lowQualScore                  :        0 0  7777777  2222222 77777777777 1 222222 111111 00 222 33333   1111 00   0    0 0 0       0  111  0    11 111   0 0 0   
lowQualScore                  :        . .  .......  ....... ........... . ...... ...... .. ... .....   .... ..   .    . . .       .  ...  .    .. ...   . . .   
lowQualScore                  :        7 7  1111111  0000000 88888888888 1 222222 666666 88 111 11111   2222 88   6    6 6 6       6  555  6    44 888   6 6 6   
consensus                     :  TAGAAT-A-TT---T---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
Reference ( gi|127880 )       :  TAGAAT-A-TT---C---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127881                     :  TAGAATTA-TT---C---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127882                     :  TAGAAT-A-TT---C---CA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127888                     :  TAGAAT-A-TT---C---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGC-TTA-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127887                     :  TAGAAT-A-T----C---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GTG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127886                     :  TAGAAT-A-T----C---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GTG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127885                     :  TAGAAT-A-TT---C---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCA-ATTT-G-A-TACTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAC-C-T-TGT
gi|127883                     :  TAGAAT-A-TT---A---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127884                     :  TAGATT-A-TT---A---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---GAT-C-T-TGT
gi|127889                     :  TAGAAT-A-TT---T---AA-------ATTTTTTTTA--A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127890                     :  TAGAAT-A-TT---T---AA-------ATTTTTTTTTTAA-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127892                     :  TAGAAT-A-TT---C---AA-------A-----------G-T------T------T--T---AA----GCG----A--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-TGTGT
gi|127891                     :  TAGAAT-A-TT---T---AATCTTTTTA-----------A-T------T------T--T---A-----GCA----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TT-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127864                     :  TAGAAT-A-TTTTTC---AA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCA----G--CCG-ATTT-G-A-TTCTTTG-CA---TC-AAAG--T---TAT-C-T-TGT
gi|127866                     : tTAGAAC-A-TT---A---AA-------A-----------T-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AATA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127861                     : tTAAAAA-A-TT--------A-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCA----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127860                     : tTAGAAT-A-TT---T---AA-------A-----------A-A------C------T--T---A-----GTG----G--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127895                     : tTAGAAT-A-TT---A---AA-------A-----------A-T------T------G--T---T-----GTG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAAT-T---TAT-C-T-TGT
gi|127862                     :  TAAAAT-A-CC---T---AA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-AA---TC-AAAG--T---TAT-C-T-TGT
gi|127870                     : tTACAAT-A-TT---T---AA-------A-----------T-T------T------T--TT--A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTCTG-CA---TC-GAAC--T---TGT-C-T-TGT
gi|127865                     : tTATAAT-A-TT---T---AA-------A-----------A-TAAAATCT------T--T---A-----ACG----G--TCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---CC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127875                     : tTAGAAT-A-TT---CCAAAA-------A-----------A-T------T------T--A---AC----GCG----G--CCG-ATTT-A-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---
gi|127871                     : tTAGAAT-A-TT---T---AA-------T-----------T-T------T------T--TT--A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAG--T---TGT-
gi|127899                     : tTAGAAT-AGTT---C---AA-------A-----------A-T------T------T------A-----GCG----G--CTG-ATTT-A-A-TGCTTTG-CA---TA-AACA--T---TAT---T-TGT
gi|127900                     :  TAGAAT-A-TT---C---AA-------A-----------A-T------T-------------A-----GCATGCAG--CTG-ATTT-G-A-TGATTTG-CA---AC-AAAA--T---TGT-C-T-CGT
gi|127874                     :  TAGAAT-A-TT---T---AA-------A-----------A-A------AAAAAAAT--T---A-----ACA----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAT--T---TAT-C-T-T
gi|127897                     : tTAGAAT-A-TT---T---AA-------ATTTTTTTTTAAA-T------T------T--T---A-----GTG----G--CCG-CTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---
gi|127898                     :  TAGAAT-A-TT---TT--AA-------A-----------A-T------T------T--TTTAATTTTTGCG----G--CCG-ATTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAATTT---TAT-CGT-TGT
gi|127878                     :  TAAAAT-G-TT---T---AA---------------------T------T------G--T---A-----GCG----G--CCG-TGTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---AAT-C-T-TGT
gi|127863                     : tTAGAAT-A-CA---T---AA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCG----A--CCGAATTT-G-A--ACTTTT-GA---TC-AAAG--T---TATCC-T-TGT
gi|127879                     : tTAGAAT-A-AT---T---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCA----T--CTG-ATTC-A-G-TGTTTTG-CA---CC-AGAA--T---
gi|127902                     :  tAGAAT-A-CT---C---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127854                     :   AGAAT-A-TT---T---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-T-T-TGT
