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Reference ( gi|7 )            :                                                                                                                                                                                                                                           ATACAGAAC-TCTG-ATATTTTCA-T-GTTG-TATATA--GT-T--TT-TTG-T--TGTA-T----T-GC---TT-AATAGGCA-----GCT-TTTT-ATTCCATGG-A-CAGGT--GCCT--G------------T--CT-G-C-G-A--TT-----------A--T-G--T----G-GTTTT-A-ATGCAACAGG-C-A----TG-T-A----TGTTGT-TCTGTT--C-CATGG--A--A-------------TTA------------------GCCTG-G-TTGCAT-TTTTTATAT--G----------GT-TT---------TT--AATGCAAC-AGG------TT--------TT--GTAT--T-TT-A-T-TTTG-TAC-----TCTTCTTTT-GTC-ATTT-A-------TAA-T-CTTAAT-AAATG-ACC-ATTTTAG--TTTA------T-----GG-----AGGACTTGCTTT-AT-TTATT--TA-GA-GAGG-CAGACA-G-GCATA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                            TATATAAC-TCTG-TT-TTTACA-T-GTTG-TATAGAAAGT-T--GT-TTG-T--TGTAAT----T-GC---AT-AATAGACA-----GCT-TTTT-ATTCTATGG-A-CGTGA--GCCT--G------------T--CT-G-C---A--TC-----------AGTT-G--TATTAG-GTTTT-A-ATGCAACAGG-C-AA---TG-T-A----TGTTGT-TCTGTT--CTCATGG--A--A-------------TTA------------------GCCTG-A-TTGCATACTGTTATAT--G----------GT-TT---------T---AATGCAAC-AGAC-----TT--------TT--GAAT--A-TT-A-T-TATG-TACA----TCTTCTTTT-GTC-ATTT-A-------TAA-T-ATTAAT-AAATT-ACC-ATTTTAG--TTTATCTTTAT-----GG-----AGGACTTGCTTT-AT-TTATT--TG-GA-GAGC-CAGACA-G-GCATA
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                               AAAAC-GCAA-ATGTTTACA-T-GTTA-TATAAA--GT-TG-TT-TTGGTAGTGTA-TGCTAT-GT---TT---TATGCA-----GCA-CTTT-ATTCCATGG-A-C-GGTTAGCTT--GATTGGAAATTTTTAATT-G-C-ATA--TT-----------G--T-A--T----A-GTTTT-A-ATCCAACGAA-C-A----TGTT-A----AATT-----TGTT--C-CATGGACA--G-------------CTA------------------GCCCA-G-TTGCACATTTTTAT-T---------------------------------TGCA------------TT--------TT--GTA------T-AGT-GTTGATACAAAAAGCTTTTT------------A-------TAA-C-TTTCAT-AAATG-ACCTATTTATC--TTTG------T-----GA-----AGGCGTTGCGCT-AT-TTATT--GATGG-AAGG-TAGACG-G-ACA
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-9670 )     :                                                                                                                                                                                            NTACAAAAC-TCTG-ATATTTACA-T-GTT-G-TATATA--GT-T--TT-TTG-T--TGTA-T----T-GCTTAATAGGCAGCTTTTT-ATTCCATG-G-ACGG-GN-G-CCTG------------T--CT--G-CG--T--ATT--------------GT-------G-------T--G-GTTT----TAAT-GCA--ACAGG-CA----TG-TA----TG----TTGT-TCTGTT--C-CATGG------------AC-A-TTA------------------GCCT-G-G-TTGCAT-N--TT-TTATAT--G-GT-TT---------TTAATGCAAC-AGG-TT--------TT--GTATGTT---AT-TTTG-TAC----ATCTTCTTTT-GTC-ATTT-A-------TAA-T-NTTAAT-AAATG-ACC-ATTTTAG------TTTAT-----GG-----AGGACTTGCTTT-AT-TTATT--TGGAGAGG-CAGACA-G-GCATA
