lowQualScore : 11111 4444444444 1 1 1111111 5555555555 22222 4444444444444444444444444 888888888 22222222 3333333333333 11111 111
lowQualScore : 44444 8888888888 3 6 6 5 5 6 4444444 3 6 4444444444 3 4 1 22222 1111111111111111111111111 1 999999999 0 11111111 9 4 8888 4 4 3333333333333 0 9 3 33333 888 000
lowQualScore : ..... .......... . . . . . . ....... . . .......... . . . ..... ......................... . ......... . ........ . . .... . . ............. . . . ..... ... ...
lowQualScore : 33333 6666666666 3 0 0 3 0 5 4444444 4 9 3333333333 6 1 9 55555 6666666666666666666666666 1 333333333 5 55555555 4 0 5555 0 9 1111111111111 9 0 1 00000 222 000
consensus : AATGACGTGCAT-----CGTCTTAAAG-TT-A-TTGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAAACATTATAG-------TTTATAACATTCGAAAAGAATAAATATATA-A----TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTTCA-TAT---ATTACAGTTCTAA-------TATTCAAATTGAA-T-----TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA-------ATA-ATACAAAATCACAACAAAGA-TG-TTGACAN-ACAGACA---AGAT
Reference ( gi|3 ) : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAAAAAT-A-TTGTATGAGCTCAATACAGGTTATATGAAAGATTATAG-------TTTATAACATTCGAAAAGAATAGATATATA-A--T-TATACTC-ATTTTAG--G--GGGCAACAA------TTATTTTTCA-AAT---ATTACAGTTCTAATA-CTAGTATTCAAATTGAATT-----TATTTCCC-TTTGA----CA-ATGTTTA-------ATAGATACAAAACCACAACAAAGA-TG-TTGACAA-ACAGACA---AGAT
gi|4 : AATGACGTGCATATAATTGTCTTAAAAGTT-AATTGAATCGGTTCAATACAGGTCACATGAAACATTTTAG-------TTTATAACATTCGAAAAGAATAAATATA--------TATACTC-ATTCTAATCA--TGGCAACA--------------TC---------TTACAGTTCTAA-------TATTCAAATTGAATTACATGTATCTCCC-TTTCA----CA-ATGTTGACT-----ATATATACAAAATCACAACAAAGA-TG-TTGACAT-ACAGACA---
gi|5 : aacAATTATGTATAT-----TATTTTGA--------TTGTATGAATGCAATGCATGTCGGACGAAGCATT-TGG-------TATGTCAAATACAGACAGAATAAATATATA--------TA------TTTAG--T--CGGCAGGAC------CTATTTT----GATTTTATCACAGTTAGAA-----AAT-TTCA--TTTAAAT-----CATCTTCC-TTTGA----CA-ATGATCA-------ATGAATACAAAATCACAGCA---------TAAC-A-ACAGATA---acatgg
gi|2 : cATGACGTGCAT-----CATCTT------T-A-TTGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGACACATGATAGTTTTAACTTTACAACATTCAAAAAGAAGAAATATACA-A-------AGTC-AGTGTGG--T--GGACAACCA------TTATTTTTCATTAT----TTACTGTTC-AATA------ATTCAAATTGAA-T-----TATCTCCC-TTTGA----TA-ATATTT---------TA-ATATAAAATCACAACAAAGA-CA-CTGACTT-ACATACA---taac
gi|17 : ATGACGTGTAT-----TGACTT------T-A-TTGAATTAATTCAATACAGGTCATGTGAAAtacagagagacaagttgac
gi|15 : TGACGTGCAT-----TGTCTTAATGTTT-A-TTGAATGAGTTTAATACAGGTCACATc
