lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                11111                                   11111111                                                 111111111111111111111111111111                         6666666666666666666666666666666                         000000000000000000000000000000                   222222         111111111111                                1111111  11    11111     111     222222  1                  11          11               1            
lowQualScore                  :          0  0  0   0 00 0  11  33333   0   222  00 1111   00  11 11 11 33333333 0 1 1 1   0  1111     33333 1111 22  1  1 2222  777777777777777777777777777777  22222222    111   11   0000000000000000000000000000000       3333  11  5555 2  444444444444444444444444444444   1       11      222222  6666   000000000000    4444444 888   3 888888      2222222  00    33333     000     888888  0     3            33 1        33               0            
lowQualScore                  :          .  .  .   . .. .  ..  .....   .   ...  .. ....   ..  .. .. .. ........ . . . .   .  ....     ..... .... ..  .  . ....  ..............................  ........    ...   ..   ...............................       ....  ..  .... .  ..............................   .       ..      ......  ....   ............    ....... ...   . ......      .......  ..    .....     ...     ......  .     .            .. .        ..               .            
lowQualScore                  :          7  6  6   6 88 6  44  99999   5   000  77 1111   77  33 33 33 66666666 5 1 1 1   5  1111     22222 2222 33  2  2 7777  000000000000000000000000000000  66666666    333   11   5555555555555555555555555555555       3333  55  4444 3  444444444444444444444444444444   4       99      999999  0000   999999999999    8888888 666   1 777777      6666666  66    99999     000     888888  0     2            88 2        88               0            
consensus                     : TGCGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----T-CC--------ACAA---ACA--AATAGA-T-----AA-----AG-T-AAT-AA---AAATAAA----CG--CC---NCCGA------T--T-T--AT--A-----C----TTTA-TAACCTC--CTTGGC----GGAG--G-TAA-----TT-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GAC--CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGGCCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
Reference ( gi|133533 )       : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---C-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-A------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----AC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----C-CC--------ACAA---ACA--AATAGA-T-----AA-----AG-T-AATGAA-A-AAATAAA----CG--CC---TCTGAC-----T--T-T--ATT-A-T-TTC----TTTA-TAACCTC--CTTGGC----TCAG--A-TAA-----TT-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GAT--CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133535                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---C-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-A------T-T-T-T-GCA-TG----AAGT-----AC----T--AAACA-G----AC-----A------------A----A----C-CC--------ACAA---ACA--A-TAGA-T-----AA-----AG-T-AATGAA-A-AAATAAA----CG--CC---TCTGAC-----T--T-T--AT--A-T-TTC----TTTA-TAACCTC--CTTGGC----TCAG--A-TAA-----TT-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GAT--CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133534                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---C-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-A------T-T-T-T-GCA-TG----AAGT-----AC----T--AAACA-G----AC-----A------------A----A----C-CC--------ACAA---ACA--A-TAGA-T-----AA-----AG-T-AATGAA-A-AAATAAA----CG--CC---TCTGAC-----T--T-T--AT--A-T-TTC----TTTA-TAACCTC--CTTGGC----TCAG--A-TAA-----TT-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GAT--CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133536                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---C-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-A------T-T-T-T-GCA-TG----AAATT----AC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----C-CC--------ACAA---------ATAGA-T-----AA-----AG-T-AATGAA-T-AAATAAA----CG--CC---TCTGAC-----T--T-T--ATT-A-T-TTC----TTTA-TAACCTC--CTTGGC----TCAG--G-TAA-----TT-A---CAGA---C---TT--TAA-TACA---TTTTAT--GAT--CTC-TTTGT----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GCAGGGCCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133537                     : TGCATTGAT-GT-AT-CAA-T--T-TT--CC---A-AGC-TAT---CT--G----ACT--GT--T--A--G-T------T-T-T-T-GTG-TG----AGGTT----AC----
gi|133538                     :    GTTATTTGT-AT-CAA-T--T-T---CA---A-AGT-GAT---CT--G----ATG--AC--T--A--G-A------T-T-T-G-GCA-GA----AAGTT----GC----TA-AA-CA-G----AC-----A------------C----A----T-CC--------ACAA---a
gi|133539                     :       ACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AAC-GAT---------------------T--A--G--------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----ACGAAT-A------------A----A----T-CC--------ACAA---ATA--AATACA-T-----GA-----AGATAAATAAA-T-AAACAAA----CG--CC---TCCGAT-----T--T-T--ATA-ACT-TTC----TT
gi|133540                     :        CT-GT-AC-CAA-T--T-AT--CA---A-AGC-GAT---CA--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GG----T--AA-CA-G----GC-----AAATC--------A----A----T-CC--------ACAA---ACA--A------------GA-----AG-T-AAAGAA-ATATATAAA----AG--TC---TCTGA------------------------T----TTTA-TAACCTC--CTTAGC----ggc
gi|133541                     :        CT-GT-AC-CAA-T--T-AT--CA---A-AGC-GAT---CA--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GG----T--AA-CA-G----GC-----AAATC--------A----A----T-CC--------ACAA---ACA--GA-AG--T-----AA-----AG-A-AAT----A-TATTAAA----AG--TC---TCTGA------T--T-T--ATA-A-C-TCC----TT
gi|133542                     :        CT-GT-AC--AA-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---AT--G----ACC--AT--T--A--A-ATTTACTT-T-T-T-GCA-TT----AAGTT----GC----A--AA-CA-GAAAAAT-----A------------A----A----T-CC--------ACAA---ACA--AATAAA-T-----AAACAAGAG-C-AATAAA-A-GAat
gi|133545                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-AAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-A------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GG----T--AT-AA-G----AC-----A------------A----A----T-CC--------ACAA---ATA--AATAAA-T------------AG-T-AAT------AAATAAA----CA--TC---ACCGAT-----T--T-T--A----------------TA-TAACCT----TTGGC----GAAG--G-TAA------T-G---CAGG---T---
gi|133548                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGT-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G--------T-T-T-T-GTA-TG----AAGTT----GC----T--CA-CA-G----ACAAATTA------------A----A----T-TC--------ACAA---ACA--AATAGA-T--------------------------AAGTAAA----TG--CC---TCCGA------------------------T----TTTA-TAACCTC--CTTGGC----AGAG--G-TAA-----TA-A---CA
gi|133546                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-AAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-C------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----T-CC--------ACAA---ATA--AATA-------------------------------AATAAA----CA--CC---GCCGA------T--T-T--A-----------------A-TAACCTC--CCTGGC----AAAG--G-TAA-----AT-A---C
gi|133550                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAGATCGAGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-C------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-T----AC-----A------------A----A----C-CC--------ACAA---ATA--ATT--A-T-----AA-----AA-T----------AAATAAA----CG--TC---GCCGAT-----T--T-T--AT
gi|133549                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-CT--CA---A-AGT-GAT---CC--G----ATC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TA----AAGTT----GC----C--GA-CA-G----AC-----A------------A----A----T-CC--------ACAA---ATA--AATAAA-TTTACGGA-----TG-T-AAT------AAATAAA----CG--CC---GCCGA-----------T--G---------------TTA-TAACCTC--CTTGAC----a
gi|133555                     :         T-GT-AC-CAA-A--T-TT--CA---A-AGC-GAA---CT--A----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----ACGTT----GT----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----T-ACATCGATAAATAA---ATG--AATAGA-T-----AA-----AT-G-AATAAA-C-AAATAAA----CA--CC---TCCGA------------------------T----TTTA-TAACCTT--CTTGGC----GAGG--G-TAA-----T
gi|133558                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-AAT---CT--G----ACC--AT--TT-A--G-T------T-T-T-T-GCA-TA----AAGTT----GC----T--AA-TA-G----AC-----A------------A----C----T-AC--------ACAA---ACA--AATAAT-T-----A---------T-AAT--A-A-GAATAAA----CG--CC---GCCGAC-----------------------------TGA-TAACCTC--CATAGC----GGAG--G-TA---------A---CATA---T---GCGATAG-TACA---TCT
