lowQualScore                  :          222222           333333                                                                           1111111111111111111111                                                                                   
lowQualScore                  :     11 2 333333  5555555  444444 22 44444  222 55555 0 111 0    0 1 0    11111 0    11  00  1111 0 0  0    6666666666666666666666  00 2222  77777777    1   1111 0   1111 11 0 111  777777777   1 0    22  0 0  1   
lowQualScore                  :     .. . ......  .......  ...... .. .....  ... ..... . ... .    . . .    ..... .    ..  ..  .... . .  .    ......................  .. ....  ........    .   .... .   .... .. . ...  .........   . .    ..  . .  .   
lowQualScore                  :     77 4 888888  0000000  222222 33 00000  222 22222 7 222 7    7 4 7    77777 7    66  99  4444 7 7  7    4444444444444444444444  99 2222  88888888    4   5555 7   5555 88 7 333  222222222   6 8    00  9 9  0   
consensus                     : AAAA--T-TT--A--AA-------TA-----AT--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TCC-A-CGCC--CT-T-CA-ACT
Reference ( gi|45826 )        : AAAA--T-T---A--AA-------TA---G-AT--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45828                      : AAAA--T-T---A--AA-------TA---G-AT--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-AACA--GA--AA----T-G-GC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45827                      : AAAA--T-T---A--AA-------TA---G-AT--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-A-GAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAA-AT-------A------T---ATTA--C----TCT-------TTGT--CC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45829                      : AAAA--T-TT--A--AA-------TA------T--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C---T----A--T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--GT-T-CA-ATT
gi|45830                      : AAAA--T-TTG-G--AA-------TA------T--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-TAACTT-------A------T---T-TA--C----TCT-------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45833                      : AAGA--T-T---A--AA-------TA------T--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAGC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCA----C---T----A--T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-TA-ACT
gi|45835                      : AAAA--T-TTT-G--AA-------TA------T--T-----CT---A-----T-T---T-CCGA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---G-TA--C----TT--------TTTC-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TCG-A-TGTC--CT-T-CA-ACT
gi|45834                      : AAAACTT-T---G--AA-------TA------T--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-GC-CA--AT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTG--CCC----C-TAA----T--T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45836                      : AAAA--T-TTTAA--AA-------TA------T--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----T-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-CT--C----TT--------TTGT-CCC----C---T----A--T-T---TTG--------TTCAA-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45838                      : AAAA--T-T---TTTAA-------TA---A-----T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACT--AA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------TATAA-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---GTG--------TCA-A-TGCG--CT-T-CA-ACT
gi|45840                      : AAAA--T-TTT-G--AA-------TA------T--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-ATAAAT-----A-TACA--GA--AG----C-G-AA-CAACAT-------A------T---A-TATAC----TT--------GTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------CCC-A-TGCC--CT-T-CA-ATT
gi|45837                      : AAAA--T-TT--A--AA-------TA------T--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACTT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----
gi|45842                      : AAAA--T-T---A--AACACTTTATA---G-AT--------CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AACGACC-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CTC----C-TAT----A--T-T---T
gi|45843                      : AAAA--T-T---A--AA--------A---T-AT--T-----CTCAGA-----CAT---T-CCAA-A-G-AAAC-----G-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TA--C----TC--------TTAT-CCC----C-TAT----A--T-T---TCG--------TTC-A-CGCC--AT-T-CT-ACcaactccggccatt
gi|45845                      : AAAA--T-TT--A--AA-------TA-----AT--T-----CT---A-----T-T---T-C--A-A-G-AAAC-------TACA--GA--AA------G-AC-CAACAT-------A------T-----TA--C----TC--------TTGTATCT----C-TAT----A--T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--CT-T-
gi|45846                      : AAAA--TCT---A--AA-------TA------T--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-AGG-AAAC-----A-TACAT-GA--AT----C-G-AC-CAACAT-------A------T-----TA-------TC--------TTGT-CCC----C-TA----------T---CTG--------T-C-A-TGCCGGCT-T-CA-ACT
gi|45841                      : AAAA--T-TT--A--AA-------TA------T--T-----CT---A-----T-T---T-CCAAGA-A-AAAC-------TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------A---T-TA--C----TCGT------CTGT-CCC----C-TAT-------T-T---CT---------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-
gi|45849                      : AAAA--T-T---ATAAA-------GT---G-AT--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----C-G-AC-------------------------------------C--------CTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TTCAA-TGCCT-CT-T-CA-ACT
gi|45848                      : AAAA--T-T---A--AAG------TA---G-AT--T------T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----CGG-AC-C---------------------------------------------TGT-CCC-------AT----A--T-T---TTG--------TCC-A-TGCC-----T-CA-ACT
gi|45844                      : AAAA--T-T---A--AA-------TA------T--T-----CT---AAGCTAC-T---T-CCAA-A-A-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TC--------CTGT-CCC----C-TATATCAA--T-T---TCT--------TCT-A-CGCC--CT-T-
gi|45847                      : AAAA--T-A---A--AC-------TA-----AT--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TTCA--GA--AA----C-G-AG-CAACAT-------A------T---T-TA--C----TC--------GTGT-CCC----C-TAT----A--T-
gi|45851                      : AAAA--T-T---A--AA-------T----G-ATA-T-----GT---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----T-G-AC-TAAC--------------------C-TA--C----CC--------TTGT-CCC----C-AAC----A--T-T---TTC--------CCC-C-CGCC--TT-T-CC-AC
gi|45853                      : AAAA--T-TTT-G--AA-------TACACGTAT--T-----TT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAACGACCAA-CACA--TA--CA----T-GTATATAAT-T-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----ATTT-T---TTT--------TCC-A-TGTC--CT-T-CA-ACT
gi|45850                      : AAAA--T-TTTTA--AA-------TATTCG-AA--G-----CT---A-----T-T---T-CCAA-AAG-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAATTA-------A------A---A-TG--C----TC--------GTGC-CCC----T-TAT----A--T-T---TTAAAATTTCTCCC-A-CACC--CT-T-CT-AC
gi|45839                      : AAAA--T-T---TTTAA-------TA------T--T-----CT---A-----T---------AC-A-A-AAAC-----A-TACA---A--AA----C---AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT--CC----C-TAT----A--T-T---GTG--------TCA-A-TG-C--CT-C-CA-
gi|45855                      : AAAA--T-TTT-G--AA-------TA------T--T-----CT---A-----C-T---T-CCAA-T-G-AAAC-----A-TACA--GA--AG----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TT
gi|45852                      : AAAA--T-TC--A--AA-------TA------T--TGCAAGCT---A-----T-T---C-TAAA-A-G-AAAC-----A-AACA--GA--AA----C-G-AC-CAAAA--------A-------------G--C----TC--------TTGT-CCC----CTTAT----A--T-T---TAT--------TCC-A-CGCT--CT-T-C
gi|45858                      : AAAA--T-TTT-A--AA-------TA---C--T--T-----CT---AAGCTAT-T---T-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----C-G-A--CAACA--------A-------------A--C----TC--------TT-T-CCC----C-TAT----A--T-T--------------TCC-A-TGTC--CTCT-CACACT
gi|45856                      : AAAA--T-TTT-G--AA-------TA-----AT--T-----CT---A-----C-T---T-CAAT-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AG----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TT
