lowQualScore                  :                                0  0 0  333333  0  11111   0   0  1   0   0000 0 1111111 11111   11111 11 0 00 11 1111 2222222 33333 444444444  222222222 0   555555555  222222      3 33 22 1  1 111 1    1 66 22 2 2   4 2  22      55    2  77  5   5    5  5 0           
lowQualScore                  :                                .  . .  ......  .  .....   .   .  .   .   .... . ....... .....   ..... .. . .. .. .... ....... ..... .........  ......... .   .........  ......      . .. .. .  . ... .    . .. .. . .   . .  ..      ..    .  ..  .   .    .  . .           
lowQualScore                  :                                8  8 8  111111  8  00000   8   4  2   4   8888 4 3333333 00000   44444 00 8 66 22 0000 1111111 66666 000000000  999999999 7   888888888  999999      0 77 33 7  7 888 8    9 99 88 3 0   0 0  88      55    5  22  0   0    0  0 9           
consensus                     :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GCAA-AN-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGA-GTT-GCG-GTAA-GC-GACGGACCAATGA
Reference ( gi|93206 )        :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GCAA-AA-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGA-ATT-GCG-GTAA-GC-GATGGACCAATGAT
gi|93207                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-ACAA-AA-T--GTC-AGT-C-AC--TTTTGA--TTGGAGA-GTT-GTG-GTAA-GC-GATGGACCAATGA
gi|93212                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AC---------A-ACC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-A-T-T-GCAA-AA-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGA-GTT-GCG-GTAA-GC-GATGGAGCAATG
gi|93211                      :                           ACCTT-CG-CCTA------GC--A-----AGG-GTT-T--CGG--CC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-A-C-T-GCAA-AAAC--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGA-GTT-GTG-GTAA-GC-GACGGACCAATGA
gi|93208                      :                           ATCTT-CC-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GCAA-AT-T--GAT-GGT-C-GC--TTTTGA--TTGGAGA-GTT-ATA-GTAT-GC-GGTGGACCAATGA
gi|93209                      :                           ATCTT-CC-C-TA------GC--A-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GCAA-AT-T--GAT-GGTCC-GC--TTTTGA--TTGGAGA-GTT-ATA-GTAT-GC-GGTGGACCAATGA
gi|93213                      :                           ATCTT-CG-A-TA------GC-CACTTTGAGG-GTT-TT-CGT-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCAA-T--A--T-GC-C-T-T-GCAA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTAA--CTGGAAA-GTT-GTGTTTAA-GC-GATCAATCAATGA
gi|93210                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GCAA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--
gi|93216                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CTC---------TT------GGCTGA-C--A--T-GC-C-A-T-GCAA-AG-T--GTC-GGT-C-AC--atgtactgccatctatacagtcag
gi|93215                      :                           ATCTG-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--TCC--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-TG-A--T-GC-C-T-T-GCAA-AT-T--GCCGGGT-C-AC--acgtgctgccatctatactgtcaagctaaagaacgataat
gi|93219                      :                           ATCTT-CG-CATA------AC-CA------GG-GTT-TT-CGG---C----A-C-------T-----ACGATCGCC--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------CTTAAACTGGGCGA-T--A--T-GC-A-TGT-GCAA-AA-T--G-C-GGTCC-AC--TTTTGAATTTGGCGG-ATTAGCG-GTAACGCGGACGGACCAATGAatgtactgccatctatacaagtcacgctaaaggaacgata
gi|93218                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----CT-T-C--T--C----C-------A-----T---------AAG--------A-CGC---------TT------GGCCGA-TTGA--T-GC-CTT-T-GCAAGAA-T--GTC-GGT-C-AT--TTT
gi|93217                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------TCCGCCCCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------TA---------A--CC---------TT------GGCCGA-T--G--T-AC-A-A-T-GCAA-AG-T--GCC-GGT-C-AC--
gi|93214                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GA-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------ATAT--T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--ATCT-AC-C-A-A-GCAA-AT-T--GTC-GGT-C-AC--acgtgctgccatctatactgtcacgctaaagaacgataat
gi|93220                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-Cacatgctgtcatctatactgtcacgctaaagaatgata
gi|93221                      :                           ATCTT-CG-C-TT------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----A---------AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93222                      :                           ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93224                      :                           ATCTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93223                      :                           ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93227                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GT-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------C-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93228                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TTTCGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----T--T-C--C--C----C-------A-----TTATGACTGAAA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93229                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCC-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93231                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93233                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----GCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------G-C
gi|93235                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------GG---------G-TTT---------TC------GGTCTA----A--T-AC-C-T-
gi|93234                      :                           ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------AGGACCG---------AA---------ATCCC---------TT------GGC
gi|93237                      :                           ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93236                      :                           ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93239                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GA-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----T--T-C--C--C----C-------A-----T---------AAAGACAAAACA-CCC---------TT------GGC
gi|93241                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------A-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93240                      :                           ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GAT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93242                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----
gi|93244                      :                           ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------GGAGC-TGACCGA---AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93243                      :                           ATCTTTCG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-T-C----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AC---------A-CCA---------TT------
gi|93248                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93246                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93252                      :                           ACCTT-CG-C-AA------GT-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-T-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CCCTGACCCTTGTT------GACCAA-A--A--A-GC-C-T-T-G
gi|93250                      :                           ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----GGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------C-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------C-----A---------AA---------A-CC-----------T------GACAGATT--A--C-GC-----T-ACGA-AA-T--TGT-GGC-CAAG--TTTTAA--TCG
gi|93253                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGT-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------A-----CCG-----C--T-C--G--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93255                      :                           ATCAT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93238                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GGT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93257                      :                           ATTTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-CT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----T-------A-----T---------
gi|93260                      :                           ATGTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--C-C--CAAC----C-------A-----T---------AA---------A-CC
gi|93251                      :                           ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TAC----A-C-------C-----CCG-----C--T-A--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-TCT---------TT------AGCAAA-T--T--TCGC-C-A-T-GAAA-A
gi|93262                      :                           ATCTT-C--C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCCTCTGA-C-------T-----CCG-----C--T-C--T--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93261                      :                           ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-C-G-TCC----T-C-------T-----CCG-----C----C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------
gi|93263                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCT----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--
gi|93264                      :                           ATCTT-TA-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-GT-CAG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CTC---------TT------G
gi|93267                      :                           ATCTT-CA-C-TA------TC-CA-----AGG-GTT-TC-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------
