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Reference ( gi|85402 ) : CTTTG--AA-----A--C----TAA-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--C-------------G-GGGG--GA------G-G----------------C------------------A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85405 : CTTTG--AA-----A--C----TAG-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--CA------------G-GGGG--GA------G-A----------------C------------------A------T-A-T---GTTTT--T--G-TCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
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gi|85404 : CTTTG--AA-----A--C----TAC-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--CA------------G-GGGG--GA------G-A----------------C------------------A------T-A-T---GTTTT--T--G-TCTCC-AAA---AA-CA-A-C---C-TTTAATT
gi|85406 : CTTTG--AA-----A--CGTACTAC-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--T-------------G-GTGG--GA------G-A----------------C------------------A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85407 : CTTTG--AA-----A--C----TAC-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--CA------------G-GGGG--GA------G-A----------------C------------------A------T-------GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-G-A---C-TTTAATT
gi|85408 : CTTTG--AA-----A--C----TAC-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--C-------------G-GGGA--GA---------------------------------------------------C-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CG-A-A---C-TTTAATT
gi|85412 : CTTTG--AA-----A--C----TAC-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--T-------------G-GGGG--GG------G-G----------------GGGGAG-------------A------C-A-T---GTTTT--T--G-ACTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85410 : CTTTG--AA-----A--C----TAC-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--A-------------T-GGGG--CA------G-A----------------C------------------A------A-T-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
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gi|85423 : CTTTG--AA-----A--C----TAG-TCA---AC--T-G-A-C-AAC--A--C----------------GGG--GA------G-A----------------C------------------A------T-A-T---GATTT--T--G-C-------A---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
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gi|85422 : CTTTG--AA-----AAAC----TAGCTCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--C-------------G-GGGA--G---------------------------------------------A------C-A-T---GTTTT--T--GCCCTCC-AAAAACAA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85424 : CTTTG--TA-----A--C----TAC-TCA---AC--T-G-A-C-AGG-------------------G-GGGG--GG------G-G----------------G------------------A------T-A-T---GTCCT--T--G-GCTCC-ATA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85419 : CTTTG--AA-----A--C----AAC-TCA---TC--T-G-A-C-AGC--A--C-------------A-GAGG--GA------G-A----------------C---------------------------A-T---GCTTT--T--G-CCTCC-AAA---AG-CA-A-A---C-TCCAACT
gi|85425 : CTTTG--AA-----A--C----T---TCA---AC--T-G-A-C-ATC--A--CAGGGGGGGGGGG-G-GGGG--GA------G-GGAGA------------C------------------A------T-GCT---GTTTT--T--G-CCTCT-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85421 : CTTTG--AA-----A--T----TAC-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--C-------------T-AGGG--GA------G-A----------------C------------------A------T-A-T---ATGTT--T--G-CCTCC-TAA---AA-CA-C-A---T-ATTAGT
gi|85427 : CTTGG--AA-----A--C----TAT-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--T---------------GGGA--GA------G-A----------------CAT----------------A------T-A-T---GTTTT--T--G-CGTCCAAAA---AA-CA-A-A---
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gi|85431 : CTTTG--AA-----A--A----TAC-TCACT-GC--T-G-A-C-AGC--A--CAA-----------G-GGGG--GG------G-G-----------------------------------G------T-A-T---GTTTC--T--G-TCCCC-CTA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
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gi|85432 : CTTTG--AA-----A--C----TAC-TCA---AC--T-G-A-C-ATC--A--C----------------------------------------------------------------------------A-T---GTTTT--T--A-CCTCC-GAA---AA-CA-A-A---C-TTAAATT
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gi|85438 : TTTG--AA-----A--G----TA--TCACTCACAAT-G-A-C-AGC--A--C-------------G-AGGG--GA------G-G----------------C------------------ACATG--T-A-T---GTTTT--T--G-CCTTC-AAA---AG-CATA-A---C-TTTAAT
gi|85439 : TTTG--AA-----A--C----TAC-TCA---AA--T-G-A-C-AGC--G--CACGGGA-------G-GGGG--GA------G-G----------------C------------------A------T-G-------TTT--T--G-CCTCC--AA---AA-TA-A-A---C-TTTAA
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gi|85442 : TTTG--AA-----A--C----T---TCA---AC--T-G-A-CTAGCCTA--C-------------T-GGGG--TACGCACGG-A----------------C------------------A------T-A-CTC-GTTTC--T--G-CCTCC-AAA---AT-CACA-A---C-TTTA
gi|85443 : TTTA--AA-----AACC----TAC-TCA---CC--T-G-A-C-AGC--A--C-------------G-GG------------G-A----------------C------------------A------TCACT---G-TTT--T--G-CCTAC-AAA---AACCA-ATA---C-TTTA
