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Reference ( gi|103867 ) : ATTTTGTC-C-----A-T---GTC--CT--TC--------------A----AC-------------TCC--AG--CC---A---T--TC-TTAA-T---T----AG-------G-CA---GCT----A--GA-T--T--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------C------T-----GA-----TT--------T----CT-----A-AA---T-------T-G--T--A-AA-CG-C--A-T-C---A-G------C---A--TGAAG--AT--A-G-G-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---A-TA------T-A------CAA--T-CA-TT-TGATTTT
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gi|103879 : aaatccTC-C-----A-C---GCC--CT--TCTACATTG-------A----AA-------------TCCT-AA-------A---T--CC-TTAA-----------G-------G-CA---A----------A-T--T--G----C-A-G--T---GGA------G------A------A------CCTAAATT-----GA-----TT--------T----CT-----A-AA---A-------T-G--T--C-AA-AG-C--A-C-C---A-T------C---G--TGATG--AT--A-T-A-C-AA--A-
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gi|103881 : TC-C-----A-C---GTC--CT--TC--------------T----ACATTGAAATCATAATCC--GC--CC---A---TGCTT-TTAA-T---TTTTAAG-------G-CA--------------A-T--T--C----C-T-G--T----GACGCT--A------A------A------T------T-----TA-----TT--------T----CT-----A-AA---A-------T-G--T--T-AA-AG-C--A-C-C---ATGATGGGTC---A--TGATG--AT--A-T-G-C--A--A-T-AG--GCAAA---A-CA------T-A------TAA--T-TA-TT-
gi|103882 : C-C-----A-C---GCC--CT--TC--------------T----AC-------------ACTGAAGATCC---G---C--CT-TTGT-T---T----A-----------A---GGT----A--AA-T--C--G----C-A-G--T---GGA------G------A------AACTAAAT------T-----GA-----TT--------C----CT-----A-AA---A-------T-G--T--T-AA-TT-C--A-C-C---A-T------C---A--TGA--------------T-AA--A-T-AGA-GC-AA---A-TA------T---------AA--T-TA-TT-ACATTTT
gi|103883 : -----A-T---ATC--CT------------------A----ACA------------TCC--GC--CC---A---T--GC-TT---T---TGAC-AG-------G-CAATTGCC----A--GA-G--C--G----A-A-GGCT---TGA--------------------A------T------T-----GA-----TT--------T----CT-----A-AC---A-------T-G--T--T-AA-AG-C--A-C-C---G-T------C---A--TGATC--AT--ATG-G-C-----A-T-----GC-AA---A-TA------T-A------TTA--T----TT-TGAATT
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gi|103873 : tcttgtctcctatatTTTTGTCCCCTATA-TTTTGTC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GG---TT---A---T--T-TTTA---A----GT----AA-------A-CAA---CT----A--GGGTT--GTGCGC-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--AA-TT--------T-CT--GAA-AAAAATAAT----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C---A-G------C---A--TGAAG--AT--A-GG-----------------------------------------CAA--T-CA-TT-TGATTTT
gi|103875 : TTTTCTCC-----A-C---GCC--C-T-T-CTGC----------A----A-CGAAATCCTAAA--TC-----C-GC---CC---A---T--G-CTTA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-A--T---GAA------G------A------GGCCAATT-T--GG-TT--------T-CT--AA-----------------------------------G-C--A-C-C---A-T------C---A--TGAT---AT--A-TG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ACA------
gi|103876 : TCTGTC------A-T---GCCGGC-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----CCGA---CC---A---A--T-TTTA---A----TT----GGAGCAATAG-CAA---CT----A------T--G----C-A-GCCT---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-C-------T----G----------T--ACAA-CG-C--A-T-CTCGA-G------C---A--TGAAG--AT--A-GAAC-AA--A-T-G-A-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-CA-TTCTGATT
gi|103877 : TTATCC-----A-C---GTC--C-T-T-CTACATTGAAATATA----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTA---A----TTTTTAAG-------G-CAA---------------TT--C----C-T-G--T----GACGCT--A------A------A------T-T--TA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---ATGATGGGTC---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGG-CT-AA---ACA------T-A------TAA--T-TA-TT-
gi|103878 : GTCC-----A-T---GCCAGT-T-T-C-------------A----T-T-------------TC--------G---AC---A---T--T-TATG---A----TT-----G-------G-C-----CT----A--G--TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A---------------T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------TA---G----------T--A-AA-CGCC--A-T-----A-G------C---A--TGAGG--ATGGA-GA-C--A--A-T--GA-GC-AA---AT
