lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33 1 2222222 11111 222 77777777777777777777777777 33333333 33333333333 11111 1111 11 11111 88888888888888888 222222222222 1111111 1111 3333333333333 22222222222 22222222222222 111111 333333333333333 1111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66666666666666666666666 11111 11 333333 111 66666666666 111 33333 1 1 2222 1
lowQualScore : 0 00 5 6 1111111 7 22222 333 33333333333333333333333333 88888888 4 66 66666666666 4 4 66 11111 4 4 777 8 2222 44 00000 5 5 5 5 33333333333333333 111111111111 5 0 5 5 6666666 6666 66 66 55 8888888888888 55555555555 66 66666666666666 444444 66 111111111111111 4444444444 77777 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777777777777777777777 55 00000 11 9 222222 4 4 777 000 5 22 44444444444 44 111 6 8 1 3 33333 0 0 5555 6 0
lowQualScore : . .. . . ....... . ..... ... .......................... ........ . .. ........... . . .. ..... . . ... . .... .. ..... . . . . ................. ............ . . . . ....... .... .. .. .. ............. ........... .. .............. ...... .. ............... .......... ..... . .................................................................... ....................... .. ..... .. . ...... . . ... ... . .. ........... .. ... . . . . ..... . . .... . .
lowQualScore : 7 33 5 7 7777777 5 33333 333 33333333333333333333333333 66666666 4 11 33333333333 4 4 11 11111 4 4 888 4 1111 00 33333 0 7 4 7 77777777777777777 777777777777 7 7 0 0 2222222 0000 99 99 11 7777777777777 66666666666 11 11111111111111 444444 99 444444444444444 4444444444 77777 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111 55 00000 00 2 888888 4 4 888 000 7 33 77777777777 77 333 6 0 0 2 22222 0 0 0000 0 5
consensus : CCATCCGTTCAT-AATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-CGT---ACATTTGCCCTGCAT--------CTT--------------TACAATGCCATAAC-G-----TAT-ATGTGCA--CGG----A------AATTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTTGT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAAT-ATCAG-TCAGACA-CCAA---------T----TTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT--------N----ATTGGACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AAC------AATAN---AAGTT-----A----ATTT--CTAAAT-GT---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TA-----TCA--TTATCACTA------TC-A-GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT---ATG-TGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCA-GACGGT-GACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
Reference ( gi|1 ) : CCATCTGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TGAC--CA-CAT---ACATTTGCCCTGCAT--------TTT--------------TACAATGCCATAAA-A-----TAT-ATGTGCA--CGG----T------AATTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTTGT-GTGACTTG-ATGCA-A-AGTCAAAT-ATCAG-TCAGATA-C------------T----TTATAACAACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT--------T----ATTGGACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AAC------AATAT---GAGTT-----A----ATTT--CTAAAT-GT---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TA-----TCA--TTAACACTA------TC-A-GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACATAT-ATGGTAGTATGCACAAAACCCAATGCAGTTAAGGT-GTTTCAGCA-ACCAGT-GACAC-TTAAAAA-ACGATTGGCTGTCAC
gi|11 : CCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-CAT---AAATTTGCCCTGCAC--------CTTTACATCCATATTCATACAATGCCATAAC-T-----TAT-ATGTGCA--CGG----A------AATTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---T
gi|10 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacCCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-CAT---AAATTTGCCCTGCAC--------CTTTACATCCATATTCATACAATGCCATAAC-T-----TAT-ATGTGCA--CGG----A------AATTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---Tacgt
gi|22 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacATCCGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGAacgt
gi|7 : TTTATAGCAT-ATACAG-TGATCGT-------TAACTTCATCGT---ACATTTGCCCTCCGA--------CTT--------------TAC
gi|3 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTATGCAG-TGATCTT-------TAAC--TT-CATCGAACATCTGCCCTGCA---------CTT--------------TACAtttcgtttaacacattgtactttgccatttatatccataattcatacattgccacaacgcatatgtgcacggaaattagtaaaattgaaggacaatgatgaaaataattttttgttgacttgtgcaaactcaaataaaagtcaaatacgggtttataacgatactcaaatgaccatgtagtgaaaaacttaacca
gi|6 : agTATGCAGGTGATCGTGTAAAACTAAC--AT-CGT---ACATT-GCCCTGCCA--------CTT--------------TACActnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaattccataacgtatatgttcacaaaaattagcaaaacaaagacaatgatgaaaataattgtgtgatttgatgcaaagtcaattataagtcagacaccaaatttatagcgacaatatctctttacgtgatactcaaatgatcatttagtggaagacttaatctaattggactataagtacaaaatagcagaaatacagtgaacaataaaagctaatttctaaatgtaaatcagaggaactaattttcaaataaattccatcatcgtcagagtgaaagattctcagtaaagattttcattatcactatcaga
gi|7 : TCGT-------TTAA--CA-CATTGTAC-TTTGCCATTTATATCCATAATTCA-------------TACATTGCCACAAC-G-----CAT-ATGTGCA--CGG----A------AATTAGTAAAATTGAAGG--AC-----AATG-ATGAAAA-TAATTTTTTGT--TGACTTG--TGCA-A-ACTCAAAT-AAAAG-TCAAATA-CGGG---------T----TTATAAC------------------------GA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAAACTTA-ACCctttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttattattcaatgccttaaaacaacttatcatgtgcattcgtaaattagtaaaacggggacggacgaatgtatgaaaaataattgtagtgacttgcatgcaaactcaaatatcagttcaaaaacctatctcccaaatttataacgcatatctcttttacgtgtacctactttaagaatgacgcatgtagtgaccacagcttacctttagaattggactataaggtactaaaaatagcaga
gi|2 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttatagcatatacagtgatcgttaacttcatcgtacatttgccctccgactttacttCATTT----TGTAT--------TCA--------------AACAATGTCATAA--------CGT-ATGTGCA--CGG----A------CATTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTTGT-G--ACTTG-ATGCA-A-ACTCAAAT-ATCAA-TCAGACA-CCAAA--------T----TTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--ATAGTGG--AAGGTTTA-ATCT--------A----ATTGGACTATAG-----------GTAC--AA--------------AATAGCAAAGA------TACAGTG--AATTTCTA-AATGT---CAATC-----AGAGGATTT-----AAT-TTTC-------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCAATCATCGTCAGAATCAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TA-----GCA--TTATCACTA------TC-A-TA---TTCAACAACAACC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA--------TGGTATGCACAAAACTCAATGCA-TTAAGGT-GATTCAGCA-TAGAGT-GAAAC-TTAAAAAGATTATCAGCTGCCACa
gi|3 : gtttgatacattgttacttcgcAT--------TCA--------------TACAATTCCATAAC-G-----TAT-ATGTTCA--CAA----A------AATTAGCAAAA-CAAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TT-GT-GTGATTTG-ATGCA-A-AGTCAATT-ATAAG-TCAGACA-CCAAA--------T----TTATAGCGACAATA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--TTAGTGG--AAGACTTA-ATCT--------A----ATTGGACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAAA------TACAGTG--AAC------AATAA---AAGCT-----A----ATTT--CTAAAT-GT---------------------AA---------------------ATCAGAGGAACTAATTTTCAAATAAATTCCATCATCGTCAGAGTGAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TT-----TCA--TTATCACTA------TC-A-GA---
gi|6 : agtatgcagtgatctttaacttcatcgaacatctgccctgcactttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatAT--------TAT--------------T-CAATGCCTTAAA-ACAACTTATCATGTGCATTCGT----A------AATTAGTAAAA-CGGG-G--ACGGACGAATGTATGAAAAATAA---TT-GTAGTGACTTGCATGCA-A-ACTCAAAT-ATCAGTTCAAAAA-CCTATCTCCCAAAT----TTATAAC-GCA-TA-----TCTCTTTTACGTG--TA-CCTACTTTAAGAATGA--CGCAT--GTAGTGACCACAGCTT--ACCT--------TTAGAATTGGACTATAAG----------GTACTAAA--------------AATAGCAGA
gi|19 : tatgcaggtgatcgtgtaaaactaacatcgtacattgccctgccactttacactttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttATGACATAAAGA-----TAT-ATGTGCA--CGGAAAATACTCCAAATTAGTAGAG-CGAC-G--AC-----AATG-ATGAATA-T-A---TTTGT-G
gi|4 : TGTCATAA----------T-ATATGGA--CGA----A------CATTAGTAGAA-CGAA-GTTAC-----A-TG-GAGTAAA-TAA-------------CTTA---GCA-----TCTAGTTGCCTG-TCAGACA-C---------------------------AT-A-----TCTT-TTCA-ATGAATAACTCA-------AA-GAGCC-CATTTGT-GTAA--AAGTGTTA-ATCTAATATGACT----ATAAGTCTATAAAATTAGCAGCAGTAC--AAGTGAAGACAATAAAAATAGCAGAGAAAATAATACAGTG--A-C------AG------GAGAT-----T----ATTAGACTACATTAC---------------------AA---------------------GTC---------------------AATATCATCATCATCAGAG--------TT--------AC-----AAAGATACTA-----TCATCTTATCACTATTT---TC-A-GAGGCTTCAACA--AGCCTCTACTAG-ATGTTACT-ACCGTCTACATGT-ATGATCGT---------------TGCAGTAAAGGA-GTTCAGGCAGAC--GTGGACACTTTAAAAA-ATTGTCGGCTG
gi|5 : -----TAT-ATGTGCA--CGG----A------AAGTAGTAAAA-CGTA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TGA---TTTGT-GTTAC-TG-ATGCACATACTCAAAT-
gi|8 : gTGAA-A-AGTCAAAT-ATCAG-TCAGACAACAAA---------T----TTATAACAACATTAATTTATCTC-TTTACATGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAATGA--AAGGCTTC-ATCT--------A----ATTAGACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGGGA------TACAGTG--AAC------AAAAA---AAGTT-----A----ATTT--CTGAAT-GT---------------------AAAACAGAGGAACTAATTTCCAGGTC---------------------AATTCAATTATCGTCAGAG--------TC---------------AAAGAT--TC-----TCA--GTAAtaccatgtagtgaaaggcttatatcttattggactataagtacaaaatagcagagatacagttaacaataaaagttaatttttaaatgtaaatcagcggaattaatttctaagtcaattccatcatcgtcagattcaaacattcttggtaaagattatcattatcactatcagattcaacaacagctactagaatgttcagaccgtctacatggtagtatgcacaaaactcaatgcagttaaggtgtttaagcagacggtgacacttaaaaaagtatcggatggcacag
