GACT-GA-CAG-C----T-GAGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--CAA----AGT--C-------C-G-C---------AC-T--C-G-TTGTGC--------------G-TTAG-G-GGTA-T-A-A
gi|37990                      : GACT-GA-CTG-A----C-AGAT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--T------CCT--C-------C-A-C--------AAC-T--C-A-T--AGC--------------
gi|37991                      : GACT-GA-CGG-A----C-GAGT-C--ATA-A-A-C--------G-T-T-A-TA--C------ACT--C-------C-G-C--------AAT-T-----------C--------------G-T--G-A-GATA-A-A-ATAA
gi|37992                      : GACA-GA-CAG-A----CAGGGT-----GA-A-A-C--------A-TAT-A-TA--C------CCC--C-------C-A----------AAC-TTCC-T-T--TGT--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37993                      : GACA-GA-CAG-A----C-AGGT----GAA-A-A-C--------C-TAT-A-TA--C------CCC--C-------C-C-CCAAAAAAAAAC-T--C-G-T--T-T--------------G-C--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37994                      : GAAT-GA-CAG-A----C-AGGA-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TG--C------CCC--C-------C-A-T--------AACTT--C-GAT--CAC--------------G----G-G-GGCA-T-A-AAAA
gi|37995                      :  ACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-A--------C-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AA--T--C-G-TA-TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37996                      :  ACA-GA-CAG-A----C-TGGT-C--AAA-A-A-C--------T-A-T-G-TA--C------CAA--A---------G-T--------AAC-T--TTG-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37997                      :   CT-GA-CTG-A----T-GGGT-CTCAAATA-A-C--------A-T---A-TA--T------CC-------------G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-GAGGTA-T-A-ATAA
gi|37998                      :     -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37999                      :     -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-A
gi|38000                      :     -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-T-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------A-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38001                      :     -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-------C------TCT--C-------C-G-C--------GTC-T--C-G-T--TGC--------------A-T--G-G-GG-A-T-A-GT
gi|38002                      :     -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-T-C--------A-A-T-A-TA---------CCC--C-------A-G-T--------AACTT--C-G----CAC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38003                      :     -GA-CCG-A----T-GGGT----ATA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------TCT--C-------C-A-C--------AAC-T--T-A-T--TGC--------------A-T--G-G-G
gi|38004                      :       A-CAG-A----C-GGA--C--AAA-A-A-C--------AAT-T-AATA--T------ACC--T-------CAG-C--------AAC-TT-C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|38005                      :       A-CTG-A----T-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TA---------CCC--C-------A-A-C--------AACTT--C-A-T--TGC--------------A-T--G-G-AGTA-T-A-AT
gi|38006                      :        -CAG-A----CTGGGT------A-A-A-CGTTCCGTAA-T-T-A-TA--C------CCC--A-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G----G-A-GGTA-T-A-AT
gi|38007                      :        -CAG-A----C-TG------AAA-A-A-C--------A-T-A-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--CGCCCCGGGCTCATCGTG-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38008                      :           G-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCC--C-------C-G-C--------AAA-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38009                      :            -A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-G--A-T-A-AT
gi|38010                      :                                                                 CT--C-------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ACAA
gi|38011                      :                                                                      -------C-G-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA





Alignments
lowQualScore                  :                    0  1 1 0 4444 2    0 11   1 0 1 22222222 2 2 0 0  11 444444  3333333    0 33333333   3 33 0 2 11   44444444444444 0 11 0 0    0 0 0    
lowQualScore                  :                    .  . . . .... .    . ..   . . . ........ . . . .  .. ......  .......    . ........   . .. . . ..   .............. . .. . .    . . .    
