lowQualScore                  :                                                    1                                                                                       
lowQualScore                  :               0    55 1111  1 0 11111 0 00  1      5   11 6666  00    0 111111  0  0  0 0    0 0 0  0 0  1111 0 555555 222 444  0 0    2   
lowQualScore                  :               .    .. ....  . . ..... . ..  .      .   .. ....  ..    . ......  .  .  . .    . . .  . .  .... . ...... ... ...  . .    .   
lowQualScore                  :               6    55 2222  0 5 88888 5 77  0      4   11 8888  66    9 444444  5  5  5 5    5 5 5  5 5  1111 5 000000 555 777  6 6    4   
consensus                     :           TGAG-TTTC-GT----TT-C-G-----G-T--TC-GTTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
Reference ( gi|61982 )        :           TGAG-TTTC-AT----TT-T-G-----G-T--TC-GTTGATATTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61987                      :           TGAG-TTTC-CT----TT-T-G-----G-T--TC-GTTGACATTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61984                      :           TGAG-TTTC-GT----TT-T-G-----G-T--TT-GTTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TT----A-A------A---A---AA-T-GCCT-TTT
gi|61992                      :           TGTG-TTTT-GT----TT-T-G-----G-T--TC-GTTGATATTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTG-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---TA-T-GCCT-TTT
gi|61990                      :           TGAG-TTTC-GT----TT-T-G-----G-T--TC-GTTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-TC-T-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61988                      :           TGAG-TTTC-CT----TT-T-G-----G-T--TC-GT-GACATTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C---TT-A-A-CT-T-TG------A------A---A---AC-C-GCCT-TTT
gi|61993                      :           TGAG-TTTC-GT----TT-T-A-----G-T--TC-ATTGATTTTC--A----TT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GCCT-TTT
gi|61985                      :           TGAC-TTTT-GT----TT-T-G-----G-T--TT-GTTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61998                      :           TAAG-TTTC-GT----TT-T-G-----G-T--TC-GTTGATATTT--G----AT--GGAG-T------TG-TA-CC-C-CGTT-A-G-CT-T-TT----A-A------A---A---A
gi|61983                      :           TGAG-TTTT-GT----AT-T-G-----G-T--TC-ATTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|61994                      :           TGAG-TTTT-GT----TC-T-G-----A-T--TC-AATGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-T------A---A---AC-T-GACTATTT
gi|61991                      :           TGAG-TTTC-GT----TC-C-G-----G-T--TT-GATTACTTTT--A----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GGCT-TCT
gi|61995                      :           TGAG-TTTC-GT----TT-T-G-----G-T--TT-GTTAATTTTT--T----AC--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CCTT-A-A-CT-T-CG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61999                      :           TGAG-TTTT-AT----TT-T-G-----G-T--TT-GTTAATTTTT--G----AT--GGAG-T------CG--G-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---CA-T-GTCT-TTT
gi|62003                      :           TGAG-TTTC-GT----TT-T-G--------------TTGATTTTT--T----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62002                      :           TGAG-TTTC-AT----TT-T-G--------------TTGATATTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-TTTT-A-G--T-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|62005                      :           TGAG-TTTT-AT----TT-T-G-----G-T--TT-GTTGATTTTT--TT---AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-ATTT-A-A-CT-T-TA----A-AT-----A---A---AT-T-AC
gi|61986                      :           TGAG-TTTT-GT----TT-C-A-----G-T--TC-GTTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-GC-C-CTTG-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|62004                      :           TGAG-TTTC-GT----TC-C-G-----G-T--TC-GATGATTTTT--G----AT--GGGG-T------GG-TG-CC-C-C-TT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|62013                      :           TGAG-TTTT-AT----TT-T-G-----G-T--TT-GTTAATTTTT--G----AT--GGAG-T------CG--G-TC-C-CTTT---A-CC-T-TG----G-A------A---A---ACAT-TTCT-TTT
gi|62007                      :           TGAG-TTTT-GT----TA-T-G-----G-T--TC-GCTGATTTTT--T----AT--GAAG-T------TG-TG-GC-C-CTTC-A-A-CA-T-TG----A-A------A---A---AT-TAGACT-TTT
gi|61996                      :           TGAG-TTTT-GA----TT-T-G-----G-T--TG-TTTGATTTAT--G----TC--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CCTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62011                      :           TGAG-TTACTGT----TC-C-G-----G-T--TC-GATAACTTTT--G----GT--GAAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|62009                      :           TGAG-TTTT-GT----TC-C-G-----G-T--TC-GTTGATTTTT--TTT--AT--GAAG-T------TG-TG-TT-C-CTTT-A-A-TT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62015                      :           TGAG-TTAC-ATATGTTT-T-G-----A-T--TT-GTTGATTTTT--TTT--AT--CGAG-T------TG-TG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62014                      :           TGAG-TTTA-AT----TT-T-G-----G-T--TG-GTTCAT-TTT--GT---AT--GGAC-T------TG-TG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---A
gi|62000                      :           TGAG-TTTA-AT----TT-T-G-----G-T--TG-GTTCAT-TTT--GC---AT--GGAC-T------TG-TG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---A
gi|61997                      :           TGAG-TTTG-GT----TT-C-G-----G-T--TC-ATTGATATTT--G----AA--GGAG-T------TG-CA-TC-C-CCTT-A-A-CT-TATA----G-A------A---ATT-AC-T-G
gi|62012                      :           TGCG-TTTT-GT----TT-C-C-----C-T--TC-ATTGATTTTT--G----TT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-TT-T-TG----A-A------A---A---
gi|62021                      :           TGAG-TTAC-AT----TT-T-GTACTTG-T--TC-ATTGATTTTG--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62010                      :           TGAG-ATTT-GT----TT-C-G-----G-T--TC-GTTGATTTTA--G----TT--AAAG-T------TC-TG-TC-A-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TTT
gi|62017                      :           TGAG-ATTT-GT----TCCT-C-----G-T--TT-GTAGAT-TGT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62051                      :           TGTG-TTCC-AT----TT---------------C-ATTGAT-TTT--G----TT--GGAG-T------TG-CG-CC-C--TTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AACT-TTT
gi|62016                      :          tTGAG-TTTA-GT----TA-C-G-----G-T--TC-GATGAGTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-TC-C----------CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TCT
gi|62001                      :           TGAG-TTTT-GT----TT-C-G-----G-A--TT-GTTGATTTTTTTGTT--AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-GT-T-CG----ATA------A---A---A
gi|62008                      :           TAAG-TTTC-GT----TT-C-G-----G-T--TC-ATTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-TC-C-C
gi|62019                      :           TGAG-TTTC-GT----TT-C-T-----G-T--TT-GTTGATTTGT--G----AA--GGAG-T------TG-TG-TCAC-C--T-A-A-TT-T-TG----A-G------A---A---AT-T-AC
gi|62018                      :           TGAGGTTTT-GT----TT-C-G-----GGT--CC-GTTGAGTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-AC-C---TT-A-A-C--T-TG----A-A------A---AT--AC-T-G
gi|62022                      :           TGAA-TTTT-AT----TT-G-A-----A-C--AT-GTTGATTTTT--T----AT--GGAG-T------TA-TG-CT-C-CTTT-A-G-CT-T-CC----A-A------A---A---TC-T-ACC
gi|61989                      :           TGAC-TTTT-GT----TA-C-G-----G-T--TC-GTTTATTTTT--TTTTTAT--GGAG-T------TG-TT-CC-C-CTTT-A-T-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|62020                      :           TGAT-TTTT-GT----TC-C-A-----G-T--TT-GTTGATTTTT--TTT--AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62006                      :           TGAG-TTTT-GT----TT-C-A-----G-T--TC-ACTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CA-C-CACT-A-A-AT-T-
