lowQualScore                  :            11                                                                                                  
lowQualScore                  :        2 2 99  0 3333  2 0 11  1 1 0 11 1 11 111   11  0 1 222 1111 0  0 11 11 0   111  55555 11 0  1  11      
lowQualScore                  :        . . ..  . ....  . . ..  . . . .. . .. ...   ..  . . ... .... .  . .. .. .   ...  ..... .. .  .  ..      
lowQualScore                  :        2 9 77  7 2222  1 7 77  4 4 7 00 4 77 999   77  7 4 222 5555 7  7 00 77 7   222  44444 00 7  5  22      
consensus                     : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----CT--A-AA-AC--ACCCCC
Reference ( gi|89337 )        : CCCCTGG-A-C-ACC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----TT--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89339                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---AC----CT--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89340                      : CCCCTGGCA-C-CCC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----TT--A-AA-AC--GCCCCC
gi|89346                      : CCCCTGG-A-C-ACC-C----TA-C-C--AG-G---C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----TT----AA-AC--ACCCC
gi|89341                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-T-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---TC----CT--A-AA-AC--ACCCC
gi|89342                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-T--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----T-CT-C--T--A-GGG---GC----CT--A-AA-AC--ATCCCC
gi|89343                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--ACGGC---GCT---TT--A-AA-AC--ACCCC
gi|89345                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-A--T---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---CC----TT--A-AA-AC--ACCCC
gi|89356                      : CTCCTCG-A-C--CC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TT-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----TT--A-AA-AC--ACC
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gi|89349                      : CCCCTGG-AGC-CCC-C----TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----CT--A-AA-AC--ACCCTC
gi|89348                      : CCCCTGG-AGC-CCC-C----TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----CT--A-AA-AC--ACCCTC
gi|89352                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-G---C--C-C--A---TCC---G-G-A---T----C--T-C--T--A-GGG---GC----TT--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89338                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----CT--A-AA-A
gi|89354                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-T-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A--GG---TC----CT--A-GA-AC--ACCCCCaa
gi|89358                      : CCCCTGGGA-C--CC-C----TA-C-C--AG-A-G-C--T-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----AT--A-AA-AC--ACCTCC
gi|89344                      : CCCCTGG-AAC-CCC-C----TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A-A---T----C-CT-C--T--A-TGG---GC----CT--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89361                      : CTCCTGG-A-C--CC-C----CA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCCC-TG-G-A---TAAAAC-CT-C--T--A-GGG---GC----TT--A-AC-AC--ACCCCC
gi|89359                      : CCCCTG--A-C--CC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TC---TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---G-----TT--A-AA-AC--AACCCC
gi|89360                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-A-G-G--C-C--AT--TCC--TG-A-A---T----C-CT-C--TTCA-GGG---GC----TT--A-AATAC--ACCCCC
gi|89363                      : CCCCTGG-A-C--CT-C----TA-C-C--AG-G-A-C--C-T--A---TCC--TG-A-A---T----C-CT-C--T--A--GG---CC----TT--A-AA-AC--ACCCC
gi|89362                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A-----C--TG-G-AAAAT----C--T-C--T--A-GGG---GC----CT--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89365                      : CCCCTGG-A-C-GCC-CCC--TA-C-C--AG-A---C--C-C--A---TTC--TG-A-A---T----C--T-C--T--A-GGG---GC----CT--A-AA-AC--ATCCCC
gi|89364                      : CCCCTGG-A-C-CCC-CC---TA-C-C--AG-A-G-C--C----A---TTC--TG-A-A---T----C-CT-C--T--A--GG---GC----CT--A-AA-AC--ATCCCC
gi|89372                      : CCCCTCG-A-C--CC-C----TA-C-C-----G-G-C--C-C--A---TTCCTTA-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGA---GC----TT--A-AA-AC--ACCCC