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                              ACAAAAC-TCTGGATATTTACAAT-GTA-A-TATATA--AT-TCCTT-ATG-T--TGTA-T----TTGCTTAATAGGCGCTTTTTT-ATTCCATGG-ACAG-C-AGCCTGAG----------T--CT--G-CA--G--ATT--------------GT-------G-------T--G-GTT------AAT-GCA--ACAGGTCA----TG-TA----TG----TTGT-TCTGTT--C--ATGATAGTTTTTTTGTAC-T-TTG------------------CCCT-G-T-CTGCAT--A-TT-TTATTT--G-TT-TTAA-------TTAATGCAAC-AGG-TT--------TTTAGTA-GTT---ATCTTTG-TAC--------TCTCTT-GTC-A-TT-A-------TAA-TCCTTAATAAAATG-ACC-A-TTAAG------TTTAT------G-----AGGAC-TGCGTT-A--TTATT--AGACGAGGCCAGACACG-GCAT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-9670 )     :                                                                                                                                                                                            NTACAAAAC-TCTG-ATATTTACA-T-GTT-G-TATATA--GT-T--TT-TTG-T--TGTA-T----T-GCTTAATAGGCAGCTTTTT-ATTCCATGG-ACGG-G-AGCCTG------------T--CT--G-CA--T--ATT--------------GT-------G-------T--G-GTTT----TAAT-GCA--ACAGG-CA----TG-TA----TG----TTGT-TCTGTT--C-CATGG------------AC-A-TTA------------------GCCT-G-G-TTGCAT--A-TT-TTATAT--G-GT-TT---------TTAATGCAAC-AGG-TT--------TT--GTATGTT---AT-TTTG-TAC----ATCTTCTTTT-GTC-ATTT-A-------TAA-T-NTTAAT-AAATG-ACC-ATTTTAG------TTTAT-----GG-----AGGACTTGCTTT-AT-TTATT--TGGAGAGG-CAGACA-G-GCATA
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gi|6                          :                                                                                                                           aacgccccataacatattttttcatgcttttctcatctcttcaatgaatagtcccaaatatttttgggCAGAAC-TCTG-ATATTTACA-TTGTT-G-TATATA--GT-T--TT-TTG-TG-TGTA-T----T-GCTTAATAGGCAGCTTTTT-ATTC-ATGG-AACA-G-TGC-TG------------T--CTT-G-CGATT--ATT--------------GT---------------T--G-GTTT----TAAT-GCA--ACAGG-CA----TG-TA----TG----TTGT--CT-TT--C-CATGG------------A--A-TTA------------------GCCT-G-G-TTGCAT--T-TT-TTTTATTTG-GTGTTG--------TTTATGCAAC-AGG-TT--------TT--GTATATTTTGAT-TTTG-TAC-----TCCTC-TTT-GTC-A-TT-A-------TAT-T-CTTAAT-AAATGAACC-ATTTTAG------TTTAT-----GG-----A-GACTTGCTTT-AT-TTATT--TAGAGAGG-CAGACA-GTGCATc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                             TACAGAAC-TCTG-ATATTTTCA-T-GTT-G-TATATA--GT-T--TT-TTG-T--TGTA-T----T-GCTTAATAGGCAGCTTTTT-ATTCCATGG-ACAG-G-TGCCTG------------T--CT--G-CG-----ATT--------------AT-------G-------T--G-GTTT----TAAT-GCA--ACAGG-CA----TG-TA----TG----TTGT-TCTGTT--C-CATGG------------A--A-TTA------------------GCCT-G-G-TTGCAT--T-TT-TTATAT--G-GT-TT---------TTAATGCAAC-AGG-TT--------TT--GTATTTT---AT-TTTG-TAC-----TCTTCTTTT-GTC-ATTT-A-------TAA-T-CTTAAT-AAATG-ACC-ATTTTAG------TTTAT-----GG-----AGGACTTGCTTT-AT-TTATT--TAGAGAGG-CAGACA-G-GCATA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                 aTT-GTTCCATGA-ACGC-T-AGCCTGG-----------T--TT--G-CA--T--ATTTTTATTTGCATTTTGT-------A-------T--G-GTGT----GGGT-GCA--ACAGG-C-----TA-TA----TTATTTTTAT-TTTGTT--C-CATGA------------AC-G-CTA------------------GCCT-G-GTTTGCAT--ATTT-TTATTT--GCAT-TTTGTATTGTGTTGATGCAAC-AGT-TTATAGTACATT--GTATGTT---AT-TTTG-TTT----GTTTTCC-----TC-ATTT-ATACAATGTAA-C-TTTAGT-AAATG-ACC--TACTAGTA----TTTATCTTTAGGGCTCCAGGAGTTGTTCT-TT-TTATTAGTGGA-AGA-CAAACC-G-ATATA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                 AAAC-TCTG-ATTTTTACA-T-GTT-----TATA--GT-T--TG-T-G-T--TGTA-T----T-GCATAATAGACAGCTTTTT-ATTCCACGG-ACGT-G-AGCCTG------------T--CT--G-CA--T--ACC--------------GG-------G-------T--a