gi|93265                      :                           ATCTT-CG-C-TA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGT-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--CGGAGCGGAGTGGA-----TCG-------AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93258                      :                           ATCTT-CG-C-TATA----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93247                      :                           ATCTT-CG-C-AA------GT-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93230                      :                           ATCTT-CG-C---------------------G-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-TCC---------TT------GGCAGA-
gi|93269                      :                           ATCTT-TG-C-TA------GT-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--C-T--C--C----C-------A-----T---------GA---------A-
gi|93272                      :                           ATCTT-CG-T-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--
gi|93271                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-AA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-
gi|93256                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AAG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--T--C----A-------A-----T---------
gi|93225                      :                           ATCTT-TG-C-TATA----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----G--T-C--C--C----A-------A-----T---------AA---------A-
gi|93273                      :                           ATCTT-CG-C-TAC-----GC-CA-----AGGAGTT-TT-CGG-TCC------C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93259                      :                           ATCTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TTA-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--A----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93275                      :                           ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93274                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CGG-TGC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----T---------
gi|93276                      :                           ATCTT-TG-C-AA------GC-CA-----AGA-GTC-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-
gi|93232                      :                           ATCTT-CG-C-TACATGTAAC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93266                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-G-T-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93277                      :                           ATTTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TA-CGA-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-T--TGAT----C-------G-----T---------AA---------A-CCC---------TT------TGC
gi|93278                      :                           ATCTTTCG-C-AA------GCTCA-----AGG-GTTGTT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----CATT-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93279                      :                           ATCTT-CG-C-TG------CC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----ACC-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------
gi|93280                      :                           ATCTT-CG-A-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-
gi|93281                      :                           ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-ACC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C-----------------------------------------CCC---------TT------GGCTGG-T--
gi|93285                      :                           ATCTT-TG-T-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-CCC----A-C-------T-----CCG-----C--A-C--C--C----CAA-----A-----T---------AA---------A-
gi|93283                      :                           ATCTT-CG-A-TA------GC-CA-----AAG-GTT-TT-CGG-T-C----A-C-------T-----CCA-----G--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-
gi|93286                      :                           ATCT--CG-C--A------GC-CA-----AGG-TTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93270                      :                           ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TTC----A-C-------T-----CAG-----C--T-C--T--C----C-------A-----A---------TA---------T-CCC---------TT------
gi|93268                      :                           ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TGC----A-C-------C-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------
gi|93282                      :                           ATCTT-TG-C-TA------GT-CA-----ATG-GTG-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-CGAC--C----G-------A---------------AA---------A-CCC---------TT------AGCTG
gi|93254                      :                           ATCTT-CG-C-GA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCtctcagaaatt
gi|93249                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TTACGG-TCC----A-C-------T-----TCC-----T--C-C--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93245                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCA----G-C-------T-----CCG-----
gi|93226                      :                           ATTTT-CA-A-TA------GCACA-----AGG-GTT-TTATGGCTCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93288                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-
gi|93289                      :                           ATCTT-CG-C-CA------GC-CA-----AAGAGTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93287                      :                           ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GCT-TT-CAG-TTC----A-C-------T-----CCC-----C--T-C--T--C----T-------G-----T---------AA---------
gi|93291                      :                           ATCTT-TG-C-AA------GC-CA-----AGG-TTC-GT-TGG-TCC----A-T-------T-----CCA-----C--T-G--T--C----C-------A-----C---------AT---------A-CCC---------TT------GGCAGATT--A--C-GC-C-
gi|93293                      :                           ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TA-CGA-TCC----A-C-------T-----CCG-----T--T-T--C--T----C-------
gi|93292                      :                           ATCTT-CG-C-TAA-----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGT-CCT----C-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----
gi|93300                      :                            TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CG--TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-TGGCAA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--
gi|93299                      :                            TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCCTTA------TT------GGCTGA-T--A--T-GC-C-T-T-GCAA-AT-A--GAT-GGT-C-AC--atgtactgccatctatacagtcatgctaaagaacgataata
gi|93302                      :                            TCTT-CGTC-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGA-TCC----A-C-------T-----CAG-----C--T-C--C--C----C-------AT----T---------AA---------A-CCT---------TT------acgtgctgccatctatac
gi|93301                      :                            TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----ACG-GTT-T--CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93303                      :                            TCTT-TG-C-TA------GG-CA-----AGG------------TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCAA-T--
gi|93307                      :                             CTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-A-T-GCAA-AG-T--GCC-GGC-C-AC--
gi|93308                      :                             CTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------acgtgctgccatctatactgtcacgctaaagagcgataat
gi|93310                      :                              TT-CGGC-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCGC----C--T-C--C--C----C-------
gi|93311                      :                               T-CG-C--A------GC-CA-----AGG-TGT-GT-CGG-TCC----A-CGGGCCTTT-----CCG-----C--TTC--C--C----C-------A-----T---------AA---------C-CCT---------TT------GGCCGA-T--A--T-GCAT-T-T-GCCA-AA-CAAGCC-GGT-C-ACATCTTTGA--TTGGCGAGATT-GCG-GTAA-GC-G--CGACCAATGA
gi|93312                      :                               T-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----C---------AA---------A-
gi|93313                      :                               T-CG-C-TA------GC--A-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG--------T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93314                      :                                   -C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-T--CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93282                      :                                       A------GC-TA-----AGG-GTT-TT-CGG-TC
gi|93244                      :   atctttgctagtcaatggtgttcagtccactccgctc------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCA----G-C-------T-----CCG-----gtctcagaaatt
gi|93265                      : atctttgctagccaagggttttcggtccgctccgctccc------GC-CA-----AGG-GTT-T--CGA-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93315                      :                        atcttcgctaaccaagggttttcgttccactccgctccc-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C-----------------------------------C-C-T-T-GCAA-AA-T--ATC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTG
gi|93316                      :                                                                         C----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--A----A-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-CC-A-T-T-GCAA-AT-T--GTC-GGC-C-AC--





Alignments
lowQualScore                  :      0  0 0  333333  0  11111   0   0  1   0   0000 0 1111111 11111   11111 11 0 00 11 0000 2222222 33333 444444444  222222222 0   555555555  222222      2 33 22 1  1 1 1 1  1  1 22 22 0 1   1 3  22      55    1   4  4   4    4  4  0          
lowQualScore                  :      .  . .  ......  .  .....   .   .  .   .   .... . ....... .....   ..... .. . .. .. .... ....... ..... .........  ......... .   .........  ......      . .. .. .  . . . .  .  . .. .. . .   . .  ..      ..    .   .  .   .    .  .  .          