gi|133552                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---T-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----AG----T--AA-CA-A----------------------------------------------ACAA---ATA--AATTCA-C-----TA-----AG-T-AAT------AAATAGA----AG--TC---ACTGG------------------------T----TTTA-TAACCTC--CTTGGT----GGAG--G-TAA-----T------CAGG---T---T
gi|133556                     :         T-GT-AC-CAA-T--A-TT--CA---T-AGC-TATT--CT--G----ACC--AT--T--A--T-AGT----T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----T-CC--------AC-----------------------AA-----AG-T-ATTAAA-A-AA--AAA----CG--CC---AACGA------------------------C----TTTA-TAACCTC--CTTGG
gi|133559                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGT-GAT---CT--G----ACC--AA--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GT----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----AGTAGT-CT--------ACAA---ATA--AAT-------------------------------AAATAAA----CG--CC---GCCGA------------------------T----TTTA-CAATCTC--CTTGGC----GGAG--G-TAA--------A---CAAG---T---TT--T
gi|133557                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---T-AGC-TAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----TTAAA-CA-G----AC-----A------------A----A----C-AA--------ATCG---ACA--AATACA-T-------------G-T-A---AA-T-ATATATA----CA--CC---TC-AA--------------ATT-A------------TA-TAACCTT--CTTGGTGGAAGCA---A-TAAAAATTTT-A---CAAA---T---T---TAA-TGCA---TT
gi|133564                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-AAT---CT--A----ACC--AT--T--A--G-C------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GT----T--AA-CA-G----AC-----T------------T----G----C-CC--------ATTA---ACA--AATAAAGT-----AA-----A--T-ACT-AT-T-AGATGAA----TG--CT---GCCAAT-----T--TGT--A-----------------A-TAACCTC--CTTGGT----GGAG--G-TAA-----TT-A---
gi|133562                     :         T-GT-AC-TAA-A--T-GT--CA---A-AGC-GAT---AT--C----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GTA-TG----AAGAT----GC----T--CA-CA-G----AC-----A------------A----A----T-CC--------ACAA---ATA--AATA-------------------------AA-A-TAATAAA----CG--CC---ACCGA---------T-T--ATT-----------------TAACCTT--CTTGGC----TGAG--A-AAA-----GT-A----AGC---T---TT--CAG-TA
gi|133563                     :         T-AT-AC-CAG-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------AAGTTA----A-CC--------ACAA---A
gi|133565                     :         T-GT-AC-CAG-T--T-TT--TA---A-AGC-GAC---AC--G----ACC--AT--C--G--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T-----CA--------------------------------------CC--------ACAA---ACA--AATACA-T-----AA-----A--T-AA--AT-A-AAATAAC----CT--CC---CTTGACGGAGGTAAT-G--AAC-A-C-TTCCGATTTTA-TAACCTC--CTTGCC----TGGG--G-TAA-----TT-AAG-CTGA---T---CT--TAA-T------TTTT
gi|133566                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-G-T-GCA-AG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----
gi|133553                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---AT--A----ACC--AT--T--A--T--------T-T-T-T-GCA-TA----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----AAATG--------A----A----T-CC--------ACAA---ACA--Ataaaaaa
gi|133568                     :         T-GC-AC-CGA-T--T-TTTTCA---A-AGC-GAT---CT--G----GCC--AT--G--A--G-T------C-T-T-T-GCA-TG----AAGAA----GT----T--AA-CG-G----AC-----A------------A----ATAACT-CC--------ACAA---ACA--AAC--------------------------AA-A-AAATAAA----CG--CC---TCCGAT-----T--T-T--ATA-A-A-CTC----TTT
gi|133573                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ACA--GT--T--A--G-T------T-T-C-T-GTA-TG----AAGTT----GC----T--AA-TA-G----ACAAAT-A------------A----A----T-CC--------ACAA---ACAGTAATGAA-T-----AA-----Aggcgtgggtaat
gi|133561                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---C-GGC-AAT---TT--G----ACC--AT--C--A--A-T------T-T-T-T-GAA-TG----AAGTA----GT----T--CA-CA-G----ACAAAT-A------------A----A----T-CC--------ACAA---ATA--AGT-------------------------------AAATAAA----TG--CC---TCCAAT-----T--T-T--A---A----------------AACCTC--CTTGGC----AGAG--G-TAA-----Tcaa
gi|133567                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--TA---A-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--AT-T-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----
gi|133576                     :         T-GC-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-TAT---AT--G----ACC--AT--T--A--G-T------G-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----AAATGAAATATTTA----A----C-CC--------ACAA---ATA--AATAAA-------AA-----A
gi|133570                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-CT--CA---A-AGC-GAT---AT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCT-TG----AAACT----GCTTTAT--AA-CA-G----AC-----A------------A----A------CC--------ACAA---ATA--AATA
gi|133569                     :         T-GT-AC-TGA-T--T-TC--CA---A-ACT-GAC---CC--G----ACC--AT--T--A--G-A------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G-----T-----A----------------------------------ACAG---AC-----------------------------ATG------AATAAA----CG--CC---TCCGA------------------------T----TTTA-TAACTTC--CTTGGC----GGAG--G-TAG-----T
gi|133580                     :         T-GT-AC-CAA-A--T-TT--CA---A-AGC-GAT---TT--A----ATC--AT--T--A--A-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--GG-CA-G----AC-----A------------A----A----T-TA--------ATTT---ACA--AATAGA-T-----AA-----A
gi|133571                     :         T-GT-AC-TAA-T--T-AT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ATC--GT--T--A--G-A------T-T-T-T-GCA-TA----GAGTT----GC----T--AA-CA-A----AC-----A------------A----A----
gi|133578                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-GC--CA---A-AAG-GAT---CA--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GTA-TG----AAGTT----AC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----G-TC-----------A---AC-----CAGA-A-----AA-----AA-A-ACTAAA-T-AAATAAA----AG--TC---GCCGAC-----A--T-G--ATA-A-TATTC----TT
gi|133554                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-CT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----GTC--CT--T--C--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-A----AC-----A------------A----A----
gi|133572                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-CT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----TTC--AT--T--A--G-A------T-T-T-T-GCA-TG----GAGTT----GC----T--AA-CA-A----A
gi|133560                     :         T-GT-AC-CAA-G--T-T---CA---A-AGT-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCG-TG----AACTT----GC----C--AA-TA-G----ACATAT-A------------A----A----T-CC--------ACAA---ATA--AAT
gi|133581                     :         T-GT-AC-TAA-T--T-TT--CA---A-AGC-AATT--CT--G----ACC--AT--T--C--A-A------TAT-T-T-GCA-TGTTTGAAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----------------AGAA---ATA--AAT--------------------------------AATAAA----CGCCCC---TCCGAT-----T--T-T--AT
gi|133579                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA------GT-CAT---TT--G----ACT--AT--T--A--G-A------T-T-T-T-CCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-A----AC-----A------------A----a
gi|133582                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---AT--G----ACTAAATAAT--A--A-T------T-T-T-T-GCA-TG----TAGTT----GC----T--AA-CG-G----ACAAA--A------------A----A----T-CT--------ACAA---AGT--AATAAA-T-----AAACAAGAG-C-AATCAA-A-GATTACA----GA--CC---TCCG
gi|133547                     :         T-GT-GC-TAA-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----ATGTT----AC----
gi|133577                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGT-GAT---CT--G----ACC--AT--T--T--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAATT----AC----a
gi|133574                     :         T-GT-ACGCGAGT--T-TT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ATC--AT--T--G--GTA------T-T-T-T--CA-TG----AAGTT----GC----C--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----a
gi|133585                     :         T-AT-AC-CAA-T--T-TG--CG---A-AGC-GAT---CC--GTCGGACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GTA-TG----AAGTT----GC----T--AT-CA-G----AC-----A------------A----A----
gi|133583                     :         T-GA-AC-CTA-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ATC--AT--T--A--T-T------T-T-T-TTGCG-AG----AAGTA----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A---------------------ACAA---ATA--AATAAG-T-----AA-----A
gi|133575                     :         T-GT-AC-CAA-A--T-TT--CA---G-ACC-GAT---CT--G----ATT--AT--G--A----A------T-TGT-T-GAA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-GAGAAAT-----A------------A----A----T-CC--------ACAA---ATA--AAtgcctccgatatttaccctctttggcggata
gi|133543                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-ATC-GAT---CT--G----ATC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GTG-TG----AGGTT----AC----cgcctccgattttataacctcttcgg
