lowQualScore                  :                                                                                     11111111111111111111111                 22222222222222222222222222222222222222222222222222           111111                                               3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                                                    11111111111                         
lowQualScore                  :                                                            777       00  0   11 00  11111111111111111111111   0  1111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333   0 111 0 444444 1 11 22 00  88 0  0 0 3333333333333333 0 111  2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 33 0 1 11  333 0 0 0  0 0 0  00 00   8    44444444444444444 0  0 99999999999 333 0 22 22 0 6  0   5  
lowQualScore                  :                                                            ...       ..  .   .. ..  .......................   .  .......... ..................................................   . ... . ...... . .. .. ..  .. .  . . ................ . ...  ............................................................................................................................ . .. . . ..  ... . . .  . . .  .. ..   .    ................. .  . ........... ... . .. .. . .  .   .  
lowQualScore                  :                                                            222       77  3   22 44  99999999999999999999999   3  3333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999   3 777 6 777777 1 11 00 77  55 6  5 6 7777777777777777 6 999  3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 88 4 0 99  222 6 3 3  6 3 6  77 99   2    99999999999999999 8  4 00000000000 888 5 11 33 6 8  6   2  
consensus                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------C-G--G--------GGG-G---A-A---G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GAGCGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------CG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGNCTTC-----------------C-CC-C--T----G-G-G---A-A--G-TC-TCGC-TCTAGA
Reference ( gi|117065 )       :                                                         AGT-T-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------T---CTT-CC----------C--------------C----------C----------C-A--A--------GGG-G---A-A---G--C-T--C--A--CT-TT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GAGCCAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------CG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGGCTTC-----------------C-CC-C--T----G-C-G---A-A--G-TC-TGGC-TCTGGA
gi|117066                     :                                                         AGT-T-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------T---CTT-CC----------C--------------C----------C----------C-A--A--------GGG-G---A-A---G--C-T--C--A--CT-TT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GAGCCAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------CG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGGCT
gi|117066                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AA-AGT--G--AG-----------------------CTT-CC----------C--------------C----------T----------T-G--G--------GGG-G---A-A---GA-C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-A--ACTT-C-----------------C------------------tccgggggaaagtctcact
gi|117083                     :      agcctcactctagagccagacttccgcagggggaaggctggctctgggggaAGT-C-TGACTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------A-G--G--------GAG-G---A-A---GG-T-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--T-A-G--ACTT-C-----------------CT-----------------C-------------------C-----------------CA-----GAGCCAG--C-CTTC-C-C-C-G-----G----------CG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGACTgggggaaagtctcact
gi|117083                     :                                                         AGT-C-TAGCTCT--AG-AGT--G--AA-------------------C---CTT-CC----------T--------------C----------C----------C-T--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------T--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------tccggagtgaagtgtcact
gi|117083                     :      agtctcactctagagccagacttccgccggggaaggctggctctgggaggaAGT-C-TCACTCT--AG-AGC--C--AG-------------------A---CTT-CC----------G--------------C----------C------------------------GGG-G---A-A---GG-C-T--G--G--CT-CT-GGGA-G-----------G--A-A-G--TCTA-G-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGTGAA--C-CTTC-CTC-C-C--T--G----------GG-GG-A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--T--CAGACTTC-----------------C-ggagtgaagtgtcact
gi|117072                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C-------------------------------------------------A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-A--GATT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GAGGCAG--CTCTTC-C-C-C-C--T--G----------CG-G--A-A-G-TCT-G-A-C-T-CT-A-G-AG--ggagtgaagtgtcact
gi|117063                     :                                                         AGT-T-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------T---CTT-CC----------C--------------C----------C----------C-A--A--------GGG-G---A-A---G--C-T--C--A--CT-TT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTc
gi|117063                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AA-AGT--G--AG-----------------------CTT-CC----------C--------------C----------T----------T-G--G--------GGG-G---A-A---GA-C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-A--ACTT-C-----------------C------------------tccgggggaaagtctcactatgggg
gi|117074                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AA-AAT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-------------GCG-G---A-A---A--T-T--C---------T-GG------------------------------------------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAATGAG--C-CTTC-C-C-C----T--G----------CG-G--ACG-G-TCT-G-G-T-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--T----G-C-G---G-A--G-TC-TGGC-TCCAGAgggggaaagtctcactatgggg
gi|117099                     :                                                         AGT-T-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------T---CTT-CC----------C--------------C----------C----------C-A--A--------GGG-G---A-A---G--C-T--C--A--CT-TT-AG-A-G-----------C--C-A-a
gi|117073                     :                                ccccatagtgagactttcccccggaAGT-C-TGGCTCC--AG-AAT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------T-------------------------GC-G---A-A---GT-C-T--G--G--CT-CT-A-----------------------------------------------------------------------------------------------------------A-----GAATGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------CG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-C--A-G-AA--T--GAGCCTTCA----------------C-CC-C--T----G-CGG---A-A--A-TCTTGGCTTCTAGA
gi|117078                     :                                                         AAT-C-TGGCTCT--AG-AAT--G--AG-------------------CA--CTT-CC----------C--------------C----------C----------C-------------TGC-G---A-C---G----T--C--G--GT-T-------------------C--T-A-G--A---------------------------------------------------------------------------------------AGTGAC--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------CG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CTCA-G-AA--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--C----G---G---A-A--GCTC-TGGC-TCTAGAa
gi|117060                     :                                                         AGT-C-TGGCACT--AG-AGT--G--AG-------------------G---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-------------GCG-G---A-A---GT-C-T--G--G--CT-CT-GG-A-G-----------T------------------------------------------------------------------------------------------------GAGC-------CTTC-C-C-C-T----------------CG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--a
gi|117071                     :                                                         AGC-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGG-A---A-G---G--T-T--C--A--CT-CT-AG-A-G--------------C-A-G--G--------------------------------------------------------------------------------A-----GAA-------------C-C-C-C--C--G----------GG-G--A-A-G-TCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGACTTC-----------------C-CC-G--T----G-G-G---A-A--G-AC-CTAC-TCT
gi|117071                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------A---CTT-CC----------C--------------C-----------------------------------GGG-G---G-T---T--C-T--CCTG--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-A--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GGG-------------------------------------G-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGCTa
gi|117058                     :                                                         AGT-C-TGGTTCT--AG-AGT--G--AG-------------------G---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-A--C--------GG------A-T---GT-C-T--G--G--CT-TT-GG-A-G-----------T------------------------------------------------------------------------------------------------GAGT-A------TTC-C-C-C-C----------------CA-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCGTTC-----------------C-CC-C--T----G---G---T-A--G-TC-TCGC-TCTAGAtccccgtgggaagacctactcta
gi|117064                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------G---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T--------------GC-G---A-A---GT-C-T--G--G--CT-CT-GG-A-G-----------T--G-A-G--CCTT-
gi|117053                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CT----------C--------------C----------C----------C----T--------GCG-G---A-A---GT-C-T--G--G--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-A--GCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------
gi|117053                     :                                                       gtAGC-T-TCACTCT--AG-AGC--C--AG-------------------A---CTT-CC----------G--------------C--------------------------A--------GGG-G---A-GAAGG--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTtgcggaagtct
gi|117104                     :                                                       gtAGT-C-TAGCTCT--AG-AGT--G--AA-------------------C---CTT-CC----------T--------------C----------C----------C-T--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------T--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------tcccctgcggaagtct
gi|117104                     :                                         agtgacacttcactccAGT-C-TGACTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------A-G--G--------GAG-G---A-AG--G--T-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--T-A-G--ACTT-C-----------------C------------------T-------------------C-----------------tcctc
gi|117105                     :                                      agtgacacttcactccggaAGC-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGG-A---A-G---G--T-T--C--A--CT-CT-AG-A-
gi|117105                     :         tgaggcttccccccggaagcctggctctagagtgagccttcccacggaAGC-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------A----------C--------------------------G-G---A-A---GC-C-T--G--G--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------C
gi|117094                     :                                        tgaggcttccccccggaAGC-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGG-A---A-G---G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------tgggggaaggttcactctaga
gi|117093                     :                                                    tcccaAGC-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGG-A---A-G---G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-G-G--AGAA-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CG-----GGGtccagggggaagtctcattatgg
gi|117070                     :                              tctcccataatgagacttccccctggaAGC-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGG-A---A-G---G--T-T--C--A--CT-CT-AG-A-G--------------C-A-G--G--------------------------------------------------------------------------------A-----GAA-------------C-C-C-C--C--G----------GG-G--A-A-G-TCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGACTacgtctcactctaga
gi|117070                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------A---CTT-CC----------C--------------C-----------------------------------GGG-G---G-T---T--C-T--CCTG--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-A--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GGG-------------------------------------G-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGCTT--------------------CC-G--T----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAtccgtgggaaggctcactctaga
gi|117095                     :                                                         AGC-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGG-A---A-G---G--T-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--
gi|117069                     :                                                   tctcctAGC-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGG-A---A-G---G--T-T--C--A--CT-CT-AG-A-G--------------C-A-G--G--------------------------------------------------------------------------------A-----GAA-------------C-C-C-C--C--G----------GG-G--A-A-G-TCT-C-A-C-T-CT-A-G-Atccgtgggaaggctcactctagagcca
gi|117069                     :                          agcctggctctagagtgagccttcccacggaAGC-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------A----------C--------------------------G-G---A-A---GC-C-T--G--G--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CT-----GGG-------------------------------------G-G--A-A-G-GTT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--CAGGAGAA--C-----------------C-CC-C--G----G-G-G---A-A--G-TC-TCAC-TCTAGA
gi|117062                     :                                                         AGC-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGG-A---A-G---G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-G-G-----------------------------------------------------------------------------------A-----GAA-------------C-C-C-C--C--G----------GG-G--A-C-G-TCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--
gi|117080                     :                                                         AGT-C-TGGCTC---AG-AAT--G--AG-------------------C---CTT-CA----------C--------------C----------C----------C-T--G--------CGG-A---A-A---T--C-T--T-----------------------------------G--GCTT-C-----------------T---------------------------------------------------------A-----GAATGAG--C-CTT--C-C-C-C--T--G----------CG-G--A-ACG-TCT-G-G-T-T-CT-A-G-AG--cca
gi|117102                     :                                                         AGT-C-TGGCTAT--AG-AAT--G--AA-------------------A---CTT-CC----------C--------------CGTGGGTTCCCC----------C-A--G--------GGG-G---A-A---GG-C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--GGTT-C-----------------C------------------
gi|117103                     :                                       tagagtaagccttcccccAGT-C-TGGCTAT--AG-AAT--G--AA-------------------A---CTT-CCCCGTGGGTTCC--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-tccccgtgggaagacctactcta
gi|117076                     :                                  tagagtaggtcttcccacggggaAGT-C-TGGCTCT--AG-AAT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C-------------------------------------------T--C-----C------G-A-G-----------CGTC-T-G--GGTT-C-----------------T---------------------------------------------------------A-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C------T--G----------CG-G--A-ACG-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--
gi|117068                     :                                                         AGT-C-TGGTTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTC-CC----------CCAGAGTGAGCCTT-C----------C----------C-AGGG--------GGG-G---A-A---GC-C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-
gi|117086                     :                                                         AGC-C-TGGCTCT--GG-AGT--G--AT-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C--------------------------G-G---A-A---G--C----------CT-----G-G-G-----------T--C--------------------------------------------------------------------------------------TA-----GAGTGAA--C-CTTC-C-G-A-T--T--G----------AG-G--A-A-T-TCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGACTTC-----------------C-CC-A--T----G-G-G---A-A--G-TC-CTAC-TCT
gi|117086                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------A---ATT-------------C--------------C----------T----------C-A--A--------TCG-G---A-AG--G--T-T--C--A--CT-CT-AG-A-C-----------C--C-A-G--GCTT-CCGGGGGAAGGATCA---C------------------T-------------------C-----------------CA-----GAGCCAG--G-CTa
gi|117075                     :                                                         AAT-C-TGGCTCT--AG-AAT--G--AGC------------------C---CTT-CC----------C--------------T----------C----------T-G--C--------GGA-A---A-A---T--C-T-----G--CT-CT-AG--------------------A-A--ACT------------------------------------------------------------------------------------G----AG--C-CTT----C-C-T--T--G----------CG-G--A-A-A-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--tccccatgggaagtcctactcta
gi|117087                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------A---ATT-------------C--------------C----------T----------C-A--A--------TCG-G---A-AG--G--T-T--C--A--CT-CT-AG-A-C-----------C--C-A-G--GCTT-C-----------------C------------------
gi|117087                     :                                                         AGC-C-TGGGTCT--AG-AGT--G--AA-------------------C---CTT-CC-------------------------------------------------G--ATT------GAG-G---A-A---TT-C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTgggggaaggatcactccagagcca
gi|117101                     :                                                         AGT-C-TAGCTCT--AG-AAT--G--AA-------------------C---CTT-CC----------C--------------T----------C----------C---------------G-G---A-A---GT-C-T--G--A--CT-AT-AG-A-G-----------tccgggggaaggatcactccagagcca
gi|117052                     :                                tccatagtgagacttctctcacggaAGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AGCCCTTGCTCTAGAGAATAAC---CTT-AC----------T--------------C----------C----------C-A--G--------GAG-G---A-A---GA-C-T--C--A--CT-AT-AG-A-G-----------C--C-A-atatccctttgcacggttgtctcgctctaga
gi|117077                     :                                                       gtAGT-C-TGGCTCTC-AG-AAT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------C---------------G-G---A-A---G--C-T--CTGG--CT-CT-AG-A-taacaccttcttggagtttcactctaaaa
gi|117085                     :                                                         AAT-C-TGGTTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------CCCATTTGACTTGCTC----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-A---GA-C-T--C--A--CT-CT-AG-a
gi|117049                     :                                                         AGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------C-A-------------G-C---A-A---A--C-T--T--G--TT-CT-AG-A-tacatgtaccataacatccttttgaaatctcgctctaaa
gi|117059                     :                                                       gtAGT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CT----------C--------------C----------C----------C-A--A--------ataaaccttactccctgggggaagactcactatagagccataacaccttcttggagtttcattctagaa
gi|117059                     :                                                         AGT-T-TA-TTCT--AG-AGC--A--AG-------------------T---GTG-TT-------------------------------------------------G--G--------GGA-G---A-A---GG-C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTcacacttgctctagaataaactaccttactcccaggaggaagagtcactatagagccataacaccttcttggagttttactatagaa
gi|117050                     :                                                         AGT-C-TCGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-AC----------C--------------C----------C----------C-A--A--------CAG-----------A--C-T--T--G--CT-TT-AG-A-A-----------T--A-A-A--CCTTAC-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----accttactcccaggaggaagagtcactatagagccataacaccttcttggagttttactatagaa
gi|117051                     :                                                       gtAGT-C-TGGCTCT--AG-GGT--G--AG-------------------C---CCC-CC----------C--------------C----------C----------C-cggggaagactcactatatagccataacaacctcttgaagtctcactctaga
gi|117056                     :                                                       gtAGT-C-TCGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CA----------C--------------C----------C----------C-cccagcgcacttgctctagaataaaccttactttcaggggggatactcgctatagagccattacaccctcttgaagtttcactctagaa
gi|117067                     :                                                       gtAGT-C-TGGCTAT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CA----------C--------------C----------C----------------------------------A---G--C-C--C--A--CT-Tttcagaactatgccctagaataaaccttacacccaagagggaaactcctcagagcc
gi|117055                     :                                                         AGTCT-TCGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CA----------C--------------C----------C----------C-gctttagaataaaccgtactcctagggggaagacttactatatagctataacaccttcttgaagttacactttagaa
gi|117089                     :                                                        gtGT-C-TGGTTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T---------------------------G--C----------------GG-A-G-----------T--C-T-G--GCT-----------------------------------------------------------C-----------------CA-----GAATGAG--C-CTTC-C-C-C----T--G----------CG----A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-AAG-AA--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--T----G-CGG---A-A--G-TC-TGGC-TCttcagtacatgccctagaataaaccttacacccagagggaagactcctcagagcc
gi|117090                     :                                                          GT-C-TGGTTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------T--------------------------------------G--C----C--G--C-----AA-A-G-----------T--C-------CTG-G-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----AATGAAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------CG-G--A-A-G-TCT-G-G-CAT-CT-A-G-AA--T--GAGCCTTC-----------------T-CC-C--T----G-CGG---A-A--G-TC-TGGC-Tagaa
gi|117091                     :                                                          GT-C-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-------------GCG-G---A-C---GT-C-T--G--G--TT-CT-AG-A-G---------------------AT-------------------------------------------------------------------------------------GA---AG--C--TTC-C-C-C-T--T--G----------CG-G--A-A-AATCT-G-G-C-T-CT-A-GTAA--T--GAGCCTTC-----------------C-CT----T----G-C-GG--A-A--A-TC-TGGC-TCTAGAtaagaa
gi|117088                     :                                                          GT-C-TGGCTTT--GG-AGT--G--AG-------------------T---ATT-CC----------C--------------C----------C----------C-A---------------G---A-A---GT-C-T--G--G--CT-CT-AG-A-G-----------T------------------------------------------------------------------------------------------------GAGC--G-----TTC-C-C-C-C--T--------------G-G--T-A-G-TCT-C-G-C-T-CT-A-G-AG--a
gi|117052                     :                                                          GT-TATGGCTCT--AT-AGT--G--AG-------------------T---CTT-CC----------T--------------C----------C----------T-G--G--------GAG-T---A-A---G--G-T--T--ATTCT-CT-AG-A-G-----------C--A-AGG--GCTC-A-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGCCAG--A-CT
gi|117049                     :                                                        gtGT-TATGGCTCT--AT-AGT--G--AG-------------------T---CTT-C-----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGA-GTA-A-G---G--T-T--T--A--TT-CT-AG-A-A-----------C--A-A-G--accttcttggagtttcactctaaaa
gi|117084                     :                     gtagtctggctctagagtgagccttccccccagcaaaGT-TATGGCTCT--GA-AGT--G--AG-------------------T---CTT-CC----------C--------------T----------C----------T----A--------GGG-T---A-A---GA-T-T--T--A--TT-CT-AG-A-G-----------C--A-A-G--TCTaccttcttggagtttcattctagaa
gi|117050                     :                        agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcGT-TATGGCTAT--AT-AGT--G--AG-------------------T---CTT-CC----------C--------------C----------G----------T-G--G--------GGG-T---A-AG--G--T-T--T--A--TT-CT-AA-A-G-----------C--A-A-G--TCTaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117100                     :                        gtagtctcgctctagagtgagccttacccccaacGT-TATGGCTCT--AT-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------A----------C----------T-G--G--------GAG-T---A-AG--G--T-T--T--A--TT-CT-TG-A-G-----------C--A-A-G--aacctcttgaagtctcactctaga
gi|117106                     :                              ctctgagtggagccttccccccagcacaGT-TATGGCTCT--AT-GGT--G--AG-------------------T---CTT-TC----------C--------------A----------C----------T-G--G--------GGG-T---A-AG--G--T-T--T--A--TT-CT-AG-A-accttcttggagttccactctagaa
gi|117097                     :                                                     cttgaGT-TATAGCTCT--ATTAGT--G--AG-------------------A---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGA-GTA-A-G---G--T-T--T--A--TT-TT-AG-A-G-----------accctcttaaaatctgactctagaa
gi|117067                     :                       gctctagtagtgagcccttccccaagcaacacttcGT-TATAGCTAT--AT-AGT--A--AG-------------------T---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-A--G--------GAG-T---ACG---G--T-T--T--A--TT-CT-AA-A-G-----------C--A-A-G--accctcttgaagttcacacctagaa
gi|117054                     :                        agtctggctatagagtgagccttcacccagcccaGT-C-TCGCTCT--AG-AGC--G--AG-----------------------CTT-TT----------C--------------C----------C----------C-A-------------G-C---A-G---A--C-T--T--G--CT-GT-AG-A-accttcttgaagttacactttagaa
gi|117072                     :                                                         gtt-T-TGGCTCT--AG-AGT--G----------------------------------------------------------------------------------------------GGG-G---A-A---GG-C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTataaactataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117099                     :                                                              -TGGCTCT--AA-AGT--G--AG-----------------------CTT-CC----------C--------------C----------T----------T-G--G--------GGG-G---A-A---GA-C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-A--ACTT-C-----------------C------------------gattcccccagaggcagctcttccccctgcggaagtctgactctagagc
gi|117095                     :                                        ccccatagtgagactttccccc-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------A----------C--------------------------G-G---A-A---G--C----------CT----------------------------G--GCT-----------------------------------------------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------GG-GG-A-A-G-GTT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--
gi|117062                     :                                                       tctcctg-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------A---CGT-CC----------C--------------C-----------------------------------GGG-G---G-T---T--C-TCCC--A--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GGG-------------------------------------G-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGCT
gi|117102                     :                                                              -TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------CCCTGGGGGAA----C----------C----------C-A--C--------GGG-G---A-A---GT-T-T--C--A--TT-CT-AT-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------
gi|117103                     :                                     tagagtaagccttcccccggaaccc-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------CTGGGGGAACCC-A--C--------GGG-G---A-A---G--T-TT-C--A--TT-CT-AT-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------gtgggaagacctactcta
gi|117061                     :                                            tagagtaggtcttcccac-TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGG-A---A-G---G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-GTGGGAGAACCCC--C-G-GGGACGT-C-----------------T------------------CACT----------------C-----------------TA-----GAGCCAG--C-CT
gi|117061                     :                                                              -TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------A---CGT-CC----------C--------------C-----------------------------------GGG-G---G-T---T--C-TCCC--A--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GGG-------------------------------------G-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--
gi|117081                     :                                                          aggc-TGGCTCT--AG-AAT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C-------------------------------------------T--C-----C------G-A-G-----------CGTC-T-G--GGTT-C-----------------T---------------------------------------------------------A-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C------T--G----------CG-G--A-ACG-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTcca
gi|117068                     :                                                              -TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------G---CTT-CC----------C--------------C----------C----------C-C--T--------GGG-A---A-G---G--C-T--C--A--CT-CT-GG-G-G--------------G-A-G--GCTC-A-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAACCAG--A-CT
gi|117087                     :                                                              -TGGCTCT--GG-AGT--G--AT-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C--------------------------G-G---A-A---G--C----------CT-----G-G-G---------------------------------------------------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGTGAA--C-CTTC-C-G-A-T--T--G----------AG-G--A-A-T-TCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGACT
gi|117096                     :                                                              -TGGCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C----------C-A-------------G-C---A-A---A--C-T--T--G--TT-CT-AG-A-
gi|117051                     :                        gctctatagtgagtcttcccccagggagtaaggtttat-TGGCTCT--AT-AGC--G--AG-------------------T---ATC-CC----------C--------------C----------C----------TGA--A--------AGT-A---A-G---G--T-T--T--A--TT-CT-AG-A-G-----------C--A-A-G--
gi|117082                     :                      gtagtctggctctagggtgagcccccccccccccagcgca-TGGCTCTGTAT-AGT--G--AG-------------------T---CTT-CC----------C--------------T----------G----------T-G--G--------GGG-T---A-AC--G--G-T--T--A--TT-TT-AG-A-G-----------C--ttacaccctcttgaagtttcactctagaa
gi|117107                     :                          agtctacatctagagtgagcctcccccaacagattt-TGGCTCT--AT-AGT--G--AG-------------------T---CTC-TC----------C--------------C----------C----------T-G--G--------GGG-T---A-A---G--tagcaccctcttgaagacacactctaga
gi|117071                     :                                                           ataaacGCTCT--AG-AGT--G--AA-------------------C---CTT--C----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--GCTtaatgctctcttgaagtttcattctaga
gi|117070                     :                                                                 GCTCT--AG-AGT--G--AA-------------------C---CTT--C----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--GCTT-C-----------------C------------------aggagaacccccggggaagtctcactctagagccagacttccccgtgggaagacctactcta
gi|117095                     :                          agtctggctctagagtgagacttccccgggggttctcctGCTCT--AG-AGT--G--AA-------------------C---CTT--C----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--GCTT-C-----------------C------------------gtgggaaggctcactctaga
gi|117069                     :                                                           tctcctGCTCT--AG-AGT--G--AA-------------------C---CTT--C----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--GCTT-C-----------------C---------------------------------------------------------------G------------------------T--G-----------G-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGCTgtgggaaggctcactctagagcca
gi|117098                     :                                                                 GCTCT--AG-AAT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------T----------T-------------GCG-G---A-A---A--T-C--T--G--CT-CT-AG-A-A----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGG--C-CTTC-C-C-CTT--T--G----------CG-GA-A-A-A-TCT---G-C-T-CT-A-G-Aaggagaacccccggggaagtctcactctaga
gi|117084                     :                                                                 GCTCT--AG-AAT--A--AA-------------------T---CTT-AC----------C--------------C----------T----------A-G--A--------GGG-A---A-G---A--C-T--C--A--CT-TC-AG-A-G-----------C--C-A-
gi|117059                     :                         agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcagacttGCTCT--AG-AAT--A--AA-------------------CTACCTT-AC----------T--------------C----------C----------C-A--G--------GAG-G---A-A---G--AGT--C--A--CT-AT-AG-A-G-----------C--C-A-taacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117096                     :                           agtctggctctagagtgagccttctccccaacacacttGCTCT--AT-AGT--G--AG-------------------T---CTT--C----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGA-GTA-A-G---G--T-T--T--A--TT-CT-AG-A-A-----------C--A-A-G--taacaccttcttggagttttactatagaa
gi|117100                     :                                                                 GCTCA--AG-AAT--A--AA-------------------C---CTT-AC----------T--------------C----------C----------C-A--G--------TGG-G---A-A---GG-C-T--C--A--CT-AT-AG-A-G-----------C--C-A-tttgctggggggaaggctcactctagagcca
gi|117051                     :                                  ctctgagtggagccttccccccagcacacttGCTCT--AG-AAT--A--AA-------------------C---CTT-AC----------T--------------T----------T----------C-A--G--------GGG-G---G-AT--A--C-T--C--G--CT-AT-AG-A-G-----------C--C-A-taacaccttcttggagttccactctagaa
gi|117066                     :                       gtagtctggctctagggtgagcccccccccccccagcgcacttCTCT--AG-AGC--C--AG-------------------A---CTT-------------C--------------C----------G----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--G--G--CT-CT-GG-G-G-----------G--A-A-G--TCTG-G-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----AAGTGAG----CTTC-C-C-C-T--TGGG----------GG-G--A-A-G-ACT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAAACTTC-----------------C-ttacaccctcttgaagtttcactctagaa
gi|117060                     :                                                           agcctcaCTCT--AG-AGC--C--AG-------------------A---CTT-CC-------------------------------------------------G--A--------GGG-G---A-A---GG-C-T--C--A--CT-CC-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------G-------------------C-----------------AG-----GGGGAAG--C-CTgggggaaagtctcact
gi|117064                     :                                                 agtctggcactagagtgCTCC--AG-AGC--C--AG-------------------A---CTT-CG----------C--------------------------------------A--G--------GGG-G---A-A---G--CCT--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACT
gi|117057                     :                                                                  CTCT--AG-AGC--G--AG-------------------A---CT-----------------------------A----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AC--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-CTGGGGGGAATACTCA--C------------------T-------------------C-----------------CA-----AAGCCAG--A-CATC-C-G-T-A--G--G----------GG-G--A-A-G-CCT-C-A-C-T-CT-A-G-Atgagcctt
gi|117094                     :                                                           aggctcaCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT--C----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--GCTT-C-----------------C------------------a
gi|117093                     :                                                             tcccaCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT--C----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--GCTT-C-----------------C------------------agggggaagtctcattatgg
gi|117062                     :                                          tctcccataatgagacttccccctCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT--C----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--GCTtgggagaacccccggggacgtctcactctaga
gi|117080                     :                                                                  CTCT--AG-AAC--C--AG-------------------A---CGT-TC----------C--------------G----------C---------------A--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--TT-CT-AGAA-G-----------C--CAA-G--ATTT-C-----------------C------------------tgggagaacccccggggacgtctcactctagagcca
gi|117088                     :                                   agtctggctcagaatgagccttcacccctgcCTCT--AG-AGC--G--AG-------------------A---CT-----------------------------A----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AC--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------
gi|117061                     :                                     gtctggctttggagtgagtattccccccaCTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT--C----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-
gi|117076                     :                          aggctggctctagagtgagacgtccccgggggttctcccaCTCT--AG-AGC--C--AG-------------------A---CGT-TC----------C--------------G----------C---------------A--------GGG-A---A-G---G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-AC----------C--C-A-G--AC
gi|117081                     :                               agtctggctctagaatgagccttccccctccgagcCTCT--AG-AGC--C--AG-------------------A---CGT-TC----------C--------------G----------C---------------A--------GGG-A---A-G---G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-AC----------C--C-A-G--AC
gi|117101                     :                                                           aggctcaCTCT--AT-AGT--C--AG-------------------A---CTT-CC----------G--------------------------------------G--A--------GGG-A---A-G---G--T-T--C--A--TT-CT-AG-A-G-----------C--T-A-G--ACTT-C-----------------C------------------G-------------------T-----------------GA-----GAGgctcggagggggaaggctcattctagagcca
gi|117097                     :                                                   tccatagtgagacttCTCT--AA-AAT--A--AA-------------------C---CTTACT----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-A---GT-C-T--C--A--CTAAT-AG-A-G-----------C--T-A-atatccctttgcacggttgtctcgctctaga
gi|117074                     :                                gctctagtagtgagcccttccccaagcaacacttcTCT--AG-AGCCAG--AA-------------------T---TT--------------C--------------C----------G----------C-A--G--------GGG-G---A-A---GG-C-T--C--A--TT-TT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTtaacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117089                     :                                                                   TCT---G-AGC--C--AG-------------------A---CTT-CC----------G--------------C-----------------------A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--TTCTT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------G------------------CAGGGGAAGGCTCATT----C-----------------TG-----GAGCCAG--A-C-TC-C-G-C-A--G--G----------GG-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-Aatgagccttcccctgcggacggtctggttctagagtgagccttccccctgcggagtctggctccagaa
gi|117073                     :                                                            gtctggtTCT---G-AGC--C--AG-------------------A---CTT-CC----------G--------------C-----------------------A--G--------GGG-G---A-A---GG-C-T--C--A--TTCTT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------a
gi|117078                     :                                     agtctggctccagaatgagccttcccctgcTCT--AG-AGCCAG--AG-----------------------CTT-CC-------------------------------------------------G--G--------GGG-G---A-A---GG-C-T--C--A--TT-CTGAG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------atgagccttcacccctgcggaaatcttggcttctagaa
gi|117090                     : aatctggctctagaatgagcacttcccccctgcgacgtcggttctagaagtgacccttccccctgcTCT--AG-A-T--GCCAG-------------------A---CTT-CC----------G--------------C-----------------------A--G--------GGG-G---A-A---GGCT-T--C--A---T-TT-AG-A-G-----------C--C-AGG--ACTT-a
gi|117090                     :                                  gtctggttctagagtgagccttcccctgccgcaTCT--TA-AGC--C--AG-------------------A---CTT-CC----------G--------------C-----------------------A--G--------GGA-G---A-A---GG-C-T--C--A--TT-CT-AG-ATG-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------G-------------------CAGGGGGAAGGCTTCATTTA-----GAGCCAGGAC-TTTG-C-G-G-C--A--G----------GG-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-Aatgagccttctccctgcggaagtctggcttaagaa
