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Reference ( gi|67166 )        :        GTCCGTCC----GTCC---AAGCTCA--TA-T-C-T-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-C---AT-AAA--TT-GAT-GC--A--ATTT-ATC-AC-A------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-G-G-----C----T----TGT--G-A-T-CCAA-G-G---C---T-T----T-C--A-----AGGTCA-TTTTGGTAAG
gi|67164                      :        GTCCGTCT----GTCC---GAGCTCA--TA-T-C-T-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-C---AT-AAA--TT-GAT-AC--A--ATTT-ACC-AC-A------AA--TG-TT-----C-ATTGAG-ACA-A-G-G-G-----C----T----TGT--G-A-T-CCAA-G-G---C---T-T----T-C--A-----AGGTCA-TTTT
gi|67170                      :        GTCCGTCC----GTCC---GAGCTCA--TA-T-C-T-----C-C-T--A-----AC--C-C-TTT-C----A-----T-A---AT-ATA--TT-GAT-GC--A--ATTT-ACC-AC-A------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-G-G-----C----T----TGT--G-A-T-CAAA-G-G---C---T-T----T-C--A-----AGGTCA-ATTTAGaaaaag
gi|67165                      :        GTCCGTCT----GTCC---GAGCTCA--TA-T-C-T-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-C---AT-AAA--TTTGAT-AC--A--ATTT-ACC-AA-A------TA--TG-TT-----C-ATTGAG-ACA-A-G-G-G-----C----T----TGT--G-A-T-CCAA-G-G---C---T-T----T-C--A-----AGGT-A-TTTTaa
gi|67169                      :        GTCCGTCC----GTCC---GAGCTCA--TA-T-C-T-----C-C-T--A-----AA--C---TTT-C----A-----T-C---AG-AAA--TT-AAT-AA--A--ATTT-ATC-AC-A------AA--TG-TT-----T-CTTGAG-ACG-A-G-G-G-----C----T----TGT--G-A-A-CCAA-G-G---C---T-T----T-C--A-----ATGTAA-TTTTGGAAAGaaa
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gi|67167                      :        GTCCGTCC----GTCC---GAGCTCAATTA-T-C-T-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-C---AT-AGA--TT-GAT-AC--A--ATTT-ACC-A--G------AA--TG-TT-----CAATTGAG-ACA-A-G-G-G-----C----T----TGT--G-A-T-CCAATG-G---C---A-T----T-C--A-----AGGTCA-TTTTGAAAAG
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gi|67181                      :        GTCCGTCC----GTCC---AAGCTGA--TA-T-C-T-----T-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-C---AG-ATA--TT-GAT-AC--A--TTTT-AT--------------------------------AG-ACA-A-G-T-A-----C----TTATGTGT--G-A-A-TCAA-G-GT--C---T-T----G-C--A--------TCA-TTTTagcgtatcacctcaaagtaatt
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gi|67205                      :             TCC----ATCC---ATGCTCA--TA-T-C-T-----T-T-T--A-----AAATC-C-TTT-C----A-----T-C---AG-AAA--TC-GAT----------------------------A--TG-TT-----C-TTTGAG-ACA-A-G-G-A-----C----T----TGT--G-G-A-CCAT-G-GT--C---T-C----T-C--A-----AGGTCA-TTTT
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gi|67203                      :             TCC----GTTCCATAGGCTGA--TA-T-C-T-----C-CCT--A-----CA--C-C-TTT-C----A-----T-C---AG-AAAC-TT-GAT-ACCCA--ATTTTATCCAC-A------AAA-TG-TT-----C-GTTGAG-ACG-A-G-G-G-----C----T----TGT--G-A-A-CCAA-G-G---TCA-T-T----T-CGAA-----AGG
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gi|67207                      :                       C---AAGTTCA--CA-C-C-T-----C-C-T--ACATGTAA--C-CCTTT-C----A-----T-C---AT-AAA--GT-CATCAT--A--ATGC-ATC-TC-A------AA--TT-TT-----C-ATTGGG-ACA-------------------------T--G-A-TACCAA-G-GTCAT---T-T----T-CA-A-----AGGTCA-tacaattggacaaagatcattttcaaagg
gi|67210                      :                       C---AAGTTCC--CA-T-C-T-----C-A-A--A-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-C---AT--AA--TT-G---------------ATC-AC-A------AA--TATTT-----T-TTTGAG-ACA-G-G-G-----------------TAT------T-TTTA-G-A---C------------C--A-----AGGTCA-TTTT
gi|67214                      :                            AGCTGA--TA-T-C-T-----C------------AA--CAC-TTT-C----A-----T-C---AG-AAA--TT-GAT-ATG-A--ATTT-ATC-AC-A------AA--TGGTT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-T-G-----C----T----TGT--G-G-A-CCTT-G-----------T----T-G--A-----AGGTCA-TTTTAGcaaagg
gi|67212                      :                            AGTTCC--CA-T-C-T-----C-T-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-C---AT-AGA--TT-CATCAT--A--ATTG-ATC-AC-A------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-AC--------T-----T----T----TG---G-A-T--CAA-G-G---CAATT-T----T-C--A-----AAGagtaaag
gi|67211                      :                            AGTTCC--CA-C-C-T-----C-C-T--A-----AC--C-C-TTT-C----A-----T-C---AT-AAA--TT-CATCAT--A--ATTG-ATC-AC-A------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-ACA-------------------------T--G-A-T--------A---C---T-TTGGAT-C--A-----AGGTCA-TTTT
gi|67216                      :                            AGCTTA--TA-T-------------T--A-----GA--T-C-TCT-C----A-----C-C---AG-AAA--TT-GAT-AT--C--ATTT-ACC-AC-A------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-A-A-A-----A----T----TGT--G-G-A-TTAA-G-G---T---C-T----T-caaaag
gi|67217                      :                            AGTTCC--CA-T-C-A-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-C---AT--AA--TT-GAT--C--A-----------AC-A------AA--TA-TT-----C-CTTGGA-ACACA-G-G-GGTA--C----T----GGT--GTA-T-CAAG-G-G---CAT-T-T----T-CA-A-----AGGTCA-
gi|67215                      :                            AGTTCC--CA-T-C-T-----C-A-T--G-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-C---AG-ACA--TT-GATCAT--A--ATTG-ATT-AC-A------AA--TA-CT-----C-CTTTGG-ACA-G-G-G-GA----C----T----TTT--G-G-A-CAAA-G-GT--C---A-C----T-C--G-----AGATCC-ATTTGGAAA
gi|67213                      :                            AGATCC--CA-T-C-T-----C-C-T--A-----AG--C-C-TTT-T----A-----T-CATGAT-AAA--TT-GATCAT--A--ATTG-ATA-AA-A------AA--TA-TTTAATCC-CTTG-G-ACA-GTG-G-A-----C----T----ATT--G-A-T-CCAA-G---------T--------------------TCA-TTTTGGGAAG
gi|67219                      :                             GTTCC--CA-T-C-T-----C-T-T--A-----AA--C-C-GTT-T----A-----T-C---AT-AAA--TT-GAT--C--ATGATTA-ATC-AC-A------AA--TA-TT-----C-CCTTGG-ACA-ATG-G-A-----C----T----TTT--G----------G-A---C------------C--A-----AGGTCA-TTTTGAAAAG
gi|67218                      :                             GTTCC--CA-C-C-T-----C-C-T--A-----AC--C-T-TTC-C----A-----T-C---AT-GAA--TT-TATCAT--A--ATTG-ATC-AC-A------AA--TA-TC-----C-TGTGGGCACATT-G-G-A-----C----T----GGTTGG-A-T--CAA-G-GTCAT---T-T----T-CA-A-----AGGTCA-