gi|89373                      : CCCCTGG-A---ACC-CCCCGTA-C-C--CA-G-G-C--C----A---TCC--TG-A-A---T----C-CT-C--T--A--GG---GC----CT--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89375                      : CCCCTGG-A-C--CC-C----AA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-G--T--A-AAG---GC----CT--A--------ACCCCC
gi|89366                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-T--AG-G-G-C--C-C--G---TTC--TG-G-A---T----C-TG-C--T----GGG---GC----CT--A-AA-
gi|89371                      : CCCCTGGGA-C--CC-C----TA-C-CG-AG-G-G-C--C-T--A---TCC--TG-G-A---T----C----T--T--A-GGG---GC----CT----AA-AC--ACCCCC
gi|89370                      : CCCCTGG-A-C-CTC-C----TA-C-C--AG-G-G-T--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-c
gi|89351                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TATC-C--AGTG-G-T--TTC--A---TCC--TG-G-A---T----C-TG-C--T--A-GGG---GCTTAATT--A-AA-AC--ACCC
gi|89350                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TATC-C--AGTG-G-T--TTC--A---TCC--TG-G-A---T----C-TG-C--T--A-GGG---GCTTAATT--A-AA-AC--ACCC
gi|89368                      : CCCCTAG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--T-C--G---TCC--TG-G-A---T----C-AG-T--T--A-GGG---AC----CT--A-AA-
gi|89374                      : CCCCTGG-A-C-TCC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TTC--TA-G-A---T----C-TG-C--T--G-GGG---TC----CT--A-AA-
gi|89378                      : CCCTTTC-A-C-TCC-C----TG-T-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-C-A---T----C-TT-A--T--A-GGG---GC----CT--A-AA-AC--AC
gi|89367                      : CCCCTGG-A-G-CCC-C----TA-C-C--AG-G-G----C-C--A---T-C--TG-G-A---T----C-CT-CTAT--A-GGG---TA----TT--A-AA-ACAAACCCC
gi|89357                      : CCCCTGG-A-C--CC-C----TA-C-C--AC-A-G-C--C-C--A---TTC--T--G-A---T------CT-C--T--A-GAG---GC----CT----AA-AC--ACCCCC
gi|89347                      : CCCCTG--A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A-A---T----C-CT-C--T--A--TG---GC----CT--A-AA-A
gi|89353                      : CCCCTGG-A-C-CCT-C----TA-C-C--AA-GCG-C--C-C--A---TTC--TG-A-A---T----C-CT-C--T--A-TGG---GC----CT--A-aa
gi|89377                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-T--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TC-G-A--------C-CA-C--T--G-GGG---GC----CA--A-AA-GC--GGCCCC
gi|89381                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-A-G-C--C-CCTA---TTC--TG-A-ATT-T----C-AT-C--T--A--GG---GC----GT--ATAA-AC--ACCCCC
gi|89382                      : CCCCTGG-ACC-CCC-C----TA-C-C--A--A-G-C--C-C--A---TTC--TGAA-A---T----C-CT-C--T--A--GG---GC----TT-----A-AC--ACCCCC
gi|89376                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G-A---C----C-AG-C--T--G-GGG---
gi|89369                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-GCG-G--C-C--ATGCTCT--TG-A-A---T----C-CTGC--T--A-GGG---GCT---TT--A-AT-AA--ACCC
gi|89383                      : CCCCCGG-A---ACCTC----TG-C-T--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TA-G-A---C----C-TC-C--T--G-GGG---GC----CT--A-AA-GT--GCCCCC
gi|89379                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TT-T-T--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G-A---C----C-CG-C--T--G-GGG---GC----CT--
gi|89380                      : CCCCTGG-A-A-CCC-C----TA-C-C--AG-G-G-CCTC-C--A---TAC--TG-G-A---T----T-CT-C--TA-A-AAG---GC----CC--A-AA-
gi|89384                      : CCCCTGG-A-C-CCC-C----TA-C-C--AG-G-C-C--C-T--G---TCC--TG-G-A---C----C-TG-A--T--G-GGA---GC----TG--A-AA-
gi|89387                      :  CCCTGG-A-C---C-C----TAAC-C--AG-A-G-C--C-CC-A---TCC--TG-GGA---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----AT--A-AA-CC--ACCCCC
gi|89385                      :  CTCTGG-G-C-CCC-C----TA-CGC--AG-G-G-C--C-C--A---TC---TG-G-A---T----CTCT-C--T--A-AAG---GC----T---A-AA-AC--ACCCCC
gi|89388                      :  CCCTGG-A-C-TCC-C----TG-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G-A---C----C-CG-C--T--G-GTG---GC----CC--A-AAGAT--GTCCCC
gi|89386                      :  CCCTGG-A-C-TCC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TTC--TA-G-A---T----C-TG-C--T----GGG---TC----CT--A-AA-
gi|89389                      :    CTGG-A-C--CC-C----TA-C-A--GA-G-G-C--C-C--A---TTC--TG-T-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----CT--A-AA-AC--AACCCC
gi|89390                      :    CTGG-A-C-CCC-C----TA-T-T--AG-A-G-C--C-C--A---TCC--TG-A-A---C----C-CA-C--T--T-GGG---GC----CT--A-AA-AC--GGCCCCc
