lowQualScore                  :            1 3333 00 0 0 0  000 0    11  11  22   111  0 2222 222222  0  1  2222 0 11   888   5 1    
lowQualScore                  :            . .... .. . . .  ... .    ..  ..  ..   ...  . .... ......  .  .  .... . ..   ...   . .    
lowQualScore                  :            6 4444 77 5 5 5  999 5    44  22  66   444  5 8888 777777  5  0  3333 5 33   444   9 2    
consensus                     :     GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-GCGA
Reference ( gi|74596 )        :     GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATTC--TGGCG-GCGA
gi|74597                      :     GTACACA-G----A--C-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATT---TGGCA-GCGA
gi|74551                      :     GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------CT-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74557                      : attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-TTGG--TC--AA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TC----A-A--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74589                      : attgGTATACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CCTCA-TT----C-A--ATTC--TAGTG-GCGA
gi|74561                      :    gGTATGCA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--AA--AGG---AA-G--T-C------CT-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74563                      : attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-CTGG--TC--CA--AG----AA-G--T-C------TC-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74552                      : attgGTACACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TA--AA--AGG---AA-G--T-C------CC-TA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74598                      : attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--
gi|74560                      :     GTGCACA-A----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA------C------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGATG-GCGA
gi|74567                      : attgGCACACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---CA-G--T-T------CC-CA-TC----A-A--ATTT--TAGTG-GCGA
gi|74566                      : atcgGTGCACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---GA-A--T-C------CC-AG-TT----A-A--ATTT--TGATG-GCGA
gi|74568                      : attgGTGCACA-G----G--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGA---AA-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATCT--TGGTG-ACGA
gi|74599                      : atcgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--
gi|74569                      :     GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGA---AA-G--T-C------CC-TG-TT----A-A--ATTT--TGGTG-
gi|74573                      : attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-GTGG--TC--TA--AGC---AA-G--T-C------CC-CA-TT----T-A--ATTT--TGGTG-
gi|74571                      : attgGTACACA-G----A--T---T-AT---C-TTGG--TC--TA--GGG---AA-G--T-C------CA-CA-TT----A-G--ATTT--TGGTG-CCGA
gi|74587                      : attgGTACACA-G----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CT-CA-TT----A-A--AGTT--TGGTG-GCGA
gi|74588                      :    gGTACACA-A----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-GT----G-A--ATTT--TGGTG-GTGA
gi|74562                      :    gGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--CGGAAAAA-G-----------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-GTGA
gi|74553                      : attgGTACATA-G----A--T-C-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AAG---AA-G--T-G------CC-CA-TT----A-A--ATAT--TGGTG-GCGA
gi|74602                      : attgGTACACA-G----C--T-G-C-AT---C-GTGG--TC--TA--CGG---AA-G--T-C------CC-CA-TG----A-A--ATTC--TGGTC-ACGA
gi|74577                      :     GTACACA-G----G--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T--------CC-CA-TT----G-A--ATT
gi|74564                      : attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TA--TA--AGG---AA-G--A-A------CT-CG-TT----A-A--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74576                      : attgGTACACA-T----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--GA--A-G---AA-A--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TTGTG-GCGA
gi|74603                      : attgGCACACA-G----A--T-G-T-AT---C-GTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CT-CG-TG----A-C--ATTT--TGTTG-GCGA
gi|74605                      :     GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--AATT--TG
gi|74606                      :     GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTG---TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATT
gi|74592                      :     GTACACA-A----A--T-G-A-TT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-A--T-C------AC-CA-TG----A-A--ATTT--TGGTG-GCt
gi|74575                      :    gGTAAACA-G----A--T-A-T-AT---C-T-GG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TC----A-G--ATTT--TGCTG-GTG
gi|74607                      : attgGTACACA-G----A--T-GAT-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATTT--T
gi|74593                      :     GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TGGG--TC--CA--GGG---AA-G--TCC------CC-CG-CT----A-AT-TTTT--TGGTG-GCGA
gi|74590                      :    gGTACAAG-G----A--T-G-T-AT---C-TTCG--TC--TA--AGG---AA-G--A-T------CC-CA-TT----A-A--ATT---TGGTG-TCG
gi|74612                      :    gGTACACA-G----A--T-T-T-AT---C-TTAG--AC--TA--AGG---AA-A--T-T------GC-CA-TT----A-A--ATCT--TCGTG-GCGA
gi|74609                      :     GTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-T--G--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--A
gi|74594                      :     GTACACA-G----GATT-G-T-AT---C-TTGGGGTC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CC-AT----A-A--ATTT--TGGatt
gi|74608                      :    gGTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--A-G---AG-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATTt
gi|74583                      :     GTACACA-G----A--T-A-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------GC-AA-TC----A-A--ATTt
