lowQualScore                  :                      1111111111                                                                                                           1111111         
lowQualScore                  :    0   0  0  1    0  0000000000 33333333333  555  22  66 1111  1111 55555555 0 11 0  444  000 1111 2222 0 111  11 0  000 111  111    000  5555555 2       
lowQualScore                  :    .   .  .  .    .  .......... ...........  ...  ..  .. ....  .... ........ . .. .  ...  ... .... .... . ...  .. .  ... ...  ...    ...  ....... .       
lowQualScore                  :    4   4  4  2    4  0000000000 00000000000  222  55  00 2222  6666 11111111 4 00 8  111  777 3333 8888 4 999  00 4  777 333  444    777  2222222 6       
consensus                     : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---N-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
Reference ( gi|42940 )        : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|42949                      : TTG-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------TGT--AATGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|42941                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCA-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---TG
gi|42947                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT--T-TT---C---CG------G----C---CGG-C-GTCCGTC
gi|42951                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--A-T---C-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GC--T-GT---C---CG---TCCC---TC---CG
gi|42943                      : TTT-GTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCA---TC---TG
gi|42942                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---T-A-----------GA---CG--GGG-C----GT----AAATT----T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC-------C-GTCCG
gi|42948                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT--T-TT---C---CG---GCC-----------G-C-GTCCGTC
gi|42952                      : TTT-TTA-AA-CG-CCCG-TC--T-T---T-A-----------GA---CGT-GGG-T----GT----A--------T-T--A-TAT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TCGTACAG-C-GTCCGTCcg
gi|42945                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---TTA-----------GA---CG--GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---CCAGCG---TCCG---TC---CG
gi|42963                      : TTT-TTA-CA-CG-CTCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----G--------T-T--A-TGT--TA---T---------G-C---GT--T-GT---C---TG---TCCG---TC---CG
gi|42950                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCA-TC--T-T---T-A-----------GA---CA--GGG-T----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT--T-GT---C---CG---TTCA---TC---CAG-C-GTCTGTC
gi|42972                      : TTT-TTA-AA-TG-CCCG-TC--T-T---T-A-----------GA---TG--GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TT---T----G----G-C---AT--T-GT---C---CG---TCCA---TC---CAG-C-GTCTGTC
gi|42944                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---T-A-----------GA---CG--GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---ACCG---
gi|42961                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---C----G----G-C---GTC-T-GT---C---CG---
gi|42946                      : TTT-TCA-TA-CG-CCCA-TC--T-T---T-A-----------GA---TG--GGG-C----GT----A--------C-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---
gi|42984                      : TTT-TTA-TG-TG-CCCA-TC--T-T---T-A-----------GA---CA--GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-T---GT--T-GC---C---CG---TTTG---TC---CGG-T-GTCC
gi|42967                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------G----CG--GGA-C----GC----A--------T-T--A-TGT--TA---T---------G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---
gi|42965                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--TCC-T----GT----G--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---
gi|42978                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---C----GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T--T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42977                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---C----GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T--T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42976                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---C----GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T--T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42958                      : TTT-TTA--A-CG-CTCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----A----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCTG---TC-----G-T-GTTCGT
gi|42971                      : TTT-TTA-TA-CG-AACA-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGA-CTCCCGT----A--------T-T--G-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---T
gi|42959                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---TA--GAT-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT--T-AT---C---CG---TCCG---T--------T-GTCCG
gi|42981                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CT--G-------------------------T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GC--T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGA-T-GTCTG
gi|42954                      : TTT-TTA-TA-CG-CCTG-TC--T-T---T-ATAGCACTATTAGA---CG--AGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---TG
gi|42983                      : TTT-TTA-TA-CG-CTTG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGA-T----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---A----G----G-C---GT--T-GT---C---CG----GCG---TC---C
gi|42953                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--A-----A-A-----------GA---TG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCA---TC-------C-GTCTGTCaatctg
gi|43008                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GT---C-----------------------------T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GA--T-GT---C---GG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|43010                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCG-TC--------------------------------GA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TGCG---TA---CGG-C-GTCCGTC
gi|42960                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TA--T-T---T-A-----------GA---TG--GGG-C----GT----A--------T-TG-A-TGT--TA---T----G----G-C----T--T-GT---C---TG---TCCG---CC---T---C-GTCCG
gi|42982                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---T-A-----------GA---T-------------T----A--------T-T--A-TGT--TACAAT----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---CG
gi|42957                      : TTT-TTA-TA-CG-CTCG-TC--G-----A-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT--C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42956                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCA-TC--G-----A-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT--C-GT---C---CG---TCTG---TC---TGtc
gi|42993                      : TTT-TTA-TA-TA-CCCA-TC--T-----C-A-----------GA---CG--GAA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-T---GT--T-GT---C---TG---TCTG---TC---tctg
gi|42955                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCG-TC--G-----A-A-----------GA---CG--GGA-C----GTT---A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
gi|43000                      : TTT-TTA-TA-CG-CCTG-TC--T-T---C-A-----------GA---------A------GT----T--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T--T------------TCCG---TC---CGG-C-GTACGTC
gi|42973                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TT--T-T---A-A-----------GA---CG--G-A-T-----T----A--------A-T--A-TGT--TA---T----G----A-C---GT--T-GT---C---TG---TCTG---TC---CG
gi|42969                      : TTT-TTA-TA-TG-CCTG-TC--T-T---T-A-----------AA---TG--GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G---------T-GT---C---TG---TCCG---TC---TGt
gi|42964                      : TTT-TTAATA-CG-CCCG-TC--T-G---A-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----AT---G-C---GT--T-GTCGAC---CG---TCTG---TC---TG
gi|42970                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--G-----A-A-----------GA---CG--G-A-C----GT----A--------T----A-TGG--TA---T----A----G-C---GT--C-GT---C---CG---TCCG---TC---TGA-CTGTCtc
gi|42989                      : TTT-TTA-TA-CG-CC-G-TC--T-T---T-A-----------GA---CA--GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--T----T----G----G-C---AT--T-GT---C---CG---T
gi|42966                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC----G---A-A-----------GA---CG--GGA-CG---GT----A--------T-T--A-TGG--TA---TA---G----G-C---GTTGT-GT---C---CG---TCTG---TC---aatagcttgtccg
gi|42979                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCG-TC--A-----A-A-----------AA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--AA---T----A----G-C---GT--C-GT---C---CG---TCTG---TC-------C-ATCTGTCagtc
gi|43002                      : TTT-TTA-TAATG-CCCA-TC--T-T-----A-----------GA---CG--GGG-C----GT---------------T--A-TGT--TA---T----G----G-G---AT--T-GT---C---CG---T-CG---TC---CAT-C-GTC
gi|42974                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCG-TC--G-----A-A-----------GA---CG--GAA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---AT--C-GT---C---CG---ACTG---TC---TG
gi|42980                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCG-TC--G-----A-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----ACATTTGTAT-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT--C-GT---C---CG---TCTG---TC---TGtctgt
gi|43012                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCG-TC--A-A---C-A------------A---CT--AGA-C----AT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-T---AT--T-GT---C---TG---TCTG---TC-------C-ATCTGTCcccg
