lowQualScore : 1 1 3333 2 11 11 2 88 1 1 2 11 33 44 1 2 11 22 777 1 33 2 1 1 1 22
lowQualScore : . . .... . .. .. . .. . . . .. .. .. . . .. .. ... . .. . . . . ..
lowQualScore : 7 7 3333 4 66 66 4 66 1 1 3 66 99 33 1 4 66 88 666 2 11 6 3 3 3 00
consensus : GTA-A-AG----TCTCAT-GTA--TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
Reference ( gi|11 ) : GTA-A-AA----TCTCAT-GTA--TT--GTG-C-ACAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|17 : GTA-A-AT----TATCAT-GTA--TT--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGG
gi|12 : GTA-A-AT----TATCAT-GTA--TT--GCA-C-TCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|14 : GTA-A-AA----ACTCAT-GTA--TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGG
gi|15 : ccGTA-A-AA----ACTCAT-GTA--TT--GTG-C-GCACAT-T-T--T--TT--T-CA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGG
gi|2 : GTA-T-AG----TC-CGT-GTA--TT--GTG-C-GTAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGGG
gi|7 : agtgtccGTA-A-AA----ACTCAT-GT---TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TTCA-GAAG--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-A-T--AGGGG
gi|20 : GTATA-AA----TCTCAT-GTA--T----TG-C-GCAC-C-T-T--T--TT--T-CA-G--A--AA---A-TC--TTA-C-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|33 : GTA-A-AA----ACTC---GTA--TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--A--AA---T-T
gi|35 : ccGTG-A-AG----TATCAT-GTA--TT--AGA-C-GCAC---T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---
gi|5 : cTA-A-AG----TCTCAT-GTA--TT--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-A--A--AAAATT-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|4 : aTA-A-AG----TCTCAT-GTA--TT--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-A--A--AAAATT-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|16 : caTA-A-AG----TCTCAT-GTA--TT--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TC--A-AA-A--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|26 : TA-A-AG----TTTCGT-GTA--TT--ATG-C-ACAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AAG--T-TC----ACC-C-AGAA-AGG--GG
gi|13 : TA-T-AG----TCCCGT-GTAAATT--GTG-G-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAA-C-C-AGAA-AAT--GGGGG
gi|9 : TA-A-AA----TCTCGT-ATA--TT--GTG-C-GCAC-T-TAT--T--CTTAT-CAGG--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAC-AAT--GGG
gi|8 : TA-A-AA----ACTCATTGTA--TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--A--AA---T-CG--TTACC-CAAGAATAGT--AGGG
gi|1 : TA-A-AAAGATTCTCATTGTA--TT--GTG-C--CAC-T-T-T--TATTT--C-CA-G--AC-AA---T-TC--TTACCAC-AGAA-AGT--AGGGG
gi|10 : TA-A-AA----ACTCAT-GTA--T---GTGGC-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-A--GCCAAT--T-TC--TACCG-C-AG-A-AGT--AGGGG
gi|21 : TA-ACAA----TCT-AT-GTA--TT--GCG-CCACAC-T-T-T--T--TTT-T-CA-G--A--AA---T-TCGTTA--C-C-AGAA-AGT--
gi|36 : TA-T-AG----TCACAT-GTA--TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-t
gi|6 : A-A-AA----TCTTAG-ATA--TT--GTG-C-GCAC-T-TAT--T--CTTAT-CAGG--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAC-AAT--GG
gi|18 : gtaA-A-AG----TTTCAT-G-A--TT--ATGGC-ACAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AAG--T-TC----ACC-C-AGAG-A
gi|37 : taA-A-AA----CCTCAT-GTA--TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-agagcgg
gi|24 : cgta-AG----TCTCAT-GTA--TT--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TC--A-AA-A--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|22 : ----TCCCGT-GTA--TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-GAAA-ATT--GGGG
gi|28 : atat----TCCCGT-GTA--TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-GAAA-ATT--GG
