lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                           
lowQualScore                  :                                                          222       4444444444444444444444444        1   1                      1            333   1111                   2                                                                              2                              33                                2                  22                                 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444          4444444444444             1111               11                  
lowQualScore                  :      0    0 1 1 0   11 2   6 11  0   1  1 0   0  0   0   555 44    8888888888888888888888888        5   9   2             2    3            000 2 4444    2  6 7      6  0             6           6                6  99        6                      3                          6   11                      6         6                  77  99               1      5      0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000          7777777777777   6 4  2    4444 2             00   3 4   888      
lowQualScore                  :      .    . . . .   .. .   . ..  .   .  . .   .  .   .   ... ..    .........................        .   .   .             .    .            ... . ....    .  . .      .  .             .           .                .  ..        .                      .                          .   ..                      .         .                  ..  ..               .      .      ................................................................................................................................................................................................................          .............   . .  .    .... .             ..   . .   ...      
lowQualScore                  :      5    4 3 8 4   11 2   5 22  9   3  8 9   4  4   4   666 00    2222222222222222222222222        0   0   5             5    3            000 2 2222    5  7 0      7  0             7           7                7  22        7                      7                          7   77                      7         7                  55  22               0      7      9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999          7777777777777   7 4  2    2222 2             77   6 5   888      
consensus                     : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTATA---G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAGGGTACACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAATA--TNT----TTTGNCC-CCAAAAAC-AAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGT-GA--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCG--ACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCACAG------G--AGGG-----------TA---------AAG-CATTGGAA-A-TAT-TC--T--G--GTT--A--G--CA-T-GC----A--------A--A--TTC-------TGTGGT-T-AA-AGC--A--TTGNAG-A-T-ANTGT--------GT---T----A-AA-GCATT-TGGAAACATTCTG------------TGGTTAAAGCATT----G-GA-ATACTTT-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACCNTCTGTNTTT---GCTTGG
Reference ( gi|41864 )        : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TTATT---G--AT-TC--AT--GTG-G--CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAAT---TAT----TTTGGCC-CAAAAAAC-AA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGT-GA--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CG--ACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC----------G--AGGG-----------TA---------A---CATTGG-A-A-TAT-TC--T--G--GTT--A--G--CA---GC----A--------A--A--TTG-------TGTG---T-AATACC--A--TTGTAG-C-T-AATAT--------GT---T----A-AA-GCATT-TGGAAATATTCTGTATTGGTTAGGATGATTAAAGCATT----ATGATATACTTT-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41863                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TTATT---G--AT-TC--AT--GTG-G--CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAAT---TAT----TTTGGCC-CAAAAAAC-AA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGT-GA--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CG--ACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC----------G--AGGG-----------TA---------A---CATTGG-A-A-TAT-TC--T--G--GTT--A--G--CA---GC----A--------A--A--TTG-------TGTG---T-AATACC--A--TTGTAG-C-T-AATAT--------GT---T----A-AA-GCATT-TGGAAATATTCTGTATTGGTTAGGATGATTAAAGCATT----ATGATATACTTT-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41862                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TTATT---G--AT-TC--AT--GTG-G--CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAAT---TAT----TTTGGCC-CAAAAAAC-AA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGT-GA--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CG--ACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC----------G--AGGG-----------TA---------A---CATTGG-A-A-TAT-TC--T--G--GTT--A--G--CA---GC----A--------A--A--TTG-------TGTG---T-AATACC--A--TTGTAG-C-T-AATAT--------GT---T----A-AA-GCATT-TGGAAATATTCTGTATTGGTTAGGATGATTAAAGCATT----ATGATATACTTT-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41866                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TTA
gi|41865                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TTA
gi|41868                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TT
gi|41867                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TT
gi|41869                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TAATTACAG--ACATC--GTA-GTG-A--CCAG
gi|41873                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTACA---G--ACATC--GTA-GTG-A--CCAG
gi|41872                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---AG-TTATA---G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41871                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---AG-TTATA---G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41870                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---AG-TTATA---G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41875                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTACA---G--AA-TC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41874                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTAT
gi|41881                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41880                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41879                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41878                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41877                      : TAGTGTAACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TTA
gi|41876                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41884                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAAC-A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTATA---G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41883                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTACAA--TTACA---G--ACATC--GTA-GTG-A--CCAG
gi|41882                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTA---A--TTA
gi|41887                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTTA-A--TTA
gi|41886                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTTA-A--TTA
gi|41885                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTTA-A--TTA
gi|41889                      : TAGTG-AACC---G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TTA
gi|41888                      : TAGTG-AACC-A-G---CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TTA
gi|41890                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TA-ACA-GTT---A--TT
gi|41893                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A----ATTAA-G--ACATCGTAT--GTA-A--CCAG
gi|41892                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A----ATTAA-G--ACATCGTAT--GTA-A--CCAG
gi|41891                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A----ATTAA-G--ACATCGTAT--GTA-A--CCAG
gi|41894                      : TGGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---AG-TTATA---G--ACATC--GTAAGTG-GAACCAG
gi|41895                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-A-A-TT-ACA-GTTAA-A--TTACA---G--ACATC--GTA-GTG-GAACCAGG
gi|41896                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GT
gi|41899                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41898                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41897                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41902                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-CAACA-TT-ACA-GTTA--A--TTAT
gi|41901                      : TAGTG-AACG-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTAT
gi|41900                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTACA---G--AA-TC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41903                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA----CACCA--TG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--TTACA---G--A---C--ATC-GTG-G--
gi|41904                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41905                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTATA---G--A
gi|41907                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41906                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41914                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41913                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAACAA-CAC-A--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTATA---G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41912                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41911                      : TAGTG-AACC-A-GCA-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41910                      : TAGTG-AACC-A-G-AACAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41909                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACACGTTA--A--TTA
gi|41908                      : TAGTG-AACCCA-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41915                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-ATA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41920                      : TAGTG-AAC--A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTAT
gi|41919                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--
gi|41918                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCAAGAG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41917                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---A--
gi|41916                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTACA---G--ACATC--GTA-GTG-GAACCAGG
gi|41922                      : TAGTG-A-CC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41921                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41924                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-TTA---A--TT
gi|41923                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-TTA---A--TT
gi|41925                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGTTTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTATA---G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41928                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41927                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41926                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41930                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT------TTA
gi|41929                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT------TTA
gi|41931                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A--ACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41932                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-ATA-GT-C-GCA-TT-ACA-GTTA--A--TTACA---GACAT-TC--GTA-GTG-
gi|41933                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-CAACA-TTGACA-GTTA--A--TTAT
gi|41935                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG-TTA-GT-C-ACATTT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41934                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCAAGAG-TCA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41937                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA----CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTATA---G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41936                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGTTTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTATA---G--A
gi|41983                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---AGTTTATA---G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41984                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---AGTTTATA---G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|41985                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT---AG-TTA
gi|41986                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41988                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41987                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA
gi|41990                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C--CA-TT-ACA-GTT---A--ATATTA--G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41989                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG-TTA-GT-C--CA-TT-ACA-GTT---A--ATATTA--G--ACATC--GTA-GTGAA--CCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41992                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG-TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-GTT---A--TT------G--AT--C--AT--GTG-GA-CCAGGGTACACT-TGTGTTATTATAACGCCCACTAAGCATTTTGAAAA---TATGTTTTTTGCCT-CCAAAAAC-AAACTTTAATCGTTAAAGATGATACTTTTAAACATCATTTACAGT-GG--ACAGTGT--ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAA-CAGATCGCCACTGTTTGTAAAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTC-TTCCTTCACTCTA-TGGAGTCATTCAT--CGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC----------ACCAGG-------------A---------A------GGG-A-A-AGG-TA--T--G--GTT--A--A--AG---GC----ATTGGAAATA--A--TTC-------TGTGGTTT-AAAGCA--A--TTGC---C-A-AACATTTCTGGTGGT---T----A-AA-GCA---TGGAAACATTCTG---TGG-TA--------AAAGCATT----GGAAAATA-TTC-T-GTGGGTT----A-AAGCATTGGAAACC
gi|41993                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG-TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-GTA---A--TTAT-----------C--AT--GTG-GA-CCAGGGTA-ACT-TGTGTTAT-ATAACCCC-ACTAAGCATTTTGAAATATGTTT----TTTGCCT-CCAAAAAC-AAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCA-TTACAGT-GGACCCAGTG-T-ACTGACTGTGTAATA-TTGTAG-GAT-GATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGTAAAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCG--ACATCAAATCAGAATTCATCTTAACTGTCACAGGAAGGGA--AAGG-----------TATGTTAAAGCA---CATTGG-A-A-TAT-TCTGT--G--GTTAAA--G--CAATTGC----A--------AC-A--TTC-------TGTGGTTT-AA-AGC--A--TGGAAA-CAT-TCTGT--------GG---TA---A-AA-GCATT-GGAAAATATTCTG------------TGGTTAAAGCATT----G-GA-AAACCTT-TAGT-GGTT------AAGCATTGGAAA-----TCTTTT
gi|42000                      :    TG-AACC-A-GTA-CAA--A--A-TA--AG-TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-GTT---AA-TTAT----G--AT-TC--AT--GTG-GA-CCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCC--ACTA-GCATTTTGAAATATGTTT----TTTGCCT-CCAAAAAC-AAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATT-ACAGT-GA--C-AGTGTTTACTGACTGTGTAATATT-GTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCG--ACATCAAATCAGATT-CATCTT-ACTGTCACAG------G--AGGGAAAGGTATGGTTA---------AAG-CATTGGAA-A-TAT-TCTGT--G--GTTAAA--G--CAATTGC----A--------AACA--TTC-------TGTGGTTT-AA-AGC--A--TTGGA------AACATTCTGTG--GT---A----A-AA-GCA-T-TGGAAATATTCTGTG-----------GGTTAAAGCATT----G-GA-AAACCTT-TAGT-GGTT----A-AAGCATTGGAAA-----TCTTTT
gi|42004                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTACA---G--AC-TC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|42003                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTACA---G--AC-TC--GTA-GTGAA--CCAG
gi|42006                      :           -A-G-T-CAA--A-CACTA--AG-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTTA--A--TTA-T---G--AT-TC--AT--GTG-GA-CCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAATA--TGT----TTTTGCCTCCAAAAACAAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTGGA--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCG--ACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCACAG------G--AGGGAAAGGTATGGTTA---------AAG-CATTGGAA-A-TAT-TCTGT--G--GTT--A--A---A---GC----------------A--TTT-------TTTG---G-AA-ACC-----TT-TAG---------T--------GT---T----AGAA-GCA-T-TGGAAATCTT---------TTAG--TGGTTAAAGCATT----G-GAAAT-CTTT-A-GT-GGTT----ACGAGTATCGGA
gi|42007                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAACTT-TCTGT---------------GGT-----------TA---------AAG-CAGTGG-A-AACAG-TC--T--G--GTG--AAAG--CA---TCTGAAA--------A--A--TTC-------TGTGGT-T-AA-AGC--A--GTGGAA-A-C-AGTCT--------GG---TG---A-AA-GCATC-TGAAAA-ATTCTG------------TGGTTAAAGCATT----G-GAAATA-TTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACTTTCTGTGTTT---
gi|42017                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TA---------AAAGCATTGG-ACA-TAT-TC--T--GTGGTT--A--A---A---GC----A--------------TTGGAACATCTGTGGT-T-AA-AGC--A--TTGGAA-A-C-ATTCT--------GTCATT----A-AA-GC--T-TGGAAATATTCTG-------------GGTTAAAGCATT----G-GA---ACTTTCT-GT-GTTA----A-AAGCATTGGAAAC
gi|42014                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TA---------AAG-CATTGGAA-A-TATCTG--T--G--GTTAAA--G--CATT-GG----A--------A--A--TT--------TG-G---T-ACTGAT--T--TTGCAG-A-TGGGTGTG-------GT---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCTG------------TCATTAAAGCATTGGAAATGAT-T-CTGG-T-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGGAAACTTTCTGTGTTT---
gi|42016                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TA---------AAG-CATTGGAA-A-TATCTG--T--G--GTTAAA--G--CATT-GG----A--------A--A--TT---------------T-GGTACCTGATTTTGCAG-A-TGGGTGTG-------GT---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCTG------------TCATTAAAGCATTGGAAATGAT-T-CTGG-T-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGGAAACTTTCTGTGTTT---
gi|42015                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TA---------AAG-CATTGGAA-A-TATCTG--T--G--GTTAAA--G--CATT-GG----A--------A--A--TT---------------T-GGTACCTGATTTTGCAG-A-TGGGTGTG-------GT---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCTG------------TCATTAAAGCATTGGAAATGAT-T-CTGG-T-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGGAAACTTTCTGTGTTT---
gi|42022                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A---------G---CATTGG-A-AACAG-TC--T--G--GTT--AAAG--CA---NN----N--------N--N--NNN-------NNNN---N-NNNNNN--N--NNNNNGTC-T-G------------GT---T----A-AA-GCATT-TG-AAACATTCTGT------------GGTTAAAGCAT-----AGGAAACATTCT-T--T-GGTT----A-AAGCATTAGAAAC