gi|133551                     :         T-GT-AC-GAA-T--T-GT--CA---A-AAC-GAT---CT--G----ACT--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AGGTT----AC----a
gi|133544                     :         T-GT-AC-TAA-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---GT--G----GCC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AGGAT----AC----a
gi|133586                     :         T-GT-AC-CAA-TGATGTT--CA---A-AGC-GGT---CT--G----ATC--TT--T--A--G-C------T-TATAT-GCG-TG----AAGTT----GC----T--GA-CA-G----ACAAAT-A------------A----A----T-CC--------ACAaa
gi|133587                     :         T-GTGAC-CAA-T--T-TC--AA---A-AGT-GAT---TTTGA----AAC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TA----AATTT----GC----T--AA-CA-G-----T-----A------------A----A------TC--------AC-A---AC-----------------A-----AC-T-AATGAA-T-AAATAAAT---CG--C------------------T-T--GTTGA-T-TTC-------A-TAACC-C--CTTGTG----TGAG--G-TAA-----T
gi|133584                     :         T-GT-AC-CAA-T--G-TT--CA---A-AGC-CAT---CT--G----ACC--AC--T--A--G-T------T-T-T-T-GTA-GG----AGGTA----AC----
gi|133588                     :          -GT-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-AAT---CT--A----A-C--ATC-T--A--G-C------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----AG----T---A-C--G----GC-----T------------T----G----C-CC--------ATAT---AC---AATAGT-T-----AA-----AG-a
gi|133589                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--CA---T-AGC-GAT---CT--G----ACC--GT--T--A--G-T------T-T-T-G-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CG-T----AC-----A------------T----A----C-CC--------ACAA---ACA--AATGAA-T-----AA-----AG-T-AATAAA-T-AAATAAT----CG--CC---GCCGA--------------A--------------TTTA-TAACCTC--CTTGGC----GTAG--G-TAA-----T---------A---T---TC---AA-T--G---TTTTGT--AAC--CT--TGTAA----AGAAC---AG
gi|133591                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A----A------T-T-TGT-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----ACAAAT-A------------A----A----T-CC--------ACAA---ACA--AATA
gi|133590                     :            T-AC-CCA-T--C-TT--CA---A-AGG-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-G------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----AC----C--AA-CA-G----AT-----A-------------------------------------------------AGG-T-----TA-----AG----ACAAA-C-AAATAAA----CG--CC---GCTG-------------------A-T-TTC-------A-TAACCTC--TTTGGCA---GCAGTAA-TAA-----AT-AAATCAGAGATT---TC--TAA-
gi|133593                     :            T-AC-TAA-T--T-TT--CA---T-AGC-GAT---CT--G----ACA--AT--T--A--T-T------T-T-T-T-GCA-TG----ACGTT----GC----T--AA-CACG----A------A------------A----A----C-CC--------ACAA---ACA--AATAGC-T-----AA-----
gi|133592                     :            T-AC-CAA-T--T-TG--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ATC--AT--T--A--C-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AC-CA-G----A------A------------A----A-------------------------A--AATCTA-C-----AA-----AG-T-AATGAA-G-----AAA----CA--CC---ACTGAT-----T--T-T--AT
gi|133594                     :            T-AC-TAA-T--T-TTT-CA---T-AGC-GAT---CT--G----ACA--AT--T--ATTT-T------T-T-T-T-GCA-TG----ACGTT----GC----T--AA-CACG----AA-----A------------A----A----A-CT--------ACAA---AAA--Aaacctccgtagaggtggtagtaaattaaaatgaatttt
gi|133596                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--AA---A-AGT-AAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GTC-TG----AAGTT----A
gi|133595                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--AA---A-AGC-GAT---CC--G----ACT--AT--C--A--G-T------T-T-T-T-GCT-TG----AAATT----AC----ta
gi|133597                     :             -AC-CAA-G--T-TT--CA---A-AGC-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG-----AGTT----A--------A------------------------------------------CC--------ACAT---ACA--AAT-------------------------------AAATAAA----TG--CC---ACTGA-----------T--A---------------TTA-TAATCTC--CTTGGT----GGAG--G-TAA-----a
gi|133598                     :             -AC-CAA-A--C-TT---G---T-AGT-GAT---CT--G----ACC--AT--TTGA--G-A------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA---------AC-----A------------A----A----
gi|133599                     :                -CAA-T--T-TT--CA---A-AAT-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-A-GCA-TG----AAGTT----AC----
gi|133600                     :                    -T--T-TT--CAA--C-AGCCGATATTCT--G----ACA--TT--T--A--G-A------T-T-T-T-GCAATG----AATTC----AC----TTAAA-CA-G----AC-----A------------A----A----CGCC--------A------ACA--AATAGA-T-----AATTCT-AG-A-AGTGTATA-AAATAAAAACGCG--CCCTCTTTGAC-----T--T-TTTATT-A-T-TTC----TTTAATAACCTCGCTTTGGCCT--TCAG--GGTAA-----TTCA---CAGA---C---TT--TAAATACA---TTTTTTTAGATTCCTCCTTTGT----AGGACTCGAGAGAGGAATTCAAGCATT-CAGGACTGGAGAAAGAGGGGCCAAGCCATCCGCAAAGCTTCAAAGTACCa
gi|133601                     :                      --T-TT--CA---A-AGA-GAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCT-TG----AAGTTGCAGAC----T--GA-CA-A----AT-----A------------A----AC---C-CC--------ACAA---ACA--AATAAA-T-----AA-----A
gi|133602                     :                            --CA---N-AAC-AAT----T--G----ATT--TT--T-----G-A------T-T-T----CA-TA----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----------------ACAATCTACC--AATAAA-T-----AA-----A--T----------AAATAAA----CG--CC---TCCGA-----------------------TT----TTTA-CAACATC--CTAGGC----ATAG--G-TAA-----CA-A---GAG-------------AA-T------TTTCATC-G----CTG-TTTACTGAGAAGAC---AG
gi|133603                     :                               A---C-ACC-AAT---GA--G----ACC--AT--T--A--G-C------T-T-T-TTGCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A----T-TC--------AAAA---ATA--TATAAA-T-----AA-----AG-T-----------AATAAA----CG--CC---ACCGA------------------------T----TTTA-TAACTTC--CTTGGC----GAAG--G-TAA-----TA-A---CGCA---A---T---TGA-TACAATGTTTTGT--TAC--ATG-TTT
gi|133604                     :                                    -AGC-GAT---AT--G----ACC--AT--T--A--G-A------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------AAAATA----T-CC--------ACAA---ACA--A----A-T-----AA-----AA-T-AATAAA-T-AAATAAA----CG--CT---TCCGA------------------------T----TTTA-CAACCTC--CTTAGC----GGAG--T-TAA-----TT-A---TA
gi|133605                     :                                    -AGT-AAT---CT--G----ACC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----AAGTT----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------A----A------AC--------ATAT---ATG--AATAAA-T------G-----AG-T-A---AA-C-AAATAAA----C
gi|133606                     :                                    -AAC-GGT---CT-------ACT---T--T--A--C-N------G-T-T-T-GCA-TG----AAGT-----GC----T--AA-CA-G----AC-----A------------AAGTTA----A-CC--------ACAA---ATA--AAT-------------------------------AAATAAA----TG--TC---ACCGAT-----T--T---------------------TA-TAACCTC--CTTGGC----AGAG--A-TAG-----T-------AAA---TGCCTC--TG-----A---TTTTAT--AAC--CTC-CT--------GGGC---AGAG
gi|133607                     :                                        -GAC---CT--G----ATC--AT--T--A--G-T------T-T-T-T-GCA-TG----ATGTT----TC----T--AA-CA-A----AC-----A------------A----A----T-AA--------ATAA---ATA--AATAGA-T-----AA-----AT-T-------------------------CC---TCTGA------------------------T----TTTA-TAACCTC--CTTGG------CAG--A-GGA-----TT-

lowQualScore                  :                                                                                                                               11111           11111111111111111                            666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                         77777777777777                                111111111111111111                                                11111             222222                     11          11                            
lowQualScore                  :   2      0  0  0   0 00 0  11   0 1111  0   222  00 1111    00 11 11 22 222222   0 0  1111  0  1111       1111 22  1  1 1111  00000 4444 1111 33333333333333333  22222222 11   2222   11   555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1    1  11  1  22222  77777777777777    1       11      22222       444444444444444444    333 333 777   2 666666      99999999  88    00000     888     333333  8     0            11          11               8            
lowQualScore                  :   .      .  .  .   . .. .  ..   . ....  .   ...  .. ....    .. .. .. .. ......   . .  ....  .  ....       .... ..  .  . ....  ..... .... .... .................  ........ ..   ....   ..   ......................................................... . .    .  ..  .  .....  ..............    .       ..      .....       ..................    ... ... ...   . ......      ........  ..    .....     ...     ......  .     .            ..          ..               .            
