lowQualScore                  :                                11111111111                                                                                                                                                                                    2222222222                                                                              
lowQualScore                  :     0  0   00 2222 2222 11 11  66666666666  0 0 11 1 0 111  00 1 1111  22222222 0 111 0 0 333 0 0   111 111 000 1 0  00 0 222  2222 0 0 44 11111 0 111 3333333333333333 0000 00 0 222222 333 0 22222 22222 11111 2222 33333 0 6666666666 2222   11 0 0 00 22222 11 0 22 00 1111 1 0 11  2222 111 0 0  11 1  0    2 6  
lowQualScore                  :     .  .   .. .... .... .. ..  ...........  . . .. . . ...  .. . ....  ........ . ... . . ... . .   ... ... ... . .  .. . ...  .... . . .. ..... . ... ................ .... .. . ...... ... . ..... ..... ..... .... ..... . .......... ....   .. . . .. ..... .. . .. .. .... . . ..  .... ... . .  .. .  .    . .  
lowQualScore                  :     5  5   77 1111 1111 22 77  22222222222  5 9 11 8 5 777  66 8 9999  88888888 9 222 9 4 666 8 4   111 444 777 6 8  66 4 666  7777 4 8 11 88888 4 111 6666666666666666 9999 66 4 000000 000 8 00000 99999 00000 3333 88888 4 6666666666 6666   00 4 4 66 00000 44 8 66 66 3333 3 9 55  6666 222 4 9  88 0  5    6 0  
consensus                     :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAACNCATT
Reference ( gi|43244 )        :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-C--TT--G--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-TTA------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAACACGTT
gi|43251                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-A--TT--G--TC-T-G--T-A-A---CA--C-T----TA--------T-C---A-T-T---G-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43249                      :  TTG-AA-TGG--T---GT----T--T--GC-G--TT--G--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-ATT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---T-T-GC--C-CT-TAA
gi|43248                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-A--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-T--------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-TC--C-CT-TAA
gi|43261                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-A--TT--G--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-C---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----C-----A-T-TTT------T----GTG--A-A-ATGT-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GT--C-CT-TAA
gi|43252                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--TC-A--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-G-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--A--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAgttacatt
gi|43256                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-A--T-G-G---CT--C-T----TA--------T-T---C-T-T---G-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----C-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43245                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAT------T----GTG--A-A-A--A-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAACattattgaccag
gi|43257                      :  TTA-AA-TGA--T---GT----T--T--GT-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-C---A-T-T---A-T-CAT---T-------G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A--AA------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAActtgatttc
gi|43253                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-G--G-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-C-G--GG----T---A-T-GC--C-CT-TAAttc
gi|43262                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-T--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-TG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------TTGAA-A-----A-----A-----A----A-----A-A-T--------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-AC--C-CT-TAA
gi|43243                      :  TTA-AA-TGA--T---GT----T--T--GT-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-G-C---A-T-CAT---T---G---G-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43265                      :  TTG-AA-TG--------T----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-T--------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--
gi|43266                      :  TTG-AC-TGA--T---GT----T--T--GT-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--A-T----TA--------T-T---A-T-T---G-T-CAT---T---G---G-A-AC--T-C---TT----C-A-A--T-A---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AT-------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GT--C-CT-TAA
gi|43278                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--G--TC-T-G--TAA-A---CA--C-T----TA--------T-C---A-T-T---G-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T--------------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-T-TTT------T----TTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-G---C-CT-TAA
gi|43260                      :  TTG-GA-TGA--T---CT----T--T--GT-G--TT--A--CC-T-G--T-A-A---AT--A-T----TA--------T-T---A-T-T---A-A-CAT---T---G---G-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-CAAT-----T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAAtgcaact
gi|43258                      :  TTA-AA-TGA--T---GT----T--T--GT-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-C---A-T-T---A-T-CAT-------------G-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-TT--G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----T-----A----A-----A-A-AAA------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43259                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--G------------TC-T-G--T-A-A---TT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---A---G-A-AG--T-C---TT----C-A-AT-T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---T-G-----AAAAC-A-----A----A-----A-A-T--------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-CAAttctttc
gi|43264                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-T--T-T-A---CT--C-T----TA--------T-T---AAT-T---A-T-CAT---T---G---G-A-TG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------TTG-A-A-----A-----A-----A----A-----A-A-T--------T----GTG--AGA-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-AC--C-CT-TAA
gi|43263                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-T--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-TG--T-C---TT----C-A-AT-T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------TTGAA-A-----A-----A-----A----A-----A-A-T--------T----GTG--G-A-A--T-----G--T-A--C--A------T-G--CG----T---A-T-AC--C-CT-TAA
gi|43270                      :  TTA-AA-CGA--T---AT----T--T--GT-G--CT--G--TC-T-G--T-A-AAGACT--A-T----TA--------T-T---A-T-TG--A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAAT-----T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-
gi|43286                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GT-G--TT--G--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----AA--------T-C---A-T-T---A-TGCAT---T---G---GAA-AG--T-C---TTCA--C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-GAA---A-----A-----A----A-----A-A-TT-------T----GTG----A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A---GC--C-CT-TAA
gi|43268                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC----TT--GCTTC-T-GCTT-A-A---CT--C-T----TA--------T-TC--A-T-C---AAT-CAT---T---G---G-A-AG--T-CCC-TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A----TA------TT---GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-G---C-CT-TAAC
gi|43246                      :  TTG-AA-TTA--T---CT----T--T--GC-G--TT--T--CC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-G--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----G-----A-----A----T-----T-T-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAActc
gi|43280                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-TT--A-T-CAT---T---C---G-A-AG--T-G---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----ATTTT----------TTT------T----GCG--T-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAACA
gi|43242                      :  TTG-GA-TGA--T---CT----G--T--GC-A--TT--T--CC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AA--T-C---TT----C-A-A--C-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----------A-----A----A-----A-A-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----A---A-T-GC--C-Cgctttgacccaacatt