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A---------G---CATTGGAA-A-TCT-TTAGT--G--GTT--A--AACCATT-GG----A--------AACA--TTC-------TGTGGT-T-AA-AGC--A--TTGGAA-A-T-ATTTT--------GTGGGT----A-AA-GCA-T-TGGAAACATT-TG---TGGTTA--------AAAGCATT----G-GAAATA-TTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACAGTCTattttgtggttaaagcattggaaa
gi|42031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ggttaaagctggaaacattgttggttaaTTGG-A-AATAT-TC--TG-G--GTT--A--A---A---GC----ATTGG----A--ACTTTC-------TGTGT--T-AAAAGC--A--TTGGA------AACATTCTATG--GT---T----A-AA-GCA-T-TGGAAACATTCT------------ATGGTTAAAGCATT----GGAA---ACTTTCT-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAAACAT-TCT
gi|42032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GA-A-A-CAT-TC--TTTG--GTT--AAAG--CATTAGA----A--------AC-A--TTT-------TGTG---TTAAAAGC-----TTGGAA-A-T-ATTCT--------GT---TGGTAA-AA-GCATT--GGACATATTCTGT------------GGTTAAAGCATT----G-GA---ACATC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACATTCTGTCATTAAAGCTTGG
gi|42032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGT--------GT---T----A-AAAGC--T-TGGAAATATTCTGT--TGGT-------A--AAAGCATT----G-GACATA-TTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAA--CATCT
gi|42034                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gaaacattctttggttaaagcattagaaacattt--------GT---T----A-AA-GCATT--GGAAATATTCTG------------TGGTTAAAGCATT----GGAA---ACTTTCT-GT-GTTT----A-AAGCATTGGAAACgtggttaaagcattggaaacattctgtcattaaagcttgg
gi|42034                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTAAAGCATT----G-GAAATA-TTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACTTTCTGTGTTT---





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                  2   1                      1           2222222      11              1                                                                              1                              11                                 1                  11                               22222     44444444444                    11111        44444444444444444444444444444        111111111111111111111111                         111111111111111111111111111          11             333333333333                  2222222      11         1111                                   
lowQualScore                  :      0    0 1 1 0   11 2     00  11   1  1 1   0  0   0 1 00 11  1        22    11  3 3          3   5   1                  1           3333333 1    33 1   0        2             5           5                 99999     5 5                      7                          1   77   5                   4         1                  22                        5      00000     33333333333   44 33      4     44444 33  2  99999999999999999999999999999 33     999999999999999999999999    7   666666   33  2   999999999999999999999999999 2   7  1 33     1     2 666666666666 2    2         6 0000000 66   55 4  2    4444 2              1     1   888      
lowQualScore                  :      .    . . . .   .. .     ..  ..   .  . .   .  .   . . .. ..  .        ..    ..  . .          .   .   .                  .           ....... .    .. .   .        .             .           .                 .....     . .                      .                          .   ..   .                   .         .                  ..                        .      .....     ...........   .. ..      .     ..... ..  .  ............................. ..     ........................    .   ......   ..  .   ........................... .   .  . ..     .     . ............ .    .         . ....... ..   .. .  .    .... .              .     .   ...      
lowQualScore                  :      4    4 3 8 4   11 2     66  55   3  3 3   4  4   4 3 66 11  0        66    55  8 8          3   8   1                  4           0000000 0    66 0   7        0             7           7                 66666     7 0                      1                          3   77   7                   3         4                  11                        7      44444     88888888888   44 99      8     11111 44  5  44444444444444444444444444444 44     000000000000000000000000    5   666666   55  5   333333333333333333333333333 4   1  1 99     4     4 222222222222 2    2         7 6666666 00   88 4  2    2222 2              0     0   888      
consensus                     : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---TA--TNTTTT--GCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--GG-TT--AAA-G--CA--T--GN----A---A--A--TTCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-A----TTG-GAA-ACA--N-T----GT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
Reference ( family-185 )      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTACACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---TA--TNTTTT--GNCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--GG-TT--A---G--CA--T--GC----A---A--A--TTCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-A----TTG-NAG-ATA--N-T----GT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACCNTCTGTNTTT---GCTTGG
gi|41862                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---T---TATTTT--GGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--GG-TT--A---G--CA-----GC----A---A--A--TTGTG-----------------T---G---TAATACC-A----TTG-TAG-CTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41863                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---T---TATTTT--GGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--GG-TT--A---G--CA-----GC----A---A--A--TTGTG-----------------T---G---TAATACC-A----TTG-TAG-CTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41864                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---T---TATTTT--GGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--GG-TT--A---G--CA-----GC----A---A--A--TTGTG-----------------T---G---TAATACC-A----TTG-TAG-CTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41865                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41866                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41867                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41868                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--Att
gi|41869                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-TTAT--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAGtt
gi|41870                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41871                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41872                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41873                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41874                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41875                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41876                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41877                      : TAGTGTAACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41878                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41879                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41880                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41881                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41882                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G----T--AA-TTA
gi|41883                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--TACAA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41884                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAAC-A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41885                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41886                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41887                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41888                      : TAGTG-AACC-A-G---CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41889                      : TAGTG-AACC---G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41890                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TA-ACA-G-T--T--A
gi|41891                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAGtt
gi|41892                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41893                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41894                      : TGGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGTAAGTGG-AACCAG
gi|41895                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-A-A-TT-ACA-G-T--TA-AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41896                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--
gi|41897                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41898                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41899                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41900                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41901                      : TAGTG-AACG-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41902                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41903                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA----CACCA--TG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTACAGACA-TCGT-GG
gi|41904                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41905                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41906                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41907                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41908                      : TAGTG-AACCCA-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41909                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACACG-T--T--AA-TTA
gi|41910                      : TAGTG-AACC-A-G-AACAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41911                      : TAGTG-AACC-A-GCA-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41912                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41913                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAACAA-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41914                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41915                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41916                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CCACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41917                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41918                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AGAGTTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41919                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41920                      : TAGTG-AAC--A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41921                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41922                      : TAGTG-A-CC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41923                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41924                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41925                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41926                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41927                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41928                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41929                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--
gi|41930                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--tta
gi|41931                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A--ACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAtta
gi|41932                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-GCA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACATTCGT-AGT-G-
gi|41933                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TTGACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41934                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCAAGAG--TCA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41935                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CA-CA--AG--TTA-GT-C-ACATTT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41936                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41937                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA----CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41983                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41984                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41985                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTA
gi|41986                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41987                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41988                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41989                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41990                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41992                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AT-TGAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTACACT-TGTGTTATTATAACGCCCACTAAGCATTTTGAAAATATG--TTTTTT--GCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAAAGATGATACTTTTAAACATCATTTACAGTG-G--ACAGTG-T-ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAA-CAGATCGCCACTGTTTGT-AAAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTC-TTCCTTCACTCTA-TGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCACCAGGAAGG-----------GAAA-G----------GTA------T--GG-TT--AAAGG--CAT-T--GG----AAATA--A--TTCTG-----------------T---GGTTTAA-AGCAA----TTGCCAA-ACA--T-TTCTGGTG--G---T---T----A-AAG-CA---TGGAAACATTCT-G------------T-GGTA-AAAGCATTG-GAAA-AT-A--TTC--T-GTGGGTT----A-AAGCATTGGAAACC
gi|41993                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T-----AA-TTAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTAT-ATAACCCC-ACTAAGCATTTTGAAA---TA--TGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATT-ACAGTG-GACCCAGTG-T-ACTGACTGTGTAATATT-GTAG-GATG-ATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGTAAAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGAATTCATCTTAACTGTCA-CAGGAAGGGAAAGGTATGTTAAA-GCACATTGG-AATAT-TCTGT--GG-TTAAA---G--CAATT--GC----A---AC-A--TTCTG-----------------T---GGTTTAA-AGC-A----TGG-AAACATT--C-T----GT---G---G---TA---A-AAG-CATT-GGAAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT------AAGCATTGGAAATCTTTT
gi|42000                      :    TG-AACC-A-GTA-CAA--A--AT-A--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAA--CCCACTA-GCATTTTGAAA---TATGTTTTTT--GCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCA-TTACAGTG-A---CAGTGTTTACTGACTGTGTAATA-TTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATT-CATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGGAAAGGTATGGTTAAA-G--CATTGGAAATAT-TCTGT--GG-TTAAA---G--CAATT--GC----A---AACA--TTCTG-----------------T---GGTTTAA-AGC-A----TTG-GAA-ACATTC-T----GT---G---G---TA---A-AAG-CA-T-TGGAAATATTCT-G------------TGGGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT----A-AAGCATTGGAAATCTTTT
gi|42003                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42004                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42006                      :           -A-G-T-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---TA--TGTTTTT-GCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTGGA--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGGAAAGGTATGGTTAAA-G--CATTGGAAAT--------------------------------------------A--TTCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-ATTTTTTG-GAA-ACC--T-TTA--GT---G---T---T----AGAAG-CA-T-TGGAAATCTTTTAG------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-TC-TTT--A-GT-GGTT----ACGAGTATCGGA
gi|42007                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGT-----------TAAA-G--CAGTGGAAACAG-TC--T--GG-TG--AAA-G--CA--T---CTGAAA---A--A--TTCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-A----GTG-GAA-ACA--G-T----CTG--G---T---G----A-AAG-CATC-TGAAAA-ATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACTTTCTGTGTTT---
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caactttctgt-GGTT-AAAGC--TG-G--A-A--AC-ATT--G-TT-GGTT----A-AAGCATTGGAAATCTT
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGT-----------TAAA-G--CATTGGAAATCT-TTAGT--GG-TT--A---AACCA--TTGGA----A---AC-A--TTCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-A----TTG-GAA-ATA--T-T----TT---G---TGGGT----A-AAG-CATT--GGAAACATT-T-G------------T-GGTTAAAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACAGTCTtagtggttaaaccattggaaacattctgtggttaaagcattggaaatattttgtgggtaaagcattggaaacatttgtggttaaaagcattggaaatattctgtggttaaagcattggaaacagtct
gi|42014                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggttaaagctggaaacattgttGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--GG-TT--AAA-G--CA--TT-GG----A---A--A--TTTGG-----------------TACTGA-TT------------TTG-CAG-ATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGGAAACTTTCTGTGTTT---
gi|42015                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--GG-TT--AAA-G--CA--TT-GG----A---A--A--TTTGG-----------------T---AC-CTGA---T-T----TTG-CAG-ATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGGAAACTTTCTGTGTTT---
gi|42016                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--GG-TT--AAA-G--CA--TT-GG----A---A--A--TTTGG-----------------T---AC-CTGA---T-T----TTG-CAG-ATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGGAAACTTTCTGTGTTT---
gi|42017                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GG-----------TAAAAG--CATTGGACATAT-TCTGT--GG-TTAAA---G--CAT-T--GG----A---A--C--ATCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-A----TTG-GAA-ACA--T-T----CT---GTCAT---T----A-AAG-C--T-TGGAAATATTCT-G--------------GGTT-AAAGCATTG-G--A----AC-TTTC-T-GT-GTTA----A-AAGCATTGGAAAC
gi|42022                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A-G--CATTGGAAACAG-TC--T--GG-TT--AAA-G--CA--N--NN----N---N--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCT---GG-TTAA-AGC-A----TTT-GAA-ACA--T-TCT--GT---GG--T---T----A-AAG-CATA--GGAAACATTCT-T------------T-GGTT-AAAGCATTA-G--A-A--ACATTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAA
gi|42031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTGGAAATAT-TC--T--GGGTT--AAA-G--CA--T--TG----G---A--ACTTTCTG-----------------T---GT-TAAA-AGC-A----TTG-GAA-ACA--T-T----CTATGG---T---T----A-AAG-CATT--GGAAACATTCT-A------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAAACAT
gi|42032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GAAACAT-TC--TTTGG-TT--AAA-G--CA--TTAGA----A---AC-A--TTTTG-----------------T---GT-TAAA-AGC------TTG-GAA-ATA--T-T----CT---G---T---TGGTAA-AAG-CATT--GGACATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AC-A---TC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAACATTCTGTCATTAAAGCTTGGtct