gi|85444 : TTTG--AA-----AA-C----GAC-TCA---AC--T-G-A-C-A-C--A--C-------------G-GTAG--A---------------------------------------------------------------TT--T--G-CCTTC-CAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
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gi|85446 : TTT--AA-----A--T----TA--TCA---AC--T-GGA-C-AGC--C--C-------------G-GGGG--GG------G-GAGGGCGATGAGGGAGAC------------------A------T-A-T---GTTTG--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-ACA---C-TTTAATT
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gi|85455 : --C----TAC-TCA---AC--T-G-A-A-AGC--A--C-------------G-GGGG--GG------G-G----------------G------------------GGGGG--T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---G-TTTAACT
gi|85456 : --C----TAC-TCA---AC--T-G-AAT-AGC--AG-C-------------G-GGGG--GG------G-G----------------G------------------GGGGGGGT-A-T---GTTTT-----G-CCTCCGAAA---AA-CA-A-A---G-TT
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gi|85450 : acaac-TCA---AC--T-C-A-C-AGC--A--C-------------G-GGGG--GA------G-A----------------C------------------A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85457 : acaac-TCA---AC--T-G-A-C-AGC--A--C-------------G-GGAG--GA------G-A----------------C------------------A------T-------GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
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Reference ( family-346 ) : CTTTG--AA-A--C----TA---CT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GGGG--GA------G-G------------------C-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
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gi|85425 : CTTTG--AA-A--C----T-----T-CA--ACT-G-A-C-ATC--A--CAGGGGGGGGGGG-G------GGGG--GA------G-GGAGA--------------C-----A------T-GCT---GTTTT--T--G-CCTCT-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85426 : CTTTG--AA-A--C----TA---CT-CA--GCT-A-A-C-AGC--A--C-------------G------GGGG--GG------G-GGGGGGGGGGGGGGGGAGAG-----A------C-A-T---GGTTT--T--G-CTTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTAAATT
gi|85427 : CTTGG--AA-A--C----TA---TT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--T--------------------GGGA--GA------G-A------------------CAT---A------T-A-T---GTTTT--T--G-CGTCCAAAA---AA-CA-A-A---
gi|85428 : CTTTG--AA-A--C----TA---TT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C--------------------GGGG--GA------G-A------------------C-----AG-----T-A-T---G
gi|85429 : CTTTG--AA-A--C----TA---TT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GT------------A-G------------------T-----G------T-A-T---GTCTT--T--G-TCTCC-AAA---AC-AA-A-A---C-ATTAATT
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gi|85453 : -A--C----TA---CT-CG--ACT-G-G-C-AGC--A--C-------------G------GGGG--AA------A-A------------------C-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-TCTCC-A
gi|85454 : -A--C----AA---CT-CC--ACT-G-A-C-AAC--A--CAGGTAGT------G------GGGG--AG------G-G------------------G-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCA-AAG---AA-CA-A-A---C-TTTAAT
gi|85455 : --C----TA---CT-CA--ACT-G-A-A-AGC--A--C-------------G------GGGG--GG------G-G------------------G-----GGGGG--T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---G-TTTAACT
gi|85456 : --C----TA---CT-CA--ACT-G-AAT-AGC--AG-C-------------G------GGGG--GG------G-G------------------G-----GGGGGGGT-A-T---GTTTT-----G-CCTCCGAAA---AA-CA-A-A---G-TT
gi|85457 : A---CT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GGAG--GA------G-A------------------C-----A------T-------GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85458 : A---CT-TC--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GGGGTGGG------G-A------------------A-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTTT-AAG---AA-CA-A-A---C-TTTAAT
gi|85459 : ---CT-CA--ACT-G-A-C-AGCGCA--C-------------G------GGGG--GA------G-A------------------C-----A------T-A-T---GTTTT--TA-G-CCTCC-AAA---AA-CA-
gi|85460 : A--ACTTG-A-C-AGT--A--C-------------G------GGGG--AG------G-GGGGGGGGGTA--------C-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85461 : A--ACT-G-A-CCAGC--AAAT-------------G------GGGG--GA------G-A------------------C-----C------T-A-T---GTTTT--TTTG-CCTAC-AAA---AA-CC-A-ACAGC-TTTA
gi|85462 : -------------G------GGGG--GT------G-G------------------C-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---CATTTAATT
gi|85463 : -------------G------GGGG--GA------G-GAG----------------C-----A------T-A-TAGTGTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85464 : -------------G------GAGA--GA------G-A------------------C-----A------T-G-T---GTTTT--C--G-CCTCC-AAA---CA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85465 : -------------G------GGGG--GG------G-A------------------C-----A------C---T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C--TTAATT
gi|85466 : G--GA------G-A------------------C-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-ACTCC-AAA---AA-CA-A-T---C-TTTAATT
gi|85467 : -----A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAAT
blockSeqs : GA AA GTAC TCA CT C CT AA GTGGGGGGGGGGG GGGGAA ACGCACG GGGGGGGGGGGGGGGGAGAGA C AGT TT A AAC T T CAG
blockSeqs : . AC A G C T GC G AGGGGGGGGGGG A A GGAGAGACGGGGAGAGACG C TC A A . C C .
