lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 7777777777777777 11111 111 1111111111 222222 22222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11 44444444444444444444444444444 2222222222222222 444444444444444 11 11 1111111111 1111
lowQualScore : 3 4 6 44 3 888 3 4 3 2 33 33 33 9 7 2 1111111111111111 333 22 2 11111 2 666 22 22 0 5 444 2 7777777 1111111111 2 77777 55 222222 2 5 11111111 77 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 8888888 00 2 4 4 4 11111111111111111111111111111 4 6 33 2222222222222222 33 66 666666 22 555555555555555 2 11 2 5555 2 666666 2 2 44 00 3 44 99 7777777777 2222 4 4
lowQualScore : . . . .. . ... . . . . .. .. .. . . . ................ ... .. . ..... . ... .. .. . . ... . ....... .......... . ..... .. ...... . . ........ .. ............................................................................ ... ....... .. . . . . ............................. . . .. ................ .. .. ...... .. ............... . .. . .... . ...... . . .. .. . .. .. .......... .... . .
lowQualScore : 3 0 2 66 3 555 1 7 1 5 11 11 11 4 6 2 0000000000000000 555 88 0 33333 0 222 88 44 2 8 444 2 2222222 8888888888 4 44444 66 999999 5 0 11111111 99 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000 7777777 00 5 7 7 7 33333333333333333333333333333 4 8 22 6666666666666666 55 22 111111 99 333333333333333 2 88 4 0000 4 888888 4 4 22 11 7 66 00 7777777777 5555 0 0
consensus : TATTAGC-TCTAAAC--CT-G---A-ANA-TTTT-ATTT--T--G--TTGTAAAAATGT-GC--T--TNTAT-GTCA-G---ATAGTT--TTGTATGT-AN----C-TTTAA---CC--ATA-ATCATTAATAAAAT-T-A-A-------A------C---T-AAG----TTTAA--GAT-----TTTTATCA-A-A-AT---ANAGA-TTT--TC-----------GGN-TT-TA--TTGAATAAAT--T---ATTT-ATAT--ATTAACAT--CAT----GTA-T-ATATAN-AAA-------T--CAAT-T-T-T-GTA------C---G----G----AA------GACAA-TAA--TG---N---AA--T--TTTG-CT-TCAT------TCAGA--GCC----TCT------G-AATA-GA-TTTTCT----AACA-CA------A-A-TATCA--A-TAAC--AAAAG-NT------TA-TAAACC----TT-AT-TTTA
Reference ( gi|11 ) : TATTGGC-TCCAAAC--CT-G---A-ACA-TTTT-ATTT--T--G--TTGGAAGAATGT-GC--T--TGTAT-GTCA-G---ATAGTT--TTGTATGT-AT----C-TTTAA---CC--ATA-ATCATTAATAAGAT-T-A-A-------A------C---T-AAA----TTTAA--GAT-----TTTTATCA-A-A-TT---ATAGA-TTT--TC-----------GGA-TT-TA--TTGAATAAAT--T---ATTT-ATAT--ATTAACATA-CAT----GTA-T-ATATAC-AAA-------T--CAAT-T-T-T-GTG------C---G----G----AC------GACAA-TGA--TG---A---AA--T--CCTG-TT-CCAT------TCAGA--G------TAT------G-AATA-CA-TTTTCT----AACA-CA------A-A-TATCA--A-AAGC--AAAAG-GT------CA-GAAACC----TT-AT-TTTA
gi|12 : TATTGGC-TCCAAAC--CT-G---A-ACA-TTTT-ATTT--T--G--TTGGAAGAATGT-GC--T---GTAT-GTCA-G---ATAGTT--TTGTATGT-AT----C-TTTAA---CC--ATA-ATCATTAATAAGAT-T-A-A-------A------C---T-AAA----TTTAA--GAT-----TTTTATCA-A-ATTT---ATAGA--TT--TC-----------GGA-TT-TA--TTGAATAAAT--T---ATTT-ATAT--ATTAACATA-CAT----GTA---ATATACAAAA-------T--CAAT-T-T-T-GTA------C---G----G----AC------GACAA-TGA--TG---A---AA--T--CCTG-TT-CCAT------TCAGA--G------TAT------G-AATA-CA-TTTTCT----AACA-CA------A-A-TATCA--A-AAGC--AAAAG-GT------CA-GAAACC----TT-AT-
gi|29 : TATTAGC-TC--AGCTTCT-G---A-AAA-TTTT-ATTT--T--G--TTGTAAAAATGT-GC-----TGTG--GT---G---ATAGTT--TTACATGC-AA----T-GTTCA---CC--ACA-A--ATTTACAA
gi|5 : taTATTAGC-TTTAAAT--CT-G---A-AAA-TTTT-ATTT--TTTG--TTGTAAAATTCT-GCCAT--CGT--------G---ATAGTT--TTGTTTGT-AA----C-TTTCC---CC--ATT-ATCATTAATAAAAT-CAA-A-------A------T---T-AAG----TTTAT--AA------TTTCATAA-A-A-AT---AACGA-CTT--CC---------------TT-C------------C--T---ATTC-ATAT---TCAGCAT-------------T-ATATAG-AAAAGATTTTT--TTTT-T-T-T-GTA------C---G----G------------GAGGA-T-A--TGT--T---AA--T---TTG-CT-TCATTCATAATCAGA--GCC----TCT------A-AATAGGA-TTTATT----AACA-GA------A-G-Ttagaaat
gi|4 : aaTATTAACATCTAACC--CT-AGGTA-AAA-TTTA-ATTTGCT--G--TT--AAAAATGT-GC--T-----AT-TGC--G---ATA--C--TTGTATGT-AC----C-TATAA---CC--AC---TAATTAATAAAATGTGA-A-------A------C---T-AAAGCTGCTCAA--GA------TTATATCACA-A-AT---AAAGA-TTC----------------AA-TTCTA--TTAAATAAA--------------------CAGC------T----GTA-T-G---AC-----------T----AT-T-T-T-GAT------C---G----G----GA------AAC-A-TAA--TG-------TA--T--TTTG-CT-GCAA------TC-GA--GTTT---TCT------G-AATA-TA-TTTTTC----TACA-TA------A-A-T-TCA--A-TA-C--AAAAG-TT------TA-CGAACCATATTT-AT-TTTAttataaccgtattttttcctgtcattgtaattcacaatgtaaatgccagtttaaagaaaaaaatgtaaatcacaatttagaatgaaaatttctaatat
gi|1 : tACTAGC-TCTGAAC--CT-G---A-AAC-TTTC-ACTT--T--G--TTGTAAAAATGA-GT---------T-ATCATG---ATAGTT--TTGTATGT-AT----C-TTTGAAT-CT--TTC-ATCATTGATAAAAT-T-A-A-------AT-----C---T-AAG----CTCAA--GA------TGTTATCA-A-A-AG---AAACA-TTT--T----------------------------------------TTT-ATAC--A-TAATATA-CA-------------GTAG-AAG-------T--CAGT-T-T-T-ATT------A---GAATTG----AA------GATCA-TAG--TG---T---CA--T--TTTG-TT-TCAT------TCAGA--G------CTTCA----G-AATA-AA--TTTCT----AACACCA------A-ATTATTG--A-TAAC--AAAAG-TT------TATAAAACC----TT-ATATTTttctttcattaactaaaaaatcaaaagtttacaaccgaaaaaaattttcgacaccaaaaatgaaagctaatatgactttaa
gi|3 : ttgtaatcagatgatttttaaaaggcttatattcatttgTTAGC-ACTGAAT--AT-G---ACAAA-TTTC-ATTT--T--G--TTATGAAAATGT-GC--TATTTTAT-----------TGGGT--TTGT-TAT-A-------------------ATATATCATTGATAAGAT---A-A-------A------A---T-A---------------------CTTTATCA-GGA-TCCAGAGAGA-TTT--T-------------GT-TC-TA--TCGAATACATAAT---ATTTGATA---ATTA--------------TA-T-ATGTAT-AAA-------T--CAAT-T-TGT-GTA------C---G----G----AAA-----GGCA--TAA--TG---T---AA--T--TTTG-CT-TCAT------TCAGA--GCCGCGCTCT------G-AAAA-GA-TTTTCTGGAAAAAA-AA------A-A-TGTTA--A-TAAC--GAAttttttttttttttttattgaattgaatatgaacaataaaatttctgtcatgaaaacgaaagcttaagtaacttttaacttaatttt
gi|2 : aagcaatatttGC-TCTAAAT--CTTGT--A-AT--TTTT-GTTT--T--G--TTGTAAGATTTA-GCA-T--TTTTT------G---ATAGTT--TTGTACGT-AA----C-TTCAA---CC--ATA-ATCATTAATAAGGT-T-A-GAAATGATA------CTAAT-AAA----TTTAA--GA------TTGTATCG-ACG-TT---A-AGA-TTCAATCTAATTTAAAAAGGA-TC-TAATTTGATTGGAT--TTCCGTTT----T--GTTAA-ATATCATAATAGCATT-ATATAA-AAA-------TA-CATT-T-T-T-GTA------CA--G----A----AA------GACAA-TAA--TG---T---AA--T--TTTGCTT-CCA-------TCGGA--GC-----TTT------A-AATG-GG-TTTTCT----CGCA-AAGATTTTA-A-TATCA--A-AAGgttttttctgtcattgtgatctagtattagtaaatcttaattttacaacaaaaatgttccacactagtgcatgacagctaatattcctttgaaatattctgcaaaacgaaa
gi|6 : aC-TCTAAAT--CT-G---A-ACA-TTTT-ATTT--C--G--CTGTAGAAATGTAGCA-T--TGC--------G---ATAGTT--TTGTATATGATATAAC-TTTAA---TA--ATA-ATCATCAATAGAAT-GAA-A-------A------C---T-AGA----TTTAA--GA------TTTCATCA-A-ttatacctttatctgtcattgaaatagttaatcataatttaacagcagaacgttttgacaccaaagtatgacggctaatattg
gi|27 : caaaacaacgttatC-TCTAATT--CT-G---A-AAA-TTAT-ATTT--C--G--CTGTAA-AATGT-TC--T--AATAT----A-G----TGGTT--TCATGTGT-AA----C-TTTAA---CC--TTT-ACTATTAATAAAGT-C-ACA-------A------C---A-AAG----TTTAC--GAT-----gacaaaatatttcagtaaattaatttttgcacgggaaaacaataaatctagagcctccaacatgttttctaacacaaacattgatgaacctaattttttctataattgaagtagtaaatcgcagtacctcacacacgtaaatgacagctaatattgctttaacattttcggaatgacaatattaatatg
gi|9 : ttta-TCCAAAC--C--G---A-ACA-TTTTTATTT--T--G--TTGGAAGAATGT-GC--T--AGTATTGTCA-G---ATAGTT--TTGTATGT-AT----CCTTTAA---CC--ATA-ATCATTAATAAGAT-T-A-A-------AA-----C---T-AA-----TTTAAACGAT-----TTTTATCA-A-A-T----ATAGAATTT--TC-----------GGA-TT-TA--TTGA-TAAAT--T---AT---ATAT--AT-AACATT-AAT----GTA-TTATATAC-AAA-------TTCCAAT-T-T-TTGTA------C---G----G----ACACGAACGACAA-TGAATTG---A---AAAAT--CCTG-TTTCCAT------TCAGA--G------TAT------G-AATA-CA-TGTTCT----AACA-CA------A-A-TATCA--A-AAGCCAAAAAG-GT------CA-GAAACC----TT-AT-TTTgtcatgaaaataaacat
gi|16 : aAAA--CT-G---A-ACAAGTTT-ACTT--T--GATTTCGAT---TGT--C--T--TTTA-----A-G---GAAGGT--TTGTGTGC-AT----T-TTTAG---CG--ATA-AT-ATT--TGA----T-A-A-------A------C---TTAAG----TTTCA--GAT-----T-TTATCA-A-A-AT---AATGA-TTT---------------GAG-TTCTG--TTGAATA-----------------------AACAT----------TA-C-ATAGAC---A-------T--C-AT-T-T-T-GTA------T---G----G----AA------AACAA-TCA--TGTAAA---GA--T--C----TT-CTGT------T-AAA--G------TATTTTTAAA-AACA-GA-TTTTCT----GACA-CA------A-T-TATCA--ATAAGA--AAAtat
gi|7 : atgttaactgC--CT-G---A-AAA-TCTT-ATTT--T--G--CTGTAGAAATGT-GC--TA-TTTAT-GATA-GCTAATAGATACATGTATGT-AT----C-TATAAGTGCC--ATA-ATTATTATCAAAAT-TAA-A-------A------C---T-AAG----ATCAA--GATATCAATTTTATCA-A-A-AT---A-AAA-ATT--TC-----------AGT-TT-TG--TGGAATA
gi|23 : aagcaatattatttctaaccctggg---A-ACA-TTT--ATTT--C--G--TTGTAAAACTAT-GC--T--AGTAT-GATT-G---TTGTTT--TTTTTTGT-AA----T-TTTTA---TA--ATA-ACCATTAAGAAAAT-T-A-A-------A------C---C-AAA----TATAA--CA------TTTTATCA-A-A-AT---ATAGA--TT--TC-----------GGT-TC-TA--TTGAAttggacaagaagacaataacgttatttgattcattcagagcatcaataacaaaagtttacaagccttggtgttttcttccactaaaataataaatcacaattttacaaacaaaactttcgacaccaatg
gi|35 : gatcttactttaattgaTC-ATTT--T--A--ATGTAACAATGT-GT--T--------ATCATG---ATAATT--TTGCATGT-AT----C-TTTAA---CC--ATA-ATCATTAATAAAA--T-A-A-------A------cgtataacat
gi|38 : TC-ATTT--T--G--CTGTAAAAATGT-GT--T--------ATCATG---ATAACG--TTGTATGG-AT----C-TTTAA---CC--
gi|8 : aaT-ATTT--T--G--TTGTAAAAATGT-GC--T--ATTAT-G--------ATAGTT--TTATATGT-AA----C-TTTTA---CC--ATT-ATCA-----------------------A----------T-AAA----TGTAC--GAT-----TTT-ATCA-A-A-AT---AAAGA-TTT---------------AAATTT-TA--TCGAATAAA
gi|18 : aagtgatattagctctaattctaaaaaaaaaaaTTT--T--T--TTGTAAAGATGT-GC--T--TTTAT-G--------ATAATT--GTGTATGT-AA----T-TTTCA---CC--ATT-GTCATTGATGAAAT-CAA-A-------A------C---C-AAG----TTCAAG-GGTTAGG-TTTTATCA-A-A-GT---ATATA--TT--TC-----------AG---T-TA----GCATTAAT--T---TTTT-GTagacaatggtataattttgcttccttcaaatcctctaaatgaattttctaacgcaaatcttgataacgtaagtttataaacctttattacttttctgtcattgaaatagtaagtcacaattttactacaaaaagtgtcaacaccgaacagacagccagaattat
gi|13 : --T--G--TTGGAAAAAAGT-GC--T--------ATCATG---ATA-TT--TT-TATGT-GA----C-TTTAA---TC--ATA-ATAA--AAT----T-T-A-A-------T------A---T-AAG----TCCAA---AC-----ATTTATCA-A-A-AT---AAAGA-TTT----------------GC-TT-TA--ATGAA----------------ATAT--A-TGACAT----T----GT--T----TAC-AGA-------T--TAATCT-T-T-GTA------C---G----GA---AA------GACAACTTA--TG---CTTTAA--T--TTTG-CC-TCTT------TCAGA--GCC----TTT------G-GATA-GG-TTTTCT----AACG-CA------ATT-TATTAATA-AAAT--AAAGGAGTACCCCCCA-CGAACC----TTAAT-TTTgagggaggtagaaggcagtgtaatgttgcttaattcagaaaacgccaaatcaataacaaaagttcatataccttatattattctgaa
gi|25 : tcaagcaatatttggcataattatggaaaacaaaa---ACAGTT--TTGTATTT-GT----C-TTTAA---CA--GTA-ACCATTGATAAAAT-T-A-A-------AATCATGC---T-AAA-----TTA-----------TTCTATCA-A-A-AT---A-AAA-ATG--TC-----------AGG-TC-TG--TTGAAGA------------T-ACAT------GCAT--CAT----ATA-C-ATGTAG-GAA-------T--AAAT-TAT-T-GTA------CA--G----A----AA------GACAA-TGtttt
gi|30 : ---ATAGTT--TTGTATGT-A-----C-CTTGA---CCATATA-GTCATTGATAGTAT-TAA-A-------A------C---T-ACG----CTCAA--GAT-----TTATATCA-A-A------ATAAA-TTC--T
gi|17 : --TTGAATATATA-C---ATGT-A-GT--ATTACAATA-CAT----GTG-T-ATAGA---AA-------T--AAAT-T-TCT-TTA------C---G----G------------------------G---A---AG--T--T-TG-CT-TTAT------TCAGACCG------C-T------G-AATA-GA-TTTTCT----AACA-CT------G-T-TATCA--A-TTAC--AAAAG-GT------TA-TATACC----TT-AT-TTTgtagaatatatat
gi|14 : atatcgtttcttT--T---ATTT-ACATGCAATAGCAT-------------T-ATACAG-AAA-------T--CAGT-CGT-T-GTG------C---G----GGAATAC------AACAATTGA--TG---T---AA--T---TTG-CT-TCGT------TCAGA--ctattctgtcattgaagcagtaaatgacaattttgtaaaaaaaaaataagaaataattaattataataaaattaaaccatgtaccgtaat
gi|7 : tgtttccggttctATAA-AAA-------TTTCAGT-T-T-T-GTGGAATATT---G----G----ACAAGAA-GACAA-TAA--CG---T---TA--T--T-TG-AT-TCAT------TCAGA--G------CAT------C-AATA-accccccgactagttactaatggactaatatacacatgtacatgtaactaaagtttatatcaactatatttggttgccattgaaattgtaaatcacaattttacaacaacttcaacaccaaatgacagctaatactgcttcaagatccggagcaagatgaca
gi|10 : aagcaatattatttctaaccctgggcctgaaaatcttattttgctgtagaaatgtgctatttatgatagctaatagatacatgtatgtatctataagtgccataattattatcaaaattaaaactaagatcaagatatcaattttatcaaaTAG-AAA-------T--CAAT-T-T-TTGTA------C---G----GG---AA------AACAA-TAA--TG---GT--AG--TGCTCTG-TC-TTAT-------CA-A--GCTC---TA-------G-AATA-AGGTTTTGT----AACA-CA------A-A-TATacaaaagtttacaagccttggtgttttcttccactaaaataataaatcacaattttacaaacaaaactttcgacaccaatg
