lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                               1111            111                 44444                                       
lowQualScore                  :        0  0 1111 0  0 11 77777 00  0 1 0 11 00 33333333333 333333333 1111 222222222    0  0 0 00 5555 11  11  0  1111  2222 33 2222  00 66666666 00 0 88888888888888   11 0 3333333333 0   111  99999999 0 0 0   222222 1 11  1111  333  111  777  111 0 33       22222  222   1     1  444 99  4444  1       
lowQualScore                  :        .  . .... .  . .. ..... ..  . . . .. .. ........... ......... .... .........    .  . . .. .... ..  ..  .  ....  .... .. ....  .. ........ .. . ..............   .. . .......... .   ...  ........ . . .   ...... . ..  ....  ...  ...  ...  ... . ..       .....  ...   .     .  ... ..  ....  .       
lowQualScore                  :        5  5 5555 5  5 22 88888 77  3 0 5 22 77 88888888888 333333333 5555 777777777    9  5 9 66 2222 11  11  9  0000  2222 44 0000  66 88888888 77 6 00000000000000   00 7 2222222222 8   333  77777777 8 8 9   333333 6 99  2222  444  444  222  444 8 66       11111  777   0     0  111 55  0000  0       
consensus                     : TCGCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-N--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CGCTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAACTTGG-TTG--GTT-TGAAA-TT--ATA-AA----GA-GTTATCA
Reference ( gi|54477 )        : TCGCTAG-CT-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CGCTT------T-C--AAT---TG---TT---TTC--AA---T-A--TCAAAACTTGGTTTG--GTT-TGAAA-TT--ATG-AA----GA-GTTATCA
gi|54480                      : TCGCTAG-CT-C----A-CT-ATAGA----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------C----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------TCT-CGCTT------T-C--AAT---TG---TT---TTG--AA---T-A--TTAGAA-----TTTT--GTT-TGAAA-TT--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54478                      : TCGCTAG-CT-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-A-G--T--G--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CGCTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAAC-----TTG--GTT-TGAAA-TA--ATG-A
gi|54481                      : TCGCTAG-TT-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A-----------------T--G-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CCT-------T-T-CGTTT------T-G--AAT---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAAC-----TTG--CTT-TGAAA-TT--ATA-AA----GA-GTTATCAtttacca
gi|54479                      : TCGCTAG-CT-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-CTC---CCTTAA----T-T-TGCTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAAC-----TTG--GTT-TGACA-TA--AT---A----GA-GTTATCA
gi|54482                      : TCGCTAG-CT-C----A-CA-A--AA----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-TC----GC----TCAA----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CT--------T-T-CGCTT------T-C--ATT---TA---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAAC-----TTG--GTT-TCAAA-TT--TTA-AG----GA-GTTATCA
gi|54483                      : TCGCTAG-CT-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GCTAG-T--A----CA--CTACATG--T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CGCTT------T-A--AAA---TG----T---TTA--AA---T-ACTTCAATAC-----TTG--GTT-TGAAA-TA--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54485                      : TCGCTAG-CT-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-A-G--T--T--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----TC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AT---T-A--TCAAAACTTG
gi|54487                      : TCGCTAG-CT-C----A-CA-A--GA----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-TT----GC----T--A----CA--CTAAG----T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CGCTT------T-C--ATT---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAA------CTTT--GTT-TGAAA-T-------------AA-GTTATCA
gi|54486                      : TCGCTAG-CT-C----A-CT-A--GA----G--A--C-A-A--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-CT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------A--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CCT-------T-T-CGCTT------T-C--ATA---TG---CT---TTG--AA---C-A--TTAAAA----ACTTG--GTT-TGAAA-TA--ATA-AA----AA-GTTATCA
gi|54484                      : TCGCTAG-CT-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-ACG--T--A---------------------A-------------------TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------C--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CCTCCT----T-T-CACTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AG---T-A--TCAAAAC-----TTG--GTT-TGAAA-TT--ATA-AA----AA-GTTATCA
gi|54489                      : TCGCTAG-CT-C----T-CT-A--GA----G--A--C-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTC---T-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--------------A-C--------------TAC--T-A----------A-ATC---CCC-------T-T-CGCTT------T-C--AAT---TG---CT---TTG--AA---T-A--TC-AAACTT--------GTT-TGAAA-TT--A
gi|54488                      : TCGCTAC-CT-C----A-CT----------------C-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTTC-TT-T-T--G-A--A--TT--GT-CC----GC----T--A----CA--G--------T--A-C--------------TAC----A----------A-ATC---CC--------T-T-CGCTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAA------------------AAA-TT--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54490                      : TCGCTAG-CT-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-------------------------------T--GT-CC----GC----T--A----CG--C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------A-ATC---CCTTAATAATT-T-CGTTT------T-C--AGT---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAACTTGGTT
gi|54491                      : TCGCTAG-CT-C----A-CT-A--GA----G--A-AC-A-GT-T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCCTTT-T-T--A-A--AC-CT--GT-CC----GC----T--AC---CA--C--------T--A-CG-------------TAC--A-A----------A---C---CC--------T-T-CGCTT------G-C--AA----TG---CT---TGG--AA---T-AT-TCAAAA
gi|54492                      : TCGCTAG-CC-C----A-CT-C--GA----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--
gi|54493                      :  CGCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----A--AGGC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TCCA-TC-T-T--A-T--T--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-
gi|54494                      :  CGCCAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TTCC--T-A-T--A-T--G--CT--GT-CC----GC----T--G----CA--C--------T--
gi|54496                      :  CGCTAG-CT------A-CT-A--GG----G--AGGCAA-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TCCC-TA-T-A--C-A--A--CT--GT-CT----GC----CA-A----CA--C--------T--A-T--------------TA
gi|54495                      :  CGCTAG-CT------A-CT-A--GG----G--AGGCAA-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TCCC-TA-T-A--C-A--A--CT--GT-CT----GC----CA-A----CA--C--------T--A-T--------------TA
gi|54498                      :   GCTAG-TT-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CGCTT------T-C--AAA---TG---TC---TTT--AA---T-A--TCAAAAGTTGGTTT---GT-----AA-TT--ATA-AA----AT-GTTTTCA
gi|54497                      :   GCTAA-CT-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-A-A--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GCTACGT--A----CG--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CACAT------T-C--ATA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAACTTGGTTT---GT-----AA-TT--GTA-AA----GA-GTTATCA
gi|54499                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--CC----G--AGAT-T-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TC-T-G--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CT--C--------T--A-C--------------CAC--A-A----------A-TTC---CC--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCGAAAC-----TTG--GTT-TAAAA-TT--GTA-AA----GA-GTTGT
gi|54500                      :   GCTAG-TT-C----A-CT-A--AA----A--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A-----------------------------------CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAAC-----TTG--GTT-TGAAA-GT--ATA-AA----GA-ATTATCA
gi|54501                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-G--GC----G--AAAC-A-G--T--A--T--------ACATTGGTATAC---G-----T---TTTC-TC-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--T--------T--A-C--------------AAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAAC-----TTA--GTT-TGAAA-TT--TTA-AA----GA-GTTAT
gi|54504                      :   GCTGA-CT-T----A-CT-A--GC----G--GAGC-T-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TC-T-T--A-A--A--CT--GT-TC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------GAC--A-A----------A-ATC---CT--------T-T-TGTTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---T-C--TTGAAAC-----TTG--ATT-CGAAA-TT---TA-AA----GA-GTTTTC
gi|54503                      :   GCTAC-CT-C----A-CT-G--GC----A--AAAC-A-G--TTTA--C--------A---------A----G-----T---TTTC-TC-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----AC----T--A----TA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------C-T-CACTT------T-C--AAA---CG---TT---TTG--AA---T-A--TTGAAAC-----TTG--GTT-TAAAA-TT--TT---A----GA-GTT
