lowQualScore                  :                        11                                                                                                                              22222       
lowQualScore                  :         0      2  0 0  11  00 777777 4 999999    11111 66666 0 1111  11 1111 1111 33333 22 33333333333333333 0 111 0 000 0 555555555  222 000    11    00000       
lowQualScore                  :         .      .  . .  ..  .. ...... . ......    ..... ..... . ....  .. .... .... ..... .. ................. . ... . ... . .........  ... ...    ..    .....       
lowQualScore                  :         5      0  5 5  44  77 111111 0 222222    77777 33333 5 0000  66 5555 5555 55555 55 77777777777777777 5 999 5 999 5 888888888  555 999    33    55555       
consensus                     :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----CCGTCCG
Reference ( gi|31518 )        :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----CCGTCCG
gi|31519                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CTGT--CCGTC----CC-TCCG
gi|31521                      :     TTGT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----
gi|31520                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-ACGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCatc
gi|31522                      :     TCAT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-AGGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCG
gi|31562                      :     TTAT--AGGGT-CC-C-GC--CG--A--T---ACT---CG-GCGG-----G-----G-C----CC--T----A----
gi|31523                      :   atTTAT-TAGGGC-CC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----A----AA-C----CC--TATAGA----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCgtaatcagcttttccgtccgtccgt
gi|31526                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----C----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGTGGCTGTC----
gi|31527                      :     TTAT--AGGGC-CC-C-AC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----A----AG-C----TC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----
gi|31529                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AGCC----CC--T----A----T-----AACG-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---TCGCG-TCGTA----CCGTCCg
gi|31529                      :     TTAT-AGGGGCTCC-C-GC--CG--A--T---ACT---CG-GCGG-----G-----G-C----CC--T----A----
gi|31525                      : ttatTCAT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-AGGG-----A----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCTT--CTGT-----CCGTCCGcgtaatcagctttttcgcgtcgtaccgtcc
gi|31524                      :     TTAT-TAAGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----A----AG-C----CC--A----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----A-T--TC-T-T---CCTT--CCGT-----CCGTCCG
gi|31528                      :     TTAT-GAGGGC-CG---GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-T--GT-T-T---CCGT--CCGTC----tccg
gi|31566                      :     TTATATAGG-C-CC-C-GC--CG--A--T---ACT---CG-GCGG-----G-----G-C----CC--T----A----g
gi|31530                      :   atTCAT-TAGGGG-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GTGG-----G----AA-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-TTGAC-A----G-C--TT-T-T---CTGT--CCGTC----tcagcttttccgttcatgccgtctg
gi|31533                      :     TTAT-TAGGGT-CC-C-GC--T---AG-T---G-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CTGtgtc
gi|31532                      :     TCAT-TAGGGC-TC-C-AC--TG--AG-T---A-T---CG-CCGG-----G----AG-C----CT--T----A----C-----A--A-----------------T-A---G-T---C-A----G-C--TT-T-T---TCGT--CCGTC----
gi|31540                      :     TTAT-TAGGGC-CCAC-G---CG--AG-T---A-T---C--GCGGT----G----AG-C----CC--T----A----T-----AT-G-----------------T-G---------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTCGTGGCCGTCCatc
gi|31537                      :     TTGT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---C--GCGG-----G----CG-C----CA--T----A----------A--G-----------------T-A---A-T-----A----GTC--CT-T-T---CCGT--CCGT
gi|31541                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-A-------AG-T---AAT---CG-GCGG-----A----AG-C----CC--T----AA---T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---Cgcgtc
gi|31534                      :     TTAT-TAGGGC-TC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CTGT--CCAT-----CCGTCCG
gi|31535                      :     TTTT-TAGGGC-CC-C-GTA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----AA-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CCGTC
gi|31548                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GC--CA--AG-T---A-T-------CGG-----G----AG-C----CC--T----A----TTCTC-A--GCCTTTCAGCTGATCAGTT-T---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCATC----
gi|31536                      :     TCAT-TAGGGC-CC-C-GC--AA--GA-A---A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CCGTTCGaatcc
gi|31544                      :     TTTT-TAGGGT-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GC-------------------------------------------------------------T-A-----T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCG
gi|31547                      :     TTAT-TAGG-C-CC-C-AC--TA-----T---A-T---CG-GCGT-----G----AG-C----CC--T----T----T-----A--G-----------------T-AATGA-T---C-A----G-C--TA-T-C---CCAT--CCGTC----
gi|31553                      :     TTTT-TAGGGC-CT-C-GC--GC--AG-T---A-T---CG-ACGA-----A----AG-C----AT--T----C----T-----A--G-----------------T-A---A-T-----A----G-C--TT-T-TCAACCGT--CCGTC----atc
gi|31549                      :     TTGT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--
gi|31543                      :     TTGT-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----A-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CTGT--CCATC----
gi|31539                      :     TTTT-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GTGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGC--CCGT-----CTGTCCG
gi|31538                      :     TTTT-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GTGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGC--CCGT-----CTGTCCG
gi|31531                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GC-------------G-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-T---T-T---C-A------C--TT-TGT---CCGT--CTGT-----CCGTCCG
gi|31545                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TG-G-T---CTGT--CCGTC----
gi|31555                      :     TTAT-TGGGAC-CC-C-GC--CT--AC-T---A-T---CG-GAGG-----G----AT-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-T---A-C---T-A----A-CAATT-T-T---C
gi|31546                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CCC-T----A----T-----G--G-----------------A-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGTC----
gi|31542                      :     TCAT-TAGGGT-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-T----CC--T----A----T-----A--T-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTCC
gi|31552                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-ACATCG--AG-----A-TG--CG-GCG--------------C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-T---T-T---C-A----T-T--TT-G-T---CCGT--CTGT-----CCGTC
gi|31557                      :     TTAT--AGCGC-CC-C-GC--CG--AC-T---A-T---TG-GCTG-----G----TT-C----AC--T----A----TATTGCA--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCTT--TC-TT----CTGTCTG
gi|31551                      :     TTAT-TAGGGC-CC-CCGC--AGGAAA-TGAAA-T------GCGG-----T-----G-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCATC----TAGTCCGtctgtccg
gi|31554                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GCG-------------------CC--T----A----T-----A--G-----------------T-T---T-T---C-A------C--TT-TGT---CCAT--CCGT-----CCGTCTGtcc
gi|31556                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GC-------------G-C----TC--T----A----T-----A--G-----------------T-T---T-T---C-A------C--TT-TGT---CCGT--CTGT-----CTGTCCG