gi|103879 : TCC-----A-C---GCC--C-T-T-C-------------T----A-C-------------AT-----T-GAAATCCTAAA---T--C-CTTA--------------AG-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-G--T---GGA------GAACCTAA------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--C-AA-AG-C--A-C-C---A-T------C---G--TGATG--AT--A-TA-C-AA--A-
gi|103880 : -------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTA---A----TTTTTAAG-------G-CAA-------------A-TT--C----C-T-G--T----GACGCT--A------A------A------T-T--TA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---ATGATGGGTC---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGG-CT-AA---ACA------T-A------TAA--T-TA-TT-
gi|103881 : tccacgtccttctacattgaaatcatTCC-----A-C---GTC--C-T-T-C-------------T----A-CATTGAAATCATAATC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTA---A----TTTTTAAG-------G-CAA---------------TT--C----C-T-G--T----GACGCT--A------A------A------T-T--TA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---ATGATGGGTC---A--TGATG--AT--A-TG-C--A--A-T-AG--GCAAA---ACA------T-A------TAA--T-TA-TT-
gi|103882 : CC-----A-C---GCC--C-T-T-C-------------T----A-CACTGAAGA-----TC-----C-G----CC---T---T--TGTTTA---A-----------G-------G-TAA-------------A-TC--G----C-A-G--T---GGA------G------A------AACTAAAT-T--GA-TT--------C-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-TT-C--A-C-C---A-T------C---A--TGAT--------------AA--A-T-AGA-GC-AA---ATA------T---------AA--T-TA-TT-ACATTTT
gi|103883 : -----A-T---ATC--C-T-----------------A----A-CA------------TC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTG---A----C-----AG-------G-CAATTGCC----A--GA-GC--G----A-A-GGCT---TGA--------------------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAC-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---G-T------C---A--TGATC--AT--ATGG-C-----A-T-----GC-AA---ATA------T-A------TTA--T----TT-TGAATT
gi|103884 : -------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---C--G-CTTA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-G--T---GGA------G------A------AGCTAAAC-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AT-C--A-C-C---A-T------C---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGA-GC-CA---ATG------T-A------
gi|103885 : tcct-------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CA---A---T--G-CTTA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-A--T---GAA------G------A------GGTTAACT-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----GA---------T--A-AA--G-C--A-C-C---A-T------C---A--CGATG--GT--A-TG-C-AA--A-T-GCA-CC-AA---ATA------T---------GA--T-AA-TT-AGATTCT
gi|103886 : tcct-------------A----A-G-------------TC-----C-AC---CC---A---T--G-CTTA---A-----------G-------G-CAAA--CTGA--A--GA-----G----A-A-G-------AA------GCTA---A------A------T-A--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----C----------TTTA-AA--G-C--A-C-C---A-T------C---A--TGATA--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGA-GA-AA---ATA------T-AAT----CAA--TACATTT-TGAATTT
gi|103887 : tcct-------------A----A-T-------------TC-----T-GC---CC---A---T--G-CATA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-G--T---GGA------G------A------AGCTAAAT-T--GA-TT--------T-TT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-T--A-C-C---A-T------C---A--TGATG--AT--A-TG-C--A--A-C-GGT-GC-AG---A
gi|103888 : tcct---A----TA----AG-------G-CAA-------------A-TC--G----T-A-G--T---GGA------G------A------AGCAAAAT-T--GA-TT--------T-CT--AAA-C-------T----G----------T--T-AA-AG-T--A-T-C---A-T------C---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-
gi|103889 : tcctaattctgcccttgc--C-C-T-C-------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---T--G-CTT----------T----GG-------A-CAG---CC----A--AA-TT--G----C-A-GA-G---CGAAGCT--G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAC-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---G-T------C---A--TGATC--AT--A-TG-C-----A-T-----GC-AA---ATA------T---------AA--T-TA-TT-
