lowQualScore                  :                                                                                                                                                                       33333333333333333333333333333333333333                                                                                              1  
lowQualScore                  :         0  11111  0 222222 00 000  11 2222 00 000 111111 1111 999999999999 555555555555  11111 0 11111  00 8888888888888888  0 111 11111 44444 111111 0 11111  5555 0 66666666666666666666666666666666666666  0 0 0   1111   11111 0 111 111 44444 1111 0  1 0 33333333333333 00  000 1 0000  00 0000 0   2  
lowQualScore                  :         .  .....  . ...... .. ...  .. .... .. ... ...... .... ............ ............  ..... . .....  .. ................  . ... ..... ..... ...... . .....  .... . ......................................  . . .   ....   ..... . ... ... ..... .... .  . . .............. ..  ... . ....  .. .... .   .  
lowQualScore                  :         7  44444  5 000000 77 888  77 4444 66 888 333333 4444 555555555555 333333333333  55555 4 11111  66 5555555555555555  4 111 00000 88888 666666 8 00000  0000 8 44444444444444444444444444444444444444  4 4 4   3333   00000 4 777 111 44444 3333 4  3 4 88888888888888 66  888 3 9999  66 7777 5   4  
consensus                     :    ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-C-A--------C-TG--CA--N---C-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAGA
Reference ( gi|25785 )        :    ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--G---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------T-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--T-A-C-A--------C-TG--CA--G---C-G--T---G----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GA----C----T-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAACGA
gi|25770                      :    ATAGA-CG-----CA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--G----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-C-AC-------C-TG--CT--G---C-A--C---A----TT-C-A-TGA----AGA-----A-A---T---AG----C----T-AT-C-A--------------T--TG---C-A----AG--T--T-G-TAA
gi|25707                      :   aATAGA-CG-----TA-C------T--A---TT--T----T--T---A------T----T--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----C------T-G-----TT--C-A-CAA--------C-TG--CA--C---C-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GA----C----T-ATAC-ATATT----------T--TA---C-G----AT--T--G-G-TAAa
gi|25709                      :  aaATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A------C----T--A---------A--G---------AT-----C-C-----AT--A----------C-----GC-G---T-----A-----T------TTG-----TT--TTA-C-AA-------C-TG--CA--T---T-G--T---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GA----C----T-AT-C-T--------------T--TA---C-A----AT--T--G-G-Tag
gi|25784                      :  aaATAGA-TG-----TG-T------T--A---TA--T----T--T---A------G----C--AC--------A--T---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----T-----T------T-G-----TT--T-A-C-AA-------C-AG--CA--T---C-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GA----C----T-GT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--G-G-TAACGAtaagatat
gi|25788                      :    ATGGA-CT-----TC-C------T--G---TA--T----T--T---T------TTCTCC--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--T-A-CTA--------C-TG--CA--T---C-G--C---G----TT-C-A-TAC----GAA-----A-A---T---GA----T----C-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TGATGAtat
gi|25715                      :    ACAGA-TG-----CA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----T--G---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----AC-AA--T-----A-----T------T-G-----TT--C-A-C-AA-------C-TG--CA--A---T-A--C---A----TT-C-A-TAG----GGA-----A-A---T---GA----C----T-CA-C-A--------------T--TG---C-A----AT--T--T-G-TAAAGAtat
gi|25723                      :  aaATACA-CG-----CA-C------T--A---TA--T----T--T---T------G----C--A---------A--G---------AT-----T-G-----AT--A----------C-----AC-A---C-----A-----G------C-G-----TT--T-A-C-AA-------C-TG--CA--G---T-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---AT----C----T-AT-C-A--------------T--CA---CAA----AT--T--T-G-TAAtgt
gi|25734                      :  aaATAGA-CG-----CA-A------T--A---AAA-T----G--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----CT--A----------C-----GC-G---C-----A-----C------C-G-----TT--C-A-C-AA-------C-TG--CA--G---A-G--T---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GA----C----T-AA-C-A--------------A--TA---C-A----AC--T--G-G-TAAa
gi|25714                      :  aaATAGA-CG-----CA-C------C--A---TG--T----T--T---A------T----C--A---------A--G---------AC-----T-C-----AT--G----------TATTACGC-A---C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-CGA--------A-TG--AA--T---C-A--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-AC-C-A--------------T--TA---C-A----AT--TGGT-G-TAggttat
gi|25779                      :  aaATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--G---------C--GTGGTTCTGTGT-----T-T-----AT--A----------C-----AC-T---C-----A-----T------T-G-----TT--T-A-C-A--------A-CGA-CA--G---C-G--C---G----TT-C-A-CGA----GGA-----A-A---T---GC----C----T-AT-C-A--------------TTGTA---C-A----G------T-G-TAAttgatat
gi|25708                      :   aATAGA-CG-----GA-C------G--A---TA--T----T--T---A------T----C--G---------A--T---------AT-----T-C-----AC--A----------A-----GC-T---CATTAAA-----T------T-G-----TT--C-A-CAA--------C-TG--CA--A---C-GA-C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-A--C-A--------------T--TT---C-A----AG--T--T-G-TAAAGAatgtaaaaatat
gi|25775                      :  aaATGGA-CG-----TA-C------T--A---CA--T----T--C---A------T----T--C---------G--T---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A--------------G-----TT--A-A-C-TT-------C-TG--CA--G---C-T--T---G----TT-C-A-TGG----GGA-----A-T---T---GG----C----T-AA-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAtat
gi|25729                      :   aATATA-CG-----TA-C------T--A---TA--T----T--C---A------T----C--T---------G--T---------AT-----C-C-----AT--G----------C-----GC-T---C-----A-----C------T-G-----TT--T-A-C-AA-------T-TG--GT--G---C-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GA----C----T-AT-C-C--------------T--TA---C-A----TT--T--G-G-TAgagatat
gi|25732                      :  aaATAGA-TG-----AA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----A--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---T-----AT----T------T-G-----CT--T-A-CAA--------C-TG--TA--G---C-G--C---A----TC-T-A-TGA----TGA-----A-A---T---GT----T----T-AC-C-A--------------T--T----C------AT--T--T-G-TAAgatgtat
gi|25725                      :  aaATAGA-CGCTCTGTA-C------T--A---TA--A----A--T---A------T----A--GTTAAAATAAA--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-GGCGT-----A-----T------T-G-----TT--C-A-C-AA-------C-TG--CA--G---C-G--C---A----TT-C-A-CGA----GGA-----A-A---T---AA----C----T-AT-C-A--------------T--TG---C-A----TT--T--T-A-TAAAGA
gi|25711                      :  aaATAGA-TG-----TA-A------T--G---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--A---------AA-----T-A-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----T------C-G-----TT--C-A-C-AT-------C-TG--CA--T---T-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GA----T----T-AG-C-A--------------T--TA---G-A----A---T--G-G-TAAAGAta
gi|25722                      :  aaATAGA-TG-----CA-C------T--A---TT--T----C--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----AC-A---C-----A-----T--------------------G-C-A--------C-TG--CA--------------------TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-AT-C-T--------------G--TA---C-A----AC--T--T-G-TAAAGAta
gi|25737                      :  aaATAGT-CA-----TA-C------T--A---TA--T----T--C---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----T------T-G-----CT-------------------------------C-G--C---G----TT-C-A-TCA----GGA-----A-A---T---GA----C----T-AT-C-A--------------A--TT---C-A----AT--C--G-G-TAAGGAtgt
gi|25717                      :  aaATAGA-TG-----TT-C------T--G---CA--T----T------A------T----C--A---------A--T---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TA--C-A-C-AA-------C-TA--AT--A---C-A--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---AA----C----T-AT-C-A--------------T--TG---C-A----GT--T--T-A-TAtat
gi|25735                      :  aaATAAA-CG-----TA-C------T--A---TA--C-----------------------C--A---------C--G---------AT-----T-C-----GT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------A-G-----TT--C-A-C-AA-------C-TG--CA-----------C---G----TT-C-A-TGT----GTA-----A-A---T---GG----T----T-AT-C-A--------------T--TA---T-A----AT--T--T-G-TAcagagatat
gi|25736                      :  aaATAGA-CG-----TG-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--G---------ATC----T-C-----TT--A----------C-----GC-----C-----AG----T------T-G-----TA--T-A-CAA--------C-TG--CA--C---T-G--C---A----TT-C-A-TGG----GGA-----A-A---T---GA----C----T-Agaaaca
gi|25730                      :  aaACAGA-CG-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---ACATGTAT----C--A---------A--G---------AT-----TTC-----AC--A----------C-----GC-G---C-----A-----C------G-G-----TT----A-C-AA-------C-TT--CA--T---C-G--C---A----TT-G-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-GT-C-A--------------T--TG---C-A----AT--
gi|25772                      :  aaATAGA-CA-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---G------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AC--A----------T-----GC-A---C-----A-----CA-----T-G-----TT--C-A-C-A---------------A--G---T-G--C---A----TTGC-ATTGA----AGA-----A-A---T---AG----C----T-AC-T-A--------------T--TA---C-A----AA--T--G-G-TAAAGAcacaaacatat
gi|25776                      :   aATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA--T--------------------------------------------------------------------A----------T-----GT-G---C-----A-----T------T-G-----TG--T-A-C-AG-------C-TG--CA--A---T-G--C---A----TT-C-A-TTA----GGA-----A-A---T---GG----T----T-AT-C-C--------------T--TA---C-C----AT--T--T-G-TAAAGAcat
gi|25719                      :   aATAGA-TG-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--A---------AT-----T-C-----AT--G----------C-----GC-A---T-----G-----T------C-G-----TT--C-A-C-AT-------C-TC--CA--T---T-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GT----T----T-GA-C-A--------------C--TA---C-A----tat
gi|25773                      :  agACAGA-CG-----TG-C------T--A---TA--T----T--C---T------T----C--A---------A--G---------AT-----T-G-----AT--A----------C-----GC-G---T-----A-----T------T-G-----TT--C-A-CAA--------C-TG--CA--A---C-A--C---A----T------TGAG---GGA-----A-A---T---GG----A----T-AA-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--G-G-T
gi|25777                      :   aATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA-------------------------------------------------------------------AT--A----------T-----GT-G---C-----A-----T------T-G-----TG--T-A-C-AG-------C-TG--CA--A---T-G--C---A----TT-C-A-TTA----GGA-----A-A---T---GG---------T-AT-C-C--------------T--TA---C-C----AT--T--T-G-TAAAGAcaagatat
gi|25716                      :   aATAGA-CA-----TA-C------G--A---CA--T----T--C---A------C----C--A---------A--T---------AT-----T-C-----AC--A----------A-----GT-G---C-----G-----T------T-G-----CG--C-A-CGA--------C-TG--TA--AAT-C----C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GGTGCCC----T-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAGAtat
gi|25731                      :  aaATAGA-GG-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A------------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---T-----G-----G------T-G-----CT--C-A-C-AACGTA---C-CG--CA--T---T-G--C---A----TT-T-A-TGA----GGA-----A-A---C---GA----C----T-AT-A-T--------------T--TG---C-A----AT--tat
gi|25781                      :  aaATAGT-CA-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----T------T---------------C-A--------C----------------------A----TT-CTA-TGA----GGA-----A-A---T---GA----A----C-AT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--T--G-G-CAAAGA
