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lowQualScore                  :    .      .  .. .. . .. .  ..... .. ... .. .....  .....  ....... . ...... .  .   . .  .... . . .. .   ...  .   . ...... . .. ....   .........  .... ... . .   . .         
lowQualScore                  :    2      1  22 99 8 99 3  66666 99 333 88 33333  77777  8888888 3 000000 8  7   7 6  0000 6 6 99 6   000  6   7 999999 7 66 0000   666666666  8888 888 7 7   7 7         
consensus                     :  GGTCCTTTGAAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
Reference ( gi|104056 )       :  GGCCCTTTGGAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
gi|104057                     :  GGCCCTTTGGAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-A-TGG-G-GGCCCAGGG
gi|104059                     :  GGCCCTTTGGAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----GT-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----A-C---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
gi|104058                     :  GGTCCTTTGAAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-A-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-A-GGCCCAAG
gi|104060                     :  GGTCCTTTGAAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---A-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-TGT---CG-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-A-GGCCCAGGG
gi|104062                     :  GGCCTTCTGAAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----GT-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-A-GC----T-A-A--A-GGT---CT-AAA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGT-G-AGCCCAGGG
gi|104061                     :  GGTCCTTTGAAA--A--A-A--GAGG-----G--C---C--T-----GC-----TT-------T-A--T---G-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGG-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-G
gi|104063                     :  GGTCCTTTG-AA--A--A-A--GTGG-----GG-C---C--T-----GC-----TA-------T-A--TAT-G-TT-GCT-G-GC----T-A-G--A-CAT---TT-AGG-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-AGCCCAGGG
gi|104065                     :  GGTCCTTTGAAA--A--A-A--G-GG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---AT-AGG-A------T-G--A----AGC---------CC----
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gi|104073                     :  GGTTCTTTGAAA--A--A-A--GGGG-----GGTC---C--T-----GC-----TA-------T-A--T---T-TT-GCA-G-GC----T-A-G--G-GAT---CT-TGA-A------T-A--A----AAC---------CC----A---A-G-TGT-G-GGTCCAG
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gi|104081                     :  GGTCTTTTCGAA--A--A-AAAGAGG-----G--C------T-----GC-----TA-------T-A--C---G--C-ACT-G-GC----T-A-C--A-AGT---CT-ATAGG------T-G--A----AGC---------C-----------G-TGG-
gi|104091                     :  GGTCCTTTG-AA--A--G-A--G-GG-----G-----------------------A-------T-A--A---G-TT-AAT-AAGC----T-A-G--A-GGT---GT-GGG-A------T-G--G----TGT---------CC----A---A-G-TGG-A-GGCCCTGGG
gi|104093                     :   GTCCTTTGGAA--A--A-G--G-GG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-G-GC----T-A-A--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-G--CCAGGG
gi|104096                     :   GCCCTTTGGAA--A--A-A--GTGG--------C---C--T-----GC-----TA-------TTA--C---G--C-GCT-G-GC----T-A-G--A-GTT---CT-AGA-A------T-GA-A----AAC---------CC----A---A-G-T-G-G-GGCCCAGGG
gi|104095                     :   GTCCTTTGAAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-G-GC----T-A-A--A-GGTAGAGT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-T-G-G-GGTCCAG
gi|104094                     :   GTCCTTGGAAA--A--A-A--GTGG-----G--C---T--T------C-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-T-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------TC----A---A-GTTGG-G-GGACCAGGG
gi|104097                     :   GCCCTTTTAAG--AT-A-A--GTTG-----A--C---A--T-----GC-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-TGT---CT-TGA-A------T-G--A----AGC---------TC----A---A-G-TAG-G-GGCCCAG
gi|104101                     :   GCCCATTG-AA--A--A-T--GTGG-----G--C---C--T-----GCTA---TA-------T-A--T---G-TC-GCT-G-GT----T-A-T----GGT---TT-AGA-A------T-G--G----CGT---------CC----A---G-G-TGG-
gi|104105                     :     CCTTTGAAA--A--A-A--GTGG-----G--C---T--T-----GC-----TA-------T-A--C---A-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-AGCCCAGGG
gi|104106                     :    tCCTTTGGAA--ATAA-A--GTGG-----G--C---CC-T-----GC-----TA-------TTA--C---G-TC-GCT-G--C----C-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----A-C---------CC----A---A-G-T---G-GGCCCAGGG
gi|104107                     :     CTTTTGAAA--A--AAA--GTGG-----G--C---T--G-----AC-----TC-------A-A--C---G-GC-GCT-G-GC----T-A-G--T-GGT---CT-AGA-A------T-A--A----AAC---------CG----A---A-A-TGG-G-GGCCTAG