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gi|103897 : -TT--G----CCA-G--T---GGA------G------AGCCTA-A------A-T--GA-TT--------T--T--AGA-A-------T----G----------TCAA-AG-TA-C--A-T-C---A-T------C---A--TGAT---AT--A----C-AA--A-T-GGA-GC-AA---A-A------TCA------CCA--T-TA-TT-TGATTT
gi|103898 : T--A----C-A-G--TCTGTGA------G------T------A------T-TACGA-TT--------T-----AAA-A-------T----A----------TT-A-AC-CG-CCGA-T-C---A-G-------------TGAAG--AT--A-GGGC-AA--A---GGA-GC-AA---ATAGT----T-A------CAA--T-CA-TT-TGATTT
gi|103899 : A------A------A------A------T-T--GA-TT--------T-TTA-AAA-A-------T----T----------T--A-AA--G-C--A-C-C---A-T------C---A--TTGAG--AT--A-TG-CGAA--A-T-GGA-GC-AA---ATG------T---------AA--T-TA-TT-GAATTTT
gi|103900 : ---A-G------C---A--TGGAG--AT--A-GG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAT--T-CA-TT-TGATTTT
gi|103901 : --A-GA-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-TA-TT-TGACTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|103874 ): TTTTCCCCATGCCCTTCTACACTGAAATCCTAAATCCGTCCATGCTTAAAGCAAATTGCAATGAATTTCTAAAATGTTGAAGCACCATCATGATGACATGCAAATGAAACAAGT
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Reference ( family-367 ) : ATTTTGTCC-----A-T---GCC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GG---CC---A---T--T-TTTA---A----TT----AG-------G-CAA---CT----A--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C---A-G------C---A--TGANG--AT--A-GG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-CA-TT-TGATTTT
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gi|103858 : tATTTTGTCC-----A-T---GTC----T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GT---CC---A---T--T-TTTA---A----TT----AG-------G-CAG----------------------------------------------------------A------T-T--GA-TT--------C-TT--ACA-A-------TTATTG----------T--A-GA-CG-C--A-T-C---A-G------C---A--TGACG--AT--A-GA-C-AA--C-T-GGA-GC-A-----------------------AA--T-CA-TT-TGATTTT
gi|103859 : tATTTTGTCC-----A-T---GTC----T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GT---CC---A---T--T-TTTA---A----TT----AG-------G-C-----------A--GA-TT--G------A-T--T---CTA------C------A------A------T-T---A-T---------------------------T----G----------T--A-GA-CG-C--A-T-C---C-G----------A--TGACG--AT--A-GGAC-AA--C-T-GGA-GC-A-----------------------AA--T-CA-TT-TGATTTT
gi|103860 : tATTTTGTCC-----A-T---GCC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-TG---CC---A---T--G-TTTA---A----TT----AG-------G-CAA---CT----A--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-AG--CAA-A-------T----A----------T-----A-C--C--A-T-C---A-
gi|103861 : tATTTTGTCA-----A-T---GCC--C-T-TCC-------------A----A-C-------------TC-----C--G---CC---A---T--T-CTTA---AG---TT----AG-------C-CAG---CT----A--GA-TT--G----C-CTGCCT---TGA------G------A------AG-----T-T--GA-TT--------T--T--GAA-A-------T----G----------T----AA-CG----A-T-C---A-G------C---A--TGAAG--AT--A-G----AA--A-T-GGA--C-AA---ATA------C-ATGCTAGCAA--T--A--T-TGATT
gi|103862 : tCC--C-TCT-C-------------A----AAC-------------TT-----C-CG---CC---A---T--T-TTTA---A----TTGAA-AG-------G-CG----CT----A--AC-TT--G----C-A-G--T----GA------G------A------A------T-T--TA-TT--------TTCT--AAA-A-------T---------------T--A-AA-TG-C--A-T-C---A-G------C---A--T-AAG--ATG-A-GA-C-AA--ATT-GGAGGC-AA---ATAT-----T-A------CAA--TACA-TT-TG-TTTT
gi|103863 : tatatttgcctATTTTGCCC-----A-T---GCC--C-T-T-C-------------A----A-T-------------TC-----C-AC---CC---A------T-GCTA---A----TT----AG-------G-C-----------A--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------------------------------------------------A-------T----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C-----------------------------------------------A-GC-AA---ATA------T-A------TAA--T-TA-TT-TGATTTT
gi|103864 : tATTTT-TCC-----A-T---GTC--C-T-T-T-------------ATTGAA-A-------------TC-----T-GG---TC---A---T--G-CTTA---A----TT----AG-------G-------------------TT--G-----------T---GGA------G------A------A------T-T--TG-TT--------T-CT------------------------------T--A-AA-TG-C--A-T-C---A-G------A---A--ATATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-GGA-AG-AA---ACT------T-A------CAA--T-CA-TT-AAATTT
