lowQualScore                  :                                                                                                            11111111111                                            
lowQualScore                  :        4  111     0 0 111 0   0  22 11 0 1  444444   11111    00 0   1111 222 222  3333 0 0 22 0 1 0  22 0 33333333333 1 111   00 0  0  0  1  44 0 0 0 2 0    0   
lowQualScore                  :        .  ...     . . ... .   .  .. .. . .  ......   .....    .. .   .... ... ...  .... . . .. . . .  .. . ........... . ...   .. .  .  .  .  .. . . . . .    .   
lowQualScore                  :        6  666     8 8 444 7   7  33 66 7 4  999999   66666    99 7   4444 000 333  2222 7 7 22 7 3 7  55 7 88888888888 4 222   99 7  7  7  4  11 7 7 7 2 7    8   
consensus                     :     ATANAT---ATATT-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
Reference ( gi|56686 )        :     ATATAT---ATATT-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56687                      :     ATAAAT---ATATC-A-T---T-ACT-GC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-TG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56690                      :     ATATAT---ATATT-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------C-G-T---TGA--G-AG-GC-GT-GG--A-T-C-G-T-CAGA-T
gi|56691                      :     ATAAAT---TCATC-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-T-------T-G-T---TGA--C-AG-TT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56688                      :     ATAAAT---TTATC-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--CTAAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------T-G-A---TGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56695                      :     ATAAAT---TTATC-A-A---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CAT-----GATC--C-GAA----G---T---GT--T-C-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--T-AG-GT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TC
gi|56689                      :     ATAAAT---TTATC-A-T---T-ACTTAC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-TAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------T-G-A---TGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56693                      :     ATAAAT---TTATC-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----A---AGTTGT--T-G-G-A--T-C-A-CGTCT-C-GTTGAC--A-C-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56699                      :     ATAAAT---TTATC-A-C---C-ACT-GC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAG----G---A---GT--T-G-A-A--T-C-A-CA--T-C-T-------C-G-A---TAA--C-AA-GT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56697                      :     ATAAAT---TTATC-A-T---T-ACA-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT----G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AT-CC-GT-AG--A-T-T-A-C-CAAA-TCA
gi|56705                      :     ATATAT---ATATT-A-T---T---T-AC--A--G-T-AA------CTT-----AATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-------------------------------------AA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-T-G-T-AAGA-TCA
gi|56704                      :     ATATTT---AT-TT-A-T---T-CAT-AC--A--G-T-AAGG----CTT-----GATC--G-GAA----G---A---TT--G-G-A-A--T-C-A-CG--G-C-GTATGAGCATG-T---TGA--CGAG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-
gi|56701                      : acaaATAAAT---GAATC-A-T---T-ACT-AC--G--G-T-AA------TTT-----TATC--C-GAT----G---A---AT--T-G-C-A--T-C-A-CG--C-C-T-------A-GTT---TGA--C-AG-GT-GC-GG----T-C-ATT-TAGA-TTA
gi|56726                      :     ATATATTGAAT-TT-A-T---A-ACT-AC--A--G-T-AAA-----CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GA--C-A-G-A--T-C-A-CA--A-C-T-------T-G-T---TCA--G-AG-GT-GC-AG--A-T-C-A-T-
gi|56700                      :     ATAAAT---TTATC-A-T---T-TCT-AC--A---------------TT-----GA---------------------GT--T-G-A-A--T-C-G-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56692                      :     ATAAAT---TTATC-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-A---------------GAT--------------------------G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-A-T---TGA--C-AG-AC-GT-GT--A-T-C-A-T-CGGA-TCA
gi|56706                      :     ATAAAT---TTATC-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--
gi|56708                      :       ATAT---ATATT-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---C---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-T-A-T-TAGA-TCA
gi|56709                      :     taATAT---GTATT-A-T---C-ACT-AC--A--G---AA------CTT-----GATC--C--AA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56710                      :     aaATA----ATATT-A-T---T-ACT-ACA-A--G-T--A------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GTC-C-G-G-AC-T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GCTTC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-T
gi|56694                      :     aaATAT---GTATC-A-T---T-AAT-AC--A--G-T-AA------GTT-----GATC--C-GAG----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CT--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-AC-GT-GG--A-T-C-G-T-CAGA-TCA
gi|56724                      :    ataATAT---A-ATT-A-T---T-ACT-AC--A--A-T-AA------CGA-----GATC--T-GAC----A---A---TT--T-G-G-A--T-C-A-CA--T-C-A-------A-G-T---TGA--T-AG-GC-GT-GGATA-T-A-A-T-CAGA-TCA
gi|56696                      :       ATAA---ATTTTCA-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C--AA----G---A---GC--T-G-G-AT-T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-AC-AT-GGA-A-C-C-ATT-CAGA-TCA
gi|56702                      :       ATAA---AT-TT-A-TGGAT-GCT-AT--A----T-AA------CTT-----GATT--C-AAA----G---A---AT--T-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-T-------C-C-C---CGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-TAAA-T
gi|56716                      :         AT---ATATT-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------TTT-----GATC--C-AAA----G---A---GC--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56719                      :         AT---ATATT-A-T---A-CCT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A--G--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-T
gi|56718                      :         AT---ATATT-A-T---T-GCT-AT--A--G-T-AA------CGT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGT-TCA
gi|56720                      :         AT---ATATT-C-T---T-ACT-AC--A--G-T-GA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-G-------T-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-TG--A-T-C-A-T-CAGA-ACA
gi|56713                      :         AT---ATATT-A-T---A-TTT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGACGC-AGTGC-TC-GGC-A-T-C-ATT-CAGA-TCA
gi|56717                      :        aAT---AGATT-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------TTT-----GATC--C-AAA----G---A---GC--C-G-G-A--T-C-A-CA----C-GTA-----A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-CAA-T-CAGA-T
gi|56712                      :         AT---TTATC-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT----G-G-A--T-C-A-CAGTT-C-G---------------TGA--C-AG-TC-GC-CG--A-T-C-A-T-CA-A-TCA
gi|56711                      :        aAT---ACGTC-A-T---T-ACT-AT--A--G-T-CA------TTT-----GATC--T-GAT----G---A---GT--T-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-AC-GC-AG--A-T-C-A-T-TA
gi|56721                      :       aaAT---ATATT-A-T---C-ACC-AT--A--G-A-AA------CTT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56725                      :         AT---GTATT-A-T-----ACT-AC--A--G-C-AG------CTT-----GATT--A-AAG----G---A---GT----G-G-A--TCC-A-CG--T-C-A-------A-T-T---TGA--C-AG-GT-GC-AG--A-T-G-A-T-CTGA-TCA
gi|56722                      :         AT---ATATT-A-T---C-ACC-AT--A--A-G-AA-------TT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56723                      :         AT---ATATT-A-T---C-ACC-AT--A--G---AA--------T-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56727                      :         AT---TTATC-A-T---C-ACT-AA--A--G-T-AA------TTT-----TATC--T-GCT----G---A---AT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------A-GTT---TGA--C-AG-GT-GC-GG--
gi|56715                      :         AT---ACAT--A-T---T-ACT-AC--A--A-TAAA------CTT-----GAT---T-AAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-AT--T-T-G-------A-G-T---TGA--C-AG-
gi|56728                      :         aT---ATAT--A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-G-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56729                      :          T---ATATT-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAAGAACG---A---GT--CAG-G-A--T-C-
gi|56731                      :           ---ATATT-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--CCG-G-A--T-C-A-GG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56730                      :           ---ATATC-A-T---T-GCT-TC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TAA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56732                      :           ---ATATT-A-T---T-ATT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-TAA----G---A---GT--C-A-G-A--T-C-A-CG--T-T-G-------A-G-T---CGA--C-AG-GC-AC-GG--A-T-C-A-T-CAG