gi|117079                     :                                                            gtctggtTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------T----------G----------C---------------G-G---A-A-----------------C----------G-----------T--C-T-G--GCT-----------------------------------------------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------CG-G--A-C-G-TCT-G-G-T-T-CT-A-G-AGA-T--GAAGCTTC-----------------C-CC-T--T----G-C-GGA-A-A--A-TC-TGGC-TCTAa
gi|117058                     :                                                         aggctcattaTCT--AG-AGC--G--AG-------------------A---CT-----------------------------A----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AC--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-CTGGGGGGAATACTCA--C------------------T-------------------C-----------------CA-----AAGCCAG--A-CATC-C-G-T-A--G--G----------GG-G--A-A-G-CCT-C-A-C-T-CT-A-G-AA--C--CAGACTa
gi|117091                     :                                                                   TCT--AG-AGC--C--AG-------------------A---TTT-CC----------G--------------C-----------------------A--A--------GGG-A---A-G---G--C-T--C--A--TTACT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ATTT-T-----------------C------------------CGCAAGGGGAAGCTTCATCTC-----------------TA-----GAACCAG--A-CGTC-C-G-C-A--G--G----------GG-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGAC
gi|117057                     :                                                                   TCT--AG-AGT--G--AG-------------------G---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T-A--C--------GG------A-T---GT-C-T--G--G--CT-TT-GG-A-G-----------T------------------------------------------------------------------------------------------------GAGT-A------TTC-C-C-C-C----------------CA-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCGTTC-----------------C-CC-C--T----G---G---T-A--G-TC-TCGC-TCTAGAa
gi|117105                     :                                                           aggctcacTCT--AG-AGT--G--AA-------------------C---CTT--C----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--GCTT-C-----------------C---------------------------------------------------------------G------------------------T--G-----------G-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGCTTC-----------------C-a
gi|117093                     :                                                     tgaggcttccccccTCT--AG-AGT--G--AG-------------------A---CGT-CC----------C--------------C-----------------------------------GGG-G---G-T---T--C-T--CCCA--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GGG-------------------------------------G-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGCTTC-----------------C-
gi|117070                     :                                           tctcccataatgagacttccccctTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------A----------C--------------------------G-G---A-A---G--C----------CT----------------------------G--GCT-----------------------------------------------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------GG-GG-A-A-G-GTT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--CAGGAGAA--C-----------------C-CC-C--G----G-G-G---A-A--G-TC-TCAC-TCTAGA
gi|117069                     :                                                           agtctggcTCT--AG-AGT--G--AG-------------------A---CTT-CC----------C--------------C-----------------------------------GGG-G---G-T---T--C-T--CCTG--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-A--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GGG-------------------------------------G-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGCTT--------------------CC-G--T----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGA
gi|117075                     :                                                           agcctggcTCT--AG-AGC--A--GA-------------------T---TTT-CC----------G--------------C-----------------------A--G--------AGG-G---A-A---GGGC-T--C--A--TT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ATT
gi|117098                     :                                                                   TCT--AG-AGC-----AG-------------------A---TTT-TC----------C--------------G----------C----------A-A--A--------GGG-G---A-A---G--G-C--C--A--TT-CT-AG-A-G--------------C-A-G--ATTT-C-----------------C------------------G-------------------C-----------------AA-----GGGaactgagccttccttgcggaaatctggctctagag
gi|117101                     :                                                 gctctagaatgagccttcTCT--AG-AGC--G--AG-------------------A---CAA-CC----------G--------------T----------G----------C-A--A--------AGG-G---ATA---T--C-T--C---------T-AT-A-G-----------T--C-A-G--ACTT----------------------------------------------------------C-----------------CG-----GAG-------------------------------------G-G--A-A-G-GTT-C-A-T-T-CT-A-G-AG--C--TAGACTTC-----------------C-GT-G--A----G-A-G---A-A--G-TC-TCAC-TATGGA
gi|117077                     :                                                                   TCT--AG-AGCCAG--AG-----------------------CTT-CC-------------------------------------------------G--G--------GGG-G---A-A---GG-C-T--C--A--TT-CTGAG-A-G-----------C--C-A-G--ACT
gi|117106                     :                                                                   TCT--AG-AAT--A--AA-------------------C---CTT-AC----------C--------------C----------C----------C-A--G--------TGG-A---A-A---GA-C-T--C--A--CC-AT-AG-A-G-----------C--C-A-a
gi|117082                     :                                                              cttgaTCT--AG-AGT--G--AG-------------------C---CT---C----------C--------------C----------C----------C-A--A--------taacaccctcttaaaatctgactctagaa
gi|117079                     :                                                            agtctacaCT--AG-AGC--C--AG-----------------------ATT-TT----------C--------------C----------G----------C-A--A--------GGG-G---A-A---G--CTT--C--AT-CT-CT-AG-A-A-----------C--C-A-G--ACGT-------------------C------------------C-------------------G-----------------CA-----GGG-------------------------------------G-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGACGTT-----------------C-CG-C--A----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAcagatttgctctaaaataaccgttacccccacagggaagactcactatacagagccatagcaccctcttgaagacacactctaga
gi|117085                     :                                                          aggctcattaCT--AG-AGT--G--AG-------------------T---CTT-CC----------C--------------C----------CTGGGAG----C-A--AGTCAAATGGGG-G---A-AG--G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-A-----------C--C-A-G--ATTa
gi|117071                     :                                                                     T--AG-AGT--A--GG-------------------T---CTT-CC----------C--------------A----------C------------------------GGG-G---A-A---GT-C-T--G--G--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--ACTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------GG-----GGG---------TTC-T-C-C-T----------------------------------G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAACCTTC-----------------C-CC-CAGG----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAtacatgtaccataacatccttttgaaatctcgctctaaa
gi|117102                     :                                                             agcctggcT--AG-AGT--A--GG-------------------T---CTT-CC----------C--------------A----------C------------------------GGG-G---A-A---GT-C-T--G--G--CT-AT-AG-A-A-----------T--G-A-A--ACTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------GT-----GGG---------TTC-C-C-C-CA-G--G----------GG-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGGTTC-----------------C-
gi|117102                     :                                                   tagagtaagccttcccccT--AG-AGT--A--AG-------------------C---CTT-CC----------C--------------C----------C--------------------------G-G---A-A---C--CCT--G--G--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CT-----GGGGGAA--C-C--------C-A--C--G----------GG-G--A-A-G-TTT-C-A-T-T-CT-A-T-AG--C--CAGACTTC-----------------C-CC-G--T----G-G-G---A-A--G-AC-CTAC-TCT
gi|117103                     :                                                                     T--AG-AGT--A--GG-------------------T---CTT-CC----------C--------------A----------C------------------------GGG-G---A-A---GT-C-T--G--G--CT-AT-AG-A-A-----------T--G-A-A--ACTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------GT-----GGG---------TTC-C-C-C-CA-G--G----------GG-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--a
gi|117086                     :                                                                     T--AG-AGT--A--GG-------------------A---CTT-CC----------C--------------------------------------A--T--------GGG-G---A-A---GT-C-T--G--G--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--AATT-CCTCAATCGGAAGGTTCAC------------------T-------------------C-----------------TA-----GACCCAG--G-CTT------C-C--G--G----------GG-G--A-A-G-GAT-C-A-C-T-CC-A-G-AG--C--CAGGCTcca
gi|117104                     :                                                                          -AGT--G--AC-------------------A---CTT-CA----------C--------------T----------C----------C---------------G-G---A-A---GT-C-T--G--A--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GGG--A----------------------------------G-G--A-A-G-GTT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--TAGACTTC-----------------C-TC-
gi|117094                     :                                                                          -AAT--G--AG-------------------A---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T---------------G-G---A-A---G--C----------CT----------------------------G--GCT-----------------------------------------------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C-C-C--TG-G----------GG-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--T--GGG
gi|117093                     :                                                                         t-AAT--G--AG-------------------A---CTT-CC----------C--------------C----------C----------T---------------G-G---A-A---G--C----------CT----------------------------G--GCT-----------------------------------------------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------GG-GG-A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--T--GGGAGAAC-----------------C-CC-C--G----G-G-G---A-C--G-TC-TCAC-TCTAGAatgg
gi|117105                     :                                                                     tctcccatT--G--AG-------------------G---CTT-CC----------C--------------C----------C----------C---------------G-G---A-A---G--C----------CT----------------------------G--GCT-----------------------------------------------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C---------A----------CG-G--A-A-G-CCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--TGG--G-G-G---A-A--G-GT-TCAC-TCTAGA
gi|117107                     :                                                                                                         ---CTT-AC----------C--------------C----------C----------C-A--G--------GGG-A---G-A---GA-C-T--C--A--CT-AT-AG-A-G-----------C--C-A-
gi|117073                     :                                                                                                            ataaac----------C--------------C----------G----------C-A--G--------GGGTG---A-A---GG-C-T--C--A--TT-CT--G-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------CGCAGGGGGAAGGCTCATTC-------------------T-----------------TA-----GAGCCAG--A-CTTC-G-C-A-------G----------GG-G--A-A-G-GCT-C-A-T-T-CT-G-G-AG--C--CAGACTtaatgctctcttgaagtttcattctaga
gi|117056                     :                                                                                                                                                                  -A--A--------GGG-GTGAA-G---G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--G-A-G--ACTaaatcttggcttctagaa
gi|117064                     :                                                                                                                                                                                  gt---A-G---G--C-T--C--A--CT-CC-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT--------------------------------------C-------------------G-----------------CA-----GGG-------------------------------------G-G--A-A-G-CCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGACTcagaactatgccctagaataaaccttacacccaagagggaaactcctcagagcc
gi|117061                     :                                                                                                                                                                                    ---A-G---G--C-T--G--G--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--ACGT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------GG-----GGG---------TTC-T-C-C-C----------------------------------A-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-CAGG----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAt
gi|117081                     :                                                                                                                                                                                    ---A-G---G--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACGT-T-----------------C------------------C-------------------G-----------------CA-----GGGgcca
gi|117066                     :                                                                                                                                                                                              --C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------G-------------------C-----------------AG-----GGGGAAG--G-CTGG-C-T-C-T--G--G----------GG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-A-AG--T--GA-GCTTC-----------------C-CC-T--TGGG-G-G-G---A-A--G-AC-TCAC-TCTAGAaaggctcactctagaacccagacgctcggagggggaaggctcattctagagcca
gi|117083                     :                                                                                                                                                                                           agc--C-T--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------C--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------G-------------------C-----------------CG-----GGGAAGG--C-TGGC-T-C-T-G--G--G----------AG-G--A-A-G-TCT-A-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAACCTTC-----------------CTCC-C--TGG--G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAgccaaacttccgggggaaagtctcact
gi|117094                     :                                                                                                                                                                                           agt--C-C--C--A--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GGG-------------------------------------G-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGCTTC-----------------C-gtcagacttccggagtgaagtgtcact
gi|117083                     :                                                                                                                                                                                                t-T--C--A--CT-CC-GG-AAG-----------T--C-T-G--ACT-----------------------------------------------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C-C-CAGG--G----------AG-G--A-A-G-GTT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--TAGACTTCCTCCCAGAGCCAGCCTTC-CC-C--G----G-CGG---A-A--G-TC-TGGC-TCTAGAagggggaagtctcattatgg
gi|117072                     :                                                                                                                                                                                                 agtctcac--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--CCTT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CACTCTAGAGCCAA--G-ATTC-C-C-C-C--A--G----------AG-G--C-A-G-------------CT----------------CTTC-----------------C-CC-C--T----G-C-GG--A-A--G-TC-TGAC-TCTAGAagtgtcact
gi|117072                     :                                                                                                                                                                                                  agtctgg--CT-CT-AG-A-G-----------T--C-A-G--ACTT-C-----------------C------------------G-------------------C-----------------AG-----GGGGAAG--A-GCTG-C-C-T-C--T--G----------GG-G--G-A-A-TCTTG-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GGGGgc
gi|117062                     :                                                                                                                                                                                 agtctggctctagagtgagccttc--CT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--ACGT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------GG-----GGG---------TTC-T-C-C-C----------------------------------A-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-CAGG----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAc
gi|117093                     :                                                                                                                                                                                                    agcctggcT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G--ACGT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------GG-----GGG---------TTC-T-C-C-C----------------------------------A-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-CAGG----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAcca
gi|117068                     :                                                                                                                                                                         tctcccataatgagacttccccctggaagcctggcT-CT-AG-A-G-----------T--G-A-G---CCT-C-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-CAG-G--G--G----------GG-G--A-A-G-CCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--
gi|117069                     :                                                                                                                                                                                                           agtctggt-A-G-----------C--C-T-G--GCT-----------------------------------------------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C---------A----------CG-G--A-A-G-CCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--TGG--G-G-G---A-A--G-GT-TCAC-TCTAGAcca
gi|117062                     :                                                                                                                                                                                                                   -A-G-----------C--C-T-G--GCT-----------------------------------------------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------GG-GG-A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--T--GGGAGAAC-----------------C-CC-C--G----G-G-G---A-C--G-TC-TCAC-TCTAGAgcaggagaacccccggggaagtctcactctaga
gi|117053                     :                                                                                                                                                                                                                                             CTT-CA----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGCCAG--A-CTTC-C-G-C-A--G--G----------GGAG--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGACTgcca
gi|117093                     :                                                                                                                                                                                                                                             gtT-C-----------------T------------------C-------------------C-----------------CA-----TAATGAG--A-CTTC-C-C-C-C--T--G-------------G--A-A-G-CCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--TGG--G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGActtcccctgcggaagtct
gi|117077                     :                                                                                                                                                                                                                                                -C-----------------T------------------C-------------------T-----------------CA-----GAATGAG--C-CTTC-C-C-C-C----------------CG-G--A-A-GCTCT-G-G-C-T-CT-A-G-Agtgggagaacccccggggacgtctcactctaga
gi|117063                     :                                                                                                                                                                                                                                           agtctgg-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----TAGTGAG--A-CTTT-C-C-C-C----------------CG-G--A-A-G-TTT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGTCTTC-----------------C-CC-C--a
gi|117099                     :                                                                                                                                                                                                                     agtctggctctaaagtgagcttccccttg-----------------C------------------C-------------------C-----------------CA-----TAGTGAG--A-CTTT-C-C-C-C----------------CG-G--A-A-G-TTT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGTCTTC-----------------C-CC-C--
gi|117064                     :                                                                                                                                                                                                                                                  -----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--G-CTTC-C-C-C-C--T--G----------CG----A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-G-G-AG--T--GAGCCTTcaaggggaagctcactttagagcca
gi|117053                     :                                                                                                                                                                                                                                           agtctgg-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTCTC-C-C-C--T--G----------CG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAAGCTT------------------C-CC-C--T----G-CGG---A-A--G-TC-T
gi|117104                     :                                                                                                                                                                                                                                         gtagtctgg-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGTGAA--C-CTTC-CTC-C-C--T--G----------GG-GG-A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--T--CAGACTTC-----------------C-
gi|117095                     :                                                                                                                                                                                                                                  agtgacacttcactcc-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C---------A----------CG-G--A-A-G-CCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--TGG--G-G-G---A-A--G-GT-TCAC-TCTAGActagacttcctc
gi|117095                     :                                                                                                                                                                                                                                          tctcctgc-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGTGAA--C-CTTC-C-C-C-CA-G--G----------GG-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGCTT--------------------CC-G--T----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAcca
gi|117103                     :                                                                                                                                                                                                                                           tctcctg-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--GGGGGAACCCACG-GGGA-A-G-TTT-C-A-T-T-CT-A-T-AG--C--CAGACTTC-----------------C-CC-G--T----G-G-G---A-A--G-AC-CTAC-TCTgcca
gi|117061                     :                                                                                                                                                                                                                                                 t-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--G----------GG-GG-A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--T--GGGAGAAC-----------------C-CC-C--G----G-G-G---A-C--G-TC-TCAC-TCTAGAcca
gi|117076                     :                                                                                                                                                                                                                                          aggctggc-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAATGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--C----------CG-A--G-C-G-TCT-G-GGT-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTT--------------------CC-C--T----G-C-G---G-AACG-TC-TGGC-TCTAGAcca
gi|117081                     :                                                                                                                                                                                                                                           agtctgg-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAATGAG--C-CTTC-C-C-C-C--T--C----------CG-A--G-C-G-TCT-G-GGT-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTT--------------------CC-C--T----G-C-G---G-AACG-TC-TGGC-TCTAGAg
gi|117098                     :                                                                                                                                                                                                                                          aggctcac-----------------C------------------T-------------------C-----------------TA-----GAATGAG--C-CTTC-C-C-C-T--T--G----------CG-G--A-A-A-TCT---G-C-T-CT-A-G-AA--T--G-GCCTTC-----------------C-CCTT--T----G-C-GGA-A-A--A-TC-T-GC-TCTAGAcca
gi|117087                     :                                                                                                                                                                                                                                                 g-----------------C------------------T-------------------C-----------------TG-----GAGTGAT--C-CTTC-C-C-C-C-----------------G-G--A-A-G-CCT-G-G-G-T-CT-A-G-AG--T--GAACCTTC-----------------C-GA-T--T----GAG-G---A-A--T-TC-TCAC-TCTAGA
gi|117080                     :                                                                                                                                                                                                                                                            agtctggc------------------C-------------------T-----------------CA-----GAATGAG--C-CTTCAC-C-C-C--T--G----------CG-G--A-A-A-TCTTG-G-C-TTCT-A-G-AA--T--GAGCCTTC-----------------C--C-C--T----G-C-G---G-AACG-TC-TGGT-TCTAGAcca
gi|117060                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                agtctgg-------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--G-CTTC-C-C-C-C--T--G----------CG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-G-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-T--C----G---G---A-A--G-TC-TGGC-TCTAGAg
gi|117105                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              agtctggca-------------------C-----------------TA-----GAGTGAA--C-CTTC-C-C-C-CA-G--G----------GG-G--A-A-G-GCT-C-A-C-T-CT-A-G-AG--C--CAGGCTT--------------------CC-G--T----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAg
gi|117070                     :                                                                                                                                                                                                                                                              tgaggcttccccccggaagcctggc-------------------C-----------------TA-----GAGTGAG--C-CTTC-C-C---------A----------CG-G--A-A-G-CCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--TGG--G-G-G---A-A--G-GT-TCAC-TCTAGAa
gi|117101                     :                                                                                                                                                                                                                                              agtctggctctagagtgagacttccccgggggttctcctgc-------------------C-----------------CA-----TAGTGAG--A-CTTC-T-C-T-C-----A----------CG-G--A-A-G-TCT-A-G-C-T-CT-A-G-AA--T--GAACCTTC-----------------C-CT-C--C----G---G---A-A--G-TC-TGAC-TATAGAa
gi|117102                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tA-----GAGTAAG--C-CTTC-C-C-C-C-----------------G-G--A-A-C-CCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--T----G-gatatccctttgcacggttgtctcgctctaga
gi|117103                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tA-----GAGTAGG--T-CTTC-C-C-A-C--G--G-----------G-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-AT-A-G-AA--T--GAAACTTC-----------------C-CC-G--T----G-ggggaacccacggggaagtttcattctatagccagacttccccgtgggaagacctactcta
gi|117086                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tA-----GAGTAGG--A-CTTC-C-C-A----T--G----------GG-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGAATTC-----------------C-TC-ggttcccccagggggaaggctcactctagagcca
gi|117088                     :                                                                                                                                                                                                                                                                  agcctggctctggagtgatccttcccccggaagcctgggtctagagtgaaccttccgatt-----GAGTGAG--T-ATTC-C-C-C-C----------------CA-G--A-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCGTTC-----------------C-CC-C--T----G---G---T-A--G-TC-TCGC-TCTAGAa
gi|117075                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gtctggctttg-----GAGCC------CTTC-C-C-T-C--T--G----------CG-G--A-A-AATCT-G---C-T-CT-A-G-AAACT--GAGCCTTC-----------------C-T-----T----G-C-GG--A-A--A-TC-TGGC-TCTAGAg
gi|117094                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aatctggctctagaatAG--A-CTTC-C-C-C-C--T--G-------------G--A-A-G-CCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--TGG--G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAg
gi|117083                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tcccac-CTTC-A-C-T-C----------------CG-G--A-A-G-TCT-G-A-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--A----G-G-G---A-G--G-cattatgg
gi|117104                     :                                                                                                                                                                                                                                                                   agtctcactctagagccagacttccgccggggaaggctggctctgggaggaagtctagctctagagtgaacctt-CTTC-A-C-T-C----------------CG-G--A-A-G-TCT-G-A-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--A----G-G-G---A-G--G-tgtcact
gi|117104                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    agtgacaG-G--A-A-G-TCT-A-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAACCTTC-----------------CTCC-C--TGG--G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAaaggttcactctagagctagacttcctc
gi|117072                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      agtgacacttcactccggaagtctgac-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--tc
gi|117063                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-A-AG--T--GA-GCTTC-----------------C-CC-T--TGGG-G-G-G---A-A--G-AC-TCAC-TCTAGAactctagagccaagattcccccagaggcagctcttccccctgcggaagtctgactctagagc
gi|117064                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGGCTTC-----------------C-CC-C--T----G-C-G---A-A--G-TC-TGGC-TCTGGAgccaaacttccgggggaaagtctcactatgggg
gi|117062                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-G-CCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--TGG--G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAgtgagcctt
gi|117068                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-G-TCT-G-G-T-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTCC-----------------C-CC-gtgggagaacccccggggacgtctcactctagagcca
gi|117087                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGAATTC-----------------C-TC-agagtgagccttcccagggggggaagcctcactctagagcca
gi|117052                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAG----------------------C-CC-T--T----G-C-aatcggaaggttcactctagacccaggcttccgggggaaggatcactccagagcca
gi|117077                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gt-A-G-TCT-G-G-C-T-CTCA-G-AA--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--C----G---G---A-A--GCTC-TGGC-TCTAGAtctagagaataaccttactcccaggaggaagactcactatagagccataacaccttcttggagtttcactctaaaa
gi|117085                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-A-TCT-G-G-T-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--a
gi|117049                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--CA---G-C-A---A-A-----C-TTGT-TCTAGAatttgacttgctcccagggggaagactcactctagtacatgtaccataacatccttttgaaatctcgctctaaa
gi|117059                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gt-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTCT----------------C-CC-C--A----A-C-A---C-A-----C-TTGC-TCTAGAataaaccttactccctgggggaagactcactatagagccataacaccttcttggagtttcattctagaa
gi|117050                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-G-TCT-C-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTA-----------------C-CC-C---------C-A---ACA--G-AC-TTGC-TTTAGAataaactaccttactcccaggaggaagagtcactatagagccataacaccttcttggagttttactatagaa
gi|117051                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gt-A-G-TCT-G-G-C-T-CT-A-G-GG--T--GAGCCCCC-----------------C-CC-C--CCCCAG-C-G---C-A-----C-TTGC-TCTAGAataaaccttacccccacggggaagactcactatatagccataacaacctcttgaagtctcactctaga
gi|117056                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gt-A-G-TCT-C-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTCA----------------C-CC-C--T----T-CAG---A-A--C-TA-T-GC-CCTAGAataaaccttactttcaggggggatactcgctatagagccattacaccctcttgaagtttcactctagaa
gi|117067                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gt-A-G-TCT-G-G-C-T-AT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------A-CC-C--A----G-C-ataaaccttacacccaagagggaaactcctcagagcc
gi|117055                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -A-G-TCT-TCG-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTCA----------------C-CC-C--T----ccacttgctttagaataaaccgtactcctagggggaagacttactatatagctataacaccttcttgaagttacactttagaa
gi|117054                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gt-G-TCT-C-G-C-T-CT-A-G-AG--C--GAGCTTTT-----------------C-CC-C--A----G-C-------A--G-AC-TTGC-TGTAGAtcagtacatgccctagaataaaccttacacccagagggaagactcctcagagcc
gi|117099                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gttT-G-G-C-T-CT-A-A-AG--T--GA-GCTTC-----------------C-CC-T--TGGG-G-G-G---A-A--G-AC-TCAC-TCTAGAataaactataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117103                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccccatagtgagactttcccccggaagtttggcT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--T----G-
gi|117068                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tagagtaggtcttcccacggggaagtctggctatagaatgaaacttccccgtgggttccccT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGGCTTCCC---------------C-CC-C--T----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTG
gi|117052                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agtctggttctagagtgagcctcccT-G-G-C-T-CT-A-T-AG--T--GAGTCTTC-----------------C-TC-C--T----G---G---G-A--G-T
gi|117049                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtagtctggctctagagtgagcccttgctctagagaataaccttT-G-G-C-T-CT-A-T-AG--T--GAGTCTTC-----------------C-CC-C--taacaccttcttggagtttcactctaaaa
gi|117084                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gtagtctggctctagagtgagccttccccccagcaaacttgttctagaataaaccttactccctT-G-G-C-T-CT-G-A-AG--T--GAGTCTTC-----------------C-CT-C--T----taacaccttcttggagtttcattctagaa
gi|117059                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcagacttgctctagaataaatcttaccctT-G-G-C-T-CT-A-T-AG--T--GACTCTTC-----------------C-TC-C--T----G---G---G-A--G-Ttaacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117096                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              agtctggctctagagtgagccttctccccaacacacttgctctagaataaactaccttT-G-G-C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-C--CA---G-C-A---A-A-----C-TTGT-TCTAGAtaacaccttcttggagttttactatagaa
gi|117100                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gctctatagtgagtcttcccccagggagtaaggtttatT-G-G-C-T-CT-A-T-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CA-C--T----G---G---G-A--G-T
gi|117097                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ctctgagtggagccttccccccagcacacttgctcaagaataaaccttT-A-G-C-T-CT-A-TTAG--T--GAGACTTC-----------------C-CC-C--T----G-G-G---G-A--G-Ttaacaccttcttggagttccactctagaa
gi|117107                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gctctagtagtgagcccttccccaagcaacacttcctctaaaataaaccttT-G-G-C-T-CT-A-T-AG--T--GAGTCTCT-----------------C-CC-C--T----G-taacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117063                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ataaaccttacccc-C-C-CC-A-T-AG--T--GAGACTTT-----------------C-CC-C--C----G---G---A-A--G-TT-TGGC-TCTAGAtaatgctctcttgaagtttcattctaga
gi|117099                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agtctggctctaaagtgagcttccccttggggggaagactcac-C-C-CC-A-T-AG--T--GAGACTTT-----------------C-CC-C--C----G---G---A-A--G-TT-TGGC-TCTAGA
gi|117094                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -C-T-CT-A-G-AG--T--GAGCCTTC-----------------C-CC-CAGG----G-G-G---A-A--G-GC-TCAC-TCTAGAgtgagtcttccccccaaggggaagctcactttagagcca
gi|117085                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tccca-CT-A-G-AG--T--GAGTCTTC-----------------C-CC-C--T----G-G-GAGCA-A--G-TC-gccaggcttccagggggaagtctcattatgg
gi|117102                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aatctggttctagagtgagccttcccccatttT-A-G-AG--T--AGGTCTTC-----------------C-CA-C--G----G-G-G---A-A--G-TC-TGGC-TATAGAtacatgtaccataacatccttttgaaatctcgctctaaa
gi|117103                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tagagtaagccttcccccggaaccctggctctagagtgagccttccccctgggggaacccacggggaagtttcatT-A-G-AG--T--AGGTCTTC-----------------C-CA-C--G----G-G-G---A-A--G-TC-TGGC-TATAGA
gi|117086                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   T-A-G-AG--T--AGGACTTC-----------------C-CA-T--G----G-G-G---A-A--G-TC-TGGC-TCTAGAatgaaacttccccgtgggttcccccagggggaaggctcactctagagcca
gi|117066                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agcctggctctggagtgatccttcccccggaagcctgggtctagagtgaaccttccgattgaggaattctcac-AG--T--GAGACTTT-----------------C-CC-C--C----G---G---A-A--G-TT-TGGC-TCTAGA
gi|117104                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          agcctcactctagagccagacttccgcagggggaaggctggctctgggggaagtctggctctaaagtgagcttccccttggggggaagactcac-AG--T--GACACTTC-----------------A-CT-C--C----G---G---A-A--G-TC-TGAC-TCTAGA
gi|117066                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CTTC-----------------C-CC-C--T----G-CGG---A-A--G-TC-TGGC-TCTAGAgtgagccttcccccagggaggaaggttcactctagagctagacttcctc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|117092 ): GTCTGGCTATAGGTGAGCCTACCCAGCCCAACTTGCTTTAGAATAAACCGTACTCCAAGGGGGAAACTTAACCTTATATGCGTATAAACACCTCTCTGAAGT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                    99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                           11111                                                           22222222                                   
lowQualScore                  :                                                                       0  1    0  0 0   0   55555555555555 55555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111   77    0  111 444    22222  11  0 0 1 0 1  11  0 1  1  1 0 0 11  444 1   555 1    11 33333333  4444444444444 0 0 3  2222 0      
lowQualScore                  :                                                                       .  .    .  . .   .   .............. ........ ............................................................................. ...   ..    .  ... ...    .....  ..  . . . . .  ..  . .  .  . . . ..  ... .   ... .    .. ........  ............. . . .  .... .      