lowQualScore                  :   8      7  6  6   6 88 6  44   6 2222  5   111  77 1111    77 33 88 55 111111   5 5  1111  5  1111       2222 33  2  2 3333  66666 0000 3333 77777777777777777  66666666 00   8888   00   666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0    0  44  0  55555  99999999999999    1       66      77777       999999999999999999    999 999 888   7 222222      33333333  33    99999     888     000000  0     8            00          00               0            
consensus                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--AATAGA-T-----AA-------AG-T-A-AT--A-A--A---------------------A-A-TAAA-CG--CCNCC-----GA---TTT--------TTTA-TAACCTC--CTTGGC----GGAGGTAA--------T---T-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GA--C-CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
Reference ( family-311 )      : TGCGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--AATAGA-T-----AA-------AG-T-A-AT--A-A--A---------------------A-A-TAAA-CG--CCNCC-----GA---TTTAT-A---CTTTA-TAACCTC--CTTGGC----GGAGGTAA--------T---T-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GA--C-CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGGCCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133533                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAC-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGTTAC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----C------------CC--------A--CAA----ACA--AATAGA-T-----AA-------AG-T-A-ATGAA-A--A---------------------A-A-TAAA-CG--CCTCT-----GAC--TTTATTATTTCTTTA-TAACCTC--CTTGGC----TCAGATAA--------T---T-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GA--T-CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133534                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAC-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGT-AC----T--AAACA-G----AC-----A----A----A----C------------CC--------A--CAA----ACA--A-TAGA-T-----AA-------AG-T-A-ATGAA-A--A---------------------A-A-TAAA-CG--CCTCT-----GAC--TTTAT-ATTTCTTTA-TAACCTC--CTTGGC----TCAGATAA--------T---T-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GA--T-CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133535                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAC-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGT-AC----T--AAACA-G----AC-----A----A----A----C------------CC--------A--CAA----ACA--A-TAGA-T-----AA-------AG-T-A-ATGAA-A--A---------------------A-A-TAAA-CG--CCTCT-----GAC--TTTAT-ATTTCTTTA-TAACCTC--CTTGGC----TCAGATAA--------T---T-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GA--T-CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133536                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAC-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAATTAC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----C------------CC--------A--CAA----A------TAGA-T-----AA-------AG-T-A-AT--G-A--ATA-------------------A-A-TAAA-CG--CCTCT-----GAC--TTTATTATTTCTTTA-TAACCTC--CTTGGC----TCAGGTAA--------T---T-A---CAGA---C---TT--TAA-TACA---TTTTAT--GA--T-CTC-TTTGT----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GCAGGGCCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133537                     : TGCATTGAT-GT-AT-CAA-T--T-TT--CCA-A----GC-TAT---CT--G----ACTG--T--T--A--G------TTT-T-TG----TG-TG----AGGTTAC----
gi|133538                     :    GTTATTTGT-AT-CAA-T--T-T---CAA-A----GT-GAT---CT--G----ATGA--C--T--A--G------ATT-T-GG----CA-GA----AAGTTGC----TA-AA-CA-G----AC-----A----C----A----T------------CC--------A--CAA----a
gi|133539                     :       ACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----AC-GAT---------------------T--A--G------TTT-T--G----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----ACGAAT-A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AATACA-T-----GA-------AGATAA-AT--A-AATA---------------------A-A-CAAA-CG--CCTCC-----GA---T----------TTTA-TAACTTT--CTTGGC----
gi|133540                     :        CT-GT-AC-CAA-T--T-AT--CAA-A----GC-GAT---CA--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGG----T--AA-CA-G----GC-----AAATCA----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--AGAAG--T-----AA-------AG-A-A-AT-------A---------------------T-A-TAAA-AG--TCTCT-----GA---T----------TTTA-TAACCTC--CTTAGC----
gi|133541                     :        CT-GT-AC-CAA-T--T-AT--CAA-A----GC-GAT---CA--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGG----T--AA-CA-G----GC-----AAATCA----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--GA-AG--T-----AA-------AG-A-A-AT----A--T---------------------A-T-TAAA-AG--TCTCT-----GA---TTTAT-AACTCCTTA-T
gi|133542                     :        CT-GT-AC--AA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---AT--G----ACCA--T--T--A--AATTTACTTT-T-TG----CA-TT----AAGTTGC----A--AA-CA-GAAAAAT-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--AATAAA-T-----AAACAAG--AG-C-A-AT--A-A--A---------------------A-
gi|133543                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----TC-GAT---CT--G----ATCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----TG-TG----AGGTTAC----ga
gi|133544                     :         T-GT-AC-TAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---GT--G----GCCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AGGa
gi|133545                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGTTGG----T--AT-AA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AATAAA-T--------------AG-T-A-AT-------A---------------------A-A-TAAA-CA--TCACC-----GA---TTT-T-A------TA-TAACCT----TTGGC----GAAGGTAA------------T-G---CAGG---T---atacaa
gi|133546                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------CTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AAT-----------------------------------A---------------------A-A-TAAA-CA--CCGCC-----GA---TTTA----------A-TAACCTC--CCTGGC----AAAGGTAA--------A---T-A---C
gi|133547                     :         T-GT-GC-TAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----ATGTTAC----
gi|133548                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GT-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G-------TT-T-TG----TA-TG----AAGTTGC----T--CA-CA-G----ACAAATTA----A----A----T------------TC--------A--CAA----ACA--AATAGA-T------------------------------A---------------------A-G-TAAA-TG--CCTCC-----GA---T----------TTTA-TAACCTC--CTTGGC----AGAGGTAA--------T---A-A---CAa
gi|133549                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-CT--CAA-A----GT-GAT---CC--G----ATCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TA----AAGTTGC----C--GA-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AATAAA-TTTACGGA-------TG-T-A-AT-------A---------------------A-A-TAAA-CG--CCGCC-----GA---T----------GTTA-TAACCTC--CTTGAC----
gi|133550                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAG-ATCGAGC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------CTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-T----AC-----A----A----A----C------------CC--------A--CAA----ATA--ATT--A-T-----AA-------AA-T------------A---------------------A-A-TAAA-CG--TCGCC-----GAT--TTTAT-A---
gi|133551                     :         T-GT-AC-GAA-T--T-GT--CAA-A----AC-GAT---CT--G----ACTA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AGGTTAC----
gi|133552                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAT-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTAG----T--AA-CA-A----AC-----A----A----A----T----------------------------------A--AATTCA-C-----TA-------AG-T-A-AT-------A---------------------A-A-TAGA-AG--TCACT-----GG---T----------TTTA-TAACCTC--CTTGGT----GGAGGTAA--------T---------CAGG---T---Ta
gi|133553                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---AT--A----ACCA--T--T--A---------TTT-T-TG----CA-TA----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----AAATGA----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--A
gi|133554                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-CT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----GTCC--T--T--C--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-A----AC-----A----A----A----
gi|133555                     :         T-GT-AC-CAA-A--T-TT--CAA-A----GC-GAA---CT--A----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----ACGTTGT----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----T------------ACATCGATAAA--TAA----ATG--AATAGA-T-----AA-------AT-G-A-AT--A-AACA---------------------A-A-TAAA-CA--CCTCC-----GA---T----------TTTA-TAACCTT--CTTGGC----GAGGGTAA--------T---
gi|133556                     :         T-GT-AC-CAA-T--A-TT--CAT-A----GC-TATT--CT--G----ACCA--T--T--ATAG------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--C------------------------AA-------AG-T-A-TT--A-A--A---------------------A-A-AAAA-CG--CCAAC-----G----------A---CTTTA-TAACCTC--CTTGG
gi|133557                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAT-A----GC-TAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----TTAAA-CA-G----AC-----A----A--------------------------------A--CAAATCGACA--AATACA-T---------------G-T-A-A---A-T--A---------------------T-A-TATA-CA--CCTCA-----AA----TTA---------TA-TAACCTT--CTTGGT----GGAAGCAATAAAAATTT---T-A---CAAA---T---T---TAA-TGCA---TT
gi|133558                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AAT---CT--G----ACCA--T--TT-A--G------TTT-T-TG----CA-TA----AAGTTGC----T--AA-TA-G----AC-----A----A----C----T------------AC--------A--CAA----ACA--AATAAT-T-----A-----------T-A-AT--A-A--G---------------------A-A-TAAA-CG--CCGCC-----GA--------------CTGA-TAACCTC--CATAGC----GGAGGTA---------------A---CATA---T---GCGATAG-TACA---TCT
gi|133559                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GT-GAT---CT--G----ACCA--A--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGT----T--AA-CA-G----AC-----A----A----AGTAGT------------CT--------A--CAA----ATA--AAT-----------------------------------A---------------------A-A-TAAA-CG--CCGCC-----GA---T----------TTTA-CAATCTC--CTTGGC----GGAGGTAA--------------A---CAAG---T---TT--T