gi|6 : tgttcaagtaatattagctctgaatatgagaattctattttgatagtctctttttttcataatgctaaccatcaacattaatagaataaaattttcataaaaattccatctaattaaagatttcaggatatct-AAA-------T--TAAT-T-T-T--TG------CACGG----G----AA------AACAA-T---------A---AA--T--CT------------------AGA--G------CCT------CCAACA-TG-TTTTCT----AACA-CA------A-A-CATtcattcaatgtagcaaagttttacaaataattgcattacgatttgtattagttttggatacctcactgacagcttgctt
gi|8 : caaaacaacgttatctctaaatctgaacattttatttcgctgtagaaatgtagcattgcgatagttttgtatatgatataactttaataataatcatcaatagaatgaaaactagatttaagatttcatcaagacaaaatatttcagtAAT-T-T-T-AT-------C---G----A----ATAAAA--GACAA-TGG--TA---T---AA--T--TTTG-CT-TCCT------TCAAA--TCC----TCT------A-AATG-AA-TTTTCT----AACG-CA------A-A-TCTTG--A-TAAC--GTAAG-TT------TA-TAAACCT---TT-AT-tgatgaacctaattttttctataattgaagtagtaaatcgcagtacctcacacacgtaaatgacagctaatattgctttaacattttcggaatgacaatattaatatg
gi|20 : aagtgatattagctctaattctaaaaaaaaaaatattttgttgtaaaaatgtgctattatgatagttttatatgtaacttttaccattatcaataaatgtacgattttatcaaaataaagattta-T-T-GTA------C---G----GG---AA------GACAA-AAA--TT---A---AA--T--TTTG-CT-TCAT------CCAGA--GCC----TCT------G-AATA-GA-CTTTTT----ATCA-CA------T-A-TATCA--A-TAAC--ACAAG-TT------TA-TAGACC----TT-AT-CTacttttctgtcattgaaatagtaagtcacaattttactacaaaaagtgtcaacaccgaacagacagccagaattat
gi|22 : aA-TAA--TG---G---AA--C--TCTG-TC-ACAT------TCAGG--GCC----TCT------G-AATA-CA-CTTTCT----AGAA-CA------A-A-AACCA--A-TAAC--AAAAG-TT------AA-TAAAAC----TT-AT-TTTatttttttcattgaattaataaaccacaattttacagcaaaaaaaaaatttacagcaaaaaaattgacaccaaaatgaaaactaatattgtat
gi|24 : TG-CT-TCAT------TTCGA--ACC----TCT------G-GACA-GG-TTTACT----ACCA-CA------A-A-CAGCA--A-TAAC--AGAAG-CT------TA-TCAACC----TT-AT-TTTcgtctttcattgaaatcaatacaattttgcaccatagaattttgacactagaataaaagctaatattaatttga
gi|33 : tacgggaatacgatatatatCAT------TCAGA--GCC----TCT------G-AATA-GA-TTTTCT----AACA-CA------A-A-tatctcattgaaatagtaaaccaaaatcccacccccaaaatgacagctaatcttgtttt
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CTGAAAATTCTTGATCTATCGAATTGTTGTAAAAGTGCTTCTATGATAGTTTTGCAATGTATACCCGAGTGTATACCTTTAACCATTATCATTATCAAAATGAAAACCAATTTGCAAATCCATAAGACTTTATCGAAATGAAGATTTCATTTCTATTGAATATATATGTATACAGCTAGTATATAACAATTAATTGTTTCTCTCGGAGCCTCTAATCATGCAGGTTTTCTTATGCAAGAATTAAT
Unaligned ( gi|19 ): TTGTAAAAAGCTAGCTTTTTATGTACATGTTGCTTTAAAATCATAAATCAACTTTAATTTATAAATACGTTTTGATTAAAATATCAAAACAGATATTTTTTTTTAAATAGAACATAACATATTGTACTTATGTAAATCAATGTTTGTACGAGAAAATAATATGTAATTTTGCTTCTTTTGGAGCCTTTAGATA
Unaligned ( gi|21 ): TCTACAGGAGGATAACATAATTGAATTGCTTTATTCGGAGCCTCTATATATAGGTTAACTAACAAAAAGATCACTAACAAGCTTATAAACCTTAATTTTGTTCTGTCATTGAAATCGTCAATTATGATTTTACAACAAACTCCAACAACAAAATGACAGCTAATAAT
Unaligned ( gi|26 ): TTGCTTATTCAGATCCTCTGACTAGGGTTTCCAACTTAAATATGAATCACAAAAGTTTATAAAACCTGTTTTCAGTCATTGAAATAGCGGATCACAATTTTACAACAACAAAACGTTTTGATGTCAAAATGAGATTTAATGTTC
Unaligned ( gi|28 ): AATATTAGTAACGTAAGTTTATAAACCTTATCTTTCTCCTGTCATTGATATAGTCATTAAAATCACAATTTTACACACACAAAAATCAACAACAAATAACTACCAAATTT
Unaligned ( gi|31 ): AATTTTGCTTGAATGAGTTTTCTTACGCAAATATAAGTTTATAAGCCTTCATTTTTTTCTGTCATTGAAATTTTACAACAAAAAATTTCAA
Unaligned ( gi|32 ): AAAGTCTATATACTAGTCGGTCATTGAAATAGTAAATCAAATTTTTACAACAAAAACTTTTGACACCAAAATGACAGCTTTATTGCT
Unaligned ( gi|34 ): TTCTTTCGTTGAAATAATGAATCACAATTTTACAACAAAAGTTTTCGACATGCATCAAAATGAAAGATAGTTGTACTTTAGA
Unaligned ( gi|36 ): CAATTCTACAACAAATAATTTCGACACCGAAATGAAAGCTAACATTGCTTTGATCTAGATCAACATG
Unaligned ( gi|37 ): TTCCGGTTGTTTTGAACATATATAGCATTCTACAGAAATCAGGTTTTTGTACCGGAAAACAATAAT
Unaligned ( gi|39 ): TCTGTGAAAACTGTAGGTAGCATATTATGGGGATTTTT
Alignments
lowQualScore : 444444444444444 111111111111111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111
lowQualScore : 1 2 4444 55 2 1 999999 888888 333 22 1 2 1 44 777777777777777 22 000000000000000 44444 8888888 1 777 555 1 333 333 111 3 6666666666666666666666666666666666666666666666 3 1 1 4444 2 2 66666666666666666666666 333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 33 99999999999999999 4 3 3 1 6666 5 3 000000000000 66 0 22 3333 888888 22 1 444444 888888 4444 1 33 22 333 3333 22 1 1 1 33333 1 666666666 22 2222 2 4444 6666 4 2
lowQualScore : . . .... .. . . ...... ...... ... .. . . . .. ............... .. ............... ..... ....... . ... ... . ... ... ... . .............................................. . . . .... . . ....................... ... .................................................... . .. ................. . . . . .... . . ............ .. . .. .... ...... .. . ...... ...... .... . .. .. ... .... .. . . . ..... . ......... .. .... . .... .... . .
lowQualScore : 2 7 0000 66 4 0 111111 222222 555 66 9 3 9 55 999999999999999 33 444444444444444 22222 0000000 7 555 000 7 000 000 333 6 0000000000000000000000000000000000000000000000 1 9 9 0000 3 0 77777777777777777777777 444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 88 11111111111111111 0 6 6 8 5555 0 3 111111111111 00 7 33 5555 888888 44 6 666666 999999 8888 5 77 11 333 4444 22 6 5 5 88888 5 222222222 11 4444 8 4444 2222 0 2
consensus : TATTAGC-TCTAAAC--CT--GA-AAA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-NTTAT-G---G---ATAGTT--TT---------------GT-----ATGTAN------C-TTTAA---CCATA--A-TCA---TT---AATAAAAT-T-A-AA-------C-TAA----GTT---------T-----AA--GAT-----TTTTATCA-AA-AT----AAAG-AT-TT--TC-----------G-GTTCTA--TTGAATA-AT--T---ATTT-ATATATTA--A-CAT-C-AT----G-TA-T-A------TATA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-T-GT----AC-G-G-A-A-----G--ACAA--TAA--T----G--T---AAT--TTTGCTT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-TTTA
Reference ( family-961 ) : TATTAGC-TCTAAAC--CT--GA-ANA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-TNTAT-GTCAG---ATAGTT--TT---------------GT-----ATGTAN------C-TTTAA---CCATA--A-TCA---TT---AATAAAAT-T-A-AA-------C-TAA----GTT---------T-----AA--GAT-----TTTTATCA-AA-AT----ANAG-AT-TT--TC-----------G-GNTTTA--TTGAATAAAT--T---ATTT-ATATATTA--A-CAT-C-AT----G-TA-T-A------TATA-NAAA-------T--C--AA--T-T-T-T-GT----AC-G-G-A-A-----G--ACAA--TAA--T----G--N---AAT--TTTGCTT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGNTTAT-A--AACC----TT-AT-TTTA
gi|1 : ACTAGC-TCTGAAC--CT--GA-AAC------TTTC------ACT---TT--GTTGT-AAAAATGA-GT--T-ATCAT-----G---ATAGTT--TT---------------GT-----ATGTAT------C-TTTGAAT-CTTTC--A-TCA---TT---GATAAAAT-T-A-AAT------C-TAA----GCT---------C-----AA--GA------TGTTATCA-AA-AG----AAAC-AT-TT--T----------------TTTA--T------------------------------A-CAT-A-AT----A-TA-C-A-------GTA-GAAG-------T--C--AG--T-T-T-T-ATTAGAAT-T-G-A-A-----G--ATCA--TAG--T----G--T---CAT--TTTGTTT-CAT------TCAGAG-C----TTCA----G-A--AT--A-AA-TTTCT----AAC--ACCAA-ATTA-----T-TG---------A--TAAC--A-AAAGTTTATAA--AACC----TT-ATATTT
gi|10 : ttgtaatcagatgatttttaaaaggcttatattcatttgTATTAGC-TCTGAAT--AT--GA-GAA------TTCT------ATT---TT--GAT------AGTCT--C--T-TTT-T-TTCA-----TA-----------------------------ATGC------------TAA---CCATC--A-ACA---TT---AATAGAAT-----------------------------------------AA--AAT-----TTTCATAA-AA-AT---------------------------------TCCA--TC---TAA----------TT-AAAGATT-------T-C-AG----GATA-T-C------T-TA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-TTGT----AC-G-GGA-A-----A--ACAA--TAA--T----G--GT--AGTGCTCTGTCT-TAT------CAAG--------CTCTA---G-A--AT--AAGGTTTTGT----AAC--A-CAA-A-TATTCATT-CA---------ATGTAGC--A-AAGTTTTAC-A--AAttttttttttttttttattgaattgaatatgaacaataaaatttctgtcatgaaaacgaaagcttaagtaacttttaacttaatttt
gi|11 : tgttcaagtaaTATTGGC-TCCAAAC--CT--GA-ACA------TTTT------ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-TGTAT-GTCAG---ATAGTT--TT---------------GT-----ATGTAT------C-TTTAA---CCATA--A-TCA---TT---AATAAGAT-T-A-AA-------C-TAA----ATT---------T-----AA--GAT-----TTTTATCA-AA-TT----ATAG-AT-TT--TC-----------G-GATTTA--TTGAATAAAT--T---ATTT-ATATATTA--A-CATAC-AT----G-TA-T-A------TATA-CAAA-------T--C--AA--T-T-T-T-GT----GC-G-G-A-C-----G--ACAA--TGA--T----G--A---AAT--CCTGTTC-CAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGC--A-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-TTTAtaattgcattacgatttgtattagttttggatacctcactgacagcttgctt
gi|12 : TATTGGC-TCCAAAC--CT--GA-ACA------TTTT------ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T--GTAT-GTCAG---ATAGTT--TT---------------GT-----ATGTAT------C-TTTAA---CCATA--A-TCA---TT---AATAAGAT-T-A-AA-------C-TAA----ATT---------T-----AA--GAT-----TTTTATCA-AATTT----ATAG-A--TT--TC-----------G-GATTTA--TTGAATAAAT--T---ATTT-ATATATTA--A-CATAC-AT----G-TA---A------TATACAAAA-------T--C--AA--T-T-T-T-GT----AC-G-G-A-C-----G--ACAA--TGA--T----G--A---AAT--CCTGTTC-CAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGC--A-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-
gi|13 : T--GTTGG-AAAAAAGT-GC--T-ATCAT-G-------ATA-TT--TT----------------T-----ATGTGA------C-TTTAA---TCATA--A-T-------------AAAAT-T-T-AA-------TATAA----GTC---------C-----AA---AC-----ATTTATCA-AA-AT----AAAG-AT-TT-----------------GCTTTA--ATGAA----------------ATATAT-G--A-CAT----T----G-T-----------T-TA-CAGA-------T--T--AA--TCT-T-T-GT----AC-G-G-A-AA----G--ACAAC-TTA--T----G--CTTTAAT--TTTGCCT-CTT------TCAGAG-C----CTTT----G-G--AT--A-GGTTTTCT----AAC--G-CAATT-TA-----T-TA---------A--TAAA--ATAAAG
gi|14 : tcaagcaatatttggcataattatggaaaacaaaaT--T---ATTT-ACATGC-A--A-TAG-C-AT---------T-A------TACA-GAAA-------T--C--AG--T-CGT-T-GT----GC-G-GGA-A-----T--ACAA--CAA--TTGATG--T---AAT--TT-GCTT-CGT------TCAGAACC----CCCC----G-A--CT--A-G--TTACT----AATGGA-CTA-A-TA-----TACACATGTACATG--TAAC--T-AAAGTTTAT-ATCAACT----AT-AT-TTgagtaccccccacgaaccttaatttttttt
gi|15 : tgtttccggttct--CT--GA-AAA------TTCTTGATCTATCGAATT--GTTGT-AAAA--GT-GC--T-TCTAT-----G---ATAGTT--TTGCAATGTATACCCGAGT-----GTATAC------C-TTTAA---CCATT--A-TCA---TT---ATCAAAAT-GAA-AA-------C-CAA----TTTGCAAATCCAT-----AA--GA------CTTTATCG-AA-AT----GAAG-A--TT--TC-----------A-TTTCTA--TTGAATA-----T---A--T-ATGTAT----A-CAG-C-TA----G-TA-T-A------TA--------------------------------------------------------ACAA--T------------T---AA----TTGTTT-CTC------TCGGAG-C----CTCT----A-ATCATGCA-GGTTTTCT----TAT--G-CAA-G-AA-----T-TA---------A--Tggttgccattgaaattgtaaatcacaattttacaacaacttcaacaccaaatgacagctaatactgcttcaagatccggagcaagatgaca
gi|16 : CTGAAA--CT--GA-ACAA-----GTTT------ACT---TT--GATTT-CGAT-TGT--C--T-TTTA-----AG---GAAGGT--TT---------------GT-----GTGCAT------T-TTTAG---CGATA--A-TAT---TT---GATAAACT-T-A-A-----------------GTT---------T-----CA--GAT-----TTT-ATCA-AA-AT----AATG-AT-TT---------------GAGTTCTG--TTGAATA---------------------A--A-CAT--------------T-A------CATA-GACA-------T--C---A--T-T-T-T-GT----AT-G-G-A-A-----A--ACAA--TCA--T----G--T---AAA--GAT-CTT-CTG------TTAAAG-T----ATTTTTAAA-A--AC--A-GATTTTCT----GAC--A-CAA-T-TA-----T-CA---------A--TAAG--A-AAA
gi|17 : atgttaa--TC-----------G-TTTCTT--TTGAATA-----T---ATAC-ATGTAGTATTA-CAA-T-AC----A-TG-T-G------TATA-GAAA-------T--A--AA--T-T-TCT-TT----AC-G------------------------------G--G---AAG--TTTGCTT-TAT------TCAGA--C----CGCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CTG-T-TA-----T-CA---------A--TTAC--A-AAAGGTTAT-A--TACC----TT-AT-TTT
gi|18 : ataTT---TT--TTTGT-AAAGATGT-GC--T-TTTAT-G-------ATAATT--GT---------------GT-----ATGTAA------T-TTTCA---CCATT--G-TCA---TT---GATGAAAT-C-A-AAA------C-CAA----GTT---------C-----AA--GG---------------------------G-----T--TA-----------G-GTTTTA--TCAAAG-------------T-ATATATT-------T-C-A-----G-T--T-A-------GCA-TTAA-------T--T------T-T-T-T-GT----GA-G-G-G-A-----GGTAGAAGGCAG--T----G--T---AAT--GTTGCTT-AAT------TCAGAA-------------------------------------AAC--G-CCA-A--A-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTCAT-A--TACC----TT-AT-ATTActattctgtcattgaagcagtaaatgacaattttgtaaaaaaaaaataagaaataattaattataataaaattaaaccatgtaccgtaat