gi|127901                     : tcAGAAT-A-TT---T---AA-------A-----------C-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127855                     :   AGATT-A-TT---T---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127904                     : tcAGAAT-A-CT---G---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-G-TGTTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127856                     :   AGAAT-A-TT---T---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCA----G--CCG-ACTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127857                     : tcAGAAT-A-TT---T---AA-------A-------------T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127903                     : tcAGAAT-A-CT---T---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATGT-G-A-TGCTTCG-CA---TT-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127858                     :   AGTAT-A-TT---T---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTA-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127867                     : tcAGAAT-A-TT---G---AA-------A-----------AAT------T------T--T---A-----GCG----G--CTG-ATTT-G-AATGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127872                     : tcAGAAT-A-TT---T---TA-------A-----------T-T------T------T--T---A-----GCA----G--CCG-ATTT-G-A-TGTTTTG-TG---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127905                     : tcAGAAT-A-TT---T---TA-------A-----------T-T------T------T--T---TT----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCCTTG-TA---TC-AAAT--T---TAT-C-T-TGT
gi|127906                     :   AGAAT-A-CA---T---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CTG-ATTT-G-A-TGTTTTG-CA---AA-AGAA--TTA-TAT-C-T-TGT
gi|127907                     :   AGAAT-A-CT---T---AG-------A-----------A-A------T------G--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TA-TAAA--T---TAT-
gi|127877                     :   AGAAT-A-TT---T---AA-------A-----------T-T------G------T--T---A-----GCG-------CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---T--AAAC--T---TAA-C-T-TGT
gi|127868                     : tcAGAAT-T-TT---G---AA-------A-----------A-T------T------T------A-----GCG----G--CTG-ATTT-GAA-TGCTTTGCCA---TC-AAAC--T---TAT---T-TGT
gi|127908                     :  tcGAAT-A-TT---T---AA-------A-----------A-T------T------C--T---A-----ACG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127859                     :    GAAT-A-TT---T---AA-------A-----------AAT------T------T--T---A-----GAG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-T
gi|127909                     :  ttcAAT-A-TT---T---GA-------A-----------T-T------T------TATT---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TTCTTTG-TATGTTC-AACA------TAT-C-T-TGT
gi|127910                     :      AT-A-TT---A---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCCTTG-CG---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127914                     :      AT-A-T--------AA-------C-----------A-T------T------T--T---A-----GCA----G--CCG-ATTT-G-G-TGATTTG-GA---TA-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127869                     :      tT-A-TT---C---TA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CTG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-
gi|127911                     :  ttaggT-A-CT---T---AA-------A-----------A-T------T------T------A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-GA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127915                     :       T-A-TT---T---AA-------A-----------A-AA-----T------T--T---A-----GCG----G--CCG-AATT-G-A-TGCTTTA-CAT--TC-AACC--T---TAT-C-T-TG
gi|127916                     :        -A-TT---T---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127918                     :          -TT---C---AA-------A-----------A-G------T------C--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGATTTA-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TAT
gi|127917                     :          -TT---A---AA-------A-----------A-T------T-------------------GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-TA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127919                     :         t-TT---C---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-TA---TC-
gi|127920                     :            T---T---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TG
gi|127922                     :                 ---AA-------A-----------A-T------T-------------A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TG---TG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127873                     :                     A-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----GGCCTG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127923                     :             ttagatttA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--C-G-ATTT-G-A-TGCATTG-CA---TCTAAAA--CACATAT-C-T-TGT
gi|127912                     :                      -------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCATTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127896                     :        tatttaaatttttt-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTCC-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TG
gi|127924                     :            taaagtgttt-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCT-ATTTTG-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127876                     :                      -------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCT-ATTT-G-A-TGC-TTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127894                     :                 ttataattttttt-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127893                     :       tagaatctatttaattttttttt-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127925                     :       tagaatctatttaattttttttt-----------A-T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-C-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127921                     :                                          -T------T------T--T---A-----GCG----G--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AATA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127913                     :                                    ttgatn-T------C------T--T---A-----GCG----G--CCG-ATTT-G-A-TACTTTG-CA---TC-GAAA--T---GAT-C-T-TGT





Alignments
lowQualScore                  :                               11111111111                                                                                     
lowQualScore                  :            22    222  1111111 33333333333 1 222222 333333 00 222 33333    00   0    0 0 0       0  111  0    11 111   0 0 0   
lowQualScore                  :            ..    ...  ....... ........... . ...... ...... .. ... .....    ..   .    . . .       .  ...  .    .. ...   . . .   
