lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 1 1 1 4444444444 1 111 111 111 22222222222222222222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222 111111 22222 11 1111 222222 1 11111111 1111 11 1111111 1111111 3333333333333 111111111 111 1111111
lowQualScore : 6 7 6 0 0 6 55 3333333333 4 4 9 2 444 444 444 6 33333333333333333333333333333 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555555 666666 2 22222 8 55 55 7777 8 4 555555 66 4 99 5 666 4 5 0 3 33333333 5 4 777 3333 333 00 3 6 55 8888888 555 8 3 0000000 3 6 3 3 3 77 3 6666 5 22 5555555555555 2 99999 888 666 666666666 2 2 55555 2 666 2 22 4444 2 2 22 2 2 000 333 888888 22 7777777 555 4444 2 2
lowQualScore : . . . . . . .. .......... . . . . ... ... ... . ............................. .................................................................. ...... ...... . ..... . .. .. .... . . ...... .. . .. . ... . . . . ........ . . ... .... ... .. . . .. ....... ... . . ....... . . . . . .. . .... . .. ............. . ..... ... ... ......... . . ..... . ... . .. .... . . .. . . ... ... ...... .. ....... ... .... . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 88 8888888888 5 0 2 8 000 000 000 7 55555555555555555555555555555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888888 444444 7 22222 9 00 55 0000 9 4 000000 11 5 66 0 222 4 0 0 0 00000000 0 0 000 2222 555 99 6 2 66 2222222 111 3 3 8888888 3 4 3 3 6 33 1 1111 7 99 0000000000000 7 44444 111 555 888888888 1 1 33333 1 666 1 99 5555 1 1 99 1 1 000 777 999999 99 8888888 888 7777 4 5
consensus : NGTTTTTTTTCTTCTTCTT-TTCCT-TATGCTACTAANTAGACAAT----------ATCAATNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAA---A-TTAT-------CATT---T-TG-------C---CTGCN-T------CCTTAT-TT--T----ACAA----------C----AACTTGTGCTAT---T------GCGTCAT------GTC------TTNCTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCCA-AA-C------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCC-A-ATC-AAGCTCGCGC----A-CTTAT-T---TTGTGCGG---TAT-C-AGTACA-NA-GCATTTC-GTG---G---TGAG-AAACGGGAAATC-GAG-------CAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGGA-GAT---A-----A---GAGGCAATGAA-T---G-CAGTCA--TG---CTATA-----C---ATGGTT-T-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TCG-T-AG--AA-G-AG---AAC---GG------TAGT--AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
Reference ( gi|7 ) : TGTTTCTTTATTTATTCTT-TTCCT-TATGTTACTAACTAAACAAT----------ATTAATATTGGCCAGTG---GTG---ACCATTAA---A-TTAT-------CATT---T-TG-------C---CTGCT-T------C---------------ACAA----------C----A--------------T------GCGTCAT------GTC------TTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCCA-AA-C------G--TAATTTTAGACGAGT-GT-GCC--AGCC-A-ATC-AAGCTCACTC----A-CTCAT-T---TTGTGCGG---CAT-C-AGTACA-TA-GCACTTC-GTG---G---TGAG-AAACGGAAAATC-GAG-------CAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGGA-GAT---T-----G---GAGGCAATGAA-T---A-CAGTCA--TG---CTATA-----T---ATGGTT-T-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TCG-T-AG--AA-G-AG---AAC---GG------TAGT--AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|11 : GTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCCTGTATGCTAGTAAC-AAACAATATCAAATAAGATCAATATGGGCCAATGCTTGGG---ACCATTTC---A-TTTT-------TGTT---CATG-------CTTTCTGAT-T------CTTTATTTTAATA---ACAA----------C----AACTCGTGCCAC---T------GTGCCATTCTTGCGTCATTGTGCTACTA-----TA-AATAACA-TCCCGGACG----ATTTCC
gi|1 : ggggggggagggtctgggttgtgacccacctctcacttatttgttaTTTTCTTCTTCTT-TTCCT-TATGCTTCTAACTAAACAAT----------AT----AT-----AGTG---ATG---ACCATTAAATTA-TCATTTTGCAGCACTGCTT-TA-------C---TTGCTAT------CTTTTTGAAAA-----ACAATCAACTTGTTC----AGTCT----------T------GCGTCAT------GTC------TTACTA-----TA-AATA-C--TCC---ACG----ATTTCCA-AAAC------G--TAATTTTAGACGAG--AT-GC---AGCC-A-ATC-AAGCTCACGC----A-CTCAT-T---TTGTGC