gi|74559                      : attgGTAGACA-G----A--T-G-T-AT---C-TAGG--TC--TA--GGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----gtcatgacga
gi|74614                      : atggGCACGCA-A----A--T-G-T-AT---C-TTAA--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------CC-TA-TT----A-A--GTT---TGGTG-GAGAgttggtaacga
gi|74611                      :     GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--TCC------CC-CATTT----A-A--ATT
gi|74558                      :     GTTCACG-G----A--C-A-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGA---AA-G--A-A------TC-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-ACGAt
gi|74595                      : atagGTACATC-A----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---TC-C--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATGT--TGGTG-GTGA
gi|74585                      :    gGTACACA-G----A--T-A-C-AT---C-ATGG--TC--TA--AAG---AA-G--T-C------TT-CA-TTTTAAA-A--A-----TGGTG-GCGA
gi|74579                      : attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--
gi|74610                      : attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TCG-TA--AGG----A-G--T-C------CC-CA-TT----ACA--ATT---TGATGCGCGA
gi|74556                      :     GTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74555                      : attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74554                      : attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74580                      : attgGTAAACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------AC-CATTT----C-A--ATTT--GGGGG-GCGA
gi|74604                      : attgGTACACA-C----A--T-G-T-AT---C-TTGG--T---TAT-AAG---AA-G--A-C------CC-TA-TC----A-A--AGTT--TGGTG-GC
gi|74578                      :     GTACACA-G----A--T-A-T-TT---C-TTGA--TC--AA--AGG---AA-G--A-A------CA-CA-TT----A-T--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74584                      : attgGTAAACA-G----A--T-G-T-TT---C-TTGG--TC--TA--AAC---AA-G--T-C------CC-CA-TT----
gi|74601                      : attgGTACACA-G----A--T-G-C-ATGATC-TTGG--TC--TA--ACG---GA-G--A-C------CC-CA-GT----G-A--AATT--TGGTG-GGGAtttttggttgtga
gi|74582                      :     GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TG--AGG---AA-G--
gi|74581                      : attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTGG--TCTATA--GGG---AA-GAAT-TAA----CA-CA-TT----A-A--ATTTAATGATG-GCGAaaccatt
gi|74600                      : attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---CTTTGG--TC--TT--AGGA--AA-G--A-A------CC-CA-AT------A--ATTT--TGGTG-
gi|74613                      :     GTACACA-A----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGA---AG-A--T---------A-CA-TT----T-ACCCTTT--TGGTG-GCGA
gi|74572                      :      TACACA-G----A--T-G-T-AT---T-ATAG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-
gi|74565                      : attgaTACATC-A----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATTC--TGGTG-ACAA
gi|74615                      : attgaTACATA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AAGG--T-CCCGTCTCC-CA-TT----A-A--AGTT--TGGTG-GCGA
gi|74591                      :      TACACA-G----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGA---AA-G--G-C------CT-TA-TT----T-A--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74616                      :    gaTACACA-G----A--C-G-T-AT---C-TTGG--TT--GAGGAGG---AA-G------------C-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-CCGA
gi|74574                      :      TACACT-G----A--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGA---AA-G--A-C------TC-CA-TT----A-A--AGTT--TAGTG-
gi|74617                      : attgaTACATA-G----A--T-G-T-AT---C-TTAG--TA--AA--ATA---AA-G--T-C------CA-CA-TC----A-A--TTTT--TGGTG-GCGA
gi|74620                      :       ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-
gi|74619                      :       ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-
gi|74618                      :       ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-
gi|74621                      :       ACA-A-G----A--T-G-T-AT---C-TTGATCTC--TA--AGG---AA-GA-A-C------CC-CA-TTA---A-A--ATTT--TGGTG-
gi|74570                      :        CACA-T----A--T-G-T-AT---C-TTGG--GT--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TC----A-A--ATTT--TGGTGAGCGA
gi|74623                      :   attggtACA-G----T--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T--------CC-CA-TT----G-A--ATTA--TGGTG-GCGA
gi|74622                      :         ACA-G----A--TTG-T-AT---C-TTGG--TC--TC--AGA---AA-G--T-C------CT-CA-TT----A-G--ATTT--TAGTG-ATGA
gi|74624                      :           A-G----A--T-G-T-AT---C-TTCG--TC--TA--CGA---AA-A--T-C------CC-TA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74625                      :            -G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TATAAGG---AA-G--T-C------CA-CA-TT----A-C--ATTT--TTGTG-GTGA
gi|74626                      :              ----A--T-G-T-AT---C-TCGC--TC--TG--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74586                      :              ----A--T-G-TTAT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AT-G--C-T------TC-CA-TTTA--A-A--ATTT--GGGTG-GCGA
gi|74627                      :         attggtgtac--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--TGA---AA-G--A-C------CT-CA-TT----A-A--GTTT--TGGTG-GCAA
gi|74628                      :                        -T-AT---C-TTGG--TC--TA--TGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATGT--TGGTG-GCGA
gi|74629                      :                        -T-AT---C-TTGG--TC--TATAAAA---AA-G--A-CT-----CC-CA-TT----A-A--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74630                      :                             ---C-TTGG--TC--TA--ATG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----A-A--ATTT--TCGTG-GTGA





Alignments
lowQualScore                  :                  1 3333 00 0 0 0  000 0    11  11  22   111  0 2222 222222  0  1  2222  11    00     1    
lowQualScore                  :                  . .... .. . . .  ... .    ..  ..  ..   ...  . .... ......  .  .  ....  ..    ..     .    