lowQualScore                  :            44    666  8888888 33333333333 1 222222 333333 88 111 11111    88   6    6 6 6       6  555  6    33 888   6 6 6   
consensus                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
Reference ( family-322 )      :      TAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127854                     :       AGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-T-T-TGT
gi|127855                     :     tcAGATT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127856                     :     tcAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ACTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127857                     :     tcAGAAT--ATTT---AA-------A-------------T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127858                     :     tcAGTAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTA-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127859                     :      tcGAAT--ATTT---AA-------A-----------AAT------T------T--T---A-----GAGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-T
gi|127860                     :   ttcTAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-A------C------T--T---A-----GTGG--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127861                     :     tTAAAAA--ATT-----A-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127862                     :     tTAAAAT--ACCT---AA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-AA---TC-AAAG--T---TAT-C-T-TGT
gi|127863                     :     tTAGAAT--ACAT---AA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCGA--CCGAATTT-G-A--ACTTTT-GA---TC-AAAG--T---TATCC-T-TGT
gi|127864                     :     tTAGAAT--ATTTTTCAA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TTCTTTG-CA---TC-AAAG--T---TAT-C-T-TGT
gi|127865                     :     tTATAAT--ATTT---AA-------A-----------A-TAAAATCT------T--T---A-----ACGG--TCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---CC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127866                     :     tTAGAAC--ATTA---AA-------A-----------T-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AATA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127867                     :      tAGAAT--ATTG---AA-------A-----------AAT------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-G-AATGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127868                     :     tcAGAAT---TTT---GA-------A-----------A-A------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-GAA-TGCTTTGCCA---TC-AAAC--T---TAT---T-TGT
gi|127869                     :         tcT--ATTC---TA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-
gi|127870                     : ttaggTACAAT--ATTT---AA-------A-----------T-T------T------T--TT--A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTCTG-CA---TC-GAAC--T---TGT-C-T-TGT
gi|127871                     :     tTAGAAT--ATTT---AA-------T-----------T-T------T------T--TT--A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAG--T---TGT-
gi|127872                     :      tAGAAT--ATTT---TA-------A-----------T-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TGTTTTG-TG---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127873                     :          tc--ATTT---AA-------A-------------T------T------T--T---A-----GCGGGCCTG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127874                     :  ttagTAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-A------AAAAAAAT--T---A-----ACAG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAT--T---TAT-C-T-T
gi|127875                     :     tTAGAAT--ATTCCAAAA-------A-----------A-T------T------T--A---AC----GCGG--CCG-ATTT-A-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---
gi|127876                     :     tTATAAT--TTTT---TT-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCT-ATTT-G-A-TGC-TTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127877                     :      tAGAAT--ATTT---AA-------A-----------T-T------G------T--T---A-----GCG---CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---T--AAAC--T---TAA-C-T-TGT
gi|127878                     :    tcTAAAAT--GTTT---AA---------------------T------T------G--T---A-----GCGG--CCG-TGTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---AAT-C-T-TGT
gi|127879                     :     tTAGAAT--AATT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCAT--CTG-ATTC-A-G-TGTTTTG-CA---CC-AGAA--T---
gi|127880                     :     tTAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127881                     :      TAGAATT-ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127882                     :      TAGAAT--ATTC---CA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127883                     :      TAGAAT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127884                     :      TAGATT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---GAT-C-T-TGT
gi|127885                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCA-ATTT-G-A-TACTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAC-C-T-TGT
gi|127886                     :      TAGAAT--ATC----AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GTGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127887                     :      TAGAAT--ATC----AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GTGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127888                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGC-TTA-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127889                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------ATTTTTTTTA--A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127890                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------ATTTTTTTTTTAA-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127891                     :      TAGAAT--ATTT---AATCTTTTTA-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TT-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127892                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------G-T------T------T--T---AA----GCGA--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-TGTGT