gi|6 : ctactgaaaaaaagttgatcgtacgtctcgggaattaatatgtgatcgaaatataaaccgagacatcccgaatagaaatttaaaaatattttcggcgcggcggttaatgaatcatttttgttcatggtaaacataaagatgaaatatggcttaccaaaactacaaattcggttttaattaatcgattcatccagaattaattatggaaagtcagtgaaaatacggacaattttaaagattaggctatataatttggaattgtctatatattggcatacacatcttccctagtttcagttattattgcaaattctaaactttcgagctcatattcttttttactagtacgtattcttaaaagtactttgaaatggccatgcagtctcctaatatttccatttccatgtaaaaatcacaaacggtaacgttcattgtcaattaaaagggtggttgggtatcagtcttggtaccctccttcacactccttattttgcgtgtctatgctgatgcagaaaaccggtgggggggggagtatccatatgacacccccattcccttctcatttttatagtaggcctatatCTT-TTCCT-TATGCTACTAAGTAGACAAT----------ATCAATTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAA---A-TTAT-------CAGT---T-TG-------C---CTGCA-T------CCTTATATTTTTTATAACAA----------C----AACTTGTGCTATTCTT------GCGTCAT------GTC------TTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCCATAA-CAT----G--TAATTT
gi|5 : cCTT-TTCCT-TATGCTACTAAGTAGACAAT----------ATCAATTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAA---A-TTAT-------CAGT---T-TG-------C---CTGCA-T------CCTTATATTTTTTATAACAA----------C----AACTTGTGCTATTCTT------GCGTCAT------GTC------TTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCCATAA-CAT----G--TAATTatttgatcatcgtctcccaactcgcacgattttcaaacgtaattttagacgagcgtgccagccaatcatgctcacgcactcaagtacatagcattccgtggtgagaaacggaaaatcgagcagtcgagccatgttttgatgcattttacgaagataagaggcaatgaatacagtcatggctttgtagataaattttcatagaagagagcggtagtaaattcatttgtattgcata
gi|4 : aattctaaactttcgagatcatattcttttttactacagtaacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccGCCAATT---ATGTTCACCATTAA---AACCAT-------CATT---T-TG-------C---CTGCT-TTTTTAGC---------------CTAT----------CTCTGA--------------TCTTCTTGCATCTTC-----GTC------TTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAG----ATTTCTG-AA-C------A--TAATTTTAGATGAGT-GT-GCA--AGCC-A-GTCAAAGTTC-TGC----A-CTTAT-T---CTGTGTGG---TGT-C-AGTACA-AA-GCATTTT--TG---G---TGTG-AAACAGGAAATC-GAG-------CTGTCAA-GCGA-TG-T
gi|24 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaact-TTAT-------CTTT---T-TGATAACAAC---TTGTG-T------C---------------ACT-----------C----T--------------T------GCGTCAT------GTC------TTACTA-----TA-AATACC--TCCC--CCG----ATTTCCA-AA-CGTAATTG--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCC-A-ATC-Aggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|26 : ctttcTC------TTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAA----ATTTCCA-AA-C------A--TAATTTTAGACGAGC-GT-ACT--AGCC-
gi|13 : ttatttccatattgaaaataacaaattattttccgttgtcttcaA-----TA-AACAAC--TCCC--ACG----ATTTCGA-AT-C------G--TAATTTAAGA-AAGT-GT-GCC--AGCC-A-ATC-AAAATCGCGC----A-CTTAT-T---TTGTGTGG---AAT-T-AGTACA-AA-GC----------------------AACGGTAAATC-GAG-------CAGTCGA-GCCA-TG-ATTTGT-T--CC-TGTT----TT-CGGA-GATACAT-----GTAAGAGGCAATAAA-T---G-CAGTCC--TG---CTATA-----C---ATGATT-T-TGT-----AGA-TA---AA-A--TA----TCG-T-AG--AA-G-AA---AAC---GG------TAGT--AA------ATAC---A----T-
gi|8 : -----TA-AACAAA--CTCC--ACG----ATTTTCG-AA-T------GCTTAA--TTAGA-AAGTAGTAGCCGAAGCC-AGATC-AAA---AATCTGCGA-CTTATCT---TTGTGTGGAGATAT-T-AGTACA--A-GC----------------------AACGG-TAATC-GAC-------CAGTCGA-GCCA------TTGA-T---C-TGTTCCTGTT-CGGA-TAT---TCATTAA---GA-GCAATAAA-T---G-CAGTCC--TG---CTATA-----C---ATGATT-T-TGT-----AGA-TA---TA-A--TA----TCGTT-AG--AA-GAAG---AACGGTGG------TAGT--AA------ATAC---A----T-G-TGTATTGC
gi|6 : AAC--TCGC--ACG----ATTTTCA-AA-C------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCC-A-ATC-ATGCTCACGC----A-CTCA-----------------------AGTACA-TA-GCATTCC-GTG---G---TGAG-AAACGGAAAATC-GAG-------CAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-ATTT----TA-CGAA-GAT---A-----A---GAGGCAATGAA-T---A-CAGTC----------------------ATGGCT-T-TGT-----AGA-TA---AA-T--TT----TCA-T-AG--AA-G-AG---AGC---GG------TAGT--AA------ATTC---A----T-T-TGTATTGCATAcgtatttcttttgggagttgataagccgcattacctgggggggggtgggaggaggggggtatcatttgaaagccactagttaccttgtg