lowQualScore                  :                                                                       8  6    8  8 8   8   99999999999999 22222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 333   55    7  333 777    44444  00  7 7 3 7 3  88  7 3  3  3 7 7 00  222 5   999 6    11 77777777  3333333333333 8 8 4  0000 8      
consensus                     :                                                            AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--C-------GG----------GGGGA----A---G--C-TC--A--C-T-CTAGAGC-A-G-CTTC-C-----TCTA---GAG-TGAGC-CT---T-C-CCCC--T--GC--GG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTT---C-CCCC--T----G---GG-------------A-A-GTCTCG--C-TCTAGA
Reference ( family-370 )      :                                                            AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--C-------GG----------GGGGA----A---G--C-TC--A--C-T-CTAGAGCCA-GACTTC-C-----CCCA---GAG-CGAGC-CT---T-C-CCCC--T--GC--GG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GNCTT---C-CCCC--T----G---GG-------------A-A-GTCTCG--C-TCTAGA
gi|117049                     :                                                            AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--C-------AG----------------------------------------------CA-AACTTG-T-----TCTA---GAA-TAAAC-CT---TAC-TCCC--TG-GG--GG-A-A-G-A-CT-CAC-T-AT-AG-A-G-C--CAT--AACAC---C-TTCT--T----G---G----------------A-GTTTCA--T-TCTAGA
gi|117050                     :                                                          gtAGTCTCGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-ACC--------------C--------C--C-----------------------A----A--------------------------CA-GACTTG-C-----TTTA---GAA-TAAAC-CT---T-A-CCCC--C--ACGGGG-A-A-G-A-CT-CAC-T-AT-AT-A-G-C--CAT--AACAA---C-CTCT--T---------G-------------A-A-GTCTCA--C-TCTAGAa
gi|117051                     :                                                          gtAGTCTGGCTCT-AG-GGTG-AG-C-CCC-CCC--------------C--------C--C----------------------------------------------C-CCAGCGC----ACTTG-C-----TCTA---GAA-TAAAC-CT---TAC-TTTC--A--GG--GG-G-G-A-TACT-CGC-T-AT-AG-A-G-C--CA------TTACAC-CCTC--T----T---G--------------A-A-GTTTCA--C-TCTAGA
gi|117052                     :                                                              gtTGGCTCT-AT-AGTG-AG-T-CTT-CCT--------------C--------C--T-------GG----------GAGTA----A---G--G-TT--ATTC-T-CTAGAGCAAGGGCTCA-C-----TCTA---GAG-CCAGA-CT---a
gi|117053                     :                                                                                                                                                                                     gt-C-----TCTA---GAG-TGAGC-CT---T-CTCCCC--T--GC--GG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---AGCTT-----CCCC--T----GC--GG-------------A-A-GTCTtaacaccttcttggagtttcactctaaaa
gi|117054                     :                                                                                                                                                                                                                                  gtagtctgg-G-T-CT-CGC-T-CT-AG-A-G-C--GA---GCTTT---T-CCCC-----------AG-------------C-A-GACTTG--C-TGTAGA
gi|117055                     :                                                                                                                                                                            gttA-GTCTTCGC-----TCTA---GAG-TGAGC-CT---T-CACCCC--T--TC-------A-G-TACA-TGC-C-CT-AG-A-A-T--AA---ACCTT---A-CACC--CAGA-G---GG-------------A-A-GACTC---C-TC-AGAataaactataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117056                     :                                                                                                                                                                                                                                       gt-A-G-T-CT-CGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTTCA-C-CCCT--T----C---AG-------------A-A-CTAT-G--C-CCTAGAgcc
gi|117056                     :                                                                                                                                                                                     gt-C-----TCTA---GAG-TGAGC-CT---T-CACCCC--T--TC--AG-A-A-C-T-AT--GC-C-CT-AG-A-A-T--AA---ACCTT---A-CACC--CAAGAG---GG-------------A-A-A-CTC---C-TC-AGAataaaccttacacccaagagggaaactcctcagagcc
gi|117057                     :                                                           gtagtctcgTCT-AG-AGTG-AG-G-CTT-CCC--------------C--------CTAC-------GG----------ATG------------------------T-CTGG--------CTTT----------G---GAG-TGAGT-AT---T-C-CCCC------C--AG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCGTT---C-CCCC--T----G---GT---------------A-GTCTCG--C-TCTAGAgcc
gi|117058                     :                                                    aggctcacAGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AG-G-CTT-CCC--------------C--------CTAC-------GG----------ATG------------------------T-CTGG--------CTTT----------G---GAG-TGAGT-AT---T-C-CCCC------C--AG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCGTT---C-CCCC--T----G---GT---------------A-GTCTCG--C-TCTAGAa
gi|117059                     :                                                                                                                                                                                                                                         -A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTT---C-TCCC--C----A---AC-------------ACA---CTTG--C-TCTAGA
gi|117059                     :                                                            AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CTC--------------C--------C--C-----------------------A----ACACA--C-TT--G--C-T-CTAGAA-TA-AACTAC-CTTACTCCCA---Gataaactaccttactcccaggaggaagagtcactatagagccataacaccttcttggagttttactatagaa
gi|117059                     :                                                                                                                                                                                       -C-----TCTA---GAG-TGAGC-CT---T-CTCCCC--A--AC--AC-A-------CT-TGC-T-CT-AG-A-A-T--AAACTACCTTA--C-TCCC--A----GGA-GG-------------A-A-GAGTCA--C-TATAGAgaggaagagtcactatagagccataacaccttcttggagttttactatagaa
gi|117059                     :                                                         agtctggTGGCTCT-AT-AGTG-AC-T-CTT-CCT--------------C--------C--T-------GG----------GAGTAAGGTA---G--T-TT--A--T-T-CTAGAGCAA-Ggccataacaccttcttggagttttactatagaa
gi|117060                     :                                                                                                                                                            agtctggctctagagtgagccttctccccaacacaCTA---GAG-TGAGG-CT---T-C-CCCC--T--GC--GG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CT-GG-A-G-T--GA---GCCTT-----CCCC--T----C---GG-------------A-A-GTCTGG--C-TCTAGAtaacaccttcttggagttttactatagaa
gi|117061                     :                                                       agtctggcaTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--T-------GG----------GGGAA----G---G--C-TC--A--C-T-CTAGAGT-----------------------GGG-AGAA-----------CCCC--C--GG--GG-A-C-G-T-CT-CAC-T-CT-AG-A-G-C--CA---GCCTg
gi|117062                     :                                                            AGCCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--T-------GG----------GGGAA----G---G--C-TC--A--C-T-CTAGAGT-----------------------GGG-AGAA-----------CCCC--C--GG--GG-A-C-G-T-CT-CAC-T-CT-AG-A-G-
gi|117063                     :                                                            AGTTTGGCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTT-CCC--------------C--------C--C-------AA----------GGGGA----A---G--C-TC--A--C-T-TTAGAGCCA-GACTcca
gi|117063                     :                                                                                                                                                                                       -C-----CCCA---TAG-TGAGA-CT---T-T-CCCC------C--GG-A-A-G-T-TT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GTCTT---C-CCCC--CAAG-G---GG-------------A-A-G-CTCA--C-TTTAGAtccgggggaaagtctcactatgggg
gi|117064                     :                                                                                                                                                                                                                                 agtctggc-A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GGCTT---C-CCCC--T----G---CG-------------A-A-GTCTGG--C-TCTGGA
gi|117064                     :                                                                                                                                                                                                                                       -A-A-G-G-CT-CAC-T-CC-AG-A-G-C--CA---GACTT---C-GCAG--G----G---GG-------------A-A-GCCTCA--C-TCTAGAgtgagcctt
gi|117065                     :                                                    agtctggcAGTTTGGCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTT-CCC--------------C--------C--C-------AA----------GGGGA----A---G--C-TC--A--C-T-TTAGAGCCA-GACTTC-C-----CCCA---GAG-CCAGC-CT---T-C-CCCC--T--GC--GG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GGCTT---C-CCCC--T----G---CG-------------A-A-GTCTGG--C-TCTGGA
gi|117066                     :                                                            AGTTTGGCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTT-CCC--------------C--------C--C-------AA----------GGGGA----A---G--C-TC--A--C-T-TTAGAGCCA-GACTTC-C-----CCCA---GAG-CCAGC-CT---T-C-CCCC--T--GC--GG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GGCT
gi|117066                     :                                                                                                                                                                                                      AG-TGAGA-CT---T-T-CCCC------C--GG-A-A-G-T-TT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GTCTT---C-CCCC--CAAG-G---GG-------------A-A-G-CTCA--C-TTTAGAtccgggggaaagtctcact
gi|117067                     : agcctcactctagagccagacttccgcagggggaaggctggctctgggggaagtctggcAGTCTGGCTAT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CAC--------------C--------C-------------------------------A---G--C-CC--A--C-T-
gi|117067                     :                                                                                                                                                                                                 A---GAG-TGAGC-CT---T-C-ACCC--A--GC--CC-A-------CT-TGC-T-TT-AG-A-A-T--AA---ACCGT---A-CTCC--TAGG-G---GG-------------A-A-GACTTA--C-TATAtgctttagaataaaccgtactcctagggggaagacttactatatagctataacaccttcttgaagttacactttagaa
gi|117067                     :                                                    agtctggctatCTTGCTTT-AG-AATA-AA-C-CGT-ACT--------------C--------C--T-------AG----------GGGGA----A---GA-C-TT--A--C-T-ATATAGCTA-tagctataacaccttcttgaagttacactttagaa
gi|117068                     :                          agtctggctatagagtgagccttcacccagcccaAGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTC-CCC--------------CAGAGTGAGC--CTTCCCAGGG----------GGGGA----A---GC-C-TC--A--C-T-CTAGAGCCA-taacaccttcttgaagttacactttagaa
gi|117069                     :                                                            AGCCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------A--------C------------------------GGA----A---G--C------------CTGG-------------C-----TCTA---GAG-TGAGC-CT---T-C-CCCC--T--GG--GGGA-A-G-G-TT-CAC-T-CT-AG-A-G-CAGGA---GAA-----C-CCCC--G----G---GG-------------A-A-GTCTCA--C-TCTAGA
gi|117070                     :                                                            AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-A-CTT-CCC--------------C--------------------G----------GGGG---------------------T-T-CT----------CCTG-C-----TCTA---GAG-TGAAC-CT---T-C-CCCCA-G--GG--GG-A-A-G-G-CT-CAC-T-CT-AG-A-G-C--CA---GGCTT------CCG--T----G---GG-------------A-A-GGCTCA--C-TCTAGA
gi|117071                     :                                                            AGCCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--T-------GG----------GGGAA----G---G--T-TC--A--C-T-CTAGAG-CA-GG--------------A---GAA----------------CCCC--C--GG--GG-A-A-G-T-CT-CAC-T-CT-AG-A-G-C--CA---GACTT---C-CCCG--T----G---GG-------------A-A-GACCTA--C-TCTA
gi|117072                     :                                                            AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--------------------------------------------A--C-T-CTAGAGCCA-AGATTC-C-----CCCA---GAG-GCAGCTCT---T-C-CCCC--T--GC--GG-A-A-G-T-CT-GAC-T-CT-AG-A-G-
gi|117073                     :                                                            AGTCTGGCTCC-AG-AATG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------T-----------------------GCGA----A---GT-C-TG--G--C-T-CTA-----------------------A---GAA-TGAGC-CT---T-C-CCCC--T--GC--GG-A-A-G-T-CT-GGC-T-C--AG-A-A-T--GA---GCCTT---CACCCC--T----GC--GG-------------A-A-ATCTTGGCT-TCTAGAc
gi|117074                     :                                                            AGTCTGGCTCT-AA-AATG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--T-------GC----------GG--A----A------------A--T-T-CTGG-------------C-----TCTA---GAA-TGAGC-CT---T---CCCC--T--GC--GG-ACG-G-T-CT-GGT-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTT---C-CCCC--T----G---CG-------------G-A-GTCTGG--C-TCCAGAa
gi|117075                     :                                                            AATCTGGCTCT-AG-AATG-AGCC-CTT-CCC--------------T--------C--T-------GC----------GGAAA----A---T--C-T---G--C-T-CTAG----A-AACT---------------------GAGC-CT---T----CCT--T--GC--GG-A-A-A-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-a
gi|117076                     :                                                            AGTCTGGCTCT-AG-AATG-AG-C-CTT-CCC--------------CCT------C--C-------GA----------GCG------------------------T-CTGGG--------TT---------CTA---GAG-TGAGC-CT---T----CCC--T--GC--GG-A-ACG-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-
gi|117077                     :                                                            AGTCTGGCTCTCAG-AATG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--C---------------------GGA----A---G--C-TCTGG--C-T-CTAGA
gi|117078                     :                                                            AATCTGGCTCT-AG-AATG-AG-CACTT-CCC--------------C--------C--C-------TG----------CG--A----C---G--T-CG--G--T-T-CTAGA--------------------------AG-TGACC-CT---T-C-CCCC--T--GC--GG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CTCAG-A-A-T--GA---GCCTT---C-CCCC--C----G---GA-------------A-G-CTCTGG--C-TCTAGAa
gi|117079                     :                                                            AATCTGGCTCT-AGTAATG-AG-C-CTa
gi|117079                     :                                                                    TCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------T--------G--C-------GG----------AACG-----------------------T-CTGG-------------C-----TCTA---GAG-TGAGC-CT---T-C-CCCC--T--GC--GG-A-C-G-T-CT-GGT-T-CT-AG-A-GAT--GA---AGCTT---C-CCCT--TGC--G---GA-------------A-A-ATCTGG--C-TCTAGttccgcaaggggaagcttcatctctagaaccagacgtccgcagggggaaggctcactctagagccagacgttccgcagggaaggctcactctagaa
gi|117080                     :                                                                                                                                                                               aggctcatta-----CTCA---GAA-TGAGC-CT---T-CACCCC--T--GC--GG-A-A-A-T-CTTGGC-TTCT-AG-A-A-T--GA---GCCTT---C-C-CC--T----GC--GG-------------A-ACGTCTGG--T-TCTAGAa
gi|117081                     :                                                         agtctggTGGCTCT-AG-AATG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------CTCC-------GA----------GCG------------------------T-CTGGG--------TTC-T--------A---GAG-TGAGC-CT---T-C-CC----T--GC--GG-A-ACG-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTg
gi|117082                     :                                                            AGTCTACATCT-AG-AGTG-AG-C-CTC-CCC--------------C--------
gi|117083                     :                                                            AGTCTGACTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--A-------GG----------GAGGA----A---GG-T-TC--A--C-T-CTAGAGCTA-GACTTC-CT----CCCA---GAG-CCAGC-CT---T---CCCC--G--GC--GG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GACTaacagatttgctctaaaataaccgttacccccacagggaagactcactatacagagccatagcaccctcttgaagacacactctaga
gi|117083                     :                                                                                                                                                                                                      AG-TGACA-CT---T-C-ACTC------C--GG-A-A-G-T-CT-GAC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTT---C-CCCC--A----GGGAGG-------------A-A-GGTTCA--C-TCTAGAtccggagtgaagtgtcact
gi|117084                     :     agtctcactctagagccagacttccgccggggaaggctggctctgggaggaagtctagcTGGCTCT-GA-AGTG-AG-T-CTT-CCC--------------T--------C--T-------AG----------GGTAA----G---A--T-TT--A--T-T-CTAGAGCAA-GTCT
gi|117085                     :                          agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcAATCTGGTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCCCCATTTGACTTGCTC--------C--C-------AG----------GGGGA----A---GA-C-TC--A--C-T-CTAGtaacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117085                     :                                                                                                                                                                    -T-CTAGAGTGA-GCCTTC-C-----CCCATTTGA--------CT---T-G-CTCC--CAGGG--GG-A-A-G-A-CT-CAC-T-CT-AGTACA-T--GT---ACCATAA-CATCCT--T----T---TG-------------A-A-ATCTCG--C-TCTAAAtacatgtaccataacatccttttgaaatctcgctctaaa
gi|117086                     :                                                    aatctggtAGCCTGGCTCT-GG-AGTG-AT-C-CTT-CCC--------------C--------C------------------------GGA----A---G--C------------CTGGG------------------TCTA---GAG-TGAAC-CT---T-C-CGAT--T--GA--GG-A-A-T-T-CT-CAC-T-CT-AG-A-G-C--CA---GACTT---C-CCCA--T----G---GG-------------A-A-GTCCTA--C-TCTA
gi|117087                     :                                                                                                                                                                                       -C-----TCTG---GAG-TGATC-CT---T-C-CCCC---------GG-A-A-G-C-CT-GGG-T-CT-AG-A-G-T--GA---ACCTT---C-CGAT--T----GA--GG-------------A-A-TTCTCA--C-TCTAGA
gi|117088                     :                                                                                                                                                                                                                                   agtctggc-G-T-CT-GGC-T-TT-GG-A-G-T--GA---GTATT---C-CCCC--C--------AG-------------A-A-GTCTGG--C-TCTAGAcca
gi|117088                     :                                                                                                                                                                                                  ---GAG-TGAGT-AT---T-C-CCCC------C--AG-A-A-G-T-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCGTT---C-CCCC--T----G---GT---------------A-GTCTCG--C-TCTAGAgtgagcgttccccctggtagtctcgctctagag
gi|117089                     :                                                  gtctggctttgGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--T-------GC----------GGAG-----------------------T-CTGG-------------C-----TCCA---GAA-TGAGC-CT---T---CCCC--T--GC---G-A-A-G-T-CT-GGC-T-CTAAG-A-A-T--GA---GCCTT---C-CCCC--T----GC--GG-------------A-A-GTCTGG--C-TC-AGAg
gi|117090                     :                                                             GTCTGGTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------CTG------C--C-------GC----------A---A----A---GTCC-TG--G--C-T-CTAAA---------T---------------GA----AGC-CT---T-C-CCCC--T--GC--GG-A-A-G-T-CT-GGCAT-CT-AG-A-A-T--GA---GCCTT---C-TCCC--T----GC--GG-------------A-A-GTCTGG--C-TTAAGAa
gi|117091                     :                                                             GTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--T-------GC----------GG--------------------A--CGT-CTGG---------TTC-T--------A---GAGATGAAG-CT---T-C-CCCT--T--GC--GG-A-A-AAT-CT-GGC-T-CT-AGTA-A-T--GA---GCCTT---C-CCT---T----GC--GG-------------A-A-ATCTGG--C-TCTAGAa
gi|117092                     :                                                             GTCTGGCTAT-AG--GTG-AG-C-CTA-CCCAG------------C--------C--C----------------------------A---A--C-TT--G--C-T-TTAGAa
gi|117093                     :                                                                                                                                                                                     TC-T-----CCCA---TAA-TGAGA-CT---T-C-CCCC--T--G----G-A-A-G-C-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTT---C-CCCC--TGG--G---GG-------------A-A-GGCTCA--C-TCTAGAataaaccgtactccaagggggaaacttaaccttatatgcgtataaacacctctctgaagt
gi|117093                     :                                                            AGCCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--T-------GG----------GGGAA----G---G--C-TC--A--C-T-CTAGAGT-----------------------GGG-AGAA-----------CCCC--C--GG--GG-A-C-G-T-CT-CAC-T-CT-AG-A-gtgggagaacccccggggacgtctcactctaga
gi|117094                     :                                                                                                                                                                    tctcccataatgagacttccccctggaCCA---TAA-TGAGA-CT---T-C-CCCC--T--G----G-A-A-G-C-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTT---C-CCCC--TGG--G---GG-------------A-A-GGCTCA--C-TCTAGA
gi|117095                     :                                                                                                                                                                                 tcccac-C-----TCTA---GAG-TGAGC-CT---T-C-CC-------AC--GG-A-A-G-C-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTT---C-CCCC--TGG--G---GG-------------A-A-GGTTCA--C-TCTAGA
gi|117096                     :                                                                                                                                                                               tctcctgc-C-----TCTA---GAG-TGAGC-CT---T-C-CCCC------C--AG-C-A-A-A-CT-TGT-T-CT-AG-A-A-T--AA---ACCTTA--C-TCCC--TGG--G---GG-------------A-A-GACTCA--C-TATAGAcca
gi|117097                     :                                                                gcGCTCT-AGTAGTG-AG-C-CCT-TCC--------------C--------C--------------------------A----A---G--C----------------AAC----ACTTC-C-----TCTA---AAA-TAAAC-CTTACT-C-CCCA--G--GG--GG-A-A-G-T-CT-CAC-TAAT-AG-A-G-C--TAT--AACAC---C-CTCT--T---------G-------------A-A-GT-TCA--CACCTAGAcca
gi|117097                     :                                                                   CTCT-AA-AATA-AA-C-CTTACTC--------------C--------C--C-------AG----------GGGGA----A---GT-C-TC--A--C-TAATAGAGCTA-a
gi|117098                     :                                                                                                                                                    gctctagtagtgagcccttccccaagcaacacttc-C-----TCTA---GAA-TGAGC-CT---T-C-CCCT--T--GC--GG-A-A-A-T-CT--GC-T-CT-AG-A-A-T--G----GCCTT---C-CCCT--TTGC-G---GA-------------A-A-ATCT-G--C-TCTAGAtaacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117099                     :                                                                                                                                                                                      g-C-----CCCA---TAG-TGAGA-CT---T-T-CCCC------C--GG-A-A-G-T-TT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GTCTT---C-CCCC--CAAG-G---GG-------------A-A-G-CTCA--C-TTTAGA
gi|117100                     :                                                                   CTCT--G-AGTGGAG-C-CTT-CCC--------------C--------C--C-------AG-----------------------------C--A--C--------------ACTTG-C-----TCAA---GAA-TAAAC-CT---TAC-TCCCAGT--G---GG-A-A-G-G-CT-CAC-T-AT-AG-A-G-C--CAT--AACAC---C-TTCT--T----G---G----------------A-GTTCCA--C-TCTAGAgcca
gi|117100                     :                                                                                                                                                                                                          GAGC-CT---T-C-CCCC------C--AG-C-A-C-A-CT-TGC-T-CA-AG-A-A-T--AA---ACCTTA--C-TCCCAGT----G---GG-------------A-A-GGCTCA--C-TATAGAa
gi|117100                     :                                                       ctctgagtgTGGCTCT-AT-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------A--------C--T-------GG----------GAGTA----AG--G--T-TT--A--T-T-CTTGAGCAA-Ggccataacaccttcttggagttccactctagaa
gi|117101                     :                                        ctctgagtggagccttccccccagcacaTCC-AT-AGTG-AG-A-CTT-CTC--------------T--------CA-C-------GG--------------A----A---G-------------T-CTAG-------------C-----TCTA---GAA-TGAAC-CT---T-C-CCTC------C--GG-A-A-G-T-CT-GAC-T-AT-AG-A-G-A--TA-------T---C-CCTT--T----GCACGG-------------T-T-GTCTCG--C-TCTAGAtaacaccttcttggagttccactctagaa
gi|117101                     :                                                                                                                                                                                               CCA---TAG-TGAGA-CT---T-C-TCTC-----AC--GG-A-A-G-T-CT-AGC-T-CT-AG-A-A-T--GA---ACCTT---C-CCTC--C--------GG-------------A-A-GTCTGA--C-TATAGA
gi|117102                     :                                                                     tT-AG-AGTA-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C------------------------GGA----A---C--CCTG--G--C-T-CTAGAGTGA-GCCTTC-C-----CCCT---GGG-GGAAC-C----------CA--C--GG--GG-A-A-G-T-TT-CAT-T-CT-AT-A-G-C--CA---GACTT---C-CCCG--T----G---GG-------------A-A-GACCTA--C-TCTAgatatccctttgcacggttgtctcgctctaga
gi|117103                     :                                                                                                                                                                                                 A---GAG-TAGGT-CT---T-C-CCAC--G--G---GG-A-A-G-T-CT-GGC-T-AT-AG-A-A-T--GA---AACTT---C-CCCG--T----G---GGTTCCCCCAGGGGGA-A-GGCTCA--C-TCTAGA
gi|117103                     :                                                               tTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--T-------GGGGGAACCCACGGGGA----A---GT-T-TC--A--T-T-CTATAGCCA-GACTTC-C-----CCgcca
gi|117104                     :                                                                                                                                                                                    tagagtaggtcttcccacAG-TGACA-CT---T-C-ACTC------C--GG-A-A-G-T-CT-GAC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTT---C-CCCC--A----GGGAGG-------------A-A-GGTTCA--C-TCTAGA
gi|117104                     :                                                            AGTCTGACTCT-AG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--------C--A-------GG----------GAGGA----AG--G--T-TC--A--C-T-CTAGAGCTA-GACTTC-C-----TCgctagacttcctc
gi|117105                     :                                                          agtgacacttcactccggaTG-AG-G-CTT-CCC--------------C--------C--C-------GG--------------A----A---G--C------------CTGG-------------C-----TCTA---GAG-TGAGC-CT---T-C-CC-------AC--GG-A-A-G-C-CT-GGC-T-CT-AG-A-G-T--GA---GCCTT---C-CCCC--TGG--G---GG-------------A-A-GGTTCA--C-TCTAGA
gi|117106                     :                                                                    TCT-AG-AATA-AA-C-CTT-ACC--------------C--------C--C-------AG----------TGGAA----A---GA-C-TC--A--C-C-ATAGAGCCA-
gi|117107                     :                                                           cttgaTGGCTCT-AT-AGTG-AG-T-CTC-TCC--------------C--------C--T-------GG----------GGGTA----A---G--taacaccctcttaaaatctgactctagaa





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                             11111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                               
lowQualScore                  :                                                                                                             22222222222222222222222222222222222222222222222                                    2222222222222222222222222222222                                                                22222222                    
lowQualScore                  :                                                                         1    0  0 0   0   55555555555555 11 44444444444444444444444444444444444444444444444  0   0   11  0 222  11  111 1 1    0000000000000000000000000000000  22 0 1 4444 1  1  0 0  1 0 1 0 555 00  3   0  8888888  11  11 11111111   0  3   222       
lowQualScore                  :                                                                         .    .  . .   .   .............. .. ...............................................  .   .   ..  . ...  ..  ... . .    ...............................  .. . . .... .  .  . .  . . . . ... ..  .   .  .......  ..  .. ........   .  .   ...       
lowQualScore                  :                                                                         7    8  8 8   9   00000000000000 22 77777777777777777777777777777777777777777777777  6   6   44  6 333  44  111 8 8    7777777777777777777777777777777  11 6 7 1111 2  5  6 6  2 6 2 6 777 99  2   6  5555555  00  00 66666666   7  6   222       
consensus                     :                                                            AGTCTGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--CGGGGGGAA-G-CTCA--C-T-CTGGAGC---A---G-C--TT--CT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--T----G---GGA-AGTCTCG--CTCTAGA
Reference ( family-370 )      :                                                            AGTCTGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--CGGGGGGAA-G-CTCA--C-T-CTAGAGC---A---G-C--TTC-CT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--T----G---GGA-AGTCTCG--CTCTAGA
gi|117049                     :                                                            AGTCTGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--CAG-----------CA----------------A---A-C--TTG-TT-CTA-GAA--TA-A---AC--CT---TAC-TCCC--------TG-G----------G--------GG--A-A-G----A-CTCAC-T-AT-A-G-A-GCCAT--AACACC-TT-----------CT--T----G---G---AGTTTCA--TTCTAGA
gi|117050                     :                                                          gtAGTCTCGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-ACC--------------C--C--C-------------------------AAC---A---GAC--TTG-CT-TTA-GAA--TA-A---AC--CT---T-A-CCCC--------C--A----------CGG------GG--A-A-G----A-CTCAC-T-AT-A---------T---A-GCC-ATAACAAC-CT--CT--T---------GA-AGTCTCA--CTCTAGAa
gi|117051                     :                                                          gtAGTCTGGCTCTAG-GGTG-AG-C-CCC-CCC--------------C--C--C-------------------C-CCAGCGC---A-----C--TTG-CT-CTA-GAA--TA-A---AC--CT---TAC-TTTC--------A--G----------G--------GG--G-G-A----TACTCGC-T-AT-A-G-A-G----------CCATTACA--C-CC--TC--T----T---G-A-AGTTTCA--CTCTAGA
gi|117052                     :                                                              gtTGGCTCTAT-AGTG-AG-T-CTT-CCT--------------C--C--TGGGAGTAA-G-GTTATTC-T-CTAGAGC---AAGGG-C--TCA-CT-CTA-GAG--CC-A---GA--CT---a
gi|117052                     :                                                                                                                             gt--C-T-CTAGAGTG--A---G-CCCTTG-CT-CTA-GAGAAT--A---AC--CT---T-A-CTCC--------CAGG----------A--------GG--A-A-G----A-CTCAC-T-AT-A-G-A-GCCAT--AACACC-TT-----------CT--T----G---G---AGTTTCA--CTCTAAAtaacaccttcttggagtttcactctaaaa
gi|117052                     :                                                                                                                                                    gtagtctggT-TTA-GAG--TG-A---AA--CT---C-C-A----------------------------------AG--A-A-GGTGTT-ATGGC-T-CT-A-T-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CT--CC--T----G---GGA-a
gi|117053                     :                                                                                                             gtagtctggctctagagtgagcccttgctctagagaataaccttac-CT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-CTCCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-AGC-TT-------CC--CC--T----GC--GGA-AGTCTa
gi|117054                     :                                                                                                                                                                                                                             gtagtctgg-G----T-CTCGC-T-CT-A-G-A-G---C--GA-GCT-TT-----T-CC--CC-----------AGC-AGACTTG--CTGTAGA
gi|117055                     :                                                                                                                                                 gtt-C--TTCGCT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-CACCCC--------T--T----------C--------------A-G----TACATGC-C-CT-A-G-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-CA--CC--CAGA-G---GGA-AGACTC---CTC-AGAataaactataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117056                     :                                                                                                                                     gtagtGT---A---G-T--CTCGCT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-CACCCC--------T--T----------C--------AG--A-A-C----T-AT-GC-C-CT-A-G-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-CA--CC--CAAGAG---GGA-AA-CTC---CTC-AGAgcc
gi|117057                     :                                                                    TCTAG-AGTG-AG-G-CTT-CCC--------------C--CTACGGATG--------------T-CTGG-------------------CT-TTG-GAG--TG-A---GT--AT---T-C-CCCC----------------------C--------AG--A-A-G----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-CC--CC--T----G---GT--AGTCTCG--CTCTAGAgcc
gi|117058                     :                                                    aggctcacAGTCTGGTTCTAG-AGTG-AG-G-CTT-CCC--------------C--CTACGGATG--------------T-CTGG-------------------CT-TTG-GAG--TG-A---GT--AT---T-C-CCCC----------------------C--------AG--A-A-G----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-CC--CC--T----G---GT--AGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117059                     :                                                                                                                                                                                                                                    -A-G----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-TC--CC--C----A---ACACA--CTTG--CTCTAGA
gi|117059                     :                                                            AGTCTGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CTC--------------C--C--C------AA-----CA--C-----------------A-C--TTG-CT-CTA-GAA--TA-AACTAC--CT---T-A-CTCC--------CAGG----------A--------GG--A-A-G----A-GTCAC-T-AT-A-G-A-GCCAT--AACACC-TT-----------CT--T----G---G---AGTTTTA--CTATAGAataaactaccttactcccaggaggaagagtcactatagagccataacaccttcttggagttttactatagaa
gi|117060                     :                                                                                                                                                              -CTA-GAG--TG-A---GG--CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-T-CT-G-G-A-G---T--GA-GCC-TT-------CC--CC--T----C---GGA-AGTCTGG--CTCTAGAa
gi|117061                     :                                                       agtctggcaTGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--TGGGGGAAG-G-CTCA--C-T-CTAGAGT---G---G---------------GAG---A-A----------------CCCC--------C--G----------G--------GG--A-C-G----T-CTCAC-T-CT-A-G-A-G---C--CA-GCC-Tg
gi|117062                     :                                                            AGCCTGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--TGGGGGAAG-G-CTCA--C-T-CTAGAGT---G---G---------------GAG---A-A----------------CCCC--------C--G----------G--------GG--A-C-G----T-CTCAC-T-CT-A-G-A-G---
gi|117063                     :                                                            AGTTTGGCTCTAG-AGTG-AG-T-CTT-CCC--------------C--C--CAAGGGGAA-G-CTCA--C-T-TTAGAGC---cca
gi|117063                     :                                                                                                                                                     agtctg-CC-CCA-TAG--TG-A---GA--CT---T-T-CCCC----------------------C--------GG--A-A-G----T-TTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CC--CC--CAAG-G---GGA-AG-CTCA--CTTTAGAtccgggggaaagtctcactatgggg
gi|117064                     :                                                                                                                                                   agtctggc-CT-CTA-GAG--TG-A---GG--CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------G---A-A-G----T-CTGGC-T-CT-G-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----
gi|117065                     :                                                     agtctggAGTTTGGCTCTAG-AGTG-AG-T-CTT-CCC--------------C--C--CAAGGGGAA-G-CTCA--C-T-TTAGAGCC--A---GAC--TTC-CC-CCA-GAG--CC-A---GC--CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GGC-TT-----C-CC--CC--T----G---CGA-AGTCTGG--CTCTGGA
gi|117066                     :                                                            AGTTTGGCTCTAG-AGTG-AG-T-CTT-CCC--------------C--C--CAAGGGGAA-G-CTCA--C-T-TTAGAGCC--A---GAC--TTC-CC-CCA-GAG--CC-A---GC--CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GGC-T
gi|117066                     :                                                                                                                                                                    AG--TG-A---GA--CT---T-T-CCCC----------------------C--------GG--A-A-G----T-TTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CC--CC--CAAG-G---GGA-AG-CTCA--CTTTAGAtccgggggaaagtctcact
gi|117067                     : agcctcactctagagccagacttccgcagggggaaggctggctctgggggaagtctggcAGTCTGGCTATAG-AGTG-AG-C-CTT-CAC--------------C--C----------A-G-CCCA--C-T-T-------------G-C--TT------TA-GAA--TA-A---AC--CG---T-A-CTCC--------TAGG----------G--------GG--A-A-G----A-CTTAC-T-AT-A-T-A-GCTAT--AACACC-TT-----C-TT----------------GA-AGTTACA--CTTTAGA
gi|117068                     :                                                                TGGCTCTAG-AGTG-AG-G-CTT-CCC--------------C--C--CCTGGGAAG-G-CTCA--C-T-CTGGGGG---AG--G-C--TCA-CT-CTA-GAa
gi|117069                     :                                                    agtctggtAGCCTGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------A--C-------GGAA-G-C---------CTGG-------------------CT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CCCC--------T--G----------G--------GGG-A-A-G----G-TTCAC-T-CT-A-G-A-G---CAGGA-GAA--------C-CC--CC--G----G---GGA-AGTCTCA--CTCTAGA
gi|117070                     :                                                            AGTCTGGCTCTAG-AGTG-AG-A-CTT-CCC--------------C-------GGGGG-----------T-T-CT--------------C--CTG-CT-CTA-GAG--TG-A---AC--CT---T-C-CCCCA-------G--G----------G--------GG--A-A-G----G-CTCAC-T-CT-A-G-A-G---C--CA-GGC-TT--------C--CG--T----G---GGA-AGGCTCA--CTCTAGA
gi|117070                     :                                                                                                                                                             T-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CC-------------A----------C--------GG--A-A-G----C-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--TGG--G---GGA-AGGTTCA--CTCTAGA
gi|117071                     :                   agtctggctctagagtgagacttccccgggggttctcctgcAGCCTGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--TGGGGGAAG-G-TTCA--C-T-CTAGAGC---A---G---------------GAG---A-A----------------CCCC--------C--G----------G--------GG--A-A-G----T-CTCAC-T-CT-A-G-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-CC--CG--T----G---GGA-AGACCTA--CTCTA
gi|117072                     :                                                            AGTCTGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C-----------------A--C-T-CTAGAGCCA-A---G-A--TTC-CC-CCA-GAG--GC-A---GCT-CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGAC-T-CT-A-G-A-G---
gi|117073                     :                                                            AGTCTGGCTCCAG-AATG-AG-C-CTT-CCC--------------C--T------GCGAA-G---------T-CTGG-------------------CT-CTAAGAA--TG-A---GC--CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-T-C--A-G-A-A---T--GA-GCC-TT-----CACC--CC--T----GC--GGA-AATCTTGGCTTCTAGAc
gi|117074                     :                                                            AGTCTGGCTCTAA-AATG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--TGCGG--AA------A--T-T-CTGG-------------------CT-CTA-GAA--TG-A---GC--CT---T-C-CCC---------T--G----------C--------GG--ACG-G----T-CTGGT-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--T----G---CGG-AGTCTGG--CTCCAGAa
gi|117075                     :                                                            AATCTGGCTCTAG-AATG-AGCC-CTT-CCC--------------T--C--TGCGGAAAA-T-CT-G--C-T-CTAGA-----A---A-C------------------TG-A---GC--CT---T----CCT--------T--G----------C--------GG--A-A-A----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---a
gi|117076                     :                                                            AGTCTGGCTCTAG-AATG-AG-C-CTT-CCC--------------C--CTCCGAGCG--------------T-CTGGG------------------TT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CC----------T--G----------C--------GG--A-ACG----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---
gi|117077                     :                                                                                                                                                                                                                                    -A-G----T-CTGGC-T-CTCA-G-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--C----G---GAA-GCTCTGG--CTCTAGA
gi|117078                     :                                                            AATCTGGCTCTAG-AATG-AG-CACTT-CCC--------------C--C--CTGCG--AC-G-TCGG--T-T-CTAGA--------------------------AG--TG-A---CC--CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-T-CTCA-G-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--C----G---GAA-GCTCTGG--CTCTAGAa
gi|117079                     :                                                            AATCTGGCTCTAGTAATG-AG-C-CTa
gi|117079                     :                                                                    TCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------T--G--CGGAACG-------------T-CTGG-------------------CT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-C-G----T-CTGGT-T-CT-A-G-A-GA--T--GA-AGC-TT-----C-CC--CT--TGC--G---GAA-AATCTGG--CTCTAGttccgcaaggggaagcttcatctctagaaccagacgtccgcagggggaaggctcactctagagccagacgttccgcagggaaggctcactctagaa
gi|117080                     :                                                  aggctcattaAGTCTGGCTC-AG-AATG-AG-C-CTT-CAC--------------C--C--CTGCGGAAA-----------T-CTTG----------G-C--TTC-----TA-GAA--TG-A---GC--CT---T---CCCC--------T--G----------C--------GG--A-ACG----T-CTGGT-T-CT-A-G-A-G---a
gi|117081                     :                                                                TGGCTCTAG-AATG-AG-C-CTT-CCC--------------C--CTCCGAGCG--------------T-CTGGG------------------TT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CC----------T--G----------C--------GG--A-ACG----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-T
gi|117082                     :                                                            AGTCTACATCTAG-AGTG-AG-C-CTC-CCC--------------C-------------------------------AAC---A---GAT--TTG-CT-CTA-AAA--TA-A---CC--GT---T-A-CCCC--------C--A----------CAG------GG--A-A-G----A-CTCAC-T-AT-A-C-A--------GA-GCC-ATAGCA-C-CC--TC--T--------TGA-AGACACA--CTCTAGA
gi|117082                     :                                                                                                                                                             T-CTA-GAG--TG-A---GC--C----T-C-CCCC--------A--A----------C--------AG--A--------T-TT-GC-T-CT-A-A-A-A---T--AA-CCG-TT-----A-CC--CC--CACA-G---GGA-AGACTCA--CTATA
gi|117083                     :                                                    agtctacaAGTCTGACTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--AGGGAGGAAGG-TTCA--C-T-CTAGAGCT--A---GAC--TTC-CTCCCA-GAG--CC-A---GC--CT---T---CCCC--------G--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GAC-Tcagagccatagcaccctcttgaagacacactctaga
gi|117083                     :                                                                                                                                                                    AG--TG-A---CA--CT---T-C-ACTC----------------------C--------GG--A-A-G----T-CTGAC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--A----GGGAGGA-AGGTTCA--CTCTAGAtccggagtgaagtgtcact
gi|117084                     :                                                                                                agtctcactctagagccagacttccgccggggaaggctggctctgggaggaagtctagc-CT-TTA-GAG--TA-AC--ACAACA---C-C-CCTC--------T--G----------C--------AG--A----------CTTGC-T-CT-A-G-A-A---T--AA-ATC-TT-------AC--CC--TAGA-G---GGA-AGACTCA--CTTCAGA
gi|117084                     :                                                                                                                        agtatcg--C-T-CT---GC---A---GAC--TTG-CT-CTA-GAA--TA-A---AT--CT---T-A-CCCT--------A--GA---------G--------GG--A-A-G----A-CTCAC-T-TC-A------------GA-GCC-ATAACA-C-CC--TC--T--------TGA-AGTATCG--ATCAAGAgccataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117084                     :                                agtatcgctttagagtaacacaacacccAGACTTGCTCTAG-AATA-AA-T-CTT-ACC--------------C--T--AGAGGGAAG-A-CTCA--C-T-TCAGAGCCATA---A-C--ACC-CT-CTT-GA
gi|117084                     :                              agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcTGGCTCTGA-AGTG-AG-T-CTT-CCC--------------T--C--TAGGGTAAG-A-TTTA--T-T-CTAGAGC---A---agtatcgatcaaga
gi|117085                     :                     agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcagactAATCTGGTTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCCCCATTTGACTTGCTC--C--CAGGGGGAA-GACTCA--C-T-CTAGtaacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117085                     :                                                                                                                                                             T-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CCCCATTTGACTT--G----------CTCCCAGGGGG--A-A-G----A-CTCAC-T-CT-A-GTACA---T--GT-ACC-ATAA---CATC--CT--T----T---TGA-AATCTCG--CTCTAAAtacatgtaccataacatccttttgaaatctcgctctaaa
gi|117086                     :                                                    aatctggtAGCCTGGCTCTGG-AGTG-AT-C-CTT-CCC--------------C--C-------GGAA-G-C---------CTGGG-------------------T-CTA-GAG--TG-A---AC--CT---T-C-CGAT--------T--G----------A--------GG--A-A-T----T-CTCAC-T-CT-A-G-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-CC--CA--T----G---GGA-AGTCCTA--CTCTA
gi|117087                     :                                                                                                                                                           -CT-CTG-GAG--TG-A---TC--CT---T-C-CCCC-------------------------------GG--A-A-G----C-CTGGG-T-CT-A-G-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-CG--AT--T----GA--GGA-ATTCTCA--CTCTAGA
gi|117088                     :                                                                                                                                                   agtctggc-CT-TTG-GAG--TG-A---GT--AT---T-C-CCCC----------------------C--------AG--A-A-G----T-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-CC--CC--T----G---GT--AGTCTCG--CTCTAGAcca
gi|117089                     :                                                       gtctggGTCTGGTTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--TGCGGAG-------------T-CTGG-------------------CT-CCA-GAA--TG-A---GC--CT---T-C-CCC---------T--G----------C--------G---A-A-G----T-CTGGC-T-CT-AAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--T----GC--GGA-AGTCTGG--CTC-AGAg
gi|117090                     :                                                             GTCTGGTTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------CTGC--CGCA---AA-G--TC-------CTGG-------------------CT-CTA-AA---TG-AA--GC--CT---T-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGCAT-CT-A-G-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-TC--CC--T----GC--GGA-AGTCTGG--CTTAAGAa
gi|117091                     :                                                             GTCTGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--TGCGG----------A--CGT-CTGG-------------------TT-CTA-GAGA-TG-A---AG--CT---T-C-CCCT--------T--G----------C--------GG--A-A-AA---T-CTGGC-T-CT-A-GTA-A---T--GA-GCC-TT-------CC--CT--T----GC--GGA-AATCTGG--CTCTAGAa
gi|117092                     :                                                                                                                                                                                                                                      -G----T-CTGGC-T-AT-A-G---G---T--GA-GCC-TA-----C-CCAGCC--C----------A-A--CTTG--CTTTAGAa
gi|117093                     :                                                                                                                                                         TC-TC-CCA-TAA--TG-A---GA--CT---T-C-CCCC--------T--G--------------------G--A-A-G----C-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--TGG--G---GGA-AGGCTCA--CTCTAGAataaaccgtactccaagggggaaacttaaccttatatgcgtataaacacctctctgaagt
gi|117093                     :                                                                         -AATG-AG-A-CTT-CCC--------------C--C--TGG----AA-G-C---------CTGG-------------------CT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CCCC--------T--G----------G--------GGG-A-A-G----G-CTCAC-T-CT-A-G-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-CC--CC--G----G---GGA-CGTCTCA--CTCTAGAgtgggagaacccccggggacgtctcactctaga
gi|117094                     :                                                                                                                                                            tctcccatAA--TG-A---GA--CT---T-C-CCCC--------T--G--------------------G--A-A-G----C-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--TGG--G---GGA-AGGCTCA--CTCTAGA
gi|117095                     :                                                                                                                                                     tcccac-CT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CC-------------A----------C--------GG--A-A-G----C-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--TGG--G---GGA-AGGTTCA--CTCTAGAatgg
gi|117096                     :                                                                                                                                                   tctcctgc-CT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CCCC----------------------C--------AG--C-A-A----A-CTTGT-T-CT-A-G-A-A---T--AA-ACC-TTA----C-TC--CC--TGG--G---GGA-AGACTCA--CTATAGAcca
gi|117097                     :                                                                gcGCTCTAGTAGTG-AG-C-CCT-TCC--------------C--C---------AA-G-C-------------AAC---A-----C--TTC-CT-CTA-AAA--TA-A---AC--CTTACT-C-CCCA--------G--G----------G--------GG--A-A-G----T-CTCAC-TAAT-A-G-A-G---cca
gi|117097                     :                                                                   CTCTAA-AATA-AA-C-CTTACTC--------------C--C--CAGGGGGAA-GTCTCA--C-TAATAGAGCTATA---A-C--ACC-CT-CTT-GActataacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117098                     :                                                                                                                        gctctagtagtgagcccttccccaagcaacacttc-CT-CTA-GAA--TG-A---GC--CT---T-C-CCCT--------T--G----------C--------GG--A-A-A----T-CT-GC-T-CT-A-G-A-A---T--G--GCC-TT-----C-CC--CT--TTGC-G---GAA-AATCT-G--CTCTAGAagttcacacctagaa
gi|117099                     :                                                                                                                                                          g-CC-CCA-TAG--TG-A---GA--CT---T-T-CCCC----------------------C--------GG--A-A-G----T-TTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CC--CC--CAAG-G---GGA-AG-CTCA--CTTTAGA
gi|117099                     :                                                            AGTTTGGCTCTAG-AGTG-AG-T-CTT-CCC--------------C--C--CAAGGGGAA-G-CTCA--C-T-TTAGAGC---gcca
gi|117100                     :                                                                                                                                  ccccatagtgagactttcccccgga-CT-CT--GAG--TGGA---GC--CT---T-C-CCCC----------------------C--------AG--C-A-C----A-CTTGC-T-CA-A-G-A-A---T--AA-ACC-TTA----C-TC--CCAGT----G---GGA-AGGCTCA--CTATAGAca
gi|117100                     :                                                                   CTCT-G-AGTGGAG-C-CTT-CCC--------------C--C--C-------A-G-CACA--C-T---------------------TG-CT-CAA-GAA--TA-A---AC--CT---TAC-TCCCAG------T--G-------------------GG--A-A-G----G-CTCAC-T-AT-A-G-A-GCCAT--AACACC-TT-----C-T-------T----G---G---AGTTCCA--CTCTAGAgccataacaccttcttggagttccactctagaa
gi|117100                     :                                                                                                                                                             T-CTA-GAG--TG-G---AA--CT---C-C-A----------------------------------AG--A-A-GGTGTT-ATGGC-T-CT-A-T-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--AC--T----G---GGA-a
gi|117101                     :                                                                                                           ctctgagtggagccttccccccagcacacttgctcaagaataaaccttacT-CCA-TAG--TG-A---GA--CT---T-C-TCTC-----------A----------C--------GG--A-A-G----T-CTAGC-T-CT-A-G-A-A---T--GA-ACC-TT-----C-CC--TC--C--------GGA-AGTCTGA--CTATAGAa
gi|117101                     :                                                                    TCCAT-AGTG-AG-A-CTT-CTC--------------T--CA-CGG----AA-G---------T-CTAG-------------------CT-CTA-GAA--TG-A---AC--CT---T-C-CCTC----------------------C--------GG--A-A-G----T-CTGAC-T-AT-A-G-A-G---A--TA------T-----C-CC--TT--T----GCACGGT-TGTCTCG--CTCTAGAgatatccctttgcacggttgtctcgctctaga
gi|117102                     :                                                                                                                                                                TA-GAG--TA-A---GC--CT---T-C-CCCC-------------------------------GG--A-A-C----C-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--T----G---GG
gi|117102                     :                                                                      TAG-AGTA-AG-C-CTT-CCC--------------C--C-------GGAA---------C-C-CTGG-------------------CT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CCCC--------T--GGGGGAACCCAC--------GGGGA-A-G----T-TTCAT-T-CT-A-T-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-CC--CG--T----G---GGA-AGACCTA--CTCTAggaacccacggggaagtttcattctatagccagacttccccgtgggaagacctactcta
gi|117103                     :                                                                TGGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--TGGGGG--A-A-CCCA--C-----GGGGA---A---G-T--TTCATT-CTA-TAG--CC-A---GA--CT---T-C-CCCG--------T--G-------------------GG--A-A-G----A-CCTAC-T-CT-A-
gi|117104                     :                                                                                                                                                                    AG--TG-A---CA--CT---T-C-ACTC----------------------C--------GG--A-A-G----T-CTGAC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--A----GGGAGGA-AGGTTCA--CTCTAGA
gi|117104                     :                                                            AGTCTGACTCTAG-AGTG-AG-C-CTT-CCC--------------C--C--AGGGAGGAAGG-TTCA--C-T-CTAGAGCT--A---GAC--TTC-CT-Cgctagacttcctc
gi|117105                     :                                                         agtgacacttcactccggaTG-AG-G-CTT-CCC--------------C--C--CGG----AA-G-C---------CTGG-------------------CT-CTA-GAG--TG-A---GC--CT---T-C-CC-------------A----------C--------GG--A-A-G----C-CTGGC-T-CT-A-G-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--TGG--G---GGA-AGGTTCA--CTCTAGA
gi|117106                     :                                                                TGGCTCTAT-GGTG-AG-T-CTT-TCC--------------A--C--TGGGGGTAAGG-TTTA--T-T-CTAGATC---A---
gi|117107                     :                                                              ctTGGCTCTAT-AGTG-AG-T-CTC-TCC--------------C--C--TGGGGGTAA-G-taacaccctcttaaaatctgactctagaa
gi|117107                     :                                                                                                                                                       ataaacT-CTA-GAA--TG-A---AA--CT---T-C----------------A----------A--------GA--G-A-GCAT-T-ATGGC-T-CT-A-T-A-G---T--GA-GTC-TC-----T-CC--CC--T----G---GGtaatgctctcttgaagtttcattctaga





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                             1111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                             4444444444444444444444444444444444444444444444                                      1111111111111111111111111111111                                                              22222222                   
lowQualScore                  :                                                                  1       1    0  0 0      55555555555555 11 5555555555555555555555555555555555555555555555 11   2 0 0 0 11  0 222 0 11   2 2    7777777777777777777777777777777  22 0 1 2222 1  2  0   1  1 0 444 00  2   0  7777777  11  11 33333333     3   222       
lowQualScore                  :                                                                  .       .    .  . .      .............. .. .............................................. ..   . . . . ..  . ... . ..   . .    ...............................  .. . . .... .  .  .   .  . . ... ..  .   .  .......  ..  .. ........     .   ...       
