lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 333333 22 22 33333333 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222 11 11
lowQualScore : 999999 11 22 77777777 4 3 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333 66 11 2 6 99
lowQualScore : ...... .. .. ........ . . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. .... .. .. . . ..
lowQualScore : 000000 00 00 00000000 0 3 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 88 00 0 0 33
consensus : NNNTTGAGCAAATAAATTTTTCTTTCTGGTATGATCTGATAGNCCNNTTTNCA-TTTTATGTCA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGAAAACT-TCCAA--A--AT--A-TCTA-NA-TAGTAGAAGTATGACAG-A--A-T-GA-CGATCAAT--GNGCAAAAA---TCTAAA---ATTATCAGAGGAAATT-----CGGTCTACCTT------AT-A--C--AT------------ATCTTAT-TGAGT-TTGCCAGTG---TTTA-TTAG----TTCT--GCT-NT----G-----AC-AGCAAGA----TG-----A--CA----TAATTT--TN-----TT-----CANAG----TG--TTTATGCTGCAAATTAAGA-A--AA-A-AT--TTGTA-AT-A-----ACT----A----GTATA---T-A---C---TATA--CA-----ATT--NA-TGCNT-G-CTCT-AT-AAAA-TT-C-NAGGT-TT--T-TGA-TATGAAA----AGANTGTGACCT-TGAA-NTAA--C-TTGAC-AC-TAAAA--CAAGAACNAN-GA----CG--ACACC--CTTTTCT---GTGT-GTCAAAAGAATGCA----TA-CATT---CT------GTA------G----C----AT------ACAA---AAT-ATNACATCTCAACGCGTCCAATGAATGTGAGAAGA-ATC
Reference ( gi|3 ) : AAATTGAGAAGGCCAATGCTTCTTTCCTATATGATCTGATACCCCCCTTTTCA-TTTTATGTCA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGAAAAAT-TCCAA--A--AT--A-CCTA-CA-TAGCAGAAGTATGACAG-A--A-T-GT-TGATCAAT--GTGCAAAAA---TCTAAA---ACTACTGGAGGAATTT-----CAGTCTACCTT------AT-A--CA-AT------------ATCTTAT-TGAAT-TTGACAGTG---TGCA-TTAG----TTAT--GCT-CT----G-----AC-AGCAAGA----TG-----A--CA----TAATTT--TT-----TT-----CAAAG----TG--TTTATGCTGCAAACTATGA-A--AA-A-AT--TTGTA-AT-A-----ACT----A----GTATA---T-A---C---TGTA--CA-----ATT--AA-TGCCT-G-CTTTCAC-AGAA-TT-C-AAAGT-TC--T-TGA-TATGAAA----AGAGTGTGATAT-TGAA-CTAA--C-TTGAC-ACTTAAAA--CAAGAACAAA-GA----CGA-AGATT--TTTTTCT---GTGT-GTTAAGAGAATGCA----AT-CATT---CT------GTA------G----C----AT------ACAT---AAT-GTCGCATCTCAACACGTCTAATGAATGTGAGAAGA-TTC
gi|1 : TTGAGCAAATAAATTTTTCTTTTTAATATGATCTGATAACCCAC--TTCAGTTTTATATCA---TTATGCACC-GTGATATAGCACTGTTTTT-----AT---A----------------TGAAAAATGTTCAA--A--AA--ATTCTA-AG-CAGTAGAAATGGGATTG-A--A-TAAA-TGATCAAT--ATAATAAGG---CCTATCTTTATTACTG--GGAATTT------GGTCTGCTTC---------------AT------------ATCTTGT-T-----------------TACA-TTGG----CTCT--GCTCCT----C-----A--AACAGAC----TG-----AGGTA----TGCTCT--TA-----CT-----C--AG----TG--TTTACA-TACAATTTA-GA-A--AA-A-AT--ATTTA-AT-ACGCCTACA----A----GTATG---T-A---------TA--CA-----ATT--AA-
gi|4 : agtaaaatacaacttttgtgtcctctcttgaaaatcttaaagtactaacttttgtctccagtagaacaaaatcataccaagtcaagatgtcaaaaactacttacaggaataagtcgtaactggcagaagtaacaaagtataatgatactgcatgatattttgaacttactaaatctcgtgaggccattttagatgctcgactccaaatcattattttagggaaaactTTTCTGGTATGATCTGATAGGCTTATTTACA-TGT-ATGTCAGTAT-------CAG----------------TTTCTTGAT---ACACCAACGCTATGGTGTGAAAACT-TCCAA--A--AT--A-T-TATCAGTCGTAGAAGTATGACAA-A--A-A-TTATGACCAATAAGTG-AAAAA---TCTAAT---ATTAAAAGAGAAAATT-----CGGTCTATCCT------AT-A--------------------TCTGAC-TGAGT-TTAGCAGTG---CTTA-TTAGAATTTTGT--GCT-GTCAGAA-----AC-AGAAAGAAATATGTTAATA--CA----TAATTA--TC-----TT------------------TTT----TGCAA-TTAAGA-C--AA-G--T--TTGTAGAC-A-----A------A----ACACA---T-G-------TATA--CA-----AGT--TA-TGCCT-AACTT--ATGAGAA-TT-T-AAAGTCTT--T-TGA-TAAAAGA----ACAGCATGACCG-TGAA-ATAAG-C-TCGAC-ACA-AAAA--CAAGAACCAC-GA----CGA-CCACT--TTTCTCTTCCGTGTTGCTA------TGCA----TC-CAAT------------TA-----------C----AT------ACAA---AAT-GCCATATCTCAACACGTTCCGTGAATATAAGA
gi|7 : -TTTTCTGTAA---C-------C------------------TT-----AC--------------------TGGAAACT-TCTAG--AGAATGAA-TGTA-AA-TAGTAGAAGTATGCCAG-A--A-A----CGATGAAT--GCGCA-----------------------GAGAAAATT-----CGGTCAAC---------A--A--AA-ATCACGG-------ATTTTAT-TGGGT-TTACCCGTG---T----TTA-------AT--AAT-CA----G-----AC-AGAAAAA----T-----------------ATTT--TTATATCTTA----CATAG----TG--ATTATGATGCAAATTA--A-AGCAA-A-AT--CTGTA-AT-G-----AATCACAA----GTATA---C-A---TGTATATA--CA-----ATT--CA-TATAT-G-CTCT---------------AAGT-TCC-T-TAA-T-TGAAA----AG--TATGACTT-TGAAACGAT--C-TTGAC-AC--AAGAG-CAAGA-CACGCGA----CAA-CCACC--TTT--CT---ATGT-TTCAAAAGAATGTG----TA-CATT---CT------GTGGTTGCTG----T----AT------ACAA---AAC-ATCACATCTC
gi|6 : -G----------------TT-----ATTAAA----------------TAAAAACT-TCTAA--A--AA--A-TCTA-T--TAGAAAAAATGTTAGA--A--A-T-AA-AGATCAAT--GTGCAAATA---TCTAGA---ATGATCAAAGGAAATT-----TGGTCTACC--------AT-A--C----------------ATCTTAT-TCAAT-TTACTAGTAAATTTCACTTAA------AT--ACT-AT----G-----CA-AACTGGA----TA-----A---A-----AAT-------------------AAAA----T---TATATGTTGCAAATT-TAA-AC-AA-A-AT--GTGTA-ATGA-----ATC----ACAATGTATA---T-AATTCA--TATA--CATGTACATG--TA-TATAT-A-TCCTCAT-GAAATTT-C-TAGGT-TT--TCTGA-TTTCAAA------TGTGTGACCT-TGAA-ATGAC-C-TTGAC-AA-AAAAA--TAAGGACCAT-GA----CAC-A------CTTTTCA---GTGA-GTGAAAAGAAcatgctcccggtg
gi|5 : ----------------TT-----AT---A----------------TAAAAACT-TTCAACAA--AT----TCTG-CA-TAGTAGAAATATGACAGAA--A-T-AA-CAACCAAT--GTGCAGAAA---TCTTCA---ATTATCTGAGGAAATT------GGTCTACC-A------AT-AACCATAT------------ATCTTTT-TG--TGTTG--AGTG---TTTA-TTGA----TTTT--ACT-AT--------------GCAAAC----TG-----A--CAGGAGTATGTT--TA-----TA-----CAGAG----TG--GCCATGCTGCAAAGTAAGA--------------TAT--AT-T-----ACT---------GTATA---T-----C---TGTT--CT-----ACTGAAA-TACCTAG-ATTT---------TT-C-AA-----T--T-TCA----GGAA----AGACTGTGACCT-TGAA-ATGA--C-CT------TTCAAA--TAACAAGAAA-TA----TGACATCCT--CTTTTCT---GTGT-GTCCAAAAAAaaaacatctcaaagcatccaataaatagaagaagacatcctaagcaaa
gi|2 : aatgatttagaaaattaaattctttcttatatgattcaataccccttactttatcttatacatgtactattgtatttcttactgtgcctgtgttaataaAAAAAT-TCTGA--A--AT--A-CC-A-AG-TAGTAGAAATATAACAT-ATAA-T-AG-CGACCA-T--GAGCAAAAA---TCTAAC---A-------AAGAAATT-----CGGTTTACCTC---------------AT------------ATCTCATCTGCGT-TTGCCAAT----TTTA-TTAG----TTCT--ACT-CT----G-----CA-AACAA-A----C------A--TA----TAA-------------------CAA-----------TTATGCTACAAAaaaaatataccatctcaataccatccttaaggaaaga
gi|22 : gtaaaatatcaattcgtattccctagcttgtttcaaagatttgaaagtgtttagtttactcagtttcctctctagtaaaaggaaattacaagaagaaatgcttttaagatcatgggtataaattatgactgacaaaagtgacagaatataggatattttaaacttccctttatctaacaattctaaatgcactacaattaatgatgtcttttctaatatctaactaaattataggttgttttctaatatgattctatattcaaactttactttatttcaatcactatgtaacttattacactggtattatgaggtga-TAGTAGAAATATAACAT-AT-A-T-AG-CGACCAAT--GAGCAAAAA---TCTAAC---A------AAGGAAATT-----CGGTTTACCTC------AT-A--------------------TCTCAT-TGCGT-TTGCCAATG---TTTA-TTAG----TTCT--ACT-CT----G-----CA-AACAAattaact
gi|30 : gAGAGGTATGCCAG-A--AAT-GA-TAATCAAT--GAGCAAAAA---TTTAGA---ATTATCAGAGAAATTCAATGACATTCTACCTT------AC-A--------------------TCTTAT-TGAGT-TTac
gi|10 : tgAAAAG-ATGTCAA-A--A-T-G----A-CAA-----GTAAAAA---TCTGAA---ATGATTAGAGGAAATT-----TGGTATATGTT------AT----C-----------------TCTTAC-AGAAT-TTGCCAGCA---TTTA-TTAG----TTCT--GCT--------------C-AGCAGAA----AG-----A--CA----GAGCTTAGTC-----T----------G----TG--TTTTTATTGCAAATTAGG-----AT-A-AT--TTA-A-AT-C-----ACT----G----GTGTac
gi|9 : agcattattatttgtaaagtaaaACAG-A----C-GT-ATATCCAC--GCGCCAAAA---TATAAA---ATTGTCAGAAG---TT-----CGGACTAC--T------GT-A--CATGT------------AT---------AT-TTTAC--------GTA-TT------TTATCTGCT-TT----------AC-A--AAAA-----G-----A--CA----GAAATA--TC-----TT-----CATAGATCATG--TTTATGCTGCCACTTAGGACA--AA-ATAT--CTGTA-TT-A-----A-------------AT----C-A---C---T-TA----------TT--AAATG--------------AAAT-TT-C-AAGGT-CC--AATGG-TGTGAAA----AAATTGTGACCTCTAAA-CTAA--T-T-------TT-----------------GA----C---AGA---------CT---GTGT-GTCAAAAGAATATA-------CATT---CT------GTA------G----C----TTTTGTGCACAA---AAT-ATTTCATCTCGATGCACCCAAATAATGTGAGAAAA-ATCccttttggtataaaaagattgtgaccttgaactaactttataacatataaagaagaaaggtgacatccacttttttgtgtgtcaaaagaatgttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|17 : acttttacctaccCAG-A--AAT-GA-TGATCAAT--GGACAAAAC---TTTCAG---ATCATCAGAGAGATTT------GGTTCACTTT---------------GT------------GTCGTAT-TGA---CTGCCAGTG---ATTA-TTAG----TTCG--GCT-AT----------ACAAACAA-------------A--CA----AAGGTT--CA-----TT-----TATAG----TGATTTTAT--TACAAATTTAGA-C--GA-A-AT--TTGGA-AT-A-----Acaccctta
gi|26 : ATCAAT--GTGCAAAAAATCTCT--------TATCAGAGGAAATTCG---CGGTCTA--TT------GT-A--TA-AT------------ATC--AT-TGAAT-TAGCAAGTG---TTTG-TTAG----TTTT--ACT-AT----GT----AC-Aatcacatgtttttt
gi|8 : cagaaataactT--GTGCAAAAC---TTTTAA---ATTATCAAAGAAAATC-----TTGTCTATCTTTTTAGTATTA--CA-ATTGTAAATATATAATCTCGT-CAAGT-TTACTAGCG---TTCA-TTAA----TTCT--GCT-AT----GTAAAAAC-AGTGGGA---------------------AATGT--GT-----TCATATATAATG----TG--ATTAAGCTGCAAATTATGT-A--AA-A-NN--NNNNN-NN-N-----NNN----N----NNNNN---N-N---N---NNNN--NN-----NNN--NN-NNNNN-N-NNNNNNN-NNNA-------AGGT-CT--T-TGA-TTTGAAATTCAAAAGGGTG-----------CAA--C----AC-A---AAAA--CAAGAACTGT-GATGCTCGC-A--------TTTTT---GTGT-GTCAAAAGACTGTATATTATACATT---CT------ATA------G----CTGTTGTCA----ACAA---AAT-ATAACATTTCAATGTGTCCAATAAATAGGAGAAGA-ATCa
gi|32 : AA---TATGAA---ATTTTCAGAGGGAATT-----CAG--------------AT-A------T------------ACCTCAT-TGAAT-TTACCAGTG---TTTG-ATAG----TTTT--ACT-TT----G------C-AAAAAGA----catctttaa
gi|11 : acatgtagtTCATGCAGCAAATGAAGA-C--AACA-ATAATCGCA-A--A-----AC-----G----GTACAGTGT-A---CAAATATAAACA-----ATT--TA-TAAAA-G-CTTTAAG-GGAC-TT-CTCGAGT-TGAAT-TGA-AA-AAAA----ACAGTGTGACCT-TGAA-ATGA--CCTTGAC-ACG-ATAA--CGGGAACTGC-GA----C-----ATC--TTTTTTT---TT----TCAGGA---TGC--------CATA---C---------A------A---------AT------ACGTTC-AAT-ATAACATCTCAACGCGTCCAGTGAATATGc
gi|27 : tcatacatgtatcccctactttgcaagcaaacaaaaatatgtccataaatacgatattcgataCC----A----ATATA---TTA---C---TGTA---G-----ATT--TA-TGCCT-G-TTCTGAT-AAAA-TTTC-GAGGT-CA--T-TAAGCATGGAA----AGGTTGTAACCT-TGAA-CTAAT-C-TTGCC-AT----AA--CAAGAA
gi|10 : -TT--T-TGG-TATAAAA----AGATTGTGACCT-TGAA-CTAA--C-TTTATAACATATA----AAGAAGAAA-GG----TG--ACATCCACTTTTTT---GTGT-GTCAAAAGAATG
gi|18 : agcattattatttgtaaagtaaaaaaagatgtcaaaatgacaagtaaaaatctgaaatgattagaggaaatttggtatatgttatctcttacagaatttgccagcatttattagttctgctcagcagaaagacagagcttagtctgtgtttttattgcaaattaggataatttaaatcactggtgtcc-TGTGGAG----AAATTGTTACCT-TAAA--TAAAGC-TCAAC-A--TAAAAACCAAGAACTAT-GA----AGC-AAATT--TCT--CT---GTGT-GTCAAAAGATTGTA----TA-CATT---CTACAGTTGTT------G----C----AT------ACAA---AAT-ATCACATTTCTACATATCCAATAAATGTAAGGGGA-ATCttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|28 : tttcgTTTCT---GTGT-GCAAAAAGAATTCA----TA-CATTAAGTT------GTT------G----C----CT------ATATGCCAATTATCAAATCACAATGTGTACAATAAATGTGAGAAGA-ATCcgccctt
gi|23 : -CATT---TT------ATA------GTTTAC----AA------ACAA---AAT-GTAACATTTGAACCCGTACAATGAATATGAGAtataatc
gi|14 : aatgagaaccgcaatgcccggatttgtgtctcaaaaaattgaatgggtgtatacttaT------GTA------G-----------------ACAC---GAT-ATAACATCTCAACATATTCAATGAATATAAGAAGA-ATC
gi|33 : acatgaatgcacatgtataatttagagcagatctaacgaaatattttgggtccattttcgttttatttaaaacgagtgtgaccatggaatagcaccaaaacaaatcataaaagaatcacctgcctcacttgtcgtT------GTT------G----C----AA------GCAA---AAT-ATAACATCTTAGTGGGTCCAGTGAATGTGAGAAGAGTTCcatcaaa
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AGTAAATTTCACTTAAATACATGCAAACTGGATTAAAATAAAATTATATGTTTGCAAATTTAAACAAATGTGTAATGAATCACAATGATATAATTTCATAACATGTACATGTATATATATCCTCATGAAATTCTAGGTTTTCTGATTCAAAAATGTTGTGACCTTGAATGACCTAGACGAAAAAATAAGACCATGACCACACTTTTCCTGTAGTGGAAAGAAAAAACATCTCAAAGCAATCATAAATATGAAGAAGACATCCTAAGCAAAACTC
Unaligned ( gi|13 ): TTTTGCAATAAAGGCAGAAAAATGTCCATACATACTATTCATGCTGCAAATTAGAACAGGAGTTTTTACACTACAAGTAGATGTACTAATGTAATCTTAAGGTCCTCTGGTATGAAAAGATACCGGTAGTGACTTTGACTCGAAAATAAAACTCACGATACCTATATTCACTTGCGTGTCCAAAAAACCCAACATGTACCGGTTATATCTCAACGCGTCCATTGGATATAAG
Unaligned ( gi|15 ): ATTTTAAATTAAGTTGTTTTTGTTGTTGTTGTTTTGCTGTAAATGAGGGTGACCTTGAAATAGCCTTGACAAAAAGAGAGCAAGAACCGCAACGCTCACTTTTCTGCTGTCAGAAGACTGTATGAAATAACATCCAATAAACACGAGACGAACCCGTCCTTAAGTCCTTGTTATATTTGTAAC
Unaligned ( gi|16 ): ATACAGTGATGAGCTGCATGCATATAAGAAAACCTTGAATTAGTAACGAACCACAAATATATACACAGGATTTACAACGACTGTAATGGAATGATTTGTAAAGTTTGACCTCCGGAATGACCTTGACACAAAATCAAGAACTGCGACATTTACCCGCTTTTCTATTTCTTAAAA
Unaligned ( gi|19 ): ATTTTGAAAATACATACTTTTGTTTCCAGTAAAACAAAATGACTTCATGAAAAAAATTTCAAAACTATAGGAATTGGTCTTCATAGATCAAAGTAGGATATTATTTTGAATTTACCACCCTCTCGGTGCCATTTTGTATGCTCTACCTCGGAT
Unaligned ( gi|20 ): CACAGATTAAAGTGACGTTGAACTAACTTTTACACACGAATCGCATCACACAATTTTCTGTGTCAAAAGAATATTATATATTTGTATACGAATAGCATCCAATACATATGAGAAGAATCCATCCTTAGCTGGGATTTATGTTACGTAACT
Unaligned ( gi|21 ): TTTGTAAAAAGACAGCAATAGGTTCATATACAATTATAGTGTTTGTGCTGCAGATTAGGTCAAATAACACTGGTAATTACATCCAATGGAATTTTAAGTTCCTCCGGTACCAAAAAATT
Unaligned ( gi|24 ): CCTTTGGTATGGAAGGATTATGAATTTGAAATGCCCTTGACATAAAAACAAGAATCGTAATACACACGTCTCTGTGCATCAAAACCTATAGTTTTTACAGATTAAATATAACA
Unaligned ( gi|25 ): ACCCGTTAAACACGACAGAAATATTTGCATACCTACTGATTATGCCGCATATTAATTAAGATAAAATGTAATGCATTACAAGTACATTGTATACAATTTTTATCTGC
Unaligned ( gi|29 ): TTAGTGCGTCAGAAGAGCGAGTACTCCTACGGTTCTTGCTTATAAAATATCAAATTTCGACGCCAACAATAAATACGAAAAGAATCCATCCTTA
Unaligned ( gi|31 ): CTAAGATCTGCGACATCTACATTTCTGTTTGTCAAAAGAATGTACCCTGTATAATATTAAATAGTTGTTTATACAAAATATGACATCTCAACG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 6666666666666666666666666666666666666 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 222 222222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 2 3 3 44 44 22 33 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 5 77 77 9999 5 33 777 1 77 6 44 555 2 2 2 777 33 777777 2222222222222222222222222222222222222 2 1 2 00 3 555 2 6666 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 2 2 8888 2 5555555555555 5 666 7777 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 2 5 33 4444 555555 33 1 66 4 0 111 2 88888 666 999999999999999 2 333 555 4444 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 2 0 4
lowQualScore : . . . .. .. .. .. . . ........................................................... . . .. .. .... . .. ... . .. . .. ... . . . ... .. ...... ..................................... . . . .. . ... . .... . .......................................................................... ... . . .... . ............. . ... .... ................................................................................................. . . . .. .... ...... .. . .. . . ... . ..... ... ............... . ... ... .... .............................................................................. .. . . .