gi|29 : ccttttccttatgctactaagtagacaatatcaattttggccaacggtggccattaaattatcagtttgcctgcatccttatattttttataacaacaacttgtgctattcttgcgtcatgtcttgctatcttgtacaatcacgagcgcacgtgctatttccataacatgtaatttatttgatcatcgtctcccATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCC-A-ATC-AAACTTGCGC----AGCTTAT-T---TTGTGCGG---TAT-C-AGT
gi|12 : CC--AGCCCA-ATCCAAGCATATTT----T-TTTTT-TAATTCGTGCG----CATTC-AGTACA-TAAGCATTTC-GCGTGCG---TGAG-AAACGGAAAATC-GAG-------CAGTCGA-GACACTG-TTTTGACT--GC-AGTT----TT-CTGA--AT---A-----A---GAGGCAATGAAGT---AGCAATTAG-TGGGCTTATA-----C---ATGGTT-T-TGT-----AGA-AT---AA-T--TATTCTTTG-T-AAGTAATG-AGT--AAT---GA------TAAT--AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|14 : aa-CTTAT-T---CTGTGCGG---TAT-C-AATACA-AA-GCATTTC-ATG---GGTTTGTG-AAATGGGAAATT-GAG-------CAGTCGA-GCCA-TGTTTTTGA-TTGGC-AGTT----GT-CGGA-TAT----------------GC-------------TAGTC---TG---CTATAACTAGT---AGGATTAG-CGT-----TAA-TA---------TA----GCG-G-GG--AA---AC---AAC---GGGT----TAGTGAAA------AAAC---ATGTTT-T-TG-ATTGCATAaa
gi|3 : aaTCAT-C---TTGTGCGG---TAT-C-AGTACA-TA-GCATTTC-GTG---G---TGAG-AAACGGAAAATC-GAG-------CAGACGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGGA-GAT---A-----A---AAGGCAATGAA-T---G-CAGTCA--TG---CTAAC-----C---ATGGTT-T-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TCG-T-AG--AA-G-AG---AAC---GG------TAGT--AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATAa
gi|9 : aTCAT-T---ATGTGCAA---TAT-A-GGCACA-AA-GCATTTC-ATG---G---TGTG-AAATGGGAAATC-AA----------------------------------GC-AGTT----------------------------GAGTCAATGAA-C---G-CATTCA--TG---CTATA-----C---ATGTTT-T-TTTTTTTTAGA-TA---AA-T--TA----TCG-T-AG--AC-G-AG---AAT---GG------TAGT--AAAT----ATAC---A----T-T-TGCACTGCATAaacttttatactcggtgtgttgaaaaattgaatattgttgtattaaatcgcaataaacttttacaatatttaccacccaaaaaatcgtgaaaatattgctttgttaataaaataaaaattttgaactggagacgttgttaactatttttagccactgaaaaaatccaaagttgttcgtacgtctcgggaattaacacgtgatcgaaatataaaaactgagacatcctgaatggaaattttaaaatattttcggcgatgaatgaatcattttcataaacaagtgacttactgtaaactaaaatatcgatccatccagaattaattcatgcaattttaaagattaggctagatattatttggaattgtctacagtatgcacctatatat
gi|10 : cagacttttgagtttctttggaaGG---TAT-CGAGTACA-AA-GCATTTCAGTA---GACGTGAG-AAACCGGAAATCCGAG-------CAGTCGAAGCCG-TG-TTTTGA-TT-GC-A-TT----TT-ACGA-GAT---A-----A---GATGGAATGAA-TTTTA-CAGTCA--TG---CTATA-----TTTGATGATT-T-TGT-----AGATTATTTAC-T--TA----CCG-T-AG--AA-G-AGA--AAC---G--------AGT--AA------GTACA--A----T-C-TGCATTGCATAaaatttataatcattgtgtttgaaaattagtcttgttgatttataatcgtaataaatgaacacaatgtgtatcactaaaatatcacaaaagtatcgctttgttaacaaaatacagattctgaattg
gi|15 : tg-C-AGTACA-TA-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAAACGG-AAATC-GAG-------CAGTGGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GCAAGTT----TT-CGGA-GAT---A-----A---GAGACAATGAA-T---ACCAGTCA--TG---ATATA-----T---ATGGTT-T-TGT-----AGA-T----AA-T--TA----TCG-T-AG--AA-G-AG---AAC---GG------TAGT--AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATAttctttgggtagactgcgcaaaaggcctacattcctaggatgaggtatcagcttattctc
gi|17 : -C-AATACAATG-GCATTTT-GTG-------T----AAACG---ATTG-GAA-------CAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGG-T--GT-AGTG----GT-TGGAAGAT---A-----G---AAGACAATGAA-----A--AGTT-------------------------GTT-T-TGT-----AGT-TACC-AG-T--CA----TAG-T-AG--AA-G-TG---AA----GT------TAGT--AATTAAA-GTAC---A----TGT-TGCATTGCATt
gi|16 : AAAATC-AAGGTATAGGCTGTCGA-GCAA-TG-TTTTGT-T--GC-AGTT----GT-CGGA-AAT---C-----G---GAGGCCATGAA-T---A-CAGTCA--TG---CCGTA-----C---GTGGTC-T-TGT-----GAA-TT---AA-T------------T-AA--AA-G-TG---AAC---GG------AAGC--AA------ATAC---A----T-T-GGTATCGTATttt
gi|4 : --GC-AGTT----TTTCGAA-GAT---A-----A---GAGACAATGAA-T---G-CAGTCA--TG---CTATtccctgaagctcaagagacgggcat