gi|54505                      :   GCTAC-CT-C----A-AT-G--AC----A--AAAC-A-G--T--ATAC--------A---------A----A-----T---TTCT-TC-T-T--A-A--A--CT--GA-CC----AC----T--A----CA--C--------T--T-C---------------AC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CAATT------T-C--AAC---TGC--TT---TTG--AA---T-A--TCGAAA-----TTTG--GTT-TGAAA-TT--TTGTAA----CA-GTTAT
gi|54502                      :   GCTAT-CC-T----A-CTGA--GGC---G--AGGC-A-G--T--ATAC--------A---------T----A-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT---T-CC----GT----G--A----CT--TG-------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-AAA---CC--------T-T-CACTT------T-CAAAAT---T----TT---TTG--AA---T-AT-TCAAAACTT-GTTTG--AT----GAA-TT--GTA-AAAAGGGA-GTTAT
gi|54507                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-G--GC----G--AGAC-G-G--T--T--C--------A---------A----G-----C---T--C-TT-A-T--A-A--G--TT--AT-CC----GT----TGTA----CA--C--------T--A-CATGTAGCTACTGACTAC--A-A----------A-ATT---CC--------T-T-CACTTAATCTTT-C--AAA---TG---TT---TTG--CA---T-A--TCGAAACTTCATTGA--GTTATGAA
gi|54511                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TACC----T-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--CTTG-----T--A-T--------------TAA--A-A----------A-ATT---CC--------T-
gi|54509                      :   GCTAG-CT-C----A-CA-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G---------TTCC-CT-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------T
gi|54508                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G---------TTCC-CT-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54506                      :   GCTAG-CTTC----A-CT-A--GC----G--AGAT-A-A--T--A--A--------A---------A----G-----T---TTCC-TC-T-T--A-T--A--CC--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T----------------------------------------------------------------------------------G---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAAC-----TTA--GTT-AGAAA-TT--TTA-TA----GA-GT
gi|54513                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----A---------TTCC-CT-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54515                      :   GCTAG-CT-C----C-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G---------TTCC-CT-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54516                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----A-----A---TTCC-CT-T-T--A-T--A--CT--GTCCC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54517                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGT-A-G--T--A--T--------A---------A----G---------TTCC-CT-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--
gi|54518                      :   GCTAG-CT-C----C-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G---------TTCC-TT-A-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54520                      :   GCTAG-TT-C----A-CT-A--GC----G--AGGA-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TTCC-TC-T-T--A-T--A--CT--GT-TC----GC----C--A----CA--C--------T--
gi|54521                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----A---------TTCC-CT-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----G--A----CA--C--------T--
gi|54512                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---ATCC----T-T--A-T--A--CT--GT-TC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54522                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----A--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G---------TTCC-CT-A-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54510                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGT-G-G--T--A--T--------A---------A----G---------TTCC-CT-T-T--A-T--A--CT--GT-TC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54523                      :   GCTAG-TT-C----A-CT-G--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TCCC-TT-T----A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--
gi|54514                      :   GCTAG-CT-C----C-CT-A--GC----A--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----C---TCCC-TC-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----AC----T--A----CA--C--------C--C-C--------------TCC-------------------C---CC--------T-T-TTCCT------T-CT-CAT---GGAC-CT---TT----G---T-C--TCAAAGCTTGATT
gi|54524                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------C----G-----T---T--C-AT-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--
gi|54525                      :   GCTAG-CT-C------CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--AA-T--------A---------A----G-----T---TTCC-CT-T-T--ATA--A--CT--GT-CC----GC----TTAA----CA--T--------T--
gi|54519                      :   GCTAG-CT-C----C-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G---------TTAC-TT-A-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--TAAGTTTTGT--A-C--------------T-C--A-A----------A-ATC---
gi|54526                      :   GCTAT-CT-C----A-CT-T--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TCCC-TT-CGT--A-------CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54527                      :   GCTAG-CT-C----C-CT-A--GC----A--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----A-----T---TCCC-CC-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----AC----C--A----CA--CAA------T--A-C--------------T
gi|54528                      :   GCTAG-CT-C----T-CT-A--GT----G--AGAC-A-G--T--G--T--------A---------A----G-----T---AGCC--T-A-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54529                      :   GCTAG-CT-C----C-TT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--A--------A---------A----G---------TTCC-CT-C-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----A--A----CA--C--------T--
gi|54530                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGAC-A-C--T--T--T--------A---------A----G-----T---CTCC-CT-A-T--C-A--A--AT--GT-CC----GC----T--A----C
gi|54531                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--CC----G--AGGC-C-G--T--A--T--------A---------A----G---------TCCC-CT-T-T--A-T--A--CT--GT-CT----GC----T--A----CA--
gi|54533                      :   GCTAA-CT-C----A-CT-A--GT----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TACT-TT-TCT--A-G------T--GT-CCACGTAC----T--A----CA--C--------T--A-C---------------AC--A-A----------aaaacaatatgccgttttgagcttaaaatgtttaga
gi|54532                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GA----A--AAGA-A-G--T--A--C--------A---------A----G----------TCCGCC-T-T--A-T--A--TT--GT-TC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54534                      :   GCTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGAC-A-G--C--A--T--------A---------A----G-----T---TCCC-TT-T-
gi|54535                      :   GCTAG-CT-CGATCA-GT-A--TA----GCAAAGC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TCCC-TT-T-A--A-T--A--CT--GT-CC----AC----T--A----CA--T--------T--A-
gi|54536                      :   GTTAG-CT-C----A-CT-A--AT----A--AGGC-A-G--T--A--G--------A---------A----G-----T---T--C-CT-A-C--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54537                      :   GCTAG-CT-C----A-CA-A--TC----G--AGGC-A-T--T--A--T--------A---------A----G---------TTCC-CT-T-T--A-T--G--CT--GT-TC----GC----T--A----CA--T--------T--A-
gi|54538                      :    CTAG-TT-C----A-CT-T--GA----G--AGAC-A-A--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCT-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----TC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CAAAT------T-C--AAA---TG---TTTAATTG--AA---T-A--TTAAAAC--G---TG--GTT-TGAAA-TT--GTA-AA----AA-GTTATCA
gi|54540                      :    CTAG-CT-C----A-CT-G--GC----A--AAAC-A-G--T--A--C--------A---------ATTAAG-----T---TTCC-TC-T-T--A-A--A--CT--GT-AC----AC----T--G----CA--C--------T--T-C--------------TAC--A-A----------A--TG---CC--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TA---TT---TTG--AA---T-A--TCGAAACTTGGCTTGAAATT-TTAAA-TT--ATA-AA----GA-ATTA
gi|54541                      :    CTAG-CT-C----A-CT-G--GC----A--AAAC-A-G--T--A--C--------A---------A----T-----TAAGTTCC-TC-T-T--A-A--A--CT--GT-AC-----C----T--G----CA--C--------T--T-C--------------ATC--A-C----------A-ATG---C---------T-T-CACTT------T-C--AAA---TA---TT---TTG--AA---T-A--TCGAAACTTGGCTTGAAATT-TTAAA-TT--ATA-AA----GA-ATTA
gi|54542                      :    CTAG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTCC-TC-G-T--A-C--A--CT--GT-CC------------------CA-----------T--A-C--------------TAC--C-A----------A-ATC---CC--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TG---------------------------AACTTGG-------TT-TGAAA-TT--TT---A----GA-GTTGT
gi|54539                      :    CTAT-CT-CT---A-CA-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------AC--------A----T-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT---T-CC----GT----G--AAC--TA--T--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-AAA---CC--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TATATTT---TTG--AA---T-A--TCAAACTTTGGTTTG--AT-----AA-TT--GTA-AAAGG-GA-GTTATCA