lowQualScore                  :                  6 4444 77 5 5 5  999 5    44  22  66   444  5 6666 777777  5  0  3333  22    77     2    
consensus                     :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
Reference ( family-296 )      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74551                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------CT-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74552                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TA--AA--AGG---AA-G--T-C------CC-TA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74553                      :       attgGTACATA-G----A--T-C-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AAG---AA-G--T-G------CC-CA-TT----AA--ATAT--TGGTG-GCGA
gi|74554                      :       attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74555                      :       attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74556                      :       attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74557                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-TTGG--TC--AA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TC----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74558                      :       attgGTTCACG-G----A--C-A-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGA---AA-G--A-A------TC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-ACGA
gi|74559                      :       atagGTAGACA-G----A--T-G-T-AT---C-TAGG--TC--TA--GGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----G------T--TGGTA-ACGA
gi|74560                      :       atggGTGCACA-A----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA------C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGATG-GCGA
gi|74561                      :       attgGTATGCA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--AA--AGG---AA-G--T-C------CT-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74562                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--CGGAAAAA-G-----------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GTGA
gi|74563                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-CTGG--TC--CA--AG----AA-G--T-C------TC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74564                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TA--TA--AGG---AA-G--A-A------CT-CG-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74565                      :        attgTACATC-A----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTC--TGGTG-ACAA
gi|74566                      :      attgaGTGCACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---GA-A--T-C------CC-AG-TT----AA--ATTT--TGATG-GCGA
gi|74567                      :       attgGCACACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---CA-G--T-T------CC-CA-TC----AA--ATTT--TAGTG-GCGA
gi|74568                      :       atcgGTGCACA-G----G--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGA---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATCT--TGGTG-ACGA
gi|74569                      :       atcgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGA---AA-G--T-C------CC-TG-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74570                      :          attgCACA-T----A--T-G-T-AT---C-TTGG--GT--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TC----AA--ATTT--TGGTGAGCGA
gi|74571                      :     attggtGTACACA-G----A--T---T-AT---C-TTGG--TC--TA--GGG---AA-G--T-C------CA-CA-TT----AG--ATTT--TGGTG-CCGA
gi|74572                      :        attgTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-ATAG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74573                      :      attgaGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-GTGG--TC--TA--AGC---AA-G--T-C------CC-CA-TT----TA--ATTT--TGGTG-
gi|74574                      :        attgTACACT-G----A--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGA---AA-G--A-C------TC-CA-TT----AA--AGTT--TAGTG-
gi|74575                      :      attgaGTAAACA-G----A--T-A-T-AT---C-T-GG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TC----AG--ATTT--TGCTG-GTG
gi|74576                      :       attgGTACACA-T----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--GA--AGA---AA----T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TTGTG-GCGA
gi|74577                      :       attgGTACACA-G----G--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T--------CC-CA-TT----GA--ATT
gi|74578                      :       attgGTACACA-G----A--T-A-T-TT---C-TTGA--TC--AA--AGG---AA-G--A-A------CA-CA-TT----AT--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74579                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--
gi|74580                      :       attgGTAAACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------AC-CATTT----CA--ATTT--GGGGG-GCGA
gi|74581                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTGG--TCTATA--GGG---AA-GAAT-TAA----CA-CA-TT----AA--ATTTAATGATG-GCGA
gi|74582                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TG--AGG---AA-G--
gi|74583                      :       attgGTACACA-G----A--T-A-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------GC-AA-TC----AA--ATTG--TCATG-ACGAaaccatt
gi|74584                      :       attgGTAAACA-G----A--T-G-T-TT---C-TTGG--TC--TA--AAC---AA-G--T-C------CC-CA-TT--------TTTT--TGGTT-GTGA
gi|74585                      :       attgGTACACA-G----A--T-A-C-AT---C-ATGG--TC--TA--AAG---AA-G--T-C------TT-CA-TTTTAAAA--A-----TGGTG-GCGA
gi|74586                      :                attg----A--T-G-TTAT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AT-G--C-T------TC-CA-TTTA--AA--ATTT--GGGTG-GCGA
gi|74587                      : attggtgtacGTACACA-G----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CT-CA-TT----AA--AGTT--TGGTG-GCGA
gi|74588                      :          gGTACACA-A----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-GT----GA--ATTT--TGGTG-GTGA
