lowQualScore                  :                                                                                                 222222                        
lowQualScore                  :             222  333 0 2222   1 7777 0 22     11 11 9999 22222222 0  44 1111 111 111 1   2 555  444444   1 33 11 22 1     0   
lowQualScore                  :             ...  ... . ....   . .... . ..     .. .. .... ........ .  .. .... ... ... .   . ...  ......   . .. .. .. .     .   
lowQualScore                  :             111  000 7 1111   3 3333 7 22     66 66 2222 44444444 7  55 4444 222 222 3   0 888  888888   3 66 66 99 3     7   
consensus                     :    CCCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-N--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA-TA---CAC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
Reference ( gi|57038 )        :    CCCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-C--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA-TAC--CAC-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57039                      :    CCCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-CT-T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----TTACT---C-TGC-A-TAAA-TACAACAC-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57041                      :   cCCCCACCCT---CC--AC-T----TTTTT-C--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA-TA---CAC-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57073                      :   cCCCCCCCCC---CA--AC-T----TTT-T-C----C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA--A---CAC-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57043                      :    CCCCCCCCC---CC--AC------TTT-T-C--T-C--GAGTA--A--CT---T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-AAAA-TA---CAC-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57046                      :    CCCCCCCCC---CC--AC------TTT-T-C--T-C--GAGTA--A--C-------------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-AAAA-TA---CAC-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57050                      :    CCCCCCCCCTT-CC--AC-T----TTT-T-C--T-C--CAGTA--A--T----T--------C-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA--AA--CAC-A-CAC-A--T-TTAGA-AGT
gi|57042                      :  ccCCCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-G--T-C--AAGTA--A--CTTTTT--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA-T-T--CAC-A-TA--A--T-TTTTA-AGT
gi|57063                      :    CCCCTTCCC---CC--AC-T----TTT-T-C--T-C--GAGTA--A--CTT--T--------T-TT--T----T---T---C-TGT-A-AAAA-TAC--C-C-A-C---A--T-TTAGA-AGT
gi|57056                      :   cCCCCCCCCA---CC--AC-T----TTT-T-C--T-C--AAGTAC-ATTT----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA--A---CAC-A-CA--A----TTAGA-AGT
gi|57065                      : cccCCCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-C--T----GAGTA--A--C----T--------T-TTTAT----T---C---C-TGC-A-AAAA-TTA--CAC-A-CA--AT-T-TTAGA-AGT
gi|57067                      :    CCCCCTCCT---CC--AC-T----TTTTT-C--T-C--AAGTA--A--T----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC---TAAA-CAA--CAC-AGTA--A--T-TTAGA-A
gi|57082                      :   cCCCCCCCCC---CT--TG-T----TTT-T-G--T-C--AACTA--A--C----T--------T-TT--A----A---T---T-TGC-A-T-AA-TGT--CAC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57055                      :    CCCTCCCCC---CC--TT-T----TTT-T-TTGT-C--AAGCA--A--CT---T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-T-TA-TGT--CAC-A-GA--A--T-TTAGA-AG
gi|57049                      :   cCCCCCCCTC---CC--TC-C----CTT-T-G--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T-----TGC-A-T-CA-TGA--CAC-A-TA--A--T-ATAGA-AGT
gi|57062                      :   cCCCCCCCCC---CCAAAT-T----TTT-T-G--T-C--AAGTA--A--CA---T--------T-TT--T----G---T---C-TGC-A-TAAA-ATT--CAC-A-TA--G--C-TTTTA-AGT
gi|57081                      :   cCCCCCCCCC---CC--CC-T----CTG-T-C--T-----AGTT--A--A----T--------T-GT--T----T---T---T-TGC-A-TAAA-ATT--CAC-A-TA--A--T-TTCGA-AAT
gi|57037                      :     CCCCCCCC---CC--CC-T----GTT-T-G--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TATA-TA---CAC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57048                      :     CCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-C--TCC--AAATA--A-------T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA--AA--CAC-A-TA--A--T-TTACA-AGT
gi|57045                      :     CCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-G--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TTA-C----T---T---C-TGC-A-T-TA-TGT--CAC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57044                      :     CCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-G--T-C--AAGTA--A--T----T--------T-TT--T----C---T---T-TGC-A-T-TA-TGT--CAC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57061                      :     CCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-C--T-C--GAGT---A--CTTT-T--------T-TT--T----T---T---C-TGA-A-AAAA-TAC----C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57040                      :     CTCCCCCC---CC--CC-T----TTT-T-G--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA-T-T--TAT-A-TA--A--T-TTTGA-AGT
gi|57057                      :     CCCCCC-C---CC--AC-T----TTT-T-C--T-CG-AAGTA--A--C----G--------T-TT--T----T---T---CTTGC-A-AAAA-TA---CAC-A-CA--T--T-CTAGA-AGT
gi|57047                      :     CCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-G--G-C--ATGTA--G--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA-T-T--CAC-A-TA--A--T-TATGA-AGT
gi|57079                      :     CCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-C--T-C--CAATA--A-------T--------T-TT--T----T---T---C-GGC-A-TAAA--AA--CAC-A-TT--A--T-TTAGG-AGT
gi|57068                      :     CTCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-C--T-C--GTTTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-AGCAA-AAAA-TA---CAC-A-GA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57059                      :     CCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-A--T-C--CAATA--T--T----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA-------ACAA-CA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57066                      :     CCCCCCTC---CC--AC-T----TTT-C-T--C-C--GAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---C---C-TGC-A-AAAA-TA---CAC-A-CA--A--TATTAGG-A
