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Reference ( gi|56206 ) : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCAT
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gi|56228 : AACAAACA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-TC---AAA--C-C--T----C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCAT
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gi|56237 : AACAAGCA--A--T-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CCCA-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-AG-GCATtt
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Reference ( family-335 ) : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCAT
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gi|56235 : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAT--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ctt
gi|56236 : AACAA-CA--T--C-A----A----------T-CTT-C--C----A-G-C----AT-CC---AAA--T-C--T-A--C-A--C--T-C--AGG--ATT-C-A--GCAT
gi|56237 : AACAAGCA--A--T-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CCCA-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-AG-GCATttt
gi|56238 : AACAA-CA--T--C-A--C-AG---------T-C-T-C--C----A---C----AT-CC-G-AAA--T-C--T-AC-C-AT-C--T-C--A-G--A-T-C-A--GCATctt
gi|56239 : AACAA--A--T--A-A--A-A----------TTC-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--A-A--C-AT-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GTATttt
gi|56240 : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT--C-A-AAA--C-C--T-A--CGAA-C--T-C----G--ATT-C-A--GCATct
gi|56241 : AATAG-CA--C--C-A--T-C----------T-C-T-TA-C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--AAT-C-A--GCA
gi|56242 : AACAAACA--T--C-A--A-A----------T-C-T-C-------A-G-C----AT-C----AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-C--GCAT
gi|56243 : AACAA-CAA-T--C-AAGC-A----------T-C-T-C--C----A---C-----T-CC-G-AAAA-C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-T--ATT-C-A--GCATct
gi|56244 : AACAAACA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C-------TC-G-AAT--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-ACGGCATctt
gi|56245 : ACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-AC-C-AG-C--T-C--A-T--ATT-C-A--GCAT
gi|56246 : ACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-CTCC----A-G-C----AT-CA-G-AAA--T-C--T-A--C-AT-C--T-C--A-A--AAT-C-A--GCATctt
gi|56247 : ACAA-CA--T--CCA--C-AA---------T-C-T-C-------A-G-C----AT-CCCG-AAA--T-CCTT-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATttt
gi|56248 : ATAA-CA--T--C-A--C-A----------T-AGT-CA-C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-T--ATT-C-A--GCAT
gi|56249 : CAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-CAGG-A--C-AG-C--T-C--A-G--ACT-C-A--GCAT
gi|56250 : CAA-CA--T--C-AA-C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----ATGCC-G-AAACCC-C--T-A--C-CG-C--T-C--A-T--ATT-CAA--GCATctt
gi|56251 : AA-CA--T----A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--T-C--T-A--C-AT-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATtt
gi|56252 : AA-CA-------A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AA---C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A---CATttt
gi|56253 : AA-CA-----C-A--C-A----------T-C-T-C--A----G-A-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--A-T-C-A--GCATctt
gi|56254 : AA-CA--T--C-A--C-AGAATGCATCTC-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-T--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATt
gi|56255 : AA-AA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--A----A-G-G----AT-CC-A-AAA--T-C--T-A--C-AGTC--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATct
gi|56256 : AA-CA-------A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-CC---ATACC-G-AA---C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATtt
gi|56257 : A-CA--T--C-A--CCA----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CTTG-AAA--C-C--C-AGCT-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATctt
gi|56258 : A-CA--G--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G--AA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-
gi|56259 : A--T--C-A--C-A----------T-C-T-T--CCCACA-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATgctttt
gi|56260 : A--T--C-AA-C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--CAAG-C--T-C--A-G--ATT---A--GCttt
gi|56261 : A--T--C----C-A----------T-C---C--A----A-G-C----AT-CC-G-AAG--C-C--T-A--T-AG-C--T-T--A-G--ATT-C-A--GCATcatt
gi|56262 : --T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAC--G-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATttt
gi|56263 : --T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----ATG-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-CGAT-C--A-G--ATT-C-A--GCA
gi|56264 : --C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA----C--T-A--C-AG-C--TCC--A-G--ATT-C-A--GC
gi|56265 : --C-A--A-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCAT
gi|56266 : --C-A--C-A----------TTC-T-C--C----A-G-C----AT-CC-A-AAA--CAT--T-A--C-AG-C--T-C--A----ATT-C-A--GCAT
gi|56267 : -A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-CCGA-G--ATT-C-A--GTActt
gi|56268 : -A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-GAAAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--AT
gi|56269 : -C-T-C--C----A-G-C----ATTCC-G-AAG--C-C--T-A--T-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--
gi|56270 : -C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AA---C-C--T-A--T-AG-C--T-C--A-T--ATT-C-A--GCAatttt
gi|56271 : -C-T-C--C----A-T-T----AT-CC-A-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATC-C-A--GCATattt
gi|56272 : -C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAG--C----T-A--T-GG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GTAT
gi|56273 : -C-T-C--C----A-A-C----AT-CA-G-AAG--C-C--T-A--T-GG-T--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATtt
Alignments
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lowQualScore : . .. .. . .. . .......... . . . .. .... . . .... . . . .. . .. . .. . . .. . .. . .. . . ..