gi|74589                      :          gGTATACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CCTCA-TT----CA--ATTC--TAGTG-GCGA
gi|74590                      :          gGTACAAG-G----A--T-G-T-AT---C-TTCG--TC--TA--AGG---AA-G--A-T------CC-CA-TT----AA--A-TT--TGGTG-TCG
gi|74591                      :           gTACACA-G----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGA---AA-G--G-C------CT-TA-TT----TA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74592                      :         gaGTACACA-A----A--T-G-A-TT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-A--T-C------AC-CA-TG----AA--ATTT--TGGTG-GC
gi|74593                      :          gGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TGGG--TC--CA--GGG---AA-G--TCC------CC-CG-CT----AAT-TTTT--TGGTG-GCGA
gi|74594                      :          gGTACACA-G----GATT-G-T-AT---C-TTGGGGTC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CC-AT----AA--ATTT--TGGT
gi|74595                      :          gGTACATC-A----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---TC-C--T-C------CC-CA-TT----AA--ATGT--TGGTG-GTGA
gi|74596                      :          gGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTC--TGGCG-GCGA
gi|74597                      :           GTACACA-G----A--C-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--A-TT--TGGCA-GCGA
gi|74598                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--
gi|74599                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--
gi|74600                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---CTTTGG--TC--TT--AGGA--AA-G--A-A------CC-CA-AT-----A--ATTT--TGGTG-
gi|74601                      :           GTACACA-G----A--T-G-C-ATGATC-TTGG--TC--TA--ACG---GA-G--A-C------CC-CA-GT----GA--AATT--TGGTG-GGGA
gi|74602                      :           GTACACA-G----C--T-G-C-AT---C-GTGG--TC--TA--CGG---AA-G--T-C------CC-CA-TG----AA--ATTC--TGGTC-ACGA
gi|74603                      :           GCACACA-G----A--T-G-T-AT---C-GTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CT-CG-TG----AC--ATTT--TGTTG-GCGA
gi|74604                      :           GTACACA-C----A--T-G-T-AT---C-TTGG--T---TAT-AAG---AA-G--A-C------CC-TA-TC----AA--AGTT--TGGTG-GC
gi|74605                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--AATT--TG
gi|74606                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTG---TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--
gi|74607                      :           GTACACA-G----A--T-GAT-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--T
gi|74608                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--A-G---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--
gi|74609                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-T--G--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--AATT--
gi|74610                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TCG-TA--AGG----A-G--T-C------CC-CA-TT----AC--AATT--TGATGCGCGA
gi|74611                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--TCC------CC-CATTT----AA--ATTT--
gi|74612                      :           GTACACA-G----A--T-T-T-AT---C-TTAG--AC--TA--AGG---AA-A--T-T------GC-CA-TT----AA--ATCT--TCGTG-GCGA
gi|74613                      :           GTACACA-A----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGA---AG-A--T---------A-CA-TT----TACCCTTT--TGGTG-GCGA
gi|74614                      :           GCACGCA-A----A--T-G-T-AT---C-TTAA--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------CC-TA-TT----AA--G-TT--TGGTG-GAGA
gi|74615                      :            TACATA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AAGG--T-CCCGTCTCC-CA-TT----AA--AGTT--TGGTG-GCGA
gi|74616                      :            TACACA-G----A--C-G-T-AT---C-TTGG--TT--GAGGAGG---AA-G------------C-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-CCGA
gi|74617                      :            TACATA-G----A--T-G-T-AT---C-TTAG--TA--AA--ATA---AA-G--T-C------CA-CA-TC----AA--TTTT--TGGTG-GCGA
gi|74618                      :             ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74619                      :             ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74620                      :             ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74621                      :             ACA-A-G----A--T-G-T-AT---C-TTGATCTC--TA--AGG---AA-GA-A-C------CC-CA-TTA---AA--ATTT--TGGTG-
gi|74622                      :               ACA-G----A--TTG-T-AT---C-TTGG--TC--TC--AGA---AA-G--T-C------CT-CA-TT----AG--ATTT--TAGTG-ATGA
gi|74623                      :               ACA-G----T--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T--------CC-CA-TT----GA--ATTA--TGGTG-GCGA
gi|74624                      :                 A-G----A--T-G-T-AT---C-TTCG--TC--TA--CGA---AA-A--T-C------CC-TA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74625                      :                  -G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TATAAGG---AA-G--T-C------CA-CA-TT----AC--ATTT--TTGTG-GTGA
gi|74626                      :                    ----A--T-G-T-AT---C-TCGC--TC--TG--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74627                      :                         --T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--TGA---AA-G--A-C------CT-CA-TT----AA--GTTT--TGGTG-GCAA
gi|74628                      :                              -T-AT---C-TTGG--TC--TA--TGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATGT--TGGTG-GCGA
gi|74629                      :                              -T-AT---C-TTGG--TC--TATAAAA---AA-G--A-CT-----CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74630                      :                                   ---C-TTGG--TC--TA--ATG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TCGTG-GTGA





Alignments
lowQualScore                  :                  1 3333 00 0 0 0  000 0    11  11  22   111  0 2222 222222  0  1  2222  11    00     1    
lowQualScore                  :                  . .... .. . . .  ... .    ..  ..  ..   ...  . .... ......  .  .  ....  ..    ..     .    