gi|104108                     :     CTTTTGAAAGAA--A-A--ATTG-----G--C---C--C-----GCG----TA-------A-A--CC--G-TC-GCT-T-GC----TTA-G--G-GAC---CTTAGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A---TTG-G-GGCCCAG
gi|104082                     :     CCTTTG-AA--A--G-A--GGGG-----A--C---C--A-----G---------------T-A---------------G-GG----T-A-G--A-GGT---CT-GGT-A------T-A--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCCGG
gi|104086                     :  gatCCTTTG-AA--A--G-A--GGGA-----G--C---CAAT-----GA------A-------T-A---------------G-GC----T-A-G--A-GTT---CT-GGA-A------T-G--A----AGC---------CC----G---A-G-TGG-A-GGC
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gi|104066                     :   gatCTTTGAAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TAGTACGTAT-A--C---G-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGCTTTTAAAGTCC----A---A-A-TGG-G-GGCCTAG
gi|104064                     :  ggtaCTTTTGAA--A--A-A--GGGG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---G-TC-GCT-C-GC----T-A-A--A-GAT---CT-AGG-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-T-G-G-GGCCCAAG
gi|104109                     :   ggtCTTTGAAA--A--A-AA-GTGGA----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--A---G-TC-GCT-G-TC----C-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--G----AAC---------TC----C---A-G-TGG-G-GGCCTGAGG
gi|104111                     :      CTTTGTAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----TT-----TA-------C-A--A---G-TC-GCT-G-GC----T-A----A-GGT---CT-AAA-AAATTACT-GGTA----AAA---------CC----A---A-G-TGG-A-GGCC
gi|104100                     :      CTTTTGTA--A--A-A--G-GG-----G--T---C--T-----GC-----TA-------T-ATAC---G-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-AGT---TT-ATG-A------C-A--A----AGC---------TCTTGAA---A-G--GG-G-GGC
gi|104110                     :    gtCTTTTAAA--A--G-A--GGGG-----G--C---C--C-----A------------------------G-TA-GCTAG-GC----T-A-T--A-GGT---C--AGA--------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAG
gi|104083                     :      CTTTTGAC--A--A-A--GAGG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---C-TT-GCT-G-AC----T-A-T--A-GGT-----------------------------T---------CC----A---A-G-TGG-A-GGCCC
gi|104112                     :    ggtTTTGGAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--T---G-TC-GCT-G-GC----T-A-G--A-GAT---CT-AGA-A------T-G--A----AGT---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCTAAGG
gi|104113                     :       TTTGAAA--A--A-A--GTGGA----G--C---C--T-----GC-----TA-------T-A--C---G-TC-GCA-G-GC----T-A-G--T-AGT---CT-AGA-A------T-G--AT---GGC---------CC----A---A-A-GGG-G-GG
gi|104098                     :       TTTGAAA--G--A-A--G-GG-----G--C---C--A-------------A-------T-A---------------G-GC----T-A-G--A-GGT---AT-GGG-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCGGG
gi|104114                     :   gtcaTTTGTAA--A--A-G--G--G-----G--T---C--T-----GC-----TAATA----T-A--C---G-TC---T-G-GC----T-A-G--A-AGT---TT-ATG-A------C-A--A----AGC---------TCTTGAA---A-G-T-G-G-GGCCAAGGG
gi|104078                     :        TTGTAA--A--A-A--GTGG-----G--C---C--TTGT--GC-----TA-------C-A--A---G-TC-GCT-G-CT----T-A-G--A-GGT---CT-AAA-A------T-A--A----AAA---------CC----AATTA-G-TGG-A-GGCCCCGG
gi|104116                     : ggttctttgGAAA--A--A-A--GTAGTGC--G--C---C--TAAATGGC-----TAGTT----T-A--C---GGTC-GCT-G-GC----T-A-ATAATGGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGGTG-GGC
gi|104117                     :              --A--A-A--G-GG-----G--C---C--T-----GC-----TA---------A--A---G-TC--CT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AAA-A------T-A--A-----------------C----A---ACG-TGG-A-GGCCCCGG
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Reference ( family-355 )      :                          GGTCCTTT-GA---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
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gi|104103                     :   gttcgttgaaaaaggagccagtaaGTCCGTT-GA---AA--A--A--G-G--A-----G--C---C--A-------------A---------------T-A--------------A-GC----T-T-A--A-GGT---CT-GGG-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-CGG-G-GGCCCAGGG
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gi|104108                     :                             CTTTT-GA---AAGAA--A--A-ATTG-----G--C---C--C-----GCG----TA---------------A-A--CC--G-TCGCT-T-GC----TTA-G--G-GAC---CTTAGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A---TTG-G-GGCCCAG
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gi|104111                     :                              CTTT-GT---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---C--T-----TT-----TA---------------C-A--A---G-TCGCT-G-GC----T-A----A-GGT---CT-AAA-AAATTACT-GGTA----AAA---------CC----A---A-G-TGG-A-GGCC