gi|17 : -AATCAAAT-ATCAG-TCAGACA-T------------TAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGG--AAGGCTTA-TTCT--------A----ATTaga
gi|5 : cttaaccaatcA-TA-CTCA-------AATTA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTATATCT--------T----ATTGGACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTT--AAC------AATAA---AAGTT-----A----ATTT--TTAAAT-GT---------------------AAATCAGCGGAATTAATTTCTAAGTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAT--------TCAAACATTCTT--GGTAAAGAT--TA-----TCA--TTATCACTA------TC-A-GA---TTCAACAACAGCT---ACTAGAATGTT-CAGACCGTCTAC-----ATGGTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGT-GTTTAAGCA-GACGGT-GACAC-TTAAAAA-AGTATCGGATGGCAC
gi|12 : gtatatgtgcacggaaagtagtaaaacgtagacaatgatgaaaatgatttgtgttactgatgcacTGGATTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGACA------TACAGTG--AAC------AATAA---AAATT-----A----ATTT--CT-AAT-GTAAAGCAGAGGAACTAATTTCCAA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAGTCAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TA-----TCG--TTATCATTA------TCAA-AA---CTCAAag
gi|14 : taaaGGAATATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGATA------TGCAGTG--AACTTTCTAAATGT---AAATCAGATGA----ATT------AAC-GTCA-------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------T
gi|16 : AA-----------GTGC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTGCCAAT------AA-ATAAAAAGTT-----A----ATTT--CTAAAT-GTAAATCAGAGAAATTAACTACCAA---------------------GTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAG--------TC--------aggctttatcagattatagataat
gi|9 : T---GAACT-----A----ATTT--CCAA-------------------------------------------------GTC---------------------AATTTCATCATTGTCAGAA--------TCAATAATTCTC--AGTAAAGAT--TAAAATTTTA--TCAATGTCAAT----TC-AAGA---GTCAACAACAGCA---ACTACAATGT---------TCTACA--------TGGTACGCATAAAACTCGATGCAGTAAAGATGGTTTTAGCA-GACAAT-GACAC-TTAAAAA-a
gi|15 : ---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAG--------TCAATGAT--TCGCAGTAGAGAT--TA-----TCA--TCATCACTACATGTATC-A-GA---TTCAACAAAATCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACATttgtggacgttcacagt
gi|13 : C---------------------AATTCCATCATCATCAGAG--------TC---------------AAAGAT--TA-----TGA--TTATCACTA------TC-A-GA---TTCAACAACAGCC---TCTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA--------TGGTATGTACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GGTTCg
gi|18 : C--------TC---GTAAAGAT--TA-----TTAATCTAAT-CTACG----TC-A-GA---GTCAACAACAGTC---A-TAGAATGTT-CGGACCGTCTCCGTGTGATG-------GCACGAAACGC-GTGCAGT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTTTGTCTTTAAATAATGTACATA
Unaligned ( gi|21 ): CGTCATAGTTCTAGGCTTTTTCAGATTATAGATAATTGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 1 1111111 11 11111 1111111 11 44444444444444 11111 1111111111 11111 4444444444444 11111 1111111 11111 1111111 22222222222 22222222222222 111111 333333333333333333 11111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555555555555 111111 111111 4444444
lowQualScore : 2 33 0 5 8888888 55 11111 77 5555555 33 77777777777777 11111 666 4 55 7777777777 4 4 55 00000 4 4 777 5 5555 77 5 5 5 5555555555555 66 33 22222 5 4 4 4444444 66 4 66 66 4 11111 4 4444444 33333333333 55 33333333333333 222222 66 000000000000000000 8 1 66 00000 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333333333333 55 55 55 4 777777 777 4 111111 777 888 5 2 8888888 0 1 7 6 1 8 8 0 1
lowQualScore : . .. . . ....... .. ..... .. ....... .. .............. ..... ... . .. .......... . . .. ..... . . ... . .... .. . . . ............. .. .. ..... . . . ....... .. . .. .. . ..... . ....... ........... .. .............. ...... .. .................. . . .. ..... .................................................................................................... ....................... .. .. .. . ...... ... . ...... ... ... . . ....... . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 00 6 7 6666666 77 44444 99 0000000 88 00000000000000 11111 777 0 55 5555555555 0 0 55 00000 0 0 000 0 5555 44 0 0 0 4444444444444 55 55 55555 0 4 4 4444444 11 4 11 11 4 66666 4 4444444 00000000000 55 55555555555555 888888 11 111111111111111111 9 0 11 00000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111111111111111 00 00 00 0 000000 000 0 555555 000 888 0 5 4444444 1 7 8 7 0 0 0 8 0
consensus : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--CTGCANC-----TT--TACA--------------ATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACACC---------AAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA-----------C------AAT-AAAAG--TT-----AATTT---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
Reference ( family-985 ) : CCATCCGTTCAT-AATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--CTGCATC-----TT--TACA--------------ATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACACC---------AA-TTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----NAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA-----------C------AAT-ANAAG--TT-----AATTT---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACATAT---GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
gi|1 : CCATCTGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TGAC--CA-C---ATACATTTGCC--CTGCATT-----TT--TACA--------------ATGCC-----ATAAAA-TAT-ATGTGCA--CGGTAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-AGTCAAATATCAG-TCAGATAC-------------TTTATAACAACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----TAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA-----------C------AAT-ATGAG--TT-----AATTT---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--AACA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACATATATGGTAGTATGCACAAAACCCAATGCAGTTAAGGT-GTTTCAGCAACCAGTGACAC-TTAAAAA-ACGATTGGCTGTCAC
gi|10 : CCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-C---ATAAATTTGCC--CTGCACC-----TT--TACATCCATATTCATACAATGCC-----ATAACT-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---T
gi|11 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacCCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-C---ATAAATTTGCC--CTGCACC-----TT--TACATCCATATTCATACAATGCC-----ATAACT-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---Tacgt
gi|12 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccac-TG-------GATTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGACA------TACAGTG--AA-----------C------AAT-AAAAA--TT-----AATTT---CT-------AAT-----G----------TAAAGCAGAGGAACTAATTTCCAA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAGTCAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TATCGT--T--ATCA-TTA------T---CAA------AA---CTCAAacgt
gi|13 : taaaC---------------------AATTCCATCATCATCAGAG--------TC---------------AAAGAT--TATGAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---TCTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA-------TGGTATGTACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GGTT
gi|14 : G-------GAATATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGATA------TGCAGTG--AA-----------CTTTCTAAAT-GTAAA--TCAGATGAATT-------------AAC-----G----------TCA-------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------Tc
gi|15 : ---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAG--------TCAATGAT--TCGCAGTAGAGAT--TATCAT--C--ATCA-CTACATGTAT---C-A------GA---TTCAACAAAATCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACATaggctttatcagattatagataat
gi|16 : AA-----------GTGC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTGCCAA-----------TA-----AATAAAAAG--TT-----AATTT---CT------AAAT-----G----------T---------------------AAATCAGAGAAATTAACTACCAAGTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAG--------TC--------g
gi|17 : TCAAATATCAG-TCAGACATT---------AAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGG--AAGGCTTA-TTCT----AAT-Ta
gi|18 : cttaaccaatcaaC--------TC---GTAAAGAT--TATTAA--T--CTAATCTACG----T---C-A------GA---GTCAACAACAGTC---A-TAGAATGTT-CGGACCGTCTCC--GT---GTGATG-GCACGAAACGCG-TGCAGT
gi|19 : tg--------------ATGAC-----ATAAAGATAT-ATGTGCA--CGGAAAATACTCCAAATTAGTAGAG-CGAC-G--AC-----AATG-ATGAATA-T-A---TTT-GT-G
gi|2 : ACA--------------ATGTC-----ATAACG-TAT---GTGCA--CGGACA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-G--ACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAA-TCAGACACC---------AAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--ATAGTGG--AAGGTTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAG-----------GTAC--AA--------------AATAGCAAAGA------TACAGTG--AATTTCTAAATGTC------AATCAGAGGATTT-----AATTT---T---------------------------C---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCAATCATCGTCAGAATCAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TAGCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------TA---TTCAACAACAACC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA-------TGGTATGCACAAAACTCAATGCATT-AAGGT-GATTCAGCATAGAGTGAAAC-TTAAAAAGATTATCAGCTGCCAC