gi|45857                      : AAAA--T-TT--A--AA-------TA------T--T-----CTGA-A-----T-TCATT-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-TAAC--------------------A-TA--C----TCGAGACGGGTTGT-TTC----C-GAT----A--G-T---AC---------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45859                      : AAAA--TCT---A--AA-------TA------T--T-----CT---AAGCTAT-T---T-CCAA-A-G-AACC-----A-TACA--GA--AA----T-A-AC-CAAC--------------------G-TG--C----TC--------TTGC-GTC----C-TAT----A--T-T---
gi|45861                      :     --T-T---A--AA-------TA------T--T-----TG---C-----T-T---T-CCCA-A-G-CAAG-----A-TACA--GA--AG----C-G-AC-CAACATCT-----A------T---A-TA--C----TC--------TTAC-TCC----C-T-T-------T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACTcattttcttccacgttattctac
gi|45864                      :     --T-T---A--AA-------TATTCG-ATAAG-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TCCAGG----TTGT-CTC----C-GAT----A--G-C---TAT--------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45866                      :     --T-T---A--AA-------TA------T--TATAAACT---G-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TATA--GT--AA----G-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TCAAGA----TTG--CCC----C-GAT----A--G-T---TGC--------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45868                      :              --AA-------TA---G-AT--T-----AT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-A----------------------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-AC
gi|45832                      :                               -AT--T-----CT---A-----T-T---C-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TGT----A--T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-CA-ACT
gi|45831                      :                    aaaattttgat-AT--T-----CT---A-----T-T---C-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TGT----A--T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-CA-ACT
gi|45871                      :                    aaaattttgat-AT--T-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACG--GA--AA----C-G-AC-CAATAT-------A------T---A-TA--CTCGATC--------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TTC-A-TGCC--CT-T-CA-
gi|45873                      :                             at-AT--T-----CT---A-----T-T---TTCCAA-A-G-AA-C-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA-------TC--------TTGTCCCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TCA-A-TGCC--CT-TCCA-ACT
gi|45872                      :                              t-AT--T-----CT---A-----T-T---T-CTAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--CT---TT--------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------T--------C--CT-T-CA-ACT
gi|45874                      :                             at-AT--T-----TT---A-----A-A---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACATGCTCAAGA------C---A-TG--C----T----------------C----C-GAT----A--G-T---TTC--------TCC-A-CG-C--CT-T-CT-AC
gi|45875                      :                                  --T-----CT---A-----T-T---T-CC-A-A-G-AAAC-----AGTATC--GAAGAA----C-G-AC-TAACAT-------A---------------------CC--------TTGT-CCC----T-TAC-------T-T---TTT--------TTC-A-CGC
gi|45860                      :                                     -----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-GAAC-----A-TACAGGGA--AA----C-G-AC-CAACAT------------------------T----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---C----------TCC-A-CGCC--CT-T-C
gi|45869                      :                      ttgaaatattctcgg-----CT---A-----T-T---T-CCTA-A-G-AAAC-----A-CACC--AA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TA--C----CC--------TTGT---C----C-TAT----A--T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--CT-T-C
gi|45854                      :                        aaaatattctaag-----CT---A-----T-T-----CCAA-G-G-AAAC-----G-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------G------T--------------TC--------TTGT-CCC----C-TAG----A--T-T---TCT--------TCT-A-CGCC--AT-T-CT-AC
gi|45863                      :                  aaaattttaatgttctaag-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A---AAGC-----A-TACA--AA--AA----C-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CTC----C-TAC----A--T-T---CTT--------CCC-G-TGCC--CT-T-CC-AC
gi|45876                      :                           ttaatctaag-----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TCCA--GA--AA----C-G-AC-CGAC--------------------A-TG--C----TC--------TTGT-CCC----C-TTT----G--T-T---
gi|45870                      :                                     -----CT---A-----T-T---T-CCAG-A-G-AAAC-----A-AACA--AA--AA----C-G-AT-CGACATG------A------T-----TG--T----CC--------GTGT-CTC----A-TAT----C--T-T---TTC--------CCC-A-TGCC--CT-T-CT-ACaattaatttcttccaacccct
gi|45867                      :                        aaaatattctaaa-----CT---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GG--AA----C-A-AC-TAACAT-------ACTGGTGT---G-TA--C----TT--------TTGT-CCCATGGG-TAC----A--T-T---TTT--------TC
gi|45877                      :                           ttaatctaag-----CT---A-----T-T---T-TCAA-A-G-AAAT-----A-TGCA--GA--AA----C-G-AC-CAGC--------------------A-TG--C----TT--------TTGT-CCC----
gi|45878                      :                                     -----CT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--AA--AA----A-G-AC-CAACAT-------A------
gi|45879                      :                                           T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AA--------------------A----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----AC--------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACTc
gi|45862                      :                                           T---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--AT----C-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A--T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45880                      :                                ttaatttaagtT---A-----T-T---T-CCAG-A-G-AAAC-----A-TACA--AA--AA----T-G-AC-CAGC--------------------A-CA--C----CC--------TTAT-CCC----C-TAC----A--TAT---TTT--------TCC-A-TGTC--CT-T-TA-
gi|45881                      :                                           T---A-----T-T---T-TCAA---G-AAAT-----A-TATA--GA--AA----C-G-AT-TAAC--------------------A-TA--C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A--T-T---TT---------TCC-A-CGCC--CT-T-CC-AC
gi|45865                      :                                           T---A-----T-T---T-CCAT---G-AAAC-----A-TACA--GA--AT----C-G-AC-TAACAT-------A------T---A-T---C----T---------TTGT-CCC----C-TAC----AT-T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45882                      :                                ttaatctaaatT---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----T-G-AT-CAAC--------------------A-TG--C----TC--------TTGT-TCC----C-TAT----A--T-TAACTTC--------TTC-AGCGCA--CT-T-C
gi|45883                      :                                            ---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--TT----A-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A--T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--C
gi|45884                      :                                                -----T-T---T-TGAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TA--------TTGT-CCC----C-TAT----A--T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45885                      :                                                                                        A--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T--------------TC--------TTGT-CCA----C-TAT----A--T-T---TTC--------TCC-A-CGCC--CC-T-CT-AC





Alignments
lowQualScore                  :                  111111           222222                                                                               1111111111111111111111                                                                                      
lowQualScore                  :                1 000000 222222 2  444444 0 33333 11111 222 66666 1 111 0    0 0 1    11111 0    11  00  1111 0 0  0    5555555555555555555555  00 2222  77777777    1   1111 0   1111 33333 0 111  777777777   1 0    11  0 0  1   
lowQualScore                  :                . ...... ...... .  ...... . ..... ..... ... ..... . ... .    . . .    ..... .    ..  ..  .... . .  .    ......................  .. ....  ........    .   .... .   .... ..... . ...  .........   . .    ..  . .  .   