gi|57058                      :     CCCCCCCC---CC--AC-T----TTT-G-A--T-C--CAATA--AT-T----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA--A----AC-A-CA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57087                      :     CCCCCCCC---CC-----------TT-T-C--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TG--A-TAAA-AA----AC-A-AA--A----TTAGA-AGT
gi|57053                      :     CCCCTCCC---CC--AC-A----TTT-T-G--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---------TGC-A-TGAA--GT--CAC-A-AA--A--T-TTAAA-AG
gi|57052                      :     CCCCCCCC---CC--CC-G----TTT-T-G--T-C--AACTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A--ACA-TGT--CAC-A-TA--A--T-ATAGA-TGT
gi|57054                      :     CCCCCCCC---CC--GC-TGATCTTT-T-G--T-C--AAGTA--A--C-------------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAT-T----CAC-A-TATTA--T-GTAGA-AGT
gi|57060                      :     CCCCCCCC---CC--CC-TG---TTT-T-G--T-C--AAG-A--T--T----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-T-CA-TGC--CTC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57085                      :     CCCTCCCC---CC-----------TT-T-G--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT-----------T---C-TGC-A-TCAT-GAC--AAC-A-TA--A--T-TTAGA-AG
gi|57064                      :     CCCCACCC---CC--CC-T----TTT-T---------AAGTT--A--CA---T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-T-CA-TGA--CAC-ATTA--A--T-TTAGA-AG
gi|57070                      :     CCCCCCCC---CC--CC-G----TTT-T-G--T-C--AAGTATTA-------T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TCAATTGT--CAA-A-TA--A--T-TTAAA-
gi|57069                      :     CCCCTCCC---CC--TT-T----TTT-T-G--T-C--AAG----A--T----T--------T-TT--T----T---T---C-TAC-A-T----T-T--CAC-A-TA--A--C-TTAGA-AG
gi|57089                      :     CCGCCTTC---CC-----------TT-T-G--T-T--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC------A-TGT--CAC-A-TA--AT-T-TTAGA-AG
gi|57072                      :     CCCCCCTCTTTCC--CC-T----GTT-T-G--T-A--AAGTA--G--C----T--------T-TTT-T----T---T---C-TGC-A-T-CA-TGA--CAC-A-AA--A--T-TTAGA-
gi|57071                      :     CCCCCCCC---CC--CC-T----TTT-T-G--T-CA-AAGTA--A--CCCATT--------T-TT--T----T---T---T-TGC---TTAA-CAT--TACGA-TA--A--T-TT
gi|57074                      :      CCCTCCC---CC--AC-T----TTT-T-C--T-TCGAAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-AAAA-TA---CAC-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57075                      :      CCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-C--T-C--GAGTA--A-------T--------T-TTAAT----T---T---C-TGC-A--AAA-TA---CAC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57051                      :      CCTCCCC---CC--AC-C----TTT-T-GG-T-C--AAGTA--A--CAT--T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-C-TAAA-T-C--CAC-A-TA--AT-T-TTTGA-AGT
gi|57077                      :      CCCCCCC---CC--AC-T----TTT-T-G--C-C---AGTA--A--T----T--------T-TT--T----T---T---CATGC-A--AAA-TA---CAC-A-GA--A--T-TT-GA-AGT
gi|57076                      :      CCCCC-C---CC--ACTT----TTT-T-C--T-C--GAGT---A--C----T--------T-TT--T----T---TTTCT-TGC-A-AAAA-TA---CAC-A-CA--A--T-TTAGATAGT
gi|57080                      :      CCCCCCC---CC--CC-T----TTT-C-C--T-C--CAACA--A-------T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A--AAA------CAC-A-TA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57078                      :      CCCCCCC---CC--CT-T----TTT-T-G--T-G--GCGTA--A--C----T--------T-TTA-A----T---T---C-TGC-A-TAAA-T-T--TAC-A-TA--A--T-TTTGA-AAT
gi|57083                      :       CCCCCC---CC--TT-T----TTT-T-T--T-C--AAGTA--A--CT---T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAAGTA----AC-G-TA--A----TTAGA-AGT
gi|57084                      :       CTCCCC---TC--AC-T----TTT-T-A--T-C--AAGTA----------T--------T-TT--T----T---T---C-TGC---T-AA-TGA--CAC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57088                      :       CCCCCC---CC--CC-T----TTA-T-C--T-C--AAGTA--T--T----TTTTTTTTCT-TT--T----T---T---C-TGC---CAAA-CAA--CAC-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57086                      :       CCCCCC---CC--CC-T----TTG-T-C----A--AAGTA--A--C----A--------T-TT--T----T---T-----TGC-A-T-CA-TGA--CAC-ATTA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57091                      :        CCCCT---CC--AC-T----TTT-T-G--T-C--ATGTA--A--C----T--------TTTT--T----T---T---C-TGC-A-T-AT-TGT--CAC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57090                      :        CCCCC---CC--CC-T----TTT-T-G----C--AAGTA----------C--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-TAAA--A---CAC-A-CA--AGTC-TTAGA-AGT
gi|57093                      :        CCTCC---CC--CC-T----TTT-G-G--T-C--AGGTG--A--C----A--------T-TT--T----T---T---C-TGC-A-T-CA-TGT--CAC-A-TA--A--T-TCAGA-AGT
gi|57095                      :         CCCC---CT--AC-T----TTT-T-C--T-C--GAGTA--A--C----T--------T-TG--T----T---T---C-TGCAA-GAAA-TA---CAC-A-CA--A--TAATAGA-AGT
gi|57094                      :         CCCC---CC--AC-T----TTT-T-C--T-C---AGTA--A--C----T--------T-TT--TTTTCT---T---C-TGCAA-GAAA-TA---AGC-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57092                      :          CCC---CC--AC-C----CGT-TGT--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---A-TGC-A-T-CA-TGA--CAC-A-TA--A--T-TTAGA-AG
gi|57096                      :           CC---CC--AC-T----TTT-T-G--T-C--AAGTA--A--T----T--------T-TTA-T----T---T---C-TGC-A-T-CA-TGT--CAC-A-TA--A--T-TAAGA-AGT
gi|57097                      :                        ----TCT-T-G--T-C--AAGTA--A--C----T--------T-TT--T----T---T---C-TGC-ACTATA-TAG--CAC-A-TA--A--T-TTAGA-AG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                111111111                          
lowQualScore                  :             222  333  2222    444 1 22     11 11 9999  0  44 1111 111 22222222 1 111  2 3333 1 222222222 0 0 0 2  11 22 1     0   
lowQualScore                  :             ...  ...  ....    ... . ..     .. .. ....  .  .. .... ... ........ . ...  . .... . ......... . . . .  .. .. .     .   