lowQualScore                  :                                                                  0       8    9  9 9      22222222222222 22 6666666666666666666666666666666666666666666666 88   0 7 6 6 55  6 444 6 55   6 0    1111111111111111111111111111111  99 6 8 4444 2  1  6   8  8 6 999 99  7   7  9999999  00  00 44444444     4   777       
consensus                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--CGGGGGG--AA-G-CTCA--C-TCTGGAG----A----------C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--T----G---GGAAGTCTCG--CTCTAGA
Reference ( family-370 )      :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--CGGGGGG--AA-G-CTCA--C-TCTGGAG-C--A---G-CTT--C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--T----G---GGAAGTCTCG--CTCTAGA
gi|117049                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--CAG-------------CA---------------A---A-CTTG-T--TCT-A-G-A-A--TA-A---A-C--CTTAC-TCCC--------TG-G----------G--------GG--A-A-G----A-CTCAC-TAT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT-----------CT--T----G---G--AGTTTCA--TTCTAGA
gi|117050                     :                                                          gtAGTCTC-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTACC--------------C--C--C--------------------------AA-C--A---GACTTG-C--TTT-A-G-A-A--TA-A---A-C--CTT-A-CCCC--------C--A----------CGG------GG--A-A-G----A-CTCAC-TAT-A--------T---A-GCC-ATAACAAC-CT--CT--T---------GAAGTCTCA--CTCTAGAa
gi|117050                     :                                                                                                                                                       gt--C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTTAC-CCCC--------A--A----------C--------AG--A----------CTTGC-TTT-AG-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-CC--CC--CACG-G---GGAAGACTCA--CTATA
gi|117051                     :                                                   gtagtctcgAGTCTG-GCTCTAG-GGTG-AG-C-CCCCCC--------------C--C--C-------------CCCA--------GCG-C--A-----CTTG-C--TCT-A-G-A-A--TA-A---A-C--CTTAC-TTTC--------A--G----------G--------GG--G-G-A----TACTCGC-TAT-AG-A-G----------CCATTACA--C-CC--TC--T----T---G-AAGTTTCA--CTCTAGAtagccataacaacctcttgaagtctcactctaga
gi|117052                     :                                                              gtTG-GCTCTAT-AGTG-AG-T-CTTCCT--------------C--C--TGGGAGT--AA-G-GTTATTC-TCTAGAG-C--AAGGG-CTCA-C--TCT-A-G-A-G--CC-A---G-A--CTa
gi|117052                     :                                                                                                                                                          gt--TTT-A-G-A-G--TG-A---A-A--CTC-C-A----------------------------------AG--A-A-GGTGTT-ATGGC-TCT-AT-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CT--CC--T----G---GGAtaacaccttcttggagtttcactctaaaa
gi|117053                     :                                                                                                           gtagtctggctctagagtgagcccttgctctagagaataaccttac--C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-CTCCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-AGC-TT-------CC--CC--T----GC--GGAAGTCTa
gi|117054                     :                                                                                                                                                                                                                              gtagtctgg-G----T-CTCGC-TCT-AG-A-G---C--GA-GCT-TT-----T-CC--CC-----------AGCAGACTTG--CTGTAGA
gi|117055                     :                                                         gttAGTCTTCGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCAC--------------C--C--Cataaactataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117055                     :                                                                                                                                                       gt--C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-CACCCC--------T--T----------C--------------A-G----TACATGC-CCT-AG-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-CA--CC--CAGA-G---GGAAGACTC---CTC-AGAttcagtacatgccctagaataaaccttacacccagagggaagactcctcagagcc
gi|117056                     :                                                  gtagtcttcgAGTCTC-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCAC--------------C--C--Cgcc
gi|117056                     :                                                                                                                                                       gt--C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-CACCCC--------T--T----------C--------AG--A-A-C----T-AT-GC-CCT-AG-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-CA--CC--CAAGAG---GGAAA-CTC---CTC-AGAttcagaactatgccctagaataaaccttacacccaagagggaaactcctcagagcc
gi|117057                     :                                                            gtagtctcgTCTAG-AGTG-AG-G-CTTCCC--------------C--CTACGGATG----------------TCTGG-----------------C--TTT-G-G-A-G--TG-A---G-T--ATT-C-CCCC----------------------C--------AG--A-A-G----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-CC--CC--T----G---GT-AGTCTCG--CTCTAGAgcc
gi|117058                     :                                                    aggctcacAGTCTG-GTTCTAG-AGTG-AG-G-CTTCCC--------------C--CTACGGATG----------------TCTGG-----------------C--TTT-G-G-A-G--TG-A---G-T--ATT-C-CCCC----------------------C--------AG--A-A-G----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-CC--CC--T----G---GT-AGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117059                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCTC--------------C--C--C---------A-A-CACA--C-T-TG------------------C--TCT-A-G-A-A--TA-AACTA-C--CTT-A-CTCC--------CAGG----------A--------GG--A-A-G----A-GTCAC-TAT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT-----------CT--T----G---G--AGTTTTA--CTATAGA
gi|117060                     :                                                                                                                                                               CT-A-G-A-G--TG-A---G-G--CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-TCT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-------CC--CC--T----C---GGAAGTCTGG--CTCTAGAa
gi|117061                     :                                                       agtctggcaTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGGGGGA--AG-G-CTCA--C-TCTAGAG-T--G---G---------------G-A-G---A-A--------------CCCC--------C--G----------G--------GG--A-C-G----T-CTCAC-TCT-AG-A-G---C--CA-GCC-Tg
gi|117062                     :                                                            AGCCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGGGGGA--AG-G-CTCA--C-TCTAGAG-T--G---G---------------G-A-G---A-A--------------CCCC--------C--G----------G--------GG--A-C-G----T-CTCAC-TCT-AG-A-G---
gi|117063                     :                                                                                                                                                         --C--CCC-A-T-A-G--TG-A---G-A--CTT-T-CCCC----------------------C--------GG--A-A-G----T-TTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CC--CC--CAAG-G---GGAAG-CTCA--CTTTAGAcca
gi|117064                     :                                                                                                                                                 agtctggc--C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-G--CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------G---A-A-G----T-CTGGC-TCT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-----
gi|117065                     :                                                     agtctggAGTTTG-GCTCTAG-AGTG-AG-T-CTTCCC--------------C--C--CAAGGGG--AA-G-CTCA--C-TTTAGAG-CC-A---GACTT--C--CCCCA-G-A-G--CC-A---G-C--CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GGC-TT-----C-CC--CC--T----G---CGAAGTCTGG--CTCTGGA
gi|117066                     :                                                            AGTTTG-GCTCTAG-AGTG-AG-T-CTTCCC--------------C--C--CAAGGGG--AA-G-CTCA--C-TTTAGAGCC--A---GACTTC-C--CCC-A-G-A-G--CC-A---G-C--CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GGC-T
gi|117066                     :                                                                                                                                                                     -A-G--TG-A---G-A--CTT-T-CCCC----------------------C--------GG--A-A-G----T-TTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CC--CC--CAAG-G---GGAAG-CTCA--CTTTAGAtccgggggaaagtctcact
gi|117067                     : agcctcactctagagccagacttccgcagggggaaggctggctctgggggaagtctggcAGTCTG-GCTATAG-AGTG-AG-C-CTTCAC--------------C--C------------A-G-CCCA--C-T-TG------------------C--TTT-A-G-A-A--TA-A---A-C--CGT-A-CTCC--------TAGG----------G--------GG--A-A-G----A-CTTAC-TAT-AT-A-GCTAT--AACACC-TT-----C-TT----------------GAAGTTACA--CTTTAGA
gi|117068                     :                                                                TG-GCTCTAG-AGTG-AG-G-CTTCCC--------------C--C--CCTGGGA--AG-G-CTCA--C-TCTGGGG-G--AG--G-CTCA-C--TCT-A-G-A-a
gi|117069                     :                                                    agtctggtAGCCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------A--C-------GG--AA-G-C--------CTGG-----------------C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CCCC--------T--G----------G--------GGG-A-A-G----G-TTCAC-TCT-AG-A-G---CAGGA-GAA--------C-CC--CC--G----G---GGAAGTCTCA--CTCTAGA
gi|117070                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-A-CTTCCC--------------C--------GGGG-----G-TTC-----TC---------------CTG--C--TCT-A-G-A-G--TG-A---A-C--CTT-C-CCCCA-------G--G----------G--------GG--A-A-G----G-CTCAC-TCT-AG-A-G---C--CA-GGC-TT--------C--CG--T----G---GGAAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117070                     :                                                                                                                                                            --TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CC-------------A----------C--------GG--A-A-G----C-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--TGG--G---GGAAGGTTCA--CTCTAGA
gi|117071                     :                   agtctggctctagagtgagacttccccgggggttctcctgcAGCCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGGGGGA--AG-G-TTCA--C-TCTAGAG-C--A---G---------------G-A-G---A-A--------------CCCC--------C--G----------G--------GG--A-A-G----T-CTCAC-TCT-AG-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-CC--CG--T----G---GGAAGACCTA--CTCTA
gi|117072                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C-------------------A--C-TCTAGAG-CCAA---G-ATT--C--CCCCA-G-A-G--GC-A---G-CT-CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGAC-TCT-AG-A-G---
gi|117073                     :                                                            AGTCTG-GCTCCAG-AATG-AG-C-CTTCCC--------------C--T------GCG--AA-G---------TCTGG-----------------C--TCT-AAG-A-A--TG-A---G-C--CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-TC--AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----CACC--CC--T----GC--GGAAATCTTGGCTTCTAGAc
gi|117074                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAA-AATG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGCGG----AA------A--T-TCTGG-----------------C--TCT-A-G-A-A--TG-A---G-C--CTT-C-CCC---------T--G----------C--------GG--ACG-G----T-CTGGT-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--T----G---CGGAGTCTGG--CTCCAGAa
gi|117075                     :                                                            AATCTG-GCTCTAG-AATG-AGCC-CTTCCC--------------T--C--TGCGGAA--AA-----------TCTG------------------C--TCT-A-G-A-AACTG-A---G-C--CTT----CCT--------T--G----------C--------GG--A-A-A----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---a
gi|117076                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AATG-AG-C-CTTCCC--------------C--CTCCGAGCG----------------TCTGGG----------------T--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CC----------T--G----------C--------GG--A-ACG----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---
gi|117077                     :                                                                                                                                                                                                                                     -A-G----T-CTGGC-TCTCAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--C----G---GAAGCTCTGG--CTCTAGA
gi|117078                     :                                                            AATCTG-GCTCTAG-AATG-AG-CACTTCCC--------------C--C--CTGCG------------A--C-GTCGG-----------------T--TCT-A-G-AAG--TG-A---C-C--CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-TCTCAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--C----G---GAAGCTCTGG--CTCTAGAa
gi|117079                     :                                                            AATCTG-GCTCTAGTAATG-AG-C-CTa
gi|117079                     :                                                                     TCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------T--G--CGGAACG---------------TCTGG-----------------C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-C-G----T-CTGGT-TCT-AG-A-GA--T--GA-AGC-TT-----C-CC--CT--TGC--G---GAAAATCTGG--CTCTAGttccgcaaggggaagcttcatctctagaaccagacgtccgcagggggaaggctcactctagagccagacgttccgcagggaaggctcactctagaa
gi|117080                     :                                                  aggctcattaAGTCTG-GCTC-AG-AATG-AG-C-CTTCAC--------------C--C--CTGCGGA--AA-T-CT--------TGG------------CTT--C--T---A-G-A-A--TG-A---G-C--CTT---CCCC--------T--G----------C--------GG--A-ACG----T-CTGGT-TCT-AG-A-G---a
gi|117081                     :                                                                TG-GCTCTAG-AATG-AG-C-CTTCCC--------------C--CTCCGAGCG----------------TCTGGG----------------T--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CC----------T--G----------C--------GG--A-ACG----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-T
gi|117082                     :                                                                                                                                                                                                                                     -A-G----T-CTACA-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TC-----C-CC--C
gi|117082                     :                                                            AGTCTA-CATCTAG-AGTG-AG-C-CTCCCC--------------C--------------------------------AA-C--A---G-ATTTGC--TCT-A-A-A-A--TA-A---C-C--GTT-A-CCCC--------C--A----------CAG------GG--A-A-G----A-CTCAC-TAT-AC-A--------GA-GCC-ATAGCA-C-CC--TC--T--------TGAAGACACA--CTCTAGAaacagatttgctctaaaataaccgttacccccacagggaagactcactatacagagccatagcaccctcttgaagacacactctaga
gi|117082                     :                                                                                                                                                            --TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--C-T-C-CCCC--------A--A----------C--------AG--A--------T-TT-GC-TCT-AA-A-A---T--AA-CCG-TT-----A-CC--CC--CACA-G---GGAAGACTCA--CTATA
gi|117083                     :                                                    agtctacaAGTCTG-ACTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--AGGGAGG--AAGG-TTCA--C-TCTAGAG-CT-A---GACTT--CCTCCC-A-G-A-G--CC-A---G-C--CTT---CCCC--------G--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GAC-Tcagagccatagcaccctcttgaagacacactctaga
gi|117083                     :                                                                                                                                                                     -A-G--TG-A---C-A--CTT-C-ACTC----------------------C--------GG--A-A-G----T-CTGAC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--A----GGGAGGAAGGTTCA--CTCTAGAtccggagtgaagtgtcact
gi|117084                     :                                                                                              agtctcactctagagccagacttccgccggggaaggctggctctgggaggaagtctagc--C--TTT-A-G-A-G--TA-AC--A-CAACAC-C-CCTC--------T--G----------C--------AG--A----------CTTGC-TCT-AG-A-A---T--AA-ATC-TT-------AC--CC--TAGA-G---GGAAGACTCA--CTTCAGA
gi|117084                     :                                                         agtatcgTG-GCTCTGA-AGTG-AG-T-CTTCCC--------------T--C--TAGGGTA--AG-A-TTTA--T-TCTAGAG-C--A---gccataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117085                     :                     agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcagactAATCTG-GTTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCCCCATTTGACTTGCTC--C--CAGGGGG--AA-GACTCA--C-TCTAGtaacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117085                     :                                                                                                                                                            --TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CCCCATTTGACTT--G----------CTCCCAGGGGG--A-A-G----A-CTCAC-TCT-AGTACA---T--GT-ACC-ATAA---CATC--CT--T----T---TGAAATCTCG--CTCTAAAtacatgtaccataacatccttttgaaatctcgctctaaa
gi|117086                     :                                                    aatctggtAGCCTG-GCTCTGG-AGTG-AT-C-CTTCCC--------------C--C-------GG--AA-G-C--------CTGGG-------------------TCT-A-G-A-G--TG-A---A-C--CTT-C-CGAT--------T--G----------A--------GG--A-A-T----T-CTCAC-TCT-AG-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-CC--CA--T----G---GGAAGTCCTA--CTCTA
gi|117087                     :                                                                                                                                                         --C--TCT-G-G-A-G--TG-A---T-C--CTT-C-CCCC-------------------------------GG--A-A-G----C-CTGGG-TCT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-CG--AT--T----GA--GGAATTCTCA--CTCTAGA
gi|117088                     :                                                                                                                                                 agtctggc--C--TTT-G-G-A-G--TG-A---G-T--ATT-C-CCCC----------------------C--------AG--A-A-G----T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-CC--CC--T----G---GT-AGTCTCG--CTCTAGAcca
gi|117089                     :                                                       gtctggGTCTG-GTTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGCGGAG---------------TCTGG-----------------C--TCC-A-G-A-A--TG-A---G-C--CTT---CCCC--------T--G----------C---------G--A-A-G----T-CTGGC-TCTAAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--T----GC--GGAAGTCTGG--CTC-AGAg
gi|117090                     :                                                             GTCTG-GTTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------CTGC--CGCA-----AA-G--TC------CTGG-----------------C--TCT-A-A-A----TG-AA--G-C--CTT-C-CCCC--------T--G----------C--------GG--A-A-G----T-CTGGCATCT-AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-TC--CC--T----GC--GGAAGTCTGG--CTTAAGAa
gi|117091                     :                                                             GTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGCGG------------A--CGTCTGG-----------------T--TCT-A-G-A-GA-TG-A---A-G--CTT-C-CCCT--------T--G----------C--------GGA-A-A-A----T-CTGGC-TCT-AGTA-A---T--GA-GCC-TT-------CC--CT--T----GC--GGAAATCTGG--CTCTAGAa
gi|117092                     :                                                                                                                                                                                                                                       -G----T-CTGGC-TAT-AG---G---T--GA-GCC-TA-----C-CCAGCC--C----------AA--CTTG--CTTTAGAa
gi|117093                     :                                                                                                                                                        T--C--TCCCA-T-A-A--TG-A---G-A--CTT-C-CCCC--------T--G--------------------G--A-A-G----C-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--TGG--G---GGAAGGCTCA--CTCTAGAataaaccgtactccaagggggaaacttaaccttatatgcgtataaacacctctctgaagt
gi|117093                     :                                                                          -AATG-AG-A-CTTCCC--------------C--C--TGG------AA-G-C--------CTGG-----------------C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CCCC--------T--G----------G--------GGG-A-A-G----G-CTCAC-TCT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-CC--CC--G----G---GGACGTCTCA--CTCTAGAgtgggagaacccccggggacgtctcactctaga
gi|117094                     :                                                                                                                                                             tctcccat-A-A--TG-A---G-A--CTT-C-CCCC--------T--G--------------------G--A-A-G----C-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--TGG--G---GGAAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117095                     :                                                                                                                                                   tcccac--C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CC-------------A----------C--------GG--A-A-G----C-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--TGG--G---GGAAGGTTCA--CTCTAGAatgg
gi|117096                     :                                                                                                                                                 tctcctgc--C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CCCC----------------------C--------AG--C-A-A----A-CTTGT-TCT-AG-A-A---T--AA-ACC-TTA----C-TC--CC--TGG--G---GGAAGACTCA--CTATAGAcca
gi|117097                     :                                                                                                                                                       gc--C--TCT-A-GTA-G--TG-A---GCC--CTT-C-CCCA--------A--G----------C------------A-A-C----A-CTTCC-TCT-AA-A-A---T--AA-ACC-TTA----C-TC--CC--CAGG-G---GGAAGTCTCA--CTcca
gi|117097                     :                                                               gTA-GCTCTATTAGTG-AG-A-CTTCCC--------------C--C--TGGGGAGTAAG-G-TTTA--T-TTTAGAG-aatagagctataacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117097                     :                                                                                                                                                                                                             gctctagtagtgagcccttccccaagcaacacttcTAGC-TCT-ATTA-G---T--GA-GAC-TT-----C-CC--CC--T----G---GGGAGTtaacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117098                     :                                                                                                      gctctagtagtgagcccttccccaagcaacacttcctctaaaataaacctt--C--TCT-A-G-A-A--TG-A---G-C--CTT-C-CCCT--------T--G----------C--------GG--A-A-A----T-CT-GC-TCT-AG-A-A---T--G--GCC-TT-----C-CC--CT--TTGC-G---GAAAATCT-G--CTCTAGAtaacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117099                     :                                                                                                                                                        g--C--CCC-A-T-A-G--TG-A---G-A--CTT-T-CCCC----------------------C--------GG--A-A-G----T-TTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CC--CC--CAAG-G---GGAAG-CTCA--CTTTAGA
gi|117100                     :                                                                                                                                                         --C--TCT---G-A-G--TGGA---G-C--CTT-C-CCCC----------------------C--------AG--C-A-C----A-CTTGC-TCA-AG-A-A---T--AA-ACC-TTA----C-TC--CCAGT----G---GGAAGGCTCA--CTATAGAgcca
gi|117100                     :                                                                    CTCT-G-AGTGGAG-C-CTTCCC--------------C--C--C---------A-G-CACA--C-T-TG------------------C--TCA-A-G-A-A--TA-A---A-C--CTTAC-TCCCAG------T--G-------------------GG--A-A-G----G-CTCAC-TAT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT-----C-T-------T----G---G--AGTTCCA--CTCTAGAgccataacaccttcttggagttccactctagaa
gi|117101                     :                                                                                                                                                            --TCC-A-T-A-G--TG-A---G-A--CTT-C-TCTC-----------A----------C--------GG--A-A-G----T-CTAGC-TCT-AG-A-A---T--GA-ACC-TT-----C-CC--TC--C--------GGAAGTCTGA--CTATAGAa
gi|117101                     :                                                                     TCCAT-AGTG-AG-A-CTTCTC--------------T--CA-CGG------AA-G---------TCTAG-----------------C--TCT-A-G-A-A--TG-A---A-C--CTT-C-CCTC----------------------C--------GG--A-A-G----T-CTGAC-TAT-AG-A-G---A--TA------T-----C-CC--TT--T----GCACGGTTGTCTCG--CTCTAGAgatatccctttgcacggttgtctcgctctaga
gi|117102                     :                                                                       TAG-AGTA-AG-C-CTTCCC--------------C--C-------GG--AA---------C-CCTGG-----------------C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CCCC--------T--GGGGGAACCCAC--------GGGGA-A-G----T-TTCAT-TCT-AT-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-CC--CG--T----G---GGAAGACCTA--CTCTA
gi|117103                     :                                                                TG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGGGGG----A-A-CCCA--C----GGGG-A--A---G-TTT--CATTCT-A-T-A-G--CC-A---G-A--CTT-C-CCCG--------T--G-------------------GG--A-A-G----A-CCTAC-TCT-A
gi|117104                     :                                                            AGTCTA-GCTCTAG-AGTG-AA-C-CTTCCT--------------C--C--CTGGGGG--AAGG-CTCA--C-TCTAGAGTC--A---GACT------TCC-G-G-A-G--TG-A---
gi|117105                     :                                                                    agtgacactTG-AG-G-CTTCCC--------------C--C--CGG------AA-G-C--------CTGG-----------------C--TCT-A-G-A-G--TG-A---G-C--CTT-C-CC-------------A----------C--------GG--A-A-G----C-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CC--TGG--G---GGAAGGTTCA--CTCTAGAtcctc
gi|117106                     :                                                                TG-GCTCTAT-GGTG-AG-T-CTTTCC--------------A--C--TGGGGGT--AAGG-TTTA--T-TCTAGAT-C--A---
gi|117107                     :                                                              ctTG-GCTCTAT-AGTG-AG-T-CTCTCC--------------C--C--TGGGGGT--AA-G-taacaccctcttaaaatctgactctagaa
gi|117107                     :                                                                                                                                                      ataaac--TCT-A-G-A-A--TG-A---A-A--CTT-C----------------A----------A--------GA--G-A-GCAT-T-ATGGC-TCT-AT-A-G---T--GA-GTC-TC-----T-CC--CC--T----G---GGtaatgctctcttgaagtttcattctaga





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                             111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                           
lowQualScore                  :                                                                                                             000000000000000000000000000000000000000000000000                                         111111111111111111111111111                                                          22222222                     
lowQualScore                  :                                                                  1       1    0  0 0      55555555555555 11 333333333333333333333333333333333333333333333333 0 55555   0 0 0 0  0 111 0 11   33 2    888888888888888888888888888  1 0 1 111 1  1  0   1  1 0 666 11  3   0  9999999  11   22222222  11   2   222       
lowQualScore                  :                                                                  .       .    .  . .      .............. .. ................................................ . .....   . . . .  . ... . ..   .. .    ...........................  . . . ... .  .  .   .  . . ... ..  .   .  .......  ..   ........  ..   .   ...       
