lowQualScore : 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 111111 111111 5555555555555555555555555555 2222222222222222222222222 111111 2222222222222222222 222222222222 111111111 555555555555555555555555555555555555 111111111111111 222222222222222222222222222 11111 2 1111 111111111
lowQualScore : 3 6 3 8 3 666666 4 4 8 4 4 555555 5 0 5 5 5 2222222222222222222222222222 3 8888888888888888888888888 4 7777 3 0 3 55 333333 5555555555555555555 4 000000000000 222222222 44 3 77 44 444444444444444444444444444444444444 44 2 7 33 000000000000000 2 2 444 4 2 3 4 333 4 77 2 2 33 33 2 444444444444444444444444444 2 44 4 33 3 2 2 2 2 77 2 888 444 6 3 11111 3 77 3 9 6 7777 4 5 333333333
lowQualScore : . . . . . ...... . . . . . ...... . . . . . ............................ . ......................... . .... . . . .. ...... ................... . ............ ......... .. . .. .. .................................... .. . . .. ............... . . ... . . . . ... . .. . . .. .. . ........................... . .. . .. . . . . . .. . ... ... . . ..... . .. . . . .... . . .........
lowQualScore : 3 7 3 8 1 111111 0 0 2 0 0 555555 0 1 7 7 7 4444444444444444444444444444 5 1111111111111111111111111 0 7777 6 7 6 00 555555 3333333333333333333 4 111111111111 555555555 22 1 33 22 222222222222222222222222222222222222 22 5 5 44 777777777777777 5 5 111 7 2 3 4 999 4 55 5 5 44 44 7 333333333333333333333333333 5 55 7 11 4 2 4 4 4 99 9 555 444 2 1 99999 1 33 1 2 2 5555 0 0 777777777
consensus : ATAGAA-TA-GA-TAGAA-TAACTTTATTT----CCAAA-TTAGGG-CCTCATGGGGCAT-G-ACA------TAC-AACAC-TT-A-TGA-T-TACAC-CAC-CACACAACA---TA-TACATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGCA--A-ACAACATAG-CATGA----C-AAT-A--GA--C-AGAAT-TAACG--A--CAAACTN-TT-GTTCAGA--T--G-T-A--TAAC--CATA--AT-GGC-A--T--G---------AT--TACTAAA-T--C--AC-T--T--CAG-GTAGT-A-T--A-----A---------C-A-A---T-ATG-GAA-TGA---TGA-C--TAG-AT-TC--AT--TCA-G-A----ATA-GT----A-T--N-----AC-AA-T-A--TGGNA-TG-ATG-AC-T-AGAT-TC---ATTCAGA-T-AGTA-T-A-----AC-A--A-T-ATGGAA-TG---ATGA-CTAGAT-TCATTCA--G----ATAATAATAC
Reference ( gi|4 ) : ATAGAA-TA-GA-TAGAAATAACTTTATTT----C-AAA-TTAGGG-CCTCATGGGGCAT-G-ACA------TAC-AACAC-TT-A-TGA-TACACACACACACACACAACAC-ATA-TACATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGTA--A-ACAACATAG-CATGA----C-AAT-A--GA--C-AAAAT-TAACA--A--CAAACTG-TT-GTTCAGA--T--G-T-A--TAAC--CATA--AT-GGC-A--T--G---------AC--TACGAAA-T--C--AC-T--T--CAG-GTAGT-A-T--A-----A---------C-A-A---T-ATG-GAA-TGA---TGA-C--TAG-AT-TC--AT--TCA-G-A----ATA-GT----A-T--C-----AC-AG-T-A--TGGAA-TG-ATG-AC-T-GGAT-TC---ATTCAGA-T-AGTA-T-A-----AC-A--A-T-ATGGAAGTG---TTGA-CTAGAT-TCATTTA--G----ATAATAATAC
gi|2 : ATAGAAATG-AA-TAGAA-TAACTTTATTT----CCAAA-TTAGGG-CCTCATGGGGCAT-G-ACA------TACAAACA--TT-A-TGA-TTTACAC-CACA-ACAC-ACAT-ATA-TACATGTAATATAT-ATATTA--TATGTA--ACAC-ACATAGCCATGA----C-AAT-A--GA--CAAAAAT-TAAAC--A--CAACCTG-TT-GTTCAGAT-T--G-TAA--TAAC--CAT---AT-GGC-A--T--G---------AT--GACTAAATT--C--AC----T--CAG-GTAGTAA-T--A-----A---------C-A-A---T-ATG-GAA-TGA---TGA-CT-TAG-A--TC--AT--CCACGCA----ATA--T----A-C--T-----AC-AG-T-A--TGGGA-TG-ATGAAC-T-GGAT-TC---ATTCAGA-T-AGTA-T-A-----AC-A--A-T-ATGGAA-TG---TTGA-CTAGAT-TCATTTACGA----ATAATAATAC
gi|16 : tagATAGAG-TACAA-TAGAGTT---TTTTTTC----C-AAA-TTAAGC-CCTCGTGGGACAT-G-GCA------TAC-aaaaaaatattatatatttattatacatatgatggttcgattccctctcaacaacaaatttctctgaataaggatttacccagtataagtcaagttaagttaagccaa
gi|1 : acagttTAGAA-TA-GA------ATAACTTTATTT----C-AAA-TTAGGGACCTCATGGG-CATTG-ACA------TAC-AACAC-TTGA-TGA-T-TACACGCACACACACATTA----A-T-CATGTA--ATAN-NNNNNN--NNNNNN--N-NNNNNNNNN-NNNNN----N-NNN-N--NN--N-NNNNN-NNNNN--N--NNNNNNN-NN-NNNNNNN--N--N-N-N--NNNN--NNNN--NN-NNN-N--N--N---------NN--NNNNNNN-N--N--NN-N--NAACAACATAGC-A-T--G-----A---------C-A-A---T-A---GAC-AGA---TTA-CAACAA-AC-TCTTGT--TCA-G-A----ATT-GTTATAA-T--C-----AT-AG-------GCAT-TG-ATG-AC-T-AAAT-TTG--ACTCAGG-T-AGTA-TTA-----AC-A--T-G-ATGGAATTG---ATGATCTAGAT-TCATTCA--G----ATAA
gi|5 : TAGAA-TA-GAATAGAA-TA-CTTTTTCT----C-AAA-TTAGG---CT-GTGGG-CAT-G-ACAA-----TAC-A-CAC-TT-AATGA------ATACAT-CGCACAACACTATAATACATGTAA-ATAT-ATAT-A--TATA-A--A-ACAA--TAG-CATGA----CAAATGA--GA----AAGAT-TAAC---A--CAAACTG-TT-GTCTAAT--T--G-T-A--TAAC--CAGT--AT-GGC-ATGT--G---------AC--TA--AAT-T--C--AC-T--C--AGG-GTAGT-A-T--A-----A---------C-AGA---TGATG-GAA-TGA---TGA-C--TAG-AT-TC--AT--TAA-G-A------A-AT----A-T--A-----AC-AA-T-A--TGGGA-gtatcagtatgagaggatgactagattcattcagataagtataacagtatggaattgatgactagatccattaagaaaatataacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|10 : TAGAACTA-AA-TAGAA-TAATTTTATTT----T-AAAAGTAGGG-CCCAATGGA-TAT-G-ACA------TAC-AGCACTTT-A-TGA-T-----------TACACAA------A-TATATGTAA-A------------------------AACATAG-CATGA----C-AGT-G--GA--C-AGAAT-AAAC
gi|7 : AGAA-CA-GAATAGAA-TGATTTTATTT----CCAAA-TTAGGG-CCCCATGGGGCAT-T-GCA------AAC-AACAC-TT-A-TGA--ATGCAC-----------------T--TTCATATAA----------TA--TGTGT---A-CCAGTATAG-CATGA----C-ATT-A--GG--C-AGAAT------------AAACTC-TT-GTTCAGA--T--t
gi|15 : gAATAACTTTATTT----CCGAA-TTTTGG-TCTCATGTGGCAT-G-ACA------TAC-AACAC-TT-A-TGATTACAtgacattgtataa
gi|18 : agAATACCTTTACTTTTTCC-ATA-AGAGGG-CCTCATGGGGCAT-G-ACA------
gi|19 : tacatacTTATTT----CCAAA-TTAGGG-CCTCAT--GACAT-GTACA------TAag
gi|9 : TTC----C-AAA-TTAGGG-TCTCATGGGGCAT-G-ACAAACATTTAC-AACAC-TT-A-TGA-T--------------------------TAC--GTAA-ATAT-AT-TTA--TATGC---A-ACAACATAG-CATGA----C-AGT-AATGA--C-AATAT-
gi|3 : TGTCA-ATATCAGATTAGGTAAGCAGTA-ACAACATGG-CATGATGAAC-ATT-A--GG------AGTCTCACG--AGACGAA--GCTT-GTTCAGA--------------AC--AATAT-AT-GGC-A--T--GGATAGCTAGAC--TAT-AGA-TGGT--AC-TGAT--CAG-ATAGA-A-T--G-----AGTATCATCCC-A-AATTC-ATG-GCA-TGA---TGCTC--TAGGAT-TC--ATCTTCA-G-A----TAA-GT----A-TA-C-----AC-AA-T-A--GGCGA-TG-ATA-AT-A-CGAT-AC---ATTCAGA-T-AGTA-T-ATCACTAC-A--A-T-ATGAGCATGACACTAA-ATAGATACCATTCC--G----ATAGTAGTggaatgatgactagattcattcag