lowQualScore                  :             111  777  0000    999 3 99     66 66 0000  7  44 4444 111 44444444 3 111  0 1111 3 111111111 7 7 7 0  66 99 3     7   
consensus                     :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
Reference ( family-362 )      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-N-T-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57037                      :     CCCCCCCC---CC--CCT----GTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AT-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57038                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---AC--C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57039                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTTCT-T-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----TTACT--------C-T---GC-A-T-AA-A-TACAA---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57040                      :    cCTCCCCCC---CC--CCT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---T-A-T-A-TA--A--T-TTTGA-AGT
gi|57041                      :    CCCCACCCT---CC--ACT----TTTT-TCT-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57042                      :   cCCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--CTTTTTT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TTTTA-AGT
gi|57043                      :    CCCCCCCCC---CC--AC-----TTTT-C-T-C--GAGTA--A--CT---TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57044                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--T----TT-TT--T----C---T--------T-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57045                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TT-TTA-C----T---T--------C-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57046                      :    CCCCCCCCC---CC--AC-----TTTT-C-T-C--GAGTA--A--C-----T-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57047                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-G-C--ATGTA--G--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TATGA-AGT
gi|57048                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-TCC--AAATA--A-------TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTACA-AGT
gi|57049                      :    CCCCCCCTC---CC--TCC----CTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T----------T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-ATAGA-AGT
gi|57050                      :   cCCCCCCCCCTT-CC--ACT----TTTT-C-T-C--CAGTA--A--T----TC-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-CAC-A--T-TTAGA-AGT
gi|57051                      :    ccCCTCCCC---CC--ACC----TTTT-GGT-C--AAGTA--A--CAT--TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-C-T-AA-A-T---C---C-A-C-A-TA--AT-T-TTTGA-AGT
gi|57052                      :     CCCCCCCC---CC--CCG----TTTT-G-T-C--AACTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A---AC-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-ATAGA-TGT
gi|57053                      :     CCCCTCCC---CC--ACA----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T--------------T---GC-A-T-GA-A-G---T---C-A-C-A-AA--A--T-TTAAA-AG
gi|57054                      :     CCCCCCCC---CC--GCTGATCTTTT-G-T-C--AAGTA--A--C-----T-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--A-A-T---T---C-A-C-A-TATTA--T-GTAGA-AGT
gi|57055                      :    CCCTCCCCC---CCTTTTT----TTTT-G-T-C--AAGCA--A--CT---TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-GA--A--T-TTAGA-AG
gi|57056                      :   cCCCCCCCCA---CC--ACT----TTTT-C-T-C--AAGTAC-ATTT----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--A----TTAGA-AGT
gi|57057                      : cccCCCCCC--C---CC--ACT----TTTT-C-T-CG-AAGTA--A--C----GT-TT--T----T---T--------CTT---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--T--T-CTAGA-AGT
gi|57058                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTG-A-T-C--CAATA--AT-T----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C----A--A--T-TTAGG-AGT
gi|57059                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-A-T-C--CAATA--T--T----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A---A-CA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57060                      :     CCCCCCCC---CC--CCTG---TTTT-G-T-C--AAG-A--T--T----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA---T---G---C-CTC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57061                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGT---A--CTTT-TT-TT--T----T---T--------C-T---GA-A-A-AA-A-T---A---C---C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57062                      :    CCCCCCCCC---CCAAATT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--CA---TT-TT--T----G---T--------C-T---GC-A-TAAA-A-T---T---C-A-C-A-TA--G--C-TTTTA-AGT
gi|57063                      :   cCCCCTTCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A--CTT--TT-TT--T----T---T--------C-T---GT-A-A-AA-A-T---A---C-C-C-A-C---A--T-TTAGA-AGT
gi|57064                      :    cCCCCACCC---CC--CCT----TTTT--------AAGTT--A--CA---TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-ATTA--A--T-TTAGA-AG
gi|57065                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T----GAGTA--A--C----TT-TTTAT----T---C--------C-T---GC-A-A-AA-ATT---A---C-A-C-A-CA--AT-T-TTAGA-AGT
gi|57066                      :     CCCCCCTC---CC--ACT----TTTC-T-C-C--GAGTA--A--C----TT-TT--T----T---C--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--TATTAGG-A
gi|57067                      :    CCCCCTCCT---CC--ACT----TTTT-TCT-C--AAGTA--A--T----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC---T-AA-A-CA--A---C-A-C-AGTA--A--T-TTAGA-A
gi|57068                      :    cCTCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GTTTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-A---GCAA-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-GA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57069                      :     CCCCTCCC---CC--TTT----TTTT-G-T-C--AAG----A--T----TT-TT--T----T---T--------C-T---AC-A-T------T---T---C-A-C-A-TA--A--C-TTAGA-AG
gi|57070                      :     CCCCCCCC---CC--CCG----TTTT-G-T-C--AAGTATTA-------TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-A-TTG-T---C-A-A-A-TA--A--T-TTAAA-
gi|57071                      :     CCCCCCCC---CC--CCT----TTTT-G-T-CA-AAGTA--A--CCCATTT-TT--T----T---T--------T-T---GC-T-T-AACA-T-------T-A-CGA-TA--A--T-TT
gi|57072                      :     CCCCCCTCTTTCC--CCT----GTTT-G-T-A--AAGTA--G--C----TT-TTT-T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-AA--A--T-TTAGA-
gi|57073                      :    CCCCCCCCC---CA--ACT----TTTT-C---C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57074                      :      CCCTCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-TCGAAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57075                      :      CCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A-------TT-TTAAT----T---T--------C-T---GC-A---AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57076                      :       CCCCCC---CC--ACT----TTTT-TCT-C--GAGTA-----C----TT-TT--T----T---T--------T-TCTTGC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGATAGT
gi|57077                      :      CCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-C-C---AGTA--A--T----TT-TT--T----T---T--------CAT---GC-A---AA-A-T---A---C-A-C-A-GA--A--T-TT-GA-AGT
gi|57078                      :      CCCCCCC---CC--CTT----TTTT-G-T-G--GCGTA--A--C----TT-TTA-A----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---T-A-C-A-TA--A--T-TTTGA-AAT
gi|57079                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--CAATA--A-------TT-TT--T----T---T--------C-G---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-TT--A--T-TTAGG-AGT