gi|8 : acatCATGCAC-----CGTCGTAAAGTTT-A-TTGAATGAGTTTGATACAGGTCACAT-AAACATT---G-------TTTATAACATTTGAAAAGGATAAATATATACA--CATATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACA------------------------ATTA----------------TATTCAAATTGAATT------ATCTCCC-TTTCA----CA-ATATTCACGCTGACATGCATACAGAAAGACAA
gi|7 : TGCAT-----TGTCTTAAAAGTTGA-TTGACTAGGTTCAATACAGGTCACATGAAACGTTATAG-------TTTATAACATTCGAAAAGAATAAATATA--------TATACTC-ATTCTGA--T--GGGCAACAA------TTATTTTTCA-TAT---CTTACAGTTCTAA---------------------------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGCTGA-------GT--ATACAA-------------A-TG-TTGATAT-ACAGACAGACAGATgatg
gi|6 : AATACAGGTCACATGAAACATCATAG-------TTTATATCATTTGGAAAGAATAAATATATA-AACA-TGTAATC-ATTCTGA--T--TACCAAAAA------TTATTTTTTA-TAG---CTTACAGTTGTAA-------TATTCAAATTGAA-T-----TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTGA-------AT--ATACAAAATCACAACAAAGA-TG-TTGACAA-ACAGA-A---AGAaaggt
gi|12 : AGGGCACATGAAACATTATAG-------TTTAAAATATTCGAAA----------------------TACTC-ATTCTGG--T--GGGCAAC---------------T----AT---ATCACAGTTCTAATA-------TTCAAATTGAATT-----cagacacggtga
gi|10 : TGAAATATTATAG-------TTTATAACATTAGAAATGAATAAATATAT-----T---TACTC-CTTCTGA--T--GGGCAATAA------ATATCTTTCA-TAC---ATTACAGTTCTAA-------TATTCAAAatc
gi|11 : TAG-------TTTATAACATTCAAACAGAAAAAATATATT-A--T-T---CTCTATGTTGT--A--GGGCAACAC------TTATTTTTCA-TCT---ATTACAATTCTAA-A------ATTCAATTTGA
gi|1 : tTCGAAA-GAATAAATATGTA-T--A-TATACT---TTCTAG--AATGGG-AACAAGCACATTTATTTTT----------TCATATTTTTATTATCTA----TCATA-TGAA-T-----TATCTCCCTTTTGA----TATATG-TGA-------ATAG---------CAT----AAGATTGTTTGACAATACAGGCA---
gi|9 : tgtgcaatgtcttaaacatttaatatgaatgggtcatgacagtcacatgaatttcgattttatactatgtacgaatgtagtgagtaattaatctgatcC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTTCA-TAT---GTTACAGT------------TATTCAA-------T-----TATCTTCC-TTTGA----CA-ACG-TTA---------------AAAATTACAACAAAGA-TA-CTGACAgacaga
gi|14 : attgtctcaaattttattgaatgagttcaacagaggtcactggattcaaaaagag---ATTACAGTTCTAA-----A--ATTCAAATTGAA-T-----TATCTCCC-TTTGATATGTA-ATGTGTA-------TTACATACAGAttcatatagactgacaaggtgaca
gi|13 : atc-CTAGCATTCAAATTGAACT------AT--CTC-TTTGA----CA-ATGTTCA-------ATAGATACAATATTACAACACATA--G------AA-ACACACA---AGGTgac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCCCTTCAACAATATTCACCTTGGACATGCATAACAGAAAGACAAGATG
Alignments
lowQualScore : 111111 3333333 1111111111 1111111111111 333333333333 1111111 11111111 11111111 222 11111 111
lowQualScore : 333333 1 1111111 4 4 4444444444 4 88888 3333333333333 44 88888 1 888888888888 3 44 44 0000000 3 1 00000000 33333333 3 999999 3 7777 3 5555 333 11111 3 2 11 5 1 111
lowQualScore : ...... . ....... . . .......... . ..... ............. .. ..... . ............ . .. .. ....... . . ........ ........ . ...... . .... . .... ... ..... . . .. . . ...