gi|42034                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ---G---T---T----A-AAG-CATT--GGAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GTTT----A-AAGCATTGGAAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                  1   1                      1           11111      22              1                                                      11                      1                              11                                 1                  11                               22222     22222222222                    11111               333333       11        111111111111111111111111                        222222222222222222222222222          11             333333333333                  2222222      11         1111                                    
lowQualScore                  :      0    0 1 1 0   11 2     00  11   1  1 1   0  0   0 1 00 11  1        22    11  3 3          3   5   1             0    1           55555 1    11 0   0        2             5           5          5      8888       00                 5    9                          1   77   5                   4         1                  22                        5      00000     99999999999   44 33      6     55555 33  2  0  2   444444 1 444 33 33     999999999999999999999999    7   2   5555 33     222222222222222222222222222 2   7    66     1     2 666666666666 2    2         6 0000000 66   55 4  2    4444 2         2           1   888      
lowQualScore                  :      .    . . . .   .. .     ..  ..   .  . .   .  .   . . .. ..  .        ..    ..  . .          .   .   .             .    .           ..... .    .. .   .        .             .           .          .      ....       ..                 .    .                          .   ..   .                   .         .                  ..                        .      .....     ...........   .. ..      .     ..... ..  .  .  .   ...... . ... .. ..     ........................    .   .   .... ..     ........................... .   .    ..     .     . ............ .    .         . ....... ..   .. .  .    .... .         .           .   ...      
lowQualScore                  :      4    4 3 8 4   11 2     66  55   3  3 3   4  4   4 3 66 11  0        66    55  8 8          3   8   1             7    4           11111 0    44 7   7        0             7           7          0      9999       77                 0    0                          3   77   7                   3         4                  11                        7      44444     22222222222   44 99      2     66666 44  5  2  5   999999 0 444 44 44     000000000000000000000000    5   5   3333 44     888888888888888888888888888 4   1    88     4     4 222222222222 2    2         7 6666666 00   88 4  2    2222 2         2           0   888      
consensus                     : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---TATGTTTTT-GCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--GG-TTAAA-GCA--TT--GGA---A--A--TTCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAACA--N-T----GT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
Reference ( family-185 )      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---TATNTTTT--GCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--GG-TTAAA-GCA--T---GNA---A--A--TTCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAACA--N-T----GT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
gi|41862                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---T-TATTTT--GGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--GG-TT--A-GCA------GCA---A--A--TTGTG-----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41863                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---T-TATTTT--GGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--GG-TT--A-GCA------GCA---A--A--TTGTG-----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41864                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---T-TATTTT--GGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--GG-TT--A-GCA------GCA---A--A--TTGTG-----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41865                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41866                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41867                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41868                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--Att
gi|41869                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-TTAT--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAGtt
gi|41870                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41871                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41872                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41873                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41874                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41875                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41876                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41877                      : TAGTGTAACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41878                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41879                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41880                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41881                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41882                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G----T--AA-TTA
gi|41883                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--TACAA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41884                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAAC-A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41885                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41886                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41887                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41888                      : TAGTG-AACC-A-G---CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41889                      : TAGTG-AACC---G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41890                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TA-ACA-G-T--T--A
gi|41891                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAGtt
gi|41892                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41893                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41894                      : TGGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGTAAGTGG-AACCAG
gi|41895                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-A-A-TT-ACA-G-T--TA-AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41896                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--
gi|41897                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41898                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41899                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41900                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41901                      : TAGTG-AACG-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41902                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41903                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA----CACCA--TG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTACAGACA-TCGT-GG
gi|41904                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41905                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41906                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41907                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41908                      : TAGTG-AACCCA-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41909                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACACG-T--T--AA-TTA
gi|41910                      : TAGTG-AACC-A-G-AACAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41911                      : TAGTG-AACC-A-GCA-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41912                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41913                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAACAA-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41914                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41915                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41916                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CCACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41917                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41918                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AGAGTTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41919                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41920                      : TAGTG-AAC--A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41921                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41922                      : TAGTG-A-CC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41923                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41924                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41925                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41926                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41927                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41928                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41929                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--
gi|41930                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--tta
gi|41931                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A--ACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAtta
gi|41932                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-GCA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACATTCGT-AGT-G-
gi|41933                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TTGACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41934                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCAAGAG--TCA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41935                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CA-CA--AG--TTA-GT-C-ACATTT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41936                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41937                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA----CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41983                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41984                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41985                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTA
gi|41986                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41987                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41988                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41989                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41990                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41992                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AT-TGAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTACACT-TGTGTTATTATAACGCCCACTAAGCATTTTGAAAATATGTTTTTT--GCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAAAGATGATACTTTTAAACATCATTTACAGTG-G--ACAGTGT--ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAA-CAGATCGCCACTGTTTGT-AAAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTC-TTCCTTCACTCTA-TGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCACCAGGAAGG-----------GAAA-G----------GTA------T--GG-TTAAAGGCAT-T---GGAAATA--A--TTCTG-----------------T---GGTTTAA-AGCAATT----GCCAAACA--T-TTCTGGTG--G---T---T----A-AAG-CA---TGGAAACATTCT-G------------T-GGTA-AAAGCATTG-GAAA-AT-A--TTC--T-GTGGGTT----A-AAGCATTGG-AAACC
gi|41993                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T-----AA-TTAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTAT-ATAACCCC-ACTAAGCATTTTGAAA---TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATT-ACAGTG-GACCCAGTGT--ACTGACTGTGTAATATT-GTAG-GATG-ATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGTAAAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGAATTCATCTTAACTGTCA-CAGGAAGGGAAAGGTATGTTAAA-GCACATTGG-AATAT-TCTGT--GG-TTAAA-GCAATT---GCA---AC-A--TTCTG-----------------T---GGTTTAA-AGC-A-T----G-GAAACATTC-T----GT---G---G---TA---A-AAG-CATT-GGAAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT------AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42000                      :    TG-AACC-A-GTA-CAA--A--AT-A--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCC--ACTA-GCATTTTGAAA---TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATT-ACAGTG-A--C-AGTGTTTACTGACTGTGTAATATT-GTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATT-CATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGGAAAGGTATGGTTAAA-G--CATTGGAAATAT-TCTGT--GG-TTAAA-GCAATT---GCA---AACA--TTCTG-----------------T---GGTTTAA-AGC-ATT----G-GAAACATTC-T----GT---G---G---TA---A-AAG-CA-T-TGGAAATATTCT-G------------TGGGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42003                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42004                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42006                      :           -A-G-T-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA---TATGTTTTT-GCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTGGA--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG------------AAA-G----------GTAT--------GG-TTAAA-GCA--TTG-GAA---AT-A--TTCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-ATTTTTTG-GAAACC--T-TTA--GT---G---T---T----AGAAG-CATT--GGAAATCTTTTAG------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-TC-TTT--A-GT-GGTT----ACGAGTATCGG-A
gi|42007                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GGT-----------TAAA-G--CAGTGGAAACAG-TC--T--GG-TGAAA-GCA--TCTGAAA---A--A--TTCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-AGT----G-GAAACA--G-T----CTG--G---T---G----A-AAG-CATC-TGAAAA-ATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   caactttctgt-GGTT-AAAGC--TG-G--A-A--AC-ATT--G-TT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTT
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GGT-----------TAAA-G--CATTGGAAATCT-TTAGT--GG-TTAAA-CCA--TTG-GAA---AC-A--TTCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAATA--T-T----TT---G---TGGGT----A-AAG-CATT--GGAAACATT-T-G------------T-GGTTAAAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACtagtggttaaaccattggaaacattctgtggttaaagcattggaaatattttgtgggtaaagcattggaaacatttgtggttaaaagcattggaaatattctgtggttaaagcattggaaacagtct
gi|42014                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ggttaaagctggaaacattgttGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--GG-TTAAA-GCA--TT--GGA---A--A--TTTGG-----------------TACTGA-TT--------TT----G-CAGATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---agtct
gi|42015                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--GG-TTAAA-GCA--TT--GGA---A--A--TTTGG-----------------T---AC-CTGA---T-TTT----G-CAGATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42016                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--GG-TTAAA-GCA--TT--GGA---A--A--TTTGG-----------------T---AC-CTGA---T-TTT----G-CAGATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42017                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GG-----------TAAAAG--CATTGGACATAT-TCTGT--GG-TTAAA-GCAT-T---GGA---A--C--ATCTG-----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAACA--T-T----CT---GTCAT---T----A-AAG-C--T-TGGAAATATTCT-G--------------GGTT-AAAGCATTG-G--A----AC-TTTC-T-GT-GTTA----A-AAGCATTGG-AAAC
gi|42022                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 A-G--CATTGGAAACAG-TC--T--GG-TTAAA-GCA--N---NNN---N--N--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCT---GG-TTAA-AGC-ATT----T-GAAACA--T-TCT--GT---GG--T---T----A-AAG-CATA--GGAAACATTCT-T------------T-GGTT-AAAGCATTA-G--A-A--ACATTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAA
gi|42031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTGGAAATAT-TC--T--GGGTTAAA-GCA--T---TGG---A--ACTTTCTG-----------------T---GT-TAAA-AGC-ATT----G-GAAACA--T-T----CTATGG---T---T----A-AAG-CATT--GGAAACATTCT-A------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAAACATTCT
gi|42032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GAAACAT-TC--TTTGG-TTAAA-GCA--TTA-GAA---AC-A--TTTTG-----------------T---GT-TAAA-AGC--TT----G-GAAATA--T-T----CT---G---T---TGGTAA-AAG-CATT--GGACATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AC-A---TC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACATTCTGTCATTAAAGCTTGG
gi|42034                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---G---T---T----A-AAG-CATT--GGAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GTTT----A-AAGCATTGG-AAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                  1   1                      1             1      11    11        1                                                      11                      1                              11                                 1                  11                               22222     22222222222                    11111                                         11111111111111111111111                        222222222222222222222222222          11             333333333333                  2222222      11         1111                                    
lowQualScore                  :      0    0 1 1 0   11 2     00  11   1  1 1   0  0   0 1 00 11  1        22    11  3 3          3   5   1             0    1           5 2      88    22        2             5           5          5      8888       00                 5    9                          1   77   5                   4         1                  22                        5      00000     99999999999   44 33      6     22222 33 33 2  0  2  5 33    444 99999 33 2   88888888888888888888888    7   2   5555 33     222222222222222222222222222 2   7    66     1     2 666666666666 2    2         6 0000000 66   55 4  2    4444 2         2           1   888      
lowQualScore                  :      .    . . . .   .. .     ..  ..   .  . .   .  .   . . .. ..  .        ..    ..  . .          .   .   .             .    .           . .      ..    ..        .             .           .          .      ....       ..                 .    .                          .   ..   .                   .         .                  ..                        .      .....     ...........   .. ..      .     ..... .. .. .  .  .  . ..    ... ..... .. .   .......................    .   .   .... ..     ........................... .   .    ..     .     . ............ .    .         . ....... ..   .. .  .    .... .         .           .   ...      