lowQualScore                  :                0 999999 999999 0  888888 9 88888 88888 222 33333 4 222 7    7 7 4    77777 7    66  99  4444 7 7  7    3333333333333333333333  99 1111  66666666    4   5555 7   5555 55555 7 333  000000000   6 8    99  9 9  0   
consensus                     :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-CGCC--CT-T-CA-ACT
Reference ( family-369 )      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-CGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45826                      :           AAAAT-T----A-A------A-TAG----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45827                      :           AAAAT-T----A-A------A-TAG----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-A-GAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAA-AT-------A------T---ATTA--C----TCT-------TTGT--CC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45828                      :           AAAAT-T----A-A------A-TAG----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-AACA--GA--AA----T-G-GC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45829                      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C---T----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--GT-T-CA-ATT
gi|45830                      :           AAAAT-T-T--GGA------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-TAACTT-------A------T---T-TA--C----TCT-------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45831                      :           AAAAT-T-T--T-G------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---C-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TGT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-CA-ACT
gi|45832                      :           AAAAT-T-T--T-G------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---C-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TGT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-CA-ACT
gi|45833                      :                -T-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAGC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCA----C---T----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-TA-ACT
gi|45834                      :       aagaAAACT-T-T--G-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-GC-CA--AT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTG--CCC----C-TAA----T-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45835                      :          aAAAAT-T-TT-G-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCGA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---G-TA--C----TT--------TTTC-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCG-A-TGTC--CT-T-CA-ACT
gi|45836                      :           AAAAT-T-TTAA-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----T-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-CT--C----TT--------TTGT-CCC----C---T----A-----T-T---TTG--------TTCAA-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45837                      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACTT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----
gi|45838                      :           AAAAT-T-T--TTA------A-TA-----AT-------C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACT--AA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------TATAA-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---GTG--------TCA-A-TGCG--CT-T-CA-ACT
gi|45839                      :           AAAAT-T-T--TTA------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T---------AC-A-A-AAAC-----A-TACA---A--AA----C---AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT--CC----C-TAT----A-----T-T---GTG--------TCA-A-TG-C--CT-C-CA-A
gi|45840                      :           AAAAT-T-TT-G-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-ATAAAT-----A-TACA--GA--AG----C-G-AA-CAACAT-------A------T---A-TATAC----TT--------GTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------CCC-A-TGCC--CT-T-CA-ATT
gi|45841                      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAAGA-A-AAAC-------TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------A---T-TA--C----TCGT------CTGT-CCC----C-TAT----------T-T---CT---------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-
gi|45842                      :           AAAAT-T-A--A-ACACTTTA-TA-----GA-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AACGACC-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CTC----C-TAT----A-----T-T---T
gi|45843                      :           AAAAT-T-A--A-A------A-TA------T-T-----C-----TCAGA-----CAT---T-CCAA-A-G-AAAC-----G-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TA--C----TC--------TTAT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TCG--------TTC-A-CGCC--AT-T-CT-ACcaactccggccatt
gi|45844                      :           AAAAT-T----A-A------A-TA------T-T-----C-----T---AAGCTAC-T---T-CCAA-A-A-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TC--------CTGT-CCC----C-TATATCAA-----T-T---TCT--------TCT-A-CGCC--CT-T-
gi|45845                      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-C--A-A-G-AAAC-------TACA--GA--AA------G-AC-CAACAT-------A------T-----TA--C----TC--------TTGTATCT----C-TAT----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--CT-T-
gi|45846                      :           AAAAT-C-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-GGAAAC-----A-TACAT-GA--AT----C-G-AC-CAACAT-------A------T-----TA-------TC--------TTGT-CCC----C-TA-------------T---CTG--------T-C-A-TGCCGGCT-T-CA-ACT
gi|45847                      :           AAAAT------A-A------ACTA-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TTCA--GA--AA----C-G-AG-CAACAT-------A------T---T-TA--C----TC--------GTGT-CCC----C-TAT----A-----T-
gi|45848                      :           AAAAT-T-A--A-A------G-TA-----GA-T-----T-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----CGG-AC-C---------------------------------------------TGT-CCC-------AT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC-----T-CA-ACT
gi|45849                      :           AAAAT-TAT--A-A------AGTG-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----C-G-AC-------------------------------------C--------CTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TTCAA-TGCCT-CT-T-CA-ACT
gi|45850                      :           AAAAT-T-TTTA-A------A-TA------T-T-----CGAAGCT---A-----T-T---T-CCAA-AAG-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAATTA-------A------A---A-TG--C----TC--------GTGC-CCC----T-TAT----A-----T-T---TTAAAATTTCTCCC-A-CACC--CT-T-CT-AC
gi|45851                      :           AAAAT-T----A-A------A-TG-----ATAT-----G-----T---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----T-G-AC-TAAC--------------------C-TA--C----CC--------TTGT-CCC----C-AAC----A-----T-T---TTC--------CCC-C-CGCC--TT-T-CC-AC
gi|45852                      :           AAAAT-T-C--A-A------A-TA------T-TGCAAGC-----T---A-----T-T---C-TAAA-A-G-AAAC-----A-AACA--GA--AA----C-G-AC-CAAAA--------A-------------G--C----TC--------TTGT-CCC----CTTAT----A-----T-T---TAT--------TCC-A-CGCT--CT-T-C
gi|45853                      :           AAAAT-T-TT-G-A------A-TACACGTAT-T-----T-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAACGACCAA-CACA--TA--CA----T-GTATATAAT-T-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----ATT---T-T---TTT--------TCC-A-TGTC--CT-T-CA-ACT
gi|45854                      :           AAAAT-T-T--T-A------A-TG------T-T-----C-----T---AAGC--TAT---T-CCAA-G-G-AAAC-----G-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------G------T--------------TC--------TTGT-CCC----C-TAG----A-----T-T---TCT--------TCT-A-CGCC--AT-T-CT-AC
gi|45855                      :           AAAAT-T-TT-G-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----C-T---T-CCAA-T-G-AAAC-----A-TACA--GA--AG----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TT
gi|45856                      :           AAAAT-T-TT-G-A------A-TA-----AT-T-----C-----T---A-----C-T---T-CAAT-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AG----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TT