lowQualScore : 666666 9 4444444 0 0 6666666666 5 33333 4444444444444 66 33333 2 777777777777 3 66 66 7777777 3 2 77777777 99999999 3 666666 6 7777 6 9999 222 11111 1 5 00 9 0 777
consensus : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAA-GT-TT-A-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATATATA---A---TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----A-TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA--AT-A-ATACAAAATC-----ACAACAAAGATGTTGACATACAGACA---AGAT
Reference ( family-943 ) : AATGACGTGCAT-----CGTCTTAAA-GT-T--A-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATATATA---A---TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----A-TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA--AT-A-ATACAAAATC-----ACAACAAAGATGTTGACANACAGACA---AGAT
gi|1 : GTGCAA-----TGTCTTAAACAT-TTAA-TATGAATGGGT-CATGACAG-TCACATGAATTTCGATTTTATACTATGTACGAATGT-------AGTGAGTAATTAATCTGATCTCGAAAGAATAAATATGTAT--A---TATACT---TTCTAGAAT--GGG-AACAAGCACATTTATTTTTTCATATTTTTA-TTA----TCTA-----------TCATAT-GAA-T------TATCTCCCTTTTGA----TATATG-TGA--AT-A-GCATAAGATTGTTTGACAATACA------GGCAGACAGA
gi|10 : tTGAA----------ATATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTAGA-----AATGAATAAATATAT--------T-TACTC-CTTCTGA--T--GGGCAATAA------ATATCTTT-CATAC----A-TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAA
gi|11 : T-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCAA-----ACAGAAAAAATATAT--------TATTCTCTATGTTGT--A--GGGCAACAC------TTATTTTT-CATCT----A-TTACAATTCTAA------A-ATTCAATTTGA
gi|12 : tAGGGCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----AAAT--ATTCGA-----AA-----------------------TACTC-ATTCTGG--T--GGGCAAC-------------------TAT----A-TCACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATC
gi|13 : CACTTCTAG------C-ATTCAAATTGAA-C------TATCT--C-TTTGA----CA-ATGTTCA--AT-AGATACAATATT-----ACAACA
gi|14 : ttgt----A-TTACAGTTCTAA------A-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGATATGTA-ATGTGTA--TT-ACATACAGAcatagaaacacacaaggtgat
gi|15 : atcTGACGTGCAT-----TGTCTTAAT-GT-TT-A-T-TGAATGAGTTTAATACAGGTCACATgac
gi|17 : acatATGACGTGTAT-----TGACTT-------T--A-T-TGAATTAATTCAATACAGGTCATGTGAA----------AC
gi|2 : ATGACGTGCAT-----CATCTT-------T--A-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAC----------ACATGAT-----AGTTTTAACTTTA-----CAAC--ATTCAA-----AAAGAAGAAATATACA---A------AGTC-AGTGTGG--T--GGACAACCA------TTATTTTT-CAT-T----ATTTACTGTTC-AA------TAATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----TA-ATATTT----T-A-ATATAAAATC-----ACAACAAAGACACTGACTTACATACA---
gi|3 : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAA-AAAT--A-T-TGTATGAGCTCAATACAGGTTATATGAA----------AGATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAGATATATA---AT--TATACTC-ATTTTAG--G--GGGCAACAA------TTATTTTT-CAAAT----A-TTACAGTTCTAATACTAGT-ATTCAAATTGAATT------TATTTCCC-TTTGA----CA-ATGTTTA--AT-AGATACAAAACC-----ACAACAAAGATGTTGACAAACAGACA---AGATtacagagagacaagttgac
gi|4 : AATGACGTGCATATAATTGTCTTAAAAGT-T--AAT-TGAATCGGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTTT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATAT------A---TATACTC-ATTCTAA--TCATGGCAACA--------------T-C----------TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-TTACATGTATCTCCC-TTTCA----CA-ATGTTGACTAT-ATATACAAAATC-----ACAACAAAGATGTTGACATACAGACA---
gi|5 : aac--A-T-TGTATGAATGCAATGCATGTCGGACGAA----------GCATT-T-----GGTAT-------G-----TCAA--ATACAG-----ACAGAATAAATATATA-------------T-ATT-TAG--T--CGGCAGGAC------CTATTTTG-ATTTT----A-TCACAGTTAGAA------A-ATTTCATTTAAA-T------CATCTTCC-TTTGA----CA-ATGATCA--ATGA-ATACAAAATC-----ACAGCA-------TAACA-ACAGATA---acatgg
gi|6 : caattatgtatattattttgAATACAGGTCACATGAA----------ACATCAT-----AGTTT-------A-----TATC--ATTTGG-----AAAGAATAAATATATA---AACATGTAATC-ATTCTGA--T--TACCAAAAA------TTATTTTT-TATAG----C-TTACAGTTGTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTGA--AT---ATACAAAATC-----ACAACAAAGATGTTGACAAACAGA-A---AGAtaac
gi|7 : TGCAT-----TGTCTTAAAAGT-TG-A-T-TGACTAGGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACGTTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATAT------A---TATACTC-ATTCTGA--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----C-TTACAGTTCTAA----------------------------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGCTGA--GT---ATACAA------------------ATGTTGATATACAGACAGACAGATcagacacggtga
gi|8 : CATGCAC-----CGTCGTAAA-GT-TT-A-T-TGAATGAGTTTGATACAGGTCACAT-AA----------ACATT--------GTTT-------A-----TAAC--ATTTGA-----AAAGGATAAATATATACACA---TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TT-----------------------------A------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTCA----CA-ATATTCA--aaggt
gi|9 : AT-----TGTCTCAAA-TT-TT-A-T-TGAATGAGTTCAACAGAGGTCAC---------------------T-----GG----------------------ATTCAA-----AAAGAG-----------------------C-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----G-TTACAGT-----------T-ATTC------AA-T------TATCTTCC-TTTGA----CA-ACGTTA------------AAAATT-----ACAACAAAGATACTGACATTCAcgctgacatgcatacagaaagacaagatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCCCTTCAACAATATTCACCTTGGACATGCATAACAGAAAGACAAGATG
Alignments
lowQualScore : 11111 111 1111111111 1111111111111 333333333333 1111111 11111111 11111111 222 111
lowQualScore : 00000 666 4 4 4444444444 4 88888 3333333333333 44 88888 1 888888888888 3 44 44 0000000 3 1 00000000 33333333 3 999999 3 7777 3 5555 333 1 3 5 5 3 000
lowQualScore : ..... ... . . .......... . ..... ............. .. ..... . ............ . .. .. ....... . . ........ ........ . ...... . .... . .... ... . . . . . ...