lowQualScore : 5 0 0 33 77 00 00 0 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 7 99 99 0000 0 88 000 0 99 7 33 444 0 9 7 555 77 777777 5555555555555555555555555555555555555 7 5 7 55 0 000 9 1111 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888 4 4 2222 4 0000000000000 0 111 8888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 7 22 7777 333333 11 8 44 4 6 444 2 66666 444 777777777777777 2 555 222 0000 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 6 3 0
consensus : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTNATATGATCTGATANCCCNCTTT-CA-TTTTATGTCA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGAAAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TANGTAGTAGAA---GTATGACAGA--AAT-GACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTG---TTTA-TTAG----TTCTGCT-NT----G-----AC-AGCAAG----ATG-----A--CA----TAATTTTN-----TT-CATA------G----TG--TTTATGCT-GC-A----AAT-TAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---C---T---ATA--CA-----ATTTATACCTGCTCT-A-T-GAAA-T-T-CNAGGT-TT---T-T-GA-TNT--GAAA----AGATT---GTGACCTT--GAANTAA--C-TTGACAC-NAA-AA-----CAAGAACCGCGAC-G---A--CA-CN--C-TTTTC---TGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGCGTCCAATGAATATGAGAAGA-ATC
Reference ( family-902 ) : NNNTTGAGCAAATAAATTTTTCTTTCTGGTATGATCTGATAGNCCNNTTTNCA-TTTTATGTCA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGAAAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TANATAGTAGAA---GTATGACAGA--A-T-GACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTG---TTTA-TTAG----TTCTGCT-NT----G-----AC-AGCAAG----ATG-----A--CA----TAATTTTN-----TT-CANA------G----TG--TTTATGCT-GC-A----AAT-TAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---C---T---ATA--CA-----ATTNATGCNTGCTCT-A-T-AAAA-T-T-CNAGGT-TT---T-T-GA-TAT--GAAA----AGANT---GTGACCTT--GAANTAA--C-TTGACAC-TAA-AA-----CAAGAACNANGAC-G---A--CA-CC--C-TTTTC---TGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGCGTCCAATGAATGTGAGAAGA-ATC
gi|1 : TTGAGCAAATAAATTTTTCTTTTTAATATGATCTGATAACCCACTT--CAGTTTTATATCA---TTATGCACC-GTGATATAGCACTGTTTTT-----AT---A----------------TGAAAAATGTTCAA--A--AA--ATTC-TAAGCAGTAGAA---ATGGGATTGA--A-TAAATG---ATCAATATAA-TAAGG-CCTATCTTTATTACTGGGAATTTG--G------TCTGCT-T-------------------------CA-T-----A-TCTT------GTTTAC-----------A-TTGG----CTCTGCTCCT----C-----A--AACAGA----CTG-----AGGTA----TGCTCTTA-----CT-C--A------G----TG--TTTACA-T-AC------AAT-TTAG--A-AA-A-----A-AT--ATTTA----AT-ACGCCTACA----A----GT-ATG-------------T---ATA--CA-----ATTAA
gi|10 : agtaaaatacaacttttgtgtcctctcttgaaaatcttaaagtactaacttttgtctccagtagaacaaaatcataccaagtcaagatgtcaaaaactacttacaggaataagtcgtaactggcagaagtaacaaagtataatgatactgcatgatattttgaacttactaaatctcgtgaggccattttagatgctcgactccaaatcattattttagggaaaactT--A-TT-TGTAAAGTAAAAAAAG-ATGTCAAA--A-T-GACA---A-------GT-AAAAA-TCTGAAATGATTAGAGGAAATTTG--G------TATATG-TT-------------------A--T-C----------TCTTAC-AGAATTTGCCAGCA---TTTA-TTAG----TTCTGCT--------------C-AGCAGA----AAG-----A--CA----GAGCTTAG-----TC-T---------G----TG--TTTTTATT-GC-A----AAT-TAGG-----A-T-----A-AT--TTA-A----AT-C-----ACT----G----GT-GT
gi|10 : agcattat-TT---T-T-GG-TAT--AAAA----AGATT---GTGACCTT--GAACTAA--C-TTTATAA-CAT-AT-----AAAGAAGAAAGGT-G---A--CA-TCCAC-TTTTT---TGT---GTGTCAAAA----GAATG--------ccttttggtataaaaagattgtgaccttgaactaactttataacatataaagaagaaaggtgacatccacttttttgtgtgtcaaaagaatgttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|11 : agcattattatttgtaaagtaaaaaaagatgtcaaaatgacaagtaaaaatctgaaatgattagaggaaatttggtatatgttatctcttacagaatttgccagcatttattagttctgctcagcagaaagacagagcttagtctgtgtttttattgcaaattaggataatttaaatcactggtgtccTCATGCA-GC-A----AAT-GAAG--A-CA-AC----A-ATAATCGCA----A--A-----AC-----G----GT-ACAGTGT-A---CAAAT---ATAAACA-----ATTTATAAAAGCTTT-A-A-GGGACT-T-CTCGAG-TTGAAT-T-GA-AA---AAAA----ACAGT---GTGACCTT--GAAATGAC-C-TTGACAC-GAT-AA-----CGGGAACT---GC-G---A--CA-TC--T-TTTTT---T------TTTC---A----GGATGC-------C-AT--------A-----C-------A---------------A-----------------AT------ACGTTCAATATAACATCTCAACGCGTCCAGTGAATATGttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|12 : tcatacatgtatcccctactttgcaagcaaacaaaaatatgtccataaatacgatattcgataTATGTTTGC-A----AAT-TTA---A-AC-A-----A-AT--GTGTA----AT-G-----AATCAC-A----ATGATA---T-A---A---TTTCATAA-CATGTACATGTATATATATCCTCA-T-GAAA-T-T-CTAGGT-TT---TCT-GA-TTC--AAAA----ATGTT---GTGACCTT--GAATGAC--C-TAGACGA-AAA-AA-----TAAG-ACCATGAC-C---A--CA--C--T-TTTCC---TGTA--GTG--GAAA----GAA----------A-AA--------A-----C-------ATC---TC------AAA------G-----C----AA------TCAT-AAATATGA
gi|13 : agtaaatttcacttaaatacatgcaaactggattaaaataaaatta-CATA------C----TA--TTCATGCT-GC-A----AAT-TAGA--ACAG-G-----A-GT--TTTTACACTAC-A-----AGT----A----G--ATG---T-A---C---T---A---------------ATG--TAATCT---T-AAGG-T-C-C-------T---C-T-GG-TAT--GAAA----AGAT-------ACC-G--GTAGTGA--CTTTGACTC-GAA-AA-----TAA-AAC--TCAC-G---A--TA-CC--TATATTCACTTGC---GTGTCCAAA----AAACC--------C-A---------A-----C-------A------T------GTA------C-----C----G----------------GTTATATCTCAACGCGTCCATTGGATATAAGagaagacatcctaagcaaaactc
gi|14 : ttttgcaataaaggcagaaaaatgtccataGT-TT---T----A-TTT--AAAA----CGAGT---GTGACCAT--GGAATAG--C------AC-CAA-AA-----CA--AATCATAAAAG---AATCA-CCTGC-CTCAC---T------TGTCG----------------------------------------------------TT------GTA------G------------------ACA--CGATATAACATCTCAACATATTCAATGAATATAAGAAGA-ATC
gi|15 : acatgaatgcacatgtataatttagagcagatctaacgaaatattttgggtccattttc-TT---T-T-GC-TGT---AAA----TGAGG---GTGACCTT--GAAATAGC-C-TTGACA---AA-AAGAGAGCAAGAACCGCAAC-G------CT-CA--C-TTTTC---TGC----TGTCAGAA----GACTG--------T-AT--------catcaaa
gi|16 : attttaaattaagttgtttttgttgttgttgACA------G----TG--ATGA-GCT-GC-ATG--CATATAAG--A-AA-ACCTTGA-AT--TAGTA----ACGA-----ACC----ACAA-AT-ATA---T-A---C-------ACA--GG-----ATTTACAACGACTGT-AAT-GGAA-T-------------------GA-TTT--GTAA----AG--T---TTGACCTCCGGAATGAC--C-TTGACAC-AAA-AT-----CAAGAACTGCGAC-ATTTA--CC-CG--C-TTTTC---TAT---TTCTTAAAA----gaaataacatccaataaacacgagacgaacccgtccttaagtccttgttatatttgtaac
gi|17 : atCAGA--AAT-GATG---ATCAATGGAC-AAAAC-TTTCAGATCATCAGA-GAGATTTG--G------TTCACT-TT-------------------------G-T-----G-TCGTAT-TGA--CTGCCAGTG---ATTA-TTAG----TTCGGCT-AT----------ACAAACAA-------------A--CA----AAGGTTCA-----TT-TATA------G----TGATTTTAT--T-AC-A----AAT-TTAG--A-CG-A-----A-AT--TTGGA----AT-A-----A
gi|18 : T---T-T-CG-TGT--GGAG----AAATT---GTTACCTT---AAATAAAGC-TCAACA--TAA-AAAC---CAAGAACTATGAA-G------CA-AA--T-TTCTC---TGT---GTGTCAAAA----GATTG--------T-AT--------A-----C-------ATT---CTACAGTTGTT------G-----C----AT------ACA--AAATATCACATTTCTACATATCCAATAAATGTAAGGGGA-ATCatcacatgtttttt
gi|2 : AAAAAT-TCTGA--A--AT--A-CC--AAGTAGTAGAA---ATATAACATATAA-T-AGCG---ACCA-TGAGC-AAAAA-TCTAA------CAAAG-AAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCATCTGCGTTTGCCAAT----TTTA-TTAG----TTCTACT-CT----G-----CA-AACAA-------------A--CA----TA------------T-AACA------A---------TTATGCT-ACAA----AAT-TAAcgccctt
gi|20 : gtaaaatatcaattcgtattccctagcttgtttcaaagatttgaaagtgtttagtttactcagtttcctctctagtaaaaggaaattacaagaagaaatgcttttaagatcatgggtataaattatgactgacaaaagtgacagaatataggatattttaaacttccctttatctaacaattctaaatgcactacaattaatgatgtcttttctaatatctaactaaattataggttgttttctaatatgattctatattcaaactttactttatttcaatcactatgtaacttattacactggtattatgaggtga----AGATTAAAGTGACGTT--GAACTAA--C-TT------TTA-CA-----CACGAATCGC-AT-C---A--CA-CA--A-TTTTC-----T---GTGTCAAAA----GAATAT-------T-AT--------A-----T-------ATT----T------GT------------------AT------AC---GAATA------------GCATCCAATACATATGAGAAGA-ATCct
gi|21 : cac----G-----AC-AGCAAT----AGGTTCATA--TA----CAATT------------ATA------G----TG--TTTGTGCT-GC-A----GAT-TAGGTCA-AATA-----ACAC--TGGTA----AT-T-----ACcatccttagctgggatttatgttacgtaact
gi|22 : tttgtaaaaaTAGTAGAA---ATATAACATAT-A-T-AGCG---ACCAATGAGC-AAAAA-TCTAA------CAAAGGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCAT-TGCGTTTGCCAATG---TTTA-TTAG----TTCTACT-CT----G-----CA-AACAAatccaatggaattttaagttcctccggtaccaaaaaatt
gi|23 : gTT---TGT---GTCTCAAAAAATTGAATGGGTGTATAC-TT--------A-----C-------ATT---TT------ATA------GTTTA-C----AA------ACA--AAATGTAACATTTGAACCCGTACAATGAATATGAGAac
gi|24 : aatgagaaccgcaatgcccggaT---T-T-GG-TAT--GGAA----GGATT---ATGAATTT--GAAATGC--CCTTGACAT-AAA-AA-----CAAGAATCGTAAT-----A--CA-CA--C-GTCTC---TGT---GCATCAAAA-----------------C-CT--------A-----T-------AGT---TT------TTA------------C----AG------ATT--AAATATAACA
gi|25 : cc----TG--ATTATGCC-GC-ATATTAAT-TAAG--A-TA-A-----A-AT----GTA----AT-GCATT-ACA----A----GT-ACA---T-T---G---T---ATA--CA-----ATTTTTATCTGC
gi|26 : acccgttaaacacgacagaaatatttgcatacctacCAGA--AAT-AACT---ATCAATGTGC-AAAAAATCTC---TTATCAGAGGAAATTCGCGG------TCTATT-GT-------------------A--TA-A-T-----A-TC--AT-TGAATTAGCAAGTG---TTTG-TTAG----TTTTACT-AT----GT----AC-A
gi|27 : CC----A----AT-ATA---TTA---C---T---GTA---G-----ATTTATGCCTGTTCTGA-T-AAAA-T-TTCGAGGT-CA---T-T-AAGCAT--GGAA----AGGTT---GTAACCTT--GAACTAAT-C-TTGCCAT-----AA-----CAAGAAa
gi|28 : TTTC---TGT---GTGCAAAAA----GAATT--------C-AT--------A-----C-------ATTAAGTT------GTT------G-----CCTATAT------GCC--AATTATCAAATCACAATGTGTACAATAAATGTGAGAAGA-ATC
gi|29 : GT---GCGTCAGAA----GAGCG--------A-GT--------A-----CTCCTACGGTT---CT-------T-------G-----C----TT------ATA--AAATATCAAATTTCGACGCCAACAATAAATACGAAAAGA-ATCtataatc
gi|3 : ttaTTGAGAAGGCCAATGCTTCTTTCCTATATGATCTGATACCCCCCTTTTCA-TTTTATGTCA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGAAAAAT-TCCAA--A--AT--A-CC-TACATAGCAGAA---GTATGACAGA--A-T-GTTG---ATCAATGTGC-AAAAA-TCTAAAACTACTGGAGGAATTTCA--G------TCTACC-TT-------------------A--TACAAT-----A-TCTTAT-TGAATTTGACAGTG---TGCA-TTAG----TTATGCT-CT----G-----AC-AGCAAG----ATG-----A--CA----TAATTTTT-----TT-CAAA------G----TG--TTTATGCT-GC-A----AAC-TATG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---C---T---GTA--CA-----ATTAATGCCTGCTTTCA-C-AGAA-T-T-CAAAGT-TC---T-T-GA-TAT--GAAA----AGAGT---GTGATATT--GAACTAA--C-TTGACACTTAA-AA-----CAAGAACAAAGAC-GA--A--GA-TT--T-TTTTC---TGT---GTGTTAAGA----GAATG--------C-AA--------T-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--TAATGTCGCATCTCAACACGTCTAATGAATGTGAGAAGA-TTCcatcctta
gi|30 : aaaAGAG---GTATGCCAGA--AAT-GATA---ATCAATGAGC-AAAAA-TTTAGAATTATCAGA-GAAATTCA--ATGACATTCTACC-TT-------------------------A-C-----A-TCTTAT-TGAGTTTAC
gi|31 : tgC-G---A--CA-TCTAC-ATTTC---TGT---TTGTCAAAA----GAATG--------T-ACCCTGTATAA-----T-------ATT---AA------ATA------GTTGTTT----AT------ACA--AAATATGACATCTCAACG
gi|32 : ctaagatctgAA-TATGAAATTTTCAGAGGGAATTCA--G--------------------------------------ATA-T-----A-CCTCAT-TGAATTTACCAGTG---TTTG-ATAG----TTTTACT-TT----G------C-AAAAAG----A
gi|33 : acatgtagtT------GTT------G-----C----AA------GCA--AAATATAACATCTTAGTGGGTCCAGTGAATGTGAGAAGA-GTc
gi|4 : agtTTTCTGGTATGATCTGATAGGCTTATTTACA-TGT-ATGTCAGTAT-------CAG----------------TTTCTTGAT---ACACCAACGCTATGGTGTGAAAACT-TCCAA--A--AT--A-TTATCAGTCGTAGAA---GTATGACAAA--AAT-TATG---ACCAATAAGTGAAAAA-TCTAATATTAAAAGAGAAAATTCG--G------TCTATC-CT-------------------------A-T-----A-TCTGAC-TGAGTTTAGCAGTG---CTTA-TTAGAATTTTGTGCT-GTCAGAA-----AC-AGAAAGAAATATGTTAATA--CA----TAATTATC-----TT--------------------TTT-TGC----------AAT-TAAG----AC-A-----A-GT--TTGTAG---AC-A-----A------A----AC-ACA---T-G-------T---ATA--CA-----AGTTATGCCTAACTT-A-TGAGAA-T-T-TAAAGTCTT---T-T-GA-TAA--AAGA----ACAGC---ATGACCGT--GAAATAAG-C-TCGACAC-AAA-AA-----CAAGAACCACGAC-G---A--C--CA--C-TTTTC---TCTTCCGTGT------------TG--------CTAT--------G-----C-------ATC---CA------ATT------A-----C----AT------ACA--AAATGCCATATCTCAACACGTTCCGTGAATATAAGAtcatccttaa
gi|5 : ----------------TT-----AT---A----------------TAAAAACT-TTCAACAA--AT----TC-TGCATAGTAGAA---ATATGACAGA--AAT-AACA---ACCAATGTGC-AGAAA-TCTTCAATTATCTGAGGAAATT-G--G------TCTACCAAT-------------------AACCATA-T-----A-TCTTTT-TGTG-TTG--AGTG---TTTA-TTGA----TTTTACT-AT--------------GCAAA----CTG-----A--CAGGAGTATGTTTA-----TA-CAGA------G----TG--GCCATGCT-GC-A----AAG-TAAG--A-----------------TAT-----AT-T-----ACT---------GT-ATA---T---------------------------------CTGTTCT-ACT-GAAA-TAC-CTAGAT-TT---T-TCAA-TTTCAGGAA----AGACT---GTGACCTT--GAAATGA--C-CTTTCA---AATAA-----CAAGAAATATGAC-----A--TC-CT--C-TTTTC---TGT---GTGTCCAAA----AAA
gi|6 : aatgatttagaaaattaaattctttcttatatgattcaataccccttactttatcttatacatgtactattgtatttcttactgtgcctgtgttaataa-G----------------TT-----ATTAAA----------------TAAAAACT-TCTAA--A--AA--A-TC-TAT-TAGAAAAA---ATGTTAGA-A--A-T-AAAG---ATCAATGTGC-AAATA-TCTAGAATGATCAAAGGAAATTTG--G------TCTACC----------------------A--TAC--------A-TCTTAT-TCAATTTACTAGTAAATTTCACTTAA------ATACT-AT----G-----CA-AACTGG----ATA-----A---A-----AAT-------------AAA------A----T---TATATGTT-GC-A----AAT-TTAA--A-CA-A-----A-AT--GTGTA----ATGA-----ATC----ACAATGT-ATA---T-AATTCA--T---ATA--CATGTACATGTATATATATCCTCA-T-GAAATT-T-CTAGGT-TT---TCT-GA-TTT--CAAA----TG--T---GTGACCTT--GAAATGAC-C-TTGACAA-AAA-AA-----TAAGGACCATGAC-----A--CA-----C-TTTTC---AGT---GAGTGAAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGCATCCAATAAATAGAAGAAGACATCaaaaatataccatctcaataccatccttaaggaaaga
gi|7 : -TTTTCTGTAA---C-------C------------------TT-----AC--------------------TGGAAACT-TCTAG--AGAATGAA-TG-TAAATAGTAGAA---GTATGCCAGA--A----ACG---ATGAATGCGC-A------------------GAGAAAATTCG--G------TCAAC-----------------------A--AAAA-TCACGGA-TTTTAT-TGGGTTTACCCGTG---TTTA-ATAA----T-------CA----G-----AC-AGAAAA----AT-----------------ATTTTTATATCTTACATA------G----TG--ATTATGAT-GC-A----AAT-TAAA--G-CA-A-----A-AT--CTGTA----AT-G-----AATCACAA----GT-ATA---C-A---TGTAT---ATA--CA-----ATTCATATATGCTCT-A-----AG-T-T-CC----------T-T-AA-T-T--GAAA----AG--T---ATGACTTT--GAAACGAT-C-TTGACAC-AAG-AG-----CAAGA--CACG-C-G---A--CAACCA-C-CTTTC---TAT---GTTTCAAAA----GAATG--------T-GT--------A-----C-------ATT---CT------GTGGTTGCTG-----T----AT------ACA--AAACATCACATCTCCATGCTCCCGGTGctaagcaaa
gi|8 : TGTGC-AAAAC-TTTTAAATTATCAAAGAAAATCTT--G------TCTATC-TTTTTAGTATTACAATTGTAAA--TATA-T-----AATCTCGT-CAAGTTTACTAGCG---TTCA-TTAA----TTCTGCT-AT----GTAAAAAC-AGTGGG----A-----------------AATGT-G-----TT-CATATATAATG----TG--ATTAAGCT-GC-A----AAT-TATG--T-AA-A-----A-NN--NNNNN----NN-N-----NNN----N----NN-NNN---N-N---N---N---NNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNN-N-N-NNNN------AAGGT-CT---T-T-GA-TTT--GAAATTCAAAAGG---GTG-----------CAA--C----ACA---AA-AA-----CAAGAACTGTGAT-G------CT-CG--C-ATTTT---TGT---GTGTCAAAA----GACTG--------T-AT--------ATTATAC-------ATT---CT------ATA------G-----CTGTTGTCA----ACA--AAATATAACATTTCAATGTGTCCAATAAATAGGAGAAGA-ATC
gi|9 : -GACGTATATCCACGCGC-CAAAA-TATAAAATTGTCAGAAG---TTCG--G------ACTAC---T-------------------G--TACA-T-----G-TAT-AT-T----TTAC--GTA---TTT---TA------TCTGCT-TT----------AC-A--AAA----A-G-----A--CA----GAAATATC-----TT-CATA------GATCATG--TTTATGCT-GC-C----ACT-TAGG--ACAA-A-----ATAT--CTGTA----TT-A-----A--------------AT----C-A---C---T----TA----------TTAA-----------A-T-GAAA-T-TTCAAGGT-CC---AAT-GG-TGT--GAAA----AAATT---GTGACCT------CTAA---------AC-TAA--------------TTTTGACAG---A--C----------------TGT---GTGTCAAAA----GAAT-----------AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----TTTTGTGCACA--AAATATTTCATCTCGATGCACCCAAATAATGTGAGAAAA-ATCcatctttaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTTGAAAATACATACTTTTGTTTCCAGTAAAACAAAATGACTTCATGAAAAAAATTTCAAAACTATAGGAATTGGTCTTCATAGATCAAAGTAGGATATTATTTTGAATTTACCACCCTCTCGGTGCCATTTTGTATGCTCTACCTCGGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 22222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 1111 55555555555555555555555555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 111111111111111111111 1111111111 1111 22222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 1 1 1 1 11 3333333333333 66666666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666 0 5 77 77 1111 5 11 1 1 3 1 555 2 2 2 777 33 777777 99999999999999999999999999999 2 7777777 1 2 00 3 555 2 6666 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 2 2 2 2 5555 4444444444444 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 00000000000 3 3 999999999999999999999 2 5555 2 3 33 0000000000 2 33 1 4444 333 2 55 888 333 2 55 55555555 1 0 2 2 333 555 4444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 3 2 2 7
lowQualScore : . . . . .. ............. ........ ...................................................................... ...... . . .. .. .... . .. . . . . ... . . . ... .. ...... ............................. . ....... . . .. . ... . .... . .......................................................................... ... . . . . .... ............. . .................................................................... . ........... . . ..................... . .... . . .. .......... . .. . .... ... . .. ... ... . .. ........ . . . . ... ... .... ............................................................................. .. . . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 22 5555555555555 88888888 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444 7 7 99 99 6666 7 99 4 0 3 2 444 0 9 7 555 77 777777 44444444444444444444444444444 7 2222222 5 7 55 0 000 9 1111 6 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 5 4 4 4 0000 0000000000000 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 66666666666 1 1 777777777777777777777 4 0000 4 3 22 5555555555 2 11 0 5555 999 2 33 666 777 0 11 11111111 8 1 1 1 777 555 2222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 3 5 7 3