gi|45857                      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----TGA-A-----T-TCATT-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-TAAC--------------------A-TA--C----TCGAGACGGGTTGT-TTC----C-GAT----A-----G-T---AC---------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45858                      :           AAAAT-T-TT-A-A------A-TA-----CT-T-----C-----T---AAGCTAT-T---T-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----C-G-A--CAACA--------A-------------A--C----TC--------TT-T-CCC----C-TAT----A-----T-T--------------TCC-A-TGTC--CTCT-CACACT
gi|45859                      :           AAAAT-C-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---AAGCTAT-T---T-CCAA-A-G-AACC-----A-TACA--GA--AA----T-A-AC-CAAC--------------------G-TG--C----TC--------TTGC-GTC----C-TAT----ATTCATT-T---TCT--------TCC-A-CGTT--AT-T-CT-AC
gi|45860                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-GAAC-----A-TACAGGGA--AA----C-G-AC-CAACAT------------------------T----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---C----------TCC-A-CGCC--CT-T-C
gi|45861                      : ttgaaatattctcgg-T-T--A-A------A-TA------T-T-----T-----G---C-----T-T---T-CCCA-A-G-CAAG-----A-TACA--GA--AG----C-G-AC-CAACATCT-----A------T---A-TA--C----TC--------TTAC-TCC----C-T-T----------T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45862                      :             AAT-T-T--A-A------G-T---------------------T---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--AT----C-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45863                      :                                          tt-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A---AAGC-----A-TACA--AA--AA----C-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CTC----C-TAC----A-----T-T---CTT--------CCC-G-TGCC--CT-T-CC-AC
gi|45864                      :  ttaatctaagAAATAT-T--C-G------A-TA-----AG-------C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TCCAGG----TTGT-CTC----C-GAT----A-----G-C---TAT--------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45865                      :           ttAAT-C-T--A-A------A-T---------------------T---A-----T-T---T-CCAT---G-AAAC-----A-TACA--GA--AT----C-G-AC-TAACAT-------A------T---A-T---C----T---------TTGT-CCC----C-TAC----AT----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45866                      :              tt-T-T--A-A------A-TA------T-TATAAAC-----T---G-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TATA--GT--AA----G-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TCAAGA----TTG--CCC----C-GAT----A-----G-T---TGC--------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45867                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GG--AA----C-A-AC-TAACAT-------ACTGGTGT---G-TA--C----TT--------TTGT-CCCATGGG-TAC----A-----T-T---TTT--------TC
gi|45868                      :             ttaatctaag-A------A-TAG----AT-T-----A-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-A----------------------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-AC
gi|45869                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-CCTA-A-G-AAAC-----A-CACC--AA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TA--C----CC--------TTGT---C----C-TAT----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--CT-T-C
gi|45870                      :                               aaaatattctaag-----C-----T---A-----T-T---T-CCAG-A-G-AAAC-----A-AACA--AA--AA----C-G-AT-CGACATG------A------T-----TG--T----CC--------GTGT-CTC----A-TAT----C-----T-T---TTC--------CCC-A-TGCC--CT-T-CT-AC
gi|45871                      :                      aaaatattctaaa-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACG--GA--AA----C-G-AC-CAATAT-------A------T---A-TA--CTCGATC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TTC-A-TGCC--CT-T-CA-
gi|45872                      :                                 at-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CTAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--CT---TT--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------T--------C--CT-T-CA-ACT
gi|45873                      :                                 at-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---TTCCAA-A-G-AA-C-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA-------TC--------TTGTCCCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCA-A-TGCC--CT-TCCA-ACT
gi|45874                      :                                  t-----AT-T-----T-----T---A-----A-A---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACATGCTCAAGA------C---A-TG--C----T----------------C----C-GAT----A-----G-T---TTC--------TCC-A-CG-C--CT-T-CT-AC
gi|45875                      :                                          -T-----C-----T---A-----T-T---T-CC-A-A-G-AAAC-----AGTATC--GAAGAA----C-G-AC-TAACAT-------A---------------------CC--------TTGT-CCC----T-TAC----------T-T---TTT--------TTC-A-CGC
gi|45876                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TCCA--GA--AA----C-G-AC-CGAC--------------------A-TG--C----TC--------TTGT-CCC----C-TTT----G-----T-T---
gi|45877                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-TCAA-A-G-AAAT-----A-TGCA--GA--AA----C-G-AC-CAGC--------------------A-TG--C----TT--------TTGT-CCC----aattaatttcttccaacccct
gi|45878                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--AA--AA----A-G-AC-CAACAT-------A------
gi|45879                      :                                                  -----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AA--------------------A----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----AC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACTc
gi|45880                      :                                                  -----T---A-----T-T---T-CCAG-A-G-AAAC-----A-TACA--AA--AA----T-G-AC-CAGC--------------------A-CA--C----CC--------TTAT-CCC----C-TAC----A-----TAT---TTT--------TCC-A-TGTC--CT-T-TA-
gi|45881                      :                                                  -----T---A-----T-T---T-TCAA---G-AAAT-----A-TATA--GA--AA----C-G-AT-TAAC--------------------A-TA--C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A-----T-T---TT---------TCC-A-CGCC--CT-T-CC-AC
gi|45882                      :                                                  -----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----T-G-AT-CAAC--------------------A-TG--C----TC--------TTGT-TCC----C-TAT----A-----T-TAACTTC--------TTC-AGCGCA--CT-T-C
gi|45883                      :                                                        ---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--TT----A-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45884                      :                                                            -----T-T---T-TGAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TA--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45885                      :                                                                                                    A--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T--------------TC--------TTGT-CCA----C-TAT----A-----T-T---TTC--------TCC-A-CGCC--CC-T-CT-AC





Alignments
lowQualScore                  :                  111111           222222                                                                               1111111111111111111111                                                                                      
lowQualScore                  :                1 000000 222222 2  444444 0 33333 11111 222 66666 1 111 0    0 0 1    11111 0    11  00  1111 0 0  0    5555555555555555555555  00 2222  77777777    1   1111 0   1111 33333 0 111  777777777   1 0    11  0 0  1   
lowQualScore                  :                . ...... ...... .  ...... . ..... ..... ... ..... . ... .    . . .    ..... .    ..  ..  .... . .  .    ......................  .. ....  ........    .   .... .   .... ..... . ...  .........   . .    ..  . .  .   