lowQualScore : 00000 111 0 0 6666666666 5 33333 4444444444444 66 33333 2 777777777777 3 66 66 7777777 3 2 77777777 99999999 3 666666 6 7777 6 9999 222 9 1 0 0 6 000
consensus : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAA-GTTTA-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATATATA---A---TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----A-TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA--AT-A-ATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC-ATACAGACA---AGAT
Reference ( family-943 ) : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAA-GTTTA-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATATATA---A---TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----A-TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA--AT-A-ATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC-ATACAGACA---AGAT
gi|1 : GTGCAA-----TGTCTTAAACATTTAATATGAATGGGT-CATGACAG-TCACATGAATTTCGATTTTATACTATGTACGAATGT-------AGTGAGTAATTAATCTGATCTCGAAAGAATAAATATGTAT--A---TATACT---TTCTAGAAT--GGG-AACAAGCACATTTATTTTTTCATATTTTTA-TTA----TCTA-----------TCATAT-GAA-T------TATCTCCCTTTTGA----TATATG-TGA--AT-A-GCATAAGAT-----------TGTTTGACAATACAGGCA---
gi|10 : tTGAA----------ATATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTAGA-----AATGAATAAATATAT--------T-TACTC-CTTCTGA--T--GGGCAATAA------ATATCTTT-CATAC----A-TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAAgacaga
gi|11 : T-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCAA-----ACAGAAAAAATATAT--------TATTCTCTATGTTGT--A--GGGCAACAC------TTATTTTT-CATCT----A-TTACAATTCTAA------A-ATTCAATTTGA
gi|12 : tAGGGCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----AAAT--ATTCGA-----AA-----------------------TACTC-ATTCTGG--T--GGGCAAC-------------------TAT----A-TCACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATC
gi|13 : CACTTCTAG------C-ATTCAAATTGAA-C------TATCT--C-TTTGA----CA-ATGTTCA--AT-AGATACAATATTACAACA
gi|14 : ttgt----A-TTACAGTTCTAA------A-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGATATGTA-ATGTGTA--TT-ACATACAGAcatagaaacacacaaggtgat
gi|15 : atcTGACGTGCAT-----TGTCTTAAT-GTTTA-T-TGAATGAGTTTAATACAGGTCACATgac
gi|17 : acatATGACGTGTAT-----TG------A-CTTTA-T-TGAATTAATTCAATACAGGTCATGTGAA----------AC
gi|2 : ATGACGTGCAT-----CATCTT-------TA-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAC----------ACATGAT-----AGTTTTAACTTTA-----CAAC--ATTCAA-----AAAGAAGAAATATACA---A------AGTC-AGTGTGG--T--GGACAACCA------TTATTTTT-CAT-T----ATTTACTGTTC-AA------TAATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----TA-ATATTT----T-A-ATATAAAATCACAACAAAGACA-CTGAC-TTACATACA---
gi|3 : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAA-AAATA-T-TGTATGAGCTCAATACAGGTTATATGAA----------AGATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAGATATATA---AT--TATACTC-ATTTTAG--G--GGGCAACAA------TTATTTTT-CAAAT----A-TTACAGTTCTAATACTAGT-ATTCAAATTGAATT------TATTTCCC-TTTGA----CA-ATGTTTA--AT-AGATACAAAACCACAACAAAGATG-TTGAC-AAACAGACA---AGATtacagagagacaagttgac
gi|4 : AATGACGTGCATATAATTGTCTTAAAAGTTAA-T-TGAATCGGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTTT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATAT------A---TATACTC-ATTCTAA--TCATGGCAACA--------------T-C----------TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-TTACATGTATCTCCC-TTTCA----CA-ATGTTGACTAT-ATATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC-ATACAGACA---
gi|5 : aacAATTATGTATAT-----TATTTTGA--------T-TGTATGAATGCAATGCATGTCGGACGAA----------GCATT-T-----GGTAT-------G-----TCAA--ATACAG-----ACAGAATAAATATATA-------------T-ATT-TAG--T--CGGCAGGAC------CTATTTTG-ATTTT----A-TCACAGTTAGAA------A-ATTTCATTTAAA-T------CATCTTCC-TTTGA----CA-ATGATCA--ATGA-ATACAAAATCACAGCA--------TAAC-A-ACAGATA---acatgg
