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lowQualScore                  :         . . . . .. .  ..   .  . . ... .. ...... . ... .. . ......... . .. ... . . .. . .. . . .. . .  .. . ..  .. ... .. . ....... . .  . . .... ...  .. . . .. .. .. . . .  . . . . . .. .  ..     .  
lowQualScore                  :         5 9 4 6 11 5  11   8  4 9 000 88 222222 4 111 77 8 222222222 9 00 888 4 4 66 3 77 4 3 88 5 3  88 2 55  77 444 11 4 0000000 5 4  9 8 3333 444  44 5 9 99 99 66 4 5 8  5 1 4 4 4 99 5  00     7  
consensus                     :    AGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-N-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
Reference ( gi|132320 )       :    AGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCTTAC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACTAT
gi|132263                     :    AGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCTTAC-G-AT--T--A------T-A---G--C-T---------A-G--AT--T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--GAT--CA--C---A--CAA-------A-G-TC-T-A-G--C-T-TG--T-T-C--C--T--TAA-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACTAT
gi|132241                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--ACCTAC-G-A---T--G------T-AT--G--C-T---------A-G--A---T-A-G--C-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132306                     :  ttAACCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-G---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CG--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-T-TG--T-T-C--T--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132247                     :   tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--ACCTAC-G-A---T--G------T-AT--G--C-T---------A-G--A---T-A-G--C-G--A-C-T--G-G-CC--G-TTCCA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132305                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-A-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-A-TG--T-T-C--T--T--A-G-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132321                     :   tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-TAC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------AGG--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-A-TG--T-T-C--C-----T-A-G-CC-A-T-G-T-C----AA--CCTACGAT
gi|132308                     :    AGCCA-T-G-TAC--A-AA--CCT-AC-G-ACT-T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--AAC-T--G-G-CA--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132246                     :   tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-TG-G-G-CC--A-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TGA-T-T-C--T--T--A-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132252                     :  ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-CTT--G-G-CC--A-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-T-TG--T-T-A--T--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CCTAC
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gi|132311                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCTTAC-G-A---T--A------T-A---G--CTT---------A-G--AT--T-A-G--TAG--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC---A-A--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCT
gi|132253                     :   tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T----G-CC--G-T--CA--CA--A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--G-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C----AA--CCTACAATtacgat
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gi|132260                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--C--TAC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--ATT--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-GC-C-T-TG--T-T-A--T--T--T-A-G-CC-ATT-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
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gi|132323                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--AC-----T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G---CC--A-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-T-TG--T-T-A--T--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCacga
gi|132242                     :    AGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A----A---T-A----T-G--A-C-T--G-GGCC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CCTACGATacgat
gi|132309                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--ACT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--AAC-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-ATTGATCAA-G-TC-T-A-A--C-T--G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132255                     :   tAGTCA---G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-GG-A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CT--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--T-T-C--CT-T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132264                     :  ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-CTT--G-G-CC--A-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-T-TG--T-T-A--T--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AAC-CCTAC
gi|132307                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---GG-C-T---------A-G--A---TTA-G--TAG--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-A-TGT-T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTg
gi|132258                     :   tAGTCA---G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-GG-A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CT--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--T-T-C--CTTT--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CCTACGATtacgat