gi|42994                      : TTT-TTA-TA-CG-TCTG-TCAAT-------------------GA---CG--GGA-C----AT----AT-------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---AT--G-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42986                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC----G---A-A-----------GA---CG--GGA-T----GT----A----------T--A-TGG--TA---T----A----G-G---AT--C-GT---C---TG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCttggtc
gi|42975                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-CA--T-G---A-A-----------GAG--CG--GG--C----GT----A--------T-T--A-TTT--TA---T----A----C-C---GC--T-GT-------CA---TCCG---TC---TGT-CTGTCCGTC
gi|43015                      : TTT-TTA-TA-TG-TCC------T-T---C-AAT---------GA---TG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---A----G----G-C---GC--T-GT---C---TG---TCTC---TC---TG
gi|42987                      : TTT-GTA-TA-CG-CTCG-TC--A-----A-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----ACATGTA--T-T--A-TAG--TA---T----A----G-C---GT--C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtctg
gi|43009                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCA-TC----------------------GA---AGATGGA-T----GT----A--------T-T--T-TGG--TA---T----A----G-C---GT--C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42996                      : TTT-TTA-TA-CG-CCTG-CC--T-A---A-A-----------AAG--CG--GGA------GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC--T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43007                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--A-----A-A-----------GA---CA----A-A----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----T----G-C---GC--C-GT---C---CG---TCTG---TC---TGtcc
gi|42999                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-CC--T-A---A-A-----------AAG--CG--GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC--T-GC---C---TG---TCTG---TC---
gi|43006                      : TTT-CTA-TA-CG-CCCG--C--A-T---A-A-----------AA---GGC-GGA-C----GC----A--------T-T--A-TGC--CA---T----A----G-C---GC--T-GT-------CG---TCCG---TC---TGt
gi|42988                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCA--C--T-TAAAC-A-----------G----CG--GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC--T--T---C---CG---TCTG---TC---TGtc
gi|43001                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-TC----G---A-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----AAATATATTT-T--A--AT--TA---T----GGTTTG-C---GT--C-GT---C---CG---TCTG---T------A-T-GTCTGTCtcc
gi|42985                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG--C--A-T---A-A-----------AA---TGT-GCG-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC--T--T---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42968                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG--C--A-T---A-A-----------AAAG-CA--GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC--T-GT-------CG---TCTG---TC---TGtcc
gi|42998                      : TTTATTA-TA-CG-CCCG-CC--T-A---A-A-----------AG---CG--GG--C----GT----A--------T-T--A-TGCTATA---T----A----G-CACTGT--C-GT---C---CG---TCTG---TC---Ctcc
gi|43018                      : TTT-TTA-TA-CG-CCTG--C--A-T---A-A-----------AAAG-CG--GG--C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----ACT--G-CT--GT--T-GT---C---CG---TCTG---TC---C
gi|42991                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG--C--A-T---A-A-----------AAAG-CG--GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC--T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|42992                      : TTT-TTA-TA-TA-CCC--TC--A-T---A-A-----------AA---AGT-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC--T-GT-------CG---TCCA---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|43003                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG-CA--TAT---A-A-----------AG---CG--GG--T----GTATTAA--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC--T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43016                      : TTT-TTA-TA-CA-CCCG-T---T-T---A-A-----------AAATACG--GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TT---T----G----G-C---GC--T-G----C---TG---CCCG---TC---TGtttgtc
gi|42990                      : TTT-TTA-TA-CA-CCCG-CC--T-A---A-A-----------AAG--CG--GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GA--T-GT-------CA---TCCA---TC---CGT-CTGTCTGTCt
gi|43014                      : TTT-TTA-TA-CG-CCTG--C--A-T---A-A-----------AA---AGC-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-T---GC--T-GT-------CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTC
gi|43019                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG--C--A-T---A-A-----------AA---AG--CGACC----GA----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC--T-GT-------CG---TCCG---TC-------T-GTCTGTC
gi|42962                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCG--C--A-T---A-A-----------AAAG-CG--GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---AC--T-GT-------CG---TCCG---TC-------T-GTCTGTC
gi|43013                      : TTT-TTA-TA-AG-CCCG-----------C-A-----------TA---AA--AAG-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC--T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43005                      : TTT-TTA-TA-GG-CCGG-CC--T-G---C-ATAA--------AA---AG--CGG-T----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----ACT--G-CT--GT--T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|43017                      : TTT-TTA-TA-TG-CCCG-CA--T-T---A-A-----------AAG--CG--GG--C----GT----A--------T-A--A-TTC--TA---T----A----C-C---GC--T-GT-------CG---TCTG---TC-------T-GTTCGTC
gi|43011                      : TTT-TTA-TA-CG-CCCG--C--A-T---A-A-----------AAAG-CG--GG--C----GT----A--------------------TA---C----C----G-CT--GT--C-GT---C---CG---TCCG---TC-------T-GTCCGTC
gi|43040                      :  TT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--T-T---C-------------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--T-TGT--TA---T----GT---G-C---GT--T-GT---C---C-------G---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|43042                      :  TC-TTA-TA-CG-CCTG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--AGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT--T-----------G---TCCG---TC---CGG-C-GTATGTC
gi|43038                      :  TT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--G-----A-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCTG---TC-------C-GTCCGTCgtc
gi|43046                      :  TT-TTA-TA-CG-CCGT-TC--T-T---C-A-----------GA---TG--GGA-C----GTT---A--------C-TCTA-TGT--TA---T----G----G-C---AT--T-GT---C---CG---TCCA---TC---CG
gi|43041                      :  TT-ATG-TA-CG-CCCG-TC--G-T-----A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---GT--C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
gi|43039                      :  TT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--A-----A-A-----------GA---CG--GGC-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT--C-GT---CGT-CG---TCCG---TC-------C-GTCCGTC
gi|43044                      :  TT-TTA-TA-CG-GCCG-TC--G-T-----A-----------AA---CG--CGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-------------CG---TCCG---TC---CGGTC-GTCCG
gi|43043                      :  TT-TTA-TA-CG-CCCG-TC--A-----A-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-C--A-TGG--TA---T----G----A-A---GT--C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
gi|43052                      :   T-TT--TA-CG-CCCA-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGG-C----GT----A--------T-T--ATTGT--TA---T----G----GCC---GT--TGGT---C---GG---TCCG---CC---
gi|43051                      :   T-TTA-TA-CG-CCTT-TT--T-T---T-T-----------GA---TG--GGG-C----AT----A--------T-T--A-TAT--TG---T----G----G-T---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---
gi|43053                      :   T-TTA-TA-CG-CCCG-T---T-A---A-A-----------TA---CA--GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---A---CG---TCTG---TC---
gi|43050                      :   T-TTA-TA-CG-CCCG-TC----A---A-A-----------GA---CG--GGA-C----GT-------------T-C--A-TG---TA---T----G----A-A---GT--C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43049                      :   T-TTA-TA-CG-CCCG-TC----A---A-A-----------GA---CG--GGA-C----GT-------------T-C--A-TG---TA---T----G----A-A---GT--C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43054                      :    -TTA-TA-CG-CCTG-TC--T-T---C-A-----------GA---CA--AGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-T---TT--T-GT---C---CGGCATCCG---TC---CG
gi|43055                      :    -TTA-TA-CG-CCTG-TC--T-T---C-A-----------GA---CA--GG--C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-T---TT--T-GT---C---CGGCATCCG---TC---CG
gi|43056                      :    -TCA-TG-CG-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TA---A----G----G-C---G---T-GT---C---CA---TCCAGCTTC---ATG-T-GTCCG
gi|43057                      :    -TTA-TA-CA-CCCG-TT--T-T---T-A-----------GA---CA--GAG-C----TT----A--------T-T--A-TGT--TA---A----A----G-C---GT--T-GT---C---TG---CCTG---CC---TG
gi|42970                      :      TA-TA-CG-TCCG-TC--T-T---C-------------GA---CG--GG--C----GT----A--------T-ctcg
gi|42986                      : tttttTA-TA-CATCCCG-TC--T-T---C-------------GA---CG--GG--C----GT----A--------T-tggtatagcgtcgtccgtccgtctgactgtc
gi|43038                      :  tttttA-TA-CGTCCCG-TC--T-T---C-------------GA---CG--GG--C----GT----A--------T-tggtataggatcgtctgtctgtctgtctgtc
gi|42964                      :   ttttA-TA-CGTCCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GG--C----GT----A--------T-T--A-tatggtatagcgttgtccgtctgtccgtccgtc
gi|42975                      :   ttttA-TA-CG-CCCGCTC--T-T---C-A-----------TG---CG--GG--C----GT----A--------T-tatggtatatgcgttgtcgaccgtctgtctgtc