gi|25751                      :   aATAGA-CG-----AA-C------T--A---AT--T----T--T---T------T----C--A---------A--G---------AT-----T-A-----AT--A----------C-----GC-G---C-----AT----T------T-A-----TT--C-A-CAA--------C-TG--CA--A---C-A--C---G----TT-T-G-TGA----GGA-----A-A---C---TA----A----T-AT-A-A--------------T--TA---C-G----AT--T--ta
gi|25786                      :  aaATACA-TG-----TA-C------T------TA--TGATGT--T---A------T----CCCA---------A--A---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----G------T-G-----TT--C-A-C-AA-------C-GG--CA--T---C-G--C---A----TT-C-A-TGG----GGA-----A-A---T---GT----C----T-GT-C-G--------------T--TA---C-A----AT--
gi|25728                      :    ATAGA-CG-----TA-C------T--A---CT--T----T--C---A------T----C--A---------A--TTT-------AT-----T-C-----AT--G----------C-----GC-G---T-----ACGTT-T------T-G-----TT--C-A-C-A--------CCTG--CA--G---C-GCAT---GCGCATT-T-G-TGA----GGACAAGGACA---T---GG----C----T-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--G-A-TAAAGA
gi|25740                      :  aaATAGA-TG-----TA-CGTGAACT--A---TA--T----T--T---A------G----C--A---------A--G---------AT-----T-A-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--A-A-T----------------CA--A---C--------A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----C-GT-T-A--------------T--TC---G-A----AT--T--G-G-TAAAGAtat
gi|25790                      :  aaATAGT-CG-----CA-C------T--A---CA--T----T--T---A------C----T--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----C------T-G-----CT--C-A-C-A-----------G-------------------------T-C-A-TGG----GGA-----A-A---T---GG----C----T-AC-C-A--------------T--TT---C-A----GT--T--G-G-TAAAGAta
gi|25727                      :    ATAGA-TG-----TA-C------T--A---TA--T----TGGT---T------T----T--T---------A--T---------AT-----T-C-----AT--ACGCACAAAGTT-----GC-A---C-----A-----T------T-G-----TT----A-C-AA-------C-CG--CA--G---C-A--C---A----AT-C-A-TTA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-GT-C-C--------------A--TA---C-A----AT--T--T-G-TAtat
gi|25724                      :  agATAGC-CA-----TA-T------T--A---CACAT----T--T---A------A----C--A---------A--C---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----AT-A---C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-C-AA-------C-TG--CT--TTT-C-G--T---A----CT-C-A-TAA----GCA-----A-A---T---AA----C----T-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AA--T--G-G-TAAAGAgagatat
gi|25726                      :  aaACAGA-TG-----TA-C------T--A---CAAAT----T--T---A------T----C--A---------A--C---------GT-----T-C-----AT--T----------C-----AC-A---T-----A-----T------T-G-----TC--C-A-C-AA-------C-TG--CA--G---C-A--C---A----TT-C-T-AGA----GGA-----A-A---T---GG----T----C-AT-C-A--------------T--TA---C-T----AT--A--T-G-ca
gi|25744                      :  aaATAGA-AG-----TG-C------T--A---TA--T----G--T---A------C----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----GT-------------------GC-A---C-----AA----C------T-G-----TT--T-A-T-A------------------------------------TT-T-A-TGA----AGA-----A-A---T---TA----C----G-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--C-G-TAA
gi|25745                      :  aaATAGA-AG-----TA-C------T--A---TA--T----A--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T----------------------T-----G------------------T------T-G-----TT--C-A-TGA--------C-TG--CT--G---T-A--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---A---GG----T----G-AT-T-A--------------T--TA---C-A----ATTGT--T-G-TAaaatat
gi|25787                      :  aaATACA-TG-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--C---------G--A---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----AC-A---C-----A-----C------T-G-----TT--C-A-CAA--------C-TG--CA--T---C-A--C---A----CT-C-A-CTA----TGA-----A-A---T---GG----C----G-AT-C-G--------------G--TAAACT-A----GT--T--G-G-TAAAGAga
gi|25738                      :    ATGGA-CA-----TA-G------C--A---TA--TAA--T--C---A------A----C--A---------A--G---------AT-----C-A-----AT--A----------C-----GT-G---C-----A-----T------T-------TT--C-A-C-AA-------C-TG--CA--G---T-G--C---A----TT-A-T-TTA----GGA-----T-A---T---GG----C----A-AT-C-A--------------T--CA---C-A----AT--T--T-G-TGAAGAtat
gi|25750                      :  aaATAGA-CG-----TT-C------T--A---TG--T----T--C---A------T----T--A---------A--A---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-T---C-----A-----T------TAA-----AT--A-A-A-A--------C-TC--CC--G---C-G--C---C----CT-T-T-TGA----GAA-----A-A---T---AG----CTACGT-AT-C-C--------------T--TA---C-A----AC--T--T-G-TAAAGAtat
gi|25742                      :  aaATGGA-TG-----TG-C------G--G---TA--T----T--T------------------------------------------T-----T-C--------------------T-----GC-G---------------T------T-G-----TG--T-A-C-AA-------C-TG--CA--T---T-G--T---A----TT-C-A-TTA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-GT-C-A--------------T--TG---T-A----GT--T--T-G-TAta
gi|25720                      :  aaATAGA-TG-----TG-C------T--A---TA--T----C--T---A------T----T--T---------A--T---------AT-----T-T-----CT--A----------C-----AC-G---C-----A-----T------T-A-----AT--T-A-C-A---------------A---------------------T-C-C-TAA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-AT-C-C--------------T--TA---C-A----AT--T--ggaatat
gi|25789                      :  aaATGGA-TG-----CAGT------T--A---CA--T----T--T---A------T----C--T---------ATAG---------GT-----T-C-----AT--A----------C-----AC-A---C-----A-----C------T-G-----CC--C-A-T-AA-------T-TG--CA--T---T-G--C---A----TT-C-A-TAA----AGA-----A-T---T---GG----C----T-AT-C-T--------------T--TA---C-A----AT--T--cctagagata
gi|25712                      :    ATAGAATG-----TA-A------T--G---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--A---------AA-----T-A-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----T------C-G-----TT--C-A-C-ATT------C-TA--CA--------------------TT-C-A-TGA----GG------A-A---T---GA----T----T-AG-C----------------T--TA---G-A----A---T--G-G-TAAAGAatcaaagatat
gi|25713                      :   aaTACA-CG-----TA-C------T--A---TA--T----T--G---A------T----C--A---------A--G---------AA-----T-C-----AT--A----------T-----GT-A---C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-CAA--------A-TG--TATCG---C-A--T---G----T----A-TGA----GGA-----A-A---T---GA----C----T-AT-C-A--------------T--TG---T-A----AT--T--T-G-TAta
gi|25771                      :  aatTATA-TG-----TA-T------T--A---TA--T----T--T---A------TA---C--G------------T---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----C-----T------T-T-----TT--T-AAC-AA-------C-TG--CA--T---T-G--C---G----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----C-AT-C-A--------------C--CA---C-A----AT--T--T-G-TAAtag
gi|25793                      :   agTGGA-CG-----GA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--T---------G--T---------AT-----T-C-----AT--T----------C-----GC-G---T-----A-----T------T-A-----TT--T-A-CAA--------T-TG--CA--G---C-G--C---G----TT-C-A-TGA----GCA-----A-AT--T---GA----A------AT-C-A--------------T--TG---C-A----AT--T--TCG-TA
gi|25710                      :     TAGA-CG-----AA-C------C--A---TA--T----T--T---C------T----C--T---------C--T---------AT-----A-A-----AT--A----------G-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--T-A-C-AACTACATTT-TGTACA--A---C-G--T---A----TT-C-A-TAC----TGA-----A-A---T---GG----C----T-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--C--T-G-TAACGAgagatgt
gi|25794                      : aaatTAGA-CG-----TA-C------T--A---AA--T----T--T---A------T----C--A---------A--A---------AT-----T-C-----AT--G----------C-----GC-G---T-----A-----T------T-G-----TT--G-A-CAA--------C-TG--TA--T---C-G--C---A----TT-C-A-CGA----GGA-----A-tat
gi|25795                      :     TACA-TG-----TA-C------T--A---TA--T----T--TGTTA------T----A--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----T------C-G-----GT-------------------------------C-A--T---A----TT-T-A-TGA----GGG-----A-A---A---AG----C----T-AT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--T--G-G-TGAAGA
gi|25721                      :      AGA-TG-----GA-C------T--A---TA--T-----------------------C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------TAT---GC-A---C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-CTA--------C-TG--CA--C---A-G--T---A----TC-T-A-TGA----GGA-----A-G---T---GG----C----G-AT-C-G--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAtat
gi|25778                      :  aaaaAGA-CG-----TG-C------T--G---TA--T----T--T---A------T----A--G---------A--A---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----T------T-A-----CTCGT-A-C-A--------------TA--T---C-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----T----T-AG-C-A--------------T--TA---C-A----GT--T--gagat
gi|25799                      :  aataAAA-TG-----TA-C------TTTA---CA--T----G--C---A------T-------G---------AC-G---------AT-----T-C-----AT--T----------T-----GC-A---G-----A-----T------T-G-----TT--G-A-C-AA-------T-TG--CA--G---C-A--G---G----TT-C-A-TGA----AGA-----A-A---T---GG----T----T-AT-C-A--------------T--GA---T-A----AT--T--T-G-TAgttacagatat
gi|25718                      :       GA-TG-----TG-C------C--A---TA--T----T--G---A------T----C--A---------A--A---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-A-----TT--C-A-C-AC-------C-TA--CA--------------------TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GA----C----T-AT-C-A--------------A--TA---C-A----AA--T--C-G-TAAAGAgagat
gi|25815                      :   aaactA-CA-----TA-T------T--AGACTA--T----C--T---A--------------A---------A--G---------AT-----T-C-----CT--A-----------------C-G---C-----AAT---T------T-G-----TT--C-A-C-AA-------C-TA--CA--T---G-G--C---A----TT-C-A-TGA----TGA-----T-A---TT--GG----C----T-AC-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--tat
gi|25808                      :          tG-----TA-C------T--A---TA--A----T--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--T-A-C-A-------------------------------------T-C---TGA----GGA-----A-A---T---GG----T----T-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAgggtaaaaatat
gi|25809                      :          tG-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A-----------C--A---------T--GTATCT----GT-----T-C-----AC--A----------C-----AC-G---T-----A-----T------T-G-----TT--T-A-C-AA-------C-TG--CA--G---C-G--T---A----CT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG--------------T-A--------------T--TG---C-A----GT--T--T-G-TAAAGAgagata
gi|25813                      :          tG-----CA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--A---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--A-A-CGA--------T-TG--CA--G---C-G--C---A----TT-C-A-T--------------------------------------T-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-cat
gi|25811                      :           G-----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----C-C-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----T------T-G---------T-A-C-A--------C----------------------A----TT-C-A-TGC----GGA-----A-A---T---GG----C----T-TT-C-A--------------T--Tccaaaaa
gi|25812                      :          tG-----TA-C------C--A---CA--T----G--T---A------T----T--T---------G--T---------AC-----T-C-----AT--A----------A-----CC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--T-A-CCA--------T-TG--CA--A---C-A--C---A----TT-C-A-TGA----GAA-----A-A---T---GA----C----T-AT-G-A-----------------AA---C-A----AT--T--T-G-tctatgttatagaga
gi|25746                      :          tG-----CA-C------T--A---TA--T----T--T---C------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GCCG---C-----GAAG--T------T-G-----TT--C-A-C-A------------------------------------TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----T----T-AT-C-A--------------T--TT---C-A----AC--T--G-G-TAcggaga
gi|25814                      :    aaatattt-----TG-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--T---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----AC-A---C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-CAA--------C-TG--CC--A---CAA--TTAAA----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----C-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--gaaat