gi|103865 : tATTTT-TCC-----A-T---GTC----T-T-C-------------C----A-C-------------TC-----C-AG---CC---A---T--T-ATTA---A----TT----AG-------G-C-----------A--GA-TTG-G----T-A-G--T---T-A------G------A------A--------T--GA--T--------T-CT--GCA-A-------T----GAACAAGTGATT--A-AAGCG-CA-A-TGC---A-G------C---A--CATAG--AT--A--G-C-TATTA-T-GGATGC-AA---AAT------T-G------AAG--T-CA-TT-T-ATT
gi|103866 : tATTTTTTCC-----A-C---GCC--C-T-T-CTAAATTTA-----A----A-C-------------CCAAATTC-GT---CC---A---T--G-TTTA--------------GG-------G-CAA---AT----T--AA-TT--G----C-A-G--T---GGA------G------A------G------TCT--AAGTTAACATATAT-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-T--A-C-C---A-T------C---A--TGATA--AT--A-TG-C-AA--A-T-GGC-GC-AA---ATT------T-A------
gi|103867 : tATTTTGTCC-----A-T---GTC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-AG---CC---A---T--T-CTTA---A----TT----AG-------G-CAG---CT----A--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------C-T--GA-TT--------T-CT--AAA-T-------T----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C---A-G------C---A--TGAAG--AT--A-GG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-CA-TT-TGATTTT
gi|103868 : TTTTTTCC-----A-T---GTC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GG---CC---A---T--A-TTTA---A----TT----AG-------G-CAA---CT----ATAGA-TT--A----C-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C---A-G------C---A--TGAAG--AT--A-GG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-CA-TT-TGATTTT
gi|103869 : TTTTGTCC-----A-T---GCC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GA---CC---A---T--T-TT-A---A----TT----GG-------G-CAA---CT----A--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--A-AA-CA-C--A-T-C---A-G------C---A--TGAAG--AT--A-GA-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-CA-T
gi|103870 : TTTTGTCC-----A-T---GCC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GG---CC---A---T--T-TTTA---A----TT----AG-------G-CA-----T--------A-TT--G----T-A-G--T---TGA------G------A------AC-----T-T--GA-TTC-------T-AT--ACA-A-------T----G----------T--A-AA-CG-C--ATT-C---A-G------C---A--TTAAG--AT--A-GA-C-AA--A-T-GAG-AC-AA---ATAT-----T-A------TAA--T-CA-TT-TGAT
gi|103871 : TCTTGTCC------------CC--TAT-T-C-------------A----A-C-------------AC-----C-GA---CC---A---T--T-TTTA---A----TT----GG-------G-CAA---C-----A--AA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------T----------------------------------------G----------T--A-AA-CA-T--A-T-C---A-G------C---A--TGAAG--AT--A-GA-C-AA--A-T-GGA-AC-AA---ATA------T-G------CAA--T-CA-TT-TGATTT
gi|103872 : -T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GG---CC---A---T--T-TTTA---A----TT----AG-------G-CAG---CT----A--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CTA-AAA-A-------T----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C---A-
gi|103873 : tcttgtctcctatatTTTTGTCCCCTATA-TTTTGTC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GG---TT---A---T--T-TTTA---A----GT----AA-------A-CAA---CT----A--GGGTT--GTGCGC-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--AA-TT--------T-CT--GAA-AAAAATAAT----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C---A-G------C---A--TGAAG--AT--A-GG-----------------------------------------CAA--T-CA-TT-TGATTTT
gi|103875 : TTTTCTCC-----A-C---GCC--C-T-T-CTGC----------A----A-CGAAATCCTAAA--TC-----C-GC---CC---A---T--G-CTTA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-A--T---GAA------G------A------GGCCAATT-T--GG-TT--------T-CT--AA-----------------------------------G-C--A-C-C---A-T------C---A--TGAT---AT--A-TG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ACA------
gi|103876 : TCTGTC------A-T---GCCGGC-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----CCGA---CC---A---A--T-TTTA---A----TT----GGAGCAATAG-CAA---CT----A------T--G----C-A-GCCT---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-C-------T----G----------T--ACAA-CG-C--A-T-CTCGA-G------C---A--TGAAG--AT--A-GAAC-AA--A-T-G-A-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-CA-TTCTGATT