gi|62023                      :            GGG-TTTT-GT----TT-T-G-----G-T--TC-GTTGGTTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-ACTT-
gi|62026                      :            GAG-TTTC-GT----TT-T-G-----G-T--TC-GTTGATTTTT--T----AT--GAAG-T------TG-TA-CC-C-CTTT-C-A-AT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GC
gi|62027                      :            GAG-TTTC-GT----TT-T-G-----G-T--TGAGTT-ATTTTT--A----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-G-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-G
gi|62024                      :            GAG-TTTC-GT----TT-C-G-----G-T--TC-GTTGAT
gi|62029                      :            GAG-TTTA-CT----TT-T-G-----G-T--TT-GTTGACTTTT--G----AT--GGAG-TTACATGTA-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-GGAAGAA-A------A---A---AC---GCCT-TTttggttcgttaatatctgatggagttgtgccctttaactttgaaaatttactgtttt
gi|62030                      :            GAG-TTTT-GT----TC-C-A-----A-T--TG-GTTGATATTT--G----AT--GGAG-T------TG-AG-GC-C-CTTG-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62034                      :            GAG-TTTC-GT----TT-C-G-----G-T--TA-GTTGATA-TT--GAA--AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTC-ATA-CTAT-AG----A-A------A---A---A
gi|62031                      :            GAG-TTTTTGT----TT-T-G-----G-GAATT-GTTTATATTT--G----AT--GGAG-T------TT-T---C-C-CTTT-A-AACT-G-TA----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62028                      :            GAG-TTTT-GT----TC-C-A-----G-T--TC-ATTGATTTTA--G----TT--TGAG-T------TG-TG-TC-C-CTTT-A-A-CT-A-GG----A-A------A---A---AT-T-GACT-TTT
gi|62032                      :            GAG-TTTC-CT----TT-TTA-----A-T--CC-ATTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-GG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-
gi|62033                      :            GAT-TTTC-TT----TT-T-A-----G-T--TC-ACTGATTTTT--T----AT--GGAG-T------TG-AG-CC-C-CTTT-C-A-CT-T-TC----A-ATG----G---A---AC-T-G
gi|62025                      :            GAG-TTTT-GT----TA-C-G-----G-T--TC-GTTGATTTTT--G----AT--GGAG-C------CG-TG-CC-C-C
gi|62035                      :             AG-TTTT-GT----TT-T-A-----A-T--TC-GTTAATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62037                      :             AG-TTTT-GT----TT-C-G-----G-C--TC-GTTGATTTTTT-G----AT--GGAG-A------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62038                      :             AG-TTTT-GT----TT-C-G-----G-T--TC-ATTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TA-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------AAATA---AC-T-GC
gi|62040                      :             AG-TTTT-GT----TT-C-G-----A-T--TC-GTTGGTTTTT--A----AT--GGAG-C------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---AATTAC-T-GCTT-
gi|62041                      :             AG-CTTT-GT----TC-C-A-----G-T--TC-AATGATTTCT--G----TT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62042                      :             AG-TTTC-GT----TT-T-G-----G-T--TC-GTTGATTTTT--T----AT--GTCG-T------TG-TG-AC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62036                      :             AG-TTTA-GT----TT-T-G-----G-T--TG-GTTGATTTTT--T----AT--GACG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TA----A-A------A---A---A
gi|62045                      :             AG-TTTC-GT----TC-C-G-----G-T--TC-GATGATTTTT--TC---AT--GGAG-T------TG-TG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-AGTATACA---G---AT-T-GCCTATTT
gi|62047                      :             AG-TTTC-AT----TT-C-G-----G-T--TC-ATTGATTTTT--G----TT--GGAG-T------TA-TG-CT-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62046                      :             AG-TTTC-GT----TC---A-----G-T--TC-GT-GATTTTT--T----AT--GGAA-T------TG-TG-CC-C-TTTT-A-A-CT-T-TG----G-A------A---ATT-AC-T-G
gi|62043                      :             AG-TTTT-GT----TC-A-G-----A-G--TT-GTTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-AG----G-A------A---G---A
gi|62039                      :             AG-TTTT-GT----TT-C-G-----G-T--TC-ATTGAT--TT--G----AT--GGA--T------TA-TG-CC-C-TTT----A-CT-T-TG----A-A------AAATA---AC-T-GC
gi|62048                      :             AG-TTTC-GC----TTCT-G-----T-T--TC-GTTGAT-TTT--A----AT--GGAG-T------TG-TACCC-C-CTTT-A-A-CT-T-AA----A-AC-----A---A---AA-T-GCCA-TT
gi|62044                      :             AG-TTTT-GT----GG-T-G-----G-T--CG-GTTAATTGTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-A--T-TG----A-A------A---A---AT-T-ACTG-TTT
gi|62050                      :              G-TTCC-GT----TA-C-G-----G-T--TC-GCTGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG----C-CTTT-C-A-TT-T-TA----A-A------A---A---A
gi|62049                      :              G-CTTT-GT----TT-C-G-----G-T--TA-ATCGATTTTT--TTT--AT--GGAG-T------TG-TG-CC-A-CTTT-A-C-CT-T-GG----A-A------A---A---AT-T-G
gi|62053                      :                  TC-GT----TT-C-G-----G-T--TC-TTTGAATTTT--G----TT--GGAG-G------TG-TG-CC-C-CTTT-C-C-TT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GC
gi|62024                      :                       ----TT-T-G-----G-T--TC-GTTAATATCT--G----AT--GGAG-T------TG-TG--C-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---ATTTAC-T-GTTT-
gi|62055                      : gagtttcgtttcggttcgttga----TT-T-G-----A-T--TC-GTTGATTTTT--G----AT--AGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-
gi|62054                      :                            T-T-GA----G-T--T---TTGCTCTTT--G----GT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-AC
gi|62058                      :                         gtgT-T-G-----G-T--AG-GTT----TTT--G----AT--GGTG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-AAT----A---A---AC-T-
gi|62052                      :                            T-T-A-----G-T--TCCGTTGATTTTT--T----AT--GGAA-T------TGGTG-CC-C--TTT-A-A-CT-T-TG----A-A------ATT-A---AC-T-G
gi|62056                      :                         tttg-T-A-----G-T--TT-GATGATTTTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---AGTTAC-T-G
gi|62057                      :                             -T-G-----G-T--TA-GGCGATTTTG--G----AT--GGAG-C------TG-TG-CC-CTCTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---T---G--T-GCCT-TTT
gi|62059                      :                                               TTGATTTTT--G----TT--GGAGGT------TG-TG-TC-C-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-AT-----A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62060                      :                                               TTGATTTTT--G----TT--GGAGGT------TG-TG-TC-C-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-AT-----A---A---AC-T--CCT-TTT
gi|62061                      :                                                  ATTTTT--G----AT--GGAG-T------AG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---CT-T-GCCT-TTT
gi|62062                      :                                                  ATTTTT--G----AT--GGAG--------TG-TG-CC-C-CTTTAA-A-CT-T-TA----A-A------A---A---CT-T-GCCT-TTT
gi|62065                      :                                                     TTT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CATT-A-G-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62064                      :                                                     TTT--G----GTTAGGAG-T-------G-TG-CC-G-CTTT-A-T-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62063                      :                                                     tTT--G----TT--GGAG-T------TG-T--CC-C-TTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TTT
gi|62066                      :                                                    ttgT--G----AT--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTC-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AA-T-GCTT-TTT
gi|62067                      :                                                                T--GGAG-T------TG-TG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-T------A---A---AC-T-





Alignments
lowQualScore                  :     0    2222     0 11111 0 00 1 0       2222222222222  0 00 5555  00    0 111111 0   0  0 0    0 0 0  0 0  1111 0 444444 222 444  0 0    2   