gi|22 : gtttgatacattgttacttcgccattttgtattcaaATCCGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGA
gi|3 : TATGCAG-TGATCTT-------TAACTTCATC---GAACATCTGCC--CTGCA-C-----TT--TACA--------------
gi|3 : agCATA-----TTCATACA--------------ATTCC-----ATAACG-TAT-ATGTTCA--CAAAAA----------TTAGCAAAA-CAAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA----TT-GT-GTGATTTG-ATGCA-A-AGTCAATTATAAG-TCAGACACCA--------AA-TTTATAGCGACAATA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--TTAGTGG--AAGACTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAAA------TACAGTG--AA-----------C------AAT-AAAAG--CT-----AATTT---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------ATCAGAGGAACTAATTTTCAAATAAATTCCATCATCGTCAGAGTGAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TTTCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---ctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaattccataacgtatatgttcacaaaaattagcaaaacaaagacaatgatgaaaataattgtgtgatttgatgcaaagtcaattataagtcagacaccaaatttatagcgacaatatctctttacgtgatactcaaatgatcatttagtggaagacttaatctaattggactataagtacaaaatagcagaaatacagtgaacaataaaagctaatttctaaatgtaaatcagaggaactaattttcaaataaattccatcatcgtcagagtgaaagattctcagtaaagattttcattatcactatcaga
gi|4 : agtatgcagtgatctttaacttcatcgaacatctgccctgcactttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTGTC-----ATAA-----T-ATATGGA--CGAACA----------TTAGTAGAA-CGAA-GTTAC-----A-TG-GAGTAAA-TAA---CTTAGC-AT--CTAG-TTGC-----CT---------G-TCAGACAC------------------------AT-A-----TCTT-TTCA-ATGAATAACTCA-------AA-GAGCC-CATTTGT-GTAA--AAGTGTTA-ATCT----AATATGACTATAAGTCTATAAAATTAGCAGCAGTAC--AAGTGAAGACAATAAAAATAGCAGAGAAAATAATACAGTG--A------------C------AGG-AGA----TT-----A--TTAGACT------ACATT----A----------C---------------------AA---------------------GTC---------------------AATATCATCATCATCAGAG--------TT--------AC--A---AAGATACTATCATCTT--ATCA-CTA------TTTTC-A------GAGGCTTCAACAA--GCCTCTACTAGA-TGTTACT-ACCGTCTACAT--------GTATG------A-TCGTTGCAGTAAAGGA-GTTCAGGCAGACGTGGACACTTTAAAAA-ATTGTCGGCTG
gi|5 : G-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------GTAGTAAAA-CGTA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TGA---TTT-GT-GTTAC-TG-ATGCACATACTCAAAT
gi|5 : A-TA-CTCA-------AATTA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTATATCT----TAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTT--AA-----------C------AAT-AAAAG--TT-----AATTT---TTAAATGTAAATCAGCGGAATTAATTTCT---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAT--------TCAAACATTCTT--GGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCT---ACTAGAATGTT-CAGACCGTCTACATG----GTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGT-GTTTAAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-AGTATCGGATGGCACtaccatgtagtgaaaggcttatatcttattggactataagtacaaaatagcagagatacagttaacaataaaagttaatttttaaatgtaaatcagcggaattaatttctaagtcaattccatcatcgtcagattcaaacattcttggtaaagattatcattatcactatcagattcaacaacagctactagaatgttcagaccgtctacatggtagtatgcacaaaactcaatgcagttaaggtgtttaagcagacggtgacacttaaaaaagtatcggatggcacag
gi|6 : gtatatgtgcacggaaagtagtaaaacgtagacaatgatgaaaatgatttgtgttactgatgcacTATGCAGGTGATCGTGTAAAACTAAC--AT-C---GTACATT-GCC--CTGCCAC-----TT--TACA--------------ag
gi|6 : CA--------------ATGCCTTAAAACAACT-TATCATGTGCATTCGTAAA----------TTAGTAAAA-CGGG-G--ACGGACGAATGTATGAAAAATAA---TT--GTAGTGACTTGCATGCA-A-ACTCAAATATCAGTTCAAAAACCTATCTCCCAAA-TTTATAACG-CA-TA-----TCTCTTTTACGTG--TA-CCTACTTTAAGAATGA--CGCAT--GTAGTGACCACAGCTT--ACCTTTAGAAT-TG-------GACTATAAG----------GTACTAAA--------------AATAGCAGActttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttattattcaatgccttaaaacaacttatcatgtgcattcgtaaattagtaaaacggggacggacgaatgtatgaaaaataattgtagtgacttgcatgcaaactcaaatatcagttcaaaaacctatctcccaaatttataacgcatatctcttttacgtgtacctactttaagaatgacgcatgtagtgaccacagcttacctttagaattggactataaggtactaaaaatagcaga
gi|7 : tatgcaggtgatcgtgtaaaactaacatcgtacattgccctgccactttacactttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttattattTTTATAGCAT-ATACAG-TGATCGT-------TAACTTCATC---GTACATTTGCC--CTCCGAC-----TT--TAC
gi|7 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTCGT-------TTAA--CA-CATTGTAC-TTTGCCATTTATATCCATAATTCATACA--------------TTGCC-----ACAACG-CAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAATTGAAGG--AC-----AATG-ATGAAAA-TAATTTTTT-GT--TGACTTG--TGCA-A-ACTCAAATAAAAG-TCAAATACG---------GG-TTTATAAC------------------------GA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAAACTTA-ACCtttcgtttaacacattgtactttgccatttatatccataattcatacattgccacaacgcatatgtgcacggaaattagtaaaattgaaggacaatgatgaaaataattttttgttgacttgtgcaaactcaaataaaagtcaaatacgggtttataacgatactcaaatgaccatgtagtgaaaaacttaacca
gi|8 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttatagcatatacagtgatcgttaacttcatcgtacatttgccctccgactttacttTGAA-A-AGTCAAATATCAG-TCAGACAAC---------AAATTTATAACAACATTAATTTATCTC-TTTACATGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAATGA--AAGGCTTC-ATCT----AAT-TA-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGGGA------TACAGTG--AA-----------C------AAA-AAAAG--TT-----AATTT---CT------GAAT-----G----------T---------------------AAAACAGAGGAACTAATTTCCAGGTC---------------------AATTCAATTATCGTCAGAG--------TC---------------AAAGAT--TCTCAG--T--Aa
gi|9 : T-----AATTT---CC------AA---------------------------------------------------------------GTC---------------------AATTTCATCATTGTCAGAA--------TCAATAATTCTC--AGTAAAGAT--TAAAAT--TTTATCA-ATG------T---C-AATTCAAGA---GTCAACAACAGCA---ACTACAATGTT-CT--------ACAT-------GGTACGCATAAAACTCGATGCAGTAAAGATGGTTTTAGCAGACAATGACAC-TTAAAAA-aaga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTTTGTCTTTAAATAATGTACATA
Unaligned ( gi|21 ): CGTCATAGTTCTAGGCTTTTTCAGATTATAGATAATTGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 1111111 11 11111 11111 66666666666666 11111 1111111111 11111 2222222222 11111 1111111 1111111 22222222222 22222222222222 111111 111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555555555555 111111 111111 222222
lowQualScore : 66 0 5 8888888 55 11111 77 6 44444 55555555555555 11111 666 4 55 7777777777 4 4 55 00000 4 4 777 88 5555 77 5 5 5 4444444444 66 33 22222 5 4 4 4444444 66 4 66 66 4 9999 4 4444444 33333333333 55 33333333333333 222222 66 777 666666666666 66 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333 55 55 55 4 777777 777 4 111111 777 888 5 2 000000 5 0 1 7 6 1 8 8 0 1
lowQualScore : .. . . ....... .. ..... .. . ..... .............. ..... ... . .. .......... . . .. ..... . . ... .. .... .. . . . .......... .. .. ..... . . . ....... .. . .. .. . .... . ....... ........... .. .............. ...... .. ... ............ .. . ........................................................................................................... ....................... .. .. .. . ...... ... . ...... ... ... . . ...... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 55 6 7 6666666 77 44444 99 6 33333 66666666666666 11111 777 0 55 5555555555 0 0 55 00000 0 0 000 22 5555 44 0 0 0 0000000000 55 55 55555 0 4 4 4444444 11 4 11 11 4 4444 4 4444444 00000000000 55 55555555555555 888888 11 888 111111111111 11 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111 00 00 00 0 000000 000 0 555555 000 888 0 5 888888 3 1 7 8 7 0 0 0 8 0
consensus : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--CTGCANC-----TT-A------------TACAATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
Reference ( family-985 ) : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--CTGCANC-----TT--------------TACAATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
gi|1 : CCATCTGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TGAC--CA-C---ATACATTTGCC--CTGCATT-----TT--------------TACAATGCC-----ATAAAA-TAT-ATGTGCA--CGGTAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-AGTCAAATATCAG-TCAGATA--------C----TTTATAACAACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----TAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-ATG--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--AACA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACATATATGGTAGTATGCACAAAACCCAATGCAGTTAAGGT-GTTTCAGCAACCAGTGACAC-TTAAAAA-ACGATTGGCTGTCAC
gi|10 : CCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-C---ATAAATTTGCC--CTGCACC-----TTTACATCCATATTCATACAATGCC-----ATAACT-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---T
gi|11 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacCCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-C---ATAAATTTGCC--CTGCACC-----TTTACATCCATATTCATACAATGCC-----ATAACT-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---Tacgt