gi|11 : T-ATAT-A--TATGCA--A--CAACATAG-CATGG----C-AGC-A--GA--C-ATAAT-AAACA--------------T-GTTCAGAT-T--G-T-ATTTAA---CATT--AT-AGC-A--T--G---------G---TA------------AC-T------------GT-A-T--A-----A---------C-A-A---T-ATG-GAA-TTA---TGA-C--TAgacacacattgcatgatgactaaatctcattcagatagtatattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|1 : catacaagact--A-ACAACATAG-CATGA----C-AAT-A--GA--C--AGAT-T-ACA--A--CAAACTC-TT-GTTCAGAATT--GTT-A--TAAT--CATA-----GGC-AT-T--G---------AT--GACTAAA-T--TTGAC----T--CAG-GTAGT-ATT--A-----A---------C-A-T---G-ATG-GAATTGA---TGATC--TAG-AT-TC--AT--TCA-G-A----TAA-GT----A-T---------C-AG-T-A--TGAGA-GG-ATG-AC-T-AGAT-TC---ATTCAGA-TAAGTA-T-A-----AC-A--G-T-ATGGAATTG---ATGA-CTAGAT-CCATTAA--G----AAAATAt
gi|12 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAG-TATAA----C-AAT-A------T-GGAAT-TAATG--A--CATA-TA-TTCATTCAGA--TA-G-T-A--TAGC--AAGT--AT-GGC-A--C--G---------A---TACTAGA-T--taacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|6 : agataaatgtaagaaaatggaatgatgactagattcactgata----C-AAT-A--GAGGT-AGAAC--AACATAA--AAAACTC-TT-GTTCAGA--TT-A-T-A--TAA------A--A------A--T--G---------AT--TA--AAT-T--C--AG-T--T--CAG-GTAGT-A-T--A-----G---------C-A-G---T-ATG-G-A-TGA---TGA-C---AT-AT-TC--AA--TCA-ATA----ATATAT----A-T--TAACAAAC-AA-T-A--TGGTA-TGAATG-AA-TAAGAT-TCCTTATTCAAA-C-A-CA-T-A-----AT-ATTG-T-TTGGAAATG---TT
gi|13 : TTCAGA--T--G-T-AA-TAAC--AATA--A--GGA-A--T--G---------AT--GACTAAA-TT-C--A--T--T--CAG-GTAGT-A-T--A-----A---------C-A-A---TAATG-GAA-TGG---TGA-C--TA
gi|3 : tatggtatgatgactagattcaTTCAGA--TAAG-T-A--TA----CACA--ATAGGCGA--T--G---------ATAATACGATA----C--A--T--T--CAG-ATAGT-A-T--ATCACTA---------C-A-A---T-ATGAGCA-TGACACTAA-A--TAG-ATACC--AT--TCC-G-ATA--GTA-GT----G-A--C-----AC-A--C-A--TTGCA-TG-ATG-AC-T-AAATCTC---ATTCAGA-T-AGTA-T-ATT---AC-A--A-T-
gi|11 : tgtcaatatcagattaggtaagcagtaacaacatggcatgatgaacattaggagtctcacgagacgaagcttgttcagaacaatatatggcatggatagctagactatagatggtactgatcagatagaatgagtatcatcccaaattcatggcatgatgctctaggattcatcA--T--A-T-G--CAACAACATAGCAT-GGC-A--GCAG---------ACA-TAATAAA----C--ATGT--T--CAG-ATTGT-A-TTTA-----A---------C-A-T---T-ATA-GCA-TGG---TAA-C--T-----------------------------GT----A-T--A-----AC-AA-T-A--TGGAA-TT-ATG-AC-T-tgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|12 : catacaagacttatatA--AT-GGA-A--T--G---------AT--GACTAGA-TT-C--AC-TGAT--AA---TAGT-A-T--A-----A---------C-A-A---T-ATG-GAATTAA---TGA-CA-TAT-AT-TC--AT--TCA-G------ATA-GT----A-TAGC-----A--AG-T-A--TGGCA-CG-AT--AC-T-AGAT-at
gi|13 : agataaatgtaagaa--AT-GGT-A--T--G---------AT--GACTAGA-TT-C--A--T--T--CAG-AT-GT-AAT--A-----A---------C-A-A---T-AAG-GAA-TGA---TGA-C--TAA-AT-TC--AT--TCA-G------GTA-GT----A-T--A-----AC-AA-TAA--TGGAA-TG-GTG-AC-T-
gi|12 : tAAT-G-T--A-----A---------G-A-A---A-ATG-GAA-TGA---TGA-C--TAG-AT-TC--AC--TGA-T-A----ATA-GT----A-T--A-----AC-AA-T-A--TGGAATTA-ATG-ACAT-ATAT-TC---ATTCAGA-T-AGTA-T-A-----GC-A--AGT-ATGGCA-CG---AT-A-CTAGAT-a
gi|9 : agataAGT-AAT--G-----A---------C-A-A---T-ATG-GAA-TGA---TGA-C--TAG-AT-TC--AT--TCA-G-
gi|5 : ttccaaattagggtctcatggggcatgacaaacatttacaacacttatgattacgtaaatatatttatatgcaacaacatagcatgacGT-A-T--A-----A---------CCA-G---T-ATG-GCA-TG----TGA-C--TAA-AT-TC--AC--TCA-G-G----GTA-GT----A-T--A-----AC-AGATGA--TGGAA-TG-ATG-AC-T-AGAT-TC---ATTAAGA---AATA-T-A-----AC-A--A-T-ATGGGA
gi|8 : tagaatagaatagaatactttttctcaaattaggctgtgggcatgacaatacacacttaatgaatacatcgcacaacactataatacatgtaaatatatatatataaaacaatagcatgacaaatgagaaagattaacacaaactgttgtctaattT-A-T--AT----A---------T-A-A---T-ATG-GTA-TGA---TGA-C--TCG-AT-TC--CT--T
gi|13 : a---T-ATG-GTA-TGA---TGA-C--TAG-AT-TC--AT--TCA-G-AT---GTA-AT----A----------AC-AA-T-A--AGGAA-TG-ATG-AC-T-AAAT-TC---ATTCAGG-T-AGTA-T-A-----AC-A--A-TAATGGAA-TG---GTGA-CTAatttaacatataatattgttcgacattttttgtttgtttgaacttaatgaatgttcaacaaatttctctgaataaggatttaccaatataagttaagttaaatgttgagc
gi|17 : TG-GCA-TGA---TGA----TAG-AT-TC--AT--TCA-G-ACTTCATA-AT----A-------------AA-T-AATTGAGA-TG-ATG-AC-T-
gi|5 : -A----ATT-GT----A-T--A-----ACCAG-T-A--TGGCA-TG--TG-AC-T-AAAT-TC---ACTCAGGGT-AGTA-T-A-----AC-AG-A-TGATGGAA-TG---ATGA-CTAGAT-TCATTAA--GAAATATAACAATAaa
gi|9 : tagaatagaatagaatactttttctcaaattaggctgtgggcatgacaatacacacttaatgaatacatcgcacaacactataatacatgtaaatatatatatataaaacaatagcatgacaaatgagaaagattaacacaaactgttgtct----ACA-GT----AAT--G-----AC-AA-T-A--TGGAA-TG-ATG-AC-T-AGAT-TC---ATTCAGtggga
gi|13 : ttccaaattagggtctcatggggcatgacaaacatttacaacacttatgattacgtaaatatatttatatgcaacaacatagcatg-T-A--TGGTA-TG-ATG-AC-T-AGAT-TC---ATTCAGA-T--GTAAT-A-----AC-A--A-T-AAGGAA-TG---ATGA-CTAAAT-TCATTCA--G----GTAGTA
gi|17 : --TGGCA-TG-ATG-A--T-AGAT-TC---ATTCAGA-C-TTCA-T-A-----ATAA--A-TAATTGAGATG---ATGA-CTAtaacaataatggaatggtgacta
gi|9 : GA-C-AGTAAT-G-----AC-A--A-T-ATGGAA-TG---ATGA-CTAGAT-TCATTCA--G----a
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATATATGGTATGATGGCTCGATTCCTTATTTAACATATAATATTGATCGAATTTTTTTTGTTTCAACTTAATGAATGT
Alignments
lowQualScore : 1 1 111111 1 7777777777777777777777777 2222 2222222222 3333333333 111111111111 222222222222222222222222222222222222 111111111 222222222222222222222222 11111 1
lowQualScore : 0 5 5 4 1 777 3 2 3 3 444444 5 0 5 777 0 8888888888888888888888888 5 1 999999999 3333 0 4 55 4 7777 3 3 55 6666 8888888888 66 7777 1111111111 4 4 66 888888888888 4 4 999999999999999999999999999999999999 2 3 3 3 6 333333333 3 55555 3 3 6 3 6 3 3 44 3 888888888888888888888888 3 1 3 4 777 4 99 4 4 4 777 99999 4 8 00000 99 4 4 4 8 777 1 99
lowQualScore : . . . . . ... . . . . ...... . . . ... . ......................... . . ......... .... . . .. . .... . . .. .... .......... .. .... .......... . . .. ............ . . .................................... . . . . . ......... . ..... . . . . . . . .. . ........................ . . . . ... . .. . . . ... ..... . . ..... .. . . . . ... . ..