gi|42998                      :  tttttA-TA-CG-CCCG-CT--T-T---T-A-----------GG---CG--GG--C----GT----A--------T-A--A-Ttattttataccgctgtcatccgtctgtctgtccgtc
gi|43060                      :     ttt-TA-CA-CCCG-TC--T-T---C-A-----------GA---CG--GGA-C----GT----A--------T-T--A-TG---TA---TTAAAG----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---tatgctatatagcactgtcgtccgtctgtcc
gi|43061                      :          A-CG-CCCG-TC--T-T---T-A-----------G------------------T----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGaaatagtttgtccg
gi|43063                      :                  G-TC--T-T---T-A-----------GA---CG--GAG-C----GC----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCTGTC
gi|43064                      :                   -TT--T-T---T-A-----------GA---CG--GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCCG---TC---CG
gi|43067                      :                               -A-----------GA---TG--GGA-T----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT--T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|43004 ): TTGTTATATGCTCATCAAAGATGGGACACATTATGGTATGGCATTGTCCATTTGTCTGTCCG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                    1111111         
lowQualScore                  :    0   0  0        7777777 33333333333  555  2  33 1111  1111 55555555 0 11 0  333  000 1111 2222 0 111  0 0  000 111  111    000  4444444 2       
lowQualScore                  :    .   .  .        ....... ...........  ...  .  .. ....  .... ........ . .. .  ...  ... .... .... . ...  . .  ... ...  ...    ...  ....... .       
lowQualScore                  :    4   4  4        8888888 44444444444  555  0  99 3333  7777 44444444 4 00 8  999  777 3333 8888 4 999  4 4  777 333  444    777  4444444 6       
consensus                     : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TN-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
Reference ( family-221 )      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TN-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|42940                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|42941                      : TTT-TTA-TA-CGCCCATCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---TG
gi|42942                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----AAATT----T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC-------C-GTCCG
gi|42943                      : TTT-GTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCA---TC---TG
gi|42944                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---CG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---ACCG---
gi|42945                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TTTA-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---CCAGCG---TCCG---TC---CG
gi|42946                      : TTT-TCA-TA-CGCCCATCT---TT-A-----------GA---TG-GGG-C----GT----A--------C-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---
gi|42947                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-TT---C---CG------G----C---CGG-C-GTCCGTC
gi|42948                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-TT---C---CG---GCC-----------G-C-GTCCGTC
gi|42949                      : TTG-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------TGT--AATGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTCcg
gi|42950                      : TTT-TTA-TA-TGCCCATCT---TT-A-----------GA---CA-GGG-T----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TTCA---TC---CAG-C-GTCTGTC
gi|42951                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCA---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GC-T-GT---C---CG---TCCC---TC---CG
gi|42952                      : TTT-TTA-AA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---CGTGGG-T----GT----A--------T-T--A-TAT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TCGTACAG-C-GTCCGTC
gi|42953                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---TG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCA---TC-------C-GTCTGTC
gi|42954                      : TTT-TTA-TA-CGCCTGTCT---TT-ATAGCACTATTAGA---CG-AGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---TG
gi|42955                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GTT---A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
gi|42956                      : TTT-TTA-TA-CGCCCATCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42957                      : TTT-TTA-TA-CGCTCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TGtctg
gi|42958                      : TTT-TTA--A-CGCTCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-----G-T-GTTCGTtc
gi|42959                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCT---TC-A-----------GA---TA-GAT-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-AT---C---CG---TCCG---T--------T-GTCCG
gi|42960                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTAT---TT-A-----------GA---TG-GGG-C----GT----A--------T-TG-A-TGT--TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---TG---TCCG---CC---T---C-GTCCG
gi|42961                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---C----G----G-C---GTCT-GT---C---CG---
gi|42962                      : TTT-TTA-TA-TGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---AC-T-GT-------CG---TCCG---TC-------T-GTCTGTC
gi|42963                      : TTT-TTA-CA-CGCTCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----G--------T-T--A-TGT--TA---T---------G-C---GT-T-GT---C---TG---TCCG---TC---CG
gi|42964                      : TTT-TTAATA-CGCCCGTCT---GA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----AT---G-C---GT-T-GTCGAC---CG---TCTG---TC---TG
gi|42965                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-TCC-T----GT----G--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---tc
gi|42966                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTC----GA-A-----------GA---CG-GGA-CG---GT----A--------T-T--A-TGG--TA---TA---G----G-C---GT-T-GT--------G---TCCG---TC---TG
gi|42967                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCT---TC-A-----------G----CG-GGA-C----GC----A--------T-T--A-TGT--TA---T---------G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---tcagtc
gi|42968                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CA-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCTG---TC---TG
gi|42969                      : TTT-TTA-TA-TGCCTGTCT---TT-A-----------AA---TG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G--------T-GT---C---TG---TCCG---TC---TGtcc
gi|42970                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-G-A-C----GT----A--------T----A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCCG---TC---TGA-CTGTC
gi|42971                      : TTT-TTA-TA-CGAACATCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-CTCCCGT----A--------T-T--G-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---T
gi|42972                      : TTT-TTA-AA-TGCCCGTCT---TT-A-----------GA---TG-GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TT---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TCCA---TC---CAG-C-GTCTGTC
gi|42973                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTTT---TA-A-----------GA---CG-G-A-T-----T----A--------A-T--A-TGT--TA---T----G----A-C---GT-T-GT---C---TG---TCTG---TC---CG
gi|42974                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GAA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---AT-C-GT---C---CG---ACTG---TC---TGt
gi|42975                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGCAT---GA-A-----------GAG--CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TTT--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CA---TCCG---TC---TGT-CTGTCCGTCtctgt
gi|42976                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---C---GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42977                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---C---GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42978                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---C---GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42979                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCA----A-A-----------AA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--AA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------C-ATCTGTC
gi|42980                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----ACATTTGTAT-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42981                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CT-G-------------------------T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GC-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGA-T-GTCTGcccg
gi|42982                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---T------------T----A--------T-T--A-TGT--TACAAT----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CG
gi|42983                      : TTT-TTA-TA-CGCTTGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-T----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---A----G----G-C---GT-T-GT---C---CG----GCG---TC---C
gi|42984                      : TTT-TTA-TG-TGCCCATCT---TT-A-----------GA---CA-GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-T---GT-T-GC---C---CG---TTTG---TC---CGG-T-GTCCaatctg
gi|42985                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AA---TGTGCG-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T--T---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42986                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTC----GA-A-----------GA---CG-GGA-T----GT----A----------T--A-TGG--TA---T----A----G-G---AT-C-GT---C---TG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|42987                      : TTT-GTA-TA-CGCTCGTCA----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----ACATGTA--T-T--A-TAG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTC
gi|42988                      : TTT-TTA-TA-CGCCCA-CT---TA-AAC---------AG---CG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T--T---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42989                      : TTT-TTA-TA-CGCC-GTCT---TT-A-----------GA---CA-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--T----T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---Ttcc
gi|42990                      : TTT-TTA-TA-CACCCGCCT---AA-A-----------AAG--CG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GA-T-GT-------CA---TCCA---TC---CGT-CTGTCTGTCaatagcttgtccg
gi|42991                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|42992                      : TTT-TTA-TA-TACCC-TCA---TA-A-----------AA---AGTGGG-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCCA---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|42993                      : TTT-TTA-TA-TACCCATCT----C-A-----------GA---CG-GAA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-T---GT-T-GT---C---TG---TCTG---TC---
gi|42994                      : TTT-TTA-TA-CGTCTGTC-----A-AT----------GA---CG-GGA-C----AT----AT-------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---AT-G-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42996                      : TTT-TTA-TA-CGCCTGCCT---AA-A-----------AAG--CG-GGA------GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TGttggtc
gi|42998                      : TTTATTA-TA-CGCCCGCCT---AA-A-----------AG---CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGCTATA---T----A----G-CACTGT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---Ctcc
gi|42999                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGCCT---AA-A-----------AAG--CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GC---C---TG---TCTG---TC---
gi|43000                      : TTT-TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA--------A------GT----T--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T--T------------TCCG---TC---CGG-C-GTACGTCt
gi|43001                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTC----GA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----AAATATATTT-T--A--AT--TA---T----GGTTTG-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---T------A-T-GTCTGTC
gi|43002                      : TTT-TTA-TAATGCCCATCT---T--A-----------GA---CG-GGG-C----GT---------------T--A-TGT--TA---T----G----G-G---AT-T-GT---C---CG---T-CG---TC---CAT-C-GTC
gi|43003                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGCATA--TA-A-----------AG---CG-GG--T----GTATTAA--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43005                      : TTT-TTA-TA-GGCCGGCCTGCATA-A-----------AA---AG-CGG-T----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----ACT--G-CT--GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtttgtc
gi|43006                      : TTT-CTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AA---GGCGGA-C----GC----A--------T-T--A-TGC--CA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43007                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---CA---A-A----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----T----G-C---GC-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TGtc
gi|43008                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GT---C----------------------------T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GA-T-GT---C---GG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|43009                      : TTT-TTA-TA-CGCCCATCG----A-A-----------GA---TG-G-A-T----GT----A--------T-T--T-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43010                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTC----------------------------GA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TGCG---TA---CGG-C-GTCCGTC
gi|43011                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----GT----A--------------------TA---C----C----G-CT--GT-C-GT---C---CG---TCCG---TC-------T-GTCCGTC
gi|43012                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCA---AC-A------------A---CT-AGA-C----AT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-T---AT-T-GT---C---TG---TCTG---TC-------C-ATCTGTC
gi|43013                      : TTT-TTA-TA-AGCCCG-CA---TA-A-----------AA---AG-----C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43014                      : TTT-TTA-TA-CGCCTG-CA---TA-A-----------AA---AGCGGA-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-T---GC-T-GT-------CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|43015                      : TTT-TTA-TA-TGTCC---T---TC-AAT---------GA---TG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---A----G----G-C---GC-T-GT---C---TG---TCTC---TC---TG
gi|43016                      : TTT-TTA-TA-CACCCGT-T---TA-A-----------AAATACG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TT---T----G----G-C---GC-T-G----C---TG---CCCG---TC---TGtctg
gi|43017                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGCAT---TA-A-----------AAG--CG-GG--C----GT----A--------T-A--A-TTC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCTG---TC-------T-GTTCGTCt
gi|43018                      : TTT-TTA-TA-CGCCTG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----ACT--G-CT--GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC---C
gi|43019                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AA---AG-CGACC----GA----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC-------T-GTCTGTC
gi|43038                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------C-GTCCGTC
gi|43039                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---CG-GGC-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---CGT-CG---TCCG---TC-------C-GTCCGTC
gi|43040                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-------------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--T-TGT--TA---T----GT---G-C---GT-T-GT---C---C-------G---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|43041                      :  TT-ATG-TA-CGCCCGTCG---T--A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
gi|43042                      :  TC-TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA---CG-AGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-----------G---TCCG---TC---CGG-C-GTATGTC
gi|43043                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-C--A-TGG--TA---T----G----A-A---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCGgtc
gi|43044                      :  TT-TTA-TA-CGGCCGTCG---TA-A------------A---CG-CGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT------------CG---TCCG---TC---CGGTC-GTCCG
gi|43046                      :  TT-TTA-TA-CGCCGTTCT---TC-A-----------GA---TG-GGA-C----GTT---A--------C-TCTA-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TCCA---TC---CG
gi|43049                      :   T-TTA-TA-CGCCCGTC----AA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT-------------T-C--A-TG---TA---T----G----A-A---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43050                      :   T-TTA-TA-CGCCCGTC----AA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT-------------T-C--A-TG---TA---T----G----A-A---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43051                      :   T-TTA-TA-CGCCTTTTT---TT-T-----------GA---TG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TAT--TG---T----G----G-T---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---
gi|43052                      :   T-TT--TA-CGCCCATCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--ATTGT--TA---T----G----GCC---GT-TGGT---C---GG---TCCG---CC---
gi|43053                      :   T-TTA-TA-CGCCCGT-T---AA-A-----------TA---CA-GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---A---CG---TCTG---TC---
gi|43054                      :    -TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA---CA-AGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-T---TT-T-GT---C---CGGCATCCG---TC---CG
gi|43055                      :    -TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA---CA-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-T---TT-T-GT---C---CGGCATCCG---TC---CG
gi|43056                      :    -TCA-TG-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TA---A----G----G-C---G--T-GT---C---CA---TCCAGCTTC---ATG-T-GTCCG
gi|43057                      :    -TTA-TA-CACCCGTTT---TT-A-----------GA---CA-GAG-C----TT----A--------T-T--A-TGT--TA---A----A----G-C---GT-T-GT---C---TG---CCTG---CC---TG
gi|43060                      :        -TA-CACCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TG---TA---TTAAAG----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---ctcg
gi|43061                      :          A-CGCCCGTCT---TT-A-----------G-----------------T----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGaaatagtttgtccg
gi|43063                      :                 GTCT---TT-A-----------GA---CG-GAG-C----GC----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCTGTC
gi|43064                      :                  TTT---TT-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CG
gi|43067                      :                          -A-----------GA---TG-GGA-T----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|43004 ): TTGTTATATGCTCATCAAAGATGGGACACATTATGGTATGGCATTGTCCATTTGTCTGTCCG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                    1111111         
lowQualScore                  :    0   0  0        7777777 33333333333  555  2  33 1111  1111 55555555 0 11 0  333  000 1111 2222 0 111  0 0  000 111  111    000  4444444 2       
lowQualScore                  :    .   .  .        ....... ...........  ...  .  .. ....  .... ........ . .. .  ...  ... .... .... . ...  . .  ... ...  ...    ...  ....... .       