gi|12 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacT----AAA-TG-------GATTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGACA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AA-TTAATT------T---CT-------AAT-----G----------TAAAGCAGAGGAACTAATTTCCAA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAGTCAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TATCGT--T--ATCA-TTA------T---CAA------AA---CTCAAacgt
gi|13 : C---------------------AATTCCATCATCATCAGAG--------TC---------------AAAGAT--TATGAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---TCTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA-------TGGTATGTACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GGTT
gi|14 : G-------GAATATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGATA------TGCAGTG--AA---CTTTCTAAATGT-AAATCAGATGAATT-------------------AAC-----G----------TCA-------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------Tc
gi|15 : ---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAG--------TCAATGAT--TCGCAGTAGAGAT--TATCAT--C--ATCA-CTACATGTAT---C-A------GA---TTCAACAAAATCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----Gaggctttatcagattatagataat
gi|16 : AA-----------GTGC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTGCCAA---TA----AA---TAAAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AAATCAGAGAAATTAACTACCAAGTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAG--------TC--------
gi|17 : TCAAATATCAG-TCAGACA--------TTAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGG--AAGGCTTA-TTCT----AAT-Ta
gi|18 : cttaaccaatcaaC--------TC---GTAAAGAT--TATTAA--T--CTAATCTACG----T---C-A------GA---GTCAACAACAGTC---A-TAGAATGTT-CGGACCGTCTCCGT-----GTGATG-GCACGAAACGCG-TGCAGT
gi|19 : tgATGAC-----ATAAAGATAT-ATGTGCA--CGGAAAATACTCCAAATTAGTAGAG-CGAC-G--AC-----AATG-ATGAATA-T-A---TTT-GT-G
gi|2 : ACAATGTC-----ATAACG-TAT---GTGCA--CGGACA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-G--ACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAA-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--ATAGTGG--AAGGTTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAG-----------GTAC--AA--------------AATAGCAAAGA------TACAGTG--AATTTC----------T-AAA--TG-TCAATCAGAGGAT---TT------AATT-----T----------TC--------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCAATCATCGTCAGAATCAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TAGCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------TA---TTCAACAACAACC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA-------TGGTATGCACAAAACTCAATGCATT-AAGGT-GATTCAGCATAGAGTGAAAC-TTAAAAAGATTATCAGCTGCCAC
gi|22 : gtttgatacattgttacttcgccattttgtattcaaATCCGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGA
gi|3 : TATGCAG-TGATCTT-------TAACTTCATC---GAACATCTGCC--CTGCA-C-----TT--------------TACA
gi|3 : ag--------------TACAATTCC-----ATAACG-TAT-ATGTTCA--CAAAAA----------TTAGCAAAA-CAAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TT--GT-GTGATTTG-ATGCA-A-AGTCAATTATAAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAGCGACAATA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--TTAGTGG--AAGACTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAAA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-CTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------ATCAGAGGAACTAATTTTCAAATAAATTCCATCATCGTCAGAGTGAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TTTCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---ctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaattccataacgtatatgttcacaaaaattagcaaaacaaagacaatgatgaaaataattgtgtgatttgatgcaaagtcaattataagtcagacaccaaatttatagcgacaatatctctttacgtgatactcaaatgatcatttagtggaagacttaatctaattggactataagtacaaaatagcagaaatacagtgaacaataaaagctaatttctaaatgtaaatcagaggaactaattttcaaataaattccatcatcgtcagagtgaaagattctcagtaaagattttcattatcactatcaga
gi|4 : agtatgcagtgatctttaacttcatcgaacatctgccctgcactttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcaTGTC-----ATAA-----T-ATATGGA--CGAACA----------TTAGTAGAA-CGAA-GTTAC-----A-TG-GAGTAAA-TAA---CTTAGC-AT--CTAG-TTGC-----CT---------G-TCAGACA--------C---------------AT-A-----TCTT-TTCA-ATGAATAACTCA-------AA-GAGCC-CATTTGT-GTAA--AAGTGTTA-ATCT----AATATGACTATAAGTCTATAAAATTAGCAGCAGTAC--AAGTGAAGACAATAAAAATAGCAGAGAAAATAATACAGTG--A----C-----AG---G-AGA-----TTA--T------TAGACT------ACATT----A----------C---------------------AA---------------------GTC---------------------AATATCATCATCATCAGAG--------TT--------AC--A---AAGATACTATCATCTT--ATCA-CTA------TTTTC-A------GAGGCTTCAACAA--GCCTCTACTAGA-TGTTACT-ACCGTCTACAT-----GT---ATG------A-TCGTTGCAGTAAAGGA-GTTCAGGCAGACGTGGACACTTTAAAAA-ATTGTCGGCTG
gi|5 : G-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------GTAGTAAAA-CGTA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TGA---TTT-GT-GTTAC-TG-ATGCACATACTCAAAT
gi|5 : A-TA-CTCA-------AATTA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTATATCT----TAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTT--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---TTAAATGTAAATCAGCGGAATTAATTTCT---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAT--------TCAAACATTCTT--GGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCT---ACTAGAATGTT-CAGACCGTCTACATG----GTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGT-GTTTAAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-AGTATCGGATGGCACtaccatgtagtgaaaggcttatatcttattggactataagtacaaaatagcagagatacagttaacaataaaagttaatttttaaatgtaaatcagcggaattaatttctaagtcaattccatcatcgtcagattcaaacattcttggtaaagattatcattatcactatcagattcaacaacagctactagaatgttcagaccgtctacatggtagtatgcacaaaactcaatgcagttaaggtgtttaagcagacggtgacacttaaaaaagtatcggatggcacag
gi|6 : gtatatgtgcacggaaagtagtaaaacgtagacaatgatgaaaatgatttgtgttactgatgcacTATGCAGGTGATCGTGTAAAACTAAC--AT-C---GTACATT-GCC--CTGCCAC-----TT--------------TACAag
gi|6 : CAATGCCTTAAAACAACT-TATCATGTGCATTCGTAAA----------TTAGTAAAA-CGGG-G--ACGGACGAATGTATGAAAAATAA---TT--GTAGTGACTTGCATGCA-A-ACTCAAATATCAGTTCAAAAACCTATCTCCCAAATTTATAACG-CA-TA-----TCTCTTTTACGTG--TA-CCTACTTTAAGAATGA--CGCAT--GTAGTGACCACAGCTT--ACCTTTAGAAT-TG-------GACTATAAG----------GTACTAAA--------------AATAGCAGActttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttattattcaatgccttaaaacaacttatcatgtgcattcgtaaattagtaaaacggggacggacgaatgtatgaaaaataattgtagtgacttgcatgcaaactcaaatatcagttcaaaaacctatctcccaaatttataacgcatatctcttttacgtgtacctactttaagaatgacgcatgtagtgaccacagcttacctttagaattggactataaggtactaaaaatagcaga
gi|7 : tatgcaggtgatcgtgtaaaactaacatcgtacattgccctgccactttacactttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttattattTTTATAGCAT-ATACAG-TGATCGT-------TAACTTCATC---GTACATTTGCC--CTCCGAC-----TT--------------TAC
gi|7 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTCGT-------TTAA--CA-CATTGTAC-TTTGCCATTTATATCCATAATTCA------------TACATTGCC-----ACAACG-CAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAATTGAAGG--AC-----AATG-ATGAAAA-TAATTTTTT-GT--TGACTTG--TGCA-A-ACTCAAATAAAAG-TCAAATA---------CGGGTTTATAAC------------------------GA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAAACTTA-ACCtttcgtttaacacattgtactttgccatttatatccataattcatacattgccacaacgcatatgtgcacggaaattagtaaaattgaaggacaatgatgaaaataattttttgttgacttgtgcaaactcaaataaaagtcaaatacgggtttataacgatactcaaatgaccatgtagtgaaaaacttaacca
gi|8 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttatagcatatacagtgatcgttaacttcatcgtacatttgccctccgactttacttTGAA-A-AGTCAAATATCAG-TCAGACA--------ACAAATTTATAACAACATTAATTTATCTC-TTTACATGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAATGA--AAGGCTTC-ATCT----AAT-TA-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGGGA------TACAGTG--AA---C-----AA---A-AAA--AG-TTAATT------T---CT------GAAT-----G----------T---------------------AAAACAGAGGAACTAATTTCCAGGTC---------------------AATTCAATTATCGTCAGAG--------TC---------------AAAGAT--TCTCAG--T--Aa
gi|9 : TAATT------T---CC------AA---------------------------------------------------------------GTC---------------------AATTTCATCATTGTCAGAA--------TCAATAATTCTC--AGTAAAGAT--TAAAAT--TTTATCA-ATG------T---C-AATTCAAGA---GTCAACAACAGCA---ACTACAATGTT-CT--------ACAT-----G--GTACGCATAAAACTCGATGCAGTAAAGATGGTTTTAGCAGACAATGACAC-TTAAAAA-aaga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTTTGTCTTTAAATAATGTACATA
Unaligned ( gi|21 ): CGTCATAGTTCTAGGCTTTTTCAGATTATAGATAATTGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 1111111 11 11111 22222222 55555555555555 11111 1111111111 11111 2222222222 11111 1111111 1111111 22222222222 22222222222222 111111 111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555555555555 111111 111111 222222
lowQualScore : 66 0 5 8888888 55 11111 00000000 1 66666666666666 11111 666 4 55 7777777777 4 4 55 00000 4 4 777 88 5555 77 5 5 5 4444444444 66 33 22222 5 4 4 4444444 66 4 66 66 4 9999 4 4444444 33333333333 55 33333333333333 222222 66 777 666666666666 66 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333 55 55 55 4 777777 777 4 111111 777 888 5 2 000000 5 0 1 7 6 1 8 8 0 1