gi|89391                      :     TGG-A-C-CTC-C----TA-C-T--AT-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-TG-C--T--G-GGG---GC----CT--A-AA-c
gi|89392                      :      GG-A-C--CC-T----TA-C-CCAAG-G-G-C--C----A---TCC--TG-GGA---T----C-CT-C--T--A-AGG---GC----TT--A-TA-AA--ACCGCC
gi|89393                      :              CC-C----TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TTC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-AAG---GC----CT--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89394                      :                       A-T-C--AA-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G-A---T----C-CT-C--T--A-GGG---GC----TTTAA-AA-AC--ACCCCC





Alignments
lowQualScore                  :        0 44 11 0   0  1 0 11  1 1 0 00 1 11 111   11  0 222 00 1111 0  0 00 11 0     4444 222 11 0  1  11      
lowQualScore                  :        . .. .. .   .  . . ..  . . . .. . .. ...   ..  . ... .. .... .  . .. .. .     .... ... .. .  .  ..      
lowQualScore                  :        7 66 00 7   7  4 7 66  4 4 7 99 4 66 999   66  7 666 99 5555 7  7 99 66 7     5555 000 00 7  5  22      
consensus                     : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
Reference ( family-376 )      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89337                      : CCCCTGG-A--C--A-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----T---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89338                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-A
gi|89339                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGAC----C---T--A-AA-AC--ACCCCCaa
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gi|89341                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-T-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGTC----C---T--A-AA-AC--ACCCC
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gi|89351                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TATC-C--AGTG-G-T--TTC--A---TCC--TG-G---A--T----C-TG-C--T--A-GGGGCTTAAT---T--A-AA-AC--ACCC
gi|89352                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G---C--C-C--A---TCC---G-G---A--T----C--T-C--T--A-GGGGC----T---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89353                      : CCCCTGG-A--C--C-CTC-TA-C-C--AA-GCG-C--C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A-TGGGC----C---T--A-
gi|89354                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-T-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A--GGTC----C---T--A-GA-AC--ACCCCC
gi|89355                      : CCCCTGG-A--C--CGCCC-TA-C-C--AG-G-GGC--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGTC----CTCTT--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89356                      : CTCCTCG-A--C--C-CC--TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TT-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----T---T--A-AA-AC--ACC
gi|89357                      : CCCCTGG-A--C--C-CC--TA-C-C--AC-A-G-C--C-C--A---TTC--T--G---A--T------CT-C--T--A-GAGGC----C---T----AA-AC--ACCCCC
gi|89358                      : CCCCTGG-G--A--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--T-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----A---T--A-AA-AC--ACCTCC
gi|89359                      : CCCCTGA-------C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---T-C--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGG-----T---T--A-AA-AC--AACCCC
gi|89360                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-G--C-C--AT--TCC--TG-A---A--T----C-CT-C--TTCA-GGGGC----T---T--A-AATAC--ACCCCC
gi|89361                      : CTCCTGG-A--C--C-CCC--A-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCCC-TG-G---A--TAAAAC-CT-C--T--A-GGGGC----T---T--A-AC-AC--ACCCCC
gi|89362                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A-----C--TG-GAAAA--T------CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89363                      : CCCCTGG-A--C--C-TC--TA-C-C--AG-G-A-C--C-T--A---TCC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A---GGC----CT--T--A-AA-AC--ACCCC
gi|89364                      : CCCCTGG-AC-C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G----C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A--GGGC----C---T--A-AA-AC--ATCCCC