gi|127893                     :      TAGAATCTATTT---AA-------TTTTTTTTT---A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127894                     :      TAGAATCTATTT---AA-------TTTTTTTTT---A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127895                     :      TAGAAT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------G--T---T-----GTGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAAT-T---TAT-C-T-TGT
gi|127896                     :      TAAAGT--GTTT---AA---------------------T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTCC-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TG
gi|127897                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------ATTTTTTTTTAAA-T------T------T--T---A-----GTGG--CCG-CTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---
gi|127898                     :      TAGAAT--ATTTT--AA-------A-----------A-T------T------T--TTTAATTTTTGCGG--CCG-ATTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAATTT---TAT-CGT-TGT
gi|127899                     :      TAGAAT--AGTT---CA-------A-----------A-A------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-A-A-TGCTTTG-CA---TA-AACA--T---TAT---T-TGT
gi|127900                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------TAGCA--T------------GCAG--CTG-ATTT-G-A-TGATTTG-CA---AC-AAAA--T---TGT-C-T-CGT
gi|127901                     :       AGAAT--ATTT---AA-------A-----------C-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127902                     :       AGAAT--ACTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127903                     :       AGAAT--ACTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATGT-G-A-TGCTTCG-CA---TT-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127904                     :       AGAAT--ACTG---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-G-TGTTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127905                     :       AGAAT--ATTT---TA-------A-----------T-T------T------T--T---TT----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCCTTG-TA---TC-AAAT--T---TAT-C-T-TGT
gi|127906                     :       AGAAT--ACAT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-G-A-TGTTTTG-CA---AA-AGAA--TTA-TAT-C-T-TGT
gi|127907                     :       AGAAT--ACTT---AG-------A-----------A-A------T------G--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TA-TAAA--T---TAT-
gi|127908                     :        GAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------C--T---A-----ACGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127909                     :         AAT--ATTT---GA-------A-----------T-T------T------TATT---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TTCTTTG-TATGTTC-AACA------TAT-C-T-TGT
gi|127910                     :          AT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCCTTG-CG---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127911                     :           T--ACTT---AA-------A-----------A-T------T------T------A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-GA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127912                     :           T--ATTT---AA-------ATTTTTTA----A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCATTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127913                     :           T--ATTT---A----------------------T------TC-----T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TACTTTG-CA---TC-GAAA--T---GAT-C-T-TGT
gi|127914                     :           T--ATAT---AA-------C-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-G-TGATTTG-GA---TA-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127915                     :           T--ATTT---AA-------A-----------A-AA-----T------T--T---A-----GCGG--CCG-AATT-G-A-TGCTTTA-CAT--TC-AACC--T---TAT-C-T-TG
gi|127916                     :            --ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127917                     :               TTT---AA-------A-----------A-A------T------T------------GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-TA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127918                     :               TTC---AA-------A-----------A-G------T------C--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGATTTA-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TAT
gi|127919                     :               TTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-TA---TC-
gi|127920                     :                TT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TG
gi|127921                     :                TT---GA-------T-----------N-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AATA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127922                     :                  ---AA-------A-----------A-T------T-------------A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TG---TG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127923                     :                      A-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--C-G-ATTT-G-A-TGCATTG-CA---TCTAAAA--CACATAT-C-T-TGT
gi|127924                     :                       -------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCT-ATTTTG-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127925                     :                               -----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-C-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT





Alignments
lowQualScore                  :                               11111111111                                                                                     
lowQualScore                  :            22    222  1111111 33333333333 1 222222 333333 00 222 33333    00   0    0 0 0       0  111  0    11 111   0 0 0   
lowQualScore                  :            ..    ...  ....... ........... . ...... ...... .. ... .....    ..   .    . . .       .  ...  .    .. ...   . . .   
