lowQualScore                  :                                                       7777777777777777777777777       111111111111111                          1111111111                                                                
lowQualScore                  :        55     1111  22 0  11111    00    111 0   000  0000000000000000000000000 0  1  999999999999999 0 22222222 111111 00     6666666666 111  0  1111 1111 000 000   0 00      1  00    111111   0    4 
lowQualScore                  :        ..     ....  .. .  .....    ..    ... .   ...  ......................... .  .  ............... . ........ ...... ..     .......... ...  .  .... .... ... ...   . ..      .  ..    ......   .    . 
lowQualScore                  :        77     7777  77 5  77777    66    222 5   888  2222222222222222222222222 4  3  333333333333333 4 11111111 222222 66     2222222222 333  4  3333 3333 777 777   4 66      3  66    444444   5    4 
consensus                     :    ATAG-AGACAT----GGG-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA-----------------A-------A-GG-AT-------GNC-G-G-G-A--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CCTTGA
Reference ( gi|78102 )        :    ATAG-GGACAT----GGA-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA--T-----T----AT--A-------A-GG-AT-------GTT-G-T-G-A--C-----C------T--ACAAA--G-------TA--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CCTTAA
gi|78103                      :    ATAG-GGACAT----GGA-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA--T-----T----AT--A-------A-GGGAT-------GTT-G-T-G-A--C-----C------T--AC-AA--G-------TA--GTAAT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CCTTA
gi|78107                      :    ATAA-AGACAT----GGG-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA-----------------A-------A-GG-AT-------GTT-G-A-G-A--T-----C------T--GCACC--T-------TG--GT-TT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CTTTG
gi|78113                      :    ATAG-GGAGAT----GGAGA-TT-----TTCA--GAAA---T-TAT---GA-----------------A-------A-GG-AT-------GTT-G-G-G-A--T-----C------T--ACAAA--T-------TG--AT-AT----T----A---A---GGT-C--AATTGA-CT--ACAG------TGA-CCTTA
gi|78112                      :    ATAG-GGAGAT----GGG-A-TT-----TTCA--GAAA---T-TAT---GA-----------------A-------A-GG-AT-------GTT-G-G-G-A--T-----C------T--ATAAA--T-------TG--AT-AT----T----A---A---GGT-C--AATTGA-CT--ACAG------TGA-CCTTA
gi|78104                      :    ATAG-AGACAT----GGT-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA-----------------A-------A-GG----------GTT-AAT-G-AAAT-----C------T--ACAAA--T-------TA--GT-AT----T----A---G---GGT-C--TAGGGA-CT--CCAG------TGA-CCTTG
gi|78123                      :    ATAG-AGACAT----GAA-T-TC-----TTTA--GAAA---T-GAT---AA-----------------G-------A-GG-AT-------AAC-A-G-G-A--C-----C------T--ATAAA--G-------TT--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAATGA-CG--TCAG------TGA-CCTTG
gi|78117                      :    ATAG-AGACAT----GGG-A-CC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA-----------------A-------A-GG-AT-------ATT-G-T-G-A--T-----C------T--TCAAA--T-------TG--AT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-C
gi|78092                      :    ATAG-AGACAT----GGG-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA-----------------G-------A-GG-AA-------AAC-A-A-G-A--C-----C------T--ATAAA--C-------TT--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGATCT--TC--------TGA-CCTT
gi|78119                      :  ttATAGTAGACAC----AGA-A-TC-----TTCA--GAAA---T-----------------T----AT--A-------A-G--AT-------AAT-A-G-G-G--C-----C------T--ATAAA--T-------TT--GT-AT----C----G---A---GGT-C--AAGTGA-CT--TCAG------TGA-CCTTGcaa
gi|78108                      :    ATAG-AGTCAT----GAG-G-TT-----TTTA--GAAA---T-GAG---AA-----------------G-------G-AG-AT-------AAT-G-G-G-G--C-----C------T--ACAAA--T-------TA--GT-GT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TTA-CCTTG
gi|78120                      :    ATAG-AGTCAT----GCG-A-TC-----TTAA--GAAA----------------------------------------GG-AT-------GTT-G-A-G-A--T-----C------T--ACAAA--T-------TG--GT-GT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-TT--CCAG------TGA-CCCTG
gi|78116                      :    ACAG-AGACAT----GGG-A-TC-----TTTA--GAAA---T-GAC---AA-----------------G-------A-GA-AT------------------------------------ACAAA--C-------TA--GT-TT----C----A---A---GGT-C--AAATGA-CT--CCAG------TGA-CCTTG
gi|78111                      :    ATAA-AGACAT----GGA-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA--T----------------------A-GG-AT--------------------------C------T--CTAAA--C-------TT--GT-AT----CAATTA---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGa
gi|78133                      :    ATAG-AGGCAT----GGG-A-CC-----T-CA--GAAA---T-G---------T-----T----GG--A-------ATGG-AT-------TTT-G-G-G-G--T-----C------T--TCAAA--T-------TG--GA-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CATT
gi|78099                      :    ATAG-AGACAT----GGA-A-TC-----TTCA--GAAA---T-TAT---CA-----------------G-------A-GG-AT-------AAC-A-G-G-A--T-----G------T--ATAAA--C-------TT--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AGTTGA-CT--TCAG------TGG-CCTTGtga
gi|78134                      :   tATAG-AGACAT----GGG-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAA---AA--TCCATTT----CT--G-------A-AG-ATCCCAAACATG-A-T-A-A--CAGGATT------T--ATAAA--C-------TG--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--TCAG------TGA-CC
gi|78124                      :    ATAG-ATAGAT----GGG-G-TT-----TTCA--GACA---T-GAG---AA-----------------G-------G-GG-AT-------GAT-G-G-G-G--C-----C------T--AAAAA--T-------TA--GT-GT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--ACAG------TGA-CTTTGatga
gi|78132                      :    ATAG-AGACAT----GGG-G-TC-----TTCG--GGAA---T-GGT---GA-----------------A-------A-GG-AT-------GAC-G-G-A-A--T-----C------T--ACAAA--T-------CA--GA-AC----C----A---ATCAGGT-C--AAGTGA-CT--CAAG------TGA-ACTT
gi|78127                      :    ATAG-AGTCAT----GAG-G-TC-----TGCA--AAAG---T-GCA---AA--G-----T------------------GG-AT-------GAT-G-G-G-G--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--GT-GT----C----A---A---GGT-C--AAGTTA-CT--CAAG------TGA-CCTTGgga
gi|78110                      :    ATAG-AGACAT----AAC-A-TC-----TTCA--GATA---T-GAT---AA-----------------G-------A-GG-AT-------GAC-G-G-G-A--C-----C------T--ACAAT--G-------TA--GT-AC----C----A---A---AAC-C--AAGAGG-TT--CCAG------TGA-
gi|78118                      :    ATAG-AGACAT----GGG-A-CC-----TTCA--GAAA---T-GAT---GA-----------------A-------A-GG-AG-------TTT-G-A-G-A--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--GG-A-----C----A---A---TGT-T--AAGTGA-TA--CCAG------tgttga
gi|78093                      :    ATAG-AGAC-T----GGG-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA--G-----A----GG--A-------A-AA-AC-------AA------G-A--C-----C------T--ATAAA--C-------TT--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGATCT--TC--------TGA-CCTT
gi|78128                      :  ttATAC-AGACAT----GGG-A-GT-----TCCA--GAAA---T-GAT---GA-----------------A-------A-GG-AT-------GAT-G---G-G--T-----A------T--ACAAA--T-------TG--GG-AT----T----A---A---GGT-C--AAATGA-CT--CCAGTTACAATGA-CCTTcaa
gi|78141                      :    ATAG-AGACAT----AGA-A-TC-----ATCA--GAAA---T-TAT---TC--TA----T----AA--A-------A-GG-AG-------TTT-G-A-G-A--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--AG-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-
gi|78094                      :    ATAG-AGACAT----GGG-A-TC-----TTCA--GGAA-----AAT---GA--T-----C----A---G-------A-GG-AA-------AAC-A-TAG-A--C-----C------T--ATAAA--C-------TT--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGATCT--TCTG-------GA-CCTT
gi|78131                      :  ttATAG-AGACAT----GGG-A-TC-----ATCA--GAAA---T-GAT---GA-----------------A-------A-GG-AG-------TTT-G-A-G-A--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--GG-AT----C----A---A---AGT-C--TAGTcaa
gi|78130                      :    ATAG-AGACAT----GGG-A-TC-----ATCA--GAAA---T-GAT---GA-----------------A-------A-GG-AG-------TTT-G-A-G-A--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--GG-AT----C----A---A---AGT-C--TAGT
gi|78145                      :    ATAG-AAACAT----GGG-G-TC-----ATCA--GAAA---T-GATGGAAA--T-----TTCTGATGGA-------A-GG-AT-------GTT-G-A-G-G--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--GG-ATCATGC----A---A---GTT-C--AAGGGA-TG--CCAG------T
gi|78143                      :    ATAG-AAACAT----GGG-A-TC-----ATCA--AATA---T-GA-------------------------------A-GA-AT-------GAT-A-A-A-A--T-----C------T--ACAAAT-G-------T----T-AT----C----A---A---GGT-G--AAGTTA-CT--CCAG------TGA-CCTT
gi|78115                      :    ATAG-AGACAT----GGG-A-CC-----TTCA--GA----------------------------------------------T-------ATT-G-T-G-A--T-----C------T--TCAAA--A-------TG--GA-AT----C----G---A---GGA-C--AAGTGA-TT--CCAG------TGA-CTTTGgga
gi|78140                      :    ACAG-AGACAT----ACA-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---A-----------------------------------------------------T-----C------T--ATAAA--T-------TG--GT-AG----C----A---A---GAT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGT-CCTTG
gi|78121                      :    ATAG-AGACAT----AAC-A-TC-----TTCA--GGTA---T-GAT---AA-----------------G-------A-GG-AT-------GGC-A-G-G-A--C----------------------------------GT-AC----CT---A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CCTTG
gi|78109                      :    ATAG-ATATAT----GGG-A-TA-----ATCA--GAAA---T-GTT---AA-----------------A-------A-GG-AT-------GTT-G-A-G-A--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--GG-AT----G----A---A---GAT-C--AAGTGA-
gi|78114                      :    ATAG-AGGTAT----GGG-G-CC-----TTCA--GAAA---T-GAT---GA-----------------A-------A-GG-AT-------GTT-G-G-G-A--T-----G------T--ACAAA--T-------TG--GT-AT----C----A---A---GAT-T--AAATAA--T--ACAA------TG
gi|78126                      :    ATAG-AGACAT----GGT-A-TC-----TTCA--AAAA---T-G------A--T-----T----AG--A-------A--G-AT-------AAC-A-G-G-A--T-----A------T--ATCAA--C-------TT--GT-AT----C----A---G---GGT-C--AAGTGA-AT--TCAT------TGA-CCTTtttttgga
gi|78125                      :    ATAG-AGATAT----GGG-A-CC-----TTCA--GAA----T-GAT---GA-----------------A-------A-GG-TG-------GTT-G-G-G-A--T-----C------T--ACAAA--T-------CG--GT-AT----C----A---A---GAT-T--AAGTAA-TA--CCAG------
gi|78137                      :    ATAG-AGTCCT----GAG-G-TC-----TTCA--GAAA---T-GAG---AA-----------------G-------A-GA-GT-------GAC-A-G-G-G--C-----T------T--ACAAA--C-------T---GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGAGA-CT--TAAG------TGA-CCTTG
gi|78139                      :    ATAG-AAACAT----GGG-A-CC-----TTCA--GAAG---C-GAT---CA-----------------A-------A-GG-AT-------GAT-G-G-G-A--T-----C------T--ACAAA----------TC--G---T----T----A---A---GTTCC--AAGTGA-CT--TCAT------TGA-ACTTG
gi|78138                      :    ATAG-AAACCT----GGG-A-TC-----ACCA--AAAA---T-GAT---AA-----------------G-------A-GG-AT-------GAC-A-G-G-A--C-----C------T--TTAAA--C-------TG--GT-AT----A----A---A---GG--C--AGTTGA-CT--CCAG------TGT-CCTTG
gi|78148                      :    ATAG-AAACAT----GGA-A-CT-----TTCA--GAAA---T-AAT---GA-----------------A-------A-GG-AG-------TTT-G-A-G-A--C-----C------T--ACACA--C-------TA--GA-AT----C----A---A---GGT-
gi|78135                      :    ATTG-AGAAAT----TGG-A-CC-----TTCA--GAAA---T-----------C-----T----A-------------GG-GT--------------------C-----T------T--A-AAA--T-------TG--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAATGA-CT--CCAG------TGA-CCTTG
gi|78149                      :    ATAG-AGGCAT----AAG-T-TC-----TTCA--AAAA---T-GAT---AA--T-------------------------------------------------------C------T--ACAAA--T-------TC--TT-GT----C----A---A---GGT-C--ATTTGA-AT--CCAG------TGA-CCTTG
gi|78147                      :    ATAG-ACATAT--------A-TC-----TTGA--GATA---C-GAT---GA-----------------A-------A-AG-AT-------GAT-A-G-G-A--T-----G------T--ATACA--T-------TA--GT-AT----G----T---A---GGT-C--AAGTAA-CT--CTAG------TGA-CCTTG
gi|78129                      :    ATAG-AGACAT----GAA-G-TT-----TTGA--GAAA---T-GAT---AA-----------------G-------A-GA-A----------------A-A--T-----C------T-----------------T---GT-AC----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--GCAG------AGA-CC
gi|78095                      :    ATAG-ATACATTCTTAGA-A-TT-----TTCA--GCAA---T-GTT---AA-----------------G-------G-GA-AT-------GAT-G-G-C-A--C-----T------T---CAAA--C-------TT--GT-AT----C----A---A---GGT--------AA-CT--CCAG------TGA-CCTTGgtga
gi|78106                      :  tcATAG-AGACAT----GAA-A--C-----TTCA--TAAA------AT---A---------T----AT--A-------A-A--AT-------GAT-G-T-A-G--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--GT-AC-------------------------------CT--CCAT------TGA-CCTTGa