gi|43269                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GT-G--TT-----TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AT-------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-
gi|43276                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GT-G--TT--T--TC-T-G--C-T-A---TT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A---CAT---T---G---G-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----A-T-G--CG----T---A-T-GC--C-TT-
gi|43272                      :  TTG-AA-TG---T---GT----T--T--GT-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------TAA-A-A-----A-----A-----A----A-----A-A-TTG------T----GT-----C-A--T-----G--T-A--C--A----T-TGG--CG----T---G-TAGC--C-CT-
gi|43288                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-A--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G----------------------A-----A-A-TT------------------------T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-
gi|43241                      :  TTG-AA-TAA--T---CT----G--T--GT-A--TT-----CC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---G-T-C---A-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-T------T---A-G-----A-----A-----A----A-----C-A-ATAT-----T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----C---A-T-GC--C-CT-CAACTCATT
gi|43240                      :  TTG-AA-TAA--T---CT----G--T--GT-A--TT-----CC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---G-T-C---A-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-T------T---A-G-----A-----A-----A----A-----C-A-ATAT-----T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----C---A-T-GC--C-CT-CAACTCATTtcccagtattacatgtaagtgcacgtgtcaaatacggaactgacagtatcacactgcaccatttctgggcagtacgagtatatg
gi|43239                      :  TTG-AA-TAA--T---CT----G--T--GT-A--TT-----CC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---G-T-C---A-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-T------T---A-G-----A-----A-----A----A-----C-A-ATAT-----T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----C---A-T-GC--C-CT-CAACTCATTtcccagtattacatgtaagtgcacgtgtcaaatacggaactgacagtatcacactgcaccatttctgggcagtacgagtatatg
gi|43254                      :  TTG-AC-TGA--T---TT----T--T--GC-G--TT--T--CC-T-G--T-A-A---CT--T-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-TAC---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----C-----A----A-----A-A-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----A--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-T-Gtcccagtattacatgtaagtgcacgtgtcaaatacggaactgacagtatcacactgcaccatttctgggcagtacgagtatatg
gi|43250                      :  TTG-AA-CGA--T---CT----G--T--GC-G--TT--T--TC-T-G--T-A-C---CT--C-T----AAA-------T-T---A-T-T---A-T-CAT---TATCG---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-A---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----C-----A-T-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43282                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-TTG--T-A-----CT--CAT----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---G---G-AGAG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-ATT------T----GTG--A-G-A--T-----G--T-A--C--A------T-G--CG----T---A-TCGC--C-TT-
gi|43281                      :  TTG-AA-TTA--T---AT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-G---A-A-T---A-T-T-T---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---T----------------G----A--G-G------C---A-------A-----A-----A----A-----A-A-TT-------T----GTA--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-
gi|43291                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-C--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T-----T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A------------------------------------------------------------------G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43289                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GT-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-----A-T-T---T-T-CAT---T---C---C-G-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-GA----A-----A-----A----A-----A-A-TTG------T-----TG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CATAATT---A-T-GC--C-CT-
gi|43283                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-----------------------A---TT--T-T----TT--------T-T---G-------A-T-CAT---T---GATCG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43267                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----G--T--GT-G--TT--T--CC-T-A--T-C-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-A---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----T-----T----T-----T-T-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-A--CG----T---A-T-TC--C-CT-TAA
gi|43284                      :  TTG-AA-TGAAAC---CT----T--T--GT-G--TT-----TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-C---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-CCT-TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-A-----A-----A-----A----A-----A-A-TTT------TG---GTGA-A-A-A--T-----G--T-AT-C--A----T-TGG--GG----T---A-T-G---C-CT-TAA
gi|43247                      :  TTG-AA-T----T---AT----C--T--GA-C--AT--T--TC-T-A--T-A-AA--CT--C-T----TA--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---G---G-A-AA--G-T---TT----C-A-A--T-A---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-A--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAAgct
gi|43279                      :  TTT-AA-TGA--T---TT----T--T--GC-G--T---A--CC-T-G--T-A-A---CT--T-G----AA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-T--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------C---A-T-----A-----A-----A----A-----A-A--AA------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-----G----T---A-T-GC--C-CT-TAAttta
gi|43290                      :  TTG-AA-TGA--T---G------------C-G--TT--T--TC-T-G--TTA-A---CT--C-T----TA--------T-T-------T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---T-----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--T-A------T---G-------------------A----A-----A-T-TTT------T----GT---A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAAaagtactcataatccccaaaacacatatataccaagtcgagtgtatggcaatacggacctccgaca
gi|43275                      :  TTA-AA-TAA--T---TT----A--T--GA-A--TT--T--CC-T-G--T-G-A---CT--A-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CTT---T---A---G-A-AA--T-C---TTTGAAC-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAA------T----GTA--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-C-GC--C-CT-TAAacttttc
gi|43295                      :  TTG-AA-TGA--T---GT----T--TT-GC-G--TTTGG--TC-T-G--T-A-A---TC--T-T----TA--------C-T---A-C-----A-T-CAT---T---G-----A-AG--T-C---TT----C-A----T-T---T-T---G----------------G----A--G-AA-----T---A-G-----A-----A-----ACA--A-----A-A-TT------------GTG--A-A-A--T-----G--T-A--CAGA----T-T-G---G----T---A-T-GC--C-CT-TGAAACATT
gi|43293                      :  TTG-GA-TGA--TT--GT----T--T--GT-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---ATT-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T-------------------------------------------------------------------------------------T----GTG--A-A-A--T-----G--T----C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43277                      :  TTG-AA-TGA--T---CT----T--T--GTGC--TT-----CC-T-G--T-A-A---CT--C-T----CA--------T-T---A-T-T---A-T-TAT---T---G---A-A-AG--T-A---TT----C-A-A--T-G---TAT---A----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----ATTTTT---------------TTT------T----GTG--A-A-A--T-----A--T-A--C--ATTGGT-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43271                      :  TTA-AA-TGG--T---CT----T--T--GT-G--TT--T--CC-T-G----A-A---CTTCC-T----TA--------TAT---A-T-A---A-C-CAT---T---G---G-A-AA--T-C---CT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-GAAGAAA-----A-----A----A-----A-A-TTG------T-----CG--A-A-A--T-----GT-T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43303                      :  TTA-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-T--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C--------------------------------------------------------------------G-----A-----A-----A----------------------------------------T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAAttcatt
gi|43300                      :  TTG-AA-TGA--T---GG----TG-T--GC-G--TT--T--TC-TTG--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-TAT---A-T-CAT---T---G---G-A-AA--T-CG--TT----C-A-A--T-T---T----------------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----C----A-----T-T-TTT------T----GTT--G-A-A--TTTTAAG--T-A--C--A----T-G-G--CAT---T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43298                      :  TTA-AA-TGA--T---CT----T--TTGGC-G--TT--A--CC-T-G--T-A-A---AT--A-T----TA--------T-----A-T-T---A-A-CAT---T---G---G-A-A---T-C---TT----C-A-A--T-T---G-G---A----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AT-------T----GTG--G-A-A--C-----G--A-A--C--A----T-T-G--CG----A---T-T-GC--C-CT-TAAGAC
gi|43297                      :  TTGTAA-TGA--T---CT----T--T--GC-GAATT--G--TC-T-G--TTA-A---CT--C-T----TG--------T-C---A-T-T---T-T-CAT---T---G---G-ATAG--T-TCTTTT----C-A-A--T-T---T-T---GTGAATCAGAAAATTTGG----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----T-T-TTT------TT---GTG--A-A-A--T-----G--T-AA-C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAAtctattgtctttttgaaagcatgtgagagatcgtattaaacac
gi|43273                      :  TTG-AA-TGG--T---TT----G--T--GC-G--TT--T--CC-T-G--C-A-A---GT--C-T----TA--------T-TCTTA-T-T---A-T-CAT---TATTG---G-A-AG--T-C---TT----C-A-G--T-A---T-T---T----------------G----A--G-A------A---A-A-----AAC---A-----A----A-----A-A-TGT------T----GTG--A-A-A--C-----A--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--T-CT-
gi|43287                      :  TTG-AA-TGA--T---CT----T--T--GC-G--TT--T--CC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-------T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-ATACATGT---A-G-----A-----A-----AT---A-----A-A-T--------T----GTG--A-A-A--C-----G--T-
gi|43285                      :  TTG-AA-TGA--T---TT----G--T--GC-A--TT--T--CC-T-T--T-A-A---CT--C-T----AA--------T-T---A-T-T---A-T-TAT---C---G---G-A-TG--T-C---TT----A-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----AAATAGA-----A----A-----A-A-ACAAT----T----ATG--A-A-A--T-----A--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-T-
gi|43299                      :  TTG-AA-TGA--T---AT----T--T--GT-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-
gi|43294                      :  TTG-AA-TGA--G---CT----G--T--GC-G--TT--T--CC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TAGCTTAGTCT-T---A-T-T---A-T-CATAATT---G---G-A-AG--A-C---GT----C-A-A--T-A---------GA---------------G----A--G-A------T---A-A-----A-----A-----A----A-----A-A-AAAGAAT--T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-
gi|43292                      :  TTG-AG-TAA--T---CT----T--T--GC-A--TT-----TC-T------A-A---CT--C-T----AA--------AAT---A-T-A---A-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-T---TT----T-A-A--TGT---C-T---G----------------A----A--G-A------T---C-A-----A-----A-----C----A-----A-C-TTT------TT---GTG--A-A----T-----G--T-A--C--A----TGT-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43304                      :  TTC-AA-TAA--T---GA----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--
gi|43255                      :  TTG-AC-TGA--T---TT----T--T--GC-G--TT--C--CT-T--------A---CT--T-T----TA--------T-T---A-T-T-------TAC---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--TGT---T-T---G----------------G----A----A------T---A-G-----------A-----C----A-----A-A-TT-------T----GT---A-A-A--T-----A--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-
gi|43302                      :  TTG-AA---A--T---GTCCTGT--T--GC-G--TT-----CC-T-G--T-A-A---CT--GGT----TA--------T-T---A-T-TTAAA-T-TAT-----------G-A-AC--T-C---TT----C-A-AA-T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----G-----A-----A----AGTAT-A-A-TTATT----T----GTG--A-T-A--T-----G--T-GACC--A----T-T-G--CGTA--T---A-T-GCAAC-CT-TAA
gi|43301                      :  TTG-AA---A--T---GTCCTGT--T--GC-G--TT-----CC-T-G--T-A-A---CT--GGT----TA--------T-T---A-T-TTAAA-T-TAT-----------G-A-AC--T-C---TT----C-A-AA-T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----G-----A-----A----AGTAT-A-A-TTATT----T----GTG--A-T-A--T-----G--T-GACC--A----T-T-G--CGTA--T---A-T-GCAAC-CT-TAA
gi|43274                      :  TTG-AA-TGT--TCTCGT----TCCT--GC-A--GT--T--TC-T-A--T--------T--C-T----TA--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---G-----A-AG--T-C---TT----C-A-G--T-G---T-T---T----------------G----A--G-A------T---A-A-----A-----A-----A----A-----
gi|43305                      :   TG-AA-TGA--T---------C--T--GC-CCATT--T--CC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-GG--T-C---TT----C-G-G--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-A-----A-----A-----A----A-----A-A-AT-------T----GTG--C-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-T-GC--C-CT-TAACcaa
gi|43309                      :   TG-AA-TGA--T---GT----T--TT-GC-T--TT--T--CC-T-G--T-A-A---CG--C-T----TAT-------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---G---GTA-AG--T-C---TT----C-A-AATT-C---T-T---G----------------GGAGAA--G-A------A---A-A-----A-----A-----A----A-----A-A-T--------T----GTG--A-A-A--TG----G--TGA--C--A----T-T-GC-CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43306                      :   TG-AA-TGA--T---CT----G--T--GC-A--TT--T--CC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------A---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAA------A----GTG--A-A-A--T-----G--
gi|43311                      :   TG-AA-TGA--T---AT----T--T--GC-G--T---G--TC-T-G--T-ACA---TT--C-------G--------T-T---A-T-T---T-T-CAT---T---G---A-A-AG--T-C---TT----C-A-A--TAT---C-T---GA---------------G----A--GCA------T---A-G-----------G-----A----A-----T-T-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----TGT-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43312                      :   TG-AT-TGA--T---GT----T--T--G-----TT--T--TC-T-G--T-A-AA--CT--C-T----TAA-------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C---A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---ATT-----A-----A-----A----T-----T-T-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-C--C--C----T-T-A--C
gi|43310                      :   TG-AAGTGA--T---CT----T--T--GC-A--TT-----TCAT-G--T-A-A---CT--C-T----GA--------T-C---A-T-T---G-T-TAT---T---A---G-A-AG--TCC---CT----C-A-T--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-------A-----A-----A----A-----A-A-CTAAGT---T----GTC--A-A-A--A-----G--T-ATGC--A----T-T-G--CA----T---A-T-ACG-A-CT-TAAcat
gi|43313                      :    G-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--AC-T-T--T-A-A---CT--C-G----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AT--T-C---TT----C-A-A--T-C---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-CAT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAAaatttctgctgtgaccaacgtgacatgcaagtccatg
gi|43314                      :    G-AA-TGA--T---GT----T--T--GC-A--TT--G--TC-T-G--T-A-A---CT--G-T----TC--------T-C---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AC--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---A----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAAT-----T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-C
gi|43315                      :    G-AA-TGA--TT--GT----G--T--GC-G--TT--T--CT-T-G--T-A-A---TT--C-T----TC--------T-T---A-T-T---A-T-CAA---T---G---G-A-A---T-A---TT----C-A-A--T-A---T-T---G----------------G-------G-A------T---A-G-----A-----A-----A----AC----A-A-GTT------T----GTG--A-C-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CTCTAA
gi|43316                      :     -AA-TGA--T---GC----T--T--GC-A--TT--G--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-TTT------T----GAG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAACtggcacaatttcctgttatgcacactaatacggccaaagcaatatca
gi|43318                      :     -AA-TGA--T---GT----T--T--G-----TT-----TC-T-GG-T-A-A---CG--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---G---GTA-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-CTTGG----------------G----A--G-A------TC--A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAAT-----T----GTG--A-A-A--TGA---G--TGA--C--A----T-T-GC-CG----TC--A-T-GC--C-C