lowQualScore                  :            44    666  8888888 33333333333 1 222222 333333 88 111 11111    88   6    6 6 6       6  555  6    33 888   6 6 6   
consensus                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
Reference ( family-322 )      :      TAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127854                     :       AGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-T-T-TGT
gi|127855                     :     tcAGATT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127856                     :     tcAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ACTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127857                     :     tcAGAAT--ATTT---AA-------A-------------T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127858                     :     tcAGTAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTA-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127859                     :      tcGAAT--ATTT---AA-------A-----------AAT------T------T--T---A-----GAGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-T
gi|127860                     :   ttcTAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-A------C------T--T---A-----GTGG--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127861                     :     tTAAAAA--ATT-----A-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127862                     :     tTAAAAT--ACCT---AA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-AA---TC-AAAG--T---TAT-C-T-TGT
gi|127863                     :     tTAGAAT--ACAT---AA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCGA--CCGAATTT-G-A--ACTTTT-GA---TC-AAAG--T---TATCC-T-TGT
gi|127864                     :     tTAGAAT--ATTTTTCAA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TTCTTTG-CA---TC-AAAG--T---TAT-C-T-TGT
gi|127865                     :     tTATAAT--ATTT---AA-------A-----------A-TAAAATCT------T--T---A-----ACGG--TCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---CC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127866                     :     tTAGAAC--ATTA---AA-------A-----------T-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AATA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127867                     :      tAGAAT--ATTG---AA-------A-----------AAT------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-G-AATGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127868                     :     tcAGAAT---TTT---GA-------A-----------A-A------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-GAA-TGCTTTGCCA---TC-AAAC--T---TAT---T-TGT
gi|127869                     :         tcT--ATTC---TA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-
gi|127870                     : ttaggTACAAT--ATTT---AA-------A-----------T-T------T------T--TT--A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTCTG-CA---TC-GAAC--T---TGT-C-T-TGT
gi|127871                     :     tTAGAAT--ATTT---AA-------T-----------T-T------T------T--TT--A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAG--T---TGT-
gi|127872                     :      tAGAAT--ATTT---TA-------A-----------T-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TGTTTTG-TG---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127873                     :          tc--ATTT---AA-------A-------------T------T------T--T---A-----GCGGGCCTG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127874                     :  ttagTAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-A------AAAAAAAT--T---A-----ACAG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAT--T---TAT-C-T-T
gi|127875                     :     tTAGAAT--ATTCCAAAA-------A-----------A-T------T------T--A---AC----GCGG--CCG-ATTT-A-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---
gi|127876                     :     tTATAAT--TTTT---TT-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCT-ATTT-G-A-TGC-TTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127877                     :      tAGAAT--ATTT---AA-------A-----------T-T------G------T--T---A-----GCG---CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---T--AAAC--T---TAA-C-T-TGT
gi|127878                     :    tcTAAAAT--GTTT---AA---------------------T------T------G--T---A-----GCGG--CCG-TGTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---AAT-C-T-TGT
gi|127879                     :     tTAGAAT--AATT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCAT--CTG-ATTC-A-G-TGTTTTG-CA---CC-AGAA--T---
gi|127880                     :     tTAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127881                     :      TAGAATT-ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127882                     :      TAGAAT--ATTC---CA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127883                     :      TAGAAT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127884                     :      TAGATT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---GAT-C-T-TGT
gi|127885                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCA-ATTT-G-A-TACTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAC-C-T-TGT
gi|127886                     :      TAGAAT--ATC----AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GTGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127887                     :      TAGAAT--ATC----AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GTGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127888                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGC-TTA-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127889                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------ATTTTTTTTA--A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127890                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------ATTTTTTTTTTAA-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127891                     :      TAGAAT--ATTT---AATCTTTTTA-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TT-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127892                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------G-T------T------T--T---AA----GCGA--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-TGTGT
gi|127893                     :      TAGAATCTATTT---AA-------TTTTTTTTT---A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127894                     :      TAGAATCTATTT---AA-------TTTTTTTTT---A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127895                     :      TAGAAT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------G--T---T-----GTGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAAT-T---TAT-C-T-TGT
