lowQualScore : 22222222222222222222 1111
lowQualScore : 2 5555 1 444 11 777 33 0 0 222222 33333333333333333333 22 222222 111 0 11 1 33 0 222222 2222222 0 00 1 0 55 1 3333 0 00 0 0
lowQualScore : . .... . ... .. ... .. . . ...... .................... .. ...... ... . .. . .. . ...... ....... . .. . . .. . .... . .. . .
lowQualScore : 6 1111 7 666 88 000 99 7 7 111111 77777777777777777777 66 777777 999 7 99 7 00 7 000000 9999999 7 99 4 7 00 4 1111 7 99 7 2
consensus : AAAAT-AAGG-C--AC-TTT-TTC--C-T-T--A-T-A------T---------------A-T--G--GT------A---TA-T--GCTTT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACCTTGAT
Reference ( gi|121671 ) : AAAAT-AAGG-C--AC-TTT-CCC--C-C-T--A-T-A------T---------------C-T--G--GT------A---TA-T--GCTTT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACCTTGGT
gi|121672 : AAAAT-AAGG-C--AC-TTT-CCC--C-C-T--A-T-A------T---------------C-T--G--GT------A----A-T--GC-TT--G-A------GT-------G-ACC---TG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACCTTGGT
gi|121629 : AAAAT-AAGG-C--AC-TTT-TCC--C-A-T--A-T-A------T---------------A-T--G--GT------A---TA-T--GCATT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CT--T-TT--G-A-AAAT--G-ACCTTGAT
gi|121630 : ttAACAT-AAGG-C--AC-TTT-TTC--C-A-T--A-T-A------A---------------A-T--G--GT------A---TA-T--GCTTT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACCTTGAT
gi|121634 : ttAGAAT-AAGAAC--AC-TTTCCCC--C-C-T--A---A------T---------------A-T--G--GT------A---TA-T--GCTTT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACCTTGAT
gi|121632 : ttAAAAT-AAGG-C--AC-TTT-TCC--C-C-TT-A-T-A------T---------------C-T--G--GT------A----A-T--GCTT---G-A-------T-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-T-AAAT--G-ACCTTGAT
gi|121631 : ttAAAAT-AAGG-C--AC-TTT-TCC--C-C-TT-A-T-A------T---------------C-T--G--GT------A----A-T--GCTT---G-A-------T-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-T-AAAT--G-ACCTTGAT
gi|121639 : ttAATAT-AAGG-C--AC-TTT-CTC--C-T-T--A-T-A------T------------------------------------A-T--G--TT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACCTTGGT
gi|121636 : ttAAAAT-AAGA-C--AC-TTT-TCC--C-A-TTCA-T-A------T-----------------------GT----------TA-T--GCTTT--T-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-CCCTTGAT
gi|121644 : ttAAAGT-AAG--C--AC-TTT-CTTT-C-C-T--A-T-G------T--------------------G--GT------A---TA-T--GCTTT--G-A------GT-------G-ACC--ATG-A-CC--T-TT--A-A-AAAT--G-ACCCCGAT
gi|121645 : ttAAAAT-GGGG-C--AC-TTT-TTC--C---T--A-TTA------T---------------A-T--G--GTTACCATA---TA-T--GCTTT--G-A------GT-------G-AC----TG-A-CC--T-TT--G-C-AAAT--G-ACCTTGGT
gi|121637 : ttAAAAT-AAGG-C--AC-TTT-TCCTAT-C-T--A-T-A----------------------A-T--G--GT------A----A-T--GCTTT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CCT-T-TT--G-A-AAA
gi|121642 : ttAAAATCAAGG-C--AC-TTT-TCC--C-T-T--A-T-A------A---------------CAT--G--GT------A---TA-T---CTTT--G-A-------T-------G-ATC--TTG-A-CC--T-TT--G---AAAT--G-ACCATGATccgttgat
gi|121641 : ttAAAAT-AAGG-C--AC-TTT-TCC--C-C-T--A-T-A------C---------------A-T--G--GT------AT--TATT--ACTTT--G-G------ATG------G-ATC--TTG-A-CC--T-TT--G-G-AAATGGG-ACCATGAT
gi|121647 : ttAAAAT-AAGG-C--AC-TTT-TAC--A-T-T--A-T-A------T---------------A-A--G--AT------A---AA-T--ATTTT--G-A------TT-------G-ACC--TTG-A-CC--A-TT--G---AAAT--G-ACCTTGGT
gi|121657 : tcAAGAT-AAGA-C--AC-TTT-TCC---------A-T-A------T---------------T-T--AACGT------A---TA-T--GTCTT--G-A------AG-------G-ACC--TTG-G-CC--C-TT--G---AAAT--G-ACCTTGGT
gi|121652 : ttAGAAT-AAGG-C--ACCTTT-CCT--T-A-T--A-T-A------C---------------C-C--A----------A---TA-T--GTATT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-T-CC--T-TT--G-A-AAAT--T-GCCTTGAT
gi|121648 : ttAAAAT-AAGG-A--AC-TTT-TTC--C-T-C--A-T-A------C---------------G-A--G--GT------A---TA-T--ATATTCCA-A------AT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACTTTG
gi|121653 : ttAAAGT-AAGG-G--ACCTTT-TGC--C-T-T--A-T-ACATGTAT---------------A-T--G--GT------A---TA-TATGCTTT--C-A------GT-------G-ACC--ATC-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-AGCTa
gi|121638 : ttAAAT-AAGG-C--AT-CTT-TTC--C-T-T--A-T-A------T---------------A-TAAG--GT------A---TA-T--GTTTT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-G-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ATCTT
gi|121674 : ttgAAAT-AAG--C--AC-TTT-TCC--A---T--A-T-A------T---------------A-T--G--GT------A---TC-T--GCTTTT-G-T------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACCTTGAT
gi|121676 : AAAT-AAGG-A--AC-TTT-CTC--C-T-C--A-T-T------T---------------T-A--G--GT------A---TA-T--GTTTT--G-G------GT-------G-ACC--TTGAA-CT--T-TT--C-A-AAAT--G-ACCTTGGT
gi|121673 : AATT-AAGG-C--AC-TTT-TTC--C-C-T--A-T-A------TACATGTATGGTACAAC-T-----GT------A---TA-T--GCTTT--G-A------AT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--T-ACCTTGAT
gi|121675 : AAAT-AAGG-C--AT-TTT-TCT--C-A-T--G-T-A------T---------------A-A--G--GT------ACTATA-T--GCTTT--G-A------GT-------G-ACC--TTGCA-CCT-T-TT--G-A-AAAT--GAACCTTGAT
gi|121651 : AAAT-AAGG-A--AC-TTT-TCC--T-C----A-T-A------T-----------------------GT------A---TA-T------T--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CCTTT-TT--G-A-AAAT--G-ACCTTG
gi|121646 : ttgAAAT-AAGG-A--AC-TTT-TTT--CAT-T--A-T-A------T---------------A-A--G--AT------A---TA-T--GTTCT--G-A------GT-------A-ACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACCTTGa
gi|121635 : ttgAAAT-AAGG-A--AC-TTT-TTC--A-T-T--G-T-A------T---------------T-T--T--AT------A---TA-T--GTTCT--C-A------GT-------G-ACC--TCG-A-CC--T-TC--T-A-AAAT--G-ACCTTGa
gi|121640 : ttgAAGT-AAGG-A--AC-TTT-TTC--A-T-T--A-T-A------T---------------A-A--A--GT------A---TA-T--GTTCT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CCA-T-TC--C-C-AAAT--G-ACCTTGa