gi|78142                      :    ATAG-AGACAT----GGG-AGCC-----TTCAAGGAAA-----------GA--T-----T----GA--A-------A-GG-AT-------TGT-G-G-G-G--T-----C------T--TCAAA--T-------TG--GT-AT----C----A---A---GTT-TCAAAGTAA-C---CAAG------TGA-CTTGA
gi|78122                      :    ATAG-AGACAT----GGA-A-TC-----TTTA--GATG---T-GAT---GA-----------------A-------A-GA-A----------T-G-T-G-A--C-----C------T--CTAAA--C-------TATTGT-AT----
gi|78146                      :    ATAG-AGACAT----GGG-A-TC-----CTCA--GAAA---T-GAA---GA-----------------A-------A-GG-AT-------G
gi|78136                      :    ATAG-AGAAAT----AGG-A-TC-----ATCA--GAAA---T-GAT---A------------------A-------A-GC-A--------GTT---T-G-A--------------------GAA--C-------TA--GA-AT----C----A---A---ATT-G--AAGTGA-TA--CCAG------
gi|78155                      :     TAA-GGACAT----AAC-A-TC-----TTCA--GATA---T-GGT---AA-----------------A-------A-GG-AT-------GACAG-T---A--C-----C------T--ACAAG--G-------TA--GT-AC----T----A---A---GCT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CCTT
gi|78097                      :     TAG-AGACAT----GTA---TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA-----------------A-------A-GG----------GTT-AAT-G-AAAT-----C------T--A-AAA--T-------TA--GT-AT----T----A---G---GGT-C--TAGGGA-CT--CCAG------TGA-CCTTG
gi|78154                      :   tgTAG-CAACAC----AAG-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---GA-----------------G-------A-GG-AT-------GAC-A-G-G-A--C-----C------T--ATAAA--C-------TA--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-TTGACCTC------TGA-CCTTG
gi|78156                      :     TGG-AGATGT----GGA-A-TC-----TTCA--GAAT---A-GAA---GA-----------------A-------A-GG-CT-------GAA-G-G-G-A--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--GT-A-------------------GT-C--AAGTGA-TT--CTAG------TGA-CCa
gi|78152                      :     TAG-AGACGT----GGG-A-AC-----TTCA--AAAA---T-GAT---AA--C----------------------A-GG-AT-------AT--------A--T-----C-------------------------A-----AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--TCAG------TAG-CCTTGatga
gi|78159                      :      AG-AGACAT----GAA-A-CC-----ATCA--TAAA---T-GAT---GG-----------------G-------A-GG-AT-------ATT-G-T-G-A--T-----C------T--CTAAC--T-------TG--GT-AT----C----A---A---TGT-C--AAGTGA-TT--CTAG------TGA-CTTTG
gi|78163                      :      AG-AGATAT----GGA-A-TC-----TTCA--GGG------GAG---AA--T------------------------GG------------------G-A--T-----C------T--ACAAA--T-------TA--TT-GT----C----A---C---AGT-C--AAGTGA-CT--CCAA------TGA-CCTTGa
gi|78166                      :          GATAT----GGA-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA-----------------G-------A-GG-AT-------AAC-A-G-G-A--C-----C------T--ATAAC--C-------TT--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--TCAG------TGA-CCTTG
gi|78164                      :         aGAGAT----GGG-A-GC-----TTCA--GAAA---T-GTT---GA-----------------A-------G-GG-AT-------AAT-G-G-G-A--T-----C------T--ACAAA--T-------TA--GT-AT----T----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CCTTG
gi|78151                      :         aGATAT----GGA-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA-----------------G-------A-GG-AT-------AAC-A-G-G-A--C-----C------T--ATAAC--C-------TT--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CC--TC--------TGA-CCT
gi|78169                      :      tataGACAT----GAA-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---A-----------------------------------------TT-G-G-G-A--A-----C------A--GCAAA--T-------TG--GT-AT----C----C---A---GGT-C----GTGA-CC--T---------TGA-CCTTcgga
gi|78168                      :         aGACAT----GGA-A-TA-----TTTA--GAAA---T-GAC---AA-----------------G-------A-GG-ATA------ACA-G-T---A--C-----C------T--ATAAA--C-------TT--GT-AT----C----A---A---GGT-C--ACATGA-C
gi|78100                      :         aGGCAT----CGA-A-TC-----TTCG--AAAA---T-GAT---GA-----------------G-------A-TG-AT-------GTT-G-G-G-A--A-----C------T--ACAAA--T-------TA--GG-AT----cttggaccctgaa
gi|78165                      :    tacacaGAGAT----AGG-A-TT-----TTCA--GAAA---T-G---------T-----T----G---A-------A-GG------------------G-A---------------T--ATAA-------------------T----C----A---A---GGT-T--AAGTGA-CT--CTAA------AGA-CCTT
gi|78161                      :          aACAT----GCG-A-TC-----TTC----------T-GA-----------------------A-------A-GG-AT-------GAT-G-G-G-A--T-----C------T--ACAAA--G-------TA--AT-GT----C----A---A---TGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CCTTGg
gi|78171                      :       aaaaACAT----GGG-A-TC-----TTCA--GATA-----GAT---GA-----------------A-------A-GA-TT-------GAT-G-G-G-A--T-----C------A--ACAAA--G-------TG--TT-TT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-TT--CCAG------TGA-CCTTG
gi|78105                      :           ACAT----AGG-A-TC-----CTCA--GAAA---T-GA----AA-------------AG--G-------A-GGTAT-------GTT-T-G-G-A--C-----C------T--ACAAG--C-------TA--GG-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CA--CCAG------T
gi|78170                      :     atacacACATT---AGG-A-TCG----CTCA--GAAA---T-GA----AA-------------AG--G-------A-GGTAT-------GTT-T-T-GGA--C-----C------T--ACAAA--GC------TA--GG-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-AG--CCAG------T
gi|78172                      :           ACAT----GGG-A-TC-----CTCA--GAAA---T-GAT---A------------------A-------A-GG-AT-------GAA-A-G-G-T--C-----C------C--ACAAA--C-------TA--GT-
gi|78096                      :            CAC----GGG-G-TC-----TTCA--GAAG---T-GAG---AA----------------------------G-AT-------GAT-G-G-G-G--C-----C------T--ATAAA--C-------TA--AA-CTC---C----G---A---GGT-C--AAGTTA-TT--C
gi|78173                      : ttatatgatagtAT----GG----TT-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA-----------------G-------A-GA-AA-------GAC-A-T-G-A--C-----C------T--ACAAACAG-------TA--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGGAA-CT--CCAG------TGA-CCTTGagaccatgaa
gi|78162                      :             AC----GGG-A-TT-----CTCA--GAAA---C-GAT---AA-----------------G-------A-GG-AT-------GGT-A-G-G-A--C-----C------T--ACAAA--T-------AA--GT-AT----C----AATTA---GGT-C--ACGTGA-CT--CTAG------TAA-TTTTG
gi|78167                      :      agagcagAT----GGG-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GAT---AA-----------------A-------A-GA-AT-------AAC-A-G-G-A--C-----AGAATAAT--AGAAG--C-------TT--GT-GT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-ACTTG
gi|78144                      :       agacgtAT----AGA-A-TCATGAGTCCA--GAAA---T-GAA---AA-----------------G-------G-GA-AT-------GAT-G-A-G-G--C-----C------T--ACAAT--C-------TA--GT-GT----C----A---A---GGT-C--AAGTTA-CT--CAAG------TGA-C
gi|78174                      :             AT----GGG-A-TC-----ATCA--GAAA---T-GAT---GA-----------------A-------A-GG-AG-------TTT-G-C-G-A--T-----C------T--ACAAA--C-------TA--GG-CT----C----A---A---GGT-T--AGATGA-
gi|78175                      :                    GA-A-TA-----TTCG--GAAA---T-TCT---GA-------------AT------------GG-AT-------GAT-G-G-G-A--T-----C------T--AGAAA--T-------TA--GT-AC----C----A---A---GGT-T--AAGTGA-TT--CCAG------TGA-CTTT
gi|78157                      :                     A-A-TC-----TTCA--GAAA---T-GTT---AA-----------------G-------A-GG-AT-------GAC-A-G-G-A--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--AT-AT----C----A---A---AGG-C--AAGTAA-CT--CCAG------TGA-CCTTGg
gi|78160                      :           agaaacagatA-A-TC-----TTCA--GAAA---C-GAG---AA-----------------G-------A-GG-AT-------GAT-A-G-G-A--T-----C------T--ACATA--C-------TT--GT-GT----C----A---A---GGT-C--AAGTAA-C
gi|78177                      :                agagaa-A-TC-----TCTG--GAAA---T-GTT---GA-----------------A-------G-GG-AT-------AAT-G-G-G-A--T-----C------T--ACAAA--T-------TA--GT-GT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CAAG------TGA-CCTTcttgacttatgaa
gi|78178                      :                       g-TC-----TTCA--GAAAA--T-GAG---AA--T----------------------G-GA-AT-------GAT-G-G-G-G--C-----C------T--A-AAA--C-------TA--GT-AC----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-TT--CCAG------T
gi|78181                      :                           -----TTCA--GAAAATAT-GAT---AAAGT-----C----GT--GGAGTCAGA-GG-AT-------G----------------------------ACAAA--GCTTACC-TA--GT-AT----C----A---A---GGG-G--AAGTTA-CT--CCAG------TGA-TCTTG
gi|78176                      :                                 TCA--GAAA---T-G---------T-----T----GT--A-------A-GG-AT-------GAT-A---G-A--T-----T------T--ACAA---T-------TAT-GT-AT----C----A---A---GGT-T--AAGATA-CT--CAAG------TGA-CCTTG
gi|78182                      :                         gatcttcaaCA--GAAA---TTGAT---AG--A-----A----AA--A-------A-GG-AA-------ATG-A-T-A-A--G-----A------T--TCAAA--C-------TA--GT-AT----C----A---A---GAT-C--AAATGA-GT--CCTG------TGA-CCTTG
gi|78183                      :                                   A--AAAA---T-GAT---GA-----------------A-------A-GG-AT-------ATT-G-T-G-A--T-----C------T--TCAAA--A-------TG--GT-AT----T----A---A---GGT-C--AAGTGA-CC--T---------TGA-CCTT
gi|78184                      :                                   A--GAAA---T-GTT---GA-----------------A-------G-GA-AT-------GAT-G-A-G-A--T-----C------TCTAGAAA--A-------TA--GA-AT----C----A---A---GGT-G--AAGTGA-TT--CCAG------TGA-Ctgaccttgaa
gi|78185                      :                                   A--GAAA---T-GA-------------------------------A-GG-TT-------AAT-G-A-G-A--C------------T--ATCAA--T-------TA--GT-AT----C----A---A---GTT-C--AAATGA-CT--CCA-------TGA-CCTTG
gi|78187                      :                                       AAA---T-GAT---GA-----------------A-------A-AG-AT-------GTT-G-A-G-A--C-----C------T--ACAAA--C-------TA--GG-AT----C----A---A---CGT-C--GGATGA-TA--CCA
gi|78190                      :                                         A---T-GAT---AA-----------------G-------A-GG-AT-------GAC-A-G-G-A--C-----C------T--ACAAA--AAACTAACTA--GT-GT----T----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CCTT
gi|78191                      :                                                                      --A-------A-GG-AT-------GTT-G-G-G-A--T-----C------T--ACTAA--T-------TG--GT-AT----C----A---A---GGC-C--AAGCTA-CT--CC
gi|78193                      :                                                                                  aG-GT-------GAT-G-A-G-A--T-----T------T--ACAAA--T-------TA--GT-AT----C----A---G---GGT-C--AAGTGG-CC--T---------TGA-CCT
gi|78192                      :                                                                                   G-GT-------GAT-G-A-G-A--T-----T------T--ACAAA--T-------TA--GT-AT----C----A---G---GGT-C--AAGTGG-CC--T---------TGA-CCTctga
gi|78153                      :                                                                                    -AT-------ATT-G-T-G-A--T-----C------T--ACAAG--T-------TA--GT-AT----C----A---A---TGC-C--AAGATA-CT--CCAG------TGA-CCTTGctga
gi|78194                      :                                                                                   taaagacataaaatcttc-G-A--T-----T------T--ACAAA--T-------TA--GT-AT----G----A---A---GGT-C--AAATGA-CT--CCTA------TGG-CCTTG
gi|78188                      :                                                                                                     -G-A--A-----C------T--ACAAA--C-------TA--GT-AT----C----A---A---A---C--AAGTGA-CT--TCAG------TGATCCTTG
gi|78180                      :                                                                                    agtgacaagaagataatag-A--T-----C------T--GCAAA--C-------TA--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-CT--CCAG------TGA-CCTTG
gi|78189                      :                                                                              cttcaaaattaagagtagatgaaac-A--C-----C------T--ACGAG--C-------TA--GT-AT----C----A---A---GGT-C--AAGTGA-TT--TCAG------TGG-CCTTA
gi|78150                      :                                                                                              aatgcaaaatggaggtccac------T--ACAAA--C-------TA--GT-AT----C----A---A---TTT-T--AAGTGA-CT--CCAT------TGA-CCTT
gi|78179                      :                                                                                            atacagactgagctctacagatgtgttaagggtAAA--T-------TA--GT-GT----C----A---A---AGC-C--AAGTGA-CT--CTAG------TGA-CCTTG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|78098 ): TATAGAGCCATGGGCTCTATCAAAAATGAAGAAAAATGTTGAGACCACACTAGGATCAA






Alignments
lowQualScore                  :             0  0  00  1111  0  0  0    2222 00   111 0 0  2222222222 8888888888888888888888888 1 22222222222 0 1111 0 777 1111    111111  00 0    2222222222  11   0 1111 0000 111    0 00      1  1111    111111   0 0  1   
lowQualScore                  :             .  .  ..  ....  .  .  .    .... ..   ... . .  .......... ......................... . ........... . .... . ... ....    ......  .. .    ..........  ..   . .... .... ...    . ..      .  ....    ......   . .  .   