gi|127896                     :      TAAAGT--GTTT---AA---------------------T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTCC-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TG
gi|127897                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------ATTTTTTTTTAAA-T------T------T--T---A-----GTGG--CCG-CTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---
gi|127898                     :      TAGAAT--ATTTT--AA-------A-----------A-T------T------T--TTTAATTTTTGCGG--CCG-ATTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAATTT---TAT-CGT-TGT
gi|127899                     :      TAGAAT--AGTT---CA-------A-----------A-A------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-A-A-TGCTTTG-CA---TA-AACA--T---TAT---T-TGT
gi|127900                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------TAGCA--T------------GCAG--CTG-ATTT-G-A-TGATTTG-CA---AC-AAAA--T---TGT-C-T-CGT
gi|127901                     :       AGAAT--ATTT---AA-------A-----------C-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127902                     :       AGAAT--ACTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127903                     :       AGAAT--ACTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATGT-G-A-TGCTTCG-CA---TT-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127904                     :       AGAAT--ACTG---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-G-TGTTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127905                     :       AGAAT--ATTT---TA-------A-----------T-T------T------T--T---TT----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCCTTG-TA---TC-AAAT--T---TAT-C-T-TGT
gi|127906                     :       AGAAT--ACAT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-G-A-TGTTTTG-CA---AA-AGAA--TTA-TAT-C-T-TGT
gi|127907                     :       AGAAT--ACTT---AG-------A-----------A-A------T------G--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TA-TAAA--T---TAT-
gi|127908                     :        GAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------C--T---A-----ACGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127909                     :         AAT--ATTT---GA-------A-----------T-T------T------TATT---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TTCTTTG-TATGTTC-AACA------TAT-C-T-TGT
gi|127910                     :          AT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCCTTG-CG---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127911                     :           T--ACTT---AA-------A-----------A-T------T------T------A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-GA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127912                     :           T--ATTT---AA-------ATTTTTTA----A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCATTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127913                     :           T--ATTT---A----------------------T------TC-----T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TACTTTG-CA---TC-GAAA--T---GAT-C-T-TGT
gi|127914                     :           T--ATAT---AA-------C-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-G-TGATTTG-GA---TA-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127915                     :           T--ATTT---AA-------A-----------A-AA-----T------T--T---A-----GCGG--CCG-AATT-G-A-TGCTTTA-CAT--TC-AACC--T---TAT-C-T-TG
gi|127916                     :            --ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127917                     :               TTT---AA-------A-----------A-A------T------T------------GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-TA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127918                     :               TTC---AA-------A-----------A-G------T------C--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGATTTA-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TAT
gi|127919                     :               TTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-TA---TC-
gi|127920                     :                TT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TG
gi|127921                     :                TT---GA-------T-----------N-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AATA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127922                     :                  ---AA-------A-----------A-T------T-------------A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TG---TG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127923                     :                      A-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--C-G-ATTT-G-A-TGCATTG-CA---TCTAAAA--CACATAT-C-T-TGT
gi|127924                     :                       -------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCT-ATTTTG-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127925                     :                               -----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-C-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT


blockSeqs                     :            CT    TTC  TCTTTTT TTTTTTTTTTA A AAAATC AAAAAA    TTA TTTTT                             TGT       TT ACA
blockSeqs                     :            CT    CAA  .       TTTTTTTTTAA A A      AGCA      T   C                                 T         T  TA 
blockSeqs                     :            T     T    .       TTTTTTTTA   . .      C         T   A                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       TTTTTTTT    . .      .         .   T                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       TTTTTTTT    . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       TTTTTTA     . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :            .     .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :                  .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :                  .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :                  .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :                  .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :                  .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :                  .    .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :                       .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :                       .       .           . .      .         .   .                                 .         .  .  
blockSeqs                     :                               .           . .      .         .   .                                 .               