gi|121654 : tttAAAT-AAGG-C--AC-ATT-TTC--C-T-A--A-A-A------T---------------A-A--G--GG------A---TA-T--GTTCT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--C-A-AAAT--A-ATGTTGa
gi|121656 : ttgAAAT-AAGG-A--AC-TTT-TTC--A-T-A--G-T-A------T---------------T-T--T--GG------A---CA-T--GTTCT--C-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC----TT--A-A-AAAT--G-ACCTTGa
gi|121658 : ttgAATT-AAGG-A--AC-TTT-TTC--C-T-C--A-T-A------C---------------G-A--G--GT------A---TA-T--CTTCC--G-A------GT-------A-ACC--TTG-A-CC--T-TT--C-AGAAAT--G-ACCCTGa
gi|121650 : ttgAAATGAAAG-CTTAT-TTT-CA-------T--A-T-A------C---------------A-T--G--GT------A---TA-T--ATTCT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--T-ACCTTGa
gi|121643 : ttgAAAT-AAGG----AC-CTT-TTC--A-T-T--G-T-A------T---------------T-T--TT-AT------A---CA-T--GTTCT--C-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TTCAA-A-AAAT--G-ACCTTGa
gi|121633 : ttgAAAT-AAGG-A--GC-TTT-TTC--A-T-T--G-T-A------T---------------T-T--G--AT------A---GA-T--TTTTT--TCA------GT-------GGACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACCTTGa
gi|121659 : ttgAAAT-AAGC-A--AC-TTT-TTC--A-T-T--A-T-A------T---------------A-A--G--AT------G---TA-T--TTTCT--G-A------GT-------A-ACC--TTG-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--A-ACCTTG
gi|121660 : ttgAAAT-AAGA-C--AT-TTT-TCA--T---T--A-T-A------T---------------A-T--G--AT------C---TA-T--GTTCT--G-A------GTTCTGAGTG-ACC--TGA-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACTTTa
gi|121655 : ttgAAAT-AAGG----AT-TTT-TTC--C-C-TC-A-G-A------T---------------A-A--G--GT------A---TA-T--ACACT--G-A------GT-------G-ACT--TTA-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--G-ACCaat
gi|121649 : ttgAAAT-AAGA-A--AC-TTT-TTC--A-T-T--A-T-A------T--------------------A--AA------A---TT-T--GCTGT--G-A------GT-------T-ACC--TTG-A-TT--T-TT--C-A-AAAT--G-ACCTTGccga
gi|121677 : ttgAAAT-AAGG-A--AC-TTT-TTC--C-T-T--T-T-A------C---------------A-A--G--GT------A---TA-C--ATTCA--G-A------GT-------G-ACA--TTG-A-CT--T-TTC-G-A-AAGT--G-ACATCGGTa
gi|121665 : AAAG-AAGA-A--AC-TTT-TTC--C-T-C--A-T-A------T---------------A-A--G--GT------A---TA-T--GTTCT--G-AATATATAT-------A-ATC--TTG-ATCC--T-TC--C-A-AAAT--G-ACCTTG
gi|121663 : ttgAAATGAAGG-G--AT-TTT-TTT--T-T-T--A-T-A------T---------------A-T--AAAGT------A---TA-T----TTG--G-A------GT-------G-TCC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ATCTTGa
gi|121661 : ttgAAAT-AAGG-A--AC-TTT-TTT--C-AAT--A-T-A------T---------------A-A--G--AT------A---CA-T--GTTCT--C---------T-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TTC-C-A-AAGT--G-ACCTTGa
gi|121664 : ttgAAAG-AAGG-A--AC-TTT-ATT--C-T-C--A-T-A------A---------------A-A--G--GT------A---TA-TATGTTCC--T-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TTC-C-A-AAAT--G-TCCTTGa
gi|121668 : ttgAAT-AAGA-C--AA-TTT-CCC--C-T-T--G-C-A------T---------------A-T--G--GT------A---GA-T--GCTTT--G-A------GT-------G-ACT--TCG-A-CC--T-TT----A-AATT--G-Aa
gi|121667 : tatAAT-AAGA-C--AA-TTT-CCC--C-T-T--G-C-A------T---------------A-T--G--GT------A---GA-T--GCTTT--G-A------GT-------G-ACT--TCG-A-CC--T-TT----A-AATT--G-A
gi|121678 : tatAAT-AAGG-A--AC-CTT-TTC--A-T-T--G-T-A------T---------------T-T--A--TTT-----A---CA-T--GTTCT--C-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TTCAA-A-AAAT--G-ACCTTG
gi|121679 : T-AAGA----AC-TTT-ATC--C-T-C--A-T-A------T---------------A-A--G--GT------A---TA-T---CTTCA-G-A------GT-------G-ACC--TCA-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ACCTTGa
gi|121662 : --AC-TTT-TGC--C-G-T--A-T-G------T---------------G-C--G--GT------A---TA-T--ATTAT--A-A------GT-------G-GCC--TTG-A-CC--TATT--C-A-AAAT--G-GCCTTGa
gi|121680 : ttgaaattaata-TTT-CCC--T-T-TC-A-T-A------T---------------T-TAAG--GT------A---TA-T--G--TT--G-A------AT-------G-ACC--TTG-A-TC--T-TTA-A-A-AAAT--G-ACCTTGa
gi|121683 : tC--C-T-T--A-A-A------T---------------A-A--G--GT------A---TA-T--GTTCT--G-A------GT-------A-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G---AAAT--G-ACCTTa
gi|121682 : C--C-C-T--AGT-A------T---------------A-T--G--AT------A---CA-T--GTTCT--C-A------GT-------G-ACC--TTA-A-CT--T-TC--A-A-AAAT--A-ACCTTG
gi|121681 : --C-C-T--A-T-A------C---------------A-A--A--AT------A---TA-T--ATTTT--A-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ACCTTa
gi|121684 : tttt--C-C-T--A-T-A------T---------------A-C--A--GT------A---T-----GCTTT--G-A------GT-------G-ACCAGTTG-G-AC--C-TT--G-A-AAAT--G-ACCTaa
gi|121685 : -T--A-T-A------T---------------A-A--G--GT------A---TA-T--GTTCT--G-A------GT-------G-ACC--TTC-A-CC--TCTC--C-A-AAAT--G-ACCTTG
gi|121666 : -T--A-T-A------C---------------A-T--G--GA------A---TG-T--ATTTTA-G-A------AT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAC--G-ACCTTGa
gi|121669 : tttaaataaggttgtttaa--A-T-A------TA--------------C-A--G--GT------A---TA-T--G--TT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CA--T-TT--ACA-AAAT--G-ACCTTGa
gi|121670 : tgaaataaaagtttttgtc--G--GT------A---TA-A--GTTGT--A-A------CT-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--A-A-AAAT--G-ACTTTGa
gi|121686 : tgaaatgagggtttattgcatatacaa--GT------A---TA-T--GCTTT--G-A------GT-------A-GCC--TTG-A-CC--T-TT--C-A-AAAT--G-ACCTTGATa
gi|121687 : A-T--GTTCT--G-A------GT-------G-ACC--TTG-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--G-ACCTTG
gi|121688 : T-------G-ACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACCTTGGTa
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 2 55 0 11 1 22222 0 0 222222 11 77777777777 11 222222 44444444 1 11 11 22 111111 3333333 00 1 0 44 1 2222 0 00 0 0
lowQualScore : . .. . .. . ..... . . ...... .. ........... .. ...... ........ . .. .. .. ...... ....... .. . . .. . .... . .. . .
lowQualScore : 4 33 8 00 5 77777 7 7 000000 00 22222222222 66 000000 44444444 4 99 88 33 999999 5555555 99 3 7 99 3 7777 7 99 7 7