lowQualScore                  :             5  5  77  6666  5  5  5    0000 66   222 4 4  4444444444 8888888888888888888888888 3 00000000000 4 9999 4 111 3333    888888  66 4    5555555555  00   4 3333 9999 555    4 66      3  6666    444444   5 5  1   
consensus                     :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GA-CG----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
Reference ( family-250 )      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GN-CG----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78092                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----A-AA-CA----AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TC--------TGA-C-CT-
gi|78093                      :       ttATAG-AG-AC---T----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------GAA----A-AA-CA----AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TC--------TGA-C-CT-caa
gi|78094                      :       ttATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----GGAAAA---T-G-AT-----C----A-----------G-------------A-G-----------G-A----A-AA-CAT---AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TCTG-------GA-C-CT-caa
gi|78095                      :       ttATAG-AT-AC--ATTCTTAG-AA-TT-TTCA----G--CAA---T-G-TT-----A----A-----------G-------------G-G-----------A-A----T-GA-TG----GCAC------TT----CAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT--------AA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGAcaa
gi|78096                      :           tc-AG-TC--AC----GG-GG-TC-TTCA----G--AAG---T-G-AG-----A----A---------------------------------------G-A----T-GA-TG----GGGC------CT--A-TAAA-------C--TA--AAC-TC---C----G---AGGT-C--AAGTTA--T----TCA--------GA-C-CA-TGAa
gi|78097                      : ttatatgatTAG-AG-AC--AT----GT--A-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-GT---T-AA-TG----AAAT------CT--A--AAA-------T--TA--GTA-T----T----A---GGGT-C--TAGGGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGAa
gi|78099                      :       tgATAG-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----C----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-AA-CA----GGAT------GT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AGTTGA-CT----TCAG------TGG-C-CT-TGA
gi|78100                      :            t-AG-GC--AT----CG-AA-TC-TTCG----A--AAA---T-G-AT-----G----A-----------G-------------A-T-----------G-A----T-GT-TG----GGAA------CT--A-CAAA-------T--TA--GGA-T----
gi|78102                      :    tacacATAG-GG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----ATTAT-------A-------------A-G-----------G-A----T-GT-TG----TGAC------CT--A-CAAA-------G--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78103                      :         ATAG-GG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----ATTATA------A-------------G-G-----------G-A----T-GT-TG----TGAC------CT--A-CAAG----------TA--GTAAT----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78104                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-TA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-G----TTAA-TG----AAAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----T----A---GGGT-C--TAGGGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78105                      :         ATAC-AC-AC--AT----AG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-A-----------A-----------A-------------A-G-----------G-AGGTAT-GT-TT----GGAC------CT--A-CAAG-------C--TA--GGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CA----CCAG------T
gi|78106                      :         ATAG-AG-AC--AT----GA-AA--C-TTCAT---A--AAA---T-ATAT-----A----A-----------A-------------A-T-----------G-A----T-GT-AG-------C------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-C----------------------------CT----CCAT------TGA-C-CT-TGA
gi|78107                      :         ATAA-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GT-TG----AGAT------CT--G-CACC-------T--TG--GTT-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78108                      :         ATAG-AG-TC--AT----GA-GG-TT-TTTA----G--AAA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------G-A-----------G-A----T-AA-TG----GGGC------CT--A-CAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TTA-C-CT-TGA
gi|78109                      :         ATAG-AT-AT--AT----GG-GA-TA-ATCA----G--AAA---T-G-TT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GT-TG----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----G----A---AGAT-C--AAGTGA-
gi|78110                      :         ATAG-AG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--ATA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-GA-CG----GGAC------CT--A-CAAT-------G--TA--GTA-C----C----A---AAAC-C--AAGAGG-TT----CCAG------TGA-T-GT-TGA
gi|78111                      :         ATAA-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------T-------------A-G-----------G-A----T--------------------CT--C-TAAA-------C--TT--GTA-T----CAATTA---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TG
gi|78112                      :         ATAG-GG-AG--AT----GG-GA-TT-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GT-TG----GGAT------CT--A-TAAA-------T--TG--ATA-T----T----A---AGGT-C--AATTGA-CT----ACAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78113                      :         ATAG-GG-AG--AT----GGAGA-TT-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GT-TG----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TG--ATA-T----T----A---AGGT-C--AATTGA-CT----ACAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78114                      :         ATAG-AG-GT--AT----GG-GG-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GT-TG----GGAT------GT--A-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGAT-T--AAATAA--T----ACAA------TG
gi|78115                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--ATA---T--------------------------------------------------------------T-GT--------GAT------CT--T-CAAA-------A--TG--GAA-T----C----G---AGGA-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-TT-TGAtttttgga
gi|78116                      :         ACAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTTA----G--AAA---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A----T------------------------A-CAAA-------C--TA--GTT-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78117                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-AT-TG----TGAT------CT--T-CAAA-------T--TG--ATA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-Ca
gi|78118                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----G-TT-TG----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA------C----A---ATGT-T--AAGTGA-TA----CCAG------
gi|78119                      :         ATAGTAG-AC--AC----AG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----A----A---------------------------------------G-A----T-AA-TA----GGGC------CT--A-TAAA-------T--TT--GTA-T----C----G---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78120                      :         ATAG-AG-TC--AT----GC-GA-TC-TTAA----G--AAA-----------------------------------------------G-----------G-A----T-GT-TG----AGAT------CT--A-CAAA-------T--TG--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-CC-TGA
gi|78121                      :         ATAG-AG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--GTA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-GG-CA----GGAC------GT--A-C----------C--T-----------------A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78122                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTTA----G--ATG---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------A-A----T-GT--------GAC------CT--C-TAAA-------C--TATTGTA-T----
gi|78123                      :         ATAG-AG-AC--AT----GA-AT-TC-TTTA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-AA-CA----GGAC------CT--A-TAAA-------G--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CG----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78124                      :         ATAG-AT-AG--AT----GG-GG-TT-TTCA----G--ACA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------G-G-----------G-A----T-GA-TG----GGGC------CT--A-AAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----ACAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78125                      :         ATAG-AG-AT--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AA----T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-T----G-GT-TG----GGAT------CT--A-CAAA-------T--CG--GTA-T----C----A---AGAT-T--AAGTAA-TA----CCAG------
gi|78126                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-TA-TC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----T----A-----------G-------------A-A-----------G-A----T-AA-CA----GGAT------AT--A-TCAA-------C--TT--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGA-AT----TCAT------TGA-C-CT-
gi|78127                      :         ATAG-AG-TC--AT----GA-GG-TC-TGCA----A--AAG---T-G--C-----A----A-----------A-------------GTG-----------G-A----T-GA-TG----GGGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTTA-CT----CAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78128                      :         ATAC-AG-AC--AT----GG-GA-GT-TCCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GA-TG----GG-T------AT--A-CAAA-------T--TG--GGA-T----T----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAGTTACAATGA-C-CT-
gi|78129                      :         ATAG-AG-AC--AT----GA-AG-TT-TTGA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A--------------------------------AAT-------C--TT--GTA-C----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----GCAG------AGA-C-CG-TGA
gi|78130                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----G-TT-TG----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---AAGT-C--TAGT
gi|78131                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----G-TT-TG----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---AAGT-C--TAGT
gi|78132                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GG-TC-TTCG----G--GAA---T-G-GT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GA-CG----GAAT------CT--A-CAAA-------T--CA--GAA-C----C----AATCAGGT-C--AAGTGA-CT----CAAG------TGA-A-CT-TG
gi|78133                      :         ATAG-AG-GC--AT----GG-GA-CC-T-CA----G--AAA---T-G-TT-----G----G-----------A-------------ATG-----------G-A----T-TT-TG----GGGT------CT--T-CAAA-------T--TG--GAA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-CATT-TGAga
gi|78134                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AA-----A----ATCCATTTCTG-A-------------A-GATCCCAAACATG-A----T-AA-CA----GGAT------TT--A-TAAA-------C--TG--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CA-TGA
gi|78135                      :         ATTG-AG-AA--AT----TG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-C--T-----A---------------------------------------------------------G----GGTC------TT--A--AAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78136                      :         ATAG-AG-AA--AT----AG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------------------------------G-CA----G--T------TT--G-AGAA-------C--TA--GAA-T----C----A---AATT-G--AAGTGA-TA----CCAG------
gi|78137                      :         ATAG-AG-TC--CT----GA-GG-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-G----T-GA-CA----GGGC------TT--A-CAAA-------C--T---GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGAGA-CT----TAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78138                      :         ATAG-AA-AC--CT----GG-GA-TC-ACCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-GA-CA----GGAC------CT--T-TAAA-------C--TG--GTA-T----A----A---AGG--C--AGTTGA-CT----CCAG------TGT-C-CT-TGA
gi|78139                      :         ATAG-AA-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAG---C-G-AT-----C----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GA-TG----GGAT------CT--A-CAAA----------TC--G---T----T----A---AGTTCC--AAGTGA-CT----TCAT------TGA-A-CT-TGA
gi|78140                      :         ACAG-AG-AC--AT----AC-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A-----------------------------------------------------------------T------CT--A-TAAA-------T--TG--GTA-G----C----A---AGAT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGT-C-CT-TGA
gi|78141                      :         ATAG-AG-AC--AT----AG-AA-TC-ATCA----G--AAA---T-T-ATTCTATA----A-----------A-------------A-G-----------G-A----G-TT-TG----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--AGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-
gi|78142                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GAGCC-TTCAAG--G--AAA-----G-ATT----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-TG-TG----GGGT------CT--T-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGTT-TCAAAGTAA-C-----CAAG------TGA---CT-TGA
gi|78143                      :         ATAG-AA-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----A--ATA---T-G-A-------------------------------------A-G-----------A-A----T-GA-TA----AAAT------CT--A-CAAA----------TG--TTA-T----C----A---AGGT-G--AAGTTA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGa
gi|78144                      :         ATAG-AA-TC--AT----GA-G-----TCCA----G--AAA---T-G-AA-----A----A-----------G-------------G-G-----------A-A----T-GA-TG----AGGC------CT--A-CAAT-------C--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTTA-CT----CAAG------TGA-C-ga
gi|78145                      :         ATAG-AA-AC--AT----GG-GG-TC-ATCA----G--AAA---T-G-ATGG---A----AATTTCTGATGGA-------------A-G-----------G-A----T-GT-TG----AGGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-TCATGC----A---AGTT-C--AAGGGA-TG----CCAG------T
gi|78146                      :         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-AA-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-G
gi|78147                      :         ATAG-AC-AT--AT--------A-TC-TTGA----G--ATA---C-G-AT-----G----A-----------A-------------A-A-----------G-A----T-GA-TA----GGAT------GT--A-TACA-------T--TA--GTA-T----G----T---AGGT-C--AAGTAA-CT----CTAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78148                      :         ATAG-AA-AC--AT----GG-AA-CT-TTCA----G--AAA---T-A-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----G-TT-TG----AGAC------CT--A-CACA-------C--TA--GAA-T----C----A---AGGT-
gi|78149                      :         ATAG-AG-GC--AT----AA-GT-TC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A------------------------------------------------------------T------CT--A-CAAA-------T--TC--TTG-T----C----A---AGGT-C--ATTTGA-AT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78150                      :         ATAC-AG-AC---T----GA-GC-TC-TACA----G--ATG---T-G-TT-----A----A----------------------------------------------------G----GG--------TT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---ATTT-T--AAGTGA-CT----CCAT------TGA-C-CT-
gi|78151                      :          TAT-AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-AA-CA----GGAC------CT--A-TAAC-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CC----TC--------TGA-C-CT-CG
gi|78152                      :          TAG-AG-AC--GT----GG-GA-AC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A-----------C-------------A-G-----------G-A----T-A-------------------T--ATCAA-------------------T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TAG-C-CT-TGAga
gi|78153                      :          TAA-AG-AC--AT----AA-AA-TC-TTCA----------------------------------------------------------------------------T-AT-TG----TGAT------CT--A-CAAG-------T--TA--GTA-T----C----A---ATGC-C--AAGATA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78154                      :          TAG-CA-AC--AC----AA-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-GA-CA----GGAC------CT--A-TAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TTGA--CCTC------TGA-C-CT-TGA
gi|78155                      :          TAA-GG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--ATA---T-G-GT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GA-CA----GTAC------CT--A-CAAG-------G--TA--GTA-C----T----A---AGCT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-a
gi|78156                      :          TGG-AG-AT--GT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAT---A-G-AA-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-C----T-GA-AG----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-----------------GT-C--AAGTGA-TT----CTAG------TGA-C-CA-TGA
gi|78157                      :           AG-AA-AC--AG----AT-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-GA-CA----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--ATA-T----C----A---AAGG-C--AAGTAA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78159                      :           AG-AG-AC--AT----GA-AA-CC-ATCA----T--AAA---T-G-AT-----G----G-----------G-------------A-G-----------G-A----T-AT-TG----TGAT------CT--C-TAAC-------T--TG--GTA-T----C----A---ATGT-C--AAGTGA-TT----CTAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78160                      :           AG-AG-AA--A---------A-TC-TTCA----G--AAA---C-G-AG-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-GA-TA----GGAT------CT--A-CATA-------C--TT--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTAA-Ca
gi|78161                      :           AA-AA-AC--AT----GC-GA-TC-TTC-------------------T-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GA-TG----GGAT------CT--A-CAAA-------G--TA--ATG-T----C----A---ATGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGActtgacttatgaa
gi|78162                      :           AG-AGCAG--AC----GG-GA-TT-CTCA----G--AAA---C-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-GG-TA----GGAC------CT--A-CAAA-------T--AA--GTA-T----C----AATTAGGT-C--ACGTGA-CT----CTAG------TAA-T-TT-TGA