lowQualScore                  :                                                                  0       7    8  8 8      00000000000000 22 555555555555555555555555555555555555555555555555 7 33333   7 6 6 7  7 888 7 66   66 0    666666666666666666666666666  4 7 9 111 3  8  6   9  9 6 333 00  6   7  2222222  11   22222222  11   4   666       
consensus                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--CGGGGG---AA-G-CTCA--C-TCTGG-------------------C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CCCC--------T--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCT----G---GG--AAGTCTCG--CTCTAGA
Reference ( family-370 )      :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--CGGGGGG--AA-G-CTCA--C-TCTGG----AG---------A---C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CCCC--------T--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCT----G---GG--AAGTCTCG--CTCTAGA
gi|117049                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--C---------A-G-CAAA--C-T-TG--------------------T-T-----CTA-G-A-A-TA-A---A-C--CTTA-C-TCCC--------TG-G------G--------GG-A-A-G---A-CTCAC-TAT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT-----------CTT----G---G----AGTTTCA--TTCTAGA
gi|117050                     :                                                          gtAGTCTC-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTACC--------------C--C--C---------A-A-CAGA--C-T-TG--------------------C-T-----TTA-G-A-A-TA-A---A-C--CTT--A-CCCC--------C--A------CGG------GG-A-A-G---A-CTCAC-TAT-A--------T---A-GCC-ATAACAAC-CT--CTT---------G--AAGTCTCA--CTCTAGAa
gi|117051                     :                                                          gtAGTCTG-GCTCTAG-GGTG-AG-C-CCCCCC--------------C--C--CCCC------A-G-CGCA--C-T-TG--------------------C-T-----CTA-G-A-A-TA-A---A-C--CTTA-C-TTTC--------A--G------G--------GG-G-G-A---TACTCGC-TAT-AG-A-G----------CCATTACA--C-CC--TCT----T---G---AAGTTTCA--CTCTAGA
gi|117052                     :                                                              gtTG-GCTCTAT-AGTG-AG-T-CTTCCT--------------C--C--TGGGAGT--AA-G-GTTATTC-TCTAG----AGCAAGGGCTCA---C-T-----CTA-G-A-G-CC-A---G-A--CTa
gi|117052                     :                                                          gtAGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-C---------------------------------------CTTG--C-TCTAG----AG---------A---A-T------------------A---A-C--CTT--A-CTCC--------CAGG------A--------GG-A-A-G---A-CTCAC-TAT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT-----------CTT----G---G----AGTTTCA--CTCTAAAtaacaccttcttggagtttcactctaaaa
gi|117053                     :                                                                                                                                  gt-TCTGG-------------------C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--CTCCCC--------T--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-AGC-TT-------CC--CCT----GC--GG--AAGTCTa
gi|117054                     :                                                                                                                                                                                                                                   gtag-G---T-CTCGC-TCT-AG-A-G---C--GA-GCT-TT-----T-CC--CC---------AG--CAGACTTG--CTGTAGA
gi|117055                     :                                                         gttAGTCTTCGCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCAC--------------C--C--Cataaactataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117055                     :                                                                                                                                                        gt---C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--CACCCC--------T--T------C-------------A-G---TACATGC-CCT-AG-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-CA--CCCAGA-G---GG--AAGACTC---CTC-AGAttcagtacatgccctagaataaaccttacacccagagggaagactcctcagagcc
gi|117056                     :                                                  gtagtcttcgAGTCTC-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCAC--------------C--C--Cgcc
gi|117056                     :                                                                                                                                                        gt---C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--CACCCC--------T--T------C--------AG-A-A-C---T-AT-GC-CCT-AG-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-CA--CCCAAGAG---GG--AAA-CTC---CTC-AGAttcagaactatgccctagaataaaccttacacccaagagggaaactcctcagagcc
gi|117057                     :                                                            gtagtctcgTCTAG-AGTG-AG-G-CTTCCC--------------C--CTACGGATG----------------TCTGG-------------------C-T-----TTG-G-A-G-TG-A---G-T--ATT--C-CCCC------------------C--------AG-A-A-G---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-CC--CCT----G---GT---AGTCTCG--CTCTAGAgcc
gi|117058                     :                                                    aggctcacAGTCTG-GTTCTAG-AGTG-AG-G-CTTCCC--------------C--CTACGGATG----------------TCTGG-------------------C-T-----TTG-G-A-G-TG-A---G-T--ATT--C-CCCC------------------C--------AG-A-A-G---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-CC--CCT----G---GT---AGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117059                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCTC--------------C--C--C---------A-A-CACA--C-T-TG--------------------C-T-----CTA-G-A-A-TA-AACTA-C--CTT--A-CTCC--------CAGG------A--------GG-A-A-G---A-GTCAC-TAT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT-----------CTT----G---G----AGTTTTA--CTATAGA
gi|117060                     :                                                                                                                                    -TCTGG-------------------C-A-----CTA-G-A-G-TG-A---G-G--CTT--C-CCCC--------T--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGGC-TCT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-------CC--CCT----C---GG--AAGTCTGG--CTCTAGAa
gi|117061                     :                                                              agTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGGGGGA--AG-G-CTCA--C-TCTAG----AG---------------T---------G-G-G-AG-A---A-----------CCCC--------C--G------G--------GG-A-C-G---T-CTCAC-TCT-AG-A-G---C--CA-GCC-Tg
gi|117062                     :                                                            AGCCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGGGGGA--AG-G-CTCA--C-TCTAG----AG---------------T---------G-G-G-AG-A---A-----------CCCC--------C--G------G--------GG-A-C-G---T-CTCAC-TCT-AG-A-G---
gi|117063                     :                                                                                                                                                          ---C-C-----CCA-T-A-G-TG-A---G-A--CTT--T-CCCC------------------C--------GG-A-A-G---T-TTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CC--CCCAAG-G---GG--AAG-CTCA--CTTTAGAcca
gi|117064                     :                                                                                                                            agtctggc-TCTGG-------------------C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-G--CTT--C-CCCC--------T--G------C---------G-A-A-G---T-CTGGC-TCT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-----
gi|117065                     :                                                          agAGTTTG-GCTCTAG-AGTG-AG-T-CTTCCC--------------C--C--CAAGGGG--AA-G-CTCA--C-TTTAG----AGCCAG-----A---C-TTCCC-CCA-G-A-G-CC-A---G-C--CTT--C-CCCC--------T--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GGC-TT-----C-CC--CCT----G---CG--AAGTCTGG--CTCTGGA
gi|117066                     :                                                            AGTTTG-GCTCTAG-AGTG-AG-T-CTTCCC--------------C--C--CAAGGGG--AA-G-CTCA--C-TTTAGAGCCAG---------A---C-TTCCC-CCA-G-A-G-CC-A---G-C--CTT--C-CCCC--------T--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GGC-T
gi|117066                     :                                                                                                                                                                          -A-G-TG-A---G-A--CTT--T-CCCC------------------C--------GG-A-A-G---T-TTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CC--CCCAAG-G---GG--AAG-CTCA--CTTTAGAtccgggggaaagtctcact
gi|117067                     : agcctcactctagagccagacttccgcagggggaaggctggctctgggggaagtctggcAGTCTG-GCTATAG-AGTG-AG-C-CTTCAC--------------C--C------------A-G-CCCA--C-T-TG--------------------C-T-----TTA-G-A-A-TA-A---A-C--CGT--A-CTCC--------TAGG------G--------GG-A-A-G---A-CTTAC-TAT-AT-A-GCTAT--AACACC-TT-----C-TT--------------G--AAGTTACA--CTTTAGA
gi|117068                     :                                                                TG-GCTCTAG-AGTG-AG-G-CTTCCC--------------C--C--CCTGGGA--AG-G-CTCA--C-TCTGG----GGGAGGCTC--A---C-T-----CTA-G-A-a
gi|117069                     :                                                    agtctggtAGCCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------A--C-------GG--AA-G-C--------CTGG-------------------C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CCCC--------TG-G------G--------GG-A-A-G---G-TTCAC-TCT-AG-A-G---CAGGA-GAA--------C-CC--CCG----G---GG--AAGTCTCA--CTCTAGA
gi|117070                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-A-CTT--C--------------C--C--CGGGG-------G-TTCT--C--CTG--------------------C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---A-C--CTT--C-CCCCA-------G--G------G--------GG-A-A-G---G-CTCAC-TCT-AG-A-G---C--CA-GGC-TT--------C--CGT----G---GG--AAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117071                     :                                                            AGCCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGGGGGA--AG-G-TTCA--C-TCTAG----AG---------------------CAG-G-A-G--A-A---------------CCCC--------C--G------G--------GG-A-A-G---T-CTCAC-TCT-AG-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-CC--CGT----G---GG--AAGACCTA--CTCTA
gi|117072                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C-------------------A--C-TCTAG----AGCCAAG----ATTCC-C-----CCA-G-A-G-GC-A---G-CT-CTT--C-CCCC--------T--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGAC-TCT-AG-A-G---
gi|117073                     :                                                            AGTCTG-GCTCCAG-AATG-AG-C-CTTCCC--------------C--T------GCG--AA-G---------TCTGG-------------------C-T-----CTAAG-A-A-TG-A---G-C--CTT--C-CCCC--------T--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGGC-TC--AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----CACC--CCT----GC--GG--AAATCTTGGCTTCTAGAc
gi|117074                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAA-AATG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGCGG----AA------A--T-TCTGG-------------------C-T-----CTA-G-A-A-TG-A---G-C--CTT--C-CCC---------T--G------C--------GG-ACG-G---T-CTGGT-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCT----G---CG--GAGTCTGG--CTCCAGAa
gi|117075                     :                                                            AATCTG-GCTCTAG-AATG-AGCC-CTTCCC--------------T--C--TGCGGAA--AA-T-CT-G--C-TCTAG----AA---------A---C-----------------TG-A---G-C--CTT-----CCT--------T--G------C--------GG-A-A-A---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---a
gi|117076                     :                                                            AGTCTG-GCTCTAG-AATG-AG-C-CTTCCC--------------C--CTCCGAGCG----------------TCTGG----G--------------T-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CC----------T--G------C--------GG-A-ACG---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---
gi|117077                     :                                                                                                                                                                                                                                     -A-G---T-CTGGC-TCTCAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCC----G---GA--AGCTCTGG--CTCTAGA
gi|117078                     :                                                            AATCTG-GCTCTAG-AATG-AG-CACTTCCC--------------C--C--CTGCG------------A--C-GTCGG-------------------T-T-----CTA-G-AAG-TG-A---C-C--CTT--C-CCCC--------T--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGGC-TCTCAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCC----G---GA--AGCTCTGG--CTCTAGAa
gi|117079                     :                                                            AATCTG-GCTCTAGTAATG-AG-C-CTa
gi|117079                     :                                                                     TCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------T--G--CGGAACG---------------TCTGG-------------------C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CCCC--------T--G------C--------GG-A-C-G---T-CTGGT-TCT-AG-A-GA--T--GA-AGC-TT-----C-CC--CTTGC--G---GA--AAATCTGG--CTCTAGttccgcaaggggaagcttcatctctagaaccagacgtccgcagggggaaggctcactctagagccagacgttccgcagggaaggctcactctagaa
gi|117080                     :                                                  aggctcattaAGTCTG-GCTC-AG-AATG-AG-C-CTTCAC--------------C--C--CTGCGGA--AA-T-CT--------TGG-------------------C-TT----CTA-G-A-A-TG-A---G-C--CTT----CCCC--------T--G------C--------GG-A-ACG---T-CTGGT-TCT-AG-A-G---a
gi|117081                     :                                                                TG-GCTCTAG-AATG-AG-C-CTTCCC--------------C--CTCCGAGCG----------------TCTGG----G--------------T-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CC----------T--G------C--------GG-A-ACG---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-T
gi|117082                     :                                                            AGTCTA-CATCTAG-AGTG-AG-C-CTCCCC--------------C--------------AA-----CAG-A-TTTG--------------------C-T-----CTA-A-A-A-TA-A---C-C--GTT--A-CCCC--------C--A------CAG------GG-A-A-G---A-CTCAC-TAT-AC-A--------GA-GCC-ATAGCA-C-CC--TCT--------TG--AAGACACA--CTCTAGA
gi|117082                     :                                                                                                                                                              -T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--C-T--C-CCCC--------A--A------C--------AG-A-------T-TT-GC-TCT-AA-A-A---T--AA-CCG-TT-----A-CC--CCCACA-G---GG--AAGACTCA--CTATA
gi|117083                     :                                                    agtctacaAGTCTG-ACTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--AGGGAGG--AAGG-TTCA--C-TCTAGAGCTAG---------A---C-TTCCTCCCA-G-A-G-CC-A---G-C--CTT----CCCC--------G--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GAC-Tcagagccatagcaccctcttgaagacacactctaga
gi|117083                     :                                                                                                                                                                          -A-G-TG-A---C-A--CTT--C-ACTC------------------C--------GG-A-A-G---T-CTGAC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCA----GGGAGG--AAGGTTCA--CTCTAGAtccggagtgaagtgtcact
gi|117084                     :                                                                                               agtctcactctagagccagacttccgccggggaaggctggctctgggaggaagtctagc---C-T-----TTA-G-A-G-TA-AC--A-CAACAC--C-CCTC--------T--G------C--------AG-A---------CTTGC-TCT-AG-A-A---T--AA-ATC-TT-------AC--CCTAGA-G---GG--AAGACTCA--CTTCAGA
gi|117084                     :                                                                                                                                                                                                                                        agtatcgTGGC-TCT-GA-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CC--TCT----A---GGGTAAGATTTA--TTCTAGAgccataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117085                     :                  agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcagacttgcAATCTG-GTTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCCCCATTTGACTTGCTC--C--CAGGGGG--AA-GACTCA--C-TCTAG----taacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117085                     :                                                                                                                                    -TCTGG-------------------T-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CCCCATTTGACTT--G------CTCCCAGGGGG-A-A-G---A-CTCAC-TCT-AGTACA---T--GT-ACC-ATAA---CATC--CTT----T---TG--AAATCTCG--CTCTAAAtacatgtaccataacatccttttgaaatctcgctctaaa
gi|117086                     :                                                          aaAGCCTG-GCTCTGG-AGTG-AT-C-CTTCCC--------------C--C-------GG--AA-G-C--------CTGG----G----------------T-----CTA-G-A-G-TG-A---A-C--CTT--C-CGAT--------T--G------A--------GG-A-A-T---T-CTCAC-TCT-AG-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-CC--CAT----G---GG--AAGTCCTA--CTCTA
gi|117087                     :                                                                                                                                               G---------G---C-T-----CTG-G-A-G-TG-A---T-C--CTT--C-CCCC---------------------------GG-A-A-G---C-CTGGG-TCT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-CG--ATT----GA--GG--AATTCTCA--CTCTAGA
gi|117088                     :                                                                                                                            agtctggc-TCTGG-------------------C-T-----TTG-G-A-G-TG-A---G-T--ATT--C-CCCC------------------C--------AG-A-A-G---T-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-CC--CCT----G---GT---AGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117089                     :                                                            gGTCTG-GTTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGCGGAG---------------TCTGG-------------------C-T-----CCA-G-A-A-TG-A---G-C--CTT----CCCC--------T--G------C---------G-A-A-G---T-CTGGC-TCTAAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCT----GC--GG--AAGTCTGG--CTC-AGAg
gi|117090                     :                                                             GTCTG-GTTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------CTGC--C---GCA--AA-G--TC------CTGG-------------------C-T-----CTA---A-A-TGAA---G-C--CTT--C-CCCC--------T--G------C--------GG-A-A-G---T-CTGGCATCT-AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-TC--CCT----GC--GG--AAGTCTGG--CTTAAGAa
gi|117091                     :                                                             GTCTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGCGG------------A--CGTCTGG-------------------T-T-----CTA-G-A-GATG-A---A-G--CTT--C-CCCT--------T--G------C--------GGAA-A-A---T-CTGGC-TCT-AGTA-A---T--GA-GCC-TT-------CC--CTT----GC--GG--AAATCTGG--CTCTAGAa
gi|117092                     :                                                                                                                                                                                                                                       -G---T-CTGGC-TAT-AG---G---T--GA-GCC-TA-----C-CCAGCCC------------AA--CTTG--CTTTAGAa
gi|117093                     :                                                                                                                                                                          -A-A-TG-A---G-A--CTT--C-CCCC--------T--G----------------G-A-A-G---C-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCTGG--G---GG--AAGGCTCA--CTCTAGAataaaccgtactccaagggggaaacttaaccttatatgcgtataaacacctctctgaagt
gi|117093                     :                                                                  tctcccat-AATG-AG-A-CTTCCC--------------C--C--TGG------AA-G-C--------CTGG-------------------C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CCCC--------T--G------G--------GGGA-A-G---G-CTCAC-TCT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-CC--CCG----G---GG--ACGTCTCA--CTCTAGAgtgggagaacccccggggacgtctcactctaga
gi|117094                     :                                                                                                                                                                  tctcccat-A-A-TG-A---G-A--CTT--C-CCCC--------T--G----------------G-A-A-G---C-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCTGG--G---GG--AAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117095                     :                                                                                                                                         tcccacG---------G---C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CC-------------A------C--------GG-A-A-G---C-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCTGG--G---GG--AAGGTTCA--CTCTAGAatgg
gi|117096                     :                                                        tctcctgcTG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--C---------A-G-CAAA--C-T-TG--------------------T-T-----CTA-G-A-A-TA-A---A-C--CTTA-C-TCCC--------TG-G------G--------GG-A-A-G---A-CTCAC-TAT-AG-A-G---a
gi|117097                     :                                                                                                                                                         g---C-T-----CTA-GTA-G-TG-A---GCC--CTT--C-CCCA--------A--G------C-----------A-A-C---A-CTTCC-TCT-AA-A-A---T--AA-ACC-TTA----C-TC--CCCAGG-G---GG--AAGTCTCA--CT
gi|117097                     :                                                               gTA-GCTCTATTAGTG-AG-A-CTTCCC--------------C--C--TGGGGAGTAAG-G-TTTA--T-TTTAG----AG---------aatagagctataacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117097                     :                                                                                                                                                                                                            gctctagtagtgagcccttccccaagcaacacttcTAGC-TCT-ATTA-G---T--GA-GAC-TT-----C-CC--CCT----G---GG--GAGTtaacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117098                     :                                                                                                       gctctagtagtgagcccttccccaagcaacacttcctctaaaataaacctt---C-T-----CTA-G-A-A-TG-A---G-C--CTT--C-CCCT--------T--G------C--------GG-A-A-A---T-CT-GC-TCT-AG-A-A---T--G--GCC-TT-----C-CC--CTTTGC-G---GA--AAATCT-G--CTCTAGAtaacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117099                     :                                                                                                                                                         g---C-C-----CCA-T-A-G-TG-A---G-A--CTT--T-CCCC------------------C--------GG-A-A-G---T-TTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-CC--CCCAAG-G---GG--AAG-CTCA--CTTTAGA
gi|117100                     :                                                                    CTCT-G-AGTGGAG-C-CTTCCC--------------C--C--C---------A-G-CACA--C-T-TG--------------------C-T-----CAA-G-A-A-TA-A---A-C--CTTA-C-TCCCAG------T--G---------------GG-A-A-G---G-CTCAC-TAT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT-----------CTT----G---G----AGTTCCA--CTCTAGAgcca
gi|117101                     :                                                                                                                                                              -T-----CCA-T-A-G-TG-A---G-A--CTT--C-TCTC-----------A------C--------GG-A-A-G---T-CTAGC-TCT-AG-A-A---T--GA-ACC-TT-----C-CC--TCC--------GG--AAGTCTGA--CTATAGAa
gi|117101                     :                                                                     TCCAT-AGTG-AG-A-CTTCTC--------------T--CA-CGG------AA-G---------TCTAG-------------------C-T-----CTA-G-A-A-TG-A---A-C--CTT--C-CCTC------------------C--------GG-A-A-G---T-CTGAC-TAT-AG-A-G---A--TA------T-----C-CC--TTT----GCACGG--TTGTCTCG--CTCTAGAgatatccctttgcacggttgtctcgctctaga
gi|117102                     :                                                                       TAG-AGTA-AG-C-CTTCCC--------------C--C-------GG--A-------A--C-CCTGG-------------------C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CCCC--------T--GGGGGAACCCACGG--GG-A-A-G---T-TTCAT-TCT-AT-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-CC--CGT----G---GG--AAGACCTA--CTCTA
gi|117103                     :                                                                TG-GCTCTAG-AGTG-AG-C-CTTCCC--------------C--C--TGGGGG----A-A-CCCA--C-GGGGA----AGTTTC-----A---T-T-----CTA-T-A-G-CC-A---G-A--CTT--C-CCCG--------T--G---------------GG-A-A-G---A-CCTAC-TCT-A
gi|117104                     :                                                            AGTCTA-GCTCTAG-AGTG-AA-C-CTTCCT--------------C--C--CTGGGGG--AAGG-CTCA--C-TCTAGAGTCAG---------A---CTT-----CCG-G-A-G-TG-A---
gi|117105                     :                                                                    agtgacactTG-AG-G-CTTCCC--------------C--C--CGG------AA-G-C--------CTGG-------------------C-T-----CTA-G-A-G-TG-A---G-C--CTT--C-CC-------------A------C--------GG-A-A-G---C-CTGGC-TCT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-CC--CCTGG--G---GG--AAGGTTCA--CTCTAGAtcctc
gi|117106                     :                                                                TG-GCTCTAT-GGTG-AG-T-CTTTCC--------------A--C--TGGGGGT--AAGG-TTTA--T-TCTAG----A
gi|117106                     :                                                                cttgaTCTAG-AATA-AA-C-CTTACC--------------C--C--CAGTGGA--AA-G----A--C-TC------------------A---C-C-----ATA-G-A-G----------C--CATAAC-ACCC--------T--C------T--------TA-A-A-A---T-CTGAC-TCT-AG-A-taacaccctcttaaaatctgactctagaa
gi|117107                     :                                                           cttgaTG-GCTCTAT-AGTG-AG-T-CTCTCC--------------C--C--TGGGGGT--AA-G-a
gi|117107                     :                                                                                                                                                        ataaac-T-----CTA-G-A-A-TG-A---A-A--CTT--C----------------A------A--------GA-G-A-GCATT-ATGGC-TCT-AT-A-G---T--GA-GTC-TC-----T-CC--CCT----G---GG--taatgctctcttgaagtttcattctaga





Alignments
lowQualScore                  :                                                                      8888888888888888888888888888888888888                                                                 11111111111111111111111                                                      22222222                   
lowQualScore                  :                                              0  0    0   0    0   33 2222222222222222222222222222222222222   333 66666666666  3333333333   0 0 0 11  0 111  11 0  6666  0  55555555555555555555555  33 0 2  1  3  0   1  1  666 11  3   0  8888888 0    22222222     1   333       
lowQualScore                  :                                              .  .    .   .    .   .. .....................................   ... ...........  ..........   . . . ..  . ...  .. .  ....  .  .......................  .. . .  .  .  .   .  .  ... ..  .   .  ....... .    ........     .   ...       
lowQualScore                  :                                              9  9    9   9    9   88 5555555555555555555555555555555555555   777 22222222222  5555555555   7 6 6 55  6 888  66 7  0000  7  33333333333333333333333  55 7 0  3  2  7   3  3  666 00  8   8  6666666 9    11111111     8   777       
consensus                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--C------C---------G-G-G-GG--AA-G-C--AC-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CC-CC--T--G----------C------GG--A-A-GT-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCT----G---GGAAGTCTCG--CTCTAGA
Reference ( family-370 )      :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--C------C---------G-G-G-GG--AA-G-CTCAC-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CC-CC--T--G----------C------GG--A-A-GT-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCT----G---GGAAGTCTCG--CTCTAGA
gi|117049                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--C------C--------------------A-G-CAAAC-TT----G-----------TT----------CTA-G-A-A--TA-A---AC--C-TTA-C-TC-CC--TG-G----------G------GG--A-A-GA-CTCAC-TAT-AG-AGCCAT--AACACC-TT----------CTT----G---G--AGTTTCA--TTCTAGA
gi|117050                     :                                 gtAGTCTCGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTA-CCC--C------C---------A-A-C-AG--A-----------CT--TG-----------CT----------TTA-G-A-A--TA-A---AC--C-TT--A-CC-CC--C--A----------CGG----GG--A-A-GA-CTCAC-TAT-A-------T---A-GCC-ATAACAAC-C-TCTT---------GAAGTCTCA--CTCTAGAa
gi|117051                     :                                 gtAGTCTGGCTCT-AG-GGTG-AGC-CCCC-CCC--C------C---------C-C-C------A-G-CGCAC-TT----G-----------CT----------CTA-G-A-A--TA-A---AC--C-TTA-C-TT-TC--A--G----------G------GG--G-G-ATACTCGC-TAT-AG-AG----------CCATTACA--C-C-CTCT----T---G-AAGTTTCA--CTCTAGA
gi|117052                     :                                 gtAGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-C-----------------------------------------CTTGC-TCT--AG-------------------------A-G-A-A--T--A---AC--C-TT--A-CT-CC--CAGG----------A------GG--A-A-GA-CTCAC-TAT-AG-AGCCAT--AACACC-TT----------CTT----G---G--AGTTTCA--CTCTAAAa
gi|117052                     :                                     gtTGGCTCT-AT-AGTG-AGT-CTTC-CTC--C------T---------G-G-G-AGT-AA-G-GTTAT-T-----------------CT----------CTA-G-A-G--CA-A---Ga
gi|117053                     :                                                                                   gtagtctggctctagagtgagcc-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--CTCC-CC--T--G----------C------GG--A-A-GT-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-AGC-TT-------C-CCCT----GC--GGAAGTCTtaacaccttcttggagtttcactctaaaa
gi|117054                     :                                                                                                      gtag-TCT--CG-----------CT----------CTA-G-A-G--CG-A---GC--T-TT--T-CC-CC--A--G----------C------AG--A------CTTGC-TGT-AG-AA---T--AA-AC
gi|117055                     :                                                                                                             gttgG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--CACC-CC--T--T----------C------------A-GTACATGC-CCT-AG-AA---T--AA-ACC-TT-----A-C-ACCCAGA-G---GGAAGACTC---CTC-AGAtataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117056                     :                                                                                                 gtagtcttc-TCT--CG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--CACC-CC--T--T----------C------AG--A-A-CT-AT-GC-CCT-AG-AA---T--AA-ACC-TT-----A-C-ACCCAAGAG---GGAAA-CTC---CTC-AGAgcc
gi|117057                     :                                       gtagTCT-AG-AGTG-AGG-CTTC-CCC--CTA----C---------G-G-A-TG-------------TCT--GG-----------CT----------TTG-G-A-G--TG-A---GT--A-TT--C-CC-CC----------------C------AG--A-A-GT-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCCT----G---GT-AGTCTCG--CTCTAGAgcc
gi|117058                     :                           aggctcacAGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AGG-CTTC-CCC--CTA----C---------G-G-A-TG-------------TCT--GG-----------CT----------TTG-G-A-G--TG-A---GT--A-TT--C-CC-CC----------------C------AG--A-A-GT-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCCT----G---GT-AGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117059                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-TCC--C------C-------------------AA-----CAC-ACT--TG-----------CT----------CTA-G-A-A--TA-AACTAC--C-TT--A-CT-CC--CAGG----------A------GG--A-A-GA-GTCAC-TAT-AG-AGCCAT--AACACC-TT----------CTT----G---G--AGTTTTA--CTATAGA
gi|117060                     :                                                                                                          -TCT--GG-----------CA----------CTA-G-A-G--TG-A---GG--C-TT--C-CC-CC--T--G----------C------GG--A-A-GT-CTGGC-TCT-GG-AG---T--GA-GCC-TT-------C-CCCT----C---GGAAGTCTGG--CTCTAGAa
gi|117061                     :                                     agTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--C------T---------G-G-G-GG--AAGG-CTCA--------------------CT----------CTA-G-A-G--TG-G---GA--G-AA--C-CC-CC-----G----------G------GG--A-C-GT-CTCAC-TCT-AG-AG---C--CA-GCC-Tg
gi|117062                     :                                                                                                            CT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CC-CC--T--G----------G------GGG-A-A-GG-CTCAC-TCT-AG-AG---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCCG----G---GGACGTCTCA--CTCTAGA
gi|117063                     :                                                                                                               agc-----------CC----------CCA-T-A-G--TG-A---GA--C-TT--T-CC-CC----------------C------GG--A-A-GT-TTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCCCAAG-G---GGAAG-CTCA--CTTTAGAgcca
gi|117064                     :                                                                                                  agtctggc-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GG--C-TT--C-CC-CC--T--G----------C-------G--A-A-GT-CTGGC-TCT-GG-AG---T--GA-GCC-TT-----
gi|117065                     :                                 agAGTTTGGCTCT-AG-AGTG-AGT-CTTC-CCC--C------C---------AAG-G-GG--AA-G-CTCAC-TTT--AGAGCCAGACTTCCC----------CCA-G-A-G--CC-A---GC--C-TT--C-CC-CC--T--G----------C------GG--A-A-GT-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GGC-TT-----C-C-CCCT----G---CGAAGTCTGG--CTCTGGA
gi|117066                     :                                   AGTTTGGCTCT-AG-AGTG-AGT-CTTC-CCC--C------C---------AAG-G-GG--AA-G-CTCAC-TTT--AGAGCCAGACTTCCC----------CCA-G-A-G--CC-A---GC--C-TT--C-CC-CC--T--G----------C------GG--A-A-GT-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GGC-T
gi|117067                     :                                   AGTCTGGCTAT-AG-AGTG-AGC-CTTC-ACC--C---------------------------A-G-CCCAC-TT----G-----------CT----------TTA-G-A-A--TA-A---AC--C-GT--A-CT-CC--TAGG----------G------GG--A-A-GA-CTTAC-TAT-AT-AGCTAT--AACACC-TT-----C-T-T------------GAAGTTACA--CTTTAGAtccgggggaaagtctcact
gi|117068                     :                                   AGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AGC-CTCC-CCC------------------------------------------------------------------------A-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CCAGG--G--G----------G------GG--A-A-GC-CTCAC-TCT-AG-AG---a
gi|117068                     :                                       TGGCTCT-AG-AGTG-AGG-CTTC-CCC--C------C---------C-T-G-GG--AAGG-CTCAC-TCT--GG-----------cca
gi|117069                     :          agtctggttctagagtgagcctcccAGCCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCA--C----------------------GG--AA-G-C------CT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CC-CC--TG-G----------G------GG--A-A-GG-TTCAC-TCT-AG-AG---CAGGA-GAA--------C-C-CCCG----G---GGAAGTCTCA--CTCTAGA
gi|117070                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGA-CTT---CC--C------C---------G-G-G-G------G-TT--C-TCC--TG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---AC--C-TT--C-CC-CCA-G--G----------G------GG--A-A-GG-CTCAC-TCT-AG-AG---C--CA-GGC-TT---------CCGT----G---GGAAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117071                     :                                   AGCCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--C------T---------G-G-G-GG--AAGG-TTCAC-TCT--AG-----------AG----------CAG-G-A-G---A-A---------------CC-CC--C--G----------G------GG--A-A-GT-CTCAC-TCT-AG-AG---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCGT----G---GGAAGACCTA--CTCTA
gi|117072                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--CACT---C---------T-A-G-AGCCAA-G----AT-TC----------------CC----------CCA-G-A-G--GC-A---GCT-C-TT--C-CC-CC--T--G----------C------GG--A-A-GT-CTGAC-TCT-AG-AG---
gi|117073                     :                                   AGTCTGGCTCC-AG-AATG-AGC-CTTC-CCC--T--------------------G-CG--AA-G-------TCT--GG-----------CT----------CTAAG-A-A--TG-A---GC--C-TT--C-CC-CC--T--G----------C------GG--A-A-GT-CTGGC-TC--AG-AA---T--GA-GCC-TT-----CAC-CCCT----GC--GGAAATCTTGGCTTCTAGAc
gi|117074                     :                                   AGTCTGGCTCT-AA-AATG-AGC-CTTC-CCC--C------T---------G-C-G-GA--AA-------T-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-A--TG-A---GC--C-TT----CC-CC--T--G----------C------GG--ACG-GT-CTGGT-TCT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCT----G---CGGAGTCTGG--CTCCAGAa
gi|117075                     :                                   AATCTGGCTCT-AG-AATG-AGC-CCTT-CCC--T------C---------T-G-C-GG--AA------AA-TCT---G-----------CT----------CTA-G-A-AACTG-A---GC--C-TT-----C-CT--T--G----------C------GG--A-A-AT-CTGGC-TCT-AG-AG---a
gi|117076                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AATG-AGC-CTTC-CCCCTC------C---------G-A-G-CG-------------TCTG-GG-----------TT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT-----C-CC--T--G----------C------GG--A-ACGT-CTGGC-TCT-AG-AG---
gi|117077                     :                                   AGTCTGGCTCTCAG-AATG-AGC-CTTC-CCC--C------C---------------GG--AA-G-----C-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-
gi|117078                     :                                   AATCTGGCTCT-AG-AATG-AGCACTTC-CCC--C------C---------T-G-C-G-----------AC-GTC--GG-----------TT----------CTA-G-AAG--TG-A---CC--C-TT--C-CC-CC--T--G----------C------GG--A-A-GT-CTGGC-TCTCAG-AA---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCC----G---GAAGCTCTGG--CTCTAGAa
gi|117079                     :                                   AATCTGGCTCT-AGTAATG-AGC-CTa
gi|117079                     :                                           TCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCT--G------C---------G-G-A-------------ACGTCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CC-CC--T--G----------C------GG--A-C-GT-CTGGT-TCT-AG-AGA--T--GA-AGC-TT-----C-C-CCTTGC--G---GAAAATCTGG--CTCTAGttccgcaaggggaagcttcatctctagaaccagacgtccgcagggggaaggctcactctagagccagacgttccgcagggaaggctcactctagaa
gi|117080                     :                         aggctcattaAGTCTGGCTC--AG-AATG-AGC-CTTCACCC--C------T---------G-C-G-GA--AA-T-CT------T--GG-----------CTT---------CTA-G-A-A--TG-A---GC--C-TT----CC-CC--T--G----------C------GG--A-ACGT-CTGGT-TCT-AG-AG---a
gi|117081                     :                                       TGGCTCT-AG-AATG-AGC-CTTC-CCCCTC------C---------G-A-G-CG-------------TCTG-GG-----------TT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT-----C-CC--T--G----------C------GG--A-ACGT-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GCC-T
gi|117082                     :                                   AGTCTACATCT-AG-AGTG-AGC-CT---CCC--C------C---------A-A-C-AG--A----------TTT---G-----------CT----------CTA-A-A-A--TA-A---CC--G-TT--A-CC-CC--C--A----------CAG----GG--A-A-GA-CTCAC-TAT-AC-A-------GA-GCC-ATAGCA-C-C-CTCT--------TGAAGACACA--CTCTAGA
gi|117082                     :                                                                                                                              T----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C--T--C-CC-CC--A--A----------C------AG--A----T-TT-GC-TCT-AA-AA---T--AA-CCG-TT-----A-C-CCCCACA-G---GGAAGACTCA--CTATA
gi|117083                     :                           agtctacaAGTCTGACTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--C------A---------G-G-GAGG--AAGG-TTCAC-TCTAGAG-----------CTAGACTTCCTCCCA-G-A-G--CC-A---GC--C-TT----CC-CC--G--G----------C------GG--A-A-GT-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GAC-Tcagagccatagcaccctcttgaagacacactctaga
gi|117083                     :                                                                                                                                              -A-G--TG-A---CA--C-TT--C-AC-TC----------------C------GG--A-A-GT-CTGAC-TCT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCA----GGGAGGAAGGTTCA--CTCTAGAtccggagtgaagtgtcact
gi|117084                     :                                                      agtctcactctagagccagacttccgccggggaaggctggctctgggaggaagtctagcG-----------CT----------TTA-G-A-G--TA-AC--ACAAC-AC--C-CC-TC--T--G----------C------AG--A------CTTGC-TCT-AG-AA---T--AA-ATC-TT-------A-CCCTAGA-G---GGAAGACTCA--CTTCAGA
gi|117084                     :                                                                                                       agtatcT--GG-----------CT----------CTG-A-A-G--TG-A---GT--C-TT--C-CC-TC--T--A----------G------GGT-A-A-GA-TTTAT-TCT-AG-AG---C--AA-GTC-Tgccataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117085                     : agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcAATCTGGTTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--CATTTGACTTGCTCCCAG-G-G-GG--AA-GACTCAC-TCT--AG------------------------TA-C-A----TG-T---AC--C-ATAAC-AT-CC--T--T----------T------TG--A-A-AT-CTCGC-TCT-AA-Ataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117086                     :                                   AGCCTGGCTCT-GG-AGTG-ATC-CTTC-CCC--C----------------------GG--AA-G-C------CT--GG-----------GT----------CTA-G-A-G--TG-A---AC--C-TT--C-CG-AT--T--G----------A------GG--A-A-TT-CTCAC-TCT-AG-AG---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCAT----G---GGAAGTCCTA--CTCTA
gi|117087                     :                                                                                                             T--GG-----------CT----------CTG-G-A-G--TG-A---TC--C-TT--C-CC-CC-----------------------GG--A-A-GC-CTGGG-TCT-AG-AG---T--GA-ACC-TT-----C-C-GATT----GA--GGAATTCTCA--CTCTAGA
gi|117088                     :                                                                                                  agtctggc-TCT--GG-----------CT----------TTG-G-A-G--TG-A---GT--A-TT--C-CC-CC----------------C------AG--A-A-GT-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCCT----G---GT-AGTCTCG--CTCTAGA
gi|117089                     :                                   gGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--C------T---------G-C-G-G----A-G-------TCT--GG-----------CT----------CCA-G-A-A--TG-A---GC--C-TT----CC-CC--T--G----------C-------G--A-A-GT-CTGGC-TCTAAG-AA---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCT----GC--GGAAGTCTGG--CTC-AGAg
gi|117090                     :                                    GTCTGGTTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCCTGC------C-------------G-CA--AA-G--TC----CT--GG-----------CT----------CTA---A-A--TGAA---GC--C-TT--C-CC-CC--T--G----------C------GG--A-A-GT-CTGGCATCT-AG-AA---T--GA-GCC-TT-----C-T-CCCT----GC--GGAAGTCTGG--CTTAAGAa
gi|117091                     :                                    GTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--C------T---------G-C-G-G-----------ACGTCT--GG-----------TT----------CTA-G-A-GA-TG-A---AG--C-TT--C-CC-CT--T--G----------C------GGA-A-A-AT-CTGGC-TCT-AGTAA---T--GA-GCC-TT-------C-CCTT----GC--GGAAATCTGG--CTCTAGAa
gi|117092                     :                                    GTCTGGCTAT-AG--GTG-AGC-CTAC-CC-------------------------------A-G-CCCAA--CT--TG-----------CT----------TTA-G-A-A--TA-A---AC--C-GT--A-CT-CC--a
gi|117093                     :                                                 -AATG-AGA-CTTC-CCC--C------T---------G-G-------AA-G-C------CT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CC-CC--T--G----------G------GGG-A-A-GG-CTCAC-TCT-AG-AG---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCCG----G---GGACGTCTCA--CTCTAGAaagggggaaacttaaccttatatgcgtataaacacctctctgaagt
gi|117094                     :                                                                                                                                      tctcccat-A-A--TG-A---GA--C-TT--C-CC-CC--T--G------------------G--A-A-GC-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCTGG--G---GGAAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117095                     :                                                                                                       tcccacT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CC--------A----------C------GG--A-A-GC-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCTGG--G---GGAAGGTTCA--CTCTAGAatgg
gi|117096                     :                               tctcctgcTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTC-CCC--C------C--------------------A-G-CAAAC-TT----G-----------TT----------CTA-G-A-A--TA-A---AC--C-TTA-C-TC-CC--TG-G----------G------GG--A-A-GA-CTCAC-TAT-AG-AG---
gi|117097                     :                                                                                                                gG-----------CT----------CTA-GTA-G--TG-A---GC--CCTT--C-CC-CA--A--G----------C----------A-A-CA-CTTCC-TCT-AA-AA---T--AA-ACC-TTA----C-T-CCCCAGG-G---GGAAGTCTCA--CT
gi|117097                     :                                                                                                                                                                                                               TAGC-TCT-ATTAG---T--GA-GAC-TT-----C-C-CCCT----G---GGGAGTaatagagctataacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117098                     :                                                              gctctagtagtgagcccttccccaagcaacacttcctctaaaataaaccttG-----------CT----------CTA-G-A-A--TG-A---GC--C-TT--C-CC-CT--T--G----------C------GG--A-A-AT-CT-GC-TCT-AG-AA---T--G--GCC-TT-----C-C-CCTTTGC-G---GAAAATCT-G--CTCTAGAtaacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117099                     :                                                                                                                  -----------CC----------CCA-T-A-G--TG-A---GA--C-TT--T-CC-CC----------------C------GG--A-A-GT-TTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCCCAAG-G---GGAAG-CTCA--CTTTAGA
gi|117100                     :                                          CTCT--G-AGTGGAGC-CTTC-CCC--C------C--------------------A-G-CACAC-TT----G-----------CT----------CAA-G-A-A--TA-A---AC--C-TTA-C-TC-CCAGT--G-----------------GG--A-A-GG-CTCAC-TAT-AG-AGCCAT--AACACC-TT----------CTT----G---G--AGTTCCA--CTCTAGAgcca
gi|117101                     :                                           TCC-AT-AGTG-AGA-CTTC-TCT--CA-----C---------G-G-------AA-G-------TCT--AG-----------CT----------CTA-G-A-A--TG-A---AC--C-TT--C-CC-TC----------------C------GG--A-A-GT-CTGAC-TAT-AG-AG---A--TA------T-----C-C-CTTT----GCACGGTTGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117102                     :                                             T-AG-AGTA-AGC-CTTC-CCC--C----------------------GG--AA-------C-CCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CC-CC--T--GGGGGAA----CCCACGGGG--A-A-GT-TTCAT-TCT-AT-AG---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCGT----G---GGAAGACCTA--CTCTA
gi|117103                     :                                                                                                             T--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CC-CC--T--GGGGGAACCCAC------GGGGA-A-GT-TTCAT-TCT-AT-AG---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCGT----G---GGAAGACCTA--CTCTA
gi|117104                     :                                                                                                                                              -A-G--TG-A---CA--C-TT--C-AC-TC----------------C------GG--A-A-GT-CTGAC-TCT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCA----GGGAGGAAGGTTCA--CTCTAGA
gi|117104                     :                                                                                                                                                                                             ------GG--A-A-GT-CTAGC-TCT-AG-AG---T--GA-ACC-TT-----C-CTCCCTGG--G---GGAAGGCTCA--CTCTAGAgctagacttcctc
gi|117105                     :                         agtgacacttcactccggaagtctgacTG-AGG-CTTC-CCC--C------C---------G-G-------AA-G-C------CT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--TG-A---GC--C-TT--C-CC--------A----------C------GG--A-A-GC-CTGGC-TCT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCTGG--G---GGAAGGTTCA--CTCTAGAtc
gi|117106                     :                                       TGGCTCT-AT-GGTG-AGT-CTTT-CCA--C------T---------G-G-G-GGTAAG-G-TTTAT-TCT--AG-----------AT----------CAA-G-
gi|117106                     :                                           TCT-AG-AATA-AAC-CTTA-CCC--C------C---------A-GTG-GA--AA-GACTCAC-CAT--AG-------------------------------------A---GC--C-ATAAC-AC-CC--T--C----------T------TA--A-A-AT-CTGAC-TCT-AG-Ataacaccctcttaaaatctgactctagaa
gi|117107                     :                                      cttgaTCT-AG-AATG-AAA-CTTC-------------------------A-A-GA--GA-G-C--AT-TAT--GG-----------CT----------CTA-T-A-G--TG-A---GT--C-TC--T-CC-CC--T--G----------G------GG--a





Alignments
lowQualScore                  :                                                                       88888888888888888888888888888888888888                                                                    1111111111111111111                                                      22222222                   
lowQualScore                  :                                              1  1    0   0      11 33 22222222222222222222222222222222222222  333 66666666666  3333333333   0 0 1 22 00 0 111  11  111 6666  0  5555555555555555555  3 0 2  1  3  0 0  1  0  666 22  3   0  8888888 0    00000000     1   333       
lowQualScore                  :                                              .  .    .   .      .. .. ......................................  ... ...........  ..........   . . . .. .. . ...  ..  ... ....  .  ...................  . . .  .  .  . .  .  .  ... ..  .   .  ....... .    ........     .   ...       