gi|19 : AG---CTAGCT--TT---------------TT-----ATGTACATGTTGC-TTTAAAA-TCATA--AATCAACTTT---AAT----T-T-ATAA-------A-TAC----GTT---------TTGATTAA--AAT---------ATCA-AA-AC----AGAT-AT-TT--T----------------TTT---TTAAATAGA--------------ACAT-A--A-CAT-A-TT----G-TA-C-T------TATG-TAAA-------T--C--AA--TGT-T-T-GT----AC-GAG-A-A-----A--ATAA--TA---T----G--T---AAT--TTTGCTT-CTT------TTGGAG-C----CTTT----A-G--AT--A-ttctgaa
gi|2 : ttgtaaaaAGC-TCTAAAT--CTT-GT-AAT------TTTT------GTT---TT--GTTGT-AAGATTTA-GCA-T-TTTTT-G-------ATAGTT--TT---------------GT-----ACGTAA------C-TTCAA---CCATA--A-TCA---TT---AATAAGGT-T-A-GAAATGATAC-TAATAA-ATT---------T-----AA--GAT-----TGT-ATCG-AC-GT----TAAG-AT-TCAATCTAATTTAAAAAG-GATCTAATTTGATTGGAT--TTCCGTTT----TGTTA--AATAT-C-ATAATAG-CA-TTA------TATA-AAAA-------TA-C--AT--T-T-T-T-GT----AC-A-G-A-AA----G--ACAA--TAA--T----G--T---AAT--TTTGCTT-CCA------TCGGAG------CTTT----A-A--AT--G-GGTTTTCT----CGC--A-AAG-A-TT-----T-TA---------A--TATC--A-AAAG-TTAT-----ACC----TT-
gi|20 : -T-T-GT----AC-G-GGA-A-----G--ACAA--AAA--T----T--A---AAT--TTTGCTT-CAT------CCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GACTTTTT----ATC--A-CAT-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-CAAGTTTAT-A--GACC----TT-AT-CTtatctgtcattgaaatagttaatcataatttaacagcagaacgttttgacaccaaagtatgacggctaatattg
gi|21 : aT----ACAG-G-A-G-----G--ATAACATAA--T----T--G---AAT--T--GCTT-TAT------TCGGAG-C----CTCT----ATAT-AT--A-GGTTAACT----AAC--A-AAA-A-GA-----T-CA---------C--TAAC--A-A--GCTTAT-A--AACC----TTAAT-TTTatttttttcattgaattaataaaccacaattttacagcaaaaaaaaaatttacagcaaaaaaattgacaccaaaatgaaaactaatattgtat
gi|22 : tcA--TAA--T----G--G---AAC--TCTGTCA-CAT------TCAGGG-C----CTCT----G-A--AT--A-CACTTTCT----AGA--A-CAA-A-AA-----C-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTAAT-A--AAAC----TT-AT-TTTgttctgtcattgaaatcgtcaattatgattttacaacaaactccaacaacaaaatgacagctaataat
gi|23 : TTA-C-TTTAA----TT--GA-AAC------ATTT------ATT---TC--GTTGT-AAAACTAT-GC--T-AGTAT-GATTG---TTGTTT--TT---------------TT-----TTGTAA------T-TTTTA---TAATA--A-CCA---TT---AAGAAAAT-T-A-AA-------C-CAA----ATA---------T-----AA--CA------TTTTATCA-AA-AT----ATAG-A--TT--TC-----------G-GTTCTA--TTGAAcgtctttcattgaaatcaatacaattttgcaccatagaattttgacactagaataaaagctaatattaatttga
gi|24 : gatcT----AC-G-GGA-A-----T--ACGA--TA---T----A--T---A-----TTGCTT-CAT------TTCGAA-C----CTCT----G-G--AC--A-GGTTTACT----ACC--A-CAA-A-CA-----G-CA---------A--TAAC--A-GAAGCTTAT-C--AACC----TT-AT-TTTcgtataacat
gi|25 : ---ACAGTT--TT---------------GT-----ATTTGT------C-TTTAA---CAGTA--A-CCA---TT---GATAAAAT-T-A-AAATCATG-C-TAA----A-T---------T-----A-----------TTCTATCA-AA-AT----AAAA-A--TG--TC-----------A-GGTCTG--TTGAAGA------------T-ACAT------G-CAT-C-AT----A-TA-C-A------TGTA-GGAA-------T--A--AA--T-TAT-T-GT----ACAG-A-A-A-----G--ACAA--Ttatctcattgaaatagtaaaccaaaatcccacccccaaaatgacagctaatcttgtttt
gi|26 : TTGCTT--AT------TCAGAT-C----CTCT----G-A--CT--A-GGGTTTCC----AAC--T-TAA-A-TA-----T-GA---------A--TCAC--A-AAAGTTTAT-A--AAAC----CT-GT-TTTg
gi|27 : TTA-C-TCTAATT--CT--GA-AAA------TTAT------ATT---TC--GCTGT-AAAA-TGT-TC--T-AATAT----AG----TGGTT--TC---------------AT-----GTGTAA------C-TTTAA---CCTTT--A-CTA---TT---AATAAAGT-C-ACAA-------C-AAA----GTT---------T-----AC--GA------TGTCATGA-AA-AT----AAAC-AT-cagtcattgaaatagcggatcacaattttacaacaacaaaacgttttgatgtcaaaatgagatttaatgttc
gi|28 : tA-A-TA-----T-TA---------G--TAAC--G-TAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-CTT
gi|29 : TATTAGC-TC--AGCTTCT--GA-AAA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC----TGTG--GT--G---ATAGTT--TT---------------AC-----ATGCAA------T-GTTCA---CCACA--A---A---TTTACAATAGAAtctcctgtcattgatatagtcattaaaatcacaattttacacacacaaaaatcaacaacaaataactaccaaattt
gi|3 : taTTAGC-ACTGAAT--AT--GACAAA------TTTC------ATT---TT--GTTAT-GAAAATGT-GCTAT-TTTAT----------TGGGT--TT---------------GT------TATA-------------------ATAT-A-TCA---TT---GATAAGA--T-A-AA-------A-TA-----------------------------------CTTTATCA-GG-ATCCAGAGAG-AT-TT--T--------------GTTCTA--TCGAATACATAAT---ATTTGATA-ATTA------------------TA-T-A------TGTA-TAAA-------T--C--AA--T-T-TGT-GT----AC-G-GAA-A-----G--GC-A--TAA--T----G--T---AAT--TTTGCTT-CAT------TCAGAG-CCGCGCTCT----G-A--AA--A-GATTTTCTGGAAAAA--A-AAA-A-TG-----T-TA---------A--TAAC----GAAGTTTat
gi|30 : aagcaatattt---ATAGTT--TT---------------GT-----ATGTAC------C-TT-GA---CCATATAG-TCA---TT---GATAGTAT-T-A-AAA------C-TAC----GCT---------C-----AA--GAT-----TTATATCA-AA-AT----AAAtttctgtcattgtgatctagtattagtaaatcttaattttacaacaaaaatgttccacactagtgcatgacagctaatattcctttgaaatattctgcaaaacgaaa
gi|31 : T----G-A--AT--G-AGTTTTCT----TAC--G-CAA-A-TA-----T------------------------AAGTTTAT-A--AGCC----TTCAT-TTTttctgtagaatatatat
gi|33 : aattttgctT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-AG-----T-TT---------A--TAAT--------CTTAT------CC----TT-AT-TTtttctgtcattgaaattttacaacaaaaaatttcaa
gi|35 : TC------ATT---TT--AATGT-AACAATGT-GT--T-ATCAT-G-------ATAATT--TT---------------GC-----ATGTAT------C-TTTAA---CCATA--A-TCA---TT---AATAAAA--T-A-AA-------attttttctttcattgaaatcaca
gi|37 : -C-AT----A-TA-T-AGCATTCTACA-GAAA-------T--C--AGGTT-T-T-T-GT----ACCG-G-A-A-----A--ACAA--TAA--T----
gi|38 : ttccggttgttttgaaTC------ATT---TT--GCTGT-AAAAATGT-GT--T-ATCAT-----G---ATAACG--TT---------------GT-----ATGGAT------C-TTTAA---CC
gi|4 : aaTATTAACATCTAACC--CTAGGT-AAA------ATTT------AAT---TT--GCTGTTAAAAATGT-GC--T--AT-T-GC--G---ATA--C--TT---------------GT-----ATGTAC------C-TATAA---CCAC-----TAA---TT---AATAAAATGTGA-AA-------C-TAAAGCTGCT---------C-----AA--GA------TTATATCACAA-AT----AAAG-A---T--TC-----------A-ATTCTA--TTAAATA---------------------A--A-CAG-C--T----G-TA-T-------------GA------------C--TA--T-T-T-T-GA----TC-G-G-G-A-----A--AC-A--TAA--T----G--T----AT--TTTGCTG-CAA------TC-GAGTT----TTCT----G-A--AT--A-TATTTTTC----TAC--A-TAA-A-T------T-CA---------A--T-AC--A-AAAGTTTAC-G--AACCATATTT-AT-TTTA
gi|5 : tTATTAGC-TTTAAAT--CT--GA-AAA------TTTT------ATT---TTTTGTTGT-AAAATTCT-GC--C----ATCGT--G---ATAGTT--TT---------------GT-----TTGTAA------C-TTTCC---CCATT--A-TCA---TT---AATAAAAT-CAA-AA-------T-TAA----GTT---------T-----AT--AA------TTTCATAA-AA-AT----AACG-AC-TT--CC---------------TTC------------C--T---ATTC-ATAT-TCA--G-CAT--------------T-A------TATA-GAAAAGATTTTT--T--TT--T-T-T-T-GT----AC-G-G-G-A-----G----GA--T-A--T----G--T---TAA--TTTGCTT-CATTCATAATCAGAG-C----CTCT----A-A--AT--AGGATTT------------------A-T----------------------TAAC--A-GAAGTTTAT----AACC----GT-AT-TTTttctttcattaactaaaaaatcaaaagtttacaaccgaaaaaaattttcgacaccaaaaatgaaagctaatatgactttaa
gi|6 : aaTTATC-TCTAAAT--CT--GA-ACA------TTTT------ATT---TC--GCTGT-AGAAATGTAGC--A-T---T-GC--G---ATAGTT--TT---------------GTATATGATATAA------C-TTTAA---TAATA--A-TCA---TC---AATAGAAT-GAA-AA-------C-TAG----ATT---------T-----AA--GA------TTTCATCA-AG-AC----AAA--ATATT--TC-----------A-G--------TAAATTAAT--T----TTT-ttcctgtcattgtaattcacaatgtaaatgccagtttaaagaaaaaaatgtaaatcacaatttagaatgaaaatttctaatat
gi|6 : caaaacaacg--T-T-T-T-GC----AC-G-GGA-A-----A--ACAA--TAA----------------------------AT------CTAGAG-C----CTCC------A--AC--A-TGTTTTCT----AAC--A-CAA-A-CA-----T-TG---------A--TGAgcacgggaaaacaataaatctagagcctccaacatgttttctaacacaaacattgatgaacctaattttttctataattgaagtagtaaatcgcagtacctcacacacgtaaatgacagctaatattgctttaacattttcggaatgacaatattaatatg
gi|7 : caaaacaacgttatctctaaatctgaacattttatttcgctgtagaaatgtagcattgcgatagttttgtatatgatataactttaataataatcatcaatagaatgaaaactagatttaagatttcatcaagacaaaatatttcagtaaattaatTAAC-CCTGGGC--CT--GA-AAA------TCTT------ATT---TT--GCTGT-AGAAATGT-GC--TATTTAT-GATAGCTAATAGATACAT---------------GT-----ATGTAT------C-TATAAGTGCCATA--A-TTA---TT---ATCAAAAT-TAA-AA-------C-TAA----GAT---------C-----AA--GATATCAATTTTATCA-AA-AT----AAAA-A--TT--TC-----------A-GTTTTG--TGGAATAacctaattttttctataattgaagtagtaaatcgcagtacctcacacacgtaaatgacagctaatattgctttaacattttcggaatgacaatattaatatg
gi|7 : aagcaatattatttc-T-T-GG----AC-AAG-A-A-----G--ACAA--TAA--C----G--T---TAT--TT-GATT-CAT------TCAGAG-C-------------------------------------------------A-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAC-A--AGCC----TT-ttggacaagaagacaataacgttatttgattcattcagagcatcaataacaaaagtttacaagccttggtgttttcttccactaaaataataaatcacaattttacaaacaaaactttcgacaccaatg
gi|8 : aagcaatattatttctaaccctgggcctgaaaatcttattttgctgtagaaatgtgctatttatgatagctaatagatacatgtatgtatctataagtgccataattattatcaaaattaaaactaagatcaagatatcaattttatcaaaataaaaatttcagttttgtggaataTATTAGC-TCTAATT--CT--AA-AAAAAAAAAT---------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-ATTAT-G-------ATAGTT--TT---------------AT-----ATGTAA------C-TTTTA---CCATT--A-TCA---------ATAAA--------------------------TG---------T-----AC--GAT-----TTT-ATCA-AA-AT----AAAG-A--TT--TA-----------A-ATTTTA--TCGAATAAAggtgttttcttccactaaaataataaatcacaattttacaaacaaaactttcgacaccaatg
gi|8 : aagtgaATA-AAGA-------T--TTAAA--T-T-T-T-ATCGA-AT-A-A-A-A-----G--ACAA--TGG--T----A--T---AAT--TTTGCTT-CCT------TCAAAT-C----CTCT----A-A--AT--G-AATTTTCT----AAC--G-CAA-A-TC-----T-TG---------A--TAAC--G-TAAGTTTAT-A--AACCT---TT-AT-agacaatggtataattttgcttccttcaaatcctctaaatgaattttctaacgcaaatcttgataacgtaagtttataaacctttattacttttctgtcattgaaatagtaagtcacaattttactacaaaaagtgtcaacaccgaacagacagccagaattat
gi|9 : aagtgatattagctctaattctaaaaaaaaaaatattttgttgtaaaaatgtgctattatgatagttttatatgtaacttttaccattatcaataaatgtacgattttatcaaa-TCCAAAC--C---GA-ACA------TTTTT-----ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-AGTATTGTCAG---ATAGTT--TT---------------GT-----ATGTAT------CCTTTAA---CCATA--A-TCA---TT---AATAAGAT-TAA-AA-------C-TAA-----TT---------T-----AAACGAT-----TTTTATC--AA-AT----ATAGAAT-TT--TC-----------G-GATTTA--TTG-ATAAAT--T---A--T-ATATA-TA--A-CAT-TAAT----G-TATT-A------TATA-CAAA-------TTCC--AAT-T-T-T-T-GT----AC-G-G-ACACGAACG--ACAA--TGAATT----GAAA---AAT--CCTGTTTCCAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATGTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGCCAA-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-TTTacttttctgtcattgaaatagtaagtcacaattttactacaaaaagtgtcaacaccgaacagacagccagaattat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): AAAGTCTATATACTAGTCGGTCATTGAAATAGTAAATCAAATTTTTACAACAAAAACTTTTGACACCAAAATGACAGCTTTATTGCT
Unaligned ( gi|34 ): TTCTTTCGTTGAAATAATGAATCACAATTTTACAACAAAAGTTTTCGACATGCATCAAAATGAAAGATAGTTGTACTTTAGA
Unaligned ( gi|36 ): CAATTCTACAACAAATAATTTCGACACCGAAATGAAAGCTAACATTGCTTTGATCTAGATCAACATG
Unaligned ( gi|39 ): TCTGTGAAAACTGTAGGTAGCATATTATGGGGATTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333 111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 1 2 4444 55 2 2 666666 888888 333 22 1 2 1 44 22 111111111 22 5555555 000000000000000 44444 2 1 22 555 6666 333 333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 3 4444 3 22222222 0 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 6666666 55555 44 4 3 3 66 6666 6 3 0 1 55555 22 33 33 8888888888888 333333 1 444444 888888 4444 1 33 22 333 3333 22 1 1 1 33333 1 666666666 22 2222 4444 6666 4 2
lowQualScore : . . .... .. . . ...... ...... ... .. . . . .. .. ......... .. ....... ............... ..... . . .. ... .... ... ... ............................................................. . . .... . ........ . ... .............................................................. . ....... ..... .. . . . .. .... . . . . ..... .. .. .. ............. ...... . ...... ...... .... . .. .. ... .... .. . . . ..... . ......... .. .... .... .... . .