gi|132268                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--C--TAC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--A-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-T-TG--T-T-TTAT--T--T-A-G-CA-T-T-GTT-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132322                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-T-A---T--A------T-A---G--CAT---------A-G--A---T-A-G----G--A-C-TT-G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A---------G-TC-T-A-G--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132245                     :    AGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--AAC-T--GCG-CC--G-T--CA--CCACA--CCA-------A-G-TC-T-A-G--C-A--G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132259                     :  ttAGCCA-T-C-T-C--A-AA--CCCTAC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T----G-CT--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-A-TG--T-T-CCTC--T--T-A-G-CC-ATT-G-T-CAAA-AA--CCTACGAT
gi|132248                     :  ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--ACCTAC-G-A---TG-A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CACCC---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-A-TGT-T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA---CTACGAT
gi|132261                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------TTA---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-GT-A-C-T--G-GGCC--A-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--TAT-T--C--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CCTACGAT
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gi|132274                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT--C-G-A---TG-A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--TGG--A-C------G-CC--G-TC-CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TGT-T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
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gi|132272                     :   tAGCCA-T-G-T-CC-A-AA--CCT-AC-G-A---TGTA------T-A---G--C-TT--------A-G--A---T-A-G--T-GGGA-C-T--G---CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC
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gi|132269                     :   tAGCCA-T-C-TTC--A-AA--CCCTAC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--TAG--A-C-T--G-G-CT--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-A-TG--T-T-CCTC--T--T-A-G-CC-ATT-G-T-C--A-AAACCTTACGATga
gi|132251                     :  ttAGCCA---G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-TTACCTGCCTA-G--A---T-A-G--T-G--A-C-TT-G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-TC-A---G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132287                     :  ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CC--AC-G-A---T--A------T-AA--G--C-T---------A----A---T-A-G--TTG--A-C-T--G-G-CC--A-TT-CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCT
gi|132286                     :  ttAGCCA-T-GGT-C--A-AA--ACCTAC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CTTGA-T--CA--C---A--C---------A-G-TC-T-G-A--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-GCCC-ATT-G-T-C--A-AA--CCTACGATtacgat
gi|132265                     :  ttAGCCA-T---T-C--A-AA--ACCTAC---A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A---TC-T-A-G--C-A-T---T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132292                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC--AC-G-A---T--A------T-A---G--CTT---------A-G--A---T-A-G--T----A-C-T--G-C-CC--G-T--CA--CAA-A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--T------C--C--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACAAT
gi|132257                     :  ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CCT-AC-GTA---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--C-G--A-C-T--G-G-CC--A-T--CA--C---A--C-AAG-----A-G-TC-T-AGG--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-ATT-G-T-C--ACAA--CCTACGAT
gi|132262                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-A----CCTAC-A-A---T--A------T-A---G--C-TT--------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--GTT--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-TAA-A--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CC
gi|132317                     :  ttAGCCA-T-G-C-A--A-AA--CCTACC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-GACT-G------T--G-G-CT--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-TAA-A--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-CA-A-AA--CCTACGATacgat
gi|132279                     :   tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC--AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--C-G--A-C-T--G-GACC--ATT--CAC-C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC---T-G-T-CA-A-AA--CCTA
gi|132271                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-----------------------------T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTgat
gi|132280                     :  ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CCCTAC-GTA---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--C-G--A-C-T--G-G-CC--A-T--CA--C---A--C-AAG-----A-G-TC-T-AGG--C-A-TG--T-T-C--CT-T--T-A-G-CC-ATT-G-T-CA-A-AA--CCTACGATtacgat
gi|132285                     :  ttAGCCAAT-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-GCCC--A-T--CACCC---A--C-A-------A-G-TC-T-A-ACCC-T-TG--T-T-C--CA-A--T-A-G-CC-A-T-G-TAC--A-AA--CCTAC
gi|132313                     :  ttAGCC--T-G-T-C--A-AA--ACCTA--G-A---T--A------T-A---AGCC-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--GCT--CA--C---A--C-A-------A-GTTC-T-A-G--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-GACC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGATga
gi|132275                     :   tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-A--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-----------------------------T-A-A-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132293                     :  ttAGTCA-TTG-T-C--A-AA--CC--AC-G-ACCTT--T------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CT--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TT-T-G-A--C-T-TGT-T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-TCC--A-AA--CCTACGAT
gi|132315                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--C--TAC-G-A---T--A------T-A---G--C-TT--------A-G--A---T-A-G--T-GGAA-C-T--G---CC--G-T--CA--C---A--C-ATTGTCA-A-G-TC-T-A-A--C-T--G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132277                     :   tAGCCA-TTG-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G---------------------T-T--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-TCC--A-AA--CCTACGAT
gi|132278                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-AA--G--C-T---------A-G--A---TTA-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A---------------------------A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132266                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-T-A---T--A------T-A---G--CCT---------A-G--AA--T-A-G--T-G--A-C-TT-G-G-CCC-G-T--C---C---A--C-AC------A-G-TC-T-A-G--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CCAA-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132295                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--ACCTAC-G-A---T--AA-----T-A---G--CCT---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-TT-G-G-CT--GAT--CA--C---A--C-A---------G-TC-T-G-A--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-GCCC-ATT-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132288                     :  ttAGCCA-TTG-T-C--A-AAAACCT-AC-G-A---T--A------T-A---G----T---------A-G--A---TAA-G--T-G--A-C-T--G-G-CT--G----CA--C---A--C---------A-G-TC-T-A-A--CTT-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132290                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCTTAC-G-A---T--A------TAA---G--C-T---------A-G--A---T-A------G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A----A-------A-G-TC-T-A-G--C-A-T---T-T-C--CA-T--T-A-G-CC-A-TCT-T-C--A-AAC-CCTACGAT
gi|132284                     :  ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G----T---------A-G--A---T-A-G--TGG--A-C-T--G-G-GCTTG-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--CAT-TGTTT-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-TGG-T-CA-A-AA--CCTACGAT
gi|132291                     :  ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CCT-AC-G-A---TT-AC-----T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-T-CC--A-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-T-TG--T-T-A--T--T--TAA-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--ACCACGAT
gi|132281                     :  ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CCT-AC-G-A---TT-A------T-A---G--C-T---------A-G--A-----A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-A-TG--T-T-C--CT-T--T-A-GTTC-ATT-GTT-C--A-AA--CC
gi|132314                     :  ttAGCCA-T-GGT-C--A-AA--CCT-AC-G-----T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-T---A--C---A--CTA-------A-G-TC-T-A-A--C-G-T---T-T-T--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-TCAA-AA--CCTACGATacga
gi|132294                     :   tAGCC--T-G-T-C--A-AA--ACCTA--G-A---T--A------T-A---AGCC-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-GGCC--GCT--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T---T-CA-A-AA--CCTAC
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gi|132324                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---A--G-T---------AAG--A---T-A-G--T-GG-A-C-T--G-GGCT--G-T--C---C---A--C-AC------A-G-TC-T-A-G--CAT-TG--T-TTC--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-CA-A-AA--CCTACGATc
gi|132283                     :    AGCCA---G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--AATAGCTT-ACCTG--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--T-G-GC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-GTTC-T-A-G--C-A-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-TC-A---G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132289                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-CTT--G-G-CC--A-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G------------T-C--C--A--T-G-G-TC-A----------A-AA--CCTACGAT
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gi|132301                     :  ttAGCCA-TTG-T-C--A-AA--ACCTAC-G-A---TT-A------T-A------C-T---------A-G--A---T-AAG--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-TT-CA--C---A--C-A-------A-G-TC-----------------------------T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132299                     :  ttAGCCA-T-G-C-T--C-AA--CCT-AC-G-AG--T--A------T-A---G--CCT---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--A-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-----------------------------T-A-G-CC-A-TGG-T-C--A-AA--CCTAC
gi|132325                     :  ttAGCCA-T-G-T-TCAA-AA--CC--AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--C-G--A-C-TGCG-A-CC--ATT--CAC-C---A--C-A-------A-G-TC-T---G--C-A-TG--T-T-C--C-----T-A-G-CC---T-G-T-CA-A-AA--CCTAg
gi|132302                     :    AGCCA---G-T-C--A-AA--CCT-ACAG-A---T--AA-----T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A----T-G--A-C-T--G-G-CC--G-TGTCA--C---A--C-A-------A-G-TC-----------------------------T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--ACTACGATgat
gi|132303                     :  ttAGCCA-TTG-T-C--ACAA--CCT-AC-G-A---TT-A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-AAG--T-G--A-C-TT-G-G-CC--G-TT-CA--C---A--C-A-------A-G-TC-----------------------------T-A-G-CC-A-T-G-C-A--A-AA--CCTAC