gi|25805                      :            -----TA-C------T--A---TA--T----T--T---A------T----G--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------T-----TC-A---C-----A-----T------C-G-----TT--T-A-C-A------------------A---C--------------------TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-GT-C-A--------------T--TA---C-G----AT--T--T-C-TAA
gi|25817                      :         ata-----TA-CA-----T--G---TA--T----G--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-G-----ATGCA----------T-----GC-G---C------------------T-G-----TT--C-A-C-AA-------C-TA--TG--T---T-C--T---G----TT-T-A-TGA----GAA-----A-A---T---GG----C----T-AC-C-A--------------T--TA---C-ACATCAT--T--T-G-TAAT
gi|25818                      :            -----TA-T------C--A---TG--T----T--T---A------T-------A---------A--G---------AT-----C-C-----TT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-CAA--------C-CG--CA--G---C-A--C---A----TT-C-A-TCA----GGA-----A-A---T---AA----T----T-gta
gi|25816                      :            -----TA-C------T--A---TA--T----G--T---A------T-------------------------------------T-C-----AT--A----------C-----GG-G---C-----C-----T------T-G-----TT--C-A-C-A--------AGTG--CA--C---G-G--C---A----TT-C-A-TGA----AGA-----A-A---T---TA----C----T-CT-C-AT-------------T--TA---C-A----AT--T--A-G-TAtgtaaagatat
gi|25821                      :                  A-C------T--G---TA--T----T--C---T------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----C------T-G-----TT--T-A-C-AG-------C-GG--CA--T---C-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-AC-C-A--------------T--TG---C-A----AT--T--G-G-TAAAGA
gi|25823                      :                  A-C------T--G---TA--T----C--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-------C-----AT--AA---------C-----GC-G---T-----G-----T------T-G-----TT--C-A-C-A--------T-----CA--AT--C-G--C---A----TT-C-A-TCA----GAA-----A-A---T---GA----C----T-AC-C-A--------------T--TA---C-A----AT--
gi|25824                      :                  A-C------T--G---TA--T----T--T---A------T----C--ATGT------A--GTTCTGT---AT-----C-C-----AT--A----------C-----GC-A---C-----A-----A------T-G-----AT--T-A-C-AA-------C-TG--CT--G---C-A--C---A----TT-C-A-AGA----GGA-----A-A---T---GC----C----C-AT-T-G--------------A--TG---T-A----AT--T--T-G-TAACGAgggtatggatat
gi|25825                      :                  A-C------T--A---TA--T----T--C---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-A---A-----A-----T------T-G-----TT--C-A-C-A-----------G--C----------------------------TGA----GAA-----A-A---T---GG----C----T-ATGT-A--------------T--TA---C-A----Atat
gi|25822                      :                  A-C------T--A---TA--T----T--T---A------C----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----A--G---C-----A-----T------T-G------T--A-A-CAA--------C-TA--CA--T---C-A------A----AT-C-A-TGA----GAA-----A-AATTT---G-----C----T-AT-C-A--------------C--TA---C-A----AT--C--T-G-atgtgaaaagatat
gi|25826                      :                   -C------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------AT-G---------AT-----T-------AC--A----------T-----GT-G---C-----A-----T------T-G-----TA--T-A-C-AGT------T-TG--TT--G---C-G--A---G----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----CT---T-AT---A--------------T--CA---C-A----AT--T--T-G-TAAacaatatat
gi|25739                      :                   -C------T--T---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--G---------ATACGACT-C-----AT--A----------C-----AT-G---C-----A-----C------T-A-----TT--C-A-CAA--------C-TA--CA--G---C-G--T---A----GT-C-A-GGG----GGG-----A-AAT-T---GG----C----T-AT-CAA--------------C--TA---C-A----AT--T--C-G-TAAatata
gi|25741                      :          aaatgaatatt------T--A---TA--T----T--C---A------T----C--A---------A--T---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----A------T-A-----TC--A-G-C-A--------T-TG--C----------------G----TT-T-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----T----T-AT------------------T--T----C-A----AT--T--A-G-TAAAGAatata
gi|25827                      :      aaatggagtatactg------T--A---TA--T----T--T---A------T----C--A---------A--G---------AA-----T-CTTAAAAT--A-----------------------C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-C-AA-------C-AG--CA--G---C-G--C---A----GT-C-A-TGA----GAG-----T-A---T---GT----C----T-AT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--cat
gi|25810                      :                            --A---TA--T----T--C---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--G----------T-----TC-----T-----A-----T------T-C-----AT--C-A---A--------C-TA--CA--TATTC-A--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-AT-T-G--------------T--TA---C-A----AC--T--T-G-TAA
gi|25830                      :                        tgta--A---TA--TCAG-T--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----CT--A----------C-----GC-A---C-----A-----TATTGTAT-G-----TT--C-A-C-A------------------------------------TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-TT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--T--G-G-TAAAGAa
gi|25831                      :                            --A---TA--T----T--G---A------T----T--A---------A--A---------GT-----T-C-----AT--A----------C-----GT-G---C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-CAA--------C-TG--CA---------------A----TA-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-t
gi|25748                      :                            --A---TG--T----T--T---A------T----C--A---------A--A---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----AC-G---C-----T-----T------T-G-----TA--A-A-CAA--------C-AG--CA--T---T-G--C---A----TT-C-A-TGA----AGA-----C-A---T----A----T----TAAA-C-A--------------T--TA---C-A----TT--T--C-G-AAAAGAgctataatgggtaaatatgt
gi|25834                      :                aaatagaatacaaaa---TG--T----T--T---A------T----C--A---------A--A---------AT-----T-C-----GT--A----------A-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TT--A-G-CAA--------C-TG--CA--G---C-A--T---T----TA-C-G-TGACTGTGAA-----A-A---T---AG----C----C-AT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--G--T-G-TAAtat
gi|25835                      :                               ---TA--T----T--T---A------G----C--G---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----G-----T------T-G-----TC--T-A-CAA--------A-TG--AA--G---G-A--TTACA----TT-C-G-TGA----AGA-----A-A---C---GGCC--C----T-AA-C-A--------------T--TA---CAA----AT--T--T-GCTAAAGAa
gi|25837                      :                                   A--C----T--T---A------T----C--A---------A--G---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---T-----A-----T------T-G-----TT--C-ACC-A--------C-TG--CT--T---T-G--C---A----TT-C-A-TGA----AAA-----A-A---T---TA----C----T-AC-C-A--------------T--TG---T-A----AT--T--G-G-TGAAGAta
gi|25838                      :                                   A--T----T--T---A------T----T--A---------A--A---------AT-----T-A-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-G-----TC--C-G-C-AA-------C-TG--CA--G---T-G--C---C----TT-C-A-CGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-ATCC-A--------------T--TG---T-A----AT--T--cat
gi|25839                      :                                   A--T----T--T---A------C----C--A---------A--C---------AT-----T-T-----GT--G----------T-----GT-G---C-----A-----A------T-G-----TT--T-A-CAA--------C-TG--CA--A---T-G--C---T----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---GGCAGG----C----T-GT-C-A--------------T--TC---A-A----AT--T--T-G-CAAAGAgtgatat
gi|25841                      :                                       ----T--T---A------T----T--A---------A--G---------AT-----C-C-----CT--A----------C-----GC-G---C-----T-----G------T-G-----TT--C-A-C-AA-------C-TG--TA--C---C-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----T-A---A---GG----C----T-AC-C-A--------------C--CA---CAA----AT--G--T-G-TAtat
gi|25845                      :                                                   ------T----C--A---------A--G---------TT-----T-T-----AT--A----------C-----GC-G---C-----T-----T------T-G-----TT--T-A-C-AG-------C-TG--CG--G---T-G--C---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-----T---GG----C----T-GT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TA
gi|25749                      :                                                                  ---------A--G---------AT-----T-C-----GT--A----------C-----GC-G---C-----G-----T------T-G-----TT--C-A-T-AACCGTG--C-TG--CA--G------------------T-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-TT-C-A--------------T--T
gi|25846                      :                                                aaatagttgggctagatttttcaagaattga---------AT-----T-C-----AT--A----------G-----AC-A---C-----A-----T------T-GACTTGTT--T-A-C-AA-------C-TG--GA--G---C-G--C---G----TT-C-A-TAA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-AT-C-G--------------T--TA---C-T----GT--T--T-T-TA
gi|25847                      :                                                                            agt---------AT-----T-C-----AT--A----------C-----GC-G---C-----A-----T------T-A-----TT--C-A-C-AA-------C-TG--CA--T---T-A--C---A----TT-C-A-TGG----AGA-----A-A---T---GG----A----T-AT-C-ATTTAATGATATAATT--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAgagata
gi|25853                      :                                                                                       atT-----T-C-----AA--A----------T-----GC-G---T-----A-----T------T-G-----TT--C-A-C-A-----------A--CA--G---C-A--T---GGCA-TT-C-A-TAA----GGA-----A-A---T---GG----C----T-TT-C-A--------------T--TA---C-A----aaa
gi|25854                      :                                                                                          -----T-C-----AT--A----------T-----GT-G---C-----A-----T------T-T-----TT--C-A-C-AT-------C-TG--CA--T---A-G--C---A----TT-C-A-TGA----GAA-----A-A---T---GG----T----T-A--C-A--------------T--gaatgcaaaaatat
gi|25856                      :                                                                                                  -----AT--A----------C-----GC-A---C-----AATTTTT------T-T-----TT--T-A-C-AA-------C-TG--CA--T---C-G--C---A----TT-C-A-CGA----GGA-----A-A---T---GA----C----T-AT-C-A--------------T--TA---T-A--------T--T-G-Tgtaaataaagatat
gi|25859                      :                                                                                                         --A----------T-----AC-A---C-----A-----T------T-G-----TT--C-A-C-AA-------C-TG--CA--G---T-G--------------C-A-TGA----GGA-----A-A---T---AG----C----T-CA-C-A--------------T--CA---G-A----AT--T--T-G-TAAAGA
gi|25858                      :                                                                                                                                    -----A-----T------T-G-----TT--C-A-C-A--------AATG--CA--G---C-A--T---A----TT-C-A-TGA----GGA-----A-G---T---GG----C----C-AT-C-A--------------T--TC---C-A----AT--T--tat
gi|25867                      :                                                                                                                                                               atacataa-A--------C-TG--CA--A---C-G--C---G----TT-C-A-TGA----GGA-----A-A---T---GT----C----T-AT-C-A--------------T--TA---A-A----AT--T--G-G-TAAAGA

Unaligned ( gi|25747 ): AGATAGACACATTATATGTATTTGTATTCATGCGCGTATTATTAATACTGCACCATATTCATAAGAAAACAGCTATCAGTACCATTTGT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                               2222222222                                                                                                                             
lowQualScore                  :                                    0  11111  0 222222 00 000  2222 3333 00 000 222222 0000 11 111 0 555555555  11111 0   11111 0 00 0 0 111 11111 5555555555 0 0 11111  0 0 0 3333333333 1 000 00 0000 6666  0   111111 00 0    1111   11111 0 11 000  1111 1111   1 0 33333333333333 00  000 1 0000  11 1111 0      
lowQualScore                  :                                    .  .....  . ...... .. ...  .... .... .. ... ...... .... .. ... . .........  ..... .   ..... . .. . . ... ..... .......... . . .....  . . . .......... . ... .. .... ....  .   ...... .. .    ....   ..... . .. ...  .... ....   . . .............. ..  ... . ....  .. .... .      