gi|89365                      : CCCCTGG-A--CGCC-CCC-TA-C-C--AG-A---C--C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C--T-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ATCCCC
gi|89366                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-T--AG-G-G-C--C-C--G---TTC--TG-G---A--T----C-TG-C--T----GGGGC----C---T--A-AA-
gi|89367                      : CCCCTGG-A--G--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G----C-C--A---T-C--TG-G---A--T----C-CT-CTAT--A-GGGTA----T---T--A-AA-ACAAACCCC
gi|89368                      : CCCCTAG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--T-C--G---TCC--TG-G---A--T----C-AG-T--T--A-GGGAC----C---T--A-AA-
gi|89369                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-GCG-G--C-C--ATGCTCT--TG-A---A--T----C-CTGC--T--A-GGGGCT---T---T--A-AT-AA--ACCC
gi|89370                      : CCCCTGG-A--C--C-TCC-TA-C-C--AG-G-G-T--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-
gi|89371                      : CCCCTGG-G--A--C-CCC-TA-C-CG-AG-G-G-C--C-T--A---TCC--TG-G---A--T----C-TT-------A-GGGGC----C---T----AA-AC--ACCCCC
gi|89372                      : CCCCTCG-A--C--C-CC--TA-C-C-----G-G-C--C-C--A---TTCCTTA-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGAGC----T---T--A-AA-AC--ACCCCc
gi|89373                      : CCCCTGG-AACC--C-CCCGTA-C-C--CA-G-G-C--C----A---TCC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A--GGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89374                      : CCCCTGG-A--C--T-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TTC--TA-G---A--T----C-TG-C--T--G-GGGTC----C---T--A-AA-
gi|89375                      : CCCCTGG-A--C--C-CCA--A-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-G--T--A-AAGGC----C---T--A--------ACCCCC
gi|89376                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G---A--C----C-AG-C--T--G-GGG
gi|89377                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-T--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TC-G---A-------C-CA-C--T--G-GGGGC----C---A--A-AA-GC--GGCCCC
gi|89378                      : CCCTTTC-A--C--T-CCC-TG-T-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-C---A--T----C-TT-A--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--AC
gi|89379                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TT-T-T--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G---A--C----C-CG-C--T--G-GGGGC----C---T--
gi|89380                      : CCCCTGG-A--A--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-CCTC-C--A---TAC--TG-G---A--T----T-CT-C--TA-A-AAGGC----C---C--A-AA-
gi|89381                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-CCTA---TTC--TG-A---ATTT----C-AT-C--T--A--GGGC----G---T--ATAA-AC--ACCCCC
gi|89382                      : CCCCTGG-AC-C--C-CCC-TA-C-C--A--A-G-C--C-C--A---TTC--TGAA---A--T----C-CT-C--T--A--GGGC----T---T-----A-AC--ACCCCC
gi|89383                      : CCCCCGG-A--A--C-CTC-TG-C-T--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TA-G---A--C----C-TC-C--T--G-GGGGC----C---T--A-AA-GT--GCCCCC
gi|89384                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-C-C--C-T--G---TCC--TG-G---A--C----C-TG-A--T--G-GGAGC----T---G--A-AA-
gi|89385                      :  CTCTGG-G--C--C-CCC-TA-CGC--AG-G-G-C--C-C--A---TC---TG-G---A--T----CTCT-C--T--A-AAGGC--------T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89386                      :  CCCTGG-A--C--T-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TTC--TA-G---A--T----C-TG-C--T----GGGTC----C---T--A-AA-
gi|89387                      :  CCCTGG-A--C--C-CTA--A-C-C--AG-A-G-C--C-CC-A---TCC--TG-GG--A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----A---T--A-AA-CC--ACCCCC
gi|89388                      :  CCCTGG-A--C--T-CCC-TG-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G---A--C----C-CG-C--T--G-GTGGC----C---C--A-AAGAT--GTCCCC
gi|89389                      :    CTGG-A--C--C-CC--TA-C-A--GA-G-G-C--C-C--A---TTC--TG-T---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--AACCCC
gi|89390                      :    CTGG-A--C--C-CCC-TA-T-T--AG-A-G-C--C-C--A---TCC--TG-A---A--C----C-CA-C--T--T-GGGGC----C---T--A-AA-AC--GGCCCCc
gi|89391                      :     TGG-A--C--C-TCC-TA-C-T--AT-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-TG-C--T--G-GGGGC----C---T--A-AA-c
gi|89392                      :      GG-A--C--C-CT--TA-C-CCAAG-G-G-C--C----A---TCC--TG-GG--A--T----C-CT-C--T--A-AGGGC----T---T--A-TA-AA--ACCGCC