gi|6 : cAATACAGGTCACATGAA----------ACATCAT-----AGTTT-------A-----TATC--ATTTGG-----AAAGAATAAATATATA---AACATGTAATC-ATTCTGA--T--TACCAAAAA------TTATTTTT-TATAG----C-TTACAGTTGTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTGA--AT---ATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC-AAACAGA-A---AGAtaac
gi|7 : TGCAT-----TGTCTTAAAAGTTGA-T-TGACTAGGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACGTTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATAT------A---TATACTC-ATTCTGA--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----C-TTACAGTTCTAA----------------------------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGCTGA--GT---ATACAA-------------ATG-TTGAT-ATACAGACAGACAGATcagacacggtga
gi|8 : CATGCAC-----CGTCGTAAA-GTTTA-T-TGAATGAGTTTGATACAGGTCACAT-AA----------ACATT--------GTTT-------A-----TAAC--ATTTGA-----AAAGGATAAATATATACACA---TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TT-----------------------------A------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTCA----CA-ATATTCA--aaggt
gi|9 : AT-----TGTCTCAAA-TTTTA-T-TGAATGAGTTCAACAGAGGTCAC---------------------T-----GG----------------------ATTCAA-----AAAGAG-----------------------C-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----G-TTACAGT-----------T-ATTC------AA-T------TATCTTCC-TTTGA----CA-ACGTTA------------AAAATTACAACAAAGATA-CTGAC-ATTCAcgctgacatgcatacagaaagacaagatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCCCTTCAACAATATTCACCTTGGACATGCATAACAGAAAGACAAGATG
Alignments
lowQualScore : 11111 111 1111111111 1111111111111 333333333333 1111111 11111111 11111111 222 111
lowQualScore : 00000 666 4 4 4444444444 4 88888 3333333333333 44 88888 1 888888888888 3 44 44 0000000 3 1 00000000 33333333 3 999999 3 7777 3 5555 333 1 3 5 5 3 000
lowQualScore : ..... ... . . .......... . ..... ............. .. ..... . ............ . .. .. ....... . . ........ ........ . ...... . .... . .... ... . . . . . ...
lowQualScore : 00000 111 0 0 6666666666 5 33333 4444444444444 66 33333 2 777777777777 3 66 66 7777777 3 2 77777777 99999999 3 666666 6 7777 6 9999 222 9 1 0 0 6 000
consensus : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAA-GTTTA-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATATATA---A---TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----A-TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA--AT-A-ATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC-ATACAGACA---AGAT
Reference ( family-943 ) : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAA-GTTTA-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATATATA---A---TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----A-TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA--AT-A-ATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC-ATACAGACA---AGAT
gi|1 : GTGCAA-----TGTCTTAAACATTTAATATGAATGGGT-CATGACAG-TCACATGAATTTCGATTTTATACTATGTACGAATGT-------AGTGAGTAATTAATCTGATCTCGAAAGAATAAATATGTAT--A---TATACT---TTCTAGAAT--GGG-AACAAGCACATTTATTTTTTCATATTTTTA-TTA----TCTA-----------TCATAT-GAA-T------TATCTCCCTTTTGA----TATATG-TGA--AT-A-GCATAAGAT-----------TGTTTGACAATACAGGCA---
gi|10 : tTGAA----------ATATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTAGA-----AATGAATAAATATAT--------T-TACTC-CTTCTGA--T--GGGCAATAA------ATATCTTT-CATAC----A-TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAAgacaga
gi|11 : T-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCAA-----ACAGAAAAAATATAT--------TATTCTCTATGTTGT--A--GGGCAACAC------TTATTTTT-CATCT----A-TTACAATTCTAA------A-ATTCAATTTGA