gi|30 : tatCTCAT-GTA--TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--T------A-G--A--AA---TCTC--TTACC-C-AG-A-AGT--AGGGG
gi|27 : TCGT-GTA--TT--GTG-C-GCAC-T-T-T--TT-TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGGGg
gi|19 : agTCAT-GTA--TT--GCG-C-GCAC-T-T-T--TT-TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAATC-C-AGGA-AGT--GGGG
gi|25 : aaggtaTCAT-GTA--TT--GTG-C-GCAT-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAAAC-C-CGAA-A
gi|29 : gtaCGT-GTA--TT--GTG-C-GTAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGGtgaatgg
gi|31 : gtcCAT-GTA--TT--GTG-T-CCAG-T-T-TATT--TT--T-CA-G--G--AA---A-TA--TAACC-C-AGAA-A
gi|23 : AT-GTA--TT--GTG-TTGCAC-T-T-T--T--TT--T-TT-A--G--GA---T-TC--TAA-C-C-AGAA-AAT--GGGGa
gi|32 : agtatcaTA--TTCGGTG-C-GCAC-TGT-T--C--TT--T-CA-G--G--AA---T-TCC-TAACC-C-AGAA-A
gi|34 : gtCAC-T-T-T--T--TT--T-CA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-ATAA-AGTTAGGGG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AAAATTCATTGATAATTGCAGCACCTACCTTTTAAAGAAAATGCGATTACCAGATAATTAAGTC
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 2 11 1 11 1 2 2 1 2 11 33 44 2 11 22 777 1 33 2 1 1 1 22
lowQualScore : . . .. . . .. . .. . . . . . .. .. .. . .. .. ... . .. . . . . ..
lowQualScore : 6 5 88 2 4 66 1 66 1 3 2 1 2 55 88 22 3 66 77 444 2 00 2 2 2 2 00
consensus : GTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
Reference ( family-981 ) : GTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|1 : A-A-AGATTCTCA-TTGTA--T-T--GTG-C--CAC-T-T-T--TATTT--CCA-G--AC-AA---T-TC--TTACCAC-AGAA-AGT--AGGGG
gi|10 : taaTA-A-AA--ACTCA-T-GTA--TGT--G-G-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-A--GCCAAT--T-TC--TACCG-C-AG-A-AGT--AGGGG
gi|11 : GTA-A-AA--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-ACAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|12 : GTA-A-AT--TATCA-T-GTA--T-T--GCA-C-TCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|13 : TA-T-AG--TCCCG-T-GTAAAT-T--GTG-G-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAA-C-C-AGAA-AAT--GGGGG
gi|14 : GTA-A-AA--ACTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGG
gi|15 : ccGTA-A-AA--ACTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCACAT-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGG
gi|16 : TA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TC--AAA-A--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|17 : GTA-A-AT--TATCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGG
gi|18 : A-A-AG--TTTCA-T-G-A--T-T--ATGGC-ACAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AAG--T-TC----ACC-C-AGAG-A
gi|19 : taA-A-GG--TATCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--TT-TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAATC-C-AGGA-AGT--GGGGagagcgg
gi|2 : GTA-T-AG--TC-CG-T-GTA--T-T--GTG-C-GTAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGGG
gi|20 : agtgtccGTATA-AA--TCTCA-T-GTA--T-T--G---C-GCAC-C-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---A-TC--TTA-C-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|21 : TA-ACAA--TCT-A-T-GTA--T-T--GCG-CCACAC-T-T-T--T--TTT-TCA-G--A--AA---T-TCGTTA--C-C-AGAA-AGT--
gi|22 : --TCCCG-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-GAAA-ATT--GGGGt
gi|23 : atat-AG--TATCAAT-GTA--T-T--GTG-TTGCAC-T-T-T--T--TT--TTT-A--G--GA---T-TC--TAA-C-C-AGAA-AAT--GGGG
gi|24 : -AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TC--AAA-A--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|25 : G--TATCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAT-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAAAC-C-CGAA-A