gi|31550                      :     TTAT-TAGGGC-CC-C-GC-------------A-T---CG-ACAGATGCAG----CG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-T---T-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CCGT-----CTGTCTG
gi|31558                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-C---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTC
gi|31561                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT---------GT--CCGTC----CCGTCC
gi|31559                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----GCC--TT-T-T---CCGT--CTGT-----CCGTCCGatc
gi|31563                      :       AT-TAGGGC-CC-C-AC--CG--AG-T---A-T---CG-ACGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----G--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----
gi|31562                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----A--C----CC--T----A----TA----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----tg
gi|31564                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--GG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--A----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-G----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----gt
gi|31560                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG----------AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCAT--CCGT-----CTGTCCg
gi|31566                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----G-------CC--T----A----T-----A--------------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--TCATG----CCGTCTG
gi|31568                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--CA--AG-T---A-T---GG-GAGG-----G----AG-C----CC--G----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-C----G-C--TT-G-T---CCGT--CCGTC----
gi|31565                      :       AT-TACGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-CTAGTCC--T----G----T-----T--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-A--TT-C-T---CCGT--CCGTC----
gi|31567                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----AAGCCAG-C----CC--C----A----A-----A--G-----------------TAA---A-T---C-A----G-CT-TT-T-T---CCGT--CCGTC----
gi|31569                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-TCGGCG-GCGG-----G----AG-C----CC--TC---A----TG----A--G-----------------T-A---A-T---CGA----G-C--TTCT-T---CCTT--CCGGT----CCGTTCGgttc
gi|31574                      :       AT-TCGGGC-CC-C-GC--CG-------------------CGG-----G----AG-C----CC--T----AGAGAT-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--ACGT-----TCGTCCG
gi|31572                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CT--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CCGTC
gi|31571                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----A----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTCCG
gi|31570                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-T----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CTGT-----CCGTCCG
gi|31577                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-C----C-------------------------------------------------------------C--TT-T-T---CCGT--CTGTC----
gi|31576                      :       AT-TAGGGT-CC-C-GCA-TG--AAAT---A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----AC-G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CTGT------CGTCCGg
gi|31575                      :       AT-TAGCGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------C-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTCCG
gi|31579                      :       AT-TAGAGC-CC-C-GC--TG--AG-T---A-T-------TGG-----G----GG-C----CCT-T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----
gi|31578                      :       AT-TAGGGC-CA-C-AT--GA--AA-T------------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTTCG
gi|31573                      :       AT-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-G---A-T------GCGT-----G-------C----CT--T----A----T-----A--G-----------------T-A---ATT---C-A----A----TT-G-T---CCGG--CCGT-----CCGTC
gi|31580                      :        T-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-AC------------------------T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCC
gi|31581                      :        T-TAGGGC-CC-C-GC--CG--AG-T---------------------------G-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCAT-----CCGTCC
gi|31582                      :        T-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CTGT-----CTGTTCG
gi|31585                      :        T-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-----A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CCGTCTGT-CTGTCCG
gi|31586                      :        T-TAGGGC-CC-C-GCA-TG--AAAT---A-T--------GG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--A-----------------T-ATTAA-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGTC----tccgtccg
gi|31584                      :        T-CAGGGC-CC-C-GC-------A-T---T-T---CATGCGG-----G----AG-T----CCTAT----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A------C--AT-T-------GT--CCATC----TCGTCTG
gi|31583                      :        T-CAGGGC-CC-C-GC-------A-T---T-T---CATGCGG-----G----AG-T----CC--T----A----T-----ATAG-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CTGT-----CTGTCTGtctg
gi|31519                      :         -TAGGGCTCC-C-GC--CG--A--T---ACT---CG-GCGG-----G-----G-C----CC--T----A----
gi|31558                      :     ttat-TAGGGCTCC-C-GC--CG--A--T---ACT---CG-GCGG-----G-----G-C----CC--T----A----tagtaatcagcttttctgtccgtccctccg
gi|31561                      :       at-TAGGGCTCC-C-GC--CG--A--T---ACT---CG-GCGG-----G-----G-C----CC--T----A----tagtaaccagcttttccgtccgtccgtc
gi|31560                      :       at-TAGGGC-TC-C-GC--CG--A--T---ACT---CA-GCGG-----G-----G-C----CC--T----A----tagtaatcagcttgtccgtcccgtccatc
gi|31587                      :       at-TAGGGC-CC-C-TT--CG--AG-T---A-A---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----T----C-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-T--TT-T-T---CCGC--CCGT-----CCGTCtagtaatcagcttttccatccgtctgtcc
gi|31588                      :         -TAGGGC-CC-C-AC--CG--AC-T---A-T---TG-GTGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-T----G-C--TT-T-T---TGAT--CTAT-----CCATCCG
gi|31589                      :           AGGGC-AC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----A-T--TT-T-C---CCGT--CCAT-----CCGTC
gi|31590                      :                -CC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG------CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----A----TT-T-C---CCGT--CCATC----
gi|31591                      :                               G-C---A-T---CA-GCGG----------AG-C----CT--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---A-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CTGT-----CCGTCCGgt
gi|31592                      :                                             -GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-ACATTG-T--TT-G-T---CCGT--CCGTC----
gi|31593                      :                                             -GCGG-----A----TG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CTGT-----CTGTCCGtg
gi|31594                      :                                                 G-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G-----------------T-A---A-T---C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCG





Alignments
lowQualScore                  :                  11              111111                                                                                                       22222       
lowQualScore                  :             0 0  22  00  77777 0 111111    11111 33333 0 1111  11 1111 1111 33333 22 222222222 0 111 0 22222222 0 555555555  222 000    11    00000       
lowQualScore                  :             . .  ..  ..  ..... . ......    ..... ..... . ....  .. .... .... ..... .. ......... . ... . ........ . .........  ... ...    ..    .....       