gi|67220                      :                              CTGA--TA-T-C-T-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-T----A-----T-C---AG-GAA--TT-GAT-TA--A--ATTT-ATC-AC-A------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-GCA-A-G-A-C-----C----T----TGT--G-C-A-CCAA-G-G---
gi|67221                      :                                CA--AA-T-G-T-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-C---AT--AA--TT-G---------------ATC-AC-A------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-CT----G-G-G-----CACT-T----TTT--G-A---CCAA-G-GTCAT---T-T----T-CA-A-----AGGTCA-
gi|67222                      :                                 A--TA-T-C-T-----C-T-A--A-----AG--C-C-TTT-C----A-----T-C---AA-AAA--TA-GA---C--A-----T-ATC-AC-A------AA--TG-TT-----C-CTTGAT-ACA-C-G-A-G-----C----T----TGT--G-G-A-CCAA-GTT---C---T-T----T-C--A-----AGGTCA-TTTTGGAAAG
gi|67223                      :                                 A--TA-T-C-T-----C-C-T--A-----AA--------------------------------A--TT-GAT-AC--A--ATTT-ATT-GA-A------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-A-G-----G----T----TGT--A-A-A-C-----------------------C--A-----AGGTCA-TTTTGGAAAG
gi|67225                      :                                     A-T-C-T-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-C---AT--AG--TT-G---------------ATC-AC-A------AG--TA-TT-----C-CTTGGC-AC--A-G-G-G-----CACCTT----TG---G-A-T-C----G-G--------------------------GGTCA-TTTT
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lowQualScore                  :         ....     ... ...     ..  . .  ..... . . .. .....  .. . .   . .... ..... .  ....   .. ... .   ...........    ..   .   ......  ..  .  ..... .      .   . . . ....... .... ....  .  . .. .  . . .........  . . .....      .   .       
lowQualScore                  :         0000     333 555     88  6 6  22222 6 3 55 22222  88 6 6   6 9999 55555 6  4444   11 111 6   11111111111    66   2   888888  00  3  66666 3      6   3 3 7 3333333 5555 4444  7  7 99 1  0 7 444444444  7 6 88888      8   9       
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Reference ( family-348 )      : GTCCGTCC----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-G-G-----C----T----TG-TG-A-NCCAA-G-G---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAAG
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gi|67181                      : GTCCGTCC----GTCCA---A---GCTGA--TA-T-CT-----T-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--ATA--T---T-GAT-AC--------ATTTT-AT-------------------------------AG-ACA-A-G-T-A-----C----TTATGTG-TG-A-ATCAA-G-GT--C---T-TG-C-A--------TCA-TTT-TTGAAA
gi|67182                      : GTCCGTCC----GTCCG---A---GCTGA--TA-T-AT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-T----A-----T-CA-G--A----------------------------T-ACC-AGA------AA--AG-TT-----C-CTCGAG-ACA-A-T-G-G-----C----T----TG-CG-A-A-----------------TT-A-A-----ATGTCA-TTT-TGGGAAGag
gi|67183                      : GTCCATCT----GTGTG---A---GCTCA--TA-T-CC-----T-C-T--A-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---G-GAT-------------------C-ACA------AAA-TA-T------C-TTTGGG-ATA-G-A-A-A-----C----T----TT-TG-G-A------------------T-C-A-----AGGTCA-TTT-T
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gi|67185                      : GTCCATCC----GTCCA---A---GTTTT--TA-T-CT-----C-C-T--G-----AA--T-C-TTT-C----A-----T-CA------------------------------------------------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-ACA-G-G-G-A-----C----T----TT-TG-G-AC-------------------C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAGG
gi|67186                      : GTCCATCT----TTTCG---A---GGT----TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-ATT-C----A-----T-CC-G--AAA--T---T----------------ATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----A-CTTTGG-ACA-G-G-G-GTATTCC----T----TG-GG-A---CAT-G-GA--C---G-TT-T-AGAGATAGGTCA-TTT-
gi|67187                      : GTTCCTCC----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----T-T-T--C-----AA--C-C-TTT-C----CTTTCTT-CA-G--AAA--T---T-GAT-AT--------AATTA-AAC-ACatgaa
gi|67188                      : GTTTGTCT----GTC-A---A---ACGCA--GA-TTCT-----C-C-T--T-----AA--C-C-TTT-C----A-----C-CA-G--CAA--T---T-TAT-GT--------AATTT-ATC-ATA------CA--TG-TT-----A-GTTAAG-ACgtattca
gi|67189                      :  TCCTTCC----ATTTG---A---GCTGA--TA-T-CT-----T-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--ATA--T---T-GAT-TG--------AATTT-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTAAG-ACA-A-G-A-G-----C----T----TG-TG-A-ACCAAGG-G---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGAAAAG
gi|67190                      :  TCCGTTC----GTCCG---A---GCTGA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACG-ACG------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ATG-G-G-A-G-----C----T----TG-TA-C-ATCAA-G-G---C---C-TT-C-A-----GAGTCG-TGT-TGGAAAG
gi|67191                      :  TCTGTCC----GTTCG---A---GCTGG--TA-T-CT-----T-C-T--A-----AA--C-C-TTG-C----A-----T-AA-G--ATA--T---T-GAT-GC--------AATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-G-A-----C----T----TG-TG-A-ACCAA-G-G---C---T-TT-T-A-----AGATCATTTT-TGGAAAG
gi|67192                      :  TCTGTCT----GTCCC---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-T-TTT-T----A-----T-CA----AAA--T---T-GAT-AT--------CATTT-ATT-GCA------AA--TG-GT-----T-CTTGAG-ACA-A-A-G-A-----T----T----TG-TG-G-ACCAA-G-GT--C---T-CT-C-A-----AGGTCA-TTT-TAGAAAG
gi|67193                      :  TCTGTCC----ATCTA---A---GCTCA--TAAT-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TAT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-AATCAT--------AATTA-AGC-ACC------GA--TA-TT-----C-CTTGGG-ACA-G-G-G-G-----C----T----TT-TG-C-AC-------------------C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAAG
gi|67194                      :  TCTGTCC----ATCTG---A---GCTTA--TA-T-CT-----C-T-T--TT----AA--G-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AGTTC-ATC-A
gi|67195                      :  TCCGTCC----GTCCG---A---GCTGG--TA-T-CT-----CTC-T--A-----A----------------------T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AA--------AATCT-ATC-ACA------GA--T