gi|12 : tAGGGCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----AAAT--ATTCGA-----AA-----------------------TACTC-ATTCTGG--T--GGGCAAC-------------------TAT----A-TCACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATC
gi|13 : CACTTCTAG------C-ATTCAAATTGAA-C------TATCT--C-TTTGA----CA-ATGTTCA--AT-AGATACAATATTACAACA
gi|14 : ttgt----A-TTACAGTTCTAA------A-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGATATGTA-ATGTGTA--TT-ACATACAGAcatagaaacacacaaggtgat
gi|15 : atcTGACGTGCAT-----TGTCTTAAT-GTTTA-T-TGAATGAGTTTAATACAGGTCACATgac
gi|17 : acatATGACGTGTAT-----TG------A-CTTTA-T-TGAATTAATTCAATACAGGTCATGTGAA----------AC
gi|2 : ATGACGTGCAT-----CATCTT-------TA-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAC----------ACATGAT-----AGTTTTAACTTTA-----CAAC--ATTCAA-----AAAGAAGAAATATACA---A------AGTC-AGTGTGG--T--GGACAACCA------TTATTTTT-CAT-T----ATTTACTGTTC-AA------TAATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----TA-ATATTT----T-A-ATATAAAATCACAACAAAGACA-CTGAC-TTACATACA---
gi|3 : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAA-AAATA-T-TGTATGAGCTCAATACAGGTTATATGAA----------AGATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAGATATATA---AT--TATACTC-ATTTTAG--G--GGGCAACAA------TTATTTTT-CAAAT----A-TTACAGTTCTAATACTAGT-ATTCAAATTGAATT------TATTTCCC-TTTGA----CA-ATGTTTA--AT-AGATACAAAACCACAACAAAGATG-TTGAC-AAACAGACA---AGATtacagagagacaagttgac
gi|4 : AATGACGTGCATATAATTGTCTTAAAAGTTAA-T-TGAATCGGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTTT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATAT------A---TATACTC-ATTCTAA--TCATGGCAACA--------------T-C----------TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-TTACATGTATCTCCC-TTTCA----CA-ATGTTGACTAT-ATATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC-ATACAGACA---
gi|5 : aacAATTATGTATAT-----TATTTTGA--------T-TGTATGAATGCAATGCATGTCGGACGAA----------GCATT-T-----GGTAT-------G-----TCAA--ATACAG-----ACAGAATAAATATATA-------------T-ATT-TAG--T--CGGCAGGAC------CTATTTTG-ATTTT----A-TCACAGTTAGAA------A-ATTTCATTTAAA-T------CATCTTCC-TTTGA----CA-ATGATCA--ATGA-ATACAAAATCACAGCA--------TAAC-A-ACAGATA---acatgg
gi|6 : cAATACAGGTCACATGAA----------ACATCAT-----AGTTT-------A-----TATC--ATTTGG-----AAAGAATAAATATATA---AACATGTAATC-ATTCTGA--T--TACCAAAAA------TTATTTTT-TATAG----C-TTACAGTTGTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTGA--AT---ATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC-AAACAGA-A---AGAtaac
gi|7 : TGCAT-----TGTCTTAAAAGTTGA-T-TGACTAGGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACGTTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATAT------A---TATACTC-ATTCTGA--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----C-TTACAGTTCTAA----------------------------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGCTGA--GT---ATACAA-------------ATG-TTGAT-ATACAGACAGACAGATcagacacggtga
gi|8 : CATGCAC-----CGTCGTAAA-GTTTA-T-TGAATGAGTTTGATACAGGTCACAT-AA----------ACATT--------GTTT-------A-----TAAC--ATTTGA-----AAAGGATAAATATATACACA---TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TT-----------------------------A------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTCA----CA-ATATTCA--aaggt
gi|9 : AT-----TGTCTCAAA-TTTTA-T-TGAATGAGTTCAACAGAGGTCAC---------------------T-----GG----------------------ATTCAA-----AAAGAG-----------------------C-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----G-TTACAGT-----------T-ATTC------AA-T------TATCTTCC-TTTGA----CA-ACGTTA------------AAAATTACAACAAAGATA-CTGAC-ATTCAcgctgacatgcatacagaaagacaagatg
blockSeqs : ATAAT AAG . . . A . TAACTTTA . . T ATAAACATG T . CA A . A ACA TACTAGT T TACATG . TATG . GACT AG T A . . T GAC
blockSeqs : . AAG . . . A . A . . A ATACACATA . . . C . A CTA TA . . . . . CA AC C A . . A .