lowQualScore                  :      4    4 3 8 4   11 2     66  55   3  3 3   4  4   4 3 66 11  0        66    55  8 8          3   8   1             7    4           7 0      44    11        0             7           7          0      9999       77                 0    0                          3   77   7                   3         4                  11                        7      44444     22222222222   44 99      2     22222 44 44 5  2  5  0 33    444 99999 44 5   11111111111111111111111    5   5   3333 44     888888888888888888888888888 4   1    88     4     4 222222222222 2    2         7 6666666 00   88 4  2    2222 2         2           0   888      
consensus                     : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAACA--N-T----GT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
Reference ( family-185 )      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTTTTT-GCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAACA--N-T----GT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
gi|41862                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T-TATTTTG-GCCCA-AAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41863                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T-TATTTTG-GCCCA-AAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41864                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T-TATTTTG-GCCCA-AAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41865                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41866                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41867                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41868                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--Att
gi|41869                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-TTAT--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAGtt
gi|41870                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41871                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41872                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41873                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41874                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41875                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41876                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41877                      : TAGTGTAACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41878                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41879                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41880                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41881                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41882                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G----T--AA-TTA
gi|41883                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--TACAA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41884                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAAC-A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41885                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41886                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41887                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41888                      : TAGTG-AACC-A-G---CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41889                      : TAGTG-AACC---G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41890                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TA-ACA-G-T--T--A
gi|41891                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAGtt
gi|41892                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41893                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41894                      : TGGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGTAAGTGG-AACCAG
gi|41895                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-A-A-TT-ACA-G-T--TA-AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41896                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--
gi|41897                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41898                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41899                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41900                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41901                      : TAGTG-AACG-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41902                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41903                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA----CACCA--TG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTACAGACA-TCGT-GG
gi|41904                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41905                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41906                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41907                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41908                      : TAGTG-AACCCA-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41909                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACACG-T--T--AA-TTA
gi|41910                      : TAGTG-AACC-A-G-AACAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41911                      : TAGTG-AACC-A-GCA-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41912                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41913                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAACAA-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41914                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41915                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41916                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CCACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41917                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41918                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AGAGTTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41919                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41920                      : TAGTG-AAC--A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41921                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41922                      : TAGTG-A-CC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41923                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41924                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41925                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41926                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41927                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41928                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41929                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--
gi|41930                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--tta
gi|41931                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A--ACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAtta
gi|41932                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-GCA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACATTCGT-AGT-G-
gi|41933                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TTGACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41934                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCAAGAG--TCA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41935                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CA-CA--AG--TTA-GT-C-ACATTT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41936                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41937                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA----CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41983                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41984                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41985                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTA
gi|41986                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41987                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41988                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41989                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41990                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41992                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AT-TGAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTACACT-TGTGTTATTATAACGCCCACTAAGCATTTTGAAAATATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAAAGATGATACTTTTAAACATCATTTACAGTG-G--ACAGTGT--ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAA-CAGATCGCCACTGTTTGT-AAAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTC-TTCCTTCACTCTA-TGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCACCAGGAAGG-----------GAAA-G----------GTA------T--G--G-TTAAAGGC-AT-TGGAAATA--A--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGCAATT----GCCAAACA--T-TTCTGGTG--G---T---T----A-AAG-CA---TGGAAACATTCT-G------------T-GGTA-AAAGCATTG-GAAA-AT-A--TTC--T-GTGGGTT----A-AAGCATTGG-AAACC
gi|41993                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T-----AA-TTAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTAT-ATAACCCC-ACTAAGCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATT-ACAGTG-GACCCAGTGT--ACTGACTGTGTAATATT-GTAG-GATG-ATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGTAAAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGAATTCATCTTAACTGTCA-CAGGAAGGGAAAGGTATGTTAAA-GCACATTGG-AATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GCAAT-TGCA---AC-A--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGC-A-T----G-GAAACATTC-T----GT---G---G---TA---A-AAG-CATT-GGAAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT------AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42000                      :    TG-AACC-A-GTA-CAA--A--AT-A--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCC--ACTA-GCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATT-ACAGTG-A--C-AGTGTTTACTGACTGTGTAATATT-GTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATT-CATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGGAAAGGTATGGTTAAA-G--CATTGGAAATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GCAAT-TGCA---AACA--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGC-ATT----G-GAAACATTC-T----GT---G---G---TA---A-AAG-CA-T-TGGAAATATTCT-G------------TGGGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42003                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42004                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42006                      :           -A-G-T-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTTTTT-GCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTGGA--CCAGTGTT-ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG------------AAA-G----------GTAT--------G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--TATT-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATTTTTTG-GAAACC--T-TTA--GT---G---T---T----AGAAG-CATT--GGAAATCTTTTAG------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-TC-TTT--A-GT-GGTT----ACGAGTATCGG-A
gi|42007                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGT-----------TAAA-G--CAGTGGAAACAG-TC--T--G--G-TGAAA-GC-ATCTGAA---A--AA-T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-AGT----G-GAAACA--G-T----CTG--G---T---G----A-AAG-CATC-TGAAAA-ATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   caactttctgt-GGTT-AAAGC--TG-G--A-A--AC-ATT--G-TT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTT
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGT-----------TAAA-G--CATTGGAAATCT-TTAGT--G--G-TTAAA-CC-AT-TGGA---A--ACAT--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAATA--T-T----TT---G---TGGGT----A-AAG-CATT--GGAAACATT-T-G------------T-GGTTAAAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACtagtggttaaaccattggaaacattctgtggttaaagcattggaaatattttgtgggtaaagcattggaaacatttgtggttaaaagcattggaaatattctgtggttaaagcattggaaacagtct
gi|42014                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggttaaagctggaaacattgttGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------TACTGA-TT--------TT----G-CAGATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---agtct
gi|42015                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------T---AC-CTGA---T-TTT----G-CAGATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42016                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------T---AC-CTGA---T-TTT----G-CAGATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42017                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAAAG--CATTGGACATAT-TC--T--GTGG-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--C--A--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAACA--T-T----CT---GTCAT---T----A-AAG-C--T-TGGAAATATTCT-G--------------GGTT-AAAGCATTG-G--A----AC-TTTC-T-GT-GTTA----A-AAGCATTGG-AAAC
gi|42022                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A-G--CATTGGAAACAG-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AN-NNNN---N--N--N--N-NNNNNNNNNNNNNNNNGTCT---GG-TTAA-AGC-ATT----T-GAAACA--T-TCT--GT---GG--T---T----A-AAG-CATA--GGAAACATTCT-T------------T-GGTT-AAAGCATTA-G--A-A--ACATTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAA
gi|42031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGGAAATAT-TC--T--G--GGTTAAA-GC-AT-TGGA---A--C--T--TTCTG----------------T---GT-TAAA-AGC-ATT----G-GAAACA--T-T----CTATGG---T---T----A-AAG-CATT--GGAAACATTCT-A------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAAACATTCT
gi|42032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GAAACAT-TC--TTTG--G-TTAAA-GC-AT-TAGA---A--ACAT--T-TTG----------------T---GT-TAAA-AGC--TT----G-GAAATA--T-T----CT---G---T---TGGTAA-AAG-CATT--GGACATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AC-A---TC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACATTCTGTCATTAAAGCTTGG
gi|42034                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---G---T---T----A-AAG-CATT--GGAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GTTT----A-AAGCATTGG-AAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                  1   1                      1             111                    1                                                                              1                              11                                 1                  11                               22222     22222222222                    11111                                         11111111111111111111111                        222222222222222222222222222          11             333333333333                  2222222      11         1111                                    
lowQualScore                  :      0    0 1 1 0   11 2     00  11   1  1 1   0  0   0 1 00 11  1        22    11  3 3          3   5   1             0    1           5 444 2     0   0        2             5           5        5        99999     5                 5      9                          1   77   5                   4         1                  22                        5      00000     99999999999   44 33      6     22222 33 33 2  0  2  5 33    444 99999 33 2   88888888888888888888888    7   2   5555 33     222222222222222222222222222 2   7    66     1     2 666666666666 2    2         6 0000000 66   55 4  2    4444 2         2           1   888      
lowQualScore                  :      .    . . . .   .. .     ..  ..   .  . .   .  .   . . .. ..  .        ..    ..  . .          .   .   .             .    .           . ... .     .   .        .             .           .        .        .....     .                 .      .                          .   ..   .                   .         .                  ..                        .      .....     ...........   .. ..      .     ..... .. .. .  .  .  . ..    ... ..... .. .   .......................    .   .   .... ..     ........................... .   .    ..     .     . ............ .    .         . ....... ..   .. .  .    .... .         .           .   ...      