gi|78163                      :           AG-AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--G-------------------------------------------------G-----------G-A----G-AA-TG----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--TTG-T----C----A---CAGT-C--AAGTGA-CT----CCAA------TGA-C-CT-TGA
gi|78164                      :             -AG-AG--AT----GG-GA-GC-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A----T-AA-TG----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78165                      :             -AG-AG--AT----AG-GA-TT-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A----T-A--------------------------------------TA----A-T----C----A---AGGT-T--AAGTGA-CT----CTAA------AGA-C-CT-TG
gi|78166                      :             -AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-AA-CA----GGAC------CT--A-TAAC-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78167                      :             -AG-ACGTAT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------A-A----T-AA-CA----GGACAGAATAAT--A-GAAG-------C--TT--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-A-CT-TGA
gi|78168                      :             -AG-AC--AT----GG-AA-TA-TTTA----G--AAA---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-AA-CA----GTAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--ACATGA-C-----CTTG-------GA-C-CC-TGA
gi|78169                      :             -AG-AC--AT----GA-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A------------------------------------------------------T-TG----GGAA------CA--G-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----C---AGGT-C----GTGA-CC----T---------TGA-C-CT-a
gi|78170                      :                -AC--ATT---AG-GA-TCGCTCA----G--AAA---T-G-A-----------A-----------A-------------A-G-----------G-A----G-GTATGTTTTGGAC------CT--A-CAAAG------C--TA--GGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-AG----CCAG------T
gi|78171                      :                -AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--ATA-----G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------A-T----T-GA-TG----GGAT------CA--A-CAAA-------G--TG--TTT-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78172                      :                -AC--AT----GG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-AT----------A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GA-AA----GGTC------CC--A-CAAA-------C--TA--GT
gi|78173                      :                   --AT----GG----TT-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A----A-GA-CA----TGAC------CT--A-CAAA-------CAGTA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGGAA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78174                      :                   --AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----G-TT-TG----CGAT------CT--A-CAAA-------C--TA--GGC-T----C----A---AGGT-T--AGATGA-
gi|78175                      :                            G-AA-TA-TTCG----G--AAA---T-T-CT-----G----A-----------A-------------T-G-----------G-A----T-GA-TG----GGAT------CT--A-GAAA-------T--TA--GTA-C----C----A---AGGT-T--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-TT-TG
gi|78176                      :                             -GA-TC-TTCAATCAG--AAA---T-G-TT-----G----T-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GA-TA----G-AT------TT--A-CAA--------T--TAT-GTA-T----C----A---AGGT-T--AAGATA-CT----CAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78177                      :                             -GA-TC-TCTG----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A----T-AA-TG----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CAAG------TGA-C-CT-
gi|78178                      :                                -TC-TTCA----G--AAAA--T-G-AG-----A----A-----------T-------------G-G-----------A-A----T-GA-TG----GGGC------CT--A--AAA-------C--TA--GTA-C----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------T
gi|78179                      :                                                                                                                                                AAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AAGC-C--AAGTGA-CT----CTAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78180                      : cttgaaaatatgatagagtcctgaggtcttcgaC-TTCA-------AAA---T----T-----A----A-----------G-------------A-G-----------T-A------GA-TG----AAACAT----CT--G-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78181                      :                                   -TTCA----G--AAAATAT-G-AT-----A----A-----------AGTCGTGGAGTCAGA-G-----------G-A----T-GA-CA----AAGC------TT--A-C----------C--TA--GTA-T----C----A---AGGG-G--AAGTTA-CT----CCAG------TGA-T-CT-TGA
gi|78182                      :                                      CA----G--AAA---TTG-AT-----AGAAAA-----------A-------------A-G-----------G-AAA--T-GA-TA----AGA--------T--T-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGAT-C--AAATGA-GT----CCTG------TGA-C-CT-TGA
gi|78183                      :                                       A----A--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-AT-TG----TGAT------CT--T-CAAA-------A--TG--GTA-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CCTTGACCTT------TGA-C-CT-TGA
gi|78184                      :                                       A----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------A-A----T-GA-TG----AGAT------CTCTA-GAAA-------A--TA--GAA-T----C----A---AGGT-G--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-a
gi|78185                      :                                       A----G--AAA---T-G-A-------------------------------------A-G-----------G-T----T-AA-TG----AGAC-------T--A-TCAA-------T--TA--GTA-T----C----A---AGTT-C--AAATGA-CT----CCA-------TGA-C-CT-TGA
gi|78187                      :                                             --AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-A-----------G-A----T-GT-TG----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---ACGT-C--GGATGA-TA----CCA
gi|78188                      :                                                AG---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-A-----------G-A----T-AA-TA----GGAA------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AA---C--AAGTGA-CT----TCAG------TGATC-CT-TGA
gi|78189                      :                                                AA---T-G--C-----A----A-----------A-------------ATG-----------G-A----G-GT-CC----ACAC------CT--A-CGAG-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----TCAG------TGG-C-CT-TAA
gi|78190                      :                                                 A---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A----T-GA-CA----GGAC------CT--A-CAAAAAACTAAC--TA--GTG-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-
gi|78191                      :                                                                 ----A-----------A-------------A-G-----------G-A----T-GT-TG----GGAT------CT--A-CTAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGGC-C--AAGCTA-CT----CC
gi|78192                      :                                                                                                  -----------G-G----T-GA-TG----AGAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGG-CC----T---------TGA-C-CTCTGA
gi|78193                      :                                                                                                  -----------G-G----T-GA-TG----AGAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGG-CC----T---------TGA-C-CTCTGA
gi|78194                      :                                                                                                                                GAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----G----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCTA------TGG-C-CT-TGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78098 ): TATAGAGCCATGGGCTCTATCAAAAATGAAGAAAAATGTTGAGACCACACTAGGATCAA






Alignments
lowQualScore                  :                             0  0  00  1111  0  0  0    2222 00   111 0 0  2222222222 9999999999999999999999999 0 22222222222 0 444 0 777777777    111111  00 0    2222222222  11   0 1111 0000 111    0 00      1  1111    111111   0 0  1   
lowQualScore                  :                             .  .  ..  ....  .  .  .    .... ..   ... . .  .......... ......................... . ........... . ... . .........    ......  .. .    ..........  ..   . .... .... ...    . ..      .  ....    ......   . .  .   
lowQualScore                  :                             5  5  77  6666  5  5  5    0000 66   222 4 4  9999999999 5555555555555555555555555 9 00000000000 4 777 4 222222222    888888  66 4    5555555555  00   4 3333 9999 555    4 66      3  6666    444444   5 5  1   
consensus                     :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
Reference ( family-250 )      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78092                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---A-A-AC-A----AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TC--------TGA-C-CT-
gi|78093                      :                       ttATAG-AG-AC---T----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------GAA---A-A-AC-A----AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TC--------TGA-C-CT-caa
gi|78094                      :                       ttATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----GGAAAA---T-G-AT-----C----A-----------G-------------A-G-----------G-A---A-A-AC-AT---AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TCTG-------GA-C-CT-caa
gi|78095                      :                       ttATAG-AT-AC--ATTCTTAG-AA-TT-TTCA----G--CAA---T-G-TT-----A----A-----------G-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----GCAC------TT----CAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT--------AA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGAcaa
gi|78096                      :                           tc-AG-TC--AC----GG-GG-TC-TTCA----G--AAG---T-G-AG-----A----A---------------------------------------G-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A-TAAA-------C--TA--AAC-TC---C----G---AGGT-C--AAGTTA--T----TCA--------GA-C-CA-TGAa
gi|78097                      :                 ttatatgatTAG-AG-AC--AT----GT--A-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-GT--T-A-AT-G----AAAT------CT--A--AAA-------T--TA--GTA-T----T----A---GGGT-C--TAGGGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGAa
gi|78099                      :                       tgATAG-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----C----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAT------GT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AGTTGA-CT----TCAG------TGG-C-CT-TGA
gi|78100                      :                            t-AG-GC--AT----CG-AA-TC-TTCG----A--AAA---T-G-AT-----G----A-----------G-------------A-T-----------G-A---T-G-TT-G----GGAA------CT--A-CAAA-------T--TA--GGA-T----
gi|78102                      :                    tacacATAG-GG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----ATTAT-------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----TGAC------CT--A-CAAA-------G--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78103                      :                         ATAG-GG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----ATTATA------A-------------G-G-----------G-A---T-G-TT-G----TGAC------CT--A-CAAG----------TA--GTAAT----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78104                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-TA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-G---TTA-AT-G----AAAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----T----A---GGGT-C--TAGGGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78105                      :                         ATAC-AC-AC--AT----AG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-A-----------A-----------A-------------A-G-----------G-A---G-GTAT-GTTT-GGAC------CT--A-CAAG-------C--TA--GGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CA----CCAG------T
gi|78106                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GA-AA--C-TTCAT---A--AAA---T-ATAT-----A----A-----------A-------------A-------------------T-G-AT-G----TAGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-C----------------------------CT----CCAT------TGA-C-CT-TGA
gi|78107                      :                         ATAA-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----AGAT------CT--G-CACC-------T--TG--GTT-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78108                      :                         ATAG-AG-TC--AT----GA-GG-TT-TTTA----G--AAA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------G-A-----------G-A---T-A-AT-G----GGGC------CT--A-CAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TTA-C-CT-TGA
gi|78109                      :                         ATAG-AT-AT--AT----GG-GA-TA-ATCA----G--AAA---T-G-TT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----G----A---AGAT-C--AAGTGA-
gi|78110                      :                         ATAG-AG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--ATA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAT-------G--TA--GTA-C----C----A---AAAC-C--AAGAGG-TT----CCAG------TGA-T-GT-TGA
gi|78111                      :                         ATAA-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------T-------------A-G-----------G-A---T---------------------CT--C-TAAA-------C--TT--GTA-T----CAATTA---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TG
gi|78112                      :                         ATAG-GG-AG--AT----GG-GA-TT-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------CT--A-TAAA-------T--TG--ATA-T----T----A---AGGT-C--AATTGA-CT----ACAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78113                      :                         ATAG-GG-AG--AT----GGAGA-TT-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TG--ATA-T----T----A---AGGT-C--AATTGA-CT----ACAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78114                      :                         ATAG-AG-GT--AT----GG-GG-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------GT--A-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGAT-T--AAATAA--T----ACAA------TG
gi|78115                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--ATA---T------------------------------------------------------------------T-G----TGAT------CT--T-CAAA-------A--TG--GAA-T----C----G---AGGA-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-TT-TGAtttttgga
gi|78116                      :                         ACAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTTA----G--AAA---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A---T-------------------------A-CAAA-------C--TA--GTT-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78117                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-A-TT-G----TGAT------CT--T-CAAA-------T--TG--ATA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-Ca
gi|78118                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA------C----A---ATGT-T--AAGTGA-TA----CCAG------
gi|78119                      :                         ATAGTAG-AC--AC----AG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----A----A---------------------------------------G-A---T-A-AT-A----GGGC------CT--A-TAAA-------T--TT--GTA-T----C----G---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78120                      :                         ATAG-AG-TC--AT----GC-GA-TC-TTAA----G--AAA-----------------------------------------------G-----------G-A---T-G-TT-G----AGAT------CT--A-CAAA-------T--TG--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-CC-TGA
gi|78121                      :                         ATAG-AG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--GTA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-GC-A----GGAC------GT--A-C----------C--T-----------------A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78122                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTTA----G--ATG---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------A-A---T------G----TGAC------CT--C-TAAA-------C--TATTGTA-T----
gi|78123                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GA-AT-TC-TTTA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAC------CT--A-TAAA-------G--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CG----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78124                      :                         ATAG-AT-AG--AT----GG-GG-TT-TTCA----G--ACA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------G-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A-AAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----ACAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78125                      :                         ATAG-AG-AT--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AA----T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-----T-G-GTTG----GGAT------CT--A-CAAA-------T--CG--GTA-T----C----A---AGAT-T--AAGTAA-TA----CCAG------
gi|78126                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-TA-TC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----T----A-----------G-------------A-A-----------G-A---T-A-AC-A----GGAT------AT--A-TCAA-------C--TT--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGA-AT----TCAT------TGA-C-CT-