lowQualScore                  :                                              0  9    9   9      33 99 00000000000000000000000000000000000000  777 66666666666  6666666666   7 7 3 55 99 7 888  66  222 3333  7  0000000000000000000  3 7 0  4  2  7 7  3  7  777 22  9   8  6666666 9    33333333     8   777       
consensus                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--C------C---------G-G--GG--AAG---C--AC-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--G------C------GG-A-A-GT-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCT----G---GGAAGTCTCG--CTCTAGA
Reference ( family-370 )      :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--C------C---------G-GG-GG--AAG---C--AC-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--G------C------GG-A-A-GT-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCT----G---GGAAGTCTCG--CTCTAGA
gi|117049                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--C------C-------------------AG---C--AA-ACT--TG-----------TT----------CTA-G-A-A--T--A-A---AC--CT---TA-C-TC-CC--TG-G------G------GG-A-A-GA-CTCAC-T-AT-AG-AGCCAT--AACACC-TT----------CTT----G---G--AGTTTCA--TTCTAGA
gi|117050                     :                                 gtAGTCTCGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTACC--C--C------C-------------------AA---C--AG-ACT--TG-----------CT----------TTA-G-A-A--T--A-A---AC--CT---T--A-CC-CC--C--A------CGG----GG-A-A-GA-CTCAC-T-AT-A-------T---A-GCC-ATAACAAC-C-TCTT---------GAAGTCTCA--CTCTAGAa
gi|117051                     :                                 gtAGTCTGGCTCT-AG-GGTG-AGC-CCCCCC--C--C------C---------C-CC------AG---C--GC-ACT--TG-----------CT----------CTA-G-A-A--T--A-A---AC--CT---TA-C-TT-TC--A--G------G------GG-G-G-ATACTCGC-T-AT-A----------GA-GCCATTACA--C-C-CTCT--------TGAAGTTTCA--CTCTAGA
gi|117052                     :                                 gtAGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-C-------------------------------------------------CT--TG-----------CT----------CTA-G-A-GAAT----A---AC--CT---T--A-CT-CC--CAGG------A------GG-A-A-GA-CTCAC-T-AT-AG-AGCCAT--AACACC-TT----------CTT----G---G--AGTTTCA--CTCTAAAa
gi|117053                     :                                                                                                         gt-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--CTCC-CC--T--G------C------GG-A-A-GT-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-AGC-TT-------C-CCCT----GC--GGAAGTCTa
gi|117054                     :                                                                                                       gtag-TCT--CG-----------CT----------CTA-G-A-G--C--G-A---GC--TT---T--T-CC-CC--A--G------C------AG-A------CTTGC-T-GT-AG-AA---T--AA-AC
gi|117055                     :                                                                                                              gttgG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--CACC-CC--T--T------C-----------A-GTACATGC-C-CT-AG-AA---T--AA-ACC-TT-----A-C-ACCCAGA-G---GGAAGACTC---CTC-AGAtataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117056                     :                                                                                                  gtagtcttc-TCT--CG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--CACC-CC--T--T------C------AG-A-A-CT-AT-GC-C-CT-AG-AA---T--AA-ACC-TT-----A-C-ACCCAAGAG---GGAAA-CTC---CTC-AGAgcc
gi|117057                     :                                       gtagTCT-AG-AGTG-AGG-CTTCCC--C--CTA----C---------G-GA-TG--------------TCT--GG-----------CT----------TTG-G-A-G--T--G-A---GT--AT---T--C-CC-CC------------C------AG-A-A-GT-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCCT----G---GT-AGTCTCG--CTCTAGAgcc
gi|117058                     :                           aggctcacAGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AGG-CTTCCC--C--CTA----C---------G-GA-TG--------------TCT--GG-----------CT----------TTG-G-A-G--T--G-A---GT--AT---T--C-CC-CC------------C------AG-A-A-GT-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCCT----G---GT-AGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117059                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCTC--C--C------C-------------------AA---C--AC-ACT--TG-----------CT----------CTA-G-A-A--T--A-AACTAC--CT---T--A-CT-CC--CAGG------A------GG-A-A-GA-GTCAC-T-AT-AG-AGCCAT--AACACC-TT----------CTT----G---G--AGTTTTA--CTATAGA
gi|117060                     :                                                                                                           -TCT--GG-----------CA----------CTA-G-A-G--T--G-A---GG--CT---T--C-CC-CC--T--G------C------GG-A-A-GT-CTGGC-T-CT-GG-AG---T--GA-GCC-TT-------C-CCCT----C---GGAAGTCTGG--CTCTAGAa
gi|117061                     :                                     agTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--C------T---------G-GG-GG--AAG------GC-TC----A-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-G---GA--GA---A--C-CC-CC-----G------G------GG-A-C-GT-CTCAC-T-CT-AG-AG---C--CA-GCC-Tg
gi|117062                     :                                                                                                             CT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--G------G------GGGA-A-GG-CTCAC-T-CT-AG-AG---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCCG----G---GGACGTCTCA--CTCTAGA
gi|117063                     :                                                                                                                agc-----------CC----------CCA-T-A-G--T--G-A---GA--CT---T--T-CC-CC------------C------GG-A-A-GT-TTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCCCAAG-G---GGAAG-CTCA--CTTTAGAgcca
gi|117064                     :                                                                                                   agtctggc-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GG--CT---T--C-CC-CC--T--G------C-------G-A-A-GT-CTGGC-T-CT-GG-AG---T--GA-GCC-TT-----
gi|117065                     :                                 agAGTTTGGCTCT-AG-AGTG-AGT-CTTCCC--C--C------C---------AAGG-GG--AAG---CTCAC-TTT--AGAGCCAGACTTCCC----------CCA-G-A-G--C--C-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--G------C------GG-A-A-GT-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GGC-TT-----C-C-CCCT----G---CGAAGTCTGG--CTCTGGA
gi|117066                     :                                   AGTTTGGCTCT-AG-AGTG-AGT-CTTCCC--C--C------C---------AAGG-GG--AAG---CTCAC-TTT--AGAGCCAGACTTCCC----------CCA-G-A-G--C--C-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--G------C------GG-A-A-GT-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GGC-T
gi|117067                     :                                   AGTCTGGCTAT-AG-AGTG-AGC-CTTCAC--C--C--------------------------AG---C--CC-ACT--TG-----------CT----------TTA-G-A-A--T--A-A---AC--CG---T--A-CT-CC--TAGG------G------GG-A-A-GA-CTTAC-T-AT-AT-AGCTAT--AACACC-TT-----C-T-T------------GAAGTTACA--CTTTAGAtccgggggaaagtctcact
gi|117068                     :                                   AGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AGC-CTCCCC--C------------------------------------------------------------------------A-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CCAGG--G--G------G------GG-A-A-GC-CTCAC-T-CT-AG-AG---a
gi|117068                     :                                                                                                                                                                                                               TGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GGC-TTCC---C-C-CCCT----G---GGAAGGCTCA--CTCTGGcca
gi|117069                     :          agtctggttctagagtgagcctcccAGCCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--A--C---------------------GG--AAG---C------CT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CC--TG-G------G------GG-A-A-GG-TTCAC-T-CT-AG-AG---CAGGA-GAA--------C-C-CCCG----G---GGAAGTCTCA--CTCTAGA
gi|117070                     :                                           TCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--A--C---------------------GG--AAG---C------CT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--G------G------GGGA-A-GG-TTCAC-T-CT-AG-AG---CAGGA-GAA--------C-C-CCCG----G---GGAAGTCTCA--CTCTAGA
gi|117071                     :                           agtctggcAGCCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--C------T---------G-GG-GG--AAG------GT-TC----A-----------CT----------CTA-G-A-G--CAGG-A---GA----------A-CC-CC--C--G------G------GG-A-A-GT-CTCAC-T-CT-AG-AG---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCGT----G---GGAAGACCTA--CTCTA
gi|117072                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--CACT---C---------T-AG-AGCCAAG------AT-TC----------------CC----------CCA-G-A-G--G--C-A---GCT-CT---T--C-CC-CC--T--G------C------GG-A-A-GT-CTGAC-T-CT-AG-AG---
gi|117073                     :                                   AGTCTGGCTCC-AG-AATG-AGC-CTTCCC--C--T-------------------G-CG--AAG---------TCT--GG-----------CT----------CTAAG-A-A--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--G------C------GG-A-A-GT-CTGGC-T-C--AG-AA---T--GA-GCC-TT-----CAC-CCCT----GC--GGAAATCTTGGCTTCTAGAc
gi|117074                     :                                   AGTCTGGCTCT-AA-AATG-AGC-CTTCCC--C--C------T---------G-CG-GA--AA--------T-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-A--T--G-A---GC--CT---T----CC-CC--T--G------C------GG-ACG-GT-CTGGT-T-CT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCT----G---CGGAGTCTGG--CTCCAGAa
gi|117075                     :                                   AATCTGGCTCT-AG-AATG-AGC-CCTTCC--C--T------C---------T-GC-GG--AA-------AA-TCT---G-----------CT----------CTA-G-A-AACT--G-A---GC--CT---T-----C-CT--T--G------C------GG-A-A-AT-CTGGC-T-CT-AG-AG---a
gi|117076                     :                                   AGTCTGGCTCT-AG-AATG-AGC-CTTCCC--CCTC------C---------G---------AG---C--G--TCTG-GG-----------TT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T-----C-CC--T--G------C------GG-A-ACGT-CTGGC-T-CT-AG-AG---
gi|117077                     :                                   AGTCTGGCTCTCAG-AATG-AGC-CTTCCC--C--C------C--------------GG--AAG-------C-TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-
gi|117078                     :                                   AATCTGGCTCT-AG-AATG-AGCACTTCCC--C--C------C---------T-GC-G------------AC-GTC--GG-----------TT----------CTA-G-AAG--T--G-A---CC--CT---T--C-CC-CC--T--G------C------GG-A-A-GT-CTGGC-T-CTCAG-AA---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCC----G---GAAGCTCTGG--CTCTAGAa
gi|117079                     :                                   AATCTGGCTCT-AGTAATG-AGC-CTa
gi|117079                     :                                           TCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--T--G------C---------G-G-------AA---C--G--TCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--G------C------GG-A-C-GT-CTGGT-T-CT-AG-AGA--T--GA-AGC-TT-----C-C-CCTTGC--G---GAAAATCTGG--CTCTAGttccgcaaggggaagcttcatctctagaaccagacgtccgcagggggaaggctcactctagagccagacgttccgcagggaaggctcactctagaa
gi|117080                     :                         aggctcattaAGTCTGGCTC--AG-AATG-AGC-CTTCAC--C--C------C---------T-GC-GG--AA-------AT-CTT--GG-----------CTT---------CTA-G-A-A--T--G-A---GC--CT---T----CC-CC--T--G------C------GG-A-ACGT-CTGGT-T-CT-AG-AG---a
gi|117081                     :                                       TGGCTCT-AG-AATG-AGC-CTTCCC--CCTC------C---------G---------AG---C--G--TCTG-GG-----------TT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T-----C-CC--T--G------C------GG-A-ACGT-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GCC-T
gi|117082                     :                                   AGTCTACATCT-AG-AGTG-AGC-CTCCCC--C-----------------------------AA---C--AG-ATT--TG-----------CT----------CTA-A-A-A--T--A-A---CC--GT---T--A-CC-CC--C--A------CAG----GG-A-A-GA-CTCAC-T-AT-AC-AG-------A-GCC-ATAGCA-C-C-CTCT----T---G-AAGACACA--CTCTAGA
gi|117082                     :                                                                                                                               T----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--C----T--C-CC-CC--A--A------C------AG-A----T-TT-GC-T-CT-AA-AA---T--AA-CCG-TT-----A-C-CCCCACA-G---GGAAGACTCA--CTATA
gi|117083                     :                           agtctacaAGTCTGACTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--C------A---------G-GGAGG--AAGGTTC--AC-TCTAGAG-----------CTAGACTTCCTCCCA-G-A-G--C--C-A---GC--CT---T----CC-CC--G--G------C------GG-A-A-GT-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GAC-Tcagagccatagcaccctcttgaagacacactctaga
gi|117084                     :                                                                                                                  G-----------CT----------TTA-G-A-G--T--A-AC--ACAACA---C--C-CC-TC--T--G------C------AG-A------CTTGC-T-CT-AG-AA---T--AA-ATC-TT-------A-CCCTAGA-G---GGAAGACTCA--CTTCAGAtccggagtgaagtgtcact
gi|117084                     :                                                                                                        agtatcT--GG-----------CT----------CTG-A-A-G--T--G-A---GT--CT---T--C-CC-TC--T--A------G------GGTA-A-GA-TTTAT-T-CT-AG-AG---C--AA-GTC-Tgccataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117085                     : agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcAATCTGGTTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--CATTTGACTTGCTCCCAG-GG-GG--AAG------AC-TC----A-----------CT----------CTA-GTACA--T--G-T---AC--CA---TAAC-AT-CC--T--T------T------TG-A-A-AT-CTCGC-T-CT-AA-Ataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117086                     :                                   AGCCTGGCTCT-GG-AGTG-ATC-CTTCCC--C--C---------------------GG--AAG---C------CT--GG-----------GT----------CTA-G-A-G--T--G-A---AC--CT---T--C-CG-AT--T--G------A------GG-A-A-TT-CTCAC-T-CT-AG-AG---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCAT----G---GGAAGTCCTA--CTCTA
gi|117087                     :                                                                                                              T--GG-----------CT----------CTG-G-A-G--T--G-A---TC--CT---T--C-CC-CC-------------------GG-A-A-GC-CTGGG-T-CT-AG-AG---T--GA-ACC-TT-----C-C-GATT----GA--GGAATTCTCA--CTCTAGA
gi|117088                     :                                                                                                   agtctggc-TCT--GG-----------CT----------TTG-G-A-G--T--G-A---GT--AT---T--C-CC-CC------------C------AG-A-A-GT-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCCT----G---GT-AGTCTCG--CTCTAGA
gi|117089                     :                                   gGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--C------T---------G-CG-G----AG---------TCT--GG-----------CT----------CCA-G-A-A--T--G-A---GC--CT---T----CC-CC--T--G------C-------G-A-A-GT-CTGGC-T-CTAAG-AA---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCT----GC--GGAAGTCTGG--CTC-AGAg
gi|117090                     :                                    GTCTGGTTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--CTGC------C------------G-CA--AAG-------T-CCT--GG-----------CT----------CTA---A-A--T--GAA---GC--CT---T--C-CC-CC--T--G------C------GG-A-A-GT-CTGGCAT-CT-AG-AA---T--GA-GCC-TT-----C-T-CCCT----GC--GGAAGTCTGG--CTTAAGAa
gi|117091                     :                                    GTCTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--C------T---------G-CG-G------------ACGTCT--GG-----------TT----------CTA-G-A-GA-T--G-A---AG--CT---T--C-CC-CT--T--G------C------GGAA-A-AT-CTGGC-T-CT-AGTAA---T--GA-GCC-TT-------C-CCTT----GC--GGAAATCTGG--CTCTAGAa
gi|117092                     :                                    GTCTGGCTAT-AG--GTG-AGC-CTACCCAGC--C------C------------------AA-----------CT--TG-----------CT----------TTA-G-A-A--T--A-A---AC--CG---T--A-CT-CC--a
gi|117093                     :                                                 -AATG-AGA-CTTCCC--C--C------T---------G-G------AAG---C------CT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--G------G------GGGA-A-GG-CTCAC-T-CT-AG-AG---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCCG----G---GGACGTCTCA--CTCTAGAaagggggaaacttaaccttatatgcgtataaacacctctctgaagt
gi|117094                     :                                                                                                                                       tctcccat-A-A--T--G-A---GA--CT---T--C-CC-CC--T--G--------------G-A-A-GC-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCTGG--G---GGAAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117095                     :                                                                                                        tcccacT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC--------A------C------GG-A-A-GC-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCTGG--G---GGAAGGTTCA--CTCTAGAatgg
gi|117096                     :                               tctcctgcTGGCTCT-AG-AGTG-AGC-CTTCCC--C--C------C-------------------AG---C--AA-ACT--TG-----------TT----------CTA-G-A-A--T--A-A---AC--CT---TA-C-TC-CC--TG-G------G------GG-A-A-GA-CTCAC-T-AT-AG-AG---
gi|117097                     :                                        gGCTCT-AGTAGTG-AGC-CCTTCC--C--C-------------------------AAG---CA-AC-ACT--TC-----------CT----------CTA-A-A-A--T--A-A---AC--CTTACT--C-CC-CA--G--G------G------GG-A-A-GT-CTCAC-TAAT-AG-AG---
gi|117098                     :                                                                                                                  G-----------CT----------CTA-G-A-A--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CT--T--G------C------GG-A-A-AT-CT-GC-T-CT-AG-AA---T--G--GCC-TT-----C-C-CCTTTGC-G---GAAAATCT-G--CTCTAGActataacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117099                     :                                                                                                                   -----------CC----------CCA-T-A-G--T--G-A---GA--CT---T--T-CC-CC------------C------GG-A-A-GT-TTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCCCAAG-G---GGAAG-CTCA--CTTTAGA
gi|117100                     :                                          CTCT--G-AGTGGAGC-CTTCCC--C--C------C-------------------AG---C--AC-ACT--TG-----------CT----------CAA-G-A-A--T--A-A---AC--CT---TA-C-TC-CCAGT--G-------------GG-A-A-GG-CTCAC-T-AT-AG-AGCCAT--AACACC-TT----------CTT----G---G--AGTTCCA--CTCTAGAgcca
gi|117101                     :                                           TCC-AT-AGTG-AGA-CTTCTC--T--CA-----C---------G-G------AAG---------TCT--AG-----------CT----------CTA-G-A-A--T--G-A---AC--CT---T--C-CC-TC------------C------GG-A-A-GT-CTGAC-T-AT-AG-AG---A--TA------T-----C-C-CTTT----GCACGGTTGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117102                     :                                             T-AG-AGTA-AGC-CTTCCC--C--C---------------------GG--AA--------C-CCT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--GGGGGAACCCACGGGG-A-A-GT-TTCAT-T-CT-AT-AG---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCGT----G---GGAAGACCTA--CTCTA
gi|117103                     :                                                                                                              T--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC-CC--T--GGGGGAACCCACGGGG-A-A-GT-TTCAT-T-CT-AT-AG---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCGT----G---GGAAGACCTA--CTCTA
gi|117104                     :                                                                                                                                               -A-G--T--G-A---CA--CT---T--C-AC-TC------------C------GG-A-A-GT-CTGAC-T-CT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCA----GGGAGGAAGGTTCA--CTCTAGA
gi|117104                     :                                                                                                                                                                                              ------GG-A-A-GT-CTAGC-T-CT-AG-AG---T--GA-ACC-TT-----C-CTCCCTGG--G---GGAAGGCTCA--CTCTAGAgctagacttcctc
gi|117105                     :                         agtgacacttcactccggaagtctgacTG-AGG-CTTCCC--C--C------C---------G-G------AAG---C------CT--GG-----------CT----------CTA-G-A-G--T--G-A---GC--CT---T--C-CC--------A------C------GG-A-A-GC-CTGGC-T-CT-AG-AG---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCCTGG--G---GGAAGGTTCA--CTCTAGAtc
gi|117106                     :                                           TCT-AG-AATA-AAC-CTTACC--C--C------C---------A-GT-GG--AAA---G--AC-TC----A-----------CC----------ATA-G-A-G------------C--CA---TAAC-AC-CC--T--C------T------TA-A-A-AT-CTGAC-T-CT-AG-A
gi|117107                     :                                      cttgaTCT-AG-AATG-AAA-CTTC--------------------------AA-GA--GAG---C--AT-TAT--GG-----------CT----------CTA-T-A-G--T--G-A---GT--CT---C--T-CC-CC--T--G------G------GG-a





Alignments
lowQualScore                  :                                                                666666666666666666666666666                                                                 111111111111111111111111111                                                            11111111                      
lowQualScore                  :                                     1  2    1  1 1    1  11 44 888888888888888888888888888  22  66666666666  3333333333   0  0 22  0 111  11  111 5555  0  888888888888888888888888888  4 0 2  2222  2  0 0  1  1 0 666 22  3   0  9999999 0   11 88888888  111   1   333       
lowQualScore                  :                                     .  .    .  . .    .  .. .. ...........................  ..  ...........  ..........   .  . ..  . ...  ..  ... ....  .  ...........................  . . .  ....  .  . .  .  . . ... ..  .   .  ....... .   .. ........  ...   .   ...       