gi|67196                      :   CCGTTC----GTCCC---A---GCTGA--TA-T-CT-----C-C-T--T-----AA--C-C-TTT-CC---A-----T-CA-G--GAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACC-ATA------A-------------C------------A-G-G-G-----C----T----TG-TG-A-ACCAA-G-G---C---G-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGTAAAG
gi|67197                      :    CGTCA----GTCCG---A---GTTCC--TA-T--T-----C-A-T---------A--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T---AA--T---T-GAT-GC----------TTT-ACC-AC---------------------C-CTT----------A-G-G-----C----T----TG-T--A-TCCAA---G---C---T-TT-C--------CGTCA-TTT-TGAAA
gi|67198                      :     GTCC----GTCCG---A---ACCCA--TA-T-CT-----A-C-A--A-----AA--C-T-TTT-T----G-----T-CA----AAA--T---T-GAT-AT--------AAATT-GAA-AAA------AAAGTG-TT-----C-CTTCAG-AAA-A-G-G-A-----T----T----TG-TG-G-ACCAA-G-A---T---C-TT-T-A-----AGATCA-TTTAGGGAAAG
gi|67199                      :     GTCT----CTCCG---A---GTTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--T-T-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-TAT-AT--------AATTT-CCC-ACA------A-------------------------------------------T----TG-TA-A-AACAA-G-G---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGATAG
gi|67200                      :     GTCT----GTCCG---------TC------T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-CCGACA-----A-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----T-CTTGAG-ACA-T-G-G-G-----C----T----AG-CG-T-ATCA------------C-CT-C-A-----AAGTAA-TT
gi|67201                      :     GTCC----ATCTG---A---GCTCA--TA-T-TT-----C---T--A-----AA--C-C-TTT------A-----T-CA-GG-AAA--T---T-TAT-AC--------AACT--GTT-ACA------AA--TG-TT-----T-CTTGAG-ACA-A-G-G-AAT---C----T----C-------TCCAA-G-G---C---
gi|67202                      :     GTCC----GTCCG---A---GCTCA--TT-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--ccaaatttgaa
gi|67203                      :      TCC----GTTCC---ATAGGCTGA--TA-T-CT-----C-CCT--A-----CA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAAC-T---T-GAT-ACCC------AATTTTATCCACA------AAA-TG-TT-----C-GTTGAG-ACG-A-G-G-G-----C----T----TG-TG-A-AC-------------------C-A-----AGGTCA-TTT-CGAAAGG
gi|67204                      :      TCC----GTTCC---ATAGGCTGA--TA-T-CT-----C-CCT--A-----CA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAAC-T---T-GAT-ACCC------AATTTTATCCACA------AAA-TG-TT-----C-GTTGAG-ACG-A-G-G-G-----C----T----TG-TG-A-AC-------------------C-A-----AGGTCA-TTT-CGAAAGG
gi|67205                      :      TCC----ATCCA---T---GCTCA--TA-T-CT-----T-T-T--A-----AAATC-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---C-GAT-A--------------------------------TG-TT-----C-TTTGAG-ACA-A-G-G-A-----C----T----TG-TG-G-ACCAT-G-GT--C---T-CT-C-A-----AGGTCA-TTT-T
gi|67206                      :         ----GTTCG---G---AATCC--CA-T-CT-----C-C-T--A-----AC--C-C-ATT-C----A-----T-CA-T--AAA--TTCAT-CAT-ACATTATTGTAATTG-ATC-GCA------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-ACA-T-G-GTA-----C----T----TT-CG-G-ATCAA-G-GTCAT---T-TT-C-A-----AAGtaaa
gi|67207                      :                CA---A---GTTCA--CA-C-CT-----C-C-T--ACATGTAA--C-CCTTT-C----A-----T-CA-T--AAA--G---T-CATCAT--------AATGC-ATC-TCA------AA--TT-TT-----C-ATTGGG-ACA--------------------------TG-ATACCAA-G-GTCAT---T-TT-CAA-----AGGTCA-g
gi|67208                      :                CA---A---GTTCC--TA-T-TT-----T-C-T--A-----AA--T-C-TTT-T----A-----T-CA----AAA--T---T-GAT-------------------C-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGAG-AC--A-G-G-GTACT-C----T----TG--G-A-TTAAA-G-T---CAT-T-TT-C-A-----AAG
gi|67209                      :                CA---A---GTTCC--CA-T-TT-----C-C-G--A-----AA--T-C-TTT-T----A-----T-CA-T--AGA--T---T-CATCAT--------AATTG-TTC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGGT-ACA-A-G-G-g
gi|67210                      :                CA---A---GTTCC--CA-T-CT-----C-A-A--A-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-C--------------------AT--------AATTG-ATC-ACA------AA--TATTT-----T-TTTGAG-ACA-G-G-GTA-----T----T----TT-TA-G-ACCAA-G-GTCAT---T-TT-C-A-----AAGtacaattggacaaagatcattttcaaagg
gi|67211                      :                  ---A---GTTCC--CA-C-CT-----C-C-T--A-----AC--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--T---T-CATCAT--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-ACA-T-G-ATA-----C----T----T--TG-G-A------------------T-C-A-----AGGTCA-TTT-TCAAAAGg
gi|67212                      :                  ---A---GTTCC--CA-T-CT-----C-T-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AGA--T---T-CATCAT--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTG---------G-G-A-----C----T----TT-TG-G-ATCAA-G-G---CAATT-TT-C-A-----AAG
gi|67213                      :                  ---A---GATCC--CA-T-CT-----C-C-T--A-----AG--C-C-TTT-T----A-----T-CATGATAAA--T---T-GATCAT--------AATTG-ATA-AAA------AA--TA-TTTAATCC-CTTG-G-ACA-GTG-G-A-----C----T----AT-TG-A-TCCAA-G---------T---------------TCA-TTT-TGGGAAG
gi|67214                      :                  ---A---GCTGA--TA-T-CT-----C------------AA--CAC-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-ATG-------AATTT-ATC-ACA------AA--TGGTT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-T-G-----C----T----TG-TG-G-ACCTT-G-----------TT-G-A-----AGGTCA-TTT-TAGA
gi|67215                      :                  ---A---GTTCC--CA-T-CT-----C-A-T--G-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-CA-G--ACA--T---T-GATCAT--------AATTG-ATT-ACA------AA--TA-CT-----C-CTTTGG-ACA-G-G-G-GA----C----T----TT-TG-G-ACAAA-G-GT--C---A-CT-C-G-----AGATCC-ATT-TGGAAAgtaaag
gi|67216                      :                  ---A---GCTTA--TA-T------------T--A-----GA--T-C-TCT-C----A-----C-CA-G--AAA--T---T-GAT-AT--------CATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-A-A-A-----A----T----TG-TG-G-ATTAA-G-G---T---C-TT-
gi|67217                      :                  ---A---GTTCC--CA-T-CA-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T---AA--T---T-GAT--C--------A---------ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGGA-ACACA-G-G-GGTA--C----T----GG-TG-T-ATCAA-G-GGCAT---T-TT-CAA-----AGGTCA-