consensus : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTG---TTTA-TTAG----TTCTGCT-NT----G-----AC-AGCAAG----ATG-----A--CA----NAATTTTN-----TT-CATA------G----TG--TT-TATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A----C------TATA--CA-----ATTTATANCTGCTCT-A-TGA-AA-T--T---CNAGGT----TT-T-T-G----A-TNT--GAAAAGA----TT---GTGACCT-T--GAAATAA--C-T---T-G--ACAC-AAAAA---C-AAGAACCGCGACG---AC-ACACTT-TT-C---TGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
Reference ( family-902 ) : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTNATATGATCTGATANCC---CNCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TANGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTG---TTTA-TTAG----TTCTGCT-NT----G-----AC-AGCAAG----ATG-----A--CA----TAATTTTN-----TT-CATA------G----TG--TT-TATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A----C------TATA--CA-----ATTTATACCTGCTCT-A-TGA-AA-T--T---CNAGGT----TT-T-T-G----A-TNT--GAAAAGA----TT---GTGACCT-T--GAANTAA--C-T---T-G--ACAC-NAAAA---C-AAGAACCGCGACG---AC-ACNCTT-TT-C---TGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
gi|1 : TTGAGCAAATAAATTTTTCTTTTTAATATGATCTGATAACC---CACT--TC-AGTTT-------TATAT---------CA---TTATGCACC-GTGATATAGCACTGTTTTT-----AT---A----------------TGA------AAAATGTTCAA--A--AA--ATTC-TAAGCAGTAGAAATGGGATTGA-ATAAATG---ATCAATATAA-TAAGG-CCTATCTTTATTACTGGGAATTTG--G------TCTGCT-T-------------------------CA-T-----A-TCTT------GTTTAC-----------A-TTGG----CTCTGCTCCT----C-----A--AACAGA----CTG-----AGGTA----TGCTCTTA-----CT-C--A------G----TG--TT-TACA--T-AC------AATTTAG--A-AA-A-----A-AT--ATTTA----AT-ACGCCTACA----A----GT-ATG-----------------TATA--CA-----ATT
gi|10 : agtaaaatacaacttttgtgtcctctcttgaaaatcttaaagtactaacttttgtctccagtagaacaaaatcataccaagtcaagatgtcaaaaactacttacaggaataagtcgtaactggcagaagtaacaaagtataatgatactgcatgatattttgaacttactaaatctcgtgaggccattttagatgctcgactccaaatcattattttagggaaaactAAGTAAAAAAAG-ATGTCA-A-AATGACA---A-------GT-AAAAA-TCTGAAATGATTAGAGGAAATTTG--G------TATATG-TT-------------------A--T-C----------TCTTAC-AGAATTTGCCAGCA---TTTA-TTAG----TTCTGCT--------------C-AGCAGA----AAG-----A--CA----GAGCTTAG-----TC-T---------G----TG--TT-TTTAT-T-GC-A----AATTAGG-----A-T-----A-AT--TTA-A----AT-C-----ACT----G----GT-GTaa
gi|10 : agcattattatttgta----TT-T-T-G----G-TAT--AAAAAGA----TT---GTGACCT-T--GAACTAA--C-TTTAT-A--ACAT-ATAAA---G-AAGAAAGGTGAC----AT-CCACTT-TT-T---TGT---GTGTCAAAA----GAATG--------ccttttggtataaaaagattgtgaccttgaactaactttataacatataaagaagaaaggtgacatccacttttttgtgtgtcaaaagaatgttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|11 : agcattattatttgtaaagtaaaaaaagatgtcaaaatgacaagtaaaaatctgaaatgattagaggaaatttggtatatgttatctcttacagaatttgccagcatttattagttctgctcagcagaaagacagagcttagtctgtgtttttattgcaaattaggataatttaaatcactggtgtccT-CATGC-A-GC-A----AATGAAG--A-CA-AC----A-ATAATCGCA----A--A-----AC-----G----GT-ACAGTGT-A----CAAA---TATAAACA-----ATTTATAAAAGCTTT-A-AGG-GA-C--TTCTCGAG---------T-T-G----A-ATT--GAAAAAAAACAGT---GTGACCT-T--GAAATGA--CCT---T-G--ACAC-GATAA---C-GGGAACTG---CG---AC-ATCTTT-TT-T---T------TTTC---A----GGATGC-------C-AT--------A-----C-------A---------------A-----------------AT------ACGTTCAATATAACATCTCAACGC-GTCCAGTGAATATG-ttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|12 : tcatacatgtatcccctactttgcaagcaaacaaaaatatgtccataaatacgatattcgata-TATGT-TTGC-A----AATTTA---A-AC-A-----A-AT--GTGTA----AT-G-----AATCAC-A----ATGATA---T-AATTTCATAACATGTA--CATGT--ATATATATC--CTC--A-TGA-AA-T--T---CTAGGT----TT-TCT-G----A-TTC--AAAAATG----TT---GTGACCT-T--GAATGAC--C-T---A-G--ACGA-AAAAA---T-AAG-ACCATGAC-----C-ACACTT-TTCC---TGTA--GTG--GAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGCAATC--ATAAATATGAAGAAGACATC
gi|13 : agtaaatttcacttaaatacatgcaaactggattaaaataaaatta-CATA------C----TA--TT-CATGC-T-GC-A----AATTAGA--ACAG-G-----A-GT--TTTTACACTAC-A-----AGT----A----G--ATG---T-A----C------TA---------------------------A-TGT-AA-TC-T---TAAGGT----CC-TCT-G----G-TAT--GAAAAGA----T-------ACCG----GTAGTGA--C-T---TTG--ACTC-GAAAA---T-AAAACTC---ACG---AT-ACCTATATT-CACTTGC---GTGTCCAAA----AAACC--------C-A---------A-----C-------AT------------GTA------C-----C----G----------------GTTATATCTCAACGC-GTCCATTGGATATA-AGctaagcaaaactc
gi|14 : ttttgcaataaaggcagaaaaatgtccata------TGTA--TA-----ATTTAGAGCAGATCT-AACGA-AA-TATT---TTGGGTCCATTT-T-C-GTTTTA-TTT--AAAACGA----GT---GTGACCA-T--GGAATA--------------GCAC-CAAAA---C-AA
gi|14 : acatgaatgcacaT------GTA------G------------------ACA--CGATATAACATCTCAACAT-ATTCAATGAATATA-AGAAGA-ATCatcataaaagaatcacctgcctcacttgtcgttgtagacacgatataacatctcaacatattcaatgaatataagaagaatccatcaaa
gi|15 : acatgaatgcacatgtataatttagagcagatctaacgaaatattttgggtccattttcgttttatttaaaacgagtgtgaccatggaatagcaccaaaacaaatcataaaagaatcacctgcctcacttgtcgt----TT-T-T-G----C-TGT---AAATGA----GG---GTGACCT-T--GAAATAG--CCT---T-G--ACAA-AAAGAGAGC-AAGAACCGCAACG----C-TCACTT-TT-C---TGC----TGTCAGAA----GACTG--------T-AT--------catcaaa
gi|16 : attttaaattaagttgtttttgttgttgttgTGCAT-GC-A----TAT-AAG--A-AA-ACCTTGA-AT--TAGTA----ACGA-----ACC----ACAA-AT-ATA---T-A----C-------ACA--GG-----ATTTACAACGACTGT-AATGG-AA-T-----------------------G----A-TTT--GTAAAG-----TT----TGACCT-CCGGAATGAC--C-T---T-G--ACAC-AAAAT---C-AAGAACTGCGACATTTAC-CCGCTT-TT-C---TAT---TTCTTAAAA----gaaataacatccaataaacacgagacgaacccgtccttaagtccttgttatatttgtaac
gi|17 : atacagtgatgagcCAGA-AATGATG---ATCAATGGAC-AAAAC-TTTCAGATCATCAGA-GAGATTTG--G------TTCACT-TT-------------------------G-T-----G-TCGTAT-TGA--CTGCCAGTG---ATTA-TTAG----TTCGGCT-AT----------ACAAACAA-------------A--CA----AAGGTTCA-----TT-TATA------G----TGATTT-TAT---T-AC-A----AATTTAG--A-CG-A-----A-AT--TTGGA----AT-A-----A
gi|18 : T-T-T-C----G-TGT--GGAGAAA----TT---GTTACCT-T---AAATAAAGC-T---C-A--ACAT-AAAAA---CCAAGAACTATGAAG----C-AAATTT-CT-C---TGT---GTGTCAAAA----GATTG--------T-AT--------A-----C-------ATT---CTACAGTTGTT------G-----C----AT------ACA--AAATATCACATTTCTACAT-ATCCAATAAATGTA-AGGGGA-ATCatcacatgtttttt
gi|2 : TTTCTAATATGATTCTATATTCAAACTTTACTT-TATTTCAATCACTATGTAACTTATTACA---C-------T-G----------------GT-----ATT--A----------------TGAGGTGAAAAAAT-TCTGA--A--AT--A-CC--AAGTAGTAGAAATATAACATATAATAGCG---ACCA-TGAGC-AAAAA-TCTAA------CA-AAGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCATCTGCGTTTGCCAAT----TTTA-TTAG----TTCTACT-CT----G-----CA-AACAA-------------A--CA----T----------------ATA------A----CA--AT-TATGC-T-ACAA----AATTAAcgccctt
gi|20 : gtaaaatatcaattcgtattccctagcttgtttcaaagatttgaaagtgtttagtttactcagtttcctctctagtaaaaggaaattacaagaagaaatgcttttaagatcatgggtataaattatgactgacaaaagtgacagaatataggatattttaaacttccctttatctaacaattctaaatgcactacaattaatgatgtcttttctaatatctaactaaattataggttgtAGA----TTAAAGTGACGT-T--GAACTAA--C-T---T-TT-ACAC-----A---C---GAATCGC-ATC---AC-ACAATT-TT-C---TGT---G--TCAAAA----GAATAT-------T-AT--------A-----T-------ATT----T------GT------------------AT------AC---GAATA------------GC-ATCCAATACATATG-AGAAGA-ATCct
gi|21 : cac----G-----AC-AGCAAT----AGGTTCATA--TA----CAATT------------ATA------G----TG--TT-TGTGC-T-GC-A----GATTAGGTCA-AATA-----ACAC--TGGTA----AT-T-----ACcatccttagctgggatttatgttacgtaact
gi|22 : tttgtaaaaaGTAGTAGAAATATAACATA-TATAGCG---ACCAATGAGC-AAAAA-TCTAA------CAAAGGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCAT-TGCGTTTGCCAATG---TTTA-TTAG----TTCTACT-CT----G-----CA-AACAAatccaatggaattttaagttcctccggtaccaaaaaatt
gi|23 : AA---T-GAGAACCGCAATG-------CCCGG-AT-T---TGT---GTCTCAAAAAATTGAATGGGTGTATAC-TT--------A-----C-------ATT---TT------ATA------GTTTA-C----AA------ACA--AAATGTAACATTTGAACCC-GTACAATGAATATG-AGAac
gi|24 : T-T-T-G----G-TAT--GGAAGGA----TT---ATGAATT-T--GAAATGC--CCT---T-G--ACAT-AAAAA---C-AAGAATCGTAAT----AC-ACACGT-CT-C---TGT---GCATCAAAA-----------------C-CT--------A-----T-------AGT---TT------TTA------------C----AG------ATT--AAATATAACA
gi|25 : ccAAC----ACG-----A--CA----GAAATATT-----TG-CATA------CCTACTG--AT-TATGC-C-GC-ATATTAATTAAG--A-TA-A-----A-AT----GTA----AT-GCATT-ACA----A----GT-ACA---T-T----G------TATA--CA-----ATTTTTATCTGC
gi|26 : acccgttaCAGA-AATAACT---ATCAATGTGC-AAAAAATCTC---TTATCAGAGGAAATTCGCGG------TCTATT-GT-------------------A--TA-A-T-----A-TC--AT-TGAATTAGCAAGTG---TTTG-TTAG----TTTTACT-AT----GT----AC-A
gi|27 : CC----A----AT-ATA---TTA----C------TGTA---G-----ATTTATGCCTGTTCTGA-TAA-AA-T--TT--CGAGGT----CA-T-T-A----AGCAT--GGAAAGG----TT---GTAACCT-T--GAACTAAT-C-T---T-G-----C-CATAA---C-AAGAAa
gi|28 : T-TT-C---TGT---GTGCAAAAA----GAATT--------C-AT--------A-----C-------ATTAAGTT------GTT------G-----CCTATAT------GCC--AATTATCAAATCACAATGT-GTACAATAAATGTG-AGAAGA-ATC
gi|29 : GT---GCGTCAGAA----GAGCG--------A-GT--------A-----CTCCTACGGTT---CT-------T-------G-----C----TT------ATA--AAATATCAAATTTCGACGC-CAACAATAAATACG-AAAAGA-ATCtataatc
gi|3 : ttaTTGAGAAGGCCAATGCTTCTTTCCTATATGATCTGATACCC---CCCT--TTTCATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAAAT-TCCAA--A--AT--A-CC-TACATAGCAGAAGTATGACAGA-A-TGTTG---ATCAATGTGC-AAAAA-TCTAAAACTACTGGAGGAATTTCA--G------TCTACC-TT-------------------A--TACAAT-----A-TCTTAT-TGAATTTGACAGTG---TGCA-TTAG----TTATGCT-CT----G-----AC-AGCAAG----ATG-----A--CA----TAATTTTT-----TT-CAAA------G----TG--TT-TATGC-T-GC-A----AACTATG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A----C------TGTA--CA-----ATTAATGCCTGCTTTCA-CAG-AA-T--T---CAAAGT----TC-T-T-G----A-TAT--GAAAAGA----GT---GTGATAT-T--GAACTAA--C-T---T-G--ACACTTAAAA---C-AAGAACAAAGACGA--AG-ATTTTT-TT-C---TGT---GTGTTAAGA----GAATG--------C-AA--------T-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--TAATGTCGCATCTCAACAC-GTCTAATGAATGTG-AGAAGA-TTCcatcctta
gi|30 : aaaAGAGGTATGCCAGA-AATGATA---ATCAATGAGC-AAAAA-TTTAGAATTATCAGA-GAAATTCA--ATGACATTCTACC-TT-------------------------A-C-----A-TCTTAT-TGAGTTTAC
gi|31 : tg-AAGATCTGCGACA---TCTACA--T-TT-C---TGT---TTGTCAAAA----GAATG--------T-ACCCTGTATAA-----T-------ATT---AA------ATA------GTTGTTT----AT------ACA--AAATATGACATCTCAACG
gi|32 : ctAA-TATGAAATTTTCAGAGGGAATTCA--G--------------------------------------ATA-T-----A-CCTCAT-TGAATTTACCAGTG---TTTG-ATAG----TTTTACT-TT----G------C-AAAAAG----A
gi|33 : acatgtagtT------GTT------G-----C----AA------GCA--AAATATAACATCTTAGTGG-GTCCAGTGAATGTG-AGAAGA-GTc
gi|4 : agtTTTCTGGTATGATCTGATAGGC---TTAT--TTACATGT--------ATGT---------CAGTAT-------CAG----------------TTTCTTGAT---ACACCAACGCTATGGTGTGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TTATCAGTCGTAGAAGTATGACAAA-AATTATG---ACCAATAAGTGAAAAA-TCTAATATTAAAAGAGAAAATTCG--G------TCTATC-CT-------------------------A-T-----A-TCTGAC-TGAGTTTAGCAGTG---CTTA-TTAGAATTTTGTGCT-GTCAGAA-----AC-AGAAAGAAATATGTTAATA--CA----TAATTATC-----TT--------------------TT-T-TGC-----------AATTAAG----AC-A-----A-GT--TTGTAG---AC-A-----A------A----AC-ACA---T-G-----------TATA--CA-----AGTTATGCCTAACTT-A-TGAGAA-T--T---TAAAGTC---TT-T-T-G----A-TAA--AAGAACA----GC---ATGACCG-T--GAAATAAG-C-T---C-G--ACAC-AAAAA---C-AAGAACCACGACG---AC--CACTT-TT-C---TCTTCCGTGT------------TG--------CTAT--------G-----C-------ATC---CA------ATT------A-----C----AT------ACA--AAATGCCATATCTCAACAC-GTTCCGTGAATATA-AGAtcatccttaa
gi|5 : ----------------TT-----AT---A----------------TAA------AAACT-TTCAACAA--AT----TC-TGCATAGTAGAAATATGACAGA-AATAACA---ACCAATGTGC-AGAAA-TCTTCAATTATCTGAGGAAATT-G--G------TCTACCAAT-------------------AACCATA-T-----A-TCTTTT-TGTG-TTG--AGTG---TTTA-TTGA----TTTTACT-AT--------------GCAAA----CTG-----A--CAGGAGTATGTTTA-----TA-CAGA------G----TG--GC-CATGC-T-GC-A----AAGTAAG--A-----------------------------------------------T-ATA---T---------------TA--C-------TGTATATCTGTTCT-ACTGA-AA-TA-C---CTAGAT----TT-T-TCA----A-TTTCAGGAAAGA----CT---GTGACCT-T--GAAATGA--C-C---T-T--TCA--AATAA---C-AAGAAATATGAC----AT-CCTCTT-TT-C---TGT---GTGTCCAAA----AAA
gi|6 : aatgatttagaaaattaaattctttcttatatgattcaataccccttactttatcttatacatgtactattgtatttcttactgtgcctgtgttaataa-G----------------TT-----ATTAAA----------------TAA------AAACT-TCTAA--A--AA--A-TC-TAT-TAGAAAAA--ATGTTAGA-AATAAAG---ATCAATGTGC-AAATA-TCTAGAATGATCAAAGGAAATTTG--G------TCTACC----------------------A--TACA-T--------CTTAT-TCAATTTACTAGTAAATTTCACTTAA------ATACT-AT----G-----CA-AACTGG----ATA-----A---------AA--------------ATA------A----AA--TTATATGT-T-GC-A----AATTTAA--A-CA-A-----A-AT--GTGTA----ATGA-----ATC----ACAATGT-ATA---T-AATT-CA-----TATA--CATGTACATGTATATATATCCTCA-TGA-AA-T--TT--CTAGGT----TT-TCT-G----A-TTT--CAAATG------T---GTGACCT-T--GAAATGA--CCT---T-G--ACAA-AAAAA---T-AAGGACC---ATG---AC-ACACTT-TT-C---AGT---GAGTGAAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGC-ATCCAATAAATAGA-AGAAGACATCaaaaatataccatctcaataccatccttaaggaaaga
gi|7 : TTT-------TCTGT---------AA---C-------C------------------TT-----AC--------------------TGG------AAACT-TCTAG--AGAATGAA-TG-TAAATAGTAGAAGTATGCCAGA-AA---CG---ATGAATGCGC-A------------------GAGAAAATTCG--G------TCAAC-----------------------A--AAAA-TCACGGA-TTTTAT-TGGGTTTACCCGTG---TTTA-ATAA----T-------CA----G-----AC-AGAAAA----AT-----------------ATTTTTATATCTTACATA------G----TG--AT-TATGA-T-GC-A----AATTAAA--G-CA-A-----A-AT--CTGTA----AT-G-----AATCACAA----GT-ATA---C-A----TGTA---TATA--CA-----ATTCATATATGCTCT-A-----AG-T--T---CC-----------T-T-A----A-T-T--GAAAAG------T---ATGACTT-T--GAAACGAT-C-T---T-G--ACAC-AAGAG---C-AAGACACGCGACA---AC--CACCT-TT-C---TAT---GTTTCAAAA----GAATG--------T-GT--------A-----C-------ATT---CT------GTGGTTGCTG-----T----AT------ACA--AAACATCACATCTCCATGC-TCCCGGTGctaagcaaa
gi|8 : TGTGC-AAAAC-TTTTAAATTATCAAAGAAAATCTT--G------TCTATC-TTTTTAGTATTACAATTGTAAA--TATA-T-----AATCTCGT-CAAGTTTACTAGCG---TTCA-TTAA----TTCTGCT-AT----GTAAAAAC-AGTGGG----A-----------------AATGT-G-----TT-CATATATAATG----TG--AT-TAAGC-T-GC-A----AATTATG--T-AA-A-----A-NN--NNNNN----NN-N-----NNN----N----NN-NNN---N-N----N------NNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNN-N-NNN-NN---------AAGGT----CT-T-T-G----A-TTT--GAAA------------------T-T--CAAA-AG--G-G---T-GCAACAC-AAAAA---C-AAGAACTGTGATG----C-TCGCAT-TT-T---TGT---GTGTCAAAA----GACTG--------T-AT--------ATTATAC-------ATT---CT------ATA------G-----CTGTTGTCA----ACA--AAATATAACATTTCAATGT-GTCCAATAAATAGG-AGAAGA-ATC
gi|9 : GACGTATATCCACGCGC-CAAAA-TATAAAATTGTCAGAAG---TTCG--G------ACTAC---T-------------------G--TACA-T-----G-TAT-AT-T----TTAC--GTA---TTT---TA------TCTGCT-TT----------AC-A--AAA----A-G-----A--CA----GAAATATC-----TT-CATA------GATCATG--TT-TATGC-T-GC-C----ACTTAGG--A-CA-A-----A-AT-----------AT--------CT---------GT-AT----T-A------------------A-----AT---CACTTATTAA-A-TGA-AATT--T---CAAGGT----CCAA-T-G----G-TGT--GAAAAAA----TT---GTGACCTCT--AAACTAAT-T-T---T-G--ACA---------------------GAC---------------T-G---TGT-----GTCAAAA----GAAT-----------AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----TTTTGTGCACA--AAATATTTCATCTCGATGC-ACCCAAATAATGTG-AGAAAA-ATCcatctttaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTTGAAAATACATACTTTTGTTTCCAGTAAAACAAAATGACTTCATGAAAAAAATTTCAAAACTATAGGAATTGGTCTTCATAGATCAAAGTAGGATATTATTTTGAATTTACCACCCTCTCGGTGCCATTTTGTATGCTCTACCTCGGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 22222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 1111 55555555555555555555555555555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 11111111111 22222222222222222222 1111111111 1111 222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 1 1 1 1 11 3333333333333 66666666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666 0 5 77 77 1111 5 3 1 1 3 1 555 2 2 2 777 33 777777 99999999999999999999999999999 2 7777777 1 2 00 3 555 2 33 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 2 777777 2 2 555555 4444444444444 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444444444 2 66666666666 3 33333333333333333333 2 5555 2 3 33 0000000000 2 2 7777 333 5555 44 8888 2 0 777777777777777 22 2 555 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 3 2 2 7
lowQualScore : . . . . .. ............. ........ ...................................................................... ...... . . .. .. .... . . . . . . ... . . . ... .. ...... ............................. . ....... . . .. . ... . .. ........................................................................ .. . ...... . . ...... ............. . ......................................................... ......... . ........... . .................... . .... . . .. .......... . . .... ... .... .. .... . . ............... .. . ... .... .............................................................................. .. . . . .