lowQualScore                  :      8  8 8  111111  8  00000   8   4  2   4   9999 4 3333333 00000   44444 00 8 66 22 9999 1111111 55555 000000000  999999999 6   666666666  888888      9 55 22 6  6 6 7 7  8  8 99 66 5 9   9 8  66      00    1   4  4   4    4  4  7          
consensus                     : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AN-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GACGGACCAATGA
Reference ( family-243 )      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AN-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GACGGACCAATGA
gi|93206                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AA-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAA-TT-GCG-GTAA-GC-GATGGACCAATGA
gi|93207                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-AC-AA-AA-T--GTC-AGT-C-AC--TTTTGA--TTGGAGAG-TT-GTG-GTAA-GC-GATGGACCAATGAt
gi|93208                      : ATCTT-CC-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GAT-GGT-C-GC--TTTTGA--TTGGAGAG-TT-ATA-GTAT-GC-GGTGGACCAATGA
gi|93209                      : ATCTT-CC-C-TA------GC--A-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GAT-GGTCC-GC--TTTTGA--TTGGAGAG-TT-ATA-GTAT-GC-GGTGGACCAATGA
gi|93210                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--
gi|93211                      : ACCTT-CG-CCTA------GC--A-----AGG-GTT-T--CGG--CC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-A-C-T-GC-AA-AAAC--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GTG-GTAA-GC-GACGGACCAATGAatgtactgccatctatacagtcag
gi|93212                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AC---------A-ACC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-A-T-T-GC-AA-AA-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GATGGAGCAATG
gi|93213                      : ATCTT-CG-A-TA------GC-CACTTTGAGG-GTT-TT-CGT-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCAA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTAA--CTGGAAAG-TT-GTGTTTAA-GC-GATCAATCAATGA
gi|93214                      : ATCTT-CG-C-TA------GA-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------ATAT--T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--ATCT-AC-C-A-A-GC-AA-AT-T--GTC-GGT-C-AC--
gi|93215                      : ATCTG-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--TCC--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-TG-A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GCCGGGT-C-AC--acatgctgtcatctatactgtcacgctaaagaatgata
gi|93216                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CTC---------TT------GGCTGA-C--A--T-GC-C-A-T-GC-AA-AG-T--GTC-GGT-C-AC--atgtactgccatctatacaagtcacgctaaaggaacgata
gi|93217                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------TCCGCCCCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------TA---------A--CC---------TT------GGCCGA-T--G--T-AC-A-A-T-GC-AA-AG-T--GCC-GGT-C-AC--acgtgctgccatctatactgtcaagctaaagaacgataat
gi|93218                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----CT-T-C--T--C----C-------A-----T---------AAG--------A-CGC---------TT------GGCCGA-TTGA--T-GC-CTT-T-GC-AAGAA-T--GTC-GGT-C-AT--TTTacgtgctgccatctatactgtcacgctaaagaacgataat
gi|93219                      : ATCTT-CG-CATA------AC-CA------GG-GTT-TT-CGG---C----A-C-------T-----ACGATCGCC--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------CTTAAACTGGGCGA-T--A--T-GC-A-TGT-GC-AA-AA-T--GC--GGT-CCAC--TTTTGAATTTGGCGGA-TTAGCG-GTAACGCGGACGGACCAATGA
gi|93220                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93221                      : ATCTT-CG-C-TT------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----A---------AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93222                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93223                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93224                      : ATCTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93225                      : ATCTT-TG-C-TATA----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----G--T-C--C--C----A-------A-----T---------AA---------A-
gi|93226                      : ATTTT-CA-A-TA------GCACA-----AGG-GTT-TTATGGCTCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93227                      : ATCTT-CG-C-TA------GT-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------C-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93228                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TTTCGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----T--T-C--C--C----C-------A-----TTATGACTGAAA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93229                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCC-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93230                      : ATCTT-CG-C---------------------G-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-TCC---------TT------GGCAGA-
gi|93231                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93232                      : ATCTT-CG-C-TACATGTAAC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93233                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----GCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------G-C
gi|93234                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------AGGACCG---------AA---------ATCCC---------TT------GGC
gi|93235                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------GG---------G-TTT---------TC------GGTCTA----A--T-AC-C-T-
gi|93236                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93237                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93238                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GGT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93239                      : ATCTT-CG-C-TA------GA-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----T--T-C--C--C----C-------A-----T---------AAAGACAAAACA-CCC---------TT------GGC
gi|93240                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GAT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93241                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------A-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93242                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----
gi|93243                      : ATCTTTCG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-T-C----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AC---------A-CCA---------TT------
gi|93244                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------GGAGC-TGACCGA---AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93245                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCA----G-C-------T-----CCG-----
gi|93246                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93247                      : ATCTT-CG-C-AA------GT-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93248                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93249                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TTACGG-TCC----A-C-------T-----TCC-----T--C-C--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93250                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----GGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------C-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------C-----A---------AA---------A-CC-----------T------GACAGATT--A--C-GC-----T-ACGAA-AT-T--G-T-GGC-CAAG--TTTTAA--TCG
gi|93251                      : ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TAC----A-C-------C-----CCG-----C--T-A--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-TCT---------TT------AGCAAA-T--T--TCGC-C-A-T-GA-AA-A
gi|93252                      : ACCTT-CG-C-AA------GT-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-T-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CCCTGACCCTTGTT------GACCAA-A--A--A-GC-C-T-T-G
gi|93253                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGT-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------A-----CCG-----C--T-C--G--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93254                      : ATCTT-CG-C-GA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CC
gi|93255                      : ATCAT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93256                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AAG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--T--C----A-------A-----T---------