lowQualScore                  :    4   4  4        8888888 44444444444  555  0  99 3333  7777 44444444 4 00 8  999  777 3333 8888 4 999  4 4  777 333  444    777  4444444 6       
consensus                     : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TN-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
Reference ( family-221 )      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TN-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|42940                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|42941                      : TTT-TTA-TA-CGCCCATCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---TG
gi|42942                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----AAATT----T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC-------C-GTCCG
gi|42943                      : TTT-GTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCA---TC---TG
gi|42944                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---CG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---ACCG---
gi|42945                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TTTA-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---CCAGCG---TCCG---TC---CG
gi|42946                      : TTT-TCA-TA-CGCCCATCT---TT-A-----------GA---TG-GGG-C----GT----A--------C-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---
gi|42947                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-TT---C---CG------G----C---CGG-C-GTCCGTC
gi|42948                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-TT---C---CG---GCC-----------G-C-GTCCGTC
gi|42949                      : TTG-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------TGT--AATGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTCcg
gi|42950                      : TTT-TTA-TA-TGCCCATCT---TT-A-----------GA---CA-GGG-T----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TTCA---TC---CAG-C-GTCTGTC
gi|42951                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCA---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GC-T-GT---C---CG---TCCC---TC---CG
gi|42952                      : TTT-TTA-AA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---CGTGGG-T----GT----A--------T-T--A-TAT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TCGTACAG-C-GTCCGTC
gi|42953                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---TG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCA---TC-------C-GTCTGTC
gi|42954                      : TTT-TTA-TA-CGCCTGTCT---TT-ATAGCACTATTAGA---CG-AGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---TG
gi|42955                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GTT---A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
gi|42956                      : TTT-TTA-TA-CGCCCATCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42957                      : TTT-TTA-TA-CGCTCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TGtctg
gi|42958                      : TTT-TTA--A-CGCTCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-----G-T-GTTCGTtc
gi|42959                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCT---TC-A-----------GA---TA-GAT-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-AT---C---CG---TCCG---T--------T-GTCCG
gi|42960                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTAT---TT-A-----------GA---TG-GGG-C----GT----A--------T-TG-A-TGT--TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---TG---TCCG---CC---T---C-GTCCG
gi|42961                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---C----G----G-C---GTCT-GT---C---CG---
gi|42962                      : TTT-TTA-TA-TGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---AC-T-GT-------CG---TCCG---TC-------T-GTCTGTC
gi|42963                      : TTT-TTA-CA-CGCTCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----G--------T-T--A-TGT--TA---T---------G-C---GT-T-GT---C---TG---TCCG---TC---CG
gi|42964                      : TTT-TTAATA-CGCCCGTCT---GA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----AT---G-C---GT-T-GTCGAC---CG---TCTG---TC---TG
gi|42965                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-TCC-T----GT----G--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---tc
gi|42966                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTC----GA-A-----------GA---CG-GGA-CG---GT----A--------T-T--A-TGG--TA---TA---G----G-C---GT-T-GT--------G---TCCG---TC---TG
gi|42967                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCT---TC-A-----------G----CG-GGA-C----GC----A--------T-T--A-TGT--TA---T---------G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---tcagtc
gi|42968                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CA-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCTG---TC---TG
gi|42969                      : TTT-TTA-TA-TGCCTGTCT---TT-A-----------AA---TG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G--------T-GT---C---TG---TCCG---TC---TGtcc
gi|42970                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-G-A-C----GT----A--------T----A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCCG---TC---TGA-CTGTC
gi|42971                      : TTT-TTA-TA-CGAACATCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-CTCCCGT----A--------T-T--G-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---T
gi|42972                      : TTT-TTA-AA-TGCCCGTCT---TT-A-----------GA---TG-GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TT---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TCCA---TC---CAG-C-GTCTGTC
gi|42973                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTTT---TA-A-----------GA---CG-G-A-T-----T----A--------A-T--A-TGT--TA---T----G----A-C---GT-T-GT---C---TG---TCTG---TC---CG
gi|42974                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GAA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---AT-C-GT---C---CG---ACTG---TC---TGt
gi|42975                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGCAT---GA-A-----------GAG--CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TTT--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CA---TCCG---TC---TGT-CTGTCCGTCtctgt
gi|42976                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---C---GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42977                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---C---GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42978                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---C---GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42979                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCA----A-A-----------AA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--AA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------C-ATCTGTC
gi|42980                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----ACATTTGTAT-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42981                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CT-G-------------------------T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GC-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGA-T-GTCTGcccg
gi|42982                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---T------------T----A--------T-T--A-TGT--TACAAT----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CG
gi|42983                      : TTT-TTA-TA-CGCTTGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-T----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---A----G----G-C---GT-T-GT---C---CG----GCG---TC---C
gi|42984                      : TTT-TTA-TG-TGCCCATCT---TT-A-----------GA---CA-GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-T---GT-T-GC---C---CG---TTTG---TC---CGG-T-GTCCaatctg
gi|42985                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AA---TGTGCG-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T--T---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42986                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTC----GA-A-----------GA---CG-GGA-T----GT----A----------T--A-TGG--TA---T----A----G-G---AT-C-GT---C---TG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|42987                      : TTT-GTA-TA-CGCTCGTCA----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----ACATGTA--T-T--A-TAG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTC
gi|42988                      : TTT-TTA-TA-CGCCCA-CT---TA-AAC---------AG---CG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T--T---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42989                      : TTT-TTA-TA-CGCC-GTCT---TT-A-----------GA---CA-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--T----T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---Ttcc
gi|42990                      : TTT-TTA-TA-CACCCGCCT---AA-A-----------AAG--CG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GA-T-GT-------CA---TCCA---TC---CGT-CTGTCTGTCaatagcttgtccg
gi|42991                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|42992                      : TTT-TTA-TA-TACCC-TCA---TA-A-----------AA---AGTGGG-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCCA---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|42993                      : TTT-TTA-TA-TACCCATCT----C-A-----------GA---CG-GAA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-T---GT-T-GT---C---TG---TCTG---TC---
gi|42994                      : TTT-TTA-TA-CGTCTGTC-----A-AT----------GA---CG-GGA-C----AT----AT-------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---AT-G-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42996                      : TTT-TTA-TA-CGCCTGCCT---AA-A-----------AAG--CG-GGA------GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TGttggtc
gi|42998                      : TTTATTA-TA-CGCCCGCCT---AA-A-----------AG---CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGCTATA---T----A----G-CACTGT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---Ctcc
gi|42999                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGCCT---AA-A-----------AAG--CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GC---C---TG---TCTG---TC---
gi|43000                      : TTT-TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA--------A------GT----T--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T--T------------TCCG---TC---CGG-C-GTACGTCt
gi|43001                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTC----GA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----AAATATATTT-T--A--AT--TA---T----GGTTTG-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---T------A-T-GTCTGTC
gi|43002                      : TTT-TTA-TAATGCCCATCT---T--A-----------GA---CG-GGG-C----GT---------------T--A-TGT--TA---T----G----G-G---AT-T-GT---C---CG---T-CG---TC---CAT-C-GTC