gi|56733                      :           ---ACATT-A-T---T-ACA-AC--A--A-T-AAA-----CTT-----GATCGGC-GAA----G---A---GT--C-G-C-A--T-C-A-CG--G-C-G-------A-G-T---TGA--C-AA-G
gi|56734                      :               TATT-AAT---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-GTA--T-CGA-CG--T-C-C-------A-G-----TGA--C-AG-GG-CC-GG--ACT-C-A-T-CAGA-T
gi|56735                      :                 TC-A-T---T-ACT-ACGAA--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----GACCA---GTTGT-G-G-A--T-CAA-CG--TGC-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GATCA-C-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56698                      :                 TT-A-T---TTACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-T-T-------C-A-T---TGA--C-A
gi|56736                      :     ataaatttatcatT-A-T---T-ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-CTC-------A-G-----TGA--C-AG-GC--C-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56737                      :                  T-A-A---T-ACT-AC--T--G-T-AA------CTT-----GATA--A-GAA----G---T---GT--C-G-G-A--T-A-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AA-TC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56714                      :                   -A-T---T-A-T-AC--AT-G-T-AA------TTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-A-G--A-C-A-CG--T-C-C-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-G-----T-C-A-T-CA-A-TCA
gi|56738                      :           aatttagc-A-T---T-ACT-GC--T--G-T-AAAATCAGCTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT--C-G-G-----------G--T-C-T-------T-G-T---GGA--T-AG-CC-GT-GG--A-T-C-A-T-CGGA-T
gi|56739                      :                       ---T-ACT-AC--A--G---AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-AGGG-C-A-CG--T---G-------A-G-T---TG---C-AG-GC-GC-GGC-A-TCC-A-T-C-GA-T
gi|56740                      :                           -ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----GCC-A---GT--C-G-C-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56741                      :                           -ACT-AC--ACCGCT-AA------CTT-----CATC--C-GGA----A---ACAAAT--C-GCG-A--T-C-AACGC-T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GCCGG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56742                      :                           -ACT-ACC-G--G-T-AA------ATT-----GATG--T-CAC----G---A---GT--T-T-G-A--T-C-A-CA--T-------------G-TCTGTGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-A-A-T-CAGA-TCA
gi|56703                      :                           -ACT-AC-----T-T-AAT-----CTT-----GGTC--T-GCA----A--------T--C-A-G-A--T-----------------------G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56743                      :                  atgaatttatgaT-AC--A--G-T-AA------CGT-----GATC--C-GAA----G---A---GG--C-G-G-A--A-C-T-CA--T-T-G-------A-G-T---TGA--C-AA-TC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56707                      :                              T-AC--A--C-T-AT------TTT-----CATC--C-TAA----A---A---TT--C-G-G-A--T-T-A-CA--T-A-G-------A-T-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-C-A-T-CTTA-TCA
gi|56744                      :               ataaatctatatcgaa-AC--A--G-TTAA------CTTCGTGTGATT--T--AA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-CAA-------A-G-T---TGA----AG-GC-GCTGG--A-T-C-A-TACAGAGTCA
gi|56745                      :                                            A------CTT-----GATC--T-GAG----G---A---GA--T-G-T-A--T-C-A-CG--T-T-T-------C-A-T---TAA--T-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-GAGA-TTA
gi|56746                      :                                                    TT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-A-G-A--T-C-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56747                      :                                                    TT-----GATA--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--C-C-A-CA--C-C-G-------A-G-T---TGA--C-GG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              11111111111                                            
lowQualScore                  :        1  44444  0 0 0  22222   0  22 11 0 1  444444   11111    00 0   1111 222 222  2222 0 0 22 0 1 0  22 0 33333333333 1 111   00 0  0  0  1  44 0 0 0 2 0    0   
lowQualScore                  :        .  .....  . . .  .....   .  .. .. . .  ......   .....    .. .   .... ... ...  .... . . .. . . .  .. . ........... . ...   .. .  .  .  .  .. . . . . .    .   
lowQualScore                  :        0  00000  8 7 8  55555   7  33 66 7 4  888888   66666    99 6   4444 000 333  9999 7 7 22 7 3 7  55 7 22222222222 3 222   99 7  7  7  4  00 7 7 7 1 7    8   
consensus                     :     ATAAAT---A-TA-TCA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
Reference ( family-358 )      :     ATANAT---A-TA-TTA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56686                      :     ATATAT---A-TA-TTA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56687                      :     ATAAAT---A-TA-TCA-TT-----ACT-GC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-TG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56688                      :     ATAAAT---T-TA-TCA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--CTAAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------T-G-A---TGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56689                      :     ATAAAT---T-TA-TCA-TT-----ACTTAC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-TAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------T-G-A---TGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56690                      :     ATATAT---A-TA-TTA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------C-G-T---TGA--G-AG-GC-GT-GG--A-T-C-G-T-CAGA-T
gi|56691                      :     ATAAAT---T-CA-TCA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-T-------T-G-T---TGA--C-AG-TT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56692                      :     ATAAAT---T-TA-TCA-TT-----ACT-AC--A--G-T-A---------------GAT--------------------------G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-A-T---TGA--C-AG-AC-GT-GT--A-T-C-A-T-CGGA-TCA
gi|56693                      :     ATAAAT---T-TA-TCA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----A---AGTTGT--T-G-G-A--T-C-A-CGTCT-C-GTTGAC--A-C-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56694                      :       ATAT---G-TA-TCA-TT-----AAT-AC--A--G-T-AA------GTT-----GATC--C-GAG----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CT--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-AC-GT-GG--A-T-C-G-T-CAGA-TCA
gi|56695                      :  ataATAAAT---T-TA-TCA-AT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CAT-----GATC--C-GAA----G---T---GT--T-C-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--T-AG-GT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TC
gi|56696                      :     ATAAAT---T-T--TCA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C--AA----G---A---GC--T-G-G-AT-T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-AC-AT-GGA-A-C-C-ATT-CAGA-TCA
gi|56697                      :     ATAAAT---T-TA-TCA-TT-----ACA-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT----G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AT-CC-GT-AG--A-T-T-A-C-CAAA-TCA
gi|56698                      :     ATAAAT---T-TA-TCA-TTTATTTACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-T-T-------C-A-T---TGA--C-A
gi|56699                      :     ATAAAT---T-TA-TCA-CC-----ACT-GC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAG----G---A---GT--T-G-A-A--T-C-A-CA--T-C-T-------C-G-A---TAA--C-AA-GT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56700                      :     ATAAAT---T-TA-TCA-TT-----TCT-AC--A---------------TT-----GA---------------------GT--T-G-A-A--T-C-G-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56701                      :     ATAAAT---G-AA-TCA-TT-----ACT-AC--G--G-T-AA------TTT-----TATC--C-GAT----G---A---AT--T-G-C-A--T-C-A-CG--C-C-T-------A-GTT---TGA--C-AG-GT-GC-GG----T-C-ATT-TAGA-TTA
gi|56702                      :     ATAAAT---T-TA-TGG-AT-----GCT-AT--A----T-AA------CTT-----GATT--C-AAA----G---A---AT--T-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-T-------C-C-C---CGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-TAAA-T
gi|56703                      :     ATGAAT---T-TA-TGA--------ACT-AC-----T-T-AAT-----CTT-----GGTC--T-GCA----A--------T--C-A-G-A--T-----------------------G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56704                      :     ATATTT---A-T--TTA-TT-----CAT-AC--A--G-T-AAGG----CTT-----GATC--G-GAA----G---A---TT--G-G-A-A--T-C-A-CG--G-C-GTATGAGCATG-T---TGA--CGAG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-