lowQualScore                  :                    8  5 2 7 3333 2    7 00   5 7 5 66666666 1 1 7 7  00 555555  2222222    7 22222222   5 11 7 1 77   88888888888888 7 00 7 7    7 7 8    
consensus                     :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
Reference ( family-380 )      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37955                      :                GACT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37956                      :                GACT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATA
gi|37957                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAACA-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37958                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------ACT-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37959                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCA-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37960                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A------------T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37961                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--CAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--T-G-T--TGT--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37962                      :                GACT-GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GTTA-T-A-ATA
gi|37963                      :                GACT-GA-CAG-A--------GT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37964                      :                GACT-GA-CGG-A----T-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TATAC------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37965                      :                GACT-GA-C-----------GGT----AAA-A-A-C----------T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------GTT--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37966                      :                GACT-GA-TAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------C-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-CA-------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37967                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGAT-A--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------TAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-TAA-ATAA
gi|37968                      :                GAAT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--A------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-G-AT
gi|37969                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA---------CC-------TCCG-C--------AAC-G--A-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37970                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-G--A-G----TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37971                      :                GACT-GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-G-T-A-TA--C------CCTCGACCCTCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37972                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GG-T-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-G--C-G-T--TTC--------------G-T--GTG-GGTA-T-A-ATAA
gi|37973                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GG-T-C--GAA-A-A-C--------A-T------A--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37974                      :                GACG-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C----------T-T-A-TA--C------CT-------CCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-ATATA
gi|37975                      :                GACT-GAACAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CA-------CCCG-C--------AAC-T--C-G-T--T----------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATA
gi|37976                      :                GACT-GA-CTG-A----C-TGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AACAT--C-GTT--TGA--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37977                      :                GAAT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A---C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCA-C--------AAC-T--C-C-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37978                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-AAC--------A--------A--C------CT-------CCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37979                      :                GACT-GA-CAGCA----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCCG-----TCCG-C--------AA--T--C-G-T--TGC--------------G-T--T-G-GG-A-T-A-ATAA
gi|37980                      :                GACT-GA-CAG-AA---C-GGGT-C--TAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--CA-----CC-------TCCG-C--------AAA-T--C-GTT--TGC--------------G-T--G-G-GATATT-A-ATAA
gi|37981                      :                GACTTGA-CAG-A----C-GCGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-TTA-CA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T------GGTA-T-A-
gi|37982                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGTTC--AAG-A-A-C--------AAT-T-A-TA--C------CC-------TCCA-C--------AAC-TC-C-G-T--T-C--------------G-T--G-A-GGTA-T-A-At
gi|37983                      :                GACT-GA-CTG-AA---C-CTGT-C--AAA-A-A-C--------A-TAT-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGCA-------------A-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37984                      :                GACT-GA-CGG-AGTGAC-AGGT-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TA--T------CC--------CAG-C--------AACTT--T-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37985                      :                GACT-GA-CTG-A----G-CGGT-C--AAA-GCA-C--------A-T-T-A-TA--C------CT-------TCCGGC--------AAC-TG-C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-
gi|37986                      :                GACT-GAGCAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-AAC--------A-T-T-A-TA------------------TCCG-C------------T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-
gi|37987                      :                GACT-GA-CTG-C----CTGGGT-C--AAA-A-A-C--------A-G-T-A-TA--CATGTACCC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-
gi|37988                      :                GACT-GA-CAG-ATCA-C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AA
gi|37989                      :                GACT-GA-CAG-C----T-GAGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--CAA----AG-------TCCG-C---------AC-T--C-G-TTGTGC--------------G-TTAG-G-GGTA-T-A-A
gi|37990                      :                GACT-GA-CTG-A----C-AGAT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--T------CC-------TCCA-C--------AAC-T--C-A-T--AGC--------------
gi|37991                      :                GACT-GA-CGG-A----C-GAGT-C--ATA-A-A-C--------G-T-T-A-TA--C------AC-------TCCG-C--------AAT-T-----------C--------------G-T--G-A-GATA-A-A-ATAA
gi|37992                      :                GACA-GA-CAG-A----CAGGGT-----GA-A-A-C--------A-TAT-A-TA--C------CC-------CCCA----------AAC-TTCC-T-T--TGT--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37993                      :                GACA-GA-CAG-A----C-AGGT----GAA-A-A-C--------C-TAT-A-TA--C------CC-------CCCC-CCAAAAAAAAAC-T--C-G-T--T-T--------------G-C--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37994                      :                GAAT-GA-CAG-A----C-AGGA-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TG--C------CC-------CCCA-T--------AACTT--C-GAT--CAC--------------G----G-G-GGCA-T-A-AAAA