gi|93257                      : ATTTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-CT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----T-------A-----T---------
gi|93258                      : ATCTT-CG-C-TATA----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93259                      : ATCTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TTA-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--A----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93260                      : ATGTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--C-C--CAAC----C-------A-----T---------AA---------A-CC
gi|93261                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-C-G-TCC----T-C-------T-----CCG-----C----C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------
gi|93262                      : ATCTT-C--C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCCTCTGA-C-------T-----CCG-----C--T-C--T--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93263                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCT----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--
gi|93264                      : ATCTT-TA-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-GT-CAG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CTC---------TT------G
gi|93265                      : ATCTT-CG-C-TA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGT-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--CGGAGCGGAGTGGA-----TCG-------AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93266                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-G-T-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93267                      : ATCTT-CA-C-TA------TC-CA-----AGG-GTT-TC-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------
gi|93268                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TGC----A-C-------C-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------
gi|93269                      : ATCTT-TG-C-TA------GT-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--C-T--C--C----C-------A-----T---------GA---------A-
gi|93270                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TTC----A-C-------T-----CAG-----C--T-C--T--C----C-------A-----A---------TA---------T-CCC---------TT------
gi|93271                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-AA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-
gi|93272                      : ATCTT-CG-T-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--
gi|93273                      : ATCTT-CG-C-TAC-----GC-CA-----AGGAGTT-TT-CGG-TCC------C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93274                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CGG-TGC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----T---------
gi|93275                      : ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93276                      : ATCTT-TG-C-AA------GC-CA-----AGA-GTC-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-
gi|93277                      : ATTTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TA-CGA-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-T--TGAT----C-------G-----T---------AA---------A-CCC---------TT------TGC
gi|93278                      : ATCTTTCG-C-AA------GCTCA-----AGG-GTTGTT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----CATT-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93279                      : ATCTT-CG-C-TG------CC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----ACC-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------
gi|93280                      : ATCTT-CG-A-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-
gi|93281                      : ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-ACC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C-----------------------------------------CCC---------TT------GGCTGG-T--
gi|93282                      : ATCTT-TG-C-TA------GT-CA-----ATG-GTG-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-CGAC--C----G-------A---------------AA---------A-CCC---------TT------AGCTG
gi|93283                      : ATCTT-CG-A-TA------GC-CA-----AAG-GTT-TT-CGG-T-C----A-C-------T-----CCA-----G--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-tctcagaaatt
gi|93285                      : ATCTT-TG-T-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-CCC----A-C-------T-----CCG-----C--A-C--C--C----CAA-----A-----T---------AA---------A-
gi|93286                      : ATCT--CG-C--A------GC-CA-----AGG-TTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93287                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GCT-TT-CAG-TTC----A-C-------T-----CCC-----C--T-C--T--C----T-------G-----T---------AA---------
gi|93288                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-
gi|93289                      : ATCTT-CG-C-CA------GC-CA-----AAGAGTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93291                      : ATCTT-TG-C-AA------GC-CA-----AGG-TTC-GT-TGG-TCC----A-T-------T-----CCA-----C--T-G--T--C----C-------A-----C---------AT---------A-CCC---------TT------GGCAGATT--A--C-GC-C-
gi|93292                      : ATCTT-CG-C-TAA-----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGT-CCT----C-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----
gi|93293                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TA-CGA-TCC----A-C-------T-----CCG-----T--T-T--C--T----C-------
gi|93299                      :  TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCCTTA------TT------GGCTGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-A--GAT-GGT-C-AC--
gi|93300                      :  TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CG--TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-TGGC-AA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--acgtgctgccatctatac
gi|93301                      :  TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----ACG-GTT-T--CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------atgtactgccatctatacagtcatgctaaagaacgataata
gi|93302                      :  TCTT-CGTC-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGA-TCC----A-C-------T-----CAG-----C--T-C--C--C----C-------AT----T---------AA---------A-CCT---------TT------
gi|93303                      :  TCTT-TG-C-TA------GG-CA-----AGG------------TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCAA-T--
gi|93307                      :   CTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-A-T-GC-AA-AG-T--GCC-GGC-C-AC--
gi|93308                      :   CTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------acgtgctgccatctatactgtcacgctaaagagcgataat
gi|93310                      :    TT-CGGC-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCGC----C--T-C--C--C----C-------
gi|93311                      :     T-CG-C--A------GC-CA-----AGG-TGT-GT-CGG-TCC----A-CGGGCCTTT-----CCG-----C--TTC--C--C----C-------A-----T---------AA---------C-CCT---------TT------GGCCGA-T--A--T-GCAT-T-T-GC-CA-AA-CAAGCC-GGT-C-ACATCTTTGA--TTGGCGAGATT-GCG-GTAA-GC-G-C-GACCAATGA
gi|93312                      :     T-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----C---------AA---------A-
gi|93313                      :     T-CG-C-TA------GC--A-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG--------T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93314                      :         -C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-T--CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93315                      :                                     -TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C-----------------------------------C-C-T-T-GC-AA-AA-T--ATC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTG
gi|93316                      :                                               C----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--A----A-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-CC-A-T-T-GC-AA-AT-T--GTC-GGC-C-AC--





Alignments
lowQualScore                  :      0  0 0  333333  0  11111   0   0  1   0   0000 0 1111111 11111   11111 11 0 00 11 0000 2222222 33333 444444444  222222222 0   555555555  222222      2 33 22 1  1 1 1 1  1  1 22 22 0 1   1 3  22      55    1   4  4   4    4  4  0          
lowQualScore                  :      .  . .  ......  .  .....   .   .  .   .   .... . ....... .....   ..... .. . .. .. .... ....... ..... .........  ......... .   .........  ......      . .. .. .  . . . .  .  . .. .. . .   . .  ..      ..    .   .  .   .    .  .  .          