lowQualScore : 0 0 0 4 8 000 6 0 6 6 111111 0 0 0 555 1 7777777777777777777777777 0 4 222222222 2222 7 0 55 0 7777 6 6 00 1111 9999999999 11 8888 9999999999 4 4 11 000000000000 0 0 555555555555555555555555555555555555 5 6 3 3 7 333333333 3 66666 6 1 2 1 2 3 3 66 6 888888888888888888888888 6 0 6 0 000 0 00 0 0 0 000 11111 0 0 00000 55 0 0 0 0 888 4 22
consensus : ATAGAA-TA-GAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T-TACAC-C--AC--ACACA-ACA--TATA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGCA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-TAAC---A--CAAAC--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G---------AT--NAC-TA--AA-T--C--A-CT--TCAGGTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C-TA-G-A-TTCAT--TCA-G-A-A--TA-GTAT-----A-----ACAATATG-GGA-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAG-----AT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGACTAGAT-TCATT--CAGATAATAATAC
Reference ( family-8919 ) : ATAGAA-TA-GA-TAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T-TACAC-C--AC-CACACA-ACA--TATA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGCA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-TAACG--A--CAAAC--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G---------AT--TAC-TA--AA-T--C--A-CT--TCAGGTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C-TA-G-A-TTCAT--TCA-G-A-A--TA-GTAT-----N-----ACAATATG-GNA-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAG-----AT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGACTAGAT-TCATT--CAGATAATAATAC
gi|1 : -TA-GAATAGAA-TAACTTTA---TTT-CAAATTAGGGACCTCAT-GGGCATTG-ACA------TACAACAC-TTGA-TGA-T-TACACGC--A--CACAC--ACA--T-TAATCATGTAA-
gi|1 : --AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AG-AT-T-ACA--A--CAAAC--TCTTGTTCAGAATT-------GTT-A--TAA--TCA---TA---GGCATT-G---------AT--GAC-TA--AA-T--TTGA-C---TCAGGTA-GT-ATTA-A---------CA-T---G-ATGGAATTGATGATC-TA-G-A-TTCAT--TCA-G-A-T--AA-GTAT------------CAGTATG-AGA-GG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAG-----ATAAGTA-TA-----ACA--G-T-ATG-GAATTGA---TGACTAGAT-CCATT--AAGAAAATAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacatagcatgacaatagacagattacaacaaactcttgttcagaattgttataatcataggcattgatgactaaatttgactcaggtagtattaacatgatggaattgatgatctagattcattcagataagtatcagtatgagaggatgactagattcattcagataagtataacagtatggaattgatgactagatccattaagaaaatataacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|1 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGA--TAA-----G-T-A--TAA--CAG---TA--TGGAA-TTG---------AT--GAC-TA--GA-T--C--C-AT--TAAGAAA-AT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGTTGA-C-TATG-ATTTCAT--TTA-G-ATAATTA-ATAT-----A-----ATAATAtaacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|10 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacatagcatgacaatagacagattacaacaaactcttgttcagaattgttataatcataggcattgatgactaaatttgactcaggtagtattaacatgatggaattgatgatctagattcattcagataagtatcagtatgagaggatgactagattcaTAGAACTA-AA-TAGAA-TAATTTTA---TTTTAAAAGTAGGG-CCCAATGGA-TA-TG-ACA------TACAGCAC-TTTA-TGA-T-T------------ACACA-A-----ATA--TATGTAA-A-----------------------A-ACATA--G-CATGA----CAG-T-G--GA--C-AGAAT-AAAC
gi|11 : T-ATAT-A--TATGCA--A-CA-ACATA--G-CATGG----CAG-C-A--GA--C-ATAA--TAA----A--CA--------TGTTCAGAT-T-------G-T-ATTTAA---CA---TT-ATAGCA-T-G---------GT--AAC-T--------------------------GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TTATGA-C-TA-t
gi|12 : catacaagactA-AT-G-TA-A---------GA-A---A-ATGGAA-TGATGA-C-TA-G-A-TTCAC--TGA-T-A-A--TA-GTAT-----A-----ACAATATG-GAATTA-A---TG-ACAT-A-TAT-TC---ATTCAG-----AT-AGTA-TA-----GCA--AGT-ATG-GCA-CGA---T-ACTAGAT-t
gi|13 : agata---T-ATGGTA-TGATGA-C-TA-G-A-TTCAT--TCA-G-ATG--TA---AT-----A-----ACAATAAG-GAA-TG-A---TG-AC-T-A-AAT-TC---ATTCAG-----GT-AGTA-TA-----ACA--A-TAATG-GAA-TGG---TGACTA
gi|15 : AGAA-TAACTTTA---TTTCCGAATTTTGG-TCTCATGTGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T-TACA
gi|16 : ATAGAG-TACAA-TAGAG-T---TTTT---TTTCCAAATTAAGC-CCTCGTGGGACA-TG-GCA------TAC
gi|17 : acagttTG-GCA-TG-A---TG-A--T-A-GAT-TC---ATTCAGACTTCAT-AATA--A-----ATA--A-T--TG-AGA-TGA---TGACTA
gi|18 : -TA-CA-TACAA-TACCTTTACTTTTTCCATAAGAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------a
gi|19 : TTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCAT--GACA-TGTACA------TAag
gi|2 : ATAGAAATG-AA-TAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAA-ACATT-A-TGATT-TACAC-C--AC-AACACACATA--TATA--CATGTAATATAT-ATATTA--TATGT---AACACACATA--GCCATGA----CAA-T-A--GA--CAAAAAT-TAAAC--A--CAACC--TGTTGTTCAGAT-T-------G-TAA--TAA--CCA---T--ATGGCA-T-G---------AT--GAC-TA--AATT--C--A-C---TCAGGTA-GTAA-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-CTTA-G-A--TCAT--CCACGCA-A--TA--TAC-----T-----ACAGTATG-GGA-TG-A---TGAAC-T-G-GAT-TC---ATTCAG-----AT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGT---TGACTAGAT-TCATTTACGAATAATAATAC
gi|3 : tagTGTCA-ATATCAGATTAGGTAAGCAGTAACA-ACATG--G-CATGATGAACAT-T-A--G------GAGTCTCACG--AGACGAAG---CTTGTTCAGA-------------------A--CAA---TATATGGCA-T-GGATAGCTAGAC--TA--TA--GA-TGGT--A-CTGATCAGATA-GA-A-TG-AGTATCATCCCA-AATTC-ATGGCA-TGATGCTC-TA-GGA-TTCATCTTCA-G-A-T--AA-GTAT-----AC----ACAATAGG-CGA-TG-A---TA-A--T-ACGAT-AC---ATTCAG-----AT-AGTA-TATCACTACA--A-T-ATGAGCA-TGACACTAAATAGATACCATT--CCGATAGTAGTaaaaaaatattatatatttattatacatatgatggttcgattccctctcaacaacaaatttctctgaataaggatttacccagtataagtcaagttaagttaagccaa
gi|3 : --AACA-ATATATGG-CATGG------A-T-A--GC--T-AGA------CT--A--TAGATGGTACTGATCAGA--TAGAATGAG-T-A--TCATCCCAAATTC-ATGGCA-T-G---------ATGCT-C-TAGGAT-T--C--ATCT--TCAGATAAGT-A-TACA---------CA-A---T-AGGCGA-TGATAA---TACG-A-TACAT--TCA-G-A----TA-GTAT-----ATCACTACAATATGAGCA-TG-ACACTA-AA-T-A-GATACC---ATTCCG-----AT-AGTAGTG-----ACAC-A-C-ATT-GCA-TGA---TGACTAAATCTCATT--CAGATAGTAgacacacattgcatgatgactaaatctcattcagatagtatattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|4 : tgtcaatatcagattaggtaagcagtaacaacatggcatgatgaacattaggagtctcacgagacgaagcttgttcagATAGAA-TA-GA-TAGAAATAACTTTA---TTTC-AAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-TACACACAC--ACACACACA-ACACATATA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGTA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AAAAT-TAACA--A--CAAAC--TGTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G---------AC--TAC-GA--AA-T--C--A-CT--TCAGGTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C-TA-G-A-TTCAT--TCA-G-A-A--TA-GTAT-----C-----ACAGTATG-GAA-TG-A---TG-AC-T-G-GAT-TC---ATTCAG-----AT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAAGTGT---TGACTAGAT-TCATT--TAGATAATAATACtattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|5 : TAGAA-TA-GAATAGAA-TA-CTTT----TTCTCAAATTAGG---CT-GTGGG-CA-TG-ACAA-----TACA-CAC-TT-AATGA-A-TACAT-CGCAC-AACACT-ATA---ATA--CATGTAA-ATAT-ATAT-A--TATA-A--AACA-A--TA--G-CATGA----CAAATGA--GA--A-AGA-T-TAAC---A--CAAAC--TGTTGTCTAAT--T-------G-T-A--TAA--CCA---GT-ATGGCA-T-G----------T--GAC-TA--AA-TT-C--A-CT--CAGGGTA-GT-A-TA-A---------CAGA---TGATGGAA-TGATGA-C-TA-G-A-TTCAT--TAA-G-A-----A-ATAT-----A-----ACAATATG-GGA-
gi|6 : ----CAA-T-A--GAGGT-AGAAC--AACATAA--AAAAC--TCTTGTTCAGA--TT------A-T-A--TAA---------A-A----A-T-G---------AT--TA---A--AT-T--C--A-GT--TCAGGTA-GT-A-TA-G---------CA-G---T-ATGG-A-TGATGA-C--A-T-A-TTCAA--TCA-ATA-A--TATATATTAACAA-----ACAATATG-GTA-TGAA---TG-AA-TAA-GAT-TCCTTATTCAA-----AC-A-CA-TA-----ATATTG-T-TTG-GAA-
gi|7 : AGAA-CA-GAATAGAA-TGATTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCCCATGGGGCA-TT-GCA------AACAACAC-TT-A-TGA-A-TGCAC-T-------------------TT--CATATAA----------TA--TGTGT---ACCA-GTATA--G-CATGA----CAT-T-A--GG--C-AGAAT------------AAAC--TCTTGTTCAGA--T-------atgtt
gi|8 : gT-A-TATA---------TA-A---T-ATGGTA-TGATGA-C-TC-G-A-TTCCT--Ttgacattgtataa
gi|9 : aTTCCAAATTAGGG-TCTCATGGGGCA-TG-ACAAACATTTACAACAC-TT-A-TGA-T-TAC------------------------------GTAA-ATAT-AT-TTA--TATGC---AACA-ACATA--G-CATGA----CAG-T-AATGA--C-Aatttaacatataatattgttcgacattttttgtttgtttgaacttaatgaatgttcaacaaatttctctgaataaggatttaccaatataagttaagttaaatgttgagc
gi|9 : A-T-G---------AT--TACGTA--AA-TA-T--A-TT--T---ATA--T-G-CA-A---------CA-A---C-ATAGCA-TGA---------------------CA-G------TA---AT-----G-----ACAATATG-GAA-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAG-----atatggaatgatgactagattcattcag
gi|9 : ttccaaattagggtctcatggggcatgacaaacatttacaacacttG-----AC-AGTAATG-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGACTAGAT-TCATT--CAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATATATGGTATGATGGCTCGATTCCTTATTTAACATATAATATTGATCGAATTTTTTTTGTTTCAACTTAATGAATGT
Alignments
lowQualScore : 111111 1 11111 666666666666666666666666 2222 11111111111111111111111 2222222222 111111111111 33333333333333333333333 111111111 222222222222 11111111111 111 1 11111 1111 1 1
lowQualScore : 4 1 777 3 2 3 3 444444 5 0 5 11111 0 222222222222222222222222 0 5 0 888888888 1111 0 3 55 3 7777 3 3 44 5555 99999999999999999999999 9999999999 4 4 55 666666666666 4 4 4 1 4 33333333333333333333333 8888 3 3 3 6 333333333 3 555 3 2 2 9999 5 3 3 44 44 3 6 333333333333 99999999999 3 7 4 777 4 4 4 4 4 222 4 2 00000 0000 4 4 2 777 4 0 77
lowQualScore : . . ... . . . . ...... . . . ..... . ........................ . . . ......... .... . . .. . .... . . .. .... ....................... .......... . . .. ............ . . . . . ....................... .... . . . . ......... . ... . . . .... . . . .. .. . . ............ ........... . . . ... . . . . . ... . . ..... .... . . . ... . . ..