gi|57080                      :      CCCCCCC---CC--CCT----TTTC-C-T-C--CAACA--A-------TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A---AA-------A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57081                      :    CCCCCCCCC---CC--CCT----CTGT-C-T-----AGTT--A--A----TT-GT--T----T---T--------T-T---GC-A-TAAA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TTCGA-AAT
gi|57082                      :    CCCCCCCCC---CT--TGT----TTTT-G-T-C--AACTA--A--C----TT-TT--A----A---T--------T-T---GC-A-T-AATG-T-------C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57083                      :       CCCCCC---CC--TTT----TTTT-T-T-C--AAGTA--A--CT---TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-AGT---A-----A-C-G-TA--A----TTAGA-AGT
gi|57084                      :       CTCCCC---TC--ACT----TTTT-A-T-C--AAGTA----------TT-TT--T----T---T--------C-T---GC---T-AA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57085                      :     CCCTCCCC---CC----------TTT-G-T-C--AAGTA--A--C-------TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---CAA-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG
gi|57086                      :    CCCCCCCCC---C-----------TTT-G-T-CA-AAGTA--A--C----AT-TT--T----T---T----------T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-ATTA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57087                      :     CCCCCCCC---CC----------TTT-C-T-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---G--A-T-AA-A-----A---A-A-C-A--A--A--A-TTAGA-AGT
gi|57088                      :       CCCCCC---CC--CCT----TTAT-C-T-C--AAGTA--T--T----TT-TT--T----T---TTCTTTTTTC-T---GC---C-AA-A-C---AA--C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57089                      :     CCGCCTTC---CC----------TTT-G-T-T--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T----G-T-------C-A-C-A-TA--AT-T-TTAGA-AG
gi|57090                      :        CCCCC---CC--CCT----TTTT-G---C--AAGTA----------CT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--AGTC-TTAGA-AGT
gi|57091                      :        CCCCT---CC--ACT----TTTT-G-T-C--ATGTA--A--C----TTTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--A-T-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57092                      :          CCC---CC--ACC----CGTT-G-TTC--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------A-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG
gi|57093                      :        CCTCC---CC--CCT----TTTG-G-T-C--AGGTG--A--C----AT-TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--C-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TCAGA-AGT
gi|57094                      :         CCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C---AGTA--A--C----TT-TT--TTTTCT---T--------C-T---GCAA-G-AA-A-T---A---A-G-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57095                      :         CCCC---CT--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A--C----TT-TG--T----T---T--------C-T---GCAA-G-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--TAATAGA-AGT
gi|57096                      :           CC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--T----TT-TTA-T----T---T--------C-T---GC-A-T--C-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TAAGA-AGT
gi|57097                      :                       ----TCTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TT-TT--T----T---T--------C-T---GC-ACT-AT-A-T---AG--C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                               111111111                          
lowQualScore                  :             222  444  2222    666 1 22     11 11 9999    44 1111 111 22222222 1 111  2 3333 1 222222222 0 0 0 2  11 22 1     0   
lowQualScore                  :             ...  ...  ....    ... . ..     .. .. ....    .. .... ... ........ . ...  . .... . ......... . . . .  .. .. .     .   
lowQualScore                  :             111  111  0000    888 3 99     66 66 7777    44 4444 111 44444444 3 111  0 1111 3 111111111 7 7 7 0  66 99 3     7   
consensus                     :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
Reference ( family-362 )      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57037                      :     CCCCCCCC---CC--CCT----GTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AT-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57038                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---AC--C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57039                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTTCT-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----TTACT--------C-T---GC-A-T-AA-A-TACAA---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57040                      :    cCTCCCCCC---CC--CCT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---T-A-T-A-TA--A--T-TTTGA-AGT
gi|57041                      :    CCCCACCCT---CC--ACT----TTTT-TCT-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57042                      :   cCCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--CTTTTTTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TTTTA-AGT
gi|57043                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTC---T-C--GAGTA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57044                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--T----TTTT--T----C---T--------T-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57045                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTTA-C----T---T--------C-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57046                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTC---T-C--GAGTA--A--C-----TTT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57047                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-G-C--ATGTA--G--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TATGA-AGT
gi|57048                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-TCC--AAATA--A-------TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTACA-AGT
gi|57049                      :    CCCCCCCTC---CC--TCC----CTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T----------T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-ATAGA-AGT
gi|57050                      :   cCCCCCCCCCTT-CC--ACT----TTTT-C-T-C--CAGTA--A--T----TCTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-CAC-A--T-TTAGA-AGT
gi|57051                      :    ccCCTCCCC---CC--ACC----TTTT-GGT-C--AAGTA--A--CAT--TTTT--T----T---T--------C-T---GC-C-T-AA-A-T---C---C-A-C-A-TA--AT-T-TTTGA-AGT
gi|57052                      :     CCCCCCCC---CC--CCG----TTTT-G-T-C--AACTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A---AC-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-ATAGA-TGT
gi|57053                      :     CCCCTCCC---CC--ACA----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T--------------T---GC-A-T-GA-A-G---T---C-A-C-A-AA--A--T-TTAAA-AG
gi|57054                      :     CCCCCCCC---CC--GCTGATCTTTT-G-T-C--AAGTA--A--C-----TTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--A-A-T---T---C-A-C-A-TATTA--T-GTAGA-AGT
gi|57055                      :    CCCTCCCCC---CCTTTTT----TTTT-G-T-C--AAGCA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-GA--A--T-TTAGA-AG
gi|57056                      :   cCCCCCCCCA---CC--ACT----TTTT-C-T-C--AAGTAC-ATTT----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--A----TTAGA-AGT
gi|57057                      : cccCCCCCC--C---CC--ACT----TTTT-C-T-CG-AAGTA--A--C----GTTT--T----T---T--------CTT---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--T--T-CTAGA-AGT