lowQualScore : 5 33 99 6 22 9 6666666666 8 2 2 00 4444 6 2 0000 8 5 8 88 2 88 2 00 2 6 22 6 44 2 44 2 6 11
consensus : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCAT
Reference ( family-335 ) : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCAT
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gi|56213 : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G--AA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-T--ATT-C-A--GCATctt
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gi|56223 : AACAA-CA--T--C-G--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-CT-T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--ctt
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gi|56226 : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C-------A-G-C----AT-CC-G-AAA--T-C--T-A--C-AT-C--T-C--A-G---TT-C-A--GCATagccatttt
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gi|56228 : AACAAACA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-TC---AAA--C-C--T----C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCAT
gi|56229 : AACAA----------A--C-A----------T-C-TTC--C----A-G-C----AT-CCCG-AAAG-C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATctt
gi|56230 : AACAA-CACAT--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-GGC----AT-CC-G-AAA--C-C--TTA--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCAT
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gi|56234 : AACAA-CA--T--C-T--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-A-AAA--T-C--T-A--C-AT-C--T-CA-A-G--AGT-C-A--GCATtt
gi|56235 : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAT--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ctt
gi|56236 : AACAA-CA--T--C-A----A----------T-CTT-C--C----A-G-C----AT-CC---AAA--T-C--T-A--C-A--C--T-C--AGG--ATT-C-A--GCAT
gi|56237 : AACAAGCA--A--T-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CCCA-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-AG-GCATttt
gi|56238 : AACAA-CA--T--C-A--C-AG---------T-C-T-C--C----A---C----AT-CC-G-AAA--T-C--T-AC-C-AT-C--T-C--A-G--A-T-C-A--GCATctt
gi|56239 : AACAA--A--T--A-A--A-A----------TTC-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--A-A--C-AT-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GTATttt
gi|56240 : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT--C-A-AAA--C-C--T-A--CGAA-C--T-C----G--ATT-C-A--GCATct
gi|56241 : AATAG-CA--C--C-A--T-C----------T-C-T-TA-C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--AAT-C-A--GCA
gi|56242 : AACAAACA--T--C-A--A-A----------T-C-T-C-------A-G-C----AT-C----AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-C--GCAT
gi|56243 : AACAA-CAA-T--C-AAGC-A----------T-C-T-C--C----A---C-----T-CC-G-AAAA-C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-T--ATT-C-A--GCATct
gi|56244 : AACAAACA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C-------TC-G-AAT--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-ACGGCATctt
gi|56245 : ACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-AC-C-AG-C--T-C--A-T--ATT-C-A--GCAT
gi|56246 : ACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-CTCC----A-G-C----AT-CA-G-AAA--T-C--T-A--C-AT-C--T-C--A-A--AAT-C-A--GCATctt
gi|56247 : ACAA-CA--T--CCA--C-AA---------T-C-T-C-------A-G-C----AT-CCCG-AAA--T-CCTT-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATttt
gi|56248 : ATAA-CA--T--C-A--C-A----------T-AGT-CA-C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-T--ATT-C-A--GCAT
gi|56249 : CAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-CAGG-A--C-AG-C--T-C--A-G--ACT-C-A--GCAT
gi|56250 : CAA-CA--T--C-AA-C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----ATGCC-G-AAACCC-C--T-A--C-CG-C--T-C--A-T--ATT-CAA--GCATctt
gi|56251 : AA-CA--T----A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--T-C--T-A--C-AT-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATtt
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gi|56254 : AA-CA--T--C-A--C-AGAATGCATCTC-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-T--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATt
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gi|56256 : AA-CA-------A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-CC---ATACC-G-AA---C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATtt
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gi|56259 : A--T--C-A--C-A----------T-C-T-T--CCCACA-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATgctttt
gi|56260 : A--T--C-AA-C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--CAAG-C--T-C--A-G--ATT---A--GCttt
gi|56261 : A--T--C----C-A----------T-C---C--A----A-G-C----AT-CC-G-AAG--C-C--T-A--T-AG-C--T-T--A-G--ATT-C-A--GCATcatt
gi|56262 : --T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAC--G-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCATttt
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gi|56265 : --C-A--A-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCAT
gi|56266 : --C-A--C-A----------TTC-T-C--C----A-G-C----AT-CC-A-AAA--CAT--T-A--C-AG-C--T-C--A----ATT-C-A--GCAT
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gi|56268 : -A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-GAAAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--AT
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gi|56270 : -C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AA---C-C--T-A--T-AG-C--T-C--A-T--ATT-C-A--GCAatttt
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Alignments
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Reference ( family-335 ) : AACAA-CA--T--C-A--C-A----------T-C-T-C--C----A-G-C----AT-CC-G-AAA--C-C--T-A--C-AG-C--T-C--A-G--ATT-C-A--GCAT
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