gi|26 : TA-A-AG--TTTCG-T-GTA--T-T--ATG-C-ACAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AAG--T-TC----ACC-C-AGAA-AGG--GGtgaatgg
gi|27 : TCG-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--TT-TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGGG
gi|28 : ag--TCCCG-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-GAAA-ATT--GG
gi|29 : tatG--TC-CG-T-GTA--T-T--GTG-C-GTAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGG
gi|30 : CTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--T-----A-G--A--AA---TCTC--TTACC-C-AG-A-AGT--AGGGG
gi|31 : CA-T-GTA--T-T--GTG-T-CCAG-T-T-TATT--TT--TCA-G--G--AA---A-TA--TAACC-C-AGAA-Ag
gi|32 : TA--T-TCGGTG-C-GCAC-TGT-T--C--TT--TCA-G--G--AA---T-TCC-TAACC-C-AGAA-Aa
gi|33 : gtGTA-A-AA--ACTC----GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-T
gi|34 : ccCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-ATAA-AGTTAGGGG
gi|35 : GTG-A-AG--TATCA-T-GTA--T-T--AGA-C-GCAC-T-T----T--TT--TCA-G--G--AA---
gi|36 : cTA-T-AG--TCACA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-
gi|37 : A-A-AA--CCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T
gi|4 : cgtaTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-A--A--AAAATT-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|5 : caTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-A--A--AAAATT-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|6 : aA-A-AA--TCTTA-G-ATA--T-T--GTG-C-GCAC-T-TAT--T--CTTATCAGG--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAC-AAT--GG
gi|7 : gtaGTA-A-AA--ACTCA-T-GT---T-T--GTG-C-GCACTT-T-T--T--TT--TCA-GAAG--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-A-T--AGGGG
gi|8 : TA-A-AA--ACTCA-TTGTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-CG--TTACC-CAAGAATAGT--AGGG
gi|9 : TA-A-AA--TCTCG-T-ATA--T-T--GTG-C-GCAC-T-TAT--T--CTTATCAGG--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAC-AAT--GGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AAAATTCATTGATAATTGCAGCACCTACCTTTTAAAGAAAATGCGATTACCAGATAATTAAGTC
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 2 11 1 11 1 2 2 1 2 11 33 44 2 11 22 777 1 33 2 1 1 1 22
lowQualScore : . . .. . . .. . .. . . . . . .. .. .. . .. .. ... . .. . . . . ..
lowQualScore : 6 5 88 2 4 66 1 66 1 3 2 1 2 55 88 22 3 66 77 444 2 00 2 2 2 2 00
consensus : GTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
Reference ( family-981 ) : GTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|1 : A-A-AGATTCTCA-TTGTA--T-T--GTG-C--CAC-T-T-T--TATTT--CCA-G--AC-AA---T-TC--TTACCAC-AGAA-AGT--AGGGG
gi|10 : taaTA-A-AA--ACTCA-T-GTA--TGT--G-G-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-A--GCCAAT--T-TC--TACCG-C-AG-A-AGT--AGGGG
gi|11 : GTA-A-AA--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-ACAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|12 : GTA-A-AT--TATCA-T-GTA--T-T--GCA-C-TCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|13 : TA-T-AG--TCCCG-T-GTAAAT-T--GTG-G-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAA-C-C-AGAA-AAT--GGGGG
gi|14 : GTA-A-AA--ACTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGG
gi|15 : ccGTA-A-AA--ACTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCACAT-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGG
gi|16 : TA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TC--AAA-A--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|17 : GTA-A-AT--TATCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGG
gi|18 : A-A-AG--TTTCA-T-G-A--T-T--ATGGC-ACAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AAG--T-TC----ACC-C-AGAG-A
