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Reference ( gi|38526 )        :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TCACTACGAT-GTCTGTGAGG---G-ACCTACCTTTCATAGAACTCCATT-ACTACC-CATAAATTCATCCAAC--CAACAAGGAAGCCTG-----TCATA----ACATATC---CACTAATATTCCTGGTGATGGTAGTCCCTCATGATC-CAACCTAGTGCAATTGAGGGGGGAGAAAT-TCAGAATGTTATTACACA-ACAGACCAGGAAAGCTGTTCATAACTATTATCACATAATATCAATTATCGACGAGAACGCTGGCTGGCAAAAGAAATGGGTAGTAAAATGTTACATACAACTCGACAGACAGATTATTTAATATTAATCCAT-AATTATATTGAATTT--ACAGCAGTGAATAAAATCAAAACACT-AATGTTATCAAA--CATGTGT-ACAGTG-AAACACCTGATAACAAAACATCAAACGCTATCA-CTACTACATTAAAACACAAAATTAAAAACGTGCAACACTGACATAACAGTTAAGGTGGCTCGTATCCAAATGAACCAGTTTA-TCAACATCAAGCATTAAATGATTTCATCTCATAAAGATATGTGAAATGAATTATTATTATTACAAAGTATATA-------ACTTACACAAAAAAGACAA-AA---AAAAAA-TG--T-C--AA---A-CA---A---TAT--CAG---AA--CGG-G-AA-AC----T--C-------AACGAG-TGTATTA-TTAA-------------TGAAAC-TAC-CA-AAT---G--CCACC-A-GTACTTCC-ACAT-G-T--C--G-------T--GGAAG-------GG-GC-T--TGT-TCA-T--AA----G-GA-TT-A---T---G-C----A-T--GTG-AA-A---TAT-G-A-------A-----A-G-G-T-T-T-ATC---C--CGTT--ACC-A--ATTCAAAA-A-------GTTAT--CT--TG-CC-A-A-TA-TTAAA-------------------A-----AAG-AT-TTT---A-A-A---T-G-T---AGCGTC--AA----CACAT-----T-CAA-G--T--GT-A--------A-A---------G------TCA-------A-A-C-A---TTT--T--G----G-T-A----C-CA-A---ATA-AA-ATGG-G--TTA--------TGT-C-AT--AAG--GA-A-A----TACA--------CCA-T--T-----TG-AAA-TA--T-G-A-------A----------TG------C----C------------C---TA----------------------T------------------C------------------T-----------------AT-----------G--------------G--C-T-----A-ATG-T-----------T-TAAA-G-------TT-T----T------GG--AAA-----G-------T-------TA----AG-------G------TC----A------A---A----C-----A-T--C--A-A-G-GTC------CA-G--G--------------AGG-TC--CA-------AA-------AA-A---T----G---T-G-GTA----C--C------A---C-G------G---A---A--C-G-G--T--C--T------T-----------A--C----------------A----------A----CA-------T---T---A-----A--G--A-A---ACA------------T----------T--A--AA------A-------G-C---C---TA-A--A---C------TA-C-T--A----CA---G-TA-C-A-A-A--A-G----T---T----G-A---C--CTC---AC-T--TGA----GAC-C-TTG--T-----AT-----G----T-T------T-GA-------------C-----CT------A---C-TT-TTCC-A---------AA-A--C-T-T-T-AA--C-ATT-A-----G--CC-------AT---A----------A----------------G-----C-----A-----------T---------------AG-----------G-G------CATT-C-A--TA-TTT-CAAAC-TA-GTTTAAAATTCT-C---TT--TTA---TG-GACG--AAACC-G-CTT--T-TA--T-C-T---G-G----T-A-C----CAAAAG----AATGTTATGAGGG-GC-G--C-T--TGAC-C-T-TG-----A----ACT-----T-----TTGA---C-CT-A---CA--TTTTAATAAGTCTA-------------------T--T-AA--TA-TTG-G-C---AA-ATAA---C----T--T---G----------A-A-T-GG-TA-----A--AG--G---GAT-A-AACCGT----T--TC---ATAGCATTTCACATG--TGCA-A--TAATCCC---T-TAAT-G-A-C-A--A--G--C--C--------C-TTCC--ACG-----TGA--C--A--G--T-G-GA-A-ATA--C----GG--CA--AT-T--TACGT---TTT--------C---TCGTG-------AA-C---A--CA-TC-T-TG--TT------------TTC----C---C--T---CTGATAT------TGT--A---TGA-ATTTTTTTT-TTGTCTTTT----G-AAGTTTTATACTTTTGCATA-TAATA--TCAT--CA-ATATCTTTA-GA-ATGAAATCATTTAATGCT-GAT-TTGAATAAACTGGTTCATT-GGATACGAGCCACCTTAACTG-T-ATGT-AGTG-T-GCACG-TTTT-AATTTTGTGTTTTAATGT-GTAGCTGATAGCGTTTAG---TTTG-TATCAGGTGTTTCCACTGTAACACATGTTTTTGAT-ACATTAAGTGGTTTGATTTTA-TCACTGCTGTAGAAATTC-ATATAATTGATGAATTAATATTAAATAAATTGTCTGTC-AG-TGTAC-TACAATTCTA----CCATTTC-ATTGCCAG-----GTT---GT-GATGAATGATA-TA-GTGAT-ATG--TATA---AGCTT--CT-GTCTGTCTGTGT-AT-ACATTCTGATATTT-TC--------ATTG--CCAGGTTGTGATCATGAGGGACTA-CATCAC--AGAATAATAGTGGATATGTTATGACAG--TTCCTGGTTGGT--GATGAA-ATATGAGGTAGTAAATGGAGTTCCTTG-AAGGT-GGTGCCCTCACAGACATCGTAGT
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ACTACGAT-GTCTGTGAGG---G-ACCTACCTTTCATAGAACTCCATT-ACTACC-CATAAATTCATCCAAC--CAACAAGGAAGCCTG-----TCATA----ACATATC---CACTAATATTCCTGGTGATGGTAGTCCCTCATGATC-CAACCTAGTGCAATTGAGGGGGGAGAAAT-TCAGAATGTTATTACACA-ACAGACCAGGAAAGCTGTTCATAACTATTATCACATAATATCAATTATCGACGAGAACGCTGGCTGGCAAAAGAAATGGGTAGTAAAATGTTACATACAACTCGACAGACAGATTATTTAATATTAATCCAT-AATTATATTGAATTT--ACAGCAGTGAATAAAATCAAAACACT-AATGTTATCAAA--CATGTGT-ACAGTG-AAACACCTGATAACAAAACATCAAACGCTATCA-CTACTACATTAAAACACAAAATTAAAAACGTGCAACACTGACATAACAGTTAAGGTGGCTCGTATCCAAATGAACCAGTTTA-TCAACATCAAGCATTAAATGATTTCATCTCATAAAGATATGTGAAATGAATTATTATTATTACAAAGTATATA-------ACTTACACAAAAAAGACAA-AA---AAAAAA-TG--T-C--AA---A-CA---A---TAT--CAG---AA--CGG-G-AA-AC----T--C-------AACGAG-TGTATTA-TTAA-------------TGAAAC-TAC-CA-AAT---G--CCACC-A-GTACTTCC-ACAT-G-T--C--G-------T--GGAAG-------GG-GC-T--TGT-TCA-T--AA----G-GA-TT-A---T---G-C----A-T--GTG-AA-A---TAT-G-A-------A-----A-G-G-T-T-T-ATC---C--CGTT--ACC-A--ATTCAAAA-A-------GTTAT--CT--TG-CC-A-A-TA-TTAAA-------------------A-----AAG-AT-TTT---A-A-A---T-G-T---AGCGTC--AA----CACAT-----T-CAA-G--T--GT-A--------A-A---------G------TCA-------A-A-C-A---TTT--T--G----G-T-A----C-CA-A---ATA-AA-ATGG-G--TTA--------TGT-C-AT--AAG--GA-A-A----TACA--------CCA-T--T-----TG-AAA-TA--T-G-A-------A----------TG------C----C------------C---TA----------------------T------------------C------------------T-----------------AT-----------G--------------G--C-T-----A-ATG-T-----------T-TAAA-G-------TT-T----T------GG--AAA-----G-------T-------TA----AG-------G------TC----A------A---A----C-----A-T--C--A-A-G-GTC------CA-G--G--------------AGG-TC--CA-------AA-------AA-A---T----G---T-G-GTA----C--C------A---C-G------G---A---A--C-G-G--T--C--T------T-----------A--C----------------A----------A----CA-------T---T---A-----A--G--A-A---ACA------------T----------T--A--AA------A-------G-C---C---TA-A--A---C------TA-C-T--A----CA---G-TA-C-A-A-A--A-G----T---T----G-A---C--CTC---AC-T--TGA----GAC-C-TTG--T-----AT-----G----T-T------T-GA-------------C-----CT------A---C-TT-TTCC-A---------AA-A--C-T-T-T-AA--C-ATT-A-----G--CC-------AT---A----------A----------------G-----C-----A-----------T---------------AG-----------G-G------CATT-C-A--TA-TTT-CAAAC-TA-GTTTAAAATTCT-C---TT--TTA---TG-GACG--AAACC-G-CTT--T-TA--T-C-T---G-G----T-A-C----CAAAAG----AATGTTATGAGGG-GC-G--C-T--TGAC-C-T-TG-----A----ACT-----T-----TTGA---C-CT-A---CA--TTTTAATAAGTCTA-------------------T--T-AA--TA-TTG-G-C---AA-ATAA---C----T--T---G----------A-A-T-GG-TA-----A--AG--G---GAT-A-AACCGT----T--TC---ATAGCATTTCACATG--TGCA-A--TAATCCC---T-TAAT-G-A-C-A--A--G--C--C--------C-TTCC--ACG-----TGA--C--A--G--T-G-GA-A-ATA--C----GG--CA--AT-T--TACGT---TTT--------C---TCGTG-------AA-C---A--CA-TC-T-TG--TT------------TTC----C---C--T---CTGATAT------TGT--A---TGA-ATTTTTTTT-TTGTCTTTT----G-AAGTTTTATACTTTTGCATA-TAATA--TCAT--CA-ATATCTTTA-GA-ATGAAATCATTTAATGCT-GAT-TTGAATAAACTGGTTCATT-GGATACGAGCCACCTTAACTG-T-ATGT-AGTG-T-GCACG-TTTT-AATTTTGTGTTTTAATGT-GTAGCTGATAGCGTTTAG---TTTG-TATCAGGTGTTTCCACTGTAACACATGTTTTTGAT-ACATTAAGTGGTTTGATTTTA-TCACTGCTGTAGAAATTC-ATATAATTGATGAATTAATATTAAATAAATTGTCTGTC-AG-TGTAC-TACAATTCTA----CCATTTC-ATTGCCAG-----GTT---GT-GATGAATGATA-TA-GTGAT-ATG--TATA---AGCTT--CT-GTCTGTCTGTGT-AT-ACATTCTGATATTT-TC--------ATTG--CCAGGTTGTGATCATGAGGGACTA-CATCAC--AGAATAATAGTGGATATGTTATGACAG--TTCCTGGTTGGT--GATGAA-ATATGAGGTAGTAAATGGAGTTCCTTG-AAGGT-GGTGCCCTCACAGACATCGTAGTaacttttgtactgtagtagtttaggcttttaatgtttcttaatgttgtaagaccgttccgtggtaccacattttttggacctcctggaccttgatgtttgaccttaactttccaaaactttaaacattagccatagatagggcattcatatttcaaatggtgtatttccttatgacataacccattttatttggtaccaaaatgtttgactttacacttgaatgtgttgacgctacatttaaaatcttttttaatattggcaagataactttttgaattggtaacgggataaacctttcatatttcacatgcataatccttatgaacaagccccttccacgacatgtggaagtactggtggcatttggtagtttcattaataatacactcgttgagtttcccgttctgatattgtttgacattttttttttgtcttttttgtgtaagttatatactttgtaataataataattcatttcacatatctttatgagatgaaatcatttaatgcttgatgttgataaactggttcatttggatacgagccaccttaactgttatgtcagtgttgcacgtttttaattttgtgttttaatgtagtagtgatagcgtttgatgttttgttatcaggtgtttcactgtacacatgtttgataacattagtgttttgattttattcactgctgtaaattcaatataattatggattaatattaaataatctgtctgtcgagttgtatgtaacattttactacccatttcttttgccagccagcgttctcgtcgataattgatattatgtgataatagttatgaacagctttcctggtctgttgtgtaataacattctgaatttctcccccctcaattgcactaggttggatcatgagggactaccatcaccaggaatattagtggatatgttatgacaggcttccttgttggttggatgaatttatgggtagtaatggagttctatgaaaggtaggtccctcacagacatcgtagt
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gi|38647                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aacttttgaattgtaagtactagggctttgatatttcacatgtacgtttcttacaacaaaacctttctgatggtaccaaaatttttgacctcttgatcttgaacttt---G-ACCTACTTTTCAAAAAACTTTAAC-ATTAGC-CATAACTT--TTGAA---TGGCAAG--AGCTTGGACATTCATATTTTACATGT---------GTATTCCTTATGACGA-AGTCCTT--TTATC-Ccaagcccttttattttgtaccaaaatgtttgaccttgaattttgacctgcattttaaaaactttaacattggccataacttttgaatggtaaggtataataaacttttcatatttcacttgcttaatcctgataacaagccccttccactggcatgtggaatacgggagcattcatgtttcacaaacacatcttgtt