gi|54543                      :    CTAG-CT-C----AACT-A--GA----G--AGA--A-G--T--A--C--------A--------------G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GTCCC----GC----T--A----CA--CA-------C--A-C--------------TAC--A-A----------ATATCAAACC--------T-T-
gi|54544                      :    CTAG-CG-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TTCC--T-A-T--A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----Cgtgttgaaataataaaaaaagttatca
gi|54545                      :     TAG-CT-C----A-CT----------------C-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----T---TTTC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--ATGTACA--C--------T--G-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---TC--------T-T-CGCTT------T-C--AAA---TG---TT---TTT--AAAACT-A--TCAAAAC-----TTG--GTT-TGAAA-TT--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54546                      :     TAG-CT-T----A-CT-A--GA----G--AGGC-A-G--T--A--A--------A---------A----G-----T---TTCA-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----AC----T--A----CG--C--------T--A-C--------------TAA--A-T----------A-ATC---CA--------T-T-CACTT------T-C--ATT---TT---TT---TTTTGAA---T-A--TCAAAAC-----TTG--GTT-TGAAA-TT--ATA-AA----GA-GTTATTA
gi|54548                      :     TAG-CT-C----A-CT-G--GC----G--AAAC-A-G--T--A--C--------A---------A----A-----T---TTCC-TT-G-T--A-T--A--CT--AT-CA----GC----T--A----CA--T--------T--A-C--------------TAC--A-GTTTTCCATTCA-ATC---CT--------T-T-CATTT------T-T--AGA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCGAAA-----TTTG--GTT-TGAAA-TT--TTA-AA----GA-GTTAT
gi|54549                      :     TAGTCT-C----A-CT-A--GA----G--ATAC-A-G--T--A--TTATAGTATAT--------A----G-----T---TTCC-TT-T-TTTA-T--A--CTT-GT-CC----GC----TGCA----CA--C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------A-TTA-------------T-T-CACTT------T-C--AAAAAAGG---TT---TAA--AA---T-A--TCAAAAC-----TTG--GTT-TGAAATTT--ATA-AA----GA-GTTGTCA
gi|54550                      :     TAG-CT-C----G-CT-A--GC----A--AGAC-A-G--T--G--A--------A---------A----A-----T---TTTC-TC-T-T--A-A--A--CT--GT--C----AC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------A-ATC---CC--------T-C-CACTT------T-C--AA
gi|54547                      :     TAG-CT------A-CT-A--GA----G--AG-C-A-G--T--A--A--------T---------A----G-----T---TCAT-ATAT-T--A-A--A--CT--G---A----GC----T-------CA--C--------CTAA-C--------------TAA--A-A----------G-AAT---CC--------A-T-CACTT------T-C--ATT---TT---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAACTTGGTTT---AT-----AA-TT---TA-AA----GATGTTAaaaacattctggagaataataaacctt
gi|54552                      :     TAG-TT-T----A-CT-T--GA----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TCCC-TT-T----A-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--
gi|54553                      :     TAG-CT-C----A--T-A--GT----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---TCCC-TT-T-A--T-T--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--
gi|54551                      :     TAG-CT-C----A-CT-A--GC----T--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---GCTC-TC-T-T--A-T--A--CT--GT-CC----AC----T--A----CA--A--------T--A-
gi|54555                      :      AG-CT-C----A-CT-AA-GC----G--AGAC-A-G--T--A--C--------AG--------A----G-----T---CTTT-TC-T-T--A-T--G--CT--GT-CC----GC----T--A-----------------------------------------------------------T---CT--------T-T-CACCT------T-C--AAA---TG----T---TAA--AA---T-A--TCGAAACATGG--------T-TGAAA-TG--TTT-AA----GA-GTT
gi|54554                      :      AG-CT-C----A-CT-A--GC----G--AGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G-----T---T--C-CT-A-T--A-T--A--CT--GT--C----GC----T--A----CA--C--------T--ATC--------------TA
gi|54556                      :      AG-CT-C----C-CT-A--GA----G--AGGC-C-G--T--A--T--------A---------A----GTTCCCT---TTCC-CT-T-T--A-T--A--CT--GC-CC----AC----T--A----CC--C--------T--A-
gi|54557                      :       G-CT-C----A-CT-T--GA----G--AGAA-A-AGTT--A--C--------A---------A----G-----T---TTC--TT-T-T--A-A--AAACT--GT-TT----CT----C--A----TA--C--------T--A-T--------------TACTTACA----------A-ATC---CC--------T-TTCGCTT------T-C--AAT---TG---TT---TTTG-AA---TAA--CCAAAAACTGGT------TT-TGAAA-TTTAACC-AG----GA-GTTAACA
gi|54558                      :          T-C----A-CT-A--GA----G--AGAC-A-G--A--A--A--------A---------A----G-----T---TTCC-TT-T-C--A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCAA
gi|54559                      :             ----A-CT-A--GATAGCG--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------T----A-----T---TTCC-TC-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----AC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------C-ATC---CC--------T-T-CACTT------T-C--AAA---AG---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAAC-----CTG--AAT-TAAAA-TT--CTA-AA----GA-GTTATcatgttaagagttatca
gi|54560                      :                                                            ---------A----A-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GT----T--A----CT--T--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-AAC---CC--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TA---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAAC-----TTG--GTT-TGAAA-TT--GTA-AA----GA-GTTATCA
gi|54561                      :                                                            ---------A----G-----T---TTCC-TT-T-T--A-A--A--CT--GT-CT----GC----T--A----CA--C--------T--A-CTGCTACACTAT---TAC--A-A----------A-ATC---CCT-------T-T-CGCTT------T-C--
gi|54562                      :                                                                      ----G-----T---GTCC-TT-T-T-----------------CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAA--A-A----------A-ATC---TT--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---C-A--TCAAAAC-----TTG--GTT-TGAAA-TT--ATT-AA----GA-GTTATCA
gi|54563                      :                                                                      ----G-----T---GTCC-TT-T-T---------------C-CT----GC----T--A----CAAAC--------T--A-C--------------TAA--A-A----------A-ATC---TT--------T-T-CACTT------TCC--AAA---TG---TT---T----GA---C-A--TCAAAACTTGGTTTG-------AAAA-TTA-ATT-AA----GA-GTTATCA
gi|54564                      :                                                                                          T-T-T--A-AGAA--CTCAAT-CC----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------AAC--C-A----------A-CCC---CCT-------T-T-TGCTT------T-C--AAT---TG----T---TTG--AA---T-A--TCAAA--TCA---TG--GTT-TGAAA-TT--AAA-AA----GA-GTTATCA
gi|54565                      :                                                                                          T-T-T--A-A--A--CT--GT-CC----GCT---T--A----CA--C--------T--A-C--------------AAC--G-A----------A---T---CT--------T-T-CACTT------TAA--AAA---TA---TA---TTG--AA---T-AT-TCGAAATTTGGTT
gi|54566                      :                                                                                             -T--A-A--A--CT--GT-CT----GC----T--A----CA--C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------A-ATC---CC--------T-T-CACAT------T-C--AAT---CA---TT---TTG--AA---T-A--TCAAAAC-----TTG--GCA-TGAAA-TT--ATA-AA----GA-GTTATCAgaaatcttaa
gi|54567                      :                                                                                               --A-A--A--CT--GT-CC----GC----T--A----CA--T--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-ATC---C-------------------------------T---TG-------------AA---T-A--TTAAAACTTGG-------TT-TGAAA-TT--ATG-AA----GA-GTGATCA
gi|54568                      :                                                                                                                                                                       C--A-A----------A-ATC---CT--------T-T-CACTT------T-C--AAA---TG---TT---TTG--AA---T-A--TCGGAATTTGGTTT
gi|54569                      :                                                                                                                                                                                                C--------C-T-CACTT------T-C--AAA---TG---TT---TG---AA---T-A--TCAAAACTTGG-------TT-TGAAA-TT--ATA-AA----GA-GTTATTAtaaatcttaatgaatt

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                              33333                                          
lowQualScore                  :        0  0 0 11 1111  11 0     1 0 11 11 33333333333 333333333 1111 3333    0  0  00 22 11  0  0  1111  111 33 2222  1111 66666666 00 0 77777777777777   11 0 3333333333   0   77777777 2222 0 2222   222222 1 222 11  111  444  111  111   111 0 33  0     77777   33   0   0  0 11 333  0  3333  0       
lowQualScore                  :        .  . . .. ....  .. .     . . .. .. ........... ......... .... ....    .  .  .. .. ..  .  .  ....  ... .. ....  .... ........ .. . ..............   .. . ..........   .   ........ .... . ....   ...... . ... ..  ...  ...  ...  ...   ... . ..  .     .....   ..   .   .  . .. ...  .  ....  .       