lowQualScore                  :                0 999999 999999 0  888888 9 88888 88888 222 33333 4 222 7    7 7 4    77777 7    66  99  4444 7 7  7    3333333333333333333333  99 1111  66666666    4   5555 7   5555 55555 7 333  000000000   6 8    99  9 9  0   
consensus                     :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-CGCC--CT-T-CA-ACT
Reference ( family-369 )      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-CGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45826                      :           AAAAT-T----A-A------A-TAG----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45827                      :           AAAAT-T----A-A------A-TAG----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-A-GAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAA-AT-------A------T---ATTA--C----TCT-------TTGT--CC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45828                      :           AAAAT-T----A-A------A-TAG----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-AACA--GA--AA----T-G-GC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45829                      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C---T----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--GT-T-CA-ATT
gi|45830                      :           AAAAT-T-T--GGA------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-TAACTT-------A------T---T-TA--C----TCT-------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45831                      :           AAAAT-T-T--T-G------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---C-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TGT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-CA-ACT
gi|45832                      :           AAAAT-T-T--T-G------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---C-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TGT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-CA-ACT
gi|45833                      :                -T-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAGC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCA----C---T----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-TA-ACT
gi|45834                      :       aagaAAACT-T-T--G-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-GC-CA--AT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTG--CCC----C-TAA----T-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45835                      :          aAAAAT-T-TT-G-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCGA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---G-TA--C----TT--------TTTC-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCG-A-TGTC--CT-T-CA-ACT
gi|45836                      :           AAAAT-T-TTAA-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----T-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-CT--C----TT--------TTGT-CCC----C---T----A-----T-T---TTG--------TTCAA-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45837                      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACTT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----
gi|45838                      :           AAAAT-T-T--TTA------A-TA-----AT-------C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACT--AA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------TATAA-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---GTG--------TCA-A-TGCG--CT-T-CA-ACT
gi|45839                      :           AAAAT-T-T--TTA------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T---------AC-A-A-AAAC-----A-TACA---A--AA----C---AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT--CC----C-TAT----A-----T-T---GTG--------TCA-A-TG-C--CT-C-CA-A
gi|45840                      :           AAAAT-T-TT-G-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-ATAAAT-----A-TACA--GA--AG----C-G-AA-CAACAT-------A------T---A-TATAC----TT--------GTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------CCC-A-TGCC--CT-T-CA-ATT
gi|45841                      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAAGA-A-AAAC-------TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------A---T-TA--C----TCGT------CTGT-CCC----C-TAT----------T-T---CT---------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-
gi|45842                      :           AAAAT-T-A--A-ACACTTTA-TA-----GA-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AACGACC-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CTC----C-TAT----A-----T-T---T
gi|45843                      :           AAAAT-T-A--A-A------A-TA------T-T-----C-----TCAGA-----CAT---T-CCAA-A-G-AAAC-----G-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TA--C----TC--------TTAT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TCG--------TTC-A-CGCC--AT-T-CT-ACcaactccggccatt
gi|45844                      :           AAAAT-T----A-A------A-TA------T-T-----C-----T---AAGCTAC-T---T-CCAA-A-A-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TC--------CTGT-CCC----C-TATATCAA-----T-T---TCT--------TCT-A-CGCC--CT-T-
gi|45845                      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-C--A-A-G-AAAC-------TACA--GA--AA------G-AC-CAACAT-------A------T-----TA--C----TC--------TTGTATCT----C-TAT----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--CT-T-
gi|45846                      :           AAAAT-C-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-GGAAAC-----A-TACAT-GA--AT----C-G-AC-CAACAT-------A------T-----TA-------TC--------TTGT-CCC----C-TA-------------T---CTG--------T-C-A-TGCCGGCT-T-CA-ACT
gi|45847                      :           AAAAT------A-A------ACTA-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TTCA--GA--AA----C-G-AG-CAACAT-------A------T---T-TA--C----TC--------GTGT-CCC----C-TAT----A-----T-
gi|45848                      :           AAAAT-T-A--A-A------G-TA-----GA-T-----T-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----CGG-AC-C---------------------------------------------TGT-CCC-------AT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC-----T-CA-ACT
gi|45849                      :           AAAAT-TAT--A-A------AGTG-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----C-G-AC-------------------------------------C--------CTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TTCAA-TGCCT-CT-T-CA-ACT
gi|45850                      :           AAAAT-T-TTTA-A------A-TA------T-T-----CGAAGCT---A-----T-T---T-CCAA-AAG-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAATTA-------A------A---A-TG--C----TC--------GTGC-CCC----T-TAT----A-----T-T---TTAAAATTTCTCCC-A-CACC--CT-T-CT-AC
gi|45851                      :           AAAAT-T----A-A------A-TG-----ATAT-----G-----T---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----T-G-AC-TAAC--------------------C-TA--C----CC--------TTGT-CCC----C-AAC----A-----T-T---TTC--------CCC-C-CGCC--TT-T-CC-AC
gi|45852                      :           AAAAT-T-C--A-A------A-TA------T-TGCAAGC-----T---A-----T-T---C-TAAA-A-G-AAAC-----A-AACA--GA--AA----C-G-AC-CAAAA--------A-------------G--C----TC--------TTGT-CCC----CTTAT----A-----T-T---TAT--------TCC-A-CGCT--CT-T-C
gi|45853                      :           AAAAT-T-TT-G-A------A-TACACGTAT-T-----T-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAACGACCAA-CACA--TA--CA----T-GTATATAAT-T-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----ATT---T-T---TTT--------TCC-A-TGTC--CT-T-CA-ACT
gi|45854                      :           AAAAT-T-T--T-A------A-TG------T-T-----C-----T---AAGC--TAT---T-CCAA-G-G-AAAC-----G-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------G------T--------------TC--------TTGT-CCC----C-TAG----A-----T-T---TCT--------TCT-A-CGCC--AT-T-CT-AC
gi|45855                      :           AAAAT-T-TT-G-A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----C-T---T-CCAA-T-G-AAAC-----A-TACA--GA--AG----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TT
gi|45856                      :           AAAAT-T-TT-G-A------A-TA-----AT-T-----C-----T---A-----C-T---T-CAAT-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AG----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TT
gi|45857                      :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----TGA-A-----T-TCATT-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-TAAC--------------------A-TA--C----TCGAGACGGGTTGT-TTC----C-GAT----A-----G-T---AC---------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45858                      :           AAAAT-T-TT-A-A------A-TA-----CT-T-----C-----T---AAGCTAT-T---T-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----C-G-A--CAACA--------A-------------A--C----TC--------TT-T-CCC----C-TAT----A-----T-T--------------TCC-A-TGTC--CTCT-CACACT
gi|45859                      :           AAAAT-C-T--A-A------A-TA------T-T-----C-----T---AAGCTAT-T---T-CCAA-A-G-AACC-----A-TACA--GA--AA----T-A-AC-CAAC--------------------G-TG--C----TC--------TTGC-GTC----C-TAT----ATTCATT-T---TCT--------TCC-A-CGTT--AT-T-CT-AC
gi|45860                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-GAAC-----A-TACAGGGA--AA----C-G-AC-CAACAT------------------------T----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---C----------TCC-A-CGCC--CT-T-C
gi|45861                      : ttgaaatattctcgg-T-T--A-A------A-TA------T-T-----T-----G---C-----T-T---T-CCCA-A-G-CAAG-----A-TACA--GA--AG----C-G-AC-CAACATCT-----A------T---A-TA--C----TC--------TTAC-TCC----C-T-T----------T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45862                      :             AAT-T-T--A-A------G-T---------------------T---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--AT----C-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45863                      :                                          tt-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A---AAGC-----A-TACA--AA--AA----C-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CTC----C-TAC----A-----T-T---CTT--------CCC-G-TGCC--CT-T-CC-AC
gi|45864                      :  ttaatctaagAAATAT-T--C-G------A-TA-----AG-------C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TCCAGG----TTGT-CTC----C-GAT----A-----G-C---TAT--------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45865                      :           ttAAT-C-T--A-A------A-T---------------------T---A-----T-T---T-CCAT---G-AAAC-----A-TACA--GA--AT----C-G-AC-TAACAT-------A------T---A-T---C----T---------TTGT-CCC----C-TAC----AT----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45866                      :              tt-T-T--A-A------A-TA------T-TATAAAC-----T---G-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TATA--GT--AA----G-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TCAAGA----TTG--CCC----C-GAT----A-----G-T---TGC--------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45867                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GG--AA----C-A-AC-TAACAT-------ACTGGTGT---G-TA--C----TT--------TTGT-CCCATGGG-TAC----A-----T-T---TTT--------TC
gi|45868                      :             ttaatctaag-A------A-TAG----AT-T-----A-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-A----------------------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-AC
gi|45869                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-CCTA-A-G-AAAC-----A-CACC--AA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TA--C----CC--------TTGT---C----C-TAT----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--CT-T-C