gi|57058                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTG-A-T-C--CAATA--AT-T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C----A--A--T-TTAGG-AGT
gi|57059                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-A-T-C--CAATA--T--T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A---A-CA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57060                      :     CCCCCCCC---CC--CCTG---TTTT-G-T-C--AAG-A--T--T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA---T---G---C-CTC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57061                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGT---A--CTTT-TTTT--T----T---T--------C-T---GA-A-A-AA-A-T---A---C---C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57062                      :    CCCCCCCCC---CCAAATT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--CA---TTTT--T----G---T--------C-T---GC-A-TAAA-A-T---T---C-A-C-A-TA--G--C-TTTTA-AGT
gi|57063                      :   cCCCCTTCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A--CTT--TTTT--T----T---T--------C-T---GT-A-A-AA-A-T---A---C-C-C-A-C---A--T-TTAGA-AGT
gi|57064                      :    cCCCCACCC---CC--CCT----TTTT--------AAGTT--A--CA---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-ATTA--A--T-TTAGA-AG
gi|57065                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T----GAGTA--A--C----TTTTTAT----T---C--------C-T---GC-A-A-AA-ATT---A---C-A-C-A-CA--AT-T-TTAGA-AGT
gi|57066                      :     CCCCCCTC---CC--ACT----TTTC-T-C-C--GAGTA--A--C----TTTT--T----T---C--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--TATTAGG-A
gi|57067                      :    CCCCCTCCT---CC--ACT----TTTT-TCT-C--AAGTA--A--T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC---T-AA-A-CA--A---C-A-C-AGTA--A--T-TTAGA-A
gi|57068                      :    cCTCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GTTTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-A---GCAA-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-GA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57069                      :     CCCCTCCC---CC--TTT----TTTT-G-T-C--AAG----A--T----TTTT--T----T---T--------C-T---AC-A-T------T---T---C-A-C-A-TA--A--C-TTAGA-AG
gi|57070                      :     CCCCCCCC---CC--CCG----TTTT-G-T-C--AAGTATTA-------TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-A-TTG-T---C-A-A-A-TA--A--T-TTAAA-
gi|57071                      :     CCCCCCCC---CC--CCT----TTTT-G-T-CA-AAGTA--A--CCCATTTTT--T----T---T--------T-T---GC-T-T-AACA-T-------T-A-CGA-TA--A--T-TT
gi|57072                      :     CCCCCCTCTTTCC--CCT----GTTT-G-T-A--AAGTA--G--C----TTTTT-T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-AA--A--T-TTAGA-
gi|57073                      :    CCCCCCCCC---CA--ACT----TTTT---C-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57074                      :      CCCTCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-TCGAAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57075                      :      CCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A-------TTTTAAT----T---T--------C-T---GC-A---AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57076                      :       CCCCCC---CC--ACT----TTTT-TCT-C--GAGTA-----C----TTTT--T----T---T--------T-TCTTGC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGATAGT
gi|57077                      :      CCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-C-C---AGTA--A--T----TTTT--T----T---T--------CAT---GC-A---AA-A-T---A---C-A-C-A-GA--A--T-TT-GA-AGT
gi|57078                      :      CCCCCCC---CC--CTT----TTTT-G-T-G--GCGTA--A--C----TTTTA-A----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---T-A-C-A-TA--A--T-TTTGA-AAT
gi|57079                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--CAATA--A-------TTTT--T----T---T--------C-G---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-TT--A--T-TTAGG-AGT
gi|57080                      :      CCCCCCC---CC--CCT----TTTC-C-T-C--CAACA--A-------TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A---AA-------A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57081                      :    CCCCCCCCC---CC--CC------TCT-G-T-C--TAGTT--A--A----TTGT--T----T---T--------T-T---GC-A-TAAA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TTCGA-AAT
gi|57082                      :    CCCCCCCCC---CT--TGT----TTTT-G-T-C--AACTA--A--C----TTTT--A----A---T--------T-T---GC-A-T-AATG-T-------C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57083                      :       CCCCCC---CC--TTT----TTTT-T-T-C--AAGTA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-AGT---A-----A-C-G-TA--A----TTAGA-AGT
gi|57084                      :       CTCCCC---TC--ACT----TTTT-A-T-C--AAGTA----------TTTT--T----T---T--------C-T---GC---T-AA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57085                      :     CCCTCCCC---CC----------TTT-G-T-C--AAGTA--A--C------TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---CAA-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG
gi|57086                      :     CCCCCCCC---CC----------TTT-G-T-CA-AAGTA--A--C----ATTT--T----T---T----------T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-ATTA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57087                      :     CCCCCCCC---CC----------TTT-C-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---G--A-T-AA-A-----A---A-A-C-A--A--A--A-TTAGA-AGT
gi|57088                      :       CCCCCC---CC--CCT----TTAT-C-T-C--AAGTA--T--T----TTTT--T----T---TTCTTTTTTC-T---GC---C-AA-A-C---AA--C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57089                      :     CCGCCTTC---CC----------TTT-G-T-T--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T----G-T-------C-A-C-A-TA--AT-T-TTAGA-AG
gi|57090                      :        CCCCC---CC--CCT----TTTT-G---C--AAGTA----------CTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--AGTC-TTAGA-AGT
gi|57091                      :        CCCCT---CC--ACT----TTTT-G-T-C--ATGTA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--A-T-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57092                      :          CCC---CC--ACC----CGTT-G-TTC--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------A-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG
gi|57093                      :        CCTCC---CC--CCT----TTTG-G-T-C--AGGTG--A--C----ATTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--C-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TCAGA-AGT
gi|57094                      :         CCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C---AGTA--A--C----TTTT--TTTTCT---T--------C-T---GCAA-G-AA-A-T---A---A-G-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57095                      :         CCCC---CT--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A--C----TTTG--T----T---T--------C-T---GCAA-G-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--TAATAGA-AGT
gi|57096                      :           CC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--T----TTTTA-T----T---T--------C-T---GC-A-T--C-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TAAGA-AGT
gi|57097                      :                       ----TCTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-ACT-AT-A-T---AG--C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                               111111111                          
lowQualScore                  :             222  444  2222    666 1 22     11 11 9999    44 1111 111 22222222 1 111  2 3333 1 222222222 0 0 0 2  11 22 1     0   
lowQualScore                  :             ...  ...  ....    ... . ..     .. .. ....    .. .... ... ........ . ...  . .... . ......... . . . .  .. .. .     .   