lowQualScore                  :                                    7  44444  5 000000 77 888  7777 0000 66 888 111111 9999 00 666 4 111111111  55555 4   00000 4 66 4 4 111 00000 6666666666 4 8 00000  8 4 8 0000000000 2 777 66 9999 5555  4   222222 66 4    3333   44444 4 11 777  4444 3333   2 4 77777777777777 66  777 6 9999  00 2222 5      
consensus                     :                               ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------C-T---G--C----AN---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAGA
Reference ( family-198 )      :                               ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------C-T---G--C----AN---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAGA
gi|25707                      :                               ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TT----T----T--T---A------T----T--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------C-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----AC---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TATAC-ATATT----------T--TA---C-G----AT--T--G-G-TAAAG
gi|25708                      :                             aaATAGA-CG-----GA-C------G--A---TA----T----T--T---A------T----C--G---A-T---------AT-----T-CAC-----A-A--G-C-T---CATTAAA----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----AA---CGACAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TA--C-A--------------T--TT---C-A----AG--T--T-G-TAAAGA
gi|25709                      :                             aaATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------C----T--A---A-G---------AT-----C-CAT-----A-C--G-C-G---T-----A----------T-TTG-----TT-TTA-C-AA-------C-T---G--C----AT---TG-TAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-T--------------T--TA---C-A----AT--T--G-G-TTAAGAtat
gi|25710                      :                              aaTAGA-CG-----AA-C------C--A---TA----T----T--T---C------T----C--T---C-T---------AT-----A-AAT-----A-G--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-C-AACTACATTT-T---GTAC----AA---CG-TAT------T--C-ATAC----TGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--C--T-G-TAACGAtat
gi|25711                      :                           aaatATAGA-TG-----TA-A------T--G---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AA-----T-AAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-C-G-----TT-C-A-C-AT-------C-T---G--C----AT---TG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----T----TAG-C-A--------------T--TA---G-A----A---T--G-G-TAAAGAtat
gi|25712                      :                             aaATAGAATG-----TA-A------T--G---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AA-----T-AAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-C-G-----TT-C-A-C-A--------T-T---C--T----A-------CAT------T--C-ATGA----GG------A-A--T---GA----T----TAG-C----------------T--TA---G-A----A---T--G-G-TAAAGAta
gi|25713                      :                              aaTACA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--G---A------T----C--A---A-G---------AA-----T-CAT-----A-T--G-T-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------A-T---G--T----AT---CG-CAT------G--T-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-A--------------T--TG---T-A----AT--T--T-G-TATAGta
gi|25714                      :                            aatATAGA-CG-----CA-C------C--A---TG----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AC-----T-CATGTATTA-C--G-C-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CGA--------A-T---G--A----AT---CA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAC-C-A--------------T--TA---C-A----AT--TGGT-G-TA
gi|25715                      :                             aaACAGA-TG-----CA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----T--G---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--A-C-AA--T-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AA---TA-CAT------T--C-ATAG----GGA-----A-A--T---GA----C----TCA-C-A--------------T--TG---C-A----AT--T--T-G-TAAAGAttgatat
gi|25716                      :                             aaATAGA-CA-----TA-C------G--A---CA----T----T--C---A------C----C--A---A-T---------AT-----T-CAC-----A-A--G-T-G---C-----G----------T-T-G-----CG-C-A-CGA--------C-T---G--T----AAAT-C--CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GGTGCCC----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAGAtgt
gi|25717                      :                             aaATAGA-TG-----TT-C------T--G---CA----T----T------A------T----C--A---A-T---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TA-C-A-C-AA-------C-T---A--A----TA---CA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---AA----C----TAT-C-A--------------T--TG---C-A----GT--T--T-A-TACAGAtat
gi|25718                      :                                aaGA-TG-----TG-C------C--A---TA----T----T--G---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-A-----TT-C-A-C-A--------C--------------C---TA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-A--------------A--TA---C-A----AA--T--C-G-TAAAGAgatat
gi|25719                      :                          aaactATAGA-TG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CAT-----G-C--G-C-A---T-----G----------T-C-G-----TT-C-A-C-AT-------C-T---C--C----AT---TG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GT----T----TGA-C-A--------------C--TA---C-A----tat
gi|25720                      :                             agATAGA-TG-----TG-C------T--A---TA----T----C--T---A------T----T--T---A-T---------AT-----T-TCT-----A-C--A-C-G---C-----A----------T-T-A-----AT-T-A-C-A-------------------------------AT------C--C--TAA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-C--------------T--TA---C-A----AT--T--C-C-TAGAGA
gi|25721                      :                               aaAGA-TG-----GA-C------T--A---TA----T-----------------------C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-TATG-C-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CTA--------C-T---G--C----AC---AG-TAT------C--T-ATGA----GGA-----A-G--T---GG----C----GAT-C-G--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAGAGAta
gi|25722                      :                           aaaaATAGA-TG-----CA-C------T--A---TT----T----C--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--A-C-A---C-----A----------T---------------------------------G--C----AC---TG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-T--------------G--TA---C-A----AC--T--T-G-TAAAGAt
gi|25723                      :                             aaATACA-CG-----CA-C------T--A---TA----T----T--T---T------G----C--A---A-G---------AT-----T-GAT-----A-C--A-C-A---C-----A----------G-C-G-----TT-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---TG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---AT----C----TAT-C-A--------------T--CA---CAA----AT--T--T-G-TAAAtgt
gi|25724                      :                             aaATAGC-CA-----TA-T------T--A---CACA--T----T--T---A------A----C--A---A-C---------AT-----T-CAT-----A-C--A-T-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----TTTT-CG-TAC------T--C-ATAA----GCA-----A-A--T---AA----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AA--T--G-G-TAAAGA
gi|25725                      :                             aaATAGA-CGCTCTGTA-C------T--A---TAAATATAG--T--T---AAAA---T----A--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-GGCGT-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---CG-CAT------T--C-ACGA----GGA-----A-A--T---AA----C----TAT-C-A--------------T--TG---C-A----TT--T--T-A-TAAAGAca
gi|25726                      :                             aaACAGA-TG-----TA-C------T--A---CAAA--T----T--T---A------T----C--A---A-C---------GT-----T-CAT-----T-C--A-C-A---T-----A----------T-T-G-----TC-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---CA-CAT------T--C-TAGA----GGA-----A-A--T---GG----T----CAT-C-A--------------T--TA---C-T----AT--A--T-G-ta
gi|25727                      :                             aaATAGA-TG-----TA-C------T--A---TA----T----TGGT---T------T----T--T---A-T---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----AAAGTTGCACAT-T-G-----TTAC-A---A--------C-C---G--C----AG---CA-CAA------T--C-ATTA----GGA-----A-A--T---GG----C----TGT-C-C--------------A--TA---C-A----AT--T--T-G-TAGAGA
gi|25728                      :                             agATAGA-CG-----TA-C------T--A---CT----T----T--C---A------T----C--A---A-TTT-------AT-----T-CAT-----G-C--G-C-G---T-----ACGTT------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------CCT---G--C----AG---CG-CATGCGCATT--T-GTGA----GGACAAGGACA--T---GG----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--G-A-TAAAGAtat
gi|25729                      :                             aaATATA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--C---A------T----C--T---G-T---------AT-----C-CAT-----G-C--G-C-T---C-----A----------C-T-G-----TT-T-A-C-AA-------T-T---G--G----TG---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-C--------------T--TA---C-A----TT--T--G-G-TAGAtat
gi|25730                      :                             aaACAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---ACATGTAT----C--A---A-G---------AT-----TTCAC-----A-C--G-C-G---C-----A----------C-G-G-----TTAC-A---A--------C-T---T--C----AT---CG-CAT------T--G-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TGT-C-A--------------T--TG---C-A----AT--tgtat
gi|25731                      :                             aaATAGA-GG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-----------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---T-----G----------G-T-G-----CT-C-A-C-AACGTA---C-C---G--C----AT---TG-CAT------T--T-ATGA----GGA-----A-A--C---GA----C----TAT-A-T--------------T--TG---C-A----AT--cacaaacatat
gi|25732                      :                             aaATAGA-TG-----AA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----A--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---T-----AT---------T-T-G-----CT-T-A-CAA--------C-T---G--T----AG---CG-CAT------C--T-ATGA----TGA-----A-A--T---GT----T----TAC-C-A--------------T--T----C------AT--T--T-G-TAA
gi|25734                      :                             aaATAGA-CG-----CA-A------T--A---AAA---T----G--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CCT-----A-C--G-C-G---C-----A----------C-C-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---AG-TAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAA-C-A--------------A--TA---C-A----AC--T--G-G-TAAGG
gi|25735                      :                             aaATAAA-CG-----TA-C------T--A---TA----C-----------------------C--A---C-G---------AT-----T-CGT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-A-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----A-------CGT------T--C-ATGT----GTA-----A-A--T---GG----T----TAT-C-A--------------T--TA---T-A----AT--T--T-G-TAGAAAttat
gi|25736                      :                             aaATAGA-CG-----TG-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------ATC----T-CTT-----A-C--G-C-----C-----AG---------T-T-G-----TA-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AC---TG-CAT------T--C-ATGG----GGA-----A-A--T---GA----C----TAca
gi|25737                      :                             aaATAGT-CA-----TA-C------T--A---TA----T----T--C---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-T-G-----CT-----------------------------------CG-CGT------T--C-ATCA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-A--------------A--TT---C-A----AT--C--G-G-TAAGGA
gi|25738                      :                             aaATGGA-CA-----TA-G------C--A---TA----TAA--T--C---A------A----C--A---A-G---------AT-----C-AAT-----A-C--G-T-G---C-----A----------T-T-------TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---TG-CAT------T--A-TTTA----GGA-----T-A--T---GG----C----AAT-C-A--------------T--CA---C-A----AT--T--T-G-TGAAGAtat
gi|25739                      :                                            aa-C------T--T---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------ATACGACT-CAT-----A-C--A-T-G---C-----A----------C-T-A-----TT-C-A-CAA--------C-T---A--C----AG---CG-TAG------T--C-AGGG----GGG-----A-AATT---GG----C----TAT-CAA--------------C--TA---C-A----AT--T--C-G-TAAAtat
gi|25740                      :                    aaatgaatattATAGA-TG-----TA-CGTGAACT--A---TA----T----T--T---A------G----C--A---A-G---------AT-----T-AAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-A-A-T-------------------C----AA------CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----CGT-T-A--------------T--TC---G-A----AT--T--G-G-TAAAGAtata
gi|25741                      :                                              aa------T--A---TA----T----T--C---A------T----C--A---A-T---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------A-T-A------T-C-A------------------G--C----AT---TG-CGT------T--T-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----T----TAT------------------T--T----C-A----AT--T--A-G-TAAAGAta
gi|25742                      :                                                                                                                        aaatggagtatactg-G---C-----G----------T-T-G-----TG-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AT---TG-TAT------T--C-ATTA----GGA-----A-A--T---GG----C----TGT-C-A--------------T--TG---T-A----GT--T--T-G-TAcat
gi|25744                      :        aaatggatgtgcggtatttttctATAGA-AG-----TG-C------T--A---TA----T----G--T---A------C----C--A---A-G---------AT-----T-CGT-----G-C--A-C-A---------A----------C-T-G-----TT-T-A-T-A--------------------------------T------T--T-ATGA----AGA-----A-A--T---TA----C----GAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--C-G-TAAAAAggaatat
gi|25745                      :                             aaATAGA-AG-----TA-C------T--A---TA----T----A--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-TGT-------------------------------------T-G-----TT-C-A-TGA--------C-T---G--C----TG---TA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--A---GG----T----GAT-T-A--------------T--TA---C-A----ATTGT--T-G-TAGAtat
gi|25746                      :                                    aaG-----CA-C------T--A---TA----T----T--T---C------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-CCG---C-----GAAG-------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------------------------------T------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----T----TAT-C-A--------------T--TT---C-A----AC--T--G-G-TAGAAA
gi|25747                      :                       aaatatttATAGA-CA-----CA-T------T--A---TA----T----G--T---A------T----T--T---G-T---------AT-----T-CAT-----G-C--G-C-G---T-----A----------T-T-A-----TT-A-A-T-A--------C-T---G--C----AC---CA-TAT------T--C-ATAA----GAA-----A-A--C---AG----C----TAT-C-A--------------G--TA---C-C----AT--T--T-G-Tt
gi|25748                      :                                                     ag--A---TG----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--A-C-G---C-----T----------T-T-G-----TA-A-A-CAA--------C-A---G--C----AT---TG-CAT------T--C-ATGA----AGA-----C-A--T---AT----T----AAA-C-A--------------T--TA---C-A----TT--T--C-G-AAAAGA
gi|25749                      :                                                                             aaatagaatacaaaa--A---A-G---------AT-----T-CGT-----A-C--G-C-G---C-----G----------T-T-G-----TT-C-A-T-AA-------C-C---G--T----GC---TG-CAG------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TTT-C-A--------------T--Ttat
gi|25750                      : aaatagttgggctagatttttcaagaattgATAGA-CG-----TT-C------T--A---TG----T----T--C---A------T----T--A---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-T---C-----A----------T-TAA-----AT-A-A-A-A--------C-T---C--C----CG---CG-CCC------T--T-TTGA----GAA-----A-A--T---AG----CTACGTAT-C-C--------------T--TA---C-A----AC--T--T-G-TAAAGA
gi|25751                      :                             aaATAGA-CG-----AA-C------T--A---AT----T----T--T---T------T----C--A---A-G---------AT-----T-AAT-----A-C--G-C-G---C-----AT---------T-T-A-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----AA---CA-CGT------T--T-GTGA----GGA-----A-A--C---TA----A----TAT-A-A--------------T--TA---C-G----AT--T--ta
gi|25770                      :                             aaATAGA-CG-----CA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----G-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AC-------C-T---G--C----TG---CA-CAT------T--C-ATGA----AGA-----A-A--T---AG----C----TAT-C-A--------------T--TG---C-A----AG--T--T-G-TAAA
gi|25771                      :                               aTATA-TG-----TA-T------T--A---TA----T----T--T---A------T-------A---C-GT--------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----C----------T-T-T-----TT-T-AAC-AA-------C-T---G--C----AT---TG-CGT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----CAT-C-A--------------C--CA---C-A----AT--T--T-G-TAA
gi|25772                      :                             agATAGA-CA-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---G------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAC-----A-T--G-C-A---C-----A----------CAT-G-----TT-C-A-CAA--------G-T---G--C----AT---TG-CAT------------TGA----AGA-----A-A--T---AG----C----TAC-T-A--------------T--TA---C-A----AA--T--G-G-TAAAGA
gi|25773                      :                              aACAGA-CG-----TG-C------T--A---TA----T----T--C---T------T----C--A---A-G---------AT-----T-GAT-----A-C--G-C-G---T-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----AA---CA-CAT------------TGAG---GGA-----A-A--T---GG----A----TAA-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--G-G-TCAAGAcat
gi|25775                      :                              aATGGA-CG-----TA-C------T--A---CA----T----T--C---A------T----T--C---G-T---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A--------------G-----TT-A-A-C-TT-------C-T---G--C----AG---CT-TGT------T--C-ATGG----GGA-----A-T--T---GG----C----TAA-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAGAGAtat
gi|25776                      :                              aATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T-----------------------------------------------------------A-T--G-T-G---C-----A----------T-T-G-----TG-T-A-C-AG-------C-T---G--C----AA---TG-CAT------T--C-ATTA----GGA-----A-A--T---GG----T----TAT-C-C--------------T--TA---C-C----AT--T--T-G-TAAAGAtat
gi|25777                      :                              aATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA---------------------------------------------------------AT-----A-T--G-T-G---C-----A----------T-T-G-----TG-T-A-C-AG-------C-T---G--C----AA---TG-CAT------T--C-ATTA----GGA-----A-A--T---GG---------TAT-C-C--------------T--TA---C-C----AT--T--T-G-TAAAGAtat