lowQualScore                  :      4    4 3 8 4   11 2     66  55   3  3 3   4  4   4 3 66 11  0        66    55  8 8          3   8   1             7    4           7 000 1     7   7        0             7           7        0        66666     7                 0      0                          3   77   7                   3         4                  11                        7      44444     22222222222   44 99      2     22222 44 44 5  2  5  0 33    444 99999 44 5   11111111111111111111111    5   5   3333 44     888888888888888888888888888 4   1    88     4     4 222222222222 2    2         7 6666666 00   88 4  2    2222 2         2           0   888      
consensus                     : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTNTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAACA--N-T----GT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
Reference ( family-185 )      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAACA--N-T----GT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
gi|41862                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41863                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41864                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCTA--A-T----AT---G---T---T----A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41865                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41866                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41867                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41868                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--Att
gi|41869                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-TTAT--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAGtt
gi|41870                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41871                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41872                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41873                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41874                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41875                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41876                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41877                      : TAGTGTAACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41878                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41879                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41880                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41881                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41882                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G----T--AA-TTA
gi|41883                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--TACAA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41884                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAAC-A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41885                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41886                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41887                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41888                      : TAGTG-AACC-A-G---CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41889                      : TAGTG-AACC---G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41890                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TA-ACA-G-T--T--A
gi|41891                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAGtt
gi|41892                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41893                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41894                      : TGGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGTAAGTGG-AACCAG
gi|41895                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-A-A-TT-ACA-G-T--TA-AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41896                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--
gi|41897                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41898                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41899                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41900                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41901                      : TAGTG-AACG-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41902                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41903                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA----CACCA--TG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTACAGACA-TCGT-GG
gi|41904                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41905                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41906                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41907                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41908                      : TAGTG-AACCCA-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41909                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACACG-T--T--AA-TTA
gi|41910                      : TAGTG-AACC-A-G-AACAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41911                      : TAGTG-AACC-A-GCA-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41912                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41913                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAACAA-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41914                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41915                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41916                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CCACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41917                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41918                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AGAGTTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41919                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41920                      : TAGTG-AAC--A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41921                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41922                      : TAGTG-A-CC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41923                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41924                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41925                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41926                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41927                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41928                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41929                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--
gi|41930                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--tta
gi|41931                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A--ACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAtta
gi|41932                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-GCA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACATTCGT-AGT-G-
gi|41933                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TTGACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41934                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCAAGAG--TCA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41935                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CA-CA--AG--TTA-GT-C-ACATTT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41936                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41937                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA----CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41983                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41984                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41985                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTA
gi|41986                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41987                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41988                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41989                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41990                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41992                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AT-TGAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTACACT-TGTGTTATTATAACGCCCACTAAGCATTTTGAAAATATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAAAGATGATACTTTTAAACATCATTTACAGTG-G--ACAGTG-T-ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAA-CAGATCGCCACTGTTTGT-AAAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTC-TTCCTTCACTCTA-TGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCACCAGGAAGG-----------GAAA-G----------GTA------T--G--G-TTAAAGGC-AT-TGGAAATA--A--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGCAATT----GCCAAACA--T-TTCTGGTG--G---T---T----A-AAG-CA---TGGAAACATTCT-G------------T-GGTA-AAAGCATTG-GAAA-AT-A--TTC--T-GTGGGTT----A-AAGCATTGG-AAACC
gi|41993                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T-----AA-TTAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTAT-ATAACCCC-ACTAAGCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCA-TTACAGTG-GACCCAGTG--TACTGACTGTGTAATA-TTGTAG-GAT-GATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGTAAAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGAATTCATCTTAACTGTCA-CAGGAAGGGAAAGGTATGTTAAA-GCACATTGG-AATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GCAAT-TGCA---AC-A--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGC-A-T----G-GAAACATTC-T----GT---G---G---TA---A-AAG-CATT-GGAAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT------AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42000                      :    TG-AACC-A-GTA-CAA--A--AT-A--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCC--ACTA-GCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCA-TTACAGTG-A---CAGTGTTTACTGACTGTGTAATA-TTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATT-CATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGGAAAGGTATGGTTAAA-G--CATTGGAAATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GCAAT-TGCA---AACA--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGC-ATT----G-GAAACATTC-T----GT---G---G---TA---A-AAG-CA-T-TGGAAATATTCT-G------------TGGGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42003                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42004                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42006                      :           -A-G-T-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTTTTT-GCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTGGA--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG------------AAA-G----------GTAT--------G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--TATT-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATTTTTTG-GAAACC--T-TTA--GT---G---T---T----AGAAG-CATT--GGAAATCTTTTAG------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-TC-TTT--A-GT-GGTT----ACGAGTATCGG-A
gi|42007                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGT-----------TAAA-G--CAGTGGAAACAG-TC--T--G--G-TGAAA-GC-ATCTGAA---A--AA-T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-AGT----G-GAAACA--G-T----CTG--G---T---G----A-AAG-CATC-TGAAAA-ATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   caactttctgt-GGTT-AAAGC--TG-G--A-A--AC-ATT--G-TT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTT
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGT-----------TAAA-G--CATTGGAAATCT-TTAGT--G--G-TTAAA-CC-AT-TGGA---A--ACAT--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAATA--T-T----TT---G---TGGGT----A-AAG-CATT--GGAAACATT-T-G------------T-GGTTAAAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACtagtggttaaaccattggaaacattctgtggttaaagcattggaaatattttgtgggtaaagcattggaaacatttgtggttaaaagcattggaaatattctgtggttaaagcattggaaacagtct
gi|42014                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggttaaagctggaaacattgttGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------TACTGA-TT--------TT----G-CAGATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---agtct
gi|42015                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------T---AC-CTGA---T-TTT----G-CAGATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42016                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------T---AC-CTGA---T-TTT----G-CAGATG--GGT----GT---GG--T---T----A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42017                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAAAG--CATTGGACATAT-TC--T--GTGG-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--C--A--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAACA--T-T----CT---GTCAT---T----A-AAG-C--T-TGGAAATATTCT-G--------------GGTT-AAAGCATTG-G--A----AC-TTTC-T-GT-GTTA----A-AAGCATTGG-AAAC
gi|42022                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A-G--CATTGGAAACAG-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AN-NNNN---N--N--N--N-NNNNNNNNNNNNNNNNGTCT---GG-TTAA-AGC-ATT----T-GAAACA--T-TCT--GT---GG--T---T----A-AAG-CATA--GGAAACATTCT-T------------T-GGTT-AAAGCATTA-G--A-A--ACATTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAA
gi|42031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGGAAATAT-TC--T--G--GGTTAAA-GC-AT-TGGA---A--C--T--TTCTG----------------T---GT-TAAA-AGC-ATT----G-GAAACA--T-T----CTATGG---T---T----A-AAG-CATT--GGAAACATTCT-A------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAAACATTCT
gi|42032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GAAACAT-TC--TTTG--G-TTAAA-GC-AT-TAGA---A--ACAT--T-TTG----------------T---GT-TAAA-AGC--TT----G-GAAATA--T-T----CT---G---T---TGGTAA-AAG-CATT--GGACATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AC-A---TC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACATTCTGTCATTAAAGCTTGG
gi|42034                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---G---T---T----A-AAG-CATT--GGAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GTTT----A-AAGCATTGG-AAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                  1   1                      1             111                    1                                                                              1                              11                                 1                  11                               22222     22222222222                    11111                                         11111111111111111111111                       1111111111111111                        11             333333333333                  2222222      11         1111                                    
lowQualScore                  :      0    0 1 1 0   11 2     00  11   1  1 1   0  0   0 1 00 11  1        22    11  3 3          3   5   1             0    1           5 444 6     0   0        2             5           5        5        99999     5                 5      9                          1   77   5                   4         1                  22                        5      00000     99999999999   44 33      6     22222 33 33 2  0  2  5 33    444 99999 33 2   88888888888888888888888    7   2   5555 33    9999999999999999 888 444 9999 2  4 2    66     1     2 666666666666 2    2         6 0000000 66   55 4  2    4444 2         2           1   888      
lowQualScore                  :      .    . . . .   .. .     ..  ..   .  . .   .  .   . . .. ..  .        ..    ..  . .          .   .   .             .    .           . ... .     .   .        .             .           .        .        .....     .                 .      .                          .   ..   .                   .         .                  ..                        .      .....     ...........   .. ..      .     ..... .. .. .  .  .  . ..    ... ..... .. .   .......................    .   .   .... ..    ................ ... ... .... .  . .    ..     .     . ............ .    .         . ....... ..   .. .  .    .... .         .           .   ...      