gi|56705                      : acaaATATAT---A-TA-TTA-TT-------T-AC--A--G-T-AA------CTT-----AATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-------------------------------------AA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-T-G-T-AAGA-TCA
gi|56706                      :     ATAAAT---T-TA-TCA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--
gi|56707                      :     ATAAAT---C-TA-T-A-TCG----AAT-AC--A--C-T-AT------TTT-----CATC--C-TAA----A---A---TT--C-G-G-A--T-T-A-CA--T-A-G-------A-T-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-C-A-T-CTTA-TCA
gi|56708                      :       ATAT---A-TA-TTA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---C---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-T-A-T-TAGA-TCA
gi|56709                      :     taATAT---G-TA-TTA-TC-----ACT-AC--A--G---AA------CTT-----GATC--C--AA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56710                      :     aaAAAT---AATA-TTA-TT-----ACT-ACA-A--G-T--A------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GTC-C-G-G-AC-T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GCTTC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-T
gi|56711                      :       AAAT---A-CG-TCA-TT-----ACT-AT--A--G-T-CA------TTT-----GATC--T-GAT----G---A---GT--T-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-AC-GC-AG--A-T-C-A-T-TA
gi|56712                      :         AT---T-TA-TCA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT----G-G-A--T-C-A-CAGTT-C-G---------------TGA--C-AG-TC-GC-CG--A-T-C-A-T-CA-A-TCA
gi|56713                      :        aAT---A-TA-TTA-TA-----TTT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGACGC-AGTGC-TC-GGC-A-T-C-ATT-CAGA-TCA
gi|56714                      :                    aA-TT-----A-T-AC--AT-G-T-AA------TTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-A-G--A-C-A-CG--T-C-C-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-G-----T-C-A-T-CA-A-TCA
gi|56715                      : aatttagcAT---A-CA-T-A-TT-----ACT-AC--A--A-TAAA------CTT-----GAT---T-AAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-AT--T-T-G-------A-G-T---TGA--C-AG-
gi|56716                      :        aAT---A-TA-TTA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------TTT-----GATC--C-AAA----G---A---GC--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56717                      :         AT---A-GA-TTA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------TTT-----GATC--C-AAA----G---A---GC--C-G-G-A--T-C-A-CA----C-GTA-----A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-CAA-T-CAGA-T
gi|56718                      :         AT---A-TA-TTA-TT-----GCT-AT--A--G-T-AA------CGT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGT-TCA
gi|56719                      :         AT---A-TA-TTA-TA-----CCT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A--G--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-T
gi|56720                      :         AT---A-TA-TTC-TT-----ACT-AC--A--G-T-GA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-G-------T-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-TG--A-T-C-A-T-CAGA-ACA
gi|56721                      :         AT---A-TA-TTA-TC-----ACC-AT--A--G-A-AA------CTT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56722                      :         AT---A-TA-TTA-TC-----ACC-AT--A--A-G-AA-------TT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56723                      :         AT---A-TA-TTA-TC-----ACC-AT--A--G---AA--------T-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56724                      :         AT---A-TAATTA-TT-----ACT-AC--A--A-T-AA------CGA-----GATC--T-GAC----A---A---TT--T-G-G-A--T-C-A-CA--T-C-A-------A-G-T---TGA--T-AG-GC-GT-GGATA-T-A-A-T-CAGA-TCA
gi|56725                      :         AT---G-TA-TTA-T------ACT-AC--A--G-C-AG------CTT-----GATT--A-AAG----G---A---GT----G-G-A--TCC-A-CG--T-C-A-------A-T-T---TGA--C-AG-GT-GC-AG--A-T-G-A-T-CTGA-TCA
gi|56726                      :     ATATATTGAA-T--TTA-TA-----ACT-AC--A--G-T-AAA-----CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GA--C-A-G-A--T-C-A-CA--A-C-T-------T-G-T---TCA--G-AG-GT-GC-AG--A-T-C-A-T-
gi|56727                      :         AT---T-TA-TCA-TC-----ACT-AA--A--G-T-AA------TTT-----TATC--T-GCT----G---A---AT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------A-GTT---TGA--C-AG-GT-GC-GG--
gi|56728                      :          T---A-TA-T-A-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-G-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56729                      :          T---A-TA-TTA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAAGAACG---A---GT--CAG-G-A--T-C-
gi|56730                      :           ---A-TA-TCA-TT-----GCT-TC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TAA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56731                      :           ---A-TA-TTA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--CCG-G-A--T-C-A-GG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56732                      :           ---A-TA-TTA-TT-----ATT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-TAA----G---A---GT--C-A-G-A--T-C-A-CG--T-T-G-------A-G-T---CGA--C-AG-GC-AC-GG--A-T-C-A-T-CAG
gi|56733                      :           ---A-CA-TTA-TT-----ACA-AC--A--A-T-AAA-----CTT-----GATCGGC-GAA----G---A---GT--C-G-C-A--T-C-A-CG--G-C-G-------A-G-T---TGA--C-AA-G
gi|56734                      :               -TA-TTAATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-GTA--T-CGA-CG--T-C-C-------A-G-----TGA--C-AG-GG-CC-GG--ACT-C-A-T-CAGA-T
gi|56735                      :                  -TCA-TT-----ACT-ACGAA--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----GACCA---GTTGT-G-G-A--T-CAA-CG--TGC-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GATCA-C-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56736                      :                    TA-TT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-CTC-------A-G-----TGA--C-AG-GC--C-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56737                      :                    TA-AT-----ACT-AC--T--G-T-AA------CTT-----GATA--A-GAA----G---T---GT--C-G-G-A--T-A-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AA-TC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56738                      :                     A-TT-----ACT-GC--T--G-T-AAAATCAGCTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT--C-G-G-----------G--T-C-T-------T-G-T---GGA--T-AG-CC-GT-GG--A-T-C-A-T-CGGA-T
gi|56739                      :                        T-----ACT-AC--A--G---AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-AGGG-C-A-CG--T---G-------A-G-T---TG---C-AG-GC-GC-GGC-A-TCC-A-T-C-GA-T
gi|56740                      :                         -----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----GCC-A---GT--C-G-C-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56741                      :                         -----ACT-AC--ACCGCT-AA------CTT-----CATC--C-GGA----A---ACAAAT--C-GCG-A--T-C-AACGC-T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GCCGG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56742                      :                         -----ACT-ACC-G--G-T-AA------ATT-----GATG--T-CAC----G---A---GT--T-T-G-A--T-C-A-CA--T-------------G-TCTGTGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-A-A-T-CAGA-TCA
gi|56743                      :                                T-AC--A--G-T-AA------CGT-----GATC--C-GAA----G---A---GG--C-G-G-A--A-C-T-CA--T-T-G-------A-G-T---TGA--C-AA-TC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56744                      :                                 -AC--A--G-TTAA------CTTCGTGTGATT--T--AA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-CAA-------A-G-T---TGA----AG-GC-GCTGG--A-T-C-A-TACAGAGTCA
gi|56745                      :                                              A------CTT-----GATC--T-GAG----G---A---GA--T-G-T-A--T-C-A-CG--T-T-T-------C-A-T---TAA--T-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-GAGA-TTA
gi|56746                      :                                                      TT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-A-G-A--T-C-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56747                      :                                                      TT-----GATA--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--C-C-A-CA--C-C-G-------A-G-T---TGA--C-GG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                             11111111111                                            
lowQualScore                  :     1  3333 22 0 222   33333   0  11 22 0 0  555555   11111    00 0   1111 222 222  2222 0 0 22 0 1 0  22 0 33333333333 1 111   00 0  0  0  1  44 0 0 0 2 0    0   
lowQualScore                  :     .  .... .. . ...   .....   .  .. .. . .  ......   .....    .. .   .... ... ...  .... . . .. . . .  .. . ........... . ...   .. .  .  .  .  .. . . . . .    .   