consensus : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
Reference ( family-368 ) : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121629 : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CC-A---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-ATT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CT--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121630 : ttAACAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-A---TA-T-A------A--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121631 : ttAAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CCCT---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA---------A-T--GC-TT---GA-------T-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-T-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121632 : ttAAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CCCT---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA---------A-T--GC-TT---GA-------T-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-T-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121633 : ttAAAT-AAGG-AGCTT-T--TT-CA-T---TG-T-A------T--T------T----G--A------TA--------GATT--TT-TTT--CA------GTG------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACC-TTG
gi|121634 : ttgAGAAT-AAGAACACTT-T--CC-CC-CC--TA---A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121635 : ttAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CA-T---TG-T-A------T--T------T----T--A------TA--------TA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TCG-A-CC--T-TC--T-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121636 : ttgAAAAT-AAGA-CACTT-T--TC-CC-A---TT-C-A------T--A------T----G---------T---------TA-T--GC-TTT--TA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-CCC-TTGAT
gi|121637 : ttAAAAT-AAGG-CAC-T-T--TT-CC-TATCTA-T-A---------A------T----G--G------TA---------A-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCT-T-TT--G-A-AA------ACCGTTGAT
gi|121638 : ttAAAT-AAGG-CATCT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------TAA--G--G------TA--------TA-T--GT-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-G-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ATC-TT
gi|121639 : ttgAATAT-AAGG-CACTT-T--CT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G-----------------------------TT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121640 : ttAAGT-AAGG-AACTT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------A----A--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCA-T-TC--C-C-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121641 : tttAAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CC-C---TA-T-A------C--A------T----G--G------TAT-------TATT--AC-TTT--GG------ATG------GATC--TTG-A-CC--T-TT--G-G-AAATGGG-ACC-ATGAT
gi|121642 : ttAAAATCAAGG-CACTT-T--TC-CC-T---TA-TAA------C--A------T----G--G------TA--------TA-T---C-TTT--GA-------T-------GATC--TTG-A-CC--T-TT--G---AAAT--G-ACC-ATGAT
gi|121643 : ttAAAT-AAGG--ACCT-T--TT-CA-T---TG-T-A------T--T------T----TT-A------TA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTCAA-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121644 : ttgAAAGT-AAG--CACTT-TCTTT-CC-T--------A------T--G------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--ATG-A-CC--T-TT--A-A-AAAT--G-ACC-CCGAT
gi|121645 : ttAAAAT-GGGG-CACTT-T--TT-CC-T---AT-T-A------T--A------T----G--GTTACCATA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GAC----TG-A-CC--T-TT--G-C-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121646 : ttAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-TCAT---TA-T-A------T--A------A----G--A------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------AACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121647 : ttgAAAAT-AAGG-CACTT-T--TA-CA-T---TA-T-A------T--A------A----G--A------TA--------AA-T--AT-TTT--GA------TT-------GACC--TTG-A-CC--A-TT--G---AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121648 : tcAAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CC-T---CA-T-A------C--G------A----G--G------TA--------TA-T--AT-ATTCCAA------AT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACT-TTGA
gi|121649 : ttAAAT-AAGA-AACTT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------A----A----------A--------TT-T--GC-TGT--GA------GT-------TACC--TTG-A-TT--T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121650 : ttgAAATGAAAG-C--TTAT--TT-TC-A---TA-T-A------C--A------T----G--G------TA--------TA-T--AT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--T-ACC-TTGA
gi|121651 : ttgAAAT-AAGG-AACTT-T--T--CC-T---CA-T-A------T-----------------G------TA--------TA-T-------T--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCTTT-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121652 : ttgAGAAT-AAGG-CACCT-T--T--CC-T---TA-T-A------T--A------C----C--C------AA--------TA-T--GT-ATT--GA------GT-------GACC--TTG-T-CC--T-TT--G-A-AAAT--T-GCC-TTGAT
gi|121653 : ttAAAGT-AAGG-GACCT-T--TTGCC-T---TA-T-ACATGTAT--A------T----G--G------TA--------TA-TATGC-TTT--CA------GT-------GACC--ATC-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-AGC-T
gi|121654 : ttAAAT-AAGG-CACAT-T--TT-CC-T---AA-A-A------T--A------A----G--G------GA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--C-A-AAAT--A-ATG-TTGA
gi|121655 : ttgAAAT-AAGG--ATTT-T--TTCCC-T---CA-G-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--AC-ACT--GA------GT-------GACT--TTA-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-CCGA