lowQualScore                  :      4    4 3 8 4   11 2     66  55   3  3 3   4  4   4 3 66 11  0        66    55  8 8          3   8   1             7    4           7 000 6     7   7        0             7           7        0        66666     7                 0      0                          3   77   7                   3         4                  11                        7      44444     22222222222   44 99      2     22222 44 44 5  2  5  0 33    444 99999 44 5   11111111111111111111111    5   5   3333 44    2222222222222222 888 111 7777 4  7 4    88     4     4 222222222222 2    2         7 6666666 00   88 4  2    2222 2         2           0   888      
consensus                     : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTNTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAAC-A--N-T----GT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
Reference ( family-185 )      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTNTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAAC-A--N-T----GT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
gi|41862                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCT-A--A-T----AT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41863                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCT-A--A-T----AT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41864                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCT-A--A-T----AT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41865                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41866                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41867                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41868                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--Att
gi|41869                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-TTAT--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAGtt
gi|41870                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41871                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41872                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41873                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41874                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41875                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41876                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41877                      : TAGTGTAACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41878                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41879                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41880                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41881                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41882                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G----T--AA-TTA
gi|41883                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--TACAA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41884                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAAC-A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41885                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41886                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41887                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41888                      : TAGTG-AACC-A-G---CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41889                      : TAGTG-AACC---G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41890                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TA-ACA-G-T--T--A
gi|41891                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAGtt
gi|41892                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41893                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41894                      : TGGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGTAAGTGG-AACCAG
gi|41895                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-A-A-TT-ACA-G-T--TA-AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41896                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--
gi|41897                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41898                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41899                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41900                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41901                      : TAGTG-AACG-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41902                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41903                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA----CACCA--TG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTACAGACA-TCGT-GG
gi|41904                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41905                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41906                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41907                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41908                      : TAGTG-AACCCA-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41909                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACACG-T--T--AA-TTA
gi|41910                      : TAGTG-AACC-A-G-AACAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41911                      : TAGTG-AACC-A-GCA-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41912                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41913                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAACAA-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41914                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41915                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41916                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CCACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41917                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41918                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AGAGTTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41919                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41920                      : TAGTG-AAC--A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41921                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41922                      : TAGTG-A-CC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41923                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41924                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41925                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41926                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41927                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41928                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41929                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--
gi|41930                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--tta
gi|41931                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A--ACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAtta
gi|41932                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-GCA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACATTCGT-AGT-G-
gi|41933                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TTGACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41934                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCAAGAG--TCA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41935                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CA-CA--AG--TTA-GT-C-ACATTT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41936                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41937                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA----CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41983                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41984                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41985                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTA
gi|41986                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41987                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41988                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41989                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41990                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41992                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AT-TGAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTACACT-TGTGTTATTATAACGCCCACTAAGCATTTTGAAAATATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAAAGATGATACTTTTAAACATCATTTACAGTG-G--ACAGTG-T-ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAA-CAGATCGCCACTGTTTGT-AAAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTC-TTCCTTCACTCTA-TGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCACCAGGAAGG-----------GAAA-G----------GTA------T--G--G-TTAAAGGC-AT-TGGAAATA--A--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGCAATT----GCCAAAC-A--T-TTCTGGTG--G---T---T----A-AA-G-CA---TGGAAACATTCT-G------------T-GGTA-AAAGCATTG-GAAA-AT-A--TTC--T-GTGGGTT----A-AAGCATTGG-AAACC
gi|41993                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T-----AA-TTAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTAT-ATAACCCC-ACTAAGCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCA-TTACAGTG-GACCCAGTG--TACTGACTGTGTAATA-TTGTAG-GAT-GATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGTAAAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGAATTCATCTTAACTGTCA-CAGGAAGGGAAAGGTATGTTAAA-GCACATTGG-AATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GCAAT-TGCA---AC-A--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGC-A-T----G-GAAAC-ATTC-T----GT---G---G---TA---A-AA-G-CATT-GGAAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT------AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42000                      :    TG-AACC-A-GTA-CAA--A--AT-A--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCC--ACTA-GCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCA-TTACAGTG-A---CAGTGTTTACTGACTGTGTAATA-TTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATT-CATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGGAAAGGTATGGTTAAA-G--CATTGGAAATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GCAAT-TGCA---AACA--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGC-ATT----G-GAAAC-ATTC-T----GT---G---G---TA---A-AA-G-CA-T-TGGAAATATTCT-G------------TGGGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42003                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42004                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42006                      :           -A-G-T-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGT-TTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTGGA--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG------------AAA-G----------GTAT--------G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--TATT-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATTTTTTG-GAAAC-C--T-TTA--GT---G---T---T----AGAA-G-CATT--GGAAATCTTTTAG------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-TC-TTT--A-GT-GGTT----ACGAGTATCGG-A
gi|42007                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGT-----------TAAA-G--CAGTGGAAACAG-TC--T--G--G-TGAAA-GC-ATCTGAA---A--AA-T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-AGT----G-GAAAC-A--G-T----CTG--G---T---G----A-AA-G-CATC-TGAAAA-ATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     caactttctgt-GGTT-AAAGC--TG-G--A-A--AC-ATT--G-TT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTT
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGT-----------TAAA-G--CATTGGAAATCT-TTAGT--G--G-TTAAA-CC-AT-TGGA---A--ACAT--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAAT-A--T-T----TT---G---TGGGT----A-AA-G-CATT--GGAAACATT-T-G------------T-GGTTAAAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACtagtggttaaaccattggaaacattctgtggttaaagcattggaaatattttgtgggtaaagcattggaaacatttgtggttaaaagcattggaaatattctgtggttaaagcattggaaacagtct
gi|42014                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggttaaagctggaaacattgttGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------TACTGA-TT--------TT----G-CAGAT-G--GGT----GT---GG--T---T----A-AA-GGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---agtct
gi|42015                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------T---AC-CTGA---T-TTT----G-CAGATGG--G-T----GTG--G---T---T----A-AAGG-CATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42016                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------T---AC-CTGA---T-TTT----G-CAGATGG--G-T----GTG--G---T---T----A-AAGG-CATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42017                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAAAG--CATTGGACATAT-TC--T--GTGG-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--C--A--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAAC-A--T-T----CT---GTCAT---T----A-AA-G-C--T-TGGAAATATTCT-G--------------GGTT-AAAGCATTG-G--A----AC-TTTC-T-GT-GTTA----A-AAGCATTGG-AAAC
gi|42022                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A-G--CATTGGAAACAG-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AN-NNNN---N--N--N--N-NNNNNNNNNNNNNNNNGTCT---GG-TTAA-AGC-ATT----T-GAAAC-A--T-TCT--GT---GG--T---T----A-AA-G-CATA--GGAAACATTCT-T------------T-GGTT-AAAGCATTA-G--A-A--ACATTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAA
gi|42031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGGAAATAT-TC--T--G--GGTTAAA-GC-AT-TGGA---A--C--T--TTCTG----------------T---GT-TAAA-AGC-ATT----G-GAAAC-A--T-T----CTATGG---T---T----A-AA-G-CATT--GGAAACATTCT-A------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAAACATTCT
gi|42032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GAAACAT-TC--TTTG--G-TTAAA-GC-AT-TAGA---A--ACAT--T-TTG----------------T---GT-TAAA-AGC--TT----G-GAAAT-A--T-T----CT---G---T---TGGTAA-AA-G-CATT--GGACATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AC-A---TC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACATTCTGTCATTAAAGCTTGG
gi|42034                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ---G---T---T----A-AA-G-CATT--GGAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GTTT----A-AAGCATTGG-AAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                  1   1                      1             111                    1                                                                              1                              11                                 1                  11                               22222     22222222222                    11111                                         11111111111111111111111                       1111111111111111                        11             333333333333                  2222222      11         1111                                    
lowQualScore                  :      0    0 1 1 0   11 2     00  11   1  1 1   0  0   0 1 00 11  1        22    11  3 3          3   5   1             0    1           5 444 6     0   0        2             5           5        5        99999     5                 5      9                          1   77   5                   4         1                  22                        5      00000     99999999999   44 33      6     22222 33 33 2  0  2  5 33    444 99999 33 2   88888888888888888888888    7   2   5555 33    9999999999999999 888 444 9999 2  4 2    66     1     2 666666666666 2    2         6 0000000 66   55 4  2    4444 2         2           1   888      
lowQualScore                  :      .    . . . .   .. .     ..  ..   .  . .   .  .   . . .. ..  .        ..    ..  . .          .   .   .             .    .           . ... .     .   .        .             .           .        .        .....     .                 .      .                          .   ..   .                   .         .                  ..                        .      .....     ...........   .. ..      .     ..... .. .. .  .  .  . ..    ... ..... .. .   .......................    .   .   .... ..    ................ ... ... .... .  . .    ..     .     . ............ .    .         . ....... ..   .. .  .    .... .         .           .   ...      
lowQualScore                  :      4    4 3 8 4   11 2     66  55   3  3 3   4  4   4 3 66 11  0        66    55  8 8          3   8   1             7    4           7 000 6     7   7        0             7           7        0        66666     7                 0      0                          3   77   7                   3         4                  11                        7      44444     22222222222   44 99      2     22222 44 44 5  2  5  0 33    444 99999 44 5   11111111111111111111111    5   5   3333 44    2222222222222222 888 111 7777 4  7 4    88     4     4 222222222222 2    2         7 6666666 00   88 4  2    2222 2         2           0   888      
consensus                     : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTNTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAAC-A--N-T----GT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
Reference ( family-185 )      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTNTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAAC-A--N-T----GT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
gi|41862                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCT-A--A-T----AT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41863                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCT-A--A-T----AT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41864                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-GTG----------------T---G---TAATACC-ATT----G-TAGCT-A--A-T----AT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATT-AAAGCATTATG--ATAT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41865                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41866                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41867                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41868                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--Att
gi|41869                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-TTAT--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAGtt
gi|41870                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41871                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41872                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41873                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41874                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41875                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41876                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41877                      : TAGTGTAACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41878                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41879                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41880                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41881                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41882                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G----T--AA-TTA
gi|41883                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--TACAA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41884                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAAC-A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41885                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41886                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41887                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41888                      : TAGTG-AACC-A-G---CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41889                      : TAGTG-AACC---G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41890                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TA-ACA-G-T--T--A
gi|41891                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAGtt
gi|41892                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41893                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41894                      : TGGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGTAAGTGG-AACCAG
gi|41895                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-A-A-TT-ACA-G-T--TA-AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41896                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--
gi|41897                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41898                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41899                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41900                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41901                      : TAGTG-AACG-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41902                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41903                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA----CACCA--TG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTACAGACA-TCGT-GG