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Alignments
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Reference ( family-355 )      :                          GGTCCTTT-GA---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
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gi|104088                     :                          GGTCCGTT-GA---AA--A--A--G-G--A-----G--C---C--A-------------A---------------T-A--------------A-GC----T-T-A--A-GAT---CT-GGG-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
gi|104089                     :                          GGTCCGTT-GA---AA--A--AGGA-GT------------------------C-----AA---------------T-A------A-TCG-----------T-A----A-GGT---CT-GGA-G------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-CGG-G-GGCCCAGGG
gi|104090                     :                                                                                                                       -GC----T-T-A--A-GGT---CT-GGG-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
gi|104091                     :   ggttcgttgaaaaaggagcataaGGTCCTTT-GA---AA--G--A--G-G--G-----G-----------------------A---------------T-A--A---G-TTAAT-AAGC----T-A-G--A-GGT---GT-GGG-A------T-G--G----TGT---------CC----A---A-G-TGG-A-GGCCCTGGG
gi|104092                     :                          GGCCCTTT-GA---AA--G--A--G-G-GG-----G--C---C---------C-----AA---------------T-A--------------G-GC----T-A-G--A-GGT---CA-GGG-A------T-G--A----AGC---------CC----A---G-G-
gi|104093                     :                           GTCCTTT-GG---AA--A--A--G-G-GG-----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-G-GC----T-A-A--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-G--CCAGGG
gi|104094                     :                           GTCCTTG-GA---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---T--T------C-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-T-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------TC----A---A-GTTGG-G-GGACCAGGG
gi|104095                     :                           GTCCTTT-GA---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-G-GC----T-A-A--A-GGTAGAGT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-T-G-G-GGTCCAG
gi|104096                     :                           GCCCTTT-GG---AA--A--A--A-GTGG--------C---C--T-----GC-----TA---------------TTA--C---G--CGCT-G-GC----T-A-G--A-GTT---CT-AGA-A------T-GA-A----AAC---------CC----A---A-G-T-G-G-GGCCCAGGG
gi|104097                     :                           GCCCTTT-TA---AG--AT-A--A-GTTG-----A--C---A--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-TGT---CT-TGA-A------T-G--A----AGC---------TC----A---A-G-TAG-G-GGCCCAG
gi|104098                     :                           GTCATTT-GA---AA--G--A--A-G-GG-----G--C---C--A-------------A---------------T-A--------------G-GC----T-A-G--A-GGT---AT-GGG-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCGGG
gi|104099                     :                           GTCTTAT-GA---AA--G--A------GG-----G--A---C---------C-----TA---------------A-A--C---A-------G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-GGG-G------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
gi|104100                     :                           GTCTTTT-GT---AA--A--A--G-G--G-----G--T---C--T-----GC-----TA---------------T-ATAC---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-AGT---TT-ATG-A------C-A--A----AGC---------TCTTGAA---A-G--GG-G-GGC
gi|104101                     :                           GCCCATT-GA---AA--A--T----GTGG-----G--C---C--T-----GCTA---TA---------------T-A--T---G-TCGCT-G-GT----T-A-T----GGT---TT-AGA-A------T-G--G----CGT---------CC----A---G-G-TGG-
gi|104102                     :                                                                                                                       -GC----T-A-A--A-GGT---CT-GGG-A------T-G--A----AAC---------CA----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
gi|104103                     :   gttcgttgaaaaaggagccagtaaGTCCGTT-GA---AA--A--A--G-G--A-----G--C---C--A-------------A---------------T-A--------------A-GC----T-T-A--A-GGT---CT-GGG-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-CGG-G-GGCCCAGGG
gi|104104                     :                           GTCCGTT-GA---AA--A--A--G-G--A-----G--C---C--A-------------A---------------T-A--------------A-GC----T-T-A--A-GGT---CT-GGA-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-CGG-A-GGCCCAGGG
gi|104105                     :                            TCCTTT-GA---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---T--T-----GC-----TA---------------T-A--C---A-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-AGCCCAGGG