gi|78127                      :                         ATAG-AG-TC--AT----GA-GG-TC-TGCA----A--AAG---T-G--C-----A----A-----------A-------------GTG-----------G-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTTA-CT----CAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78128                      :                         ATAC-AG-AC--AT----GG-GA-GT-TCCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-G----GG-T------AT--A-CAAA-------T--TG--GGA-T----T----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAGTTACAATGA-C-CT-
gi|78129                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GA-AG-TT-TTGA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A--------------------------------AAT-------C--TT--GTA-C----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----GCAG------AGA-C-CG-TGA
gi|78130                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---AAGT-C--TAGT
gi|78131                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---AAGT-C--TAGT
gi|78132                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GG-TC-TTCG----G--GAA---T-G-GT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GAAT------CT--A-CAAA-------T--CA--GAA-C----C----AATCAGGT-C--AAGTGA-CT----CAAG------TGA-A-CT-TG
gi|78133                      :                         ATAG-AG-GC--AT----GG-GA-CC-T-CA----G--AAA---T-G-TT-----G----G-----------A-------------ATG-----------G-A---T-T-TT-G----GGGT------CT--T-CAAA-------T--TG--GAA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-CATT-TGAga
gi|78134                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AA-----A----ATCCATTTCTG-A-------------A-GATCCCAAACATG-A---T-A-AC-A----GGAT------TT--A-TAAA-------C--TG--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CA-TGA
gi|78135                      :                         ATTG-AG-AA--AT----TG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-C--T-----A---------------------------------------------------------G----GGTC------TT--A--AAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78136                      :                         ATAG-AG-AA--AT----AG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------AGC-----------A-G-----------T-T---T-G-A------------------------GAA-------C--TA--GAA-T----C----A---AATT-G--AAGTGA-TA----CCAG------
gi|78137                      :                         ATAG-AG-TC--CT----GA-GG-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-G---T-G-AC-A----GGGC------TT--A-CAAA-------C--T---GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGAGA-CT----TAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78138                      :                         ATAG-AA-AC--CT----GG-GA-TC-ACCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--T-TAAA-------C--TG--GTA-T----A----A---AGG--C--AGTTGA-CT----CCAG------TGT-C-CT-TGA
gi|78139                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAG---C-G-AT-----C----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA----------TC--G---T----T----A---AGTTCC--AAGTGA-CT----TCAT------TGA-A-CT-TGA
gi|78140                      :                         ACAG-AG-AC--AT----AC-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A-----------------------------------------------------------------T------CT--A-TAAA-------T--TG--GTA-G----C----A---AGAT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGT-C-CT-TGA
gi|78141                      :                         ATAG-AG-AC--AT----AG-AA-TC-ATCA----G--AAA---T-T-ATTCTATA----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--AGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-
gi|78142                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GAGCC-TTCAAG--G--AAA-----G-ATT----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-T-GT-G----GGGT------CT--T-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGTT-TCAAAGTAA-C-----CAAG------TGA---CT-TGA
gi|78143                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----A--ATA---T-G-A-------------------------------------A-G-----------A-A---T-G-AT-A----AAAT------CT--A-CAAA----------TG--TTA-T----C----A---AGGT-G--AAGTTA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGa
gi|78144                      :                         ATAG-AA-TC--AT----GA-G-----TCCA----G--AAA---T-G-AA-----A----A-----------G-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----AGGC------CT--A-CAAT-------C--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTTA-CT----CAAG------TGA-C-ga
gi|78145                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-GG-TC-ATCA----G--AAA---T-G-ATGG---A----AATTTCTGATGGA-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----AGGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-TCATGC----A---AGTT-C--AAGGGA-TG----CCAG------T
gi|78146                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-AA-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-
gi|78147                      :                         ATAG-AC-AT--AT--------A-TC-TTGA----G--ATA---C-G-AT-----G----A-----------A-------------A-A-----------G-A---T-G-AT-A----GGAT------GT--A-TACA-------T--TA--GTA-T----G----T---AGGT-C--AAGTAA-CT----CTAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78148                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-AA-CT-TTCA----G--AAA---T-A-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CACA-------C--TA--GAA-T----C----A---AGGT-
gi|78149                      :                         ATAG-AG-GC--AT----AA-GT-TC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A------------------------------------------------------------T------CT--A-CAAA-------T--TC--TTG-T----C----A---AGGT-C--ATTTGA-AT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78150                      :                         ATAC-AG-AC---T----GA-GC-TC-TACA----G--ATG---T-G-TT-----A----A----------------------------------------------------G----GG--------TT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---ATTT-T--AAGTGA-CT----CCAT------TGA-C-CT-
gi|78151                      :                          TAT-AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAC------CT--A-TAAC-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CC----TC--------TGA-C-CT-CG
gi|78152                      :                          TAG-AG-AC--GT----GG-GA-AC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A-----------C-------------A-G-----------G-A---T-A--------------------T--ATCAA-------------------T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TAG-C-CT-TGAga
gi|78153                      :                                                                                                                                                GAT------CT--A-CAAG-------T--TA--GTA-T----C----A---ATGC-C--AAGATA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78154                      : taaagacataaaatcttcatattgtTAG-CA-AC--AC----AA-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--A-TAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TTGA--CCTC------TGA-C-CT-TGA
gi|78155                      :                          TAA-GG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--ATA---T-G-GT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GTAC------CT--A-CAAG-------G--TA--GTA-C----T----A---AGCT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-a
gi|78156                      :                          TGG-AG-AT--GT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAT---A-G-AA-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-C---T-G-AA-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-----------------GT-C--AAGTGA-TT----CTAG------TGA-C-CA-TGA
gi|78157                      :                           AG-AA-AC--AG----AT-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--ATA-T----C----A---AAGG-C--AAGTAA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78159                      :                           AG-AG-AC--AT----GA-AA-CC-ATCA----T--AAA---T-G-AT-----G----G-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-TT-G----TGAT------CT--C-TAAC-------T--TG--GTA-T----C----A---ATGT-C--AAGTGA-TT----CTAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78160                      :                           AG-AG-AA--A---------A-TC-TTCA----G--AAA---C-G-AG-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-A----GGAT------CT--A-CATA-------C--TT--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTAA-Ca
gi|78161                      :                           AA-AA-AC--AT----GC-GA-TC-TTC-------------------T-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------G--TA--ATG-T----C----A---ATGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGActtgacttatgaa
gi|78162                      :                           AG-AGCAG--AC----GG-GA-TT-CTCA----G--AAA---C-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-GT-A----GGAC------CT--A-CAAA-------T--AA--GTA-T----C----AATTAGGT-C--ACGTGA-CT----CTAG------TAA-T-TT-TGA
gi|78163                      :                           AG-AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--G-------------------------------------------------G-----------G-A---G-A-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--TTG-T----C----A---CAGT-C--AAGTGA-CT----CCAA------TGA-C-CT-TGA
gi|78164                      :                             -AG-AG--AT----GG-GA-GC-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A---T-A-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78165                      :                             -AG-AG--AT----AG-GA-TT-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A---T-A---------------------------------------TA----A-T----C----A---AGGT-T--AAGTGA-CT----CTAA------AGA-C-CT-TG
gi|78166                      :                             -AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAC------CT--A-TAAC-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78167                      :                             -AG-ACGTAT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------A-A---T-A-AC-A----GGACAGAATAAT--A-GAAG-------C--TT--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-A-CT-TGA
gi|78168                      :                             -AG-AC--AT----GG-AA-TA-TTTA----G--AAA---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GTAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--ACATGA-C-----CTTG-------GA-C-CC-TGA
gi|78169                      :                             -AG-AC--AT----GA-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT----------------------------------------------------A---T----T-G----GGAA------CA--G-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----C---AGGT-C----GTGA-CC----T---------TGA-C-CT-a
gi|78170                      :                                -AC--ATT---AG-GA-TCGCTCA----G--AAA---T-G-A-----------A-----------A-------------A-G-----------G-A---G-GTAT-GTTTTGGAC------CT--A-CAAAG------C--TA--GGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-AG----CCAG------T
gi|78171                      :                                -AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--ATA-----G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------A-T---T-G-AT-G----GGAT------CA--A-CAAA-------G--TG--TTT-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78172                      :                                -AC--AT----GG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-AT----------A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AA-A----GGTC------CC--A-CAAA-------C--TA--GT
gi|78173                      :                                   --AT----GG----TT-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A---A-G-AC-A----TGAC------CT--A-CAAA-------CAGTA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGGAA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78174                      :                                   --AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---G-T-TT-G----CGAT------CT--A-CAAA-------C--TA--GGC-T----C----A---AGGT-T--AGATGA-
gi|78175                      :                                            G-AA-TA-TTCG----G--AAA---T-T-CT-----G----A-----------A-------------T-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGAT------CT--A-GAAA-------T--TA--GTA-C----C----A---AGGT-T--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-TT-TG
gi|78176                      :                                             -GA-TC-TTCAATCAG--AAA---T-G-TT-----G----T-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-A----G-AT------TT--A-CAA--------T--TAT-GTA-T----C----A---AGGT-T--AAGATA-CT----CAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78177                      :                                             -GA-TC-TCTG----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A---T-A-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CAAG------TGA-C-CT-
gi|78178                      :                                                -TC-TTCA----G--AAAA--T-G-AG-----A----A-----------T-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A--AAA-------C--TA--GTA-C----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------T
gi|78179                      :                                                                                                                                                                AAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AAGC-C--AAGTGA-CT----CTAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78180                      :                 cttgaaaatatgatagagtcctgaggtcttcgaC-TTCA-------AAA---T----T-----A----A-----------G-------------A-G-----------T-A-----G-AT-G----AAACAT----CT--G-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78181                      :                                                   -TTCA----G--AAAATAT-G-AT-----A----A-----------AGTCGTGGAGTCAGA-G-----------G-A---T-G-AC-A----AAGC------TT--A-C----------C--TA--GTA-T----C----A---AGGG-G--AAGTTA-CT----CCAG------TGA-T-CT-TGA
gi|78182                      :                                                      CA----G--AAA---TTG-AT-----AGAAAA-----------A-------------A-G-----------G-AAA-T-G-AT-A----AGA--------T--T-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGAT-C--AAATGA-GT----CCTG------TGA-C-CT-TGA
gi|78183                      :                                                       A----A--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-A-TT-G----TGAT------CT--T-CAAA-------A--TG--GTA-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CCTTGACCTT------TGA-C-CT-TGA
gi|78184                      :                                                       A----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----AGAT------CTCTA-GAAA-------A--TA--GAA-T----C----A---AGGT-G--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-a
gi|78185                      :                                                       A----G--AAA---T-G-A-------------------------------------A-G-----------G-T---T-A-AT-G----AGAC-------T--A-TCAA-------T--TA--GTA-T----C----A---AGTT-C--AAATGA-CT----CCA-------TGA-C-CT-TGA
gi|78187                      :                                                             --AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-A-----------G-A---T-G-TT-G----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---ACGT-C--GGATGA-TA----CCA
gi|78188                      :                                                                AG---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-A-----------G-A---T-A-AT-A----GGAA------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AA---C--AAGTGA-CT----TCAG------TGATC-CT-TGA
gi|78189                      :                                                                                                                                                 AC------CT--A-CGAG-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----TCAG------TGG-C-CT-TAA
gi|78190                      :                                             aatgcaaaatggaggtccacA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--A-CAAAAAACTAAC--TA--GTG-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-
gi|78191                      :                                                                                 ----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------CT--A-CTAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGGC-C--AAGCTA-CT----CC
gi|78192                      :                                                                                                                  -----------G-G---T-G-AT-G----AGAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGG-CC----T---------TGA-C-CTCTGA
gi|78193                      :                                                                                                                  -----------G-G---T-G-AT-G----AGAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGG-CC----T---------TGA-C-CTCTGA
gi|78194                      :                                                                                                                                                GAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----G----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCTA------TGG-C-CT-TGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78098 ): TATAGAGCCATGGGCTCTATCAAAAATGAAGAAAAATGTTGAGACCACACTAGGATCAA






Alignments
lowQualScore                  :                             0  0  00  1111  0  0  0    2222 00   111 0 0  2222222222 9999999999999999999999999 0 22222222222 0 444 0 777777777    111111  00 0    2222222222  11   0 1111 0000 111    0 00      1  1111    111111   0 0  1   
lowQualScore                  :                             .  .  ..  ....  .  .  .    .... ..   ... . .  .......... ......................... . ........... . ... . .........    ......  .. .    ..........  ..   . .... .... ...    . ..      .  ....    ......   . .  .   