lowQualScore                  :        5  5 5 22 0000  88 8     0 5 22 22 11111111111 333333333 5555 8888    9  5  66 11 11  5  9  0000  333 44 0000  6666 77777777 77 6 88888888888888   00 7 1111111111   7   88888888 3333 7 0000   111111 5 000 00  333  222  333  333   333 8 44  8     55555   33   9   9  9 22 888  9  6666  9       
consensus                     : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-NA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAACTTG--TTG--GTT-TGA-AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
Reference ( family-269 )      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-NA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAACTTGG-TTG--GTT-TGA-AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54477                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AT---TG---TT---TT---CAA---T-A--TC-AAAACTTGGTTTG--GTT-TGA-AA-T--T--ATG-AA----GA-GTTATCA
gi|54478                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--G--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAAC-----TTG--GTT-TGA-A--------ATA-AT----GA-TTTACCA
gi|54479                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------ACT-CCCTTAA----T----T-T---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAAC-----TTG--GTT-TGA-CA-T--A--AT---A----GA-GTTATCA
gi|54480                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TATAGAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------C----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------TC---T-C---GCTT------T-C---A--AT---TG---TT---TT---GAA---T-A--TT-AGAATTT---T----GTT-TGA-AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54481                      : TCGCTAG-TT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A-------------------T--G-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCCT-------T----T-C---GTTT------T-G---A--AT---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAAC-----TTG--CTT-TGA-AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54482                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----AA--AAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-TC----GC---TCAA----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCT--------T----T-C---GCTT------T-C---A--TT---TA---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAAC-----TTG--GTT-TCA-AA-T--T--TTA-AG----GA-GTTATCA
gi|54483                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GCTAGT--A----CA----CTACATG--T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-A---A--AA---TG----T---TT---AAA---T-ACTTC-AATAC-----TTG--GTT-TGA-AA-T--A--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54484                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-ACG--T--A---------------------A--------------TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------C--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------TCCTTT-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAG---T-A--TC-AAAAC-----TTG--GTT-TGA-AA-T--T--ATA-AA----AA-GTTATCA
gi|54485                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--T--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----TC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAT---T-A--TC-AAAACTTG
gi|54486                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--G--AGAC-A-A--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-CT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------A--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCCT-------T----T-C---GCTT------T-C---A--TA---TG---CT---TT---GAA---C-A--TTAAAAAC-----TTG--GTT-TGA-AA-T--A--ATA-AA----AA-GTTATCA
gi|54487                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----AA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-TT----GC---T--A----CA----CTAAG----T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--TT---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAACTTT--------GTT-TGA-AA-T---------------AA-GTTATCA
gi|54488                      : TCGCTAC-CT-C-A--C----T---------C-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTTC-TT-TT--G-AA--TT-GT-CC----GC---T--A----CA----G--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-T-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAA------------------A-AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54489                      : TCGCTAG-CT-C-T--C----TA--G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTC---T-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----------------A-C--------------TAC--T-A----------AAT-CCCC-------T----T-C---GCTT------T-C---A--AT---TG---CT---TT---GAA---T-A--TC--AAACTT--------GTT-TGA-AA-T--T--A
gi|54490                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----------------------T-GT-CC----GC---T--A----CG----C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------AAT-CCCTTAATAATT----T-C---GTTT------T-C---A--GT---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAACTTGG-TT
gi|54491                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGA-AC-A-GT-T--A--C--------A---------A----GT---TTCCTTT-TT--A-AAC-CT-GT-CC----GC---T--AC---CA----C--------T--A-CG-------------TAC--A-A----------A---CCC--------T----T-C---GCTT------G-C------AA---TG---CT---TG---GAA---T-AT-TC-AAAA
gi|54492                      : TCGCTAG-CC-C-A--C----TC--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-
gi|54493                      :  CGCTAG-CT-C-A--C----TA--GCAAGGC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TCCA-TC-TT--A-TT--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-a
gi|54494                      :  CGCCAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---TTCC--T-AT--A-TG--CT-GT-CC----GC---T--G----CA----C--------T--
gi|54495                      :  CGCTAG-CT---A--C----TA--GGGAGGCAA-G--T--A--T--------A---------A----GT---TCCC-TA-TA--C-AA--CT-GT-CT----GC---CA-A----CA----C--------T--A-T--------------TA
gi|54496                      :  CGCTAG-CT---A--C----TA--GGGAGGCAA-G--T--A--T--------A---------A----GT---TCCC-TA-TA--C-AA--CT-GT-CT----GC---CA-A----CA----C--------T--A-T--------------TA
gi|54497                      :   GCTAA-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-A--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CGTACGC--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACAT------T-C---A--TA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAACTTGG-TTT--GT------AA-T--T--GTA-AA----GA-GTTATCA
gi|54498                      :   GCTAG-TT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TC---TT---TAA---T-A--TC-AAAA----G-TTG--GTT-TGT-AA-T--T--ATA-AA----AT-GTTTTCA
gi|54499                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--CCGAGAT-T-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TC-TG--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CT----C--------T--A-C--------------CAC--A-A----------ATT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-GAAAC-----TTG--GTT-TAA-AA-T--T--GTA-AA----GA-GTTGT
gi|54500                      :   GCTAG-TT-C-A--C----TA--AAAAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A---------------------------CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAAC-----TTG--GTT-TGA-AA-G--T--ATA-AA----GA-ATTATCA
gi|54501                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TG--GCGAAAC-A-G--T--A--T--------ACATTGGTATAC---GT---TTTC-TC-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----T--------T--A-C--------------AAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAAC-----TTA--GTT-TGA-AA-T--T--TTA-AA----GA-GTTAT
gi|54502                      :   GCTAT-CC-T-A--C----TGAGGCGAGGC-A-G--T--ATAC--------A---------T----AT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT--T-CC----GT---G--A----CT----TG-------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAA-ACC--------T----T-C---ACTT------T-CA--A--AA---TT---TT---TT---GAA---T-AT-TC-AAAACTTGT-TTG--AT----G-AA-T--T--GTA-AAAAGGGA-GTTAT
gi|54503                      :   GCTAC-CT-C-A--C----TG--GCAAAAC-A-G--TTTA--C--------A---------A----GT---TTTC-TC-TT--A-TA--CT-GT-CC----AC---T--A----TA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------C----T-C---ACTT------T-C---A--AA---CG---TT---TT---GAA---T-A--TT-GAAAC-----TTG--GTT-TAA-AA-T--T--TT---A----GA-GTT
gi|54504                      :   GCTGA-CT-T-A--C----TA--GCGGAGC-T-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TC-TT--A-AA--CT-GT-TC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------GAC--A-A----------AAT-CCT--------T----T-T---GTTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-C--TT-GAAAC-----TTG--ATT-CGA-AA-T--T---TA-AA----GA-GTTTTC
gi|54505                      :   GCTAC-CT-C-A--A----TG--ACAAAAC-A-G--T--ATAC--------A---------A----AT---TTCT-TC-TT--A-AA--CT-GA-CC----AC---T--A----CA----C--------T--T-C---------------AC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---AATT------T-C---A--AC---TGC--TT---TT---GAA---T-A--TC-GAAAT-----TTG--GTT-TGA-AA-T--T--TTGTAA----CA-GTTAT
gi|54506                      :   GCTAG-CTTC-A--C----TA--GCGAGAT-A-A--T--A--A--------A---------A----GT---TTCC-TC-TT--A-TA--CC-GT-CC----GC---T--A----CA----C------------------------------------------------------------------------------------------------TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAACTTAG-TTA-------GA-AA-T--T--TTA-TA----GA-GT
gi|54507                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TG--GCGAGAC-G-G--T--T--C--------A---------A----GC---T--C-TT-AT--A-AG--TT-AT-CC----GT---TGTA----CA----C--------T--A-CATGTAGCTACTGACTAC--A-A----------AAT-TCC--------T----T-C---ACTTAATCTTT-C---A--AA---TG---TT---TT---GCA---T-A--TC-GAAACTTCA-TTGA-GTTATGA-A
gi|54508                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54509                      :   GCTAG-CT-C-A--C----AA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------T
gi|54510                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGT-G-G--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-TC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54511                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---TACC----TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----CTTG-----T--A-T--------------TAA--A-A----------AAT-TCC--------T----