lowQualScore                  :             5 5  33  88  11111 5 333333    88888 00000 5 1111  88 6666 6666 55555 55 111111111 5 888 5 88888888 5 555555555  333 999    33    11111       
consensus                     : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----CCGTCCG
Reference ( family-308 )      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----CCGTCCG
gi|31518                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----CCGTCCG
gi|31519                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CTGT--CCGTC----CC-TCCG
gi|31520                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-ACGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTC
gi|31521                      : TTGTTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----
gi|31522                      : TCATTAGGGCCC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-AGGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCGatc
gi|31523                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----A----AA-C----CC--TATAGA----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCC
gi|31524                      : TTATTAAGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----A----AG-C----CC--A----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----A-T--TC-T-T---CCTT--CCGT-----CCGTCCG
gi|31525                      : TCATTAGGGCCC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-AGGG-----A----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCTT--CTGT-----CCGTCCGtccg
gi|31526                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----C----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGTGGCTGTC----
gi|31527                      : TTAT-AGGGCCC-C-AC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----A----AG-C----TC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----
gi|31528                      : TTATGAGGGCCG---GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-T--GT-T-T---CCGT--CCGTC----g
gi|31529                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AGCC----CC--T----A----T-----AACG---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---TCGCG-TCGTA----CCGTCCg
gi|31530                      : TCATTAGGGGCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GTGG-----G----AA-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-TTGA-----C-A----G-C--TT-T-T---CTGT--CCGTC----
gi|31531                      : TTATTAGGGCCC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GC-------------G-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-T---T-T--------C-A------C--TT-TGT---CCGT--CTGT-----CCGTCCGtgtc
gi|31532                      : TCATTAGGGCTC-C-AC--TG--AG-T---A-T---CG-CCGG-----G----AG-C----CT--T----A----C-----A--A---------T-A---G-T--------C-A----G-C--TT-T-T---TCGT--CCGTC----
gi|31533                      : TTATTAGGGTCC-C-GC--T---AG-T---G-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CTGatc
gi|31534                      : TTATTAGGGCTC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CTGT--CCAT-----CCGTCCG
gi|31535                      : TTTTTAGGGCCC-C-GTA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----AA-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CCGTC
gi|31536                      : TCATTAGGGCCC-C-GC--AA--GA-A---A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CCGTTCG
gi|31537                      : TTGTTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---C--GCGG-----G----CG-C----CA--T----A----------A--G---------T-A---A-T----------A----GTC--CT-T-T---CCGT--CCGT
gi|31538                      : TTTTTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GTGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGC--CCGT-----CTGTCCGgcgtc
gi|31539                      : TTTTTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GTGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGC--CCGT-----CTGTCCG
gi|31540                      : TTATTAGGGCCCAC-G---CG--AG-T---A-T---C--GCGGT----G----AG-C----CC--T----A----T-----AT-G---------T-G--------------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTCGTGGCCGTCC
gi|31541                      : TTATTAGGGCCC-C-A-------AG-T---AAT---CG-GCGG-----A----AG-C----CC--T----AA---T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---C
gi|31542                      : TCATTAGGGTCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-T----CC--T----A----T-----A--T---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTCC
gi|31543                      : TTGTTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----A-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CTGT--CCATC----
gi|31544                      : TTTTTAGGGTCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GC-----------------------------------------------------T-A-----T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCG
gi|31545                      : TTATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TG-G-T---CTGT--CCGTC----
gi|31546                      : TTATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CCC-T----A----T-----G--G---------A-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGTC----
gi|31547                      : TTATTAGG-CCC-C-AC--TA-----T---A-T---CG-GCGT-----G----AG-C----CC--T----T----T-----A--G---------T-AATGA-T--------C-A----G-C--TA-T-C---CCAT--CCGTC----
gi|31548                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CA--AG-T---A-T-------CGG-----G----AG-C----CC--T----A----TTCTC-A--GCCTTTCAGCT-G---A-TCAGTTTATC-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCATC----atc
gi|31549                      : TTGTTAGGGCCC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--aatcc
gi|31550                      : TTATTAGGGCCC-C-GC-------------A-T---CG-ACAGATGCAG----CG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-T---T-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CCGT-----CTGTCTG
gi|31551                      : TTATTAGGGCCC-CCGC--AGGAAA-TGAAA-T------GCGG-----T-----G-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCATC----TAGTCCG
gi|31552                      : TTATTAGGGCCC-C-ACATCG--AG-----A-TG--CG-GCG--------------C----CC--T----A----T-----A--G---------T-T---T-T--------C-A----T-T--TT-G-T---CCGT--CTGT-----CCGTCtcc
gi|31553                      : TTTTTAGGGCCT-C-GC--GC--AG-T---A-T---CG-ACGA-----A----AG-C----AT--T----C----T-----A--G---------T-A---A-T----------A----G-C--TT-T-TCAACCGT--CCGTC----
gi|31554                      : TTATTAGGGCCC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GCG-------------------CC--T----A----T-----A--G---------T-T---T-T--------C-A------C--TT-TGT---CCAT--CCGT-----CCGTCTG
gi|31555                      : TTATTGGGACCC-C-GC--CT--AC-T---A-T---CG-GAGG-----G----AT-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-T---A-C--------T-A----A-CAATT-T-T---C
gi|31556                      : TTATTAGGGCCC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GC-------------G-C----TC--T----A----T-----A--G---------T-T---T-T--------C-A------C--TT-TGT---CCGT--CTGT-----CTGTCCG
gi|31557                      : TTAT-AGCGCCC-C-GC--CG--AC-T---A-T---TG-GCTG-----G----TT-C----AC--T----A----TATTGCA--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCTT--TC-TT----CTGTCTG