gi|103877 : TTATCC-----A-C---GTC--C-T-T-CTACATTGAAATATA----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTA---A----TTTTTAAG-------G-CAA---------------TT--C----C-T-G--T----GACGCT--A------A------A------T-T--TA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---ATGATGGGTC---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGG-CT-AA---ACA------T-A------TAA--T-TA-TT-
gi|103878 : GTCC-----A-T---GCCAGT-T-T-C-------------A----T-T-------------TC--------G---AC---A---T--T-TATG---A----TT-----G-------G-C-----CT----A--G--TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A---------------T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------TA---G----------T--A-AA-CGCC--A-T-----A-G------C---A--TGAGG--ATGGA-GA-C--A--A-T--GA-GC-AA---AT
gi|103879 : TCC-----A-C---GCC--C-T-T-C-------------T----A-C-------------AT-----T-GAAATCCTAAA---T--C-CTTA--------------AG-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-G--T---GGA------GAACCTAA------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--C-AA-AG-C--A-C-C---A-T------C---G--TGATG--AT--A-TA-C-AA--A-
gi|103880 : -------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTA---A----TTTTTAAG-------G-CAA-------------A-TT--C----C-T-G--T----GACGCT--A------A------A------T-T--TA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---ATGATGGGTC---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGG-CT-AA---ACA------T-A------TAA--T-TA-TT-
gi|103881 : tccacgtccttctacattgaaatcatTCC-----A-C---GTC--C-T-T-C-------------T----A-CATTGAAATCATAATC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTA---A----TTTTTAAG-------G-CAA---------------TT--C----C-T-G--T----GACGCT--A------A------A------T-T--TA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---ATGATGGGTC---A--TGATG--AT--A-TG-C--A--A-T-AG--GCAAA---ACA------T-A------TAA--T-TA-TT-
gi|103882 : CC-----A-C---GCC--C-T-T-C-------------T----A-CACTGAAGA-----TC-----C-G----CC---T---T--TGTTTA---A-----------G-------G-TAA-------------A-TC--G----C-A-G--T---GGA------G------A------AACTAAAT-T--GA-TT--------C-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-TT-C--A-C-C---A-T------C---A--TGAT--------------AA--A-T-AGA-GC-AA---ATA------T---------AA--T-TA-TT-ACATTTT
gi|103883 : -----A-T---ATC--C-T-----------------A----A-CA------------TC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTG---A----C-----AG-------G-CAATTGCC----A--GA-GC--G----A-A-GGCT---TGA--------------------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAC-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---G-T------C---A--TGATC--AT--ATGG-C-----A-T-----GC-AA---ATA------T-A------TTA--T----TT-TGAATT
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gi|103885 : tcct-------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CA---A---T--G-CTTA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-A--T---GAA------G------A------GGTTAACT-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----GA---------T--A-AA--G-C--A-C-C---A-T------C---A--CGATG--GT--A-TG-C-AA--A-T-GCA-CC-AA---ATA------T---------GA--T-AA-TT-AGATTCT
gi|103886 : tcct-------------A----A-G-------------TC-----C-AC---CC---A---T--G-CTTA---A-----------G-------G-CAAA--CTGA--A--GA-----G----A-A-G-------AA------GCTA---A------A------T-A--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----C----------TTTA-AA--G-C--A-C-C---A-T------C---A--TGATA--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGA-GA-AA---ATA------T-AAT----CAA--TACATTT-TGAATTT
gi|103887 : tcct-------------A----A-T-------------TC-----T-GC---CC---A---T--G-CATA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-G--T---GGA------G------A------AGCTAAAT-T--GA-TT--------T-TT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-T--A-C-C---A-T------C---A--TGATG--AT--A-TG-C--A--A-C-GGT-GC-AG---A
gi|103888 : tcct---A----TA----AG-------G-CAA-------------A-TC--G----T-A-G--T---GGA------G------A------AGCAAAAT-T--GA-TT--------T-CT--AAA-C-------T----G----------T--T-AA-AG-T--A-T-C---A-T------C---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-