gi|54512                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---ATCC----TT--A-TA--CT-GT-TC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54513                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----A----TTCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54514                      :   GCTAG-CT-C-C--C----TA--GCAAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GC---TCCC-TC-TT--A-TA--CT-GT-CC----AC---T--A----CA----C--------C--C-C--------------TCC-------------------CCC--------T----T-T---TCCT------T-C---T--CA---TGGACCT---TT---G-----T-C--TC-AAAGCTTGA-TT
gi|54515                      :   GCTAG-CT-C-C--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54516                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----AA---TTCC-CT-TT--A-TA--CT-GTCCC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54517                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGT-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----
gi|54518                      :   GCTAG-CT-C-C--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-TT-AT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54519                      :   GCTAG-CT-C-C--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTAC-TT-AT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----TAAGTTTTGT--A-C--------------T-C--A-A----------AAT-C
gi|54520                      :   GCTAG-TT-C-A--C----TA--GCGAGGA-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---TTCC-TC-TT--A-TA--CT-GT-TC----GC---C--A----CA----C--------T--
gi|54521                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----A----TTCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---G--A----CA----C--------T--
gi|54522                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCAAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-CT-AT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54523                      :   GCTAG-TT-C-A--C----TG--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----
gi|54524                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------C----GT---T--C-AT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----
gi|54525                      :   GCTAG-CT-C----C----TA--GCGAGGC-A-G--TA-A--T--------A---------A----GT---TTCC-CT-TT--ATAA--CT-GT-CC----GC---TTAA----CA----T--------T--
gi|54526                      :   GCTAT-CT-C-A--C----TT--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-CT-TC--G-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54527                      :   GCTAG-CT-C-C--C----TA--GCAAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----AT---TCCC-CC-TT--A-TA--CT-GT-CC----AC---C--A----CA----CAA------T--A-C--------------T
gi|54528                      :   GCTAG-CT-C-T--C----TA--GTGAGAC-A-G--T--G--T--------A---------A----GT---AGCC--T-AT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54529                      :   GCTAG-CT-C-C--T----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--A--------A---------A----G----TTCC-CT-CT--A-TA--CT-GT-CC----GC---A--A----CA----C--------T--
gi|54530                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGAC-A-C--T--T--T--------A---------A----GT---CTCC-CT-AT--C-AA--AT-GT-CC----GC---T--A----C
gi|54531                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--CCGAGGC-C-G--T--A--T--------A---------A----G----TCCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CT----GC---T--A----CA----------------A-A--------------AAC--A-A----------TATGCCG--------T----T-TTGAGC-T------T-A---A--AA---TG---TT---TA---GA
gi|54532                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GAAAAGA-A-G--T--A--C--------A---------A----G-----TCCGCC-TT--A-TA--TT-GT-TC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54533                      :   GCTAA-CT-C-A--C----TA--GTGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTAC-TT-TT--C-TA--GT-GT-CCACGTAC---T--A----CA----C--------T--A-C---------------AC--A-A----------
gi|54534                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGAC-A-G--C--A--T--------A---------A----GT---TCCC-TT-T
gi|54535                      :   GCTAG-CT-C-GATCAGTATA--GCAAAGC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TCCC-TT-TA--A-TA--CT-GT-CC----AC---T--A----CA----T--------T--A-
gi|54536                      :   GTTAG-CT-C-A--C----TA--ATAAGGC-A-G--T--A--G--------A---------A----GT---T--C-CT-AC--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54537                      :   GCTAG-CT-C-A--C----AA--TCGAGGC-A-T--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-CT-TT--A-TG--CT-GT-TC----GC---T--A----CA----T--------T--A-
gi|54538                      :    CTAG-TT-C-A--C----TT--GAGAGAC-A-A--T--A--C--------A---------A----GT---TTCT-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----TC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---AAAT------T-C---A--AA---TG---TTTAATT---GAA---T-A--TT-AAAAC--G---TG--GTT-TGA-AA-T--T--GTA-AA----AA-GTTATCA
gi|54539                      :    CTAT-CT-CTA--C----AA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------AC--------A----TT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT--T-CC----GT---G--AAC--TA----T--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAA-ACC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TATATTT---TT---GAA---T-A--TC--AAACT----TTG--GTT-TGATAA-T--T--GTA-AAAGG-GA-GTTATCA
gi|54540                      :    CTAG-CT-C-A--C----TG--GCAAAAC-A-G--T--A--C--------A---------ATTAAGT---TTCC-TC-TT--A-AA--CT-GT-AC----AC---T--G----CA----C--------T--T-C--------------TAC--A-A----------A-T-GCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TA---TT---TT---GAA---T-A--TC-GAAACTTGGCTTGAAATT-TTA-AA-T--T--ATA-AA----GA-ATTA
gi|54541                      :    CTAG-CT-C-A--C----TG--GCAAAAC-A-G--T--A--C--------A---------A----TTAAGTTCC-TC-TT--A-AA--CT-GT-AC-----C---T--G----CA----C--------T--T-C--------------ATC--A-C----------AAT-GC---------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TA---TT---TT---GAA---T-A--TC-GAAACTTGGCTTGAAATT-TTA-AA-T--T--ATA-AA----GA-ATTA
gi|54542                      :    CTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTCC-TC-GT--A-CA--CT-GT-CC-----------------CA-------------T--A-C--------------TAC--C-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG-----------------------------AAC-----TTG--GTT-TGA-AA-T--T--TT---A----GA-GTTGT
gi|54543                      :    CTAG-CT-C-AA-C----TA--GAGAGA--A-G--T--A--C--------A--------------GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GTCCC----GC---T--A----CA----CA-------C--A-C--------------TAC--A------------------------------------------------------------------------------AA---T-A--TC-AAACCTTG---TG----T-TGA-AA-TAAT--AAA-AA----AA-GTTATCA
gi|54544                      :    CTAG-CG-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---TTCC--T-AT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----C
gi|54545                      :     TAG-CT-C-A--C----T---------C-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---TTTC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--ATGTACA----C--------T--G-C--------------TAC--A-A----------AAT-CTC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---TAAAACT-A--TC-AAAAC-----TTG--GTT-TGA-AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54546                      :     TAG-CT-T-A--C----TA--GAGAGGC-A-G--T--A--A--------A---------A----GT---TTCA-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----AC---T--A----CG----C--------T--A-C--------------TAA--A-T----------AAT-CCA--------T----T-C---ACTT------T-C---ATTTT---TT---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAAC-----TTG--GTT-TGA-AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATTA
gi|54547                      :     TAG-CT---A--C----TA--GAGAG-C-A-G--T--A--A--------T---------A----GT---TCAT-ATATT--A-AA--CT-G---A----GC---T-------CA----C--------CTAA-C--------------TAA--A-A----------GAA-TCC--------A----T-C---ACTT------T-C---A--TT---TT---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAACTTGG-TTT--AT------AA-T--T---TA-AA----GATGTTA
gi|54548                      :     TAG-CT-C-A--C----TG--GCGAAAC-A-G--T--A--C--------A---------A----AT---TTCC-TT-GT--A-TA--CT-AT-CA----GC---T--A----CA----T--------T--A-C--------------TAC--A-GTTTTCCATTCAAT-CCT--------T----T-C---ATTT------T-T---A--GA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-GAAAT-----TTG--GTT-TGA-AA-T--T--TTA-AA----GA-GTTAT
gi|54549                      :     TAGTCT-C-A--C----TA--GAGATAC-A-G--T--A--TTATAGTATAT--------A----GT---TTCC-TT-TTTTA-TA--CTTGT-CC----GC---TGCA----CA----C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------ATT-A----------T----T-C---ACTT------T-C---A--AAAAAGG---TT---TA---AAA---T-A--TC-AAAAC-----TTG--GTT-TGA-AATT--T--ATA-AA----GA-GTTGTCA
gi|54550                      :     TAG-CT-C-G--C----TA--GCAAGAC-A-G--T--G--A--------A---------A----AT---TTTC-TC-TT--A-AA--CT-GT-C-----AC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------AAT-CCC--------T----C-C---ACTT------T-CAAAA--AA---CA---TT---CTGGAGAA---T-A--AT-AAACCTT
gi|54551                      :     TAG-CT-C-A--C----TA--GCTAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---GCTC-TC-TT--A-TA--CT-GT-CC----AC---T--A----CA----A--------T--A-
gi|54552                      :     TAG-TT-T-A--C----TT--GAGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----TTCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----
gi|54553                      :     TAG-CT-C-A-------TA--GTGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---TCCC-TT-TA--T-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54554                      :      AG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---T--C-CT-AT--A-TA--CT-GT--C----GC---T--A----CA----C--------T--ATC--------------TA
gi|54555                      :      AG-CT-C-A--C----TAA-GCGAGAC-A-G--T--A--C--------AG--------A----GT---CTTT-TC-TT--A-TG--CT-GT-CC----GC---T--A-------------------------------------------------------------TCT--------T----T-C---ACCT------T-C---A--AA---TG----T---TA---AAA---T-A--TC-GAAACATGG--------T-TGA-AA-T--G--TTT-AA----GA-GTT