gi|37995                      :                 ACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-A--------C-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AA--T--C-G-TA-TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37996                      :                 ACA-GA-CAG-A----C-TGGT-C--AAA-A-A-C--------T-A-T-G-TA--C------CA--------AAG-T--------AAC-T--TTG-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37997                      :                  CT-GA-CTG-A----T-GGGT-CTCAAATA-A-C--------A-T---A-TA------------------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-GAGGTA-T-A-ATAA
gi|37998                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37999                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-A
gi|38000                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-T-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCAG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38001                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-------C------TC-------TCCG-C--------GTC-T--C-G-T--TGC--------------A-T--G-G-GG-A-T-A-GT
gi|38002                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-T-C--------A-A-T-A-TA--C------CC--------CAG-T--------AACTT--C-G----CAC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38003                      :                    -GA-CCG-A----T-GGGT----ATA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------TC-------TCCA-C--------AAC-T--T-A-T--TGC--------------A-T--G-G-G
gi|38004                      :                      A-CAG-A----C-GGA--C--AAA-A-A-C--------AAT-T-AATA--TA-----CC-------TCAG-C--------AAC-TT-C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|38005                      :                      A-CTG-A----T-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TA--C------CC--------CAA-C--------AACTT--C-A-T--TGC--------------A-T--G-G-AGTA-T-A-AT
gi|38006                      :                       -CAG-A----CTGGGT------A-A-A-CGTTCCGTAA-T-T-A-TA--C------CC-------CACG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G----G-A-GGTA-T-A-AT
gi|38006                      :                                                    --------A-T-T-A-TA--C------C--------TCCG-C--------AAC-G--A-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|38007                      : cagactgggtaaacgttccgta-CAG-A----C-TG------AAA-A-A-C--------A-T-A-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--CGCCCCGGGCTCATCGTG-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38008                      :                          G-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------CCCG-C--------AAA-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38009                      :                           -A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-G--A-T-A-AT
gi|38010                      :                                                                                C-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ACAA
gi|38011                      :                                                                                          CG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA





Alignments
lowQualScore                  :                    0  1 1 0 4444 2    0 11   1 0 1 22222222 2 2 0 0  11 444444  3333333    0 33333333   3 33 0 2 11   44444444444444 0 11 0 0    0 0 0    
lowQualScore                  :                    .  . . . .... .    . ..   . . . ........ . . . .  .. ......  .......    . ........   . .. . . ..   .............. . .. . .    . . .    
lowQualScore                  :                    8  5 2 7 3333 2    7 00   5 7 5 66666666 1 1 7 7  00 555555  2222222    7 22222222   5 11 7 1 77   88888888888888 7 00 7 7    7 7 8    
consensus                     :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
Reference ( family-380 )      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37955                      :                GACT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37956                      :                GACT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATA
gi|37957                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAACA-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37958                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------ACT-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37959                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCA-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37960                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A------------T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37961                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--CAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--T-G-T--TGT--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37962                      :                GACT-GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GTTA-T-A-ATA
gi|37963                      :                GACT-GA-CAG-A--------GT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37964                      :                GACT-GA-CGG-A----T-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TATAC------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37965                      :                GACT-GA-C-----------GGT----AAA-A-A-C----------T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------GTT--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37966                      :                GACT-GA-TAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------C-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-CA-------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37967                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGAT-A--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------TAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-TAA-ATAA
gi|37968                      :                GAAT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--A------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-G-AT
gi|37969                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA---------CC-------TCCG-C--------AAC-G--A-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37970                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-G--A-G----TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37971                      :                GACT-GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-G-T-A-TA--C------CCTCGACCCTCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37972                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GG-T-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-G--C-G-T--TTC--------------G-T--GTG-GGTA-T-A-ATAA
gi|37973                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GG-T-C--GAA-A-A-C--------A-T------A--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37974                      :                GACG-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C----------T-T-A-TA--C------CT-------CCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-ATATA
gi|37975                      :                GACT-GAACAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CA-------CCCG-C--------AAC-T--C-G-T--T----------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATA
gi|37976                      :                GACT-GA-CTG-A----C-TGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AACAT--C-GTT--TGA--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37977                      :                GAAT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A---C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCA-C--------AAC-T--C-C-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37978                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-AAC--------A--------A--C------CT-------CCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37979                      :                GACT-GA-CAGCA----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCCG-----TCCG-C--------AA--T--C-G-T--TGC--------------G-T--T-G-GG-A-T-A-ATAA
gi|37980                      :                GACT-GA-CAG-AA---C-GGGT-C--TAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--CA-----CC-------TCCG-C--------AAA-T--C-GTT--TGC--------------G-T--G-G-GATATT-A-ATAA
gi|37981                      :                GACTTGA-CAG-A----C-GCGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-TTA-CA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T------GGTA-T-A-
gi|37982                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGTTC--AAG-A-A-C--------AAT-T-A-TA--C------CC-------TCCA-C--------AAC-TC-C-G-T--T-C--------------G-T--G-A-GGTA-T-A-At
gi|37983                      :                GACT-GA-CTG-AA---C-CTGT-C--AAA-A-A-C--------A-TAT-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGCA-------------A-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37984                      :                GACT-GA-CGG-AGTGAC-AGGT-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TA--T------CC--------CAG-C--------AACTT--T-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37985                      :                GACT-GA-CTG-A----G-CGGT-C--AAA-GCA-C--------A-T-T-A-TA--C------CT-------TCCGGC--------AAC-TG-C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-
gi|37986                      :                GACT-GAGCAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-AAC--------A-T-T-A-TA------------------TCCG-C------------T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-
gi|37987                      :                GACT-GA-CTG-C----CTGGGT-C--AAA-A-A-C--------A-G-T-A-TA--CATGTACCC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-
gi|37988                      :                GACT-GA-CAG-ATCA-C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AA
gi|37989                      :                GACT-GA-CAG-C----T-GAGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--CAA----AG-------TCCG-C---------AC-T--C-G-TTGTGC--------------G-TTAG-G-GGTA-T-A-A
gi|37990                      :                GACT-GA-CTG-A----C-AGAT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--T------CC-------TCCA-C--------AAC-T--C-A-T--AGC--------------
gi|37991                      :                GACT-GA-CGG-A----C-GAGT-C--ATA-A-A-C--------G-T-T-A-TA--C------AC-------TCCG-C--------AAT-T-----------C--------------G-T--G-A-GATA-A-A-ATAA
gi|37992                      :                GACA-GA-CAG-A----CAGGGT-----GA-A-A-C--------A-TAT-A-TA--C------CC-------CCCA----------AAC-TTCC-T-T--TGT--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37993                      :                GACA-GA-CAG-A----C-AGGT----GAA-A-A-C--------C-TAT-A-TA--C------CC-------CCCC-CCAAAAAAAAAC-T--C-G-T--T-T--------------G-C--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37994                      :                GAAT-GA-CAG-A----C-AGGA-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TG--C------CC-------CCCA-T--------AACTT--C-GAT--CAC--------------G----G-G-GGCA-T-A-AAAA
gi|37995                      :                 ACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-A--------C-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AA--T--C-G-TA-TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37996                      :                 ACA-GA-CAG-A----C-TGGT-C--AAA-A-A-C--------T-A-T-G-TA--C------CA--------AAG-T--------AAC-T--TTG-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37997                      :                  CT-GA-CTG-A----T-GGGT-CTCAAATA-A-C--------A-T---A-TA------------------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-GAGGTA-T-A-ATAA
gi|37998                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37999                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-A
gi|38000                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-T-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCAG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38001                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-------C------TC-------TCCG-C--------GTC-T--C-G-T--TGC--------------A-T--G-G-GG-A-T-A-GT
gi|38002                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-T-C--------A-A-T-A-TA--C------CC--------CAG-T--------AACTT--C-G----CAC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38003                      :                    -GA-CCG-A----T-GGGT----ATA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------TC-------TCCA-C--------AAC-T--T-A-T--TGC--------------A-T--G-G-G
gi|38004                      :                      A-CAG-A----C-GGA--C--AAA-A-A-C--------AAT-T-AATA--TA-----CC-------TCAG-C--------AAC-TT-C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|38005                      :                      A-CTG-A----T-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TA--C------CC--------CAA-C--------AACTT--C-A-T--TGC--------------A-T--G-G-AGTA-T-A-AT
gi|38006                      :                       -CAG-A----CTGGGT------A-A-A-CGTTCCGTAA-T-T-A-TA--C------CC-------CACG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G----G-A-GGTA-T-A-AT
gi|38006                      :                                                    --------A-T-T-A-TA--C------C--------TCCG-C--------AAC-G--A-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|38007                      : cagactgggtaaacgttccgta-CAG-A----C-TG------AAA-A-A-C--------A-T-A-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--CGCCCCGGGCTCATCGTG-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38008                      :                          G-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------CCCG-C--------AAA-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38009                      :                           -A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-G--A-T-A-AT
gi|38010                      :                                                                                C-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ACAA
gi|38011                      :                                                                                          CG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA


blockSeqs                     :                       A G   GTGA T      TC   C   A GTTCCGTA C A         ATGTAC  TCGACCC      CAAAAAAA   A TC   T TG   CCCGGGCTCATCGT
blockSeqs                     :                       G A   TCA  A      .    T   A .        A A         AA      CG           A          T C    T A    A             
blockSeqs                     :                       . A   A    T      .    .   . .        A A         A       .            .          T G    A .    .             