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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-9670 )     :                                                                                                                                                                                            NTACAAAAC-TCTG-ATATTTACA-T-GTT-G-TATATA--GT-T--TT-TTG-T--TGTA-T----T-GCTTAATAGGCAGCTTTTT-ATTCCATGG-ACGG-G-AGCCTG------------T--CT--G-CA--T--ATT--------------GT-------G-------T--G-GTTT----TAAT-GCA--ACAGG-CA----TG-TA----TG----TTGT-TCTGTT--C-CATGG------------AC-A-TTA------------------GCCT-G-G-TTGCAT--A-TT-TTATAT--G-GT-TT---------TTAATGCAAC-AGG-TT--------TT--GTATGTT---AT-TTTG-TAC----ATCTTCTTTT-GTC-ATTT-A-------TAA-T-NTTAAT-AAATG-ACC-ATTTTAG------TTTAT-----GG-----AGGACTTGCTTT-AT-TTATT--TGGAGAGG-CAGACA-G-GCATA
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gi|6                          :                                                                                                                           aacgccccataacatattttttcatgcttttctcatctcttcaatgaatagtcccaaatatttttgggCAGAAC-TCTG-ATATTTACA-TTGTT-G-TATATA--GT-T--TT-TTG-TG-TGTA-T----T-GCTTAATAGGCAGCTTTTT-ATTC-ATGG-AACA-G-TGC-TG------------T--CTT-G-CGATT--ATT--------------GT---------------T--G-GTTT----TAAT-GCA--ACAGG-CA----TG-TA----TG----TTGT--CT-TT--C-CATGG------------A--A-TTA------------------GCCT-G-G-TTGCAT--T-TT-TTTTATTTG-GTGTTG--------TTTATGCAAC-AGG-TT--------TT--GTATATTTTGAT-TTTG-TAC-----TCCTC-TTT-GTC-A-TT-A-------TAT-T-CTTAAT-AAATGAACC-ATTTTAG------TTTAT-----GG-----A-GACTTGCTTT-AT-TTATT--TAGAGAGG-CAGACA-GTGCATc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                             TACAGAAC-TCTG-ATATTTTCA-T-GTT-G-TATATA--GT-T--TT-TTG-T--TGTA-T----T-GCTTAATAGGCAGCTTTTT-ATTCCATGG-ACAG-G-TGCCTG------------T--CT--G-CG-----ATT--------------AT-------G-------T--G-GTTT----TAAT-GCA--ACAGG-CA----TG-TA----TG----TTGT-TCTGTT--C-CATGG------------A--A-TTA------------------GCCT-G-G-TTGCAT--T-TT-TTATAT--G-GT-TT---------TTAATGCAAC-AGG-TT--------TT--GTATTTT---AT-TTTG-TAC-----TCTTCTTTT-GTC-ATTT-A-------TAA-T-CTTAAT-AAATG-ACC-ATTTTAG------TTTAT-----GG-----AGGACTTGCTTT-AT-TTATT--TAGAGAGG-CAGACA-G-GCATA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                 aTT-GTTCCATGA-ACGC-T-AGCCTGG-----------T--TT--G-CA--T--ATTTTTATTTGCATTTTGT-------A-------T--G-GTGT----GGGT-GCA--ACAGG-C-----TA-TA----TTATTTTTAT-TTTGTT--C-CATGA------------AC-G-CTA------------------GCCT-G-GTTTGCAT--ATTT-TTATTT--GCAT-TTTGTATTGTGTTGATGCAAC-AGT-TTATAGTACATT--GTATGTT---AT-TTTG-TTT----GTTTTCC-----TC-ATTT-ATACAATGTAA-C-TTTAGT-AAATG-ACC--TACTAGTA----TTTATCTTTAGGGCTCCAGGAGTTGTTCT-TT-TTATTAGTGGA-AGA-CAAACC-G-ATATA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                 AAAC-TCTG-ATTTTTACA-T-GTT-----TATA--GT-T--TG-T-G-T--TGTA-T----T-GCATAATAGACAGCTTTTT-ATTCCACGG-ACGT-G-AGCCTG------------T--CT--G-CA--T--ACC--------------GG-------G-------T--a
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CGGGTTATTGCTGTATTTAGCCTAACCTGTACCATCGCTGTTTATTACTTCTTGCTCATGCGCATTGGATTTTCTACTTTGGTAAACATTGACACCATACCTTCTGTCTGCCTCCACTCACCCCTCCTCCATTAACTCTGTGGATAT
Unaligned ( gi|15 ): ACCGGGTTATTGCGGTATTTAGCCTACCCTGTACCAAAGCGGTTTACTACTTCATGCGCATTGGATTTTCTACTTTGGTAAATATTGACACCATAACTTCTATCTGCCTCCACCCACCCCTCCTCCATTAACTATGTGGCT