lowQualScore : 2 7 0000 66 4 4 888888 222222 555 66 8 2 8 33 88 222222222 33 4444444 444444444444444 22222 6 7 33 222 7777 000 000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 8 0000 4 55555555 3 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 5555555 22222 88 0 6 6 11 5555 7 3 0 7 88888 33 88 77 2222222222222 555555 6 666666 999999 8888 5 77 11 333 4444 22 6 5 5 88888 5 222222222 11 4444 4444 2222 0 2
consensus : TATTAGC-TCTAAAC--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-NTTAT----G---GATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTANC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAAT-T-A-A-------A------C---TAA----GT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-AT----AAAGAT-TTTCG-GTTCTA--TTGAA-------T-A-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACAT-C-AT----G-TA-TATATA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-A-----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-TTTA
Reference ( family-961 ) : TATTAGC-TCTAAAC--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-NTTAT----G---GATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTANC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAAT-T-A-A-------A------C---TAA----GT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-AT----AAAGAT-TTTCG-GTTCTA--TTGAA-------T-A-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACAT-C-AT----G-TA-TATATA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-A-----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-TTTA
gi|1 : ACTAGC-TCTGAAC--CT--GA-A-AC------TTTC------ACT---TT--GTTGT-AAAAATGA-GT--T-ATCAT--------GATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTATC-TTT--GAAT-CTTT-C--ATCA---TT---GATAAAAT-T-A-A-------AT-----C---TAA----GC-----T---------CAA--GA------TGTTATCA-AA-AG----AAACAT-TTT----------------------------------------TTT-AT------------ACAT-A-AT----A-TA-CA-GTA-GAAG-------T--C--AG--T-T-T-T--ATTAGAAT-T-G-A-A-----G--ATCA--T-AGT----G---T----CAT--T---TTGTTT-CAT------TCAGAG-C----TTCA----G-A--AT--A-AA-TTTCT----AAC--ACCAA-ATTA-----T-TG---------A--TAAC--A-AAAGTTTATAA--AACC----TT-ATATTT
gi|10 : ttgtaatcagatgatttttaaaaggcttatattcatttgTATTAGC-TCTGAAT--AT--GA-G-AA------TTCT------ATT---TT--G--AT-A-----GT--C--T-CTT---------------TT--T-------T---------------TC-----AT--AAT-GCT--AA---CCAT-C--AACA---TT---AATAGAAT-------------------------------------------------AA--AAT-----TTTCATAA-AA-AT-------------------TCCA--TC----------T-A-AT--T-------A----A-AGATT----------T-C-AG----GATA-TCT-TA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-TT-GT----AC-G-GGA-A-----A--ACAA--T-AAT----GG--T----AGTGCT---CTGTCT-TAT------CAAG--------CTCTA---G-A--AT--AAGGTTTTGT----AAC--A-CAA-A-TATTCATT-CA---------ATGTAGC--A-AAGTTTTAC-A--AAttttttttttttttttattgaattgaatatgaacaataaaatttctgtcatgaaaacgaaagcttaagtaacttttaacttaatttt
gi|11 : tgttcaagtaaTATTGGC-TCCAAAC--CT--GA-A-CA------TTTT------ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-TGTAT----GTCAGATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTATC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGAT-T-A-A-------A------C---TAA----AT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-TT----ATAGAT-TTTCG-GATTTA--TTGAA-------TAA-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACATAC-AT----G-TA-TATATA-CAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----GC-G-G-A-C-----G--ACAA--T-GAT----G---A----AAT--C---CTGTTC-CAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGC--A-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-TTTAtaattgcattacgatttgtattagttttggatacctcactgacagcttgctt
gi|12 : TATTGGC-TCCAAAC--CT--GA-A-CA------TTTT------ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-GT-AT----GTCAGATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTATC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGAT-T-A-A-------A------C---TAA----AT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AATTT----ATAGA--TTTCG-GATTTA--TTGAA-------TAA-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACATAC-AT----G-TA--ATATACAAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-C-----G--ACAA--T-GAT----G---A----AAT--C---CTGTTC-CAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGC--A-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-
gi|13 : T--GTTGG-AAAAAAGT-GC--T-ATCAT----G----ATA-TT--T-------T----------------T-----ATGTGAC-TTT--AA---TCAT-A--AT-------------AAAAT-T-T-A-------A------TA--TAA----GT-----C---------CAA---AC-----ATTTATCA-AA-AT----AAAGAT-TT----GCTTTA--ATGAA----------------------------ATATAT-----G--ACAT----T----G-T--T-TACA-GA---------T--T--AA--TCT-T-T--GT----AC-G-G-A-AA----G--ACAAC-T-TAT----GCTTT----AAT--T---TTGCCT-CTT------TCAGAG-C----CTTT----G-G--AT--A-GGTTTTCT----AAC--G-CAATT-TA-----T-TA---------A--TAAA--ATAAAG
gi|14 : tcaagcaatatttggcataattatggaaaacaaaaT-TTCCG-GTTCT--------------------T--T-------ATTT-ACATGC-----A--ATAG-C-AT---------TATACA-GAAA-------T--C--AG--T-CGT-T--GT----GC-G-GGA-A-----T--ACAA--C-AATTGATG---T----AAT--T---T-GCTT-CGT------TCAGAACC----CCCC----G-A--CT--A-G--TTACT----AATGGA-CTA-A-TA-----TACACATGTACATG--TAAC--T-AAAGTTTAT-ATCAACT----AT-AT-TTgagtaccccccacgaaccttaatttttttt
gi|15 : tg--CT--GA-A-AA------TTCTTGATCTATCGAATT--GTTGT-AAAA--GT-GC--T-TCTAT--------GATAGTT--T-------TGCAATGTATACCCGAGT-----GTATACC-TTT--AA---CCAT-T--ATCA---TT---ATCAAAAT-GAA-A-------A------C---CAA----TT-----TGCAAATCCATAA--GA------CTTTATCG-AA-AT----GAAGA--TTTCA-TTTCTA--TTGAA-------T-A-----T-------A--T-ATGTAT--------ACAG-C-TA----G-TA-TATA---------------------------------------------------------ACAA--T------------T----AA-------TTGTTT-CTC------TCGGAG-C----CTCT----A-ATCATGCA-GGTTTTCT----TAT--G-CAA-G-AA-----T-TA---------A--Tggttgccattgaaattgtaaatcacaattttacaacaacttcaacaccaaatgacagctaatactgcttcaagatccggagcaagatgaca
gi|16 : CTGAAA--CT--GA-ACAA------GTTT------ACT---TT--GATTT-CGAT-TGT--C--T-TTTAA----G---GA-AGGT--T-------T---------------GT-----GTGCATT-TTT--AG---CGAT-A--ATAT---TT---GATAAACT-T-A-A-------------------------GT-----T---------TCA--GA------TTTTATCA-AA-AT----AATGAT-TT--GAGTTCTG--TTGAA-------T-A-----------------------------A--ACAT--------------TACATA-GACA-------T--C---A--T-T-T-T--GT----AT-G-G-A-A-----A--ACAA--T-CAT----G---T----AAA--G---AT-CTT-CTG------TTAAAG-T----ATTTTTAAA-A--AC--A-GATTTTCT----GAC--A-CAA-T-TA-----T-CA---------A--TAAG--A-AAA
gi|17 : atgttaaTCG-TTTCTT--TTGAA-------T-A-----T-------ATAC-ATGTAGT----ATTACAA-T-AC----A-TG-TGTATA-GAAA-------T--A--AA--T-T-TCT--TT----ACGG-G-A-A-----G-------------------------------T---TTGCTT-TAT------TCAGA--C----CGCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CTG-T-TA-----T-CA---------A--TTAC--A-AAAGGTTAT-A--TACC----TT-AT-TTT
gi|18 : ataTT---TT--TTTGT-AAAGATGT-GC--T-TTTAT----G----ATAATT--G-------T---------------GT-----ATGTAAT-TTT--CA---CCAT-T--GTCA---TT---GATGAAAT-C-A-A-------AA-----C---CAA----GT-----T---------CAA--GG---------------------------G----TTAG-GTTTTA--TCAAA-------G------------------T-ATATATT----------T-C-A-----G-T------TA-GCA--------T--T--AA--T-T-T-TTTGT----GA-G-G-G-A-----GGTAGAAGGC-AGT----G---T----AAT--G---TTGCTT-AAT------TCAGAA-------------------------------------AAC--G-CCA-A--A-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTCAT-A--TACC----TT-AT-ATTActattctgtcattgaagcagtaaatgacaattttgtaaaaaaaaaataagaaataattaattataataaaattaaaccatgtaccgtaat
gi|19 : TTGT-AAAAAGCTAGCT-T-TTTAT----G--------------------T---------------AC-----ATGTTGC-TTTAAAA---TCATAA--ATCAACTTT---AAT----T-T-ATA-------A------A---TAC----GTTTTGAT---------TAA--AA---------TATCA-AA-AC----AGATAT-TTTT---TT-----TTAAA-------T-A-G-----------A----ACA---T----A--ACAT-A-TT----G-TA-CTTATG-TAAA-------T--C--AA--TGT-T-T--GT----AC-GAG-A-A-----A--ATAA--T--AT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CTT------TTGGAG-C----CTTT----A-G--AT--A-ttctgaa
gi|2 : AGC-TCTAAAT--CTT-GT-A-AT------TTTT------GTT---TT--GTTGT-AAGATTTA-GC--A-TTTTT----T---GATAGTT--T-------T---------------GT-----ACGTAAC-TTC--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGGT-T-A-GAAATGATA------CTAATAA----AT-----T---------TAA--GA------TTGTATCG-AC-GT----TAAGA---TTCA-A-TCTAATTTAAAAAGGATCT-A-AT--TTGATTGGATTT-CCGTTTTGTTAA--ATAT-C-ATAATAG-CATTATATA-AAAA-------TA-C--AT--T-T-T-T--GT----ACAG-A-A-A-----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CCA------TCGGAG------CTTT----A-A--AT--G-GGTTTTCT----CGC--A-AAG-A-TT-----T-TA---------A--TATC--A-AAAG-TTAT-----ACC----TT-
gi|20 : -T-T--GT----AC-G-GGA-A-----G--ACAA--A-AAT----T---A----AAT--T---TTGCTT-CAT------CCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GACTTTTT----ATC--A-CAT-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-CAAGTTTAT-A--GACC----TT-AT-CTtatctgtcattgaaatagttaatcataatttaacagcagaacgttttgacaccaaagtatgacggctaatattg
gi|21 : aT----AC-A-G-G-A-----G--G--A--T-AAC----A---T----AAT--TGAATTGCTT-TAT------TCGGAG-C----CTCT----ATAT-AT--A-GGTTAACT----AAC--A-AAA-A-GA-----T-CA---------C--TAAC--A-A--GCTTAT-A--AACC----TTAAT-TTTatttttttcattgaattaataaaccacaattttacagcaaaaaaaaaatttacagcaaaaaaattgacaccaaaatgaaaactaatattgtat
gi|22 : tcA--T-AAT----G---G----AAC--T---CTGTCA-CAT------TCAGGG-C----CTCT----G-A--AT--A-CACTTTCT----AGA--A-CAA-A-AA-----C-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTAAT-A--AAAC----TT-AT-TTTgttctgtcattgaaatcgtcaattatgattttacaacaaactccaacaacaaaatgacagctaataat
gi|23 : TTA-C-TTTAA----TT--GA-A-AC------ATTT------ATT---TC--GTTGT-AAAACTAT-GC--T-AGTAT----GATTGTTGTTT--T-------T---------------TT-----TTGTAAT-TTT--TA---TAAT-A--ACCA---TT---AAGAAAAT-T-A-A-------A------C---CAA----AT-----A---------TAA--CA------TTTTATCA-AA-AT----ATAGA--TTTCG-GTTCTA--TTGAA-------cgtctttcattgaaatcaatacaattttgcaccatagaattttgacactagaataaaagctaatattaatttga
gi|24 : gatcT----AC-G-GGA-A-----T--ACGA--T-A-T----A---T----A--------TTGCTT-CAT------TTCGAA-C----CTCT----G-G--AC--A-GGTTTACT----ACC--A-CAA-A-CA-----G-CA---------A--TAAC--A-GAAGCTTAT-C--AACC----TT-AT-TTTcgtataacat
gi|25 : ACAGTT--T-------T---------------GT-----ATTTGTC-TTT--AA---CAGT-A--ACCA---TT---GATAAAAT-T-A-A-------AATCATGC---TAA----A------T---------TA-----------TTCTATCA-AA-AT----AAAAA--TGTCA-GGTCTG--TTGAA-------G-A----------------T-ACAT----------GCAT-C-AT----A-TA-CATGTA-GGAA-------T--A--AA--T-TAT-T--GT----ACAG-A-A-A-----G--ACAA--T-tatctcattgaaatagtaaaccaaaatcccacccccaaaatgacagctaatcttgtttt
gi|26 : ---TTGCTT--AT------TCAGAT-C----CTCT----G-A--CT--A-GGGTTTCC----AAC--T-TAA-A-TA-----T-GA---------A--TCAC--A-AAAGTTTAT-A--AAAC----CT-GT-TTTg
gi|27 : TTA-C-TCTAATT--CT--GA-A-AA------TTAT------ATT---TC--GCTGT-AAAA-TGT-TC--T-AATAT----A---G-TGGTT--T-------C---------------AT-----GTGTAAC-TTT--AA---CCTT-T--ACTA---TT---AATAAAGT-C-ACA-------A------C---AAA----GT-----T---------TAC--GA------TGTCATGA-AA-AT----AAACAT-cagtcattgaaatagcggatcacaattttacaacaacaaaacgttttgatgtcaaaatgagatttaatgttc
gi|28 : tA-A-TA-----T-TA---------G--TAAC--G-TAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-CTT
gi|29 : TATTAGC-TC--AGCTTCT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-GTGGT--------GATAGTT--T-------T---------------AC-----ATGCAAT-GTT--CA---CCAC-A--A--A---TTTACAATAGAAtctcctgtcattgatatagtcattaaaatcacaattttacacacacaaaaatcaacaacaaataactaccaaattt
gi|3 : taTTAGC-ACTGAAT--AT--GACA-AA------TTTC------ATT---TT--GTTAT-GAAAATGT-GCTAT-TTTAT----------TGGGT--T-------T---------------GT------TATA---------------AT-AT-ATCA---TT---GATAAGA--T-A-A-------A------A---TA-----------------------------------CTTTATCA-GG-ATCCAGAGAGAT-TTT---GTTCTA--TCGAA-------T-ACATAAT-------ATTTGATA-ATT----A-----------------TA-TATGTA-TAAA-------T--C--AA--T-T-TGT--GT----AC-G-GAA-A-----G--GC-A--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-CCGCGCTCT----G-A--AA--A-GATTTTCTGGAAAAA--A-AAA-A-TG-----T-TA---------A--TAAC----GAAGTTTat
gi|30 : aagcaatatttATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTACC-TT---GA---CCAT-ATAGTCA---TT---GATAGTAT-T-A-A-------AA-----C---TAC----GC-----T---------CAA--GAT-----TTATATCA-AA-AT----AAA-----------TTCTG--TAGAA-------T-A-tttctgtcattgtgatctagtattagtaaatcttaattttacaacaaaaatgttccacactagtgcatgacagctaatattcctttgaaatattctgcaaaacgaaa
gi|31 : T----G-A--AT--G-AGTTTTCT----TAC--G-CAA-A-TA-----T------------------------AAGTTTAT-A--AGCC----TTCAT-TTTtatat
gi|33 : aattttgctT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-AG-----T-TT---------A--TAAT--------CTTAT------CC----TT-AT-TTtttctgtcattgaaattttacaacaaaaaatttcaa