lowQualScore                  :             111  111  0000    888 3 99     66 66 7777    44 4444 111 44444444 3 111  0 1111 3 111111111 7 7 7 0  66 99 3     7   
consensus                     :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
Reference ( family-362 )      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57037                      :     CCCCCCCC---CC--CCT----GTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AT-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57038                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---AC--C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57039                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTTCT-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----TTACT--------C-T---GC-A-T-AA-A-TACAA---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57040                      :    cCTCCCCCC---CC--CCT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---T-A-T-A-TA--A--T-TTTGA-AGT
gi|57041                      :    CCCCACCCT---CC--ACT----TTTT-TCT-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57042                      :   cCCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--CTTTTTTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TTTTA-AGT
gi|57043                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTC---T-C--GAGTA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57044                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--T----TTTT--T----C---T--------T-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57045                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTTA-C----T---T--------C-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57046                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTC---T-C--GAGTA--A--C-----TTT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57047                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-G-C--ATGTA--G--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TATGA-AGT
gi|57048                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-TCC--AAATA--A-------TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTACA-AGT
gi|57049                      :    CCCCCCCTC---CC--TCC----CTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T----------T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-ATAGA-AGT
gi|57050                      :   cCCCCCCCCCTT-CC--ACT----TTTT-C-T-C--CAGTA--A--T----TCTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-CAC-A--T-TTAGA-AGT
gi|57051                      :    ccCCTCCCC---CC--ACC----TTTT-GGT-C--AAGTA--A--CAT--TTTT--T----T---T--------C-T---GC-C-T-AA-A-T---C---C-A-C-A-TA--AT-T-TTTGA-AGT
gi|57052                      :     CCCCCCCC---CC--CCG----TTTT-G-T-C--AACTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A---AC-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-ATAGA-TGT
gi|57053                      :     CCCCTCCC---CC--ACA----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T--------------T---GC-A-T-GA-A-G---T---C-A-C-A-AA--A--T-TTAAA-AG
gi|57054                      :     CCCCCCCC---CC--GCTGATCTTTT-G-T-C--AAGTA--A--C-----TTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--A-A-T---T---C-A-C-A-TATTA--T-GTAGA-AGT
gi|57055                      :    CCCTCCCCC---CCTTTTT----TTTT-G-T-C--AAGCA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-GA--A--T-TTAGA-AG
gi|57056                      :   cCCCCCCCCA---CC--ACT----TTTT-C-T-C--AAGTAC-ATTT----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--A----TTAGA-AGT
gi|57057                      : cccCCCCCC--C---CC--ACT----TTTT-C-T-CG-AAGTA--A--C----GTTT--T----T---T--------CTT---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--T--T-CTAGA-AGT
gi|57058                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTG-A-T-C--CAATA--AT-T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C----A--A--T-TTAGG-AGT
gi|57059                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-A-T-C--CAATA--T--T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A---A-CA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57060                      :     CCCCCCCC---CC--CCTG---TTTT-G-T-C--AAG-A--T--T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA---T---G---C-CTC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57061                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGT---A--CTTT-TTTT--T----T---T--------C-T---GA-A-A-AA-A-T---A---C---C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57062                      :    CCCCCCCCC---CCAAATT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--CA---TTTT--T----G---T--------C-T---GC-A-TAAA-A-T---T---C-A-C-A-TA--G--C-TTTTA-AGT
gi|57063                      :   cCCCCTTCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A--CTT--TTTT--T----T---T--------C-T---GT-A-A-AA-A-T---A---C-C-C-A-C---A--T-TTAGA-AGT
gi|57064                      :    cCCCCACCC---CC--CCT----TTTT--------AAGTT--A--CA---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-ATTA--A--T-TTAGA-AG
gi|57065                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T----GAGTA--A--C----TTTTTAT----T---C--------C-T---GC-A-A-AA-ATT---A---C-A-C-A-CA--AT-T-TTAGA-AGT
gi|57066                      :     CCCCCCTC---CC--ACT----TTTC-T-C-C--GAGTA--A--C----TTTT--T----T---C--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--TATTAGG-A
gi|57067                      :    CCCCCTCCT---CC--ACT----TTTT-TCT-C--AAGTA--A--T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC---T-AA-A-CA--A---C-A-C-AGTA--A--T-TTAGA-A
gi|57068                      :    cCTCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GTTTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-A---GCAA-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-GA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57069                      :     CCCCTCCC---CC--TTT----TTTT-G-T-C--AAG----A--T----TTTT--T----T---T--------C-T---AC-A-T------T---T---C-A-C-A-TA--A--C-TTAGA-AG
gi|57070                      :     CCCCCCCC---CC--CCG----TTTT-G-T-C--AAGTATTA-------TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-A-TTG-T---C-A-A-A-TA--A--T-TTAAA-
gi|57071                      :     CCCCCCCC---CC--CCT----TTTT-G-T-CA-AAGTA--A--CCCATTTTT--T----T---T--------T-T---GC-T-T-AACA-T-------T-A-CGA-TA--A--T-TT
gi|57072                      :     CCCCCCTCTTTCC--CCT----GTTT-G-T-A--AAGTA--G--C----TTTTT-T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-AA--A--T-TTAGA-
gi|57073                      :    CCCCCCCCC---CA--ACT----TTTT---C-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57074                      :      CCCTCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-TCGAAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57075                      :      CCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A-------TTTTAAT----T---T--------C-T---GC-A---AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57076                      :       CCCCCC---CC--ACT----TTTT-TCT-C--GAGTA-----C----TTTT--T----T---T--------T-TCTTGC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGATAGT
gi|57077                      :      CCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-C-C---AGTA--A--T----TTTT--T----T---T--------CAT---GC-A---AA-A-T---A---C-A-C-A-GA--A--T-TT-GA-AGT
gi|57078                      :      CCCCCCC---CC--CTT----TTTT-G-T-G--GCGTA--A--C----TTTTA-A----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---T-A-C-A-TA--A--T-TTTGA-AAT
gi|57079                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--CAATA--A-------TTTT--T----T---T--------C-G---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-TT--A--T-TTAGG-AGT
gi|57080                      :      CCCCCCC---CC--CCT----TTTC-C-T-C--CAACA--A-------TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A---AA-------A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57081                      :    CCCCCCCCC---CC--CC------TCT-G-T-C--TAGTT--A--A----TTGT--T----T---T--------T-T---GC-A-TAAA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TTCGA-AAT
gi|57082                      :    CCCCCCCCC---CT--TGT----TTTT-G-T-C--AACTA--A--C----TTTT--A----A---T--------T-T---GC-A-T-AATG-T-------C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57083                      :       CCCCCC---CC--TTT----TTTT-T-T-C--AAGTA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-AGT---A-----A-C-G-TA--A----TTAGA-AGT
gi|57084                      :       CTCCCC---TC--ACT----TTTT-A-T-C--AAGTA----------TTTT--T----T---T--------C-T---GC---T-AA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57085                      :     CCCTCCCC---CC----------TTT-G-T-C--AAGTA--A--C------TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---CAA-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG
gi|57086                      :     CCCCCCCC---CC----------TTT-G-T-CA-AAGTA--A--C----ATTT--T----T---T----------T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-ATTA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57087                      :     CCCCCCCC---CC----------TTT-C-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---G--A-T-AA-A-----A---A-A-C-A--A--A--A-TTAGA-AGT
gi|57088                      :       CCCCCC---CC--CCT----TTAT-C-T-C--AAGTA--T--T----TTTT--T----T---TTCTTTTTTC-T---GC---C-AA-A-C---AA--C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57089                      :     CCGCCTTC---CC----------TTT-G-T-T--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T----G-T-------C-A-C-A-TA--AT-T-TTAGA-AG
gi|57090                      :        CCCCC---CC--CCT----TTTT-G---C--AAGTA----------CTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--AGTC-TTAGA-AGT
gi|57091                      :        CCCCT---CC--ACT----TTTT-G-T-C--ATGTA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--A-T-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57092                      :          CCC---CC--ACC----CGTT-G-TTC--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------A-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG
gi|57093                      :        CCTCC---CC--CCT----TTTG-G-T-C--AGGTG--A--C----ATTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--C-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TCAGA-AGT
gi|57094                      :         CCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C---AGTA--A--C----TTTT--TTTTCT---T--------C-T---GCAA-G-AA-A-T---A---A-G-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57095                      :         CCCC---CT--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A--C----TTTG--T----T---T--------C-T---GCAA-G-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--TAATAGA-AGT
gi|57096                      :           CC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--T----TTTTA-T----T---T--------C-T---GC-A-T--C-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TAAGA-AGT
gi|57097                      :                       ----TCTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-ACT-AT-A-T---AG--C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG


blockSeqs                     :             TTT  TTT  GATC    CT  C CG     TT TT TTTT    TA TTTC TAC TCTTTTTT T CTT  A TAA  C TACAA           T  TT GT A
blockSeqs                     :             TT   AAA  G       TC  T G      C  T  CCAT    AA .    .   .        A .    A TAA  T TATGT           G  C  T  A
blockSeqs                     :             .    A    .       GG  . A      .  .  TTT     A  .    .   .        . .    A CTA  . TATGT           T  .  T  .