lowQualScore : .. . . ....... .. ..... ........ . .............. ..... ... . .. .......... . . .. ..... . . ... .. .... .. . . . .......... .. .. ..... . . . ....... .. . .. .. . .... . ....... ........... .. .............. ...... .. ... ............ .. . ........................................................................................................... ....................... .. .. .. . ...... ... . ...... ... ... . . ...... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 55 6 7 6666666 77 44444 77777777 0 22222222222222 11111 777 0 55 5555555555 0 0 55 00000 0 0 000 22 5555 44 0 0 0 0000000000 55 55 55555 0 4 4 4444444 11 4 11 11 4 4444 4 4444444 00000000000 55 55555555555555 888888 11 888 111111111111 11 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111 00 00 00 0 000000 000 0 555555 000 888 0 5 888888 3 1 7 8 7 0 0 0 8 0
consensus : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--------CTGCANCTT-------------ATACAATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
Reference ( family-985 ) : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--------CTGCANCTT-------------ATACAATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
gi|1 : CCATCTGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TGAC--CA-C---ATACATTTGCC--------CTGCATTTT--------------TACAATGCC-----ATAAAA-TAT-ATGTGCA--CGGTAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-AGTCAAATATCAG-TCAGATA--------C----TTTATAACAACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----TAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-ATG--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--AACA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACATATATGGTAGTATGCACAAAACCCAATGCAGTTAAGGT-GTTTCAGCAACCAGTGACAC-TTAAAAA-ACGATTGGCTGTCAC
gi|10 : CCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-C---ATAAATTTGCC--------CTGCACCTTTACATCCATATTCATACAATGCC-----ATAACT-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---T
gi|11 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacCCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-C---ATAAATTTGCC--------CTGCACCTTTACATCCATATTCATACAATGCC-----ATAACT-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---Tacgt
gi|12 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacT----AAA-TG-------GATTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGACA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AA-TTAATT------T---CT-------AAT-----G----------TAAAGCAGAGGAACTAATTTCCAA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAGTCAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TATCGT--T--ATCA-TTA------T---CAA------AA---CTCAAacgt
gi|13 : C---------------------AATTCCATCATCATCAGAG--------TC---------------AAAGAT--TATGAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---TCTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA-------TGGTATGTACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GGTT
gi|14 : G-------GAATATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGATA------TGCAGTG--AA---CTTTCTAAATGT-AAATCAGATGAATT-------------------AAC-----G----------TCA-------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------Tc
gi|15 : ---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAG--------TCAATGAT--TCGCAGTAGAGAT--TATCAT--C--ATCA-CTACATGTAT---C-A------GA---TTCAACAAAATCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----Gaggctttatcagattatagataat
gi|16 : AA-----------GTGC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTGCCAA---TA----AA---TAAAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AAATCAGAGAAATTAACTACCAAGTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAG--------TC--------
gi|17 : TCAAATATCAG-TCAGACA--------TTAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGG--AAGGCTTA-TTCT----AAT-Ta
gi|18 : cttaaccaatcaaC--------TC---GTAAAGAT--TATTAA--T--CTAATCTACG----T---C-A------GA---GTCAACAACAGTC---A-TAGAATGTT-CGGACCGTCTCCGT-----GTGATG-GCACGAAACGCG-TGCAGT
gi|19 : tgATGAC-----ATAAAGATAT-ATGTGCA--CGGAAAATACTCCAAATTAGTAGAG-CGAC-G--AC-----AATG-ATGAATA-T-A---TTT-GT-G
gi|2 : ACAATGTC-----ATAACG-TAT---GTGCA--CGGACA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-G--ACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAA-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--ATAGTGG--AAGGTTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAG-----------GTAC--AA--------------AATAGCAAAGA------TACAGTG--AATTTC----------T-AAA--TG-TCAATCAGAGGAT---TT------AATT-----T----------TC--------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCAATCATCGTCAGAATCAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TAGCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------TA---TTCAACAACAACC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA-------TGGTATGCACAAAACTCAATGCATT-AAGGT-GATTCAGCATAGAGTGAAAC-TTAAAAAGATTATCAGCTGCCAC
gi|22 : gtttgatacattgttacttcgccattttgtattcaaATCCGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGA
gi|3 : TATGCAG-TGATCTT-------TAACTTCATC---GAACATCTGCC--------CTGCACTTT-------------ACAC
gi|3 : agTC-------------ATACAATTCC-----ATAACG-TAT-ATGTTCA--CAAAAA----------TTAGCAAAA-CAAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TT--GT-GTGATTTG-ATGCA-A-AGTCAATTATAAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAGCGACAATA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--TTAGTGG--AAGACTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAAA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-CTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------ATCAGAGGAACTAATTTTCAAATAAATTCCATCATCGTCAGAGTGAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TTTCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaattccataacgtatatgttcacaaaaattagcaaaacaaagacaatgatgaaaataattgtgtgatttgatgcaaagtcaattataagtcagacaccaaatttatagcgacaatatctctttacgtgatactcaaatgatcatttagtggaagacttaatctaattggactataagtacaaaatagcagaaatacagtgaacaataaaagctaatttctaaatgtaaatcagaggaactaattttcaaataaattccatcatcgtcagagtgaaagattctcagtaaagattttcattatcactatcaga
gi|4 : agtatgcagtgatctttaacttcatcgaacatctgccctgcactttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatatTGTC-----ATAA-----T-ATATGGA--CGAACA----------TTAGTAGAA-CGAA-GTTAC-----A-TG-GAGTAAA-TAA---CTTAGC-AT--CTAG-TTGC-----CT---------G-TCAGACA--------C---------------AT-A-----TCTT-TTCA-ATGAATAACTCA-------AA-GAGCC-CATTTGT-GTAA--AAGTGTTA-ATCT----AATATGACTATAAGTCTATAAAATTAGCAGCAGTAC--AAGTGAAGACAATAAAAATAGCAGAGAAAATAATACAGTG--A----C-----AG---G-AGA-----TTA--T------TAGACT------ACATT----A----------C---------------------AA---------------------GTC---------------------AATATCATCATCATCAGAG--------TT--------AC--A---AAGATACTATCATCTT--ATCA-CTA------TTTTC-A------GAGGCTTCAACAA--GCCTCTACTAGA-TGTTACT-ACCGTCTACAT-----GT---ATG------A-TCGTTGCAGTAAAGGA-GTTCAGGCAGACGTGGACACTTTAAAAA-ATTGTCGGCTG
gi|5 : G-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------GTAGTAAAA-CGTA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TGA---TTT-GT-GTTAC-TG-ATGCACATACTCAAAT
gi|5 : A-TA-CTCA-------AATTA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTATATCT----TAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTT--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---TTAAATGTAAATCAGCGGAATTAATTTCT---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAT--------TCAAACATTCTT--GGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCT---ACTAGAATGTT-CAGACCGTCTACATG----GTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGT-GTTTAAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-AGTATCGGATGGCACtaccatgtagtgaaaggcttatatcttattggactataagtacaaaatagcagagatacagttaacaataaaagttaatttttaaatgtaaatcagcggaattaatttctaagtcaattccatcatcgtcagattcaaacattcttggtaaagattatcattatcactatcagattcaacaacagctactagaatgttcagaccgtctacatggtagtatgcacaaaactcaatgcagttaaggtgtttaagcagacggtgacacttaaaaaagtatcggatggcacag
gi|6 : gtatatgtgcacggaaagtagtaaaacgtagacaatgatgaaaatgatttgtgttactgatgcacTATGCAGGTGATCGTGTAAAACTAAC--AT-C---GTACATT-GCC--------CTGCCACTT--------------TACAag
gi|6 : TT-------------ATTCAATGCCTTAAAACAACT-TATCATGTGCATTCGTAAA----------TTAGTAAAA-CGGG-G--ACGGACGAATGTATGAAAAATAA---TT--GTAGTGACTTGCATGCA-A-ACTCAAATATCAGTTCAAAAACCTATCTCCCAAATTTATAACG-CA-TA-----TCTCTTTTACGTG--TA-CCTACTTTAAGAATGA--CGCAT--GTAGTGACCACAGCTT--ACCTTTAGAAT-TG-------GACTATAAG----------GTACTAAA--------------AATAGCAGActttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttattattcaatgccttaaaacaacttatcatgtgcattcgtaaattagtaaaacggggacggacgaatgtatgaaaaataattgtagtgacttgcatgcaaactcaaatatcagttcaaaaacctatctcccaaatttataacgcatatctcttttacgtgtacctactttaagaatgacgcatgtagtgaccacagcttacctttagaattggactataaggtactaaaaatagcaga
gi|7 : tatgcaggtgatcgtgtaaaactaacatcgtacattgccctgccactttacactttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttaTTTATAGCAT-ATACAG-TGATCGT-------TAACTTCATC---GTACATTTGCC--------CTCCGACTT--------------TAC