lowQualScore                  :      8  8 8  111111  8  00000   8   4  2   4   9999 4 3333333 00000   44444 00 8 66 22 9999 1111111 55555 000000000  999999999 6   666666666  888888      9 55 22 6  6 6 7 7  8  8 99 66 5 9   9 8  66      00    1   4  4   4    4  4  7          
consensus                     : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AN-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GACGGACCAATGA
Reference ( family-243 )      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AN-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GACGGACCAATGA
gi|93206                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AA-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAA-TT-GCG-GTAA-GC-GATGGACCAATGA
gi|93207                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-AC-AA-AA-T--GTC-AGT-C-AC--TTTTGA--TTGGAGAG-TT-GTG-GTAA-GC-GATGGACCAATGAt
gi|93208                      : ATCTT-CC-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GAT-GGT-C-GC--TTTTGA--TTGGAGAG-TT-ATA-GTAT-GC-GGTGGACCAATGA
gi|93209                      : ATCTT-CC-C-TA------GC--A-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GAT-GGTCC-GC--TTTTGA--TTGGAGAG-TT-ATA-GTAT-GC-GGTGGACCAATGA
gi|93210                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--
gi|93211                      : ACCTT-CG-CCTA------GC--A-----AGG-GTT-T--CGG--CC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-A-C-T-GC-AA-AAAC--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GTG-GTAA-GC-GACGGACCAATGAatgtactgccatctatacagtcag
gi|93212                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AC---------A-ACC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-A-T-T-GC-AA-AA-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GATGGAGCAATG
gi|93213                      : ATCTT-CG-A-TA------GC-CACTTTGAGG-GTT-TT-CGT-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCAA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTAA--CTGGAAAG-TT-GTGTTTAA-GC-GATCAATCAATGA
gi|93214                      : ATCTT-CG-C-TA------GA-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------ATAT--T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--ATCT-AC-C-A-A-GC-AA-AT-T--GTC-GGT-C-AC--
gi|93215                      : ATCTG-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--TCC--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-TG-A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GCCGGGT-C-AC--acatgctgtcatctatactgtcacgctaaagaatgata
gi|93216                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CTC---------TT------GGCTGA-C--A--T-GC-C-A-T-GC-AA-AG-T--GTC-GGT-C-AC--atgtactgccatctatacaagtcacgctaaaggaacgata
gi|93217                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------TCCGCCCCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------TA---------A--CC---------TT------GGCCGA-T--G--T-AC-A-A-T-GC-AA-AG-T--GCC-GGT-C-AC--acgtgctgccatctatactgtcaagctaaagaacgataat
gi|93218                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----CT-T-C--T--C----C-------A-----T---------AAG--------A-CGC---------TT------GGCCGA-TTGA--T-GC-CTT-T-GC-AAGAA-T--GTC-GGT-C-AT--TTTacgtgctgccatctatactgtcacgctaaagaacgataat
gi|93219                      : ATCTT-CG-CATA------AC-CA------GG-GTT-TT-CGG---C----A-C-------T-----ACGATCGCC--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------CTTAAACTGGGCGA-T--A--T-GC-A-TGT-GC-AA-AA-T--GC--GGT-CCAC--TTTTGAATTTGGCGGA-TTAGCG-GTAACGCGGACGGACCAATGA
gi|93220                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93221                      : ATCTT-CG-C-TT------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----A---------AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93222                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93223                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93224                      : ATCTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93225                      : ATCTT-TG-C-TATA----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----G--T-C--C--C----A-------A-----T---------AA---------A-
gi|93226                      : ATTTT-CA-A-TA------GCACA-----AGG-GTT-TTATGGCTCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93227                      : ATCTT-CG-C-TA------GT-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------C-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93228                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TTTCGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----T--T-C--C--C----C-------A-----TTATGACTGAAA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93229                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCC-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93230                      : ATCTT-CG-C---------------------G-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-TCC---------TT------GGCAGA-
gi|93231                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93232                      : ATCTT-CG-C-TACATGTAAC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93233                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----GCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------G-C
gi|93234                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------AGGACCG---------AA---------ATCCC---------TT------GGC
gi|93235                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------GG---------G-TTT---------TC------GGTCTA----A--T-AC-C-T-
gi|93236                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93237                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93238                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GGT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93239                      : ATCTT-CG-C-TA------GA-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----T--T-C--C--C----C-------A-----T---------AAAGACAAAACA-CCC---------TT------GGC
gi|93240                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GAT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93241                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------A-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93242                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----
gi|93243                      : ATCTTTCG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-T-C----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AC---------A-CCA---------TT------
gi|93244                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------GGAGC-TGACCGA---AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93245                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCA----G-C-------T-----CCG-----
gi|93246                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93247                      : ATCTT-CG-C-AA------GT-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93248                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93249                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TTACGG-TCC----A-C-------T-----TCC-----T--C-C--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93250                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----GGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------C-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------C-----A---------AA---------A-CC-----------T------GACAGATT--A--C-GC-----T-ACGAA-AT-T--G-T-GGC-CAAG--TTTTAA--TCG
gi|93251                      : ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TAC----A-C-------C-----CCG-----C--T-A--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-TCT---------TT------AGCAAA-T--T--TCGC-C-A-T-GA-AA-A
gi|93252                      : ACCTT-CG-C-AA------GT-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-T-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CCCTGACCCTTGTT------GACCAA-A--A--A-GC-C-T-T-G
gi|93253                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGT-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------A-----CCG-----C--T-C--G--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93254                      : ATCTT-CG-C-GA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CC
gi|93255                      : ATCAT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93256                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AAG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--T--C----A-------A-----T---------
gi|93257                      : ATTTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-CT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----T-------A-----T---------
gi|93258                      : ATCTT-CG-C-TATA----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93259                      : ATCTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TTA-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--A----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93260                      : ATGTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--C-C--CAAC----C-------A-----T---------AA---------A-CC
gi|93261                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-C-G-TCC----T-C-------T-----CCG-----C----C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------
gi|93262                      : ATCTT-C--C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCCTCTGA-C-------T-----CCG-----C--T-C--T--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93263                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCT----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--
gi|93264                      : ATCTT-TA-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-GT-CAG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CTC---------TT------G
gi|93265                      : ATCTT-CG-C-TA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGT-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--CGGAGCGGAGTGGA-----TCG-------AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93266                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-G-T-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93267                      : ATCTT-CA-C-TA------TC-CA-----AGG-GTT-TC-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------
gi|93268                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TGC----A-C-------C-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------
gi|93269                      : ATCTT-TG-C-TA------GT-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--C-T--C--C----C-------A-----T---------GA---------A-
gi|93270                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TTC----A-C-------T-----CAG-----C--T-C--T--C----C-------A-----A---------TA---------T-CCC---------TT------
gi|93271                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-AA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-
gi|93272                      : ATCTT-CG-T-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--
gi|93273                      : ATCTT-CG-C-TAC-----GC-CA-----AGGAGTT-TT-CGG-TCC------C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93274                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CGG-TGC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----T---------
gi|93275                      : ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93276                      : ATCTT-TG-C-AA------GC-CA-----AGA-GTC-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-
gi|93277                      : ATTTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TA-CGA-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-T--TGAT----C-------G-----T---------AA---------A-CCC---------TT------TGC
gi|93278                      : ATCTTTCG-C-AA------GCTCA-----AGG-GTTGTT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----CATT-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93279                      : ATCTT-CG-C-TG------CC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----ACC-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------