gi|104106                     :                             CCTTT-GG---AA--ATAA--A-GTGG-----G--C---CC-T-----GC-----TA---------------TTA--C---G-TCGCT-G--C----C-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----A-C---------CC----A---A-G-T---G-GGCCCAGGG
gi|104107                     :                             CTTTT-GA---AA--AA-A--A-GTGG-----G--C---T--G-----AC-----TC---------------A-A--C---G-GCGCT-G-GC----T-A-G--T-GGT---CT-AGA-A------T-A--A----AAC---------CG----A---A-A-TGG-G-GGCCTAG
gi|104108                     :                             CTTTT-GA---AAGAA--A--A-ATTG-----G--C---C--C-----GCG----TA---------------A-A--CC--G-TCGCT-T-GC----TTA-G--G-GAC---CTTAGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A---TTG-G-GGCCCAG
gi|104109                     :                              CTTT-GA---AA--A--A--AAGTGGA----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--A---G-TCGCT-G-TC----C-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--G----AAC---------TC----C---A-G-TGG-G-GGCCTGAGG
gi|104110                     :                              CTTT-TA---AA--A--G--A-GGGG-----G--C---C--C-----A--------------------------------G-TAGCTAG-GC----T-A-T--A-GGT---C--AGA--------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAG
gi|104111                     :                              CTTT-GT---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---C--T-----TT-----TA---------------C-A--A---G-TCGCT-G-GC----T-A----A-GGT---CT-AAA-AAATTACT-GGTA----AAA---------CC----A---A-G-TGG-A-GGCC
gi|104112                     :                               TTT-GG---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--T---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-GAT---CT-AGA-A------T-G--A----AGT---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCTAAGG
gi|104113                     :                               TTT-GA---AA--A--A--A-GTGGA----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCA-G-GC----T-A-G--T-AGT---CT-AGA-A------T-G--AT---GGC---------CC----A---A-A-GGG-G-GG
gi|104114                     :                                         A--A--A--A-G-GG-----G--T---C--T-----GC-----TAATA------------T-A--C---G-TC--T-G-GC----T-A-G--A-AGT---TT-ATG-A------C-A--A----AGC---------TCTTGAA---A-G-T-G-G-GGCCAAGGG
gi|104115                     :                      tttgtGTCCTTT-GT---TA--A--A----GTGG-----A--C---C--A-------------A---------------T--------------T-G-GT----T-A-G--A-GGT---CT-GGG-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GG-CCAGGG
gi|104116                     :               tttgtcaaaagggggccca-GA---AA--A--A--A-GTAGTGC--G--C---C--TAAATGGC-----TAGTT------------T-A--C---GGTCGCT-G-GC----T-A-ATAATGGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGGTG-GGC
gi|104117                     :                                          --A--A--A-G-GG-----G--C---C--T-----GC-----TA-----------------A--A---G-TC-CT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AAA-A------T-A--A-----------------C----A---ACG-TGG-A-GGCCCCGG
gi|104118                     :                                                        -----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCACGG
gi|104119                     :                                                                                                                  GCT-A-TC----T-A-G--A-GGT---CT-GGG-T------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG


blockSeqs                     :                                     TGT  CA TA      T  CGCCT GT TTT TAAATG    CTGCG  ATAATACGACTTTTA A TTCT              AATT            AGA        AATTAC   GT AGCT   TTTTAAAGT  TTGA ATT
blockSeqs                     :                                     .    GA T       T  TGC   AA .   TTGT      TA     GTACGTA         T TAT               A               AA         .        A  T      .          TTGA T  
blockSeqs                     :                                     .    .  A       T  A     G  .   AAT       G      ATA             T TAC               .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  A     .  .   CT        .      GTT             . TC                .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       A  A     .  .   T         .      A               . CC                .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       G  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       G  .     .  .   T         .      .               . T                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
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blockSeqs                     :                                     .    .  .       G  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
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blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