blockSeqs : . TG . . . A . A . . G ATAATTA . . . A . A ATA T . . . . . TA AG C A . . T .
blockSeqs : . AC . . . A . A . . T ATTA . . . A . A TAT A . . . . . TA AT C A . . A .
blockSeqs : . AA . . . T . A . . T ACAA . . . C . T ATA T . . . . . CA GA C A . . T .
blockSeqs : . AG . . . A . A . . T ATT . . . A . A TTA C . . . . . GA A C . . . T .
blockSeqs : . AT . . . A . G . . T ATA . . . A . A AGC A . . . . . GA . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . T ATA . . . A . A ATC T . . . . . CA . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . T ATA . . . A . . ATG A . . . . . T .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : T
blockSeqs : .
blockSeqCons : AN* ********** ***** A************ ** ***** ATA********* ** A****** ATA***** T******* AN*
originalCons : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAA-GTTTA-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATATATA---A---TATACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATAT----A-TTACAGTTCTAA------T-ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA--AT-A-ATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC-ATACAGACA---AGAT
finalCons : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAAN-TTTA-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTTA------------TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATATATA---------TACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CATATA-----TTACAGTTCTAAT-------ATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA--ATAN-ATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC-ATACAGACA---AGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCCCTTCAACAATATTCACCTTGGACATGCATAACAGAAAGACAAGATG
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111 1111111111111 22222222222222222222 1111111 11111111 1111111 2222222222222 1111 111
lowQualScore : 11111 777 8 8 4 4444444444 4 88888 3333333333333 44 88888 1 55555555555555555555 3 66666 0000000 3 1 00000000 1111111 2 3 999999 3 7777 3 3333333333333 3 3 5 5555 3 555
lowQualScore : ..... ... . . . .......... . ..... ............. .. ..... . .................... . ..... ....... . . ........ ....... . . ...... . .... . ............. . . . .... . ...
lowQualScore : 11111 222 0 0 0 6666666666 5 33333 4444444444444 66 33333 2 11111111111111111111 3 33333 7777777 3 2 66666666 1111111 9 3 666666 6 7777 6 2222222222222 2 1 0 6666 6 777
consensus : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAAN-TTT-A-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATAT------A----T-A------TACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CAT-AT----ATTACAGTTCTAA------TA-TTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA-------ATA-ATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC----ATACAGACA---AGAT
Reference ( family-943 ) : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAAN-TTT-A-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATAT------A----T-A------TACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CAT-AT----ATTACAGTTCTAA------TA-TTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTNA-------ATANATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC----ATACAGACA---AGAT
gi|1 : GTGCAA-----TGTCTTAAACATTT-AATATGAATGGGT-CATGACAG-TCACATGAATTTCGATTTTATACTATGTACGAATGT-------AGTGAGTAATTAATCTGATCTCGAAAGAATAAATATGTAT--A----T-A------TACT---TTCTAGAAT--GGG-AACAAGCACATTTATTTTTTCAT-ATTTTTATTA----TCTA-----------TCATAT-GAA-T------TATCTCCCTTTTGA----TATATG-TGA-------ATAG-CATAAGAT-----------TGTTTGACA---ATACAGGCA---
gi|10 : tTGAA----------ATATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTAGA-----AATGAATAAATAT------A----T-T------TACTC-CTTCTGA--T--GGGCAATAA------ATATCTTT-CAT-AC----ATTACAGTTCTAA------TA-TTCAAAgacaga