lowQualScore                  :     9  1111 33 8 444   22222   7  66 33 7 7  555555   66666    99 6   4444 000 333  9999 7 7 22 7 3 7  55 7 22222222222 3 222   99 7  7  7  4  00 7 7 7 1 7    8   
consensus                     : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
Reference ( family-358 )      : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56686                      : ATAT-AT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56687                      : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-GC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-TG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56688                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--CTAAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------T-G-A---TGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56689                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACTTAC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-TAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------T-G-A---TGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56690                      : ATAT-AT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------C-G-T---TGA--G-AG-GC-GT-GG--A-T-C-G-T-CAGA-T
gi|56691                      : ATAA-AT--T-C--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-T-------T-G-T---TGA--C-AG-TT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56692                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-A---------------GAT--------------------------G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-A-T---TGA--C-AG-AC-GT-GT--A-T-C-A-T-CGGA-TCA
gi|56693                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----A---AGTTGT--T-G-G-A--T-C-A-CGTCT-C-GTTGAC--A-C-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56694                      : ATAATAT--G-T--A-TC--ATT-----AAT-AC--A--G-T-AA------GTT-----GATC--C-GAG----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CT--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-AC-GT-GG--A-T-C-G-T-CAGA-TCA
gi|56695                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--AAT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CAT-----GATC--C-GAA----G---T---GT--T-C-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--T-AG-GT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TC
gi|56696                      : ATAA-AT--T-T----TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C--AA----G---A---GC--T-G-G-AT-T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-AC-AT-GGA-A-C-C-ATT-CAGA-TCA
gi|56697                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACA-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT----G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AT-CC-GT-AG--A-T-T-A-C-CAAA-TCA
gi|56698                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATTTATTTACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-T-T-------C-A-T---TGA--C-A
gi|56699                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ACC-----ACT-GC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAG----G---A---GT--T-G-A-A--T-C-A-CA--T-C-T-------C-G-A---TAA--C-AA-GT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56700                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----TCT-AC--A---------------TT--------------------G---A---GT--T-G-A-A--T-C-G-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56701                      : ATAA-AT--G-A--A-TC--ATT-----ACT-AC--G--G-T-AA------TTT-----TATC--C-GAT----G---A---AT--T-G-C-A--T-C-A-CG--C-C-T-------A-GTT---TGA--C-AG-GT-GC-GG----T-C-ATT-TAGA-TTA
gi|56702                      : ATAA-AT--T-T--A-TG--GAT-----GCT-AT--A----T-AA------CTT-----GATT--C-AAA----G---A---AT--T-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-T-------C-C-C---CGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-TAAA-T
gi|56703                      : ATGA-AT--T-T--A-TG--A-------ACT-AC-----T-T-AAT-----CTT-----GGTC--T-GCA----A--------T--C-A-G-A--T-----------------------G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56704                      : ACAA-AT--A-TTTA-TTT-ATT-----CAT-AC--A--G-T-AAGG----CTT-----GATC--G-GAA----G---A---TT--G-G-A-A--T-C-A-CG--G-C-GTATGAGCATG-T---TGA--CGAG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-
gi|56705                      : ATAT-AT--A-T--A-TT--ATT-------T-AC--A--G-T-AA------CTT-----AATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-------------------------------------AA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-T-G-T-AAGA-TCA
gi|56706                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--
gi|56707                      : ATAA-ATCTA-T--A-TC--G-------AAT-AC--A--C-T-AT------TTT-----CATC--C-TAA----A---A---TT--C-G-G-A--T-T-A-CA--T-A-G-------A-T-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-C-A-T-CTTA-TCA
gi|56708                      :  TAATAT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---C---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-T-A-T-TAGA-TCA
gi|56709                      :   AA-AT--A-TGTA-TT--ATC-----ACT-AC--A--G---AA------CTT-----GATC--C--AA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56710                      :   AA-AT--AAT--A-TT--ATT-----ACT-AC--AA-G-T-A-------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GTC-C-G-G-AC-T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GCTTC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-T
gi|56711                      :   AA-AT--A-C--G-TC--ATT-----ACT-AT--A--G-T-CA------TTT-----GATC--T-GAT----G---A---GT--T-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-AC-GC-AG--A-T-C-A-T-TA
gi|56712                      :    A-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT----G-G-A--T-C-A-CAGTT-C-G---------------TGA--C-AG-TC-GC-CG--A-T-C-A-T-CA-A-TCA
gi|56713                      :    A-AT--A-T--A-TT--ATA-----TTT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGACGC-AGTGC-TC-GGC-A-T-C-ATT-CAGA-TCA
gi|56714                      :    A-AT--T-T--A-GC--ATT-----A-T-AC--AT-G-T-AA------TTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-A-G--A-C-A-CG--T-C-C-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-G-----T-C-A-T-CA-A-TCA
gi|56715                      :    A-AT--A-C--A-T---ATT-----ACT-AC--A--A-T-AAA-----CTT-----GATT----AAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-AT--T-T-G-------A-G-T---TGA--C-AG-
gi|56716                      :     -AT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------TTT-----GATC--C-AAA----G---A---GC--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56717                      :     -AT--A-G--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------TTT-----GATC--C-AAA----G---A---GC--C-G-G-A--T-C-A-CA----C-GTA-----A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-CAA-T-CAGA-T
gi|56718                      :     -AT--A-T--A-TT--ATT-----GCT-AT--A--G-T-AA------CGT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGT-TCA
gi|56719                      :     -AT--A-T--A-TT--ATA-----CCT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A--G--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-T
gi|56720                      :     -AT--A-T--A-TT--CTT-----ACT-AC--A--G-T-GA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-G-------T-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-TG--A-T-C-A-T-CAGA-ACA
gi|56721                      :     -AT--A-T--A-TT--ATC-----ACC-AT--A--G-A-AA------CTT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56722                      :     -AT--A-T--A-TT--ATC-----ACC-AT--A--A-G-AA-------TT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56723                      :     -AT--A-T--A-TT--ATC-----ACC-AT--A--G---AA--------T-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56724                      :     -AT--A-T--AATT--ATT-----ACT-AC--A--A-T-AA------CGA-----GATC--T-GAC----A---A---TT--T-G-G-A--T-C-A-CA--T-C-A-------A-G-T---TGA--T-AG-GC-GT-GGATA-T-A-A-T-CAGA-TCA
gi|56725                      :     -AT--G-T--A-TT--AT------ACT-AC--A--G-C-AG------CTT-----GATT--A-AAG----G---A---GT----G-G-A--TCC-A-CG--T-C-A-------A-T-T---TGA--C-AG-GT-GC-AG--A-T-G-A-T-CTGA-TCA
gi|56726                      :     -AT--A-T--A-TTGAATTTATA-ACT-AC--A--G-T-AAA-----CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GA--C-A-G-A--T-C-A-CA--A-C-T-------T-G-T---TCA--G-AG-GT-GC-AG--A-T-C-A-T-
gi|56727                      :     -AT--T-T--A-TC--ATC-----ACT-AA--A--G-T-AA------TTT-----TATC--T-GCT----G---A---AT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------A-GTT---TGA--C-AG-GT-GC-GG--
gi|56728                      :       T--A-T--A-T---ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-G-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56729                      :       T--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAAGAACG---A---GT--CAG-G-A--T-C-
gi|56730                      :        --A-T--A-TC--ATT-----GCT-TC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TAA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56731                      :        --A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--CCG-G-A--T-C-A-GG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56732                      :        --A-T--A-TT--ATT-----ATT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-TAA----G---A---GT--C-A-G-A--T-C-A-CG--T-T-G-------A-G-T---CGA--C-AG-GC-AC-GG--A-T-C-A-T-CAG
gi|56733                      :        --A-C--A-TT--ATT-----ACA-AC--A--A-T-AAA-----CTT-----GATCGGC-GAA----G---A---GT--C-G-C-A--T-C-A-CG--G-C-G-------A-G-T---TGA--C-AA-G
gi|56734                      :                   --ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-GTA--T-CGA-CG--T-C-C-------A-G-----TGA--C-AG-GG-CC-GG--ACT-C-A-T-CAGA-T