gi|132319                     :  ttAGCCA-T-G-T-C--A-A----CCTAC-G-A---T--A------T-A---G--C-TT--------A-GGAA---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--G-TC-CA--C---A--C---------A-G-TC-T-G-G--G-T-TC--T-T-C--cgat
gi|132304                     :   tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-TACAG-A---A--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A----T-G--A-C-T--G-G-CCGTG-T--CA--CT--A--C-A-------A---TC-----------------------------T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA---CTACGATa
gi|132298                     :   ttGCCA-T-G-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-AA--G--C-T---------A-GC-A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--A-TT-CA--C---A--C-A-------A-GGTC-TTA-A--C-T-T---T-T-C--C--T--T-AAG-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCT
gi|132270                     :  ttagCCA-TTG-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---TT-A------T-A---GA-C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-TT-G-G-CT--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A---G-T-C--A-AA--CCTACGATtacgat
gi|132276                     : ttagcCCA-TTG-T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---TT-A------T-A---GA-C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--T-G-GC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-A--C-T-TG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A---G-T-C--A-AA--CCTACGAT
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gi|132318                     : ttagaCCA-T-GGT-C--A-AA--ACCTAC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-A--------A-G--T-G--A-C-T--G-G-CC--GTT--CA--C---T--T-A-------A-G-TC-T-A-A--C----G--T-T-T--T--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CCTACGAT
gi|132326                     :         tagt-T-C--A-AA--CC--AC-G-ACC-T--T------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-C-T--G-G-CT--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TT-T-G-A--C-T-TGT-T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCT
gi|132300                     :             -T-C--A-AA--CCT-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A---T-A-G--T-G--A-CTT--G-G-CC--G-T--CA--C---A--C-A-------A-G-TC-T-A-G--C-CATG--T-C-C--cgat
gi|132304                     :                     ttagcattgt-G-A---C--A------T-G---G--C-T---------A-G--ATTGT-A-G--T-G--A-CAC--G-G-CCA-G-T--CA--T---A----------------TC-T-A-G--C-T-AT--T-T-C--T--G--T-A-G-aaaccacgat
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gi|132297                     :                                                                                                                                                                 --T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTACGATatagctagatagtgactggccgtcacacaagtctagccatgtcaaaccttacgat
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lowQualScore                  :                5 8 4 5 00 5  55  4 8  3 9 000 88 111111 5 111 11 9 777777777 5 00 66 9 9 5 8 11 9 44 44 5 3  99 7 11 5 77 00 0000000 4 000000 9 9  9 8 1111 11 5 88 5 9 99 33 66 9 9 3  4 1 3 4 8 99 5  00  7  9 5   
consensus                     :           AGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--C-NT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
Reference ( family-284 )      :           AGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--C-NT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132241                     :           AGCCA-T-G-T-C--A-AAA-CC-T-AC-G-A---T--G------T-AT--G--C-T---------A-G--A--T-A-G-C-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-A--C-TT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132242                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A----A--T-A---T-G--A-C--T--G-GGCC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--C-AT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
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gi|132265                     :         ttAGCCA-T---T-C--A-AAA-CC-T-AC---A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A---TC-T-A-G--C-AT----T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
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gi|132271                     :      ttagcAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-----------------------------T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTTA-C-GAT
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gi|132275                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-A--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-----------------------------T-A-A-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132276                     :                                                                                                                                                                          tt--T--T-A-G-CCCA-TTG-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132276                     :             CCA-TTG-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---TT-A------T-A---GA-C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--T-G-GC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-A--C-TT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A---G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GATtatagactagatagtgacttggcgtcacacaagtctaacttgttccttagccagtcaaacctacgat