gi|43296                      :     -AA-TTA--T---TT----A--T--AC-C--TG--G--T--T-G--T-A-A---CT--C-A----GA--------------A-------A-T-TGT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-AACC-T---T-T-------------------------------------------------------------------------------------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43319                      : ttgcacA-TGA--T----T----T--T--GC-G--TT--G--TC-T-G--T-A-A---CT--CAT----TA--------T-T-----T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-A---T-CA--TT----C-A-AT-T-T---T-T---G----------------A----A--G-A------T-----G-----A-----A-----A----A-----A-A-CT-------T----GT---A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--CACT-TAAttcatttattaagtacaagcagtgtcaatta
gi|43307                      :           A--T---GT----T--T--GC-G--TT--G--TC-T-A--T-A-A---CA--C-T----TA--------C-----A-T-T---A-T-CAT---T---G---GGA-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-ACTTT------T----GTG--A-A-A--T-----GACT-A--C--A------T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43317                      :         tga--T---GT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----C-----A-A-TTT------T----GTG--A-A-A--C-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-C
gi|43320                      :                aatT----T--T--GC-G--TT--T--TC-T-G--T-A-T---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----C-----A-A-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAAC
gi|43322                      :                         --T--GC-A--TT--T--CT-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-G--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----T-T-TTT------T----GTG--A-G-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A---GC--C-CT-
gi|43321                      :                              tcca--TT--T--TC-T-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-CA--A-T-CAT---T---G---G-A-AA--T-C---TT----C---A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG--------A-T-GC--C-CT-TAATGCA
gi|43323                      :                           tttgtgt--TT--T--TC-T-G--TTA-A---C---C-T----TA--------T-T---AAT-TG--A-T-CAT---T---G---A-G-AA--T-C---TTT---C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---ATG-----A-----A-----A----A-----A-A-TTG------T----G------A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43324                      :                                        gtgtC-T-G--T-A-A---CA--C-T----TA--------T-C---A-T-T---G-T-CTT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----T-T-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43325                      :                                            C-T-G--T-A-A---CT--G-T-----A--------C-T---A-T-C---G-A-CAT---T---G-----A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-AA-----T---A-G-----A-----A-----AC---A-----A-A-ATA------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--AG---T-T-G---G----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43327                      :                                               -G--T-A-A---CT---------TA--------T-C---A-T-T---A-A-TATG--T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-ACA--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----------A-----A----A-----A-A-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAATA
gi|43326                      :                                               -G--T-A-A---CT--C-TCCCCTA--------T-A---C-T-T---G-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----AAGG-A------T---A-G-----A-----A-----A----AGAAAAA-A-TT------------GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-A--CG----T---A-T-GC--T-CT-TAAaatcatacatgtaa
gi|43328                      :                                                    -A-A---CT--C-TACCCCA--------A-T---A-T-T---G-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-ACA--T-TATAT-G---A----------------G----A--G-A------T---T-G-----A-----A-----A----AAC---A-A-TTA-----------GTGAAA-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-ACCCG----TCAAA-T-GC--TACT-TAAtgccatcataacatgttcaagaccaaatacgatgttgatatcaacattagca
gi|43329                      :                                                        ---CT--C-T----TA--------A-T---A-G-TG--A-A-AAT---T---T---G-T-AT--T-C---TT----C-A-A--T-A---A-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----T-A-TTT------TTTTTATG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-AC--C-Ctgcccatcataaccatgaatttcaagagccaaaatacgatgttgataaaatca
gi|43330                      :                                                                -T----TT--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---G---G-A-AGATT-T---TT----C-A-AGAT-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----------------A----A-----A-A-TTATTCTTCT----GTG--A-A-A--T-----GA-T-A--C--A----T-T-G--CG----------T-GG--C-CT-TAAcaa
gi|43331                      :                                                                       A--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TC----C-A-AA-G-T---T-G---G----------------G----A--G-A------T---T-T-----A-----C-----A----A-----A-A-TTT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-T-GT--C-CT-TAAaattcttttc
gi|43333                      :                                                                        --------T-C---A-T-T---A---CAT---T---T---G-A-AA--T-C---TT----T-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A--AA------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--T--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CG-TAAaatgatttcccaactaca
gi|43308                      :                                                                        --------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----CAA-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----T----A-----A-A-T--------T----GTG--A-A-A--T-----A--T-A--C--A----T-T-C--CG----aatatcttttccc
gi|43332                      :                                                          tgaagatctggtgcatgtccttttacactgc-T---A-T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-T--T-A---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAA------A----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A--------G--TG----T---AGT-GC--C-
gi|43334                      :                                                                                         tg---A-T-TAA---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G-A------T---C-G-----A-----A-----A----A-----A----------------------A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-ataaatgagtcaactttcacattttaca
gi|43335                      :                                                                                               -T-CAT---T---G---G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-AAT------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43336                      :                                                                                               -T-TAT---T---G---A-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-----G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----ATG-TTT------T----TTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----TGT-G---G----T---A-T-GC--C-CT-TAA
gi|43337                      :                                                                                                    T---T---G---G-A-AT--C-C---TCGTTCC-A-A--T-TG--T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----A-----A-----A----A-----A-A-ATAT-----T----GTG--A-ATG--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----
gi|43338                      :                                                                                                                         -C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G-A------T---A-G-----AG----A-----A----A-----A-A-T--------T----GTG--A-A-A--T-----G--T-A--C--A------T-G--CG----T---A-T--C--C-CT-TAAC

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                          1111111111111                                                                                  
lowQualScore                  :                           0  0   00 22222 2222 11 11 0  00 1  1111  0 11 1 0 111  00 1 1111  33333333 0 111 0 0 333 0 0   111 111  1 0  00 0 222  2222 0 0 33 22222 0 111 3333333333333333 0000 00 11 111111 333333 0 222 11  11 4444 11 8888888888888  1111  0 11 0 0 00 22222 11 0 22 00 1111 1 0 11  2222 111 0 0  11 0  0   00 1    
lowQualScore                  :                           .  .   .. ..... .... .. .. .  .. .  ....  . .. . . ...  .. . ....  ........ . ... . . ... . .   ... ...  . .  .. . ...  .... . . .. ..... . ... ................ .... .. .. ...... ...... . ... ..  .. .... .. .............  ....  . .. . . .. ..... .. . .. .. .... . . ..  .... ... . .  .. .  .   .. .    