lowQualScore : 0 0 0 2 22 8888888888888 88888888 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444 7 7 99 99 6666 7 1 4 0 3 2 444 0 9 7 555 77 777777 44444444444444444444444444444 7 2222222 5 7 55 0 000 9 99 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 5 222222 4 4 555555 0000000000000 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777777777 9 00000000000 1 11111111111111111111 4 0000 4 3 22 5555555555 2 2 6666 999 7777 11 2222 0 4 444444444444444 99 0 222 0000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 3 5 7 3
consensus : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTG---TTTA-TTAG--TTCTGCT-CTG-----AC-AGCAAAA-G-----A--CAGA-ANTNTG-----TT----CAT----A------G------TG--TT-T------ATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---------C---TATA--CA-----ATTTAT-ANCTGCTCT-A-TGA-AAT--T---CNAGGT----TTT-T-G----A-TNT--GAAAAGA----TT---GTGACCTT-GAAA-TGA--C-T---T-G--ACAC-AAA----AAC-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CA--CTTTT-CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
Reference ( family-902 ) : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTG---TTTA-TTAG--TTCTGCT-NTG-----AC-AGCAAGATG-----A--CANA-ATTTTN-----TT----CAT----A------G------TG--TT-T------ATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---------C---TATA--CA-----ATTTAT-ANCTGCTCT-A-TGA-AAT--T---CNAGGT----TTT-T-G----A-TNT--GAAAAGA----TT---GTGACCTT-GAAA-TAA--C-T---T-G--ACAC-AAA----AAC-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CA--CTTTT-CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
gi|1 : TTGAGCAAATAAATTTTTCTTTTTAATATGATCTGATAACC---CACT--TC-AGTTT-------TATAT---------CA---TTATGCACC-GTGATATAGCACTGTTTTT-----AT---A----------------TGA------AAAATGTTCAA--A--AA--ATTC-TAAGCAGTAGAAATGGGATTGA-ATAAATG---ATCAATATAA-TAAGG-CCTATCTTTATTACTGGGAATTTG--G------TCTGCT-T-------------------------CA-T-----A-TCTT------GTTTAC-----------A-TTGG--CTCTGCTCCTC-----A--AACAGACTG-----AGGTATG-CTCTTA-----CT----C------A------G------TG--TT-T------ACA--T-AC------AATTTAG--A-AA-A-----A-AT--ATTTA----AT-ACGCCTACA----A----GT-ATG-------------------TATA--CA-----ATT
gi|10 : agtaaaatacaacttttgtgtcctctcttgaaaatcttaaagtactaacttttgtctccagtagaacaaaatcataccaagtcaagatgtcaaaaactacttacaggaataagtcgtaactggcagaagtaacaaagtataatgatactgcatgatattttgaacttactaaatctcgtgaggccattttagatgctcgactccaaatcattattttagggaaaactAAGTAAAAAAAG-ATGTCA-A-AATGACA---A-------GT-AAAAA-TCTGAAATGATTAGAGGAAATTTG--G------TATATG-TT-------------------A--T-C----------TCTTAC-AGAATTTGCCAGCA---TTTA-TTAG--TTCTGCT----------C-AGCAGAAAG-----A--CAGA-GCTTAG-----TC----T-------------G------TG--TT-T------TTAT-T-GC-A----AATTAGG-----A-T-----A-AT--TTA-A----AT-C-----ACT----G----GT-GTaa
gi|10 : agcattattatttgta----TTT-T-G----G-TAT--AAAAAGA----TT---GTGACCTT-GAAC-TAA--C-TTTAT-A--ACAT-ATA----AAG-AAGAAAGGTGA---C-----AT-C--CA--CTTTT-TTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------ccttttggtataaaaagattgtgaccttgaactaactttataacatataaagaagaaaggtgacatccacttttttgtgtgtcaaaagaatgttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|11 : agcattattatttgtaaagtaaaaaaagatgtcaaaatgacaagtaaaaatctgaaatgattagaggaaatttggtatatgttatctcttacagaatttgccagcatttattagttctgctcagcagaaagacagagcttagtctgtgtttttattgcaaattaggataatttaaatcactggtgtccCTACT-TTG-----CA-AGCAA---------A--CAAA-AATATG-----TC----CAT----A------AATACGATA--TT-CGATATCATGC-A-GC-A----AATGAAG--A-CA-AC----A-ATAATCGCA----A--A-----AC-----G----GT-ACAGTGT-A---------CAAATATAAACA-----ATTTAT-AAAAGCTTT-A-AGG-GAC--TTCTCGAG--------T-T-G----A-ATT--GAAAAAAAACAGT---GTGACCTT-GAAA-TGAC-C-T---T-G--ACAC-GAT----AAC-GGGAACTGCG-------------A--CA--TCTTT-TT-T---TTTTC---A----GGATGC-------C-AT--------A-----C-------A---------------A-----------------AT------ACGTTCAATATAACATCTCAACGC-GTCCAGTGAATATG-ttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|12 : tcatacatgtatccc-T------ATGT-TTGC-A----AATTTA---A-AC-A-----A-AT--GTGTA----AT-G-----AATCAC-A----ATGATA---T-AATTTCATAACA--TGTA--CATGT--ATATAT-ATC--CTC--A-TGA-AAT--T---CTAGGT----TTTCT-G----A-TTC--AAAAATG----TT---GTGACCTT-G-AA-TGA--C-C---TAG--ACGA-AAA----AAT-AAG-ACCATGA---C------C-A--CA--CTTTTCCTGTA--GTG--GAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGCAATC--ATAAATATGAAGAAGACATC
gi|13 : agtaaatttcacttaaatacatgcaaactggattaaaataaaatta----CAT----A------C------TA--TT-C------ATGC-T-GC-A----AATTAGA--ACAG-G-----A-GT--TTTTACACTAC-A-----AGT----A----G--ATG---T-A---------C---TA----------------------------A-TGT-AATC-T---TAAGGTC---CTC-T-G----G-TAT--GAAAAGA----T-------ACC-G-GTAG-TGA--CTT---T-G--ACTC-GAA----AAT-AAAACTCACGATACC-T---AT-ATTCA--CT-----TGC---GTGTCCAAA----AAACC--------C-A---------A-----C-------A------T------GTA------C-----C----G----------------GTTATATCTCAACGC-GTCCATTGGATATA-AGctaagcaaaactc
gi|14 : ttttgcaataaaggcagaaaaatgtccata---TGTA--TA-----ATTTAG-AGCAGATCT-AACGA-AATATT---TTGGGTCCATTTT-C-GTTTTA-TTT--AAAACGA----GT---GTGACCAT-GGAA-TAG--CAC---C-A--AAAC-AAATCATAA--AAGAATCAC-----CTG---CC-T--CA--CTTGT-C--------GT-------------------------------------------------------T------GTA------G------------------ACA--CGATATAACATCTCAACAT-ATTCAATGAATATA-AGAAGA-ATC
gi|15 : acatgaatgcaca----TTT-T-G----C-TGT---AAATGA----GG---GTGACCTT-GAAA-TAGC-C-T---T-G--ACAA-AAAGAG-AGC-AAGAACCGCAA---C-G----C-T--CA--CTTTT-CTGC----TGTCAGAA----GACTG--------T-AT--------catcaaa
gi|16 : attttaaattaagttgtttttgttgttgttgTGCAT-GC-A----TAT-AAG--A-AA-ACCTTGA-AT--TAGTA----ACGA-----ACC----ACAA-AT-ATA---T-A---------C----ACA--GG-----ATTTAC-AACGACTGT-AATGG-AAT----------------------G----A-TTT--GTAAAG-----TT----TGACCTCCGGAA-TGA--CCT---T-G--ACAC-AAA----ATC-AAGAACTGCGA---C-ATTTAC-C--CG--CTTTT-CTAT---TTCTTAAAA----gaaataacatccaataaacacgagacgaacccgtccttaagtccttgttatatttgtaac
gi|17 : atacagtgatgagcCAGA-AATGATG---ATCAATGGAC-AAAAC-TTTCAGATCATCAGA-GAGATTTG--G------TTCACT-TT-------------------------G-T-----G-TCGTAT-TGA--CTGCCAGTG---ATTA-TTAG--TTCGGCT-AT------ACAAACAA---------A--CAAA-GGTTCA-----TT----TAT----A------G------TGATTT-T------AT---T-AC-A----AATTTAG--A-CG-A-----A-AT--TTGGA----AT-A-----A
gi|18 : TT-T-C----G-TGT--GGAGAAA----TT---GTTACCTT--AAA-TAAAGC-T---C-A--ACAT-AAA----AACCAAGAACTATGA---A-G----C-A--AA--TTTCT-CTGT---GTGTCAAAA----GATTG--------T-AT--------A-----C-------ATT---CTACAGTTGTT------G-----C----AT------ACA--AAATATCACATTTCTACAT-ATCCAATAAATGTA-AGGGGA-ATCatcacatgtttttt
gi|2 : TTTCTAATATGATTCTATATTCAAACTTTACTT-TATTTCAATCACTATGTAACTTATTACA---C-------T-G----------------GT-----ATT--A----------------TGAGGTGAAAAAAT-TCTGA--A--AT--A-CC--AAGTAGTAGAAATATAACATATAATAGCG---ACC-ATGAGC-AAAAA-TCTAA------CA-AAGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCATCTGCGTTTGCCAAT----TTTA-TTAG--TTCTACT-CT----------GCAA---------A--CAAACAT----------------AT----A------A------CA--AT-T------ATGC-T-ACAA----AATTAAcgccctt
gi|20 : gtaaaatatcaattcgtattccctagcttgtttcaaagatttgaaagtgtttagtttactcagtttcctctctagtaaaaggaaattacaagaagaaatgcttttaagatcatgggtataaattatgactgacaaaagtgacagaatataggatattttaaacttccctttatctaacaattctaaatgcactacaattaatgatgtcttttctaatatctaactaaattataggttgtAGA----TTAAAGTGACGTT-GAAC-TAA--C-T---T-TT-ACAC-A--------C---GAATCGC-A---T-C---AC-A--CA--ATTTT-CTGT---G--TCAAAA----GAATAT-------T-AT--------A-----T-------ATT----T------GT------------------AT------AC---GAATA------------GC-ATCCAATACATATG-AGAAGA-ATCct
gi|21 : cacG-----AC-AGCAATAGGTTCATA--TACA-ATT---------------AT----A------G------TG--TT-T------GTGC-T-GC-A----GATTAGGTCA-AATA-----ACAC--TGGTA----AT-T-----ACcatccttagctgggatttatgttacgtaact
gi|22 : tttgtaaaaaGTAGTAGAAATATAACATA-TATAGCG---ACCAATGAGC-AAAAA-TCTAA------CAAAGGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCAT-TGCGTTTGCCAATG---TTTA-TTAG--TTCTACT-CTG-----CA-AACAAatccaatggaattttaagttcctccggtaccaaaaaatt
gi|23 : ----AAT-GAGAACCGCAA---T-G---CC----CG--GATTT---GT---GTCTCAAAAAATTGAATGGGTGTATAC-TT--------A-----C-------ATT---TT------ATA------GTTTA-C----AA------ACA--AAATGTAACATTTGAACCC-GTACAATGAATATG-AGAac
gi|24 : TT-T-G----G-TAT--GGAAGGA----TT---ATGAATTT-GAAA-TGC--CCT---T-G--ACAT-AAA----AAC-AAGAATCGTAA---T-----AC-A--CA--CGTCT-CTGT---GCATCAAAA-----------------C-CT--------A-----T-------AGT---TT------TTA------------C----AG------ATT--AAATATAACA
gi|25 : ccAACACG-----A--CAGA-AATATT-----TG----CAT----A------CCTAC--TG--AT-T------ATGC-C-GC-ATATTAATTAAG--A-TA-A-----A-AT----GTA----AT-GCATT-ACA----A----GT-ACA---T-T---------G---TATA--CA-----ATTTTT-ATCTGC
gi|26 : acccgttaCAGA-AATAACT---ATCAATGTGC-AAAAAATCTC---TTATCAGAGGAAATTCGCGG------TCTATT-GT-------------------A--TA-A-T-----A-TC--AT-TGAATTAGCAAGTG---TTTG-TTAG--TTTTACT-ATGT----AC-A
gi|27 : CC----A----AT-ATA---TTA---------C---TGTA---G-----ATTTAT-GCCTGTTCTGA-TAA-AAT--TT--CGAGGT----CAT-T-A----AGCAT--GGAAAGG----TT---GTAACCTT-GAAC-TAAT-C-T---T-G--CCAT--------AAC-AAGAAa
gi|28 : TTT-CTGT---GTGCAAAAA----GAATT--------C-AT--------A-----C-------ATTAAGTT------GTT------G-----CCTATAT------GCC--AATTATCAAATCACAATGT-GTACAATAAATGTG-AGAAGA-ATC
gi|29 : GT---GCGTCAGAA----GAGCG--------A-GT--------A-----CTCCTACGGTT---CT-------T-------G-----C----TT------ATA--AAATATCAAATTTCGACGC-CAACAATAAATACG-AAAAGA-ATCtataatc
gi|3 : ttaTTGAGAAGGCCAATGCTTCTTTCCTATATGATCTGATACCC---CCCT--TTTCATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAAAT-TCCAA--A--AT--A-CC-TACATAGCAGAAGTATGACAGA-A-TGTTG---ATCAATGTGC-AAAAA-TCTAAAACTACTGGAGGAATTTCA--G------TCTACC-TT-------------------A--TACAAT-----A-TCTTAT-TGAATTTGACAGTG---TGCA-TTAG--TTATGCT-CTG-----AC-AGCAAGATG-----A--CATA-ATTTTT-----TT----CAA----A------G------TG--TT-T------ATGC-T-GC-A----AACTATG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---------C---TGTA--CA-----ATTAAT-GCCTGCTTTCA-CAG-AAT--T---CAAAGT----TCT-T-G----A-TAT--GAAAAGA----GT---GTGATATT-GAAC-TAA--C-T---T-G--ACACTTAA----AAC-AAGAACAAAGA---C-G---A--A--GATTTTTTT-CTGT---GTGTTAAGA----GAATG--------C-AA--------T-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--TAATGTCGCATCTCAACAC-GTCTAATGAATGTG-AGAAGA-TTCcatcctta
gi|30 : aaaAGAGGTATGCCAGA-AATGATA---ATCAATGAGC-AAAAA-TTTAGAATTATCAGA-GAAATTCA--ATGACATTCTACC-TT-------------------------A-C-----A-TCTTAT-TGAGTTTAC
gi|31 : tg-AAGATCTGCGA---C-A---TCTA--CA----TTT-CTGT---TTGTCAAAA----GAATG--------T-ACCCTGTATAA-----T-------ATT---AA------ATA------GTTGTTT----AT------ACA--AAATATGACATCTCAACG
gi|32 : ctAA-TATGAAATTTTCAGAGGGAATTCA--G--------------------------------------ATA-T-----A-CCTCAT-TGAATTTACCAGTG---TTTG-ATAG--TTTTACT-TTG------C-AAAAAGA
gi|33 : acatgtagtT------GTT------G-----C----AA------GCA--AAATATAACATCTTAGTGG-GTCCAGTGAATGTG-AGAAGA-GTc
gi|4 : agtTTTCTGGTATGATCTGATAGGC---TTAT--TTACATGT--------ATGT---------CAGTAT-------CAG----------------TTTCTTGAT---ACACCAACGCTATGGTGTGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TTATCAGTCGTAGAAGTATGACAAA-AATTATG---ACCAATAAGTGAAAAA-TCTAATATTAAAAGAGAAAATTCG--G------TCTATC-CT-------------------------A-T-----A-TCTGAC-TGAGTTTAGCAGTG---CTTA-TTAGAATTTTGTG-CTG-----TC-AGAAACA-G-----A--AAGA-AATATG-----TTAATACAT----A------AT-----TA--TC-T------TTTT-T-GC------AATTAAG----AC-A-----A-GT--TTGTAG---AC-A-----A------A----AC-ACA---T-G-------------TATA--CA-----AGTTAT-GCCTAACTT-A-TGAGAAT--T---TAAAGTC---TTT-T-G----A-TAA--AAGAACA----GC---ATGACCGT-GAAA-TAAG-C-T---C-G--ACAC-AAA----AAC-AAGAACCACGA---C-G---AC----CA--CTTTT-CTCTTCCGTGT------------TG--------CTAT--------G-----C-------ATC---CA------ATT------A-----C----AT------ACA--AAATGCCATATCTCAACAC-GTTCCGTGAATATA-AGAtcatccttaa
gi|5 : ----------------TT-----AT---A----------------TAA------AAACT-TTCAACAA--AT----TC-TGCATAGTAGAAATATGACAGA-AATAACA---ACCAATGTGC-AGAAA-TCTTCAATTATCTGAGGAAATT-G--G------TCTACCAAT-------------------AACCATA-T-----A-TCTTTT-TGTG-TTG--AGTG---TTTA-TTGA--TTTTACT-AT----------GCAAACTG-----A--CAGG-AGTATG-----TT----TATACAGA------G------TG--GC-C------ATGC-T-GC-A----AAGTAAG--A-----------------------------------------------T-ATA---T-----------------TA--C-------TGTAT-ATCTGTTCT-ACTGA-AATA-C---CTAGAT----TTT-TCA----A-TTTCAGGAAAGA----CT---GTGACCTT-GAAA-TGA--C-C---T-T--TCA--AAT----AAC-AAGAAATATGA---C-----AT-C--CT--CTTTT-CTGT---GTGTCCAAA----AAA
gi|6 : aatgatttagaaaattaaattctttcttatatgattcaataccccttactttatcttatacatgtactattgtatttcttactgtgcctgtgttaataa-G----------------TT-----ATTAAA----------------TAA------AAACT-TCTAA--A--AA--A-TC-TA-TTAGAAAAA--ATGTTAGA-AATAAAG---ATCAATGTGC-AAATA-TCTAGAATGATCAAAGGAAATTTG--G------TCTACC----------------------A--TACA-T--------CTTAT-TCAATTTACTAGTAAATTTCACTTAA----ATACT-ATG----------CAAACTGG----A--TAAA-A-----------------AT----A------A------AA--TTAT------ATGT-T-GC-A----AATTTAA--A-CA-A-----A-AT--GTGTA----ATGA-----ATC----ACAATGT-ATA---T-AATT------CA--TATA--CATGTACATGTAT-ATATATCCTCA-TGA-AAT--TT--CTAGGT----TTTCT-G----A-TTT--CAAATG------T---GTGACCTT-GAAA-TGA--CCT---T-G--ACAA-AAA----AAT-AAGGACC---A---T-G---AC-A--CA--CTTTT-CAGT---GAGTGAAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGC-ATCCAATAAATAGA-AGAAGACATCaaaaatataccatctcaataccatccttaaggaaaga
gi|7 : TTT-------TCTGT---------AA---C-------C------------------TT-----AC--------------------TGG------AAACT-TCTAG--AGAATGAA-TG-TAAATAGTAGAAGTATGCCAGA-AA---CG---ATGAATGCGC-A------------------GAGAAAATTCG--G------TCAAC-----------------------A--AAAA-TCACGGA-TTTTAT-TGGGTTTACCCGTG---TTTA-ATAA--T-------CAG-----AC-AGAAAAAT--------------ATTTTTATATCTTA---CAT----A------G------TG--AT-T------ATGA-T-GC-A----AATTAAA--G-CA-A-----A-AT--CTGTA----AT-G-----AATCACAA----GT-ATA---C-A---------TGTATATA--CA-----ATTCAT-ATATGCTCT-A-----AGT--T---CC----------T-T-A----A-T-T--GAAAAG------T---ATGACTTT-GAAA-CGAT-C-T---T-G--ACAC-AAG----AGC-AAGACACGCGA---C-A---AC----CA--CCTTT-CTAT---GTTTCAAAA----GAATG--------T-GT--------A-----C-------ATT---CT------GTGGTTGCTG-----T----AT------ACA--AAACATCACATCTCCATGC-TCCCGGTGctaagcaaa
gi|8 : TGTGC-AAAAC-TTTTAAATTATCAAAGAAAATCTT--G------TCTATC-TTTTTAGTATTACAATTGTAAA--TATA-T-----AATCTCGT-CAAGTTTACTAGCG---TTCA-TTAA--TTCTGCT-ATGTAAAAAC-AGTGGGA-------------A-ATGT-G-----TT----CAT----ATATAATG------TG--AT-T------AAGC-T-GC-A----AATTATG--T-AA-A-----A-NN--NNNNN----NN-N-----NNN----N----NN-NNN---N-N---------N---NNNN--NN-----NNNNNN-NNNNNNNNN-N-NNN-NN--------AAGGT----CTT-T-G----A-TTT--GAAA------------------TT-CAAA--AG--G-G---T-GCAACAC-AAA----AAC-AAGAACTGTGA---T-G----C-T--CG--CATTT-TTGT---GTGTCAAAA----GACTG--------T-AT--------ATTATAC-------ATT---CT------ATA------G-----CTGTTGTCA----ACA--AAATATAACATTTCAATGT-GTCCAATAAATAGG-AGAAGA-ATC
gi|9 : GACGTATATCCACGCGC-CAAAA-TATAAAATTGTCAGAAG---TTCG--G------ACTAC---T-------------------G--TACA-T-----G-TAT-AT-T----TTAC--GTA---TTT---TA----TCTGCT-TT------AC-A--AAAA-G-----A--CAGA-AATATC-----TT----CAT----A------GATCA--TG--TT-T------ATGC-T-GC-C----ACTTAGG--A-CA-A-----A-AT-----------AT--------CT---------GT-AT--------------------TAAA--TC-----ACTTATTAA--------A-TGA-AAT--TT--CAAGGT----CCAAT-G----G-TGT--GAAAAAA----TT---GTGACCTC-TAAACTAA--T-T---T----------------------------------T-G---AC-A--GA--CT------GT---GTGTCAAAA----GAAT-----------AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----TTTTGTGCACA--AAATATTTCATCTCGATGC-ACCCAAATAATGTG-AGAAAA-ATCcatctttaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTTGAAAATACATACTTTTGTTTCCAGTAAAACAAAATGACTTCATGAAAAAAATTTCAAAACTATAGGAATTGGTCTTCATAGATCAAAGTAGGATATTATTTTGAATTTACCACCCTCTCGGTGCCATTTTGTATGCTCTACCTCGGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 22222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 1111 55555555555555555555555555555 3333333333333 1111 44444444444444444444444444444444444 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 11111111111 2222222222222222222 1111111111 1111 222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 1 1 1 1 11 3333333333333 66666666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666 0 5 77 77 1111 5 3 1 1 3 1 555 2 2 2 777 33 777777 99999999999999999999999999999 2 7777777 1 2 00 3 33 1111111111111 2 0000 5555 4 2 1 22222222222222222222222222222222222 33 2 777777 2 2 555555 4444444444444 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444444444 2 66666666666 3 3 0000000000000000000 4 2 5555 2 3 33 0000000000 2 2 2 4444 333 333 44 4444 44444 0 777777777777777 22 2 555 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 3 2 2 7
lowQualScore : . . . . .. ............. ........ ...................................................................... ...... . . .. .. .... . . . . . . ... . . . ... .. ...... ............................. . ....... . . .. . .. ............. . .... .... . . . ................................... .. . ...... . . ...... ............. . ......................................................... ......... . ........... . . ................... . . .... . . .. .......... . . . .... ... ... .. .... ..... . ............... .. . ... .... .............................................................................. .. . . . .