gi|25 : --GC-AGTT----TTTCGAA-GAT---A-----A---GAGACAATGAA-T---G-CAGTCATTTGC--CTATA-----C---ATGA-T-T-TGT-----CCA-TA---AATT--TA----TTG---GG--AA-G-GGGGAAAA---GA------GAAT--GA------GTAA---A---------ACACTGCATAcaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|27 : TT----TT-CGAA-GAT---A-----A---GAGACAATGAA-T---G-CAGTCA--TG---CTATA-----C---ATGA-T-T-TGT-----CCA-TA---AA-T--TA----TTG-A-AG--AA-G-AG---AAT---GG------TAGT--AA------ACAC---
gi|19 : aatatgcaAA-T---G-CAGTCA--AG---CTATA-----C---ATGGTT-T-TGT-----AGA-TA---AA-T--AA----TCG-T-AG--AA-T-AA---AAC---GG------TAGT--AA------AT-T---A----T-T-TGTATTact
gi|21 : aagttttcggat---A-CAGTCA--TA---CTACA-----C---ATGGTT-C-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TAG-T-AC--AA-G-AG---AAC---GGTACCTATAGT--AG------ATAC---A----T-T-TGTAATGCATAatttacatattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggggggggggtatctt
gi|4 : gaaCA--TG---CTATAA----C---ATGGTT-TCTGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TCG-TAAG--AA-G-AG---AAC---AA------TAGT--AA------ATACAATA----T-T-TGCATTACATAcggttgtgtatttggctagctgtggcctttaatttgacatttc
gi|30 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactgccaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTA-----C---ATGGTT-T--GT-----AGA-TA---AC-T--T-----TCG-T-AG--AA-G-AA---CAA---GG------CAGT--AA-------TAC---A----T-TGCGTATTttctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|18 : GGTT-T-TGT-----AGA-TA---AA-TTATA----TCT-T-AG--AA-G-AGA--AAC---GG------TAGT--AAGTACATGTAC---A----T-T-TGTATTGCAT
gi|28 : TT-T-TTT-----ACA-TA---AA-T--GA----TCG-T-AG--AA-A-AG---AAC---AG------TAGT--AA------ATAC---A----taatcacctgcatattatttggtggagctcaaaatcccgacaattccctagggaggtaactcattcttgaagctaaaggaccttgt
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACCATGTTAACCACCCCAAAAAATCAATGAAATTTGCTTTGTTAACGAAGATAAAAATGTTGAAAATTGGAGACGTTTGTTAACTATTTTTAGCTACTGAAAAAATTCAAAGTTGGTTCGACGTCTTCGGGGGAATTTACATGTGGTCCCCGAAAATAAACTGAGACATCCCTGAATGGAAATTTAAAAATATTTGTTCGGTGCGCGGTGGTCATGAATCATTTTTGTTCATGGTAAAACTTATAACATTAAACATAATGATCGAAAATGGCTTACTAAAACTAACAAAATTCGGTTGAATTAATTAGATTCATCCAGATTTATTTATGGAAGTCAGTGAAACGGACTTTAAAAAAGTTATGGTATATAATGTGGAATTTTGGTCTAATATAATAGGCTACCACTCTTTCCTATTCAGTTATTAATTGCAAAATTCTAAACCTTTCGAGCTCATATTCTTTTTTACTGTGTACGTATACTTAAAAAATACTTTGATGTGGCCAGTCTCGCTATACTCCATTTCCATGTAAAAATTATAAATCGGTAACGTCATTGTCAAGTATTAAAAGGGGGTTGGGTATACTCAGTCTTGCTATCCTCCCCCACACTCCTCATTTTGCGTGTCTATGCTGATGCAGAAACGGGGGTGGGGGGGGGGGTGGGGTACCCAATGAACACCCCCTTTCATTTTTTGGTAGTGGGCC
Unaligned ( gi|20 ): AGTGAAAATACGGACAATTTTAAAAATTAGGCCATATAATTTGGAATTGTCTATATATAGGATTACACATCTTCCCTAGTTTCATTTAGCAATGCAGATTCTAAACTTTCGAGCTCATATTCTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGTACTTTGATGTGGCCAGTCTCCTAATAGCTCCATTTCCATGTAAAACTTAAAAAAGGTAATTGTCAATTAAAAGGGTGATTGGGTATTAGTCTTGGTATCCTCCCCACACTCCTCATTTT
Unaligned ( gi|23 ): GAAAATATTGTTTAGTTAACAAAATAAAATATTGATTTGGAGACGTTATAATGTTAACTATTTTTAGCAACTGAAAAATTCCAAAGACTTGTTCGTACGTCACGGGAATTAACATGT
Unaligned ( gi|31 ): TCCAAAGTTGTTCGTACGTCACGGGAATTATTAACATGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 111 2222 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888 11111 11 1111 222222 111 1111111 111111
lowQualScore : 0 3 8 8 11 5555555555 3 8 0 0 111 111 6 6 5555 1 000000 66666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 8 1 88888 7 33 55 5555 3 8 222222 55 2 77 4 66 5 5 000 4 5 3 3 666 3 77 3 44 5555555 3 1 3 3 3 3 6 33 2 5555 5 2 444444 666 333 555 666 2 333 4444 44 55555 2 666 2 22 4444 77777777 2 2 22 2 2 6 333 888888 77777 888888 555 4444 2 2
lowQualScore : . . . . .. .......... . . . . ... ... . . .... . ...... ............................................... . . . . ..... . .. .. .... . . ...... .. . .. . .. . . ... . . . . ... . .. . .. ....... . . . . . . . .. . .... . . ...... ... ... ... ... . ... .... .. ..... . ... . .. .... ........ . . .. . . . ... ...... ..... ...... ... .... . .