gi|121656 : ttgAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CA-T---AG-T-A------T--T------T----T--G------GA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTG-A-CC----TT--A-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121657 : ttgAAGAT-AAGA-CACTT-T--T--CC-A---TA-T-T------T--A------A----C--G------TA--------TA-T--GT-CTT--GA------AG-------GACC--TTG-G-CC--C-TT--G---AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121658 : ttAATT-AAGG-AACTT-T--TT-CC-T---CA-T-A------C--G------A----G--G------TA--------TA-T--CT-TCC--GA------GT-------AACC--TTG-A-CC--T-TT--C-AGAAAT--G-ACC-CTGA
gi|121659 : ttgAAAT-AAGC-AACTT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------A----G--A------TG--------TA-T--TT-TCT--GA------GT-------AACC--TTG-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--A-ACC-TTGA
gi|121660 : ttgAAAT-AAGA-CA-TT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------T----G--A------TC--------TA-T--GT-TCT--GA------GTTCTGAGTGACC--TGA-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACT-TTAAT
gi|121661 : ttgAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-TC-AA--TA-T-A------T--A------A----G--A------TA--------CA-T--GT-TCT--C--------T-------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-C-A-AAGT--G-ACC-TTGA
gi|121662 : ttgACTT-T--TG-CC-G---TA-T-G------T--G------C----G--G------TA--------TA-T--AT-TAT--AA------GT-------GGCC--TTG-A-CC--TATT--C-A-AAAT--G-GCC-TTGA
gi|121663 : ttgaaattaataAAATGAAGG-GATTT-T--TT-TT-T---TA-T-A------T--A------T----AAAG------TA--------TA-T-----TTG--GA------GT-------GTCC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ATC-TTGA
gi|121664 : ttgAAAG-AAGG-AACTT-T--AT-TC-T---CA-T-A------A--A------A----G--G------TA--------TA-TATGT-TCC--TA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-C-A-AAAT--G-TCC-TTGA
gi|121665 : ttgAAAG-AAGA-AACTT-T--TT-CC-T---CA-T-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GAATATATAT-------AATC--TTG-ATCC--T-TC--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121666 : ttgAAAT-AAGG----TT-G--TT-TA-A---TA-T-A------C--A------T----G--G------AA--------TG-T--AT-TTTA-GA------AT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAC--G-ACC-TTGA
gi|121667 : tttAAT-AAGA-CAATT-T--CC-CC-T---TG-C-A------T--A------T----G--G------TA--------GA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACT--TCG-A-CC--T-TT----A-AATT--G-A
gi|121668 : tatAAT-AAGA-CAATT-T--CC-CC-T---TG-C-A------T--A------T----G--G------TA--------GA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACT--TCG-A-CC--T-TT----A-AATT--G-A
gi|121669 : tatAAAT-AAA---AGTT-T--TT-G--T---CA-T-A------T--A------CA---G--G------TA--------TA-T--G---TT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CA--T-TT--ACA-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121670 : tgAAAT-GAGG--GTTT-A--TT-GC-A---TA-T-A------C--A------A----G--G------TA--------TA-A--GT-TGT--AA------CT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--A-A-AAAT--G-ACT-TTGA
gi|121671 : tgAAAAT-AAGG-CACTT-T--CC-CC-C---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121672 : AAAAT-AAGG-CACTT-T--CC-CC-C---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA---------A-T--GC--TT--GA------GT-------GACC---TG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121673 : AATT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-C---TA-T-A------T--ACATGTAT----G--G------TACAACTGTATA-T--GC-TTT--GA------AT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--T-ACC-TTGAT
gi|121674 : AAAT-AAG--CACTT-T--T--CC-A---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TC-T--GCTTTT--GT------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121675 : AAAT-AAGG-CATTT-T--TC-TC-A---TG-T-A------T--A------A----G--G------TACTA-----TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTGCA-CCT-T-TT--G-A-AAAT--GAACC-TTGAT
gi|121676 : AAAT-AAGG-AACTT-T--CT-CC-T---CA-T-T------T--T------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TTT--GG------GT-------GACC--TTGAA-CT--T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121677 : AAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CC-T---TT-T-A------C--A------A----G--G------TA--------TA-C--AT-TCA--GA------GT-------GACA--TTG-A-CT--T-TTC-G-A-AAGT--G-ACA-TCGGT
gi|121678 : AAT-AAGG-AACCT-T--TT-CA-T---TG-T-A------TTTA------T----T---------TA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTCAA-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121679 : T-AAGA--ACTT-T--AT-CC-T---CA-T-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T---C-TTCA-GA------GT-------GACC--TCA-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121680 : TT-T--TC-CC-T---TT-C-A------T--A------TTTAAG--G------TA--------TA-T--G---TT--GA------AT-------GACC--TTG-A-TC--T-TTA-A-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121681 : T-T--TT-CC-T----A-T-A------C--A------A----A--A------TA--------TA-T--AT-TTT--AA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ACC-TTAA
gi|121682 : -CC-C---TAGT-A------T--A------T----G--A------TA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTA-A-CT--T-TC--A-A-AAAT--A-ACC-TTGA
gi|121683 : -CC-T---TA-A-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------AACC--TTG-A-CC--T-TT--G---AAAT--G-ACC-TT
gi|121684 : C-C---TA-T-A------T--A------C----A--G------TA--------T-----GC-TTT--GA------GT-------GACCAGTTG-G-AC--C-TT--G-A-AAAT--G-ACC-T
gi|121685 : ---TA-T-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTC-A-CC--TCTC--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121686 : --G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------AGCC--TTG-A-CC--T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121687 : A-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121688 : T-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 2 55 0 11 1 22222 0 0 222222 11 77777777777 11 222222 44444444 1 11 11 22 111111 3333333 00 1 0 44 1 2222 0 00 0 0
lowQualScore : . .. . .. . ..... . . ...... .. ........... .. ...... ........ . .. .. .. ...... ....... .. . . .. . .... . .. . .