gi|132277                     :      ttagcAGCCA-TTG-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G---------------------T-T--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-TCC--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132278                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-AA--G--C-T---------A-G--A--TTA-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A---------------------------A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132279                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC---AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-C-G--A-C--T--G-GACC--A-TT-C-A--CC-A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--C-AT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC---T-G-T-CA-A-AA--CC-TA---GAT
gi|132280                     :         ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CCCT-AC-GTA---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-C-G--A-C--T--G-G-CC--A-T--C-A--C--A-------C-AAG----A-G-TC-T-AGG--C-AT-G--T-T-C--CT-T--T-A-G-CC-ATT-G-T-CA-A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132281                     :         ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CC-T-AC-G-AT--T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A----A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--C-AT-G--T-T-C--CT-T--T-A-GTTC-ATT-GTT-C--A-AA--CC--A-C-GA
gi|132282                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-GCCC--A-T--C-C--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-AC-C-TT-GT-T-T-C--C--TAAT-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA---C-TA-CAGAT
gi|132283                     :         ttAGCCA---G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--AATAGCTT-ACCTG--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--T-G-GC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-GTTC-T-A-G--C-AT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-TC-A---G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132284                     :         ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G----T---------A-G--A--T-A-G-T-GG-A-C--T--G-G-GCTTG-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--CATT-GTTT-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-TGG-T-CA-A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132285                     :         ttAGCCAAT-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-GCCC--A-T--C-ACCC--A-------C-A------A-G-TC-T-A-ACCC-TT-G--T-T-C--CA-A--T-A-G-CC-A-T-G-TAC--A-AA--CC-TA-C-GA
gi|132286                     :         ttAGCCA-T-GGT-C--A-AAA-CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CTTGA-T--C-A--C--A-------C--------A-G-TC-T-G-A--C-TT-G--T-T-C--C--T--T-A-GCCC-ATT-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132287                     :         ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CC---AC-G-A---T--A------T-AA--G--C-T---------A----A--T-A-G-TTG--A-C--T--G-G-CC--A-TT-C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-A--C-TT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTTA-C-GAT
gi|132288                     :         ttAGCCA-TTG-T-C--A-AAAACC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G----T---------A-G--A--T-AAG-T-G--A-C--T--G-G-CT--G----C-A--C--A-------C-A--------G-TC-T-A-A--C-TTTG--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132289                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-CT-T--G-G-CC--A-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G------------T-C--C--A--T-G-G-TC-A----------A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132290                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-TTAC-G-A---T--A------T-AA--G--C-T---------A-G--A--T-A-G------A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A---------A------A-G-TC-T-A-G--C-AT----T-T-C--CA-T--T-A-G-CC-A-TCT-T-C--A-AAC-CC-TA-C-GAT
gi|132291                     :         ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CC-T-AC-G-A---TT-AC-----T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-T-CC--A-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--C-TT-G--T-T-A--T--T--TAA-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--AC-CA-C-GAT
gi|132292                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC---AC-G-A---T--A------T-A---G--CTT---------A-G--A--T-A-G-T----A-C--T--G-C-CC--G-T--C-A--CAAA-------C-A------A-G-TC-T-A-A--C-TT-G--T------C--C--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-AAT
gi|132293                     :         ttAGTCA-TTG-T-C--A-AA--CC---AC-G-ACCTT--T------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CT--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TT-T-G-A--C-TT-GT-T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-TCC--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132294                     :         ttAGCC--T-G-T-C--A-AAA-CC-T-A--G-A---T--A------T-A---AGCC-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-GGCC--GCT--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--C-AT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T---T-CA-A-AA--CC-TA-C-
gi|132295                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AAA-CC-T-AC-G-A---T--AA-----T-A---G--CCT---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--TT-G-G-CT--GAT--C-A--C--A-------C-A--------G-TC-T-G-A--C-TT-G--T-T-C--C--T--T-A-GCCC-ATT-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132296                     :         ttAGCCA-T-G-TTC--A-AA--CC-T-AC-G-AT--T--A------T-A---G--C-T---------A----A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-----------------------------T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132297                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-G-G-------G--T-T-C--
gi|132298                     :          ttGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------TAA---G--C-T---------A-GC-A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--ATT--C-A--C--A-------C-A------AGG-TCTT-A-A--C-TT----T-T-C--C--T--TAA-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTTA-C-GAT