lowQualScore : 0 0 0 2 22 8888888888888 88888888 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444 7 7 99 99 6666 7 1 4 0 3 2 444 0 9 7 555 77 777777 44444444444444444444444444444 7 2222222 5 7 55 0 99 9999999999999 5 3333 7777 5 9 1 88888888888888888888888888888888888 77 5 222222 4 4 555555 0000000000000 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777777777 9 00000000000 1 1 5555555555555555555 7 4 0000 4 3 22 5555555555 2 2 2 8888 999 666 11 5555 33333 4 444444444444444 99 0 222 0000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 3 5 7 3
consensus : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTGTTTATTAG--TTCTGCTCTG-ACA----GCA-AA--A-GACAG----AAATATGTT----C----------AT----A------G------TG--TT-T------ATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---------C---TATA--CA-----ATTTA-TANCTGCTCT-A-TGA-AA-T--T---CNAGGT----TT-T-T-G----A-TNT--GAAAAGA----TT---GTGACCT-T-GAAAT-GA--C-T---T-G-ACAC-AAA----AA---C-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CA--CTTTT-CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
Reference ( family-902 ) : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTGTTTATTAG--TTCTGCTCTG-ACA----GCA-AA--A-GACAG----AANTNTGTT----C----------AT----A------G------TG--TT-T------ATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---------C---TATA--CA-----ATTTA-TANCTGCTCT-A-TGA-AA-T--T---CNAGGT----TT-T-T-G----A-TNT--GAAAAGA----TT---GTGACCT-T-GAAAT-GA--C-T---T-G-ACAC-AAA----AA---C-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CA--CTTTT-CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
gi|1 : TTGAGCAAATAAATTTTTCTTTTTAATATGATCTGATAACC---CACT--TC-AGTTT-------TATAT---------CA---TTATGCACC-GTGATATAGCACTGTTTTT-----AT---A----------------TGA------AAAATGTTCAA--A--AA--ATTC-TAAGCAGTAGAAATGGGATTGA-ATAAATG---ATCAATATAA-TAAGG-CCTATCTTTATTACTGGGAATTTG--G------TCTGCT-T-------------------------CA-T-----A-TCTT------GTTTAC--------ATTGG--CTCTGCTCC---------TCA-AAC-A-GACTG----AGGTATGCT----C----------TTACTCA------G------TG--TT-T------ACA--T-AC------AATTTAG--A-AA-A-----A-AT--ATTTA----AT-ACGCCTACA----A----GT-ATG-------------------TATA--CA-----ATT
gi|10 : agtaaaatacaacttttgtgtcctctcttgaaaatcttaaagtactaacttttgtctccagtagaacaaaatcataccaagtcaagatgtcaaaaactacttacaggaataagtcgtaactggcagaagtaacaaagtataatgatactgcatgatattttgaacttactaaatctcgtgaggccattttagatgctcgactccaaatcattattttagggaaaactAAGTAAAAAAAG-ATGTCA-A-AATGACA---A-------GT-AAAAA-TCTGAAATGATTAGAGGAAATTTG--G------TATATG-TT-------------------A--T-C----------TCTTAC-AGAATTTGCCAGCATTTATTAG--TTCTGCT-----CA----GCAGAA--A-GACAG----AGCTTAGTC----T-----------------------G------TG--TT-T------TTAT-T-GC-A----AATTAGG-----A-T-----A-AT--TTA-A----AT-C-----ACT----G----GT-GTaa
gi|10 : agcattattatttgta----TT-T-T-G----G-TAT--AAAAAGA----TT---GTGACCT-T-GAACT-AA--C-TTTAT-A-ACAT-ATA----AA---G-AAGAAAGGTGA---C-----AT-C--CA--CTTTT-TTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------ccttttggtataaaaagattgtgaccttgaactaactttataacatataaagaagaaaggtgacatccacttttttgtgtgtcaaaagaatgttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|11 : agcattattatttgtaaagtaaaaaaagatgtcaaaatgacaagtaaaaatctgaaatgattagaggaaatttggtatatgttatctcttacagaatttgccagcatttattagttctgctcagcagaaagacagagcttagtctgtgtttttattgcaaattaggataatttaaatcactggtgtccCTACTTTG-CAA----GCA-AA------CAA----AAATATGTC----C----------AT----A------AATACGATA--TT-CGATATCATGC-A-GC-A----AATGAAG--A-CA-AC----A-ATAATCGCA----A--A-----AC-----G----GT-ACAGTGT-A---------CAAATATAAACA-----ATTTA-TAAAAGCTTT-A-AGG-GA-C--TTCTCGAG---------T-T-G----A-ATT--GAAAAAAAACAGT---GTGACCT-T-GAAAT-GAC-C-T---T-G-ACAC-GAT----AA---C-GGGAACTGCG-------------A--CA--TCTTT-TT-T---TTTTC---A----GGATGC-------C-AT--------A-----C-------A---------------A-----------------AT------ACGTTCAATATAACATCTCAACGC-GTCCAGTGAATATG-ttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|12 : tcatacatgtatccc-T------ATGT-TTGC-A----AATTTA---A-AC-A-----A-AT--GTGTA----AT-G-----AATCAC-A----ATGATA---T-AATTTCATAACA--TGTA--CATGT--ATATA-TATC--CTC--A-TGA-AA-T--T---CTAGGT----TT-TCT-G----A-TTC--AAAAATG----TT---GTGACCT-T-G-AAT-GA--C-C---TAG-ACGA-AAA----AA---T-AAG-ACCATGA---C------C-A--CA--CTTTTCCTGTA--GTG--GAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGCAATC--ATAAATATGAAGAAGACATC
gi|13 : agtaaatttcacttaaatacatgcaaactggattaaaataaaatta-AA--A-GGCAG----AAAAATGTC----C----------AT----A------CATAC--TA--TT-C------ATGC-T-GC-A----AATTAGA--ACAG-G-----A-GT--TTTTACACTAC-A-----AGT----A----G--ATG---T-A---------C---TA----------------------------A-TGT-AA-TC-T---TAAGGTC---CT-C-T-G----G-TAT--GAAAAGA----T-------ACC--G-GTAGT-GA--CTT---T-G-ACTC-GAA----AA---T-AAAACTCACGATACC-T---AT-ATTCA--CT-----TGC---GTGTCCAAA----AAACC--------C-A---------A-----C-------A------T------GTA------C-----C----G----------------GTTATATCTCAACGC-GTCCATTGGATATA-AGctaagcaaaactc
gi|14 : ttttgcaat---TGTA--TA-----ATTTA-GAGCAGATCT-AACGA-AA-TATT---TTGGGTCCATTT-T-C-GTTTTA-TTT--AAAACGA----GT---GTGACCA-T-GGAAT-AG--CAC---C-A-AAAC-AAATCATAA-----AAGAATCAC-----CTG---CC-T--CA--CTTGT-C--------GT-------------------------------------------------------T------GTA------G------------------ACA--CGATATAACATCTCAACAT-ATTCAATGAATATA-AGAAGA-ATC
gi|15 : acatgaatgcaca----TT-T-T-G----C-TGT---AAATGA----GG---GTGACCT-T-GAAATAGC--C-T---T-G-ACAA-AAA----GAGAGC-AAGAACCGCAA---C-G----C-T--CA--CTTTT-CTGC----TGTCAGAA----GACTG--------T-AT--------catcaaa
gi|16 : attttaaattaagttgtttttgttgttgttgTGCAT-GC-A----TAT-AAG--A-AA-ACCTTGA-AT--TAGTA----ACGA-----ACC----ACAA-AT-ATA---T-A---------C----ACA--GG-----ATTTA-CAACGACTGT-AATGG-AA-T-----------------------G----A-TTT--GTAAAG-----TT----TGACCT-CCGGAAT-GA--CCT---T-G-ACAC-AAA----AT---C-AAGAACTGCGA---C-ATTTAC-C--CG--CTTTT-CTAT---TTCTTAAAA----gaaataacatccaataaacacgagacgaacccgtccttaagtccttgttatatttgtaac
gi|17 : atacagtgatgagcCAGA-AATGATG---ATCAATGGAC-AAAAC-TTTCAGATCATCAGA-GAGATTTG--G------TTCACT-TT-------------------------G-T-----G-TCGTAT-TGA--CTGCCAGTGATTATTAG--TTCGGCTAT--ACA------A-AC--A-AACAA----AGGTTCATT----T----------AT----A------G------TGATTT-T------AT---T-AC-A----AATTTAG--A-CG-A-----A-AT--TTGGA----AT-A-----A
gi|18 : T-T-T-C----G-TGT--GGAGAAA----TT---GTTACCT-T--AAAT-AAAGC-T---C-A-ACAT-AAA----AA---CCAAGAACTATGA---A-G----C-A--AA--TTTCT-CTGT---GTGTCAAAA----GATTG--------T-AT--------A-----C-------ATT---CTACAGTTGTT------G-----C----AT------ACA--AAATATCACATTTCTACAT-ATCCAATAAATGTA-AGGGGA-ATCatcacatgtttttt
gi|2 : TTTCTAATATGATTCTATATTCAAACTTTACTT-TATTTCAATCACTATGTAACTTATTACA---C-------T-G----------------GT-----ATT--A----------------TGAGGTGAAAAAAT-TCTGA--A--AT--A-CC--AAGTAGTAGAAATATAACATATAATAGCG---ACC-ATGAGC-AAAAA-TCTAA------CA-AAGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCATCTGCGTTTGCCAAT-TTTATTAG--TTCTACTCT---------GCA-AAC-A-AACA------------------T----------AT----A------A------CA--AT-T------ATGC-T-ACAA----AATTAAcgccctt
gi|20 : gtaaaatatcaattcgtattccctagcttgtttcaaagatttgaaagtgtttagtttactcagtttcctctctagtaaaaggaaattacaagaagaaatgcttttaagatcatgggtataaattatgactgacaaaagtgacagaatataggatattttaaacttccctttatctaacaattctaaatgcactacaattaatgatgtcttttctaatatctaactaaattataggttgtAGA----TTAAAGTGACGT-T-GAACT-AA--C-T---T-TTACAC-A-----------C---GAATCGC-A---T-C---AC-A--CA--ATTTT-CTGT---G--TCAAAA----GAATAT-------T-AT--------A-----T-------ATT----T------GT------------------AT------AC---GAATA------------GC-ATCCAATACATATG-AGAAGA-ATCct
gi|21 : cacA-AA--A-GACAG----CAATAGGTT----CATATACAATTAT----A------G------TG--TT-T------GTGC-T-GC-A----GATTAGGTCA-AATA-----ACAC--TGGTA----AT-T-----ACcatccttagctgggatttatgttacgtaact
gi|22 : tttgtaGTAGTAGAAATATAACATA-TATAGCG---ACCAATGAGC-AAAAA-TCTAA------CAAAGGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCAT-TGCGTTTGCCAATGTTTATTAG--TTCTACTCTG-CAA----ACA-AA--atccaatggaattttaagttcctccggtaccaaaaaatt
gi|23 : ----AA---T-GAGAACCGCAA---T-G---CC----CG--GATTT---GT---GTCTCAAAAAATTGAATGGGTGTATAC-TT--------A-----C-------ATT---TT------ATA------GTTTA-C----AA------ACA--AAATGTAACATTTGAACCC-GTACAATGAATATG-AGAc
gi|24 : T-T-T-G----G-TAT--GGAAGGA----TT---ATGAATT-T-GAAAT-GC--CCT---T-G-ACAT-AAA----AA---C-AAGAATCGTAA---T-----AC-A--CA--CGTCT-CTGT---GCATCAAAA-----------------C-CT--------A-----T-------AGT---TT------TTA------------C----AG------ATT--AAATATAACA
gi|25 : cc-GACAG----AAATATTTG----C----------AT----A------CCTAC--TG--AT-T------ATGC-C-GC-ATATTAATTAAG--A-TA-A-----A-AT----GTA----AT-GCATT-ACA----A----GT-ACA---T-T---------G---TATA--CA-----ATTTT-TATCTGC
gi|26 : acccgttaaacacCAGA-AATAACT---ATCAATGTGC-AAAAAATCTC---TTATCAGAGGAAATTCGCGG------TCTATT-GT-------------------A--TA-A-T-----A-TC--AT-TGAATTAGCAAGTGTTTGTTAG--TTTTACTATGTACA----
gi|27 : CC----A----AT-ATA---TTA---------C---TGTA---G-----ATTTA-TGCCTGTTCTGA-TAA-AA-T--TT--CGAGGT----CA-T-T-A----AGCAT--GGAAAGG----TT---GTAACCT-T-GAACT-AAT-C-T---T-G-CCAT--------AA---C-AAGAAa
gi|28 : TTT-CTGT---GTGCAAAAA----GAATT--------C-AT--------A-----C-------ATTAAGTT------GTT------G-----CCTATAT------GCC--AATTATCAAATCACAATGT-GTACAATAAATGTG-AGAAGA-ATC
gi|29 : GT---GCGTCAGAA----GAGCG--------A-GT--------A-----CTCCTACGGTT---CT-------T-------G-----C----TT------ATA--AAATATCAAATTTCGACGC-CAACAATAAATACG-AAAAGA-ATCtataatc
gi|3 : ttaTTGAGAAGGCCAATGCTTCTTTCCTATATGATCTGATACCC---CCCT--TTTCATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAAAT-TCCAA--A--AT--A-CC-TACATAGCAGAAGTATGACAGA-A-TGTTG---ATCAATGTGC-AAAAA-TCTAAAACTACTGGAGGAATTTCA--G------TCTACC-TT-------------------A--TACAAT-----A-TCTTAT-TGAATTTGACAGTGTGCATTAG--TTATGCTCTG-ACA----GCA-AG--ATGACAT----AATTTTTTT----C----------AA----A------G------TG--TT-T------ATGC-T-GC-A----AACTATG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---------C---TGTA--CA-----ATTAA-TGCCTGCTTTCA-CAG-AA-T--T---CAAAGT----TC-T-T-G----A-TAT--GAAAAGA----GT---GTGATAT-T-GAACT-AA--C-T---T-G-ACACTTAA----AA---C-AAGAACAAAGA---C-G---A--A--GATTTTTTT-CTGT---GTGTTAAGA----GAATG--------C-AA--------T-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--TAATGTCGCATCTCAACAC-GTCTAATGAATGTG-AGAAGA-TTCcatcctta
gi|30 : aaaAGAGGTATGCCAGA-AATGATA---ATCAATGAGC-AAAAA-TTTAGAATTATCAGA-GAAATTCA--ATGACATTCTACC-TT-------------------------A-C-----A-TCTTAT-TGAGTTTAC
gi|31 : tg-AAGATCTGCGA---C-A---TCTA--CA----TTT-CTGT---TTGTCAAAA----GAATG--------T-ACCCTGTATAA-----T-------ATT---AA------ATA------GTTGTTT----AT------ACA--AAATATGACATCTCAACG
gi|32 : ctAA-TATGAAATTTTCAGAGGGAATTCA--G--------------------------------------ATA-T-----A-CCTCAT-TGAATTTACCAGTGTTTGATAG--TTTTACTTTG--CA------A-AA--A-GAC
gi|33 : acatgtagtT------GTT------G-----C----AA------GCA--AAATATAACATCTTAGTGG-GTCCAGTGAATGTG-AGAAGA-GT
gi|4 : agtTTTCTGGTATGATCTGATAGGC---TTAT--TTACATGT--------ATGT---------CAGTAT-------CAG----------------TTTCTTGAT---ACACCAACGCTATGGTGTGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TTATCAGTCGTAGAAGTATGACAAA-AATTATG---ACCAATAAGTGAAAAA-TCTAATATTAAAAGAGAAAATTCG--G------TCTATC-CT-------------------------A-T-----A-TCTGAC-TGAGTTTAGCAGTGCTTATTAGAATTTTGTGCTG-TCA----GAA-AC--A-GAAAG----AAATATGTTAATAC----------AT----A------AT-----TA--TC-T------TTTT-T-GC------AATTAAG----AC-A-----A-GT--TTGTAG---AC-A-----A------A----AC-ACA---T-G-------------TATA--CA-----AGTTA-TGCCTAACTT-A-TGAGAA-T--T---TAAAGTC---TT-T-T-G----A-TAA--AAGAACA----GC---ATGACCG-T-GAAAT-AAG-C-T---C-G-ACAC-AAA----AA---C-AAGAACCACGA---C-G---AC----CA--CTTTT-CTCTTCCGTGT------------TG--------CTAT--------G-----C-------ATC---CA------ATT------A-----C----AT------ACA--AAATGCCATATCTCAACAC-GTTCCGTGAATATA-AGAtcatccttaa
gi|5 : ----------------TT-----AT---A----------------TAA------AAACT-TTCAACAA--AT----TC-TGCATAGTAGAAATATGACAGA-AATAACA---ACCAATGTGC-AGAAA-TCTTCAATTATCTGAGGAAATT-G--G------TCTACCAAT-------------------AACCATA-T-----A-TCTTTT-TGTG-TTG--AGTGTTTATTGA--TTTTACTAT---------GCA-AA--CTGACAG----GAGTATGTT----T----------ATACAGA------G------TG--GC-C------ATGC-T-GC-A----AAGTAAG--A-----------------------------------------------T-ATA---T-----------------TA--C-------TGTA-TATCTGTTCT-ACTGA-AA-TA-C---CTAGAT----TT-T-TCA----A-TTTCAGGAAAGA----CT---GTGACCT-T-GAAAT-GA--C-C---T-T-TCA--AAT----AA---C-AAGAAATATGA---C-----AT-C--CT--CTTTT-CTGT---GTGTCCAAA----AAA
gi|6 : aatgatttagaaaattaaattctttcttatatgattcaataccccttactttatcttatacatgtactattgtatttcttactgtgcctgtgttaataa-G----------------TT-----ATTAAA----------------TAA------AAACT-TCTAA--A--AA--A-TC-TA-TTAGAAAAA--ATGTTAGA-AATAAAG---ATCAATGTGC-AAATA-TCTAGAATGATCAAAGGAAATTTG--G------TCTACC----------------------A--TACA-T--------CTTAT-TCAATTTACTAGTA------AA--TTTCACTTAA-ATACTATGCA-AACTG-GATAA----AA----------------------AT----A------A------AA--TTAT------ATGT-T-GC-A----AATTTAA--A-CA-A-----A-AT--GTGTA----ATGA-----ATC----ACAATGT-ATA---T-AATT------CA--TATA--CATGTACATGTA-TATATATCCTCA-TGA-AA-T--TT--CTAGGT----TT-TCT-G----A-TTT--CAAATG------T---GTGACCT-T-GAAAT-GA--CCT---T-G-ACAA-AAA----AA---T-AAGGACC---A---T-G---AC-A--CA--CTTTT-CAGT---GAGTGAAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGC-ATCCAATAAATAGA-AGAAGACATCaaaaatataccatctcaataccatccttaaggaaaga
gi|7 : TTT-------TCTGT---------AA---C-------C------------------TT-----AC--------------------TGG------AAACT-TCTAG--AGAATGAA-TG-TAAATAGTAGAAGTATGCCAGA-AA---CG---ATGAATGCGC-A------------------GAGAAAATTCG--G------TCAAC-----------------------A--AAAA-TCACGGA-TTTTAT-TGGGTTTACCCGTGTTTAATAA--T------CAG-ACA----GAA-AA--A-TATTT----TTATATCTTA---C----------AT----A------G------TG--AT-T------ATGA-T-GC-A----AATTAAA--G-CA-A-----A-AT--CTGTA----AT-G-----AATCACAA----GT-ATA---C-A---------TGTATATA--CA-----ATTCA-TATATGCTCT-A-----AG-T--T---CC-----------T-T-A----A-T-T--GAAAAG------T---ATGACTT-T-GAAAC-GAT-C-T---T-G-ACAC-AAG----AG---C-AAGACACGCGA---C-A---AC----CA--CCTTT-CTAT---GTTTCAAAA----GAATG--------T-GT--------A-----C-------ATT---CT------GTGGTTGCTG-----T----AT------ACA--AAACATCACATCTCCATGC-TCCCGGTGctaagcaaa
gi|8 : TGTGC-AAAAC-TTTTAAATTATCAAAGAAAATCTT--G------TCTATC-TTTTTAGTATTACAATTGTAAA--TATA-T-----AATCTCGT-CAAGTTTACTAGCGTTCATTAA--TTCTGCTATG---------TA-AA--A--ACAGTGGGAAATGTGTT----C----------AT----ATATAATG------TG--AT-T------AAGC-T-GC-A----AATTATG--T-AA-A-----A-NN--NNNNN----NN-N-----NNN----N----NN-NNN---N-N---------N---NNNN--NN-----NNNNN-NNNNNNNNNN-N-NNN-NN---------AAGGT----CT-T-T-G----A-TTT--GAAA-----------------TT-C-AAAAG-GG--T-G---C-A-ACAC-AAA----AA---C-AAGAACTGTGA---T-G----C-T--CG--CATTT-TTGT---GTGTCAAAA----GACTG--------T-AT--------ATTATAC-------ATT---CT------ATA------G-----CTGTTGTCA----ACA--AAATATAACATTTCAATGT-GTCCAATAAATAGG-AGAAGA-ATC
gi|9 : GACGTATATCCACGCGC-CAAAA-TATAAAATTGTCAGAAG---TTCG--G------ACTAC---T-------------------G--TACA-T-----G-TAT-AT-T----TTAC--GTATTT--TA----TCTGCTTT--ACA------A-AA--A-GACAG----AAATATCTT----C----------AT----A------GATCA--TG--TT-T------ATGC-T-GC-C----ACTTAGG--A-CA-A-----A-AT-----------AT--------CT---------GT-AT--------------------TAAA--TC-----ACTTATTAA--------A-TGA-AATT--T---CAAGGT----CCAA-T-G----G-TGT--GAAAAAA----TT---GTGACCTCT-AAACT-AA--T-T---T------------------------------------T-G---AC-A--GA--CT------GT---GTGTCAAAA----GAAT-----------AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----TTTTGTGCACA--AAATATTTCATCTCGATGC-ACCCAAATAATGTG-AGAAAA-ATCcatctttaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTTGAAAATACATACTTTTGTTTCCAGTAAAACAAAATGACTTCATGAAAAAAATTTCAAAACTATAGGAATTGGTCTTCATAGATCAAAGTAGGATATTATTTTGAATTTACCACCCTCTCGGTGCCATTTTGTATGCTCTACCTCGGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 22222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 1111 555555555555555555555555555555555555555 3333333333333 444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111111111 111111111111111111111 1111111111 1111 222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 1 1 1 1 11 3333333333333 66666666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666 0 5 77 77 1111 5 3 1 1 3 1 555 2 2 2 777 33 777777 888888888888888888888888888888888888888 1 2 00 3 33 1111111111111 2 9999 5555 1 999999999999999999999999999999999999999999999 2 2 2 5555 0000000000000 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 111111 2 99999999999 3 999999999999999999999 4 2 5555 2 3 33 0000000000 2 2 2 4444 333 333 222 4444 44444 0 777777777777777 44 555 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 3 2 2 7
lowQualScore : . . . . .. ............. ........ ...................................................................... ...... . . .. .. .... . . . . . . ... . . . ... .. ...... ....................................... . . .. . .. ............. . .... .... . ............................................. . . . .... ............. . ......................................................... .. ...... . ........... . ..................... . . .... . . .. .......... . . . .... ... ... ... .... ..... . ............... .. ... .... .............................................................................. .. . . . .