gi|41904                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41905                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41906                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41907                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41908                      : TAGTG-AACCCA-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41909                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACACG-T--T--AA-TTA
gi|41910                      : TAGTG-AACC-A-G-AACAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41911                      : TAGTG-AACC-A-GCA-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41912                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41913                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAACAA-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41914                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41915                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41916                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CCACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41917                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41918                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AGAGTTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41919                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41920                      : TAGTG-AAC--A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41921                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41922                      : TAGTG-A-CC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41923                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41924                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41925                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41926                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41927                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41928                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41929                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--
gi|41930                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--tta
gi|41931                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A--ACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAtta
gi|41932                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-GCA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACATTCGT-AGT-G-
gi|41933                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TTGACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41934                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCAAGAG--TCA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41935                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CA-CA--AG--TTA-GT-C-ACATTT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41936                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41937                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA----CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41983                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41984                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41985                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTA
gi|41986                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41987                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41988                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41989                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41990                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41992                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AT-TGAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTACACT-TGTGTTATTATAACGCCCACTAAGCATTTTGAAAATATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAAAGATGATACTTTTAAACATCATTTACAGTG-G--ACAGTG-T-ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAA-CAGATCGCCACTGTTTGT-AAAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTC-TTCCTTCACTCTA-TGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCACCAGGAAGG-----------GAAA-G----------GTA------T--G--G-TTAAAGGC-AT-TGGAAATA--A--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGCAATT----GCCAAAC-A--T-TTCTGGTG--G---T---T----A-AA-G-CA---TGGAAACATTCT-G------------T-GGTA-AAAGCATTG-GAAA-AT-A--TTC--T-GTGGGTT----A-AAGCATTGG-AAACC
gi|41993                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T-----AA-TTAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTAT-ATAACCCC-ACTAAGCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCA-TTACAGTG-GACCCAGTG--TACTGACTGTGTAATA-TTGTAG-GAT-GATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGTAAAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGAATTCATCTTAACTGTCA-CAGGAAGGGAAAGGTATGTTAAA-GCACATTGG-AATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GCAAT-TGCA---AC-A--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGC-A-T----G-GAAAC-ATTC-T----GT---G---G---TA---A-AA-G-CATT-GGAAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT------AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42000                      :    TG-AACC-A-GTA-CAA--A--AT-A--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCC--ACTA-GCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCA-TTACAGTG-A---CAGTGTTTACTGACTGTGTAATA-TTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATT-CATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGGAAAGGTATGGTTAAA-G--CATTGGAAATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GCAAT-TGCA---AACA--T--T-CTG----------------T---GGTTTAA-AGC-ATT----G-GAAAC-ATTC-T----GT---G---G---TA---A-AA-G-CA-T-TGGAAATATTCT-G------------TGGGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-AC-CTT--TAGT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42003                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42004                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42006                      :           -A-G-T-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGT-TTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTGGA--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG------------AAA-G----------GTAT--------G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--TATT-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATTTTTTG-GAAAC-C--T-TTA--GT---G---T---T----AGAA-G-CATT--GGAAATCTTTTAG------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AA-TC-TTT--A-GT-GGTT----ACGAGTATCGG-A
gi|42007                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGT-----------TAAA-G--CAGTGGAAACAG-TC--T--G--G-TGAAA-GC-ATCTGAA---A--AA-T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-AGT----G-GAAAC-A--G-T----CTG--G---T---G----A-AA-G-CATC-TGAAAA-ATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     caactttctgt-GGTT-AAAGC--TG-G--A-A--AC-ATT--G-TT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTT
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGT-----------TAAA-G--CATTGGAAATCT-TTAGT--G--G-TTAAA-CC-AT-TGGA---A--ACAT--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAAT-A--T-T----TT---G---TGGGT----A-AA-G-CATT--GGAAACATT-T-G------------T-GGTTAAAAGCATTG-GA-A-AT-A--TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACtagtggttaaaccattggaaacattctgtggttaaagcattggaaatattttgtgggtaaagcattggaaacatttgtggttaaaagcattggaaatattctgtggttaaagcattggaaacagtct
gi|42014                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggttaaagctggaaacattgttGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------TACTGA-TT--------TT----G-CAGAT-G--GGT----GT---GG--T---T----A-AA-GGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---agtct
gi|42015                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------T---AC-CTGA---T-TTT----G-CAGATGG--G-T----GTG--G---T---T----A-AAGG-CATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42016                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-TGG----------------T---AC-CTGA---T-TTT----G-CAGATGG--G-T----GTG--G---T---T----A-AAGG-CATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATT-AAAGCATTG-GA-A-ATGAT-TCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42017                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAAAG--CATTGGACATAT-TC--T--GTGG-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--C--A--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAAC-A--T-T----CT---GTCAT---T----A-AA-G-C--T-TGGAAATATTCT-G--------------GGTT-AAAGCATTG-G--A----AC-TTTC-T-GT-GTTA----A-AAGCATTGG-AAAC
gi|42022                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A-G--CATTGGAAACAG-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AN-NNNN---N--N--N--N-NNNNNNNNNNNNNNNNGTCT---GG-TTAA-AGC-ATT----T-GAAAC-A--T-TCT--GT---GG--T---T----A-AA-G-CATA--GGAAACATTCT-T------------T-GGTT-AAAGCATTA-G--A-A--ACATTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAA
gi|42031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGGAAATAT-TC--T--G--GGTTAAA-GC-AT-TGGA---A--C--T--TTCTG----------------T---GT-TAAA-AGC-ATT----G-GAAAC-A--T-T----CTATGG---T---T----A-AA-G-CATT--GGAAACATTCT-A------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAAACATTCT
gi|42032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GAAACAT-TC--TTTG--G-TTAAA-GC-AT-TAGA---A--ACAT--T-TTG----------------T---GT-TAAA-AGC--TT----G-GAAAT-A--T-T----CT---G---T---TGGTAA-AA-G-CATT--GGACATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AC-A---TC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACATTCTGTCATTAAAGCTTGG
gi|42034                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ---G---T---T----A-AA-G-CATT--GGAAATATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-A--AC-TTTC-T-GT-GTTT----A-AAGCATTGG-AAAC


blockSeqs                     :             A C     CA A         AG   A  C A            T    AC           AT    AA  G T          C   G   G                  A           A ATG A                  A             A           T        T        GACC      T                 T      A                          G   TA   A                   C         C                  CG                        A      ACCAG     GAAAGGTATGT   AA CA      A     TCTG  TT TG G     G  A TC    AAT ACA   AT T   NNNNNNNNNNNNNGTCTGG        T   A   TTTT CC    ATTTCTGGTG       TCA GGG GGTA G  G G    CT     T     A TATTGGTTAGGA G    A         T AAAAT   CA   GG A  G    TTTA C         A           T   AAA
blockSeqs                     :             A T     C  A         T    A  C C            T    A            A     A   G T          C   G   G                  A           . ATG A                  A             .           .        T        GAC       .                 T      A                          G   T    .                   C         C                  CG                        .      ACAG      AAAGGTATGGT   A  .       A     TCTG  .  .  .     .  A T     .   ACA   .  .   TACTGA                     T   .   .    T     ATTCTATG         G   .   A    .  G .    CT     T     . TATTGGTTAGGA .    .         T AAATG   C    GG A  .    TTTA .         .           T   .  
blockSeqs                     :             A T     .  A         T    A  C A            T    .            A     A   G T          C   A   G                  .           . ATG T                  A             .           .        T        AC        .                 T      .                          T   T    .                   C         C                  CG                        .      ACAG      .             A  .       A     TTAG  .  .  .     .  . T     .   ACA   .  .   TGGT                       .   .   .    T     ATTCTGT          G   .   A    .  . .    CT     C     . .            .    .         . AAATG   C    GG .  .    TTTA .         .           G   .  
blockSeqs                     :             . T     .  A         .    .  . .            .    .            A     A   . .          .   A   G                  .           . ATG T                  A             .           .        T        AC        .                 T      .                          T   T    .                   C         C                  CG                        .      ACAG      .             A  .       A     CTG   .  .  .     .  . T     .   CA    .  .   TGGT                       .   .   .    G     ATTCTGT          .   .   .    .  . .    T      T     . .            .    .         . AAATG   C    C  .  .    .    .         .           G   .  
blockSeqs                     :             . .     .  A         .    .  . .            .    .            A     A   . .          .   .   G                  .           . .   T                  .             .           .        .        GA        .                 .      .                          T   .    .                   .         .                  .                         .      .         .             A  .       A     CTG   .  .  .     .  . T     .   AA    .  .   TGGT                       .   .   .    G     CTTTAGT          .   .   .    .  . .    T      T     . .            .    .         . ATAT    C    C  .  .    .    .         .           G   .  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .          .   .   G                  .           . .   .                  .             .           .        .        A         .                 .      .                          T   .    .                   .         .                  .                         .      .         .             A  .       A     CTG   .  .  .     .  . T     .   A     .  .   TGG                        .   .   .    G     GGGTGTG          .   .   .    .  . .    T      T     . .            .    .         . ATAT    C    C  .  .    .    .         .           G   .  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .          .   .   .                                                                                                                                                                                                                                                                      .             A  .       A     TC    .  .  .     .  . T     .   A     .  .   TGG                        .   .   .    G     GGGTGTG          .   .   .    .  . .    G      C     . .            .    .         . AAAT    C    .  .  .    .    .         .           C   .  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .          .   .   .                                                                                                                                                                                                                                                                      .             A  .       A     TC    .  .  .     .  . T     .   A     .  .   TGG                        .   .   .    G     ATTCTGT          .   .   .    .  . .    T      C     . .            .    .         . AAAT    T    .  .  .    .    .         .                  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                         .             A  .       A     TC    .  .  .     .  . T     .   A     .  .   TAC                        .   .   .    C     AGTCTG           .   .   .    .  . .    T      C     . .            .    .         . AAA     T    .  .  .    .    .         .                  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                         .             A  .       A     TC    .  .  .     .  . T     .   A     .  .   TAC                        .   .   .    C     GGGTGT           .   .   .    .  . .    T      C     . .            .    .         . AAA     T    .  .  .    .    .         .                  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                         .             A  .       .     TC    .  .  .     .  . N     .   A     .  .   TGG                        .   .   .    C     AATAT            .   .   .    .  . .    .      T     . .            .    .         . AAA     C    .  .  .    .    .         .                  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                         .             .  .       .     TC    .  .  .     .  . T     .   A     .  .   TGT                        .   .   .    G     AATAT            .   .   .    .  . .    .      C     . .            .    .         . AAC     C    .  .  .    .    .         .                  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .  .       .     TC    .  .  .     .  . T     .   C     .  .   TGT                        .   .   .    G     ATTTT            .   .   .    .  . .    .      C     . .            .    .         . AA      C    .  .  .    .    .         .                  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .     .     .  .  .     .  . .     .   N     .  .   TG                         .   .   .    G     ATTCT            .   .   .    .  . .    .      T     . .            .    .         . AA      .    .  .  .    .    .         .                  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     G   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .     .     .  .  .     .  . .     .   C     .  .   TG                         .   .   .    G     ATTCT            .   .   .    .  . .    .      T     . .            .    .         . AA      .    .  .  .    .    .         .                  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .   .   .    .  . .    .      .     . .            .    .         . AA      .    .  .  .    .    .         .                  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .    .         . A       .    .  .  .    .    .         .                  
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            A     A   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            .     .   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            .     .   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            .     .   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            .     .   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            .     .   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .            .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :             . .     .  .         .    .  . .            .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                           A*    A*                                                        ATG                                                                                                                                  T*                                                    CG                               ACAG*                   A*                                      T*                     TGN********************                       ATTCTGT*********                                       ************                  AAAT***
originalCons                  : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTNTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-CTG----------------T---GG-TTAA-AGC-ATT----G-GAAAC-A--N-T----GT---G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-G--A-AT-AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
finalCons                     : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGTA-GT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTNTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCACAG-GAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-CTGTGN--------------------TTAA-AGC-ATT----G-GAAACATTCTGT---------G---T---T----A-AA-G-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTT-AAAGCATTG-GAAAT---AC-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                  1   1                      1             111                    1                                                                              1                              11                                 1                  11                               22222     22222222222                    11111                               11            11111111111111111111    222222               11111111111    11                               333333333333                      1111   11         1111                                    
lowQualScore                  :      0    0 1 1 0   11 2     00  11   1  1 1   0  0   0 1 00 11  1        22    11  3 3          3   5   1             0    1           5 444 6     0   0        2             5           5        5        99999     5                 5      9                          1   77   5                   4         1                  22                        5      00000     77777777777   33 33      5     33333 33 33 2     2  4 22    444 55 22 33 88888   66666666666666666666    000000   2   5555 2  44444444444 2  33 7 2 5 2   7  9999     1     2 888888888888 2       2      7 2   2222   44 4  4    5555 2         2           1   888      
lowQualScore                  :      .    . . . .   .. .     ..  ..   .  . .   .  .   . . .. ..  .        ..    ..  . .          .   .   .             .    .           . ... .     .   .        .             .           .        .        .....     .                 .      .                          .   ..   .                   .         .                  ..                        .      .....     ...........   .. ..      .     ..... .. .. .     .  . ..    ... .. .. .. .....   ....................    ......   .   .... .  ........... .  .. . . . .   .  ....     .     . ............ .       .      . .   ....   .. .  .    .... .         .           .   ...      