gi|7 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTCGT-------TTAA--CA-CATTGTAC-TTTGCCATTTATATCCATAATTC-------------ATACATTGCC-----ACAACG-CAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAATTGAAGG--AC-----AATG-ATGAAAA-TAATTTTTT-GT--TGACTTG--TGCA-A-ACTCAAATAAAAG-TCAAATA---------CGGGTTTATAAC------------------------GA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAAACTTA-ACCtttcgtttaacacattgtactttgccatttatatccataattcatacattgccacaacgcatatgtgcacggaaattagtaaaattgaaggacaatgatgaaaataattttttgttgacttgtgcaaactcaaataaaagtcaaatacgggtttataacgatactcaaatgaccatgtagtgaaaaacttaacca
gi|8 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttatagcatatacagtgatcgttaacttcatcgtacatttgccctccgactttacttTGAA-A-AGTCAAATATCAG-TCAGACA--------ACAAATTTATAACAACATTAATTTATCTC-TTTACATGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAATGA--AAGGCTTC-ATCT----AAT-TA-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGGGA------TACAGTG--AA---C-----AA---A-AAA--AG-TTAATT------T---CT------GAAT-----G----------T---------------------AAAACAGAGGAACTAATTTCCAGGTC---------------------AATTCAATTATCGTCAGAG--------TC---------------AAAGAT--TCTCAG--T--Aa
gi|9 : TAATT------T---CC------AA---------------------------------------------------------------GTC---------------------AATTTCATCATTGTCAGAA--------TCAATAATTCTC--AGTAAAGAT--TAAAAT--TTTATCA-ATG------T---C-AATTCAAGA---GTCAACAACAGCA---ACTACAATGTT-CT--------ACAT-----G--GTACGCATAAAACTCGATGCAGTAAAGATGGTTTTAGCAGACAATGACAC-TTAAAAA-aaga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTTTGTCTTTAAATAATGTACATA
Unaligned ( gi|21 ): CGTCATAGTTCTAGGCTTTTTCAGATTATAGATAATTGC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 1111111 11 11111 22222222 55555555555555 11111 1111111111 11111 2222222222 11111 1111111 1111111 22222222222 22222222222222 111111 111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555555555555 111111 111111 222222
lowQualScore : 66 0 5 8888888 55 11111 00000000 1 66666666666666 11111 666 4 55 7777777777 4 4 55 00000 4 4 777 88 5555 77 5 5 5 4444444444 66 33 22222 5 4 4 4444444 66 4 66 66 4 9999 4 4444444 33333333333 55 33333333333333 222222 66 777 666666666666 66 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333 55 55 55 4 777777 777 4 111111 777 888 5 2 000000 5 0 1 7 6 1 8 8 0 1
lowQualScore : .. . . ....... .. ..... ........ . .............. ..... ... . .. .......... . . .. ..... . . ... .. .... .. . . . .......... .. .. ..... . . . ....... .. . .. .. . .... . ....... ........... .. .............. ...... .. ... ............ .. . ........................................................................................................... ....................... .. .. .. . ...... ... . ...... ... ... . . ...... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 55 6 7 6666666 77 44444 77777777 0 22222222222222 11111 777 0 55 5555555555 0 0 55 00000 0 0 000 22 5555 44 0 0 0 0000000000 55 55 55555 0 4 4 4444444 11 4 11 11 4 4444 4 4444444 00000000000 55 55555555555555 888888 11 888 111111111111 11 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111111111111 00 00 00 0 000000 000 0 555555 000 888 0 5 888888 3 1 7 8 7 0 0 0 8 0
consensus : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--------CTGCANCTT-------------ATACAATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
Reference ( family-985 ) : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--------CTGCANCTT-------------ATACAATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
gi|1 : CCATCTGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TGAC--CA-C---ATACATTTGCC--------CTGCATTTT--------------TACAATGCC-----ATAAAA-TAT-ATGTGCA--CGGTAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-AGTCAAATATCAG-TCAGATA--------C----TTTATAACAACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----TAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-ATG--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--AACA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACATATATGGTAGTATGCACAAAACCCAATGCAGTTAAGGT-GTTTCAGCAACCAGTGACAC-TTAAAAA-ACGATTGGCTGTCAC
gi|10 : CCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-C---ATAAATTTGCC--------CTGCACCTTTACATCCATATTCATACAATGCC-----ATAACT-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---T
gi|11 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacCCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-C---ATAAATTTGCC--------CTGCACCTTTACATCCATATTCATACAATGCC-----ATAACT-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---Tacgt
gi|12 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacT----AAA-TG-------GATTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGACA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AA-TTAATT------T---CT-------AAT-----G----------TAAAGCAGAGGAACTAATTTCCAA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAGTCAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TATCGT--T--ATCA-TTA------T---CAA------AA---CTCAAacgt
gi|13 : C---------------------AATTCCATCATCATCAGAG--------TC---------------AAAGAT--TATGAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---TCTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA-------TGGTATGTACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GGTT
gi|14 : G-------GAATATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGATA------TGCAGTG--AA---CTTTCTAAATGT-AAATCAGATGAATT-------------------AAC-----G----------TCA-------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------Tc
gi|15 : ---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAG--------TCAATGAT--TCGCAGTAGAGAT--TATCAT--C--ATCA-CTACATGTAT---C-A------GA---TTCAACAAAATCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----Gaggctttatcagattatagataat
gi|16 : AA-----------GTGC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTGCCAA---TA----AA---TAAAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AAATCAGAGAAATTAACTACCAAGTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAG--------TC--------
gi|17 : TCAAATATCAG-TCAGACA--------TTAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGG--AAGGCTTA-TTCT----AAT-Ta
gi|18 : cttaaccaatcaaC--------TC---GTAAAGAT--TATTAA--T--CTAATCTACG----T---C-A------GA---GTCAACAACAGTC---A-TAGAATGTT-CGGACCGTCTCCGT-----GTGATG-GCACGAAACGCG-TGCAGT
gi|19 : tgATGAC-----ATAAAGATAT-ATGTGCA--CGGAAAATACTCCAAATTAGTAGAG-CGAC-G--AC-----AATG-ATGAATA-T-A---TTT-GT-G
gi|2 : ACAATGTC-----ATAACG-TAT---GTGCA--CGGACA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-G--ACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAA-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--ATAGTGG--AAGGTTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAG-----------GTAC--AA--------------AATAGCAAAGA------TACAGTG--AATTTC----------T-AAA--TG-TCAATCAGAGGAT---TT------AATT-----T----------TC--------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCAATCATCGTCAGAATCAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TAGCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------TA---TTCAACAACAACC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA-------TGGTATGCACAAAACTCAATGCATT-AAGGT-GATTCAGCATAGAGTGAAAC-TTAAAAAGATTATCAGCTGCCAC
gi|22 : gtttgatacattgttacttcgccattttgtattcaaATCCGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGA
gi|3 : TATGCAG-TGATCTT-------TAACTTCATC---GAACATCTGCC--------CTGCACTTT-------------ACAC
gi|3 : agTC-------------ATACAATTCC-----ATAACG-TAT-ATGTTCA--CAAAAA----------TTAGCAAAA-CAAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TT--GT-GTGATTTG-ATGCA-A-AGTCAATTATAAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAGCGACAATA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--TTAGTGG--AAGACTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAAA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-CTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------ATCAGAGGAACTAATTTTCAAATAAATTCCATCATCGTCAGAGTGAAAGATTC--------TC--AGTAAAGAT--TTTCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaattccataacgtatatgttcacaaaaattagcaaaacaaagacaatgatgaaaataattgtgtgatttgatgcaaagtcaattataagtcagacaccaaatttatagcgacaatatctctttacgtgatactcaaatgatcatttagtggaagacttaatctaattggactataagtacaaaatagcagaaatacagtgaacaataaaagctaatttctaaatgtaaatcagaggaactaattttcaaataaattccatcatcgtcagagtgaaagattctcagtaaagattttcattatcactatcaga
gi|4 : agtatgcagtgatctttaacttcatcgaacatctgccctgcactttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatatTGTC-----ATAA-----T-ATATGGA--CGAACA----------TTAGTAGAA-CGAA-GTTAC-----A-TG-GAGTAAA-TAA---CTTAGC-AT--CTAG-TTGC-----CT---------G-TCAGACA--------C---------------AT-A-----TCTT-TTCA-ATGAATAACTCA-------AA-GAGCC-CATTTGT-GTAA--AAGTGTTA-ATCT----AATATGACTATAAGTCTATAAAATTAGCAGCAGTAC--AAGTGAAGACAATAAAAATAGCAGAGAAAATAATACAGTG--A----C-----AG---G-AGA-----TTA--T------TAGACT------ACATT----A----------C---------------------AA---------------------GTC---------------------AATATCATCATCATCAGAG--------TT--------AC--A---AAGATACTATCATCTT--ATCA-CTA------TTTTC-A------GAGGCTTCAACAA--GCCTCTACTAGA-TGTTACT-ACCGTCTACAT-----GT---ATG------A-TCGTTGCAGTAAAGGA-GTTCAGGCAGACGTGGACACTTTAAAAA-ATTGTCGGCTG