gi|11 : T-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCAA-----ACAGAAAAAATAT------A----TTA------TTCTCTATGTTGT--A--GGGCAACAC------TTATTTTT-CAT-CT----ATTACAATTCTAA------AA-TTCAATTTGA
gi|12 : tAGGGCACATGAA----------ACATTAT-----AGTTT-------A-----AAAT--ATTCGA-----AA-------------------------------TACTC-ATTCTGG--T--GGGCAAC-------------------T-AT----ATCACAGTTCTAA------TA-TTCAAATTGAA-T------TATC
gi|13 : CACTTCTAG------CA-TTCAAATTGAA-C------TATCTC---TTTGA----CA-ATGTTCA-------ATAGATACAATATTACAACA
gi|14 : ttgt----ATTACAGTTCTAA------AA-TTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGATATGTA-ATGTGTA-------TTACATACAGAcatagaaacacacaaggtgat
gi|15 : atcTGACGTGCAT-----TGTCTTAATG-TTT-A-T-TGAATGAGTTTAATACAGGTCACATgac
gi|17 : acatATGACGTGTAT-----TG------AC-TTT-A-T-TGAATTAATTCAATACAGGTCATGTGAA----------AC
gi|2 : ATGACGTGCAT-----CATCTT-------T-A-T-TGAATGAGTTCAATACAGGTCACATGAC----------ACATGAT-----AGTTTTAACTTTA-----CAAC--ATTCAA-----AAAGAAGAAATAT------A----C-A------AAGTC-AGTGTGG--T--GGACAACCA------TTATTTTT-CATTAT-----TTACTGTTC-AA------TAATTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----TA-ATATTT---------TA-ATATAAAATCACAACAAAGACA-CTGACTTACATACATACAG--AGA
gi|3 : AATGACGTGCAT-----TGTCTTAAAA-AAT-A-T-TGTATGAGCTCAATACAGGTTATATGAA----------AGATTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAGATAT------ATAATT-A------TACTC-ATTTTAG--G--GGGCAACAA------TTATTTTT-CAA-AT----ATTACAGTTCTAATACTAGTA-TTCAAATTGAATT------TATTTCCC-TTTGA----CA-ATGTTTA-------ATAGATACAAAACCACAACAAAGATG-TTGAC----AAACAGACA---AGATgacaagttgac
gi|4 : AATGACGTGCATATAATTGTCTTAAAA-GTT-AAT-TGAATCGGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACATTTT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATAT------A----T-A------TACTC-ATTCTAA--TCATGGCAACA--------------T-C----------TTACAGTTCTAA------TA-TTCAAATTGAA-TTACATGTATCTCCC-TTTCA----CA-ATGTTGACT-----ATATATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC----ATACAGACA---
gi|5 : aacAT-TTTGA-T-TGTATGAATGCAATGCATGTCGGACGAA----------GCATT-T-----GGTAT-------G-----TCAA--ATACAG-----ACAGAATAAATAT------A----T-A------TATTT-AGTC---------GGCAGGAC------CTATTTTG-ATT-TT----ATCACAGTTAGAA------AA-TTTCATTTAAA-T------CATCTTCC-TTTGA----CA-ATGATCA-------ATGAATACAAAATCACAGCA--------TAAC----A-ACAGATA---acatgg
gi|6 : caattatgtatattAATACAGGTCACATGAA----------ACATCAT-----AGTTT-------A-----TATC--ATTTGG-----AAAGAATAAATAT------A----T-AAACATGTAATC-ATTCTGA--T--TACCAAAAA------TTATTTTT-TAT-AG----CTTACAGTTGTAA------TA-TTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGTTGA-------AT--ATACAAAATCACAACAAAGATG-TTGAC----AAACAGA-A---AGAtaac
gi|7 : TGCAT-----TGTCTTAAAA-GTTGA-T-TGACTAGGTTCAATACAGGTCACATGAA----------ACGTTAT-----AGTTT-------A-----TAAC--ATTCGA-----AAAGAATAAATAT------A----T-A------TACTC-ATTCTGA--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CAT-AT----CTTACAGTTCTAA----------------------------TATCTCCC-TTTGA----CA-ATGCTGA-------GT--ATACAA-------------ATG-TTGAT----ATACAGACAGACAGATcagacacggtga
gi|8 : CATGCAC-----CGTCGTAAAG-TTT-A-T-TGAATGAGTTTGATACAGGTCACAT-AA----------ACATT--------GTTT-------A-----TAAC--ATTTGA-----AAAGGATAAATATATACACA----T-A------TACTC-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TT-----------------------------A------TA-TTCAAATTGAA-T------TATCTCCC-TTTCA----CA-ATATTCACGCTGACATGCATACAGAAAGACAAaaggt
gi|9 : AT-----TGTCTCAAAT-TTT-A-T-TGAATGAGTTCAACAGAGGTCAC---------------------T-----GG----------------------ATTCAA-----AAAGAG-------------------------------C-ATTCTGG--T--GGGCAACAA------TTATTTTT-CAT-AT----GTTACAGT-----------TA-TTC------AA-T------TATCTTCC-TTTGA----CA-ACGTTA----------------AAAATTACAACAAAGATA-CTGAC----ATTCAgatg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATCTCCCTTCAACAATATTCACCTTGGACATGCATAACAGAAAGACAAGATG