lowQualScore : 0 0 0 2 22 8888888888888 88888888 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444 7 7 99 99 6666 7 1 4 0 3 2 444 0 9 7 555 77 777777 111111111111111111111111111111111111111 5 7 55 0 99 9999999999999 5 4444 7777 5 999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 4 0000 9999999999999 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 555555 9 88888888888 1 555555555555555555555 7 4 0000 4 3 22 5555555555 2 2 2 8888 999 666 333 5555 33333 4 444444444444444 88 222 0000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 3 5 7 3
consensus : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTGTTTATTAG--TTCTGCTCTG-ACA----GCA-AA--A-GACAG----AAATATGTT----C----------AT----A------G----T-G--T------TTATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-A---TAT-A---------C---TAT--ACA-----ATTTA-TANCTGCTCT-A-TGA-AA---T--T-CNAGGT----TT-T-T-G----A-TNT--GAAAAG----ATT---GTGACCT-T-GAAAT-GA--C-T---T-G-ACACA-AA----AA---C-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CACTTTT--CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
Reference ( family-902 ) : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTGTTTATTAG--TTCTGCTCTG-ACA----GCA-AA--A-GACAG----AAATATGTT----C----------AT----A------G----T-G--T------TTATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-A---TAT-A---------C---TAT--ACA-----ATTTA-TANCTGCTCT-A-TGA-AA---T--T-CNAGGT----TT-T-T-G----A-TNT--GAAAAG----ATT---GTGACCT-T-GAAAT-GA--C-T---T-G-ACACA-AA----AA---C-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CACTTTT--CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
gi|1 : TTGAGCAAATAAATTTTTCTTTTTAATATGATCTGATAACC---CACT--TC-AGTTT-------TATAT---------CA---TTATGCACC-GTGATATAGCACTGTTTTT-----AT---A----------------TGA------AAAATGTTCAA--A--AA--ATTC-TAAGCAGTAGAAATGGGATTGA-ATAAATG---ATCAATATAA-TAAGG-CCTATCTTTATTACTGGGAATTTG--G------TCTGCT-T-------------------------CA-T-----A-TCTT------GTTTAC--------ATTGG--CTCTGCTCC---------TCA-AAC-A-GACTG----AGGTATGCT----C----------TTACTCA------G----T-G--T------TTACA--T-AC------AATTTAG--A-AA-A-----A-AT--ATTTA----AT-ACGCCTACA----A----GT-A---TG----------------TAT--ACA-----ATT
gi|10 : agtaaaatacaacttttgtgtcctctcttgaaaatcttaaagtactaacttttgtctccagtagaacaaaatcataccaagtcaagatgtcaaaaactacttacaggaataagtcgtaactggcagaagtaacaaagtataatgatactgcatgatattttgaacttactaaatctcgtgaggccattttagatgctcgactccaaatcattattttagggaaaactAAGTAAAAAAAG-ATGTCA-A-AATGACA---A-------GT-AAAAA-TCTGAAATGATTAGAGGAAATTTG--G------TATATG-TT-------------------A--T-C----------TCTTAC-AGAATTTGCCAGCATTTATTAG--TTCTGCT-----CA----GCAGAA--A-GACAG----AGCT-TAGT----C-----------T-----------G----T-G--T------TTTTAT-T-GC-A----AATTAGG-----A-T-----A-AT--TTA-A----AT-C-----ACT----G----GT-G---Taa
gi|10 : agcattattatttgta----TT-T-T-G----G-TAT--AAAAAG----ATT---GTGACCT-T-GAACT-AA--C-TTTAT-A-ACATA-TA----AA---G-AAGAAAGGTGA---C-----AT-C--CACTTTT--TTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------ccttttggtataaaaagattgtgaccttgaactaactttataacatataaagaagaaaggtgacatccacttttttgtgtgtcaaaagaatgttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|11 : agcattattatttgtaaagtaaaaaaagatgtcaaaatgacaagtaaaaatctgaaatgattagaggaaatttggtatatgttatctcttacagaatttgccagcatttattagttctgctcagcagaaagacagagcttagtctgtgtttttattgcaaattaggataatttaaatcactggtgtccCTACTTTG-CAA----GCA-AA------CAA----AAATATGTC----C----------AT----AAATACGA----T-A--TTCGATATCATGC-A-GC-A----AATGAAG--ACAA-C-----A-ATAATCGCA----A--A-----AC-----G----GT-ACAGTGT-A---------CAAATATAAACA-----ATTTA-TAAAAGCTTT-A-AGG-GACTTC--T-CGAG---------T-T-G----A-ATT--GAAAAAAAACAGT---GTGACCT-T-GAAAT-GAC-C-T---T-G-ACACG-AT----AA---C-GGGAACTGCG-------------A--CATCTTT--TT-T---TTTTC---A----GGATGC-------C-AT--------A-----C-------A---------------A-----------------AT------ACGTTCAATATAACATCTCAACGC-GTCCAGTGAATATG-ttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|12 : tcatacatgtatcccTATGT-TTGC-A----AATTTA---A-AC-A-----A-AT--GTGTA----AT-G-----AATCAC-A----ATGA---TAT-AATTTCATAACA--TGT--ACATGT--ATATA-TATC--CTC--A-TGA-AA---T--T-CTAGGT----TT-TCT-G----A-TTC--AAAAAT----GTT---GTGACCT-T-G-AAT-GA--C-C---TAG-ACGAA-AA----AA---T-AAG-ACCATGA---C------C-A--CACTTTTC-CTGTA--GTG--GAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGCAATC--ATAAATATGAAGAAGACATC
gi|13 : agtaaatttcacttaaatacatgcaaactggattaaaataaaatta-AA--A-GGCAG----AAAAATGTC----C----------AT----A------CATACT-A--T------TCATGC-T-GC-A----AATTAGA--ACAG-G-----A-GT--TTTTACACTAC-A-----AGT----A----G--A---TGT-A---------C---TA----------------------------A-TGT-AA---TC-T-TAAGGTC---CT-C-T-G----G-TAT--GAAAAG----AT-------ACC--G-GTAGT-GA--CTT---T-G-ACTCG-AA----AA---T-AAAACTCACGATACC-T---AT-ATTCACT------TGC---GTGTCCAAA----AAACC--------C-A---------A-----C-------A------T------GTA------C-----C----G----------------GTTATATCTCAACGC-GTCCATTGGATATA-AGctaagcaaaactc
gi|14 : ttttgcaat---TGT--ATA-----ATTTA-GAGCAGATCT-AACGA-AA---TATT-TTGGGTCCATTT-T-C-GTTTTA-TTT--AAAACG----AGT---GTGACCA-T-GGAAT-AG--CAC---C-A-AAACA-AATCATAA-----AAGAATCAC-----CTG---CC-T--CACTTGT--C--------GT-------------------------------------------------------T------GTA------G------------------ACA--CGATATAACATCTCAACAT-ATTCAATGAATATA-AGAAGA-ATC
gi|15 : acatgaatgcaca----TT-T-T-G----C-TGT---AAATG----AGG---GTGACCT-T-GAAATAGC--C-T---T-G-ACAAA-AA----GAGAGC-AAGAACCGCAA---C-G----C-T--CACTTTT--CTGC----TGTCAGAA----GACTG--------T-AT--------catcaaa
gi|16 : attttaaattaagttgtttttgttgttgttgTGCAT-GC-A----TAT-AAG--A-AA-ACCTTGA-AT--TAGTA----ACGA-----ACC----ACAA-AT-A---TAT-A---------C----AC--AGG-----ATTTA-CAACGACTGT-AATGG-AA---T---------------------G----A-TTT--GTAAAG-----TT----TGACCT-CCGGAAT-GA--CCT---T-G-ACACA-AA----AT---C-AAGAACTGCGA---C-ATTTAC-C--CGCTTTT--CTAT---TTCTTAAAA----gaaataacatccaataaacacgagacgaacccgtccttaagtccttgttatatttgtaac
gi|17 : atacagtgatgagcCAGA-AATGATG---ATCAATGGAC-AAAAC-TTTCAGATCATCAGA-GAGATTTG--G------TTCACT-TT-------------------------G-T-----G-TCGTAT-TGA--CTGCCAGTGATTATTAG--TTCGGCTAT--ACA------A-AC--A-AACAA----AGGTTCATT----T----------AT----A------G----T-GATT------TTAT---T-AC-A----AATTTAG--A-CG-A-----A-AT--TTGGA----AT-A-----A
gi|18 : T-T-T-C----G-TGT--GGAGAA----ATT---GTTACCT-T--AAAT-AAAGC-T---C-A-ACATA-AA----AA---CCAAGAACTATGA---A-G----C-A--AATTTCT--CTGT---GTGTCAAAA----GATTG--------T-AT--------A-----C-------ATT---CTACAGTTGTT------G-----C----AT------ACA--AAATATCACATTTCTACAT-ATCCAATAAATGTA-AGGGGA-ATCatcacatgtttttt
gi|2 : TTTCTAATATGATTCTATATTCAAACTTTACTT-TATTTCAATCACTATGTAACTTATTACA---C-------T-G----------------GT-----ATT--A----------------TGAGGTGAAAAAAT-TCTGA--A--AT--A-CC--AAGTAGTAGAAATATAACATATAATAGCG---ACC-ATGAGC-AAAAA-TCTAA------CA-AAGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCATCTGCGTTTGCCAAT-TTTATTAG--TTCTACTCT---------GCA-A------ACAA----ACATATA-----------------AC----A------A----------------TTATGC-T-ACAA----AATTAAcgccctt
gi|20 : gtaaaatatcaattcgtattccctagcttgtttcaaagatttgaaagtgtttagtttactcagtttcctctctagtaaaaggaaattacaagaagaaatgcttttaagatcatgggtataaattatgactgacaaaagtgacagaatataggatattttaaacttccctttatctaacaattctaaatgcactacaattaatgatgtcttttctaatatctaactaaattataggttgtAG----ATTAAAGTGACGT-T-GAACT-AA--C-T---T-TTACACA------------C---GAATCGC-A---T-C---AC-A--CAATTTT--CTGT---G--TCAAAA----GAATAT-------T-AT--------A-----T-------ATT----T------GT------------------AT------AC---GAATA------------GC-ATCCAATACATATG-AGAAGA-ATCct
gi|21 : cacA-AA--A-GACAG----CAATAGGTT----CATATACAATTAT----A------G----T-G--T------TTGTGC-T-GC-A----GATTAGGTCA-AATA-----ACAC--TGGTA----AT-T-----ACcatccttagctgggatttatgttacgtaact
gi|22 : tttgtaGTAGTAGAAATATAACATA-TATAGCG---ACCAATGAGC-AAAAA-TCTAA------CAAAGGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCAT-TGCGTTTGCCAATGTTTATTAG--TTCTACTCTG-CAA----ACA-AA--atccaatggaattttaagttcctccggtaccaaaaaatt
gi|23 : ----AA---T-GAGAACCGCAA---T-G---CC----CGGATTT----GT---GTCTCAAAAAATTGAATGGGTGTATAC-TT--------A-----C-------ATT---TT------ATA------GTTTA-C----AA------ACA--AAATGTAACATTTGAACCC-GTACAATGAATATG-AGAc
gi|24 : T-T-T-G----G-TAT--GGAAGG----ATT---ATGAATT-T-GAAAT-GC--CCT---T-G-ACATA-AA----AA---C-AAGAATCGTAA---T-----AC-A--CACGTCT--CTGT---GCATCAAAA-----------------C-CT--------A-----T-------AGT---TT------TTA------------C----AG------ATT--AAATATAACA
gi|25 : cc-GACAG----AAATATTTG----C----------AT----A------CCTACT-G--A------TTATGC-C-GC-ATATTAATTAAG--A-TA-A-----A-AT----GTA----AT-GCATT-ACA----A----GT-A---CAT-T---------G---TAT--ACA-----ATTTT-TATCTGC
gi|26 : acccgttaaacacCAGA-AATAACT---ATCAATGTGC-AAAAAATCTC---TTATCAGAGGAAATTCGCGG------TCTATT-GT-------------------A--TA-A-T-----A-TC--AT-TGAATTAGCAAGTGTTTGTTAG--TTTTACTATGTACA----
gi|27 : CC----A----AT-A---TATTA---------C---TGT--A-G-----ATTTA-TGCCTGTTCTGA-TAA-AA---T--TTCGAGGT----CA-T-T-A----AGCAT--GGAAAG----GTT---GTAACCT-T-GAACT-AAT-C-T---T-G-CCAT--------AA---C-AAGAAa
gi|28 : TTT--CTGT---GTGCAAAAA----GAATT--------C-AT--------A-----C-------ATTAAGTT------GTT------G-----CCTATAT------GCC--AATTATCAAATCACAATGT-GTACAATAAATGTG-AGAAGA-ATC
gi|29 : GT---GCGTCAGAA----GAGCG--------A-GT--------A-----CTCCTACGGTT---CT-------T-------G-----C----TT------ATA--AAATATCAAATTTCGACGC-CAACAATAAATACG-AAAAGA-ATCtataatc
gi|3 : ttaTTGAGAAGGCCAATGCTTCTTTCCTATATGATCTGATACCC---CCCT--TTTCATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAAAT-TCCAA--A--AT--A-CC-TACATAGCAGAAGTATGACAGA-A-TGTTG---ATCAATGTGC-AAAAA-TCTAAAACTACTGGAGGAATTTCA--G------TCTACC-TT-------------------A--TACAAT-----A-TCTTAT-TGAATTTGACAGTGTGCATTAG--TTATGCTCTG-ACA----GCA-AG--ATGACAT----AATTTTTTT----C----------AA----A------G----T-G--T------TTATGC-T-GC-A----AACTATG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-A---TAT-A---------C---TGT--ACA-----ATTAA-TGCCTGCTTTCA-CAG-AA---T--T-CAAAGT----TC-T-T-G----A-TAT--GAAAAG----AGT---GTGATAT-T-GAACT-AA--C-T---T-G-ACACTTAA----AA---C-AAGAACAAAGA---C-G---A--A--GATTTTTTTCTGT---GTGTTAAGA----GAATG--------C-AA--------T-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--TAATGTCGCATCTCAACAC-GTCTAATGAATGTG-AGAAGA-TTCcatcctta
gi|30 : aaaAGAGGTATGCCAGA-AATGATA---ATCAATGAGC-AAAAA-TTTAGAATTATCAGA-GAAATTCA--ATGACATTCTACC-TT-------------------------A-C-----A-TCTTAT-TGAGTTTAC
gi|31 : tg-AAGATCTGCGA---C-A---TCTA--CA--TTT--CTGT---TTGTCAAAA----GAATG--------T-ACCCTGTATAA-----T-------ATT---AA------ATA------GTTGTTT----AT------ACA--AAATATGACATCTCAACG
gi|32 : ctAA-TATGAAATTTTCAGAGGGAATTCA--G--------------------------------------ATA-T-----A-CCTCAT-TGAATTTACCAGTGTTTGATAG--TTTTACTTTG--CA------A-AA--A-GAC
gi|33 : acatgtagtT------GTT------G-----C----AA------GCA--AAATATAACATCTTAGTGG-GTCCAGTGAATGTG-AGAAGA-GT
gi|4 : agtTTTCTGGTATGATCTGATAGGC---TTAT--TTACATGT--------ATGT---------CAGTAT-------CAG----------------TTTCTTGAT---ACACCAACGCTATGGTGTGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TTATCAGTCGTAGAAGTATGACAAA-AATTATG---ACCAATAAGTGAAAAA-TCTAATATTAAAAGAGAAAATTCG--G------TCTATC-CT-------------------A--TA-----------TCTGAC-TGAGTTTAGCAGTGCTTATTAGAATTTTGTGCTG-TCA----GAA-AC--A-GAAAG----AAATATGTTAATAC----------AT----A------A----TTA--T------CTTTTT-T-GC-A----A-TTAAG--A-CA-A-----G--T--TTGTAG---AC-A-----A------A----AC-A---CAT-G-------------TAT--ACA-----AGTTA-TGCCTAACTT-A-TGAGAA---T--T-TAAAGTC---TT-T-T-G----A-TAA--AAGAAC----AGC---ATGACCG-T-GAAAT-AAG-C-T---C-G-ACACA-AA----AA---C-AAGAACCACGA---C-G---AC----CACTTTT--CTCTTCCGTGT------------TG--------CTAT--------G-----C-------ATC---CA------ATT------A-----C----AT------ACA--AAATGCCATATCTCAACAC-GTTCCGTGAATATA-AGAtcatccttaa
gi|5 : ----------------TT-----AT---A----------------TAA------AAACT-TTCAACAA--AT----TC-TGCATAGTAGAAATATGACAGA-AATAACA---ACCAATGTGC-AGAAA-TCTTCAATTATCTGAGGAAATT-G--G------TCTACCAAT-------------------AACCATA-T-----A-TCTTTT-TGTG-TTG--AGTGTTTATTGA--TTTTACTAT---------GCA-AA--CTGACAG----GAGTATGTT----T----------ATACAGA------G----T-G--G------CCATGC-T-GC-A----AAGTAAG--A-----------------------------------------------T-A---TAT-----------------T--AC-------TGTA-TATCTGTTCT-ACTGA-AA---TA-C-CTAGAT----TT-T-TCA----A-TTTCAGGAAAG----ACT---GTGACCT-T-GAAAT-GA--C-C---T-T-TCA-A-AT----AA---C-AAGAAATATGA---C-----AT-C--CTCTTTT--CTGT---GTGTCCAAA----AAA
gi|6 : aatgatttagaaaattaaattctttcttatatgattcaataccccttactttatcttatacatgtactattgtatttcttactgtgcctgtgttaataa-G----------------TT-----ATTAAA----------------TAA------AAACT-TCTAA--A--AA--A-TC-TA-TTAGAAAAA--ATGTTAGA-AATAAAG---ATCAATGTGC-AAATA-TCTAGAATGATCAAAGGAAATTTG--G------TCTACC----------------------A--TACA-T--------CTTAT-TCAATTTACTAGTA------AA--TTTCACTTAA-ATACTATGCA-AACTG-GATAA----AAATA-------------------A-----A------A----T----T------ATATGT-T-GC-A----AATTTAA--A-CA-A-----A-AT--GTGTA----ATGA-----ATC----ACAATGT-A---TAT-AATT------CA--TAT--ACATGTACATGTA-TATATATCCTCA-TGA-AA---T--TTCTAGGT----TT-TCT-G----A-TTT--CAAATG------T---GTGACCT-T-GAAAT-GA--CCT---T-G-ACAAA-AA----AA---T-AAGGACC---A---T-G---AC-A--CACTTTT--CAGT---GAGTGAAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGC-ATCCAATAAATAGA-AGAAGACATCaaaaatataccatctcaataccatccttaaggaaaga
gi|7 : TTT-------TCTGT---------AA---C-------C------------------TT-----AC--------------------TGG------AAACT-TCTAG--AGAATGAA-TG-TAAATAGTAGAAGTATGCCAGA-AA---CG---ATGAATGCGC-A------------------GAGAAAATTCG--G------TCAAC-----------------------A--AAAA-TCACGGA-TTTTAT-TGGGTTTACCCGTGTTTAATAA--------TCAG-ACA----GAA-AA--A-TATTT----TTATATCTTA---C----------AT----A------G----T-G--A------TTATGA-T-GC-A----AATTAAA--G-CA-A-----A-AT--CTGTA----AT-G-----AATCACAA----GT-A---TAC-A---------TGTATAT--ACA-----ATTCA-TATATGCTCT-----A-AG---T--T-CC-----------T-T-A----A-T-T--GAAAAG------T---ATGACTT-T-GAAAC-GAT-C-T---T-G-ACACA-AG----AG---C-AAGACACGCGA---C-A---AC----CACCTTT--CTAT---GTTTCAAAA----GAATG--------T-GT--------A-----C-------ATT---CT------GTGGTTGCTG-----T----AT------ACA--AAACATCACATCTCCATGC-TCCCGGTGctaagcaaa
gi|8 : TGTGC-AAAAC-TTTTAAATTATCAAAGAAAATCTT--G------TCTATC-TTTTTAGTATTACAATTGTAAA--TATA-T-----AATCTCGT-CAAGTTTACTAGCGTTCATTAA--TTCTGCTATG---------TA-AA--A--ACAGTGGGAAATGTGTT----C----------AT----ATATAATG----T-G--A------TTAAGC-T-GC-A----AATTATG--T-AA-A-----A-NN--NNNNN----NN-N-----NNN----N----NN-N---NNN-N---------N---NNN--NNN-----NNNNN-NNNNNNNNNN-N-NNN-NN---------AAGGT----CT-T-T-G----A-TTT--GAAA-----------------TT-C-AAAAG-GG--T-G---C-A-ACACA-AA----AA---C-AAGAACTGTGA---T-G----C-T--CGCATTT--TTGT---GTGTCAAAA----GACTG--------T-AT--------ATTATAC-------ATT---CT------ATA------G-----CTGTTGTCA----ACA--AAATATAACATTTCAATGT-GTCCAATAAATAGG-AGAAGA-ATC
gi|9 : GACGTATATCCACGCGC-CAAAA-TATAAAATTGTCAGAAG---TTCG--G------ACTAC---T-------------------G--TACA-T-----G-TAT-AT-T----TTAC--GTATTT--TA----TCTGCTTT--ACA------A-AA--A-GACAG----AAATATCTT----C----------AT----A------GATCAT-G--T------TTATGC-T-GC-C----ACTTAGG--A-CA-A-----A-AT-----------AT--------CT---------GT-A---T-----------------TAA--ATC-----ACTTATTAA--------A-TGA-AAT--T--T-CAAGGT----CCAA-T-G----G-TGT--GAAAAA----ATT---GTGACCTCT-AAACT-AA--T-T---T------------------------------------T-G---AC-A--GACT-------GT---GTGTCAAAA----GAAT-----------AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----TTTTGTGCACA--AAATATTTCATCTCGATGC-ACCCAAATAATGTG-AGAAAA-ATCcatctttaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTTGAAAATACATACTTTTGTTTCCAGTAAAACAAAATGACTTCATGAAAAAAATTTCAAAACTATAGGAATTGGTCTTCATAGATCAAAGTAGGATATTATTTTGAATTTACCACCCTCTCGGTGCCATTTTGTATGCTCTACCTCGGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 22222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 1111 555555555555555555555555555555555555555 3333333333333 444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111111111 111111111111111111111 1111111111 1111 222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 1 1 1 1 11 3333333333333 66666666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666 0 5 77 77 1111 5 3 1 1 3 1 555 2 2 2 777 33 777777 888888888888888888888888888888888888888 1 2 00 3 33 1111111111111 2 9999 5555 1 999999999999999999999999999999999999999999999 2 2 2 5555 0000000000000 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 111111 2 99999999999 3 999999999999999999999 4 2 5555 2 3 33 0000000000 2 2 2 4444 333 333 222 4444 44444 0 777777777777777 44 555 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 3 2 2 7
lowQualScore : . . . . .. ............. ........ ...................................................................... ...... . . .. .. .... . . . . . . ... . . . ... .. ...... ....................................... . . .. . .. ............. . .... .... . ............................................. . . . .... ............. . ......................................................... .. ...... . ........... . ..................... . . .... . . .. .......... . . . .... ... ... ... .... ..... . ............... .. ... .... .............................................................................. .. . . . .