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blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       G  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       A  .     .  .   T         .      .               . T                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . T                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . A                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   A         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   A         .      .               . A                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   A         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   A         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       G  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . T                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       T  .     .  .   A         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   T         .      .               . A                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   T         .      .               . A                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   A         .      .               . T                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   A         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   G         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   C         .      .               . A                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   T         .      .               . C                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   C         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   T         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   T         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   T         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   T         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   A         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   T         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   T         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   .         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                     .    .  .       .  .     .  .   .         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                          .  .       .  .     .  .   .         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                          .  .       .  .     .  .   .         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
blockSeqs                     :                                                        .     .  .   .         .      .               . .                 .               .          .        .  .      .          .    .  
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Reference ( family-355 )      :                          GGTCCTTT-GA---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
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gi|104094                     :                           GTCCTTG-GA---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---T--T------C-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-T-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------TC----A---A-GTTGG-G-GGACCAGGG
gi|104095                     :                           GTCCTTT-GA---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-G-GC----T-A-A--A-GGTAGAGT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-T-G-G-GGTCCAG
gi|104096                     :                           GCCCTTT-GG---AA--A--A--A-GTGG--------C---C--T-----GC-----TA---------------TTA--C---G--CGCT-G-GC----T-A-G--A-GTT---CT-AGA-A------T-GA-A----AAC---------CC----A---A-G-T-G-G-GGCCCAGGG
gi|104097                     :                           GCCCTTT-TA---AG--AT-A--A-GTTG-----A--C---A--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-TGT---CT-TGA-A------T-G--A----AGC---------TC----A---A-G-TAG-G-GGCCCAG
gi|104098                     :                           GTCATTT-GA---AA--G--A--A-G-GG-----G--C---C--A-------------A---------------T-A--------------G-GC----T-A-G--A-GGT---AT-GGG-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCGGG
gi|104099                     :                           GTCTTAT-GA---AA--G--A------GG-----G--A---C---------C-----TA---------------A-A--C---A-------G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-GGG-G------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
gi|104100                     :                           GTCTTTT-GT---AA--A--A--G-G--G-----G--T---C--T-----GC-----TA---------------T-ATAC---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-AGT---TT-ATG-A------C-A--A----AGC---------TCTTGAA---A-G--GG-G-GGC