gi|133560                     :         T-GT-AC-CAA-G--T-T---CAA-A----GT-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CG-TG----AACTTGC----C--AA-TA-G----ACATAT-A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AAT
gi|133561                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAC-G----GC-AAT---TT--G----ACCA--T--C--A--A------TTT-T-TG----AA-TG----AAGTAGT----T--CA-CA-G----ACAAAT-A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AGT-----------------------------------A---------------------A-A-TAAA-TG--CCTCC-----AA---T----------TTTA-AAACCTC--CTTGGC----AGAGGTAA--------T---
gi|133562                     :         T-GT-AC-TAA-A--T-GT--CAA-A----GC-GAT---AT--C----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----TA-TG----AAGATGC----T--CA-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC------------------ACA--AATAAA-T-----AA-------AA-T----------------------------------A-A-TAAA-CG--CCACC-----GA---T---T-A---TT----TAACCTT--CTTGGC----TGAGAAAA--------G---T-A----AGC---T---TT--CAG-TA
gi|133563                     :         T-AT-AC-CAG-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----AG---TTAA---------CC--------A--CAA----A
gi|133564                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AAT---CT--A----ACCA--T--T--A--G------CTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGT----T--AA-CA-G----AC-----T----T----G----C------------CC--------A--TTA----ACA--AATAAAGT-----AA-------A--T-A-CT--ATT--A---------------------G-A-TGAA-TG--CTGCC-----AA---TTTGT-A-------A-TAACCTC--CTTGGT----GGAGGTAA--------T---T-A---
gi|133565                     :         T-GT-AC-CAG-T--T-TT--TAA-A----GC-GAC---AC--G----ACCA--T--C--G--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--------------C-----A---------------------------CC--------A--CAA----ACA--AATACA-T-----AA-------AT-A-A-AT--A-A--AATAACCTCCCTTGACGGAGGTA-A-TGAA-CA--CTTCC-----GA---T----------TTTA-TAACCTC--CTTGCC----TGGGGTAA--------T---T-AAG-CTGA---T---CT--TAA-T------TTTT
gi|133566                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-G-TG----CA-AG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----T------------
gi|133567                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--TAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--AT-T------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----aaaaaa
gi|133568                     :         T-GC-AC-CGA-T--T-TTTTCAA-A----GC-GAT---CT--G----GCCA--T--G--A--G------TCT-T-TG----CA-TG----AAGAAGT----T--AA-CG-G----AC-----A----A----ATAACT------------CC--------A--CAA----ACA--AACA-----------------------------A-A--A---------------------A-A-TAAA-CG--CCTCC-----GA---T----------TTTA-TAAACTC--TTTGGC----GTGGGTAA--------T---
gi|133569                     :         T-GT-AC-TGA-T--T-TC--CAA-A----CT-GAC---CC--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G-----T-----A-------------------------------------A--CAG----AC----AT-----------------------------------G---------------------A-A-TAAA-CG--CCTCC-----GA---T----------TTTA-TAACTTC--CTTGGC----GGAGGTAG--------T---
gi|133570                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-CT--CAA-A----GC-GAT---AT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CT-TG----AAACTGCTTTAT--AA-CA-G----AC-----A----A----A-----------------CC--------A--CAA----ATA--AATA
gi|133571                     :         T-GT-AC-TAA-T--T-AT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ATCG--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TA----GAGTTGC----T--AA-CA-A----AC-----A----A----A----
gi|133572                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-CT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----TTCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----GAGTTGC----T--AA-CA-A----A
gi|133573                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACAG--T--T--A--G------TTT-C-TG----TA-TG----AAGTTGC----T--AA-TA-G----ACAAAT-A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ACAGTAATGAA-T-----AA-------A
gi|133574                     :         T-GT-ACGCGAGT--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ATCA--T--T--G--G------TAT-T-TT----CA-TG----AAGTTGC----C--AA-CA-G----AC-----A----A----A----caa
gi|133575                     :         T-GT-AC-CAA-A--T-TT--CAG-A----CC-GAT---CT--G----ATTA--T--G--A--A------TTG-T-TG----AA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AG-----A----A----A----T----------------------------------A--AAT--------------------------CC--A-C--A---------------------A-A-TAAA-CG--CCTCC-----GA---T----------TTTA-TAACCTC--TTCGG
gi|133576                     :         T-GC-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-TAT---AT--G----ACCA--T--T--A--G------TGT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----TGAAATATTTAACCC--------A--CAA----ATA--AATAAA-------AA-------A
gi|133577                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GT-GAT---CT--G----ACCA--T--T--T--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAATTAC----
gi|133578                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-GC--CAA-A----AG-GAT---CA--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----TA-TG----AAGTTAC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----G------------TC--------AACCAG----AAA--AA-----------AA-------AC-T-A-A---A-T--A---------------------A-A-TAAA-AG--TCGCC-----GA---a
gi|133579                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA-------GT-CAT---TT--G----ACTA--T--T--A--G------ATT-T-TC----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-A----AC-----A----A----catgataatattctt
gi|133580                     :         T-GT-AC-CAA-A--T-TT--CAA-A----GC-GAT---TT--A----ATCA--T--T--A--A------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--GG-CA-G----AC-----A----A----A----T------------TA--------A--TTT----ACA--AATAGA-T-----AA-------A
gi|133581                     :         T-GT-AC-TAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AATT--CT--G----ACCA--T--TC-A--A------TAT-T-TG----CA-TGTTTGAAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A---------------------------------------------AGA---------------------A-AT--A-A--AT--------------------A-A-TAAA-CGCCCCTCC-----GAT--TTTAT-A---
gi|133582                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---AT--G----ACTAAATAAT--A--A------TTT-T-TG----CA-TG----TAGTTGC----T--AA-CG-G----ACAAA--A----A----A----T------------CT--------A--CAA----AGT--AATAAA-T-----AAACAAG--AG-C-A-ATC-A-A--A---------------------G-ATTACA-GA--CCTCC-----G
gi|133583                     :         T-GA-AC-CTA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ATCA--T--T--AT-T------TTT-T-TG----CG-AG----AAGTAGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A--------------------------------A--CAA----ATA--AAT-----------------------------------A---------------------A-G-TAAA-TG--CCTCC-----GA---TATTT-A---C--------CCTC--TTTGGC----GGA
gi|133584                     :         T-GT-AC-CAA-T--G-TT--CAA-A----GC-CAT---CT--G----ACCA--C--T--A--G------TTT-T-TG----TA-GG----AGGTta
gi|133585                     :         T-AT-AC-CAA-T--T-TG--CGA-A----GC-GAT---CC--GTCGGACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----TA-TG----AAGTTGC----T--AT-CA-G----AC-----A----A----A----aaca
gi|133586                     :         T-GT-AC-CAA-TGATGTT--CAA-A----GC-GGT---CT--G----ATCT--T--T--A--G------CTTATATG----CG-TG----AAGTTGC----T--GA-CA-G----ACAAAT-A----A----A----T------------CC--------A--CA
gi|133587                     :         T-GTGAC-CAA-T--T-TC--AAA-A----GT-GAT---TTTGA----AACA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TA----AATTTGC----T--AA-CA-G-----T-----A----A----A----T-------------C--------A--C-A----ACA--ACTA-A-T-----GA-------A--T------------A---------------------A-A-TAAATCG--CTT--------G---TTGAT------TTCA-TAACC-C--CTTGTG----TGAGGTAA--------T---
gi|133588                     :          -GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AAT---CT--A----A-CA--TC-T--A--G------CTT-T-TG----CA-TG----AAGTTAG----T---A-C--G----GC-----T----T----G----C------------CC--------A--TAT----AC---AATAGT-T-----AA-------AG-
gi|133589                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--CAT-A----GC-GAT---CT--G----ACCG--T--T--A--G------TTT-T-GG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CG-T----AC-----A----T----A----C------------CC--------A--CAA----ACA--AATGAA-T-----AA-------AG-T-A-AT--A-AATA---------------------A-A-TAAT-CG--CCGCC-----GA------A-------TTTA-TAACCTC--CTTGGC----GTAGGTAA--------T------------A---T---TC---AA-T--G---TTTTGT--AA--C-CT--TGTAA----AGAAC---AG
gi|133590                     :            T-AC-CCA-T--C-TT--CAA-A----GG-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------GTT-T-TG----CA-TG----AAGTTAC----C--AA-CA-G----AT-----A----A----G----G------------TT--------A---AG----ACA--AAC-----------------------------------A---------------------A-A-TAAA-CG--CCGCT-----GA---T----------TTCA-TAACCTC--TTTGGC----AGCAGTAA--------TAAAT-AAATCAGAGATT---TC--TAA-
gi|133591                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--A------TTT-G-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----ACAAAT-A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--AATA
gi|133592                     :            T-AC-CAA-T--T-TG--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ATCA--T--T--A--C------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AC-CA-G----A------A----A----A---------------------------------------A--AATCTA-C-----AA-------AG-T-A-AT--G-A--A---------------------G----AAA-CA--CCACT-----GA---T----------TTTA-TAACCTC--CGTAGA----GGTGGTAG--------T----------AAA---T---TA--AAA-TGAA---TTTT
gi|133593                     :            T-AC-TAA-T--T-TT--CAT-A----GC-GAT---CT--G----ACAA--T--T--A--T------TTT-T-TG----CA-TG----ACGTTGC----T--AA-CACG----A------A----A----A----C------------CC--------A--CAA----ACA--AATAGC-T-----AA-------