gi|103889 : tcctaattctgcccttgc--C-C-T-C-------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---T--G-CTT----------T----GG-------A-CAG---CC----A--AA-TT--G----C-A-GA-G---CGAAGCT--G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAC-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---G-T------C---A--TGATC--AT--A-TG-C-----A-T-----GC-AA---ATA------T---------AA--T-TA-TT-
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gi|103893 : ---A---T--T-TTTA---A----TA----AG-------G-CAA---CTCAGTA--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-T-------T----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C-----------------------G--AT--A-GA-C-AA--A-T-GGA-GC-AT---ATA------T-A------CAA--T-CA-
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gi|103897 : -TT--G----CCA-G--T---GGA------G------AGCCTA-A------A-T--GA-TT--------T--T--AGA-A-------T----G----------TCAA-AG-TA-C--A-T-C---A-T------C---A--TGAT---AT--A----C-AA--A-T-GGA-GC-AA---A-A------TCA------CCA--T-TA-TT-TGATTT
gi|103898 : T--A----C-A-G--TCTGTGA------G------T------A------T-TACGA-TT--------T-----AAA-A-------T----A----------TT-A-AC-CG-CCGA-T-C---A-G-------------TGAAG--AT--A-GGGC-AA--A---GGA-GC-AA---ATAGT----T-A------CAA--T-CA-TT-TGATTT
gi|103899 : A------A------A------A------T-T--GA-TT--------T-TTA-AAA-A-------T----T----------T--A-AA--G-C--A-C-C---A-T------C---A--TTGAG--AT--A-TG-CGAA--A-T-GGA-GC-AA---ATG------T---------AA--T-TA-TT-GAATTTT
gi|103900 : ---A-G------C---A--TGGAG--AT--A-GG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAT--T-CA-TT-TGATTTT
gi|103901 : --A-GA-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-TA-TT-TGACTT
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originalCons : ATTTTGTCC-----A-T---GCC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GG---CC---A---T--T-TTTA---A----TT----AG-------G-CAA---CT----A--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C---A-G------C---A--TGANG--AT--A-GG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-CA-TT-TGATTTT
finalCons : ATTTTGTCC-----A-T---GCC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GG---CC---A---T--T-TTTA---A----TT----AG-------G-CAA---CT----A--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C---A-G------C---A--TGANG--AT--A-GG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-CA-TT-TGATTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|103874 ): TTTTCCCCATGCCCTTCTACACTGAAATCCTAAATCCGTCCATGCTTAAAGCAAATTGCAATGAATTTCTAAAATGTTGAAGCACCATCATGATGACATGCAAATGAAACAAGT
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gi|103863 : tatatttgcctATTTTGCCC-----A-T---GCC--C-T-T-C-------------A----A-T-------------TC-----C-AC---CC---A------T-GCTA---A----TT----AG-------G-C-----------A--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------------------------------------------------A-------T----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C-----------------------------------------------A-GC-AA---ATA------T-A------TAA--T-TA-TT-TGATTTT
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gi|103873 : tcttgtctcctatatTTTTGTCCCCTATA-TTTTGTC--C-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----C-GG---TT---A---T--T-TTTA---A----GT----AA-------A-CAA---CT----A--GGGTT--GTGCGC-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--AA-TT--------T-CT--GAA-AAAAATAAT----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C---A-G------C---A--TGAAG--AT--A-GG-----------------------------------------CAA--T-CA-TT-TGATTTT
gi|103875 : TTTTCTCC-----A-C---GCC--C-T-T-CTGC----------A----A-CGAAATCCTAAA--TC-----C-GC---CC---A---T--G-CTTA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-A--T---GAA------G------A------GGCCAATT-T--GG-TT--------T-CT--AA-----------------------------------G-C--A-C-C---A-T------C---A--TGAT---AT--A-TG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ACA------