gi|31558                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-C--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCtctgtccg
gi|31559                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----GCC--TT-T-T---CCGT--CTGT-----CCGTCCG
gi|31560                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG----------AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCAT--CCGT-----CTGTCC
gi|31561                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT---------GT--CCGTC----CCGTCC
gi|31562                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----A--C----CC--T----A----TA----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----atc
gi|31563                      :   ATTAGGGCCC-C-AC--CG--AG-T---A-T---CG-ACGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----G--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----gt
gi|31564                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--GG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--A----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-G----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----tg
gi|31565                      :   ATTACGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-CTAGTCC--T----G----T-----T--G---------T-A---A-T--------C-A----G-A--TT-C-T---CCGT--CCGTC----g
gi|31566                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----G-------CC--T----A----T-----A------------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--TCATG----CCGTCTG
gi|31567                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----AAGCCAG-C----CC--C----A----A-----A--G---------TAA---A-T--------C-A----G-CT-TT-T-T---CCGT--CCGTC----
gi|31568                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CA--AG-T---A-T---GG-GAGG-----G----AG-C----CC--G----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-C----G-C--TT-G-T---CCGT--CCGTC----gttc
gi|31569                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-TCGGCG-GCGG-----G----AG-C----CC--TC---A----TG----A--G---------T-A---A-T--------CGA----G-C--TTCT-T---CCTT--CCGGT----CCGTTCG
gi|31570                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-T----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CTGT-----CCGTCCG
gi|31571                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----A----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTCCG
gi|31572                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CT--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CCGTC
gi|31573                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-G---A-T------GCGT-----G-------C----CT--T----A----T-----A--G---------T-A---ATT--------C-A----A----TT-G-T---CCGG--CCGT-----CCGTC
gi|31574                      :   ATTCGGGCCC-C-GC--CG-------------------CGG-----G----AG-C----CC--T----AGAGAT-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--ACGT-----TCGTCCG
gi|31575                      :   ATTAGCGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------C-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTCCG
gi|31576                      :   ATTAGGGTCC-C-GCA-TG--AAAT---A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----AC-G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CTGT------CGTCCG
gi|31577                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-C----C----------------------------------------------------------C--TT-T-T---CCGT--CTGTC----
gi|31578                      :   ATTAGGGCCA-C-AT--GA--AA-T------------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTTCGg
gi|31579                      :   ATTAGAGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T-------TGG-----G----GG-C----CCT-T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----
gi|31580                      :    TTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-AC------------------------T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCC
gi|31581                      :    TTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---------------------------G-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCAT-----CCGTCC
gi|31582                      :    TTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CTGT-----CTGTTCG
gi|31583                      :    TCAGGGCCC-C-GC-------A-T---T-T---CATGCGG-----G----AG-T----CC--T----A----T-----ATAG---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CTGT-----CTGTCTG
gi|31584                      :    TCAGGGCCC-C-GC-------A-T---T-T---CATGCGG-----G----AG-T----CCTAT----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A------C--AT-T-------GT--CCATC----TCGTCTG
gi|31585                      :    TTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-----A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CCGTCTGT-CTGTCCGtctg
gi|31586                      :    TTAGGGCCC-C-GCA-TG--AAAT---A-T--------GG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--A---------T-ATTAA-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGTC----tccgtccg
gi|31587                      :     TAGGGCCC-C-TT--CG--AG-T---A-A---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----T----C-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-T--TT-T-T---CCGC--CCGT-----CCGTC
gi|31588                      :     TAGGGCCC-C-AC--CG--AC-T---A-T---TG-GTGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-T----G-C--TT-T-T---TGAT--CTAT-----CCATCCG
gi|31589                      :      AGGGCAC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----A-T--TT-T-C---CCGT--CCAT-----CCGTC
gi|31590                      :           CC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG------CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----A----TT-T-C---CCGT--CCATC----
gi|31591                      :                         G-C---A-T---CA-GCGG----------AG-C----CT--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------A-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CTGT-----CCGTCCGgt
gi|31592                      :                                       -GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-ACATTG-T--TT-G-T---CCGT--CCGTC----
gi|31593                      :                                       -GCGG-----A----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CTGT-----CTGTCCGtg
gi|31594                      :                                           G-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCG





Alignments
lowQualScore                  :                  11              111111                                                                                                       22222       
lowQualScore                  :             0 0  22  00  77777 0 111111    11111 33333 0 1111  11 1111 1111 33333 22 222222222 0 111 0 22222222 0 555555555  222 000    11    00000       
lowQualScore                  :             . .  ..  ..  ..... . ......    ..... ..... . ....  .. .... .... ..... .. ......... . ... . ........ . .........  ... ...    ..    .....       