lowQualScore : 4 8 000 6 0 6 6 111111 0 0 0 22222 1 111111111111111111111111 1 0 1 999999999 0000 7 6 00 6 1111 3 3 66 7777 11111111111111111111111 1111111111 0 0 55 888888888888 0 0 0 0 0 88888888888888888888888 5555 6 3 3 7 333333333 3 444 1 7 9 6666 7 1 1 22 22 3 7 999999999999 22222222222 6 3 0 000 0 0 0 0 4 222 0 0 00000 1111 0 0 0 888 4 0 99
consensus : ATAGAATAGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACAC-CAC-ACA-CA-ACA--TA-TA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGCA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-T-AAC---A-CAAA---C--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G-ATGA-CTA--AA-TC--A---------CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----A--TA-G-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGATAATAATAC
Reference ( family-8919 ) : ATAGAATAGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACAC-CAC-ACA-CA-ACA--TA-TA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGCA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-T-AAC---A-CAAA---C--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G-ATNA-CTA--AA-TC--A---------CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----A--TA-G-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGATAATAATAC
gi|1 : TAGAATAGAA-TAACTTTA---TTT-CAAATTAGGGACCTCAT-GGGCATTG-ACA------TACAACAC-TTGA-TGA-T---TACACGCAC-ACA-C--ACA--T--TAATCATGT-A-ATAN-NNNNNN--NNNNNN--NNNN-NNNNN--N-NNNNN----NNN-N-N--NN--N-NNNNN-N-NNN---N-NNNN---N--NNNNNNNNNNN--N-------N-N-N--NNN--NNN---NN-NNNNNN-N-N-NNNN-NNN--NN-NN--N---------NN--NNAACAACATA-GC-A-TG-A---------CA-A---T-A--GAC-AGATTA-CAACA-A-A-CTCTTGT--TCA-G-A----A--TT-GTTAT-----A-----ATCATA-GGC-ATTG-A---TG-AC-T-A-AAT-TTG--ACTCAGGT-AGTATTA-----ACA--T-G-ATG-GAATTGA---TGATCTAGAT-TCATT--CAGATAA
gi|1 : --AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AG-AT-T-ACA---A-CAAA---C--TCTTGTTCAGAATT-------GTT-A--TAA--TCA---TA---GGCATT-G-ATGA-CTA--AA-TTTGA---------C---TCAG----GTA-GT-ATTA-A---------CA-T---G-ATGGAATTGATGATC--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----T--AA-G-TAT------------CAGTATGAG-A-GG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGATAAGTA-TA-----ACA--G-T-ATG-GAATTGA---TGA-CTAGAT-CCATT--AAGAAAATAgtatcagtatgagaggatgactagattcattcagataagtataacagtatggaattgatgactagatccattaagaaaatataacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|1 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGA--TAA-----G-T-A--TAA--CAG---TA--TGGAA-TTG-ATGA-CTA--GA-TC--C---------AT--TAAG----AAA-AT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGTTGA-C--TATG-ATTTC--AT--TTA-G-AT---AATTA-A-TAT-----A-----ATAATAtaacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|10 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacatagcatgacaatagacagattacaacaaactcttgttcagaattgttataatcataggcattgatgactaaatttgactcaggtagtattaacatgatggaattgatgatctagattcattcagataagtatcagtatgagaggatgactagattcaTAGAACTAAATAGAA-TAATTTTA---TTTTAAAAGTAGGG-CCCAATGGA-TA-TG-ACA------TACAGCAC-TTTA-TGA-T---T---------ACA-CA-A-----A-TA--TATGTAA-A-----------------------A-ACATA--G-CATGA----CAG-T-G--GA--C-AGAAT-A-AAC---
gi|11 : T-ATAT-A--TATGCA--A-CA-ACATA--G-CATGG----CAG-C-A--GA--C-ATAAT-A-AAC---A--------------TGTTCAGAT-T-------G-T-ATTTAA---CA---TT-ATAGCA-T-G-GTAA-CT------------------------------------GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TTATGA-C--TA-t
gi|12 : catacaagactA-AT-G-TA-A---------GA-A---A-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AC--TGA-T-A----A--TA-G-TAT-----A-----ACAATATGGA-ATTA-A---TG-ACAT-A-TAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----GCA--AGT-ATG-GCA-CGA---T-A-CTAGAT-t
gi|13 : agata---T-ATGGTA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-AT---G--TA----AT-----A-----ACAATAAGGA-A-TG-A---TG-AC-T-A-AAT-TC---ATTCAGGT-AGTA-TA-----ACA--A-TAATG-GAA-TGG---TGA-CTA
gi|15 : AGAA-TAACTTTA---TTTCCGAATTTTGG-TCTCATGTGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACA
gi|16 : ATAGAGTACAATAGAG-T---TTTT---TTTCCAAATTAAGC-CCTCGTGGGACA-TG-GCA------TAC
gi|17 : acagttTGGCA-TGATGA----TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-ACTTCA--TA-A-TA------A-----ATAAT-TGAG-A-TG-A---TG-AC-T-A-
gi|18 : ATACAA-TACCTTTACTTTTTCCATAAGAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------a
gi|19 : tacTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCAT--GACA-TGTACA------TAag
gi|2 : ATAGAAATGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAA-ACATT-A-TGATT---TACAC-CACAACA-CACATA--TA-TA--CATGTAATATAT-ATATTA--TATGT---AACACACATA--GCCATGA----CAA-T-A--GA--CAAAAAT-TAAAC---A-CAAC---C--TGTTGTTCAGAT-T-------G-TAA--TAA--CCA---T--ATGGCA-T-G-ATGA-CTA--AATTC--A---------C---TCAG----GTA-GTAA-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-CT-TA-G-A--TC--AT--CCACGCA----A--TA---TAC-----T-----ACAGTATGGG-A-TG-A---TGAAC-T-G-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGT---TGA-CTAGAT-TCATTTACGAATAATAATAC
gi|3 : tagTGTCA-ATATCAGATTAGGTAAGCAGTAACA-ACATG--G-CATGATGAACAT-T-A--G------GAGTCT-CACGAGA-CGAA---G---CTTGTTCAGA-------------------A--CAA---TATATGGCA-T-GGATAG-CTA--GA-CT--ATAGATGGTACTGATCAG----ATA-GA-A-TG-AGTATCATCCCA-AATTC-ATGGCA-TGATGCTC--TA-GGA-TTC--ATCTTCA-G-A----T--AA-G-TAT-----AC----ACAATAGGCG-A-TG-A---TA-A--T-ACGAT-AC---ATTCAGAT-AGTA-TATCACTACA--A-T-ATGAGCA-TGACACTAA-ATAGATACCATT--CCGATAGTAGTaaaaaaatattatatatttattatacatatgatggttcgattccctctcaacaacaaatttctctgaataaggatttacccagtataagtcaagttaagttaagccaa
gi|3 : --AACA-ATATATGG-CATGG------A-T-A--GC--T-AGACT---------A-TAGA---TGGTACTGATCAGA--TAGAATGAG-T-A--TCATCCCAAATTC-ATGGCA-T-G-ATGCTCTAGGAT-TC--AT--------CT--TCAG----ATAAGT-A-TACA---------CA-A---T-AGGCGA-TGATAA----TACG-A-TAC--AT--TCA-G-A-------TA-G-TAT-----ATCACTACAATATGAGCA-TG-ACACTA-AA-T-A-GATACC---ATTCCGAT-AGTAGTG-----ACAC-A-C-ATT-GCA-TGA---TGA-CTAAATCTCATT--CAGATAGTAgacacacattgcatgatgactaaatctcattcagatagtatattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|4 : tgtcaatatcagattaggtaagcagtaacaacatggcatgatgaacattaggagtctcacgagacgaagcttgttcagATAGAATAGA-TAGAAATAACTTTA---TTTC-AAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-TACACACACACAC-ACA-CA-ACACATA-TA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGTA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AAAAT-T-AAC---AACAAA---C--TGTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G-ACTA-CGA--AA-TC--A---------CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----A--TA-G-TAT-----C-----ACAGTATGGA-A-TG-A---TG-AC-T-G-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAAGTGT---TGA-CTAGAT-TCATT--TAGATAATAATACtattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|5 : TAGAATAGAATAGAA-TA-CTTT----TTCTCAAATTAGG---CT-GTGGG-CA-TG-ACAA-----TACA-CAC-TT-AATGA-A---TACAT-CGC-ACAACA-CTA--TAATA--CATGTAA-ATAT-ATAT-A--TATA-A--AACA-A--TA--G-CATGA----CAAATGA--GA--A-AGA-T-T-AAC---A-CAAA---C--TGTTGTCTAAT--T-------G-T-A--TAA--CCA---GT-ATGGCA-T-G--TGA-CTA--AATTC--A---------CT--CAGG----GTA-GT-A-TA-A---------CAGA---TGATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TAA-G-A--------A-A-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-
gi|6 : ----CAA-T-A--GAGGT-AGAAC---AAC---A-TAAAAAAC--TCTTGTTCAGA--TT------A-T-A--TAA---------A-A----A-T-G-ATTA---A--AT-TC--A---------GT--TCAG----GTA-GT-A-TA-G---------CA-G---T-ATGG-A-TGATGA-C---A-T-A-TTC--AA--TCA-ATA----A--TATA-TATTAACAA-----ACAATATGGT-A-TGAA---TG-AA-TAA-GAT-TCCTTATTCAAAC-A-CA-TA-----ATATTG-T-TTG-GAA-
gi|7 : AGAACAGAATAGAA-TGATTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCCCATGGGGCA-TT-GCA------AACAACAC-TT-A-TGA-A---TGCAC-T------------------TT--CATATAA----------TA--TGTGT---ACCA-GTATA--G-CATGA----CAT-T-A--GG--C-AGAAT------------AAA---C--TCTTGTTCAGA--T-------atgtt
gi|8 : gT-A-TATA---------TA-A---T-ATGGTA-TGATGA-C--TC-G-A-TTC--CT--Ttgacattgtataa
gi|9 : aTTCCAAATTAGGG-TCTCATGGGGCA-TG-ACAAACATTTACAACAC-TT-A-TGA-T---TAC-----------------------------GTAA-ATAT-AT-TTA--TATGC---AACA-ACATA--G-CATGA----CAG-T-AATGA--C-Aatttaacatataatattgttcgacattttttgtttgtttgaacttaatgaatgttcaacaaatttctctgaataaggatttaccaatataagttaagttaaatgttgagc
gi|9 : GAC-AGTAATG-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGatatggaatgatgactagattcattcag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATATATGGTATGATGGCTCGATTCCTTATTTAACATATAATATTGATCGAATTTTTTTTGTTTCAACTTAATGAATGT
Alignments
lowQualScore : 111111 1 11111 666666666666666666666666 2222 11111111111111111111111 2222222222 111111111111 11111 22222222222222222 111111111 222222222222 11111111111 111 1 11111 1111 1 1
lowQualScore : 4 1 777 3 2 3 3 444444 5 0 5 11111 0 222222222222222222222222 0 5 0 888888888 1111 0 3 55 3 7777 3 3 44 5555 99999999999999999999999 9999999999 4 4 55 666666666666 4 4 4 00000 4 88888888888888888 8888 3 3 3 6 333333333 3 555 3 2 2 9999 5 3 3 44 44 3 6 333333333333 99999999999 3 7 4 777 4 4 4 4 4 222 4 2 00000 0000 4 4 2 777 4 0 77
lowQualScore : . . ... . . . . ...... . . . ..... . ........................ . . . ......... .... . . .. . .... . . .. .... ....................... .......... . . .. ............ . . . ..... . ................. .... . . . . ......... . ... . . . .... . . . .. .. . . ............ ........... . . . ... . . . . . ... . . ..... .... . . . ... . . ..