gi|25778                      :                                aAGA-CG-----TG-C------T--G---TA----T----T--T---A------T----A--G---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-T-A-----CT-C-G-T-A--------C-----A--T----AT---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----T----TAG-C-A--------------T--TA---C-A----GT--T--G-T-TACAGAtat
gi|25779                      :                           aataATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--G---C-GTGGTTCTGTGT-----T-TAT-----A-C--A-C-T---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-CAA--------C-G---A--C----AG---CG-CGT------T--C-ACGA----GGA-----A-A--T---GC----C----TAT-C-A--------------TTGTA---C-A----G------T-G-TAAAtat
gi|25781                      :                              aATAGT-CA-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-T--------------------------------------------CA-CAT------T--CTATGA----GGA-----A-A--T---GA----A----CAT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--T--G-G-CAAAGAtgtaaaaatat
gi|25784                      :                              aATAGA-TG-----TG-T------T--A---TA----T----T--T---A------G----C--AC--A-T---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----T----------T-T-G-----TT-T-A-C-AA-------C-A---G--C----AT---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TGT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--G-G-TAACGAta
gi|25785                      :                               ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--G---A-G---------AT-----T-CAT-----A-T--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-C-A--------C-T---G--C----AG---CG-TGT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAACGAtat
gi|25786                      :                               ATACA-TG-----TA-C------T------TA----TGATGT--T---A------T----CCCA---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------G-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-G---G--C----AT---CG-CAT------T--C-ATGG----GGA-----A-A--T---GT----C----TGT-C-G--------------T--TA---C-A----AT--
gi|25787                      :                               ATACA-TG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--C---G-A---------AT-----T-CAT-----A-C--A-C-A---C-----A----------C-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----AT---CA-CAC------T--C-ACTA----TGA-----A-A--T---GG----C----GAT-C-G--------------G--TAAACT-A----GT--T--G-G-TAAAGA
gi|25788                      :                               ATGGA-CT-----TC-C------T--G---TA----T----T--T---T------TTCTCC--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-CTA--------C-T---G--C----AT---CG-CGT------T--C-ATAC----GAA-----A-A--T---GA----T----CAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TGATGAtat
gi|25789                      :                               ATGGA-TG-----CAGT------T--A---CA----T----T--T---A------T----CT-AT--A-G---------GT-----T-CAT-----A-C--A-C-A---C-----A----------C-T-G-----CC-C-A-T-AA-------T-T---G--C----AT---TG-CAT------T--C-ATAA----AGA-----A-T--T---GG----C----TAT-C-T--------------T--TA---C-A----AT--T--A-T-CAAAGAtat
gi|25790                      :                               ATAGT-CG-----CA-C------T--A---CA----T----T--T---A------C----T--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------C-T-G-----CT-C-A-C-A--------------G------------------------T--C-ATGG----GGA-----A-A--T---GG----C----TAC-C-A--------------T--TT---C-A----GT--T--G-G-TAAAGAtat
gi|25793                      :                                TGGA-CG-----GA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--T---G-T---------AT-----T-CAT-----T-C--G-C-G---T-----A----------T-T-A-----TT-T-A-CAA--------T-T---G--C----AG---CG-CGT------T--C-ATGA----GCA-----A-A--T---TG----A----AAT-C-A--------------T--TG---C-A----AT--T--TCG-TAGAGAtat
gi|25794                      :                                TAGA-CG-----TA-C------T--A---AA----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CAT-----G-C--G-C-G---T-----A----------T-T-G-----TT-G-A-CAA--------C-T---G--T----AT---CG-CAT------T--C-ACGA----GGA-----A-tgt
gi|25795                      :                                TACA-TG-----TA-C------T--A---TA----T----T--TGTTA------T----A--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-C-G-----GT-C-A----------------------------------TAT------T--T-ATGA----GGG-----A-A--A---AG----C----TAT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--T--G-G-TGAAGA
gi|25799                      :                                 AAA-TG-----TA-C------TTTA---CA----T----G--C---A------T----G--A---C-G---------AT-----T-CAT-----T-T--G-C-A---G-----A----------T-T-G-----TT-G-A-C-AA-------T-T---G--C----AG---CA-GGT------T--C-ATGA----AGA-----A-A--T---GG----T----TAT-C-A--------------T--GA---T-A----AT--T--T-G-TAGAGAtat
gi|25805                      :                                       -----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----G--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-T--T-C-A---C-----A----------T-C-G-----TT------------------T---A--C----AA---C-----------------TGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TGT-C-A--------------T--TA---C-G----AT--T--T-C-TAAt
gi|25808                      :                                   ataG-----TA-C------T--A---TA----A----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-C-A---------------------------------------T--C--TGA----GGA-----A-A--T---GG----T----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAGAGA
gi|25809                      :                                     tG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A-----------C--A---T-GTATCT----GT-----T-CAC-----A-C--A-C-G---T-----A----------T-T-G-----TT-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---CG-TAC------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG-------------T-A--------------T--TG---C-A----GT--T--T-G-TAAAGAta
gi|25810                      :                                                      t--A---TA----T----T--C---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----G-T--T-C-----T-----A----------T-T-C-----AT-C-A---A--------C-T---A--C----ATATTCA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-T-G--------------T--TA---C-A----AC--T--T-G-TAAAcat
gi|25811                      :                                  tgtaG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----C-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-T-G-----T----A-C-A------------------------------CAT------T--C-ATGC----GGA-----A-A--T---GG----C----TTT-C-A--------------T--TT---C-T----ATG-T--T-A-TAGAGA
gi|25812                      :                                     tG-----TA-C------C--A---CA----T----G--T---A------T----T--T---G-T---------AC-----T-CAT-----A-A--C-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-CCA--------T-T---G--C----AA---CA-CAT------T--C-ATGA----GAA-----A-A--T---GA----C----TAT-G-A-----------------AA---C-A----AT--T--T-G-CGGAGA
gi|25813                      :                                     tG-----CA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-A-A-CGA--------T-T---G--C----AG---CG-CAT------T--C-AT------------------------------------T-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-C-CAAAAA
gi|25814                      :                                       -----TG-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-T---------AT-----T-CAT-----A-C--A-C-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--CCACAAT---TA-AAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----CAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--
gi|25815                      :                                   A-CA-----TA-T------T--AGACTA----T----C--T---A--------------A---A-G---------AT-----T-CCT-----A-C--G-C-A---A-----T----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---A--C----AT---GG-CAT------T--C-ATGA----TGAT----A-T--T---GG----C----TAC-C-A--------------T--TA---C-A----AT--TG-G-G-TAAAAA
gi|25816                      :                                      t-----TA-C------T--A---TA----T----G--T---A------T------------------------------T-CAT-----A-C--G-G-G---C-----C----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------AGT---G--C----AC---GG-CAT------T--C-ATGA----AGA-----A-A--T---TA----C----TCT-C-AT-------------T--TA---C-A----AT--T--A-G-TAtat
gi|25817                      :                                       -----TA-CA-----T--G---TA----T----G--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-GAT-----G-C--A-T-G---C-----G----------C-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---A--T----GT---TC-TGT------T--T-ATGA----GAA-----A-A--T---GG----C----TAC-C-A--------------T--TA---C-ACATCAT--T--T-G-TAA
gi|25818                      :                                       -----TA-T------C--A---TG----T----T--T---A------T-------A---A-G---------AT-----C-CTT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-C---G--C----AG---CA-CAT------T--C-ATCA----GGA-----A-A--T---------------------------------------------A----AT--T--T-G-TAAAGAtggta
gi|25821                      :                                             A-C------T--G---TA----T----T--C---T------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------C-T-G-----TT-T-A-C-AG-------C-G---G--C----AT---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAC-C-A--------------T--TG---C-A----AT--T--G-G-TAAAGAtat
gi|25822                      :                                             A-C------T--A---TA----T----T--T---A------C----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--A---G---C-----A----------T-T-G------T-A-A-CAA--------C-T---A--C----AT---CA-AA-------T--C-ATGA----GAA-----A-AATT---TG----C----TAT-C-A--------------C--TA---C-A----AT--C--T-G-
gi|25823                      :                                             A-C------T--G---TA----T----C--T---A------T----C--A---A-G---------AT-------CAT-----AAC--G-C-G---T-----G----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------T-C---A-------AT---CG-CAT------T--C-ATCA----GAA-----A-A--T---GA----C----TAC-C-A--------------T--TA---C-A----AT--acaatatat
gi|25824                      :                                             A-C------T--G---TA----T----T--T---A------T----C--ATGTA-GTTCTGT---AT-----C-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------A-T-G-----AT-T-A-C-AA-------C-T---G--C----TG---CA-CAT------T--C-AAGA----GGA-----A-A--T---GC----C----CAT-T-G--------------A--TG---T-A----AT--T--T-G-TAACGAgggtatggatat
gi|25825                      :                                             A-C------T--A---TA----T----T--C---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---A-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-A----------------------------G-C--------------TGA----GAA-----A-A--T---GG----C----TATGT-A--------------T--TA---CAA----AT--G--T-G-AAAAGAtat
gi|25826                      :                                              -C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---ATG---------AT-----T--AC-----A-T--G-T-G---C-----A----------T-T-G-----TA-T-A-C-AGT------T-T---G--T----TG---CG-AGT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----CT---TAT---A--------------T--CA---C-A----AT--T--T-G-TAAAtat
gi|25827                      :                                                ------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AA-----T-CTT-----A-A--AAT-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-A---G--C----AG---CG-CAG------T--C-ATGA----GAG-----T-A--T---GT----C----TAT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--tata
gi|25830                      :                                                       --A---TA----TCAG-T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CCT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T------------------A--------T-T---G--T----ATGTTCA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TTT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--T--G-G-TAAAGA
gi|25831                      :                                                       --A---TA----T----T--G---A------T----T--A---A-A---------GT-----T-CAT-----A-C--G-T-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----A--------AT------A--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----T-----G--------------C--TA---T-A----AT--G--G-G-TAAAt
gi|25834                      :                                                          ---TG----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CGT-----A-A--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-A-G-CAA--------C-T---G--C----A-----G-CAT------TTAC-GTGACTGTGAA-----A-A--T---AG----C----CAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--G--T-G-TAAAtatgt
gi|25835                      :                                                          ---TA----T----T--T---A------G----C--G---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----G----------T-T-G-----TC-T-A-CAA--------A-TGAAG--G----AT---TA-CAT------T--C-GTGA----AGA-----A-A--C---GGCC--C----TAA-C-A--------------T--TA---CAA----AT--T--T-GCTAAAGA
gi|25837                      :                                                              A----C----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---T-----A----------T-T-G-----TT-C-ACC-A--------C-T---G--C----TT---TG-CAT------T--C-ATGA----AAA-----A-A--T---TA----C----TAC-C-A--------------T--TG---T-A----AT--T--G-G-TGAAGAta
gi|25838                      :                                                              A----T----T--T---A------T----T--A---A-A---------AT-----T-AAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TC-C-G-C-AA-------C-T---G--C----AG---TG-CCT------T--C-ACGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TATCC-A--------------T--TG---T-A----AT--T--cat
gi|25839                      :                                                              A----T----T--T---A------C----C--A---A-C---------AT-----T-TGT-----G-T--G-T-G---C-----A----------A-T-G-----TT-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AA---TG-CTT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--GGCAGG----C----TGT-C-A--------------T--TC---A-A----AT--T--T-G-CAAAGAgtgatat
gi|25841                      :                                                                    ----T--T---A------T----T--A---A-G---------AT-----C-CCT-----A-C--G-C-G---C-----T----------G-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--T----AC---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----T-A--A---GG----C----TAC-C-A--------------C--CA---CAA----AT--G--T-G-TAtat
gi|25845                      :                                                                                ------T----C--A---A-G---------TT-----T-TAT-----A-C--G-C-G---C-----T----------T-T-G-----TT-T-A-C-AG-------C-T---G--C----GG---TG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A----T---GG----C----TGT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TA
gi|25846                      :                                                                                                     ---------AT-----T-CAT-----A-G--A-C-A---C-----A----------T-T-GACTTGTT-T-A-C-AA-------C-T---G--G----AG---CG-CGT------T--C-ATAA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-G--------------T--TA---C-T----GT--T--T-T-TAGAGA
gi|25847                      :                                                                                                  agt---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-A-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AT---TA-CAT------T--C-ATGG----AGA-----A-A--T---GG----A----TAT-C-ATTTAATGATATAATT--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAAAta
gi|25853                      :                                                                                                             atT-----T-CAA-----A-T--G-C-G---T-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-A---G--C----AT---GG-CAT------T--C-ATAA----GGA-----A-A--T---GG----C----TTT-C-A--------------T--TA---C-A----GA--A--T-G-CAAAAA
gi|25854                      :                                                                                                                -----T-CAT-----A-T--G-T-G---C-----A----------T-T-T-----TT-C-A-C-AT-------C-T---G--C----AT---AG-CAT------T--C-ATGA----GAA-----A-A--T---GG------------------------------T--TA---C-A-----------T-G-TAAAtat
gi|25856                      :                                                                                                                        AT-----A-C--G-C-A---C-----AATTTT-----T-T-T-----TT-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AT---CG-CAT------T--C-ACGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-A--------------T--TA---T-A--------T--T-G-Ttaaagatat
gi|25858                      :                                                                                                                        AT-----A-C--A-T-A---A-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------AAT---G--C----AG---CA-TAT------T--C-ATGA----GGA-----A-G--T---GG----C----CAT-C-A--------------T--TC---C-A----AT--T--
gi|25859                      :                                                                                                                                     -C-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---TG-CAT-------------GA----GGA-----A-A--T---AG----C----TCA-C-A--------------T--CA---G-A----AT--T--T-G-TAAAGA
gi|25867                      :                                                                                                                                                                            ata-A--------C-T---G--C----AA---CG-CGT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GT----C----TAT-C-A--------------T--TA---A-A----AT--T--G-G-TAAAGAtat

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                               2222222222                                                                                                                             
lowQualScore                  :                                    0  11111  0 222222 00 000  2222 3333 00 000 222222 0000 11 111 0 555555555  11111 0   11111 0 00 0 0 111 11111 5555555555 0 0 11111  0 0 0 3333333333 1 000 00 0000 6666  0   111111 00 0    1111   11111 0 11 000  1111 1111   1 0 33333333333333 00  000 1 0000  11 1111 0      
lowQualScore                  :                                    .  .....  . ...... .. ...  .... .... .. ... ...... .... .. ... . .........  ..... .   ..... . .. . . ... ..... .......... . . .....  . . . .......... . ... .. .... ....  .   ...... .. .    ....   ..... . .. ...  .... ....   . . .............. ..  ... . ....  .. .... .      