lowQualScore : 4 33 8 00 5 77777 7 7 000000 00 22222222222 66 000000 44444444 4 99 88 33 999999 5555555 99 3 7 99 3 7777 7 99 7 7
consensus : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
Reference ( family-368 ) : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121629 : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CC-A---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-ATT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CT--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121630 : ttAACAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-A---TA-T-A------A--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121631 : ttAAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CCCT---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA---------A-T--GC-TT---GA-------T-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-T-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121632 : ttAAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CCCT---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA---------A-T--GC-TT---GA-------T-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-T-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121633 : ttAAAT-AAGG-AGCTT-T--TT-CA-T---TG-T-A------T--T------T----G--A------TA--------GATT--TT-TTT--CA------GTG------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACC-TTG
gi|121634 : ttgAGAAT-AAGAACACTT-T--CC-CC-CC--TA---A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121635 : ttAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CA-T---TG-T-A------T--T------T----T--A------TA--------TA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TCG-A-CC--T-TC--T-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121636 : ttgAAAAT-AAGA-CACTT-T--TC-CC-A---TT-C-A------T--A------T----G---------T---------TA-T--GC-TTT--TA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-CCC-TTGAT
gi|121637 : ttAAAAT-AAGG-CAC-T-T--TT-CC-TATCTA-T-A---------A------T----G--G------TA---------A-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCT-T-TT--G-A-AA------ACCGTTGAT
gi|121638 : ttAAAT-AAGG-CATCT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------TAA--G--G------TA--------TA-T--GT-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-G-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ATC-TT
gi|121639 : ttgAATAT-AAGG-CACTT-T--CT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G-----------------------------TT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121640 : ttAAGT-AAGG-AACTT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------A----A--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCA-T-TC--C-C-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121641 : tttAAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CC-C---TA-T-A------C--A------T----G--G------TAT-------TATT--AC-TTT--GG------ATG------GATC--TTG-A-CC--T-TT--G-G-AAATGGG-ACC-ATGAT
gi|121642 : ttAAAATCAAGG-CACTT-T--TC-CC-T---TA-TAA------C--A------T----G--G------TA--------TA-T---C-TTT--GA-------T-------GATC--TTG-A-CC--T-TT--G---AAAT--G-ACC-ATGAT
gi|121643 : ttAAAT-AAGG--ACCT-T--TT-CA-T---TG-T-A------T--T------T----TT-A------TA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTCAA-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121644 : ttgAAAGT-AAG--CACTT-TCTTT-CC-T--------A------T--G------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--ATG-A-CC--T-TT--A-A-AAAT--G-ACC-CCGAT
gi|121645 : ttAAAAT-GGGG-CACTT-T--TT-CC-T---AT-T-A------T--A------T----G--GTTACCATA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GAC----TG-A-CC--T-TT--G-C-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121646 : ttAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-TCAT---TA-T-A------T--A------A----G--A------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------AACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121647 : ttgAAAAT-AAGG-CACTT-T--TA-CA-T---TA-T-A------T--A------A----G--A------TA--------AA-T--AT-TTT--GA------TT-------GACC--TTG-A-CC--A-TT--G---AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121648 : tcAAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CC-T---CA-T-A------C--G------A----G--G------TA--------TA-T--AT-ATTCCAA------AT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACT-TTGA
gi|121649 : ttAAAT-AAGA-AACTT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------A----A----------A--------TT-T--GC-TGT--GA------GT-------TACC--TTG-A-TT--T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121650 : ttgAAATGAAAG-C--TTAT--TT-TC-A---TA-T-A------C--A------T----G--G------TA--------TA-T--AT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--T-ACC-TTGA
gi|121651 : ttgAAAT-AAGG-AACTT-T--T--CC-T---CA-T-A------T-----------------G------TA--------TA-T-------T--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCTTT-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121652 : ttgAGAAT-AAGG-CACCT-T--T--CC-T---TA-T-A------T--A------C----C--C------AA--------TA-T--GT-ATT--GA------GT-------GACC--TTG-T-CC--T-TT--G-A-AAAT--T-GCC-TTGAT
gi|121653 : ttAAAGT-AAGG-GACCT-T--TTGCC-T---TA-T-ACATGTAT--A------T----G--G------TA--------TA-TATGC-TTT--CA------GT-------GACC--ATC-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-AGC-T
gi|121654 : ttAAAT-AAGG-CACAT-T--TT-CC-T---AA-A-A------T--A------A----G--G------GA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--C-A-AAAT--A-ATG-TTGA
gi|121655 : ttgAAAT-AAGG--ATTT-T--TTCCC-T---CA-G-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--AC-ACT--GA------GT-------GACT--TTA-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-CCGA
gi|121656 : ttgAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CA-T---AG-T-A------T--T------T----T--G------GA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTG-A-CC----TT--A-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121657 : ttgAAGAT-AAGA-CACTT-T--T--CC-A---TA-T-T------T--A------A----C--G------TA--------TA-T--GT-CTT--GA------AG-------GACC--TTG-G-CC--C-TT--G---AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121658 : ttAATT-AAGG-AACTT-T--TT-CC-T---CA-T-A------C--G------A----G--G------TA--------TA-T--CT-TCC--GA------GT-------AACC--TTG-A-CC--T-TT--C-AGAAAT--G-ACC-CTGA
gi|121659 : ttgAAAT-AAGC-AACTT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------A----G--A------TG--------TA-T--TT-TCT--GA------GT-------AACC--TTG-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--A-ACC-TTGA
gi|121660 : ttgAAAT-AAGA-CA-TT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------T----G--A------TC--------TA-T--GT-TCT--GA------GTTCTGAGTGACC--TGA-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACT-TTAAT
gi|121661 : ttgAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-TC-AA--TA-T-A------T--A------A----G--A------TA--------CA-T--GT-TCT--C--------T-------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-C-A-AAGT--G-ACC-TTGA
gi|121662 : ttgACTT-T--TG-CC-G---TA-T-G------T--G------C----G--G------TA--------TA-T--AT-TAT--AA------GT-------GGCC--TTG-A-CC--TATT--C-A-AAAT--G-GCC-TTGA
gi|121663 : ttgaaattaataAAATGAAGG-GATTT-T--TT-TT-T---TA-T-A------T--A------T----AAAG------TA--------TA-T-----TTG--GA------GT-------GTCC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ATC-TTGA
gi|121664 : ttgAAAG-AAGG-AACTT-T--AT-TC-T---CA-T-A------A--A------A----G--G------TA--------TA-TATGT-TCC--TA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-C-A-AAAT--G-TCC-TTGA