gi|43003                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGCATA--TA-A-----------AG---CG-GG--T----GTATTAA--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43005                      : TTT-TTA-TA-GGCCGGCCTGCATA-A-----------AA---AG-CGG-T----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----ACT--G-CT--GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtttgtc
gi|43006                      : TTT-CTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AA---GGCGGA-C----GC----A--------T-T--A-TGC--CA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43007                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---CA---A-A----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----T----G-C---GC-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TGtc
gi|43008                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GT---C----------------------------T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GA-T-GT---C---GG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|43009                      : TTT-TTA-TA-CGCCCATCG----A-A-----------GA---TG-G-A-T----GT----A--------T-T--T-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43010                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTC----------------------------GA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TGCG---TA---CGG-C-GTCCGTC
gi|43011                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----GT----A--------------------TA---C----C----G-CT--GT-C-GT---C---CG---TCCG---TC-------T-GTCCGTC
gi|43012                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCA---AC-A------------A---CT-AGA-C----AT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-T---AT-T-GT---C---TG---TCTG---TC-------C-ATCTGTC
gi|43013                      : TTT-TTA-TA-AGCCCG-CA---TA-A-----------AA---AG-----C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43014                      : TTT-TTA-TA-CGCCTG-CA---TA-A-----------AA---AGCGGA-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-T---GC-T-GT-------CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|43015                      : TTT-TTA-TA-TGTCC---T---TC-AAT---------GA---TG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---A----G----G-C---GC-T-GT---C---TG---TCTC---TC---TG
gi|43016                      : TTT-TTA-TA-CACCCGT-T---TA-A-----------AAATACG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TT---T----G----G-C---GC-T-G----C---TG---CCCG---TC---TGtctg
gi|43017                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGCAT---TA-A-----------AAG--CG-GG--C----GT----A--------T-A--A-TTC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCTG---TC-------T-GTTCGTCt
gi|43018                      : TTT-TTA-TA-CGCCTG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----ACT--G-CT--GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC---C
gi|43019                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AA---AG-CGACC----GA----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC-------T-GTCTGTC
gi|43038                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------C-GTCCGTC
gi|43039                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---CG-GGC-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---CGT-CG---TCCG---TC-------C-GTCCGTC
gi|43040                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-------------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--T-TGT--TA---T----GT---G-C---GT-T-GT---C---C-------G---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|43041                      :  TT-ATG-TA-CGCCCGTCG---T--A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
gi|43042                      :  TC-TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA---CG-AGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-----------G---TCCG---TC---CGG-C-GTATGTC
gi|43043                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-C--A-TGG--TA---T----G----A-A---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCGgtc
gi|43044                      :  TT-TTA-TA-CGGCCGTCG---TA-A------------A---CG-CGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT------------CG---TCCG---TC---CGGTC-GTCCG
gi|43046                      :  TT-TTA-TA-CGCCGTTCT---TC-A-----------GA---TG-GGA-C----GTT---A--------C-TCTA-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TCCA---TC---CG
gi|43049                      :   T-TTA-TA-CGCCCGTC----AA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT-------------T-C--A-TG---TA---T----G----A-A---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43050                      :   T-TTA-TA-CGCCCGTC----AA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT-------------T-C--A-TG---TA---T----G----A-A---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43051                      :   T-TTA-TA-CGCCTTTTT---TT-T-----------GA---TG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TAT--TG---T----G----G-T---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---
gi|43052                      :   T-TT--TA-CGCCCATCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--ATTGT--TA---T----G----GCC---GT-TGGT---C---GG---TCCG---CC---
gi|43053                      :   T-TTA-TA-CGCCCGT-T---AA-A-----------TA---CA-GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---A---CG---TCTG---TC---
gi|43054                      :    -TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA---CA-AGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-T---TT-T-GT---C---CGGCATCCG---TC---CG
gi|43055                      :    -TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA---CA-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-T---TT-T-GT---C---CGGCATCCG---TC---CG
gi|43056                      :    -TCA-TG-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TA---A----G----G-C---G--T-GT---C---CA---TCCAGCTTC---ATG-T-GTCCG
gi|43057                      :    -TTA-TA-CACCCGTTT---TT-A-----------GA---CA-GAG-C----TT----A--------T-T--A-TGT--TA---A----A----G-C---GT-T-GT---C---TG---CCTG---CC---TG
gi|43060                      :        -TA-CACCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TG---TA---TTAAAG----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---ctcg
gi|43061                      :          A-CGCCCGTCT---TT-A-----------G-----------------T----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGaaatagtttgtccg
gi|43063                      :                 GTCT---TT-A-----------GA---CG-GAG-C----GC----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCTGTC
gi|43064                      :                  TTT---TT-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CG
gi|43067                      :                          -A-----------GA---TG-GGA-T----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG


blockSeqs                     :                    TGCATA  TAGCACTATTA  ATA  T  AC TCCC  ATTA CATTTGTA         CTA      TAAA GTTT   ACT           CAG  GCA         GTACAG  T
blockSeqs                     :                    TTTT    AC           AG   T  G  G     T    AATATATT         TG       A    CT     T             GT   GCA         GGGG    T
blockSeqs                     :                    TATA    AT           AG   T  G  .     T    CATGTA           TG       .    CT     T             .    .           GGGG    T
blockSeqs                     :                    TTC     T            AG   C  G  .     .    AATT             TG       .    T      T             .    .           GGGG    .
blockSeqs                     :                    TTT     .            AG   C  G  .     .    T                TG       .    T      .             .    .           CGGT    .
blockSeqs                     :                    TTC     .            AG   .  G  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CGG     .
blockSeqs                     :                    TTT     .            G    .  G  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CGG     .
blockSeqs                     :                    TTT     .            G    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CAG     .
blockSeqs                     :                    TTC     .            G    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           TGA     .
blockSeqs                     :                    TTC     .            G    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CAG     .
blockSeqs                     :                    TTC     .            G    .  G  .     .    .                T        .    .      .             .    .           TGT     .
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CGA     .
blockSeqs                     :                    ATC     .            .    .  G  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CGG     .
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CGT     .
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  G  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CGG     .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CAT     .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CGG     .
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .           CGG     .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  G  .     .    .                T        .    .      .             .    .           CGG     .
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  T  .     .    .                G        .    .      .             .    .           CGG     .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  G  .     .    .                G        .    .      .             .    .           ATG     .
blockSeqs                     :                    TGA     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .           CGG     .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           G       .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           G       .
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  C  .     .    .                T        .    .      .             .    .           T       .
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .           A       .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  G  .     .    .                G        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTA     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TGA     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTA     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TAA     .            .    .  G  .     .    .                G        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TAA     .            .    .  G  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TAA     .            .    .  G  .     .    .                T        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TAA     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .           .       .