gi|54557                      :       G-CT-C-A--C----TT--GAGAGAA-A-AGTT--A--C--------A---------A----GT---TTC--TT-TT--A-AAAACT-GT-TT----CT---C--A----TA----C--------T--A-T--------------TACTTACA----------AAT-CCC--------T----TTC---GCTT------T-C---A--AT---TGT--TT---TT---GAA---TAA--CC-AAAAACTGG-T-----TT-TGA-AA-T--TTAACC-AG----GA-GTTAACA
gi|54558                      :          T-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--A--A--A--------A---------A----GT---TTCC-TT-TC--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AA
gi|54559                      :                  ----TA--GCGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------T----AT---TTCC-TC-TT--A-AA--CT-GT-CC----AC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------CAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---AG---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAAC-----CTG--AAT-TAA-AA-T--T--CTA-AA----GA-GTTATcatgttaagagttatca
gi|54560                      :                                                 actaga---------A----AT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GT---T--A----CT----T--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAA-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TA---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAAC-----TTG--GTT-TGA-AA-T--T--GTA-AA----GA-GTTATCA
gi|54561                      :                                                       ---------A----GT---TTCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CT----GC---T--A----CA----C--------T--A-CTGCTACACTAT---TAC--A-A----------AAT-CCCT-------T----T-C---GCTT------T-C---
gi|54562                      :                                                                 ----GT---GTCC-TT-TT--------------CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAA--A-A----------AAT-CTT--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---C-A--TC-AAAAC-----TTG--GTT-TGA-AA-T--T--ATT-AA----GA-GTTATCA
gi|54563                      :                                                                 ----GT---GTCC-TT-TT------------C-CT----GC---T--A----CAAA--C--------T--A-C--------------TAA--A-A----------AAT-CTT--------T----T-C---ACTT------TCC---A--AA---TG---TT---T-----GA---C-A--TC-AAAACTTGG-TTT--G----AA-AA-T--TA-ATT-AA----GA-GTTATCA
gi|54564                      :                                                                                                T-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------AAC--C-A----------ACC-CCCT-------T----T-T---GCTT------T-C---A--AT---TG----T---TT---GAA---T-A--TC-AAA--TCA---TG--GTT-TGA-AA-T--T--AAA-AA----GA-GTTATCA
gi|54565                      :                                                                   tttaagaactcaaT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GCT--T--A----CA----C--------T--A-C--------------AAC--G-A----------A---TCT--------T----T-C---ACTT------TAA---A--AA---TA---TA---TT---GAA---T-AT-TC-GAAATTTGG-TTG--
gi|54566                      :                                                                                   T--A-AA--CT-GT-CT----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACAT------T-C---A--AT---CA---TT---TT---GAA---T-A--TC-AAAAC-----TTG--GCA-TGA-AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCAaaatcttaa
gi|54567                      :                                                                                    --A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----T--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CC------------------------------------------------------TT---GAA---T-A--TT-AAAACTTGG-------TT-TGA-AA-T--T--ATG-AA----GA-GTGATCA
gi|54568                      :                                                                                                                                                          C--A-A----------AAT-CCT--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---T-A--TC-GGAATTTGG-TT----TT---A-AA-T--C--TTA-AT----GA-ATT
gi|54569                      :                                                                                                                                                                                C--------C----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---T----GAA---T-A--TC-AAAACTTGG-------TT-TGA-AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATTA

Unaligned ( gi|54556 ): AGCTCCCTAGAGAGGCCGTATAAGTTCCCTTTCCCTTTATACTGCCCACTACCCTA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                   3333333                                           
lowQualScore                  :        0  0 0 11 1111  11 1     1 0 11 11 33333333333 333333333 1111 3333 11111   0  0  00 22 11  0  0  1111  111 33 2222  1111 66666666 00 0 77777777777777   11 0 3333333333   0   77777777 2222 0 2222   222222 1 222 11  111  444  111  111   111  33  11     8888888  33   0  0 22  0 11 444  0  3333  0       
lowQualScore                  :        .  . . .. ....  .. .     . . .. .. ........... ......... .... .... .....   .  .  .. .. ..  .  .  ....  ... .. ....  .... ........ .. . ..............   .. . ..........   .   ........ .... . ....   ...... . ... ..  ...  ...  ...  ...   ...  ..  ..     .......  ..   .  . ..  . .. ...  .  ....  .       
lowQualScore                  :        5  5 5 22 0000  88 0     0 5 11 11 11111111111 333333333 4444 1111 11111   9  5  66 11 11  5  9  0000  222 44 0000  6666 66666666 77 6 88888888888888   00 7 1111111111   7   88888888 3333 7 0000   111111 5 000 00  333  222  333  333   333  44  88     8888888  22   9  9 00  9 22 444  9  5555  9       
consensus                     : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-NA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC-T----TTG--GTT-TG-A--AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
Reference ( family-269 )      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-NA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAACTT-G--TTG--GTT-TG-A--AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54477                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AT---TG---TT---TT---CAA---TA--TC--AAAACTT-GGTTTG--GTT-TG-A--AA-T--T--ATG-AA----GA-GTTATCA
gi|54478                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--G--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TG-A--A--------ATA-AT----GA-TTTACCA
gi|54479                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------ACT-CCCTTAA----T----T-T---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TG-A--CA-T--A--AT---A----GA-GTTATCA
gi|54480                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TATAGAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------C----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------TC---T-C---GCTT------T-C---A--AT---TG---TT---TT---GAA---TA--TT--AGAATTT----T----GTT-TG-A--AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54481                      : TCGCTAG-TT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A-------------------T--G-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCCT-------T----T-C---GTTT------T-G---A--AT---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAACTT-G--C-----TT-TG-A--AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54482                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----AA--AAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-TC----GC---TCAA----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCT--------T----T-C---GCTT------T-C---A--TT---TA---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TC-A--AA-T--T--TTA-AG----GA-GTTATCA
gi|54483                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GCTAGT--A----CA----CTACATG--T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-A---A--AA---TG----T---TT---AAA---TACTTC--AATAC------TTG--GTT-TG-A--AA-T--A--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54484                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-ACG--T--A---------------------A-------------------TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------C--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------TCCTTT-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAG---TA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TG-A--AA-T--T--ATA-AA----AA-GTTATCA
gi|54485                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--T--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----TC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAT---TA--TC--AAAACTT-G--
gi|54486                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--G--AGAC-A-A--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-CT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------A--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCCT-------T----T-C---GCTT------T-C---A--TA---TG---CT---TT---GAA---CA--TTA-AAAAC------TTG--GTT-TG-A--AA-T--A--ATA-AA----AA-GTTATCA
gi|54487                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----AA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-TT----GC---T--A----CA----CTAAG----T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--TT---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAACTTT---------GTT-TG-A--AA-T---------------AA-GTTATCA
gi|54488                      : TCGCTAC-CT-C-A--C----T---------C-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TTC-TT-TT--G-AA--TT-GT-CC----GC---T--A----CA----G--------T--A-C--------------TAC--A-A----------A-T-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAA--------------------A--AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54489                      : TCGCTAG-CT-C-T--C----TA--G--AGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TC---T-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----------------A-C--------------TAC--T-A----------AAT-CCCC-------T----T-C---GCTT------T-C---A--AT---TG---CT---TT---GAA---TA--TC---AAACTT---------GTT-TG-A--AA-T--T--A
gi|54490                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----G----------------------------T-GT-CC----GC---T--A----CG----C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------AAT-CCCTTAATAATT----T-C---GTTT------T-C---A--GT---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAACTT-G--