gi|121665 : ttgAAAG-AAGA-AACTT-T--TT-CC-T---CA-T-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GAATATATAT-------AATC--TTG-ATCC--T-TC--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121666 : ttgAAAT-AAGG----TT-G--TT-TA-A---TA-T-A------C--A------T----G--G------AA--------TG-T--AT-TTTA-GA------AT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAC--G-ACC-TTGA
gi|121667 : tttAAT-AAGA-CAATT-T--CC-CC-T---TG-C-A------T--A------T----G--G------TA--------GA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACT--TCG-A-CC--T-TT----A-AATT--G-A
gi|121668 : tatAAT-AAGA-CAATT-T--CC-CC-T---TG-C-A------T--A------T----G--G------TA--------GA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACT--TCG-A-CC--T-TT----A-AATT--G-A
gi|121669 : tatAAAT-AAA---AGTT-T--TT-G--T---CA-T-A------T--A------CA---G--G------TA--------TA-T--G---TT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CA--T-TT--ACA-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121670 : tgAAAT-GAGG--GTTT-A--TT-GC-A---TA-T-A------C--A------A----G--G------TA--------TA-A--GT-TGT--AA------CT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--A-A-AAAT--G-ACT-TTGA
gi|121671 : tgAAAAT-AAGG-CACTT-T--CC-CC-C---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121672 : AAAAT-AAGG-CACTT-T--CC-CC-C---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA---------A-T--GC--TT--GA------GT-------GACC---TG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121673 : AATT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-C---TA-T-A------T--ACATGTAT----G--G------TACAACTGTATA-T--GC-TTT--GA------AT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--T-ACC-TTGAT
gi|121674 : AAAT-AAG--CACTT-T--T--CC-A---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TC-T--GCTTTT--GT------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121675 : AAAT-AAGG-CATTT-T--TC-TC-A---TG-T-A------T--A------A----G--G------TACTA-----TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTGCA-CCT-T-TT--G-A-AAAT--GAACC-TTGAT
gi|121676 : AAAT-AAGG-AACTT-T--CT-CC-T---CA-T-T------T--T------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TTT--GG------GT-------GACC--TTGAA-CT--T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121677 : AAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CC-T---TT-T-A------C--A------A----G--G------TA--------TA-C--AT-TCA--GA------GT-------GACA--TTG-A-CT--T-TTC-G-A-AAGT--G-ACA-TCGGT
gi|121678 : AAT-AAGG-AACCT-T--TT-CA-T---TG-T-A------TTTA------T----T---------TA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTCAA-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121679 : T-AAGA--ACTT-T--AT-CC-T---CA-T-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T---C-TTCA-GA------GT-------GACC--TCA-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121680 : TT-T--TC-CC-T---TT-C-A------T--A------TTTAAG--G------TA--------TA-T--G---TT--GA------AT-------GACC--TTG-A-TC--T-TTA-A-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121681 : T-T--TT-CC-T----A-T-A------C--A------A----A--A------TA--------TA-T--AT-TTT--AA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ACC-TTAA
gi|121682 : -CC-C---TAGT-A------T--A------T----G--A------TA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTA-A-CT--T-TC--A-A-AAAT--A-ACC-TTGA
gi|121683 : -CC-T---TA-A-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------AACC--TTG-A-CC--T-TT--G---AAAT--G-ACC-TT
gi|121684 : C-C---TA-T-A------T--A------C----A--G------TA--------T-----GC-TTT--GA------GT-------GACCAGTTG-G-AC--C-TT--G-A-AAAT--G-ACC-T
gi|121685 : ---TA-T-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTC-A-CC--TCTC--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121686 : --G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------AGCC--TTG-A-CC--T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121687 : A-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121688 : T-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
blockSeqs : C AC CT G TATC CATGTA CATGTAT AA TTACCA CAACTGTA T AT CT CC ATATAT TCTGAGT C TT A CAA
blockSeqs : G C . C CT . TTTAA T . CTA T AT C A . G A T C CAA
blockSeqs : G C . . CT . TAA . . T . . C A . G . A . CA
blockSeqs : . C . . CC . CA . . . . . C . . . . T . CA
blockSeqs : . A . . AT . T . . . . . T . . . . T . CA
blockSeqs : . A . . AA . T . . . . . C . . . . T . AC
blockSeqs : . C . . A . T . . . . . T . . . . T . CC
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . C . . . . . . AC
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . C . . . . . . CC
blockSeqs : . C . . A . T . . . . . T . . . . . . AC
blockSeqs : . A . . T . T . . . . . T . . . . . . AC
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . C . . . . . . CG
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . C . . . . . . AC
blockSeqs : . C . . C . A . . . . . T . . . . . . AA
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . C . . . . . . AC
blockSeqs : . A . . T . T . . . . . C . . . . . . G
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . A . . T . T . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . A . . T . T . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . C . . T . A . . . . . C . . . . . . T
blockSeqs : . A . . T . A . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . C . . A . A . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . G . . T . A . . . . . C . . . . . . G
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . A . . T . C . . . . . C . . . . . . C
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . A . . T . A . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . A . . T . A . . . . . T . . . . . . A
blockSeqs : . C . . A . T . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . A . . T . A . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . G . . T . A . . . . . T . . . . . . C
blockSeqs : . A . . T . A . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . A . . G . T . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . C . . T . A . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . C . . T . C . . . . . T . . . . . . C
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . C . . . . . . C
blockSeqs : . C . . A . A . . . . . C . . . . . . A
blockSeqs : . C . . T . A . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . C . . . . . . C
blockSeqs : . C . . T . T . . . . . C . . . . . . C
blockSeqs : . A . . A . T . . . . . C . . . . . . G
blockSeqs : . A . . C . A . . . . . C . . . . . . C
blockSeqs : . A . . C . T . . . . . T . . . . . . C
blockSeqs : . . . . C . T . . . . . T . . . . . . A
blockSeqs : . . . . A . T . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . . . . A . A . . . . . C . . . . . . G
blockSeqs : . . . . T . A . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . . . . T . A . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . . . . T . T . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . . T . A . . . . . C . . . . . . C
blockSeqs : . . T . A . . . . . T . . . . . . A
blockSeqs : . . T . T . . . . . C . . . . . . G
blockSeqs : . C . A . . . . . T . . . . . . G
blockSeqs : . T . C . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : C . A . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
finalCons : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 2 55 0 11 1 22222 0 0 222222 11 77777777777 11 222222 44444444 1 11 11 22 111111 3333333 00 1 0 44 1 2222 0 00 0 0
lowQualScore : . .. . .. . ..... . . ...... .. ........... .. ...... ........ . .. .. .. ...... ....... .. . . .. . .... . .. . .