gi|45870                      :                               aaaatattctaag-----C-----T---A-----T-T---T-CCAG-A-G-AAAC-----A-AACA--AA--AA----C-G-AT-CGACATG------A------T-----TG--T----CC--------GTGT-CTC----A-TAT----C-----T-T---TTC--------CCC-A-TGCC--CT-T-CT-AC
gi|45871                      :                      aaaatattctaaa-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACG--GA--AA----C-G-AC-CAATAT-------A------T---A-TA--CTCGATC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TTC-A-TGCC--CT-T-CA-
gi|45872                      :                                 at-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CTAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--CT---TT--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------T--------C--CT-T-CA-ACT
gi|45873                      :                                 at-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---TTCCAA-A-G-AA-C-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA-------TC--------TTGTCCCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCA-A-TGCC--CT-TCCA-ACT
gi|45874                      :                                  t-----AT-T-----T-----T---A-----A-A---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACATGCTCAAGA------C---A-TG--C----T----------------C----C-GAT----A-----G-T---TTC--------TCC-A-CG-C--CT-T-CT-AC
gi|45875                      :                                          -T-----C-----T---A-----T-T---T-CC-A-A-G-AAAC-----AGTATC--GAAGAA----C-G-AC-TAACAT-------A---------------------CC--------TTGT-CCC----T-TAC----------T-T---TTT--------TTC-A-CGC
gi|45876                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TCCA--GA--AA----C-G-AC-CGAC--------------------A-TG--C----TC--------TTGT-CCC----C-TTT----G-----T-T---
gi|45877                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-TCAA-A-G-AAAT-----A-TGCA--GA--AA----C-G-AC-CAGC--------------------A-TG--C----TT--------TTGT-CCC----aattaatttcttccaacccct
gi|45878                      :                                            -----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--AA--AA----A-G-AC-CAACAT-------A------
gi|45879                      :                                                  -----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AA--------------------A----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----AC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACTc
gi|45880                      :                                                  -----T---A-----T-T---T-CCAG-A-G-AAAC-----A-TACA--AA--AA----T-G-AC-CAGC--------------------A-CA--C----CC--------TTAT-CCC----C-TAC----A-----TAT---TTT--------TCC-A-TGTC--CT-T-TA-
gi|45881                      :                                                  -----T---A-----T-T---T-TCAA---G-AAAT-----A-TATA--GA--AA----C-G-AT-TAAC--------------------A-TA--C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A-----T-T---TT---------TCC-A-CGCC--CT-T-CC-AC
gi|45882                      :                                                  -----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----T-G-AT-CAAC--------------------A-TG--C----TC--------TTGT-TCC----C-TAT----A-----T-TAACTTC--------TTC-AGCGCA--CT-T-C
gi|45883                      :                                                        ---A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--TT----A-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45884                      :                                                            -----T-T---T-TGAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TA--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45885                      :                                                                                                    A--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T--------------TC--------TTGT-CCA----C-TAT----A-----T-T---TTC--------TCC-A-CGCC--CC-T-CT-AC


blockSeqs                     :                A TTAA   CACTTT C  CACGTA   GCAAG GAAGC CAG AGCTA A CAT          T    GACCA      GG      CGAC           ATGCTCAAGACA               TCGA  GAGACGGG    A   ATGG     ATCA TTCAT   AAC  AAAATTTCT   A      GG
blockSeqs                     :                . TTTA   .      G  GA       ATAAA .     GA  AGCTA A .            G    .          T       .              ATACTGGTGTG                T     CAGG        C   .        .    TT      .    G           A      T 
blockSeqs                     :                . TGG    .      .  GA       .     .     .   AGCTA . .            .    .          .       .              ATATATAA                   .     AAGA        .   .        .    T       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TTG    .      .  GA       .     .     .   AGC   . .            .    .          .       .              ATCTATA                    .     GT          .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TTT    .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATAT                     .     T           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TTT    .      .  G        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     T           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TTG    .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . ATA    .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              TTATT                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TTG    .      .  G        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TTG    .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TTG    .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TTA    .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  C        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATG                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TT     .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TT     .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              TTATA                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . TG     .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  A        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATAAT                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . AA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATT                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . AA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              TAAAA                      .     .           .   .        .    .       .    C           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . AA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . CA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATGAT                      .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . TT     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATATA                      .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . TC     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATAT                       .     .           .   .        .    .       .    C           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATAT                       .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . TA     .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              TATA                       .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . A      .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATGT                       .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                . A      .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATAT                       .     .           .   .        .    .       .    C           .      . 
blockSeqs                     :                . A      .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATA                        .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . A      .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATA                        .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                . A      .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATA                        .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                         .      .  .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              ATA                        .     .           .   .        .    .       .    C           .      . 
blockSeqs                     :                                   .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              AA                         .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                                   .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              AA                         .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                                   .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              AT                         .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                                   .        .     .     .   .     . .            .    .          .       .              TA                         .     .           .   .        .    .       .    C           .      . 
blockSeqs                     :                                            .     .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .        .    .       .    T           .      . 
blockSeqs                     :                                            .     .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .        .    .       .    G           .      . 
blockSeqs                     :                                            .     .     .   .     . .            .    .          .       .              C                          .     .           .   .        .    .       .    C           .      . 
blockSeqs                     :                                            .     .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .        .    .       .    .           .      . 
blockSeqs                     :                                            .     .     .   .     . .            .    .          .       .              G                          .     .           .   .        .    .       .    .           .      . 
blockSeqs                     :                                            .     .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .        .    .       .    .           .      . 
blockSeqs                     :                                            .     .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .        .    .       .    .           .        
blockSeqs                     :                                            .     .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .        .    .       .    .                    
blockSeqs                     :                                            .     .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .        .    .       .                         
blockSeqs                     :                                                  .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .        .    .       .                         
blockSeqs                     :                                                  .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .        .    .                                 
blockSeqs                     :                                                  .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .        .                                      