lowQualScore                  :     .    ....     . ..... . .. . .       .............  . .. ....  ..    . ...... .   .  . .    . . .  . .  .... . ...... ... ...  . .    .   
lowQualScore                  :     6    3333     5 99999 5 77 1 5       6666666666666  5 66 8888  66    9 333333 5   5  5 5    5 5 5  5 5  1111 5 999999 555 666  6 6    4   
consensus                     : TGAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
Reference ( family-287 )      : TGAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61982                      : TGAG-TTTC----ATTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61983                      : TGAG-TTTT----GTATT-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|61984                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TT----A-A------A---A---AA-T-GCCT-TTT
gi|61985                      : TGAC-TTTT----GTTTT-G-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61986                      : TGAG-TTTT----GTTTC-A-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-GC-C-CTTG-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|61987                      : TGAG-TTTC----CTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGACA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61988                      : TGAG-TTTC----CTTTT-G-----G-T--T-C-GT-GACA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C---TT-A-A-CT-T-TG------A------A---A---AC-C-GCCT-TTT
gi|61989                      : TGAC-TTTT----GTTAC-G-----G-T--T-C-GTTTATT-------------TT-T--TTTTTAT--GGAG-T------T-GTT-CC-C-CTTT-A-T-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|61990                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-T-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61991                      : TGAG-TTTC----GTTCC-G-----G-T--T-T-GATTACT-------------TT-T--A----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GGCT-TCT
gi|61992                      : TGTG-TTTT----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTG-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---TA-T-GCCT-TTT
gi|61993                      : TGAG-TTTC----GTTTT-A-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-C--A----TT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GCCT-TTT
gi|61994                      : TGAG-TTTT----GTTCT-G-----A-T--T-C-AATGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-T------A---A---AC-T-GACTATTT
gi|61995                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-T-GTTAATT-------------TT-T--T----AC--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CCTT-A-A-CT-T-CG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61996                      : TGAG-TTTT----GATTT-G-----G-T--T-G-TTTGATT-------------TA-T--G----TC--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CCTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61997                      : TGAG-TTTG----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATA-------------TT-T--G----AA--GGAG-T------T-GCA-TC-C-CCTT-A-A-CT-TATA----G-A------A---ATT-AC-T-G
gi|61998                      : TAAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTA-CC-C-CGTT-A-G-CT-T-TT----A-A------A---A---A
gi|61999                      : TGAG-TTTT----ATTTT-G-----G-T--T-T-GTTAATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------C-G-G-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---CA-T-GTCT-TTT
gi|62000                      : TGAG-TTTA----ATTTT-G-----G-T--T-G-GTTCATT-------------TT-G--C----AT--GGAC-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---A
gi|62001                      : TGAG-TTTT----GTTTC-G-----G-A--T-T-GTTGATT-------------TT-TTTGTT--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-GT-T-CG----ATA------A---A---A
gi|62002                      : TGAG-TTTC----ATTTT-G---------------TTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-TTTT-A-G--T-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|62003                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G---------------TTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62004                      : TGAG-TTTC----GTTCC-G-----G-T--T-C-GATGATT-------------TT-T--G----AT--GGGG-T------G-GTG-CC-C-C-TT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|62005                      : TGAG-TTTT----ATTTT-G-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--TT---AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-ATTT-A-A-CT-T-TA----A-AT-----A---A---AT-T-AC
gi|62006                      : TGAG-TTTT----GTTTC-A-----G-T--T-C-ACTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CA-C-CACT-A-A-AT-T-
gi|62007                      : TGAG-TTTT----GTTAT-G-----G-T--T-C-GCTGATT-------------TT-T--T----AT--GAAG-T------T-GTG-GC-C-CTTC-A-A-CA-T-TG----A-A------A---A---AT-TAGACT-TTT
gi|62008                      : TAAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-C
gi|62009                      : TGAG-TTTT----GTTCC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--TTT--AT--GAAG-T------T-GTG-TT-C-CTTT-A-A-TT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62010                      : TGAG-ATTT----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-A--G----TT--AAAG-T------T-CTG-TC-A-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TTT
gi|62011                      : TGAG-TTACT---GTTCC-G-----G-T--T-C-GATAACT-------------TT-T--G----GT--GAAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|62012                      : TGCG-TTTT----GTTTC-C-----C-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-TT-T-TG----A-A------A---A---
gi|62013                      : TGAG-TTTT----ATTTT-G-----G-T--T-T-GTTAATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------C-G-G-TC-C-CTTT---A-CC-T-TG----G-A------A---A---ACAT-TTCT-TTT
gi|62014                      : TGAG-TTTA----ATTTT-G-----G-T--T-G-GTTCATT-------------TT-G--T----AT--GGAC-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---A
gi|62015                      : TGAG-TTACATATGTTTT-G-----A-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--TTT--AT--CGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62016                      : TGAG-TTTA----GTTAC-G-----G-T--T-C-GATGAGT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C----------CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TCT
gi|62017                      : TGAG-ATTT----GTTCC-TC----G-T--T-T-GTAGATT-------------GT----G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62018                      : TGAGGTTTT----GTTTC-G-----GGT--C-C-GTTGAGT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-AC-C---TT-A-A-C--T-TG----A-A------A---AT--AC-T-G
gi|62019                      : TGAG-TTTC----GTTTC-T-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TG-T--G----AA--GGAG-T------T-GTG-TCAC-C--T-A-A-TT-T-TG----A-G------A---A---AT-T-AC
gi|62020                      : TGAT-TTTT----GTTCC-A-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--TTT--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62021                      : TGAG-TTAC----ATTTT-GTACTTG-T--T-C-ATTGATT-------------TT-G--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62022                      : TGAA-TTTT----ATTTG-A-----A-C--A-T-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAG-T------T-ATG-CT-C-CTTT-A-G-CT-T-CC----A-A------A---A---TC-T-ACC
gi|62023                      :  GGG-TTTT----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGGTT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-ACTT-
gi|62024                      :  GAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATTTGGTTCGTTAATATC-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG--C-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---ATTTAC-T-GTTT-
gi|62025                      :  GAG-TTTT----GTTAC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-C------C-GTG-CC-C-C
gi|62026                      :  GAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GAAG-T------T-GTA-CC-C-CTTT-C-A-AT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GC