lowQualScore                  :                  6 4444 77 5 5 5  999 5    44  22  66   444  5 6666 777777  5  0  3333  22    77     2    
consensus                     :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
Reference ( family-296 )      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74551                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------CT-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74552                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TA--AA--AGG---AA-G--T-C------CC-TA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74553                      :       attgGTACATA-G----A--T-C-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AAG---AA-G--T-G------CC-CA-TT----AA--ATAT--TGGTG-GCGA
gi|74554                      :       attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74555                      :       attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74556                      :       attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74557                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-TTGG--TC--AA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TC----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74558                      :       attgGTTCACG-G----A--C-A-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGA---AA-G--A-A------TC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-ACGA
gi|74559                      :       atagGTAGACA-G----A--T-G-T-AT---C-TAGG--TC--TA--GGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----G------T--TGGTA-ACGA
gi|74560                      :       atggGTGCACA-A----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA------C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGATG-GCGA
gi|74561                      :       attgGTATGCA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--AA--AGG---AA-G--T-C------CT-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74562                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--CGGAAAAA-G-----------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GTGA
gi|74563                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-CTGG--TC--CA--AG----AA-G--T-C------TC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74564                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TA--TA--AGG---AA-G--A-A------CT-CG-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74565                      :        attgTACATC-A----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTC--TGGTG-ACAA
gi|74566                      :      attgaGTGCACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---GA-A--T-C------CC-AG-TT----AA--ATTT--TGATG-GCGA
gi|74567                      :       attgGCACACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---CA-G--T-T------CC-CA-TC----AA--ATTT--TAGTG-GCGA
gi|74568                      :       atcgGTGCACA-G----G--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGA---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATCT--TGGTG-ACGA
gi|74569                      :       atcgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGA---AA-G--T-C------CC-TG-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74570                      :          attgCACA-T----A--T-G-T-AT---C-TTGG--GT--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TC----AA--ATTT--TGGTGAGCGA
gi|74571                      :     attggtGTACACA-G----A--T---T-AT---C-TTGG--TC--TA--GGG---AA-G--T-C------CA-CA-TT----AG--ATTT--TGGTG-CCGA
gi|74572                      :        attgTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-ATAG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74573                      :      attgaGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-GTGG--TC--TA--AGC---AA-G--T-C------CC-CA-TT----TA--ATTT--TGGTG-
gi|74574                      :        attgTACACT-G----A--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGA---AA-G--A-C------TC-CA-TT----AA--AGTT--TAGTG-
gi|74575                      :      attgaGTAAACA-G----A--T-A-T-AT---C-T-GG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TC----AG--ATTT--TGCTG-GTG
gi|74576                      :       attgGTACACA-T----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--GA--AGA---AA----T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TTGTG-GCGA
gi|74577                      :       attgGTACACA-G----G--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T--------CC-CA-TT----GA--ATT
gi|74578                      :       attgGTACACA-G----A--T-A-T-TT---C-TTGA--TC--AA--AGG---AA-G--A-A------CA-CA-TT----AT--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74579                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--
gi|74580                      :       attgGTAAACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------AC-CATTT----CA--ATTT--GGGGG-GCGA
gi|74581                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTGG--TCTATA--GGG---AA-GAAT-TAA----CA-CA-TT----AA--ATTTAATGATG-GCGA
gi|74582                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TG--AGG---AA-G--
gi|74583                      :       attgGTACACA-G----A--T-A-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------GC-AA-TC----AA--ATTG--TCATG-ACGAaaccatt
gi|74584                      :       attgGTAAACA-G----A--T-G-T-TT---C-TTGG--TC--TA--AAC---AA-G--T-C------CC-CA-TT--------TTTT--TGGTT-GTGA
gi|74585                      :       attgGTACACA-G----A--T-A-C-AT---C-ATGG--TC--TA--AAG---AA-G--T-C------TT-CA-TTTTAAAA--A-----TGGTG-GCGA
gi|74586                      :                attg----A--T-G-TTAT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AT-G--C-T------TC-CA-TTTA--AA--ATTT--GGGTG-GCGA
gi|74587                      : attggtgtacGTACACA-G----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CT-CA-TT----AA--AGTT--TGGTG-GCGA
gi|74588                      :          gGTACACA-A----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-GT----GA--ATTT--TGGTG-GTGA
gi|74589                      :          gGTATACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CCTCA-TT----CA--ATTC--TAGTG-GCGA
gi|74590                      :          gGTACAAG-G----A--T-G-T-AT---C-TTCG--TC--TA--AGG---AA-G--A-T------CC-CA-TT----AA--A-TT--TGGTG-TCG
gi|74591                      :           gTACACA-G----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGA---AA-G--G-C------CT-TA-TT----TA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74592                      :         gaGTACACA-A----A--T-G-A-TT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-A--T-C------AC-CA-TG----AA--ATTT--TGGTG-GC
gi|74593                      :          gGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TGGG--TC--CA--GGG---AA-G--TCC------CC-CG-CT----AAT-TTTT--TGGTG-GCGA
gi|74594                      :          gGTACACA-G----GATT-G-T-AT---C-TTGGGGTC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CC-AT----AA--ATTT--TGGT
gi|74595                      :          gGTACATC-A----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---TC-C--T-C------CC-CA-TT----AA--ATGT--TGGTG-GTGA