gi|93280                      : ATCTT-CG-A-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-
gi|93281                      : ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-ACC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C-----------------------------------------CCC---------TT------GGCTGG-T--
gi|93282                      : ATCTT-TG-C-TA------GT-CA-----ATG-GTG-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-CGAC--C----G-------A---------------AA---------A-CCC---------TT------AGCTG
gi|93283                      : ATCTT-CG-A-TA------GC-CA-----AAG-GTT-TT-CGG-T-C----A-C-------T-----CCA-----G--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-tctcagaaatt
gi|93285                      : ATCTT-TG-T-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-CCC----A-C-------T-----CCG-----C--A-C--C--C----CAA-----A-----T---------AA---------A-
gi|93286                      : ATCT--CG-C--A------GC-CA-----AGG-TTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93287                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GCT-TT-CAG-TTC----A-C-------T-----CCC-----C--T-C--T--C----T-------G-----T---------AA---------
gi|93288                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-
gi|93289                      : ATCTT-CG-C-CA------GC-CA-----AAGAGTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93291                      : ATCTT-TG-C-AA------GC-CA-----AGG-TTC-GT-TGG-TCC----A-T-------T-----CCA-----C--T-G--T--C----C-------A-----C---------AT---------A-CCC---------TT------GGCAGATT--A--C-GC-C-
gi|93292                      : ATCTT-CG-C-TAA-----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGT-CCT----C-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----
gi|93293                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TA-CGA-TCC----A-C-------T-----CCG-----T--T-T--C--T----C-------
gi|93299                      :  TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCCTTA------TT------GGCTGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-A--GAT-GGT-C-AC--
gi|93300                      :  TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CG--TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-TGGC-AA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--acgtgctgccatctatac
gi|93301                      :  TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----ACG-GTT-T--CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------atgtactgccatctatacagtcatgctaaagaacgataata
gi|93302                      :  TCTT-CGTC-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGA-TCC----A-C-------T-----CAG-----C--T-C--C--C----C-------AT----T---------AA---------A-CCT---------TT------
gi|93303                      :  TCTT-TG-C-TA------GG-CA-----AGG------------TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCAA-T--
gi|93307                      :   CTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-A-T-GC-AA-AG-T--GCC-GGC-C-AC--
gi|93308                      :   CTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------acgtgctgccatctatactgtcacgctaaagagcgataat
gi|93310                      :    TT-CGGC-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCGC----C--T-C--C--C----C-------
gi|93311                      :     T-CG-C--A------GC-CA-----AGG-TGT-GT-CGG-TCC----A-CGGGCCTTT-----CCG-----C--TTC--C--C----C-------A-----T---------AA---------C-CCT---------TT------GGCCGA-T--A--T-GCAT-T-T-GC-CA-AA-CAAGCC-GGT-C-ACATCTTTGA--TTGGCGAGATT-GCG-GTAA-GC-G-C-GACCAATGA
gi|93312                      :     T-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----C---------AA---------A-
gi|93313                      :     T-CG-C-TA------GC--A-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG--------T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93314                      :         -C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-T--CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93315                      :                                     -TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C-----------------------------------C-C-T-T-GC-AA-AA-T--ATC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTG
gi|93316                      :                                               C----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--A----A-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-CC-A-T-T-GC-AA-AT-T--GTC-GGC-C-AC--


blockSeqs                     :              CATGTA     CTTTG          A              GGGCCTT CCGCC   ATCGC         AA      GGAGTGG GGACC TATGACTGA  AGACAAAAC     TGACCCTTG  TAAACT      T TG TC C  A T G G  G  G AA AA   G   C C  AT      AT    A   A  A   T    C  G
blockSeqs                     :              TA         .              T              .       .       C             GA      AA      GAGC  GACCGA     G             TTA        .           T G  .  .  . . . .  .  . A  .    .   . A  .       .     A   .  .   .    .  .
blockSeqs                     :              TA         .              A              .       .       .             .       .       TAT   CG         .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . T  .    .   . .  .       .     A   .  .   .    .  .
blockSeqs                     :              C          .              .              .       .       .             .       .       T     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . T  .    .   . .  .       .     C   .  .   .    .  .
blockSeqs                     :              A          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . T  .    .   . .  .       .     C   .  .   .    .  .
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . A  .    .   . .  .       .     A   .  .   .    .  .
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . T  .    .   . .  .       .     C   .  .   .    .  .
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . T  .    .   . .  .       .     C   .  .   .    .  .
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . T  .    .   . .  .       .                         
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . G  .    .   . .  .       .                         
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . G  .    .   . .  .                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . A  .    .   . .  .                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . A  .    .   . .  .                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . T  .    .   . .  .                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . T  .    .   . .  .                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . T  .    .   . .  .                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . G  .    .   . .  .                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . A  .    .   . .  .                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . A  .    .   . .  .                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  . T  .    .   . .  .                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .  .  .                                                    
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . . .                                                          
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . . .                                                            
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .  .  .  . .                                                              
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .                                                                         
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           . .                                                                         
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .           .                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .             .          .                                                                                       
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .          .                                                                                                                
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .     .                                                                                                                           
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .       .                                                                                                                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .                                                                                                                                         
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .                                                                                                                                         
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .                                                                                                                                         
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .                                                                                                                                         
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .       .                                                                                                                                         
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .             .                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .                                                                                                                                                               
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .                                                                                                                                                               
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .                                                                                                                                                               
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .                                                                                                                                                               
blockSeqs                     :              .          .              .              .       .       .                                                                                                                                                               
blockSeqs                     :                                        .              .       .                                                                                                                                                                       


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AN-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GACGGACCAATGA
finalCons                     : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AN-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GACGGACCAATGA





Alignments
lowQualScore                  :      0  0 0  333333  0  11111   0   0  1   0   0000 0 1111111 11111   11111 11 0 00 11 0000 2222222 33333 444444444  222222222 0   555555555  222222      2 33 22 1  1 1 1 1  1  1 22 22 0 1   1 3  22      55    1   4  4   4    4  4  0          
lowQualScore                  :      .  . .  ......  .  .....   .   .  .   .   .... . ....... .....   ..... .. . .. .. .... ....... ..... .........  ......... .   .........  ......      . .. .. .  . . . .  .  . .. .. . .   . .  ..      ..    .   .  .   .    .  .  .          