gi|5 : G-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------GTAGTAAAA-CGTA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TGA---TTT-GT-GTTAC-TG-ATGCACATACTCAAAT
gi|5 : A-TA-CTCA-------AATTA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTATATCT----TAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTT--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---TTAAATGTAAATCAGCGGAATTAATTTCT---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAT--------TCAAACATTCTT--GGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCT---ACTAGAATGTT-CAGACCGTCTACATG----GTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGT-GTTTAAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-AGTATCGGATGGCACtaccatgtagtgaaaggcttatatcttattggactataagtacaaaatagcagagatacagttaacaataaaagttaatttttaaatgtaaatcagcggaattaatttctaagtcaattccatcatcgtcagattcaaacattcttggtaaagattatcattatcactatcagattcaacaacagctactagaatgttcagaccgtctacatggtagtatgcacaaaactcaatgcagttaaggtgtttaagcagacggtgacacttaaaaaagtatcggatggcacag
gi|6 : gtatatgtgcacggaaagtagtaaaacgtagacaatgatgaaaatgatttgtgttactgatgcacTATGCAGGTGATCGTGTAAAACTAAC--AT-C---GTACATT-GCC--------CTGCCACTT--------------TACAag
gi|6 : TT-------------ATTCAATGCCTTAAAACAACT-TATCATGTGCATTCGTAAA----------TTAGTAAAA-CGGG-G--ACGGACGAATGTATGAAAAATAA---TT--GTAGTGACTTGCATGCA-A-ACTCAAATATCAGTTCAAAAACCTATCTCCCAAATTTATAACG-CA-TA-----TCTCTTTTACGTG--TA-CCTACTTTAAGAATGA--CGCAT--GTAGTGACCACAGCTT--ACCTTTAGAAT-TG-------GACTATAAG----------GTACTAAA--------------AATAGCAGActttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttattattcaatgccttaaaacaacttatcatgtgcattcgtaaattagtaaaacggggacggacgaatgtatgaaaaataattgtagtgacttgcatgcaaactcaaatatcagttcaaaaacctatctcccaaatttataacgcatatctcttttacgtgtacctactttaagaatgacgcatgtagtgaccacagcttacctttagaattggactataaggtactaaaaatagcaga
gi|7 : tatgcaggtgatcgtgtaaaactaacatcgtacattgccctgccactttacactttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttaTTTATAGCAT-ATACAG-TGATCGT-------TAACTTCATC---GTACATTTGCC--------CTCCGACTT--------------TAC
gi|7 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTCGT-------TTAA--CA-CATTGTAC-TTTGCCATTTATATCCATAATTC-------------ATACATTGCC-----ACAACG-CAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAATTGAAGG--AC-----AATG-ATGAAAA-TAATTTTTT-GT--TGACTTG--TGCA-A-ACTCAAATAAAAG-TCAAATA---------CGGGTTTATAAC------------------------GA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAAACTTA-ACCtttcgtttaacacattgtactttgccatttatatccataattcatacattgccacaacgcatatgtgcacggaaattagtaaaattgaaggacaatgatgaaaataattttttgttgacttgtgcaaactcaaataaaagtcaaatacgggtttataacgatactcaaatgaccatgtagtgaaaaacttaacca
gi|8 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttatagcatatacagtgatcgttaacttcatcgtacatttgccctccgactttacttTGAA-A-AGTCAAATATCAG-TCAGACA--------ACAAATTTATAACAACATTAATTTATCTC-TTTACATGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAATGA--AAGGCTTC-ATCT----AAT-TA-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGGGA------TACAGTG--AA---C-----AA---A-AAA--AG-TTAATT------T---CT------GAAT-----G----------T---------------------AAAACAGAGGAACTAATTTCCAGGTC---------------------AATTCAATTATCGTCAGAG--------TC---------------AAAGAT--TCTCAG--T--Aa
gi|9 : TAATT------T---CC------AA---------------------------------------------------------------GTC---------------------AATTTCATCATTGTCAGAA--------TCAATAATTCTC--AGTAAAGAT--TAAAAT--TTTATCA-ATG------T---C-AATTCAAGA---GTCAACAACAGCA---ACTACAATGTT-CT--------ACAT-----G--GTACGCATAAAACTCGATGCAGTAAAGATGGTTTTAGCAGACAATGACAC-TTAAAAA-aaga
blockSeqs : TC A G GTAAAAC TT CATT ATTTATAT C TACATCCATATTCA TTAAA AGA C TT ATACTCCAAA T G TT GGACG T A TTT TA AGTG CA C T T CCTATCTCCC GA TT ATTTA T A A CTTTAAG GC G TT CC T TTAG A ACTATAA AATTAGCAGCA TA GTGAAGACAATAAA AAATAA CC TTT TTTCTAAATGT TC A TCTAAATGTAAATCAGAGAAATTAACTACCAAGTC TCAAAGATTCTCA AC CT TT T CATGTA TTT A ATTCAA GGC TCT A G TG G A A G C T G C
blockSeqs : A A . . TT TC . C TACATCCATATTCA . CT . . . . . . . . . . T GTG A . . . TT GA TT . . . . . . . . . . . . . G . . . . . AAATA . . TCTAAATGTAAATCAGAGGAACTAATTTTCAAATA TCAATGATTCGCA . . . . CG . . . . . . G T G A A . A . . G
blockSeqs : A . . . . TC . C A . CT . . . . . . . . . . T GTT A . . . CC GA AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . TTTAAATGTAAATCAGCGGAATTAATTTCTAAGTC TCAAAGATTCTCA . . . . . . . . . . . G T G T T . A . .
blockSeqs : . . . . C . A A . CG . . . . . . . . . . T AT T . . . CC AA TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . TCTGAATGTAAAACAGAGGAACTAATTTCCAGGTC TGAAAGATTCTCA . . . . . . . . . . . G T A A A . T . .
blockSeqs : . . . C . A A . CG . . . . . . . . . . T TG A . . . AC G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGG . . TCTAATGTAAAGCAGAGGAACTAATTTCCAAGTC TCAAACATTCTTG . . . . . . . . . . . G T . A . .
blockSeqs : . . . C . A A . CT . . . . . . . . . . . G . . . . C . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAT . . AGAGGATTTAATTTTCAAGTC TCAATAATTCTCA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . CG . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA . . TAGACTACATTACAAGTC TTACA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AACGTCAAAGTC TC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TCCAAGTC TC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : A************* GTG* CC******** TCAAAGATTCTCA********** T*****
originalCons : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--------CTGCANCTT-------------ATACAATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG--------TC--------TC--AGTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
finalCons : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--------CTGCANCTTA-------------TACAATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GTGTG-ACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACACC--------AAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T---------------------AA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAGTCAAAGATTCTCA----------GTAAAGAT--TATCAT--T--ATCA-CTA------T---C-A------GA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTTTGTCTTTAAATAATGTACATA
Unaligned ( gi|21 ): CGTCATAGTTCTAGGCTTTTTCAGATTATAGATAATTGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 1111111 11 11111 22222222 55555555555555 11111 1111111111 11111 2222222222 11111 1111111 1111111 22222222222 22222222222222 111111 111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 111111 222222
lowQualScore : 66 0 5 8888888 55 11111 00000000 1 66666666666666 11111 666 4 55 7777777777 4 4 55 00000 4 4 777 88 5555 77 5 5 5 4444444444 66 33 22222 5 4 4 4444444 66 4 66 66 4 9999 4 4444444 33333333333 55 33333333333333 222222 66 777 666666666666 66 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 3 0 44 55 4 111111 55 777 555555 777 888 5 0 666666 1 0 1 7 6 1 8 8 0 1
lowQualScore : .. . . ....... .. ..... ........ . .............. ..... ... . .. .......... . . .. ..... . . ... .. .... .. . . . .......... .. .. ..... . . . ....... .. . .. .. . .... . ....... ........... .. .............. ...... .. ... ............ .. . ............................................................................................................. .. . . .. .. . ...... .. ... ...... ... ... . . ...... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 55 6 7 6666666 77 44444 77777777 0 22222222222222 11111 777 0 55 5555555555 0 0 55 00000 0 0 000 22 5555 44 0 0 0 0000000000 55 55 55555 0 4 4 4444444 11 4 11 11 4 4444 4 4444444 00000000000 55 55555555555555 888888 11 888 111111111111 11 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 3 3 66 55 0 555555 55 000 555555 000 888 0 2 999999 7 1 7 8 7 0 0 0 8 0
consensus : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--------CTGCANCTT-------------ATACAATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T--A---------------------A---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAGT--CAAAGATTC-TCAG--TAAAGATTATCA--TTATCA-C------TA--T---C------AGA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
Reference ( family-985 ) : CCATCTGTCCATTNATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TAAC--CA-C---GTACATTTGCC--------CTGCANCTT-------------ATACAATGCC-----ATAACG-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T--A---------------------A---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAGT--CAAAGATTC-TCAG--TAAAGATTATCA--TTATCA-C------TA--T---C------AGA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----GTGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GTTTNAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-ATTATCGGCTGNCAC