gi|62027                      :  GAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--TGA-GTT-ATT-------------TT-T--A----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-G-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-G
gi|62028                      :  GAG-TTTT----GTTCC-A-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-A--G----TT--TGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-A-GG----A-A------A---A---AT-T-GACT-TTT
gi|62029                      :  GAG-TTTA----CTTTT-G-----G-T--T-T-GTTGACT-------------TT-T--G----AT--GGAG-TTACATGT-ATG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-GGAAGAA-A------A---A---AC---GCCT-TT
gi|62030                      :  GAG-TTTT----GTTCC-A-----A-T--T-G-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GAG-GC-C-CTTG-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62031                      :  GAG-TTTTT---GTTTT-G-----G-GAAT-T-GTTTATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-TT---C-C-CTTT-A-AACT-G-TA----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62032                      :  GAG-TTTC----CTTTTTA-----A-T--C-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GGG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-
gi|62033                      :  GAT-TTTC----TTTTT-A-----G-T--T-C-ACTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAG-T------T-GAG-CC-C-CTTT-C-A-CT-T-TC----A-ATG----G---A---AC-T-G
gi|62034                      :  GAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-A-GTTGA-T-------------AT-T--GAA--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTC-ATA-CTAT-AG----A-A------A---A---A
gi|62035                      :   AG-TTTT----GTTTT-A-----A-T--T-C-GTTAATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62036                      :   AG-TTTA----GTTTT-G-----G-T--T-G-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GACG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TA----A-A------A---A---A
gi|62037                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----G-C--T-C-GTTGATT-------------TTTT--G----AT--GGAG-A------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62038                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-ATG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------AAATA---AC-T-GC
gi|62039                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGA---------------TT-T--G----AT--GGA--T------T-ATG-CC-C-TTT----A-CT-T-TG----A-A------AAATA---AC-T-GC
gi|62040                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----A-T--T-C-GTTGGTT-------------TT-T--A----AT--GGAG-C------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---AATTAC-T-GCTT-
gi|62041                      :   AG-CTTT----GTTCC-A-----G-T--T-C-AATGATT-------------TC-T--G----TT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62042                      :   AG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GTCG-T------T-GTG-AC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62043                      :   AG-TTTT----GTTCA-G-----A-G--T-T-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-AG----G-A------A---G---A
gi|62044                      :   AG-TTTT----GTGGT-G-----G-T--C-G-GTTAATT-------------GT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-A--T-TG----A-A------A---A---AT-T-ACTG-TTT
gi|62045                      :   AG-TTTC----GTTCC-G-----G-T--T-C-GATGATT-------------TT-T--TC---AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-AGTATACA---G---AT-T-GCCTATTT
gi|62046                      :   AG-TTTC----GTT-C-A-----G-T--T-C-GT-GATT-------------TT-T--T----AT--GGAA-T------T-GTG-CC-C-TTTT-A-A-CT-T-TG----G-A------A---ATT-AC-T-G
gi|62047                      :   AG-TTTC----ATTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAG-T------T-ATG-CT-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62048                      :   AG-TTTC----GCTTC-T-----G-T--TTC-GTTGATT-------------TT----A----AT--GGAG-T------T-GTACCC-C-CTTT-A-A-CT-T-AA----A-AC-----A---A---AA-T-GCCA-TT
gi|62049                      :    G-CTTT----GTTTC-G-----G-T--T-A-ATCGATT-------------TT-T--TTT--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-C-CT-T-GG----A-A------A---A---AT-T-G
gi|62050                      :    G-TTCC----GTTAC-G-----G-T--T-C-GCTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG----C-CTTT-C-A-TT-T-TA----A-A------A---A---A
gi|62051                      :          ----GTTCC-A-----T-T--T-C-ATTGATT-------------TT----G----TT--GGAG-T------T-GCG-CC-C--TTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AACT-TTT
gi|62052                      :   ttgtTTT----GTT---A-----G-T--T-CCGTTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAA-T------TGGTG--C-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------ATT-A---AC-T-G
gi|62053                      :        TC----GTTTC-G-----G-T--T-C-TTTGAAT-------------TT-T--G----TT--GGAG-G------T-GTG-CC-C-CTTT-C-C-TT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GC
gi|62054                      :                                    TTGCTC-------------TT-T--G----GT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-AC
gi|62055                      :      gtgttgagttTTT-G-----A-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--AGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-
gi|62056                      :                     -----G-T--T-T-GATGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---AGTTAC-T-G
gi|62057                      :                 ta-G-----G-T--T-A-GGCGATT-------------TT-G--G----AT--GGAG-C------T-GTG-CC-CTCTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---T---G--T-GCCT-TTT
gi|62058                      :                          t-T--T-G-GTAGGTT-------------TT-T--G----AT--GGTG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-AAT----A---A---AC-T-
gi|62059                      :                                    TTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAGGT------T-GTG-TC-C-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-AT-----A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62060                      :                                    TTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAGGT------T-GTG-TC-C-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-AT-----A---A---AC-T--CCT-TTT
gi|62061                      :                                       ATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------A-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---CT-T-GCCT-TTT
gi|62062                      :                                       ATT-------------TT-T--G----AT--GGAG--------T-GTG-CC-C-CTTTAA-A-CT-T-TA----A-A------A---A---CT-T-GCCT-TTT
gi|62063                      :                                        TT-------------GT-T--G----TT--GGAG-T------T-GT--CC-C-TTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TTT
gi|62064                      :                                         T-------------TT-T--G----GTTAGGAG-T--------GTG-CC-G-CTTT-A-T-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62065                      :                                          -------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CATT-A-G-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62066                      :                                                         -T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTC-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AA-T-GCTT-TTT
gi|62067                      :                                                                   T--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-T------A---A---AC-T-





Alignments
lowQualScore                  :     0    2222     0 11111 0 00 1 0       2222222222222  0 00 5555  00    0 111111 0   0  0 0    0 0 0  0 0  1111 0 444444 222 444  0 0    2   
lowQualScore                  :     .    ....     . ..... . .. . .       .............  . .. ....  ..    . ...... .   .  . .    . . .  . .  .... . ...... ... ...  . .    .   