lowQualScore                  :      8  8 8  111111  8  00000   8   4  2   4   9999 4 3333333 00000   44444 00 8 66 22 9999 1111111 55555 000000000  999999999 6   666666666  888888      9 55 22 6  6 6 7 7  8  8 99 66 5 9   9 8  66      00    1   4  4   4    4  4  7          
consensus                     : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AN-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GACGGACCAATGA
Reference ( family-243 )      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AN-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GACGGACCAATGA
gi|93206                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AA-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAA-TT-GCG-GTAA-GC-GATGGACCAATGA
gi|93207                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-AC-AA-AA-T--GTC-AGT-C-AC--TTTTGA--TTGGAGAG-TT-GTG-GTAA-GC-GATGGACCAATGAt
gi|93208                      : ATCTT-CC-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GAT-GGT-C-GC--TTTTGA--TTGGAGAG-TT-ATA-GTAT-GC-GGTGGACCAATGA
gi|93209                      : ATCTT-CC-C-TA------GC--A-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GAT-GGTCC-GC--TTTTGA--TTGGAGAG-TT-ATA-GTAT-GC-GGTGGACCAATGA
gi|93210                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--
gi|93211                      : ACCTT-CG-CCTA------GC--A-----AGG-GTT-T--CGG--CC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-A-C-T-GC-AA-AAAC--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GTG-GTAA-GC-GACGGACCAATGAatgtactgccatctatacagtcag
gi|93212                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AC---------A-ACC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-A-T-T-GC-AA-AA-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTGGCGAG-TT-GCG-GTAA-GC-GATGGAGCAATG
gi|93213                      : ATCTT-CG-A-TA------GC-CACTTTGAGG-GTT-TT-CGT-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCAA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--TTTTAA--CTGGAAAG-TT-GTGTTTAA-GC-GATCAATCAATGA
gi|93214                      : ATCTT-CG-C-TA------GA-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------ATAT--T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--ATCT-AC-C-A-A-GC-AA-AT-T--GTC-GGT-C-AC--
gi|93215                      : ATCTG-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--TCC--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-TG-A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-T--GCCGGGT-C-AC--acatgctgtcatctatactgtcacgctaaagaatgata
gi|93216                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CTC---------TT------GGCTGA-C--A--T-GC-C-A-T-GC-AA-AG-T--GTC-GGT-C-AC--atgtactgccatctatacaagtcacgctaaaggaacgata
gi|93217                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------TCCGCCCCG-----C--T-C--C--T----C-------A-----T---------TA---------A--CC---------TT------GGCCGA-T--G--T-AC-A-A-T-GC-AA-AG-T--GCC-GGT-C-AC--acgtgctgccatctatactgtcaagctaaagaacgataat
gi|93218                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----CT-T-C--T--C----C-------A-----T---------AAG--------A-CGC---------TT------GGCCGA-TTGA--T-GC-CTT-T-GC-AAGAA-T--GTC-GGT-C-AT--TTTacgtgctgccatctatactgtcacgctaaagaacgataat
gi|93219                      : ATCTT-CG-CATA------AC-CA------GG-GTT-TT-CGG---C----A-C-------T-----ACGATCGCC--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------CTTAAACTGGGCGA-T--A--T-GC-A-TGT-GC-AA-AA-T--GC--GGT-CCAC--TTTTGAATTTGGCGGA-TTAGCG-GTAACGCGGACGGACCAATGA
gi|93220                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93221                      : ATCTT-CG-C-TT------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----A---------AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93222                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93223                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93224                      : ATCTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93225                      : ATCTT-TG-C-TATA----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----G--T-C--C--C----A-------A-----T---------AA---------A-
gi|93226                      : ATTTT-CA-A-TA------GCACA-----AGG-GTT-TTATGGCTCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93227                      : ATCTT-CG-C-TA------GT-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------C-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93228                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TTTCGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----T--T-C--C--C----C-------A-----TTATGACTGAAA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93229                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCC-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93230                      : ATCTT-CG-C---------------------G-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-TCC---------TT------GGCAGA-
gi|93231                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93232                      : ATCTT-CG-C-TACATGTAAC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93233                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----GCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------G-C
gi|93234                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------AGGACCG---------AA---------ATCCC---------TT------GGC
gi|93235                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------GG---------G-TTT---------TC------GGTCTA----A--T-AC-C-T-
gi|93236                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93237                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93238                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GGT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93239                      : ATCTT-CG-C-TA------GA-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----T--T-C--C--C----C-------A-----T---------AAAGACAAAACA-CCC---------TT------GGC
gi|93240                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----AGG-GAT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93241                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------A-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93242                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----
gi|93243                      : ATCTTTCG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-T-C----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AC---------A-CCA---------TT------
gi|93244                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------GGAGC-TGACCGA---AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93245                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCA----G-C-------T-----CCG-----
gi|93246                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93247                      : ATCTT-CG-C-AA------GT-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------
gi|93248                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93249                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TTACGG-TCC----A-C-------T-----TCC-----T--C-C--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93250                      : ATCTT-CG-C-AA------GC-CA-----GGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------C-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------C-----A---------AA---------A-CC-----------T------GACAGATT--A--C-GC-----T-ACGAA-AT-T--G-T-GGC-CAAG--TTTTAA--TCG
gi|93251                      : ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TAC----A-C-------C-----CCG-----C--T-A--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-TCT---------TT------AGCAAA-T--T--TCGC-C-A-T-GA-AA-A
gi|93252                      : ACCTT-CG-C-AA------GT-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-T-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CCCTGACCCTTGTT------GACCAA-A--A--A-GC-C-T-T-G
gi|93253                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGT-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------A-----CCG-----C--T-C--G--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93254                      : ATCTT-CG-C-GA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CC