blockSeqs                     :                                                  .     .   .     . .            .    .          .       .              A                          .     .           .   .                                               
blockSeqs                     :                                                        .   .     . .            .    .          .       .              .                          .     .                                                               
blockSeqs                     :                                                            .     . .            .    .          .       .              .                          .     .                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                         .                                                                                                               


blockSeqCons                  :                  TA****           ******
originalCons                  :           AAAAT-T-T--A-A------A-TA-----AT-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-CGCC--CT-T-CA-ACT
finalCons                     :           AAAAT-TTA----A------A-TA------T-T-----C-----T---A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-CGCC--CT-T-CA-ACT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                 1111111111111111111111                                                                                      
lowQualScore                  :                        9999 2  33333 22 55 333 555555 4444444 33333 88888 1 111 0    0 1 0    11111 0    11  00  1111 0 0  0    5555555555555555555555  00 2222  77777777    1   1111 0   1111 33333 0 111  777777777   1 0    11  0 0  1   
lowQualScore                  :                        .... .  ..... .. .. ... ...... ....... ..... ..... . ... .    . . .    ..... .    ..  ..  .... . .  .    ......................  .. ....  ........    .   .... .   .... ..... . ...  .........   . .    ..  . .  .   
lowQualScore                  :                        2222 8  00000 88 00 000 999999 0000000 99999 00000 4 222 7    7 4 7    77777 7    66  99  4444 7 7  7    3333333333333333333333  99 1111  66666666    4   5555 7   5555 55555 7 333  000000000   6 8    99  9 9  0   
consensus                     :                  AAAATT-T--A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-CGCC--CT-T-CA-ACT
Reference ( family-369 )      :                  AAAATT-T--A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-CGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45826                      :                  AAAATT----A-AA-----T--AGAT---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45827                      :                  AAAATT----A-AA-----T--AGAT---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-A-GAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAA-AT-------A------T---ATTA--C----TCT-------TTGT--CC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45828                      :                  AAAATT----A-AA-----T--AGAT---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-AACA--GA--AA----T-G-GC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45829                      :                  AAAATT-T--A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C---T----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--GT-T-CA-ATT
gi|45830                      :                  AAAATT-T--GGAA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-TAACTT-------A------T---T-TA--C----TCT-------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45831                      :                  AAAATT-T--T-GA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---C-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TGT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-CA-ACT
gi|45832                      :                  AAAATT-T--T-GA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---C-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TGT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-CA-ACT
gi|45833                      :                       T-T--A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAGC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCA----C---T----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TG-T--CT-T-TA-ACT
gi|45834                      :              aagaAAACTT-T--G-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-GC-CA--AT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTG--CCC----C-TAA----T-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45835                      :                 aAAAATT-TT-G-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCGA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---G-TA--C----TT--------TTTC-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCG-A-TGTC--CT-T-CA-ACT
gi|45836                      :                  AAAATT-TTAA-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----T-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-CT--C----TT--------TTGT-CCC----C---T----A-----T-T---TTG--------TTCAA-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45837                      :                  AAAATT-T--A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACTT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----
gi|45838                      :                  AAAATT-T--TTAA-----T--A--A---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACT--AA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------TATAA-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---GTG--------TCA-A-TGCG--CT-T-CA-ACT
gi|45839                      :                  AAAATT-T--TTAA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T---------AC-A-A-AAAC-----A-TACA---A--AA----C---AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT--CC----C-TAT----A-----T-T---GTG--------TCA-A-TG-C--CT-C-CA-A
gi|45840                      :                  AAAATT-TT-G-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-ATAAAT-----A-TACA--GA--AG----C-G-AA-CAACAT-------A------T---A-TATAC----TT--------GTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------CCC-A-TGCC--CT-T-CA-ATT
gi|45841                      :                  AAAATT-T--A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAAGA-A-AAAC-------TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------A---T-TA--C----TCGT------CTGT-CCC----C-TAT----------T-T---CT---------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-
gi|45842                      :                  AAAATT----A-AACACTTT--A--TAGAT------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AACGACC-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CTC----C-TAT----A-----T-T---T
gi|45843                      :                  AAAATT-A--A-AA-----T--A--T---T------C-------TCAG--A-----CAT---T-CCAA-A-G-AAAC-----G-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TA--C----TC--------TTAT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TCG--------TTC-A-CGCC--AT-T-CT-ACcaactccggccatt
gi|45844                      :                  AAAATT----A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----AAGCTAC-T---T-CCAA-A-A-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TC--------CTGT-CCC----C-TATATCAA-----T-T---TCT--------TCT-A-CGCC--CT-T-
gi|45845                      :                  AAAATT-T--A-AA-----T--AA-T---T------C-------T-----A-----T-T---T-C--A-A-G-AAAC-------TACA--GA--AA------G-AC-CAACAT-------A------T-----TA--C----TC--------TTGTATCT----C-TAT----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--CT-T-
gi|45846                      :                  AAAATC-T--A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-AGG-AAAC-----A-TACAT-GA--AT----C-G-AC-CAACAT-------A------T-----TA-------TC--------TTGT-CCC----C-TA-------------T---CTG--------T-C-A-TGCCGGCT-T-CA-ACT
gi|45847                      :                  AAAAT-----A-AA-----CTAA--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TTCA--GA--AA----C-G-AG-CAACAT-------A------T---T-TA--C----TC--------GTGT-CCC----C-TAT----A-----T-
gi|45848                      :                  AAAATT-A--A-AG-----T--A--GA--T------T-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----CGG-AC-C---------------------------------------------TGT-CCC-------AT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC-----T-CA-ACT
gi|45849                      :                  AAAATTAT--A-AAG----TG-A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----C-G-AC-------------------------------------C--------CTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TTCAA-TGCCT-CT-T-CA-ACT
gi|45850                      :                  AAAATT-TTTA-AA-----T--A--T---T------CGAAGC--T-----A-----T-T---T-CCAA-AAG-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAATTA-------A------A---A-TG--C----TC--------GTGC-CCC----T-TAT----A-----T-T---TTAAAATTTCTCCC-A-CACC--CT-T-CT-AC
gi|45851                      :                  AAAATT----A-AA-----TG-A--TA--T------G-------T-----A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----T-G-AC-TAAC--------------------C-TA--C----CC--------TTGT-CCC----C-AAC----A-----T-T---TTC--------CCC-C-CGCC--TT-T-CC-AC