lowQualScore                  :                             5  5  77  6666  5  5  5    0000 66   222 4 4  9999999999 5555555555555555555555555 9 00000000000 4 777 4 222222222    888888  66 4    5555555555  00   4 3333 9999 555    4 66      3  6666    444444   5 5  1   
consensus                     :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
Reference ( family-250 )      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78092                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---A-A-AC-A----AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TC--------TGA-C-CT-
gi|78093                      :                       ttATAG-AG-AC---T----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------GAA---A-A-AC-A----AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TC--------TGA-C-CT-caa
gi|78094                      :                       ttATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----GGAAAA---T-G-AT-----C----A-----------G-------------A-G-----------G-A---A-A-AC-AT---AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TCTG-------GA-C-CT-caa
gi|78095                      :                       ttATAG-AT-AC--ATTCTTAG-AA-TT-TTCA----G--CAA---T-G-TT-----A----A-----------G-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----GCAC------TT----CAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT--------AA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGAcaa
gi|78096                      :                           tc-AG-TC--AC----GG-GG-TC-TTCA----G--AAG---T-G-AG-----A----A---------------------------------------G-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A-TAAA-------C--TA--AAC-TC---C----G---AGGT-C--AAGTTA--T----TCA--------GA-C-CA-TGAa
gi|78097                      :                 ttatatgatTAG-AG-AC--AT----GT--A-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-GT--T-A-AT-G----AAAT------CT--A--AAA-------T--TA--GTA-T----T----A---GGGT-C--TAGGGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGAa
gi|78099                      :                       tgATAG-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----C----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAT------GT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AGTTGA-CT----TCAG------TGG-C-CT-TGA
gi|78100                      :                            t-AG-GC--AT----CG-AA-TC-TTCG----A--AAA---T-G-AT-----G----A-----------G-------------A-T-----------G-A---T-G-TT-G----GGAA------CT--A-CAAA-------T--TA--GGA-T----
gi|78102                      :                    tacacATAG-GG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----ATTAT-------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----TGAC------CT--A-CAAA-------G--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78103                      :                         ATAG-GG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----ATTATA------A-------------G-G-----------G-A---T-G-TT-G----TGAC------CT--A-CAAG----------TA--GTAAT----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78104                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-TA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-G---TTA-AT-G----AAAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----T----A---GGGT-C--TAGGGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78105                      :                         ATAC-AC-AC--AT----AG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-A-----------A-----------A-------------A-G-----------G-A---G-GTAT-GTTT-GGAC------CT--A-CAAG-------C--TA--GGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CA----CCAG------T
gi|78106                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GA-AA--C-TTCAT---A--AAA---T-ATAT-----A----A-----------A-------------A-------------------T-G-AT-G----TAGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-C----------------------------CT----CCAT------TGA-C-CT-TGA
gi|78107                      :                         ATAA-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----AGAT------CT--G-CACC-------T--TG--GTT-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78108                      :                         ATAG-AG-TC--AT----GA-GG-TT-TTTA----G--AAA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------G-A-----------G-A---T-A-AT-G----GGGC------CT--A-CAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TTA-C-CT-TGA
gi|78109                      :                         ATAG-AT-AT--AT----GG-GA-TA-ATCA----G--AAA---T-G-TT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----G----A---AGAT-C--AAGTGA-
gi|78110                      :                         ATAG-AG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--ATA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAT-------G--TA--GTA-C----C----A---AAAC-C--AAGAGG-TT----CCAG------TGA-T-GT-TGA
gi|78111                      :                         ATAA-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------T-------------A-G-----------G-A---T---------------------CT--C-TAAA-------C--TT--GTA-T----CAATTA---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TG
gi|78112                      :                         ATAG-GG-AG--AT----GG-GA-TT-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------CT--A-TAAA-------T--TG--ATA-T----T----A---AGGT-C--AATTGA-CT----ACAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78113                      :                         ATAG-GG-AG--AT----GGAGA-TT-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TG--ATA-T----T----A---AGGT-C--AATTGA-CT----ACAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78114                      :                         ATAG-AG-GT--AT----GG-GG-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------GT--A-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGAT-T--AAATAA--T----ACAA------TG
gi|78115                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--ATA---T------------------------------------------------------------------T-G----TGAT------CT--T-CAAA-------A--TG--GAA-T----C----G---AGGA-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-TT-TGAtttttgga
gi|78116                      :                         ACAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTTA----G--AAA---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A---T-------------------------A-CAAA-------C--TA--GTT-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78117                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-A-TT-G----TGAT------CT--T-CAAA-------T--TG--ATA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-Ca
gi|78118                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA------C----A---ATGT-T--AAGTGA-TA----CCAG------
gi|78119                      :                         ATAGTAG-AC--AC----AG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----A----A---------------------------------------G-A---T-A-AT-A----GGGC------CT--A-TAAA-------T--TT--GTA-T----C----G---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78120                      :                         ATAG-AG-TC--AT----GC-GA-TC-TTAA----G--AAA-----------------------------------------------G-----------G-A---T-G-TT-G----AGAT------CT--A-CAAA-------T--TG--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-CC-TGA
gi|78121                      :                         ATAG-AG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--GTA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-GC-A----GGAC------GT--A-C----------C--T-----------------A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78122                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTTA----G--ATG---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------A-A---T------G----TGAC------CT--C-TAAA-------C--TATTGTA-T----
gi|78123                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GA-AT-TC-TTTA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAC------CT--A-TAAA-------G--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CG----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78124                      :                         ATAG-AT-AG--AT----GG-GG-TT-TTCA----G--ACA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------G-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A-AAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----ACAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78125                      :                         ATAG-AG-AT--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AA----T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-----T-G-GTTG----GGAT------CT--A-CAAA-------T--CG--GTA-T----C----A---AGAT-T--AAGTAA-TA----CCAG------
gi|78126                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-TA-TC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----T----A-----------G-------------A-A-----------G-A---T-A-AC-A----GGAT------AT--A-TCAA-------C--TT--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGA-AT----TCAT------TGA-C-CT-
gi|78127                      :                         ATAG-AG-TC--AT----GA-GG-TC-TGCA----A--AAG---T-G--C-----A----A-----------A-------------GTG-----------G-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTTA-CT----CAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78128                      :                         ATAC-AG-AC--AT----GG-GA-GT-TCCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-G----GG-T------AT--A-CAAA-------T--TG--GGA-T----T----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAGTTACAATGA-C-CT-
gi|78129                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GA-AG-TT-TTGA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A--------------------------------AAT-------C--TT--GTA-C----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----GCAG------AGA-C-CG-TGA
gi|78130                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---AAGT-C--TAGT
gi|78131                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---AAGT-C--TAGT
gi|78132                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GG-TC-TTCG----G--GAA---T-G-GT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GAAT------CT--A-CAAA-------T--CA--GAA-C----C----AATCAGGT-C--AAGTGA-CT----CAAG------TGA-A-CT-TG
gi|78133                      :                         ATAG-AG-GC--AT----GG-GA-CC-T-CA----G--AAA---T-G-TT-----G----G-----------A-------------ATG-----------G-A---T-T-TT-G----GGGT------CT--T-CAAA-------T--TG--GAA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-CATT-TGAga
gi|78134                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AA-----A----ATCCATTTCTG-A-------------A-GATCCCAAACATG-A---T-A-AC-A----GGAT------TT--A-TAAA-------C--TG--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CA-TGA
gi|78135                      :                         ATTG-AG-AA--AT----TG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-C--T-----A---------------------------------------------------------G----GGTC------TT--A--AAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78136                      :                         ATAG-AG-AA--AT----AG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------AGC-----------A-G-----------T-T---T-G-A------------------------GAA-------C--TA--GAA-T----C----A---AATT-G--AAGTGA-TA----CCAG------
gi|78137                      :                         ATAG-AG-TC--CT----GA-GG-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-G---T-G-AC-A----GGGC------TT--A-CAAA-------C--T---GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGAGA-CT----TAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78138                      :                         ATAG-AA-AC--CT----GG-GA-TC-ACCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--T-TAAA-------C--TG--GTA-T----A----A---AGG--C--AGTTGA-CT----CCAG------TGT-C-CT-TGA
gi|78139                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAG---C-G-AT-----C----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA----------TC--G---T----T----A---AGTTCC--AAGTGA-CT----TCAT------TGA-A-CT-TGA
gi|78140                      :                         ACAG-AG-AC--AT----AC-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A-----------------------------------------------------------------T------CT--A-TAAA-------T--TG--GTA-G----C----A---AGAT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGT-C-CT-TGA
gi|78141                      :                         ATAG-AG-AC--AT----AG-AA-TC-ATCA----G--AAA---T-T-ATTCTATA----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--AGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-
gi|78142                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GAGCC-TTCAAG--G--AAA-----G-ATT----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-T-GT-G----GGGT------CT--T-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGTT-TCAAAGTAA-C-----CAAG------TGA---CT-TGA
gi|78143                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----A--ATA---T-G-A-------------------------------------A-G-----------A-A---T-G-AT-A----AAAT------CT--A-CAAA----------TG--TTA-T----C----A---AGGT-G--AAGTTA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGa
gi|78144                      :                         ATAG-AA-TC--AT----GA-G-----TCCA----G--AAA---T-G-AA-----A----A-----------G-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----AGGC------CT--A-CAAT-------C--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTTA-CT----CAAG------TGA-C-ga
gi|78145                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-GG-TC-ATCA----G--AAA---T-G-ATGG---A----AATTTCTGATGGA-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----AGGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-TCATGC----A---AGTT-C--AAGGGA-TG----CCAG------T
gi|78146                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-AA-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-
gi|78147                      :                         ATAG-AC-AT--AT--------A-TC-TTGA----G--ATA---C-G-AT-----G----A-----------A-------------A-A-----------G-A---T-G-AT-A----GGAT------GT--A-TACA-------T--TA--GTA-T----G----T---AGGT-C--AAGTAA-CT----CTAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78148                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-AA-CT-TTCA----G--AAA---T-A-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CACA-------C--TA--GAA-T----C----A---AGGT-
gi|78149                      :                         ATAG-AG-GC--AT----AA-GT-TC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A------------------------------------------------------------T------CT--A-CAAA-------T--TC--TTG-T----C----A---AGGT-C--ATTTGA-AT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78150                      :                         ATAC-AG-AC---T----GA-GC-TC-TACA----G--ATG---T-G-TT-----A----A----------------------------------------------------G----GG--------TT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---ATTT-T--AAGTGA-CT----CCAT------TGA-C-CT-
gi|78151                      :                          TAT-AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAC------CT--A-TAAC-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CC----TC--------TGA-C-CT-CG
gi|78152                      :                          TAG-AG-AC--GT----GG-GA-AC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A-----------C-------------A-G-----------G-A---T-A--------------------T--ATCAA-------------------T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TAG-C-CT-TGAga
gi|78153                      :                                                                                                                                                GAT------CT--A-CAAG-------T--TA--GTA-T----C----A---ATGC-C--AAGATA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78154                      : taaagacataaaatcttcatattgtTAG-CA-AC--AC----AA-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--A-TAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TTGA--CCTC------TGA-C-CT-TGA
gi|78155                      :                          TAA-GG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--ATA---T-G-GT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GTAC------CT--A-CAAG-------G--TA--GTA-C----T----A---AGCT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-a
gi|78156                      :                          TGG-AG-AT--GT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAT---A-G-AA-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-C---T-G-AA-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-----------------GT-C--AAGTGA-TT----CTAG------TGA-C-CA-TGA
gi|78157                      :                           AG-AA-AC--AG----AT-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--ATA-T----C----A---AAGG-C--AAGTAA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78159                      :                           AG-AG-AC--AT----GA-AA-CC-ATCA----T--AAA---T-G-AT-----G----G-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-TT-G----TGAT------CT--C-TAAC-------T--TG--GTA-T----C----A---ATGT-C--AAGTGA-TT----CTAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78160                      :                           AG-AG-AA--A---------A-TC-TTCA----G--AAA---C-G-AG-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-A----GGAT------CT--A-CATA-------C--TT--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTAA-Ca
gi|78161                      :                           AA-AA-AC--AT----GC-GA-TC-TTC-------------------T-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------G--TA--ATG-T----C----A---ATGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGActtgacttatgaa
gi|78162                      :                           AG-AGCAG--AC----GG-GA-TT-CTCA----G--AAA---C-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-GT-A----GGAC------CT--A-CAAA-------T--AA--GTA-T----C----AATTAGGT-C--ACGTGA-CT----CTAG------TAA-T-TT-TGA
gi|78163                      :                           AG-AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--G-------------------------------------------------G-----------G-A---G-A-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--TTG-T----C----A---CAGT-C--AAGTGA-CT----CCAA------TGA-C-CT-TGA
gi|78164                      :                             -AG-AG--AT----GG-GA-GC-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A---T-A-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78165                      :                             -AG-AG--AT----AG-GA-TT-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A---T-A---------------------------------------TA----A-T----C----A---AGGT-T--AAGTGA-CT----CTAA------AGA-C-CT-TG
gi|78166                      :                             -AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAC------CT--A-TAAC-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78167                      :                             -AG-ACGTAT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------A-A---T-A-AC-A----GGACAGAATAAT--A-GAAG-------C--TT--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-A-CT-TGA
gi|78168                      :                             -AG-AC--AT----GG-AA-TA-TTTA----G--AAA---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GTAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--ACATGA-C-----CTTG-------GA-C-CC-TGA
gi|78169                      :                             -AG-AC--AT----GA-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT----------------------------------------------------A---T----T-G----GGAA------CA--G-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----C---AGGT-C----GTGA-CC----T---------TGA-C-CT-a
gi|78170                      :                                -AC--ATT---AG-GA-TCGCTCA----G--AAA---T-G-A-----------A-----------A-------------A-G-----------G-A---G-GTAT-GTTTTGGAC------CT--A-CAAAG------C--TA--GGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-AG----CCAG------T
gi|78171                      :                                -AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--ATA-----G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------A-T---T-G-AT-G----GGAT------CA--A-CAAA-------G--TG--TTT-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78172                      :                                -AC--AT----GG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-AT----------A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AA-A----GGTC------CC--A-CAAA-------C--TA--GT
gi|78173                      :                                   --AT----GG----TT-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A---A-G-AC-A----TGAC------CT--A-CAAA-------CAGTA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGGAA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78174                      :                                   --AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---G-T-TT-G----CGAT------CT--A-CAAA-------C--TA--GGC-T----C----A---AGGT-T--AGATGA-