lowQualScore                  :                           5  5   77 99999 1111 11 11 5  77 9  0000  9 11 8 4 666  66 7 8888  22222222 9 222 9 4 111 8 4   111 888  2 8  66 4 666  7777 4 8 55 44444 4 111 5555555555555555 9999 66 44 666666 777777 8 888 00  44 6666 44 9999999999999  7777  4 00 4 4 66 00000 44 8 66 66 3333 3 8 44  5555 222 4 9  77 9  5   88 0    
consensus                     :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----T--N----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--CTCATT
Reference ( family-257 )      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--CNCATT
gi|43239                      :                        TTG-AA-TAA--T----------C--T--G-TG--TATT--C-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---G-T-C---A-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--T------T------A-G---A--AA--AC---A--A-----T--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----C---A-T-GC--C-CT-CAA--CTCATT
gi|43240                      :                        TTG-AA-TAA--T----------C--T--G-TG--TATT--C-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---G-T-C---A-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--T------T------A-G---A--AA--AC---A--A-----T--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----C---A-T-GC--C-CT-CAA--CTCATTtcccagtattacatgtaagtgcacgtgtcaaatacggaactgacagtatcacactgcaccatttctgggcagtacgagtatatg
gi|43241                      :                        TTG-AA-TAA--T----------C--T--G-TG--TATT--C-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---G-T-C---A-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--T------T------A-G---A--AA--AC---A--A-----T--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----C---A-T-GC--C-CT-CAA--CTCATTtcccagtattacatgtaagtgcacgtgtcaaatacggaactgacagtatcacactgcaccatttctgggcagtacgagtatatg
gi|43242                      :                        TTG-GA-TGA--T---C-T----G--T--G-CA--T-TT--C-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AA--T-C---TT----C-A-A--C-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G------AA--A----A--A-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----A---A-T-GC--C-Ctcccagtattacatgtaagtgcacgtgtcaaatacggaactgacagtatcacactgcaccatttctgggcagtacgagtatatg
gi|43243                      :                        TTA-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-TG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-G-C---A-T-CAT---T---GG-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43244                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CC--T-TG--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----T--T----AT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--CACGTT
gi|43245                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--A-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--C
gi|43246                      :                        TTG-AA-TTA--T---C-T----T--T--G-CG--T-TT--C-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-G--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---G--AA--T----T--T-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--cttgatttc
gi|43247                      :                        TTG-AA-T----T---A-T----C--T--GACA--T-TT----CT-A--T-A-AA--CT--C-T----TA--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---GG-A-AA--G-T---TT----C-A-A--T-A---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-A--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43248                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CA--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-------------TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-TC--C-CT-TAA--ttta
gi|43249                      :                        TTG-AA-TGG--T---G-T----T--T--G-CG--T-TG--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---T-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43250                      :                        TTG-AA-CGA--T---C-T----G--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--T-A-C---CT--C-T----AAA-------T-T---A-T-T---A-T-CAT---TATCGG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-A---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--C----A--T-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43251                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CA--T-TG--T-CT-G--T-A-A---CA--C-T----TA--------T-C---A-T-T---G-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43252                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--T-CA--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--G-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--A--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TA
gi|43253                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--G-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-C-G--GG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43254                      :                        TTG-AC-TGA--T---T-T----T--T--G-CG--T-TT--C-CT-G--T-A-A---CT--T-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-TAC---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--CA--A----A--A-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----A--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-T-G
gi|43255                      :                        TTG-AC-TGA--T---T-T----T--T--G-CG--T-TC--C-TT--------A---CT--T-T----TA--------T-T---A-T-T-------TAC---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--TGT---T-T---G----------------G----A-----A------T------A-G---A--CA--A----A-----------T----TT----GT----A-A-A--T-----A--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-
gi|43256                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-A--T-G-G---CT--C-T----TA--------T-T---C-T-T---G-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----C-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--ATTATT
gi|43257                      :                        TTA-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-TG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-C---A-T-T---A-T-CAT---T----G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A--------A----AT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--TTgaccag
gi|43258                      :                        TTA-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-TG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-C---A-T-T---A-T-CAT----------G-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-TT--G----------------G----A--G--A------T------A-GATAA--AA--A----A--A--------------T----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--TTCTTT
gi|43259                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-----------T-CT-G--T-A-A---TT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---AG-A-AG--T-C---TT----C-A-AT-T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------T-G---A--AAACA----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-CAA--c
gi|43260                      :                        TTG-GA-TGA--T---C-T----T--T--G-TG--T-TA--C-CT-G--T-A-A---AT--A-T----TA--------T-T---A-T-T---A-A-CAT---T---GG-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----CA-A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43261                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CA--T-TG--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-C---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--C----A--T-----T--T----TT----GT-G--A-A-ATGT-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GT--C-CT-TAA--
gi|43262                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-T--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-TG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------TTGA---A-A---A--AA--A----A--A-------------TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-AC--C-CT-TAA--gttacatt
gi|43263                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-T--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-TG--T-C---TT----C-A-AT-T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------TTGA---A-A---A--AA--A----A--A-------------TT----GT-G--G-A-A--T-----G--T-A--C--A------T-G--CG----T---A-T-AC--C-CT-TAA--