gi|89393                      :                -CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TTC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-AAGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89394                      :                      A-T-C--AA-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----T---TTAA-AA-AC--ACCCCC





Alignments
lowQualScore                  :        0 44 11 0   0  1 0 11  1 1 0 00 1 11 111   11  0 222 00 1111 0  0 00 11 0     4444 222 11 0  1  11      
lowQualScore                  :        . .. .. .   .  . . ..  . . . .. . .. ...   ..  . ... .. .... .  . .. .. .     .... ... .. .  .  ..      
lowQualScore                  :        7 66 00 7   7  4 7 66  4 4 7 99 4 66 999   66  7 666 99 5555 7  7 99 66 7     5555 000 00 7  5  22      
consensus                     : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
Reference ( family-376 )      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89337                      : CCCCTGG-A--C--A-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----T---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89338                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-A
gi|89339                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGAC----C---T--A-AA-AC--ACCCCCaa
gi|89340                      : CCCCTGGCA--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----T---T--A-AA-AC--GCCCCC
gi|89341                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-T-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGTC----C---T--A-AA-AC--ACCCC
gi|89342                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-T--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----T-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ATCCCC
gi|89343                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--ACGGCGCT---T---T--A-AA-AC--ACCCC
gi|89344                      : CCCCTGG-AA-C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A-TGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89345                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-A--T---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGCC----T---T--A-AA-AC--ACCCC
gi|89346                      : CCCCTGG-A--C--A-CCC-TA-C-C--AG-G---C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----T---T----AA-AC--ACCCC
gi|89347                      : CCCCTG--A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A--TGGC----C---T--A-AA-A
gi|89348                      : CCCCTGG-AG-C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCTCaa
gi|89349                      : CCCCTGG-AG-C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCTC
gi|89350                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TATC-C--AGTG-G-T--TTC--A---TCC--TG-G---A--T----C-TG-C--T--A-GGGGCTTAAT---T--A-AA-AC--ACCC
gi|89351                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TATC-C--AGTG-G-T--TTC--A---TCC--TG-G---A--T----C-TG-C--T--A-GGGGCTTAAT---T--A-AA-AC--ACCC
gi|89352                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G---C--C-C--A---TCC---G-G---A--T----C--T-C--T--A-GGGGC----T---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89353                      : CCCCTGG-A--C--C-CTC-TA-C-C--AA-GCG-C--C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A-TGGGC----C---T--A-
gi|89354                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-T-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A--GGTC----C---T--A-GA-AC--ACCCCC
gi|89355                      : CCCCTGG-A--C--CGCCC-TA-C-C--AG-G-GGC--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGTC----CTCTT--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89356                      : CTCCTCG-A--C--C-CC--TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TT-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----T---T--A-AA-AC--ACC
gi|89357                      : CCCCTGG-A--C--C-CC--TA-C-C--AC-A-G-C--C-C--A---TTC--T--G---A--T------CT-C--T--A-GAGGC----C---T----AA-AC--ACCCCC
gi|89358                      : CCCCTGG-G--A--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--T-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----A---T--A-AA-AC--ACCTCC
gi|89359                      : CCCCTGA-------C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---T-C--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGG-----T---T--A-AA-AC--AACCCC