gi|93255                      : ATCAT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93256                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AAG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--T--C----A-------A-----T---------
gi|93257                      : ATTTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-CT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----T-------A-----T---------
gi|93258                      : ATCTT-CG-C-TATA----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93259                      : ATCTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TTA-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--A----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93260                      : ATGTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--C-C--CAAC----C-------A-----T---------AA---------A-CC
gi|93261                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-C-G-TCC----T-C-------T-----CCG-----C----C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------
gi|93262                      : ATCTT-C--C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCCTCTGA-C-------T-----CCG-----C--T-C--T--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93263                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCT----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--
gi|93264                      : ATCTT-TA-C-AA------GC-CA-----AGG-GTT-GT-CAG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CTC---------TT------G
gi|93265                      : ATCTT-CG-C-TA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGT-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--CGGAGCGGAGTGGA-----TCG-------AA---------A-CCC---------TT------GGC
gi|93266                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-G-T-TT-CGA-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93267                      : ATCTT-CA-C-TA------TC-CA-----AGG-GTT-TC-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------
gi|93268                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TGC----A-C-------C-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------
gi|93269                      : ATCTT-TG-C-TA------GT-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--C-T--C--C----C-------A-----T---------GA---------A-
gi|93270                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CAG-TTC----A-C-------T-----CAG-----C--T-C--T--C----C-------A-----A---------TA---------T-CCC---------TT------
gi|93271                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-AA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-
gi|93272                      : ATCTT-CG-T-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--
gi|93273                      : ATCTT-CG-C-TAC-----GC-CA-----AGGAGTT-TT-CGG-TCC------C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------A
gi|93274                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CGG-TGC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----T---------
gi|93275                      : ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93276                      : ATCTT-TG-C-AA------GC-CA-----AGA-GTC-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-
gi|93277                      : ATTTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TA-CGA-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-T--TGAT----C-------G-----T---------AA---------A-CCC---------TT------TGC
gi|93278                      : ATCTTTCG-C-AA------GCTCA-----AGG-GTTGTT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----CATT-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C
gi|93279                      : ATCTT-CG-C-TG------CC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----ACC-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------
gi|93280                      : ATCTT-CG-A-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-
gi|93281                      : ATCTT-CG-C-AA------AC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-ACC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C-----------------------------------------CCC---------TT------GGCTGG-T--
gi|93282                      : ATCTT-TG-C-TA------GT-CA-----ATG-GTG-TT-CAG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-CGAC--C----G-------A---------------AA---------A-CCC---------TT------AGCTG
gi|93283                      : ATCTT-CG-A-TA------GC-CA-----AAG-GTT-TT-CGG-T-C----A-C-------T-----CCA-----G--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-tctcagaaatt
gi|93285                      : ATCTT-TG-T-AA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-CCC----A-C-------T-----CCG-----C--A-C--C--C----CAA-----A-----T---------AA---------A-
gi|93286                      : ATCT--CG-C--A------GC-CA-----AGG-TTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93287                      : ATCTT-TG-C-TA------GC-CA-----AGG-GCT-TT-CAG-TTC----A-C-------T-----CCC-----C--T-C--T--C----T-------G-----T---------AA---------
gi|93288                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-
gi|93289                      : ATCTT-CG-C-CA------GC-CA-----AAGAGTT-TT-TGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--
gi|93291                      : ATCTT-TG-C-AA------GC-CA-----AGG-TTC-GT-TGG-TCC----A-T-------T-----CCA-----C--T-G--T--C----C-------A-----C---------AT---------A-CCC---------TT------GGCAGATT--A--C-GC-C-
gi|93292                      : ATCTT-CG-C-TAA-----GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGT-CCT----C-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----
gi|93293                      : ATCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TA-CGA-TCC----A-C-------T-----CCG-----T--T-T--C--T----C-------
gi|93299                      :  TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-ATT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCCTTA------TT------GGCTGA-T--A--T-GC-C-T-T-GC-AA-AT-A--GAT-GGT-C-AC--
gi|93300                      :  TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG--TT-TT-CG--TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-T-TGGC-AA-AT-T--GCC-GGT-C-AC--acgtgctgccatctatac
gi|93301                      :  TCTT-CG-C-TA------GC-CA-----ACG-GTT-T--CGG-TCC----A-C-------T-----CTG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------atgtactgccatctatacagtcatgctaaagaacgataata
gi|93302                      :  TCTT-CGTC-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-TGA-TCC----A-C-------T-----CAG-----C--T-C--C--C----C-------AT----T---------AA---------A-CCT---------TT------
gi|93303                      :  TCTT-TG-C-TA------GG-CA-----AGG------------TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------A-----C---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCAA-T--
gi|93307                      :   CTT-CG-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-GC-C-A-T-GC-AA-AG-T--GCC-GGC-C-AC--
gi|93308                      :   CTT-CA-C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCA-----C--T-C--C--C----C-------acgtgctgccatctatactgtcacgctaaagagcgataat
gi|93310                      :    TT-CGGC-TA------GC-CA-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCGC----C--T-C--C--C----C-------
gi|93311                      :     T-CG-C--A------GC-CA-----AGG-TGT-GT-CGG-TCC----A-CGGGCCTTT-----CCG-----C--TTC--C--C----C-------A-----T---------AA---------C-CCT---------TT------GGCCGA-T--A--T-GCAT-T-T-GC-CA-AA-CAAGCC-GGT-C-ACATCTTTGA--TTGGCGAGATT-GCG-GTAA-GC-G-C-GACCAATGA
gi|93312                      :     T-CG-C-TA------GC-CA-----AGA-GTT-TT-CGG-TCC----A-C-------T-----TCG-----C--T-C--C--C----C-------G-----C---------AA---------A-
gi|93313                      :     T-CG-C-TA------GC--A-----AGG-GTT-TT-CGG-TCC----G-C-------T-----CCG--------T-C--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-
gi|93314                      :         -C-TA------GC-CA-----AGG-GTT-T--CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--C----C-------A-----T---------
gi|93315                      :                                     -TT-CGG-TCC----A-C-------T-----CCG-----C--T-T--C--C----C-------A-----T---------AA---------A-C-----------------------------------C-C-T-T-GC-AA-AA-T--ATC-GGT-C-AC--TTTTGA--TTG
gi|93316                      :                                               C----A-C-------T-----CCG-----C--T-C--C--A----A-------A-----T---------AA---------A-CCC---------TT------GGCCGA-T--A--T-CC-A-T-T-GC-AA-AT-T--GTC-GGC-C-AC--