gi|35 : TC------ATT---TT--AATGT-AACAATGT-GT--T-ATCAT----G----ATAATT--T-------T---------------GC-----ATGTATC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAA--T-A-A-------A------attttttctttcattgaaatcaca
gi|37 : -TTCCG-GTTGTT--TTGAA-------C-A-------------------TATAT-----A--GCAT--------------TCTACA-GAAA-------T--C--AGGTT-T-T-T--GT----ACCG-G-A-A-----A--ACAA--T-AAT----
gi|38 : TC------ATT---TT--GCTGT-AAAAATGT-GT--T-ATCAT--------GATAACG--T-------T---------------GT-----ATGGATC-TTT--AA---CC
gi|4 : aaTATTAACATCTAACC--CTAGGT-A-AA------ATTT------AAT---TT--GCTGTTAAAAATGT-GC--T-ATTGC----G----ATA--C--T-------T---------------GT-----ATGTACC-TAT--AA---CCAC-----TAA---TT---AATAAAATGTGA-A-------A------C---TAAAGCTGC-----T---------CAA--GAT-----TAT-ATCACAA-AT----AAAGAT-T--CA-ATTCTA--TTAAA-------T-A-A------------------------------ACAG-C--T----G-TA-T------GA------------C--TA--T-T-T-T--GA----TC-G-G-G-A-----A--ACA---T-AAT----G---T----A-T--T---TTGCTG-CAA------TC-GAGTT----TTCT----G-A--AT--A-TATTTTTC----TAC--A-TAA-A-T------T-CA---------A--T-AC--A-AAAGTTTAC-G--AACCATATTT-AT-TTTA
gi|5 : tTATTAGC-TTTAAAT--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TTTTGTTGT-AAAATTCT-GC--C-ATCGT----G----ATAGTT--T-------T---------------GT-----TTGTAAC-TTT--CC---CCAT-T--ATCA---TT---AATAAAAT-CAA-A-------A------T---TAA----GT-----T---------TAT--AA------TTTCATAA-AA-AT----AACGAC-TTCC---TTC---------------------C--T-------ATTC-ATAT-TC----A--GCAT--------------TATATA-GAAAAGATTTTT--T--TT--T-T-T-T--GT----AC-G-G-G-A-----G----GA--T--AT----G---T----TAA--T---TTGCTT-CATTCATAATCAGAG-C----CTCT----A-A--AT--AGGATTT------------------A-T----------------------TAAC--A-GAAGTTTAT----AACC----GT-AT-TTTttctttcattaactaaaaaatcaaaagtttacaaccgaaaaaaattttcgacaccaaaaatgaaagctaatatgactttaa
gi|6 : aaTTATC-TCTAAAT--CT--GA-A-CA------TTTT------ATT---TC--GCTGT-AGAAATGT-AG--C-ATTGC--------GATAGTT--T-------T---------------GTATATGATATAAC-TTT--AA---TAAT-A--ATCA---TC---AATAGAAT-GAA-A-------A------C---TAG----AT-----T---------TAA--GA------TTTCATCA-AG-AC----AAA-ATATTTCA-GTttcctgtcattgtaattcacaatgtaaatgccagtttaaagaaaaaaatgtaaatcacaatttagaatgaaaatttctaatat
gi|6 : caaaacaacgAAA-------T--T--AA--T-T-T-TT-GC----AC-G-GGA-A-----A--ACAA--T-AA-------------------------------AT------CTAGAG-C----CTCC------A--AC--A-TGTTTTCT----AAC--A-CAA-A-CA-----T-TG---------A--TGAaaattaatttttgcacgggaaaacaataaatctagagcctccaacatgttttctaacacaaacattgatgaacctaattttttctataattgaagtagtaaatcgcagtacctcacacacgtaaatgacagctaatattgctttaacattttcggaatgacaatattaatatg
gi|7 : caaaacaacgttatctctaaatctgaacattttatttcgctgtagaaatgtagcattgcgatagttttgtatatgatataactttaataataatcatcaatagaatgaaaactagatttaagatttcatcaagacaaaatatttcagtTAAC-CCTGGGC--CT--GA-A-AA------TCTT------ATT---TT--GCTGT-AGAAATGT-GC--TATTTAT--------GATAGCTAATAGATACAT---------------GT-----ATGTATC-TAT--AAGTGCCAT-A--ATTA---TT---ATCAAAAT-TAA-A-------A------C---TAA----GA-----T---------CAA--GATATCAATTTTATCA-AA-AT----AAAAA--TTTCA-GTTTTG--TGGAA-------T-A-acctaattttttctataattgaagtagtaaatcgcagtacctcacacacgtaaatgacagctaatattgctttaacattttcggaatgacaatattaatatg
gi|7 : aagcaatattatttc-T-T--GG----AC-AAG-A-A-----G--ACAA--T-AAC----G---T----TAT--T---T-GATT-CAT------TCAGAG-C-------------------------------------------------A-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAC-A--AGCC----TT-ttggacaagaagacaataacgttatttgattcattcagagcatcaataacaaaagtttacaagccttggtgttttcttccactaaaataataaatcacaattttacaaacaaaactttcgacaccaatg
gi|8 : aagcaatattatttctaaccctgggcctgaaaatcttattttgctgtagaaatgtgctatttatgatagctaatagatacatgtatgtatctataagtgccataattattatcaaaattaaaactaagatcaagatatcaattttatcaaaataaaaatttcagttttgtggaataTATTAGC-TCTAATT--CT--AA-A-AAAAAAAAT---------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-ATTAT----G----ATAGTT--T-------T---------------AT-----ATGTAAC-TTT--TA---CCAT-T--ATCA---------ATAAA----------------------------------T-----G---------TAC--GAT-----TTT-ATCA-AA-AT----AAAGA--TTTAA-ATTTTA--TCGAA-------T-A-Aggtgttttcttccactaaaataataaatcacaattttacaaacaaaactttcgacaccaatg
gi|8 : aagtgaATA-AAGA-------T--TTAAA--T-T-T-T--ATCGA-AT-A-A-A-A-----G--ACAA--T-GGT----A---T----AAT--T---TTGCTT-CCT------TCAAAT-C----CTCT----A-A--AT--G-AATTTTCT----AAC--G-CAA-A-TC-----T-TG---------A--TAAC--G-TAAGTTTAT-A--AACCT---TT-AT-aagacaatggtataattttgcttccttcaaatcctctaaatgaattttctaacgcaaatcttgataacgtaagtttataaacctttattacttttctgtcattgaaatagtaagtcacaattttactacaaaaagtgtcaacaccgaacagacagccagaattat
gi|9 : aagtgatattagctctaattctaaaaaaaaaaatattttgttgtaaaaatgtgctattatgatagttttatatgtaacttttaccattatcaataaatgtacgattttatcaaa-TCCAAAC--C---GA-A-CA------TTTTT-----ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-AGTATTGTCA---GATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTATCCTTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGAT-TAA-A-------A------C---TAA-----T-----T---------TAAACGAT-----TTTTATCA-AATAT----AGA-AT-TTTCG-GATTTA--TTGAT-------A-A-AT--T-------A--T-ATATA-T----A--ACAT-TAAT----G-TATTATATA-CAAA-------TTCC--AAT-T-T-T-T--GT----AC-G-G-ACACGAACG--ACAA--TGAAT--------TGAAAAAT--C---CTGTTTCCAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATGTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGCCAA-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-TTTacttttctgtcattgaaatagtaagtcacaattttactacaaaaagtgtcaacaccgaacagacagccagaattat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): AAAGTCTATATACTAGTCGGTCATTGAAATAGTAAATCAAATTTTTACAACAAAAACTTTTGACACCAAAATGACAGCTTTATTGCT
Unaligned ( gi|34 ): TTCTTTCGTTGAAATAATGAATCACAATTTTACAACAAAAGTTTTCGACATGCATCAAAATGAAAGATAGTTGTACTTTAGA
Unaligned ( gi|36 ): CAATTCTACAACAAATAATTTCGACACCGAAATGAAAGCTAACATTGCTTTGATCTAGATCAACATG
Unaligned ( gi|39 ): TCTGTGAAAACTGTAGGTAGCATATTATGGGGATTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333 111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 1 2 4444 55 2 2 666666 888888 333 22 1 2 1 44 22 111111111 22 5555555 000000000000000 44444 2 1 22 555 6666 333 333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 3 4444 3 22222222 0 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 6666666 55555 44 4 3 3 66 6666 6 3 0 1 55555 22 33 33 8888888888888 333333 1 444444 888888 4444 1 33 22 333 3333 22 1 1 1 33333 1 666666666 22 2222 4444 6666 4 2
lowQualScore : . . .... .. . . ...... ...... ... .. . . . .. .. ......... .. ....... ............... ..... . . .. ... .... ... ... ............................................................. . . .... . ........ . ... .............................................................. . ....... ..... .. . . . .. .... . . . . ..... .. .. .. ............. ...... . ...... ...... .... . .. .. ... .... .. . . . ..... . ......... .. .... .... .... . .
lowQualScore : 2 7 0000 66 4 4 888888 222222 555 66 8 2 8 33 88 222222222 33 4444444 444444444444444 22222 6 7 33 222 7777 000 000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 8 0000 4 55555555 3 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 5555555 22222 88 0 6 6 11 5555 7 3 0 7 88888 33 88 77 2222222222222 555555 6 666666 999999 8888 5 77 11 333 4444 22 6 5 5 88888 5 222222222 11 4444 4444 2222 0 2
consensus : TATTAGC-TCTAAAC--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-NTTAT----G---GATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTANC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAAT-T-A-A-------A------C---TAA----GT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-AT----AAAGAT-TTTCG-GTTCTA--TTGAA-------T-A-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACAT-C-AT----G-TA-TATATA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-A-----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-TTTA
Reference ( family-961 ) : TATTAGC-TCTAAAC--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-NTTAT----G---GATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTANC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAAT-T-A-A-------A------C---TAA----GT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-AT----AAAGAT-TTTCG-GTTCTA--TTGAA-------T-A-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACAT-C-AT----G-TA-TATATA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-A-----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-TTTA
gi|1 : ACTAGC-TCTGAAC--CT--GA-A-AC------TTTC------ACT---TT--GTTGT-AAAAATGA-GT--T-ATCAT--------GATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTATC-TTT--GAAT-CTTT-C--ATCA---TT---GATAAAAT-T-A-A-------AT-----C---TAA----GC-----T---------CAA--GA------TGTTATCA-AA-AG----AAACAT-TTT----------------------------------------TTT-AT------------ACAT-A-AT----A-TA-CA-GTA-GAAG-------T--C--AG--T-T-T-T--ATTAGAAT-T-G-A-A-----G--ATCA--T-AGT----G---T----CAT--T---TTGTTT-CAT------TCAGAG-C----TTCA----G-A--AT--A-AA-TTTCT----AAC--ACCAA-ATTA-----T-TG---------A--TAAC--A-AAAGTTTATAA--AACC----TT-ATATTT
gi|10 : ttgtaatcagatgatttttaaaaggcttatattcatttgTATTAGC-TCTGAAT--AT--GA-G-AA------TTCT------ATT---TT--G--AT-A-----GT--C--T-CTT---------------TT--T-------T---------------TC-----AT--AAT-GCT--AA---CCAT-C--AACA---TT---AATAGAAT-------------------------------------------------AA--AAT-----TTTCATAA-AA-AT-------------------TCCA--TC----------T-A-AT--T-------A----A-AGATT----------T-C-AG----GATA-TCT-TA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-TT-GT----AC-G-GGA-A-----A--ACAA--T-AAT----GG--T----AGTGCT---CTGTCT-TAT------CAAG--------CTCTA---G-A--AT--AAGGTTTTGT----AAC--A-CAA-A-TATTCATT-CA---------ATGTAGC--A-AAGTTTTAC-A--AAttttttttttttttttattgaattgaatatgaacaataaaatttctgtcatgaaaacgaaagcttaagtaacttttaacttaatttt
gi|11 : tgttcaagtaaTATTGGC-TCCAAAC--CT--GA-A-CA------TTTT------ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-TGTAT----GTCAGATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTATC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGAT-T-A-A-------A------C---TAA----AT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-TT----ATAGAT-TTTCG-GATTTA--TTGAA-------TAA-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACATAC-AT----G-TA-TATATA-CAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----GC-G-G-A-C-----G--ACAA--T-GAT----G---A----AAT--C---CTGTTC-CAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGC--A-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-TTTAtaattgcattacgatttgtattagttttggatacctcactgacagcttgctt
gi|12 : TATTGGC-TCCAAAC--CT--GA-A-CA------TTTT------ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-GT-AT----GTCAGATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTATC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGAT-T-A-A-------A------C---TAA----AT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AATTT----ATAGA--TTTCG-GATTTA--TTGAA-------TAA-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACATAC-AT----G-TA--ATATACAAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-C-----G--ACAA--T-GAT----G---A----AAT--C---CTGTTC-CAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGC--A-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-
gi|13 : T--GTTGG-AAAAAAGT-GC--T-ATCAT----G----ATA-TT--T-------T----------------T-----ATGTGAC-TTT--AA---TCAT-A--AT-------------AAAAT-T-T-A-------A------TA--TAA----GT-----C---------CAA---AC-----ATTTATCA-AA-AT----AAAGAT-TT----GCTTTA--ATGAA----------------------------ATATAT-----G--ACAT----T----G-T--T-TACA-GA---------T--T--AA--TCT-T-T--GT----AC-G-G-A-AA----G--ACAAC-T-TAT----GCTTT----AAT--T---TTGCCT-CTT------TCAGAG-C----CTTT----G-G--AT--A-GGTTTTCT----AAC--G-CAATT-TA-----T-TA---------A--TAAA--ATAAAG
gi|14 : tcaagcaatatttggcataattatggaaaacaaaaT-TTCCG-GTTCT--------------------T--T-------ATTT-ACATGC-----A--ATAG-C-AT---------TATACA-GAAA-------T--C--AG--T-CGT-T--GT----GC-G-GGA-A-----T--ACAA--C-AATTGATG---T----AAT--T---T-GCTT-CGT------TCAGAACC----CCCC----G-A--CT--A-G--TTACT----AATGGA-CTA-A-TA-----TACACATGTACATG--TAAC--T-AAAGTTTAT-ATCAACT----AT-AT-TTgagtaccccccacgaaccttaatttttttt
gi|15 : tg--CT--GA-A-AA------TTCTTGATCTATCGAATT--GTTGT-AAAA--GT-GC--T-TCTAT--------GATAGTT--T-------TGCAATGTATACCCGAGT-----GTATACC-TTT--AA---CCAT-T--ATCA---TT---ATCAAAAT-GAA-A-------A------C---CAA----TT-----TGCAAATCCATAA--GA------CTTTATCG-AA-AT----GAAGA--TTTCA-TTTCTA--TTGAA-------T-A-----T-------A--T-ATGTAT--------ACAG-C-TA----G-TA-TATA---------------------------------------------------------ACAA--T------------T----AA-------TTGTTT-CTC------TCGGAG-C----CTCT----A-ATCATGCA-GGTTTTCT----TAT--G-CAA-G-AA-----T-TA---------A--Tggttgccattgaaattgtaaatcacaattttacaacaacttcaacaccaaatgacagctaatactgcttcaagatccggagcaagatgaca