lowQualScore : 0 0 0 2 22 8888888888888 88888888 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444 7 7 99 99 6666 7 1 4 0 3 2 444 0 9 7 555 77 777777 111111111111111111111111111111111111111 5 7 55 0 99 9999999999999 5 4444 7777 5 999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 4 0000 9999999999999 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 555555 9 88888888888 1 555555555555555555555 7 4 0000 4 3 22 5555555555 2 2 2 8888 999 666 333 5555 33333 4 444444444444444 88 222 0000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 3 5 7 3
consensus : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTGTTTATTAG--TTCTGCTCTG-ACA----GCA-AA--A-GACAG----AAATATGTT----C----------AT----A------G----T-G--T------TTATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-A---TAT-A---------C---TAT--ACA-----ATTTA-TANCTGCTCT-A-TGA-AA---T--T-CNAGGT----TT-T-T-G----A-TNT--GAAAAG----ATT---GTGACCT-T-GAAAT-GA--C-T---T-G-ACACA-AA----AA---C-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CACTTTT--CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
Reference ( family-902 ) : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTGTTTATTAG--TTCTGCTCTG-ACA----GCA-AA--A-GACAG----AAATATGTT----C----------AT----A------G----T-G--T------TTATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-A---TAT-A---------C---TAT--ACA-----ATTTA-TANCTGCTCT-A-TGA-AA---T--T-CNAGGT----TT-T-T-G----A-TNT--GAAAAG----ATT---GTGACCT-T-GAAAT-GA--C-T---T-G-ACACA-AA----AA---C-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CACTTTT--CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
gi|1 : TTGAGCAAATAAATTTTTCTTTTTAATATGATCTGATAACC---CACT--TC-AGTTT-------TATAT---------CA---TTATGCACC-GTGATATAGCACTGTTTTT-----AT---A----------------TGA------AAAATGTTCAA--A--AA--ATTC-TAAGCAGTAGAAATGGGATTGA-ATAAATG---ATCAATATAA-TAAGG-CCTATCTTTATTACTGGGAATTTG--G------TCTGCT-T-------------------------CA-T-----A-TCTT------GTTTAC--------ATTGG--CTCTGCTCC---------TCA-AAC-A-GACTG----AGGTATGCT----C----------TTACTCA------G----T-G--T------TTACA--T-AC------AATTTAG--A-AA-A-----A-AT--ATTTA----AT-ACGCCTACA----A----GT-A---TG----------------TAT--ACA-----ATT
gi|10 : agtaaaatacaacttttgtgtcctctcttgaaaatcttaaagtactaacttttgtctccagtagaacaaaatcataccaagtcaagatgtcaaaaactacttacaggaataagtcgtaactggcagaagtaacaaagtataatgatactgcatgatattttgaacttactaaatctcgtgaggccattttagatgctcgactccaaatcattattttagggaaaactAAGTAAAAAAAG-ATGTCA-A-AATGACA---A-------GT-AAAAA-TCTGAAATGATTAGAGGAAATTTG--G------TATATG-TT-------------------A--T-C----------TCTTAC-AGAATTTGCCAGCATTTATTAG--TTCTGCT-----CA----GCAGAA--A-GACAG----AGCT-TAGT----C-----------T-----------G----T-G--T------TTTTAT-T-GC-A----AATTAGG-----A-T-----A-AT--TTA-A----AT-C-----ACT----G----GT-G---Taa
gi|10 : agcattattatttgta----TT-T-T-G----G-TAT--AAAAAG----ATT---GTGACCT-T-GAACT-AA--C-TTTAT-A-ACATA-TA----AA---G-AAGAAAGGTGA---C-----AT-C--CACTTTT--TTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------ccttttggtataaaaagattgtgaccttgaactaactttataacatataaagaagaaaggtgacatccacttttttgtgtgtcaaaagaatgttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|11 : agcattattatttgtaaagtaaaaaaagatgtcaaaatgacaagtaaaaatctgaaatgattagaggaaatttggtatatgttatctcttacagaatttgccagcatttattagttctgctcagcagaaagacagagcttagtctgtgtttttattgcaaattaggataatttaaatcactggtgtccCTACTTTG-CAA----GCA-AA------CAA----AAATATGTC----C----------AT----AAATACGA----T-A--TTCGATATCATGC-A-GC-A----AATGAAG--ACAA-C-----A-ATAATCGCA----A--A-----AC-----G----GT-ACAGTGT-A---------CAAATATAAACA-----ATTTA-TAAAAGCTTT-A-AGG-GACTTC--T-CGAG---------T-T-G----A-ATT--GAAAAAAAACAGT---GTGACCT-T-GAAAT-GAC-C-T---T-G-ACACG-AT----AA---C-GGGAACTGCG-------------A--CATCTTT--TT-T---TTTTC---A----GGATGC-------C-AT--------A-----C-------A---------------A-----------------AT------ACGTTCAATATAACATCTCAACGC-GTCCAGTGAATATG-ttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|12 : tcatacatgtatcccTATGT-TTGC-A----AATTTA---A-AC-A-----A-AT--GTGTA----AT-G-----AATCAC-A----ATGA---TAT-AATTTCATAACA--TGT--ACATGT--ATATA-TATC--CTC--A-TGA-AA---T--T-CTAGGT----TT-TCT-G----A-TTC--AAAAAT----GTT---GTGACCT-T-G-AAT-GA--C-C---TAG-ACGAA-AA----AA---T-AAG-ACCATGA---C------C-A--CACTTTTC-CTGTA--GTG--GAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGCAATC--ATAAATATGAAGAAGACATC
gi|13 : agtaaatttcacttaaatacatgcaaactggattaaaataaaatta-AA--A-GGCAG----AAAAATGTC----C----------AT----A------CATACT-A--T------TCATGC-T-GC-A----AATTAGA--ACAG-G-----A-GT--TTTTACACTAC-A-----AGT----A----G--A---TGT-A---------C---TA----------------------------A-TGT-AA---TC-T-TAAGGTC---CT-C-T-G----G-TAT--GAAAAG----AT-------ACC--G-GTAGT-GA--CTT---T-G-ACTCG-AA----AA---T-AAAACTCACGATACC-T---AT-ATTCACT------TGC---GTGTCCAAA----AAACC--------C-A---------A-----C-------A------T------GTA------C-----C----G----------------GTTATATCTCAACGC-GTCCATTGGATATA-AGctaagcaaaactc
gi|14 : ttttgcaat---TGT--ATA-----ATTTA-GAGCAGATCT-AACGA-AA---TATT-TTGGGTCCATTT-T-C-GTTTTA-TTT--AAAACG----AGT---GTGACCA-T-GGAAT-AG--CAC---C-A-AAACA-AATCATAA-----AAGAATCAC-----CTG---CC-T--CACTTGT--C--------GT-------------------------------------------------------T------GTA------G------------------ACA--CGATATAACATCTCAACAT-ATTCAATGAATATA-AGAAGA-ATC
gi|15 : acatgaatgcaca----TT-T-T-G----C-TGT---AAATG----AGG---GTGACCT-T-GAAATAGC--C-T---T-G-ACAAA-AA----GAGAGC-AAGAACCGCAA---C-G----C-T--CACTTTT--CTGC----TGTCAGAA----GACTG--------T-AT--------catcaaa
gi|16 : attttaaattaagttgtttttgttgttgttgTGCAT-GC-A----TAT-AAG--A-AA-ACCTTGA-AT--TAGTA----ACGA-----ACC----ACAA-AT-A---TAT-A---------C----AC--AGG-----ATTTA-CAACGACTGT-AATGG-AA---T---------------------G----A-TTT--GTAAAG-----TT----TGACCT-CCGGAAT-GA--CCT---T-G-ACACA-AA----AT---C-AAGAACTGCGA---C-ATTTAC-C--CGCTTTT--CTAT---TTCTTAAAA----gaaataacatccaataaacacgagacgaacccgtccttaagtccttgttatatttgtaac
gi|17 : atacagtgatgagcCAGA-AATGATG---ATCAATGGAC-AAAAC-TTTCAGATCATCAGA-GAGATTTG--G------TTCACT-TT-------------------------G-T-----G-TCGTAT-TGA--CTGCCAGTGATTATTAG--TTCGGCTAT--ACA------A-AC--A-AACAA----AGGTTCATT----T----------AT----A------G----T-GATT------TTAT---T-AC-A----AATTTAG--A-CG-A-----A-AT--TTGGA----AT-A-----A
gi|18 : T-T-T-C----G-TGT--GGAGAA----ATT---GTTACCT-T--AAAT-AAAGC-T---C-A-ACATA-AA----AA---CCAAGAACTATGA---A-G----C-A--AATTTCT--CTGT---GTGTCAAAA----GATTG--------T-AT--------A-----C-------ATT---CTACAGTTGTT------G-----C----AT------ACA--AAATATCACATTTCTACAT-ATCCAATAAATGTA-AGGGGA-ATCatcacatgtttttt
gi|2 : TTTCTAATATGATTCTATATTCAAACTTTACTT-TATTTCAATCACTATGTAACTTATTACA---C-------T-G----------------GT-----ATT--A----------------TGAGGTGAAAAAAT-TCTGA--A--AT--A-CC--AAGTAGTAGAAATATAACATATAATAGCG---ACC-ATGAGC-AAAAA-TCTAA------CA-AAGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCATCTGCGTTTGCCAAT-TTTATTAG--TTCTACTCT---------GCA-A------ACAA----ACATATA-----------------AC----A------A----------------TTATGC-T-ACAA----AATTAAcgccctt
gi|20 : gtaaaatatcaattcgtattccctagcttgtttcaaagatttgaaagtgtttagtttactcagtttcctctctagtaaaaggaaattacaagaagaaatgcttttaagatcatgggtataaattatgactgacaaaagtgacagaatataggatattttaaacttccctttatctaacaattctaaatgcactacaattaatgatgtcttttctaatatctaactaaattataggttgtAG----ATTAAAGTGACGT-T-GAACT-AA--C-T---T-TTACACA------------C---GAATCGC-A---T-C---AC-A--CAATTTT--CTGT---G--TCAAAA----GAATAT-------T-AT--------A-----T-------ATT----T------GT------------------AT------AC---GAATA------------GC-ATCCAATACATATG-AGAAGA-ATCct
gi|21 : cacA-AA--A-GACAG----CAATAGGTT----CATATACAATTAT----A------G----T-G--T------TTGTGC-T-GC-A----GATTAGGTCA-AATA-----ACAC--TGGTA----AT-T-----ACcatccttagctgggatttatgttacgtaact
gi|22 : tttgtaGTAGTAGAAATATAACATA-TATAGCG---ACCAATGAGC-AAAAA-TCTAA------CAAAGGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCAT-TGCGTTTGCCAATGTTTATTAG--TTCTACTCTG-CAA----ACA-AA--atccaatggaattttaagttcctccggtaccaaaaaatt
gi|23 : ----AA---T-GAGAACCGCAA---T-G---CC----CGGATTT----GT---GTCTCAAAAAATTGAATGGGTGTATAC-TT--------A-----C-------ATT---TT------ATA------GTTTA-C----AA------ACA--AAATGTAACATTTGAACCC-GTACAATGAATATG-AGAc
gi|24 : T-T-T-G----G-TAT--GGAAGG----ATT---ATGAATT-T-GAAAT-GC--CCT---T-G-ACATA-AA----AA---C-AAGAATCGTAA---T-----AC-A--CACGTCT--CTGT---GCATCAAAA-----------------C-CT--------A-----T-------AGT---TT------TTA------------C----AG------ATT--AAATATAACA
gi|25 : cc-GACAG----AAATATTTG----C----------AT----A------CCTACT-G--A------TTATGC-C-GC-ATATTAATTAAG--A-TA-A-----A-AT----GTA----AT-GCATT-ACA----A----GT-A---CAT-T---------G---TAT--ACA-----ATTTT-TATCTGC
gi|26 : acccgttaaacacCAGA-AATAACT---ATCAATGTGC-AAAAAATCTC---TTATCAGAGGAAATTCGCGG------TCTATT-GT-------------------A--TA-A-T-----A-TC--AT-TGAATTAGCAAGTGTTTGTTAG--TTTTACTATGTACA----
gi|27 : CC----A----AT-A---TATTA---------C---TGT--A-G-----ATTTA-TGCCTGTTCTGA-TAA-AA---T--TTCGAGGT----CA-T-T-A----AGCAT--GGAAAG----GTT---GTAACCT-T-GAACT-AAT-C-T---T-G-CCAT--------AA---C-AAGAAa
gi|28 : TTT--CTGT---GTGCAAAAA----GAATT--------C-AT--------A-----C-------ATTAAGTT------GTT------G-----CCTATAT------GCC--AATTATCAAATCACAATGT-GTACAATAAATGTG-AGAAGA-ATC
gi|29 : GT---GCGTCAGAA----GAGCG--------A-GT--------A-----CTCCTACGGTT---CT-------T-------G-----C----TT------ATA--AAATATCAAATTTCGACGC-CAACAATAAATACG-AAAAGA-ATCtataatc
gi|3 : ttaTTGAGAAGGCCAATGCTTCTTTCCTATATGATCTGATACCC---CCCT--TTTCATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAAAT-TCCAA--A--AT--A-CC-TACATAGCAGAAGTATGACAGA-A-TGTTG---ATCAATGTGC-AAAAA-TCTAAAACTACTGGAGGAATTTCA--G------TCTACC-TT-------------------A--TACAAT-----A-TCTTAT-TGAATTTGACAGTGTGCATTAG--TTATGCTCTG-ACA----GCA-AG--ATGACAT----AATTTTTTT----C----------AA----A------G----T-G--T------TTATGC-T-GC-A----AACTATG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-A---TAT-A---------C---TGT--ACA-----ATTAA-TGCCTGCTTTCA-CAG-AA---T--T-CAAAGT----TC-T-T-G----A-TAT--GAAAAG----AGT---GTGATAT-T-GAACT-AA--C-T---T-G-ACACTTAA----AA---C-AAGAACAAAGA---C-G---A--A--GATTTTTTTCTGT---GTGTTAAGA----GAATG--------C-AA--------T-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--TAATGTCGCATCTCAACAC-GTCTAATGAATGTG-AGAAGA-TTCcatcctta
gi|30 : aaaAGAGGTATGCCAGA-AATGATA---ATCAATGAGC-AAAAA-TTTAGAATTATCAGA-GAAATTCA--ATGACATTCTACC-TT-------------------------A-C-----A-TCTTAT-TGAGTTTAC
gi|31 : tg-AAGATCTGCGA---C-A---TCTA--CA--TTT--CTGT---TTGTCAAAA----GAATG--------T-ACCCTGTATAA-----T-------ATT---AA------ATA------GTTGTTT----AT------ACA--AAATATGACATCTCAACG
gi|32 : ctAA-TATGAAATTTTCAGAGGGAATTCA--G--------------------------------------ATA-T-----A-CCTCAT-TGAATTTACCAGTGTTTGATAG--TTTTACTTTG--CA------A-AA--A-GAC
gi|33 : acatgtagtT------GTT------G-----C----AA------GCA--AAATATAACATCTTAGTGG-GTCCAGTGAATGTG-AGAAGA-GT
gi|4 : agtTTTCTGGTATGATCTGATAGGC---TTAT--TTACATGT--------ATGT---------CAGTAT-------CAG----------------TTTCTTGAT---ACACCAACGCTATGGTGTGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TTATCAGTCGTAGAAGTATGACAAA-AATTATG---ACCAATAAGTGAAAAA-TCTAATATTAAAAGAGAAAATTCG--G------TCTATC-CT-------------------A--TA-----------TCTGAC-TGAGTTTAGCAGTGCTTATTAGAATTTTGTGCTG-TCA----GAA-AC--A-GAAAG----AAATATGTTAATAC----------AT----A------A----TTA--T------CTTTTT-T-GC-A----A-TTAAG--A-CA-A-----G--T--TTGTAG---AC-A-----A------A----AC-A---CAT-G-------------TAT--ACA-----AGTTA-TGCCTAACTT-A-TGAGAA---T--T-TAAAGTC---TT-T-T-G----A-TAA--AAGAAC----AGC---ATGACCG-T-GAAAT-AAG-C-T---C-G-ACACA-AA----AA---C-AAGAACCACGA---C-G---AC----CACTTTT--CTCTTCCGTGT------------TG--------CTAT--------G-----C-------ATC---CA------ATT------A-----C----AT------ACA--AAATGCCATATCTCAACAC-GTTCCGTGAATATA-AGAtcatccttaa
gi|5 : ----------------TT-----AT---A----------------TAA------AAACT-TTCAACAA--AT----TC-TGCATAGTAGAAATATGACAGA-AATAACA---ACCAATGTGC-AGAAA-TCTTCAATTATCTGAGGAAATT-G--G------TCTACCAAT-------------------AACCATA-T-----A-TCTTTT-TGTG-TTG--AGTGTTTATTGA--TTTTACTAT---------GCA-AA--CTGACAG----GAGTATGTT----T----------ATACAGA------G----T-G--G------CCATGC-T-GC-A----AAGTAAG--A-----------------------------------------------T-A---TAT-----------------T--AC-------TGTA-TATCTGTTCT-ACTGA-AA---TA-C-CTAGAT----TT-T-TCA----A-TTTCAGGAAAG----ACT---GTGACCT-T-GAAAT-GA--C-C---T-T-TCA-A-AT----AA---C-AAGAAATATGA---C-----AT-C--CTCTTTT--CTGT---GTGTCCAAA----AAA
gi|6 : aatgatttagaaaattaaattctttcttatatgattcaataccccttactttatcttatacatgtactattgtatttcttactgtgcctgtgttaataa-G----------------TT-----ATTAAA----------------TAA------AAACT-TCTAA--A--AA--A-TC-TA-TTAGAAAAA--ATGTTAGA-AATAAAG---ATCAATGTGC-AAATA-TCTAGAATGATCAAAGGAAATTTG--G------TCTACC----------------------A--TACA-T--------CTTAT-TCAATTTACTAGTA------AA--TTTCACTTAA-ATACTATGCA-AACTG-GATAA----AAATA-------------------A-----A------A----T----T------ATATGT-T-GC-A----AATTTAA--A-CA-A-----A-AT--GTGTA----ATGA-----ATC----ACAATGT-A---TAT-AATT------CA--TAT--ACATGTACATGTA-TATATATCCTCA-TGA-AA---T--TTCTAGGT----TT-TCT-G----A-TTT--CAAATG------T---GTGACCT-T-GAAAT-GA--CCT---T-G-ACAAA-AA----AA---T-AAGGACC---A---T-G---AC-A--CACTTTT--CAGT---GAGTGAAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGC-ATCCAATAAATAGA-AGAAGACATCaaaaatataccatctcaataccatccttaaggaaaga
gi|7 : TTT-------TCTGT---------AA---C-------C------------------TT-----AC--------------------TGG------AAACT-TCTAG--AGAATGAA-TG-TAAATAGTAGAAGTATGCCAGA-AA---CG---ATGAATGCGC-A------------------GAGAAAATTCG--G------TCAAC-----------------------A--AAAA-TCACGGA-TTTTAT-TGGGTTTACCCGTGTTTAATAA--------TCAG-ACA----GAA-AA--A-TATTT----TTATATCTTA---C----------AT----A------G----T-G--A------TTATGA-T-GC-A----AATTAAA--G-CA-A-----A-AT--CTGTA----AT-G-----AATCACAA----GT-A---TAC-A---------TGTATAT--ACA-----ATTCA-TATATGCTCT-----A-AG---T--T-CC-----------T-T-A----A-T-T--GAAAAG------T---ATGACTT-T-GAAAC-GAT-C-T---T-G-ACACA-AG----AG---C-AAGACACGCGA---C-A---AC----CACCTTT--CTAT---GTTTCAAAA----GAATG--------T-GT--------A-----C-------ATT---CT------GTGGTTGCTG-----T----AT------ACA--AAACATCACATCTCCATGC-TCCCGGTGctaagcaaa
gi|8 : TGTGC-AAAAC-TTTTAAATTATCAAAGAAAATCTT--G------TCTATC-TTTTTAGTATTACAATTGTAAA--TATA-T-----AATCTCGT-CAAGTTTACTAGCGTTCATTAA--TTCTGCTATG---------TA-AA--A--ACAGTGGGAAATGTGTT----C----------AT----ATATAATG----T-G--A------TTAAGC-T-GC-A----AATTATG--T-AA-A-----A-NN--NNNNN----NN-N-----NNN----N----NN-N---NNN-N---------N---NNN--NNN-----NNNNN-NNNNNNNNNN-N-NNN-NN---------AAGGT----CT-T-T-G----A-TTT--GAAA-----------------TT-C-AAAAG-GG--T-G---C-A-ACACA-AA----AA---C-AAGAACTGTGA---T-G----C-T--CGCATTT--TTGT---GTGTCAAAA----GACTG--------T-AT--------ATTATAC-------ATT---CT------ATA------G-----CTGTTGTCA----ACA--AAATATAACATTTCAATGT-GTCCAATAAATAGG-AGAAGA-ATC
gi|9 : GACGTATATCCACGCGC-CAAAA-TATAAAATTGTCAGAAG---TTCG--G------ACTAC---T-------------------G--TACA-T-----G-TAT-AT-T----TTAC--GTATTT--TA----TCTGCTTT--ACA------A-AA--A-GACAG----AAATATCTT----C----------AT----A------GATCAT-G--T------TTATGC-T-GC-C----ACTTAGG--A-CA-A-----A-AT-----------AT--------CT---------GT-A---T-----------------TAA--ATC-----ACTTATTAA--------A-TGA-AAT--T--T-CAAGGT----CCAA-T-G----G-TGT--GAAAAA----ATT---GTGACCTCT-AAACT-AA--T-T---T------------------------------------T-G---AC-A--GACT-------GT---GTGTCAAAA----GAAT-----------AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----TTTTGTGCACA--AAATATTTCATCTCGATGC-ACCCAAATAATGTG-AGAAAA-ATCcatctttaa
blockSeqs : A C G A TT AAACTTTACTTT CAATCACT CAGTATCAGTTTCTTGATACACCAACGCTATGGTG GGTGAA . CA GA GAA A A G T T G TAT G G A GAA CG TGACAT CTTTTTAGTATTACAATTGTAAATATATAA T C C AA TAAATACTATGC G CTG TGGG A CATAAATACGATATTCGATA A T A TATT AAAACCTTG C GTGTAATGAATCACAATGATATAATTTCATAACA AA ATGTAC T GCAGATCTAA G TATTTTGGGTCCATTT C C TTTT G T CA AAACAGT C C A AGC . AG CTT TCAT GAGC TACCTATATT TT TCC AATT TGTACCCTGTATAATATTAAATAGTTGTTTAT . T A A C
blockSeqs : T CC CCCTTTTC T AACTTATTACACTGGTATTA . . . . A . A A A . G . A . . CAG . . CAATAACCATATA T . C . TTGCAAGC . AT . G CATATACAATTATAGTGT . . . . TCAAATA . GTGTAATGAATCACAATGTATATAATTCA . ATGT . ACGACTGTAA . TCTTAAGGTCCT C . . . T . ATTAAA . . . CC . TT CG . CC CATTTACC C A . TGGGTGTATACTTACATTTTATAGTTTACAA . A . . .
blockSeqs : G GG TTATTTAC T CATCGTTATA . . . . A . C A A . A . A . . AAA . . AAAAATCACGGA C . C . CTGCAAAC . CT . G CATATATAATGTGA . . . . ACAAC . CTGTAATGAATCACAAGTATACATGTA . A . CCTGTTCTGA . TTTCAAGGTCCA . . . . A . GTT . . . CT . G AA . C CTGCCT . . . TGTATATTATACATTCTATAGCTGTTGTCA . C . . .
blockSeqs : . AACCTTAC . . . . A . A G A . A . T . . AGA . . CTTATACAATA C . C . CTGACAGC . A . A AATACATAATTAT . . . . ACAGG . AATCGCAAAACGGTACAGTGTACAAA . A . CCTGCTTTCA . TTTCGAGGTCA . . . . T . AGT . . . CA . G CG . T CATCTA . . . TTCATACATTAAGTTGTTGCCTATAT . A . . .
blockSeqs : . . . . A . C G C . A . T . . GAA . . TGTATAATA T . A . CTGTCAGA . A . A CATACATACTAT . . . . AACA . TAGTAACGAACCACAAATATATAC . G . TCTGTTCTAC . TTTAAAGTCTT . . . . G . AGG . . . CC . A CA . T TCACA . . . TGTATACATTCTACAGTTGTTGCAT . A . . .
blockSeqs : . . . . . . A G A . G . A . . AAT . . TGTACATG T . C . CAGACAGA . A . G CATACCTACTGA . . . . ACGA . TTTTACACTACAAGTAGATGTAC . A . TATATCCTCA . TACCTAGATTT . . . . T . ATT . . . CC . G AA . C TGACA . . . TGTGTACATTCTGTGGTTGCTGTAT . C . . .
blockSeqs : . A A . G . A . . TCA . . CATACAT C . C . ATACA . A . T TATACAGAGTGG . . . . ATAA . GTAATGCATTACAAGTACATTG . G . CCTAACTTA . TTTCTAGGTTT . . . . G . ATT . . . TC . G CA . C TGACA . . . CGAGTACTCCTACGGTTCTTGCTT . C . . .
blockSeqs : G T . T . T . . AGA . . GTTATC G . C . TTGCA . A . T CATAGATCATGT . . . . AAAA . TTGTAATAACTAGTATATAC . A . NNNNNNNNN . TTCTAGGTTT . . . . A . GTT . . . GC . A TA . T CGCT . . . TATACATTCTGTAGCTTTTGTGC . C . . .
blockSeqs : . C . A . T . . TAA . . TTTGTG T . T . TTACA . A . G TATAGTGATT . . . . ACAA . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A . TATGCTCT . TTCAAAGTTC . . . . A . AGT . . . CC . G CA . C AGCA . . . TGCTATGCATCCAATTACAT . G . . .
blockSeqs : . A . C . . AAA . . CTCATA T . C . CAGC . A . G ACATAGTGA . . . . ACAA . TTGTAGACAAAACACATG . A . TCCTCA . AAGGTCT . . . . A . AGC . . . TC . G TA . C TGCC . . . TGCAATCATTCTGTAGCAT . A . . .
blockSeqs : . G . T . . AA . . CTCATA T . T . CTGC . A . C CAAAGTGT . . . . GCAA . ATCTGTAT . N . AA . TTCC . . . . A . ACT . . . C . G CA . C TACA . . . TATTATATATTTGTAT . C . .
blockSeqs : . . C . . AA . . CTTACA C . . . ATGC . A . G CTGTGT . . . . TAAA . TATAT . C . A . T . . . . T . ATT . . . C . G AA . C CGAA . . . CCTATAGTTTTTACAG . C . .
blockSeqs : . . . C . . CCTATA . . . . ATGT . . . C AAATT . . . . ACAA . . . . . . . . T . AT . . . C . T CA . C CGAC . . . CCCAACATGTACCG . A . .
blockSeqs : . . . . ATATA . . . . . . ACAA . . . . AT . . . . . . . T . TT . . . C . G CA . T CATC . . . TGTAG . T . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . G . T . . . C . G T . C CAAC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . T . A A . C TGCT . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . CCA . . . . .
blockSeqs : . . A . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : A*** CTGCAGC****** A*** NCTGCTCTNA* TTTCNAGGTCT********** CC** *** **
originalCons : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--A-TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTGTTTATTAG--TTCTGCTCTG-ACA----GCA-AA--A-GACAG----AAATATGTT----C----------AT----A------G----T-G--T------TTATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-A---TAT-A---------C---TAT--ACA-----ATTTA-TANCTGCTCT-A-TGA-AA---T--T-CNAGGT----TT-T-T-G----A-TNT--GAAAAG----ATT---GTGACCT-T-GAAAT-GA--C-T---T-G-ACACA-AA----AA---C-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CACTTTT--CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
finalCons : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-G----------------TT-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--ATA---TC-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTGTTTATTAG--TTCTGCTCTGCAGC------A-AAA---GACAG----AAATATGTT----C----------AT----A------G----T-G--T------TTATGC-T-GC-A----AATTAAG--A-AA-A-----A-AT--TTGTA----AT-A-----ACT----A----GT-A---TAT-A---------C---TAT--ACA-----ATTTA-TANCTGCTCTNA-TGA-AATTTCNAGGTCT----------T-T-G----A-TNT--GAAAAG----ATT---GTGACCT-T-GAAAT-GACC--T---T-G-ACACA-AA----AA---C-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CACTTTT--CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---CT------GTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTTGAAAATACATACTTTTGTTTCCAGTAAAACAAAATGACTTCATGAAAAAAATTTCAAAACTATAGGAATTGGTCTTCATAGATCAAAGTAGGATATTATTTTGAATTTACCACCCTCTCGGTGCCATTTTGTATGCTCTACCTCGGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 22222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 555555555555555555555555555555555555555 333 555555555555555555555555555555555555 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 1111111111 1111 333333333333333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 1 1 1 1 11 3333333333333 66666666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666666 0 5 77 77 8888888 3 1 1 3 1 555 2 2 2 777 33 777777 888888888888888888888888888888888888888 1 2 00 3 555 2 33 0 3 5 2 000 66666 0 444444444444444444444444444444444444 4444 777777 2 2 2 5555 00 88888 2 777 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 777777 3 1111111 0 1111111111 2 4 4 2 3 33 8888888888 2 2 2 33 22 0000 2 333333333333333 22 2 555 4444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 3 2 2 7
lowQualScore : . . . . .. ............. ........ ...................................................................... ...... . . .. .. ....... . . . . . ... . . . ... .. ...... ....................................... . . .. . ... . .. . . . . ... ..... . .................................... .... ...... . . . .... .. ..... . ... . ....................................................... ...... . ....... . .......... . . . . . .. .......... . . . .. .. .... . ............... .. . ... .... .............................................................................. .. . . . .