lowQualScore                  :             5 5  33  88  11111 5 333333    88888 00000 5 1111  88 6666 6666 55555 55 111111111 5 888 5 88888888 5 555555555  333 999    33    11111       
consensus                     : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----CCGTCCG
Reference ( family-308 )      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----CCGTCCG
gi|31518                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----CCGTCCG
gi|31519                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CTGT--CCGTC----CC-TCCG
gi|31520                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-ACGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTC
gi|31521                      : TTGTTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----
gi|31522                      : TCATTAGGGCCC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-AGGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCGatc
gi|31523                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----A----AA-C----CC--TATAGA----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCC
gi|31524                      : TTATTAAGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----A----AG-C----CC--A----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----A-T--TC-T-T---CCTT--CCGT-----CCGTCCG
gi|31525                      : TCATTAGGGCCC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-AGGG-----A----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCTT--CTGT-----CCGTCCGtccg
gi|31526                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----C----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGTGGCTGTC----
gi|31527                      : TTAT-AGGGCCC-C-AC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----A----AG-C----TC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----
gi|31528                      : TTATGAGGGCCG---GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-T--GT-T-T---CCGT--CCGTC----g
gi|31529                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AGCC----CC--T----A----T-----AACG---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---TCGCG-TCGTA----CCGTCCg
gi|31530                      : TCATTAGGGGCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GTGG-----G----AA-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-TTGA-----C-A----G-C--TT-T-T---CTGT--CCGTC----
gi|31531                      : TTATTAGGGCCC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GC-------------G-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-T---T-T--------C-A------C--TT-TGT---CCGT--CTGT-----CCGTCCGtgtc
gi|31532                      : TCATTAGGGCTC-C-AC--TG--AG-T---A-T---CG-CCGG-----G----AG-C----CT--T----A----C-----A--A---------T-A---G-T--------C-A----G-C--TT-T-T---TCGT--CCGTC----
gi|31533                      : TTATTAGGGTCC-C-GC--T---AG-T---G-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CTGatc
gi|31534                      : TTATTAGGGCTC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CTGT--CCAT-----CCGTCCG
gi|31535                      : TTTTTAGGGCCC-C-GTA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----AA-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CCGTC
gi|31536                      : TCATTAGGGCCC-C-GC--AA--GA-A---A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CCGTTCG
gi|31537                      : TTGTTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---C--GCGG-----G----CG-C----CA--T----A----------A--G---------T-A---A-T----------A----GTC--CT-T-T---CCGT--CCGT
gi|31538                      : TTTTTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GTGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGC--CCGT-----CTGTCCGgcgtc
gi|31539                      : TTTTTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GTGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGC--CCGT-----CTGTCCG
gi|31540                      : TTATTAGGGCCCAC-G---CG--AG-T---A-T---C--GCGGT----G----AG-C----CC--T----A----T-----AT-G---------T-G--------------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTCGTGGCCGTCC
gi|31541                      : TTATTAGGGCCC-C-A-------AG-T---AAT---CG-GCGG-----A----AG-C----CC--T----AA---T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---C
gi|31542                      : TCATTAGGGTCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-T----CC--T----A----T-----A--T---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTCC
gi|31543                      : TTGTTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----A-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CTGT--CCATC----
gi|31544                      : TTTTTAGGGTCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GC-----------------------------------------------------T-A-----T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCG
gi|31545                      : TTATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TG-G-T---CTGT--CCGTC----
gi|31546                      : TTATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CCC-T----A----T-----G--G---------A-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGTC----
gi|31547                      : TTATTAGG-CCC-C-AC--TA-----T---A-T---CG-GCGT-----G----AG-C----CC--T----T----T-----A--G---------T-AATGA-T--------C-A----G-C--TA-T-C---CCAT--CCGTC----
gi|31548                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CA--AG-T---A-T-------CGG-----G----AG-C----CC--T----A----TTCTC-A--GCCTTTCAGCT-G---A-TCAGTTTATC-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCATC----atc
gi|31549                      : TTGTTAGGGCCC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--aatcc
gi|31550                      : TTATTAGGGCCC-C-GC-------------A-T---CG-ACAGATGCAG----CG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-T---T-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CCGT-----CTGTCTG
gi|31551                      : TTATTAGGGCCC-CCGC--AGGAAA-TGAAA-T------GCGG-----T-----G-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCATC----TAGTCCG
gi|31552                      : TTATTAGGGCCC-C-ACATCG--AG-----A-TG--CG-GCG--------------C----CC--T----A----T-----A--G---------T-T---T-T--------C-A----T-T--TT-G-T---CCGT--CTGT-----CCGTCtcc
gi|31553                      : TTTTTAGGGCCT-C-GC--GC--AG-T---A-T---CG-ACGA-----A----AG-C----AT--T----C----T-----A--G---------T-A---A-T----------A----G-C--TT-T-TCAACCGT--CCGTC----
gi|31554                      : TTATTAGGGCCC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GCG-------------------CC--T----A----T-----A--G---------T-T---T-T--------C-A------C--TT-TGT---CCAT--CCGT-----CCGTCTG
gi|31555                      : TTATTGGGACCC-C-GC--CT--AC-T---A-T---CG-GAGG-----G----AT-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-T---A-C--------T-A----A-CAATT-T-T---C
gi|31556                      : TTATTAGGGCCC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GC-------------G-C----TC--T----A----T-----A--G---------T-T---T-T--------C-A------C--TT-TGT---CCGT--CTGT-----CTGTCCG
gi|31557                      : TTAT-AGCGCCC-C-GC--CG--AC-T---A-T---TG-GCTG-----G----TT-C----AC--T----A----TATTGCA--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCTT--TC-TT----CTGTCTG
gi|31558                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-C--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCtctgtccg
gi|31559                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----GCC--TT-T-T---CCGT--CTGT-----CCGTCCG
gi|31560                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG----------AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCAT--CCGT-----CTGTCC
gi|31561                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT---------GT--CCGTC----CCGTCC
gi|31562                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----A--C----CC--T----A----TA----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----atc
gi|31563                      :   ATTAGGGCCC-C-AC--CG--AG-T---A-T---CG-ACGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----G--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----gt
gi|31564                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--GG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--A----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-G----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----tg
gi|31565                      :   ATTACGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-CTAGTCC--T----G----T-----T--G---------T-A---A-T--------C-A----G-A--TT-C-T---CCGT--CCGTC----g
gi|31566                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----G-------CC--T----A----T-----A------------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--TCATG----CCGTCTG
gi|31567                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----AAGCCAG-C----CC--C----A----A-----A--G---------TAA---A-T--------C-A----G-CT-TT-T-T---CCGT--CCGTC----
gi|31568                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CA--AG-T---A-T---GG-GAGG-----G----AG-C----CC--G----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-C----G-C--TT-G-T---CCGT--CCGTC----gttc
gi|31569                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-TCGGCG-GCGG-----G----AG-C----CC--TC---A----TG----A--G---------T-A---A-T--------CGA----G-C--TTCT-T---CCTT--CCGGT----CCGTTCG