gi|133594                     :            T-AC-TAA-T--T-TTT-CAT-A----GC-GAT---CT--G----ACAA--T--T--ATTT------TTT-T-TG----CA-TG----ACGTTGC----T--AA-CACG----AA-----A----A----A----A------------CT--------A--CAA----AAA--A
gi|133595                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--AAA-A----GC-GAT---CC--G----ACTA--T--C--A--G------TTT-T-TG----CT-TG----AAATTAC----
gi|133596                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--AAA-A----GT-AAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----TC-TG----AAGTTa
gi|133597                     :             -AC-CAA-G--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----A----GT----T--AA-C-------------------------------------------C--------A--CAT----ACA--AAT-----------------------------------A---------------------A-A-TAAA-TG--CCACT-----GA-----TA--------TTA-TAATCTC--CTTGGT----GGAGGTAA--------ata
gi|133598                     :                                 -A----GT-GAT---CT--G----ACCA--T--TTGA--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA---------AC-----A----A----A----
gi|133599                     :     accaaacttgt-CAA-T--T-TT--CAA-A----AT-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-AG----CA-TG----AAGTTAC----
gi|133600                     :                    -T--T-TT--CAACA----GCCGATATTCT--G----ACAT--T--T--A--G------ATT-T-TG----CAATG----AATTCAC----TTAAA-CA-G----AC-----A----A----A------------------C--------G--CCA----ACA--AATAGA-T-----AATTCTAGAAG-T-GTAT--A-A--A---------------------ATA-AAAA-CG--CGCCCTCTTTGACTTTTTATTATTTCTTTAATAACCTCGCTTTGGCCTTCAG-GGTAA--------T---TCA---CAGA---C---TT--TAAATACA---TTTTTTTAGATTC-CTCCTTTGT----AGGACTCGAGAGAGGAATTCAAGCATT-CAGGACTGGAGAAAGAGGGGCCAAGCCATCCGCAAAGCTTCAAAGTACCa
gi|133601                     :                      --T-TT--CAA-A----GA-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CT-TG----AAGTTGC----A--GA-CT-G----AC-----A----A----A----TAAACC-------CC--------A--CAA----ACA--AATAAA-T-----AA-------A
gi|133602                     :                                                     ----ACAA--T--T--G--A------TTT-T-TGATTTCA-TA----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A---------------------------A--CAATCT-ACC--AATAAA-T-----AA-------A--T------------A---------------------A-A-TAAA-CG--CCTCC-----GA---TT---------TTTA-CAACATC--CTAGGC----ATAGGTAA--------C---A-A---GAG-------------AA-T------TTTCAT------CGCTG-TTTACTGAGAAGAC---AG
gi|133603                     :                                              cana--G----ACCA--T--T--A--GC-----TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A----T------------TC--------A--AAA----ATA--TATAAA-T-----AA-------AG-T----------------------------------A-A-TAAA-CG--CCACC-----GA---T----------TTTA-TAACTTC--CTTGGC----GAAGGTAA--------T---A-A---CGCA---A---T---TGA-TACAATGTTTTGT--TA--C-ATG-TTT
gi|133604                     :                       acaccaatga-A----GC-GAT---AT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----AAAATA----T------------CC--------A--CAA----ACA--A----A-T-----AA-------AA-T-A-AT--A-AATA---------------------A-A-TAAA-CG--CTTCC-----GA---T----------TTTA-CAACCTC--CTTAGC----GGAGTTAA--------T---T-A---TA
gi|133605                     :                                 -A----GT-AAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----A-----------------AC--------A--TAT----ATG--AATAAA-T------G-------AG-T-A-A---A-C--A---------------------A-A-TAAA-C
gi|133606                     :                                 -A----AC-GGT---CT-------ACT---T--T--A--C------NGT-T-TG----CA-TG----AAGT-GC----T--AA-CA-G----AC-----A----A----AGT--TAA----------CC--------A--CAA----ATA--AATA--------------------------------------------------------A-A-TAAA-TG--TCACC-----GA---TTT----------TA-TAACCTC--CTTGGC----AGAGATAG--------T----------AAA---TGCCTC--TG-----A---TTTTAT--AA--C-CTC-CT--------GGGC---AGAG
gi|133607                     :                                         -GAC---CT--G----ATCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----ATGTTTC----T--AA-CA-A----AC-----A----A----A----T------------AA--------A--TAA----ATA--AATAGA-T-----AA-------AT-T-----------------------------------------------CCTCT-----GA---T----------TTTA-TAACCTC--CTTGGC----AGAGG

lowQualScore                  :                                                                                                                                 11111           111111111111111111                           6666666666666666666666666666666666666666666                              3333333333333                                          111111111111111111                                                11111             222222                     11          11                            
lowQualScore                  :          0  0  0   0 00 0  11   0 1111  0   222  00 1111    00 11 11 22 222222   0 0  1111  0  1111       1111 22 00 1  1 1111  00000 4444 1111 333333333333333333 22222222 11   2222   11   4444444444444444444444444444444444444444444 333 1 1    1  11 1 1  22222  5555555555555    555555555555      11      22222       444444444444444444    333 333 777   2 666666      99999999  88    00000     888     333333  8     0            11          11               8            
lowQualScore                  :          .  .  .   . .. .  ..   . ....  .   ...  .. ....    .. .. .. .. ......   . .  ....  .  ....       .... .. .. .  . ....  ..... .... .... .................. ........ ..   ....   ..   ........................................... ... . .    .  .. . .  .....  .............    ............      ..      .....       ..................    ... ... ...   . ......      ........  ..    .....     ...     ......  .     .            ..          ..               .            
lowQualScore                  :          7  6  6   6 88 6  44   6 2222  5   111  77 1111    77 33 88 55 111111   5 5  1111  5  1111       2222 99 88 2  2 3333  66666 0000 3333 666666666666666666 66666666 00   8888   00   7777777777777777777777777777777777777777777 999 0 0    0  44 0 0  55555  5555555555555    777777777777      55      77777       999999999999999999    999 999 888   7 222222      33333333  33    99999     888     000000  0     8            00          00               0            
consensus                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--AATAGA-T-----AA-------AG-T-A-A-------T--A-A---A---A-A-TAAA-CG--C-CNCC-----GA--TT---------TTAT------------AACCTC--CTTGGC----GGAGGTAA--------T---T-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GA--C-CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
Reference ( family-311 )      : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--AATAGA-T-----AA-------AG-T-A-A-------T--A-A---A---A-A-TAAA-CG--C-CNCC-----GATTTT---------TTAT------------AACCTC--CTTGGC----GGAGGTAA--------T---T-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GA--C-CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133533                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAC-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGTTAC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----C------------CC--------A--CAA----ACA--AATAGA-T-----AA-------AG-T-A-A-------TGAA-A---A---A-A-TAAA-CG--C-CTCT-----GACTTTATTATTTCTTTAT------------AACCTC--CTTGGC----TCAGATAA--------T---T-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GA--T-CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133534                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAC-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGT-AC----T--A--AACA-G----AC-----A----A----A----C------------CC--------A--CAA----ACA--A-TAGA-T-----AA-------AG-T-A-A-------TGAA-A---A---A-A-TAAA-CG--C-CTCT-----GACTTTATATTTCT-TTAT------------AACCTC--CTTGGC----TCAGATAA--------T---T-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GA--T-CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133535                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAC-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGT-AC----T--A--AACA-G----AC-----A----A----A----C------------CC--------A--CAA----ACA--A-TAGA-T-----AA-------AG-T-A-A-------TGAA-A---A---A-A-TAAA-CG--C-CTCT-----GACTTTATATTTCT-TTAT------------AACCTC--CTTGGC----TCAGATAA--------T---T-A---CAGA---T---TC--TAA-TACA---TTTTAT--GA--T-CTG-TTTAC----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GTAGGACCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133536                     : TGTGTTACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAC-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAATTAC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----C------------CC--------A--CAA----A------TAGA-T-----AA-------AG-T-A-A-------T--G-A---ATA-A-A-TAAA-CG--C-CTCT-----GACTTTATTATTTCTTTAT------------AACCTC--CTTGGC----TCAGGTAA--------T---T-A---CAGA---C---TT--TAA-TACA---TTTTAT--GA--T-CTC-TTTGT----AGGAC---AGAGA------CA-GCATTTCAAGCCTGGACA--GCAGGGCCAG--CATCCGCAAAGCTTC-AAGTACCCAGTC
gi|133537                     : TGCATTGAT-GT-AT-CAA-T--T-TT--CCA-A----GC-TAT---CT--G----ACTG--T--T--A--G------TTT-T-TG----TG-TG----AGGTTAC----
gi|133538                     :    GTTATTTGT-AT-CAA-T--T-T---CAA-A----GT-GAT---CT--G----ATGA--C--T--A--G------ATT-T-GG----CA-GA----AAGTTGC----TA-A--A-CA-G----AC-----A----C----A----T------------CC--------A--CAA----a
gi|133539                     :       ACT-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----AC-GAT---------------------T--A--G------TTT-T--G----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----ACGAAT-A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AATACA-T-----GA-------AGATAA-A-------T--A-AAT-A---A-A-CAAA-CG--C-CTCC-----GA--TT---------TTAT------------AACTTT--CTTGGC----
gi|133540                     :        CT-GT-AC-CAA-T--T-AT--CAA-A----GC-GAT---CA--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGG----T--A--A-CA-G----GC-----AAATCA----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--AGAAG--T-----AA-------AG-A-A-A-------T--------A---T-A-TAAA-AG--T-CTCT-----GA--TT---------TTAT------------AACCTC--CTTAGC----