lowQualScore : 4 8 000 6 0 6 6 111111 0 0 0 22222 1 111111111111111111111111 1 0 1 999999999 0000 7 6 00 6 1111 3 3 66 7777 11111111111111111111111 1111111111 0 0 55 888888888888 0 0 0 00000 0 77777777777777777 5555 6 3 3 7 333333333 3 444 1 7 9 6666 7 1 1 22 22 3 7 999999999999 22222222222 6 3 0 000 0 0 0 0 4 222 0 0 00000 1111 0 0 0 888 4 0 99
consensus : ATAGAATAGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACAC-CAC-ACA-CA-ACA--TA-TA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGCA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-T-AAC---A-CAAA---C--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AA-T--C--A-CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----A--TA-G-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGATAATAATAC
Reference ( family-8919 ) : ATAGAATAGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACAC-CAC-ACA-CA-ACA--TA-TA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGCA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-T-AAC---A-CAAA---C--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AA-T--C--A-CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----A--TA-G-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGATAATAATAC
gi|1 : TAGAATAGAA-TAACTTTA---TTT-CAAATTAGGGACCTCAT-GGGCATTG-ACA------TACAACAC-TTGA-TGA-T---TACACGCAC-ACA-C--ACA--T--TAATCATGT-A-ATAN-NNNNNN--NNNNNN--NNNN-NNNNN--N-NNNNN----NNN-N-N--NN--N-NNNNN-N-NNN---N-NNNN---N--NNNNNNNNNNN--N-------N-N-N--NNN--NNN---NN-NNNNNN-N-N-NN-----NN-NNN--NN-N--N--N-NN--NNAACAACATA-GC-A-TG-A---------CA-A---T-A--GAC-AGATTA-CAACA-A-A-CTCTTGT--TCA-G-A----A--TT-GTTAT-----A-----ATCATA-GGC-ATTG-A---TG-AC-T-A-AAT-TTG--ACTCAGGT-AGTATTA-----ACA--T-G-ATG-GAATTGA---TGATCTAGAT-TCATT--CAGATAA
gi|1 : --AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AG-AT-T-ACA---A-CAAA---C--TCTTGTTCAGAATT-------GTT-A--TAA--TCA---TA---GGCATT-G-AT-----GA-CTA--AA-T--TTGA-C---TCAG----GTA-GT-ATTA-A---------CA-T---G-ATGGAATTGATGATC--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----T--AA-G-TAT------------CAGTATGAG-A-GG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGATAAGTA-TA-----ACA--G-T-ATG-GAATTGA---TGA-CTAGAT-CCATT--AAGAAAATAgtatcagtatgagaggatgactagattcattcagataagtataacagtatggaattgatgactagatccattaagaaaatataacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|1 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGA--TAA-----G-T-A--TAA--CAG---TA--TGGAA-TTG-AT-----GA-CTA--GA-T--C--C-AT--TAAG----AAA-AT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGTTGA-C--TATG-ATTTC--AT--TTA-G-AT---AATTA-A-TAT-----A-----ATAATAtaacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|10 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacatagcatgacaatagacagattacaacaaactcttgttcagaattgttataatcataggcattgatgactaaatttgactcaggtagtattaacatgatggaattgatgatctagattcattcagataagtatcagtatgagaggatgactagattcaTAGAACTAAATAGAA-TAATTTTA---TTTTAAAAGTAGGG-CCCAATGGA-TA-TG-ACA------TACAGCAC-TTTA-TGA-T---T---------ACA-CA-A-----A-TA--TATGTAA-A-----------------------A-ACATA--G-CATGA----CAG-T-G--GA--C-AGAAT-A-AAC---
gi|11 : T-ATAT-A--TATGCA--A-CA-ACATA--G-CATGG----CAG-C-A--GA--C-ATAAT-A-AAC---A--------------TGTTCAGAT-T-------G-T-ATTTAA---CA---TT-ATAGCA-T-G-GT-----AA-CT------------------------------GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TTATGA-C--TA-t
gi|12 : catacaagactA-AT-G-TA-A---------GA-A---A-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AC--TGA-T-A----A--TA-G-TAT-----A-----ACAATATGGA-ATTA-A---TG-ACAT-A-TAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----GCA--AGT-ATG-GCA-CGA---T-A-CTAGAT-t
gi|13 : agata---T-ATGGTA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-AT---G--TA----AT-----A-----ACAATAAGGA-A-TG-A---TG-AC-T-A-AAT-TC---ATTCAGGT-AGTA-TA-----ACA--A-TAATG-GAA-TGG---TGA-CTA
gi|15 : AGAA-TAACTTTA---TTTCCGAATTTTGG-TCTCATGTGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACA
gi|16 : ATAGAGTACAATAGAG-T---TTTT---TTTCCAAATTAAGC-CCTCGTGGGACA-TG-GCA------TAC
gi|17 : acagttTGGCA-TGATGA----TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-ACTTCA--TA-A-TA------A-----ATAAT-TGAG-A-TG-A---TG-AC-T-A-
gi|18 : ATACAA-TACCTTTACTTTTTCCATAAGAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------a
gi|19 : tacTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCAT--GACA-TGTACA------TAag
gi|2 : ATAGAAATGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAA-ACATT-A-TGATT---TACAC-CACAACA-CACATA--TA-TA--CATGTAATATAT-ATATTA--TATGT---AACACACATA--GCCATGA----CAA-T-A--GA--CAAAAAT-TAAAC---A-CAAC---C--TGTTGTTCAGAT-T-------G-TAA--TAA--CCA---T--ATGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AATT--C--A-C---TCAG----GTA-GTAA-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-CT-TA-G-A--TC--AT--CCACGCA----A--TA---TAC-----T-----ACAGTATGGG-A-TG-A---TGAAC-T-G-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGT---TGA-CTAGAT-TCATTTACGAATAATAATAC
gi|3 : tagTGTCA-ATATCAGATTAGGTAAGCAGTAACA-ACATG--G-CATGATGAACAT-T-A--G------GAGTCT-CACGAGA-CGAA---G---CTTGTTCAGA-------------------A--CAA---TATATGGCA-T-GGATAGCTAGA-CTATAGA-TGGT--A-CTGATCAG----ATA-GA-A-TG-AGTATCATCCCA-AATTC-ATGGCA-TGATGCTC--TA-GGA-TTC--ATCTTCA-G-A----T--AA-G-TAT-----AC----ACAATAGGCG-A-TG-A---TA-A--T-ACGAT-AC---ATTCAGAT-AGTA-TATCACTACA--A-T-ATGAGCA-TGACACTAA-ATAGATACCATT--CCGATAGTAGTaaaaaaatattatatatttattatacatatgatggttcgattccctctcaacaacaaatttctctgaataaggatttacccagtataagtcaagttaagttaagccaa
gi|3 : --AACA-ATATATGG-CATGG------A-T-A--GC--T-AGACT---------A-TAGA---TGGTACTGATCAGA--TAGAATGAG-T-A--TCATCCCAAATTC-ATGGCA-T-G-AT-----GCTCTAGGAT-T--C--ATCT--TCAG----ATAAGT-A-TACA---------CA-A---T-AGGCGA-TGATAA----TACG-A-TAC--AT--TCA-G-A-------TA-G-TAT-----ATCACTACAATATGAGCA-TG-ACACTA-AA-T-A-GATACC---ATTCCGAT-AGTAGTG-----ACAC-A-C-ATT-GCA-TGA---TGA-CTAAATCTCATT--CAGATAGTAgacacacattgcatgatgactaaatctcattcagatagtatattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|4 : tgtcaatatcagattaggtaagcagtaacaacatggcatgatgaacattaggagtctcacgagacgaagcttgttcagATAGAATAGA-TAGAAATAACTTTA---TTTC-AAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-TACACACACACAC-ACA-CA-ACACATA-TA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGTA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AAAAT-T-AAC---AACAAA---C--TGTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G-AC-----TA-CGA--AA-T--C--A-CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----A--TA-G-TAT-----C-----ACAGTATGGA-A-TG-A---TG-AC-T-G-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAAGTGT---TGA-CTAGAT-TCATT--TAGATAATAATACtattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|5 : TAGAATAGAATAGAA-TA-CTTT----TTCTCAAATTAGG---CT-GTGGG-CA-TG-ACAA-----TACA-CAC-TT-AATGA-A---TACAT-CGC-ACAACA-CTA--TAATA--CATGTAA-ATAT-ATAT-A--TATA-A--AACA-A--TA--G-CATGA----CAAATGA--GA--A-AGA-T-T-AAC---A-CAAA---C--TGTTGTCTAAT--T-------G-T-A--TAA--CCA---GT-ATGGCA-T-G--T-----GA-CTA--AATT--C--A-CT--CAGG----GTA-GT-A-TA-A---------CAGA---TGATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TAA-G-A--------A-A-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-