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gi|67221                      :                            CA--AA-T-GT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA--------------------T--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-CT----G-G-G-----CACT-T----TT-TG-A--CCAA-G-GTCAT---T-TT-CAA-----AGGTCA-
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Reference ( family-348 )      : GTCCGTCC----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-A-CCAA-G-G---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAAG
gi|67164                      : GTCCGTCT----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----C-ATTGAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-T-CCAA-G-G---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TAAAAAG
gi|67165                      : GTCCGTCT----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--T---TTGAT-AC--------AATTT-ACC-AAA------TA--TG-TT-----C-ATTGAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-T-CCAA-G-G---C---T-TT-C-A-----AGGT-A-TTT-T
gi|67166                      : GTCCGTCC----GTCCA---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--T---T-GAT-GC--------AATTT-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-T-CCAA-G-G---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGTAAGaaa
gi|67167                      : GTCCGTCC----GTCCG---A---GCTCAATTA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AGA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACC-A-G------AA--TG-TT-----CAATTGAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-T-CCAATG-G---C---A-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGAAAAG
gi|67168                      : GTCCGTCC----GTCCG---A---GCTCAATTA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AGA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACC-A-G------AA--TG-TT-----CAATTGAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-T-CCAATG-G---C---A-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGAAAAG
gi|67169                      : GTCCGTCC----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C---TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-AAT-AA--------AATTT-ATC-ACA------AA--TG-TT-----T-CTTGAG-ACG-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-A-CCAA-G-G---C---T-TT-C-A-----ATGTAA-TTT-TGGAAAG
gi|67170                      : GTCCGTCC----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AC--C-C-TTT-C----A-----T-AA-T--ATA--T---T-GAT-GC--------AATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-T-CAAA-G-G---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-ATT-TAGAA
gi|67171                      : GTCCGTCCCTCTGTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--T---T-GAT-GC--------AATTT-ACC-ACAACAGTTAA--TG-TT-----T----------------G-T-----C--T----TC-TGA-T-CCAA-G-G---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAA
gi|67172                      : GTCCATCC----ACCCA---A---GCTCA--TA-T-CT-----T---T--A-----AA--T-C-TTT-C----T-----T-CA-G--AAA--T---T-TAT-AT--------AATTG-ATC-ACA------AG--TA-TT-----C-CTTTAG-ACA-A-G-G-A-----C--T----TG-TGG-A-CCAA-G-G---G---TCTT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAGAG
gi|67173                      : GTTTATCT----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CTTTTAAC-C-TTTA-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAC-AT--------AATTG-AAA-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAA-ACA-A-G-G-A-----C--T----TG-TGA-C-CAAA-G-GT--C---T-TT-A-A-----AGGTCA-TTT-TAGGAAG
gi|67174                      : GTCTGTCC----GTCCG-----------------T-CC-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTTTC----A-----TTCA-G--AAA--T---T-GAT-ACC-------AATTT-ACT-ACA------AAA-TG-TT-----C-CTTGTG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-T-A-T-CCAA-G-G---C---T-TT-C-A-----ATGTCA-TTT-TTGAAA
gi|67175                      : GTCCGCTC----ATCCG---A---GCTGA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--T-C-----------------------------------GAT-AC--------AATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACG-A-G-T-G-----C--T----TG-TGA-ACCCAA-G-T---C---T-TT-C-A-----AGGTCA--TT-TGGAAAag
gi|67176                      : GTCTATTT----GTTCT---A---ATTGA--TA-T-CT-----C-C-T-----------------TT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AATAT-ATA-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-G-TCAA-G-GT--C---T-TT-C-A-----AGATCA-TTT-TGGAAGG
gi|67177                      : GTCCCTCT----GTCCGTCAA---GCTCA--TA-T-CT-----C-T-T--A-----AA--C-A--TT-C----A-----T-CA----AAA--T---T-GAG-AC--------AA-TT-ACC-GTA------AAT-TG-TT-----C-ATTGAG-ACA-A-GTG-A-----CAGC----TG-TGT-T-CCAA-A-G---C---T-TT-T-C-----AAGTCA-TTT-TAAAAA
gi|67178                      : GTCCATGC----GTGTG---A---GATTA--TA-T-CT-----T-C-TT-A-----AA--C-C-TTT-C----T-----T-C--G--AAA--T---T-GAT-AT--------AATTC-TTT-ACA------AA--TG--T-----C-GTT-AG-GCA-A-G-G-G-----T--T----TG-TG--A-CTAA-G-GT--C---T-TC-C-A-----AGGTCA--TT-TGGAAAG
gi|67179                      : GTCTGTCT----GTCCA---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--T-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-TATCAT--------ACTTG-ACC-ATA------GA--TA-TT-----C-CTTTGG-ACA-A---G-G-----C--T----TG------------G-A---C--------C-A-----AGGTCA-TTT-TGTAAAGg
gi|67180                      : GTCCGTCC----GTCTG---G---GATCA--CA-T-AT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-A--AAA--T---A-GAT-TT--------TATTG-ATC-GGA------AA--TG-TT-----C-CATGAT-GCA-A-G-G-A-----C--G----TT-TAG-A-CCAA-G-GA--C---T-TT-C-A-----AGGTCA-ATT-TGGATAG
gi|67181                      : GTCCGTCC----GTCCA---A---GCTGA--TA-T-CT-----T-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--ATA--T---T-GAT-AC--------ATTTT-AT-------------------------------AG-ACA-A-G-T-A-----C--TTATGTG-TGA-A-TCAA-G-GT--C---T-TG-C-A--------TCA-TTT-TTGAAA
gi|67182                      : GTCCGTCC----GTCCG---A---GCTGA--TA-T-AT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-T----A-----T-CA-G--A----------------------------T-ACC-AGA------AA--AG-TT-----C-CTCGAG-ACA-A-T-G-G-----C--T----TG-CGA-A------------------TT-A-A-----ATGTCA-TTT-TGGGAAGag