gi|133541                     :        CT-GT-AC-CAA-T--T-AT--CAA-A----GC-GAT---CA--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGG----T--A--A-CA-G----GC-----AAATCA----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--GA-AG--T-----AA-------AG-A-A-A-------T----A---T---A-T-TAAA-AG--T-CTCT-----GA---T---------TTAT------------AA-CTC--CTT
gi|133542                     :        CT-GT-AC--AA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---AT--G----ACCA--T--T--A--AATTTACTTT-T-TG----CA-TT----AAGTTGC----A--A--A-CA-GAAAAAT-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--AATAAA-T-----AAACAAG--AG-C-A-A-------T--A-A---A---A-at
gi|133543                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----TC-GAT---CT--G----ATCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----TG-TG----AGGTTAC----ga
gi|133544                     :         T-GT-AC-TAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---GT--G----GCCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AGGa
gi|133545                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGTTGG----T--A--T-AA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AATAAA-T--------------AG-T-A-A-------T--------A---A-A-TAAA-CA--T-CACC-----GATTTT---------ATAT------------AACCT----TTGGC----GAAGGTAA------------T-G---CAGG---T---atacaa
gi|133546                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------CTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AAT-------------------------------------------A---A-A-TAAA-CA--C-CGCC-----GA--TT---------TAAT------------AACCTC--CCTGGC----AAAGGTAA--------A---T-A---C
gi|133547                     :         T-GT-GC-TAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----ATGTTAC----
gi|133548                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GT-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G-------TT-T-TG----TA-TG----AAGTTGC----T--C--A-CA-G----ACAAATTA----A----A----T------------TC--------A--CAA----ACA--AATAGA-T--------------------------------------A---A-G-TAAA-TG--C-CTCC-----GA--TT---------TTAT------------AACCTC--CTTGGC----AGAGGTAA--------T---A-A---CAa
gi|133549                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-CT--CAA-A----GT-GAT---CC--G----ATCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TA----AAGTTGC----C--G--A-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AATAAA-TTTACGGA-------TG-T-A-A-------T--------A---A-A-TAAA-CG--C-CGCC-----GA--TG---------TTAT------------AACCTC--CTTGAC----
gi|133550                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAG-ATCGAGC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------CTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-T----AC-----A----A----A----C------------CC--------A--CAA----ATA--ATT--A-T-----AA-------AA-T--------------------A---A-A-TAAA-CG--T-CGCC-----GATTTT---------ATA
gi|133551                     :         T-GT-AC-GAA-T--T-GT--CAA-A----AC-GAT---CT--G----ACTA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AGGTTAC----
gi|133552                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAT-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTAG----T--A--A-CA-A----AC-----A----A----A----T----------------------------------A--AATTCA-C-----TA-------AG-T-A-A-------T--------A---A-A-TAGA-AG--T-CACT-----GG--TT---------TTAT------------AACCTC--CTTGGT----GGAGGTAA--------T---------CAGG---T---Ta
gi|133553                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---AT--A----ACCA--T--T--A---------TTT-T-TG----CA-TA----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----AAATGA----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--A
gi|133554                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-CT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----GTCC--T--T--C--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-A----AC-----A----A----A----
gi|133555                     :         T-GT-AC-CAA-A--T-TT--CAA-A----GC-GAA---CT--A----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----ACGTTGT----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----T------------ACATCGATAAA--TAA----ATG--AATAGA-T-----AA-------AT-G-A-A-------T--A-AAC-A---A-A-TAAA-CA--C-CTCC-----GA--TT---------TTAT------------AACCTT--CTTGGC----GAGGGTAA--------T---
gi|133556                     :         T-GT-AC-CAA-T--A-TT--CAT-A----GC-TATT--CT--G----ACCA--T--T--ATAG------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC--------A--C------------------------AA-------AG-T-A-T-------T--A-A---A---A-A-AAAA-CG--C-CAAC-----GA--CT---------TTAT------------AACCTC--CTTGG
gi|133557                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAT-A----GC-TAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----TTAA--A-CA-G----AC-----A----A--------------------------------A--CAAATCGACA--AATACA-T---------------G-T-A-A----------A-T---A---T-A-TATA-CA--C-CTCA-----AA--TT---------ATAT------------AACCTT--CTTGGT----GGAAGCAATAAAAATTT---T-A---CAAA---T---T---TAA-TGCA---TT
gi|133558                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AAT---CT--G----ACCA--T--TT-A--G------TTT-T-TG----CA-TA----AAGTTGC----T--A--A-TA-G----AC-----A----A----C----T------------AC--------A--CAA----ACA--AATAAT-T-----A-----------T-A-A-------T--A-A---G---A-A-TAAA-CG--C-CGCC-----GA---C---------TGAT------------AACCTC--CATAGC----GGAGGTA---------------A---CATA---T---GCGATAG-TACA---TCT
gi|133559                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GT-GAT---CT--G----ACCA--A--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGT----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----AGTAGT------------CT--------A--CAA----ATA--AAT-------------------------------------------A---A-A-TAAA-CG--C-CGCC-----GA--TT---------TTAC------------AATCTC--CTTGGC----GGAGGTAA--------------A---CAAG---T---TT--T
gi|133560                     :         T-GT-AC-CAA-G--T-T---CAA-A----GT-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CG-TG----AACTTGC----C--A--A-TA-G----ACATAT-A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AAT
gi|133561                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAC-G----GC-AAT---TT--G----ACCA--T--C--A--A------TTT-T-TG----AA-TG----AAGTAGT----T--C--A-CA-G----ACAAAT-A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ATA--AGT-------------------------------------------A---A-A-TAAA-TG--C-CTCC-----AA--TT---------TTAA------------AACCTC--CTTGGC----AGAGGTAA--------T---
gi|133562                     :         T-GT-AC-TAA-A--T-GT--CAA-A----GC-GAT---AT--C----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----TA-TG----AAGATGC----T--C--A-CA-G----AC-----A----A----A----T------------CC------------------ACA--AATAAA-T-----AA-------AA-T------------------------A-A-TAAA-CG--C-CACC-----GATTAT---------T--T------------AACCTT--CTTGGC----TGAGAAAA--------G---T-A----AGC---T---TT--CAG-TA
gi|133563                     :         T-AT-AC-CAG-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----AG---TTAA---------CC--------A--CAA----A
gi|133564                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AAT---CT--A----ACCA--T--T--A--G------CTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGT----T--A--A-CA-G----AC-----T----T----G----C------------CC--------A--TTA----ACA--AATAAAGT-----AA-------A--T-A-C-------T--ATT---A---G-A-TGAA-TG--C-TGCC-----AATTTG---------TAAT------------AACCTC--CTTGGT----GGAGGTAA--------T---T-A---
gi|133565                     :         T-GT-AC-CAG-T--T-TT--TAA-A----GC-GAC---AC--G----ACCA--T--C--G--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----TC-ACCA-CA-A----AC-----A----A----A----T----------------------A--CA------TA--AATAAA-T-----AA-------AA-T-A-ACCTCCCTT--G-ACGGAGGTA-A-TGAA-CA--C-TTCC-----GATTTT-----------AT------------AACCTC--CTTGCC----TGGGGTAA--------T---T-AAG-CTGA---T---CT--TAA-T------TTTT
gi|133566                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-G-TG----CA-AG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----T------------
gi|133567                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--TAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--AT-T------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----aaaaaa
gi|133568                     :         T-GC-AC-CGA-T--T-TTTTCAA-A----GC-GAT---CT--G----GCCA--T--G--A--G------TCT-T-TG----CA-TG----AAGAAGT----T--A--A-CG-G----AC-----A----A----ATAACT------------CC--------A--CAA----ACA--AACA------------------------------------A-A---A---A-A-TAAA-CG--C-CTCC-----GA--TT---------TTAT------------AAACTC--TTTGGC----GTGGGTAA--------T---
gi|133569                     :         T-GT-AC-TGA-T--T-TC--CAA-A----CT-GAC---CC--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G-----T-----A-------------------------------------A--CAG----AC----AT-------------------------------------------G---A-A-TAAA-CG--C-CTCC-----GA--TT---------TTAT------------AACTTC--CTTGGC----GGAGGTAG--------T---
gi|133570                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-CT--CAA-A----GC-GAT---AT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CT-TG----AAACTGCTTTAT--A--A-CA-G----AC-----A----A----A-----------------CC--------A--CAA----ATA--AATA
gi|133571                     :         T-GT-AC-TAA-T--T-AT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ATCG--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TA----GAGTTGC----T--A--A-CA-A----AC-----A----A----A----
gi|133572                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-CT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----TTCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----GAGTTGC----T--A--A-CA-A----A
gi|133573                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACAG--T--T--A--G------TTT-C-TG----TA-TG----AAGTTGC----T--A--A-TA-G----ACAAAT-A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ACAGTAATGAA-T-----AA-------A
gi|133574                     :         T-GT-ACGCGAGT--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ATCA--T--T--G--G------TAT-T-TT----CA-TG----AAGTTGC----C--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----caa