gi|19 : taA-A-GG--TATCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--TT-TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAATC-C-AGGA-AGT--GGGGagagcgg
gi|2 : GTA-T-AG--TC-CG-T-GTA--T-T--GTG-C-GTAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGGG
gi|20 : agtgtccGTATA-AA--TCTCA-T-GTA--T-T--G---C-GCAC-C-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---A-TC--TTA-C-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|21 : TA-ACAA--TCT-A-T-GTA--T-T--GCG-CCACAC-T-T-T--T--TTT-TCA-G--A--AA---T-TCGTTA--C-C-AGAA-AGT--
gi|22 : --TCCCG-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-GAAA-ATT--GGGGt
gi|23 : atat-AG--TATCAAT-GTA--T-T--GTG-TTGCAC-T-T-T--T--TT--TTT-A--G--GA---T-TC--TAA-C-C-AGAA-AAT--GGGG
gi|24 : -AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TC--AAA-A--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|25 : G--TATCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAT-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAAAC-C-CGAA-A
gi|26 : TA-A-AG--TTTCG-T-GTA--T-T--ATG-C-ACAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AAG--T-TC----ACC-C-AGAA-AGG--GGtgaatgg
gi|27 : TCG-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--TT-TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGGG
gi|28 : ag--TCCCG-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-GAAA-ATT--GG
gi|29 : tatG--TC-CG-T-GTA--T-T--GTG-C-GTAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGG
gi|30 : CTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--T-----A-G--A--AA---TCTC--TTACC-C-AG-A-AGT--AGGGG
gi|31 : CA-T-GTA--T-T--GTG-T-CCAG-T-T-TATT--TT--TCA-G--G--AA---A-TA--TAACC-C-AGAA-Ag
gi|32 : TA--T-TCGGTG-C-GCAC-TGT-T--C--TT--TCA-G--G--AA---T-TCC-TAACC-C-AGAA-Aa
gi|33 : gtGTA-A-AA--ACTC----GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-T
gi|34 : ccCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-ATAA-AGTTAGGGG
gi|35 : GTG-A-AG--TATCA-T-GTA--T-T--AGA-C-GCAC-T-T----T--TT--TCA-G--G--AA---
gi|36 : cTA-T-AG--TCACA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-
gi|37 : A-A-AA--CCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T
gi|4 : cgtaTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-A--A--AAAATT-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|5 : caTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-A--A--AAAATT-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|6 : aA-A-AA--TCTTA-G-ATA--T-T--GTG-C-GCAC-T-TAT--T--CTTATCAGG--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAC-AAT--GG
gi|7 : gtaGTA-A-AA--ACTCA-T-GT---T-T--GTG-C-GCACTT-T-T--T--TT--TCA-GAAG--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-A-T--AGGGG
gi|8 : TA-A-AA--ACTCA-TTGTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-CG--TTACC-CAAGAATAGT--AGGG
gi|9 : TA-A-AA--TCTCG-T-ATA--T-T--GTG-C-GCAC-T-TAT--T--CTTATCAGG--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAC-AAT--GGG
blockSeqs : T C . A T AA G CG G C A G A AT T TA G AA CC AAT C GT A . A T TA
blockSeqs : . . . . . . . . . T T . A . T TA G . . AAT . C A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** ** **
originalCons : GTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
finalCons : GTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AAAATTCATTGATAATTGCAGCACCTACCTTTTAAAGAAAATGCGATTACCAGATAATTAAGTC
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 1 2 11 1 11 1 2 2 1 2 11 33 44 2 11 22 777 1 33 2 1 1 1 22
lowQualScore : . . .. . . .. . .. . . . . . .. .. .. . .. .. ... . .. . . . . ..