gi|104101                     :                           GCCCATT-GA---AA--A--T----GTGG-----G--C---C--T-----GCTA---TA---------------T-A--T---G-TCGCT-G-GT----T-A-T----GGT---TT-AGA-A------T-G--G----CGT---------CC----A---G-G-TGG-
gi|104102                     :                                                                                                                       -GC----T-A-A--A-GGT---CT-GGG-A------T-G--A----AAC---------CA----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG
gi|104103                     :   gttcgttgaaaaaggagccagtaaGTCCGTT-GA---AA--A--A--G-G--A-----G--C---C--A-------------A---------------T-A--------------A-GC----T-T-A--A-GGT---CT-GGG-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-CGG-G-GGCCCAGGG
gi|104104                     :                           GTCCGTT-GA---AA--A--A--G-G--A-----G--C---C--A-------------A---------------T-A--------------A-GC----T-T-A--A-GGT---CT-GGA-A------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-CGG-A-GGCCCAGGG
gi|104105                     :                            TCCTTT-GA---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---T--T-----GC-----TA---------------T-A--C---A-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-AGCCCAGGG
gi|104106                     :                             CCTTT-GG---AA--ATAA--A-GTGG-----G--C---CC-T-----GC-----TA---------------TTA--C---G-TCGCT-G--C----C-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----A-C---------CC----A---A-G-T---G-GGCCCAGGG
gi|104107                     :                             CTTTT-GA---AA--AA-A--A-GTGG-----G--C---T--G-----AC-----TC---------------A-A--C---G-GCGCT-G-GC----T-A-G--T-GGT---CT-AGA-A------T-A--A----AAC---------CG----A---A-A-TGG-G-GGCCTAG
gi|104108                     :                             CTTTT-GA---AAGAA--A--A-ATTG-----G--C---C--C-----GCG----TA---------------A-A--CC--G-TCGCT-T-GC----TTA-G--G-GAC---CTTAGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A---TTG-G-GGCCCAG
gi|104109                     :                              CTTT-GA---AA--A--A--AAGTGGA----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--A---G-TCGCT-G-TC----C-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--G----AAC---------TC----C---A-G-TGG-G-GGCCTGAGG
gi|104110                     :                              CTTT-TA---AA--A--G--A-GGGG-----G--C---C--C-----A--------------------------------G-TAGCTAG-GC----T-A-T--A-GGT---C--AGA--------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCAG
gi|104111                     :                              CTTT-GT---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---C--T-----TT-----TA---------------C-A--A---G-TCGCT-G-GC----T-A----A-GGT---CT-AAA-AAATTACT-GGTA----AAA---------CC----A---A-G-TGG-A-GGCC
gi|104112                     :                               TTT-GG---AA--A--A--A-GTGG-----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--T---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-GAT---CT-AGA-A------T-G--A----AGT---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCTAAGG
gi|104113                     :                               TTT-GA---AA--A--A--A-GTGGA----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCA-G-GC----T-A-G--T-AGT---CT-AGA-A------T-G--AT---GGC---------CC----A---A-A-GGG-G-GG
gi|104114                     :                                         A--A--A--A-G-GG-----G--T---C--T-----GC-----TAATA------------T-A--C---G-TC--T-G-GC----T-A-G--A-AGT---TT-ATG-A------C-A--A----AGC---------TCTTGAA---A-G-T-G-G-GGCCAAGGG
gi|104115                     :                      tttgtGTCCTTT-GT---TA--A--A----GTGG-----A--C---C--A-------------A---------------T--------------T-G-GT----T-A-G--A-GGT---CT-GGG-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GG-CCAGGG
gi|104116                     :               tttgtcaaaagggggccca-GA---AA--A--A--A-GTAGTGC--G--C---C--TAAATGGC-----TAGTT------------T-A--C---GGTCGCT-G-GC----T-A-ATAATGGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGGTG-GGC
gi|104117                     :                                          --A--A--A-G-GG-----G--C---C--T-----GC-----TA-----------------A--A---G-TC-CT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AAA-A------T-A--A-----------------C----A---ACG-TGG-A-GGCCCCGG
gi|104118                     :                                                        -----G--C---C--T-----GC-----TA---------------T-A--C---G-TCGCT-G-GC----T-A-G--A-GGT---CT-AGA-A------T-G--A----AGC---------CC----A---A-G-TGG-G-GGCCCACGG
gi|104119                     :                                                                                                                  GCT-A-TC----T-A-G--A-GGT---CT-GGG-T------T-G--A----AGC---------CA----A---A-G-TGG-G-GGCCCAGGG