lowQualScore                  :                                    7  44444  5 000000 77 888  7777 0000 66 888 111111 9999 00 666 4 111111111  55555 4   00000 4 66 4 4 111 00000 6666666666 4 8 00000  8 4 8 0000000000 2 777 66 9999 5555  4   222222 66 4    3333   44444 4 11 777  4444 3333   2 4 77777777777777 66  777 6 9999  00 2222 5      
consensus                     :                               ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------C-T---G--C----AN---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAGA
Reference ( family-198 )      :                               ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------C-T---G--C----AN---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAGA
gi|25707                      :                               ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TT----T----T--T---A------T----T--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------C-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----AC---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TATAC-ATATT----------T--TA---C-G----AT--T--G-G-TAAAG
gi|25708                      :                             aaATAGA-CG-----GA-C------G--A---TA----T----T--T---A------T----C--G---A-T---------AT-----T-CAC-----A-A--G-C-T---CATTAAA----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----AA---CGACAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TA--C-A--------------T--TT---C-A----AG--T--T-G-TAAAGA
gi|25709                      :                             aaATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------C----T--A---A-G---------AT-----C-CAT-----A-C--G-C-G---T-----A----------T-TTG-----TT-TTA-C-AA-------C-T---G--C----AT---TG-TAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-T--------------T--TA---C-A----AT--T--G-G-TTAAGAtat
gi|25710                      :                              aaTAGA-CG-----AA-C------C--A---TA----T----T--T---C------T----C--T---C-T---------AT-----A-AAT-----A-G--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-C-AACTACATTT-T---GTAC----AA---CG-TAT------T--C-ATAC----TGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--C--T-G-TAACGAtat
gi|25711                      :                           aaatATAGA-TG-----TA-A------T--G---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AA-----T-AAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-C-G-----TT-C-A-C-AT-------C-T---G--C----AT---TG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----T----TAG-C-A--------------T--TA---G-A----A---T--G-G-TAAAGAtat
gi|25712                      :                             aaATAGAATG-----TA-A------T--G---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AA-----T-AAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-C-G-----TT-C-A-C-A--------T-T---C--T----A-------CAT------T--C-ATGA----GG------A-A--T---GA----T----TAG-C----------------T--TA---G-A----A---T--G-G-TAAAGAta
gi|25713                      :                              aaTACA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--G---A------T----C--A---A-G---------AA-----T-CAT-----A-T--G-T-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------A-T---G--T----AT---CG-CAT------G--T-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-A--------------T--TG---T-A----AT--T--T-G-TATAGta
gi|25714                      :                            aatATAGA-CG-----CA-C------C--A---TG----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AC-----T-CATGTATTA-C--G-C-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CGA--------A-T---G--A----AT---CA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAC-C-A--------------T--TA---C-A----AT--TGGT-G-TA
gi|25715                      :                             aaACAGA-TG-----CA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----T--G---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--A-C-AA--T-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AA---TA-CAT------T--C-ATAG----GGA-----A-A--T---GA----C----TCA-C-A--------------T--TG---C-A----AT--T--T-G-TAAAGAttgatat
gi|25716                      :                             aaATAGA-CA-----TA-C------G--A---CA----T----T--C---A------C----C--A---A-T---------AT-----T-CAC-----A-A--G-T-G---C-----G----------T-T-G-----CG-C-A-CGA--------C-T---G--T----AAAT-C--CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GGTGCCC----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAGAtgt
gi|25717                      :                             aaATAGA-TG-----TT-C------T--G---CA----T----T------A------T----C--A---A-T---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TA-C-A-C-AA-------C-T---A--A----TA---CA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---AA----C----TAT-C-A--------------T--TG---C-A----GT--T--T-A-TACAGAtat
gi|25718                      :                                aaGA-TG-----TG-C------C--A---TA----T----T--G---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-A-----TT-C-A-C-A--------C--------------C---TA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-A--------------A--TA---C-A----AA--T--C-G-TAAAGAgatat
gi|25719                      :                          aaactATAGA-TG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CAT-----G-C--G-C-A---T-----G----------T-C-G-----TT-C-A-C-AT-------C-T---C--C----AT---TG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GT----T----TGA-C-A--------------C--TA---C-A----tat
gi|25720                      :                             agATAGA-TG-----TG-C------T--A---TA----T----C--T---A------T----T--T---A-T---------AT-----T-TCT-----A-C--A-C-G---C-----A----------T-T-A-----AT-T-A-C-A-------------------------------AT------C--C--TAA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-C--------------T--TA---C-A----AT--T--C-C-TAGAGA
gi|25721                      :                               aaAGA-TG-----GA-C------T--A---TA----T-----------------------C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-TATG-C-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CTA--------C-T---G--C----AC---AG-TAT------C--T-ATGA----GGA-----A-G--T---GG----C----GAT-C-G--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAGAGAta
gi|25722                      :                           aaaaATAGA-TG-----CA-C------T--A---TT----T----C--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--A-C-A---C-----A----------T---------------------------------G--C----AC---TG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-T--------------G--TA---C-A----AC--T--T-G-TAAAGAt
gi|25723                      :                             aaATACA-CG-----CA-C------T--A---TA----T----T--T---T------G----C--A---A-G---------AT-----T-GAT-----A-C--A-C-A---C-----A----------G-C-G-----TT-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---TG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---AT----C----TAT-C-A--------------T--CA---CAA----AT--T--T-G-TAAAtgt
gi|25724                      :                             aaATAGC-CA-----TA-T------T--A---CACA--T----T--T---A------A----C--A---A-C---------AT-----T-CAT-----A-C--A-T-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----TTTT-CG-TAC------T--C-ATAA----GCA-----A-A--T---AA----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AA--T--G-G-TAAAGA
gi|25725                      :                             aaATAGA-CGCTCTGTA-C------T--A---TAAATATAG--T--T---AAAA---T----A--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-GGCGT-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---CG-CAT------T--C-ACGA----GGA-----A-A--T---AA----C----TAT-C-A--------------T--TG---C-A----TT--T--T-A-TAAAGAca
gi|25726                      :                             aaACAGA-TG-----TA-C------T--A---CAAA--T----T--T---A------T----C--A---A-C---------GT-----T-CAT-----T-C--A-C-A---T-----A----------T-T-G-----TC-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---CA-CAT------T--C-TAGA----GGA-----A-A--T---GG----T----CAT-C-A--------------T--TA---C-T----AT--A--T-G-ta
gi|25727                      :                             aaATAGA-TG-----TA-C------T--A---TA----T----TGGT---T------T----T--T---A-T---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----AAAGTTGCACAT-T-G-----TTAC-A---A--------C-C---G--C----AG---CA-CAA------T--C-ATTA----GGA-----A-A--T---GG----C----TGT-C-C--------------A--TA---C-A----AT--T--T-G-TAGAGA
gi|25728                      :                             agATAGA-CG-----TA-C------T--A---CT----T----T--C---A------T----C--A---A-TTT-------AT-----T-CAT-----G-C--G-C-G---T-----ACGTT------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------CCT---G--C----AG---CG-CATGCGCATT--T-GTGA----GGACAAGGACA--T---GG----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--G-A-TAAAGAtat
gi|25729                      :                             aaATATA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--C---A------T----C--T---G-T---------AT-----C-CAT-----G-C--G-C-T---C-----A----------C-T-G-----TT-T-A-C-AA-------T-T---G--G----TG---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-C--------------T--TA---C-A----TT--T--G-G-TAGAtat
gi|25730                      :                             aaACAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---ACATGTAT----C--A---A-G---------AT-----TTCAC-----A-C--G-C-G---C-----A----------C-G-G-----TTAC-A---A--------C-T---T--C----AT---CG-CAT------T--G-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TGT-C-A--------------T--TG---C-A----AT--tgtat
gi|25731                      :                             aaATAGA-GG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-----------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---T-----G----------G-T-G-----CT-C-A-C-AACGTA---C-C---G--C----AT---TG-CAT------T--T-ATGA----GGA-----A-A--C---GA----C----TAT-A-T--------------T--TG---C-A----AT--cacaaacatat
gi|25732                      :                             aaATAGA-TG-----AA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----A--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---T-----AT---------T-T-G-----CT-T-A-CAA--------C-T---G--T----AG---CG-CAT------C--T-ATGA----TGA-----A-A--T---GT----T----TAC-C-A--------------T--T----C------AT--T--T-G-TAA
gi|25734                      :                             aaATAGA-CG-----CA-A------T--A---AAA---T----G--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CCT-----A-C--G-C-G---C-----A----------C-C-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---AG-TAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAA-C-A--------------A--TA---C-A----AC--T--G-G-TAAGG
gi|25735                      :                             aaATAAA-CG-----TA-C------T--A---TA----C-----------------------C--A---C-G---------AT-----T-CGT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-A-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----A-------CGT------T--C-ATGT----GTA-----A-A--T---GG----T----TAT-C-A--------------T--TA---T-A----AT--T--T-G-TAGAAAttat
gi|25736                      :                             aaATAGA-CG-----TG-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------ATC----T-CTT-----A-C--G-C-----C-----AG---------T-T-G-----TA-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AC---TG-CAT------T--C-ATGG----GGA-----A-A--T---GA----C----TAca
gi|25737                      :                             aaATAGT-CA-----TA-C------T--A---TA----T----T--C---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-T-G-----CT-----------------------------------CG-CGT------T--C-ATCA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-A--------------A--TT---C-A----AT--C--G-G-TAAGGA
gi|25738                      :                             aaATGGA-CA-----TA-G------C--A---TA----TAA--T--C---A------A----C--A---A-G---------AT-----C-AAT-----A-C--G-T-G---C-----A----------T-T-------TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---TG-CAT------T--A-TTTA----GGA-----T-A--T---GG----C----AAT-C-A--------------T--CA---C-A----AT--T--T-G-TGAAGAtat
gi|25739                      :                                            aa-C------T--T---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------ATACGACT-CAT-----A-C--A-T-G---C-----A----------C-T-A-----TT-C-A-CAA--------C-T---A--C----AG---CG-TAG------T--C-AGGG----GGG-----A-AATT---GG----C----TAT-CAA--------------C--TA---C-A----AT--T--C-G-TAAAtat
gi|25740                      :                    aaatgaatattATAGA-TG-----TA-CGTGAACT--A---TA----T----T--T---A------G----C--A---A-G---------AT-----T-AAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-A-A-T-------------------C----AA------CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----CGT-T-A--------------T--TC---G-A----AT--T--G-G-TAAAGAtata
gi|25741                      :                                              aa------T--A---TA----T----T--C---A------T----C--A---A-T---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------A-T-A------T-C-A------------------G--C----AT---TG-CGT------T--T-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----T----TAT------------------T--T----C-A----AT--T--A-G-TAAAGAta
gi|25742                      :                                                                                                                        aaatggagtatactg-G---C-----G----------T-T-G-----TG-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AT---TG-TAT------T--C-ATTA----GGA-----A-A--T---GG----C----TGT-C-A--------------T--TG---T-A----GT--T--T-G-TAcat
gi|25744                      :        aaatggatgtgcggtatttttctATAGA-AG-----TG-C------T--A---TA----T----G--T---A------C----C--A---A-G---------AT-----T-CGT-----G-C--A-C-A---------A----------C-T-G-----TT-T-A-T-A--------------------------------T------T--T-ATGA----AGA-----A-A--T---TA----C----GAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--C-G-TAAAAAggaatat
gi|25745                      :                             aaATAGA-AG-----TA-C------T--A---TA----T----A--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-TGT-------------------------------------T-G-----TT-C-A-TGA--------C-T---G--C----TG---TA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--A---GG----T----GAT-T-A--------------T--TA---C-A----ATTGT--T-G-TAGAtat
gi|25746                      :                                    aaG-----CA-C------T--A---TA----T----T--T---C------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-CCG---C-----GAAG-------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------------------------------T------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----T----TAT-C-A--------------T--TT---C-A----AC--T--G-G-TAGAAA
gi|25747                      :                       aaatatttATAGA-CA-----CA-T------T--A---TA----T----G--T---A------T----T--T---G-T---------AT-----T-CAT-----G-C--G-C-G---T-----A----------T-T-A-----TT-A-A-T-A--------C-T---G--C----AC---CA-TAT------T--C-ATAA----GAA-----A-A--C---AG----C----TAT-C-A--------------G--TA---C-C----AT--T--T-G-Tt
gi|25748                      :                                                     ag--A---TG----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--A-C-G---C-----T----------T-T-G-----TA-A-A-CAA--------C-A---G--C----AT---TG-CAT------T--C-ATGA----AGA-----C-A--T---AT----T----AAA-C-A--------------T--TA---C-A----TT--T--C-G-AAAAGA