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    AAC     .            .    .  G  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  G  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTA     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTA     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    ATA     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GTA     .            .    .  C  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TAA     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTC     .            .    .  G  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  G  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  A  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TTT     .            .    .  G  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    AA      .            .    .  G  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  G  .     .    .                C        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  G  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  G  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  A  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    AA      .            .    .  .  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  .  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    AA      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TC      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  .  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    TT      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    AA      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GA      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    AA      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    GT      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    AA      .            .    .  .  .     .    .                T        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    AA      .            .    .  .  .     .    .                G        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    AA      .            .    .  .  .     .    .                .        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    A       .            .    .  .  .     .    .                .        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                    .       .            .    .  .  .     .    .                .        .    .      .             .    .                    
blockSeqs                     :                            .            .    .  .  .     .    .                .        .    .      .             .    .                    


blockSeqCons                  :                                                                                                                                    CGG****
originalCons                  : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TN-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
finalCons                     : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TN-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TCCGG----C-GTCCGTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|43004 ): TTGTTATATGCTCATCAAAGATGGGACACATTATGGTATGGCATTGTCCATTTGTCTGTCCG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                    1111111         
lowQualScore                  :    0   0  0        7777777 33333333333  555  2  33 1111  1111 55555555 0 11 0  333  000 1111 2222 0 111  0 0  000 111  111    000  4444444 2       
lowQualScore                  :    .   .  .        ....... ...........  ...  .  .. ....  .... ........ . .. .  ...  ... .... .... . ...  . .  ... ...  ...    ...  ....... .       
lowQualScore                  :    4   4  4        8888888 44444444444  555  0  99 3333  7777 44444444 4 00 8  999  777 3333 8888 4 999  4 4  777 333  444    777  4444444 6       
consensus                     : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TN-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
Reference ( family-221 )      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TN-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|42940                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|42941                      : TTT-TTA-TA-CGCCCATCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---TG
gi|42942                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----AAATT----T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC-------C-GTCCG
gi|42943                      : TTT-GTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCA---TC---TG
gi|42944                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---CG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---ACCG---
gi|42945                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TTTA-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---CCAGCG---TCCG---TC---CG
gi|42946                      : TTT-TCA-TA-CGCCCATCT---TT-A-----------GA---TG-GGG-C----GT----A--------C-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---
gi|42947                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-TT---C---CG------G----C---CGG-C-GTCCGTC
gi|42948                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-TT---C---CG---GCC-----------G-C-GTCCGTC
gi|42949                      : TTG-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------TGT--AATGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTCcg
gi|42950                      : TTT-TTA-TA-TGCCCATCT---TT-A-----------GA---CA-GGG-T----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TTCA---TC---CAG-C-GTCTGTC
gi|42951                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCA---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GC-T-GT---C---CG---TCCC---TC---CG
gi|42952                      : TTT-TTA-AA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---CGTGGG-T----GT----A--------T-T--A-TAT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TCGTACAG-C-GTCCGTC
gi|42953                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---TG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCA---TC-------C-GTCTGTC
gi|42954                      : TTT-TTA-TA-CGCCTGTCT---TT-ATAGCACTATTAGA---CG-AGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---TG
gi|42955                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GTT---A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
gi|42956                      : TTT-TTA-TA-CGCCCATCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42957                      : TTT-TTA-TA-CGCTCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TGtctg
gi|42958                      : TTT-TTA--A-CGCTCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-----G-T-GTTCGTtc
gi|42959                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCT---TC-A-----------GA---TA-GAT-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-AT---C---CG---TCCG---T--------T-GTCCG
gi|42960                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTAT---TT-A-----------GA---TG-GGG-C----GT----A--------T-TG-A-TGT--TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---TG---TCCG---CC---T---C-GTCCG
gi|42961                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---C----G----G-C---GTCT-GT---C---CG---
gi|42962                      : TTT-TTA-TA-TGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---AC-T-GT-------CG---TCCG---TC-------T-GTCTGTC
gi|42963                      : TTT-TTA-CA-CGCTCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----G--------T-T--A-TGT--TA---T---------G-C---GT-T-GT---C---TG---TCCG---TC---CG
gi|42964                      : TTT-TTAATA-CGCCCGTCT---GA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----AT---G-C---GT-T-GTCGAC---CG---TCTG---TC---TG
gi|42965                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-TCC-T----GT----G--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---tc
gi|42966                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTC----GA-A-----------GA---CG-GGA-CG---GT----A--------T-T--A-TGG--TA---TA---G----G-C---GT-T-GT--------G---TCCG---TC---TG
gi|42967                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCT---TC-A-----------G----CG-GGA-C----GC----A--------T-T--A-TGT--TA---T---------G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---tcagtc
gi|42968                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CA-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCTG---TC---TG
gi|42969                      : TTT-TTA-TA-TGCCTGTCT---TT-A-----------AA---TG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G--------T-GT---C---TG---TCCG---TC---TGtcc
gi|42970                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-G-A-C----GT----A--------T----A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCCG---TC---TGA-CTGTC
gi|42971                      : TTT-TTA-TA-CGAACATCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-CTCCCGT----A--------T-T--G-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---T
gi|42972                      : TTT-TTA-AA-TGCCCGTCT---TT-A-----------GA---TG-GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TT---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TCCA---TC---CAG-C-GTCTGTC
gi|42973                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTTT---TA-A-----------GA---CG-G-A-T-----T----A--------A-T--A-TGT--TA---T----G----A-C---GT-T-GT---C---TG---TCTG---TC---CG
gi|42974                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GAA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---AT-C-GT---C---CG---ACTG---TC---TGt
gi|42975                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGCAT---GA-A-----------GAG--CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TTT--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CA---TCCG---TC---TGT-CTGTCCGTCtctgt
gi|42976                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---C---GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42977                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---C---GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42978                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---C---GA-C----GT----A--------T-T--A-TGTG-TA---T----G----G-C----T-T-GT---C---CG---ACCG---TCG--GGG-C-GTC
gi|42979                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCA----A-A-----------AA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--AA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------C-ATCTGTC
gi|42980                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----ACATTTGTAT-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42981                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CT-G-------------------------T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GC-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGA-T-GTCTGcccg