gi|132299                     :       ttagAGCCA-T-G-C-T--C-AA--CC-T-AC-G-AG--T--A------T-A---G--CCT---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--A-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-----------------------------T-A-G-CC-A-TGG-T-C--A-AA--CC-TA-C-G
gi|132300                     :                  tt-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-CT-T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-----------------------------T-A-G-CC-A-T-G-TCC--A-AA--CC--A-C-GAT
gi|132301                     : ttagcattgtAGCCA-TTG-T-C--A-AAA-CC-T-AC-G-A---TT-A------T-A------C-T---------A-G--A--T-AAG-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-TT-C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--C---------------------------C-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132302                     :         ttAGCCA---G-T-C--A-AA--CC-T-ACAG-A---T--AA-----T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A---T-G--A-C--T--G-G-CC--G-TGTC-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--C---------------------------C-A-T-G-T-C--A-AA--AC-TA-C-GAT
gi|132303                     :         ttAGCCA-TTG-T-C--ACAA--CC-T-AC-G-A---TT-A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-AAG-T-G--A-C--TT-G-G-CC--G-TT-C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-----------------------------T-A-G-CC-A-T-G-C-A--A-AA--CC-TACC-GAT
gi|132304                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-ACAG-A---A--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A---T-G--A-C--T--G-G-CCGTG-T--C-A--CT-A-------C-A------A---TC-----------------------------T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA---C-TA-C-GAT
gi|132305                     :         ttAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-A-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-A--C-AT-G--T-T-C--T--T--A-G-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132306                     :          tAACCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-G---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CG--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-G--C-TT-G--T-T-C--T--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132307                     :          tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---GG-C-T---------A-G--A--TTA-G-TAG--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-A--C-AT-GT-T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTTA-C-GAT
gi|132308                     :          tAGCCA-T-G-TAC--A-AA--CC-T-AC-G-ACT-T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--AAC--T--G-G-CA--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-A--C-TT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132309                     :          tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--AC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-GA-A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--ACATTGATC-A------A-G-TC-T-A-A--C--T-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132310                     :          tAGCCA-T-G-T-CC-A-AA--CC---AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-GTT-G--A-C--T--G-G-CC--G----C-A--C--A-------CAA------A-G-TC-T-A-G--C-AT-G--T-TCC--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132311                     :          tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-TTAC-G-A---T--A------T-A---G--C-TT--------A-G--A--TTA-G-TAG--A-C--T--G-G-CC--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC---A-A--C-AT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-C--A-AA--CCTTA-C-GAT
gi|132312                     :          tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--CC-T-AC-G-A---T--AT-----T-A---G--C-T---------A-G-----T-A-G-T-G-------T--G-G-CT--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-TAA-A--C-TT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-CA-A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132313                     :          tAGCC--T-G-T-C--A-AAA-CC-T-A--G-A---T--A------T-A---AGCC-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--GCT--C-A--C--A-------C-A------A-GTTC-T-A-G--C-AT-G--T-T-C--C--T--T-A-GACC-A-T-G-T-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132314                     :          tAGCCA-T-GGT-C--A-AA--CC-T-AC-G-----T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--G-T----A--C--A-------CTA------A-G-TC-T-A-A--C-GT----T-T-T--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-TCAA-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132315                     :          tAGCCA-T-G-T-C--A-AA--C--T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-TT--------A-G--A--T-A-G-T-GGAA-C--T--G---CC--G-T--C-A--C--A-------C-ATTGTCAA-G-TC-T-A-A--C--T-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132316                     :          tAGCCA-T-G-T-C--A-AA---C-T-ACAG-AT--T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-G-T-G--A-C--T----G-CA--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-T-A-A--C-TT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-C-T--C-AA--CC-TA-C-GA
gi|132317                     :          tAGCCA-T-G-C-A--A-AA--CC-T-ACCG-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-G--A--T-A-----G--A-CTGT--G-G-CT--G-T--C-A--C--A-------C-A------A-G-TC-TAA-A--C-TT-G--T-T-C--C--T--T-A-G-CC-A-T-G-T-CA-A-AA--CC-TA-C-GAT
gi|132318                     :            tCCA-T-GGT-C--A-AAA-CC-T-AC-G-A---T--A------T-A---G--C-T---------A-A-------A-G-T-G--A-C--T--G-G-CC--GTT--C-A--C--T-------T-A------A-G-TC-T-A-A--C----G--T-T-T--T--T--T-A-G-CC-A-T-GTT-C--A-AA--CC-TA-C-GAT
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