lowQualScore : 7 7 0 0 88 0000000000 2 8 6 7 777 777 7 7 8888 0 666666 66666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 9 0 22222 3 66 00 5555 6 0 555555 55 9 11 4 11 0 0 000 0 0 6 6 444 1 66 3 33 8888888 5 6 3 1 1 1 7 99 9 7777 3 7 333333 999 000 777 111 2 999 2222 88 00000 0 222 0 88 2222 22222222 0 0 88 0 0 0 555 555555 88888 555555 555 5555 2 4
consensus : NGTTTTTTTTTTTNTTC-TTTTCCT-TATGCTACTAACTAAACAAT----------ATCAATNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TAT-CTTTTTA----ACAA-CAACT-TG-TG---C--TN-----------TTG-CGTCA-T-GTCTTNCTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
Reference ( family-882 ) : NGTTTTTTTTCTTCTTC-TTTTCCT-TATGCTACTAANTAGACAAT----------ATCAATNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCNTC-CT---TAT-TTT--------ACAA-CAACT-TG-TG---C--TA-----------TTG-CGTCA-T-GTCTTNCTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTTAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|1 : TTTTTCTTCTTC-TTTTCCT-TATGCTTCTAACTAAACAAT----------AT--AT-------AGTG---ATG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGCAGCACTGCTTTACTTGCTAT-CTTTTTGAAAAACAATCAACT-TG-TT---CAGTC-----------TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AAT-AC--T-CC--ACG----ATTTCCAA-AAC------G--TAATTTTAGACGAG--AT-G-C--AGCCA-ATC-AAG---CTCACGCA-CTCAT-TTTGTGC
gi|10 : ctactgaaaaaaagttgatcgtacgtctcgggaattaatatgtgatcgaaatataaaccgagacatcccgaatagaaatttaaaaatattttcggcgcggcggttaatgaatcatttttgttcatggtaaacataaagatgaaatatggcttaccaaaactacaaattcggttttaattaatcgattcatccagaattaattatggaaagtcagtgaaaatacggacaattttaaagattaggctatataatttggaattgtctatatattggcatacacatcttccctagtttcagttattattgcaaattctaaactttcgagctcatattcttttttactagtacgtattcttaaaagtactttgaaatggccatgcagtctcctaatatttccatttccatgtaaaaatcacaaacggtaacgttcattgtcaattaaaagggtggttgggtatcagtcttggtaccctccttcacactccttattttgcgtgtctatgctgatgcagaaaaccggtgggggggggagtatccatatgacacccccattcccttctcatttttatagtaggcctataG-G---TATCGAGTACAA-A-GCATTTCAGTA---GACGTGAGAAACCGGAAATCCGAGCAGTCGAAGCCG-TG-TTTTGATT--GC-A-TT----TT-ACG-AGA------TAAGATGGAATGAATTTT-A-CAGTCA--TG---CTATA-TTTGATGAT----TT--TGT-----AGATTATTTAC-T--TA----CC--------G-TA-G--AA-G-AGAAAC---G--------AGT-----AA------GTACA--A----T-C-TGCATTGCATA
gi|11 : tgGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCCTGTATGCTAGTAAC-AAACAATATCAAATAAGATCAATATGGGCCAATGCTTGGG---ACCATTTCA-TTTTTGTTCATGCTTT-CTGATTC-TT---TAT-TTTAATA----ACAA-CAACT-CG-TG---C--CACTGTGCCATTCTTG-CGTCATT-GTGCTACTA-----TA-AATAACA-TCCCGGACG----ATTTCC-ttctttgggtagactgcgcaaaaggcctacattcctaggatgaggtatcagcttattctc
gi|12 : ggggggggagggtctgggttgtgacccacctctcacttatttgttaTTAA-TTCGTGCGCA---T-TC-AGTACAT-AAGCATTTC-GCGTGCG---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GACACTG-TTTTGACT--GC-AGTT----TT-CTG-A-A------TAAGAGGCAATGAAG--TAG-CAATTAG-TGGGCTTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-AT---AA-T--TATTCTTT--------G-TA-AGTAATG-AGTAAT---GA------TAAT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|13 : aaA-----TA-AACAAC--TCCC--ACG----ATTTCG-A-ATC------G--TAATTTAAGA-AAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---ATCGCGCA-CTTAT-TTTGTGTG-G---AATT-AGTACAA-A-GC---------------------AACGGTAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-ATTTGT-T--CC-TGTT----TT-CGG-AGATACATGTAAGAGGCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-A--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-aaaaaaaatatgcttggattgggctggaa
gi|14 : -CTTAT-TCTGTGCG-G---TATC-AATACAA-A-GCATTTC-ATG---GGTTTGTGAAATGGGAAATT-GAGCAGTCGA-GCCA-TGTTTTTGA-TTGGC-AGTT----GT-CGG-ATA------T-----GC-------------TAGTC---TG---CTATA-A---CTAGTAGGATTAGCGT-----TAA-TA---------TA----GC--------G-GG-G--AA---AC-AAC---GGGT----TAGTGA---AA------AAAC---ATGTTT-T-TG-ATTGCATA