gi|56735                      :           tatta-TC--ATT-----ACT-ACGAA--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----GACCA---GTTGT-G-G-A--T-CAA-CG--TGC-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GATCA-C-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56736                      :                   --ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-CTC-------A-G-----TGA--C-AG-GC--C-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56737                      :                      tT-----ACT-AC--T--G-T-AA------CTT-----GATA--A-GAA----G---T---GT--C-G-G-A--T-A-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AA-TC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56738                      :                taa--ATT-----ACT-GC--T--G-T-AAAATCAGCTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT--C-G-G-----------G--T-C-T-------T-G-T---GGA--T-AG-CC-GT-GG--A-T-C-A-T-CGGA-T
gi|56739                      :                       T-----ACT-AC--A--G---AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-AGGG-C-A-CG--T---G-------A-G-T---TG---C-AG-GC-GC-GGC-A-TCC-A-T-C-GA-T
gi|56740                      :                        -----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----GCC-A---GT--C-G-C-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56741                      :                        -----ACT-AC--ACCGCT-AA------CTT-----CATC--C-GGA----A---ACAAAT--C-GCG-A--T-C-AACGC-T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GCCGG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56742                      :                        -----ACT-ACC-G--G-T-AA------ATT-----GATG--T-CAC----G---A---GT--T-T-G-A--T-C-A-CA--T-------------G-TCTGTGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-A-A-T-CAGA-TCA
gi|56743                      :                               T-AC--A--G-T-AA------CGT-----GATC--C-GAA----G---A---GG--C-G-G-A--A-C-T-CA--T-T-G-------A-G-T---TGA--C-AA-TC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56744                      :                                -AC--A--G-TTAA------CTTCGTGTGATT--T--AA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-CAA-------A-G-T---TGA----AG-GC-GCTGG--A-T-C-A-TACAGAGTCA
gi|56745                      :                                             A------CTT-----GATC--T-GAG----G---A---GA--T-G-T-A--T-C-A-CG--T-T-T-------C-A-T---TAA--T-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-GAGA-TTA
gi|56746                      :                                                     TT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-A-G-A--T-C-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56747                      :                                                     TT-----GATA--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--C-C-A-CA--C-C-G-------A-G-T---TGA--C-GG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                             11111111111                                            
lowQualScore                  :     1  3333 22 0 222   33333   0  11 22 0 0  555555   11111    00 0   1111 222 222  2222 0 0 22 0 1 0  22 0 33333333333 1 111   00 0  0  0  1  44 0 0 0 2 0    0   
lowQualScore                  :     .  .... .. . ...   .....   .  .. .. . .  ......   .....    .. .   .... ... ...  .... . . .. . . .  .. . ........... . ...   .. .  .  .  .  .. . . . . .    .   
lowQualScore                  :     9  1111 33 8 444   22222   7  66 33 7 7  555555   66666    99 6   4444 000 333  9999 7 7 22 7 3 7  55 7 22222222222 3 222   99 7  7  7  4  00 7 7 7 1 7    8   
consensus                     : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
Reference ( family-358 )      : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56686                      : ATAT-AT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56687                      : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-GC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-TG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56688                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--CTAAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------T-G-A---TGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56689                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACTTAC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-TAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------T-G-A---TGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56690                      : ATAT-AT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------C-G-T---TGA--G-AG-GC-GT-GG--A-T-C-G-T-CAGA-T
gi|56691                      : ATAA-AT--T-C--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-T-------T-G-T---TGA--C-AG-TT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56692                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-A---------------GAT--------------------------G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-A-T---TGA--C-AG-AC-GT-GT--A-T-C-A-T-CGGA-TCA
gi|56693                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----A---AGTTGT--T-G-G-A--T-C-A-CGTCT-C-GTTGAC--A-C-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56694                      : ATAATAT--G-T--A-TC--ATT-----AAT-AC--A--G-T-AA------GTT-----GATC--C-GAG----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CT--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-AC-GT-GG--A-T-C-G-T-CAGA-TCA
gi|56695                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--AAT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CAT-----GATC--C-GAA----G---T---GT--T-C-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--T-AG-GT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TC
gi|56696                      : ATAA-AT--T-T----TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C--AA----G---A---GC--T-G-G-AT-T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-AC-AT-GGA-A-C-C-ATT-CAGA-TCA
gi|56697                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACA-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT----G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AT-CC-GT-AG--A-T-T-A-C-CAAA-TCA
gi|56698                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATTTATTTACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-T-T-------C-A-T---TGA--C-A
gi|56699                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ACC-----ACT-GC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAG----G---A---GT--T-G-A-A--T-C-A-CA--T-C-T-------C-G-A---TAA--C-AA-GT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56700                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----TCT-AC--A---------------TT--------------------G---A---GT--T-G-A-A--T-C-G-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56701                      : ATAA-AT--G-A--A-TC--ATT-----ACT-AC--G--G-T-AA------TTT-----TATC--C-GAT----G---A---AT--T-G-C-A--T-C-A-CG--C-C-T-------A-GTT---TGA--C-AG-GT-GC-GG----T-C-ATT-TAGA-TTA
gi|56702                      : ATAA-AT--T-T--A-TG--GAT-----GCT-AT--A----T-AA------CTT-----GATT--C-AAA----G---A---AT--T-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-T-------C-C-C---CGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-TAAA-T
gi|56703                      : ATGA-AT--T-T--A-TG--A-------ACT-AC-----T-T-AAT-----CTT-----GGTC--T-GCA----A--------T--C-A-G-A--T-----------------------G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56704                      : ACAA-AT--A-TTTA-TTT-ATT-----CAT-AC--A--G-T-AAGG----CTT-----GATC--G-GAA----G---A---TT--G-G-A-A--T-C-A-CG--G-C-GTATGAGCATG-T---TGA--CGAG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-
gi|56705                      : ATAT-AT--A-T--A-TT--ATT-------T-AC--A--G-T-AA------CTT-----AATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-------------------------------------AA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-T-G-T-AAGA-TCA
gi|56706                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--
gi|56707                      : ATAA-ATCTA-T--A-TC--G-------AAT-AC--A--C-T-AT------TTT-----CATC--C-TAA----A---A---TT--C-G-G-A--T-T-A-CA--T-A-G-------A-T-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-C-A-T-CTTA-TCA
gi|56708                      :  TAATAT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---C---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-T-A-T-TAGA-TCA
gi|56709                      :   AA-AT--A-TGTA-TT--ATC-----ACT-AC--A--G---AA------CTT-----GATC--C--AA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56710                      :   AA-AT--AAT--A-TT--ATT-----ACT-AC--AA-G-T-A-------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GTC-C-G-G-AC-T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GCTTC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-T
gi|56711                      :   AA-AT--A-C--G-TC--ATT-----ACT-AT--A--G-T-CA------TTT-----GATC--T-GAT----G---A---GT--T-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-AC-GC-AG--A-T-C-A-T-TA
gi|56712                      :    A-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT----G-G-A--T-C-A-CAGTT-C-G---------------TGA--C-AG-TC-GC-CG--A-T-C-A-T-CA-A-TCA
gi|56713                      :    A-AT--A-T--A-TT--ATA-----TTT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGACGC-AGTGC-TC-GGC-A-T-C-ATT-CAGA-TCA
gi|56714                      :    A-AT--T-T--A-GC--ATT-----A-T-AC--AT-G-T-AA------TTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-A-G--A-C-A-CG--T-C-C-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-G-----T-C-A-T-CA-A-TCA
gi|56715                      :    A-AT--A-C--A-T---ATT-----ACT-AC--A--A-T-AAA-----CTT-----GATT----AAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-AT--T-T-G-------A-G-T---TGA--C-AG-