gi|89360                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-G--C-C--AT--TCC--TG-A---A--T----C-CT-C--TTCA-GGGGC----T---T--A-AATAC--ACCCCC
gi|89361                      : CTCCTGG-A--C--C-CCC--A-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCCC-TG-G---A--TAAAAC-CT-C--T--A-GGGGC----T---T--A-AC-AC--ACCCCC
gi|89362                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-C--A-----C--TG-GAAAA--T------CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89363                      : CCCCTGG-A--C--C-TC--TA-C-C--AG-G-A-C--C-T--A---TCC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A---GGC----CT--T--A-AA-AC--ACCCC
gi|89364                      : CCCCTGG-AC-C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G----C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A--GGGC----C---T--A-AA-AC--ATCCCC
gi|89365                      : CCCCTGG-A--CGCC-CCC-TA-C-C--AG-A---C--C-C--A---TTC--TG-A---A--T----C--T-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ATCCCC
gi|89366                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-T--AG-G-G-C--C-C--G---TTC--TG-G---A--T----C-TG-C--T----GGGGC----C---T--A-AA-
gi|89367                      : CCCCTGG-A--G--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G----C-C--A---T-C--TG-G---A--T----C-CT-CTAT--A-GGGTA----T---T--A-AA-ACAAACCCC
gi|89368                      : CCCCTAG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--T-C--G---TCC--TG-G---A--T----C-AG-T--T--A-GGGAC----C---T--A-AA-
gi|89369                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-GCG-G--C-C--ATGCTCT--TG-A---A--T----C-CTGC--T--A-GGGGCT---T---T--A-AT-AA--ACCC
gi|89370                      : CCCCTGG-A--C--C-TCC-TA-C-C--AG-G-G-T--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-
gi|89371                      : CCCCTGG-G--A--C-CCC-TA-C-CG-AG-G-G-C--C-T--A---TCC--TG-G---A--T----C-TT-------A-GGGGC----C---T----AA-AC--ACCCCC
gi|89372                      : CCCCTCG-A--C--C-CC--TA-C-C-----G-G-C--C-C--A---TTCCTTA-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGAGC----T---T--A-AA-AC--ACCCCc
gi|89373                      : CCCCTGG-AACC--C-CCCGTA-C-C--CA-G-G-C--C----A---TCC--TG-A---A--T----C-CT-C--T--A--GGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89374                      : CCCCTGG-A--C--T-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TTC--TA-G---A--T----C-TG-C--T--G-GGGTC----C---T--A-AA-
gi|89375                      : CCCCTGG-A--C--C-CCA--A-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-G--T--A-AAGGC----C---T--A--------ACCCCC
gi|89376                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G---A--C----C-AG-C--T--G-GGG
gi|89377                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-T--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TC-G---A-------C-CA-C--T--G-GGGGC----C---A--A-AA-GC--GGCCCC
gi|89378                      : CCCTTTC-A--C--T-CCC-TG-T-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-C---A--T----C-TT-A--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--AC
gi|89379                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TT-T-T--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G---A--C----C-CG-C--T--G-GGGGC----C---T--
gi|89380                      : CCCCTGG-A--A--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-CCTC-C--A---TAC--TG-G---A--T----T-CT-C--TA-A-AAGGC----C---C--A-AA-
gi|89381                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-CCTA---TTC--TG-A---ATTT----C-AT-C--T--A--GGGC----G---T--ATAA-AC--ACCCCC
gi|89382                      : CCCCTGG-AC-C--C-CCC-TA-C-C--A--A-G-C--C-C--A---TTC--TGAA---A--T----C-CT-C--T--A--GGGC----T---T-----A-AC--ACCCCC
gi|89383                      : CCCCCGG-A--A--C-CTC-TG-C-T--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TA-G---A--C----C-TC-C--T--G-GGGGC----C---T--A-AA-GT--GCCCCC
gi|89384                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-C-C--C-T--G---TCC--TG-G---A--C----C-TG-A--T--G-GGAGC----T---G--A-AA-
gi|89385                      :  CTCTGG-G--C--C-CCC-TA-CGC--AG-G-G-C--C-C--A---TC---TG-G---A--T----CTCT-C--T--A-AAGGC--------T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89386                      :  CCCTGG-A--C--T-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TTC--TA-G---A--T----C-TG-C--T----GGGTC----C---T--A-AA-