gi|42982                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TT-A-----------GA---T------------T----A--------T-T--A-TGT--TACAAT----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CG
gi|42983                      : TTT-TTA-TA-CGCTTGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-T----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---A----G----G-C---GT-T-GT---C---CG----GCG---TC---C
gi|42984                      : TTT-TTA-TG-TGCCCATCT---TT-A-----------GA---CA-GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-T---GT-T-GC---C---CG---TTTG---TC---CGG-T-GTCCaatctg
gi|42985                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AA---TGTGCG-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T--T---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42986                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTC----GA-A-----------GA---CG-GGA-T----GT----A----------T--A-TGG--TA---T----A----G-G---AT-C-GT---C---TG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|42987                      : TTT-GTA-TA-CGCTCGTCA----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----ACATGTA--T-T--A-TAG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTC
gi|42988                      : TTT-TTA-TA-CGCCCA-CT---TA-AAC---------AG---CG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T--T---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42989                      : TTT-TTA-TA-CGCC-GTCT---TT-A-----------GA---CA-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--T----T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---Ttcc
gi|42990                      : TTT-TTA-TA-CACCCGCCT---AA-A-----------AAG--CG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GA-T-GT-------CA---TCCA---TC---CGT-CTGTCTGTCaatagcttgtccg
gi|42991                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|42992                      : TTT-TTA-TA-TACCC-TCA---TA-A-----------AA---AGTGGG-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCCA---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|42993                      : TTT-TTA-TA-TACCCATCT----C-A-----------GA---CG-GAA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-T---GT-T-GT---C---TG---TCTG---TC---
gi|42994                      : TTT-TTA-TA-CGTCTGTC-----A-AT----------GA---CG-GGA-C----AT----AT-------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---AT-G-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|42996                      : TTT-TTA-TA-CGCCTGCCT---AA-A-----------AAG--CG-GGA------GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TGttggtc
gi|42998                      : TTTATTA-TA-CGCCCGCCT---AA-A-----------AG---CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGCTATA---T----A----G-CACTGT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---Ctcc
gi|42999                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGCCT---AA-A-----------AAG--CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GC---C---TG---TCTG---TC---
gi|43000                      : TTT-TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA--------A------GT----T--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T--T------------TCCG---TC---CGG-C-GTACGTCt
gi|43001                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTC----GA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----AAATATATTT-T--A--AT--TA---T----GGTTTG-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---T------A-T-GTCTGTC
gi|43002                      : TTT-TTA-TAATGCCCATCT---T--A-----------GA---CG-GGG-C----GT---------------T--A-TGT--TA---T----G----G-G---AT-T-GT---C---CG---T-CG---TC---CAT-C-GTC
gi|43003                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGCATA--TA-A-----------AG---CG-GG--T----GTATTAA--------T-T--A-TGC--TA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43005                      : TTT-TTA-TA-GGCCGGCCTGCATA-A-----------AA---AG-CGG-T----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----ACT--G-CT--GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtttgtc
gi|43006                      : TTT-CTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AA---GGCGGA-C----GC----A--------T-T--A-TGC--CA---T----A----G-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43007                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---CA---A-A----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----T----G-C---GC-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TGtc
gi|43008                      : TTT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-A-----------GT---C----------------------------T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GA-T-GT---C---GG---TCCG---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|43009                      : TTT-TTA-TA-CGCCCATCG----A-A-----------GA---TG-G-A-T----GT----A--------T-T--T-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43010                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTC----------------------------GA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TGCG---TA---CGG-C-GTCCGTC
gi|43011                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----GT----A--------------------TA---C----C----G-CT--GT-C-GT---C---CG---TCCG---TC-------T-GTCCGTC
gi|43012                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGTCA---AC-A------------A---CT-AGA-C----AT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-T---AT-T-GT---C---TG---TCTG---TC-------C-ATCTGTC
gi|43013                      : TTT-TTA-TA-AGCCCG-CA---TA-A-----------AA---AG-----C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC---TG
gi|43014                      : TTT-TTA-TA-CGCCTG-CA---TA-A-----------AA---AGCGGA-C----GT----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-T---GC-T-GT-------CG---TCTG---TC-------T-GTCTGTCtcc
gi|43015                      : TTT-TTA-TA-TGTCC---T---TC-AAT---------GA---TG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---A----G----G-C---GC-T-GT---C---TG---TCTC---TC---TG
gi|43016                      : TTT-TTA-TA-CACCCGT-T---TA-A-----------AAATACG-GG--C----AT----A--------T-T--A-TGC--TT---T----G----G-C---GC-T-G----C---TG---CCCG---TC---TGtctg
gi|43017                      : TTT-TTA-TA-TGCCCGCAT---TA-A-----------AAG--CG-GG--C----GT----A--------T-A--A-TTC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCTG---TC-------T-GTTCGTCt
gi|43018                      : TTT-TTA-TA-CGCCTG-CA---TA-A-----------AAAG-CG-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----ACT--G-CT--GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC---C
gi|43019                      : TTT-TTA-TA-CGCCCG-CA---TA-A-----------AA---AG-CGACC----GA----A--------T-T--A-TGC--TA---T----A----C-C---GC-T-GT-------CG---TCCG---TC-------T-GTCTGTC
gi|43038                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCG----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------C-GTCCGTC
gi|43039                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---CG-GGC-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-C-GT---CGT-CG---TCCG---TC-------C-GTCCGTC
gi|43040                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCT---TC-------------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--T-TGT--TA---T----GT---G-C---GT-T-GT---C---C-------G---TC---CGG-C-GTCCGTC
gi|43041                      :  TT-ATG-TA-CGCCCGTCG---T--A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
gi|43042                      :  TC-TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA---CG-AGA-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-----------G---TCCG---TC---CGG-C-GTATGTC
gi|43043                      :  TT-TTA-TA-CGCCCGTCA----A-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-C--A-TGG--TA---T----G----A-A---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCGgtc
gi|43044                      :  TT-TTA-TA-CGGCCGTCG---TA-A------------A---CG-CGA-C----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT------------CG---TCCG---TC---CGGTC-GTCCG
gi|43046                      :  TT-TTA-TA-CGCCGTTCT---TC-A-----------GA---TG-GGA-C----GTT---A--------C-TCTA-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TCCA---TC---CG
gi|43049                      :   T-TTA-TA-CGCCCGTC----AA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT-------------T-C--A-TG---TA---T----G----A-A---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43050                      :   T-TTA-TA-CGCCCGTC----AA-A-----------GA---CG-GGA-C----GT-------------T-C--A-TG---TA---T----G----A-A---GT-C-GT---C---CG---TCTG---TC---TG
gi|43051                      :   T-TTA-TA-CGCCTTTTT---TT-T-----------GA---TG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TAT--TG---T----G----G-T---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---
gi|43052                      :   T-TT--TA-CGCCCATCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--ATTGT--TA---T----G----GCC---GT-TGGT---C---GG---TCCG---CC---
gi|43053                      :   T-TTA-TA-CGCCCGT-T---AA-A-----------TA---CA-GGA-C----AT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---A---CG---TCTG---TC---
gi|43054                      :    -TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA---CA-AGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-T---TT-T-GT---C---CGGCATCCG---TC---CG
gi|43055                      :    -TTA-TA-CGCCTGTCT---TC-A-----------GA---CA-GG--C----GT----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-T---TT-T-GT---C---CGGCATCCG---TC---CG
gi|43056                      :    -TCA-TG-CGCCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGG-C----AT----A--------T-T--A-TGT--TA---A----G----G-C---G--T-GT---C---CA---TCCAGCTTC---ATG-T-GTCCG
gi|43057                      :    -TTA-TA-CACCCGTTT---TT-A-----------GA---CA-GAG-C----TT----A--------T-T--A-TGT--TA---A----A----G-C---GT-T-GT---C---TG---CCTG---CC---TG
gi|43060                      :        -TA-CACCCGTCT---TC-A-----------GA---CG-GGA-C----GT----A--------T-T--A-TG---TA---TTAAAG----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---ctcg
gi|43061                      :          A-CGCCCGTCT---TT-A-----------G-----------------T----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGaaatagtttgtccg
gi|43063                      :                 GTCT---TT-A-----------GA---CG-GAG-C----GC----A--------T-T--A-TGT--TA---T----G----G-C---AT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CGG-C-GTCTGTC
gi|43064                      :                  TTT---TT-A-----------GA---CG-GGG-C----GT----A--------T-T--A-TGT--TG---T----G----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCCG---TC---CG
gi|43067                      :                          -A-----------GA---TG-GGA-T----GT----A--------T-T--A-TGG--TA---T----A----G-C---GT-T-GT---C---CG---TCTG---TC-------T-GTCCG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|43004 ): TTGTTATATGCTCATCAAAGATGGGACACATTATGGTATGGCATTGTCCATTTGTCTGTCCG