gi|56716                      :     -AT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------TTT-----GATC--C-AAA----G---A---GC--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56717                      :     -AT--A-G--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------TTT-----GATC--C-AAA----G---A---GC--C-G-G-A--T-C-A-CA----C-GTA-----A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-CAA-T-CAGA-T
gi|56718                      :     -AT--A-T--A-TT--ATT-----GCT-AT--A--G-T-AA------CGT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGT-TCA
gi|56719                      :     -AT--A-T--A-TT--ATA-----CCT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A--G--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-T
gi|56720                      :     -AT--A-T--A-TT--CTT-----ACT-AC--A--G-T-GA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-G-------T-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-TG--A-T-C-A-T-CAGA-ACA
gi|56721                      :     -AT--A-T--A-TT--ATC-----ACC-AT--A--G-A-AA------CTT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56722                      :     -AT--A-T--A-TT--ATC-----ACC-AT--A--A-G-AA-------TT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56723                      :     -AT--A-T--A-TT--ATC-----ACC-AT--A--G---AA--------T-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56724                      :     -AT--A-T--AATT--ATT-----ACT-AC--A--A-T-AA------CGA-----GATC--T-GAC----A---A---TT--T-G-G-A--T-C-A-CA--T-C-A-------A-G-T---TGA--T-AG-GC-GT-GGATA-T-A-A-T-CAGA-TCA
gi|56725                      :     -AT--G-T--A-TT--AT------ACT-AC--A--G-C-AG------CTT-----GATT--A-AAG----G---A---GT----G-G-A--TCC-A-CG--T-C-A-------A-T-T---TGA--C-AG-GT-GC-AG--A-T-G-A-T-CTGA-TCA
gi|56726                      :     -AT--A-T--A-TTGAATTTATA-ACT-AC--A--G-T-AAA-----CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GA--C-A-G-A--T-C-A-CA--A-C-T-------T-G-T---TCA--G-AG-GT-GC-AG--A-T-C-A-T-
gi|56727                      :     -AT--T-T--A-TC--ATC-----ACT-AA--A--G-T-AA------TTT-----TATC--T-GCT----G---A---AT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------A-GTT---TGA--C-AG-GT-GC-GG--
gi|56728                      :       T--A-T--A-T---ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-G-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56729                      :       T--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAAGAACG---A---GT--CAG-G-A--T-C-
gi|56730                      :        --A-T--A-TC--ATT-----GCT-TC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TAA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56731                      :        --A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--CCG-G-A--T-C-A-GG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56732                      :        --A-T--A-TT--ATT-----ATT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-TAA----G---A---GT--C-A-G-A--T-C-A-CG--T-T-G-------A-G-T---CGA--C-AG-GC-AC-GG--A-T-C-A-T-CAG
gi|56733                      :        --A-C--A-TT--ATT-----ACA-AC--A--A-T-AAA-----CTT-----GATCGGC-GAA----G---A---GT--C-G-C-A--T-C-A-CG--G-C-G-------A-G-T---TGA--C-AA-G
gi|56734                      :                   --ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-GTA--T-CGA-CG--T-C-C-------A-G-----TGA--C-AG-GG-CC-GG--ACT-C-A-T-CAGA-T
gi|56735                      :           tatta-TC--ATT-----ACT-ACGAA--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----GACCA---GTTGT-G-G-A--T-CAA-CG--TGC-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GATCA-C-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56736                      :                   --ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-CTC-------A-G-----TGA--C-AG-GC--C-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56737                      :                      tT-----ACT-AC--T--G-T-AA------CTT-----GATA--A-GAA----G---T---GT--C-G-G-A--T-A-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AA-TC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56738                      :                taa--ATT-----ACT-GC--T--G-T-AAAATCAGCTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT--C-G-G-----------G--T-C-T-------T-G-T---GGA--T-AG-CC-GT-GG--A-T-C-A-T-CGGA-T
gi|56739                      :                       T-----ACT-AC--A--G---AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-AGGG-C-A-CG--T---G-------A-G-T---TG---C-AG-GC-GC-GGC-A-TCC-A-T-C-GA-T
gi|56740                      :                        -----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----GCC-A---GT--C-G-C-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56741                      :                        -----ACT-AC--ACCGCT-AA------CTT-----CATC--C-GGA----A---ACAAAT--C-GCG-A--T-C-AACGC-T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GCCGG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56742                      :                        -----ACT-ACC-G--G-T-AA------ATT-----GATG--T-CAC----G---A---GT--T-T-G-A--T-C-A-CA--T-------------G-TCTGTGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-A-A-T-CAGA-TCA
gi|56743                      :                               T-AC--A--G-T-AA------CGT-----GATC--C-GAA----G---A---GG--C-G-G-A--A-C-T-CA--T-T-G-------A-G-T---TGA--C-AA-TC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56744                      :                                -AC--A--G-TTAA------CTTCGTGTGATT--T--AA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-CAA-------A-G-T---TGA----AG-GC-GCTGG--A-T-C-A-TACAGAGTCA
gi|56745                      :                                             A------CTT-----GATC--T-GAG----G---A---GA--T-G-T-A--T-C-A-CG--T-T-T-------C-A-T---TAA--T-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-GAGA-TTA
gi|56746                      :                                                     TT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-A-G-A--T-C-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56747                      :                                                     TT-----GATA--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--C-C-A-CA--C-C-G-------A-G-T---TGA--C-GG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA


blockSeqs                     :     T  CTA  TT   TGA   TATTT      GA CC      AATCAG   CGTGT           GAAC ACC GTT  TGT      GG   G    TC   GTATGAGCAT  T CTG               C  AT       T
blockSeqs                     :     T  AA   GT   TT    TATA       C  A       GG       .               .    CC  CAA  CC       T    A    GT   GTTGACA     T .                 T  TC       T
blockSeqs                     :     .  A    .    C     .          .  T       T        .               .    .   .    CA       C    .    C    GTAA        . .                 .  A        T
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       A        .               .    .   .    CC       .    .    .    TCA         . .                 .  C        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       A        .               .    .   .    T        .    .    .    AAA         . .                 .  C        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       A        .               .    .   .    T        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TT          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    TT          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    GC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  G    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TT          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  G    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    G     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    G     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    TA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    G        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    AA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    CC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    AA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GT          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    AA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    AA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    TT          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  G    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  A    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :     .  T    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :        A    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :        A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :        A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :        A    .    T     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    CA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :        A    .    C     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :        A    .    .     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :                  .     .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    TT          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :                        .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :                        .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :                        .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :                        .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :                        .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    TC          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :                        .          .  .       .        .               .    .   .    T        .    .    .    AA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :                        .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    GA          . .                 .  .        .