gi|1 : CCATCTGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGATCGT-------TGAC--CA-C---ATACATTTGCC--------CTGCATTTT--------------TACAATGCC-----ATAAAA-TAT-ATGTGCA--CGGTAA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-GTGACTTG-ATGCA-A-AGTCAAATATCAG-TCAGATA--------C----TTTATAACAACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTA-ATCT----TAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-ATG--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T--A---------------------A---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAG----------TC-TCAG--TAAAGATTATCA--TTAACA-C------TA--T---C------AGA---TTCAACAACAGCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACATATATGGTAGTATGCACAAAACCCAATGCAGTTAAGGT-GTTTCAGCAACCAGTGACAC-TTAAAAA-ACGATTGGCTGTCAC
gi|10 : CCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-C---ATAAATTTGCC--------CTGCACCTTTACATCCATATTCATACAATGCC-----ATAACT-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---T
gi|11 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacCCATCTGTTCAT-AATGTTA-TAACATTATGCAG-TGATCAT-------TAAC--CA-C---ATAAATTTGCC--------CTGCACCTTTACATCCATATTCATACAATGCC-----ATAACT-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTATTAAAT-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---Tacgt
gi|12 : atatctatctgcatacatgtatgtctatccacT----AAA-TG-------GATTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGACA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AA-TTAATT------T---CT------AA-T-----G----------T--AAAGCAGAGGAACTAATTTCCAA---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAGT--CAAAGATTC-TCAG--TAAAGATTATCG--TTATCA-T------TA--T---CA-----AAA---CTCAAacgt
gi|13 : C---------------------AATTCCATCATCATCAGAGT--CAAAGATT----------------ATGA--TTATCA-C------TA--T---C------AGA---TTCAACAACAGCC---TCTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA-------TGGTATGTACAAAACTCGATGCAGTAAAGGT-GGTT
gi|14 : G-------GAATATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGATA------TGCAGTG--AA---CTTTCTAAATGT-AAATCAGATGAATT-------------------AAC-----G----------TCAA---------------------A---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGAGT--CTAGGCTTTATCAGATTATAGATAATc
gi|15 : --A---------------------A---------------------GTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAGT--CAATGATTC-GCAG--TAGAGATTATCA--TCATCA-CTACATGTA--T---C------AGA---TTCAACAAAATCC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACAT-----G
gi|16 : AA-----------GTGC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTGCCAA---TA----AA---TAAAA--AG-TTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T--A---------------------AATCAGAGAAATTAACTACCAAGTC---------------------AATTACATCATCGTCAGAGT--CA
gi|17 : TCAAATATCAG-TCAGACA--------TTAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGG--AAGGCTTA-TTCT----AAT-T
gi|18 : cttaaccaatcaaC-TC-G--TAAAGATTATTA--ATCTAATC------TACGT---C------AGA---GTCAACAACAGTC---A-TAGAATGTT-CGGACCGTCTCCGT-----GTGATG-GCACGAAACGCG-TGCAGT
gi|19 : tgATGAC-----ATAAAGATAT-ATGTGCA--CGGAAAATACTCCAAATTAGTAGAG-CGAC-G--AC-----AATG-ATGAATA-T-A---TTT-GT-G
gi|2 : ACAATGTC-----ATAACG-TAT---GTGCA--CGGACA----------TTAGTAAAA-CGAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TTT-GT-G--ACTTG-ATGCA-A-ACTCAAATATCAA-TCAGACA--------CCAAATTTATAACGACATTA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--ATAGTGG--AAGGTTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAG-----------GTAC--AA--------------AATAGCAAAGA------TACAGTG--AATTTC----------T-AAA--TG-TCAATCAGAGGAT---TT------AATT-----T----------TC-A---------------------A---------------------GTC---------------------AATTCAATCATCGTCAGAAT--CAAAGATTC-TCAG--TAAAGATTAGCA--TTATCA-C------TA--T---C------ATA---TTCAACAACAACC---ACTAGAATGTT-CTGACCGTCTACA-------TGGTATGCACAAAACTCAATGCATT-AAGGT-GATTCAGCATAGAGTGAAAC-TTAAAAAGATTATCAGCTGCCAC
gi|22 : gtttgatacattgttacttcgccattttgtattcaaATCCGTCCATTCATGTTAATAACATTATGCAG-TGA
gi|3 : TATGCAG-TGATCTT-------TAACTTCATC---GAACATCTGCC--------CTGCACTTT-------------ACAC
gi|3 : agTC-------------ATACAATTCC-----ATAACG-TAT-ATGTTCA--CAAAAA----------TTAGCAAAA-CAAA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TAA---TT--GT-GTGATTTG-ATGCA-A-AGTCAATTATAAG-TCAGACA--------CCAAATTTATAGCGACAATA-----TCTC-TTTACGTGA-TA-CTCA-------AATGA--T-CAT--TTAGTGG--AAGACTTA-ATCT----AAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAAA------TACAGTG--AA---C-----AA---T-AAA--AG-CTAATT------T---CT------AAAT-----G----------T--A---------------------A---------------------ATCAGAGGAACTAATTTTCAAATAAATTCCATCATCGTCAGAGT--GAAAGATTC-TCAG--TAAAGATTTTCA--TTATCA-C------TA--T---C------AGA---tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaattccataacgtatatgttcacaaaaattagcaaaacaaagacaatgatgaaaataattgtgtgatttgatgcaaagtcaattataagtcagacaccaaatttatagcgacaatatctctttacgtgatactcaaatgatcatttagtggaagacttaatctaattggactataagtacaaaatagcagaaatacagtgaacaataaaagctaatttctaaatgtaaatcagaggaactaattttcaaataaattccatcatcgtcagagtgaaagattctcagtaaagattttcattatcactatcaga
gi|4 : agtatgcagtgatctttaacttcatcgaacatctgccctgcactttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatatTGTC-----ATAA-----T-ATATGGA--CGAACA----------TTAGTAGAA-CGAA-GTTAC-----A-TG-GAGTAAA-TAA---CTTAGC-AT--CTAG-TTGC-----CT---------G-TCAGACA--------C---------------AT-A-----TCTT-TTCA-ATGAATAACTCA-------AA-GAGCC-CATTTGT-GTAA--AAGTGTTA-ATCT----AATATGACTATAAGTCTATAAAATTAGCAGCAGTAC--AAGTGAAGACAATAAAAATAGCAGAGAAAATAATACAGTG--A----C-----AG---G-AGA-----TTA--T------TAGACT------ACATT----A----------C--A---------------------A---------------------GTC---------------------AATATCATCATCATCAGAGTTACAAAGATAC-T----------ATCATC---TTATCA-C------TA--TTTTC------AGAGGCTTCAACAA--GCCTCTACTAGA-TGTTACT-ACCGTCTACAT-----GT---ATG------A-TCGTTGCAGTAAAGGA-GTTCAGGCAGACGTGGACACTTTAAAAA-ATTGTCGGCTG
gi|5 : G-TAT-ATGTGCA--CGGAAA----------GTAGTAAAA-CGTA-G--AC-----AATG-ATGAAAA-TGA---TTT-GT-GTTAC-TG-ATGCACATACTCAAAT
gi|5 : A-TA-CTCA-------AATTA--C-CAT--GTAGTGA--AAGGCTTATATCT----TAT-TG-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGAGA------TACAGTT--AA---C-----AA---T-AAA--AG-TTAATT------T---TTAAATGTAAATCAGCGGAATTAATTTCT--A---------------------A---------------------GTC---------------------AATTCCATCATCGTCAGATT--CAAACATTC-TTGG--TAAAGATTATCA--TTATCA-C------TA--T---C------AGA---TTCAACAACAGCT---ACTAGAATGTT-CAGACCGTCTACATG----GTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGT-GTTTAAGCAGACGGTGACAC-TTAAAAA-AGTATCGGATGGCACtaccatgtagtgaaaggcttatatcttattggactataagtacaaaatagcagagatacagttaacaataaaagttaatttttaaatgtaaatcagcggaattaatttctaagtcaattccatcatcgtcagattcaaacattcttggtaaagattatcattatcactatcagattcaacaacagctactagaatgttcagaccgtctacatggtagtatgcacaaaactcaatgcagttaaggtgtttaagcagacggtgacacttaaaaaagtatcggatggcacag
gi|6 : gtatatgtgcacggaaagtagtaaaacgtagacaatgatgaaaatgatttgtgttactgatgcacTATGCAGGTGATCGTGTAAAACTAAC--AT-C---GTACATT-GCC--------CTGCCACTT--------------TACAag
gi|6 : TT-------------ATTCAATGCCTTAAAACAACT-TATCATGTGCATTCGTAAA----------TTAGTAAAA-CGGG-G--ACGGACGAATGTATGAAAAATAA---TT--GTAGTGACTTGCATGCA-A-ACTCAAATATCAGTTCAAAAACCTATCTCCCAAATTTATAACG-CA-TA-----TCTCTTTTACGTG--TA-CCTACTTTAAGAATGA--CGCAT--GTAGTGACCACAGCTT--ACCTTTAGAAT-TG-------GACTATAAG----------GTACTAAA--------------AATAGCAGActttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttattattcaatgccttaaaacaacttatcatgtgcattcgtaaattagtaaaacggggacggacgaatgtatgaaaaataattgtagtgacttgcatgcaaactcaaatatcagttcaaaaacctatctcccaaatttataacgcatatctcttttacgtgtacctactttaagaatgacgcatgtagtgaccacagcttacctttagaattggactataaggtactaaaaatagcaga
gi|7 : tatgcaggtgatcgtgtaaaactaacatcgtacattgccctgccactttacactttaaccgtttaacaacatctttgctttgccaatgtaggtatccatattttaTTTATAGCAT-ATACAG-TGATCGT-------TAACTTCATC---GTACATTTGCC--------CTCCGACTT--------------TAC
gi|7 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTCGT-------TTAA--CA-CATTGTAC-TTTGCCATTTATATCCATAATTC-------------ATACATTGCC-----ACAACG-CAT-ATGTGCA--CGGAAA----------TTAGTAAAATTGAAGG--AC-----AATG-ATGAAAA-TAATTTTTT-GT--TGACTTG--TGCA-A-ACTCAAATAAAAG-TCAAATA---------CGGGTTTATAAC------------------------GA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAGTGA--AAAACTTA-ACCtttcgtttaacacattgtactttgccatttatatccataattcatacattgccacaacgcatatgtgcacggaaattagtaaaattgaaggacaatgatgaaaataattttttgttgacttgtgcaaactcaaataaaagtcaaatacgggtttataacgatactcaaatgaccatgtagtgaaaaacttaacca
gi|8 : atatatatccatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttatagcatatacagtgatcgttaacttcatcgtacatttgccctccgactttacttTGAA-A-AGTCAAATATCAG-TCAGACA--------ACAAATTTATAACAACATTAATTTATCTC-TTTACATGA-TA-CTCA-------AATGA--C-CAT--GTAATGA--AAGGCTTC-ATCT----AAT-TA-------GACTATAA-----------GTAC--AA--------------AATAGCAGGGA------TACAGTG--AA---C-----AA---A-AAA--AG-TTAATT------T---CT------GAAT-----G----------T--A---------------------AAACAGAGGAACTAATTTCCAGGTC---------------------AATTCAATTATCGTCAGAGT--CAAAGATTC-TCAG--TAAAGAa
gi|9 : TAATT------T---CC------AA-----------------------------------------------------------------GTC---------------------AATTTCATCATTGTCAGAAT--CAATAATTC-TCAG--TAAAGATTAAAATTTTATCA-A------TG--T---CAATTCAAGA---GTCAACAACAGCA---ACTACAATGT---------TCTACA-------TGGTACGCATAAAACTCGATGCAGTAAAGATGGTTTTAGCAGACAATGACAC-TTAAAAA-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTTTGTCTTTAAATAATGTACATA
Unaligned ( gi|21 ): CGTCATAGTTCTAGGCTTTTTCAGATTATAGATAATTGC