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Reference ( family-1 )        :   TCACTACGATGTCTGTGAGGGACCTACCTTTCAAAGAACTCCATTACTACCCATAACTTCATCCAACCAACAAGGAAGCCTGTCATAACATATCCACTANTATTCCTGGTGATGGTAGTCCCTCATGATCACAACCTGGTGCAATTGAGGGGGGAGAAATATCAGAATGTTATTACACAGACAGACCAGGAAAGCTGTTCATAACCATTATCACATAATATCANTCATCGACGAGAACGCTGGCTGGCAANAGAAATGGGTAGTAGAATNNTACGTACAACTCGACAGACAGNTTATTTAATATTAATCCATCAATTATATTGAATTTCTACAGCAGTGAATAAAATCAAANCACTTAATGTTATCAAAAACATGTGTTACAGTGGAAACACCTGATAACAAAACACCAAACGCTATCAGCTACTACATTAAAACACAAAATTAAAAACGTGCAACACTGACATAACAGTTAAGGTGGCTCGTATCCAAATGAACCAGTTTATTCAACATCAAGCATTAAATGATTTCATCTCATAAAGATATGTGAAATGAATTATTATTATTACAAAGTATATA-------ACTTACACGAAAAAGACAAAA---AAAAAA-TG--T-C--AA---A-CA---A---TAT--CAG---AA--CGG-G-AA-AC----T--C-------AACA-AGA-TG-TGTT-T--G-T-G--A-AAC--A-CG-AA-T---G-CC-CCC-GT-A-T-T-CC--ACA-T-G-CCAG-T--GGA------A-------GGG-GC-T--T-G-T-C-A-T--AA----G-GA-TT-A---T-G-C----A-TGTG-AA-A-TA-TG-A-------A-----AG-G-T-T-T-A-TC---C--C-T---T-A--CC-A--TT--------C-AAA--A-G--T-T----------------------A--T-G-G-CC-AA-T-G-TT---A---A-AG-TTTT-T-AAAA--TG---T-AG-G---TCAA-A-ATTC------AA-----G-GTC------A--------A-G--GTC-AA-AC-A-TTT--T-G----GT-A----C---C---A-------G-AT-A-A--AA-GG-GCT-T----------G-T-C-AT--AAG--GAAATA-C---------A-C----A-TG-TG-AAA-TAT-G-AA--TGC----CCT----A---C-----T-----C------T------T-------NC------------------G-----NA--A-----T-----A----TGG-C-T-A--ATG--T--TAA-A-G--T---------------T-T-T-------G-A-A-----A--A----G-------T-------T-A----AG-G-------TCA------A------A----C------A--TC------AA-G-GT-CA------G-----G---------------AGG-TCCA-------AAAA-NT-T-TG--GTA---C--C-A---C-G--GA-AAG-G--T--C-T---------T----------G---T----------AACA---T---T---A-----A----------G-----------AA-----AC-------------A-------------T------------T----A---A------A---GNCCT----A-GT--AC-----T-CTACCG-TA-CAA-AA-G----T---T---G---ACCT-----C----CT-----TG---GACCT-----TGAAT--G---T----TT-GA-------CCT------A-CTT--TT-CAAAA-A-CTTT-AACATT-AGCCATAA--CTTT-TGAA-TGGCAAGAG-------T---AGGGCATTCA-TA-TTT-CACAT--GTGT---ATTC---CTTATGGAC-AAG-C-C-CTTT-TATC-T-GGTACCAAAA-AATGTT-TG--A----C-C-TTGACCTTGAA-TTTTGACCTA-CA-TTT---------TAAAAA--CT-TT---AACATTGGC-CAT----------------------AACT-TTTGAATGGT-AAGGG-ATAAACC-TTTCAT---ATTT-CACATGC---A-T-AA-TCC-TT--ATGACAAGC-CCCTTCCAC-TGGC-ATGTGG-AATAC-GGGGGC-ATT-----------T-CGTNTT-----------T--C-ACAAA-CA--CATCTTGTT------------TTC----C---CTCTGATATTGT--NTGAATTTTTTTT-TTGTCTTTTGTAAGTTNTATACTTTTNCATAATAATAATTCATTTCACATATCTTTATGAGATGAAATCATTTAATGCTTGATGTTGAATAAACTGGTTCATTTGGATACGAGCCACCTTAACTGTATGTCAGTGTGCACGTTTTAATTTTGTGTTTTAATGTAGTAGCTGATAGCGTTTGGTGTTTTGTTATCAGGTGTTTCCACTGTAACACATGTTTTTGATAACATTAAGTGNTTTGATTTTATTCACTGCTGTAGAAATTCAATATAATTGATGGATTAATATTAAATAANCTGTCTGTCGAGTTGTACGTANNATTCTACTACCCATTTCTNTTGCCAGCCAGCGTTCTCGTCGATGANTGATATTATGTGATAATGGTTATGAACAGCTTTCCTGGTCTGTCTGTGTAATAACATTCTGATATTTCTCCCCCCTCAATTGCACCAGGTTGTGATCATGAGGGACTACCATCACCAGGAATANTAGTGGATATGTTATGACAGGCTTCCTNGTTGGTTGGATGAATNTATGAGGTAGTAAATGGAGTTCCNTGAAAGGTAGGTGCCCTCACAGACATCGTAGT
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