gi|54491                      : TCGCTAG-CT-C-A--C----TA--GAGA-AC-A-GT-T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCCTTT-TT--A-AAC-CT-GT-CC----GC---T--AC---CA----C--------T--A-CG-------------TAC--A-A----------A---CCC--------T----T-C---GCTT------G-C------AA---TG---CT---TG---GAA---TAT-TC--AAAAgtt
gi|54492                      : TCGCTAG-CC-C-A--C----TC--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-
gi|54493                      :  CGCTAG-CT-C-A--C----TA--GCAAGGC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----CCA-TC-TT--A-TT--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-a
gi|54494                      :  CGCCAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---T-----TCC--T-AT--A-TG--CT-GT-CC----GC---T--G----CA----C--------T--
gi|54495                      :  CGCTAG-CT---A--C----TA--GGGAGGCAA-G--T--A--T--------A---------A----GT---T-----CCC-TA-TA--C-AA--CT-GT-CT----GC---CA-A----CA----C--------T--A-T--------------TA
gi|54496                      :  CGCTAG-CT---A--C----TA--GGGAGGCAA-G--T--A--T--------A---------A----GT---T-----CCC-TA-TA--C-AA--CT-GT-CT----GC---CA-A----CA----C--------T--A-T--------------TA
gi|54497                      :   GCTAA-CT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-A--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CGTACGC--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACAT------T-C---A--TA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TG-T--AA-T--T--GTA-AA----GA-GTTATCA
gi|54498                      :   GCTAG-TT-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TC---TT---TAA---TA--TC--AAAA----G--TTG--GTT-TG-T--AA-T--T--ATA-AA----AT-GTTTTCA
gi|54499                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--CCGAGAT-T-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TC-TG--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CT----C--------T--A-C--------------CAC--A-A----------ATT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--GAAAC------TTG--GTT-TA-A--AA-T--T--GTA-AA----GA-GTTGT
gi|54500                      :   GCTAG-TT-C-A--C----TA--AAAAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A--------------------------------CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TG-A--AA-G--T--ATA-AA----GA-ATTATCA
gi|54501                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TG--GCGAAAC-A-G--T--A--T--------ACATTGGTATAC---GT---T-----TTC-TC-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----T--------T--A-C--------------AAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTA--GTT-TG-A--AA-T--T--TTA-AA----GA-GTTAT
gi|54502                      :   GCTAT-CC-T-A--C----TGAGGCGAGGC-A-G--T--ATAC--------A---------T----AT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT--T-CC----GT---G--A----CT----TG-------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAA-ACC--------T----T-C---ACTT------T-CA--A--AA---TT---TT---TT---GAA---TAT-TC--AAAACTT---------GTT-TG-ATGAA-T--T--GTA-AAAAGGGA-GTTAT
gi|54503                      :   GCTAC-CT-C-A--C----TG--GCAAAAC-A-G--TTTA--C--------A---------A----GT---T-----TTC-TC-TT--A-TA--CT-GT-CC----AC---T--A----TA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------C----T-C---ACTT------T-C---A--AA---CG---TT---TT---GAA---TA--TT--GAAAC------TTG--GTT-TA-A--AA-T--T--TT---A----GA-GTT
gi|54504                      :   GCTGA-CT-T-A--C----TA--GCGGAGC-T-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TC-TT--A-AA--CT-GT-TC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------GAC--A-A----------AAT-CCT--------T----T-T---GTTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TC--TT--GAAAC------TTG--ATT-CG-A--AA-T--T---TA-AA----GA-GTTTTC
gi|54505                      :   GCTAC-CT-C-A--A----TG--ACAAAAC-A-G--T--ATAC--------A---------A----AT---T-----TCT-TC-TT--A-AA--CT-GA-CC----AC---T--A----CA----C--------T--T-C---------------AC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---AATT------T-C---A--AC---TGC--TT---TT---GAA---TA--TC--GAAAT------TTG--GTT-TG-A--AA-T--T--TTGTAA----CA-GTTAT
gi|54506                      :   GCTAG-CTTC-A--C----TA--GCGAGAT-A-A--T--A--A--------A---------A----GT---T-----TCC-TC-TT--A-TA--CC-GT-CC----GC---T--A----CA----C------------------------------------------------------------------------------------------------TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTA--GTT-AG-A--AA-T--T--TTA-TA----GA-GT
gi|54507                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TG--GCGAGAC-G-G--T--T--C--------A---------A----GC---T-------C-TT-AT--A-AG--TT-AT-CC----GT---TGTA----CA----C--------T--A-CATGTAGCTACTGACTAC--A-A----------AAT-TCC--------T----T-C---ACTTAATCTTT-C---A--AA---TG---TT---TT---GCA---TA--TC--GAAACTTCA--TTGA-GTTATG-A--A
gi|54508                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54509                      :   GCTAG-CT-C-A--C----AA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------T
gi|54510                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGT-G-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-TC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54511                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---T-----ACC----TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----CTTG-----T--A-T--------------TAA--A-A----------AAT-TCC--------T----
gi|54512                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---A-----TCC----TT--A-TA--CT-GT-TC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54513                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----A----T-----TCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54514                      :   GCTAG-CT-C-C--C----TA--GCAAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GC---T-----CCC-TC-TT--A-TA--CT-GT-CC----AC---T--A----CA----C--------C--C-C--------------TCC-------------------CCC--------T----T-T---TCCT------T-C---T--CA---TGGACCT---TT---G-----TC--TC--AAAGCTT-G--
gi|54515                      :   GCTAG-CT-C-C--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--att
gi|54516                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----AA---T-----TCC-CT-TT--A-TA--CT-GTCCC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54517                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGT-A-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----
gi|54518                      :   GCTAG-CT-C-C--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TCC-TT-AT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54519                      :   GCTAG-CT-C-C--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TAC-TT-AT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----TAAGTTTTGT--A-C--------------T-C--A-A----------AAT-C
gi|54520                      :   GCTAG-TT-C-A--C----TA--GCGAGGA-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---T-----TCC-TC-TT--A-TA--CT-GT-TC----GC---C--A----CA----C--------T--
gi|54521                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----A----T-----TCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---G--A----CA----C--------T--
gi|54522                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCAAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TCC-CT-AT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54523                      :   GCTAG-TT-C-A--C----TG--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----
gi|54524                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------C----GT---T-------C-AT-TT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----
gi|54525                      :   GCTAG-CT-C----C----TA--GCGAGGC-A-G--TA-A--T--------A---------A----GT---T-----TCC-CT-TT--ATAA--CT-GT-CC----GC---TTAA----CA----T--------T--
gi|54526                      :   GCTAT-CT-C-A--C----TT--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TCC-CT-TC--G-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54527                      :   GCTAG-CT-C-C--C----TA--GCAAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----AT---T-----CCC-CC-TT--A-TA--CT-GT-CC----AC---C--A----CA----CAA------T--A-C--------------T
gi|54528                      :   GCTAG-CT-C-T--C----TA--GTGAGAC-A-G--T--G--T--------A---------A----GT---A-----GCC--T-AT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54529                      :   GCTAG-CT-C-C--T----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--A--------A---------A----G----T-----TCC-CT-CT--A-TA--CT-GT-CC----GC---A--A----CA----C--------T--
gi|54530                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGAC-A-C--T--T--T--------A---------A----GT---C-----TCC-CT-AT--C-AA--AT-GT-CC----GC---T--A----C
gi|54531                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--CCGAGGC-C-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----CCC-CT-TT--A-TA--CT-GT-CT----GC---T--A----CA----------------A-A--------------AAC--A-A----------TATGCCG--------T----T-TTGAGC-T------T-A---A--AA---TG---TT---TA---GA
gi|54532                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GAAAAGA-A-G--T--A--C--------A---------A----G----------TCCGCC-TT--A-TA--TT-GT-TC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54533                      :   GCTAA-CT-C-A--C----TA--GTGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----G----T-----TAC-TT-TT--C-TA--GT-GT-CCACGTAC---T--A----CA----C--------T--A-C---------------AC--A-A----------
gi|54534                      :   GCTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGAC-A-G--C--A--T--------A---------A----GT---T-----CCC-TT-T
gi|54535                      :   GCTAG-CT-C-GATCAGTATA--GCAAAGC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----CCC-TT-TA--A-TA--CT-GT-CC----AC---T--A----CA----T--------T--A-
gi|54536                      :   GTTAG-CT-C-A--C----TA--ATAAGGC-A-G--T--A--G--------A---------A----GT---T-------C-CT-AC--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54537                      :   GCTAG-CT-C-A--C----AA--TCGAGGC-A-T--T--A--T--------A---------A----G----T-----TCC-CT-TT--A-TG--CT-GT-TC----GC---T--A----CA----T--------T--A-