gi|43264                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-T--T-T-A---CT--C-T----TA--------T-T---AAT-T---A-T-CAT---T---GG-A-TG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------T-G---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--AGA-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-AC--C-CT-TAA--
gi|43265                      :                        TTG-AA-TG---------T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-------------TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--
gi|43266                      :                        TTG-AC-TGA--T---G-T----T--T--G-TG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--A-T----TA--------T-T---A-T-T---G-T-CAT---T---GG-A-AC--T-C---TT----C-A-A--T-A---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A--------A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GT--C-CT-TAA--
gi|43267                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----G--T--G-TG--T-TT--C-CT-A--T-C-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-A---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--TT--T----T--T-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-A--CG----T---A-T-TC--C-CT-TAA--
gi|43268                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CT--TGCT--T-CT-GCTT-A-A---CT--C-T----TA--------T-TC--A-T-C---AAT-CAT---T---GG-A-AG--T-CCC-TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--------T--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-G---C-CT-TAA--C
gi|43269                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-TG--T-TT----CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A--------A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-ctc
gi|43270                      :                        TTA-AA-CGA--T---A-T----T--T--G-TG--C-TG--T-CT-G--T-A-AAGACT--A-T----TA--------T-T---A-T-TG--A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-GA--A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-
gi|43271                      :                        TTA-AA-TGG--T---C-T----T--T--G-TG--T-TT--C-CT-G----A-A---CTTCC-T----TA--------TAT---A-T-A---A-C-CAT---T---GG-A-AA--T-C---CT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------TAGA---A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GTCG--A-A-A--T-----GT-T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--TTCATT
gi|43272                      :                        TTG-AA-TG---T---G-T----T--T--G-TG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-A---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--T-C-A--T-----G--T-A--C--A----T-TGG--CG----T---G-TAGC--C-CT-
gi|43273                      :                        TTG-AA-TGG--T---T-T----G--T--G-CG--T-TT--C-CT-G--C-A-A---GT--C-T----TA--------T-TCTTA-T-T---A-T-CAT---TATTGG-A-AG--T-C---TT----C-A-G--T-A---T-T---T----------------G----A--G--A------A------A-A---AACAA--A----A--A-----T--G----TT----GT-G--A-A-A--C-----A--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--T-CT-
gi|43274                      :                        TTG-AA-TGT--TCTCG-T----TCCT--G-CA--G-TT--T-CT-A--T--------T--C-T----TA--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---G--A-AG--T-C---TT----C-A-G--T-G---T-T---T----------------G----A--G--A------T------A-A---A--AA--A----
gi|43275                      :                        TTA-AA-TAA--T---T-T----A--T--G-AA--T-TT--C-CT-G--T-G-A---CT--A-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CTT---T---AG-A-AA--T-C---TTTGAAC-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----AT----GT-A--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-C-GC--C-CT-TAA--caa
gi|43276                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-TG--T-TT--T-CT-G--C-T-A---TT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A---CAT---T---GG-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----A-T-G--CG----T---A-T-GC--C-TT-
gi|43277                      :                        TTG-AA-TGA--T---C-T----T--T--G-TG--C-TT--C-CT-G--T-A-A---CT--C-T----CA--------T-T---A-T-T---A-T-TAT---T---GA-A-AG--T-A---TT----C-A-A--T-G---TAT---A----------------G----A--G--A------T------A-G---------------A--ATTTTTT--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----A--T-A--C--ATTGGT-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43278                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TG--T-CT-G--TAA-A---CA--C-T----TA--------T-C---A-T-T---G-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T--------------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--T-----T--T----TT----TT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-G---C-CT-TAA--TGCA
gi|43279                      :                        TTT-AA-TGA--T---T-T----T--T--G-CG--T-AC----CT-G--T-A-A---CT--T-G----AA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-T--T-G---T-T---G----------------G----A--GACA------T------A-A---A--AA--A----A--A--------------T----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-----G----T---A-T-GC--C-CT-TAA--act
gi|43280                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TAT-------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---CG-A-AG--T-G---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G----------A----A--ATTTT-T--T----TT----GC-G--T-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--Caagtactcataatccccaaaacacatatataccaagtcgagtgtatggcaatacggacctccgaca
gi|43281                      :                        TTG-AA-TTA--T---A-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-G---A-A-T---A-T-T-T---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---T----------------G----A--G--G------C------A-A---A--AA--A----A-----------T----TT----GT-A--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-agctttgacccaacatt
gi|43282                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CTTG--T-A-----CT--CAT----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---GG-AGAG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--T----TT----GT-G--A-G-A--T-----G--T-A--C--A------T-G--CG----T---A-TCGC--C-TT-
gi|43283                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CA--T-TT--T-TT-T--T-G-A---------T----CA--------T-T---G-------A-T-C----------G-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43284                      :                        TTG-AA-TGAAAC---C-T----T--T--G-TG--T-TT----CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-C---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-CCT-TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-A---A--AA--A----A--A-----T--T----TTG---GT-GA-A-A-A--T-----G--T-AT-C--A----T-TGG--GG----T---A-T-G---C-CT-TAA--
gi|43285                      :                        TTG-AA-TGA--T---T-T----G--T--G-CA--T-TT--C-CT-T--T-A-A---CT--C-T----AA--------T-T---A-T-T---A-T-TAT---C---GG-A-TG--T-C---TT----A-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------TAGAAATA-G---A--AA--A----A--A-----CA-A----TT----AT-G--A-A-A--T-----A--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-T-gct
gi|43286                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-TG--T-TG--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----AA--------T-C---A-T-T---A-TGCAT---T---GGAA-AG--T-C---TTCA--C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-GA--A--AA--A----A--A-----A--T----TT----GT-G----A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A---GC--C-CT-TAA--
gi|43287                      :                        TTG-AA-TGA--T---C-T----T--T--G-CG--T-TT--C-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T--------AT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--ATACATGT------A-G---A--AAT-A----A--A-------------TT----GT-G--A-A-A--C-----G--T-
gi|43288                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CA--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G----------A----A--A-----T--T-----------------------T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-
gi|43289                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-TG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-----A-T-T---T-T-CAT---T---CC-G-AA--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--T----TG----TT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CATAATT---A-T-GC--C-CT-