gi|103876 : TCTGTC------A-T---GCCGGC-T-T-C-------------A----A-C-------------TC-----CCGA---CC---A---A--T-TTTA---A----TT----GGAGCAATAG-CAA---CT----A------T--G----C-A-GCCT---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-C-------T----G----------T--ACAA-CG-C--A-T-CTCGA-G------C---A--TGAAG--AT--A-GAAC-AA--A-T-G-A-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-CA-TTCTGATT
gi|103877 : TTATCC-----A-C---GTC--C-T-T-CTACATTGAAATATA----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTA---A----TTTTTAAG-------G-CAA---------------TT--C----C-T-G--T----GACGCT--A------A------A------T-T--TA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---ATGATGGGTC---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGG-CT-AA---ACA------T-A------TAA--T-TA-TT-
gi|103878 : GTCC-----A-T---GCCAGT-T-T-C-------------A----T-T-------------TC--------G---AC---A---T--T-TATG---A----TT-----G-------G-C-----CT----A--G--TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A---------------T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------TA---G----------T--A-AA-CGCC--A-T-----A-G------C---A--TGAGG--ATGGA-GA-C--A--A-T--GA-GC-AA---AT
gi|103879 : TCC-----A-C---GCC--C-T-T-C-------------T----A-C-------------AT-----T-GAAATCCTAAA---T--C-CTTA--------------AG-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-G--T---GGA------GAACCTAA------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--C-AA-AG-C--A-C-C---A-T------C---G--TGATG--AT--A-TA-C-AA--A-
gi|103880 : -------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTA---A----TTTTTAAG-------G-CAA-------------A-TT--C----C-T-G--T----GACGCT--A------A------A------T-T--TA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---ATGATGGGTC---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGG-CT-AA---ACA------T-A------TAA--T-TA-TT-
gi|103881 : tccacgtccttctacattgaaatcatTCC-----A-C---GTC--C-T-T-C-------------T----A-CATTGAAATCATAATC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTA---A----TTTTTAAG-------G-CAA---------------TT--C----C-T-G--T----GACGCT--A------A------A------T-T--TA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---ATGATGGGTC---A--TGATG--AT--A-TG-C--A--A-T-AG--GCAAA---ACA------T-A------TAA--T-TA-TT-
gi|103882 : CC-----A-C---GCC--C-T-T-C-------------T----A-CACTGAAGA-----TC-----C-G----CC---T---T--TGTTTA---A-----------G-------G-TAA-------------A-TC--G----C-A-G--T---GGA------G------A------AACTAAAT-T--GA-TT--------C-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-TT-C--A-C-C---A-T------C---A--TGAT--------------AA--A-T-AGA-GC-AA---ATA------T---------AA--T-TA-TT-ACATTTT
gi|103883 : -----A-T---ATC--C-T-----------------A----A-CA------------TC-----C-GC---CC---A---TGCT-TTTG---A----C-----AG-------G-CAATTGCC----A--GA-GC--G----A-A-GGCT---TGA--------------------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAC-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---G-T------C---A--TGATC--AT--ATGG-C-----A-T-----GC-AA---ATA------T-A------TTA--T----TT-TGAATT
gi|103884 : -------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---C--G-CTTA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-G--T---GGA------G------A------AGCTAAAC-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AT-C--A-C-C---A-T------C---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGA-GC-CA---ATG------T-A------
gi|103885 : tcct-------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CA---A---T--G-CTTA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-A--T---GAA------G------A------GGTTAACT-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----GA---------T--A-AA--G-C--A-C-C---A-T------C---A--CGATG--GT--A-TG-C-AA--A-T-GCA-CC-AA---ATA------T---------GA--T-AA-TT-AGATTCT
gi|103886 : tcct-------------A----A-G-------------TC-----C-AC---CC---A---T--G-CTTA---A-----------G-------G-CAAA--CTGA--A--GA-----G----A-A-G-------AA------GCTA---A------A------T-A--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----C----------TTTA-AA--G-C--A-C-C---A-T------C---A--TGATA--AT--A-TG-C-AA--A-T-AGA-GA-AA---ATA------T-AAT----CAA--TACATTT-TGAATTT