lowQualScore : 6 5 88 2 4 66 1 66 1 3 2 1 2 55 88 22 3 66 77 444 2 00 2 2 2 2 00
consensus : GTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
Reference ( family-981 ) : GTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|1 : A-A-AGATTCTCA-TTGTA--T-T--GTG-C--CAC-T-T-T--TATTT--CCA-G--AC-AA---T-TC--TTACCAC-AGAA-AGT--AGGGG
gi|10 : taaTA-A-AA--ACTCA-T-GTA--TGT--G-G-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-A--GCCAAT--T-TC--TACCG-C-AG-A-AGT--AGGGG
gi|11 : GTA-A-AA--TCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-ACAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|12 : GTA-A-AT--TATCA-T-GTA--T-T--GCA-C-TCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGGG
gi|13 : TA-T-AG--TCCCG-T-GTAAAT-T--GTG-G-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAA-C-C-AGAA-AAT--GGGGG
gi|14 : GTA-A-AA--ACTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGG
gi|15 : ccGTA-A-AA--ACTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCACAT-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGG
gi|16 : TA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TC--AAA-A--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|17 : GTA-A-AT--TATCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AGT--GGGG
gi|18 : A-A-AG--TTTCA-T-G-A--T-T--ATGGC-ACAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AAG--T-TC----ACC-C-AGAG-A
gi|19 : taA-A-GG--TATCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--TT-TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAATC-C-AGGA-AGT--GGGGagagcgg
gi|2 : GTA-T-AG--TC-CG-T-GTA--T-T--GTG-C-GTAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGGG
gi|20 : agtgtccGTATA-AA--TCTCA-T-GTA--T-T--G---C-GCAC-C-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---A-TC--TTA-C-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|21 : TA-ACAA--TCT-A-T-GTA--T-T--GCG-CCACAC-T-T-T--T--TTT-TCA-G--A--AA---T-TCGTTA--C-C-AGAA-AGT--
gi|22 : --TCCCG-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-GAAA-ATT--GGGGt
gi|23 : atat-AG--TATCAAT-GTA--T-T--GTG-TTGCAC-T-T-T--T--TT--TTT-A--G--GA---T-TC--TAA-C-C-AGAA-AAT--GGGG
gi|24 : -AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TC--AAA-A--A--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|25 : G--TATCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAT-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAAAC-C-CGAA-A
gi|26 : TA-A-AG--TTTCG-T-GTA--T-T--ATG-C-ACAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AAG--T-TC----ACC-C-AGAA-AGG--GGtgaatgg
gi|27 : TCG-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--TT-TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGGG
gi|28 : ag--TCCCG-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-GAAA-ATT--GG
gi|29 : tatG--TC-CG-T-GTA--T-T--GTG-C-GTAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAA-AAT--GGG
gi|30 : CTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--T-----A-G--A--AA---TCTC--TTACC-C-AG-A-AGT--AGGGG
gi|31 : CA-T-GTA--T-T--GTG-T-CCAG-T-T-TATT--TT--TCA-G--G--AA---A-TA--TAACC-C-AGAA-Ag
gi|32 : TA--T-TCGGTG-C-GCAC-TGT-T--C--TT--TCA-G--G--AA---T-TCC-TAACC-C-AGAA-Aa
gi|33 : gtGTA-A-AA--ACTC----GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-T
gi|34 : ccCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-TC--TTACC-C-ATAA-AGTTAGGGG
gi|35 : GTG-A-AG--TATCA-T-GTA--T-T--AGA-C-GCAC-T-T----T--TT--TCA-G--G--AA---
gi|36 : cTA-T-AG--TCACA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--G--AA---T-
gi|37 : A-A-AA--CCTCA-T-GTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--T
gi|4 : cgtaTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-A--A--AAAATT-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|5 : caTA-A-AG--TCTCA-T-GTA--T-T--GCG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-A--A--AAAATT-TC--TTACC-C-AGAA-AGT--AGGGG
gi|6 : aA-A-AA--TCTTA-G-ATA--T-T--GTG-C-GCAC-T-TAT--T--CTTATCAGG--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAC-AAT--GG
gi|7 : gtaGTA-A-AA--ACTCA-T-GT---T-T--GTG-C-GCACTT-T-T--T--TT--TCA-GAAG--AA---T-TC--TTACC-C-AGAA-A-T--AGGGG
gi|8 : TA-A-AA--ACTCA-TTGTA--T-T--GTG-C-GCAC-T-T-T--T--TT--TCA-G--A--AA---T-CG--TTACC-CAAGAATAGT--AGGG
gi|9 : TA-A-AA--TCTCG-T-ATA--T-T--GTG-C-GCAC-T-TAT--T--CTTATCAGG--G--AA---T-TC--TAACC-C-AGAC-AAT--GGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AAAATTCATTGATAATTGCAGCACCTACCTTTTAAAGAAAATGCGATTACCAGATAATTAAGTC