gi|6 : ----CAA-T-A--GAGGT-AGAAC---AAC---A-TAAAAAAC--TCTTGTTCAGA--TT------A-T-A--TAA---------A-A----------AT-----GA-TTA--AA-TT-C--A-GT--TCAG----GTA-GT-A-TA-G---------CA-G---T-ATGG-A-TGATGA-C---A-T-A-TTC--AA--TCA-ATA----A--TATA-TATTAACAA-----ACAATATGGT-A-TGAA---TG-AA-TAA-GAT-TCCTTATTCAAAC-A-CA-TA-----ATATTG-T-TTG-GAA-
gi|7 : AGAACAGAATAGAA-TGATTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCCCATGGGGCA-TT-GCA------AACAACAC-TT-A-TGA-A---TGCAC-T------------------TT--CATATAA----------TA--TGTGT---ACCA-GTATA--G-CATGA----CAT-T-A--GG--C-AGAAT------------AAA---C--TCTTGTTCAGA--T-------atgtt
gi|8 : gT-A-TATA---------TA-A---T-ATGGTA-TGATGA-C--TC-G-A-TTC--CT--Ttgacattgtataa
gi|9 : aTTCCAAATTAGGG-TCTCATGGGGCA-TG-ACAAACATTTACAACAC-TT-A-TGA-T---TAC-----------------------------GTAA-ATAT-AT-TTA--TATGC---AACA-ACATA--G-CATGA----CAG-T-AATGA--C-Aatttaacatataatattgttcgacattttttgtttgtttgaacttaatgaatgttcaacaaatttctctgaataaggatttaccaatataagttaagttaaatgttgagc
gi|9 : GAC-AGTAATG-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGatatggaatgatgactagattcattcag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATATATGGTATGATGGCTCGATTCCTTATTTAACATATAATATTGATCGAATTTTTTTTGTTTCAACTTAATGAATGT
Alignments
lowQualScore : 111111 1 11111 666666666666666666666666 2222 11111111111111111111111 2222222222 111111111111 11111 22222222222222222 111111111 222222222222 11111111111 111 1 11111 1111 1 1
lowQualScore : 4 1 777 3 2 3 3 444444 5 0 5 11111 0 222222222222222222222222 0 5 0 888888888 1111 0 3 55 3 7777 3 3 44 5555 99999999999999999999999 9999999999 4 4 55 666666666666 4 4 4 00000 4 88888888888888888 8888 3 3 3 6 333333333 3 555 3 2 2 9999 5 3 3 44 44 3 6 333333333333 99999999999 3 7 4 777 4 4 4 4 4 222 4 2 00000 0000 4 4 2 777 4 0 77
lowQualScore : . . ... . . . . ...... . . . ..... . ........................ . . . ......... .... . . .. . .... . . .. .... ....................... .......... . . .. ............ . . . ..... . ................. .... . . . . ......... . ... . . . .... . . . .. .. . . ............ ........... . . . ... . . . . . ... . . ..... .... . . . ... . . ..
lowQualScore : 4 8 000 6 0 6 6 111111 0 0 0 22222 1 111111111111111111111111 1 0 1 999999999 0000 7 6 00 6 1111 3 3 66 7777 11111111111111111111111 1111111111 0 0 55 888888888888 0 0 0 00000 0 77777777777777777 5555 6 3 3 7 333333333 3 444 1 7 9 6666 7 1 1 22 22 3 7 999999999999 22222222222 6 3 0 000 0 0 0 0 4 222 0 0 00000 1111 0 0 0 888 4 0 99
consensus : ATAGAATAGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACAC-CAC-ACA-CA-ACA--TA-TA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGCA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-T-AAC---A-CAAA---C--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AA-T--C--A-CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----A--TA-G-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGATAATAATAC
Reference ( family-8919 ) : ATAGAATAGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACAC-CAC-ACA-CA-ACA--TA-TA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGCA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-T-AAC---A-CAAA---C--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AA-T--C--A-CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----A--TA-G-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGATAATAATAC
gi|1 : TAGAATAGAA-TAACTTTA---TTT-CAAATTAGGGACCTCAT-GGGCATTG-ACA------TACAACAC-TTGA-TGA-T---TACACGCAC-ACA-C--ACA--T--TAATCATGT-A-ATAN-NNNNNN--NNNNNN--NNNN-NNNNN--N-NNNNN----NNN-N-N--NN--N-NNNNN-N-NNN---N-NNNN---N--NNNNNNNNNNN--N-------N-N-N--NNN--NNN---NN-NNNNNN-N-N-NN-----NN-NNN--NN-N--N--N-NN--NNAACAACATA-GC-A-TG-A---------CA-A---T-A--GAC-AGATTA-CAACA-A-A-CTCTTGT--TCA-G-A----A--TT-GTTAT-----A-----ATCATA-GGC-ATTG-A---TG-AC-T-A-AAT-TTG--ACTCAGGT-AGTATTA-----ACA--T-G-ATG-GAATTGA---TGATCTAGAT-TCATT--CAGATAA
gi|1 : --AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AG-AT-T-ACA---A-CAAA---C--TCTTGTTCAGAATT-------GTT-A--TAA--TCA---TA---GGCATT-G-AT-----GA-CTA--AA-T--TTGA-C---TCAG----GTA-GT-ATTA-A---------CA-T---G-ATGGAATTGATGATC--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----T--AA-G-TAT------------CAGTATGAG-A-GG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGATAAGTA-TA-----ACA--G-T-ATG-GAATTGA---TGA-CTAGAT-CCATT--AAGAAAATAgtatcagtatgagaggatgactagattcattcagataagtataacagtatggaattgatgactagatccattaagaaaatataacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|1 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCAGA--TAA-----G-T-A--TAA--CAG---TA--TGGAA-TTG-AT-----GA-CTA--GA-T--C--C-AT--TAAG----AAA-AT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGTTGA-C--TATG-ATTTC--AT--TTA-G-AT---AATTA-A-TAT-----A-----ATAATAtaacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|10 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacatagcatgacaatagacagattacaacaaactcttgttcagaattgttataatcataggcattgatgactaaatttgactcaggtagtattaacatgatggaattgatgatctagattcattcagataagtatcagtatgagaggatgactagattcaTAGAACTAAATAGAA-TAATTTTA---TTTTAAAAGTAGGG-CCCAATGGA-TA-TG-ACA------TACAGCAC-TTTA-TGA-T---T---------ACA-CA-A-----A-TA--TATGTAA-A-----------------------A-ACATA--G-CATGA----CAG-T-G--GA--C-AGAAT-A-AAC---
gi|11 : T-ATAT-A--TATGCA--A-CA-ACATA--G-CATGG----CAG-C-A--GA--C-ATAAT-A-AAC---A--------------TGTTCAGAT-T-------G-T-ATTTAA---CA---TT-ATAGCA-T-G-GT-----AA-CT------------------------------GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TTATGA-C--TA-t
gi|12 : catacaagactA-AT-G-TA-A---------GA-A---A-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AC--TGA-T-A----A--TA-G-TAT-----A-----ACAATATGGA-ATTA-A---TG-ACAT-A-TAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----GCA--AGT-ATG-GCA-CGA---T-A-CTAGAT-t
gi|13 : agata---T-ATGGTA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-AT---G--TA----AT-----A-----ACAATAAGGA-A-TG-A---TG-AC-T-A-AAT-TC---ATTCAGGT-AGTA-TA-----ACA--A-TAATG-GAA-TGG---TGA-CTA
gi|15 : AGAA-TAACTTTA---TTTCCGAATTTTGG-TCTCATGTGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACA
gi|16 : ATAGAGTACAATAGAG-T---TTTT---TTTCCAAATTAAGC-CCTCGTGGGACA-TG-GCA------TAC
gi|17 : acagttTGGCA-TGATGA----TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-ACTTCA--TA-A-TA------A-----ATAAT-TGAG-A-TG-A---TG-AC-T-A-
gi|18 : ATACAA-TACCTTTACTTTTTCCATAAGAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------a
gi|19 : tacTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCAT--GACA-TGTACA------TAag
gi|2 : ATAGAAATGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAA-ACATT-A-TGATT---TACAC-CACAACA-CACATA--TA-TA--CATGTAATATAT-ATATTA--TATGT---AACACACATA--GCCATGA----CAA-T-A--GA--CAAAAAT-TAAAC---A-CAAC---C--TGTTGTTCAGAT-T-------G-TAA--TAA--CCA---T--ATGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AATT--C--A-C---TCAG----GTA-GTAA-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-CT-TA-G-A--TC--AT--CCACGCA----A--TA---TAC-----T-----ACAGTATGGG-A-TG-A---TGAAC-T-G-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGT---TGA-CTAGAT-TCATTTACGAATAATAATAC
gi|3 : tagTGTCA-ATATCAGATTAGGTAAGCAGTAACA-ACATG--G-CATGATGAACAT-T-A--G------GAGTCT-CACGAGA-CGAA---G---CTTGTTCAGA-------------------A--CAA---TATATGGCA-T-GGATAGCTAGA-CTATAGA-TGGT--A-CTGATCAG----ATA-GA-A-TG-AGTATCATCCCA-AATTC-ATGGCA-TGATGCTC--TA-GGA-TTC--ATCTTCA-G-A----T--AA-G-TAT-----AC----ACAATAGGCG-A-TG-A---TA-A--T-ACGAT-AC---ATTCAGAT-AGTA-TATCACTACA--A-T-ATGAGCA-TGACACTAA-ATAGATACCATT--CCGATAGTAGTaaaaaaatattatatatttattatacatatgatggttcgattccctctcaacaacaaatttctctgaataaggatttacccagtataagtcaagttaagttaagccaa