lowQualScore : 4 33 8 00 5 77777 7 7 000000 00 22222222222 66 000000 44444444 4 99 88 33 999999 5555555 99 3 7 99 3 7777 7 99 7 7
consensus : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
Reference ( family-368 ) : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121629 : AAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CC-A---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-ATT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CT--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121630 : ttAACAT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-A---TA-T-A------A--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121631 : ttAAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CCCT---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA---------A-T--GC-TT---GA-------T-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-T-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121632 : ttAAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CCCT---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA---------A-T--GC-TT---GA-------T-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-T-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121633 : ttAAAT-AAGG-AGCTT-T--TT-CA-T---TG-T-A------T--T------T----G--A------TA--------GATT--TT-TTT--CA------GTG------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACC-TTG
gi|121634 : ttgAGAAT-AAGAACACTT-T--CC-CC-CC--TA---A------T--A------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121635 : ttAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CA-T---TG-T-A------T--T------T----T--A------TA--------TA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TCG-A-CC--T-TC--T-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121636 : ttgAAAAT-AAGA-CACTT-T--TC-CC-A---TT-C-A------T--A------T----G---------T---------TA-T--GC-TTT--TA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-CCC-TTGAT
gi|121637 : ttAAAAT-AAGG-CAC-T-T--TT-CC-TATCTA-T-A---------A------T----G--G------TA---------A-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCT-T-TT--G-A-AA------ACCGTTGAT
gi|121638 : ttAAAT-AAGG-CATCT-T--TT-CC-T---TA-T-A------T--A------TAA--G--G------TA--------TA-T--GT-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-G-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ATC-TT
gi|121639 : ttgAATAT-AAGG-CACTT-T--CT-CC-T---TA-T-A------T--A------T----G-----------------------------TT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121640 : ttAAGT-AAGG-AACTT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------A----A--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCA-T-TC--C-C-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121641 : tttAAAAT-AAGG-CACTT-T--TC-CC-C---TA-T-A------C--A------T----G--G------TAT-------TATT--AC-TTT--GG------ATG------GATC--TTG-A-CC--T-TT--G-G-AAATGGG-ACC-ATGAT
gi|121642 : ttAAAATCAAGG-CACTT-T--TC-CC-T---TA-TAA------C--A------T----G--G------TA--------TA-T---C-TTT--GA-------T-------GATC--TTG-A-CC--T-TT--G---AAAT--G-ACC-ATGAT
gi|121643 : ttAAAT-AAGG--ACCT-T--TT-CA-T---TG-T-A------T--T------T----TT-A------TA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTCAA-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121644 : ttgAAAGT-AAG--CACTT-TCTTT-CC-T--------A------T--G------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--ATG-A-CC--T-TT--A-A-AAAT--G-ACC-CCGAT
gi|121645 : ttAAAAT-GGGG-CACTT-T--TT-CC-T---AT-T-A------T--A------T----G--GTTACCATA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GAC----TG-A-CC--T-TT--G-C-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121646 : ttAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-TCAT---TA-T-A------T--A------A----G--A------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------AACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121647 : ttgAAAAT-AAGG-CACTT-T--TA-CA-T---TA-T-A------T--A------A----G--A------TA--------AA-T--AT-TTT--GA------TT-------GACC--TTG-A-CC--A-TT--G---AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121648 : tcAAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CC-T---CA-T-A------C--G------A----G--G------TA--------TA-T--AT-ATTCCAA------AT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-A-A-AAAT--G-ACT-TTGA
gi|121649 : ttAAAT-AAGA-AACTT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------A----A----------A--------TT-T--GC-TGT--GA------GT-------TACC--TTG-A-TT--T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121650 : ttgAAATGAAAG-C--TTAT--TT-TC-A---TA-T-A------C--A------T----G--G------TA--------TA-T--AT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--T-ACC-TTGA
gi|121651 : ttgAAAT-AAGG-AACTT-T--T--CC-T---CA-T-A------T-----------------G------TA--------TA-T-------T--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCTTT-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121652 : ttgAGAAT-AAGG-CACCT-T--T--CC-T---TA-T-A------T--A------C----C--C------AA--------TA-T--GT-ATT--GA------GT-------GACC--TTG-T-CC--T-TT--G-A-AAAT--T-GCC-TTGAT
gi|121653 : ttAAAGT-AAGG-GACCT-T--TTGCC-T---TA-T-ACATGTAT--A------T----G--G------TA--------TA-TATGC-TTT--CA------GT-------GACC--ATC-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-AGC-T
gi|121654 : ttAAAT-AAGG-CACAT-T--TT-CC-T---AA-A-A------T--A------A----G--G------GA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--C-A-AAAT--A-ATG-TTGA
gi|121655 : ttgAAAT-AAGG--ATTT-T--TTCCC-T---CA-G-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--AC-ACT--GA------GT-------GACT--TTA-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-CCGA