gi|74596                      :          gGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTC--TGGCG-GCGA
gi|74597                      :           GTACACA-G----A--C-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--A-TT--TGGCA-GCGA
gi|74598                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--
gi|74599                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--
gi|74600                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---CTTTGG--TC--TT--AGGA--AA-G--A-A------CC-CA-AT-----A--ATTT--TGGTG-
gi|74601                      :           GTACACA-G----A--T-G-C-ATGATC-TTGG--TC--TA--ACG---GA-G--A-C------CC-CA-GT----GA--AATT--TGGTG-GGGA
gi|74602                      :           GTACACA-G----C--T-G-C-AT---C-GTGG--TC--TA--CGG---AA-G--T-C------CC-CA-TG----AA--ATTC--TGGTC-ACGA
gi|74603                      :           GCACACA-G----A--T-G-T-AT---C-GTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CT-CG-TG----AC--ATTT--TGTTG-GCGA
gi|74604                      :           GTACACA-C----A--T-G-T-AT---C-TTGG--T---TAT-AAG---AA-G--A-C------CC-TA-TC----AA--AGTT--TGGTG-GC
gi|74605                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--AATT--TG
gi|74606                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTG---TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--
gi|74607                      :           GTACACA-G----A--T-GAT-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--T
gi|74608                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--A-G---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--
gi|74609                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-T--G--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--AATT--
gi|74610                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TCG-TA--AGG----A-G--T-C------CC-CA-TT----AC--AATT--TGATGCGCGA
gi|74611                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--TCC------CC-CATTT----AA--ATTT--
gi|74612                      :           GTACACA-G----A--T-T-T-AT---C-TTAG--AC--TA--AGG---AA-A--T-T------GC-CA-TT----AA--ATCT--TCGTG-GCGA
gi|74613                      :           GTACACA-A----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGA---AG-A--T---------A-CA-TT----TACCCTTT--TGGTG-GCGA
gi|74614                      :           GCACGCA-A----A--T-G-T-AT---C-TTAA--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------CC-TA-TT----AA--G-TT--TGGTG-GAGA
gi|74615                      :            TACATA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AAGG--T-CCCGTCTCC-CA-TT----AA--AGTT--TGGTG-GCGA
gi|74616                      :            TACACA-G----A--C-G-T-AT---C-TTGG--TT--GAGGAGG---AA-G------------C-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-CCGA
gi|74617                      :            TACATA-G----A--T-G-T-AT---C-TTAG--TA--AA--ATA---AA-G--T-C------CA-CA-TC----AA--TTTT--TGGTG-GCGA
gi|74618                      :             ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74619                      :             ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74620                      :             ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74621                      :             ACA-A-G----A--T-G-T-AT---C-TTGATCTC--TA--AGG---AA-GA-A-C------CC-CA-TTA---AA--ATTT--TGGTG-
gi|74622                      :               ACA-G----A--TTG-T-AT---C-TTGG--TC--TC--AGA---AA-G--T-C------CT-CA-TT----AG--ATTT--TAGTG-ATGA
gi|74623                      :               ACA-G----T--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T--------CC-CA-TT----GA--ATTA--TGGTG-GCGA
gi|74624                      :                 A-G----A--T-G-T-AT---C-TTCG--TC--TA--CGA---AA-A--T-C------CC-TA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74625                      :                  -G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TATAAGG---AA-G--T-C------CA-CA-TT----AC--ATTT--TTGTG-GTGA
gi|74626                      :                    ----A--T-G-T-AT---C-TCGC--TC--TG--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74627                      :                         --T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--TGA---AA-G--A-C------CT-CA-TT----AA--GTTT--TGGTG-GCAA
gi|74628                      :                              -T-AT---C-TTGG--TC--TA--TGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATGT--TGGTG-GCGA
gi|74629                      :                              -T-AT---C-TTGG--TC--TATAAAA---AA-G--A-CT-----CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74630                      :                                   ---C-TTGG--TC--TA--ATG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TCGTG-GTGA


blockSeqs                     :                  T TCTT                    GG  TA  GG   AAA    AAT  CCGTCT     T  TTAA  CC           A
blockSeqs                     :                  T TCTT                    TC  G   TA   A      TC   AA         T  TA    T            C
blockSeqs                     :                  T TCTT                    .   .   TA   .      TC   T          .  A     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   T    .      AA   .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      C    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      G    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .            .
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .             
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .             
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .             
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .             
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .             
blockSeqs                     :                  . .                       .   .   .    .      A    .          .  .     .             
blockSeqs                     :                    .                       .   .   .    .      T    .          .  .     .             
blockSeqs                     :                    .                       .   .   .    .      .    .          .  .     .             
blockSeqs                     :                                            .   .   .    .      .    .          .  .     .             
blockSeqs                     :                                            .   .   .    .      .    .          .  .     .             
blockSeqs                     :                                            .   .   .    .                                             
blockSeqs                     :                                            .   .   .    .                                             


blockSeqCons                  :           
originalCons                  :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
finalCons                     :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA





Alignments
lowQualScore                  :                  1 3333 00 0 0 0  000 0    11  11  22   111  0 2222 222222  0  1  2222  11    00     1    
lowQualScore                  :                  . .... .. . . .  ... .    ..  ..  ..   ...  . .... ......  .  .  ....  ..    ..     .    