lowQualScore                  :     6    3333     5 99999 5 77 1 5       6666666666666  5 66 8888  66    9 333333 5   5  5 5    5 5 5  5 5  1111 5 999999 555 666  6 6    4   
consensus                     : TGAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
Reference ( family-287 )      : TGAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61982                      : TGAG-TTTC----ATTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61983                      : TGAG-TTTT----GTATT-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|61984                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TT----A-A------A---A---AA-T-GCCT-TTT
gi|61985                      : TGAC-TTTT----GTTTT-G-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61986                      : TGAG-TTTT----GTTTC-A-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-GC-C-CTTG-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|61987                      : TGAG-TTTC----CTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGACA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61988                      : TGAG-TTTC----CTTTT-G-----G-T--T-C-GT-GACA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C---TT-A-A-CT-T-TG------A------A---A---AC-C-GCCT-TTT
gi|61989                      : TGAC-TTTT----GTTAC-G-----G-T--T-C-GTTTATT-------------TT-T--TTTTTAT--GGAG-T------T-GTT-CC-C-CTTT-A-T-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|61990                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-T-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61991                      : TGAG-TTTC----GTTCC-G-----G-T--T-T-GATTACT-------------TT-T--A----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GGCT-TCT
gi|61992                      : TGTG-TTTT----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTG-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---TA-T-GCCT-TTT
gi|61993                      : TGAG-TTTC----GTTTT-A-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-C--A----TT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GCCT-TTT
gi|61994                      : TGAG-TTTT----GTTCT-G-----A-T--T-C-AATGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-T------A---A---AC-T-GACTATTT
gi|61995                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-T-GTTAATT-------------TT-T--T----AC--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CCTT-A-A-CT-T-CG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61996                      : TGAG-TTTT----GATTT-G-----G-T--T-G-TTTGATT-------------TA-T--G----TC--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CCTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61997                      : TGAG-TTTG----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATA-------------TT-T--G----AA--GGAG-T------T-GCA-TC-C-CCTT-A-A-CT-TATA----G-A------A---ATT-AC-T-G
gi|61998                      : TAAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTA-CC-C-CGTT-A-G-CT-T-TT----A-A------A---A---A
gi|61999                      : TGAG-TTTT----ATTTT-G-----G-T--T-T-GTTAATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------C-G-G-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---CA-T-GTCT-TTT
gi|62000                      : TGAG-TTTA----ATTTT-G-----G-T--T-G-GTTCATT-------------TT-G--C----AT--GGAC-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---A
gi|62001                      : TGAG-TTTT----GTTTC-G-----G-A--T-T-GTTGATT-------------TT-TTTGTT--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-GT-T-CG----ATA------A---A---A
gi|62002                      : TGAG-TTTC----ATTTT-G---------------TTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-TTTT-A-G--T-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|62003                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G---------------TTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62004                      : TGAG-TTTC----GTTCC-G-----G-T--T-C-GATGATT-------------TT-T--G----AT--GGGG-T------G-GTG-CC-C-C-TT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|62005                      : TGAG-TTTT----ATTTT-G-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--TT---AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-ATTT-A-A-CT-T-TA----A-AT-----A---A---AT-T-AC
gi|62006                      : TGAG-TTTT----GTTTC-A-----G-T--T-C-ACTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CA-C-CACT-A-A-AT-T-
gi|62007                      : TGAG-TTTT----GTTAT-G-----G-T--T-C-GCTGATT-------------TT-T--T----AT--GAAG-T------T-GTG-GC-C-CTTC-A-A-CA-T-TG----A-A------A---A---AT-TAGACT-TTT
gi|62008                      : TAAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-C
gi|62009                      : TGAG-TTTT----GTTCC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--TTT--AT--GAAG-T------T-GTG-TT-C-CTTT-A-A-TT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62010                      : TGAG-ATTT----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-A--G----TT--AAAG-T------T-CTG-TC-A-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TTT
gi|62011                      : TGAG-TTACT---GTTCC-G-----G-T--T-C-GATAACT-------------TT-T--G----GT--GAAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|62012                      : TGCG-TTTT----GTTTC-C-----C-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-TT-T-TG----A-A------A---A---
gi|62013                      : TGAG-TTTT----ATTTT-G-----G-T--T-T-GTTAATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------C-G-G-TC-C-CTTT---A-CC-T-TG----G-A------A---A---ACAT-TTCT-TTT
gi|62014                      : TGAG-TTTA----ATTTT-G-----G-T--T-G-GTTCATT-------------TT-G--T----AT--GGAC-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---A
gi|62015                      : TGAG-TTACATATGTTTT-G-----A-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--TTT--AT--CGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62016                      : TGAG-TTTA----GTTAC-G-----G-T--T-C-GATGAGT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C----------CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TCT
gi|62017                      : TGAG-ATTT----GTTCC-TC----G-T--T-T-GTAGATT-------------GT----G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62018                      : TGAGGTTTT----GTTTC-G-----GGT--C-C-GTTGAGT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-AC-C---TT-A-A-C--T-TG----A-A------A---AT--AC-T-G
gi|62019                      : TGAG-TTTC----GTTTC-T-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TG-T--G----AA--GGAG-T------T-GTG-TCAC-C--T-A-A-TT-T-TG----A-G------A---A---AT-T-AC
gi|62020                      : TGAT-TTTT----GTTCC-A-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--TTT--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62021                      : TGAG-TTAC----ATTTT-GTACTTG-T--T-C-ATTGATT-------------TT-G--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62022                      : TGAA-TTTT----ATTTG-A-----A-C--A-T-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAG-T------T-ATG-CT-C-CTTT-A-G-CT-T-CC----A-A------A---A---TC-T-ACC
gi|62023                      :  GGG-TTTT----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGGTT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-ACTT-
gi|62024                      :  GAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATTTGGTTCGTTAATATC-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG--C-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---ATTTAC-T-GTTT-
gi|62025                      :  GAG-TTTT----GTTAC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-C------C-GTG-CC-C-C
gi|62026                      :  GAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GAAG-T------T-GTA-CC-C-CTTT-C-A-AT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GC
gi|62027                      :  GAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--TGA-GTT-ATT-------------TT-T--A----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-G-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-G
gi|62028                      :  GAG-TTTT----GTTCC-A-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-A--G----TT--TGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-A-GG----A-A------A---A---AT-T-GACT-TTT