gi|43290                      :                        TTG-AA-TGA--T---G--------------CG--T-TT--T-CT-G--TTA-A---CT--C-T----TA--------T-T-------T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---T-----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--T--A------T------G---------A--A----A--T-----T--T----TT----GT----A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43291                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-C--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T-----T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A---------------------------------------------------------------G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--acttttc
gi|43292                      :                        TTG-AG-TAA--T---C-T----T--T--G-CA--T-TT--C-------T-A-A---CT--C-T----AA--------AAT---A-T-A---A-T-TAT---T---GG-A-AG--T-T---TT----T-A-A--TGT---C-T---G----------------A----A--G--A------T--------C---A--AA--C----A--ACT---T--T----TT----GT-G----A-A--T-----G--T-A--C--A----TGT-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43293                      :                        TTG-GA-TGA--TT--G-T----T--T--G-TG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---ATT-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T--------------------------------------------------------------------------------T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T----C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43294                      :                        TTG-AA-TGA--G---C-T----G--T--G-CG--T-TT--C-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TAGCTTAGTCT-T---A-T-T---A-T-CATAATT---GG-A-AG--A-C---GT----C-A-A--T-A---------GA---------------G----A--G--A------T------A-A---A--AA--A----A--A-----A--AAGAATT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-
gi|43295                      :                        TTG-AA-TGA--T---GTT----T--T--G-CG--T-TTGGT-CT-G--T-A-A---TC--T-T----TA--------C-T---A---C---A-T-CAT---T----G-A-AG--T-C---TT----C---A--T-T---T-T---G----------------G----A--GA-A------T------A-G---A--AA--C----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--CAGA----T-T-G---G----T---A-T-GC--C-CT-TGA--AACATT
gi|43296                      :                                                                    T-G--T-A-A---CT--C-A----GA--------------A-------A-T-TGT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A---------------------------------------------------------------------A----C--C-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--TTCATT
gi|43297                      : ttgcacaattatttatacctggtTTGTAA-TGA--T---C-T----T--T--G-CGAAT-TG--T-CT-G--TTA-A---CT--C-T----TG--------T-C---A-T-T---T-T-CAT---T---GG-ATAG--T-TCTTTT----C-A-A--T-T---T-T---GTGAATCAGAAAATTTGG----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----T--T-----T--T----TTT---GT-G--A-A-A--T-----G--T-AA-C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--tattaagtacaagcagtgtcaatta
gi|43298                      :                        TTA-AA-TGA--T---C-T----T--TTGG-CG--T-TA--C-CT-G--T-A-A---AT--A-T----TA--------T-----A-T-T---A-A-CAT---T---GG-A-A---T-C---TT----C-A-A--T-T---G-G---A----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--T----T-----GT-G--G-A-A--C-----G--A-A--C--A----T-T-G--CG----A---T-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43299                      :                        TTG-AA-TGA--T---A-T----T--T--G-TG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-gactctattgtctttttgaaagcatgtgagagatcgtattaaacac
gi|43300                      :                        TTG-AA-TGA--T---G-G----TG-T--G-CG--T-TT--T-CTTG--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-TAT---A-T-CAT---T---GG-A-AA--T-CG--TT----C-A-A--T-T---T----------------------G----A--G--A------T------A-G---A--AC--A----T--T-----T--T----TT----GT-T--G-A-A--TTTTAAG--T-A--C--A----T-G-G--CAT---T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43301                      :                        TTG-AA---A--T---G-TCCTGT--T--G-CG--T-TC----CT-G--T-A-A---CT--GGT----TA--------T-T---A-T-TTAAA-T-TAT--------G-A-AC--T-C---TT----C-A-AA-T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---G--AA--AGTATA--A-----TTAT----TT----GT-G--A-T-A--T-----G--T-GACC--A----T-T-G--CGTA--T---A-T-GCAAC-CT-TAA--
gi|43302                      :                        TTG-AA---A--T---G-TCCTGT--T--G-CG--T-TC----CT-G--T-A-A---CT--GGT----TA--------T-T---A-T-TTAAA-T-TAT--------G-A-AC--T-C---TT----C-A-AA-T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---G--AA--AGTATA--A-----TTAT----TT----GT-G--A-T-A--T-----G--T-GACC--A----T-T-G--CGTA--T---A-T-GCAAC-CT-TAA--
gi|43303                      :                        TTA-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CT--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C------------------------------------------------------------------------G---A--AA-------------------------------------------T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43304                      :                        TTC-AA-TAA--T---G-A----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--
gi|43305                      :                         TG-AA-TGA--T---C-T----G--C--C-CA--T-TT--C-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-GG--T-C---TT----C-G-G--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-A---A--AA--A----A--A--------A----TT----GT-G--C-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--C
gi|43306                      :                         TG-AA-TGA--T---C-T----G--T--G-CA--T-TT--C-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------A------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----AA----GT-G--A-A-A--T-----G--
gi|43307                      :                                 A--T---G-T----T--T--G-CG--T-TG--T-CT-A--T-A-A---CA--C-T----TA----------C---A-T-T---A-T-CAT---TG--GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--AC----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----GACT-A--C--A------T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43308                      :                                             tga--T--G-CA--T-GT--C-CT-T--T-T-A---CA--C-T----GC--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----CAA-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AT--A----A--A-------------TT----GT-G--A-A-A--T-----A--T-A--C--A----T-T-C--CG----
gi|43309                      :              tgaagatctggTG-AA-TGA--T---G-T----T--TT-G-CT--T-TT--C-CT-G--T-A-A---CG--C-T----TAT-------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---GGTA-AG--T-C---TT----C-A-AATT-C---T-T---G----------------GGAGAA--G--A------A------A-A---A--AA--A----A--A-------------TT----GT-G--A-A-A--TG----G--TGA--C--A----T-T-GC-CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43310                      :                         TG-AAGTGA--T---C-T----T--T--G-CA--T-TT--C-AT-G--T-A-A---CT--C-T----GA--------T-C---A-T-T---G-T-TAT---T---AG-A-AG--TCC---CT----C-A-T--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-----A--AA--A----A--A-----C--TAAG-TT----GT-C--A-A-A--A-----G--T-ATGC--A----T-T-G--CA----T---A-T-ACG-A-CT-TAA--
gi|43311                      :                         TG-AA-TGA--T---A-T----T--T--G-CG--T-GT----CT-G--T-ACA---TT--C-------G--------T-T---A-T-T---T-T-CAT---T---GA-A-AG--T-C---TT----C-A-A--TAT---C-T---GA---------------G----A--GC-A------T------A-G------GA--A----T--T-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----TGT-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--aatttctgctgtgaccaacgtgacatgcaagtccatg
gi|43312                      :                         TG-AT-TGA--T---G-T----T--T--G-----T-TT--T-CT-G--T-A-AA--CT--C-T----TAA-------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C---A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------ATT---A--AA--T----T--T-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-C--C--C----T-T-A--C
gi|43313                      :                          G-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--A-CT-T--T-A-A---CT--C-G----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AT--T-C---TT----C-A-A--T-C---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----C--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--cat
gi|43314                      :                          G-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-CA--T-TG--T-CT-G--T-A-A---CT--G-T----TC--------T-C---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AC--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---A----------------G----A--G--A------T------A-GA--A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-C