gi|15 : aaC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAAACGGAAATC-GAGCAGTGGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GCAAGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-ACCAGTCA--TG---ATATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-T----AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATAa
gi|16 : GCTGTCGA-GCAA-TG-TTTTGT-T--GC-AGTT----GT-CGG-AAA------TCGGAGGCCATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CCGTA-C---GTGGT----CT--TGT-----GAA-TT---AA-T--------------------TA-A--AA-G-TG-AAC---GG------AAGC-----AA------ATAC---A----T-T-GGTATCGTATt
gi|17 : aaaatcaaggtatagC-AATACAATG-GCATTTT-GTG-------T---AAACG---ATTG-GAACAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGG-T--GT-AGTG----GT-TGGAAGA------TAGAAGACAATGAA-------AAGTT---------------------GT----TT--TGT-----AGT-TACC-AG-T--CA----TA--------G-TA-G--AA-G-TG-AA----GT------TAGTAATTAAA------GTAC---A----TGT-TGCATTGCATtccctgaagctcaagagacgggcat
gi|18 : GGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-TTATA----TC--------T-TA-G--AA-G-AGAAAC---GG------TAGT-----AAGTACATGTAC---A----T-T-TGTATTGCATttt
gi|19 : AA---T-G-CAGTCA--AG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--AA----TC--------G-TA-G--AA-T-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------AT-T---A----T-T-TGTATTtaatcacctgcatattatttggtggagctcaaaatcccgacaattccctagggaggtaactcattcttgaagctaaaggaccttgt
gi|21 : aagttttcggat-CAGTCA--TA---CTACA-C---ATGGT----TC--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TA--------G-TA-C--AA-G-AG-AAC---GGTACCTATAGT-----AG------ATAC---A----T-T-TGTAATGCATAatttacatattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggggggggggtatctt
gi|24 : gaaCTTT-CT---TAT-CTTTTTG----ATAA-CAACT-TG-TGTCAC--TC-----------TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATACC--TCCC--CCG----ATTTCC-A-AACGTAATTG--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-Atcggttgtgtatttggctagctgtggcctttaatttgacatttc
gi|25 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCATTTGC--CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AATT--TA----TTGGGAAGGGG-GA-A--AA-G-AG-AAT---G--------AGT-----AA------A-AC---A----C-T-
gi|26 : tatgc--------ATAA-CAAAT-TA-TTTT-C--CG-----------TTGTCTTCA-T---CTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAA----ATTTCC-A-AAC------A--TAATTTTAGACGAGC-GT-ACT--AGCC
gi|27 : ttatttccatattgaaaTT----TT-CGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AA-T--TA----TT--------G-AA-G--AA-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AA------ACAC---
gi|28 : aatatgcaT----TT--TTT-----ACA-TA---AA-T--GA----TC--------G-TA-G--AA-A-AG-AAC---AG------TAGT-----AA------ATAC---A----act
gi|29 : ATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---CTTGCGCAGCTTAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTaaaaataaacctgtatggtat
gi|3 : TCAT-CTTGTGCG-G---TATC-AGTACAT-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGACGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAAAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAAC-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|30 : aTA-C---ATGGT----TT---GT-----AGA-TA---AC-T--T-----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-CAA---GG------CAGT------A------ATAC---A----T-TGCGTATTaacttttatactcggtgtgttgaaaaattgaatattgttgtattaaatcgcaataaacttttacaatatttaccacccaaaaaatcgtgaaaatattgctttgttaataaaataaaaattttgaactggagacgttgttaactatttttagccactgaaaaaatccaaagttgttcgtacgtctcgggaattaacacgtgatcgaaatataaaaactgagacatcctgaatggaaattttaaaatattttcggcgatgaatgaatcattttcataaacaagtgacttactgtaaactaaaatatcgatccatccagaattaattcatgcaattttaaagattaggctagatattatttggaattgtctacagtatgcacctatatat
gi|4 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAT
gi|4 : GCCAATT---ATGTTCACCATTAAAACCATCATTT-TGC----CTGCTTT-TT---TAG-CCT--------AT------CTCTGATC---T--TC-----------TTG-CATCT-TCGTCTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAG----ATTTCT-G-AAC------A--TAATTTTAGATGAGT-GT-GCA--AGCCA-GTCAAAG---TTC-TGCA-CTTAT-TCTGTGTG-G---TGTC-AGTACAA-A-GCATTTT--TG---G---TGTGAAACAGGAAATC-GAGCTGTCAA-GCGA-TG-Tcaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|4 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactCA--TG---CTATAAC---ATGGT----TTC-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TAAG--AA-G-AG-AAC---AA------TAGT-----AA------ATACAATA----T-T-TGCATTACATAggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|5 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactgccaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-TTTTCCT-TATGCTACTAAGTAGACAAT----------ATCAATTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TATATTTTTTATA--ACAA-CAACT-TG-TG---C--TATTC--------TTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTttctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|6 : aattctaaactttcgagatcatattcttttttactacagtaacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccC-TTTTCCT-TATGCTACTAAGTAGACAAT----------ATCAATTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TATATTTTTTATA--ACAA-CAACT-TG-TG---C--TATTC--------TTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTT
gi|6 : c---TAT-TT----------CCA-TAACA-TG-TAAT-T--TA-----------TTT-GATCA-TCGTCTCCC-------------AAC--TCGC--ACG----ATTTTC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-ATG---CTCACGCA-CTCA--------------------AGTACAT-A-GCATTCC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-ATTT----TA-CGA-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-A-CAGT---------------C---ATGGC----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TT----TC--------A-TA-G--AA-G-AG-AGC---GG------TAGT-----AA------ATTC---A----T-T-TGTATTGCATAatttgatcatcgtctcccaactcgcacgattttcaaacgtaattttagacgagcgtgccagccaatcatgctcacgcactcaagtacatagcattccgtggtgagaaacggaaaatcgagcagtcgagccatgttttgatgcattttacgaagataagaggcaatgaatacagtcatggctttgtagataaattttcatagaagagagcggtagtaaattcatttgtattgcata
gi|7 : ccttttccttatgctactaagtagacaatatcaattttggccaacggtggccattaaattatcagtttgcctgcatccttatattttttataacaacaacttgtgctattcttgcgtcatgtcttgctatcttgtacaatcacgagcgcacgtgcGTTTCTTTATTTATTC-TTTTCCT-TATGTTACTAACTAAACAAT----------ATTAATATTGGCCAGTG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC---------------------ACAA-CA-----------------------------TG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCACTCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---CATC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TTGGAGGCAATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CTATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|8 : t-----TA-AACAAA--CTCC--ACG----ATTTTC-G-AAT------GCTTAA--TTAGA-AAGTAGTAGCCGAAGCCAGATC-AAAAATCT-GCG-A-CTTATCTTTGTGTG-GAGATATT-AGTACA--A-GC---------------------AACGGT-AATC-GACCAGTCGA-GCCA------TTGA-T---C-TGTTCCTGTT-CGG-ATATTCAT-TAAGA-GCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---TA-A--TA----TC--------GTTA-G--AA-GAAG-AACGGTGG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-G-TGTATTGC
gi|9 : TCAT-TATGTGCA-A---TATA-GGCACAA-A-GCATTTC-ATG---G---TGTGAAATGGGAAATC-AA---------------------------GC-AGTT-----------------------GAGTCAATGAA---C-G-CATTCA--TG---CTATA-C---ATGTT----TT--TTTTTTTTAGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AC-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AAAT----ATAC---A----T-T-TGCACTGCATAcgtatttcttttgggagttgataagccgcattacctgggggggggtgggaggaggggggtatcatttgaaagccactagttaccttgtg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACCATGTTAACCACCCCAAAAAATCAATGAAATTTGCTTTGTTAACGAAGATAAAAATGTTGAAAATTGGAGACGTTTGTTAACTATTTTTAGCTACTGAAAAAATTCAAAGTTGGTTCGACGTCTTCGGGGGAATTTACATGTGGTCCCCGAAAATAAACTGAGACATCCCTGAATGGAAATTTAAAAATATTTGTTCGGTGCGCGGTGGTCATGAATCATTTTTGTTCATGGTAAAACTTATAACATTAAACATAATGATCGAAAATGGCTTACTAAAACTAACAAAATTCGGTTGAATTAATTAGATTCATCCAGATTTATTTATGGAAGTCAGTGAAACGGACTTTAAAAAAGTTATGGTATATAATGTGGAATTTTGGTCTAATATAATAGGCTACCACTCTTTCCTATTCAGTTATTAATTGCAAAATTCTAAACCTTTCGAGCTCATATTCTTTTTTACTGTGTACGTATACTTAAAAAATACTTTGATGTGGCCAGTCTCGCTATACTCCATTTCCATGTAAAAATTATAAATCGGTAACGTCATTGTCAAGTATTAAAAGGGGGTTGGGTATACTCAGTCTTGCTATCCTCCCCCACACTCCTCATTTTGCGTGTCTATGCTGATGCAGAAACGGGGGTGGGGGGGGGGGTGGGGTACCCAATGAACACCCCCTTTCATTTTTTGGTAGTGGGCC