blockSeqs                     :                        .          .  .       .        .               .    .   .    C        .    .    .    G           . .                 .  .         
blockSeqs                     :                                   .  .       .        .               .    .   .    .        .    .    .    .           . .                              
blockSeqs                     :                                   .  .       .        .               .    .   .    .        .    .    .    .           . .                              
blockSeqs                     :                                              .        .               .    .   .    .        .    .    .    .           . .                              
blockSeqs                     :                                                       .               .    .   .    .        .    .                                                      
blockSeqs                     :                                                       .               .    .   .                                                                         


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
finalCons                     : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                             11111111111                                            
lowQualScore                  :     1  3333 22 0 222   33333   0  11 22 0 0  555555   11111    00 0   1111 222 222  2222 0 0 22 0 1 0  22 0 33333333333 1 111   00 0  0  0  1  44 0 0 0 2 0    0   
lowQualScore                  :     .  .... .. . ...   .....   .  .. .. . .  ......   .....    .. .   .... ... ...  .... . . .. . . .  .. . ........... . ...   .. .  .  .  .  .. . . . . .    .   
lowQualScore                  :     9  1111 33 8 444   22222   7  66 33 7 7  555555   66666    99 6   4444 000 333  9999 7 7 22 7 3 7  55 7 22222222222 3 222   99 7  7  7  4  00 7 7 7 1 7    8   
consensus                     : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
Reference ( family-358 )      : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56686                      : ATAT-AT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56687                      : ATAA-AT--A-T--A-TC--ATT-----ACT-GC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-TG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56688                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--CTAAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------T-G-A---TGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56689                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACTTAC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-TAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------T-G-A---TGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56690                      : ATAT-AT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------C-G-T---TGA--G-AG-GC-GT-GG--A-T-C-G-T-CAGA-T
gi|56691                      : ATAA-AT--T-C--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-T-------T-G-T---TGA--C-AG-TT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56692                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-A---------------GAT--------------------------G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-A-T---TGA--C-AG-AC-GT-GT--A-T-C-A-T-CGGA-TCA
gi|56693                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----A---AGTTGT--T-G-G-A--T-C-A-CGTCT-C-GTTGAC--A-C-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56694                      : ATAATAT--G-T--A-TC--ATT-----AAT-AC--A--G-T-AA------GTT-----GATC--C-GAG----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CT--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-AC-GT-GG--A-T-C-G-T-CAGA-TCA
gi|56695                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--AAT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CAT-----GATC--C-GAA----G---T---GT--T-C-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--T-AG-GT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TC
gi|56696                      : ATAA-AT--T-T----TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C--AA----G---A---GC--T-G-G-AT-T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-AC-AT-GGA-A-C-C-ATT-CAGA-TCA
gi|56697                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACA-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT----G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AT-CC-GT-AG--A-T-T-A-C-CAAA-TCA
gi|56698                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATTTATTTACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-T-T-------C-A-T---TGA--C-A
gi|56699                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ACC-----ACT-GC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAG----G---A---GT--T-G-A-A--T-C-A-CA--T-C-T-------C-G-A---TAA--C-AA-GT-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56700                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----TCT-AC--A---------------TT--------------------G---A---GT--T-G-A-A--T-C-G-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56701                      : ATAA-AT--G-A--A-TC--ATT-----ACT-AC--G--G-T-AA------TTT-----TATC--C-GAT----G---A---AT--T-G-C-A--T-C-A-CG--C-C-T-------A-GTT---TGA--C-AG-GT-GC-GG----T-C-ATT-TAGA-TTA
gi|56702                      : ATAA-AT--T-T--A-TG--GAT-----GCT-AT--A----T-AA------CTT-----GATT--C-AAA----G---A---AT--T-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-T-------C-C-C---CGA--C-AG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-TAAA-T
gi|56703                      : ATGA-AT--T-T--A-TG--A-------ACT-AC-----T-T-AAT-----CTT-----GGTC--T-GCA----A--------T--C-A-G-A--T-----------------------G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56704                      : ACAA-AT--A-TTTA-TTT-ATT-----CAT-AC--A--G-T-AAGG----CTT-----GATC--G-GAA----G---A---TT--G-G-A-A--T-C-A-CG--G-C-GTATGAGCATG-T---TGA--CGAG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-
gi|56705                      : ATAT-AT--A-T--A-TT--ATT-------T-AC--A--G-T-AA------CTT-----AATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-------------------------------------AA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-T-G-T-AAGA-TCA
gi|56706                      : ATAA-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--
gi|56707                      : ATAA-ATCTA-T--A-TC--G-------AAT-AC--A--C-T-AT------TTT-----CATC--C-TAA----A---A---TT--C-G-G-A--T-T-A-CA--T-A-G-------A-T-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-C-A-T-CTTA-TCA
gi|56708                      :  TAATAT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---C---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-T-A-T-TAGA-TCA
gi|56709                      :   AA-AT--A-TGTA-TT--ATC-----ACT-AC--A--G---AA------CTT-----GATC--C--AA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56710                      :   AA-AT--AAT--A-TT--ATT-----ACT-AC--AA-G-T-A-------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GTC-C-G-G-AC-T-C-A-TG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GCTTC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-T