blockSeqs                     :                       . A   A    .      .    .   . .        . .         A       .            .          T T    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          T .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . G   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . G   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . G   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . G   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . G   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . C   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . T   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . A   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                       . .   .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                             .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                             .    .      .    .   . .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                                                    .        . .         .       .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                                                                                 .            .          . .    . .    .             
blockSeqs                     :                                                                                              .                                      


blockSeqCons                  :                
originalCons                  :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
finalCons                     :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA





Alignments
lowQualScore                  :                    0  1 1 0 4444 2    0 11   1 0 1 22222222 2 2 0 0  11 444444  3333333    0 33333333   3 33 0 2 11   44444444444444 0 11 0 0    0 0 0    
lowQualScore                  :                    .  . . . .... .    . ..   . . . ........ . . . .  .. ......  .......    . ........   . .. . . ..   .............. . .. . .    . . .    
lowQualScore                  :                    8  5 2 7 3333 2    7 00   5 7 5 66666666 1 1 7 7  00 555555  2222222    7 22222222   5 11 7 1 77   88888888888888 7 00 7 7    7 7 8    
consensus                     :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
Reference ( family-380 )      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37955                      :                GACT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37956                      :                GACT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATA
gi|37957                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAACA-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37958                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------ACT-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37959                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCA-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37960                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A------------T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37961                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--CAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--T-G-T--TGT--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37962                      :                GACT-GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GTTA-T-A-ATA
gi|37963                      :                GACT-GA-CAG-A--------GT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37964                      :                GACT-GA-CGG-A----T-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TATAC------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37965                      :                GACT-GA-C-----------GGT----AAA-A-A-C----------T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------GTT--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37966                      :                GACT-GA-TAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------C-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-CA-------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37967                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGAT-A--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------TAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-TAA-ATAA
gi|37968                      :                GAAT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--A------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-G-AT
gi|37969                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA---------CC-------TCCG-C--------AAC-G--A-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37970                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-G--A-G----TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37971                      :                GACT-GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-G-T-A-TA--C------CCTCGACCCTCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37972                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GG-T-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-G--C-G-T--TTC--------------G-T--GTG-GGTA-T-A-ATAA
gi|37973                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GG-T-C--GAA-A-A-C--------A-T------A--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37974                      :                GACG-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C----------T-T-A-TA--C------CT-------CCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-ATATA
gi|37975                      :                GACT-GAACAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CA-------CCCG-C--------AAC-T--C-G-T--T----------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATA
gi|37976                      :                GACT-GA-CTG-A----C-TGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AACAT--C-GTT--TGA--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37977                      :                GAAT-GA-CGG-A----C-GGGT-C--AAA-A---C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCA-C--------AAC-T--C-C-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37978                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-AAC--------A--------A--C------CT-------CCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37979                      :                GACT-GA-CAGCA----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CCCG-----TCCG-C--------AA--T--C-G-T--TGC--------------G-T--T-G-GG-A-T-A-ATAA