lowQualScore                  :                  6 4444 77 5 5 5  999 5    44  22  66   444  5 6666 777777  5  0  3333  22    77     2    
consensus                     :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
Reference ( family-296 )      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74551                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------CT-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74552                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TA--AA--AGG---AA-G--T-C------CC-TA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74553                      :       attgGTACATA-G----A--T-C-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AAG---AA-G--T-G------CC-CA-TT----AA--ATAT--TGGTG-GCGA
gi|74554                      :       attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74555                      :       attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74556                      :       attgGTACACATGTCTTG--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGTTG-GTGA
gi|74557                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-TTGG--TC--AA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TC----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74558                      :       attgGTTCACG-G----A--C-A-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGA---AA-G--A-A------TC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-ACGA
gi|74559                      :       atagGTAGACA-G----A--T-G-T-AT---C-TAGG--TC--TA--GGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----G------T--TGGTA-ACGA
gi|74560                      :       atggGTGCACA-A----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA------C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGATG-GCGA
gi|74561                      :       attgGTATGCA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--AA--AGG---AA-G--T-C------CT-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74562                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--CGGAAAAA-G-----------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GTGA
gi|74563                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-CTGG--TC--CA--AG----AA-G--T-C------TC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74564                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TA--TA--AGG---AA-G--A-A------CT-CG-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74565                      :        attgTACATC-A----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTC--TGGTG-ACAA
gi|74566                      :      attgaGTGCACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---GA-A--T-C------CC-AG-TT----AA--ATTT--TGATG-GCGA
gi|74567                      :       attgGCACACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---CA-G--T-T------CC-CA-TC----AA--ATTT--TAGTG-GCGA
gi|74568                      :       atcgGTGCACA-G----G--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGA---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATCT--TGGTG-ACGA
gi|74569                      :       atcgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGA---AA-G--T-C------CC-TG-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74570                      :          attgCACA-T----A--T-G-T-AT---C-TTGG--GT--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TC----AA--ATTT--TGGTGAGCGA
gi|74571                      :     attggtGTACACA-G----A--T---T-AT---C-TTGG--TC--TA--GGG---AA-G--T-C------CA-CA-TT----AG--ATTT--TGGTG-CCGA
gi|74572                      :        attgTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-ATAG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74573                      :      attgaGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-GTGG--TC--TA--AGC---AA-G--T-C------CC-CA-TT----TA--ATTT--TGGTG-
gi|74574                      :        attgTACACT-G----A--T-G-T-AT---C-TTTG--TC--TA--AGA---AA-G--A-C------TC-CA-TT----AA--AGTT--TAGTG-
gi|74575                      :      attgaGTAAACA-G----A--T-A-T-AT---C-T-GG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TC----AG--ATTT--TGCTG-GTG
gi|74576                      :       attgGTACACA-T----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--GA--AGA---AA----T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TTGTG-GCGA
gi|74577                      :       attgGTACACA-G----G--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T--------CC-CA-TT----GA--ATT
gi|74578                      :       attgGTACACA-G----A--T-A-T-TT---C-TTGA--TC--AA--AGG---AA-G--A-A------CA-CA-TT----AT--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74579                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--
gi|74580                      :       attgGTAAACA-G----A--T-G-C-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------AC-CATTT----CA--ATTT--GGGGG-GCGA
gi|74581                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTGG--TCTATA--GGG---AA-GAAT-TAA----CA-CA-TT----AA--ATTTAATGATG-GCGA
gi|74582                      :       attgGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TG--AGG---AA-G--
gi|74583                      :       attgGTACACA-G----A--T-A-T-AT---C-TTGG--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------GC-AA-TC----AA--ATTG--TCATG-ACGAaaccatt
gi|74584                      :       attgGTAAACA-G----A--T-G-T-TT---C-TTGG--TC--TA--AAC---AA-G--T-C------CC-CA-TT--------TTTT--TGGTT-GTGA
gi|74585                      :       attgGTACACA-G----A--T-A-C-AT---C-ATGG--TC--TA--AAG---AA-G--T-C------TT-CA-TTTTAAAA--A-----TGGTG-GCGA
gi|74586                      :                attg----A--T-G-TTAT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AT-G--C-T------TC-CA-TTTA--AA--ATTT--GGGTG-GCGA
gi|74587                      : attggtgtacGTACACA-G----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--A-A------CT-CA-TT----AA--AGTT--TGGTG-GCGA