gi|67183                      : GTCCATCT----GTGTG---A---GCTCA--TA-T-CC-----T-C-T--A-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---G-GAT-------------------C-ACA------AAA-TA-T------C-TTTGGG-ATA-G-A-A-A-----C--T----TT-TGG-A-------------------T-C-A-----AGGTCA-TTT-T
gi|67184                      : GTCTGTCC----CTCCG---A---GCTTA--TT-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AA--------------------------TT-AT----A------AA--TA-TT-----C-CTTGAT-AGT-A-G------------T----TT-TAG-A---AA-G-G----------T-C-A-----AGGTCA--CT-TGGAA
gi|67185                      : GTCCATCC----GTCCA---A---GTTTT--TA-T-CT-----C-C-T--G-----AA--T-C-TTT-C----A-----T-CA------------------------------------------------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-ACA-G-G-G-A-----C--T----TT-TGG-A-C-------------------C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAGG
gi|67186                      : GTCCATCT----TTTCG---A---GGT----TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-ATT-C----A-----T-CC-G--AAA--T---T----------------ATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----A-CTTTGG-ACA-G-G-G-GTATTCC--T----TG-GGA----CAT-G-GA--C---G-TT-T-AGAGATAGGTCA-TTT-
gi|67187                      : GTTCCTCC----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----T-T-T--C-----AA--C-C-TTT-C----CTTTCTT-CA-G--AAA--T---T-GAT-AT--------AATTA-AAC-ACatgaa
gi|67188                      : GTTTGTCT----GTC-A---A---ACGCA--GA-TTCT-----C-C-T--T-----AA--C-C-TTT-C----A-----C-CA-G--CAA--T---T-TAT-GT--------AATTT-ATC-ATA------CA--TG-TT-----A-GTTAAG-ACgtattca
gi|67189                      :  TCCTTCC----ATTTG---A---GCTGA--TA-T-CT-----T-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--ATA--T---T-GAT-TG--------AATTT-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTAAG-ACA-A-G-A-G-----C--T----TG-TGA-A-CCAAGG-G---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGAAAAG
gi|67190                      :  TCCGTTC----GTCCG---A---GCTGA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACG-ACG------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ATG-G-G-A-G-----C--T----TG-TAC-A-TCAA-G-G---C---C-TT-C-A-----GAGTCG-TGT-TGGAAAG
gi|67191                      :  TCTGTCC----GTTCG---A---GCTGG--TA-T-CT-----T-C-T--A-----AA--C-C-TTG-C----A-----T-AA-G--ATA--T---T-GAT-GC--------AATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-G-A-----C--T----TG-TGA-A-CCAA-G-G---C---T-TT-T-A-----AGATCATTTT-TGGAAAG
gi|67192                      :  TCTGTCT----GTCCC---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-T-TTT-T----A-----T-CA----AAA--T---T-GAT-AT--------CATTT-ATT-GCA------AA--TG-GT-----T-CTTGAG-ACA-A-A-G-A-----T--T----TG-TGG-A-CCAA-G-GT--C---T-CT-C-A-----AGGTCA-TTT-TAGAAAG
gi|67193                      :  TCTGTCC----ATCTA---A---GCTCA--TAAT-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TAT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-AATCAT--------AATTA-AGC-ACC------GA--TA-TT-----C-CTTGGG-ACA-G-G-G-G-----C--T----TT-TGC-A-C-------------------C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAAG
gi|67194                      :  TCTGTCC----ATCTG---A---GCTTA--TA-T-CT-----C-T-T--TT----AA--G-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AGTTC-ATC-A
gi|67195                      :  TCCGTCC----GTCCG---A---GCTGG--TA-T-CT-----CTC-T--A-----A----------------------T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AA--------AATCT-ATC-ACA------GA--T
gi|67196                      :   CCGTTC----GTCCC---A---GCTGA--TA-T-CT-----C-C-T--T-----AA--C-C-TTT-CC---A-----T-CA-G--GAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACC-ATA------A-------------C------------A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-A-CCAA-G-G---C---G-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGTAAAG
gi|67197                      :    CGTCA----GTCCG---A---GTTCC--TA-T--T-----C-A-T---------A--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T---AA--T---T-GAT-GC----------TTT-ACC-AC---------------------C-CTT----------A-G-G-----C--T----TG-T-A-T-CCAA---G---C---T-TT-C--------CGTCA-TTT-TGAAA
gi|67198                      :     GTCC----GTCCG---A---ACCCA--TA-T-CT-----A-C-A--A-----AA--C-T-TTT-T----G-----T-CA----AAA--T---T-GAT-AT--------AAATT-GAA-AAA------AAAGTG-TT-----C-CTTCAG-AAA-A-G-G-A-----T--T----TG-TGG-A-CCAA-G-A---T---C-TT-T-A-----AGATCA-TTTAGGGAAAG
gi|67199                      :     GTCT----CTCCG---A---GTTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--T-T-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-TAT-AT--------AATTT-CCC-ACA------A-----------------------------------------T----TG-TAA-A-ACAA-G-G---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGATAG
gi|67200                      :     GTCT----GTCCG---------TC------T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-CCGACA-----A-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----T-CTTGAG-ACA-T-G-G-G-----C--T----AG-CGT-A-TCA------------C-CT-C-A-----AAGTAA-TT
gi|67201                      :     GTCC----ATCTG---A---GCTCA--TA-T-TT-----C---T--A-----AA--C-C-TTT------A-----T-CA-GG-AAA--T---T-TAT-AC--------AACT--GTT-ACA------AA--TG-TT-----T-CTTGAG-ACA-A-G-G-
gi|67202                      :     GTCC----GTCCG---A---GCTCA--TT-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--aatctctccaaggcccaaatttgaa
gi|67203                      :      TCC----GTTCC---ATAGGCTGA--TA-T-CT-----C-CCT--A-----CA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAAC-T---T-GAT-ACCC------AATTTTATCCACA------AAA-TG-TT-----C-GTTGAG-ACG-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-A-C-------------------C-A-----AGGTCA-TTT-CGAAAGG
gi|67204                      :      TCC----GTTCC---ATAGGCTGA--TA-T-CT-----C-CCT--A-----CA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAAC-T---T-GAT-ACCC------AATTTTATCCACA------AAA-TG-TT-----C-GTTGAG-ACG-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-A-C-------------------C-A-----AGGTCA-TTT-CGAAAGG
gi|67205                      :      TCC----ATCCA---T---GCTCA--TA-T-CT-----T-T-T--A-----AAATC-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---C-GAT-A--------------------------------TG-TT-----C-TTTGAG-ACA-A-G-G-A-----C--T----TG-TGG-A-CCAT-G-GT--C---T-CT-C-A-----AGGTCA-TTT-T