gi|62029                      :  GAG-TTTA----CTTTT-G-----G-T--T-T-GTTGACT-------------TT-T--G----AT--GGAG-TTACATGT-ATG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-GGAAGAA-A------A---A---AC---GCCT-TT
gi|62030                      :  GAG-TTTT----GTTCC-A-----A-T--T-G-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GAG-GC-C-CTTG-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62031                      :  GAG-TTTTT---GTTTT-G-----G-GAAT-T-GTTTATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-TT---C-C-CTTT-A-AACT-G-TA----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62032                      :  GAG-TTTC----CTTTTTA-----A-T--C-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GGG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-
gi|62033                      :  GAT-TTTC----TTTTT-A-----G-T--T-C-ACTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAG-T------T-GAG-CC-C-CTTT-C-A-CT-T-TC----A-ATG----G---A---AC-T-G
gi|62034                      :  GAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-A-GTTGA-T-------------AT-T--GAA--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTC-ATA-CTAT-AG----A-A------A---A---A
gi|62035                      :   AG-TTTT----GTTTT-A-----A-T--T-C-GTTAATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62036                      :   AG-TTTA----GTTTT-G-----G-T--T-G-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GACG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TA----A-A------A---A---A
gi|62037                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----G-C--T-C-GTTGATT-------------TTTT--G----AT--GGAG-A------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62038                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-ATG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------AAATA---AC-T-GC
gi|62039                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGA---------------TT-T--G----AT--GGA--T------T-ATG-CC-C-TTT----A-CT-T-TG----A-A------AAATA---AC-T-GC
gi|62040                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----A-T--T-C-GTTGGTT-------------TT-T--A----AT--GGAG-C------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---AATTAC-T-GCTT-
gi|62041                      :   AG-CTTT----GTTCC-A-----G-T--T-C-AATGATT-------------TC-T--G----TT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62042                      :   AG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GTCG-T------T-GTG-AC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62043                      :   AG-TTTT----GTTCA-G-----A-G--T-T-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-AG----G-A------A---G---A
gi|62044                      :   AG-TTTT----GTGGT-G-----G-T--C-G-GTTAATT-------------GT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-A--T-TG----A-A------A---A---AT-T-ACTG-TTT
gi|62045                      :   AG-TTTC----GTTCC-G-----G-T--T-C-GATGATT-------------TT-T--TC---AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-AGTATACA---G---AT-T-GCCTATTT
gi|62046                      :   AG-TTTC----GTT-C-A-----G-T--T-C-GT-GATT-------------TT-T--T----AT--GGAA-T------T-GTG-CC-C-TTTT-A-A-CT-T-TG----G-A------A---ATT-AC-T-G
gi|62047                      :   AG-TTTC----ATTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAG-T------T-ATG-CT-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62048                      :   AG-TTTC----GCTTC-T-----G-T--TTC-GTTGATT-------------TT----A----AT--GGAG-T------T-GTACCC-C-CTTT-A-A-CT-T-AA----A-AC-----A---A---AA-T-GCCA-TT
gi|62049                      :    G-CTTT----GTTTC-G-----G-T--T-A-ATCGATT-------------TT-T--TTT--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-C-CT-T-GG----A-A------A---A---AT-T-G
gi|62050                      :    G-TTCC----GTTAC-G-----G-T--T-C-GCTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG----C-CTTT-C-A-TT-T-TA----A-A------A---A---A
gi|62051                      :          ----GTTCC-A-----T-T--T-C-ATTGATT-------------TT----G----TT--GGAG-T------T-GCG-CC-C--TTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AACT-TTT
gi|62052                      :   ttgtTTT----GTT---A-----G-T--T-CCGTTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAA-T------TGGTG--C-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------ATT-A---AC-T-G
gi|62053                      :        TC----GTTTC-G-----G-T--T-C-TTTGAAT-------------TT-T--G----TT--GGAG-G------T-GTG-CC-C-CTTT-C-C-TT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GC
gi|62054                      :                                    TTGCTC-------------TT-T--G----GT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-AC
gi|62055                      :      gtgttgagttTTT-G-----A-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--AGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-
gi|62056                      :                     -----G-T--T-T-GATGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---AGTTAC-T-G
gi|62057                      :                 ta-G-----G-T--T-A-GGCGATT-------------TT-G--G----AT--GGAG-C------T-GTG-CC-CTCTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---T---G--T-GCCT-TTT
gi|62058                      :                          t-T--T-G-GTAGGTT-------------TT-T--G----AT--GGTG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-AAT----A---A---AC-T-
gi|62059                      :                                    TTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAGGT------T-GTG-TC-C-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-AT-----A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62060                      :                                    TTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAGGT------T-GTG-TC-C-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-AT-----A---A---AC-T--CCT-TTT
gi|62061                      :                                       ATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------A-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---CT-T-GCCT-TTT
gi|62062                      :                                       ATT-------------TT-T--G----AT--GGAG--------T-GTG-CC-C-CTTTAA-A-CT-T-TA----A-A------A---A---CT-T-GCCT-TTT
gi|62063                      :                                        TT-------------GT-T--G----TT--GGAG-T------T-GT--CC-C-TTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TTT
gi|62064                      :                                         T-------------TT-T--G----GTTAGGAG-T--------GTG-CC-G-CTTT-A-T-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62065                      :                                          -------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CATT-A-G-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62066                      :                                                         -T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTC-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AA-T-GCTT-TTT
gi|62067                      :                                                                   T--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-T------A---A---AC-T-


blockSeqs                     :          ATAT       TACTT      G         TGGTTCGTTAATA       TTTT          TACATG                           AAGA   GTATAC AAT TTT         A
blockSeqs                     :          T          C          T         .                   TT            .                                .      TG     AAT ATT         A
blockSeqs                     :          T          .          .         .                   TT            .                                .      AT     TT  GTT         .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   TT            .                                .      T      .   TT          .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   TT            .                                .      C      .   TT          .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   AA            .                                .      T      .   T           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   TT            .                                .      T      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   T             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   C             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .           .