gi|74588                      :          gGTACACA-A----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-GT----GA--ATTT--TGGTG-GTGA
gi|74589                      :          gGTATACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CCTCA-TT----CA--ATTC--TAGTG-GCGA
gi|74590                      :          gGTACAAG-G----A--T-G-T-AT---C-TTCG--TC--TA--AGG---AA-G--A-T------CC-CA-TT----AA--A-TT--TGGTG-TCG
gi|74591                      :           gTACACA-G----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--GA--AGA---AA-G--G-C------CT-TA-TT----TA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74592                      :         gaGTACACA-A----A--T-G-A-TT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-A--T-C------AC-CA-TG----AA--ATTT--TGGTG-GC
gi|74593                      :          gGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TGGG--TC--CA--GGG---AA-G--TCC------CC-CG-CT----AAT-TTTT--TGGTG-GCGA
gi|74594                      :          gGTACACA-G----GATT-G-T-AT---C-TTGGGGTC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CC-AT----AA--ATTT--TGGT
gi|74595                      :          gGTACATC-A----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---TC-C--T-C------CC-CA-TT----AA--ATGT--TGGTG-GTGA
gi|74596                      :          gGTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTC--TGGCG-GCGA
gi|74597                      :           GTACACA-G----A--C-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--A-TT--TGGCA-GCGA
gi|74598                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--
gi|74599                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--
gi|74600                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---CTTTGG--TC--TT--AGGA--AA-G--A-A------CC-CA-AT-----A--ATTT--TGGTG-
gi|74601                      :           GTACACA-G----A--T-G-C-ATGATC-TTGG--TC--TA--ACG---GA-G--A-C------CC-CA-GT----GA--AATT--TGGTG-GGGA
gi|74602                      :           GTACACA-G----C--T-G-C-AT---C-GTGG--TC--TA--CGG---AA-G--T-C------CC-CA-TG----AA--ATTC--TGGTC-ACGA
gi|74603                      :           GCACACA-G----A--T-G-T-AT---C-GTGG--TC--TA--AGG---AA-G--T-C------CT-CG-TG----AC--ATTT--TGTTG-GCGA
gi|74604                      :           GTACACA-C----A--T-G-T-AT---C-TTGG--T---TAT-AAG---AA-G--A-C------CC-TA-TC----AA--AGTT--TGGTG-GC
gi|74605                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--AATT--TG
gi|74606                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTG---TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--
gi|74607                      :           GTACACA-G----A--T-GAT-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--T
gi|74608                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--A-G---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--
gi|74609                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---T-T--G--TC--TA--AGG---AG-G--T-C------CC-CA-TT----AA--AATT--
gi|74610                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TCG-TA--AGG----A-G--T-C------CC-CA-TT----AC--AATT--TGATGCGCGA
gi|74611                      :           GTACACA-G----A--T-G-T-AT---A-TTTG--TC--TA--AGG---AG-G--TCC------CC-CATTT----AA--ATTT--
gi|74612                      :           GTACACA-G----A--T-T-T-AT---C-TTAG--AC--TA--AGG---AA-A--T-T------GC-CA-TT----AA--ATCT--TCGTG-GCGA
gi|74613                      :           GTACACA-A----A--A-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGA---AG-A--T---------A-CA-TT----TACCCTTT--TGGTG-GCGA
gi|74614                      :           GCACGCA-A----A--T-G-T-AT---C-TTAA--TC--TT--AGG---AA-G--T-C------CC-TA-TT----AA--G-TT--TGGTG-GAGA
gi|74615                      :            TACATA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--AGG---AAGG--T-CCCGTCTCC-CA-TT----AA--AGTT--TGGTG-GCGA
gi|74616                      :            TACACA-G----A--C-G-T-AT---C-TTGG--TT--GAGGAGG---AA-G------------C-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-CCGA
gi|74617                      :            TACATA-G----A--T-G-T-AT---C-TTAG--TA--AA--ATA---AA-G--T-C------CA-CA-TC----AA--TTTT--TGGTG-GCGA
gi|74618                      :             ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74619                      :             ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74620                      :             ACACA-G----A--T-G-T-AT---C-TTGA--TC--TA--AGG---AA-G--A-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-
gi|74621                      :             ACA-A-G----A--T-G-T-AT---C-TTGATCTC--TA--AGG---AA-GA-A-C------CC-CA-TTA---AA--ATTT--TGGTG-
gi|74622                      :               ACA-G----A--TTG-T-AT---C-TTGG--TC--TC--AGA---AA-G--T-C------CT-CA-TT----AG--ATTT--TAGTG-ATGA
gi|74623                      :               ACA-G----T--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--CA--AGG---AA-G--T--------CC-CA-TT----GA--ATTA--TGGTG-GCGA
gi|74624                      :                 A-G----A--T-G-T-AT---C-TTCG--TC--TA--CGA---AA-A--T-C------CC-TA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74625                      :                  -G----A--T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TATAAGG---AA-G--T-C------CA-CA-TT----AC--ATTT--TTGTG-GTGA
gi|74626                      :                    ----A--T-G-T-AT---C-TCGC--TC--TG--AGG---AA-G--A-A------CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCGA
gi|74627                      :                         --T-G-T-AT---C-TTGG--TC--TA--TGA---AA-G--A-C------CT-CA-TT----AA--GTTT--TGGTG-GCAA
gi|74628                      :                              -T-AT---C-TTGG--TC--TA--TGG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATGT--TGGTG-GCGA
gi|74629                      :                              -T-AT---C-TTGG--TC--TATAAAA---AA-G--A-CT-----CC-CA-TT----AA--ATTT--TGGTG-GCAA
gi|74630                      :                                   ---C-TTGG--TC--TA--ATG---AA-G--T-C------CC-CA-TT----AA--ATTT--TCGTG-GTGA