blockSeqs                     :             .    A    .       TC  . A      .  .  AT      T  .    .   .        . .    . TA   . TATGT           .  .  T  .
blockSeqs                     :             .    C    .       TC  . .      .  .  TT      A  .    .   .        . .    . TA   . TTGT            .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       C   . .      .  .  T       A  .    .   .        . .    . TA   . TAC             .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  T       .  .    .   .        . .    . TA   . TGT             .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  A       .  .    .   .        . .    . TA   . TTA             .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  A       .  .    .   .        . .    . AA   . CAA             .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  T       .  .    .   .        . .    . AA   . GTA             .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  T       .  .    .   .        . .    . TA   . CAA             .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TGT             .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TC   . TGT             .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    T    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TGT             .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TAG             .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TG   . TT              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . AA   . TT              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    G    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       A   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TC   . TT              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       A   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . AA   . AA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . AA   . GA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TC   . AA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . AA   . TC              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . AA   . GT              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TT              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       T   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . AA   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TC   . AA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TG              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TC   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    T    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TT              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . AA   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . AA   . GA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TT              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . GA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TC   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TC   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       T   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       A   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . CA   . TT              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TA   . AA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    T    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . TC   . TT              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    T    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . GA   . GA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . GA   . GA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . T    . GA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . T    . GA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . A    . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . T    . TA              .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    C    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . T    . A               .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . T    . A               .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       C   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . A    . T               .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    A    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . A    . A               .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    .    .       G   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . A    . A               .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    .    .       .   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . T    . T               .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    .    .       .   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . T    . A               .  .  .  .
blockSeqs                     :             .    .    .       .   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . T    . T               .  .  .  .
blockSeqs                     :                       .       .   . .      .  .  .       .  .    .   .        . .    . T    . A               .  .  .  .


blockSeqCons                  :    
originalCons                  :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
finalCons                     :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                               111111111                          
lowQualScore                  :             222  444  2222    666 1 22     11 11 9999    44 1111 111 22222222 1 111  2 3333 1 222222222 0 0 0 2  11 22 1     0   
lowQualScore                  :             ...  ...  ....    ... . ..     .. .. ....    .. .... ... ........ . ...  . .... . ......... . . . .  .. .. .     .   
lowQualScore                  :             111  111  0000    888 3 99     66 66 7777    44 4444 111 44444444 3 111  0 1111 3 111111111 7 7 7 0  66 99 3     7   
consensus                     :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
Reference ( family-362 )      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57037                      :     CCCCCCCC---CC--CCT----GTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AT-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57038                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---AC--C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57039                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTTCT-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----TTACT--------C-T---GC-A-T-AA-A-TACAA---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57040                      :    cCTCCCCCC---CC--CCT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---T-A-T-A-TA--A--T-TTTGA-AGT
gi|57041                      :    CCCCACCCT---CC--ACT----TTTT-TCT-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57042                      :   cCCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--CTTTTTTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TTTTA-AGT
gi|57043                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTC---T-C--GAGTA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57044                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--T----TTTT--T----C---T--------T-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57045                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTTA-C----T---T--------C-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57046                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTC---T-C--GAGTA--A--C-----TTT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57047                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-G-C--ATGTA--G--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TATGA-AGT
gi|57048                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-TCC--AAATA--A-------TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTACA-AGT
gi|57049                      :    CCCCCCCTC---CC--TCC----CTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T----------T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-ATAGA-AGT
gi|57050                      :   cCCCCCCCCCTT-CC--ACT----TTTT-C-T-C--CAGTA--A--T----TCTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-CAC-A--T-TTAGA-AGT