gi|31570                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-T----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CTGT-----CCGTCCG
gi|31571                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----A----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTCCG
gi|31572                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CT--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CCGTC
gi|31573                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-G---A-T------GCGT-----G-------C----CT--T----A----T-----A--G---------T-A---ATT--------C-A----A----TT-G-T---CCGG--CCGT-----CCGTC
gi|31574                      :   ATTCGGGCCC-C-GC--CG-------------------CGG-----G----AG-C----CC--T----AGAGAT-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--ACGT-----TCGTCCG
gi|31575                      :   ATTAGCGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------C-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTCCG
gi|31576                      :   ATTAGGGTCC-C-GCA-TG--AAAT---A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----AC-G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CTGT------CGTCCG
gi|31577                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-C----C----------------------------------------------------------C--TT-T-T---CCGT--CTGTC----
gi|31578                      :   ATTAGGGCCA-C-AT--GA--AA-T------------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGT-----CTGTTCGg
gi|31579                      :   ATTAGAGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T-------TGG-----G----GG-C----CCT-T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----
gi|31580                      :    TTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-AC------------------------T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCC
gi|31581                      :    TTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---------------------------G-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCAT-----CCGTCC
gi|31582                      :    TTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CTGT-----CTGTTCG
gi|31583                      :    TCAGGGCCC-C-GC-------A-T---T-T---CATGCGG-----G----AG-T----CC--T----A----T-----ATAG---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CTGT-----CTGTCTG
gi|31584                      :    TCAGGGCCC-C-GC-------A-T---T-T---CATGCGG-----G----AG-T----CCTAT----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A------C--AT-T-------GT--CCATC----TCGTCTG
gi|31585                      :    TTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-----A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCAT--CCGTCTGT-CTGTCCGtctg
gi|31586                      :    TTAGGGCCC-C-GCA-TG--AAAT---A-T--------GG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--A---------T-ATTAA-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CCGTC----tccgtccg
gi|31587                      :     TAGGGCCC-C-TT--CG--AG-T---A-A---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----T----C-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-T--TT-T-T---CCGC--CCGT-----CCGTC
gi|31588                      :     TAGGGCCC-C-AC--CG--AC-T---A-T---TG-GTGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-T----G-C--TT-T-T---TGAT--CTAT-----CCATCCG
gi|31589                      :      AGGGCAC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----A-T--TT-T-C---CCGT--CCAT-----CCGTC
gi|31590                      :           CC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG------CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----A----TT-T-C---CCGT--CCATC----
gi|31591                      :                         G-C---A-T---CA-GCGG----------AG-C----CT--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------A-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CTGT-----CCGTCCGgt
gi|31592                      :                                       -GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-ACATTG-T--TT-G-T---CCGT--CCGTC----
gi|31593                      :                                       -GCGG-----A----TG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----C-A--TT-G-T---CCGT--CTGT-----CTGTCCGtg
gi|31594                      :                                           G-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCG


blockSeqs                     :                  AT      TGAA    CGGCG     ATGCA AGCCA   TAGT  TA ATAG GAGA ATTGC AC CCTTTCAGC   ATG   CAGTTTAT   CATTGT     TG         GG    CGTGG
blockSeqs                     :                  AT      AG      GCG       T     A       .     C  C    A    TCTC  TA .           TTA   TGA        ACAA       TG         G     CTGT 
blockSeqs                     :                  AT      AG      GCG       .     A       .     T  .    .    A     T  .           .     .          GTC        TG         .     C    
blockSeqs                     :                  AT      AG      GCG       .     A       .     .  .    .    G     C  .           .     .          GCC        CT         .     C    
blockSeqs                     :                  A       AT      GCG       .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GCT        T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       AT      CAT       .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CAT       .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     A    
blockSeqs                     :                  A       T       CA        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CA        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          AT         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CA        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GT         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CA        .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CG        .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     T    
blockSeqs                     :                  A       T       CA        .     C       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         G          .     C    
blockSeqs                     :                  A       T       CG        .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     C    
blockSeqs                     :                  A       A       CG        .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     C    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         T          .     C    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     C    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     G    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     T    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     C    
blockSeqs                     :                  .       T       TG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     C    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     C       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     C    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     C    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          TT         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       GG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     G       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       G       TG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GA         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CG        .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         C          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       CA        .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       C         .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       C         .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       .         .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       .         .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       .         .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       .         .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       .         .     G       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       T       .         .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       C       .         .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GT         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          AT         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         G          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     T       .     .  .    .    .     .  .           .     .          CA         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     A       .     .  .    .    .     .  .           .     .          GC         T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     .       .     .  .    .    .     .  .           .     .          C          T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     .       .     .  .    .    .     .  .           .     .          C          T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     .       .     .  .    .    .     .  .           .     .          C          T          .     .    