gi|103887 : tcct-------------A----A-T-------------TC-----T-GC---CC---A---T--G-CATA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-G--T---GGA------G------A------AGCTAAAT-T--GA-TT--------T-TT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-T--A-C-C---A-T------C---A--TGATG--AT--A-TG-C--A--A-C-GGT-GC-AG---A
gi|103888 : tcct---A----TA----AG-------G-CAA-------------A-TC--G----T-A-G--T---GGA------G------A------AGCAAAAT-T--GA-TT--------T-CT--AAA-C-------T----G----------T--T-AA-AG-T--A-T-C---A-T------C---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-
gi|103889 : tcctaattctgcccttgc--C-C-T-C-------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---T--G-CTT----------T----GG-------A-CAG---CC----A--AA-TT--G----C-A-GA-G---CGAAGCT--G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAC-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---G-T------C---A--TGATC--AT--A-TG-C-----A-T-----GC-AA---ATA------T---------AA--T-TA-TT-
gi|103890 : -T-T-CT------------A----A-A-------------TC-----T-GC---CC---A---T--G-CTTA---A-----------G-------G-CAA-------------A-TC--G----C-A-G--T---GAA------GCTA---A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--G-AA-AG-C--A-C-C---A-C------C---A--TAATG--AT--A-TG-C-AA--------------------A------T-A------TAA--T-TA-TT-AGATTTT
gi|103891 : -C-------------A----A-A-------------TC-----A-GC---CC---A---T--G-CTTG---A-----------G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-G--T---GGATAGGCTA------A------A------T-T--GA-TT--------T-CC--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-------A-T-C---T-C------CCTTA--TGATG--AT--A-AG-A-AA--A-T-AAA-GC-AA---ATA------T---------AA--T-TA-TT-AGATTTT
gi|103892 : -------------A----A-A-------------TC-----C-GC---CC---A---TG-C-TTTACTCAGCCTTT----AG-------G-CAA-------------A-TT--C----C-A-G--C---GGA------G------A------AGCTAAAT-T--GA-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-G---A-T------C---T--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-ACA-AC-AG---ATA------T-A------
gi|103893 : ---A---T--T-TTTA---A----TA----AG-------G-CAA---CTCAGTA--GA-TT--G----C-A-G--T---TGA------G------A------A------T-T--GA-TT--------T-CT--AAA-T-------T----G----------T--A-AA-CG-C--A-T-C-----------------------G--AT--A-GA-C-AA--A-T-GGA-GC-AT---ATA------T-A------CAA--T-CA-
gi|103894 : ---A----TA----AG-------G-CAA-------------A-TT--A----C-A-G--T---GGA------G------AGGCTGAA------T-T--GA-TG--------T-CT--AAA-A-------T----G----------G--T-AA-TG-T--A-C-C---A-T------C---A--TGA-----T--A-TG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATATGATTTT-A------AAT--T-CT-TT-TGACTTT
gi|103895 : G-------G-CAA-------------A-TT--G----C-A-G--T---GGA------A------A------AGCTAAAT-T--AT-TT--------T-CT--AAA-A-------T----G----------T--T-AA-AG-C--A-C-C---A-T------C---A--TGATG--AT--A-TG-C-AA--A-T-AAA-GT-AA---ATA------C-A------
gi|103896 : -TT--G----C-A-G--T---GGA------G------A------AGCTAATT-T--GA-TT----------CT--AAG-A-------T----G----------T--C-AA-AG-T--A-C-C---A-T------C---A--TCATG--AT--A-TA-C-AA--A-T-GGA-GC-AA-----A------T-A------CAA--T-TA-TT-TGATTT
gi|103897 : -TT--G----CCA-G--T---GGA------G------AGCCTA-A------A-T--GA-TT--------T--T--AGA-A-------T----G----------TCAA-AG-TA-C--A-T-C---A-T------C---A--TGAT---AT--A----C-AA--A-T-GGA-GC-AA---A-A------TCA------CCA--T-TA-TT-TGATTT
gi|103898 : T--A----C-A-G--TCTGTGA------G------T------A------T-TACGA-TT--------T-----AAA-A-------T----A----------TT-A-AC-CG-CCGA-T-C---A-G-------------TGAAG--AT--A-GGGC-AA--A---GGA-GC-AA---ATAGT----T-A------CAA--T-CA-TT-TGATTT
gi|103899 : A------A------A------A------T-T--GA-TT--------T-TTA-AAA-A-------T----T----------T--A-AA--G-C--A-C-C---A-T------C---A--TTGAG--AT--A-TG-CGAA--A-T-GGA-GC-AA---ATG------T---------AA--T-TA-TT-GAATTTT
gi|103900 : ---A-G------C---A--TGGAG--AT--A-GG-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAT--T-CA-TT-TGATTTT
gi|103901 : --A-GA-C-AA--A-T-GGA-GC-AA---ATA------T-A------CAA--T-TA-TT-TGACTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|103874 ): TTTTCCCCATGCCCTTCTACACTGAAATCCTAAATCCGTCCATGCTTAAAGCAAATTGCAATGAATTTCTAAAATGTTGAAGCACCATCATGATGACATGCAAATGAAACAAGT