gi|16 : CTGAAA--CT--GA-ACAA------GTTT------ACT---TT--GATTT-CGAT-TGT--C--T-TTTAA----G---GA-AGGT--T-------T---------------GT-----GTGCATT-TTT--AG---CGAT-A--ATAT---TT---GATAAACT-T-A-A-------------------------GT-----T---------TCA--GA------TTTTATCA-AA-AT----AATGAT-TT--GAGTTCTG--TTGAA-------T-A-----------------------------A--ACAT--------------TACATA-GACA-------T--C---A--T-T-T-T--GT----AT-G-G-A-A-----A--ACAA--T-CAT----G---T----AAA--G---AT-CTT-CTG------TTAAAG-T----ATTTTTAAA-A--AC--A-GATTTTCT----GAC--A-CAA-T-TA-----T-CA---------A--TAAG--A-AAA
gi|17 : atgttaaTCG-TTTCTT--TTGAA-------T-A-----T-------ATAC-ATGTAGT----ATTACAA-T-AC----A-TG-TGTATA-GAAA-------T--A--AA--T-T-TCT--TT----ACGG-G-A-A-----G-------------------------------T---TTGCTT-TAT------TCAGA--C----CGCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CTG-T-TA-----T-CA---------A--TTAC--A-AAAGGTTAT-A--TACC----TT-AT-TTT
gi|18 : ataTT---TT--TTTGT-AAAGATGT-GC--T-TTTAT----G----ATAATT--G-------T---------------GT-----ATGTAAT-TTT--CA---CCAT-T--GTCA---TT---GATGAAAT-C-A-A-------AA-----C---CAA----GT-----T---------CAA--GG---------------------------G----TTAG-GTTTTA--TCAAA-------G------------------T-ATATATT----------T-C-A-----G-T------TA-GCA--------T--T--AA--T-T-T-TTTGT----GA-G-G-G-A-----GGTAGAAGGC-AGT----G---T----AAT--G---TTGCTT-AAT------TCAGAA-------------------------------------AAC--G-CCA-A--A-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTCAT-A--TACC----TT-AT-ATTActattctgtcattgaagcagtaaatgacaattttgtaaaaaaaaaataagaaataattaattataataaaattaaaccatgtaccgtaat
gi|19 : TTGT-AAAAAGCTAGCT-T-TTTAT----G--------------------T---------------AC-----ATGTTGC-TTTAAAA---TCATAA--ATCAACTTT---AAT----T-T-ATA-------A------A---TAC----GTTTTGAT---------TAA--AA---------TATCA-AA-AC----AGATAT-TTTT---TT-----TTAAA-------T-A-G-----------A----ACA---T----A--ACAT-A-TT----G-TA-CTTATG-TAAA-------T--C--AA--TGT-T-T--GT----AC-GAG-A-A-----A--ATAA--T--AT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CTT------TTGGAG-C----CTTT----A-G--AT--A-ttctgaa
gi|2 : AGC-TCTAAAT--CTT-GT-A-AT------TTTT------GTT---TT--GTTGT-AAGATTTA-GC--A-TTTTT----T---GATAGTT--T-------T---------------GT-----ACGTAAC-TTC--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGGT-T-A-GAAATGATA------CTAATAA----AT-----T---------TAA--GA------TTGTATCG-AC-GT----TAAGA---TTCA-A-TCTAATTTAAAAAGGATCT-A-AT--TTGATTGGATTT-CCGTTTTGTTAA--ATAT-C-ATAATAG-CATTATATA-AAAA-------TA-C--AT--T-T-T-T--GT----ACAG-A-A-A-----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CCA------TCGGAG------CTTT----A-A--AT--G-GGTTTTCT----CGC--A-AAG-A-TT-----T-TA---------A--TATC--A-AAAG-TTAT-----ACC----TT-
gi|20 : -T-T--GT----AC-G-GGA-A-----G--ACAA--A-AAT----T---A----AAT--T---TTGCTT-CAT------CCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GACTTTTT----ATC--A-CAT-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-CAAGTTTAT-A--GACC----TT-AT-CTtatctgtcattgaaatagttaatcataatttaacagcagaacgttttgacaccaaagtatgacggctaatattg
gi|21 : aT----AC-A-G-G-A-----G--G--A--T-AAC----A---T----AAT--TGAATTGCTT-TAT------TCGGAG-C----CTCT----ATAT-AT--A-GGTTAACT----AAC--A-AAA-A-GA-----T-CA---------C--TAAC--A-A--GCTTAT-A--AACC----TTAAT-TTTatttttttcattgaattaataaaccacaattttacagcaaaaaaaaaatttacagcaaaaaaattgacaccaaaatgaaaactaatattgtat
gi|22 : tcA--T-AAT----G---G----AAC--T---CTGTCA-CAT------TCAGGG-C----CTCT----G-A--AT--A-CACTTTCT----AGA--A-CAA-A-AA-----C-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTAAT-A--AAAC----TT-AT-TTTgttctgtcattgaaatcgtcaattatgattttacaacaaactccaacaacaaaatgacagctaataat
gi|23 : TTA-C-TTTAA----TT--GA-A-AC------ATTT------ATT---TC--GTTGT-AAAACTAT-GC--T-AGTAT----GATTGTTGTTT--T-------T---------------TT-----TTGTAAT-TTT--TA---TAAT-A--ACCA---TT---AAGAAAAT-T-A-A-------A------C---CAA----AT-----A---------TAA--CA------TTTTATCA-AA-AT----ATAGA--TTTCG-GTTCTA--TTGAA-------cgtctttcattgaaatcaatacaattttgcaccatagaattttgacactagaataaaagctaatattaatttga
gi|24 : gatcT----AC-G-GGA-A-----T--ACGA--T-A-T----A---T----A--------TTGCTT-CAT------TTCGAA-C----CTCT----G-G--AC--A-GGTTTACT----ACC--A-CAA-A-CA-----G-CA---------A--TAAC--A-GAAGCTTAT-C--AACC----TT-AT-TTTcgtataacat
gi|25 : ACAGTT--T-------T---------------GT-----ATTTGTC-TTT--AA---CAGT-A--ACCA---TT---GATAAAAT-T-A-A-------AATCATGC---TAA----A------T---------TA-----------TTCTATCA-AA-AT----AAAAA--TGTCA-GGTCTG--TTGAA-------G-A----------------T-ACAT----------GCAT-C-AT----A-TA-CATGTA-GGAA-------T--A--AA--T-TAT-T--GT----ACAG-A-A-A-----G--ACAA--T-tatctcattgaaatagtaaaccaaaatcccacccccaaaatgacagctaatcttgtttt
gi|26 : ---TTGCTT--AT------TCAGAT-C----CTCT----G-A--CT--A-GGGTTTCC----AAC--T-TAA-A-TA-----T-GA---------A--TCAC--A-AAAGTTTAT-A--AAAC----CT-GT-TTTg
gi|27 : TTA-C-TCTAATT--CT--GA-A-AA------TTAT------ATT---TC--GCTGT-AAAA-TGT-TC--T-AATAT----A---G-TGGTT--T-------C---------------AT-----GTGTAAC-TTT--AA---CCTT-T--ACTA---TT---AATAAAGT-C-ACA-------A------C---AAA----GT-----T---------TAC--GA------TGTCATGA-AA-AT----AAACAT-cagtcattgaaatagcggatcacaattttacaacaacaaaacgttttgatgtcaaaatgagatttaatgttc
gi|28 : tA-A-TA-----T-TA---------G--TAAC--G-TAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-CTT
gi|29 : TATTAGC-TC--AGCTTCT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-GTGGT--------GATAGTT--T-------T---------------AC-----ATGCAAT-GTT--CA---CCAC-A--A--A---TTTACAATAGAAtctcctgtcattgatatagtcattaaaatcacaattttacacacacaaaaatcaacaacaaataactaccaaattt
gi|3 : taTTAGC-ACTGAAT--AT--GACA-AA------TTTC------ATT---TT--GTTAT-GAAAATGT-GCTAT-TTTAT----------TGGGT--T-------T---------------GT------TATA---------------AT-AT-ATCA---TT---GATAAGA--T-A-A-------A------A---TA-----------------------------------CTTTATCA-GG-ATCCAGAGAGAT-TTT---GTTCTA--TCGAA-------T-ACATAAT-------ATTTGATA-ATT----A-----------------TA-TATGTA-TAAA-------T--C--AA--T-T-TGT--GT----AC-G-GAA-A-----G--GC-A--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-CCGCGCTCT----G-A--AA--A-GATTTTCTGGAAAAA--A-AAA-A-TG-----T-TA---------A--TAAC----GAAGTTTat
gi|30 : aagcaatatttATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTACC-TT---GA---CCAT-ATAGTCA---TT---GATAGTAT-T-A-A-------AA-----C---TAC----GC-----T---------CAA--GAT-----TTATATCA-AA-AT----AAA-----------TTCTG--TAGAA-------T-A-tttctgtcattgtgatctagtattagtaaatcttaattttacaacaaaaatgttccacactagtgcatgacagctaatattcctttgaaatattctgcaaaacgaaa
gi|31 : T----G-A--AT--G-AGTTTTCT----TAC--G-CAA-A-TA-----T------------------------AAGTTTAT-A--AGCC----TTCAT-TTTtatat
gi|33 : aattttgctT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-AG-----T-TT---------A--TAAT--------CTTAT------CC----TT-AT-TTtttctgtcattgaaattttacaacaaaaaatttcaa
gi|35 : TC------ATT---TT--AATGT-AACAATGT-GT--T-ATCAT----G----ATAATT--T-------T---------------GC-----ATGTATC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAA--T-A-A-------A------attttttctttcattgaaatcaca
gi|37 : -TTCCG-GTTGTT--TTGAA-------C-A-------------------TATAT-----A--GCAT--------------TCTACA-GAAA-------T--C--AGGTT-T-T-T--GT----ACCG-G-A-A-----A--ACAA--T-AAT----
gi|38 : TC------ATT---TT--GCTGT-AAAAATGT-GT--T-ATCAT--------GATAACG--T-------T---------------GT-----ATGGATC-TTT--AA---CC
gi|4 : aaTATTAACATCTAACC--CTAGGT-A-AA------ATTT------AAT---TT--GCTGTTAAAAATGT-GC--T-ATTGC----G----ATA--C--T-------T---------------GT-----ATGTACC-TAT--AA---CCAC-----TAA---TT---AATAAAATGTGA-A-------A------C---TAAAGCTGC-----T---------CAA--GAT-----TAT-ATCACAA-AT----AAAGAT-T--CA-ATTCTA--TTAAA-------T-A-A------------------------------ACAG-C--T----G-TA-T------GA------------C--TA--T-T-T-T--GA----TC-G-G-G-A-----A--ACA---T-AAT----G---T----A-T--T---TTGCTG-CAA------TC-GAGTT----TTCT----G-A--AT--A-TATTTTTC----TAC--A-TAA-A-T------T-CA---------A--T-AC--A-AAAGTTTAC-G--AACCATATTT-AT-TTTA
gi|5 : tTATTAGC-TTTAAAT--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TTTTGTTGT-AAAATTCT-GC--C-ATCGT----G----ATAGTT--T-------T---------------GT-----TTGTAAC-TTT--CC---CCAT-T--ATCA---TT---AATAAAAT-CAA-A-------A------T---TAA----GT-----T---------TAT--AA------TTTCATAA-AA-AT----AACGAC-TTCC---TTC---------------------C--T-------ATTC-ATAT-TC----A--GCAT--------------TATATA-GAAAAGATTTTT--T--TT--T-T-T-T--GT----AC-G-G-G-A-----G----GA--T--AT----G---T----TAA--T---TTGCTT-CATTCATAATCAGAG-C----CTCT----A-A--AT--AGGATTT------------------A-T----------------------TAAC--A-GAAGTTTAT----AACC----GT-AT-TTTttctttcattaactaaaaaatcaaaagtttacaaccgaaaaaaattttcgacaccaaaaatgaaagctaatatgactttaa
gi|6 : aaTTATC-TCTAAAT--CT--GA-A-CA------TTTT------ATT---TC--GCTGT-AGAAATGT-AG--C-ATTGC--------GATAGTT--T-------T---------------GTATATGATATAAC-TTT--AA---TAAT-A--ATCA---TC---AATAGAAT-GAA-A-------A------C---TAG----AT-----T---------TAA--GA------TTTCATCA-AG-AC----AAA-ATATTTCA-GTttcctgtcattgtaattcacaatgtaaatgccagtttaaagaaaaaaatgtaaatcacaatttagaatgaaaatttctaatat
gi|6 : caaaacaacgAAA-------T--T--AA--T-T-T-TT-GC----AC-G-GGA-A-----A--ACAA--T-AA-------------------------------AT------CTAGAG-C----CTCC------A--AC--A-TGTTTTCT----AAC--A-CAA-A-CA-----T-TG---------A--TGAaaattaatttttgcacgggaaaacaataaatctagagcctccaacatgttttctaacacaaacattgatgaacctaattttttctataattgaagtagtaaatcgcagtacctcacacacgtaaatgacagctaatattgctttaacattttcggaatgacaatattaatatg
gi|7 : caaaacaacgttatctctaaatctgaacattttatttcgctgtagaaatgtagcattgcgatagttttgtatatgatataactttaataataatcatcaatagaatgaaaactagatttaagatttcatcaagacaaaatatttcagtTAAC-CCTGGGC--CT--GA-A-AA------TCTT------ATT---TT--GCTGT-AGAAATGT-GC--TATTTAT--------GATAGCTAATAGATACAT---------------GT-----ATGTATC-TAT--AAGTGCCAT-A--ATTA---TT---ATCAAAAT-TAA-A-------A------C---TAA----GA-----T---------CAA--GATATCAATTTTATCA-AA-AT----AAAAA--TTTCA-GTTTTG--TGGAA-------T-A-acctaattttttctataattgaagtagtaaatcgcagtacctcacacacgtaaatgacagctaatattgctttaacattttcggaatgacaatattaatatg
gi|7 : aagcaatattatttc-T-T--GG----AC-AAG-A-A-----G--ACAA--T-AAC----G---T----TAT--T---T-GATT-CAT------TCAGAG-C-------------------------------------------------A-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAC-A--AGCC----TT-ttggacaagaagacaataacgttatttgattcattcagagcatcaataacaaaagtttacaagccttggtgttttcttccactaaaataataaatcacaattttacaaacaaaactttcgacaccaatg
gi|8 : aagcaatattatttctaaccctgggcctgaaaatcttattttgctgtagaaatgtgctatttatgatagctaatagatacatgtatgtatctataagtgccataattattatcaaaattaaaactaagatcaagatatcaattttatcaaaataaaaatttcagttttgtggaataTATTAGC-TCTAATT--CT--AA-A-AAAAAAAAT---------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-ATTAT----G----ATAGTT--T-------T---------------AT-----ATGTAAC-TTT--TA---CCAT-T--ATCA---------ATAAA----------------------------------T-----G---------TAC--GAT-----TTT-ATCA-AA-AT----AAAGA--TTTAA-ATTTTA--TCGAA-------T-A-Aggtgttttcttccactaaaataataaatcacaattttacaaacaaaactttcgacaccaatg
gi|8 : aagtgaATA-AAGA-------T--TTAAA--T-T-T-T--ATCGA-AT-A-A-A-A-----G--ACAA--T-GGT----A---T----AAT--T---TTGCTT-CCT------TCAAAT-C----CTCT----A-A--AT--G-AATTTTCT----AAC--G-CAA-A-TC-----T-TG---------A--TAAC--G-TAAGTTTAT-A--AACCT---TT-AT-aagacaatggtataattttgcttccttcaaatcctctaaatgaattttctaacgcaaatcttgataacgtaagtttataaacctttattacttttctgtcattgaaatagtaagtcacaattttactacaaaaagtgtcaacaccgaacagacagccagaattat
gi|9 : aagtgatattagctctaattctaaaaaaaaaaatattttgttgtaaaaatgtgctattatgatagttttatatgtaacttttaccattatcaataaatgtacgattttatcaaa-TCCAAAC--C---GA-A-CA------TTTTT-----ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-AGTATTGTCA---GATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTATCCTTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGAT-TAA-A-------A------C---TAA-----T-----T---------TAAACGAT-----TTTTATCA-AATAT----AGA-AT-TTTCG-GATTTA--TTGAT-------A-A-AT--T-------A--T-ATATA-T----A--ACAT-TAAT----G-TATTATATA-CAAA-------TTCC--AAT-T-T-T-T--GT----AC-G-G-ACACGAACG--ACAA--TGAAT--------TGAAAAAT--C---CTGTTTCCAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATGTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGCCAA-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-TTTacttttctgtcattgaaatagtaagtcacaattttactacaaaaagtgtcaacaccgaacagacagccagaattat
blockSeqs : G A GCTT AG C C AAAAAA TGATCT GAA TT T A A TA AT TGTCAG AA AGATACA GCAATGTATACCCGA ATATG A C AA GTG ATA ACT TAC GAAAACCAATTTGCAAATCCATAAGA C T CCAG G TATTTCA AAT AAGGATCTAATTTGATTGGATTTCCGTTTTGTTAAATATCATAATAGCATTA C AGATTTT TTA GT C G C TT CGA G A G C CGAAC GT GG GA TGATGT TGAA C TCATAA CCGCG TTAA T TC GC AGG GGAA GG . T . TTCAT A CATGTACAT TG CAA ATC ATAT A .