gi|89387                      :  CCCTGG-A--C--C-CTA--A-C-C--AG-A-G-C--C-CC-A---TCC--TG-GG--A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----A---T--A-AA-CC--ACCCCC
gi|89388                      :  CCCTGG-A--C--T-CCC-TG-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G---A--C----C-CG-C--T--G-GTGGC----C---C--A-AAGAT--GTCCCC
gi|89389                      :    CTGG-A--C--C-CC--TA-C-A--GA-G-G-C--C-C--A---TTC--TG-T---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--AACCCC
gi|89390                      :    CTGG-A--C--C-CCC-TA-T-T--AG-A-G-C--C-C--A---TCC--TG-A---A--C----C-CA-C--T--T-GGGGC----C---T--A-AA-AC--GGCCCCc
gi|89391                      :     TGG-A--C--C-TCC-TA-C-T--AT-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-TG-C--T--G-GGGGC----C---T--A-AA-c
gi|89392                      :      GG-A--C--C-CT--TA-C-CCAAG-G-G-C--C----A---TCC--TG-GG--A--T----C-CT-C--T--A-AGGGC----T---T--A-TA-AA--ACCGCC
gi|89393                      :                -CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TTC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-AAGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89394                      :                      A-T-C--AA-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----T---TTAA-AA-AC--ACCCCC


blockSeqs                     :          AC           T   CA  T C      T CT TGC   CT    AAA    AAAA         TC       TTAA TCT       T  AA
blockSeqs                     :          A            T   G   T C      T C  T     C     G      .            A        TTAA T         G  . 
blockSeqs                     :          G            .   .   . .      . .  .     .     G      .            .        T    .         .  . 
blockSeqs                     :          G            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        T    .         .  . 
blockSeqs                     :          C            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          C            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .  . 
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .    
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .    
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .    
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .    
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .    
blockSeqs                     :          .            .   .   . .      . .  .     .     .      .            .        .    .         .    
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originalCons                  : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
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Reference ( family-376 )      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
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gi|89379                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TT-T-T--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G---A--C----C-CG-C--T--G-GGGGC----C---T--
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gi|89381                      : CCCCTGG-A--C--C-CCC-TA-C-C--AG-A-G-C--C-CCTA---TTC--TG-A---ATTT----C-AT-C--T--A--GGGC----G---T--ATAA-AC--ACCCCC
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gi|89387                      :  CCCTGG-A--C--C-CTA--A-C-C--AG-A-G-C--C-CC-A---TCC--TG-GG--A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----A---T--A-AA-CC--ACCCCC
gi|89388                      :  CCCTGG-A--C--T-CCC-TG-C-C--AG-G-G-C--C-C--G---TCC--TG-G---A--C----C-CG-C--T--G-GTGGC----C---C--A-AAGAT--GTCCCC
gi|89389                      :    CTGG-A--C--C-CC--TA-C-A--GA-G-G-C--C-C--A---TTC--TG-T---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----C---T--A-AA-AC--AACCCC
gi|89390                      :    CTGG-A--C--C-CCC-TA-T-T--AG-A-G-C--C-C--A---TCC--TG-A---A--C----C-CA-C--T--T-GGGGC----C---T--A-AA-AC--GGCCCCc
gi|89391                      :     TGG-A--C--C-TCC-TA-C-T--AT-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-TG-C--T--G-GGGGC----C---T--A-AA-c
gi|89392                      :      GG-A--C--C-CT--TA-C-CCAAG-G-G-C--C----A---TCC--TG-GG--A--T----C-CT-C--T--A-AGGGC----T---T--A-TA-AA--ACCGCC
gi|89393                      :                -CCC-TA-C-C--AG-G-G-C--C-C--A---TTC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-AAGGC----C---T--A-AA-AC--ACCCCC
gi|89394                      :                      A-T-C--AA-G-G-C--C-C--A---TCC--TG-G---A--T----C-CT-C--T--A-GGGGC----T---TTAA-AA-AC--ACCCCC