gi|56711                      :   AA-AT--A-C--G-TC--ATT-----ACT-AT--A--G-T-CA------TTT-----GATC--T-GAT----G---A---GT--T-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-AC-GC-AG--A-T-C-A-T-TA
gi|56712                      :    A-AT--T-T--A-TC--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT----G-G-A--T-C-A-CAGTT-C-G---------------TGA--C-AG-TC-GC-CG--A-T-C-A-T-CA-A-TCA
gi|56713                      :    A-AT--A-T--A-TT--ATA-----TTT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGACGC-AGTGC-TC-GGC-A-T-C-ATT-CAGA-TCA
gi|56714                      :    A-AT--T-T--A-GC--ATT-----A-T-AC--AT-G-T-AA------TTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-A-G--A-C-A-CG--T-C-C-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-G-----T-C-A-T-CA-A-TCA
gi|56715                      :    A-AT--A-C--A-T---ATT-----ACT-AC--A--A-T-AAA-----CTT-----GATT----AAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-AT--T-T-G-------A-G-T---TGA--C-AG-
gi|56716                      :     -AT--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------TTT-----GATC--C-AAA----G---A---GC--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56717                      :     -AT--A-G--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------TTT-----GATC--C-AAA----G---A---GC--C-G-G-A--T-C-A-CA----C-GTA-----A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-AG--A-T-CAA-T-CAGA-T
gi|56718                      :     -AT--A-T--A-TT--ATT-----GCT-AT--A--G-T-AA------CGT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGT-TCA
gi|56719                      :     -AT--A-T--A-TT--ATA-----CCT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A--G--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-T
gi|56720                      :     -AT--A-T--A-TT--CTT-----ACT-AC--A--G-T-GA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-T-A-CG--T-C-G-------T-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-TG--A-T-C-A-T-CAGA-ACA
gi|56721                      :     -AT--A-T--A-TT--ATC-----ACC-AT--A--G-A-AA------CTT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56722                      :     -AT--A-T--A-TT--ATC-----ACC-AT--A--A-G-AA-------TT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56723                      :     -AT--A-T--A-TT--ATC-----ACC-AT--A--G---AA--------T-----GATT--C-GAA----G---A---GT--T-G-T-A--T-T-A-TG--T-C-T-------C-G-T---TGA--A-AT-GC-AC-GG--A-T-G-A-T-CAGA-TCA
gi|56724                      :     -AT--A-T--AATT--ATT-----ACT-AC--A--A-T-AA------CGA-----GATC--T-GAC----A---A---TT--T-G-G-A--T-C-A-CA--T-C-A-------A-G-T---TGA--T-AG-GC-GT-GGATA-T-A-A-T-CAGA-TCA
gi|56725                      :     -AT--G-T--A-TT--AT------ACT-AC--A--G-C-AG------CTT-----GATT--A-AAG----G---A---GT----G-G-A--TCC-A-CG--T-C-A-------A-T-T---TGA--C-AG-GT-GC-AG--A-T-G-A-T-CTGA-TCA
gi|56726                      :     -AT--A-T--A-TTGAATTTATA-ACT-AC--A--G-T-AAA-----CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GA--C-A-G-A--T-C-A-CA--A-C-T-------T-G-T---TCA--G-AG-GT-GC-AG--A-T-C-A-T-
gi|56727                      :     -AT--T-T--A-TC--ATC-----ACT-AA--A--G-T-AA------TTT-----TATC--T-GCT----G---A---AT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------A-GTT---TGA--C-AG-GT-GC-GG--
gi|56728                      :       T--A-T--A-T---ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-G-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56729                      :       T--A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAAGAACG---A---GT--CAG-G-A--T-C-
gi|56730                      :        --A-T--A-TC--ATT-----GCT-TC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--T-G-G-A--T-C-A-CG--T-C-T-------C-G-T---TAA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56731                      :        --A-T--A-TT--ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----G---A---GT--CCG-G-A--T-C-A-GG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56732                      :        --A-T--A-TT--ATT-----ATT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-TAA----G---A---GT--C-A-G-A--T-C-A-CG--T-T-G-------A-G-T---CGA--C-AG-GC-AC-GG--A-T-C-A-T-CAG
gi|56733                      :        --A-C--A-TT--ATT-----ACA-AC--A--A-T-AAA-----CTT-----GATCGGC-GAA----G---A---GT--C-G-C-A--T-C-A-CG--G-C-G-------A-G-T---TGA--C-AA-G
gi|56734                      :                   --ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-GTA--T-CGA-CG--T-C-C-------A-G-----TGA--C-AG-GG-CC-GG--ACT-C-A-T-CAGA-T
gi|56735                      :           tatta-TC--ATT-----ACT-ACGAA--G-T-AA------CTT-----GATC--C-AAA----GACCA---GTTGT-G-G-A--T-CAA-CG--TGC-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GATCA-C-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56736                      :                   --ATT-----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATT--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-CTC-------A-G-----TGA--C-AG-GC--C-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56737                      :                      tT-----ACT-AC--T--G-T-AA------CTT-----GATA--A-GAA----G---T---GT--C-G-G-A--T-A-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AA-TC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56738                      :                taa--ATT-----ACT-GC--T--G-T-AAAATCAGCTT-----GATC--C-AAA----G---A---GT--C-G-G-----------G--T-C-T-------T-G-T---GGA--T-AG-CC-GT-GG--A-T-C-A-T-CGGA-T
gi|56739                      :                       T-----ACT-AC--A--G---AA------CTT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-G-G-AGGG-C-A-CG--T---G-------A-G-T---TG---C-AG-GC-GC-GGC-A-TCC-A-T-C-GA-T
gi|56740                      :                        -----ACT-AC--A--G-T-AA------CTT-----GATC--T-GAA----GCC-A---GT--C-G-C-A--T-C-A-CG--T-C-G-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56741                      :                        -----ACT-AC--ACCGCT-AA------CTT-----CATC--C-GGA----A---ACAAAT--C-GCG-A--T-C-AACGC-T-C-T-------C-G-T---TGA--C-AG-GC-GCCGG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56742                      :                        -----ACT-ACC-G--G-T-AA------ATT-----GATG--T-CAC----G---A---GT--T-T-G-A--T-C-A-CA--T-------------G-TCTGTGA--C-AG-GC-GC-GG--A-T-A-A-T-CAGA-TCA
gi|56743                      :                               T-AC--A--G-T-AA------CGT-----GATC--C-GAA----G---A---GG--C-G-G-A--A-C-T-CA--T-T-G-------A-G-T---TGA--C-AA-TC-AT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56744                      :                                -AC--A--G-TTAA------CTTCGTGTGATT--T--AA----G---A---GT--C-G-G-A--T-C-A-CG--T-CAA-------A-G-T---TGA----AG-GC-GCTGG--A-T-C-A-TACAGAGTCA
gi|56745                      :                                             A------CTT-----GATC--T-GAG----G---A---GA--T-G-T-A--T-C-A-CG--T-T-T-------C-A-T---TAA--T-AG-GC-GC-GG--A-T-C-A-T-GAGA-TTA
gi|56746                      :                                                     TT-----GATC--C-GAA----G---A---GT--C-A-G-A--T-C-A-CG--T-C-A-------A-G-T---TGA--C-AG-GC-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA
gi|56747                      :                                                     TT-----GATA--T-GAA----G---A---GT--C-G-G-A--C-C-A-CA--C-C-G-------A-G-T---TGA--C-GG-GT-GT-GG--A-T-C-A-T-CAGA-TCA