blockSeqs : G . AT T . . . T . . . A . T C GTCAG . . . . T . . . AA . . TAGAAATGATACTAATAAATTTAAGA . T . G TTTTCG A TAAATTATTTATATATTAACATACATGTATA . . TCC T G A G T . A A G . A . C A GCTTT GCT . . CC A . T . GGA . . . . . . . . . AT A T C .
blockSeqs : G . AC . . . . . . . . A . . T GTCAG . . . . T . . . AT . . GTGAAACTAAAGCTGCTCAAGAT . . . G TTTCCG A TAAATTATTTATATATTAACATACATGTAA . . AC . . . . T . A . G . . . . G TGAAA C . . TT . . . . CA . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : G . AC . . . . . . . . A . . G GATTG . . . . A . . . C . . TAAAACTAAGATCAAGATATCAA . . . G TTTTCG A TATATACATGTAGTATTACAATACATGTG . . C . . . . . . C . G . . . . G GGT C . . C . . . . CA . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : G . AA . . . . . . . . A . . A GG . . . . C . . . A . . TATAAATACGTTTTGATTAAAA . . . G TTTCG A AAATTATATATATAACATTAATGTATTA . . C . . . . . . . . A . . . . T GA T . . C . . . . GG . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : G . AT . . . . . . . . T . . T TG . . . . T . . . A . . TAAAACTAATTTAAACGAT . . . G TTTCA A TACATAATATTTGATAATTATATA . . C . . . . . . . . G . . . . A GA T . . T . . . . GG . . . . . . . . . T A . . .
blockSeqs : A . TT . . . . . . . . C . . T AG . . . . A . . . A . . TAAAATCATGCTAAATTA . . . T TTTGA G TATATATGTATACAGCTAGTATA . . T . . . . . . . . . . . . . C GT G . . C . . . . GA . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : G . AT . . . . . . . . A . . T G . . . . G . . . T . . TAAAACTACGCTCAAGAT . . . G TTTTT T TAATTAAAGATTTCAGGATATC . . C . . . . . . . . . . . . . A GT T . . C . . . . GA . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : T . CC . . . . . . . . A . . T G . . . . A . . . A . . TAAACTAAATTTAAGAT . . . G TTTCG A TTATTTACATGCAATAGCATTA . . C . . . . . . . . . . . . . A GT G . . C . . . . GG . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : A . AT . . . . . . . . A . . T G . . . . A . . . T . . TAAACTAAATTTAAGAT . . . A TGTCA A TAGAACATAACATATTGTACT . . A . . . . . . . . . . . . . A GT T . . C . . . . GA . . . . . . . . . A C . . .
blockSeqs : G . AT . . . . . . . . A . . A G . . . . T . . . A . . TTAATATAAGTCCAAAC . . . C CTTCC G GATACATGCATCATATACA . . T . . . . . . . . . . . . . A TA T . . C . . . . GG . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : . . GC . . . . . . . . A . . A G . . . . A . . . A . . CAAAACCAAGTTCAAGG . . . G TTTCA A CTATTCATATTCAGCATTA . . C . . . . . . . . . . . . . A AT T . . C . . . . CA . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : . . TT . . . . . . . . T . . G G . . . . A . . . A . . CACAACAAAGTTTACGA . . . G TTTAA G ATATATGACATTGTT . . A . . . . . . . . . . . . . A GG T . . C . . . . GG . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : . AC . . . . . . . . A . . T G . . . . C . . . T . . CAAAATTAAGTTTATAA . . . G TTAG T GTATATATTTCAGT . . C . . . . . . . . . . . . . A AT T . . C . . . . GG . . . . . . . . . A G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . A G . . . . T . . . A . . GAAAACTAGATTTAAGA . . . A TTCA A CATATATAGCATTC . . C . . . . . . . . . . . . . A GT T . . C . . . . GA . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A G . . . . T . . . A . . TAAACCAAATATAACA . . . G TTTT G TAAACAGCTGTAT . . C . . . . . . . . . . . . . A GT T . . C . . . . AG . . . . . . . . . G A . . .
blockSeqs : . . . . A . . A G . . . . C . . . T . . TAAGTTTCAGA . . . . TTCA A TAAACATTA . . T . . . . . . . . . . . . . A GT T . . C . . . . GA . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : . . . . . . . A G . . . . A . . . A . . TGTACGAT . . . . TTT A . . T . . . . . . . . . . . . . A GT T . . C . . . . TA . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . A G . . . . A . . . A . . TAAAATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G AT C . . . . . . . TG . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . T . . . T . . AAAAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AA . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . A . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** TTTCG*** A** **** A***
originalCons : TATTAGC-TCTAAAC--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-NTTAT----G---GATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTANC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAAT-T-A-A-------A------C---TAA----GT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-AT----AAAGAT-TTTCG-GTTCTA--TTGAA-------T-A-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACAT-C-AT----G-TA-TATATA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-A-----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-TTTA
finalCons : TATTAGC-TCTAAAC--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-NTTAT----G---GATAGTT--T-------T---------------GT-----ATGTANC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAAT-T-A-A-------A------C---TAA----GT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-AT----AAAGATTTCG---GTTCTA--TTGAA-------T-A-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACAT-C-AT----G-TA-TATATA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-A-----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTATA---AACC----TT-AT-TTTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): AAAGTCTATATACTAGTCGGTCATTGAAATAGTAAATCAAATTTTTACAACAAAAACTTTTGACACCAAAATGACAGCTTTATTGCT
Unaligned ( gi|34 ): TTCTTTCGTTGAAATAATGAATCACAATTTTACAACAAAAGTTTTCGACATGCATCAAAATGAAAGATAGTTGTACTTTAGA
Unaligned ( gi|36 ): CAATTCTACAACAAATAATTTCGACACCGAAATGAAAGCTAACATTGCTTTGATCTAGATCAACATG
Unaligned ( gi|39 ): TCTGTGAAAACTGTAGGTAGCATATTATGGGGATTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333 111111111111111111111 222222222222222222222222222222222 111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1
lowQualScore : 1 2 4444 55 2 2 666666 888888 333 22 1 2 1 44 22 111111111 22 5555555 111111111111111111111 2 1 22 555 6666 333 333 999 3 666666666666666666666666666666666 22 555555 6 1 3 4444 22 1 66 333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 6666666 55555 44 4 3 3 66 6666 5 3 0 1 77777 22 33 33 8888888888888 333333 1 444444 888888 4444 1 33 22 333 3333 22 1 1 1 33333 1 666666666 22 2222 4444 6666 4 2
lowQualScore : . . .... .. . . ...... ...... ... .. . . . .. .. ......... .. ....... ..................... . . .. ... .... ... ... ... . ................................. .. ...... . . . .... .. . .. ... ............................................................... . ....... ..... .. . . . .. .... . . . . ..... .. .. .. ............. ...... . ...... ...... .... . .. .. ... .... .. . . . ..... . ......... .. .... .... .... . .
lowQualScore : 2 7 0000 66 4 4 888888 222222 555 66 8 2 8 33 88 222222222 33 4444444 000000000000000000000 6 7 33 222 7777 000 000 555 6 666666666666666666666666666666666 66 888888 7 9 8 0000 00 7 99 000 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 5555555 22222 88 0 6 6 11 5555 0 3 0 7 55555 33 88 77 2222222222222 555555 6 666666 999999 8888 5 77 11 333 4444 22 6 5 5 88888 5 222222222 11 4444 4444 2222 0 2
consensus : TATTAGC-TCTAAAC--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-NTTAT----G---GATAGTT--T-------TGT-----A---------------TGTANC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAAT-T-A-AA-------C-TAA----GT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-AT----AAAG-A-TTTCGGTTCTA--TTGAA-------T-A-AT--T-------A--T-ATATATT----A--ACAT-C-AT----G-TA-T-ATATA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-A-----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-TTTA
Reference ( family-961 ) : TATTAGC-TCTAAAC--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-NTTAT----G---GATAGTT--T-------TGT-----A---------------TGTANC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAAT-T-A-AA-------C-TAA----GT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-AT----AAAG-A-TTTCGGTTCTA--TTGAA-------T-A-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACAT-C-AT----G-TA-T-ATATA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-A-----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-TTTA
gi|1 : ACTAGC-TCTGAAC--CT--GA-A-AC------TTTC------ACT---TT--GTTGT-AAAAATGA-GT--T-ATCAT--------GATAGTT--T-------TGT-----A---------------TGTATC-TTT--GAAT-CTTT-C--ATCA---TT---GATAAAAT-T-A-AAT------C-TAA----GC-----T---------CAA--GA------TGTTATCA-AA-AG----AAAC-A-TTT---TTTTA--T----------------------------------------------ACAT-A-AT----A-TA-C-A-GTA-GAAG-------T--C--AG--T-T-T-T--ATTAGAAT-T-G-A-A-----G--ATCA--T-AGT----G---T----CAT--T---TTGTTT-CAT------TCAGAG-C----TTCA----G-A--AT--A-AA-TTTCT----AAC--ACCAA-ATTA-----T-TG---------A--TAAC--A-AAAGTTTATAA--AACC----TT-ATATTT
gi|10 : ttgtaatcagatgatttttaaaaggcttatattcatttgTATTAGC-TCTGAAT--AT--GA-G-AA------TTCT------ATT---TT--G--AT-A-----GT--C--T-CTT---------------TT--T-------TTC-----A---------------T--AAT-GCT--AA---CCAT-C--AACA---TT---AATAGAAT-----------------------------------------AA--AAT-----TTTCATAA-AA-AT------------------TCCA--TC----------T-A-AT--T-------A----A-AGATT----------T-C-AG----GATA-T-CT-TA-GAAA-------T--C--AA--T-T-T-TT-GT----AC-G-GGA-A-----A--ACAA--T-AAT----GG--T----AGTGCT---CTGTCT-TAT------CAAG--------CTCTA---G-A--AT--AAGGTTTTGT----AAC--A-CAA-A-TATTCATT-CA---------ATGTAGC--A-AAGTTTTAC-A--AAttttttttttttttttattgaattgaatatgaacaataaaatttctgtcatgaaaacgaaagcttaagtaacttttaacttaatttt
gi|11 : tgttcaagtaaTATTGGC-TCCAAAC--CT--GA-A-CA------TTTT------ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-TGTAT----GTCAGATAGTT--T-------TGT-----A---------------TGTATC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGAT-T-A-AA-------C-TAA----AT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AA-TT----ATAG-ATTTTCGGATTTA--TTGAA-------TAA-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACATAC-AT----G-TA-T-ATATA-CAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----GC-G-G-A-C-----G--ACAA--T-GAT----G---A----AAT--C---CTGTTC-CAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGC--A-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-TTTAtaattgcattacgatttgtattagttttggatacctcactgacagcttgctt
gi|12 : TATTGGC-TCCAAAC--CT--GA-A-CA------TTTT------ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-GT-AT----GTCAGATAGTT--T-------TGT-----A---------------TGTATC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGAT-T-A-AA-------C-TAA----AT-----T---------TAA--GAT-----TTTTATCA-AATTT----ATAG-A-TTTCGGATTTA--TTGAA-------TAA-AT--T-------ATTT-ATATATT----A--ACATAC-AT----G-TA---ATATACAAAA-------T--C--AA--T-T-T-T--GT----AC-G-G-A-C-----G--ACAA--T-GAT----G---A----AAT--C---CTGTTC-CAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATTTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGC--A-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-
gi|13 : T--GTTGG-AAAAAAGT-GC--T-ATCAT----G----ATA-TT--T-------T-T-----A---------------TGTGAC-TTT--AA---TCAT-A--AT-------------AAAAT-T-T-AA-------TATAA----GT-----C---------CAA---AC-----ATTTATCA-AA-AT----AAAG-A-TTT--GCTTTA--ATGAA----------------------------ATATAT-----G--ACAT----T----G-T--T--TACA-GA---------T--T--AA--TCT-T-T--GT----AC-G-G-A-AA----G--ACAAC-T-TAT----GCTTT----AAT--T---TTGCCT-CTT------TCAGAG-C----CTTT----G-G--AT--A-GGTTTTCT----AAC--G-CAATT-TA-----T-TA---------A--TAAA--ATAAAG
gi|14 : tcaagcaatatttggcataattatggaaaacaaaa-TTCCGGTTCT--------------------T--T-------ATTT-ACATGC-----A--ATAG-C-AT---------T-ATACA-GAAA-------T--C--AG--T-CGT-T--GT----GC-G-GGA-A-----T--ACAA--C-AATTGATG---T----AAT--T---T-GCTT-CGT------TCAGAACC----CCCC----G-A--CT--A-G--TTACT----AATGGA-CTA-A-TA-----TACACATGTACATG--TAAC--T-AAAGTTTAT-ATCAACT----AT-AT-TTgagtaccccccacgaaccttaatttttttt
gi|15 : tgt--CT--GA-A-AA------TTCTTGATCTATCGAATT--GTTGT-AAAA--GT-GC--T-TCTAT----G----ATAGTT--T-------TGC-----AATGTATACCCGAGTGTATACC-TTT--AA---CCAT-T--ATCA---TT---ATCAAAAT-G-A-AAA------C-CAA----TT-----TGCAAATCCATAA--GAC-----TTT-ATCG-AA-AT----GAAG-A-TTTCATTTCTA--TTGAA-------T-A-----T-------A--T-ATGTAT--------ACAG-C-TA----G-TA-T-ATA---------------------------------------------------------ACAA--T------------T----AA-------TTGTTT-CTC------TCGGAG-C----CTCT----A-ATCATGCA-GGTTTTCT----TAT--G-CAA-G-AA-----T-TA---------A--Tggttgccattgaaattgtaaatcacaattttacaacaacttcaacaccaaatgacagctaatactgcttcaagatccggagcaagatgaca