blockSeqCons                  :      
originalCons                  :      TAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
finalCons                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT





Alignments
lowQualScore                  :                               11111111111                                                                                     
lowQualScore                  :            22    222  1111111 33333333333 1 222222 333333 00 222 33333    00   0    0 0 0       0  111  0    11 111   0 0 0   
lowQualScore                  :            ..    ...  ....... ........... . ...... ...... .. ... .....    ..   .    . . .       .  ...  .    .. ...   . . .   
lowQualScore                  :            44    666  8888888 33333333333 1 222222 333333 88 111 11111    88   6    6 6 6       6  555  6    33 888   6 6 6   
consensus                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
Reference ( family-322 )      :      TAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127854                     :       AGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-T-T-TGT
gi|127855                     :     tcAGATT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127856                     :     tcAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ACTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127857                     :     tcAGAAT--ATTT---AA-------A-------------T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127858                     :     tcAGTAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTA-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127859                     :      tcGAAT--ATTT---AA-------A-----------AAT------T------T--T---A-----GAGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-T
gi|127860                     :   ttcTAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-A------C------T--T---A-----GTGG--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127861                     :     tTAAAAA--ATT-----A-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127862                     :     tTAAAAT--ACCT---AA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-AA---TC-AAAG--T---TAT-C-T-TGT
gi|127863                     :     tTAGAAT--ACAT---AA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCGA--CCGAATTT-G-A--ACTTTT-GA---TC-AAAG--T---TATCC-T-TGT
gi|127864                     :     tTAGAAT--ATTTTTCAA-------A-----------G-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TTCTTTG-CA---TC-AAAG--T---TAT-C-T-TGT
gi|127865                     :     tTATAAT--ATTT---AA-------A-----------A-TAAAATCT------T--T---A-----ACGG--TCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---CC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127866                     :     tTAGAAC--ATTA---AA-------A-----------T-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AATA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127867                     :      tAGAAT--ATTG---AA-------A-----------AAT------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-G-AATGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127868                     :     tcAGAAT---TTT---GA-------A-----------A-A------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-GAA-TGCTTTGCCA---TC-AAAC--T---TAT---T-TGT
gi|127869                     :         tcT--ATTC---TA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-
gi|127870                     : ttaggTACAAT--ATTT---AA-------A-----------T-T------T------T--TT--A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTCTG-CA---TC-GAAC--T---TGT-C-T-TGT
gi|127871                     :     tTAGAAT--ATTT---AA-------T-----------T-T------T------T--TT--A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAG--T---TGT-
gi|127872                     :      tAGAAT--ATTT---TA-------A-----------T-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TGTTTTG-TG---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127873                     :          tc--ATTT---AA-------A-------------T------T------T--T---A-----GCGGGCCTG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127874                     :  ttagTAGAAT--ATTT---AA-------A-----------A-A------AAAAAAAT--T---A-----ACAG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAT--T---TAT-C-T-T
gi|127875                     :     tTAGAAT--ATTCCAAAA-------A-----------A-T------T------T--A---AC----GCGG--CCG-ATTT-A-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---
gi|127876                     :     tTATAAT--TTTT---TT-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCT-ATTT-G-A-TGC-TTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127877                     :      tAGAAT--ATTT---AA-------A-----------T-T------G------T--T---A-----GCG---CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---T--AAAC--T---TAA-C-T-TGT
gi|127878                     :    tcTAAAAT--GTTT---AA---------------------T------T------G--T---A-----GCGG--CCG-TGTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---AAT-C-T-TGT
gi|127879                     :     tTAGAAT--AATT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCAT--CTG-ATTC-A-G-TGTTTTG-CA---CC-AGAA--T---
gi|127880                     :     tTAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127881                     :      TAGAATT-ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127882                     :      TAGAAT--ATTC---CA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127883                     :      TAGAAT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127884                     :      TAGATT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---GAT-C-T-TGT
gi|127885                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCA-ATTT-G-A-TACTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAC-C-T-TGT