gi|133575                     :         T-GT-AC-CAA-A--T-TT--CAG-A----CC-GAT---CT--G----ATTA--T--G--A--A------TTG-T-TG----AA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AG-----A----A----A----T----------------------------------A--AAT--------------------------C-------C--A-C---A---A-A-TAAA-CG--C-CTCC-----GA--TT---------TTAT------------AACCTC--TTCGG
gi|133576                     :         T-GC-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-TAT---AT--G----ACCA--T--T--A--G------TGT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----TGAAATATTTAACCC--------A--CAA----ATA--AATAAA-------AA-------A
gi|133577                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GT-GAT---CT--G----ACCA--T--T--T--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAATTAC----
gi|133578                     :         T-GT-AT-CAA-T--T-GC--CAA-A----AG-GAT---CA--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----TA-TG----AAGTTAC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----G------------TC--------AACCAG----AAA--AA-----------AA-------AC-T-A-A----------A-T---A---A-A-TAAA-AG--T-CGCC-----GAa
gi|133579                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CA-------GT-CAT---TT--G----ACTA--T--T--A--G------ATT-T-TC----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-A----AC-----A----A----catgataatattctt
gi|133580                     :         T-GT-AC-CAA-A--T-TT--CAA-A----GC-GAT---TT--A----ATCA--T--T--A--A------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--G--G-CA-G----AC-----A----A----A----T------------TA--------A--TTT----ACA--AATAGA-T-----AA-------A
gi|133581                     :         T-GT-AC-TAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AATT--CT--G----ACCA--T--TC-A--A------TAT-T-TG----CA-TGTTTGAAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A---------------------------------------------AGA---------------------A-A-------T--A-A---AT--A-A-TAAA-CGCCC-CTCC-----GATTTT---------ATA
gi|133582                     :         T-GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---AT--G----ACTAAATAAT--A--A------TTT-T-TG----CA-TG----TAGTTGC----T--A--A-CG-G----ACAAA--A----A----A----T------------CT--------A--CAA----AGT--AATAAA-T-----AAACAAG--AG-C-A-A-------TC-A-A---A---G-ATTACA-GA--C-CTCC-----G
gi|133583                     :         T-GA-AC-CTA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ATCA--T--T--AT-T------TTT-T-TG----CG-AG----AAGTAGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A--------------------------------A--CAA----ATA--AAT-------------------------------------------A---A-G-TAAA-TG--C-CTCC-----GATATT------------T------------ACCCTC--TTTGGC----GGA
gi|133584                     :         T-GT-AC-CAA-T--G-TT--CAA-A----GC-CAT---CT--G----ACCA--C--T--A--G------TTT-T-TG----TA-GG----AGGTta
gi|133585                     :         T-AT-AC-CAA-T--T-TG--CGA-A----GC-GAT---CC--GTCGGACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----TA-TG----AAGTTGC----T--A--T-CA-G----AC-----A----A----A----aaca
gi|133586                     :         T-GT-AC-CAA-TGATGTT--CAA-A----GC-GGT---CT--G----ATCT--T--T--A--G------CTTATATG----CG-TG----AAGTTGC----T--G--A-CA-G----ACAAAT-A----A----A----T------------CC--------A--CA
gi|133587                     :         T-GTGAC-CAA-T--T-TC--AAA-A----GT-GAT---TTTGA----AACA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TA----AATTTGC----T--A--A-CA-G-----T-----A----A----A----T-------------C--------A--C-A----ACA--ACTA-A-T-----GA-------A--T--------------------A---A-A-TAAATCG--CTTGTT-----GA--TT---------TCAT------------AACC-C--CTTGTG----TGAGGTAA--------T---
gi|133588                     :          -GT-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-AAT---CT--A----A-CA--TC-T--A--G------CTT-T-TG----CA-TG----AAGTTAG----T-----A-C--G----GC-----T----T----G----C------------CC--------A--TAT----AC---AATAGT-T-----AA-------AG-
gi|133589                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--CAT-A----GC-GAT---CT--G----ACCG--T--T--A--G------TTT-T-GG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CG-T----AC-----A----T----A----C------------CC--------A--CAA----ACA--AATGAA-T-----AA-------AG-T-A-A-------T--A-AAT-A---A-A-TAAT-CG--C-CGCC-----GA--AT---------TTAT------------AACCTC--CTTGGC----GTAGGTAA--------T------------A---T---TC---AA-T--G---TTTTGT--AA--C-CT--TGTAA----AGAAC---AG
gi|133590                     :            T-AC-CCA-T--C-TT--CAA-A----GG-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------GTT-T-TG----CA-TG----AAGTTAC----C--A--A-CA-G----AT-----A----A----G----G------------TT--------A---AG----ACA--AAC-------------------------------------------A---A-A-TAAA-CG--C-CGCT-----GA--TT---------TCAT------------AACCTC--TTTGGC----AGCAGTAA--------TAAAT-AAATCAGAGATT---TC--TAA-
gi|133591                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--A------TTT-G-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----ACAAAT-A----A----A----T------------CC--------A--CAA----ACA--AATA
gi|133592                     :            T-AC-CAA-T--T-TG--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ATCA--T--T--A--C------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--C-CA-G----A------A----A----A---------------------------------------A--AATCTA-C-----AA-------AG-T-A-A-------T--G-A---A---G----AAA-CA--C-CACT-----GA--TT---------TTAT------------AACCTC--CGTAGA----GGTGGTAG--------T----------AAA---T---TA--AAA-TGAA---TTTT
gi|133593                     :            T-AC-TAA-T--T-TT--CAT-A----GC-GAT---CT--G----ACAA--T--T--A--T------TTT-T-TG----CA-TG----ACGTTGC----T--A--A-CACG----A------A----A----A----C------------CC--------A--CAA----ACA--AATAGC-T-----AA-------
gi|133594                     :            T-AC-TAA-T--T-TTT-CAT-A----GC-GAT---CT--G----ACAA--T--T--ATTT------TTT-T-TG----CA-TG----ACGTTGC----T--A--A-CACG----AA-----A----A----A----A------------CT--------A--CAA----AAA--A
gi|133595                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--AAA-A----GC-GAT---CC--G----ACTA--T--C--A--G------TTT-T-TG----CT-TG----AAATTAC----
gi|133596                     :            T-AC-CAA-T--T-TT--AAA-A----GT-AAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----TC-TG----AAGTTa
gi|133597                     :             -AC-CAA-G--T-TT--CAA-A----GC-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----A----GT----T--A--A-C-------------------------------------------C--------A--CAT----ACA--AAT-------------------------------------------A---A-A-TAAA-TG--C-CACT-----GA--TA---------TTAT------------AATCTC--CTTGGT----GGAGGTAA--------ata
gi|133598                     :                                 -A----GT-GAT---CT--G----ACCA--T--TTGA--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A---------AC-----A----A----A----
gi|133599                     :     accaaacttgt-CAA-T--T-TT--CAA-A----AT-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-AG----CA-TG----AAGTTAC----
gi|133600                     :                    -T--T-TT--CAACA----GCCGATATTCT--G----ACAT--T--T--A--G------ATT-T-TG----CAATG----AATTCAC----TTAA--A-CA-G----AC-----A----A----A------------------C--------G--CCA----ACA--AATAGA-T-----AATTCTAGAAG-T-GTA-------T--A-A---A---ATA-AAAA-CG--C-GCCCTCTTTGACTTT---------TTATTATTTCTTTAATAACCTCGCTTTGGCCTTCAG-GGTAA--------T---TCA---CAGA---C---TT--TAAATACA---TTTTTTTAGATTC-CTCCTTTGT----AGGACTCGAGAGAGGAATTCAAGCATT-CAGGACTGGAGAAAGAGGGGCCAAGCCATCCGCAAAGCTTCAAAGTACCa
gi|133601                     :                      --T-TT--CAA-A----GA-GAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CT-TG----AAGTTGC----A--G--A-CT-G----AC-----A----A----A----TAAACC-------CC--------A--CAA----ACA--AATAAA-T-----AA-------A
gi|133602                     :                                                     ----ACAA--T--T--G--A------TTT-T-TGATTTCA-TA----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A---------------------------A--CAATCT-ACC--AATAAA-T-----AA-------A--T--------------------A---A-A-TAAA-CG--C-CTCC-----GA-TTT---------TTAC------------AACATC--CTAGGC----ATAGGTAA--------C---A-A---GAG-------------AA-T------TTTCAT------CGCTG-TTTACTGAGAAGAC---AG
gi|133603                     :                                              cana--G----ACCA--T--T--A--GC-----TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A----T------------TC--------A--AAA----ATA--TATAAA-T-----AA-------AG-T------------------------A-A-TAAA-CG--C-CACC-----GA--TT---------TTAT------------AACTTC--CTTGGC----GAAGGTAA--------T---A-A---CGCA---A---T---TGA-TACAATGTTTTGT--TA--C-ATG-TTT
gi|133604                     :                       acaccaatga-A----GC-GAT---AT--G----ACCA--T--T--A--G------ATT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----AAAATA----T------------CC--------A--CAA----ACA--A----A-T-----AA-------AA-T-A-A-------T--A-AAT-A---A-A-TAAA-CG--C-TTCC-----GA--TT---------TTAC------------AACCTC--CTTAGC----GGAGTTAA--------T---T-A---TA
gi|133605                     :                                 -A----GT-AAT---CT--G----ACCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----AAGTTGC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----A-----------------AC--------A--TAT----ATG--AATAAA-T------G-------AG-T-A-A----------A-C---A---A-A-TAAA-C
gi|133606                     :                                 -A----AC-GGT---CT-------ACT---T--T--A--C------NGT-T-TG----CA-TG----AAGT-GC----T--A--A-CA-G----AC-----A----A----AGT--TAA----------CC--------A--CAA----ATA--AATA----------------------------------------------A-A-TAAA-TG--T-CACC-----GATTTT-----------AT------------AACCTC--CTTGGC----AGAGATAG--------T----------AAA---TGCCTC--TG-----A---TTTTAT--AA--C-CTC-CT--------GGGC---AGAG
gi|133607                     :                                         -GAC---CT--G----ATCA--T--T--A--G------TTT-T-TG----CA-TG----ATGTTTC----T--A--A-CA-A----AC-----A----A----A----T------------AA--------A--TAA----ATA--AATAGA-T-----AA-------AT-T-------------------------------------C-CTCT-----GA--TT---------TTAT------------AACCTC--CTTGGC----AGAGG