lowQualScore                  :                                     0  0    0  0 0    0  44 11 666666666666666666666666666  55  66666666666  6666666666   7  7 55  7 888  66  222 0000  7  999999999999999999999999999  0 7 0  8888  6  7 7  3  3 7 555 11  8   8  8888888 9   22 99999999  555   5   555       
consensus                     :                          AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C----C--G---GG--AAG---C--A-TCT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------C--------GG-A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---GG---AAGTCTCG--CTCTAGA
Reference ( family-370 )      :                          AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C----C--GG--GG--AAG---C--ACTCT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------C--------GG-A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---GG---AAGTCTCG--CTCTAGA
gi|117049                     :                          AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C----C-----------AG---C--AAACT--TG-----------TT----------CTA-GA-A--TA-A---AC--CT---TA-C-TC-CC--------TG-G------G--------GG-A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTCA--TTCTAGA
gi|117050                     :                        gtAGTCTCGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTA-CC--C--C----C-----------AA---C--AGACT--TG-----------CT----------TTA-GA-A--TA-A---AC--CT---T--A-CC-CC--------C--A------CGG------GG-A-A-GA----CTCAC-T-AT-A--------T---A-GCC-ATAACAAC-C-TCT--T---------G---AAGTCTCA--CTCTAGAa
gi|117051                     :                        gtAGTCTGGCTCT-AG-GGTG-AG-C-CCCC-CC--C--C----C------CC--CAG---C--GCACT--TG-----------CT----------CTA-GA-A--TA-A---AC--CT---TA-C-TT-TC--------A--G------G--------GG-G-G-ATA---CTCGC-T-AT-A-----------GA-GCCATTACA--C-C-CTC--T--------TG---AAGTTTCA--CTCTAGA
gi|117052                     :                        gtAGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-C---------------------------------------CT--TG-----------CT----------CTA-GA-GAAT--A---AC--CT---T--A-CT-CC--------CAGG------A--------GG-A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTCA--CTCTAAAa
gi|117053                     :                                                                                        gtTCT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--CTCC-CC--------T--G------C--------GG-A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-AGC-TT-------C-CCC--T----GC--GG---AAGTCTa
gi|117054                     :                                                                                      gtagTCT--CG-----------CT----------CTA-GA-G--CG-A---GC--TT---T--T-CC-CC--------A--G------C--------AG-A---------CTTGC-T-GT-AG-A-A---T--AA-AC
gi|117055                     :                                                                                            gttgG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--CACC-CC--------T--T------C-------------A-GTA---CATGC-C-CT-AG-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-C-ACC--CAGA-G---GG---AAGACTC---CTC-AGAtataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117056                     :                                                                                 gtagtcttcTCT--CG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--CACC-CC--------T--T------C--------AG-A-A-CT----AT-GC-C-CT-AG-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-C-ACC--CAAGAG---GG---AAA-CTC---CTC-AGAgcc
gi|117057                     :                              gtagTCT-AG-AGTG-AG-G-CTTC-CC--C--C----T--AC--GG--ATG--------TCT--GG-----------CT----------TTG-GA-G--TG-A---GT--AT---T--C-CC-CC------------------C--------AG-A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGAgcc
gi|117058                     :                  aggctcacAGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AG-G-CTTC-CC--C--C----T--AC--GG--ATG--------TCT--GG-----------CT----------TTG-GA-G--TG-A---GT--AT---T--C-CC-CC------------------C--------AG-A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117059                     :                          AGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-TC--C--C----C-----------AA---C--ACACT--TG-----------CT----------CTA-GA-A--TA-AACTAC--CT---T--A-CT-CC--------CAGG------A--------GG-A-A-GA----GTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTTA--CTATAGA
gi|117060                     :                                                                                          TCT--GG-----------CA----------CTA-GA-G--TG-A---GG--CT---T--C-CC-CC--------T--G------C--------GG-A-A-GT----CTGGC-T-CT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-------C-CCC--T----C---GG---AAGTCTGG--CTCTAGAa
gi|117061                     :                                                                                          agT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------G--------GGGA-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGAg
gi|117062                     :                                                                                   aggctggcCT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------G--------GGGA-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGA
gi|117063                     :                                                                                              agc-----------CC----------CCA-TA-G--TG-A---GA--CT---T--T-CC-CC------------------C--------GG-A-A-GT----TTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCC--CAAG-G---GG---AAG-CTCA--CTTTAGAgcca
gi|117064                     :                                                                                  agtctggcTCT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GG--CT---T--C-CC-CC--------T--G------C---------G-A-A-GT----CTGGC-T-CT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-----
gi|117065                     :                        agAGTTTGGCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTTC-CC--C--C----CAAGG--GG--AAG---CTCACTTT--AGAGCCAGACTTCCC----------CCA-GA-G--CC-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------C--------GG-A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GGC-TT-----C-C-CCC--T----G---CG---AAGTCTGG--CTCTGGA
gi|117066                     :                          AGTTTGGCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTTC-CC--C--C----CAAGG--GG--AAG---CTCACTTT--AGAGCCAGACTTCCC----------CCA-GA-G--CC-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------C--------GG-A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GGC-T
gi|117067                     :                          AGTCTGGCTAT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-AC--C--C----------------AG---C--CCACT--TG-----------CT----------TTA-GA-A--TA-A---AC--CG---T--A-CT-CC--------TAGG------G--------GG-A-A-GA----CTTAC-T-AT-AT-A-GCTAT--AACACC-TT-----C-T-T--------------G---AAGTTACA--CTTTAGAtccgggggaaagtctcact
gi|117068                     :                          AGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTCC-CC--C-------------------------------------------------------------A-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CCAGG--------G--G------G--------GG-A-A-GC----CTCAC-T-CT-AG-A-G---a
gi|117068                     :                                                                                                                                                                                                     TGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GGC-TTCC---C-C-CCC--T----G---GG---AAGGCTCA--CTCTGGcca
gi|117069                     : agtctggttctagagtgagcctcccAGCCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--A--C-----------GG--AAG---C-----CT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------TG-G------G--------GG-A-A-GG----TTCAC-T-CT-AG-A-G---CAGGA-GAA--------C-C-CCC--G----G---GG---AAGTCTCA--CTCTAGA
gi|117070                     :                                  TCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--A--C-----------GG--AAG---C-----CT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------G--------GGGA-A-GG----TTCAC-T-CT-AG-A-G---CAGGA-GAA--------C-C-CCC--G----G---GG---AAGTCTCA--CTCTAGA
gi|117071                     :                            agtctggcT-AG-AGTA-GG-T-CTTC-CC--A--C-------GG--GG--AAG--------TCT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GA--CT---T--C-CC-C----------------------------GG-G-G-GTTCTCCTG-C-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-C-CCCAGG----G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117072                     :                  agcctggcAGTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--CACTCT--AG--AGCCAAG------ATTC----------------CC----------CCA-GA-G--GC-A---GCT-CT---T--C-CC-CC--------T--G------C--------GG-A-A-GT----CTGAC-T-CT-AG-A-G---
gi|117073                     :                          AGTCTGGCTCC-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--T--------G--CG--AAG--------TCT--GG-----------CT----------CTAAGA-A--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------C--------GG-A-A-GT----CTGGC-T-C--AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----CAC-CCC--T----GC--GG---AAATCTTGGCTTCTAGAc
gi|117074                     :                          AGTCTGGCTCT-AA-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--C----T--GC--GG--AA-------ATTCT--GG-----------CT----------CTA-GA-A--TG-A---GC--CT---T----CC-CC--------T--G------C--------GG-ACG-GT----CTGGT-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---CG---GAGTCTGG--CTCCAGAa
gi|117075                     :                          AATCTGGCTCT-AG-AATG-AGCC-CTTC-CC--T--C----T--GC--GG--AA-------AATCT---G-----------CT----------CTA-GA-AACTG-A---GC--CT---T-----C-CT--------T--G------C--------GG-A-A-AT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---a
gi|117076                     :                          AGTCTGGCTCT-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--CCTC----C--G--------AG---C--G-TCTG-GG-----------TT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T-----C-CC--------T--G------C--------GG-A-ACGT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---
gi|117077                     :                          AGTCTGGCTCTCAG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--C----C------GG--AAG-------CTCT--GG-----------CT----------CTA-GA-
gi|117078                     :                          AATCTGGCTCT-AG-AATG-AG-CACTTC-CC--C--C----C--TG--CG--ACG--------TC---GG-----------TT----------CTA-GAAG--TG-A---CC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------C--------GG-A-A-GT----CTGGC-T-CTCAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--C----G---GA---AGCTCTGG--CTCTAGAa
gi|117079                     :                          AATCTGGCTCT-AGTAATG-AG-C-CTa
gi|117079                     :                                  TCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--T--G----C--GG-------AA---C--G-TCT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------C--------GG-A-C-GT----CTGGT-T-CT-AG-A-GA--T--GA-AGC-TT-----C-C-CCT--TGC--G---GA---AAATCTGG--CTCTAGttccgcaaggggaagcttcatctctagaaccagacgtccgcagggggaaggctcactctagagccagacgttccgcagggaaggctcactctagaa
gi|117080                     :                aggctcattaAGTCTGGCTC--AG-AATG-AG-C-CTTCACC--C--C----T--GC--GG--AA-------ATCTT--GG-----------CTT---------CTA-GA-A--TG-A---GC--CT---T----CC-CC--------T--G------C--------GG-A-ACGT----CTGGT-T-CT-AG-A-G---a
gi|117081                     :                              TGGCTCT-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--CCTC----C--G--------AG---C--G-TCTG-GG-----------TT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T-----C-CC--------T--G------C--------GG-A-ACGT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-T
gi|117082                     :                          AGTCTACATCT-AG-AGTG-AG-C-CTCC-CC--C-------------------AA---C--AGATT--TG-----------CT----------CTA-AA-A--TA-A---CC--GT---T--A-CC-CC--------C--A------CAG------GG-A-A-GA----CTCAC-T-AT-AC-A-G-------A-GCC-ATAGCA-C-C-CTC--T----T---G----AAGACACA--CTCTAGA
gi|117082                     :                                                                                                             T----------CTA-GA-G--TG-A---GC--C----T--C-CC-CC--------A--A------C--------AG-A----T----TT-GC-T-CT-AA-A-A---T--AA-CCG-TT-----A-C-CCC--CACA-G---GG---AAGACTCA--CTATA
gi|117083                     :                  agtctacaAGTCTGACTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C----A--GGGAGG--AAGGTTC--ACTCTAGAG-----------CTAGACTTCCTCCCA-GA-G--CC-A---GC--CT---T----CC-CC--------G--G------C--------GG-A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GAC-Tcagagccatagcaccctcttgaagacacactctaga
gi|117084                     :                                                                                                G-----------CT----------TTA-GA-G--TA-AC--ACAACA---C--C-CC-TC--------T--G------C--------AG-A---------CTTGC-T-CT-AG-A-A---T--AA-ATC-TT-------A-CCC--TAGA-G---GG---AAGACTCA--CTTCAGAtccggagtgaagtgtcact
gi|117084                     :                                                                                      agtatcT--GG-----------CT----------CTG-AA-G--TG-A---GT--CT---T--C-CC-TC--------T--A------G--------GGTA-A-GA----TTTAT-T-CT-AG-A-G---C--AA-GTC-Tgccataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117085                     :                                                        agtatcgctttagagtaacacaacacccctctgcTCT--GG-----------TT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CCATTTGACTT--G------CTCCCAGGGGG-A-A-GA----CTCAC-T-CT-AGTACA---T--GT-ACC-ATAA---CAT-CCT--T----T---TG---AAATCTCG--CTCTAAAtaacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117086                     :                        aaAGCCTGGCTCT-GG-AGTG-AT-C-CTTC-CC--C--C-----------GG--AAG---C-----CT--GG-----------GT----------CTA-GA-G--TG-A---AC--CT---T--C-CG-AT--------T--G------A--------GG-A-A-TT----CTCAC-T-CT-AG-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCA--T----G---GG---AAGTCCTA--CTCTA
gi|117087                     :                                                                                            T--GG-----------CT----------CTG-GA-G--TG-A---TC--CT---T--C-CC-CC---------------------------GG-A-A-GC----CTGGG-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-C-GAT--T----GA--GG---AATTCTCA--CTCTAGA
gi|117088                     :                                                                                  agtctggcTCT--GG-----------CT----------TTG-GA-G--TG-A---GT--AT---T--C-CC-CC------------------C--------AG-A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGA
gi|117089                     :                          gGTCTGGTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C----T--GC--GG--AG---------TCT--GG-----------CT----------CCA-GA-A--TG-A---GC--CT---T----CC-CC--------T--G------C---------G-A-A-GT----CTGGC-T-CTAAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----GC--GG---AAGTCTGG--CTC-AGAg
gi|117090                     :                           GTCTGGTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--CTGC----C---G--CA--AAG-------TCCT--GG-----------CT----------CTA--A-A--TGAA---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------C--------GG-A-A-GT----CTGGCAT-CT-AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-T-CCC--T----GC--GG---AAGTCTGG--CTTAAGAa
gi|117091                     :                           GTCTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C----T--GC--GG--ACG--------TCT--GG-----------TT----------CTA-GA-GA-TG-A---AG--CT---T--C-CC-CT--------T--G------C--------GGAA-A-AT----CTGGC-T-CT-AGTA-A---T--GA-GCC-TT-------C-CCT--T----GC--GG---AAATCTGG--CTCTAGAa
gi|117092                     :                           GTCTGGCTAT-AG--GTG-AG-C-CTAC-CCAGC--C----C----------AA----------CT--TG-----------CT----------TTA-GA-A--TA-A---AC--CG---T--A-CT-CC--------a
gi|117093                     :                                        -AATG-AG-A-CTTC-CC--C--C----T--GG------AAG---C-----CT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--G------G--------GGGA-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGAaagggggaaacttaaccttatatgcgtataaacacctctctgaagt
gi|117094                     :                                                                                                                     tctcccatA-A--TG-A---GA--CT---T--C-CC-CC--------T--G----------------G-A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117095                     :                                                                                      tcccacT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC--------------A------C--------GG-A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGTTCA--CTCTAGAatgg
gi|117096                     :                      tctcctgcTGGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C----C-----------AG---C--AAACT--TG-----------TT----------CTA-GA-A--TA-A---AC--CT---TA-C-TC-CC--------TG-G------G--------GG-A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-G---
gi|117097                     :                               gGCTCT-AGTAGTG-AG-C-CCTT-CC--C--C---------------AAG---CA-ACACT--TC-----------CT----------CTA-AA-A--TA-A---AC--CTTACT--C-CC-CA--------G--G------G--------GG-A-A-GT----CTCAC-TAAT-AG-A-G---
gi|117098                     :                                                                                                G-----------CT----------CTA-GA-A--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CT--------T--G------C--------GG-A-A-AT----CT-GC-T-CT-AG-A-A---T--G--GCC-TT-----C-C-CCT--TTGC-G---GA---AAATCT-G--CTCTAGActataacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117099                     :                                                                                                 -----------CC----------CCA-TA-G--TG-A---GA--CT---T--T-CC-CC------------------C--------GG-A-A-GT----TTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCC--CAAG-G---GG---AAG-CTCA--CTTTAGA
gi|117100                     :                                 CTCT--G-AGTGGAG-C-CTTC-CC--C--C----C-----------AG---C--ACACT--TG-----------CT----------CAA-GA-A--TA-A---AC--CT---TA-C-TC-CCAG------T--G---------------GG-A-A-GG----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTCCA--CTCTAGAgcca
gi|117101                     :                                  TCC-AT-AGTG-AG-A-CTTC-TC--T--CA---C--GG------AAG--------TCT--AG-----------CT----------CTA-GA-A--TG-A---AC--CT---T--C-CC-TC------------------C--------GG-A-A-GT----CTGAC-T-AT-AG-A-G---A--TA------T-----C-C-CTT--T----GCACGG---TTGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117102                     :                                    T-AG-AGTA-AG-C-CTTC-CC--C--C-----------GG--AA--------CCCT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--GGGGGAACCCACGG--GG-A-A-GT----TTCAT-T-CT-AT-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCG--T----G---GG---AAGACCTA--CTCTA
gi|117103                     :                                                                                            T--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC-CC--------T--GGGGGAACCCACGG--GG-A-A-GT----TTCAT-T-CT-AT-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCG--T----G---GG---AAGACCTA--CTCTA
gi|117104                     :                                                                                                                             A-G--TG-A---CA--CT---T--C-AC-TC------------------C--------GG-A-A-GT----CTGAC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--A----GGGAGG---AAGGTTCA--CTCTAGA
gi|117104                     :                                                                                                                                                                               --------GG-A-A-GT----CTAGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-CTCCC--TGG--G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGAgctagacttcctc
gi|117105                     :                agtgacacttcactccggaagtctgacTG-AG-G-CTTC-CC--C--C----C--GG------AAG---C-----CT--GG-----------CT----------CTA-GA-G--TG-A---GC--CT---T--C-CC--------------A------C--------GG-A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGTTCA--CTCTAGAtc
gi|117106                     :                                                                                                                                                                                                     TGGC-T-CT-AT-G-G---T--GA-GTC-TT-----T-C-CAC--T----G---GGGGTAAGGTTTA--TTCTAGA
gi|117106                     :                             cttgaTCT-AG-AATA-AA-C-CTTA-CC--C--C----C--AGT-GG--AAA---G--ACTC----A-----------CC----------ATA-GA-G----------C--CA---TAAC-AC-CC--------T--C------T--------TA-A-A-AT----CTGAC-T-CT-AG-A-taacaccctcttaaaatctgactctagaa
gi|117107                     :                             cttgaTCT-AG-AATG-AA-A-CTTC----------------AA--GA--GAG---C--ATTAT--GG-----------CT----------CTA-TA-G--TG-A---GT--CT---C--T-CC-CC--------T--G------G--------GG-a





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                       5555555555555555555555555555555                                                                222222222222222222222222222                                                             11111111                      
lowQualScore                  :                                                      1     1  2    1  1 1    2  11 22 6666666666666666666666666666666 0 66666666  0  3333   0 0  22 22222222 0 111  222  111 444  0  000000000000000000000000000  44 0 2 22222  2  0 0  1  1 0 666 22  4   0  8888888 0   11 77777777  333   0   222       
lowQualScore                  :                                                      .     .  .    .  . .    .  .. .. ............................... . ........  .  ....   . .  .. ........ . ...  ...  ... ...  .  ...........................  .. . . .....  .  . .  .  . . ... ..  .   .  ....... .   .. ........  ...   .   ...       
lowQualScore                  :                                                      3     0  0    0  0 0    0  44 88 3333333333333333333333333333333 7 99999999  7  7777   7 7  66 55555555 7 999  888  222 000  7  000000000000000000000000000  44 7 1 44444  8  7 7  4  4 7 777 22  0   8  3333333 9   22 77777777  111   3   666       
consensus                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---G-GGAA-G------C--A----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---GG---AAGTCTCG--CTCTAGA
Reference ( family-370 )      :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---G-GGAA-G------C--A----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---GG---AAGTCTCG--CTCTAGA
gi|117049                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---A-GCAA-A----------------C-T--------TG-TT----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TC-CC--------TG-G------G--------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTCA--TTCTAGA
gi|117050                     :                                              gtAGTCTC-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTA-CC--C--C---C--------A-A------C--A----GAC-T--------TG-CT----TTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---T-A-CC-CC--------C--A------CGG------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-A--------T---A-GCC-ATAACAAC-C-TCT--T---------G---AAGTCTCA--CTCTAGAa
gi|117051                     :                                              gtAGTCTG-GCTCT-AG-GGTG-AG-C-CCCC-CC--C--C---C---C-CCAGCG------C--A------C-T--------TG-CT----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TT-TC--------A--G------G--------GG--G-G-ATA---CTCGC-T-AT-A-----------GA-GCCATTACA--C-C-CTC--T--------TG---AAGTTTCA--CTCTAGA
gi|117052                     :                                              gtAGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-C-------------------------------------------C-T--------TG-CT----CTA-G-AGAAT----------A---AC---CT---T-A-CT-CC--------CAGG------A--------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTCA--CTCTAAAa
gi|117053                     :                                                                                                              gt----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-CTCC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-AGC-TT-------C-CCC--T----GC--GG---AAGTCTa
gi|117054                     :                                                                                                            gtag----T-C-T--------CG-CT----CTA-G-AG--C--------G-A---GC---TT---T-T-CC-CC--------A--G------C--------AG--A---------CTTGC-T-GT-AG-A-A---T--AA-AC
gi|117055                     :                                            gttgAGTCTTCGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTCACC--C--CTT-C---A-GTA---------C--A----T-------------G-CC----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-AC-CC--------A--GA-----G--------GG--A-A-GA----CT-CC-T-C--AG-A-G---tataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117056                     :                                                                                                              gt----T-C-T--------CG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-CACC-CC--------T--T------C--------AG--A-A-CT----AT-GC-C-CT-AG-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-C-ACC--CAAGAG---GG---AAA-CTC---CTC-AGAcc
gi|117057                     :                                                     gtagTCT-AG-AGTG-AG-G-CTTC-CC--C--C---T---ACGGAT-G--------------T-C-T--------GG-CT----TTG-G-AG--T--------G-A---GT---AT---T-C-CC-CC------------------C--------AG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGAgcc
gi|117058                     :                                        aggctcacAGTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-G-CTTC-CC--C--C---T---ACGGAT-G--------------T-C-T--------GG-CT----TTG-G-AG--T--------G-A---GT---AT---T-C-CC-CC------------------C--------AG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117059                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-TC--C--C---C--------A-A------C--A----CAC-T--------TG-CT----CTA-G-AA--T--------A-AACTAC---CT---T-A-CT-CC--------CAGG------A--------GG--A-A-GA----GTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTTA--CTATAGA
gi|117060                     :                                                                                                                ----T-C-T--------GG-CA----CTA-G-AG--T--------G-A---GG---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-------C-CCC--T----C---GG---AAGTCTGG--CTCTAGAa
gi|117061                     :                                                                                                                     ag-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGAg
gi|117062                     :                                                                                                             aggctggc-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGA
gi|117063                     :                                                                                                                                agc-CC----CCA-T-AG--T--------G-A---GA---CT---T-T-CC-CC------------------C--------GG--A-A-GT----TTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCC--CAAG-G---GG---AAG-CTCA--CTTTAGAgcca
gi|117064                     :                                                                                                        agtctggc----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GG---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C---------G--A-A-GT----CTGGC-T-CT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-----
gi|117065                     :                                              agAGTTTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTTC-CC--C--C---CAAGG-GGAA-G------CTCA----C-T-TTAGAGCCAGA-CTTCCCCCA-G-AG--C--------C-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GGC-TT-----C-C-CCC--T----G---CG---AAGTCTGG--CTCTGGA
gi|117066                     :                                                AGTTTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTTC-CC--C--C---CAAGG-GGAA-G------CTCA----C-T-TTAGAGCCAGA-CTTCCCCCA-G-AG--C--------C-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GGC-T
gi|117066                     :                                                                                           ---G-GGAA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CTA-A-AG--T--------G-A---GC----T---T-C-CC-CT--------T--G------G--------GGGGA-A-GA----CTCAC-T-CT-AG-A-G---C--CA-AAC-TT-----C-C-----------G---GGGGAAAGTCTCA--CTtccgggggaaagtctcact
gi|117067                     : agcctcactctagagccagacttccgcagggggaaggctggctctggAGTCTG-GCTAT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-AC--C--C------------A-G------C--C----CAC-T--------TG-CT----TTA-G-AA--T--------A-A---AC---CG---T-A-CT-CC--------TAGG------G--------GG--A-A-GA----CTTAC-T-AT-AT-A-GCTAT--AACACC-TT-----C-T-T--------------G---AAGTTACA--CTTTAGA
gi|117068                     :                                                AGTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTCC-CC--C--------------------------------------------------------A-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CCAGG--------G--G------G--------GG--A-A-GC----CTCAC-T-CT-AG-A-G---a
gi|117069                     :                                                AGCCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--A--C---------GGAA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------TG-G------G--------GG--A-A-GG----TTCAC-T-CT-AG-A-G---CAGGA-GAA--------C-C-CCC--G----G---GG---AAGTCTCA--CTCTAGAcca
gi|117070                     :                                                         TCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--A--C---------GGAA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----TTCAC-T-CT-AG-A-G---CAGGA-GAA--------C-C-CCC--G----G---GG---AAGTCTCA--CTCTAGA
gi|117071                     :                                                   agtctggcT-AG-AGTA-GG-T-CTTC-CC--A--C---G---G-GGAA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GA---CT---T-C-CC-C----------------------------GG--G-G-GTTCTCCTG-C-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-C-CCCAGG----G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117072                     :                                        agcctggcAGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--CACTC---T-AGAG-C------C--AAGATT-C-------------CC----CCA-G-AG--G--------C-A---GCT--CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGAC-T-CT-AG-A-G---
gi|117073                     :                                                AGTCTG-GCTCC-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--T-------G-CGAA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CTAAG-AA--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-C--AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----CAC-CCC--T----GC--GG---AAATCTTGGCTTCTAGAc
gi|117074                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AA-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--C---T---GCGGAA-A------T-------T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T---CC-CC--------T--G------C--------GG--ACG-GT----CTGGT-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---CG---GAGTCTGG--CTCCAGAa
gi|117075                     :                                                AATCTG-GCTCT-AG-AATG-AGCC-CTTC-CC--T--C---T---GCGGAA-A---------A----T-C-T---------G-CT----CTA-G-AAACT--------G-A---GC---CT---T----C-CT--------T--G------C--------GG--A-A-AT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---a
gi|117076                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--CCTC---C---G----A-G------C--G----T-C-TG-------GG-TT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T----C-CC--------T--G------C--------GG--A-ACGT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---
gi|117077                     :                                                AGTCTG-GCTCTCAG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C-----GGAA-G------C-------T-C-T--------GG-CT----CTA-G-A
gi|117078                     :                                                AATCTG-GCTCT-AG-AATG-AG-CACTTC-CC--C--C---CT--G-CGA---------C--G----T-C----------GG-TT----CTA-GAAG--T--------G-A---CC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CTCAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--C----G---GA---AGCTCTGG--CTCTAGAa
gi|117079                     :                                                AATCTG-GCTCT-AGTAATG-AG-C-CTa
gi|117079                     :                                                         TCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--T--G---C---G-GAA---------C--G----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-C-GT----CTGGT-T-CT-AG-A-GA--T--GA-AGC-TT-----C-C-CCT--TGC--G---GA---AAATCTGG--CTCTAGttccgcaaggggaagcttcatctctagaaccagacgtccgcagggggaaggctcactctagagccagacgttccgcagggaaggctcactctagaa
gi|117080                     :                                      aggctcattaAGTCTG-GCTC--AG-AATG-AG-C-CTTCACC--C--C---T---GCGGAA-----------A----T-C-TT-------GG-CTT---CTA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T---CC-CC--------T--G------C--------GG--A-ACGT----CTGGT-T-CT-AG-A-G---a
gi|117081                     :                                                    TG-GCTCT-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--CTC-C---G----A-G------C--G----T-C-T--------GGGTT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T----C-CC--------T--G------C--------GG--A-ACGT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-T
gi|117082                     :                                                AGTCTA-CATCT-AG-AGTG-AG-C-CTCC-CC--C---------------A-A------CAGA----T-T-T---------G-CT----CTA-A-AA--T--------A-A---CC---GT---T-A-CC-CC--------C--A------CAG------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AC-A--------GA-GCC-ATAGCA-C-C-CTC--T--------TG---AAGACACA--CTCTAGA
gi|117083                     :                                                AGTCTG-ACTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---A---G-GGAG-GAAGGTTC--AC---T-C-T--------AG-AG----CTA-G-AC--TTCCTCCCAG-A---GCCAGCC---T-T-CC-CC--------G--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GAC-T
gi|117084                     :                                                                                                   A-G------T--A----T-C-----------G-CT----TTA-G-AG--T--------A-AC--ACAA-CA---C-C-CC-TC--------T--G------C--------AG--A---------CTTGC-T-CT-AG-A-A---T--AA-ATC-TT-------A-CCC--TAGA-G---GG---AAGACTCA--CTTCAGAtccggagtgaagtgtcact
gi|117085                     :                                                                                                             --A----T-C-T--------GG-TT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CCATTTGACTT--G------CTCCCAGGGGG--A-A-GA----CTCAC-T-CT-AGTACA---T--GT-ACC-ATAA---CAT-CCT--T----T---TG---AAATCTCG--CTCTAAAgccataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117086                     :                                               aAGCCTG-GCTCT-GG-AGTG-AT-C-CTTC-CC--C--C---------GGAA-G------C---------C-T--------GG-GT----CTA-G-AG--T--------G-A---AC---CT---T-C-CG-AT--------T--G------A--------GG--A-A-TT----CTCAC-T-CT-AG-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCA--T----G---GG---AAGTCCTA--CTCTA
gi|117087                     :                                                                                                                       -T--------GG-CT----CTG-G-AG--T--------G-A---TC---CT---T-C-CC-CC---------------------------GG--A-A-GC----CTGGG-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-C-GAT--T----GA--GG---AATTCTCA--CTCTAGA
gi|117088                     :                                                                                                        agtctggc----T-C-T--------GG-CT----TTG-G-AG--T--------G-A---GT---AT---T-C-CC-CC------------------C--------AG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGA
gi|117089                     :                                                gGTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---T---G-CGGA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CCA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T---CC-CC--------T--G------C---------G--A-A-GT----CTGGC-T-CTAAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----GC--GG---AAGTCTGG--CTC-AGAg
gi|117090                     :                                                 GTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--CTGC---C---G-CAAA-G------T-------C-C-T--------GG-CT----CTA---AA--T--------GAA---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGCAT-CT-AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-T-CCC--T----GC--GG---AAGTCTGG--CTTAAGAa
gi|117091                     :                                                 GTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---T---GCGGA---------C--G----T-C-T--------GG-TT----CTA-G-AGA-T--------G-A---AG---CT---T-C-CC-CT--------T--G------C--------GGA-A-A-AT----CTGGC-T-CT-AGTA-A---T--GA-GCC-TT-------C-CCT--T----GC--GG---AAATCTGG--CTCTAGAa
gi|117092                     :                                                 GTCTG-GCTAT-AG--GTG-AG-C-CTAC-CCAGC--C---C-------AA------------------C-T--------TG-CT----TTA-G-AA--T--------A-A---AC---CG---T-A-CT-CC--------a
gi|117093                     :                                                               -AATG-AG-A-CTTC-CC--C--C---T---G-G-AA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGAaagggggaaacttaaccttatatgcgtataaacacctctctgaagt
gi|117094                     :                                                                                                                                       tctcccat-AA--T--------G-A---GA---CT---T-C-CC-CC--------T--G----------------G--A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117095                     :                                                                                                                 tcccac-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC--------------A------C--------GG--A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGTTCA--CTCTAGAatgg
gi|117096                     :                                            tctcctgcTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---A-GCAA-A----------------C-T--------TG-TT----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TC-CC--------TG-G------G--------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-G---
gi|117097                     :                                                     g-GCTCT-AGTAGTG-AG-C-CCTT-CC--C--C---A---A-GCAA--------C--A------C-T--------TC-CT----CTA-A-AA--T--------A-A---AC---CTTACT-C-CC-CA--------G--G------G--------GG--A-A-GT----CTCAC-TAAT-AG-A-G---
gi|117098                     :                                                                                                                                  G-CT----CTA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CT--------T--G------C--------GG--A-A-AT----CT-GC-T-CT-AG-A-A---T--G--GCC-TT-----C-C-CCT--TTGC-G---GA---AAATCT-G--CTCTAGActataacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117099                     :                                                                                                                                   -CC----CCA-T-AG--T--------G-A---GA---CT---T-T-CC-CC------------------C--------GG--A-A-GT----TTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCC--CAAG-G---GG---AAG-CTCA--CTTTAGA
gi|117100                     :                                                        CTCT--G-AGTGGAG-C-CTTC-CC--C--C---C--------A-G------C--A----CAC-T--------TG-CT----CAA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TC-CCAG------T--G---------------GG--A-A-GG----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTCCA--CTCTAGAgcca
gi|117101                     :                                                         TCC-AT-AGTG-AG-A-CTTC-TC--T--C---A---C-GGAA-G--------------T-C-T--------AG-CT----CTA-G-AA--T--------G-A---AC---CT---T-C-CC-TC------------------C--------GG--A-A-GT----CTGAC-T-AT-AG-A-G---A--TA------T-----C-C-CTT--T----GCACGG---TTGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117102                     :                                                           T-AG-AGTA-AG-C-CTTC-CC--C--C---------GGAA-C------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--GGGGGAACCCACGG--GG--A-A-GT----TTCAT-T-CT-AT-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCG--T----G---GG---AAGACCTA--CTCTA
gi|117103                     :                                                                                                                       -T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--GGGGGAACCCACGG--GG--A-A-GT----TTCAT-T-CT-AT-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCG--T----G---GG---AAGACCTA--CTCTA
gi|117104                     :                                                                                                                                               -AG--T--------G-A---CA---CT---T-C-AC-TC------------------C--------GG--A-A-GT----CTGAC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--A----GGGAGG---AAGGTTCA--CTCTAGA
gi|117104                     :                                                                                                                                                                                                         --------GG--A-A-GT----CTAGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-CTCCC--TGG--G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGAgctagacttcctc
gi|117105                     :                                       agtgacacttcactccggaagtctgacTG-AG-G-CTTC-CC--C--C---C---G-G-AA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC--------------A------C--------GG--A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGTTCA--CTCTAGAtc
gi|117106                     :                                                                                                                                                                                                                                TGGC-T-CT-AT-G-G---T--GA-GTC-TT-----T-C-CAC--T----G---GGGGTAAGGTTTA--TTCTAGA
gi|117107                     :                                                    cttgaTCT-AG-AATG-AA-A-CTTC-A--------------A-GAGA-G------C--A----T-TAT--------GG-CT----CTA-T-AG--T--------G-A---GT---CT---C-T-CC-CC--------T--G------G--------GG--taacaccctcttaaaatctgactctagaa





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                       5555555555555555555555555555555                                                                222222222222222222222222222                                                             11111111                      
lowQualScore                  :                                                      1     1  2    1  1 1    2  11 22 6666666666666666666666666666666 0 66666666  0  3333   0 0  22 22222222 0 111  222  111 444  0  000000000000000000000000000  44 0 2 22222  2  0 0  1  1 0 666 22  4   0  8888888 0   11 77777777  333   0   222       
lowQualScore                  :                                                      .     .  .    .  . .    .  .. .. ............................... . ........  .  ....   . .  .. ........ . ...  ...  ... ...  .  ...........................  .. . . .....  .  . .  .  . . ... ..  .   .  ....... .   .. ........  ...   .   ...       