gi|57051                      :    ccCCTCCCC---CC--ACC----TTTT-GGT-C--AAGTA--A--CAT--TTTT--T----T---T--------C-T---GC-C-T-AA-A-T---C---C-A-C-A-TA--AT-T-TTTGA-AGT
gi|57052                      :     CCCCCCCC---CC--CCG----TTTT-G-T-C--AACTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A---AC-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-ATAGA-TGT
gi|57053                      :     CCCCTCCC---CC--ACA----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T--------------T---GC-A-T-GA-A-G---T---C-A-C-A-AA--A--T-TTAAA-AG
gi|57054                      :     CCCCCCCC---CC--GCTGATCTTTT-G-T-C--AAGTA--A--C-----TTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--A-A-T---T---C-A-C-A-TATTA--T-GTAGA-AGT
gi|57055                      :    CCCTCCCCC---CCTTTTT----TTTT-G-T-C--AAGCA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T------T---ATGTC-A-C-A-GA--A--T-TTAGA-AG
gi|57056                      :   cCCCCCCCCA---CC--ACT----TTTT-C-T-C--AAGTAC-ATTT----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--A----TTAGA-AGT
gi|57057                      : cccCCCCCC--C---CC--ACT----TTTT-C-T-CG-AAGTA--A--C----GTTT--T----T---T--------CTT---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--T--T-CTAGA-AGT
gi|57058                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTG-A-T-C--CAATA--AT-T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C----A--A--T-TTAGG-AGT
gi|57059                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-A-T-C--CAATA--T--T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A---A-CA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57060                      :     CCCCCCCC---CC--CCTG---TTTT-G-T-C--AAG-A--T--T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA---T---G---C-CTC-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57061                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGT---A--CTTT-TTTT--T----T---T--------C-T---GA-A-A-AA-A-T---A---C---C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57062                      :    CCCCCCCCC---CCAAATT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--CA---TTTT--T----G---T--------C-T---GC-A-TAAA-A-T---T---C-A-C-A-TA--G--C-TTTTA-AGT
gi|57063                      :   cCCCCTTCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A--CTT--TTTT--T----T---T--------C-T---GT-A-A-AA-A-T---A---C-C-C-A-C---A--T-TTAGA-AGT
gi|57064                      :    cCCCCACCC---CC--CCT----TTTT--------AAGTT--A--CA---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-ATTA--A--T-TTAGA-AG
gi|57065                      :    CCCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T----GAGTA--A--C----TTTTTAT----T---C--------C-T---GC-A-A-AA-ATT---A---C-A-C-A-CA--AT-T-TTAGA-AGT
gi|57066                      :     CCCCCCTC---CC--ACT----TTTC-T-C-C--GAGTA--A--C----TTTT--T----T---C--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--TATTAGG-A
gi|57067                      :    CCCCCTCCT---CC--ACT----TTTT-TCT-C--AAGTA--A--T----TTTT--T----T---T--------C-T---GC---T-AA-A-CA--A---C-A-C-AGTA--A--T-TTAGA-A
gi|57068                      :    cCTCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GTTTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-A---GCAA-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-GA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57069                      :     CCCCTCCC---CC--TTT----TTTT-G-T-C--AAG----A--T----TTTT--T----T---T--------C-T---AC-A-T------T---T---C-A-C-A-TA--A--C-TTAGA-AG
gi|57070                      :     CCCCCCCC---CC--CCG----TTTT-G-T-C--AAGTATTA-------TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-A-TTG-T---C-A-A-A-TA--A--T-TTAAA-
gi|57071                      :     CCCCCCCC---CC--CCT----TTTT-G-T-CA-AAGTA--A--CCCATTTTT--T----T---T--------T-T---GC-T-T-AACA-T-------T-A-CGA-TA--A--T-TT
gi|57072                      :     CCCCCCTCTTTCC--CCT----GTTT-G-T-A--AAGTA--G--C----TTTTT-T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-AA--A--T-TTAGA-
gi|57073                      :    CCCCCCCCC---CA--ACT----TTTT---C-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57074                      :      CCCTCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-TCGAAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57075                      :      CCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A-------TTTTAAT----T---T--------C-T---GC-A---AA-A-T---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57076                      :       CCCCCC---CC--ACT----TTTT-TCT-C--GAGTA-----C----TTTT--T----T---T--------T-TCTTGC-A-A-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--T-TTAGATAGT
gi|57077                      :      CCCCCCC---CC--ACT----TTTT-G-C-C---AGTA--A--T----TTTT--T----T---T--------CAT---GC-A---AA-A-T---A---C-A-C-A-GA--A--T-TT-GA-AGT
gi|57078                      :      CCCCCCC---CC--CTT----TTTT-G-T-G--GCGTA--A--C----TTTTA-A----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-T---T---T-A-C-A-TA--A--T-TTTGA-AAT
gi|57079                      :     CCCCCCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C--CAATA--A-------TTTT--T----T---T--------C-G---GC-A-T-AA-A-A---A---C-A-C-A-TT--A--T-TTAGG-AGT
gi|57080                      :      CCCCCCC---CC--CCT----TTTC-C-T-C--CAACA--A-------TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A---AA-------A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGG-AGT
gi|57081                      :    CCCCCCCCC---CC--CC------TCT-G-T-C--TAGTT--A--A----TTGT--T----T---T--------T-T---GC-A-TAAA-A-T---T---C-A-C-A-TA--A--T-TTCGA-AAT
gi|57082                      :    CCCCCCCCC---CT--TGT----TTTT-G-T-C--AACTA--A--C----TTTT--A----A---T--------T-T---GC-A-T-AATG-T-------C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57083                      :       CCCCCC---CC--TTT----TTTT-T-T-C--AAGTA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-AGT---A-----A-C-G-TA--A----TTAGA-AGT
gi|57084                      :       CTCCCC---TC--ACT----TTTT-A-T-C--AAGTA----------TTTT--T----T---T--------C-T---GC---T-AA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57085                      :     CCCTCCCC---CC----------TTT-G-T-C--AAGTA--A--C------TT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-CA-T-G---A---CAA-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG
gi|57086                      :     CCCCCCCC---CC----------TTT-G-T-CA-AAGTA--A--C----ATTT--T----T---T----------T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-ATTA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57087                      :     CCCCCCCC---CC----------TTT-C-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---G--A-T-AA-A-----A---A-A-C-A--A--A--A-TTAGA-AGT
gi|57088                      :       CCCCCC---CC--CCT----TTAT-C-T-C--AAGTA--T--T----TTTT--T----T---TTCTTTTTTC-T---GC---C-AA-A-C---AA--C-A-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57089                      :     CCGCCTTC---CC----------TTT-G-T-T--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T----G-T-------C-A-C-A-TA--AT-T-TTAGA-AG
gi|57090                      :        CCCCC---CC--CCT----TTTT-G---C--AAGTA----------CTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T-AA-A-----A---C-A-C-A-CA--AGTC-TTAGA-AGT
gi|57091                      :        CCCCT---CC--ACT----TTTT-G-T-C--ATGTA--A--CT---TTTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--A-T-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57092                      :          CCC---CC--ACC----CGTT-G-TTC--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------A-T---GC-A-T-CA-T-G---A---C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG
gi|57093                      :        CCTCC---CC--CCT----TTTG-G-T-C--AGGTG--A--C----ATTT--T----T---T--------C-T---GC-A-T--C-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TCAGA-AGT
gi|57094                      :         CCCC---CC--ACT----TTTT-C-T-C---AGTA--A--C----TTTT--TTTTCT---T--------C-T---GCAA-G-AA-A-T---A---A-G-C-A-CA--A--T-TTAGA-AGT
gi|57095                      :         CCCC---CT--ACT----TTTT-C-T-C--GAGTA--A--C----TTTG--T----T---T--------C-T---GCAA-G-AA-A-T---A---C-A-C-A-CA--A--TAATAGA-AGT
gi|57096                      :           CC---CC--ACT----TTTT-G-T-C--AAGTA--A--T----TTTTA-T----T---T--------C-T---GC-A-T--C-A-T---GT--C-A-C-A-TA--A--T-TAAGA-AGT
gi|57097                      :                       ----TCTT-G-T-C--AAGTA--A--C----TTTT--T----T---T--------C-T---GC-ACT-AT-A-T---AG--C-A-C-A-TA--A--T-TTAGA-AG