gi|45852                      :                  AAAATT-C--A-AA-----T--A--T---TGCAAG-C-------T-----A-----T-T---C-TAAA-A-G-AAAC-----A-AACA--GA--AA----C-G-AC-CAAAA--------A-------------G--C----TC--------TTGT-CCC----CTTAT----A-----T-T---TAT--------TCC-A-CGCT--CT-T-C
gi|45853                      :                                -----T--A--T---T------T-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAACGACCAA-CACA--TA--CA----T-GTATATAAT-T-------A------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----ATT---T-T---TTT--------TCC-A-TGTC--CT-T-CA-ACT
gi|45854                      : aaaattttgaatacacgAAAATT-T--T-AA-----T--G--T---T------C-------T-----AAGC--TAT---T-CCAA-G-G-AAAC-----G-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------G------T--------------TC--------TTGT-CCC----C-TAG----A-----T-T---TCT--------TCT-A-CGCC--AT-T-CT-AC
gi|45855                      :                  AAAATT-TT-G-AA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----C-T---T-CCAA-T-G-AAAC-----A-TACA--GA--AG----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TT
gi|45856                      :                  AAAATT-TT-G-AA-----T--AA-T---T------C-------T-----A-----C-T---T-CAAT-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AG----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TC--------TT
gi|45857                      :                  AAAATT-T--A-AA-----T--A--T---T------C-------TGA---A-----T-TCATT-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-TAAC--------------------A-TA--C----TCGAGACGGGTTGT-TTC----C-GAT----A-----G-T---AC---------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45858                      :                  AAAATT-TT-A-AA-----T--A--C---TTCTAAGC-------T-----A-----T-T---T-TCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----C-G-A--CAACA--------A-------------A--C----TC--------TT-T-CCC----C-TAT----A-----T-T--------------TCC-A-TGTC--CTCT-CACACT
gi|45859                      :                  AAAATC-T--A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----AAGCTAT-T---T-CCAA-A-G-AACC-----A-TACA--GA--AA----T-A-AC-CAAC--------------------G-TG--C----TC--------TTGC-GTC----C-TAT----ATTCATT-T---TCT--------TCC-A-CGTT--AT-T-CT-AC
gi|45860                      :                      TT-G--A-AA-----T--A--T---T------C-------TCGGCTA-----T-T---T-CCAA-A-G-GAAC-----A-TACAGGGA--AA----C-G-AC-CAACAT------------------------T----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---C----------TCC-A-CGCC--CT-T-C
gi|45861                      :                       T-T--A-AA-----T--A--T---T------T-------G-----C-----T-T---T-CCCA-A-G-CAAG-----A-TACA--GA--AG----C-G-AC-CAACATCT-----A------T---A-TA--C----TC--------TTAC-TCC----C-T-T----------T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45862                      :                    AATT-T--A-AG-----T------------------------T-----A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--AT----C-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45863                      :                  ttAATC-T--A-AG----------------------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A---AAGC-----A-TACA--AA--AA----C-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CTC----C-TAC----A-----T-T---CTT--------CCC-G-TGCC--CT-T-CC-AC
gi|45864                      :                     ttT-T--A-AA-----T--A--T---T------CGATAAGCT-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TCCAGG----TTGT-CTC----C-GAT----A-----G-C---TAT--------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45865                      :                    AATC-T--A-AA-----T------------------------T-----A-----T-T---T-CCAT---G-AAAC-----A-TACA--GA--AT----C-G-AC-TAACAT-------A------T---A-T---C----T---------TTGT-CCC----C-TAC----AT----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45866                      :                     ttT-T--A-AA-----T--A--T---TATAAA-C-------T-----G-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TATA--GT--AA----G-G-AC-CAAC--------------------A-TG--C----TCAAGA----TTG--CCC----C-GAT----A-----G-T---TGC--------TCC-A-CGCC--CT-T-CT-AC
gi|45867                      :                    AATC-T--A-AG----------------------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GG--AA----C-A-AC-TAACAT-------ACTGGTGT---G-TA--C----TT--------TTGT-CCCATGGG-TAC----A-----T-T---TTT--------TC
gi|45868                      :                                    tt--A--T---T------A-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-A----------------------T---A-TA--C----TC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-AC
gi|45869                      :                     aatag--A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----AAGCTAT-T---T-CCTA-A-G-AAAC-----A-CACC--AA--AA----C-G-AC-CAAC--------------------A-TA--C----CC--------TTGT---C----C-TAT----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--CT-T-C
gi|45870                      :                         a--A-AA-----T--A--T---T------C-------T-----AAACTAT-T---T-CCAG-A-G-AAAC-----A-AACA--AA--AA----C-G-AT-CGACATG------A------T-----TG--T----CC--------GTGT-CTC----A-TAT----C-----T-T---TTC--------CCC-A-TGCC--CT-T-CT-AC
gi|45871                      :                              aA-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACG--GA--AA----C-G-AC-CAATAT-------A------T---A-TA--CTCGATC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TTC-A-TGCC--CT-T-CA-
gi|45872                      :                               A-----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---T-CTAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--CT---TT--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------T--------C--CT-T-CA-ACT
gi|45873                      :                                -----T--A--T---T------C-------T-----A-----T-T---TTCCAA-A-G-AA-C-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA-------TC--------TTGTCCCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCA-A-TGCC--CT-TCCA-ACT
gi|45874                      :                                      --A--T---T------T-------T-----A-----A-A---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-G-AC-CAACATGCTCAAGA------C---A-TG--C----T----------------C----C-GAT----A-----G-T---TTC--------TCC-A-CG-C--CT-T-CT-AC
gi|45875                      :                                            ---T------C-------T-----A-----T-T---T-CC-A-A-G-AAAC-----AGTATC--GAAGAA----C-G-AC-TAACAT-------A---------------------CC--------TTGT-CCC----T-TAC----------T-T---TTT--------TTC-A-CGC
gi|45876                      :                                                ------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TCCA--GA--AA----C-G-AC-CGAC--------------------A-TG--C----TC--------TTGT-CCC----C-TTT----G-----T-T---
gi|45877                      :                                                ------C-------T-----A-----T-T---T-TCAA-A-G-AAAT-----A-TGCA--GA--AA----C-G-AC-CAGC--------------------A-TG--C----TT--------TTGT-CCC----aattaatttcttccaacccct
gi|45878                      :                                                ------C-------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--AA--AA----A-G-AC-CAACAT-------A------
gi|45879                      :                                                       -------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AA--------------------A----C-G-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----AC--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACTc
gi|45880                      :                                                       -------T-----A-----T-T---T-CCAG-A-G-AAAC-----A-TACA--AA--AA----T-G-AC-CAGC--------------------A-CA--C----CC--------TTAT-CCC----C-TAC----A-----TAT---TTT--------TCC-A-TGTC--CT-T-TA-
gi|45881                      :                                                       -------T-----A-----T-T---T-TCAA---G-AAAT-----A-TATA--GA--AA----C-G-AT-TAAC--------------------A-TA--C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A-----T-T---TT---------TCC-A-CGCC--CT-T-CC-AC
gi|45882                      :                                                       -------T-----A-----T-T---T-CCAA-A-G-AAAC-----A-TACA--G---AA----T-G-AT-CAAC--------------------A-TG--C----TC--------TTGT-TCC----C-TAT----A-----T-TAACTTC--------TTC-AGCGCA--CT-T-C
gi|45883                      :                                                               -----A-----T-T---T-CCAA---G-AAAC-----A-TACA--GA--TT----A-G-AC-TAACAT-------A----------------C----CC--------TTGT-CCC----C-TAC----A-----T-T---TTT--------TCC-A-CGCC--
gi|45884                      :                                                                     -----T-T---T-TGAA-A-G-AAAC-----A-TACA--GA--AA----C-A-AC-CAACAT-------A------T---A-TA--C----TA--------TTGT-CCC----C-TAT----A-----T-T---TTG--------TCC-A-TGCC--CT-T-CA-ACT
gi|45885                      :                                                                                                             A--AA----C-G-AC-CAACAT-------A------T--------------TC--------TTGT-CCA----C-TAT----A-----T-T---TTC--------TCC-A-CGCC--CC-T-CT-AC