gi|37980                      :                GACT-GA-CAG-AA---C-GGGT-C--TAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--CA-----CC-------TCCG-C--------AAA-T--C-GTT--TGC--------------G-T--G-G-GATATT-A-ATAA
gi|37981                      :                GACTTGA-CAG-A----C-GCGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-TTA-CA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T------GGTA-T-A-
gi|37982                      :                GACT-GA-CAG-A----C-GGGTTC--AAG-A-A-C--------AAT-T-A-TA--C------CC-------TCCA-C--------AAC-TC-C-G-T--T-C--------------G-T--G-A-GGTA-T-A-At
gi|37983                      :                GACT-GA-CTG-AA---C-CTGT-C--AAA-A-A-C--------A-TAT-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGCA-------------A-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37984                      :                GACT-GA-CGG-AGTGAC-AGGT-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TA--T------CC--------CAG-C--------AACTT--T-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37985                      :                GACT-GA-CTG-A----G-CGGT-C--AAA-GCA-C--------A-T-T-A-TA--C------CT-------TCCGGC--------AAC-TG-C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-
gi|37986                      :                GACT-GAGCAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-AAC--------A-T-T-A-TA------------------TCCG-C------------T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-
gi|37987                      :                GACT-GA-CTG-C----CTGGGT-C--AAA-A-A-C--------A-G-T-A-TA--CATGTACCC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-
gi|37988                      :                GACT-GA-CAG-ATCA-C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AA
gi|37989                      :                GACT-GA-CAG-C----T-GAGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--CAA----AG-------TCCG-C---------AC-T--C-G-TTGTGC--------------G-TTAG-G-GGTA-T-A-A
gi|37990                      :                GACT-GA-CTG-A----C-AGAT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--T------CC-------TCCA-C--------AAC-T--C-A-T--AGC--------------
gi|37991                      :                GACT-GA-CGG-A----C-GAGT-C--ATA-A-A-C--------G-T-T-A-TA--C------AC-------TCCG-C--------AAT-T-----------C--------------G-T--G-A-GATA-A-A-ATAA
gi|37992                      :                GACA-GA-CAG-A----CAGGGT-----GA-A-A-C--------A-TAT-A-TA--C------CC-------CCCA----------AAC-TTCC-T-T--TGT--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37993                      :                GACA-GA-CAG-A----C-AGGT----GAA-A-A-C--------C-TAT-A-TA--C------CC-------CCCC-CCAAAAAAAAAC-T--C-G-T--T-T--------------G-C--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|37994                      :                GAAT-GA-CAG-A----C-AGGA-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TG--C------CC-------CCCA-T--------AACTT--C-GAT--CAC--------------G----G-G-GGCA-T-A-AAAA
gi|37995                      :                 ACT-GA-CAG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-A--------C-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AA--T--C-G-TA-TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37996                      :                 ACA-GA-CAG-A----C-TGGT-C--AAA-A-A-C--------T-A-T-G-TA--C------CA--------AAG-T--------AAC-T--TTG-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37997                      :                  CT-GA-CTG-A----T-GGGT-CTCAAATA-A-C--------A-T---A-TA------------------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-GAGGTA-T-A-ATAA
gi|37998                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|37999                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-A
gi|38000                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-T-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCAG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38001                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-------C------TC-------TCCG-C--------GTC-T--C-G-T--TGC--------------A-T--G-G-GG-A-T-A-GT
gi|38002                      :                    -GA-CTG-A----C-GGGT-C--AAA-A-T-C--------A-A-T-A-TA--C------CC--------CAG-T--------AACTT--C-G----CAC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38003                      :                    -GA-CCG-A----T-GGGT----ATA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------TC-------TCCA-C--------AAC-T--T-A-T--TGC--------------A-T--G-G-G
gi|38004                      :                      A-CAG-A----C-GGA--C--AAA-A-A-C--------AAT-T-AATA--TA-----CC-------TCAG-C--------AAC-TT-C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|38005                      :                      A-CTG-A----T-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-A-T-A-TA--C------CC--------CAA-C--------AACTT--C-A-T--TGC--------------A-T--G-G-AGTA-T-A-AT
gi|38006                      :                       -CAG-A----CTGGGT------A-A-A-CGTTCCGTAA-T-T-A-TA--C------CC-------CACG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G----G-A-GGTA-T-A-AT
gi|38006                      :                                                    --------A-T-T-A-TA--C------C--------TCCG-C--------AAC-G--A-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-AT
gi|38007                      : cagactgggtaaacgttccgta-CAG-A----C-TG------AAA-A-A-C--------A-T-A-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--CGCCCCGGGCTCATCGTG-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38008                      :                          G-A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------CCCG-C--------AAA-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA
gi|38009                      :                           -A----C-GGGT-C--AAA-A-A-C--------A-T-T-A-TA--C------CC-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-G--A-T-A-AT
gi|38010                      :                                                                                C-------TCCG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ACAA
gi|38011                      :                                                                                          CG-C--------AAC-T--C-G-T--TGC--------------G-T--G-G-GGTA-T-A-ATAA