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :          .          .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :                     .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :                     .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :                     .          .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :                                .         .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :                                          .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :                                          .                   .             .                                .      .      .   .            
blockSeqs                     :                                          .                   .             .                                                               
blockSeqs                     :                                          .                   .             .                                                               
blockSeqs                     :                                          .                   .             .                                                               
blockSeqs                     :                                          .                   .             .                                                               
blockSeqs                     :                                          .                   .             .                                                               
blockSeqs                     :                                          .                   .             .                                                               
blockSeqs                     :                                                              .             .                                                               
blockSeqs                     :                                                                            .                                                               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
finalCons                     : TGAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT





Alignments
lowQualScore                  :     0    2222     0 11111 0 00 1 0       2222222222222  0 00 5555  00    0 111111 0   0  0 0    0 0 0  0 0  1111 0 444444 222 444  0 0    2   
lowQualScore                  :     .    ....     . ..... . .. . .       .............  . .. ....  ..    . ...... .   .  . .    . . .  . .  .... . ...... ... ...  . .    .   
lowQualScore                  :     6    3333     5 99999 5 77 1 5       6666666666666  5 66 8888  66    9 333333 5   5  5 5    5 5 5  5 5  1111 5 999999 555 666  6 6    4   
consensus                     : TGAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
Reference ( family-287 )      : TGAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61982                      : TGAG-TTTC----ATTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61983                      : TGAG-TTTT----GTATT-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|61984                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TT----A-A------A---A---AA-T-GCCT-TTT
gi|61985                      : TGAC-TTTT----GTTTT-G-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61986                      : TGAG-TTTT----GTTTC-A-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-GC-C-CTTG-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|61987                      : TGAG-TTTC----CTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGACA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|61988                      : TGAG-TTTC----CTTTT-G-----G-T--T-C-GT-GACA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C---TT-A-A-CT-T-TG------A------A---A---AC-C-GCCT-TTT
gi|61989                      : TGAC-TTTT----GTTAC-G-----G-T--T-C-GTTTATT-------------TT-T--TTTTTAT--GGAG-T------T-GTT-CC-C-CTTT-A-T-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|61990                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-T-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61991                      : TGAG-TTTC----GTTCC-G-----G-T--T-T-GATTACT-------------TT-T--A----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GGCT-TCT
gi|61992                      : TGTG-TTTT----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTG-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---TA-T-GCCT-TTT
gi|61993                      : TGAG-TTTC----GTTTT-A-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-C--A----TT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GCCT-TTT
gi|61994                      : TGAG-TTTT----GTTCT-G-----A-T--T-C-AATGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-T------A---A---AC-T-GACTATTT
gi|61995                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-T-GTTAATT-------------TT-T--T----AC--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CCTT-A-A-CT-T-CG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61996                      : TGAG-TTTT----GATTT-G-----G-T--T-G-TTTGATT-------------TA-T--G----TC--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CCTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|61997                      : TGAG-TTTG----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATA-------------TT-T--G----AA--GGAG-T------T-GCA-TC-C-CCTT-A-A-CT-TATA----G-A------A---ATT-AC-T-G
gi|61998                      : TAAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTA-CC-C-CGTT-A-G-CT-T-TT----A-A------A---A---A
gi|61999                      : TGAG-TTTT----ATTTT-G-----G-T--T-T-GTTAATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------C-G-G-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---CA-T-GTCT-TTT
gi|62000                      : TGAG-TTTA----ATTTT-G-----G-T--T-G-GTTCATT-------------TT-G--C----AT--GGAC-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---A
gi|62001                      : TGAG-TTTT----GTTTC-G-----G-A--T-T-GTTGATT-------------TT-TTTGTT--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-GT-T-CG----ATA------A---A---A
gi|62002                      : TGAG-TTTC----ATTTT-G---------------TTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-TTTT-A-G--T-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|62003                      : TGAG-TTTC----GTTTT-G---------------TTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62004                      : TGAG-TTTC----GTTCC-G-----G-T--T-C-GATGATT-------------TT-T--G----AT--GGGG-T------G-GTG-CC-C-C-TT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---
gi|62005                      : TGAG-TTTT----ATTTT-G-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--TT---AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-ATTT-A-A-CT-T-TA----A-AT-----A---A---AT-T-AC
gi|62006                      : TGAG-TTTT----GTTTC-A-----G-T--T-C-ACTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CA-C-CACT-A-A-AT-T-
gi|62007                      : TGAG-TTTT----GTTAT-G-----G-T--T-C-GCTGATT-------------TT-T--T----AT--GAAG-T------T-GTG-GC-C-CTTC-A-A-CA-T-TG----A-A------A---A---AT-TAGACT-TTT
gi|62008                      : TAAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-C
gi|62009                      : TGAG-TTTT----GTTCC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--TTT--AT--GAAG-T------T-GTG-TT-C-CTTT-A-A-TT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62010                      : TGAG-ATTT----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-A--G----TT--AAAG-T------T-CTG-TC-A-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TTT
gi|62011                      : TGAG-TTACT---GTTCC-G-----G-T--T-C-GATAACT-------------TT-T--G----GT--GAAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-
gi|62012                      : TGCG-TTTT----GTTTC-C-----C-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-TT-T-TG----A-A------A---A---
gi|62013                      : TGAG-TTTT----ATTTT-G-----G-T--T-T-GTTAATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------C-G-G-TC-C-CTTT---A-CC-T-TG----G-A------A---A---ACAT-TTCT-TTT
gi|62014                      : TGAG-TTTA----ATTTT-G-----G-T--T-G-GTTCATT-------------TT-G--T----AT--GGAC-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-A-CT-T-GG----A-A------A---A---A
gi|62015                      : TGAG-TTACATATGTTTT-G-----A-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--TTT--AT--CGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62016                      : TGAG-TTTA----GTTAC-G-----G-T--T-C-GATGAGT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C----------CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TCT
gi|62017                      : TGAG-ATTT----GTTCC-TC----G-T--T-T-GTAGATT-------------GT----G----AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62018                      : TGAGGTTTT----GTTTC-G-----GGT--C-C-GTTGAGT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-AC-C---TT-A-A-C--T-TG----A-A------A---AT--AC-T-G