blockSeqs : . A C . . C . . TTGGGGGGGGG . A GAGGGCGATGAGGGAGACA . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TGTGGGGG . A GGGGGGGGGTACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AGGTAGT . A GGGGGGGGGGAC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . ACGGGA . A GGGGGGGGG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AA . A GGGGGAGA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . A GGAGACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . A GCACATG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . G GGGGGGG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACATA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A GGGCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A GAGCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A AGCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACAG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G GGGG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A TCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A TCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G GGG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A GGA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A GTG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G GCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G GCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A AAA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G GGA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A AAA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A ACC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G GCA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A ACA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A CA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G CA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A GA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . GG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : CTTTG--AA-A--C----TA---CT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GGGG--GA------G-G------------------C-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
finalCons : CTTTG--AA-A--C----TA---CT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GGGG--GA------G-G------------------C-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
Alignments
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lowQualScore : .. . .. .... ... . .. . . . . .. .. ............. ...... .. ....... ................................. . . ... .. .. . . ... . . . ... .
lowQualScore : 22 8 77 0000 999 7 66 7 7 7 0 88 66 4444444444444 444444 88 8888888 555555555555555555555555555555555 6 2 999 99 55 6 9 111 6 3 3 111 7
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Reference ( family-346 ) : CTTTG--AA-A--C----TA---CT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GGGG--GA------G-G------------------C-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
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gi|85404 : CTTTG--AA-A--C----TA---CT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--CA------------G------GGGG--GA------G-A------------------C-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-TCTCC-AAA---AA-CA-A-C---C-TTTAATT
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gi|85416 : CCTCG--AC-A--C----AA---CT-CC--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GGGG---A------G-T------------------C-----A------T-------GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85417 : CTCTG--AA-A--C----TA---TT-CA--ACT-G-A-T-AGA--G--C-------------A------TGGG--GA------A-G------------------------A------C-A-T---GTTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85418 : CTTTG--AA-A--C----TA---CT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GGGG--GG------G-GGGGGGGGGGA--------C------------T-G-T----TTTT--T--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTA
gi|85419 : CTTTG--AA-A--C----AA---CT-CA--TCT-G-A-C-AGC--A--C-------------A------GAGG--GA------G-A------------------C--------------A-T---GCTTT--T--G-CCTCC-AAA---AG-CA-A-A---C-TCCAACT
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gi|85421 : CTTTG--AA-A--T----TA---CT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------T------AGGG--GA------G-A------------------C-----A------T-A-T---ATGTT--T--G-CCTCC-TAA---AA-CA-C-A---T-ATTAGT
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gi|85427 : CTTGG--AA-A--C----TA---TT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--T--------------------GGGA--GA------G-A------------------CAT---A------T-A-T---GTTTT--T--G-CGTCCAAAA---AA-CA-A-A---
gi|85428 : CTTTG--AA-A--C----TA---TT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C--------------------GGGG--GA------G-A------------------C-----AG-----T-A-T---G
gi|85429 : CTTTG--AA-A--C----TA---TT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GT------------A-G------------------T-----G------T-A-T---GTCTT--T--G-TCTCC-AAA---AC-AA-A-A---C-ATTAATT
gi|85430 : CTTTG--AA-A--C----TA---CT-CA--ACT-G-A-C-AGC--A--T-------------G------GGGG--GG------G-GGAGAGACGGGGAGAGA--C-----G------T-T-T---GTTTT--A--C-CCTCC-ATA---AA-CA-A-A---C-TT
gi|85431 : CTTTG--AA-A--A----TA---CT-CACTGCT-G-A-C-AGC--A--CAA-----------G------GGGG--GG------G-G------------------------G------T-A-T---GTTTC--T--G-TCCCC-CTA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
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gi|85437 : TTTG--AA-A--C----TA---CT-CA--ACC-G-A-C-AGC--A--C-------------T------GGAG--GA------G-A------------------C-----A------T-A-T---GTTTT-----------A-AAA---AA-CA-A-A---C-TTTAATT
gi|85438 : TTTG--AA-A--G----TATCACT-CAC-AAT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------AGGG--GA------G-G------------------C-----ACATG--T-A-T---GTTTT--T--G-CCTTC-AAA---AG-CATA-A---C-TTTAAT
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gi|85440 : TTTG--AACA--CC---TA---CTTCA--ACG-G-A-C-AGC--A--T-------------G------GGGG--GG------G-GGG----------------C-----A------T-G-T---GATTTCAT--G-CCTCC-AAA---AA-CA-A-A---C-TTCA
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gi|85442 : TTTG--AA-A--C----T-----T-CA--ACT-G-A-CTAGCCTA--C-------------T------GGGG--TACGCACGG-A------------------C-----A------T-A-CTC-GTTTC--T--G-CCTCC-AAA---AT-CACA-A---C-TTTA
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gi|85456 : --C----TA---CT-CA--ACT-G-AAT-AGC--AG-C-------------G------GGGG--GG------G-G------------------G-----GGGGGGGT-A-T---GTTTT-----G-CCTCCGAAA---AA-CA-A-A---G-TT
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gi|85458 : A---CT-TC--ACT-G-A-C-AGC--A--C-------------G------GGGGTGGG------G-A------------------A-----A------T-A-T---GTTTT--T--G-CCTTT-AAG---AA-CA-A-A---C-TTTAAT
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