gi|25749                      :                                                                             aaatagaatacaaaa--A---A-G---------AT-----T-CGT-----A-C--G-C-G---C-----G----------T-T-G-----TT-C-A-T-AA-------C-C---G--T----GC---TG-CAG------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TTT-C-A--------------T--Ttat
gi|25750                      : aaatagttgggctagatttttcaagaattgATAGA-CG-----TT-C------T--A---TG----T----T--C---A------T----T--A---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-T---C-----A----------T-TAA-----AT-A-A-A-A--------C-T---C--C----CG---CG-CCC------T--T-TTGA----GAA-----A-A--T---AG----CTACGTAT-C-C--------------T--TA---C-A----AC--T--T-G-TAAAGA
gi|25751                      :                             aaATAGA-CG-----AA-C------T--A---AT----T----T--T---T------T----C--A---A-G---------AT-----T-AAT-----A-C--G-C-G---C-----AT---------T-T-A-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----AA---CA-CGT------T--T-GTGA----GGA-----A-A--C---TA----A----TAT-A-A--------------T--TA---C-G----AT--T--ta
gi|25770                      :                             aaATAGA-CG-----CA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----G-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AC-------C-T---G--C----TG---CA-CAT------T--C-ATGA----AGA-----A-A--T---AG----C----TAT-C-A--------------T--TG---C-A----AG--T--T-G-TAAA
gi|25771                      :                               aTATA-TG-----TA-T------T--A---TA----T----T--T---A------T-------A---C-GT--------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----C----------T-T-T-----TT-T-AAC-AA-------C-T---G--C----AT---TG-CGT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----CAT-C-A--------------C--CA---C-A----AT--T--T-G-TAA
gi|25772                      :                             agATAGA-CA-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---G------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAC-----A-T--G-C-A---C-----A----------CAT-G-----TT-C-A-CAA--------G-T---G--C----AT---TG-CAT------------TGA----AGA-----A-A--T---AG----C----TAC-T-A--------------T--TA---C-A----AA--T--G-G-TAAAGA
gi|25773                      :                              aACAGA-CG-----TG-C------T--A---TA----T----T--C---T------T----C--A---A-G---------AT-----T-GAT-----A-C--G-C-G---T-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----AA---CA-CAT------------TGAG---GGA-----A-A--T---GG----A----TAA-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--G-G-TCAAGAcat
gi|25775                      :                              aATGGA-CG-----TA-C------T--A---CA----T----T--C---A------T----T--C---G-T---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A--------------G-----TT-A-A-C-TT-------C-T---G--C----AG---CT-TGT------T--C-ATGG----GGA-----A-T--T---GG----C----TAA-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAGAGAtat
gi|25776                      :                              aATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T-----------------------------------------------------------A-T--G-T-G---C-----A----------T-T-G-----TG-T-A-C-AG-------C-T---G--C----AA---TG-CAT------T--C-ATTA----GGA-----A-A--T---GG----T----TAT-C-C--------------T--TA---C-C----AT--T--T-G-TAAAGAtat
gi|25777                      :                              aATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA---------------------------------------------------------AT-----A-T--G-T-G---C-----A----------T-T-G-----TG-T-A-C-AG-------C-T---G--C----AA---TG-CAT------T--C-ATTA----GGA-----A-A--T---GG---------TAT-C-C--------------T--TA---C-C----AT--T--T-G-TAAAGAtat
gi|25778                      :                                aAGA-CG-----TG-C------T--G---TA----T----T--T---A------T----A--G---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-T-A-----CT-C-G-T-A--------C-----A--T----AT---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----T----TAG-C-A--------------T--TA---C-A----GT--T--G-T-TACAGAtat
gi|25779                      :                           aataATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--G---C-GTGGTTCTGTGT-----T-TAT-----A-C--A-C-T---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-CAA--------C-G---A--C----AG---CG-CGT------T--C-ACGA----GGA-----A-A--T---GC----C----TAT-C-A--------------TTGTA---C-A----G------T-G-TAAAtat
gi|25781                      :                              aATAGT-CA-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-T--------------------------------------------CA-CAT------T--CTATGA----GGA-----A-A--T---GA----A----CAT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--T--G-G-CAAAGAtgtaaaaatat
gi|25784                      :                              aATAGA-TG-----TG-T------T--A---TA----T----T--T---A------G----C--AC--A-T---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----T----------T-T-G-----TT-T-A-C-AA-------C-A---G--C----AT---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TGT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--G-G-TAACGAta
gi|25785                      :                               ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--G---A-G---------AT-----T-CAT-----A-T--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-C-A--------C-T---G--C----AG---CG-TGT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAACGAtat
gi|25786                      :                               ATACA-TG-----TA-C------T------TA----TGATGT--T---A------T----CCCA---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------G-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-G---G--C----AT---CG-CAT------T--C-ATGG----GGA-----A-A--T---GT----C----TGT-C-G--------------T--TA---C-A----AT--
gi|25787                      :                               ATACA-TG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--C---G-A---------AT-----T-CAT-----A-C--A-C-A---C-----A----------C-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----AT---CA-CAC------T--C-ACTA----TGA-----A-A--T---GG----C----GAT-C-G--------------G--TAAACT-A----GT--T--G-G-TAAAGA
gi|25788                      :                               ATGGA-CT-----TC-C------T--G---TA----T----T--T---T------TTCTCC--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-CTA--------C-T---G--C----AT---CG-CGT------T--C-ATAC----GAA-----A-A--T---GA----T----CAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TGATGAtat
gi|25789                      :                               ATGGA-TG-----CAGT------T--A---CA----T----T--T---A------T----CT-AT--A-G---------GT-----T-CAT-----A-C--A-C-A---C-----A----------C-T-G-----CC-C-A-T-AA-------T-T---G--C----AT---TG-CAT------T--C-ATAA----AGA-----A-T--T---GG----C----TAT-C-T--------------T--TA---C-A----AT--T--A-T-CAAAGAtat
gi|25790                      :                               ATAGT-CG-----CA-C------T--A---CA----T----T--T---A------C----T--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------C-T-G-----CT-C-A-C-A--------------G------------------------T--C-ATGG----GGA-----A-A--T---GG----C----TAC-C-A--------------T--TT---C-A----GT--T--G-G-TAAAGAtat
gi|25793                      :                                TGGA-CG-----GA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--T---G-T---------AT-----T-CAT-----T-C--G-C-G---T-----A----------T-T-A-----TT-T-A-CAA--------T-T---G--C----AG---CG-CGT------T--C-ATGA----GCA-----A-A--T---TG----A----AAT-C-A--------------T--TG---C-A----AT--T--TCG-TAGAGAtat
gi|25794                      :                                TAGA-CG-----TA-C------T--A---AA----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CAT-----G-C--G-C-G---T-----A----------T-T-G-----TT-G-A-CAA--------C-T---G--T----AT---CG-CAT------T--C-ACGA----GGA-----A-tgt
gi|25795                      :                                TACA-TG-----TA-C------T--A---TA----T----T--TGTTA------T----A--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-C-G-----GT-C-A----------------------------------TAT------T--T-ATGA----GGG-----A-A--A---AG----C----TAT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--T--G-G-TGAAGA
gi|25799                      :                                 AAA-TG-----TA-C------TTTA---CA----T----G--C---A------T----G--A---C-G---------AT-----T-CAT-----T-T--G-C-A---G-----A----------T-T-G-----TT-G-A-C-AA-------T-T---G--C----AG---CA-GGT------T--C-ATGA----AGA-----A-A--T---GG----T----TAT-C-A--------------T--GA---T-A----AT--T--T-G-TAGAGAtat
gi|25805                      :                                       -----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----G--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-T--T-C-A---C-----A----------T-C-G-----TT------------------T---A--C----AA---C-----------------TGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TGT-C-A--------------T--TA---C-G----AT--T--T-C-TAAt
gi|25808                      :                                   ataG-----TA-C------T--A---TA----A----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-C-A---------------------------------------T--C--TGA----GGA-----A-A--T---GG----T----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAGAGA
gi|25809                      :                                     tG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A-----------C--A---T-GTATCT----GT-----T-CAC-----A-C--A-C-G---T-----A----------T-T-G-----TT-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---CG-TAC------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG-------------T-A--------------T--TG---C-A----GT--T--T-G-TAAAGAta
gi|25810                      :                                                      t--A---TA----T----T--C---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----G-T--T-C-----T-----A----------T-T-C-----AT-C-A---A--------C-T---A--C----ATATTCA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-T-G--------------T--TA---C-A----AC--T--T-G-TAAAcat
gi|25811                      :                                  tgtaG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----C-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T-T-G-----T----A-C-A------------------------------CAT------T--C-ATGC----GGA-----A-A--T---GG----C----TTT-C-A--------------T--TT---C-T----ATG-T--T-A-TAGAGA
gi|25812                      :                                     tG-----TA-C------C--A---CA----T----G--T---A------T----T--T---G-T---------AC-----T-CAT-----A-A--C-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-T-A-CCA--------T-T---G--C----AA---CA-CAT------T--C-ATGA----GAA-----A-A--T---GA----C----TAT-G-A-----------------AA---C-A----AT--T--T-G-CGGAGA
gi|25813                      :                                     tG-----CA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-A-A-CGA--------T-T---G--C----AG---CG-CAT------T--C-AT------------------------------------T-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-C-CAAAAA
gi|25814                      :                                       -----TG-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-T---------AT-----T-CAT-----A-C--A-C-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--CCACAAT---TA-AAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----CAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--
gi|25815                      :                                   A-CA-----TA-T------T--AGACTA----T----C--T---A--------------A---A-G---------AT-----T-CCT-----A-C--G-C-A---A-----T----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---A--C----AT---GG-CAT------T--C-ATGA----TGAT----A-T--T---GG----C----TAC-C-A--------------T--TA---C-A----AT--TG-G-G-TAAAAA
gi|25816                      :                                      t-----TA-C------T--A---TA----T----G--T---A------T------------------------------T-CAT-----A-C--G-G-G---C-----C----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------AGT---G--C----AC---GG-CAT------T--C-ATGA----AGA-----A-A--T---TA----C----TCT-C-AT-------------T--TA---C-A----AT--T--A-G-TAtat
gi|25817                      :                                       -----TA-CA-----T--G---TA----T----G--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-GAT-----G-C--A-T-G---C-----G----------C-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---A--T----GT---TC-TGT------T--T-ATGA----GAA-----A-A--T---GG----C----TAC-C-A--------------T--TA---C-ACATCAT--T--T-G-TAA
gi|25818                      :                                       -----TA-T------C--A---TG----T----T--T---A------T-------A---A-G---------AT-----C-CTT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-C---G--C----AG---CA-CAT------T--C-ATCA----GGA-----A-A--T---------------------------------------------A----AT--T--T-G-TAAAGAtggta
gi|25821                      :                                             A-C------T--G---TA----T----T--C---T------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------C-T-G-----TT-T-A-C-AG-------C-G---G--C----AT---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAC-C-A--------------T--TG---C-A----AT--T--G-G-TAAAGAtat
gi|25822                      :                                             A-C------T--A---TA----T----T--T---A------C----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--A---G---C-----A----------T-T-G------T-A-A-CAA--------C-T---A--C----AT---CA-AA-------T--C-ATGA----GAA-----A-AATT---TG----C----TAT-C-A--------------C--TA---C-A----AT--C--T-G-
gi|25823                      :                                             A-C------T--G---TA----T----C--T---A------T----C--A---A-G---------AT-------CAT-----AAC--G-C-G---T-----G----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------T-C---A-------AT---CG-CAT------T--C-ATCA----GAA-----A-A--T---GA----C----TAC-C-A--------------T--TA---C-A----AT--acaatatat
gi|25824                      :                                             A-C------T--G---TA----T----T--T---A------T----C--ATGTA-GTTCTGT---AT-----C-CAT-----A-C--G-C-A---C-----A----------A-T-G-----AT-T-A-C-AA-------C-T---G--C----TG---CA-CAT------T--C-AAGA----GGA-----A-A--T---GC----C----CAT-T-G--------------A--TG---T-A----AT--T--T-G-TAACGAgggtatggatat
gi|25825                      :                                             A-C------T--A---TA----T----T--C---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-A---A-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-A----------------------------G-C--------------TGA----GAA-----A-A--T---GG----C----TATGT-A--------------T--TA---CAA----AT--G--T-G-AAAAGAtat
gi|25826                      :                                              -C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---ATG---------AT-----T--AC-----A-T--G-T-G---C-----A----------T-T-G-----TA-T-A-C-AGT------T-T---G--T----TG---CG-AGT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----CT---TAT---A--------------T--CA---C-A----AT--T--T-G-TAAAtat
gi|25827                      :                                                ------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AA-----T-CTT-----A-A--AAT-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-A---G--C----AG---CG-CAG------T--C-ATGA----GAG-----T-A--T---GT----C----TAT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--tata