lowQualScore                  :                                                      3     0  0    0  0 0    0  44 88 3333333333333333333333333333333 7 99999999  7  7777   7 7  66 55555555 7 999  888  222 000  7  000000000000000000000000000  44 7 1 44444  8  7 7  4  4 7 777 22  0   8  3333333 9   22 77777777  111   3   666       
consensus                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---G-GGAA-G------C--A----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---GG---AAGTCTCG--CTCTAGA
Reference ( family-370 )      :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---G-GGAA-G------C--A----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---GG---AAGTCTCG--CTCTAGA
gi|117049                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---A-GCAA-A----------------C-T--------TG-TT----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TC-CC--------TG-G------G--------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTCA--TTCTAGA
gi|117050                     :                                              gtAGTCTC-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTA-CC--C--C---C--------A-A------C--A----GAC-T--------TG-CT----TTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---T-A-CC-CC--------C--A------CGG------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-A--------T---A-GCC-ATAACAAC-C-TCT--T---------G---AAGTCTCA--CTCTAGAa
gi|117051                     :                                              gtAGTCTG-GCTCT-AG-GGTG-AG-C-CCCC-CC--C--C---C---C-CCAGCG------C--A------C-T--------TG-CT----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TT-TC--------A--G------G--------GG--G-G-ATA---CTCGC-T-AT-A-----------GA-GCCATTACA--C-C-CTC--T--------TG---AAGTTTCA--CTCTAGA
gi|117052                     :                                              gtAGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-C-------------------------------------------C-T--------TG-CT----CTA-G-AGAAT----------A---AC---CT---T-A-CT-CC--------CAGG------A--------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTCA--CTCTAAAa
gi|117053                     :                                                                                                              gt----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-CTCC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-AGC-TT-------C-CCC--T----GC--GG---AAGTCTa
gi|117054                     :                                                                                                            gtag----T-C-T--------CG-CT----CTA-G-AG--C--------G-A---GC---TT---T-T-CC-CC--------A--G------C--------AG--A---------CTTGC-T-GT-AG-A-A---T--AA-AC
gi|117055                     :                                            gttgAGTCTTCGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTCACC--C--CTT-C---A-GTA---------C--A----T-------------G-CC----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-AC-CC--------A--GA-----G--------GG--A-A-GA----CT-CC-T-C--AG-A-G---tataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117056                     :                                                                                                              gt----T-C-T--------CG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-CACC-CC--------T--T------C--------AG--A-A-CT----AT-GC-C-CT-AG-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-C-ACC--CAAGAG---GG---AAA-CTC---CTC-AGAcc
gi|117057                     :                                                     gtagTCT-AG-AGTG-AG-G-CTTC-CC--C--C---T---ACGGAT-G--------------T-C-T--------GG-CT----TTG-G-AG--T--------G-A---GT---AT---T-C-CC-CC------------------C--------AG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGAgcc
gi|117058                     :                                        aggctcacAGTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-G-CTTC-CC--C--C---T---ACGGAT-G--------------T-C-T--------GG-CT----TTG-G-AG--T--------G-A---GT---AT---T-C-CC-CC------------------C--------AG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117059                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-TC--C--C---C--------A-A------C--A----CAC-T--------TG-CT----CTA-G-AA--T--------A-AACTAC---CT---T-A-CT-CC--------CAGG------A--------GG--A-A-GA----GTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTTA--CTATAGA
gi|117060                     :                                                                                                                ----T-C-T--------GG-CA----CTA-G-AG--T--------G-A---GG---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-------C-CCC--T----C---GG---AAGTCTGG--CTCTAGAa
gi|117061                     :                                                                                                                     ag-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGAg
gi|117062                     :                                                                                                             aggctggc-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGA
gi|117063                     :                                                                                                                                agc-CC----CCA-T-AG--T--------G-A---GA---CT---T-T-CC-CC------------------C--------GG--A-A-GT----TTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCC--CAAG-G---GG---AAG-CTCA--CTTTAGAgcca
gi|117064                     :                                                                                                        agtctggc----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GG---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C---------G--A-A-GT----CTGGC-T-CT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-----
gi|117065                     :                                              agAGTTTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTTC-CC--C--C---CAAGG-GGAA-G------CTCA----C-T-TTAGAGCCAGA-CTTCCCCCA-G-AG--C--------C-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GGC-TT-----C-C-CCC--T----G---CG---AAGTCTGG--CTCTGGA
gi|117066                     :                                                AGTTTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTTC-CC--C--C---CAAGG-GGAA-G------CTCA----C-T-TTAGAGCCAGA-CTTCCCCCA-G-AG--C--------C-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GGC-T
gi|117066                     :                                                                                           ---G-GGAA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CTA-A-AG--T--------G-A---GC----T---T-C-CC-CT--------T--G------G--------GGGGA-A-GA----CTCAC-T-CT-AG-A-G---C--CA-AAC-TT-----C-C-----------G---GGGGAAAGTCTCA--CTtccgggggaaagtctcact
gi|117067                     : agcctcactctagagccagacttccgcagggggaaggctggctctggAGTCTG-GCTAT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-AC--C--C------------A-G------C--C----CAC-T--------TG-CT----TTA-G-AA--T--------A-A---AC---CG---T-A-CT-CC--------TAGG------G--------GG--A-A-GA----CTTAC-T-AT-AT-A-GCTAT--AACACC-TT-----C-T-T--------------G---AAGTTACA--CTTTAGA
gi|117068                     :                                                AGTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTCC-CC--C--------------------------------------------------------A-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CCAGG--------G--G------G--------GG--A-A-GC----CTCAC-T-CT-AG-A-G---a
gi|117069                     :                                                AGCCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--A--C---------GGAA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------TG-G------G--------GG--A-A-GG----TTCAC-T-CT-AG-A-G---CAGGA-GAA--------C-C-CCC--G----G---GG---AAGTCTCA--CTCTAGAcca
gi|117070                     :                                                         TCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--A--C---------GGAA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----TTCAC-T-CT-AG-A-G---CAGGA-GAA--------C-C-CCC--G----G---GG---AAGTCTCA--CTCTAGA
gi|117071                     :                                                   agtctggcT-AG-AGTA-GG-T-CTTC-CC--A--C---G---G-GGAA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GA---CT---T-C-CC-C----------------------------GG--G-G-GTTCTCCTG-C-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-C-CCCAGG----G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117072                     :                                        agcctggcAGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--CACTC---T-AGAG-C------C--AAGATT-C-------------CC----CCA-G-AG--G--------C-A---GCT--CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGAC-T-CT-AG-A-G---
gi|117073                     :                                                AGTCTG-GCTCC-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--T-------G-CGAA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CTAAG-AA--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-C--AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----CAC-CCC--T----GC--GG---AAATCTTGGCTTCTAGAc
gi|117074                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AA-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--C---T---GCGGAA-A------T-------T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T---CC-CC--------T--G------C--------GG--ACG-GT----CTGGT-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---CG---GAGTCTGG--CTCCAGAa
gi|117075                     :                                                AATCTG-GCTCT-AG-AATG-AGCC-CTTC-CC--T--C---T---GCGGAA-A---------A----T-C-T---------G-CT----CTA-G-AAACT--------G-A---GC---CT---T----C-CT--------T--G------C--------GG--A-A-AT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---a
gi|117076                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--CCTC---C---G----A-G------C--G----T-C-TG-------GG-TT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T----C-CC--------T--G------C--------GG--A-ACGT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---
gi|117077                     :                                                AGTCTG-GCTCTCAG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C-----GGAA-G------C-------T-C-T--------GG-CT----CTA-G-A
gi|117078                     :                                                AATCTG-GCTCT-AG-AATG-AG-CACTTC-CC--C--C---CT--G-CGA---------C--G----T-C----------GG-TT----CTA-GAAG--T--------G-A---CC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CTCAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--C----G---GA---AGCTCTGG--CTCTAGAa
gi|117079                     :                                                AATCTG-GCTCT-AGTAATG-AG-C-CTa
gi|117079                     :                                                         TCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--T--G---C---G-GAA---------C--G----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-C-GT----CTGGT-T-CT-AG-A-GA--T--GA-AGC-TT-----C-C-CCT--TGC--G---GA---AAATCTGG--CTCTAGttccgcaaggggaagcttcatctctagaaccagacgtccgcagggggaaggctcactctagagccagacgttccgcagggaaggctcactctagaa
gi|117080                     :                                      aggctcattaAGTCTG-GCTC--AG-AATG-AG-C-CTTCACC--C--C---T---GCGGAA-----------A----T-C-TT-------GG-CTT---CTA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T---CC-CC--------T--G------C--------GG--A-ACGT----CTGGT-T-CT-AG-A-G---a
gi|117081                     :                                                    TG-GCTCT-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--CTC-C---G----A-G------C--G----T-C-T--------GGGTT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T----C-CC--------T--G------C--------GG--A-ACGT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-T
gi|117082                     :                                                AGTCTA-CATCT-AG-AGTG-AG-C-CTCC-CC--C---------------A-A------CAGA----T-T-T---------G-CT----CTA-A-AA--T--------A-A---CC---GT---T-A-CC-CC--------C--A------CAG------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AC-A--------GA-GCC-ATAGCA-C-C-CTC--T--------TG---AAGACACA--CTCTAGA
gi|117083                     :                                                AGTCTG-ACTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---A---G-GGAG-GAAGGTTC--AC---T-C-T--------AG-AG----CTA-G-AC--TTCCTCCCAG-A---GCCAGCC---T-T-CC-CC--------G--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GAC-T
gi|117084                     :                                                                                                   A-G------T--A----T-C-----------G-CT----TTA-G-AG--T--------A-AC--ACAA-CA---C-C-CC-TC--------T--G------C--------AG--A---------CTTGC-T-CT-AG-A-A---T--AA-ATC-TT-------A-CCC--TAGA-G---GG---AAGACTCA--CTTCAGAtccggagtgaagtgtcact
gi|117085                     :                                                                                                             --A----T-C-T--------GG-TT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CCATTTGACTT--G------CTCCCAGGGGG--A-A-GA----CTCAC-T-CT-AGTACA---T--GT-ACC-ATAA---CAT-CCT--T----T---TG---AAATCTCG--CTCTAAAgccataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117086                     :                                               aAGCCTG-GCTCT-GG-AGTG-AT-C-CTTC-CC--C--C---------GGAA-G------C---------C-T--------GG-GT----CTA-G-AG--T--------G-A---AC---CT---T-C-CG-AT--------T--G------A--------GG--A-A-TT----CTCAC-T-CT-AG-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCA--T----G---GG---AAGTCCTA--CTCTA
gi|117087                     :                                                                                                                       -T--------GG-CT----CTG-G-AG--T--------G-A---TC---CT---T-C-CC-CC---------------------------GG--A-A-GC----CTGGG-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-C-GAT--T----GA--GG---AATTCTCA--CTCTAGA
gi|117088                     :                                                                                                        agtctggc----T-C-T--------GG-CT----TTG-G-AG--T--------G-A---GT---AT---T-C-CC-CC------------------C--------AG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGA
gi|117089                     :                                                gGTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---T---G-CGGA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CCA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T---CC-CC--------T--G------C---------G--A-A-GT----CTGGC-T-CTAAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----GC--GG---AAGTCTGG--CTC-AGAg
gi|117090                     :                                                 GTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--CTGC---C---G-CAAA-G------T-------C-C-T--------GG-CT----CTA---AA--T--------GAA---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGCAT-CT-AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-T-CCC--T----GC--GG---AAGTCTGG--CTTAAGAa
gi|117091                     :                                                 GTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---T---GCGGA---------C--G----T-C-T--------GG-TT----CTA-G-AGA-T--------G-A---AG---CT---T-C-CC-CT--------T--G------C--------GGA-A-A-AT----CTGGC-T-CT-AGTA-A---T--GA-GCC-TT-------C-CCT--T----GC--GG---AAATCTGG--CTCTAGAa
gi|117092                     :                                                 GTCTG-GCTAT-AG--GTG-AG-C-CTAC-CCAGC--C---C-------AA------------------C-T--------TG-CT----TTA-G-AA--T--------A-A---AC---CG---T-A-CT-CC--------a
gi|117093                     :                                                               -AATG-AG-A-CTTC-CC--C--C---T---G-G-AA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGAaagggggaaacttaaccttatatgcgtataaacacctctctgaagt
gi|117094                     :                                                                                                                                       tctcccat-AA--T--------G-A---GA---CT---T-C-CC-CC--------T--G----------------G--A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117095                     :                                                                                                                 tcccac-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC--------------A------C--------GG--A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGTTCA--CTCTAGAatgg
gi|117096                     :                                            tctcctgcTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---A-GCAA-A----------------C-T--------TG-TT----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TC-CC--------TG-G------G--------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-G---
gi|117097                     :                                                     g-GCTCT-AGTAGTG-AG-C-CCTT-CC--C--C---A---A-GCAA--------C--A------C-T--------TC-CT----CTA-A-AA--T--------A-A---AC---CTTACT-C-CC-CA--------G--G------G--------GG--A-A-GT----CTCAC-TAAT-AG-A-G---
gi|117098                     :                                                                                                                                  G-CT----CTA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CT--------T--G------C--------GG--A-A-AT----CT-GC-T-CT-AG-A-A---T--G--GCC-TT-----C-C-CCT--TTGC-G---GA---AAATCT-G--CTCTAGActataacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117099                     :                                                                                                                                   -CC----CCA-T-AG--T--------G-A---GA---CT---T-T-CC-CC------------------C--------GG--A-A-GT----TTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCC--CAAG-G---GG---AAG-CTCA--CTTTAGA
gi|117100                     :                                                        CTCT--G-AGTGGAG-C-CTTC-CC--C--C---C--------A-G------C--A----CAC-T--------TG-CT----CAA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TC-CCAG------T--G---------------GG--A-A-GG----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTCCA--CTCTAGAgcca
gi|117101                     :                                                         TCC-AT-AGTG-AG-A-CTTC-TC--T--C---A---C-GGAA-G--------------T-C-T--------AG-CT----CTA-G-AA--T--------G-A---AC---CT---T-C-CC-TC------------------C--------GG--A-A-GT----CTGAC-T-AT-AG-A-G---A--TA------T-----C-C-CTT--T----GCACGG---TTGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117102                     :                                                           T-AG-AGTA-AG-C-CTTC-CC--C--C---------GGAA-C------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--GGGGGAACCCACGG--GG--A-A-GT----TTCAT-T-CT-AT-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCG--T----G---GG---AAGACCTA--CTCTA
gi|117103                     :                                                                                                                       -T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--GGGGGAACCCACGG--GG--A-A-GT----TTCAT-T-CT-AT-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCG--T----G---GG---AAGACCTA--CTCTA
gi|117104                     :                                                                                                                                               -AG--T--------G-A---CA---CT---T-C-AC-TC------------------C--------GG--A-A-GT----CTGAC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--A----GGGAGG---AAGGTTCA--CTCTAGA
gi|117104                     :                                                                                                                                                                                                         --------GG--A-A-GT----CTAGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-CTCCC--TGG--G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGAgctagacttcctc
gi|117105                     :                                       agtgacacttcactccggaagtctgacTG-AG-G-CTTC-CC--C--C---C---G-G-AA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC--------------A------C--------GG--A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGTTCA--CTCTAGAtc
gi|117106                     :                                                                                                                                                                                                                                TGGC-T-CT-AT-G-G---T--GA-GTC-TT-----T-C-CAC--T----G---GGGGTAAGGTTTA--TTCTAGA
gi|117107                     :                                                    cttgaTCT-AG-AATG-AA-A-CTTC-A--------------A-GAGA-G------C--A----T-TAT--------GG-CT----CTA-T-AG--T--------G-A---GT---CT---C-T-CC-CC--------T--G------G--------GG--taacaccctcttaaaatctgactctagaa


blockSeqs                     :                                                      C     C  T              A  AG CT ACTCTAGAGCCAAGATT                 TAGAGCCA     TCCC        AA TCCTCCCA   ACT  CAG  TAC AC      ATTTGACTTGCTCCCAGGG          GG   C TTCTC  C       C  T   CCA AG  C      AACAAC      AG AAGAG     GGA       GGC
blockSeqs                     :                                                      .     .  T              A  .  TG AGGGAGGAAGGTTCACT                 TAGAGCCA     TCCC        AC .          C    AA   .   CT      TGGGGGAACCCACGG              G    C TA     C       A  T   CCA AG  C      AGCAC       .  AAGG      GGT       A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CAAGGGGAAGCTCAC                   G            T           A  .          .    T    .   AC      TGGGGGAACCCACGG              G    C A      C       .  .   CTA .   C      ACAC        .  AGAG      .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CAAGGGGAAGCTCAC                   T            .           .  .          .    .    .   CA      CACGG                        G    . A      G       .  .   CCA .   C      AACA        .  TGCG      .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CCCCAGCGCA                        .            .           .  .          .    .    .   AC      CAGGA                        A    . T      T       .  .   A   .   .      CA          .  AAGG      .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  TTCAGTACAT                        .            .           .  .          .    .    .   AC      CAGGA                        G    . A      G       .  .   .   .   .      A           .  GCAC      .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  TGCGGAAATT                        .            .           .  .          .    .    .   A       TAGGG                        .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  GGGA      .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  TGCGGAAAAT                        .            .           .  .          .    .    .   A       CACAG                        .    . T      C       .  .   .   .   .      C           .  GCG       .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  TACGGATGT                         .            .           .  .          .    .    .   T       AGAG                         .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  GGG       .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  TACGGATGT                         .            .           .  .          .    .    .   C       TGGG                         .    . A      C       .  .   .   .   .      C           .  GGG       .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CTGCGACGT                         .            .           .  .          .    .    .   C       TGGG                         .    . T      C       .  .   .   .   .      C           .  GGG       .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  TGCGGAAAT                         .            .           .  .          .    .    .   A       AGTG                         .    . G      G       .  .   .   .   .      C           .  GGG       .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  TCCGAGCGT                         .            .           .  .          .    .    .   C       AGG                          .    . G      G       .  .   .   .   .      C           .  GC        .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CGCAAAGTC                         .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  GC        .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  TGCGGACGT                         .            .           .  .          .    .    .   C       AGC                          .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  GA        .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  AGAGAGCAT                         .            .           .  .          .    .    .   T       TTC                          .    . T      C       .  .   .   .   .      C           .  GC        .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  GGGGAAGT                          .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . T      T       .  .   .   .   .      C           .  GC        .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CGGAAGCT                          .            .           .  .          .    .    .   C       TGG                          .    . A      C       .  .   .   .   .      C           .  GC        .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CGGAACGT                          .            .           .  .          .    .    .   C       TGG                          .    . A      C       .  .   .   .   .      C           .  G         .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  TGCGGAGT                          .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . C      C       .  .   .   .   .      C           .  G         .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  AAGCAACA                          .            .           .  .          .    .    .   A       TGC                          .    . G      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  ACGGAAGT                          .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . G      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CAACAGA                           .            .           .  .          .    .    .   C       TGG                          .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  C         .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CAACACA                           .            .           .  .          .    .    .   C       GGG                          .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  GCGAAGT                           .            .           .  .          .    .    .   C       TGG                          .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CGAGCGT                           .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  AACAGAT                           .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  TGGAAGC                           .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CAGCAAA                           .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         G  
blockSeqs                     :                                                      .     .  .              .  .  .  CAGCACA                           .            .           .  .          .    .    .   A       TGC                          .    . T      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                            .  .              .  .  .  CGGAAGC                           .            .           .  .          .    .    .   T       TGC                          .    . T      C       .  .   .   .   .      C           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                            .  .              .  .  .  AGCCCA                            .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . A      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                            .  .              .  .  .  GGAAGC                            .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . T      T       .  .   .   .   .      C           .  T         .         G  
blockSeqs                     :                                                            .  .              .  .  .  GGAAGC                            .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . A      C       .  .   .   .   .      C           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                            .  .              .  .  .  GGAAGC                            .            .           .  .          .    .    .   C       GGC                          .    . T      C       .  .   .   .   .      C           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                            .  .              .  .  .  GGAACC                            .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . C      G       .  .   .   .   .      C           .  G         .         G  
blockSeqs                     :                                                            .  .              .  .  .  CAA                               .            .           .  .          .    .    .   C       TGA                          .    . T      G       .  .   .   .   .      T           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                            .  .              .  .  .  .                                 .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . T      G       .  .   .   .   .      .           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                               .              .  .  .  .                                 .            .           .  .          .    .    .   A       TGC                          .    . T      G       .  .   .   .   .      .           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . T      G       .  .   .   .   .      .           .  G         .         A  
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   C       TGG                          .    . G      C       .  .   .   .   .      .           .  .         .         A  
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   C       GGG                          .    . C      G       .  .   .   .   .      .           .  .         .         A  
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   C       TGC                          .    . C      G       .  .   .   .   .      .           .  .         .         .  
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   C       TGG                          .    . A      C       .  .   .   .   .      .           .  .         .            
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   T       TG                           .    . T      C       .  .   .   .   .                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   C       AC                           .    . T      G       .  .   .   .   .                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   C       AC                           .    . T      C       .  .   .   .   .                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   C       C                            .    . G      G       .  .   .   .   .                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   C       C                            .    . T      C       .  .   .   .   .                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   C       C                            .    . T      C       .  .   .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   T       C                            .    . T      G       .  .   .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   .       C                            .    . T      A       .  .   .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                         .            .           .  .          .    .    .   .       C                            .    . T      G       .  .   .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .           .  .          .    .    .   .       C                            .    . C      G       .  .   .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .           .  .          .    .    .   .       .                            .    . .      .       .  .   .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .           .  .          .    .    .   .       .                            .    . .      .       .  .   .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                  .  .          .    .    .   .                                    .             .       .  .   .                                                    


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                              C**     TGC************************                               ***            C******
originalCons                  :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---G-GGAA-G------C--A----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---GG---AAGTCTCG--CTCTAGA
finalCons                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---G-GGAA-G------C--A----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---TC--CC-CCTGC------------------------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TTC------C-CCC--T----G---GG---AAGTCTCG--CTCTAGA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                       5555555555555555555555555555555                                                                222222222222222222222222222                                                             11111111                      
lowQualScore                  :                                                      1     1  2    1  1 1    2  11 22 6666666666666666666666666666666 0 66666666  0  3333   0 0  22 22222222 0 111  222  111 444  0  000000000000000000000000000  44 0 2 22222  2  0 0  1  1 0 666 22  4   0  8888888 0   11 77777777  333   0   222       
lowQualScore                  :                                                      .     .  .    .  . .    .  .. .. ............................... . ........  .  ....   . .  .. ........ . ...  ...  ... ...  .  ...........................  .. . . .....  .  . .  .  . . ... ..  .   .  ....... .   .. ........  ...   .   ...       
lowQualScore                  :                                                      3     0  0    0  0 0    0  44 88 3333333333333333333333333333333 7 99999999  7  7777   7 7  66 55555555 7 999  888  222 000  7  000000000000000000000000000  44 7 1 44444  8  7 7  4  4 7 777 22  0   8  3333333 9   22 77777777  111   3   666       
consensus                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---G-GGAA-G------C--A----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---GG---AAGTCTCG--CTCTAGA
Reference ( family-370 )      :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---G-GGAA-G------C--A----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---GG---AAGTCTCG--CTCTAGA
gi|117049                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---A-GCAA-A----------------C-T--------TG-TT----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TC-CC--------TG-G------G--------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTCA--TTCTAGA
gi|117050                     :                                              gtAGTCTC-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTA-CC--C--C---C--------A-A------C--A----GAC-T--------TG-CT----TTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---T-A-CC-CC--------C--A------CGG------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-A--------T---A-GCC-ATAACAAC-C-TCT--T---------G---AAGTCTCA--CTCTAGAa
gi|117051                     :                                              gtAGTCTG-GCTCT-AG-GGTG-AG-C-CCCC-CC--C--C---C---C-CCAGCG------C--A------C-T--------TG-CT----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TT-TC--------A--G------G--------GG--G-G-ATA---CTCGC-T-AT-A-----------GA-GCCATTACA--C-C-CTC--T--------TG---AAGTTTCA--CTCTAGA
gi|117052                     :                                              gtAGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-C-------------------------------------------C-T--------TG-CT----CTA-G-AGAAT----------A---AC---CT---T-A-CT-CC--------CAGG------A--------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTCA--CTCTAAAa
gi|117053                     :                                                                                                              gt----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-CTCC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-AGC-TT-------C-CCC--T----GC--GG---AAGTCTa
gi|117054                     :                                                                                                            gtag----T-C-T--------CG-CT----CTA-G-AG--C--------G-A---GC---TT---T-T-CC-CC--------A--G------C--------AG--A---------CTTGC-T-GT-AG-A-A---T--AA-AC
gi|117055                     :                                            gttgAGTCTTCGCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTCACC--C--CTT-C---A-GTA---------C--A----T-------------G-CC----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-AC-CC--------A--GA-----G--------GG--A-A-GA----CT-CC-T-C--AG-A-G---tataacactcactctagaaccataacaccctctttaagtatcgctttaga
gi|117056                     :                                                                                                              gt----T-C-T--------CG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-CACC-CC--------T--T------C--------AG--A-A-CT----AT-GC-C-CT-AG-A-A---T--AA-ACC-TT-----A-C-ACC--CAAGAG---GG---AAA-CTC---CTC-AGAcc
gi|117057                     :                                                     gtagTCT-AG-AGTG-AG-G-CTTC-CC--C--C---T---ACGGAT-G--------------T-C-T--------GG-CT----TTG-G-AG--T--------G-A---GT---AT---T-C-CC-CC------------------C--------AG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGAgcc
gi|117058                     :                                        aggctcacAGTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-G-CTTC-CC--C--C---T---ACGGAT-G--------------T-C-T--------GG-CT----TTG-G-AG--T--------G-A---GT---AT---T-C-CC-CC------------------C--------AG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117059                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-TC--C--C---C--------A-A------C--A----CAC-T--------TG-CT----CTA-G-AA--T--------A-AACTAC---CT---T-A-CT-CC--------CAGG------A--------GG--A-A-GA----GTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTTTA--CTATAGA
gi|117060                     :                                                                                                                ----T-C-T--------GG-CA----CTA-G-AG--T--------G-A---GG---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-------C-CCC--T----C---GG---AAGTCTGG--CTCTAGAa
gi|117061                     :                                                                                                                     ag-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGAg
gi|117062                     :                                                                                                             aggctggc-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGA
gi|117063                     :                                                                                                                                agc-CC----CCA-T-AG--T--------G-A---GA---CT---T-T-CC-CC------------------C--------GG--A-A-GT----TTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCC--CAAG-G---GG---AAG-CTCA--CTTTAGAgcca
gi|117064                     :                                                                                                        agtctggc----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GG---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C---------G--A-A-GT----CTGGC-T-CT-GG-A-G---T--GA-GCC-TT-----
gi|117065                     :                                              agAGTTTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTTC-CC--C--C---CAAGG-GGAA-G------CTCA----C-T-TTAGAGCCAGA-CTTCCCCCA-G-AG--C--------C-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GGC-TT-----C-C-CCC--T----G---CG---AAGTCTGG--CTCTGGA
gi|117066                     :                                                AGTTTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-T-CTTC-CC--C--C---CAAGG-GGAA-G------CTCA----C-T-TTAGAGCCAGA-CTTCCCCCA-G-AG--C--------C-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GGC-T
gi|117066                     :                                                                                           ---G-GGAA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CTA-A-AG--T--------G-A---GC----T---T-C-CC-CT--------T--G------G--------GGGGA-A-GA----CTCAC-T-CT-AG-A-G---C--CA-AAC-TT-----C-C-----------G---GGGGAAAGTCTCA--CTtccgggggaaagtctcact
gi|117067                     : agcctcactctagagccagacttccgcagggggaaggctggctctggAGTCTG-GCTAT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-AC--C--C------------A-G------C--C----CAC-T--------TG-CT----TTA-G-AA--T--------A-A---AC---CG---T-A-CT-CC--------TAGG------G--------GG--A-A-GA----CTTAC-T-AT-AT-A-GCTAT--AACACC-TT-----C-T-T--------------G---AAGTTACA--CTTTAGA
gi|117068                     :                                                AGTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTCC-CC--C--------------------------------------------------------A-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CCAGG--------G--G------G--------GG--A-A-GC----CTCAC-T-CT-AG-A-G---a
gi|117069                     :                                                AGCCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--A--C---------GGAA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------TG-G------G--------GG--A-A-GG----TTCAC-T-CT-AG-A-G---CAGGA-GAA--------C-C-CCC--G----G---GG---AAGTCTCA--CTCTAGAcca
gi|117070                     :                                                         TCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--A--C---------GGAA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----TTCAC-T-CT-AG-A-G---CAGGA-GAA--------C-C-CCC--G----G---GG---AAGTCTCA--CTCTAGA
gi|117071                     :                                                   agtctggcT-AG-AGTA-GG-T-CTTC-CC--A--C---G---G-GGAA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GA---CT---T-C-CC-C----------------------------GG--G-G-GTTCTCCTG-C-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-C-CCCAGG----G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117072                     :                                        agcctggcAGTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--CACTC---T-AGAG-C------C--AAGATT-C-------------CC----CCA-G-AG--G--------C-A---GCT--CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGAC-T-CT-AG-A-G---
gi|117073                     :                                                AGTCTG-GCTCC-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--T-------G-CGAA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CTAAG-AA--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-C--AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----CAC-CCC--T----GC--GG---AAATCTTGGCTTCTAGAc
gi|117074                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AA-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--C---T---GCGGAA-A------T-------T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T---CC-CC--------T--G------C--------GG--ACG-GT----CTGGT-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----G---CG---GAGTCTGG--CTCCAGAa
gi|117075                     :                                                AATCTG-GCTCT-AG-AATG-AGCC-CTTC-CC--T--C---T---GCGGAA-A---------A----T-C-T---------G-CT----CTA-G-AAACT--------G-A---GC---CT---T----C-CT--------T--G------C--------GG--A-A-AT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---a
gi|117076                     :                                                AGTCTG-GCTCT-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--CCTC---C---G----A-G------C--G----T-C-TG-------GG-TT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T----C-CC--------T--G------C--------GG--A-ACGT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---
gi|117077                     :                                                AGTCTG-GCTCTCAG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C-----GGAA-G------C-------T-C-T--------GG-CT----CTA-G-A
gi|117078                     :                                                AATCTG-GCTCT-AG-AATG-AG-CACTTC-CC--C--C---CT--G-CGA---------C--G----T-C----------GG-TT----CTA-GAAG--T--------G-A---CC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CTCAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--C----G---GA---AGCTCTGG--CTCTAGAa
gi|117079                     :                                                AATCTG-GCTCT-AGTAATG-AG-C-CTa
gi|117079                     :                                                         TCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--T--G---C---G-GAA---------C--G----T-C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-C-GT----CTGGT-T-CT-AG-A-GA--T--GA-AGC-TT-----C-C-CCT--TGC--G---GA---AAATCTGG--CTCTAGttccgcaaggggaagcttcatctctagaaccagacgtccgcagggggaaggctcactctagagccagacgttccgcagggaaggctcactctagaa
gi|117080                     :                                      aggctcattaAGTCTG-GCTC--AG-AATG-AG-C-CTTCACC--C--C---T---GCGGAA-----------A----T-C-TT-------GG-CTT---CTA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T---CC-CC--------T--G------C--------GG--A-ACGT----CTGGT-T-CT-AG-A-G---a
gi|117081                     :                                                    TG-GCTCT-AG-AATG-AG-C-CTTC-CC--C--CTC-C---G----A-G------C--G----T-C-T--------GGGTT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T----C-CC--------T--G------C--------GG--A-ACGT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-T
gi|117082                     :                                                AGTCTA-CATCT-AG-AGTG-AG-C-CTCC-CC--C---------------A-A------CAGA----T-T-T---------G-CT----CTA-A-AA--T--------A-A---CC---GT---T-A-CC-CC--------C--A------CAG------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AC-A--------GA-GCC-ATAGCA-C-C-CTC--T--------TG---AAGACACA--CTCTAGA
gi|117083                     :                                                AGTCTG-ACTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---A---G-GGAG-GAAGGTTC--AC---T-C-T--------AG-AG----CTA-G-AC--TTCCTCCCAG-A---GCCAGCC---T-T-CC-CC--------G--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GAC-T
gi|117084                     :                                                                                                   A-G------T--A----T-C-----------G-CT----TTA-G-AG--T--------A-AC--ACAA-CA---C-C-CC-TC--------T--G------C--------AG--A---------CTTGC-T-CT-AG-A-A---T--AA-ATC-TT-------A-CCC--TAGA-G---GG---AAGACTCA--CTTCAGAtccggagtgaagtgtcact
gi|117085                     :                                                                                                             --A----T-C-T--------GG-TT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CCATTTGACTT--G------CTCCCAGGGGG--A-A-GA----CTCAC-T-CT-AGTACA---T--GT-ACC-ATAA---CAT-CCT--T----T---TG---AAATCTCG--CTCTAAAgccataacaccctcttgaagtatcgatcaaga
gi|117086                     :                                               aAGCCTG-GCTCT-GG-AGTG-AT-C-CTTC-CC--C--C---------GGAA-G------C---------C-T--------GG-GT----CTA-G-AG--T--------G-A---AC---CT---T-C-CG-AT--------T--G------A--------GG--A-A-TT----CTCAC-T-CT-AG-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCA--T----G---GG---AAGTCCTA--CTCTA
gi|117087                     :                                                                                                                       -T--------GG-CT----CTG-G-AG--T--------G-A---TC---CT---T-C-CC-CC---------------------------GG--A-A-GC----CTGGG-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-C-GAT--T----GA--GG---AATTCTCA--CTCTAGA
gi|117088                     :                                                                                                        agtctggc----T-C-T--------GG-CT----TTG-G-AG--T--------G-A---GT---AT---T-C-CC-CC------------------C--------AG--A-A-GT----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCG-TT-----C-C-CCC--T----G---GT----AGTCTCG--CTCTAGA
gi|117089                     :                                                gGTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---T---G-CGGA-G--------------T-C-T--------GG-CT----CCA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T---CC-CC--------T--G------C---------G--A-A-GT----CTGGC-T-CTAAG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--T----GC--GG---AAGTCTGG--CTC-AGAg
gi|117090                     :                                                 GTCTG-GTTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--CTGC---C---G-CAAA-G------T-------C-C-T--------GG-CT----CTA---AA--T--------GAA---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------C--------GG--A-A-GT----CTGGCAT-CT-AG-A-A---T--GA-GCC-TT-----C-T-CCC--T----GC--GG---AAGTCTGG--CTTAAGAa
gi|117091                     :                                                 GTCTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---T---GCGGA---------C--G----T-C-T--------GG-TT----CTA-G-AGA-T--------G-A---AG---CT---T-C-CC-CT--------T--G------C--------GGA-A-A-AT----CTGGC-T-CT-AGTA-A---T--GA-GCC-TT-------C-CCT--T----GC--GG---AAATCTGG--CTCTAGAa
gi|117092                     :                                                 GTCTG-GCTAT-AG--GTG-AG-C-CTAC-CCAGC--C---C-------AA------------------C-T--------TG-CT----TTA-G-AA--T--------A-A---AC---CG---T-A-CT-CC--------a
gi|117093                     :                                                               -AATG-AG-A-CTTC-CC--C--C---T---G-G-AA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--G------G--------GGG-A-A-GG----CTCAC-T-CT-AG-A-G---T--GG-GAG-AA-----C-C-CCC--G----G---GG---ACGTCTCA--CTCTAGAaagggggaaacttaaccttatatgcgtataaacacctctctgaagt
gi|117094                     :                                                                                                                                       tctcccat-AA--T--------G-A---GA---CT---T-C-CC-CC--------T--G----------------G--A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGA
gi|117095                     :                                                                                                                 tcccac-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC--------------A------C--------GG--A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGTTCA--CTCTAGAatgg
gi|117096                     :                                            tctcctgcTG-GCTCT-AG-AGTG-AG-C-CTTC-CC--C--C---C---A-GCAA-A----------------C-T--------TG-TT----CTA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TC-CC--------TG-G------G--------GG--A-A-GA----CTCAC-T-AT-AG-A-G---
gi|117097                     :                                                     g-GCTCT-AGTAGTG-AG-C-CCTT-CC--C--C---A---A-GCAA--------C--A------C-T--------TC-CT----CTA-A-AA--T--------A-A---AC---CTTACT-C-CC-CA--------G--G------G--------GG--A-A-GT----CTCAC-TAAT-AG-A-G---
gi|117098                     :                                                                                                                                  G-CT----CTA-G-AA--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CT--------T--G------C--------GG--A-A-AT----CT-GC-T-CT-AG-A-A---T--G--GCC-TT-----C-C-CCT--TTGC-G---GA---AAATCT-G--CTCTAGActataacaccctcttgaagttcacacctagaa
gi|117099                     :                                                                                                                                   -CC----CCA-T-AG--T--------G-A---GA---CT---T-T-CC-CC------------------C--------GG--A-A-GT----TTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GTC-TT-----C-C-CCC--CAAG-G---GG---AAG-CTCA--CTTTAGA
gi|117100                     :                                                        CTCT--G-AGTGGAG-C-CTTC-CC--C--C---C--------A-G------C--A----CAC-T--------TG-CT----CAA-G-AA--T--------A-A---AC---CT---TAC-TC-CCAG------T--G---------------GG--A-A-GG----CTCAC-T-AT-AG-A-GCCAT--AACACC-TT----------CT--T----G---G-----AGTTCCA--CTCTAGAgcca
gi|117101                     :                                                         TCC-AT-AGTG-AG-A-CTTC-TC--T--C---A---C-GGAA-G--------------T-C-T--------AG-CT----CTA-G-AA--T--------G-A---AC---CT---T-C-CC-TC------------------C--------GG--A-A-GT----CTGAC-T-AT-AG-A-G---A--TA------T-----C-C-CTT--T----GCACGG---TTGTCTCG--CTCTAGAa
gi|117102                     :                                                           T-AG-AGTA-AG-C-CTTC-CC--C--C---------GGAA-C------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--GGGGGAACCCACGG--GG--A-A-GT----TTCAT-T-CT-AT-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCG--T----G---GG---AAGACCTA--CTCTA
gi|117103                     :                                                                                                                       -T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC-CC--------T--GGGGGAACCCACGG--GG--A-A-GT----TTCAT-T-CT-AT-A-G---C--CA-GAC-TT-----C-C-CCG--T----G---GG---AAGACCTA--CTCTA
gi|117104                     :                                                                                                                                               -AG--T--------G-A---CA---CT---T-C-AC-TC------------------C--------GG--A-A-GT----CTGAC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--A----GGGAGG---AAGGTTCA--CTCTAGA
gi|117104                     :                                                                                                                                                                                                         --------GG--A-A-GT----CTAGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-ACC-TT-----C-CTCCC--TGG--G---GG---AAGGCTCA--CTCTAGAgctagacttcctc
gi|117105                     :                                       agtgacacttcactccggaagtctgacTG-AG-G-CTTC-CC--C--C---C---G-G-AA-G------C---------C-T--------GG-CT----CTA-G-AG--T--------G-A---GC---CT---T-C-CC--------------A------C--------GG--A-A-GC----CTGGC-T-CT-AG-A-G---T--GA-GCC-TT-----C-C-CCC--TGG--G---GG---AAGGTTCA--CTCTAGAtc
gi|117106                     :                                                                                                                                                                                                                                TGGC-T-CT-AT-G-G---T--GA-GTC-TT-----T-C-CAC--T----G---GGGGTAAGGTTTA--TTCTAGA
gi|117107                     :                                                    cttgaTCT-AG-AATG-AA-A-CTTC-A--------------A-GAGA-G------C--A----T-TAT--------GG-CT----CTA-T-AG--T--------G-A---GT---CT---C-T-CC-CC--------T--G------G--------GG--taacaccctcttaaaatctgactctagaa