gi|78175                      :                                            G-AA-TA-TTCG----G--AAA---T-T-CT-----G----A-----------A-------------T-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGAT------CT--A-GAAA-------T--TA--GTA-C----C----A---AGGT-T--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-TT-TG
gi|78176                      :                                             -GA-TC-TTCAATCAG--AAA---T-G-TT-----G----T-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-A----G-AT------TT--A-CAA--------T--TAT-GTA-T----C----A---AGGT-T--AAGATA-CT----CAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78177                      :                                             -GA-TC-TCTG----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A---T-A-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CAAG------TGA-C-CT-
gi|78178                      :                                                -TC-TTCA----G--AAAA--T-G-AG-----A----A-----------T-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A--AAA-------C--TA--GTA-C----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------T
gi|78179                      :                                                                                                                                                                AAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AAGC-C--AAGTGA-CT----CTAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78180                      :                 cttgaaaatatgatagagtcctgaggtcttcgaC-TTCA-------AAA---T----T-----A----A-----------G-------------A-G-----------T-A-----G-AT-G----AAACAT----CT--G-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78181                      :                                                   -TTCA----G--AAAATAT-G-AT-----A----A-----------AGTCGTGGAGTCAGA-G-----------G-A---T-G-AC-A----AAGC------TT--A-C----------C--TA--GTA-T----C----A---AGGG-G--AAGTTA-CT----CCAG------TGA-T-CT-TGA
gi|78182                      :                                                      CA----G--AAA---TTG-AT-----AGAAAA-----------A-------------A-G-----------G-AAA-T-G-AT-A----AGA--------T--T-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGAT-C--AAATGA-GT----CCTG------TGA-C-CT-TGA
gi|78183                      :                                                       A----A--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-A-TT-G----TGAT------CT--T-CAAA-------A--TG--GTA-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CCTTGACCTT------TGA-C-CT-TGA
gi|78184                      :                                                       A----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----AGAT------CTCTA-GAAA-------A--TA--GAA-T----C----A---AGGT-G--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-a
gi|78185                      :                                                       A----G--AAA---T-G-A-------------------------------------A-G-----------G-T---T-A-AT-G----AGAC-------T--A-TCAA-------T--TA--GTA-T----C----A---AGTT-C--AAATGA-CT----CCA-------TGA-C-CT-TGA
gi|78187                      :                                                             --AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-A-----------G-A---T-G-TT-G----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---ACGT-C--GGATGA-TA----CCA
gi|78188                      :                                                                AG---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-A-----------G-A---T-A-AT-A----GGAA------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AA---C--AAGTGA-CT----TCAG------TGATC-CT-TGA
gi|78189                      :                                                                                                                                                 AC------CT--A-CGAG-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----TCAG------TGG-C-CT-TAA
gi|78190                      :                                             aatgcaaaatggaggtccacA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--A-CAAAAAACTAAC--TA--GTG-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-
gi|78191                      :                                                                                 ----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------CT--A-CTAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGGC-C--AAGCTA-CT----CC
gi|78192                      :                                                                                                                  -----------G-G---T-G-AT-G----AGAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGG-CC----T---------TGA-C-CTCTGA
gi|78193                      :                                                                                                                  -----------G-G---T-G-AT-G----AGAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGG-CC----T---------TGA-C-CTCTGA
gi|78194                      :                                                                                                                                                GAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----G----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCTA------TGG-C-CT-TGA


blockSeqs                     :                                       TCTT             ATCA      ATA      TCTATA     AGTCGTGGAGTCAG              ATCCCAAACAT   GTT   TATGTTTT     AGAATA          AAACTAAC           CATG      ATC              T  TTGA    TTACAA        C
blockSeqs                     :                                       T                AG        A        AGAAA      ATTTCTGATGGA                .             GTT   TATGTTT      AT              CAG                C         ATT              T  GA      .             C
blockSeqs                     :                                       .                T         .        GGA        TCCATTTCTGA                 .             GTT   ACAT         .               GC                 .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        TG         TTATAA                      .             GTT   GTTG         .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          TTATA                       .             GTT   ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        C          AGC                         .             AA    ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             T     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     ATG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        C          A                           .             .     TTG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     TTG          .               G                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     TTG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     TTG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ATG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     TTG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ACG          .               G                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     TTG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          T                           .             .     TTG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     TTG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     TTG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ATA          .               A                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     TTG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     GCA          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     ATG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ACA          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ACG          .               G                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     TTG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        T          A                           .             .     ACA          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ATG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     GTG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ATA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     TTG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     ATA          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ACA          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     AAG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        C          A                           .             .     ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     TTG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ATA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     ATG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          C                           .             .     GTA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ATG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     ACA          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     AAA          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     ACA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     TTG          .               G                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     ATA          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ATG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ATG          .               G                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ACA          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ATA          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          G                           .             .     TTG          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     TTG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ATA          .               T                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          T                           .             .     ACA          .               G                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     TTG          .               C                  .         .                .  .       .             .
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          A                           .             .     ATG          .               C                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     ATG          .               T                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     TG           .               T                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                       .                .         .        A          A                           .             .     TG           .               T                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                       .                .         .        G          G                           .             .     A            .               C                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                                        .         .        G          G                           .             .     G            .               T                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                                        .         .        G          A                           .             .     A            .               C                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                                        .         .        A          .                           .             .     A            .               C                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                                        .         .        A          .                           .             .     G            .               C                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                                        .         .        .          .                           .             .     A            .               A                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                                        .         .        .          .                           .             .     A            .               A                  .         .                .  .       .              
blockSeqs                     :                                                        .         .        .          .                           .             .     A            .               T                  .         .                .  .                      
blockSeqs                     :                                                        .         .        .          .                           .             .     G            .               C                  .         .                .  .                      
blockSeqs                     :                                                        .         .        .          .                           .             .     .            .               C                  .         .                .                         
blockSeqs                     :                                                        .         .        .          .                           .             .     .            .               C                  .         .                .                         
blockSeqs                     :                                                                  .        .          .                           .             .     .            .               T                  .         .                .                         
blockSeqs                     :                                                                  .        .          .                           .             .     .            .               T                  .         .                .                         
blockSeqs                     :                                                                  .        .          .                           .             .     .            .               T                  .         .                .                         
blockSeqs                     :                                                                                      .                           .             .     .            .               T                  .         .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                  .             .     .            .               .                  .         .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                  .             .                  .               .                  .         .                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                   .               .                  .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                   .               .                  .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                   .                                                                       


blockSeqCons                  :                         
originalCons                  :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
finalCons                     :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78098 ): TATAGAGCCATGGGCTCTATCAAAAATGAAGAAAAATGTTGAGACCACACTAGGATCAA






Alignments
lowQualScore                  :                             0  0  00  1111  0  0  0    2222 00   111 0 0  2222222222 9999999999999999999999999 0 22222222222 0 444 0 777777777    111111  00 0    2222222222  11   0 1111 0000 111    0 00      1  1111    111111   0 0  1   
lowQualScore                  :                             .  .  ..  ....  .  .  .    .... ..   ... . .  .......... ......................... . ........... . ... . .........    ......  .. .    ..........  ..   . .... .... ...    . ..      .  ....    ......   . .  .   
lowQualScore                  :                             5  5  77  6666  5  5  5    0000 66   222 4 4  9999999999 5555555555555555555555555 9 00000000000 4 777 4 222222222    888888  66 4    5555555555  00   4 3333 9999 555    4 66      3  6666    444444   5 5  1   
consensus                     :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
Reference ( family-250 )      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78092                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---A-A-AC-A----AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TC--------TGA-C-CT-
gi|78093                      :                       ttATAG-AG-AC---T----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------GAA---A-A-AC-A----AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TC--------TGA-C-CT-caa
gi|78094                      :                       ttATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----GGAAAA---T-G-AT-----C----A-----------G-------------A-G-----------G-A---A-A-AC-AT---AGAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGATCT----TCTG-------GA-C-CT-caa
gi|78095                      :                       ttATAG-AT-AC--ATTCTTAG-AA-TT-TTCA----G--CAA---T-G-TT-----A----A-----------G-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----GCAC------TT----CAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT--------AA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGAcaa
gi|78096                      :                           tc-AG-TC--AC----GG-GG-TC-TTCA----G--AAG---T-G-AG-----A----A---------------------------------------G-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A-TAAA-------C--TA--AAC-TC---C----G---AGGT-C--AAGTTA--T----TCA--------GA-C-CA-TGAa
gi|78097                      :                 ttatatgatTAG-AG-AC--AT----GT--A-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-GT--T-A-AT-G----AAAT------CT--A--AAA-------T--TA--GTA-T----T----A---GGGT-C--TAGGGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGAa
gi|78099                      :                       tgATAG-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----C----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAT------GT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AGTTGA-CT----TCAG------TGG-C-CT-TGA
gi|78100                      :                            t-AG-GC--AT----CG-AA-TC-TTCG----A--AAA---T-G-AT-----G----A-----------G-------------A-T-----------G-A---T-G-TT-G----GGAA------CT--A-CAAA-------T--TA--GGA-T----
gi|78102                      :                    tacacATAG-GG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----ATTAT-------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----TGAC------CT--A-CAAA-------G--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78103                      :                         ATAG-GG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----ATTATA------A-------------G-G-----------G-A---T-G-TT-G----TGAC------CT--A-CAAG----------TA--GTAAT----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78104                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-TA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-G---TTA-AT-G----AAAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----T----A---GGGT-C--TAGGGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78105                      :                         ATAC-AC-AC--AT----AG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-A-----------A-----------A-------------A-G-----------G-A---G-GTAT-GTTT-GGAC------CT--A-CAAG-------C--TA--GGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CA----CCAG------T
gi|78106                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GA-AA--C-TTCAT---A--AAA---T-ATAT-----A----A-----------A-------------A-------------------T-G-AT-G----TAGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-C----------------------------CT----CCAT------TGA-C-CT-TGA
gi|78107                      :                         ATAA-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----AGAT------CT--G-CACC-------T--TG--GTT-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78108                      :                         ATAG-AG-TC--AT----GA-GG-TT-TTTA----G--AAA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------G-A-----------G-A---T-A-AT-G----GGGC------CT--A-CAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TTA-C-CT-TGA
gi|78109                      :                         ATAG-AT-AT--AT----GG-GA-TA-ATCA----G--AAA---T-G-TT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----G----A---AGAT-C--AAGTGA-
gi|78110                      :                         ATAG-AG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--ATA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GGAC------CT--A-CAAT-------G--TA--GTA-C----C----A---AAAC-C--AAGAGG-TT----CCAG------TGA-T-GT-TGA
gi|78111                      :                         ATAA-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------T-------------A-G-----------G-A---T---------------------CT--C-TAAA-------C--TT--GTA-T----CAATTA---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TG
gi|78112                      :                         ATAG-GG-AG--AT----GG-GA-TT-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------CT--A-TAAA-------T--TG--ATA-T----T----A---AGGT-C--AATTGA-CT----ACAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78113                      :                         ATAG-GG-AG--AT----GGAGA-TT-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TG--ATA-T----T----A---AGGT-C--AATTGA-CT----ACAG------TGA-C-CT-TAA