gi|25830                      :                                                       --A---TA----TCAG-T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CCT-----A-C--G-C-A---C-----A----------T------------------A--------T-T---G--T----ATGTTCA-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TTT-C-A--------------T--TT---C-A----AT--T--G-G-TAAAGA
gi|25831                      :                                                       --A---TA----T----T--G---A------T----T--A---A-A---------GT-----T-CAT-----A-C--G-T-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-CAA--------C-T---G--C----A--------AT------A--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----T-----G--------------C--TA---T-A----AT--G--G-G-TAAAt
gi|25834                      :                                                          ---TG----T----T--T---A------T----C--A---A-A---------AT-----T-CGT-----A-A--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-A-G-CAA--------C-T---G--C----A-----G-CAT------TTAC-GTGACTGTGAA-----A-A--T---AG----C----CAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--G--T-G-TAAAtatgt
gi|25835                      :                                                          ---TA----T----T--T---A------G----C--G---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----G----------T-T-G-----TC-T-A-CAA--------A-TGAAG--G----AT---TA-CAT------T--C-GTGA----AGA-----A-A--C---GGCC--C----TAA-C-A--------------T--TA---CAA----AT--T--T-GCTAAAGA
gi|25837                      :                                                              A----C----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---T-----A----------T-T-G-----TT-C-ACC-A--------C-T---G--C----TT---TG-CAT------T--C-ATGA----AAA-----A-A--T---TA----C----TAC-C-A--------------T--TG---T-A----AT--T--G-G-TGAAGAta
gi|25838                      :                                                              A----T----T--T---A------T----T--A---A-A---------AT-----T-AAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TC-C-G-C-AA-------C-T---G--C----AG---TG-CCT------T--C-ACGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TATCC-A--------------T--TG---T-A----AT--T--cat
gi|25839                      :                                                              A----T----T--T---A------C----C--A---A-C---------AT-----T-TGT-----G-T--G-T-G---C-----A----------A-T-G-----TT-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AA---TG-CTT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--GGCAGG----C----TGT-C-A--------------T--TC---A-A----AT--T--T-G-CAAAGAgtgatat
gi|25841                      :                                                                    ----T--T---A------T----T--A---A-G---------AT-----C-CCT-----A-C--G-C-G---C-----T----------G-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--T----AC---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----T-A--A---GG----C----TAC-C-A--------------C--CA---CAA----AT--G--T-G-TAtat
gi|25845                      :                                                                                ------T----C--A---A-G---------TT-----T-TAT-----A-C--G-C-G---C-----T----------T-T-G-----TT-T-A-C-AG-------C-T---G--C----GG---TG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A----T---GG----C----TGT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TA
gi|25846                      :                                                                                                     ---------AT-----T-CAT-----A-G--A-C-A---C-----A----------T-T-GACTTGTT-T-A-C-AA-------C-T---G--G----AG---CG-CGT------T--C-ATAA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-G--------------T--TA---C-T----GT--T--T-T-TAGAGA
gi|25847                      :                                                                                                  agt---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-A-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AT---TA-CAT------T--C-ATGG----AGA-----A-A--T---GG----A----TAT-C-ATTTAATGATATAATT--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAAAta
gi|25853                      :                                                                                                             atT-----T-CAA-----A-T--G-C-G---T-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-A---G--C----AT---GG-CAT------T--C-ATAA----GGA-----A-A--T---GG----C----TTT-C-A--------------T--TA---C-A----GA--A--T-G-CAAAAA
gi|25854                      :                                                                                                                -----T-CAT-----A-T--G-T-G---C-----A----------T-T-T-----TT-C-A-C-AT-------C-T---G--C----AT---AG-CAT------T--C-ATGA----GAA-----A-A--T---GG------------------------------T--TA---C-A-----------T-G-TAAAtat
gi|25856                      :                                                                                                                        AT-----A-C--G-C-A---C-----AATTTT-----T-T-T-----TT-T-A-C-AA-------C-T---G--C----AT---CG-CAT------T--C-ACGA----GGA-----A-A--T---GA----C----TAT-C-A--------------T--TA---T-A--------T--T-G-Ttaaagatat
gi|25858                      :                                                                                                                        AT-----A-C--A-T-A---A-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------AAT---G--C----AG---CA-TAT------T--C-ATGA----GGA-----A-G--T---GG----C----CAT-C-A--------------T--TC---C-A----AT--T--
gi|25859                      :                                                                                                                                     -C-A---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-AA-------C-T---G--C----AG---TG-CAT-------------GA----GGA-----A-A--T---AG----C----TCA-C-A--------------T--CA---G-A----AT--T--T-G-TAAAGA
gi|25867                      :                                                                                                                                                                            ata-A--------C-T---G--C----AA---CG-CGT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GT----C----TAT-C-A--------------T--TA---A-A----AT--T--G-G-TAAAGAtat


blockSeqs                     :                                       CTCTG    GTGAAC         AATA GATG        CATGTA      CC TGT   TGGTTCTGT  ACGAC     GTATT          GCG ATTAA AAGTTGCACA     ACTTG        AACTACATT  C             TATT      GCGCAT         CTGT   CAAGG   AT      TGCC TACG   G   TTTAATGATATAAT         A          GGT 
blockSeqs                     :                                       .        A              CA   CAG         AAA         T  C     TTCTGT     C         .              A   .     ATTTT          .            AACGTA     G             TGTT      .              G      T       AT      CC   T      C   T                      A          TC  
blockSeqs                     :                                       .        .              AA   AG          .           .  T     TATCT      .         .              .   .     CGTT           .            AGT        A             AAT       .              .      .       .       .    .      .   .                      A          GG  
blockSeqs                     :                                       .        .              A    AA          .           .  .     TT         .         .              .   .     AAG            .            AA         .             TTT       .              .      .       .       .    .      .   .                      A          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     T          .         .              .   .     T              .            AA         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     G              .            AT         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     T              .            AA         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            GA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            GA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AT         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            TA         .             C         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          C   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          C   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             C         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             C         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            GA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             C         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          C   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AC         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          A   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          C   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            TT         .             C         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AG         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AG         .             C         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          C   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            TA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            CA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            GA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AG         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          A   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AG         .             C         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          A   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AT         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                       .        .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            AA         .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                                .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                                .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             C         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                                .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                .              .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                               .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                               .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                               .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                               .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             T         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                               .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                               .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             G         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                               .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             A         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          T   
blockSeqs                     :                                                               .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .          G   
blockSeqs                     :                                                               .    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .              
blockSeqs                     :                                                                    .           .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .              
blockSeqs                     :                                                                                .           .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .              
blockSeqs                     :                                                                                            .  .     .          .         .              .   .     .              .            A          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .              
blockSeqs                     :                                                                                                     .          .         .              .   .     .              .            A          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .              
blockSeqs                     :                                                                                                     .          .         .              .   .     .              .            A          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .              
blockSeqs                     :                                                                                                                .         .              .   .     .              .            .          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .              
blockSeqs                     :                                                                                                                .         .              .   .     .              .            .          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .              
blockSeqs                     :                                                                                                                          .              .   .     .              .            .          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .              
blockSeqs                     :                                                                                                                          .              .   .     .              .            .          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                      .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                         .   .     .              .            .          .             .         .              .      .       .       .    .      .   .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                         .   .     .              .            .          .             .         .              .      .       .       .    .                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                               .          .             .         .              .      .                                                                     


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                        **************
originalCons                  :                               ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------C-T---G--C----AN---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAGA
finalCons                     :                               ATAGA-CG-----TA-C------T--A---TA----T----T--T---A------T----C--A---A-G---------AT-----T-CAT-----A-C--G-C-G---C-----A----------T-T-G-----TT-C-A-C-A--------C-T---G--C----AN---CG-CAT------T--C-ATGA----GGA-----A-A--T---GG----C----TAT-C-A--------------T--TA---C-A----AT--T--T-G-TAAAGA