gi|67206                      :         ----GTTCG---G---AATCC--CA-T-CT-----C-C-T--A-----AC--C-C-ATT-C----A-----T-CA-T--AAA--TTCAT-CAT-ACATTATTGTAATTG-ATC-GCA------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-ACA-T-G-GTA-----C--T----TT-CGG-A-TCAA-G-GTCAT---T-TT-C-A-----AAGtaaa
gi|67207                      :                CA---A---GTTCA--CA-C-CT-----C-C-T--ACATGTAA--C-CCTTT-C----A-----T-CA-T--AAA--G---T-CATCAT--------AATGC-ATC-TCA------AA--TT-TT-----C-ATTGGG-ACA------------------------TGATA-CCAA-G-GTCAT---T-TT-CAA-----AGGTCA-g
gi|67208                      :                CA---A---GTTCC--TA-T-TT-----T-C-T--A-----AA--T-C-TTT-T----A-----T-CA----AAA--T---T-GAT-------------------C-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGAG-ACA-G-G-GTA-----C--T----CT-TGG-A-TTAA-A-GTCAT---T-TT-C-A-----AAG
gi|67209                      :                CA---A---GTTCC--CA-T-TT-----C-C-G--A-----AA--T-C-TTT-T----A-----T-CA-T--AGA--T---T-CATCAT--------AATTG-TTC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGGT-ACA-A-G-G-g
gi|67210                      :                CA---A---GTTCC--CA-T-CT-----C-A-A--A-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-C--------------------AT--------AATTG-ATC-ACA------AA--TATTT-----T-TTTGAG-ACA-G-G-GTA-----T--T----TT-TAG-A-CCAA-G-GTCAT---T-TT-C-A-----AAGtacaattggacaaagatcattttcaaagg
gi|67211                      :                  ---A---GTTCC--CA-C-CT-----C-C-T--A-----AC--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--T---T-CATCAT--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-ACA-T-G-ATA-----C--T----T--TGG-A-------------------T-C-A-----AGGTCA-TTT-TCAAAAGg
gi|67212                      :                  ---A---GTTCC--CA-T-CT-----C-T-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AGA--T---T-CATCAT--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTG---------G-G-A-----C--T----TT-TGG-A-TCAA-G-G---CAATT-TT-C-A-----AAG
gi|67213                      :                  ---A---GATCC--CA-T-CT-----C-C-T--A-----AG--C-C-TTT-T----A-----T-CATGATAAA--T---T-GATCAT--------AATTG-ATA-AAA------AA--TA-TTTAATCC-CTTG-G-ACA-GTG-G-A-----C--T----AT-TGA--------------------TC-C-A-----AGTTCA-TTT-TGGGAAG
gi|67214                      :                  ---A---GCTGA--TA-T-CT-----C------------AA--CAC-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-ATG-------AATTT-ATC-ACA------AA--TGGTT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-T-G-----C--T----TG-TGG-A-CCTT-G-----------TT-G-A-----AGGTCA-TTT-TAGA
gi|67215                      :                  ---A---GTTCC--CA-T-CT-----C-A-T--G-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-CA-G--ACA--T---T-GATCAT--------AATTG-ATT-ACA------AA--TA-CT-----C-CTTTGG-ACA-G-G-G-GA----C--T----TT-TGG-A-CAAA-G-GT--C---A-CT-C-G-----AGATCC-ATT-TGGAAAgtaaag
gi|67216                      :                  ---A---GCTTA--TA-T------------T--A-----GA--T-C-TCT-C----A-----C-CA-G--AAA--T---T-GAT-AT--------CATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-A-A-A-----A--T----TG-TGG-A-TTAA-G-G---T---C-TT-
gi|67217                      :                  ---A---GTTCC--CA-T-CA-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T---AA--T---T-GAT--C--------A---------ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGGA-ACACA-G-G-GGTA--C--T----GG-TGT-A-TCAA-G-GGCAT---T-TT-CAA-----AGGTCA-
gi|67218                      :                      ---GTTCC--CA-C-CT-----C-C-T--A-----AC--C-T-TTC-C----A-----T-CA-T--GAA--T---T-TATCAT--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TC-----C-TGTGGGCACATT-G-G-A-----C--T----GGTTGG-A-TCAA-G-GTCAT---T-TT-CAA-----AGGTCA-
gi|67219                      :                      ---GTTCC--CA-T-CT-----C-T-T--A-----AA--C-C-GTT-T----A-----T-CA-T--AAA--T---T-GATCAT--------GATTA-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CCTTGG-ACA-ATG-G-A-----C--T----TT-TGG-A-C-------------------C-A-----AGGTCA-TTT-TGAAAAG
gi|67220                      :                          CTGA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-T----A-----T-CA-G--GAA--T---T-GAT-TA--------AATTT-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-GCA-A-G-A-C-----C--T----TG-TGC-A-CCAA-G-G---
gi|67221                      :                            CA--AA-T-GT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA--------------------T--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGGG-CTG-G-G-C-A-----C--T----TT-TTG-A-CCAA-G-GTCAT---T-TT-CAA-----AGGTCA-
gi|67222                      :                             A--TA-T-CT-----C-T-A--A-----AG--C-C-TTT-C----A-----T-CA-A--AAA--T---A-GAC-A-------------T-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTTGAT-ACA-C-G-A-G-----C--T----TG-TGG-A-CCAA-GTT---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAAG
gi|67223                      :                             A--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA-------------------------------A--T---T-GAT-AC--------AATTT-ATT-GAA------AA--TG-TT-----C-CTTGAG-ACA-A-G-A-G-----G--T----TG-TAA-A-C-------------------C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAAG
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gi|67225                      :                                 A-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA--------------------T--------AGTTG-ATC-ACA------AG--TA-TT-----C-CTTGGC-ACA-G-G-GCA-----C--C----TT-TGG-A-------------------T-C-G-----GGGTCA-TTT-TTAAAGGtc
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gi|67228                      :                                                           --C-C-TTA-C----C-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AAGTT-ATA-ACA------AA--TA-TT-----C-CTTGAG-ATA-A-G-G-G-----C--T----CT-TGATT-CCAG-G-C---C---T-TT-C-A-----AGGTCA-TTA-TGGAAAG
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lowQualScore                  :         ....     ... ...     ..  . .  ..... . . .. .....  .. . .   . .... ..... .  ....   .. ... .   ...........    ..   .   ......  ..  .  ..... .   .   .   ... . ....... .. ....  .   . ..    . ..............  . . .....      .   .       