lowQualScore : 0 0 0 2 22 8888888888888 88888888 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444 7 7 99 99 4444444 1 4 0 3 2 444 0 9 7 555 77 777777 111111111111111111111111111111111111111 5 7 55 0 000 9 99 9 4 0 5 222 44444 9 000000000000000000000000000000000000 5555 222222 4 4 4 0000 22 88888 5 666 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 8 8888888 1 0000000000 2 4 4 2 2 11 5555555555 2 2 2 11 77 3333 0 111111111111111 99 0 222 0000 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 3 5 7 3
consensus : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-GT----------------T-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--AT-C-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTG---TTTA-TTAG--TTCTGCTNTG-C-A---AAA--A-GACAGAAATATGTT-----------CAT----A----------G------T-G--TTT------ATGC-T-GC-A----AATTAAGA-CAA-----A-AT--TTGTA-AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---C---T---ATA--CA-----ATTTATANCTGCTCTAATGAAAT-T-TCNAGGT-C--------T-T-T-GA-TNT--GAAAAGA----TT---GTGACCT-T-GAAATGAC-CT--TGACAC-AAA----AAC-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CA--CTTTT-CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---C------TGTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
Reference ( family-902 ) : NNNTTGAGNAGGCNAATNCTTCTTTCTAATATGATCTGATANCC---CTCT--TT-CATTT-------TATGT---------CA---T-------C-GT----------------T-----AT---A----------------TGA------AAACT-TCCAA--A--AT--AT-C-TAAGTAGTAGAAGTATGACAGA-AATGACG---ATCAATGNGC-AAAAA-TCTAAAATTATCAGAGGAAATTCG--G------TCTACC-TT-------------------A--TACA-T-----A-TCTTAT-TGAGTTTGCCAGTG---TTTA-TTAG--TTCTGCTCTG-C-A-GCAAA--A-GACAGAAATATGTT-----------CAT----A----------G------T-G--TTT------ATGC-T-GC-A----AATTAAGA-AAA-----A-AT--TTGTA-AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---C---T---ATA--CA-----ATTTATANCTGCTCTNATGAAAT-T-TCNAGGT-C--------T-T-T-GA-TNT--GAAAAGA----TT---GTGACCT-T-GAAATGAC-CT--TGACAC-AAA----AAC-AAGAACCGCGA---C-G---AC-A--CA--CTTTT-CTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------C-AT--------A-----C-------ATT---C------TGTA------G-----C----AT------ACA--AAATATNACATCTCAACGC-GTCCAATGAATATG-AGAAGA-ATC
gi|1 : TTGAGCAAATAAATTTTTCTTTTTAATATGATCTGATAACC---CACT--TC-AGTTT-------TATAT---------CA---TTATGCACC-GTGATATAGCACTGTTTTT-----AT---A----------------TGA------AAAATGTTCAA--A--AA--ATTC-TAAGCAGTAGAAATGGGATTGA-ATAAATG---ATCAATATAA-TAAGG-CCTATCTTTATTACTGGGAATTTG--G------TCTGCT-T-------------------------CA-T-----A-TCTT------GTTTAC-----------A-TTGG--CTCTGCTCCT-C-A---AAC--A-GACTGAGGTATGCT-----------CTTACTCA----------G------T-G--TTT------ACA--T-AC------AATTTAGA-AAA-----A-AT--ATTTA-AT-ACGCCTACA----A----GT-ATG-------------T---ATA--CA-----ATT
gi|10 : agtaaaatacaacttttgtgtcctctcttgaaaatcttaaagtactaacttttgtctccagtagaacaaaatcataccaagtcaagatgtcaaaaactacttacaggaataagtcgtaactggcagaagtaacaaagtataatgatactgcatgatattttgaacttactaaatctcgtgaggccattttagatgctcgactccaaatcattattttagggaaaactAAGTAAAAAAAG-ATGTCA-A-AATGACA---A-------GT-AAAAA-TCTGAAATGATTAGAGGAAATTTG--G------TATATG-TT-------------------A--T-C----------TCTTAC-AGAATTTGCCAGCA---TTTA-TTAG--TTCTGCTCAG-C-A-G--AA--A-GACAGAGCT-TAGT-----------C-T---------------G------T-G--TTT------TTAT-T-GC-A----AATTAGG---AT-----A-AT--TTA-A-AT-C-----ACT----G----GT-GTaa
gi|10 : agcattattatttgta--------T-T-T-GG-TAT--AAAAAGA----TT---GTGACCT-T-GAACTAAC-TTTATAACAT-ATA----AAG-AAGAAAGGTGA---C-----AT-C--CA--CTTTT-TTGT---GTGTCAAAA----GAATG--------ccttttggtataaaaagattgtgaccttgaactaactttataacatataaagaagaaaggtgacatccacttttttgtgtgtcaaaagaatgttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|11 : agcattattatttgtaaagtaaaaaaagatgtcaaaatgacaagtaaaaatctgaaatgattagaggaaatttggtatatgttatctcttacagaatttgccagcatttattagttctgctcagcagaaagacagagcttagtctgtgtttttattgcaaattaggataatttaaatcactggtgtcctCTACTTTG-C-AAGCAAA------CAAAAATATGTC-----------CAT----A----------AATACGAT-A--TTCGATATCATGC-A-GC-A----AATGAAGA-CAAC----A-ATAATCGCA-A--A-----AC-----G----GT-ACAGTGT-A---CAAAT---ATAAACA-----ATTTATAAAAGCTTTAAGGGACT-TCTCGAG--------------T-T-GA-ATT--GAAAAAAAACAGT---GTGACCT-T-GAAATGAC-CT--TGACAC-GAT----AAC-GGGAACTGCG-------------A--CA--TCTTT-TT-T---TTTTC---A----GGATGC-------C-AT--------A-----C-------A---------------A-----------------AT------ACGTTCAATATAACATCTCAACGC-GTCCAGTGAATATG-ttgttccaataaatatgacatgaatctatccttaaa
gi|12 : tcatacatgtatcccT------ATGT-TTGC-A----AATTTA-A-ACA-----A-AT--GTGTA-AT-G-----AATCAC-A----ATGATA---T-A---A---TTTCATAA-CATGTACATGTATATATATCCTCATGAAAT-T--CTAGGT-T--------T-TCT-GA-TTC--AAAAATG----TT---GTGACCT-T-G-AATGAC-CT--AGACGA-AAA----AAT-AAG-ACCATGA---C------C-A--CA--CTTTTCCTGTA--GTG--GAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGCAATC--ATAAATATGAAGAAGACATC
gi|13 : agtaaatttcacttaaatacatgcaaactggattaaaataaaattaTTTG-C-A-ATAAA--G-G-CAGAAAAATGTC-----------CAT----A----------CATAC--T-A--TTC------ATGC-T-GC-A----AATTAGAA-CAG-----G-AG--TTTT---------------------------TA---C-A---C--------TA--CA-----A---GTAGATGTACTAATGTAAT-C-TTAAGGTCC--------T-C-T-GG-TAT--GAAAAGA----T-------ACC--G-GTAGTGAC-TT--TGACTC-GAA----AAT-AAAACTCACGATACC-T---AT-ATTCA--CT-----TGC---GTGTCCAAA----AAACC--------C-A---------A-----C-------A------------TGTA------C-----C----G----------------GTTATATCTCAACGC-GTCCATTGGATATA-AGctaagcaaaactc
gi|14 : t---T---GTA--TA-----ATTTAGAGCAGATCTAACGAAATAT-TTTGGGT-CCATTTTCGT-T-T-TA-TTT--AAAACGA----GT---GTGACCA-T-GGAATAGC-AC--CAAAAC-AAATCATAA--AAGAATCAC-----CTG---CC-T--CA--CTTGT-C--------GT-------------------------------------------------------------TGTA------G------------------ACA--CGATATAACATCTCAACAT-ATTCAATGAATATA-AGAAGA-ATC
gi|15 : acatgaatgcaca--------T-T-T-GC-TGT---AAATGA----GG---GTGACCT-T-GAAATAGC-CT--TGACAA-AAAGAG-AGC-AAGAACCGCAA---C-G----C-T--CA--CTTTT-CTGC----TGTCAGAA----GACTG--------T-AT--------catcaaa
gi|16 : attttaaattaagttgtttttgttgttgttgtTGCAT-GC-A----TAT-AAGA-AAACCTTGA-AT--TAGTA-ACGA-----ACC----ACAA-AT-ATA---T-A---C-------ACA--GG-----ATTTACAACGACTGTAATGGAAT--------------------------GA-TTT--GTAAAG-----TT----TGACCT-CCGGAATGAC-CT--TGACAC-AAA----ATC-AAGAACTGCGA---C-ATTTAC-C--CG--CTTTT-CTAT---TTCTTAAAA----gaaataacatccaataaacacgagacgaacccgtccttaagtccttgttatatttgtaac
gi|17 : atacagtgatgagcCAGA-AATGATG---ATCAATGGAC-AAAAC-TTTCAGATCATCAGA-GAGATTTG--G------TTCACT-TT-------------------------G-T-----G-TCGTAT-TGA--CTGCCAGTG---ATTA-TTAG--TTCGGCTATA-C-A---AAC--A-AACAAAGGTTCATT-----------TAT----A----------G------T-GATTTT------AT---T-AC-A----AATTTAGA-CGA-----A-AT--TTGGA-AT-A-----A
gi|18 : --------T-T-T-CG-TGT--GGAGAAA----TT---GTTACCT-T--AAATAAAGCT--CAACAT-AAA----AACCAAGAACTATGA---A-G----C-A--AA--TTTCT-CTGT---GTGTCAAAA----GATTG--------T-AT--------A-----C-------ATT---CTACAGTTGTT------G-----C----AT------ACA--AAATATCACATTTCTACAT-ATCCAATAAATGTA-AGGGGA-ATCatcacatgtttttt
gi|2 : TTTCTAATATGATTCTATATTCAAACTTTACTT-TATTTCAATCACTATGTAACTTATTACA---C-------T-GG----------------T-----ATT--A----------------TGAGGTGAAAAAAT-TCTGA--A--AT--AC-C--AAGTAGTAGAAATATAACATATAATAGCG---ACC-ATGAGC-AAAAA-TCTAA------CA-AAGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCATCTGCGTTTGCCAAT----TTTA-TTAG--TTCTACTCTG-C----------A-AACAAACATATA--------------AC----A----------A------------TT------ATGC-T-ACAA----AATTAAcgccctt
gi|20 : gtaaaatatcaattcgtattccctagcttgtttcaaagatttgaaagtgtttagtttactcagtttcctctctagtaaaaggaaattacaagaagaaatgcttttaagatcatgggtataaattatgactgacaaaagtgacagaatataggatattttaaacttccctttatctaacaattctaaatgcactacaattaatgatgtcttttctaatatctaactaaattataggttgtAGA----TTAAAGTGACGT-T-GAACTAAC-TT--TTACAC-A--------C---GAATCGC-A---T-C---AC-A--CA--ATTTT-CTGT---G--TCAAAA----GAATAT-------T-AT--------A-----T-------ATT----------TGT------------------AT------AC---GAATA------------GC-ATCCAATACATATG-AGAAGA-ATCct
gi|21 : cacAAA--A-GACAGCAATAGGTT-----------CAT----ATACAATTATAG------T-G--TTT------GTGC-T-GC-A----GATTAGGT-CAA-----A--------TA-AC-------ACT----G----GT-A-A---T--------------TA--CA-----------------TCCAATGGAAT-T-TTAAGTTCC--------T-C-C-GG-TAC--CAAAAAA----TT---catccttagctgggatttatgttacgtaact
gi|22 : tttgtaGTAGTAGAAATATAACATA-TATAGCG---ACCAATGAGC-AAAAA-TCTAA------CAAAGGAAATTCG--G------TTTACC-T-------------------------CA-T-----A-TCTCAT-TGCGTTTGCCAATG---TTTA-TTAG--TTCTACTCTG-CAA-ACAAA--
gi|23 : ----AAT-GAGAACCGCAA---T-G---CC----CG--GATTT---GT---GTCTCAAAAAATTGAATGGGTGTATAC-TT--------A-----C-------ATT---T------TATA------GTTTA-C----AA------ACA--AAATGTAACATTTGAACCC-GTACAATGAATATG-AGAc
gi|24 : -C--------T-T-T-GG-TAT--GGAAGGA----TT---ATGAATT-T-GAAATGCC-CT--TGACAT-AAA----AAC-AAGAATCGTAA---T-----AC-A--CA--CGTCT-CTGT---GCATCAAAA-----------------C-CT--------A-----T-------AGT---T------TTTA------------C----AG------ATT--AAATATAACA
gi|25 : c-GACAGAAATATTTG-----------CAT----A----------CCTAC--T-G--ATT------ATGC-C-GC-ATATTAATTAAGA-TAA-----A-AT----GTA-AT-GCATT-ACA----A----GT-ACA---T-T---G---T---ATA--CA-----ATTTTTATCTGC
gi|26 : acccgttaaacacCAGA-AATAACT---ATCAATGTGC-AAAAAATCTC---TTATCAGAGGAAATTCGCGG------TCTATT-GT-------------------A--TA-A-T-----A-TC--AT-TGAATTAGCAAGTG---TTTG-TTAG--TTTTACTATG-T-A--CAA
gi|27 : CC----A----AT-ATA---TTA---C---T---GTA---G-----ATTTATGCCTGTTCTGATAAAAT-T-TCGAGGT-C--------A-T-T-AAGCAT--GGAAAGG----TT---GTAACCT-T-GAACTAAT-CT--TGCCAT--------AAC-AAGAA
gi|28 : TTT-CTGT---GTGCAAAAA----GAATT--------C-AT--------A-----C-------ATTAAGT------TGTT------G-----CCTATAT------GCC--AATTATCAAATCACAATGT-GTACAATAAATGTG-AGAAGA-ATC
gi|29 : GT---GCGTCAGAA----GAGCG--------A-GT--------A-----CTCCTACGGTT---C------T-T-------G-----C----TT------ATA--AAATATCAAATTTCGACGC-CAACAATAAATACG-AAAAGA-ATCtataatc
gi|3 : ttaTTGAGAAGGCCAATGCTTCTTTCCTATATGATCTGATACCC---CCCT--TTTCATTT-------TATGT---------CA---T-------C-GT----------------T-----AT---A----------------TGA------AAAAT-TCCAA--A--AT--AC-C-TACATAGCAGAAGTATGACAGA-A-TGTTG---ATCAATGTGC-AAAAA-TCTAAAACTACTGGAGGAATTTCA--G------TCTACC-TT-------------------A--TACAAT-----A-TCTTAT-TGAATTTGACAGTG---TGCA-TTAG--TTATGCTCTGAC-A-GCAAG--ATGACATAATTTTTTT-----------CAA----A----------G------T-G--TTT------ATGC-T-GC-A----AACTATGA-AAA-----A-AT--TTGTA-AT-A-----ACT----A----GT-ATA---T-A---C---T---GTA--CA-----ATTAATGCCTGCTTTCACAGAA--T-TCAAAGT-T--------C-T-T-GA-TAT--GAAAAGA----GT---GTGATAT-T-GAACTAA--CT--TGACACTTAA----AAC-AAGAACAAAGA---C-G---A--A--GATTTTTTT-CTGT---GTGTTAAGA----GAATG--------C-AA--------T-----C-------ATT---C------TGTA------G-----C----AT------ACA--TAATGTCGCATCTCAACAC-GTCTAATGAATGTG-AGAAGA-TTCcatcctta
gi|30 : aaaAGAGGTATGCCAGA-AATGATA---ATCAATGAGC-AAAAA-TTTAGAATTATCAGA-GAAATTCA--ATGACATTCTACC-TT-------------------------A-C-----A-TCTTAT-TGAGTTTAC
gi|31 : tg-AAGATCTGCGA---C-A---TCTA--CA----TTT-CTGT---TTGTCAAAA----GAATG--------T-ACCCTGTATAA-----T-------ATT---A------AATA------GTTGTTT----AT------ACA--AAATATGACATCTCAACG
gi|32 : ctAA-TATGAAATTTTCAGAGGGAATTCA--G--------------------------------------ATA-T-----A-CCTCAT-TGAATTTACCAGTG---TTTG-ATAG--TTTTACTTTG-C-A---AAA--A-GAC
gi|33 : acatgtagt------TGTT------G-----C----AA------GCA--AAATATAACATCTTAGTGG-GTCCAGTGAATGTG-AGAAGA-GT
gi|4 : agtTTTCTGGTATGATCTGATAGGC---TTAT--TTACATGT--------ATGT---------CAGTAT-------CAGT----------------TTCTTGAT---ACACCAACGCTATGGTGTGA------AAACT-TCCAA--A--AT--AT-TATCAGTCGTAGAAGTATGACAAA-AATTATG---ACCAATAAGTGAAAAA-TCTAATATTAAAAGAGAAAATTCG--G------TCTATC-CT-------------------A--TA-----------TCTGAC-TGAGTTTAGCAGTG---CTTA-TTAGAATTTTGTGCTGTC-A-GAAAC--A-GAAAGAAATATGTTAATA-------CAT----A----------A------TTA--TCT------TTTT-T-GC-A----A-TTAAGA-CAA-----G--T--TTGTAGAC-A-----A------A----AC-ACA---T-G-------T---ATA--CA-----AGTTATGCCTAA-CTTATGAGAA-T-TTAAAGT-C--------T-T-TTGA-TAA--AAGAACA----GC---ATGACCG-T-GAAATAAG-CT--CGACAC-AAA----AAC-AAGAACCACGA---C-G---AC----CA--CTTTT-CTCTTCCGTGT------------TG--------CTAT--------G-----C-------ATC---C------AATT------A-----C----AT------ACA--AAATGCCATATCTCAACAC-GTTCCGTGAATATA-AGAtcatccttaa
gi|5 : T----------------T-----AT---A----------------TAA------AAACT-TTCAACAA--AT---T-C-TGCATAGTAGAAATATGACAGA-AATAACA---ACCAATGTGC-AGAAA-TCTTCAATTATCTGAGGAAATT-G--G------TCTACCAAT-------------------AACCATA-T-----A-TCTTTT-TGTG-TTG--AGTG---TTTA-TTGA--TTTTACTATG-C-A---AAC--T-GACAGGAGTATGTT-----------TATACAGA----------G------T-G--GCC------ATGC-T-GC-A----AAGTAAGA-------------------------------------------T-ATA---T--------------TA--C-------TGTATATCTGTTCTACTGAAAT-A-CCTAGAT-T--------T-T-TCAA-TTTCAGGAAAGA----CT---GTGACCT-T-GAAATGAC-CT--TT---C-AAAT---AAC-AAGAAATATGA---C-----AT-C--CT--CTTTT-CTGT---GTGTCCAAA----AAA
gi|6 : aatgatttagaaaattaaattctttcttatatgattcaataccccttactttatcttatacatgtactattgtatttcttactgtgcctgtgttaataa-GT----------------T-----ATTAAA----------------TAA------AAACT-TCTAA--A--AA--AT-C-TA-TTAGAAAAA--ATGTTAGA-AATAAAG---ATCAATGTGC-AAATA-TCTAGAATGATCAAAGGAAATTTG--G------TCTACC----------------------A--TACA-T--------CTTAT-TCAATTTACTAGTAAATTTCACTTAA----ATACTATG-C-A----AACTG-GATAAAAATA----------------A-----A----------A------T----TAT------ATGT-T-GC-A----AATTTAAA-CAA-----A-AT--GTGTA-ATGA-----ATC----ACAATGT-ATA---T-AATTCA--T---ATA--CATGTACATGTATATATATCCTCATGAAAT-T-TCTAGGT-T--------T-TCT-GA-TTT--CAAATG------T---GTGACCT-T-GAAATGAC-CT--TGACAA-AAA----AAT-AAGGACC---A---T-G---AC-A--CA--CTTTT-CAGT---GAGTGAAAA----GAA--------------------------------------------------------------------------------A--AA-----ACATCTCAAAGC-ATCCAATAAATAGA-AGAAGACATCaaaaatataccatctcaataccatccttaaggaaaga
gi|7 : TTT-------TCTGT---------AA---C-------C--T----------------T-----AC--------------------TGG------AAACT-TCTAG--AGAATGAAT-G-TAAATAGTAGAAGTATGCCAGA-AA---CG---ATGAATGCGC-A------------------GAGAAAATTCG--G------TCAAC-----------------------A--AAAA-TCACGGA-TTTTAT-TGGGTTTACCCGTG---TTTA-ATAA--TC--------------------A-GACAGAAAAATATTTTTATATCTTACAT----A----------G------T-G--ATT------ATGA-T-GC-A----AATTAAAG-CAA-----A-AT--CTGTA-AT-G-----AATCACAA----GT-ATA---C-A---TGTAT---ATA--CA-----ATTCATATATGCTCT-------------AAGTT-C--------C-T-T-AA-T-T--GAAAAG------T---ATGACTT-T-GAAACGAT-CT--TGACAC-AAG----AGC-AAGACACGCGA---C-A---AC----CA--CCTTT-CTAT---GTTTCAAAA----GAATG--------T-GT--------A-----C-------ATT---C------TGTGGTTGCTG-----T----AT------ACA--AAACATCACATCTCCATGC-TCCCGGTGctaagcaaa
gi|8 : TGTGC-AAAAC-TTTTAAATTATCAAAGAAAATCTT--G------TCTATC-TTTTTAGTATTACAATTGTAAA--TATA-T-----AATCTCGT-CAAGTTTACTAGCG---TTCA-TTAA--TTCTGCTATG-T-A-AAAAC--A-GTGGGAAATGTGTT-----------CAT----ATATAAT----G------T-G--ATT------AAGC-T-GC-A----AATTATGT-AAA-----A-NN--NNNNN-NN-N-----NNN----N----NN-NNN---N-N---N---N---NNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------AGGT-C--------T-T-T-GA-TTT--GAAA------------------T-T-CAAAAGGG-TG--CAACAC-AAA----AAC-AAGAACTGTGA---T-G----C-T--CG--CATTT-TTGT---GTGTCAAAA----GACTG--------T-AT--------ATTATAC-------ATT---C------TATA------G-----CTGTTGTCA----ACA--AAATATAACATTTCAATGT-GTCCAATAAATAGG-AGAAGA-ATC
gi|9 : GACGTATATCCACGCGC-CAAAA-TATAAAATTGTCAGAAG---TTCG--G------ACTAC---T-------------------G--TACA-T-----G-TAT-AT-T----TTAC--GTA---TTT---TA----TCTGCTTTA-C-A---AAA--A-GACAGAAATATCTT-----------CAT----A----------GATCA--T-G--TTT------ATGC-T-GC-C----ACTTAGGACAAA-----ATAT--CTGTA-TT-A-----A--------------AT----C-A---C---T----TA-----------TTA----------AATGAAAT-T-TCAAGGT-C--------CAA-T-GG-TGT--GAAAAAA----TT---GTGACCTCT-AAACTAAT-TT--TGACA----------------------GA---C-------------------T-GTGT-----GTCAAAA----GAAT-----------AT--------A-----C-------ATT---C------TGTA------G-----C----TTTTGTGCACA--AAATATTTCATCTCGATGC-ACCCAAATAATGTG-AGAAAA-ATCcatctttaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATTTTGAAAATACATACTTTTGTTTCCAGTAAAACAAAATGACTTCATGAAAAAAATTTCAAAACTATAGGAATTGGTCTTCATAGATCAAAGTAGGATATTATTTTGAATTTACCACCCTCTCGGTGCCATTTTGTATGCTCTACCTCGGAT