lowQualScore                  :      4    4 3 8 4   11 2     66  55   3  3 3   4  4   4 3 66 11  0        66    55  8 8          3   8   1             7    4           7 000 6     7   7        0             7           7        0        66666     7                 0      0                          3   77   7                   3         4                  11                        7      44444     11111111111   55 77      4     66666 22 22 4     4  7 66    111 66 11 22 22222   44444444444444444444    666666   4   0000 4  88888888888 5  44 5 5 0 5   5  0000     1     5 444444444444 4       4      1 4   6666   44 7  7    0000 4         4           0   888      
consensus                     : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTNTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-----CTG----------------T-GNTTAA------AGC-ATT----G-GA---AACA-TTCT-GT--G-T-T-A-AAG-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTTAAA-GCATTG-G-AAAT-ACTTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
Reference ( family-185 )      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGTNTTTTGCCCCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-----CTG----------------T-GNTTAA------AGC-ATT----G-GA---AACA-TTCT-GT--G-T-T-A-AAG-CATT-TGGAAACATTCT-G------------T-GGTTAAA-GCATTG-G-AAAT-ACTTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCTTCTGTNTTT---GCTTGG
gi|41862                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-----GTG----------------T-G--TAAT-----ACC-ATT----G-TAGCTAA------T-AT--G-T-T-A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATTAAA-GCATTATG-ATAT-ACTTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41863                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-----GTG----------------T-G--TAAT-----ACC-ATT----G-TAGCTAA------T-AT--G-T-T-A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATTAAA-GCATTATG-ATAT-ACTTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41864                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A--TTATTGAT--TCAT--GT-G-G-CCAGGGTA-ACTGTGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-T---TATTTTGGCCCAAAAAACAA-CTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTG-A--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAGAGATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGGTTG--AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCA-TCTAATGGAGTCATTCAT--CGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTC-----GAGGG-----------TAA-----CATTGG-AATAT-TC--T--G--G-TT--A-GC-A---GCA---A--A--T--T-----GTG----------------T-G--TAAT-----ACC-ATT----G-TAGCTAA------T-AT--G-T-T-A-AAG-CATT-TGGAAATATTCT-GTATTGGTTAGGAT-GATTAAA-GCATTATG-ATAT-ACTTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACCATCTCTTTTT---GCTTGG
gi|41865                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41866                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41867                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41868                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--Att
gi|41869                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-TTAT--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAGtt
gi|41870                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41871                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41872                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41873                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41874                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41875                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41876                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41877                      : TAGTGTAACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41878                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41879                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41880                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41881                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41882                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G----T--AA-TTA
gi|41883                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--TACAA-TTACAGACA-TCGT-AGT-G--ACCAG
gi|41884                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAAC-A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41885                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41886                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41887                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-GTT--T--AA-TTA
gi|41888                      : TAGTG-AACC-A-G---CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41889                      : TAGTG-AACC---G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTA
gi|41890                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TA-ACA-G-T--T--A
gi|41891                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAGtt
gi|41892                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41893                      : TAGTG-AAAC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA-AGACA-TCGT-A-T-GTAACCAG
gi|41894                      : TGGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTATAGACA-TCGTAAGTGG-AACCAG
gi|41895                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-A-A-TT-ACA-G-T--TA-AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41896                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--
gi|41897                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41898                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41899                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41900                      : TGGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGA-A-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41901                      : TAGTG-AACG-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41902                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41903                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA----CACCA--TG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T---A-TTACAGACA-TCGT-GG
gi|41904                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41905                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41906                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41907                      : TAGTG-AACC-C-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41908                      : TAGTG-AACCCA-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41909                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACACG-T--T--AA-TTA
gi|41910                      : TAGTG-AACC-A-G-AACAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41911                      : TAGTG-AACC-A-GCA-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41912                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41913                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAACAA-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41914                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GTCC-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41915                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41916                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CCACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACA-TCGT-AGTGG-AACCAGG
gi|41917                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41918                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AGAGTTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41919                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--A
gi|41920                      : TAGTG-AAC--A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41921                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA---G--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41922                      : TAGTG-A-CC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41923                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41924                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA---T--T--AA-TT
gi|41925                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41926                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41927                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41928                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG---TA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41929                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--
gi|41930                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACC---AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--tta
gi|41931                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A--ACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAtta
gi|41932                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--ATA-GT-C-GCA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGACATTCGT-AGT-G-
gi|41933                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-CAACA-TTGACA-G-T--T--AA-TTAT
gi|41934                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCAAGAG--TCA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41935                      : TAGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CA-CA--AG--TTA-GT-C-ACATTT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41936                      : TAGTG-AACC-A-G-A-C-A--A-CACCA--AGT-TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGA
gi|41937                      : TAGTG-AACC-A---A-CAA----CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41983                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41984                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CAC-A--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AGTTTATAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|41985                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AG-TTA
gi|41986                      :  AGTG-AACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AA--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41987                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41988                      :  AGTG-AACC-AAG-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTA
gi|41989                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41990                      :  AGTA-GACC-A-G-A-CAA--A-CACCA--AG--TTA-GT-C--CA-TT-ACA-G-T--T--AA-TATTAGACA-TCGT-AGT-G-AACCAGACTACACCAAGT-TTATTGTCACC
gi|41992                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AT-TGAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTACACT-TGTGTTATTATAACGCCCACTAAGCATTTTGAAAATATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAAAGATGATACTTTTAAACATCATTTACAGTG-G--ACAGTG-T-ACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAA-CAGATCGCCACTGTTTGT-AAAAGCTTGTTTGAAAGCCCTGTC-TTCCTTCACTCTA-TGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCACCAGGAAGG-----------GAAA-G----------GTA------T--G--G-TTAAAGGC-AT-TGGAAATA--A--T--T-----CTG----------------TGGTTTAA------AGCAATT----GCCA---AACATTTCTGGTG-G-T-T-A-AAG-CA---TGGAAACATTCT-G------------T-GGTAAAA-GCATTG-GAAAAT-A-TTC--T-GTGGGTT----A-AAGCATTGG-AAACC
gi|41993                      :   GTG-AACC-A-GTA-CAA--A-CACTA--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T-----AA-TTAT---CA-T-----GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTAT-ATAACCCC-ACTAAGCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCA-TTACAGTG-GACCCAGTG--TACTGACTGTGTAATA-TTGTAG-GAT-GATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGTAAAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGAATTCATCTTAACTGTCA-CAGGAAGGGAAAGGTATGTTAAA-GCACATTGG-AATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GCAAT-TGCA---AC-A--T--T-----CTG----------------TGGTTTAA------AGC-A-T----G-GA---AACA-TTCT-GT--G-G-TAA-AAG-CATT-GGAAAATATTCT-G------------T-GGTTAAA-GCATTG-G-AAA--ACCTT--TAGT-GGTT------AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42000                      :    TG-AACC-A-GTA-CAA--A--AT-A--AG--TTAAGT-C-A-A-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCC--ACTA-GCATTTTGAAA-TATGTTTTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCA-TTACAGTG-A---CAGTGTTTACTGACTGTGTAATA-TTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGT-CTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATT-CATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGGAAAGGTATGGTTAAA-G--CATTGGAAATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GCAAT-TGCA---AACA--T--T-----CTG----------------TGGTTTAA------AGC-ATT----G-GA---AACA-TTCT-GT--G-G-TAA-AAG-CA-T-TGGAAATATTCT-G------------TGGGTTAAA-GCATTG-G-AAA--ACCTT--TAGT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTTTT
gi|42003                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42004                      :      -AACC-A-G-A-CAA--AACACCA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTACAGAC--TCGT-AGT-G-AACCAG
gi|42006                      :           -A-G-T-CAA--A-CACTA--AG--TTA-GT-C-ACA-TT-ACA-G-T--T--AA-TTAT-GAT--TCAT--GT-G-GACCAGGGTA-ACT-TGTGTTATTATAACCCCCACTA-GCATTTTGAAA-TATGT-TTTTGCCTCCAAAAACAAACTTTAATCGTTAA-GATGATACTTT-AAACATCATTTACAGTGGA--CCAGTG-TTACTGACTGTGTAATATTTGTAG-GATGGATGAGAATCAGATCGCCACTGTTTGT-AAA-GCTTGTTTGAAAGCCCTGTCCTTCCTTCACTCTAATGGAGTCATTCATCGCGACATCAAATCAGATTCCATCTT-ACTGTCA-CAGGAGGG------------AAA-G----------GTAT--------G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--TATT-----CTG----------------T-GGTTAA------AGC-ATTTTTTG-GA---AACC-TTTA-GT--G-T-T-AGAAG-CA-T-TGGAAATCTTTTAG------------T-GGTTAAA-GCATTG-G-AAAT--CTTT--A-GT-GGTT----ACGAGTATCGG-A
gi|42007                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGT-----------TAAA-G--CAGTGGAAACAG-TC--T--G--G-TGAAA-GC-ATCTGAA---A--AA-T--T-----CTG----------------T-GGTTAA------AGC-AGT----G-GA---AACA-GTCT-G---G-T-G-A-AAG-CATC-TGAAAA-ATTCT-G------------T-GGTTAAA-GCATTG-G-AAAT-A-TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 caactttctgt-GGTTAAA-GC--TG-G-AAAC-A---T--T-GTTGGTT----A-AAGCATTGG-AAATCTT
gi|42012                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GGT-----------TAAA-G--CATTGGAAATCT-TTAGT--G--G-TTAAA-CC-AT-TGGA---A--ACAT--T-----CTG----------------T-GGTTAA------AGC-ATT----G-GA---AATA-TTTT-GT--G-GGT-A-AAG-CATT--GGAAACATT-T-G------------T-GGTTAAAAGCATTG-G-AAAT-A-TTC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACtagtggttaaaccattggaaacattctgtggttaaagcattggaaatattttgtgggtaaagcattggaaacatttgtggttaaaagcattggaaatattctgtggttaaagcattggaaacagtct
gi|42014                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggttaaagctggaaacattgttGG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--TTGGTACTG----------------A-TTTTGC------AG--ATG----G-G------------T-GT--GGT-T-A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATTAAA-GCATTG-G-AAATGATTCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---agtct
gi|42015                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-----TGG----------------T-ACCTGATTTTGCAG--ATG----G-G------------T-GT--GGT-T-A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATTAAA-GCATTG-G-AAATGATTCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42016                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAA-G--CATTGGAAATATCTG--T--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--A--T--T-----TGG----------------T-ACCTGATTTTGCAG--ATG----G-G------------T-GT--GGT-T-A-AAGGCATTCTGGAAACATTCT-G------------T-CATTAAA-GCATTG-G-AAATGATTCTGGT-GT-GATTTTTAA-AAGCATTGG-AAACTTTCTGTGTTT---
gi|42017                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG-----------TAAAAG--CATTGGACATAT-TC--T--GTGG-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--C--A--T-----CTG----------------T-GGTTAA------AGC-ATT----G-GA---AACA-TTCT-GTC-A-T-T-A-AAG-C--T-TGGAAATATTCT-G--------------GGTTAAA-GCATTG-G-A----ACTTTC-T-GT-GTTA----A-AAGCATTGG-AAAC
gi|42022                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A-G--CATTGGAAACAG-TC--T--G--G-TTAAA-GC-AN-NNNN---N--N--N--N-----NNNNNNNNNNNNNNNNGTCT-GGTTAA------AGC-ATT----T-GA---AACA-TTCT-GTG-G-T-T-A-AAG-CA-T-AGGAAACATTCT-T------------T-GGTTAAA-GCATTA-G-AAAC-A-TTT--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAA
gi|42031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGGAAATAT-TC--T--G--GGTTAAA-GC-AT-TGGA---A--C--T--TT----CTG----------------T-GTTAAA------AGC-ATT----G-GA---AACA-TTCT-ATG-G-T-T-A-AAG-CA-T-TGGAAACATTCT-A------------T-GGTTAAA-GCATTG-G-AA---ACTTTC-T-GT-GGTT----A-AAGCATTGGAAAACATTCT
gi|42032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GAAACAT-TC--TTTG--G-TTAAA-GC-AT-TAGA---A--ACAT--T-----TTG----------------T-GTTAAA------AGC--TT----G-GA---AATA-TTCT-GTTGG-T-A-A-AAG-CATT--GGACATATTCT-G------------T-GGTTAAA-GCATTG-G-AA----CATC--T-GT-GGTT----A-AAGCATTGG-AAACATTCTGTCATTAAAGCTTGG
gi|42034                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -----------TAAA-G--CATTGGAAATAT-TCTGT--G--G-TTAAA-GC-AT-TGGA---A--ACTT--T-----CTG----------------T-GTTTAA------AGC-ATT----G-GA---AAC