gi|54538                      :    CTAG-TT-C-A--C----TT--GAGAGAC-A-A--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCT-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----TC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---AAAT------T-C---A--AA---TG---TTTAATT---GAA---TA--TT--AAAAC---G---TG--GTT-TG-A--AA-T--T--GTA-AA----AA-GTTATCA
gi|54539                      :    CTAT-CT-CTA--C----AA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------AC--------A----TT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT--T-CC----GT---G--AAC--TA----T--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAA-ACC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TATATTT---TT---GAA---TA--TC---AAACT-----TTG--GTT-TG-AT-AA-T--T--GTA-AAAGG-GA-GTTATCA
gi|54540                      :    CTAG-CT-C-A--C----TG--GCAAAAC-A-G--T--A--C--------A---------ATTAAGT---T-----TCC-TC-TT--A-AA--CT-GT-AC----AC---T--G----CA----C--------T--T-C--------------TAC--A-A----------A-T-GCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TA---TT---TT---GAA---TA--TC--GAAACTT-GGCTTGAAATT-TT-A--AA-T--T--ATA-AA----GA-ATTA
gi|54541                      :    CTAG-CT-C-A--C----TG--GCAAAAC-A-G--T--A--C--------A---------A----TTAAGT-----TCC-TC-TT--A-AA--CT-GT-AC-----C---T--G----CA----C--------T--T-C--------------ATC--A-C----------AAT-GC---------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TA---TT---TT---GAA---TA--TC--GAAACTT-GGCTTGAAATT-TT-A--AA-T--T--ATA-AA----GA-ATTA
gi|54542                      :    CTAG-CT-C-A--C----TA--GCGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TCC-TC-GT--A-CA--CT-GT-CC-----------------CA-------------T--A-C--------------TAC--C-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG-----------------------------AAC------TTG--GTT-TG-A--AA-T--T--TT---A----GA-GTTGT
gi|54543                      :    CTAG-CT-C-AA-C----TA--GAGAGA--A-G--T--A--C--------A--------------GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GTCCC----GC---T--A----CA----CA-------C--A-C--------------TAC--A------------------------------------------------------------------------------AA---TA--TC--AAACCTT-G---TG----T-TG-A--AA-TAAT--AAA-AA----AA-GTTATCA
gi|54544                      :    CTAG-CG-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---T-----TCC--T-AT--A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----C
gi|54545                      :     TAG-CT-C-A--C----T---------C-A-G--T--A--C--------A---------A----GT---T-----TTC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--ATGTACA----C--------T--G-C--------------TAC--A-A----------AAT-CTC--------T----T-C---GCTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---TAAAACTA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TG-A--AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54546                      :     TAG-CT-T-A--C----TA--GAGAGGC-A-G--T--A--A--------A---------A----GT---T-----TCA-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----AC---T--A----CG----C--------T--A-C--------------TAA--A-T----------AAT-CCA--------T----T-C---ACTT------T-C---ATTTT---TT---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TG-A--AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATTA
gi|54547                      :     TAG-CT---A--C----TA--GAGAG-C-A-G--T--A--A--------T---------A----GT---T-----CAT-ATATT--A-AA--CT-G---A----GC---T-------CA----C--------CTAA-C--------------TAA--A-A----------GAA-TCC--------A----T-C---ACTT------T-C---A--TT---TT---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TA-T--AA-T--T---TA-AA----GATGTTA
gi|54548                      :     TAG-CT-C-A--C----TG--GCGAAAC-A-G--T--A--C--------A---------A----AT---T-----TCC-TT-GT--A-TA--CT-AT-CA----GC---T--A----CA----T--------T--A-C--------------TAC--A-GTTTTCCATTCAAT-CCT--------T----T-C---ATTT------T-T---A--GA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--GAAAT------TTG--GTT-TG-A--AA-T--T--TTA-AA----GA-GTTAT
gi|54549                      :     TAGTCT-C-A--C----TA--GAGATAC-A-G--T--A--TTATAGTATAT--------A----GT---T-----TCC-TT-TTTTA-TA--CTTGT-CC----GC---TGCA----CA----C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------ATT-A----------T----T-C---ACTT------T-C---A--AAAAAGG---TT---TA---AAA---TA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TG-A--AATT--T--ATA-AA----GA-GTTGTCA
gi|54550                      :     TAG-CT-C-G--C----TA--GCAAGAC-A-G--T--G--A--------A---------A----AT---T-----TTC-TC-TT--A-AA--CT-GT-C-----AC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------AAT-CCC--------T----C-C---ACTT------T-CAAAA--AA---CA---TT---CTGGAGAA---TA--AT--AAACCTT-
gi|54551                      :     TAG-CT-C-A--C----TA--GCTAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---G-----CTC-TC-TT--A-TA--CT-GT-CC----AC---T--A----CA----A--------T--A-
gi|54552                      :     TAG-TT-T-A--C----TT--GAGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---T-----CCC-TT-T---A-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----
gi|54553                      :     TAG-CT-C-A-------TA--GTGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---T-----CCC-TT-TA--T-TA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--
gi|54554                      :      AG-CT-C-A--C----TA--GCGAGGC-A-G--T--A--T--------A---------A----GT---T-------C-CT-AT--A-TA--CT-GT--C----GC---T--A----CA----C--------T--ATC--------------TA
gi|54555                      :      AG-CT-C-A--C----TAA-GCGAGAC-A-G--T--A--C--------AG--------A----GT---C-----TTT-TC-TT--A-TG--CT-GT-CC----GC---T--A-------------------------------------------------------------TCT--------T----T-C---ACCT------T-C---A--AA---TG----T---TA---AAA---TA--TC--GAAACAT-G----G----T-TG-A--AA-T--G--TTT-AA----GA-GTT
gi|54556                      :      AG-CT-C-C--C----TA--GAGAGGC-C-G--T--A--T--------A---------A----GT---TCCCTTTCC-CT-TT--A-TA--CT-GC-CC----AC---T--A----CC----C--------T--A-
gi|54557                      :       G-CT-C-A--C----TT--GAGAGAA-A-AGTT--A--C--------A---------A----GT---T-----TC--TT-TT--A-AAAACT-GT-TT----CT---C--A----TA----C--------T--A-T--------------TACTTACA----------AAT-CCC--------T----TTC---GCTT------T-C---A--AT---TGT--TT---TT---GAA---TA--ACCAAAAACTG-G--T-----TT-TG-A--AA-T--TTAACC-AG----GA-GTTAACA
gi|54558                      :          T-C-A--C----TA--GAGAGAC-A-G--A--A--A--------A---------A----GT---T-----TCC-TT-TC--A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--AACA--T-G--TT--------------------------AA----GA-GTTATCA
gi|54559                      :                  ----TA--GCGAGAC-A-G--T--A--C--------A---------T----AT---T-----TCC-TC-TT--A-AA--CT-GT-CC----AC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAC--A-A----------CAT-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---AG---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------CTG--AAT-TA-A--AA-T--T--CTA-AA----GA-GTTAT
gi|54560                      :                                                 actaga---------A----AT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GT---T--A----CT----T--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAA-CCC--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TA---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TG-A--AA-T--T--GTA-AA----GA-GTTATCA
gi|54561                      :                                                       ---------A----GT---T-----TCC-TT-TT--A-AA--CT-GT-CT----GC---T--A----CA----C--------T--A-CTGCTACACTAT---TAC--A-A----------AAT-CCCT-------T----T-C---GCTT------T-C---
gi|54562                      :                                                                 ----GT---G-----TCC-TT-TT--------------CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAA--A-A----------AAT-CTT--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---CA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TG-A--AA-T--T--ATT-AA----GA-GTTATCA
gi|54563                      :                                                                 ----GT---G-----TCC-TT-TT------------C-CT----GC---T--A----CAAA--C--------T--A-C--------------TAA--A-A----------AAT-CTT--------T----T-C---ACTT------TCC---A--AA---TG---TT---T-----GA---CA--TC--AAAAC------TTG--GTT-TGAA--AA-T--TA-ATT-AA----GA-GTTATCA
gi|54564                      :                                                                                                     T-CC----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------AAC--C-A----------ACC-CCCT-------T----T-T---GCTT------T-C---A--AT---TG----T---TT---GAA---TA--TC--AAA---T-C--ATG--GTT-TG-A--AA-T--T--AAA-AA----GA-GTTATCA
gi|54565                      :                                                                        tttaagaactcaaT-TT--A-AA--CT-GT-CC----GCT--T--A----CA----C--------T--A-C--------------AAC--G-A----------A---TCT--------T----T-C---ACTT------TAA---A--AA---TA---TA---TT---GAA---TAT-TC--GAAATTT-G----G----T-TG-A--AA-T--C--TTA-A
gi|54566                      :                                                                                        T--A-AA--CT-GT-CT----GC---T--A----CA----C--------T--A-C--------------TAT--A-A----------AAT-CCC--------T----T-C---ACAT------T-C---A--AT---CA---TT---TT---GAA---TA--TC--AAAAC------TTG--GCA-TG-A--AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATCA
gi|54567                      :                                                                                         --A-AA--CT-GT-CC----GC---T--A----CA----T--------T--A-C--------------TAC--A-A----------AAT-CC------------------------------------------------------TT---GAA---TA--TT--AAAACTT-G-------GTT-TG-A--AA-T--T--ATG-AA----GA-GTGATCA
gi|54568                      :                                                                                                                                                               C--A-A----------AAT-CCT--------T----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---TT---GAA---TA--TC--GGAAT------TTG--GTT-TT-A--AA-T--C--TTA-AT----GA-ATT
gi|54569                      :                                                                                                                                                                                     C--------C----T-C---ACTT------T-C---A--AA---TG---TT---T----GAA---TA--TC--AAAACTT-G-------GTT-TG-A--AA-T--T--ATA-AA----GA-GTTATTA