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     .       .     .  .    .    .     .  .           .     .          A          G          .          
blockSeqs                     :                  .       .       .         .     .       .     .  .    .    .     .  .           .     .          C          G                     
blockSeqs                     :                          .       .         .     .       .     .  .    .    .     .  .           .     .          C          T                     
blockSeqs                     :                                            .     .       .     .  .    .    .     .  .           .     .          A          .                     
blockSeqs                     :                                            .     .       .     .  .    .    .     .  .           .     .                                           
blockSeqs                     :                                            .     .       .     .                                                                                   


blockSeqCons                  :                                                                                                                                               *****
originalCons                  : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGTC----CCGTCCG
finalCons                     : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T-----A--G---------T-A---A-T--------C-A----G-C--TT-T-T---CCGT--CCGT-----CCGTCCG





Alignments
lowQualScore                  :                  11              111111                                                                                                                                       
lowQualScore                  :             0 0  22  00  77777 0 111111    11111 33333 0 1111  11 1111 1111 2222 33333 222222222 0 44444444444 0 22222222 0 44444  222 000  22222222  11 0 11111  33333       
lowQualScore                  :             . .  ..  ..  ..... . ......    ..... ..... . ....  .. .... .... .... ..... ......... . ........... . ........ . .....  ... ...  ........  .. . .....  .....       
lowQualScore                  :             5 5  33  88  11111 5 333333    88888 00000 5 1111  88 6666 6666 2222 88888 111111111 5 33333333333 5 88888888 5 33333  333 999  00000000  99 6 99999  11111       
consensus                     : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTCCG
Reference ( family-308 )      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTCCG
gi|31518                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GTC----CCGTCCG
gi|31519                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CT--------GT--C-C-----GT-----CCCTCCG
gi|31520                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-ACGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTC
gi|31521                      : TTGTTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCATC
gi|31522                      : TCATTAGGGCCC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-AGGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTCCG
gi|31523                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----A----AA-C----CC--TATAGA----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTCC
gi|31524                      : TTATTAAGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----A----AG-C----CC--A----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AA-T--TC-T-T---CC--------TT--C-C-----GT-----CCGTCCG
gi|31525                      : TCATTAGGGCCC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-AGGG-----A----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------TT--C-T-----GT-----CCGTCCGtccg
gi|31526                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----C----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GTGGC-T-----GT-----CC
gi|31527                      : TTAT-AGGGCCC-C-AC--CG--AG-T---A-T---CA-GCGG-----A----AG-C----TC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCG
gi|31528                      : TTATGAGGGCCG---GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-T--GT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCG
gi|31529                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AGCC----CC--T----A----T----AAC---G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---TC--------GCG-T-C-----GTA----CCGTCC
gi|31530                      : TCATTAGGGGCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CA-GTGG-----G----AA-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-TTGA-----C-AG-C--TT-T-T---CT--------GT--C-C-----GT-----CTGTC
gi|31531                      : TTATTAGGGCCC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GC-------------G-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-T-----------T-T--------C-A--C--TT-TGT---CC--------GT--C-T-----GT-----CCGTCCG
gi|31532                      : TCATTAGGGCTC-C-AC--TG--AG-T---A-T---CG-CCGG-----G----AG-C----CT--T----A----C----A-----A---------T-A-----------G-T--------C-AG-C--TT-T-T---TC--------GT--C-C-----GT-----CCATC
gi|31533                      : TTATTAGGGTCC-C-GC--T---AG-T---G-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CT--------G
gi|31534                      : TTATTAGGGCTC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CT--------GT--C-C-----AT-----CCGTCCG
gi|31535                      : TTTTTAGGGCCC-C-GTA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----AA-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTC
gi|31536                      : TCATTAGGGCCC-C-GC--AA--GA-A---A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTTCG
gi|31537                      : TTGTTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---C--GCGG-----G----CG-C----CA--T----A---------A-----G---------T-A-----------A-T----------AGTC--CT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----GCGTC
gi|31538                      : TTTTTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GTGG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GC--C-C-----GT-----CTGTCCG
gi|31539                      : TTTTTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GTGG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GC--C-C-----GT-----CTGTCCG
gi|31540                      : TTATTAGGGCCCAC-G---CG--AG-T---A-T---C--GCGGT----G----AG-C----CC--T----A----T----AT----G---------T-G----------------------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GTCGTGGCCGTCC
gi|31541                      : TTATTAGGGCCC-C-A-------AG-T---AAT---CG-GCGG-----A----AG-C----CC--T----AA---T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---C
gi|31542                      : TCATTAGGGTCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-T----CC--T----A----T----A-----T---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CTGTCC
gi|31543                      : TTGTTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----A----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CT--------GT--C-C-----AT-----
gi|31544                      : TTTTTAGGGTCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GC-------------------------------------------------------T-A-------------T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTCCG
gi|31545                      : TTATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TG-G-T---CT--------GT--C-C-----GT-----
gi|31546                      : TTATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CCC-T----A----T----G-----G---------A-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-C-----GT-----
gi|31547                      : TTATTAGG-CCC-C-AC--TA-----T---A-T---CG-GCGT-----G----AG-C----CC--T----T----T----A-----G---------T-AATG--------A-T--------C-AG-C--TA-T-C---CC--------AT--C-C-----GT-----CCATC
gi|31548                      : TTATTAGGGCCC-C-GC--CA--AG-T---A-T-------CGG-----G----AG-C----CC--T----A----TTCTCA-----GCCTTTCAGCT-G-----------A-TCAGTTTATC-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----AT-----CAATCC
gi|31549                      : TTGTTAGGGCCC-C-GC--CG--AA-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--
gi|31550                      : TTATTAGGGCCC-C-GC-------------A-T---CG-ACAGATGCAG----CG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-T-----------T-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------AT--C-C-----GT-----CTGTCTG