gi|16 : CTGAAA--CT--GA-ACAA------GTTT------ACT---TT--GATTT-CGAT-TGT--C--T-TTTAA----G---GA-AGGT--T-------TGT-----G---------------TGCATT-TTT--AG---CGAT-A--ATAT---TT---GATAAACT-T-A-A-----------------GT-----T---------TCA--GAT-----TTT-ATCA-AA-AT----AATG-A-TTTGAGTTCTG--TTGAA-------T-A-----------------------------A--ACAT--------------T-ACATA-GACA-------T--C---A--T-T-T-T--GT----AT-G-G-A-A-----A--ACAA--T-CAT----G---T----AAA--G---AT-CTT-CTG------TTAAAG-T----ATTTTTAAA-A--AC--A-GATTTTCT----GAC--A-CAA-T-TA-----T-CA---------A--TAAG--A-AAA
gi|17 : atgttaa-A-TATCGTTTCTT--TTGAA-------T-A-----T-------ATAC-ATGTAGT----ATTACAA-T-AC----A-TG-T-GTATA-GAAA-------T--A--AA--T-T-TCT--TT----ACGG-G-A-A-----G-------------------------------T---TTGCTT-TAT------TCAGA--C----CGCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CTG-T-TA-----T-CA---------A--TTAC--A-AAAGGTTAT-A--TACC----TT-AT-TTT
gi|18 : TT---TT--TTTGT-AAAGATGT-GC--T-TTTAT----G----ATAATT--G-------TGT-----A---------------TGTAAT-TTT--CA---CCAT-T--GTCA---TT---GATGAAAT-C-A-AAA------C-CAA----GT-----T---------CAA--GG---------------------------G----TTAGGTTTTA--TCAAA-------G------------------T-ATATATT----------T-C-A-----G-T-------TA-GCA--------T--T--AA--T-T-T-TTTGT----GA-G-G-G-A-----GGTAGAAGGC-AGT----G---T----AAT--G---TTGCTT-AAT------TCAGAA-------------------------------------AAC--G-CCA-A--A-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTCAT-A--TACC----TT-AT-ATTActattctgtcattgaagcagtaaatgacaattttgtaaaaaaaaaataagaaataattaattataataaaattaaaccatgtaccgtaat
gi|19 : TTGT-AAAAAGCTAGCT-T-TTTAT----G--------------------TAC-----A---------------TGTTGC-TTTAAAA---TCATAA--ATCAACTTT---AAT----T-T-ATAA-------A-TAC----GTTTTGAT---------TAA--AA---------TATCA-AA-AC----AGAT-A-TTT---TTTT---TTAAA-------T-A-G-----------A----ACA---T----A--ACAT-A-TT----G-TA-C-TTATG-TAAA-------T--C--AA--TGT-T-T--GT----AC-GAG-A-A-----A--ATAA--T--AT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CTT------TTGGAG-C----CTTT----A-G--AT--A-ttctgaa
gi|2 : AGC-TCTAAAT--CTT-GT-A-AT------TTTT------GTT---TT--GTTGT-AAGATTTA-GC--A-TTTTT----T---GATAGTT--T-------TGT-----A---------------CGTAAC-TTC--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGGT-T-A-GAAATGATAC-TAATAA-AT-----T---------TAA--GAT-----TGT-ATCG-AC-GT----TAAG-A-TT-CAAT-CTAATTTAAAAAGGATCT-A-AT--TTGATTGGATTT-CCGTTTTGTTAA--ATAT-C-ATAATAG-CA-TTATATA-AAAA-------TA-C--AT--T-T-T-T--GT----AC-A-G-A-AA----G--ACAA--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CCA------TCGGAG------CTTT----A-A--AT--G-GGTTTTCT----CGC--A-AAG-A-TT-----T-TA---------A--TATC--A-AAAG-TTAT-----ACC----TT-
gi|20 : -T-T--GT----AC-G-GGA-A-----G--ACAA--A-AAT----T---A----AAT--T---TTGCTT-CAT------CCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GACTTTTT----ATC--A-CAT-A-TA-----T-CA---------A--TAAC--A-CAAGTTTAT-A--GACC----TT-AT-CTtatctgtcattgaaatagttaatcataatttaacagcagaacgttttgacaccaaagtatgacggctaatattg
gi|21 : aT----AC-A-G-G-A-----G--G--A--T-AAC----A---T----AAT--TGAATTGCTT-TAT------TCGGAG-C----CTCT----ATAT-AT--A-GGTTAACT----AAC--A-AAA-A-GA-----T-CA---------C--TAAC--A-A--GCTTAT-A--AACC----TTAAT-TTTatttttttcattgaattaataaaccacaattttacagcaaaaaaaaaatttacagcaaaaaaattgacaccaaaatgaaaactaatattgtat
gi|22 : tcA--T-AAT----G---G----AAC--T---CTGTCA-CAT------TCAGGG-C----CTCT----G-A--AT--A-CACTTTCT----AGA--A-CAA-A-AA-----C-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTAAT-A--AAAC----TT-AT-TTTgttctgtcattgaaatcgtcaattatgattttacaacaaactccaacaacaaaatgacagctaataat
gi|23 : TTA-C-TTTAA----TT--GA-A-AC------ATTT------ATT---TC--GTTGT-AAAACTAT-GC--T-AGTAT----GATTGTTGTTT--T-------TTT-----T---------------TGTAAT-TTT--TA---TAAT-A--ACCA---TT---AAGAAAAT-T-A-AA-------C-CAA----AT-----A---------TAA--CAT-----TTT-ATCA-AA-AT----ATAG-A-TTTCGGTTCTA--TTGAA-------cgtctttcattgaaatcaatacaattttgcaccatagaattttgacactagaataaaagctaatattaatttga
gi|24 : gatcT----AC-G-GGA-A-----T--ACGA--T-A-T----A---T----A--------TTGCTT-CAT------TTCGAA-C----CTCT----G-G--AC--A-GGTTTACT----ACC--A-CAA-A-CA-----G-CA---------A--TAAC--A-GAAGCTTAT-C--AACC----TT-AT-TTTcgtataacat
gi|25 : ACAGTT--T-------TGT-----A---------------TTTGTC-TTT--AA---CAGT-A--ACCA---TT---GATAAAAT-T-A-AAATCATG-C-TAA----A------T---------TA-----------TTCTATCA-AA-AT----AAAA-A-TGTCAGGTCTG--TTGAA-------G-A----------------T-ACAT----------GCAT-C-AT----A-TA-C-ATGTA-GGAA-------T--A--AA--T-TAT-T--GT----ACAG-A-A-A-----G--ACAA--T-tatctcattgaaatagtaaaccaaaatcccacccccaaaatgacagctaatcttgtttt
gi|26 : ---TTGCTT--AT------TCAGAT-C----CTCT----G-A--CT--A-GGGTTTCC----AAC--T-TAA-A-TA-----T-GA---------A--TCAC--A-AAAGTTTAT-A--AAAC----CT-GT-TTTg
gi|27 : TTA-C-TCTAATT--CT--GA-A-AA------TTAT------ATT---TC--GCTGT-AAAA-TGT-TC--T-AATAT----A---G-TGGTT--T-------CAT-----G---------------TGTAAC-TTT--AA---CCTT-T--ACTA---TT---AATAAAGT-C-ACAA-------C-AAA----GT-----T---------TAC--GA------TGTCATGA-AA-AT----AAAC-A-Tcagtcattgaaatagcggatcacaattttacaacaacaaaacgttttgatgtcaaaatgagatttaatgttc
gi|28 : tA-A-TA-----T-TA---------G--TAAC--G-TAAGTTTAT-A--AACC----TT-AT-CTT
gi|29 : TATTAGC-TC--AGCTTCT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-GTGGT--------GATAGTT--T-------TAC-----A---------------TGCAAT-GTT--CA---CCAC-A--A--A---TTTACAATAGAAtctcctgtcattgatatagtcattaaaatcacaattttacacacacaaaaatcaacaacaaataactaccaaattt
gi|3 : taTTAGC-ACTGAAT--AT--GACA-AA------TTTC------ATT---TT--GTTAT-GAAAATGT-GCTAT-TTTAT----------TGGGT--T-------TGT---------------------TATA---------------AT-AT-ATCA---TT---GATAAGA--T-A-AA-------A-TA-----------------------------------CTTTATCA-GG-ATCCAGAGAG-A-TTTT-GTTCTA--TCGAA-------T-ACATAAT-------ATTTGATA-ATT----A-----------------TA-T-ATGTA-TAAA-------T--C--AA--T-T-TGT--GT----AC-G-GAA-A-----G--GC-A--T-AAT----G---T----AAT--T---TTGCTT-CAT------TCAGAG-CCGCGCTCT----G-A--AA--A-GATTTTCTGGAAAAA--A-AAA-A-TG-----T-TA---------A--TAAC----GAAGTTTat
gi|30 : aagcaatatttATAGTT--T-------TGT-----A---------------TGTACC-TT---GA---CCAT-ATAGTCA---TT---GATAGTAT-T-A-AAA------C-TAC----GC-----T---------CAA--GAT-----TTATATCA-AA-AT----AAA----------TTCTG--TAGAA-------T-A-tttctgtcattgtgatctagtattagtaaatcttaattttacaacaaaaatgttccacactagtgcatgacagctaatattcctttgaaatattctgcaaaacgaaa
gi|31 : T----G-A--AT--G-AGTTTTCT----TAC--G-CAA-A-TA-----T------------------------AAGTTTAT-A--AGCC----TTCAT-TTTtatat
gi|33 : aattttgctT-CAT------TCAGAG-C----CTCT----G-A--AT--A-GATTTTCT----AAC--A-CAA-A-AG-----T-TT---------A--TAAT--------CTTAT------CC----TT-AT-TTtttctgtcattgaaattttacaacaaaaaatttcaa
gi|35 : TC------ATT---TT--AATGT-AACAATGT-GT--T-ATCAT----G----ATAATT--T-------TGC-----A---------------TGTATC-TTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAAA--T-A-AA-------attttttctttcattgaaatcaca
gi|37 : -TTCCGGTTGTT--TTGAA-------C-A-------------------TATAT-----A--GCAT--------------T-CTACA-GAAA-------T--C--AGGTT-T-T-T--GT----ACCG-G-A-A-----A--ACAA--T-AAT----
gi|38 : TC------ATT---TT--GCTGT-AAAAATGT-GT--T-ATCAT--------GATAACG--T-------TGT-----A---------------TGGATC-TTT--AA---CC
gi|4 : aaTATTAACATCTAACC--CTAGGT-A-AA------ATTT------AAT---TT--GCTGTTAAAAATGT-GC--T-ATTGC--------GATA--C--T-------TGT-----A---------------TGTACC-TAT--AA---CCAC-----TAA---TT---AATAAAATGTGA-AA-------C-TAAAGCTGC-----T---------CAA--GA------TTATATCACAA-AT----AAAG-A--TTCAATTCTA--TTAAA-------T-A-----------------------------A--ACAG-C--T----G-TA-T-------GA------------C--TA--T-T-T-T--GA----TC-G-G-G-A-----A--AC-A--T-AAT----G---T-----AT--T---TTGCTG-CAA------TC-GAGTT----TTCT----G-A--AT--A-TATTTTTC----TAC--A-TAA-A-T------T-CA---------A--T-AC--A-AAAGTTTAC-G--AACCATATTT-AT-TTTA
gi|5 : tTATTAGC-TTTAAAT--CT--GA-A-AA------TTTT------ATT---TTTTGTTGT-AAAATTCT-GC--C-ATCGT----G----ATAGTT--T-------TGT-----T---------------TGTAAC-TTT--CC---CCAT-T--ATCA---TT---AATAAAAT-CAA-AA-------T-TAA----GT-----T---------TAT--AA------TTTCATAA-AA-AT----AACG-A-CTTCCTTCCTA--TT--------------------------------CATATT--------CAG-C-AT---------T-ATATA-GAAAAGATTTTT--T--TT--T-T-T-T--GT----AC-G-G-G-A-----G----GA--T--AT----G---T----TAA--T---TTGCTT-CATTCATAATCAGAG-C----CTCT----A-A--AT--AGGATTT------------------A-T----------------------TAAC--A-GAAGTTTAT----AACC----GT-AT-TTTttctttcattaactaaaaaatcaaaagtttacaaccgaaaaaaattttcgacaccaaaaatgaaagctaatatgactttaa
gi|6 : aaTTATC-TCTAAAT--CT--GA-A-CA------TTTT------ATT---TC--GCTGT-AGAAATGT-AG--C-ATTGC--------GATAGTT--T-------TGTATATGA---------------TATAAC-TTT--AA---TAAT-A--ATCA---TC---AATAGAAT-GAA-AA-------C-TAG----AT-----T---------TAA--GA------TTTCATCA-AG-AC----AAAATA-TTTCAGTttcctgtcattgtaattcacaatgtaaatgccagtttaaagaaaaaaatgtaaatcacaatttagaatgaaaatttctaatat
gi|6 : caaaacaacgAAA-------T--T--AA--T-T-T-TT-GC----AC-G-GGA-A-----A--ACAA--T-AA-------------------------------AT------CTAGAG-C----CTCC------A--AC--A-TGTTTTCT----AAC--A-CAA-A-CA-----T-TG---------A--TGAaaattaatttttgcacgggaaaacaataaatctagagcctccaacatgttttctaacacaaacattgatgaacctaattttttctataattgaagtagtaaatcgcagtacctcacacacgtaaatgacagctaatattgctttaacattttcggaatgacaatattaatatg
gi|7 : caaaacaacgttatctctaaatctgaacattttatttcgctgtagaaatgtagcattgcgatagttttgtatatgatataactttaataataatcatcaatagaatgaaaactagatttaagatttcatcaagacaaaatatttcagtTAAC-CCTGGGC--CT--GA-A-AA------TCTT------ATT---TT--GCTGT-AGAAATGT-GC--TATTTAT--------GATAGCTAATAGATACATGT-----A---------------TGTATC-TAT--AAGTGCCAT-A--ATTA---TT---ATCAAAAT-TAA-AA-------C-TAA----GA-----T---------CAA--GATATCAATTTTATCA-AA-AT----AAAA-A-TTTCAGTTTTG--TGGAA-------T-A-acctaattttttctataattgaagtagtaaatcgcagtacctcacacacgtaaatgacagctaatattgctttaacattttcggaatgacaatattaatatg
gi|7 : aagcaatattatttc-T-T--GG----AC-AAG-A-A-----G--ACAA--T-AAC----G---T----TAT--T---T-GATT-CAT------TCAGAG-C-------------------------------------------------A-----T-CA---------A--TAAC--A-AAAGTTTAC-A--AGCC----TT-ttggacaagaagacaataacgttatttgattcattcagagcatcaataacaaaagtttacaagccttggtgttttcttccactaaaataataaatcacaattttacaaacaaaactttcgacaccaatg
gi|8 : aagcaatattatttctaaccctgggcctgaaaatcttattttgctgtagaaatgtgctatttatgatagctaatagatacatgtatgtatctataagtgccataattattatcaaaattaaaactaagatcaagatatcaattttatcaaaataaaaatttcagttttgtggaataTATTAGC-TCTAATT--CT--AA-A-AAAAAAAAT---------ATT---TT--GTTGT-AAAAATGT-GC--T-ATTAT----G----ATAGTT--T-------TAT-----A---------------TGTAAC-TTT--TA---CCAT-T--ATCA---------ATAAA--------------------------T-----G---------TAC--GAT-----TTT-ATCA-AA-AT----AAAG-A-TTTAAATTTTA--TCGAA-------T-A-Aggtgttttcttccactaaaataataaatcacaattttacaaacaaaactttcgacaccaatg
gi|8 : aagtgaATA-AAGA-------T--TTAAA--T-T-T-T--ATCGA-AT-A-A-A-A-----G--ACAA--T-GGT----A---T----AAT--T---TTGCTT-CCT------TCAAAT-C----CTCT----A-A--AT--G-AATTTTCT----AAC--G-CAA-A-TC-----T-TG---------A--TAAC--G-TAAGTTTAT-A--AACCT---TT-AT-aagacaatggtataattttgcttccttcaaatcctctaaatgaattttctaacgcaaatcttgataacgtaagtttataaacctttattacttttctgtcattgaaatagtaagtcacaattttactacaaaaagtgtcaacaccgaacagacagccagaattat
gi|9 : aagtgatattagctctaattctaaaaaaaaaaatattttgttgtaaaaatgtgctattatgatagttttatatgtaacttttaccattatcaataaatgtacgattttatcaaa-TCCAAAC--C---GA-A-CA------TTTTT-----ATT---TT--GTTGG-AAGAATGT-GC--T-AGTATTGTCA---GATAGTT--T-------TGT-----A---------------TGTATCCTTT--AA---CCAT-A--ATCA---TT---AATAAGAT-TAA-AA-------C-TAA-----T-----T---------TAAACGAT-----TTTTATCA-AATAT----AGAA-T-TTTCGGATTTA--TTGAT-------A-A-AT--T-------A--T-ATATA-T----A--ACAT-TAAT----G-TATT-ATATA-CAAA-------TTCC--AAT-T-T-T-T--GT----AC-G-G-ACACGAACG--ACAA--TGAAT--------TGAAAAAT--C---CTGTTTCCAT------TCAGAG-------TAT----G-A--AT--A-CATGTTCT----AAC--A-CAA-A-TA-----T-CA---------A--AAGCCAA-AAAGGTCAG-A--AACC----TT-AT-TTTacttttctgtcattgaaatagtaagtcacaattttactacaaaaagtgtcaacaccgaacagacagccagaattat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): AAAGTCTATATACTAGTCGGTCATTGAAATAGTAAATCAAATTTTTACAACAAAAACTTTTGACACCAAAATGACAGCTTTATTGCT
Unaligned ( gi|34 ): TTCTTTCGTTGAAATAATGAATCACAATTTTACAACAAAAGTTTTCGACATGCATCAAAATGAAAGATAGTTGTACTTTAGA
Unaligned ( gi|36 ): CAATTCTACAACAAATAATTTCGACACCGAAATGAAAGCTAACATTGCTTTGATCTAGATCAACATG
Unaligned ( gi|39 ): TCTGTGAAAACTGTAGGTAGCATATTATGGGGATTTTT