gi|127886                     :      TAGAAT--ATC----AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GTGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127887                     :      TAGAAT--ATC----AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GTGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127888                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGC-TTA-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127889                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------ATTTTTTTTA--A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127890                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------ATTTTTTTTTTAA-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127891                     :      TAGAAT--ATTT---AATCTTTTTA-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TT-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127892                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------G-T------T------T--T---AA----GCGA--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-TGTGT
gi|127893                     :      TAGAATCTATTT---AA-------TTTTTTTTT---A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127894                     :      TAGAATCTATTT---AA-------TTTTTTTTT---A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127895                     :      TAGAAT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------G--T---T-----GTGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAAT-T---TAT-C-T-TGT
gi|127896                     :      TAAAGT--GTTT---AA---------------------T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTCC-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TG
gi|127897                     :      TAGAAT--ATTT---AA-------ATTTTTTTTTAAA-T------T------T--T---A-----GTGG--CCG-CTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---
gi|127898                     :      TAGAAT--ATTTT--AA-------A-----------A-T------T------T--TTTAATTTTTGCGG--CCG-ATTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAATTT---TAT-CGT-TGT
gi|127899                     :      TAGAAT--AGTT---CA-------A-----------A-A------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-A-A-TGCTTTG-CA---TA-AACA--T---TAT---T-TGT
gi|127900                     :      TAGAAT--ATTC---AA-------A-----------A-T------TAGCA--T------------GCAG--CTG-ATTT-G-A-TGATTTG-CA---AC-AAAA--T---TGT-C-T-CGT
gi|127901                     :       AGAAT--ATTT---AA-------A-----------C-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127902                     :       AGAAT--ACTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-AGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127903                     :       AGAAT--ACTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATGT-G-A-TGCTTCG-CA---TT-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127904                     :       AGAAT--ACTG---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-G-TGTTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127905                     :       AGAAT--ATTT---TA-------A-----------T-T------T------T--T---TT----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCCTTG-TA---TC-AAAT--T---TAT-C-T-TGT
gi|127906                     :       AGAAT--ACAT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CTG-ATTT-G-A-TGTTTTG-CA---AA-AGAA--TTA-TAT-C-T-TGT
gi|127907                     :       AGAAT--ACTT---AG-------A-----------A-A------T------G--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TA-TAAA--T---TAT-
gi|127908                     :        GAAT--ATTT---AA-------A-----------A-T------T------C--T---A-----ACGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127909                     :         AAT--ATTT---GA-------A-----------T-T------T------TATT---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TTCTTTG-TATGTTC-AACA------TAT-C-T-TGT
gi|127910                     :          AT--ATTA---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCCTTG-CG---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127911                     :           T--ACTT---AA-------A-----------A-T------T------T------A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-GA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127912                     :           T--ATTT---AA-------ATTTTTTA----A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCATTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127913                     :           T--ATTT---A----------------------T------TC-----T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TACTTTG-CA---TC-GAAA--T---GAT-C-T-TGT
gi|127914                     :           T--ATAT---AA-------C-----------A-T------T------T--T---A-----GCAG--CCG-ATTT-G-G-TGATTTG-GA---TA-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127915                     :           T--ATTT---AA-------A-----------A-AA-----T------T--T---A-----GCGG--CCG-AATT-G-A-TGCTTTA-CAT--TC-AACC--T---TAT-C-T-TG
gi|127916                     :            --ATTT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAC--T---TAT-C-T-TGT
gi|127917                     :               TTT---AA-------A-----------A-A------T------T------------GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-TA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127918                     :               TTC---AA-------A-----------A-G------T------C--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGATTTA-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TAT
gi|127919                     :               TTC---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCA-ATTT-G-A-TGCTTTG-TA---TC-
gi|127920                     :                TT---AA-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TG
gi|127921                     :                TT---GA-------T-----------N-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-GTTT-G-A-TGCTTTG-CA---TC-AATA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127922                     :                  ---AA-------A-----------A-T------T-------------A-----GCGG--CCG-ATTT-G-A-TG---TG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT
gi|127923                     :                      A-------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--C-G-ATTT-G-A-TGCATTG-CA---TCTAAAA--CACATAT-C-T-TGT
gi|127924                     :                       -------A-----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCT-ATTTTG-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA------TAT-C-T-TGT
gi|127925                     :                               -----------A-T------T------T--T---A-----GCGG--CCG-ATTT-C-A-TGCTTTG-CA---TC-AAAA--T---TAT-C-T-TGT