gi|62019                      : TGAG-TTTC----GTTTC-T-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TG-T--G----AA--GGAG-T------T-GTG-TCAC-C--T-A-A-TT-T-TG----A-G------A---A---AT-T-AC
gi|62020                      : TGAT-TTTT----GTTCC-A-----G-T--T-T-GTTGATT-------------TT-T--TTT--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62021                      : TGAG-TTAC----ATTTT-GTACTTG-T--T-C-ATTGATT-------------TT-G--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62022                      : TGAA-TTTT----ATTTG-A-----A-C--A-T-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAG-T------T-ATG-CT-C-CTTT-A-G-CT-T-CC----A-A------A---A---TC-T-ACC
gi|62023                      :  GGG-TTTT----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGGTT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-ACTT-
gi|62024                      :  GAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-C-GTTGATTTGGTTCGTTAATATC-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG--C-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---ATTTAC-T-GTTT-
gi|62025                      :  GAG-TTTT----GTTAC-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-C------C-GTG-CC-C-C
gi|62026                      :  GAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GAAG-T------T-GTA-CC-C-CTTT-C-A-AT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GC
gi|62027                      :  GAG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--TGA-GTT-ATT-------------TT-T--A----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-G-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-G
gi|62028                      :  GAG-TTTT----GTTCC-A-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-A--G----TT--TGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-A-GG----A-A------A---A---AT-T-GACT-TTT
gi|62029                      :  GAG-TTTA----CTTTT-G-----G-T--T-T-GTTGACT-------------TT-T--G----AT--GGAG-TTACATGT-ATG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-GGAAGAA-A------A---A---AC---GCCT-TT
gi|62030                      :  GAG-TTTT----GTTCC-A-----A-T--T-G-GTTGATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GAG-GC-C-CTTG-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---A
gi|62031                      :  GAG-TTTTT---GTTTT-G-----G-GAAT-T-GTTTATA-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-TT---C-C-CTTT-A-AACT-G-TA----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62032                      :  GAG-TTTC----CTTTTTA-----A-T--C-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GGG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-
gi|62033                      :  GAT-TTTC----TTTTT-A-----G-T--T-C-ACTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAG-T------T-GAG-CC-C-CTTT-C-A-CT-T-TC----A-ATG----G---A---AC-T-G
gi|62034                      :  GAG-TTTC----GTTTC-G-----G-T--T-A-GTTGA-T-------------AT-T--GAA--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTC-ATA-CTAT-AG----A-A------A---A---A
gi|62035                      :   AG-TTTT----GTTTT-A-----A-T--T-C-GTTAATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62036                      :   AG-TTTA----GTTTT-G-----G-T--T-G-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GACG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TA----A-A------A---A---A
gi|62037                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----G-C--T-C-GTTGATT-------------TTTT--G----AT--GGAG-A------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62038                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-ATG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------AAATA---AC-T-GC
gi|62039                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----G-T--T-C-ATTGA---------------TT-T--G----AT--GGA--T------T-ATG-CC-C-TTT----A-CT-T-TG----A-A------AAATA---AC-T-GC
gi|62040                      :   AG-TTTT----GTTTC-G-----A-T--T-C-GTTGGTT-------------TT-T--A----AT--GGAG-C------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---AATTAC-T-GCTT-
gi|62041                      :   AG-CTTT----GTTCC-A-----G-T--T-C-AATGATT-------------TC-T--G----TT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62042                      :   AG-TTTC----GTTTT-G-----G-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--T----AT--GTCG-T------T-GTG-AC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62043                      :   AG-TTTT----GTTCA-G-----A-G--T-T-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-AG----G-A------A---G---A
gi|62044                      :   AG-TTTT----GTGGT-G-----G-T--C-G-GTTAATT-------------GT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-A--T-TG----A-A------A---A---AT-T-ACTG-TTT
gi|62045                      :   AG-TTTC----GTTCC-G-----G-T--T-C-GATGATT-------------TT-T--TC---AT--GGAG-T------T-GTG-TC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-AGTATACA---G---AT-T-GCCTATTT
gi|62046                      :   AG-TTTC----GTT-C-A-----G-T--T-C-GT-GATT-------------TT-T--T----AT--GGAA-T------T-GTG-CC-C-TTTT-A-A-CT-T-TG----G-A------A---ATT-AC-T-G
gi|62047                      :   AG-TTTC----ATTTC-G-----G-T--T-C-ATTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAG-T------T-ATG-CT-C-CTTT-A-A-CT-
gi|62048                      :   AG-TTTC----GCTTC-T-----G-T--TTC-GTTGATT-------------TT----A----AT--GGAG-T------T-GTACCC-C-CTTT-A-A-CT-T-AA----A-AC-----A---A---AA-T-GCCA-TT
gi|62049                      :    G-CTTT----GTTTC-G-----G-T--T-A-ATCGATT-------------TT-T--TTT--AT--GGAG-T------T-GTG-CC-A-CTTT-A-C-CT-T-GG----A-A------A---A---AT-T-G
gi|62050                      :    G-TTCC----GTTAC-G-----G-T--T-C-GCTGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG----C-CTTT-C-A-TT-T-TA----A-A------A---A---A
gi|62051                      :          ----GTTCC-A-----T-T--T-C-ATTGATT-------------TT----G----TT--GGAG-T------T-GCG-CC-C--TTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AACT-TTT
gi|62052                      :   ttgtTTT----GTT---A-----G-T--T-CCGTTGATT-------------TT-T--T----AT--GGAA-T------TGGTG--C-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------ATT-A---AC-T-G
gi|62053                      :        TC----GTTTC-G-----G-T--T-C-TTTGAAT-------------TT-T--G----TT--GGAG-G------T-GTG-CC-C-CTTT-C-C-TT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-GC
gi|62054                      :                                    TTGCTC-------------TT-T--G----GT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-AC
gi|62055                      :      gtgttgagttTTT-G-----A-T--T-C-GTTGATT-------------TT-T--G----AT--AGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-
gi|62056                      :                     -----G-T--T-T-GATGATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---AGTTAC-T-G
gi|62057                      :                 ta-G-----G-T--T-A-GGCGATT-------------TT-G--G----AT--GGAG-C------T-GTG-CC-CTCTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---T---G--T-GCCT-TTT
gi|62058                      :                          t-T--T-G-GTAGGTT-------------TT-T--G----AT--GGTG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-AAT----A---A---AC-T-
gi|62059                      :                                    TTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAGGT------T-GTG-TC-C-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-AT-----A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62060                      :                                    TTGATT-------------TT-T--G----TT--GGAGGT------T-GTG-TC-C-CTTT-T-A-CT-T-TG----A-AT-----A---A---AC-T--CCT-TTT
gi|62061                      :                                       ATT-------------TT-T--G----AT--GGAG-T------A-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---CT-T-GCCT-TTT
gi|62062                      :                                       ATT-------------TT-T--G----AT--GGAG--------T-GTG-CC-C-CTTTAA-A-CT-T-TA----A-A------A---A---CT-T-GCCT-TTT
gi|62063                      :                                        TT-------------GT-T--G----TT--GGAG-T------T-GT--CC-C-TTTT-A-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GACT-TTT
gi|62064                      :                                         T-------------TT-T--G----GTTAGGAG-T--------GTG-CC-G-CTTT-A-T-CT-T-TG----A-A------A---A---AC-T-GCCT-TTT
gi|62065                      :                                          -------------TT-T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CATT-A-G-CT-T-TG----A-A------A---A---AT-T-AC
gi|62066                      :                                                         -T--G----AT--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTC-C-A-CT-T-TG----A-A------A---A---AA-T-GCTT-TTT
gi|62067                      :                                                                   T--GGAG-T------T-GTG-CC-C-CTTT-A-A-CT-T-TG----A-T------A---A---AC-T-