gi|43315                      :                          G-AA-TGA--TT--G-T----G--T--G-CG--T-TT--C-TT-G--T-A-A---TT--C-T----TC--------T-T---A-T-T---A-T-CAA---T---GG-A-A---T-A---TT----C-A-A--T-A---T-T---G----------------G-------G--A------T------A-G---A--AA--AC---A--A-----G--T----TT----GT-G--A-C-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CTCTAA--
gi|43316                      :                           -AA-TGA--T---G-C----T--T--G-CA--T-TG--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----T--T----TT----GA-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--Ctggcacaatttcctgttatgcacactaatacggccaaagcaatatca
gi|43317                      :                                  --T---G-T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--C----A--A-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--C-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-C
gi|43318                      :                        aat-AA-TGA--T---G-T----T--T--G-------TT--T-CT-GG-T-A-A---CG--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---GGTA-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-CTTGG----------------G----A--G--A------TC-----A-GA--A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--TGA---G--TGA--C--A----T-T-GC-CG----TC--A-T-GC--C-C
gi|43319                      :                             A-TGA--T-----T----T--T--G-CG--T-TG--T-CT-G--T-A-A---CT--CAT----TA--------T-T-----T-T---A-T-CAT---T---GG-A-A---T-CA--TT----C-A-AT-T-T---T-T---G----------------A----A--G--A------T--------G---A--AA--A----A--A--------C----TT----GT----A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--CACT-TAA--
gi|43320                      :                                         -T----T--T--G-CG--T-TT--T-CT-G--T-A-T---CT--C-T----TA--------T-T---T-T-T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--C----A--A-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--C
gi|43321                      :                                         -T----T--T--G-TG--T-TT--TTCT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-CA--A-T-CAT---T---GG-A-AA--T-C---TT----C---A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG--------A-T-GC--C-CT-TAA--TGCAT
gi|43322                      :                                                --T--G-CA--T-TT--C-TT-G--T-A-A---CT--C-T----TA--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-G--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----T--T-----T--T----TT----GT-G--A-G-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A---GC--C-CT-
gi|43323                      :                                                     tcca--T-TT--T-CT-G--TTA-A---C---C-T----TA--------T-T---AAT-TG--A-T-CAT---T---GA-G-AA--T-C---TTT---C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------ATG---A--AA--A----A--A-----T--T----------GT-G--A-A----T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43324                      :                                                              gtgt-CT-G--T-A-A---CA--C-T----TA--------T-C---A-T-T---G-T-CTT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----T--T-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43325                      :                                                                  -CT-G--T-A-A---CT--G-T-----A--------C-T---A-T-C---G-A-CAT---T---G--A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--AA-----T------A-G---A--AAC-A----A--A-----A--T----AT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--AG---T-T-G---G----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43326                      :                                                                     -G--T-A-A---CT--C-TCCCCTA--------T-A---C-T-T---G-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----AAGG--A------T------A-G---A--AA--AGAA-A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-A--CG----T---A-T-GC--T-CT-TAA--TG
gi|43327                      :                                                                     -G--T-A-A---CT---------TA--------T-C---A-T-T---A-A-TATG--T---GG-A-AG--T-C---TT----C-ACA--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G------AA--A----A--A-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--catcataacatgttcaagaccaaatacgatgttgatatcaacattagca
gi|43328                      :                                                                          -A-A---CT--C-TACCCCA--------A-T---A-T-T---G-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-ACA--T-TATAT-G---A----------------G----A--G--A------T------T-G---A--AA--A----AC-A-----A--T----TA----GT-GAAA-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-ACCCG----TCAAA-T-GC--TACT-TAATGCCCATtaaatcatacatgtaa
gi|43329                      :                                                                              ---CT--C-T----TA--------A-T---A-G-TG--A-A-AAT---T---TG-T-AT--T-C---TT----C-A-A--T-A---A-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----T--A-----T--T----TTTTTTAT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-AC--C-Ccataaccatgaatttcaagagccaaaatacgatgttgataaaatca
gi|43330                      :                                                                                      -T----TT--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---GG-A-AGATT-T---TT----C-A-AGAT-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--ATT--ATTC-----T--T----CT----GT-G--A-A-A--T-----GA-T-A--C--A----T-T-G--CG----------T-GG--C-CT-TAA--caa
gi|43331                      :                                                                                             A--------T-T---A-T-C---A-T-TAT---T---GG-A-AG--T-C---TC----C-A-AA-G-T---T-G---G----------------G----A--G--A------T------T-T---A--CA--A----A--A-----T--T----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--TG----T---A-T-GT--C-CT-TAA--aattcttttc
gi|43332                      :                                                                                                               -T---A-T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-T--T-A---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----AA----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A--------G--TG----T---AGT-GC--C-aatgatttcccaactaca
gi|43333                      :                                                                                            tg--------T-C---A-T-T---A---CAT---T---TG-A-AA--T-C---TT----T-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A--------A----AT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--T--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CG-TAA--ataaatgagtcaactttcacattttaca
gi|43334                      :                                                                                                                 ---A-T-TAA---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-T---G----------------G----A--G--A------T------C-G---A--AA--A----A----------------------------A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-aatatcttttccc
gi|43335                      :                                                                                                                     -T-CAT---T---GG-A-AG--T-C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----A--A-----A--A----TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43336                      :                                                                                                                     -T-TAT---T---GA-A-AA--T-C---TT----C-A-A--T-G---T-----G----------------G----A--G--A------T------A-G---A--AA--A----AT-G-----T--T----TT----TT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A----TGT-G---G----T---A-T-GC--C-CT-TAA--
gi|43337                      :                                                                                                                          T---T---GG-A-AT--C-C---TCGTTCC-A-A--T-TG--T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-GA--A--AA--A----A--A-----T--A----TT----GT-G--A-ATG--T-----G--T-A--C--A----T-T-G--CG----
gi|43338                      :                                                                                                                                            -C---TT----C-A-A--T-T---T-T---G----------------G----A--G--A------T------A-G---AG-AA--A----A--A-------------TT----GT-G--A-A-A--T-----G--T-A--C--A------T-G--CG----T---A-T--C--C-CT-TAA--C