gi|3 : --AACA-ATATATGG-CATGG------A-T-A--GC--T-AGACT---------A-TAGA---TGGTACTGATCAGA--TAGAATGAG-T-A--TCATCCCAAATTC-ATGGCA-T-G-AT-----GCTCTAGGAT-T--C--ATCT--TCAG----ATAAGT-A-TACA---------CA-A---T-AGGCGA-TGATAA----TACG-A-TAC--AT--TCA-G-A-------TA-G-TAT-----ATCACTACAATATGAGCA-TG-ACACTA-AA-T-A-GATACC---ATTCCGAT-AGTAGTG-----ACAC-A-C-ATT-GCA-TGA---TGA-CTAAATCTCATT--CAGATAGTAgacacacattgcatgatgactaaatctcattcagatagtatattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|4 : tgtcaatatcagattaggtaagcagtaacaacatggcatgatgaacattaggagtctcacgagacgaagcttgttcagATAGAATAGA-TAGAAATAACTTTA---TTTC-AAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-TACACACACACAC-ACA-CA-ACACATA-TA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGTA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AAAAT-T-AAC---AACAAA---C--TGTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G-AC-----TA-CGA--AA-T--C--A-CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----A--TA-G-TAT-----C-----ACAGTATGGA-A-TG-A---TG-AC-T-G-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAAGTGT---TGA-CTAGAT-TCATT--TAGATAATAATACtattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|5 : TAGAATAGAATAGAA-TA-CTTT----TTCTCAAATTAGG---CT-GTGGG-CA-TG-ACAA-----TACA-CAC-TT-AATGA-A---TACAT-CGC-ACAACA-CTA--TAATA--CATGTAA-ATAT-ATAT-A--TATA-A--AACA-A--TA--G-CATGA----CAAATGA--GA--A-AGA-T-T-AAC---A-CAAA---C--TGTTGTCTAAT--T-------G-T-A--TAA--CCA---GT-ATGGCA-T-G--T-----GA-CTA--AATT--C--A-CT--CAGG----GTA-GT-A-TA-A---------CAGA---TGATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TAA-G-A--------A-A-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-
gi|6 : ----CAA-T-A--GAGGT-AGAAC---AAC---A-TAAAAAAC--TCTTGTTCAGA--TT------A-T-A--TAA---------A-A----------AT-----GA-TTA--AA-TT-C--A-GT--TCAG----GTA-GT-A-TA-G---------CA-G---T-ATGG-A-TGATGA-C---A-T-A-TTC--AA--TCA-ATA----A--TATA-TATTAACAA-----ACAATATGGT-A-TGAA---TG-AA-TAA-GAT-TCCTTATTCAAAC-A-CA-TA-----ATATTG-T-TTG-GAA-
gi|7 : AGAACAGAATAGAA-TGATTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCCCATGGGGCA-TT-GCA------AACAACAC-TT-A-TGA-A---TGCAC-T------------------TT--CATATAA----------TA--TGTGT---ACCA-GTATA--G-CATGA----CAT-T-A--GG--C-AGAAT------------AAA---C--TCTTGTTCAGA--T-------atgtt
gi|8 : gT-A-TATA---------TA-A---T-ATGGTA-TGATGA-C--TC-G-A-TTC--CT--Ttgacattgtataa
gi|9 : aTTCCAAATTAGGG-TCTCATGGGGCA-TG-ACAAACATTTACAACAC-TT-A-TGA-T---TAC-----------------------------GTAA-ATAT-AT-TTA--TATGC---AACA-ACATA--G-CATGA----CAG-T-AATGA--C-Aatttaacatataatattgttcgacattttttgtttgtttgaacttaatgaatgttcaacaaatttctctgaataaggatttaccaatataagttaagttaaatgttgagc
gi|9 : GAC-AGTAATG-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGatatggaatgatgactagattcattcag
blockSeqs : A A CTT . G . T AACATT A T A TACA ACACACACAACACATATA T CAGATTAGG CAGT C TG C TGAA A G AT GGT CTCACGAGACGAAGC TAGAATGA T A TT TCCCAAATTCA T T G AGCTA T TAGATGGTACTGA . A A T C GTATCATCC G ATT G A T TC T G T . CT C C CTTCATAA ATCACT C T A CAC A A A C A CTT A G TCACT TTG A A T CAC . A TA
blockSeqs : . A . . A . . A . . . TT CACAACACACATATATA . ATATTA CA . . . . . . . CA AACATAAAAAACTC ATT . . . CAATATA . . . . . GGATTCATCT . . . . T . . . . A . CT C . . . . . T TAATTAA TAACAA . . . . . . . . . . . A . AG . . G . . C .
blockSeqs : . C . . G . . . . . . T CGCACAACACTATAATA . ATATTA TA . . . . . . . C TAAACACAACCTG TAA . . . CCATAA . . . . . AATTTGAC . . . . . . . . . A . TC . . . . . . . ATATA AC . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . .
blockSeqs : . A . . A . . . . . . T ACACAAATA . ATATA T . . . . . . . C TAACAACAAACTG TT . . . CCAGTA . . . . . AATTCACT . . . . . . . . . A . C . . . . . . . TAAG A . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . A . . G . . . . . . A TTT . ATATA A . . . . . . . C TACAACAAACTC TT . . . TCATA . . . . . AATTCAGT . . . . . . . . . T . C . . . . . . . ATAG A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . A . . G . . . . . . A . . ATTTA T . . . . . . . T TAACACAAACTG TT . . . CAGTA . . . . . GATCCAT . . . . . . . . . C . C . . . . . . . TGTA A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . T . TA C . . . . . . . C ATAGATGGTA T . . . CATTA . . . . . AATTCAC . . . . . . . . . A . C . . . . . . . TAAG A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . . . . . . A AAACTC T . . . CCATA . . . . . AATCACT . . . . . . . . . C . C . . . . . . . ATAG T . . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C AAACA T . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . G . C . . . . . . . ATA C . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . C . . . . . . . TAG A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . AA .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ACACAACACAAATA********** ATATTA*** T*** CCATA******* **** C*** ** ATAG******** ***
originalCons : ATAGAATAGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACAC-CAC-ACA-CA-ACA--TA-TA--CATGTAA-ATAT-ATATTA--TATGCA--AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-T-AAC---A-CAAA---C--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA---TA-ATGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AA-T--C--A-CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGA-C--TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-A----A--TA-G-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGATAATAATAC
finalCons : ATAGAATAGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T---TACACACACAACACAAATA----------CATGTAA-ATATATATTA---TATGT---AACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-T-AAC---A-CAAA---C--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAACCATA-------TGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AA-T--C--A-CT--TCAG----GTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGATGAC---TA-G-A-TTC--AT--TCA-G-AATAG--------TAT-----A-----ACAATATGGG-A-TG-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTAGAT-TCATT--CAGATAATAATAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATATATGGTATGATGGCTCGATTCCTTATTTAACATATAATATTGATCGAATTTTTTTTGTTTCAACTTAATGAATGT
Alignments
lowQualScore : 111111 1 555555555555555555555555555555555555 11111 11111111111111111111111 222222222222 111111111 11111 33333333333333333 11111111111 11111111111 1111111111 11111111111 111 1 1
lowQualScore : 4 1 777 3 2 3 3 444444 5 0 5 666666666666666666666666666666666666 0 777 4 555 11111 1 3 3 55 3 7777 3 3 44 5555 99999999999999999999999 666666666666 4 55 555555555 4 55 4 4 4 00000 8 22222222222222222 7 3 3 44444444444 3 55555 5 2 6666 5 2 2 3 3 44444444444 44 3 6 9999999999 99999999999 3 6 3 3 666 3 3 3 3 4 111 3 0 99999 88 3 3 3 0 7777 4 4 4 8 66 5
lowQualScore : . . ... . . . . ...... . . . .................................... . ... . ... ..... . . . .. . .... . . .. .... ....................... ............ . .. ......... . .. . . . ..... . ................. . . . ........... . ..... . . .... . . . . . ........... .. . . .......... ........... . . . . ... . . . . . ... . . ..... .. . . . . .... . . . . .. .