gi|78114                      :                         ATAG-AG-GT--AT----GG-GG-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------GT--A-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGAT-T--AAATAA--T----ACAA------TG
gi|78115                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--ATA---T------------------------------------------------------------------T-G----TGAT------CT--T-CAAA-------A--TG--GAA-T----C----G---AGGA-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-TT-TGAtttttgga
gi|78116                      :                         ACAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTTA----G--AAA---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A---T-------------------------A-CAAA-------C--TA--GTT-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78117                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-A-TT-G----TGAT------CT--T-CAAA-------T--TG--ATA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-Ca
gi|78118                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA------C----A---ATGT-T--AAGTGA-TA----CCAG------
gi|78119                      :                         ATAGTAG-AC--AC----AG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-T-AT-----A----A---------------------------------------G-A---T-A-AT-A----GGGC------CT--A-TAAA-------T--TT--GTA-T----C----G---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78120                      :                         ATAG-AG-TC--AT----GC-GA-TC-TTAA----G--AAA-----------------------------------------------G-----------G-A---T-G-TT-G----AGAT------CT--A-CAAA-------T--TG--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-CC-TGA
gi|78121                      :                         ATAG-AG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--GTA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-GC-A----GGAC------GT--A-C----------C--T-----------------A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78122                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-AA-TC-TTTA----G--ATG---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------A-A---T------G----TGAC------CT--C-TAAA-------C--TATTGTA-T----
gi|78123                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GA-AT-TC-TTTA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAC------CT--A-TAAA-------G--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CG----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78124                      :                         ATAG-AT-AG--AT----GG-GG-TT-TTCA----G--ACA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------G-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A-AAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----ACAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78125                      :                         ATAG-AG-AT--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AA----T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-----T-G-GTTG----GGAT------CT--A-CAAA-------T--CG--GTA-T----C----A---AGAT-T--AAGTAA-TA----CCAG------
gi|78126                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-TA-TC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----T----A-----------G-------------A-A-----------G-A---T-A-AC-A----GGAT------AT--A-TCAA-------C--TT--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGA-AT----TCAT------TGA-C-CT-
gi|78127                      :                         ATAG-AG-TC--AT----GA-GG-TC-TGCA----A--AAG---T-G--C-----A----A-----------A-------------GTG-----------G-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTTA-CT----CAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78128                      :                         ATAC-AG-AC--AT----GG-GA-GT-TCCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-G----GG-T------AT--A-CAAA-------T--TG--GGA-T----T----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAGTTACAATGA-C-CT-
gi|78129                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GA-AG-TT-TTGA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A--------------------------------AAT-------C--TT--GTA-C----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----GCAG------AGA-C-CG-TGA
gi|78130                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---AAGT-C--TAGT
gi|78131                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---AAGT-C--TAGT
gi|78132                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GG-TC-TTCG----G--GAA---T-G-GT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-G----GAAT------CT--A-CAAA-------T--CA--GAA-C----C----AATCAGGT-C--AAGTGA-CT----CAAG------TGA-A-CT-TG
gi|78133                      :                         ATAG-AG-GC--AT----GG-GA-CC-T-CA----G--AAA---T-G-TT-----G----G-----------A-------------ATG-----------G-A---T-T-TT-G----GGGT------CT--T-CAAA-------T--TG--GAA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-CATT-TGAga
gi|78134                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AA-----A----ATCCATTTCTG-A-------------A-GATCCCAAACATG-A---T-A-AC-A----GGAT------TT--A-TAAA-------C--TG--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CA-TGA
gi|78135                      :                         ATTG-AG-AA--AT----TG-GA-CC-TTCA----G--AAA---T-C--T-----A---------------------------------------------------------G----GGTC------TT--A--AAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78136                      :                         ATAG-AG-AA--AT----AG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------AGC-----------A-G-----------T-T---T-G-A------------------------GAA-------C--TA--GAA-T----C----A---AATT-G--AAGTGA-TA----CCAG------
gi|78137                      :                         ATAG-AG-TC--CT----GA-GG-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AG-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-G---T-G-AC-A----GGGC------TT--A-CAAA-------C--T---GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGAGA-CT----TAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78138                      :                         ATAG-AA-AC--CT----GG-GA-TC-ACCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--T-TAAA-------C--TG--GTA-T----A----A---AGG--C--AGTTGA-CT----CCAG------TGT-C-CT-TGA
gi|78139                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-GA-CC-TTCA----G--AAG---C-G-AT-----C----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA----------TC--G---T----T----A---AGTTCC--AAGTGA-CT----TCAT------TGA-A-CT-TGA
gi|78140                      :                         ACAG-AG-AC--AT----AC-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A-----------------------------------------------------------------T------CT--A-TAAA-------T--TG--GTA-G----C----A---AGAT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGT-C-CT-TGA
gi|78141                      :                         ATAG-AG-AC--AT----AG-AA-TC-ATCA----G--AAA---T-T-ATTCTATA----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CAAA-------C--TA--AGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-
gi|78142                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GAGCC-TTCAAG--G--AAA-----G-ATT----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-T-GT-G----GGGT------CT--T-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGTT-TCAAAGTAA-C-----CAAG------TGA---CT-TGA
gi|78143                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-GA-TC-ATCA----A--ATA---T-G-A-------------------------------------A-G-----------A-A---T-G-AT-A----AAAT------CT--A-CAAA----------TG--TTA-T----C----A---AGGT-G--AAGTTA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGa
gi|78144                      :                         ATAG-AA-TC--AT----GA-G-----TCCA----G--AAA---T-G-AA-----A----A-----------G-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----AGGC------CT--A-CAAT-------C--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTTA-CT----CAAG------TGA-C-ga
gi|78145                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-GG-TC-ATCA----G--AAA---T-G-ATGG---A----AATTTCTGATGGA-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----AGGC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-TCATGC----A---AGTT-C--AAGGGA-TG----CCAG------T
gi|78146                      :                         ATAG-AG-AC--AT----GG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-AA-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-
gi|78147                      :                         ATAG-AC-AT--AT--------A-TC-TTGA----G--ATA---C-G-AT-----G----A-----------A-------------A-A-----------G-A---T-G-AT-A----GGAT------GT--A-TACA-------T--TA--GTA-T----G----T---AGGT-C--AAGTAA-CT----CTAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78148                      :                         ATAG-AA-AC--AT----GG-AA-CT-TTCA----G--AAA---T-A-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-AGTTT-G-A--------GAC------CT--A-CACA-------C--TA--GAA-T----C----A---AGGT-
gi|78149                      :                         ATAG-AG-GC--AT----AA-GT-TC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A------------------------------------------------------------T------CT--A-CAAA-------T--TC--TTG-T----C----A---AGGT-C--ATTTGA-AT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78150                      :                         ATAC-AG-AC---T----GA-GC-TC-TACA----G--ATG---T-G-TT-----A----A----------------------------------------------------G----GG--------TT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---ATTT-T--AAGTGA-CT----CCAT------TGA-C-CT-
gi|78151                      :                          TAT-AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAC------CT--A-TAAC-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CC----TC--------TGA-C-CT-CG
gi|78152                      :                          TAG-AG-AC--GT----GG-GA-AC-TTCA----A--AAA---T-G-AT-----A----A-----------C-------------A-G-----------G-A---T-A--------------------T--ATCAA-------------------T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TAG-C-CT-TGAga
gi|78153                      :                                                                                                                                                GAT------CT--A-CAAG-------T--TA--GTA-T----C----A---ATGC-C--AAGATA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78154                      : taaagacataaaatcttcatattgtTAG-CA-AC--AC----AA-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--A-TAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TTGA--CCTC------TGA-C-CT-TGA
gi|78155                      :                          TAA-GG-AC--AT----AA-CA-TC-TTCA----G--ATA---T-G-GT-----A----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GTAC------CT--A-CAAG-------G--TA--GTA-C----T----A---AGCT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-a
gi|78156                      :                          TGG-AG-AT--GT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAT---A-G-AA-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-C---T-G-AA-G----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-----------------GT-C--AAGTGA-TT----CTAG------TGA-C-CA-TGA
gi|78157                      :                           AG-AA-AC--AG----AT-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--ATA-T----C----A---AAGG-C--AAGTAA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78159                      :                           AG-AG-AC--AT----GA-AA-CC-ATCA----T--AAA---T-G-AT-----G----G-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-TT-G----TGAT------CT--C-TAAC-------T--TG--GTA-T----C----A---ATGT-C--AAGTGA-TT----CTAG------TGA-C-TT-TGA
gi|78160                      :                           AG-AG-AA--A---------A-TC-TTCA----G--AAA---C-G-AG-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-A----GGAT------CT--A-CATA-------C--TT--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTAA-Ca
gi|78161                      :                           AA-AA-AC--AT----GC-GA-TC-TTC-------------------T-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------G--TA--ATG-T----C----A---ATGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGActtgacttatgaa
gi|78162                      :                           AG-AGCAG--AC----GG-GA-TT-CTCA----G--AAA---C-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-GT-A----GGAC------CT--A-CAAA-------T--AA--GTA-T----C----AATTAGGT-C--ACGTGA-CT----CTAG------TAA-T-TT-TGA
gi|78163                      :                           AG-AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--G-------------------------------------------------G-----------G-A---G-A-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--TTG-T----C----A---CAGT-C--AAGTGA-CT----CCAA------TGA-C-CT-TGA
gi|78164                      :                             -AG-AG--AT----GG-GA-GC-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A---T-A-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78165                      :                             -AG-AG--AT----AG-GA-TT-TTCA----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A---T-A---------------------------------------TA----A-T----C----A---AGGT-T--AAGTGA-CT----CTAA------AGA-C-CT-TG
gi|78166                      :                             -AG-AT--AT----GG-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GGAC------CT--A-TAAC-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----TCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78167                      :                             -AG-ACGTAT----GG-GA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------A-------------A-G-----------A-A---T-A-AC-A----GGACAGAATAAT--A-GAAG-------C--TT--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-A-CT-TGA
gi|78168                      :                             -AG-AC--AT----GG-AA-TA-TTTA----G--AAA---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-A-AC-A----GTAC------CT--A-TAAA-------C--TT--GTA-T----C----A---AGGT-C--ACATGA-C-----CTTG-------GA-C-CC-TGA
gi|78169                      :                             -AG-AC--AT----GA-AA-TC-TTCA----G--AAA---T-G-AT----------------------------------------------------A---T----T-G----GGAA------CA--G-CAAA-------T--TG--GTA-T----C----C---AGGT-C----GTGA-CC----T---------TGA-C-CT-a
gi|78170                      :                                -AC--ATT---AG-GA-TCGCTCA----G--AAA---T-G-A-----------A-----------A-------------A-G-----------G-A---G-GTAT-GTTTTGGAC------CT--A-CAAAG------C--TA--GGA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-AG----CCAG------T
gi|78171                      :                                -AC--AT----GG-GA-TC-TTCA----G--ATA-----G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------A-T---T-G-AT-G----GGAT------CA--A-CAAA-------G--TG--TTT-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78172                      :                                -AC--AT----GG-GA-TC-CTCA----G--AAA---T-G-AT----------A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AA-A----GGTC------CC--A-CAAA-------C--TA--GT
gi|78173                      :                                   --AT----GG----TT-TTCA----G--AAA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------A-A---A-G-AC-A----TGAC------CT--A-CAAA-------CAGTA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGGAA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78174                      :                                   --AT----GG-GA-TC-ATCA----G--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---G-T-TT-G----CGAT------CT--A-CAAA-------C--TA--GGC-T----C----A---AGGT-T--AGATGA-
gi|78175                      :                                            G-AA-TA-TTCG----G--AAA---T-T-CT-----G----A-----------A-------------T-G-----------G-A---T-G-AT-G----GGAT------CT--A-GAAA-------T--TA--GTA-C----C----A---AGGT-T--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-TT-TG
gi|78176                      :                                             -GA-TC-TTCAATCAG--AAA---T-G-TT-----G----T-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-AT-A----G-AT------TT--A-CAA--------T--TAT-GTA-T----C----A---AGGT-T--AAGATA-CT----CAAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78177                      :                                             -GA-TC-TCTG----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------G-A---T-A-AT-G----GGAT------CT--A-CAAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CAAG------TGA-C-CT-
gi|78178                      :                                                -TC-TTCA----G--AAAA--T-G-AG-----A----A-----------T-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----GGGC------CT--A--AAA-------C--TA--GTA-C----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----CCAG------T
gi|78179                      :                                                                                                                                                                AAA-------T--TA--GTG-T----C----A---AAGC-C--AAGTGA-CT----CTAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78180                      :                 cttgaaaatatgatagagtcctgaggtcttcgaC-TTCA-------AAA---T----T-----A----A-----------G-------------A-G-----------T-A-----G-AT-G----AAACAT----CT--G-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-TGA
gi|78181                      :                                                   -TTCA----G--AAAATAT-G-AT-----A----A-----------AGTCGTGGAGTCAGA-G-----------G-A---T-G-AC-A----AAGC------TT--A-C----------C--TA--GTA-T----C----A---AGGG-G--AAGTTA-CT----CCAG------TGA-T-CT-TGA
gi|78182                      :                                                      CA----G--AAA---TTG-AT-----AGAAAA-----------A-------------A-G-----------G-AAA-T-G-AT-A----AGA--------T--T-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AGAT-C--AAATGA-GT----CCTG------TGA-C-CT-TGA
gi|78183                      :                                                       A----A--AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-A-TT-G----TGAT------CT--T-CAAA-------A--TG--GTA-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CCTTGACCTT------TGA-C-CT-TGA
gi|78184                      :                                                       A----G--AAA---T-G-TT-----G----A-----------A-------------G-G-----------A-A---T-G-AT-G----AGAT------CTCTA-GAAA-------A--TA--GAA-T----C----A---AGGT-G--AAGTGA-TT----CCAG------TGA-C-a
gi|78185                      :                                                       A----G--AAA---T-G-A-------------------------------------A-G-----------G-T---T-A-AT-G----AGAC-------T--A-TCAA-------T--TA--GTA-T----C----A---AGTT-C--AAATGA-CT----CCA-------TGA-C-CT-TGA
gi|78187                      :                                                             --AAA---T-G-AT-----G----A-----------A-------------A-A-----------G-A---T-G-TT-G----AGAC------CT--A-CAAA-------C--TA--GGA-T----C----A---ACGT-C--GGATGA-TA----CCA
gi|78188                      :                                                                AG---T-G-AC-----A----A-----------G-------------A-A-----------G-A---T-A-AT-A----GGAA------CT--A-CAAA-------C--TA--GTA-T----C----A---AA---C--AAGTGA-CT----TCAG------TGATC-CT-TGA
gi|78189                      :                                                                                                                                                 AC------CT--A-CGAG-------C--TA--GTA-T----C----A---AGGT-C--AAGTGA-TT----TCAG------TGG-C-CT-TAA
gi|78190                      :                                             aatgcaaaatggaggtccacA---T-G-AT-----A----A-----------G-------------A-G-----------G-A---T-G-AC-A----GGAC------CT--A-CAAAAAACTAAC--TA--GTG-T----T----A---AGGT-C--AAGTGA-CT----CCAG------TGA-C-CT-
gi|78191                      :                                                                                 ----A-----------A-------------A-G-----------G-A---T-G-TT-G----GGAT------CT--A-CTAA-------T--TG--GTA-T----C----A---AGGC-C--AAGCTA-CT----CC
gi|78192                      :                                                                                                                  -----------G-G---T-G-AT-G----AGAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGG-CC----T---------TGA-C-CTCTGA
gi|78193                      :                                                                                                                  -----------G-G---T-G-AT-G----AGAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----C----A---GGGT-C--AAGTGG-CC----T---------TGA-C-CTCTGA
gi|78194                      :                                                                                                                                                GAT------TT--A-CAAA-------T--TA--GTA-T----G----A---AGGT-C--AAATGA-CT----CCTA------TGG-C-CT-TGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78098 ): TATAGAGCCATGGGCTCTATCAAAAATGAAGAAAAATGTTGAGACCACACTAGGATCAA