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Reference ( family-348 )      : GTCCGTCC----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTT-GAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGG-A--CCAA-G---G---C---T--TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAAG
gi|67164                      : GTCCGTCT----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----C-ATT-GAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-T--CCAA-G---G---C---T--TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TAAAAAG
gi|67165                      : GTCCGTCT----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--T---TTGAT-AC--------AATTT-ACC-AAA------TA--TG-TT-----C-ATT-GAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-T--CCAA-G---G---C---T--TT-C-A-----AGGT-A-TTT-T
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gi|67186                      : GTCCATCT----TTTCG---A---GGT----TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-ATT-C----A-----T-CC-G--AAA--T---T----------------ATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----A-CTT-TGG-ACA-G-G-G-GTATTCC--T----TG--GG-A--CATG-G---A---C---G--TT-T-AGAGATAGGTCA-TTT-
gi|67187                      : GTTCCTCC----GTCCG---A---GCTCA--TA-T-CT-----T-T-T--C-----AA--C-C-TTT-C----CTTTCTT-CA-G--AAA--T---T-GAT-AT--------AATTA-AAC-ACatgaa
gi|67188                      : GTTTGTCT----GTC-A---A---ACGCA--GA-TTCT-----C-C-T--T-----AA--C-C-TTT-C----A-----C-CA-G--CAA--T---T-TAT-GT--------AATTT-ATC-ATA------CA--TG-TT-----A-GTT-AAG-ACgtattca
gi|67189                      :  TCCTTCC----ATTTG---A---GCTGA--TA-T-CT-----T-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--ATA--T---T-GAT-TG--------AATTT-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTT-AAG-ACA-A-G-A-G-----C--T----TG-TGA-A--CCAAGG---G---C---T--TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGAAAAG
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gi|67194                      :  TCTGTCC----ATCTG---A---GCTTA--TA-T-CT-----C-T-T--TT----AA--G-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AGTTC-ATC-A
gi|67195                      :  TCCGTCC----GTCCG---A---GCTGG--TA-T-CT-----CTC-T--A-----A----------------------T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AA--------AATCT-ATC-ACA------GA--T
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gi|67197                      :    CGTCA----GTCCG---A---GTTCC--TA-T--T-----C-A-T---------A--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T---AA--T---T-GAT-GC----------TTT-ACC-AC---------------------C-CTT-----------A-G-G-----C--T----TG-T---A--TCCA-A---G---C---T--TT-C--------CGTCA-TTT-TGAAA
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gi|67199                      :     GTCT----CTCCG---A---GTTCA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--T-T-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-TAT-AT--------AATTT-CCC-ACA------A------------------------------------------T----TG-TAA-A--ACAA-G---G---C---T--TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGATAG
gi|67200                      :     GTCT----GTCCG---------TC------T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-CCGACA-----A-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----T-CTT-GAG-ACA-T-G-G-G-----C--T----AG-CGT-A--TCA--------------C--CT-C-A-----AAGTAA-TT
gi|67201                      :     GTCC----ATCTG---A---GCTCA--TA-T-TT-----C---T--A-----AA--C-C-TTT------A-----T-CA-GG-AAA--T---T-TAT-AC--------AACT--GTT-ACA------AA--TG-TT-----T-CTT-GAG-ACA-A-G-G-
gi|67202                      :     GTCC----GTCCG---A---GCTCA--TT-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--aatctctccaaggcccaaatttgaa
gi|67203                      :      TCC----GTTCC---ATAGGCTGA--TA-T-CT-----C-CCT--A-----CA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAAC-T---T-GAT-ACCC------AATTTTATCCACA------AAA-TG-TT-----C-GTT-GAG-ACG-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-A--C----------------------C-A-----AGGTCA-TTT-CGAAAGG
gi|67204                      :      TCC----GTTCC---ATAGGCTGA--TA-T-CT-----C-CCT--A-----CA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAAC-T---T-GAT-ACCC------AATTTTATCCACA------AAA-TG-TT-----C-GTT-GAG-ACG-A-G-G-G-----C--T----TG-TGA-A--C----------------------C-A-----AGGTCA-TTT-CGAAAGG
gi|67205                      :      TCC----ATCCA---T---GCTCA--TA-T-CT-----T-T-T--A-----AAATC-C-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---C-GAT-A--------------------------------TG-TT-----C-TTT-GAG-ACA-A-G-G-A-----C--T----TG-TGG-A--CCAT-G---GT--C---T--CT-C-A-----AGGTCA-TTT-T
gi|67206                      :         ----GTTCG---G---AATCC--CA-T-CT-----C-C-T--A-----AC--C-C-ATT-C----A-----T-CA-T--AAA--TTCAT-CAT-ACATTATTGTAATTG-ATC-GCA------AA--TA-TT-----C-CTT-GGG-ACA-T-G-GTA-----C--T----TT-CGG-A--TCAA-G---GTCAT---T--TT-C-A-----AAGtaaa
gi|67207                      :                CA---A---GTTCA--CA-C-CT-----C-C-T--ACATGTAA--C-CCTTT-C----A-----T-CA-T--AAA--G---T-CATCAT--------AATGC-ATC-TCA------AA--TT-TT-----C-ATT-GGG-ACA------------------------TGATA--CCAA-G---GTCAT---T--TT-CAA-----AGGTCA-g
gi|67208                      :                CA---A---GTTCC--TA-T-TT-----T-C-T--A-----AA--T-C-TTT-T----A-----T-CA----AAA--T---T-GAT-------------------C-ACA------AA--TA-TT-----C-CTT-GAG-ACA-G-G-GTA-----C--T----CT-TGG-A--TTAA-A---GTCAT---T--TT-C-A-----AAG
gi|67209                      :                CA---A---GTTCC--CA-T-TT-----C-C-G--A-----AA--T-C-TTT-T----A-----T-CA-T--AGA--T---T-CATCAT--------AATTG-TTC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTT-GGT-ACA-A-G-GTA-----C--A----AT-TGG-A--CAAA-GATCA---T---T--TT-C-A-----AAGg