lowQualScore : 4 8 000 6 0 6 6 111111 0 0 0 999999999999999999999999999999999999 1 111 4 666 11111 0 6 6 00 6 1111 3 3 66 7777 11111111111111111111111 777777777777 0 55 444444444 0 88 0 0 0 00000 0 88888888888888888 3 3 3 22222222222 3 66666 5 9 1111 7 9 9 1 1 66666666666 22 3 7 0000000000 22222222222 3 7 6 6 444 6 6 6 6 0 000 6 9 11111 66 6 6 6 9 3333 0 0 4 9 99 7
consensus : ATAGAATAGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T-------TACA-C-CACA-ACAC-A--A---ATACATGTAA-ATAT-ATATTATAT-----GTAA-CA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-T-AAC---A-CAAA---C--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA----T-A-TGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AA-T--C--A-CT--TCAGGTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGNA-TGAT----GA-C-TA-G-ATT-CA-----------T--TCA-G-A----ATA-G-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-T-G-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTA-GA-T-TCATT--CAGATAA-TAATAC
Reference ( family-8919 ) : ATAGAATAGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T-------TACA-CACACA-ACAC-A--A---ATACATGTAA-ATAT-ATATTATAT-----GTAA-CA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AGAAT-T-AAC---A-CAAA---C--TNTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA----T-A-TGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AA-T--C--A-CT--TCAGGTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGAT----GA-C-TA-G-ATT-CA-----------T--TCA-G-A----ATA-G-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-T-G-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTA-GA-T-TCATT--CAGATAA-TAATAC
gi|1 : TAGAATAGAA-TAACTTTA---TTT-CAAATTAGGGACCTCAT-GGGCATTG-ACA------TACAACAC-TTGA-TGA-T-------TACA-CGCACACACAC-ATTA---AT-CATGTAA----------TANNN-----NNNN-NN-NNNNN--N-NNNNN----NNN-N-N--NN--N-NNNNN-N-NNN---N-NNNN---N--NNNNNNNNNNN--N-------N-N-N--NNN--NNN----N-N-NNNNN-N-N-NN-----NN-NNN--NN-N--N--N-NN--NNNNNNN-NN-N-NA-A---------CA-A---C-ATAGCA-TGACAATAGA-C--A-G-ATTACAACAAACTCTTGT--TCA-G-A----ATT-GTTAT-----A-----ATCATA-GGC-ATT-G-A---TG-AC-T-A-AAT-TTG--ACTCAGGT-AGTATTA-----ACA--T-G-ATG-GAATTGA---TGATCTA-GA-T-TCATT--CAGATAA-
gi|1 : AA-CA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AG-AT-T-ACA---A-CAAA---C--TCTTGTTCAGAATT-------GTT-A--TAA--TCA----T-A--GGCATT-G-AT-----GA-CTA--AA-T--TTGA-C---TCAGGTA-GT-ATTA-A---------CA-T---G-ATGGAATTGAT----GATC-TA-G-ATT-CA-----------T--TCA-G-A----TAA-G-TAT------------CAGTATGAG-A-G-G-A---TG-AC-T-A-GAT-TC---ATTCAGATAAGTA-TA-----ACA--G-T-ATG-GAATTGA---TGA-CTA-GA-T-CCATT--AAGAAAA-TAgtatcagtatgagaggatgactagattcattcagataagtataacagtatggaattgatgactagatccattaagaaaatataacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|1 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCAGG--TA------G-T-A--TTA--ACA----TGA-TGGAA-TTG-AT-----GATCTA--GA-TT-C--A--T--TCAGATAAGT-A-T------------CA-G---T-ATGAGA-GGAT----GA-C-TA-G-ATT-CA-----------T--TCA-G-A----TAA-G-TAT-----A-----ACAGTATGGA-A-TTG-A---TG-AC-T-A-GAT-CC---ATTAAGAA-AATA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGT---TGA-CTATGATT-TCATT--TAGATAATTAATAtaacaatatggaatgttgactatgatttcatttagataattaatataataata
gi|10 : tagaatagaataactttatttcaaattagggacctcatgggcattgacatacaacacttgatgattacacgcacacacacattaatcatgtaatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaacatagcatgacaatagacagattacaacaaactcttgttcagaattgttataatcataggcattgatgactaaatttgacTAGAACTAAATAGAA-TAATTTTA---TTTTAAAAGTAGGG-CCCAATGGA-TA-TG-ACA------TACAGCAC-TTTA-TGA-T-------T-----------ACAC-A--A---ATATATGTAA-A------------------------A-ACATA--G-CATGA----CAG-T-G--GA--C-AGAAT-A-AAC---taataata
gi|11 : T-ATAT-ATAT-----GCAA-CA-ACATA--G-CATGG----CAG-C-A--GA--C-ATAAT-A-AAC---A--------------TGTTCAGAT-T-------G-T-ATTTAA--CAT----T-A-TAGCA-T-G-GT-----AA-CT--------------------------GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TTAT----GA-C-TA-t
gi|12 : catacaagactA-AT-G-TA-A---------GA-A---A-ATGGAA-TGAT----GA-C-TA-G-ATT-CA-----------C--TGA-T-A----ATA-G-TAT-----A-----ACAATATGGA-ATT-A-A---TG-ACAT-A-TAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----GCA--AGT-ATG-GCA-CGA---T-A-CTA-GA-T-t
gi|13 : agata---T-ATGGTA-TGAT----GA-C-TA-G-ATT-CA-----------T--TCA-G-AT---GTA----AT-----A-----ACAATAAGGA-A-T-G-A---TG-AC-T-A-AAT-TC---ATTCAGGT-AGTA-TA-----ACA--A-TAATG-GAA-TGG---TGA-CTA-
gi|15 : AGAA-TAACTTTA---TTTCCGAATTTTGG-TCTCATGTGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-T-------TACA-
gi|16 : ATAGAGTACAATAGAG-T---TTTT---TTTCCAAATTAAGC-CCTCGTGGGACA-TG-GCA------TAC
gi|17 : acagttTGGCA-TGAT----GA---TA-G-ATT-CA-----------T--TCA-G-ACTTCATA-A-TA------A-----ATAAT-TGAG-A-T-G-A---TG-AC-T-A-
gi|18 : ATACAA-TACCTTTACTTTTTCCATAAGAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------a
gi|19 : tacTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCAT--GACA-TGTACA------TAag
gi|2 : ATAGAAATGAATAGAA-TAACTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAA-ACATT-A-TGATT-------TACA-C-CACA-ACAC-AC-ATATATACATGTAATATAT-ATATTATAT-----GTAA-CACACATA--GCCATGA----CAA-T-A--GA--CAAAAAT-TAAAC---A-CAAC---C--TGTTGTTCAGAT-T-------G-TAA--TAA--CCA----T-A-TGGCA-T-G-AT-----GA-CTA--AATT--C--A-C---TCAGGTA-GTAA-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGAT----GA-CTTA-G-A-T-CA-----------T--CCACGCA----ATA---TAC-----T-----ACAGTATGGG-A-T-G-A---TGAAC-T-G-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGT---TGA-CTA-GA-T-TCATTTACGAATAA-TAATAC
gi|3 : tagTGTCA-ATATCAGATTAGGTAAGCAGTAA-CA-ACATG--G-CATGATGAACAT-T-A--G------GAGTCT-CACGAGA-CGAA---G---CTTGTTCAGA--------------A--CAA--T-A----T-A-TGGCA-T-GGATAGCTAGA-CTATAGA-TGGT--A-CTGATCAGATA-GA-A-TG-AGTATCATCCCA-AATTC-ATGGCA-TGAT----GCTC-TA-GGATT-CA-----------TCTTCA-G-A----TAA-G-TAT-----AC----ACAATAGGCG-A-T-G-A---TA-A--T-ACGAT-AC---ATTCAGAT-AGTA-TATCACTACA--A-T-ATGAGCA-TGACACTAA-ATA-GA-TACCATT--CCGATAG-TAGTaaaaaaatattatatatttattatacatatgatggttcgattccctctcaacaacaaatttctctgaataaggatttacccagtataagtcaagttaagttaagccaa
gi|3 : AA-CA-ATATATGG-CATGG------A-T-A--GC--T-AGACT---------A-TAGA---TGGTACTGATCAGA--TAGAATGAG-T-A--TCATCCCAAATTC-A-TGGCA-T-G-AT-----GCTCTAGGAT-T--C--ATCT--TCAGATAAGT-A-TACA---------CA-A---T-AGGCGA-TGAT----AA---TACG-ATA-CA-----------T--TCA-G-A-----TA-G-TAT-----ATCACTACAATATGAGCA-T-G-ACACTA-AA-T-A-GATACC---ATTCCGAT-AGTAGTG-----ACAC-A-C-ATT-GCA-TGA---TGA-CTA-AA-TCTCATT--CAGATAG-TAgacacacattgcatgatgactaaatctcattcagatagtatattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|4 : tgtcaatatcagattaggtaagcagtaacaacatggcatgatgaacattaggagtctcacgagacgaagcttgttcagATAGAATAGA-TAGAAATAACTTTA---TTTC-AAATTAGGG-CCTCATGGGGCA-TG-ACA------TACAACAC-TT-A-TGA-TACACACACACA-CACACA-ACAC-A--T---ATACATGTAA-ATAT-ATATTATAT-----GTAAACA-ACATA--G-CATGA----CAA-T-A--GA--C-AAAAT-T-AAC---AACAAA---C--TGTTGTTCAGA--T-------G-T-A--TAA--CCA----T-AATGGCA-T-G-AC-----TA-CGA--AA-T--C--A-CT--TCAGGTA-GT-A-TA-A---------CA-A---T-ATGGAA-TGAT----GA-C-TA-G-ATT-CA-----------T--TCA-G-A----ATA-G-TAT-----C-----ACAGTATGGA-A-T-G-A---TG-AC-T-G-GAT-TC---ATTCAGAT-AGTA-TA-----ACA--A-T-ATG-GAAGTGT---TGA-CTA-GA-T-TCATT--TAGATAA-TAATACtattacaattgtttcggggcgatgatgaacttaaa
gi|5 : TAGAATAGAATAGAA-TA-CTTT----TTCTCAAATTAGG---CT-GTGGG-CA-TG-ACAA-----TACA-CAC-TT-AATGA-A-------TACATCGCACA-ACACTAT-A---ATACATGTAA-ATAT-ATAT-ATAT-----AAAA-CA-A--TA--G-CATGA----CAAATGA--GA--A-AGA-T-T-AAC---A-CAAA---C--TGTTGTCTAAT--T-------G-T-A--TAA--CCAG---T-A-TGGCA-T-G--T-----GA-CTA--AA-TT-C--A-CT--CAGGGTA-GT-A-TA-A---------CAGA---TGATGGAA-TGAT----GA-C-TA-G-ATT-CA-----------T--TAA-G-A------A-A-TAT-----A-----ACAATATGGG-A-
gi|6 : ----CAA-T-A--GAGGT-AGAAC---AAC---A-TAAAAAAC--TCTTGTTCAGA--T---------T-A--TA----------T-A-----A-A-A-AT-----GA-TTA--AA-TT-C--A-GT--TCAGGTA-GT-A-TA-G---------CA-G---T-ATGG-A-TGAT----GA-C--A-T-ATT-CA-----------A--TCA-ATA----ATATA-TATTAACAA-----ACAATATGGT-A-T-GAA---TG-AA-TAA-GAT-TCCTTATTCAAAC-A-CA-TA-----ATATTG-T-TTG-GAA-
gi|7 : AGAACAGAATAGAA-TGATTTTA---TTTCCAAATTAGGG-CCCCATGGGGCA-TT-GCA------AACAACAC-TT-A-TGA-A-------TGCA-C-----------------------TTT----CAT-ATAATATGT-----GTAC-CA-GTATA--G-CATGA----CAT-T-A--GG--C-AGAAT------------AAA---C--TCTTGTTCAGA--T-------atgtt
gi|8 : gT-A-TATA---------TA-A---T-ATGGTA-TGAT----GA-C-TC-G-ATT-CC-----------T--Ttgacattgtataa
gi|9 : aTTCCAAATTAGGG-TCTCATGGGGCA-TG-ACAAACATTTACAACAC-TT-A-TGA-T-------TAC---------------------------GTAA-ATAT-AT-TTATAT-----GCAA-CA-ACATA--G-CATGA----CAG-T-AATGA--C-Aatttaacatataatattgttcgacattttttgtttgtttgaacttaatgaatgttcaacaaatttctctgaataaggatttaccaatataagttaagttaaatgttgagc
gi|9 : GAC-AGTAATG-----ACA--A-T-ATG-GAA-TGA---TGA-CTA-GA-T-TCATT--CAGatatggaatgatgactagattcattcag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATATATATATGGTATGATGGCTCGATTCCTTATTTAACATATAATATTGATCGAATTTTTTTTGTTTCAACTTAATGAATGT