gi|121656 : ttgAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CA-T---AG-T-A------T--T------T----T--G------GA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTG-A-CC----TT--A-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121657 : ttgAAGAT-AAGA-CACTT-T--T--CC-A---TA-T-T------T--A------A----C--G------TA--------TA-T--GT-CTT--GA------AG-------GACC--TTG-G-CC--C-TT--G---AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121658 : ttAATT-AAGG-AACTT-T--TT-CC-T---CA-T-A------C--G------A----G--G------TA--------TA-T--CT-TCC--GA------GT-------AACC--TTG-A-CC--T-TT--C-AGAAAT--G-ACC-CTGA
gi|121659 : ttgAAAT-AAGC-AACTT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------A----G--A------TG--------TA-T--TT-TCT--GA------GT-------AACC--TTG-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--A-ACC-TTGA
gi|121660 : ttgAAAT-AAGA-CA-TT-T--TT-CA-T---TA-T-A------T--A------T----G--A------TC--------TA-T--GT-TCT--GA------GTTCTGAGTGACC--TGA-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACT-TTAAT
gi|121661 : ttgAAAT-AAGG-AACTT-T--TT-TC-AA--TA-T-A------T--A------A----G--A------TA--------CA-T--GT-TCT--C--------T-------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-C-A-AAGT--G-ACC-TTGA
gi|121662 : ttgACTT-T--TG-CC-G---TA-T-G------T--G------C----G--G------TA--------TA-T--AT-TAT--AA------GT-------GGCC--TTG-A-CC--TATT--C-A-AAAT--G-GCC-TTGA
gi|121663 : ttgaaattaataAAATGAAGG-GATTT-T--TT-TT-T---TA-T-A------T--A------T----AAAG------TA--------TA-T-----TTG--GA------GT-------GTCC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ATC-TTGA
gi|121664 : ttgAAAG-AAGG-AACTT-T--AT-TC-T---CA-T-A------A--A------A----G--G------TA--------TA-TATGT-TCC--TA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTC-C-A-AAAT--G-TCC-TTGA
gi|121665 : ttgAAAG-AAGA-AACTT-T--TT-CC-T---CA-T-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GAATATATAT-------AATC--TTG-ATCC--T-TC--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121666 : ttgAAAT-AAGG----TT-G--TT-TA-A---TA-T-A------C--A------T----G--G------AA--------TG-T--AT-TTTA-GA------AT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAC--G-ACC-TTGA
gi|121667 : tttAAT-AAGA-CAATT-T--CC-CC-T---TG-C-A------T--A------T----G--G------TA--------GA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACT--TCG-A-CC--T-TT----A-AATT--G-A
gi|121668 : tatAAT-AAGA-CAATT-T--CC-CC-T---TG-C-A------T--A------T----G--G------TA--------GA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACT--TCG-A-CC--T-TT----A-AATT--G-A
gi|121669 : tatAAAT-AAA---AGTT-T--TT-G--T---CA-T-A------T--A------CA---G--G------TA--------TA-T--G---TT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CA--T-TT--ACA-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121670 : tgAAAT-GAGG--GTTT-A--TT-GC-A---TA-T-A------C--A------A----G--G------TA--------TA-A--GT-TGT--AA------CT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--A-A-AAAT--G-ACT-TTGA
gi|121671 : tgAAAAT-AAGG-CACTT-T--CC-CC-C---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121672 : AAAAT-AAGG-CACTT-T--CC-CC-C---TA-T-A------T--C------T----G--G------TA---------A-T--GC--TT--GA------GT-------GACC---TG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121673 : AATT-AAGG-CACTT-T--TT-CC-C---TA-T-A------T--ACATGTAT----G--G------TACAACTGTATA-T--GC-TTT--GA------AT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--T-ACC-TTGAT
gi|121674 : AAAT-AAG--CACTT-T--T--CC-A---TA-T-A------T--A------T----G--G------TA--------TC-T--GCTTTT--GT------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121675 : AAAT-AAGG-CATTT-T--TC-TC-A---TG-T-A------T--A------A----G--G------TACTA-----TA-T--GC-TTT--GA------GT-------GACC--TTGCA-CCT-T-TT--G-A-AAAT--GAACC-TTGAT
gi|121676 : AAAT-AAGG-AACTT-T--CT-CC-T---CA-T-T------T--T------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TTT--GG------GT-------GACC--TTGAA-CT--T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGGT
gi|121677 : AAAT-AAGG-AACTT-T--TT-CC-T---TT-T-A------C--A------A----G--G------TA--------TA-C--AT-TCA--GA------GT-------GACA--TTG-A-CT--T-TTC-G-A-AAGT--G-ACA-TCGGT
gi|121678 : AAT-AAGG-AACCT-T--TT-CA-T---TG-T-A------TTTA------T----T---------TA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TTCAA-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121679 : T-AAGA--ACTT-T--AT-CC-T---CA-T-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T---C-TTCA-GA------GT-------GACC--TCA-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121680 : TT-T--TC-CC-T---TT-C-A------T--A------TTTAAG--G------TA--------TA-T--G---TT--GA------AT-------GACC--TTG-A-TC--T-TTA-A-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121681 : T-T--TT-CC-T----A-T-A------C--A------A----A--A------TA--------TA-T--AT-TTT--AA------GT-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--ACA-AAAT--G-ACC-TTAA
gi|121682 : -CC-C---TAGT-A------T--A------T----G--A------TA--------CA-T--GT-TCT--CA------GT-------GACC--TTA-A-CT--T-TC--A-A-AAAT--A-ACC-TTGA
gi|121683 : -CC-T---TA-A-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------AACC--TTG-A-CC--T-TT--G---AAAT--G-ACC-TT
gi|121684 : C-C---TA-T-A------T--A------C----A--G------TA--------T-----GC-TTT--GA------GT-------GACCAGTTG-G-AC--C-TT--G-A-AAAT--G-ACC-T
gi|121685 : ---TA-T-A------T--A------A----G--G------TA--------TA-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTC-A-CC--TCTC--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121686 : --G------TA--------TA-T--GC-TTT--GA------GT-------AGCC--TTG-A-CC--T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGAT
gi|121687 : A-T--GT-TCT--GA------GT-------GACC--TTG-A-CCT-T-TT--C-A-AAAT--G-ACC-TTGA
gi|121688 : T-------GACC--TTG-A-CC--T-TT--G-A-AAAT--G-ACC-TTGGT