gi|31551                      : TTATTAGGGCCC-CCGC--AGGAAA-TGAAA-T------GCGG-----T-----G-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-CATCTAGT-----CCGTCC
gi|31552                      : TTATTAGGGCCC-C-ACATCG--AG-----A-TG--CG-GCG--------------C----CC--T----A----T----A-----G---------T-T-----------T-T--------C-AT-T--TT-G-T---CC--------GT--C-T-----GT-----CCGTC
gi|31553                      : TTTTTAGGGCCT-C-GC--GC--AG-T---A-T---CG-ACGA-----A----AG-C----AT--T----C----T----A-----G---------T-A-----------A-T----------AG-C--TT-T-TCAACC--------GT--C-C-----GT-----
gi|31554                      : TTATTAGGGCCC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GCG-------------------CC--T----A----T----A-----G---------T-T-----------T-T--------C-A--C--TT-TGT---CC--------AT--C-C-----GT-----CCGTCTG
gi|31555                      : TTATTGGGACCC-C-GC--CT--AC-T---A-T---CG-GAGG-----G----AT-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-T-----------A-C--------T-AA-CAATT-T-T---C
gi|31556                      : TTATTAGGGCCC-C-GCATCG--AGAG---A-TG--CG-GC-------------G-C----TC--T----A----T----A-----G---------T-T-----------T-T--------C-A--C--TT-TGT---CC--------GT--C-T-----GT-----CTGTCCG
gi|31557                      : TTAT-AGCGCCC-C-GC--CG--AC-T---A-T---TG-GCTG-----G----TT-C----AC--T----A----T----ATTGCAG---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CCTTTCTTCTGT--C-T-----GT-----CTGTCCG
gi|31558                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-C--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTC
gi|31559                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AGCC--TT-T-T---CC--------GT--C-T-----GT-----CCGTCCG
gi|31560                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG----------AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------AT--C-C-----GT-----CTGTCC
gi|31561                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-G-T---CC--------GTC-C-C-----GT-----CCATC
gi|31562                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----A--C----CC--T----A----TA---A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGT
gi|31563                      :   ATTAGGGCCC-C-AC--CG--AG-T---A-T---CG-ACGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----G-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CTG
gi|31564                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--GG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--A----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-GG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCG
gi|31565                      :   ATTACGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-CTAGTCC--T----G----T----T-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-A--TT-C-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CC
gi|31566                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----G----G-------CC--T----A----T----A---------------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--T-C-----ATG----CCGTCTG
gi|31567                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T---CG-GCGG-----AAGCCAG-C----CC--C----A----A----A-----G---------TAA-----------A-T--------C-AG-CT-TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTTC
gi|31568                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CA--AG-T---A-T---GG-GAGG-----G----AG-C----CC--G----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-CG-C--TT-G-T---CC--------GT--C-C-----GT-----
gi|31569                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-TCGGCG-GCGG-----G----AG-C----CC--TC---A----TG---A-----G---------T-A-----------A-T--------CGAG-C--TTCT-T---CC--------TT--C-CG----GT-----CCGTTCG
gi|31570                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-T----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-T-----GT-----CCGTCCG
gi|31571                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----A----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CTGTCCG
gi|31572                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CT--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTC
gi|31573                      :   ATTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-G---A-T------GCGT-----G-------C----CT--T----A----T----A-----G---------T-A-----------ATT--------C-AA----TT-G-T---CC--------GG--C-C-----GT-----CCGTC
gi|31574                      :   ATTCGGGCCC-C-GC--CG-------------------CGG-----G----AG-C----CC--T----AGAGAT----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--A-C-----GT-----TCGTCCG
gi|31575                      :   ATTAGCGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCAG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------C-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CTGTCCG
gi|31576                      :   ATTAGGGTCC-C-GCA-TG--AAAT---A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T----AC----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-T-----GT------CGTCCG
gi|31577                      :   ATTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-C----C----------------------------------------------------------------C--TT-T-T---CC--------GT--C-T-----GT-----CCG
gi|31578                      :   ATTAGGGCCA-C-AT--GA--AA-T------------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CTGTTCG
gi|31579                      :   ATTAGAGCCC-C-GC--TG--AG-T---A-T-------TGG-----G----GG-C----CCT-T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-A
gi|31580                      :    TTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---A-T---CG-AC------------------------T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTCC
gi|31581                      :    TTAGGGCCC-C-GC--CG--AG-T---------------------------G-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----AT-----CCGTCC
gi|31582                      :    TTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------AT--C-T-----GT-----CTGTTCG
gi|31583                      :    TCAGGGCCC-C-GC-------A-T---T-T---CATGCGG-----G----AG-T----CC--T----A----T----ATA---G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------AT--C-T-----GT-----CTGTCTG
gi|31584                      :    TCAGGGCCC-C-GC-------A-T---T-T---CATGCGG-----G----AG-T----CCTAT----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------AT--CTC-----GT-----CTGTCTG
gi|31585                      :    TTAGGGCCC-C-GCA-TG--AA-----A-T------GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-ATCACATTGTCCA-T--------C-CG-T--CT-G-T---CT--------GT--C-C-----GT-----CCGTCCG
gi|31586                      :    TTAGGGCCC-C-GCA-TG--AAAT---A-T--------GG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----A---------T-ATTA--------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-C-----GT-----
gi|31587                      :     TAGGGCCC-C-TT--CG--AG-T---A-A---CG-GCGG-----G----AG-C----CC--T----T----C----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-T--TT-T-T---CC--------GC--C-C-----GT-----CCGTC
gi|31588                      :     TAGGGCCC-C-AC--CG--AC-T---A-T---TG-GTGG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-TG-C--TT-T-T---TG--------AT--C-T-----AT-----CCATCCG
gi|31589                      :      AGGGCAC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AA-T--TT-T-C---CC--------GT--C-C-----AT-----CCGTC
gi|31590                      :           CC-C-GC--CA--AG-T---A-T---CG-GCAG-----G----AG------CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AA----TT-T-C---CC--------GT--C-C-----AT-----CCGT
gi|31591                      :                         G-C---A-T---CA-GCGG----------AG-C----CT--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------A-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-T-----GT-----CCGTCCG
gi|31592                      :                                       -GCGG-----G----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---TT--------GT--C-C-----GT-----CCGTCTG
gi|31593                      :                                       -GCGG-----A----TG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AC-A--TT-G-T---CC--------GT--C-T-----GT-----CTGTCCG
gi|31594                      :                                           G-----G----AG-C----CC--T----A----T----A-----G---------T-A-----------A-T--------C-AG-C--TT-T-T---CC--------GT--C-C-----GT-----CCGTCCG