gi|67210                      :                CA---A---GTTCC--CA-T-CT-----C-A-A--A-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-CA--------------------T--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----T-TTTTGAG-ACA-G-G-GTA-----T--T----TT-TAG-A--CCAA-G---------------------------GTCA-TTT-TCAAAGGg
gi|67211                      :                  ---A---GTTCC--CA-C-CT-----C-C-T--A-----AC--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AAA--T---T-CATCAT--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTT-GGG-ACA-T-G-ATA-----C--T----T--TGG-A-----------------------T-C-A-----AGGTCA-TTT-TCAAAAG
gi|67212                      :                  ---A---GTTCC--CA-T-CT-----C-T-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AGA--T---T-CATCAT--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTT-G---------G-G-A-----C--T----TT-TGG-A--TCAA-G---G---CAATT--TT-C-A-----AAG
gi|67213                      :                  ---A---GATCC--CA-T-CT-----C-C-T--A-----AG--C-C-TTT-T----A-----T-CATGATAAA--T---T-GATCAT--------AATTG-ATA-AAA------AA--TA-TTTAATCC-CTT-G-G-ACA----------------------G-TGG-A--CTA----------T---TGATC-C-A-----AGTTCA-TTT-TGGGAAG
gi|67214                      :                  ---A---GCTGA--TA-T-CT-----C------------AA--CAC-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-ATG-------AATTT-ATC-ACA------AA--TGGTT-----C-CTT-GAG-ACA-A-G-T-G-----C--T----TG-TGG-A--CCTT-G--------------TT-G-A-----AGGTCA-TTT-TAGA
gi|67215                      :                  ---A---GTTCC--CA-T-CT-----C-A-T--G-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-CA-G--ACA--T---T-GATCAT--------AATTG-ATT-ACA------AA--TA-CT-----C-CTT-TGG-ACA-G-G-G-GA----C--T----TT-TGG-A--CAAA-G---GT--C---A--CT-C-G-----AGATCC-ATT-TGGAAAgtaaag
gi|67216                      :                  ---A---GCTTA--TA-T------------T--A-----GA--T-C-TCT-C----A-----C-CA-G--AAA--T---T-GAT-AT--------CATTT-ACC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTT-GAG-ACA-A-A-A-A-----A--T----TG-TGG-A--TTAA-G---G---T---C--TT-
gi|67217                      :                  ---A---GTTCC--CA-T-CA-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T---AA--T---T-GAT--C--------A---------ACA------AA--TA-TT-----C-CTT-GGA-ACACA-G-G-GGTA--C--T----GG-TGT-A--TCAA-G---GGCAT---T--TT-CAA-----AGGTCA-
gi|67218                      :                      ---GTTCC--CA-C-CT-----C-C-T--A-----AC--C-T-TTC-C----A-----T-CA-T--GAA--T---T-TATCAT--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TC-----C-TGT-GGGCACATT-G-G-A-----C--T----GGTTGG-A--TCAA-G---GTCAT---T--TT-CAA-----AGGTCA-
gi|67219                      :                      ---GTTCC--CA-T-CT-----C-T-T--A-----AA--C-C-GTT-T----A-----T-CA-T--AAA--T---T-GATCAT--------GATTA-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CCT-TGG-ACA-ATG-G-A-----C--T----TT-TGG-A--C----------------------C-A-----AGGTCA-TTT-TGAAAAG
gi|67220                      :                          CTGA--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-T----A-----T-CA-G--GAA--T---T-GAT-TA--------AATTT-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTT-GAG-GCA-A-G-A-C-----C--T----TG-TGC-A--CCAA-G---G---
gi|67221                      :                            CA--AA-T-GT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA--------------------T--------AATTG-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C-CTT-GGG-CTG-G-G-C-A-----C--T----TT-TTG-A--CCAA-G---GTCAT---T--TT-CAA-----AGGTCA-
gi|67222                      :                             A--TA-T-CT-----C-T-A--A-----AG--C-C-TTT-C----A-----T-CA-A--AAA--T---A-GAC-A-------------T-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-CTT-GAT-ACA-C-G-A-G-----C--T----TG-TGG-A--CCAA-GT--T---C---T--TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAAG
gi|67223                      :                             A--TA-T-CT-----C-C-T--A-----AA-------------------------------A--T---T-GAT-AC--------AATTT-ATT-GAA------AA--TG-TT-----C-CTT-GAG-ACA-A-G-A-G-----G--T----TG-TAA-A--C----------------------C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAAG
gi|67224                      :                                 A-T-CTG----T-C-T--A-----AA--A-C-CAT-C----A-----T-CA-T--AGAGTC---T-GATCAT--------AATTA-ATC-ACA------AA--TA-TT-----C--TT-G-G-ATG---G-G-A-----C--T----TG-TGG-A--CCAA-G---G---
gi|67225                      :                                 A-T-CT-----C-C-T--A-----AA--C-C-TTT-C----A-----T-CA--------------------T--------AGTTG-ATC-ACA------AG--TA-TT-----C-CTT-GGC-ACA-G-G-GCA-----C--C----TT-TGG-A-----------------------T-C-G-----GGGTCA-TTT-TTAAAGGtc
gi|67226                      :                                  -T-CT-----C-T-T--A-----TA--C-C-TTT-C----A-----T-CA-T--AGG--T---T-CATCAT--------AACTG-ATA-ACA------AA--TA-TT-----C-CTT-GGG-ACA-G-G-GTA-----C--T----TT-TGG-A--CCAA-G---G---TCA-T--TTGCAA-----AGGTCA-
gi|67227                      :                                                 --A-----AA--C-T-TTT-C----A-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AT--------AATCG-ATC-ACA------AA--TG-TT-----C-TTT-TAC-AAA-A-G-G-A-----C--T----TG-TGG-A--CCAT-G---G---TG--T--CT-C-A-----TGGTCA-TTT-TGGAAAG
gi|67228                      :                                                           --C-C-TTA-C----C-----T-CA-G--AAA--T---T-GAT-AC--------AAGTT-ATA-ACA------AA--TA-TT-----C-CTT-GAG-ATA-A-G-G-G-----C--T----C--TTG-ATTCCAG-G---C---C---T--TT-C-A-----AGGTCA-TTA-TGGAAAG
gi|67229                      :                                                                                                                          -ACA------AA--TG-TT-----C-CTT-GAG-ACA-A-G-G-G-----C--T----TA-AGA-A--CCCT-G---GT--C---T--TT-C-A-----AGGTCA-TTT-TGGAAAG