Unaligned ( gi|20 ): AGTGAAAATACGGACAATTTTAAAAATTAGGCCATATAATTTGGAATTGTCTATATATAGGATTACACATCTTCCCTAGTTTCATTTAGCAATGCAGATTCTAAACTTTCGAGCTCATATTCTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGTACTTTGATGTGGCCAGTCTCCTAATAGCTCCATTTCCATGTAAAACTTAAAAAAGGTAATTGTCAATTAAAAGGGTGATTGGGTATTAGTCTTGGTATCCTCCCCACACTCCTCATTTT
Unaligned ( gi|23 ): GAAAATATTGTTTAGTTAACAAAATAAAATATTGATTTGGAGACGTTATAATGTTAACTATTTTTAGCAACTGAAAAATTCCAAAGACTTGTTCGTACGTCACGGGAATTAACATGT
Unaligned ( gi|31 ): TCCAAAGTTGTTCGTACGTCACGGGAATTATTAACATGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 111 2222 111111 333333333333 6666666666666666 22222 11 1111 222222 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 8 8 0 3 5555555555 8 0 0 111 111 6 6 5555 111111 3 111111111111 5 0 1111111111111111 2 5 5 5 1 00000 8 33 55 5555 3 8 222222 55 2 77 4 66 5 5 000 4 5 3 3 666 3 77 3 44 5555555 3 1 3 3 3 3 6 33 2 5555 5 2 444444 666 333 555 666 2 333 4444 44 55555 2 666 2 22 4444 77777777 2 2 22 2 2 6 333 888888 77777 888888 555 4444 2 2
lowQualScore : . . . . . .......... . . . ... ... . . .... ...... . ............ . . ................ . . . . . ..... . .. .. .... . . ...... .. . .. . .. . . ... . . . . ... . .. . .. ....... . . . . . . . .. . .... . . ...... ... ... ... ... . ... .... .. ..... . ... . .. .... ........ . . .. . . . ... ...... ..... ...... ... .... . .
lowQualScore : 0 0 0 8 2 0000000000 8 6 7 777 777 7 7 8888 999999 0 222222222222 0 1 4444444444444444 8 0 0 0 0 00000 0 66 00 5555 6 0 555555 55 9 11 4 11 0 0 000 0 0 6 6 444 1 66 3 33 8888888 5 6 3 1 1 1 7 99 9 7777 3 7 333333 999 000 777 111 2 999 2222 88 00000 0 222 0 88 2222 22222222 0 0 88 0 0 0 555 555555 88888 555555 555 5555 2 4
consensus : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TATCTT-TT---T----AACAA-CAACTTGTG---C-A---------TCTTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
Reference ( family-882 ) : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TATCTT-TT---T----AACAA-CAACTTGTG---C-----------TNTTG-CGTCA-T-GTCTTNCTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|1 : TTTTTCTTCTTCTTTT-CCT-TATGCTTCTAACTAAACAATAT--A----------T-------AGTG---ATG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGCAGCACTGCTTTACTTGCTATCTT-TT---TGAAAAACAATCAACTTGTT---CAG---------TCTTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AAT-AC--T-CC--ACG----ATTTCCAA-AAC------G--TAATTTTAGACGAG--AT-G-C--AGCCA-ATC-AAG---CTCACGCA-CTCAT-TTTGTGC
gi|10 : ctactgaaaaaaagttgatcgtacgtctcgggaattaatatgtgatcgaaatataaaccgagacatcccgaatagaaatttaaaaatattttcggcgcggcggttaatgaatcatttttgttcatggtaaacataaagatgaaatatggcttaccaaaactacaaattcggttttaattaatcgattcatccagaattaattatggaaagtcagtgaaaatacggacaattttaaagattaggctatataatttggaattgtctatatattggcatacacatcttccctagtttcagttattattgcaaattctaaactttcgagctcatattcttttttactagtacgtattcttaaaagtactttgaaatggccatgcagtctcctaatatttccatttccatgtaaaaatcacaaacggtaacgttcattgtcaattaaaagggtggttgggtatcagtcttggtaccctccttcacactccttattttgcgtgtctatgctgatgcagaaaaccggtgggggggggagtatccatatgacacccccattcccttctcatttttatagtaggcctataG-G---TATCGAGTACAA-A-GCATTTCAGTA---GACGTGAGAAACCGGAAATCCGAGCAGTCGAAGCCG-TG-TTTTGATT--GC-A-TT----TT-ACG-AGA------TAAGATGGAATGAATTTT-A-CAGTCA--TG---CTATA-TTTGATGAT----TT--TGT-----AGATTATTTAC-T--TA----CC--------G-TA-G--AA-G-AGAAAC---G--------AGT-----AA------GTACA--A----T-C-TGCATTGCATA
gi|11 : tgGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCCTGTATGCTAGTAAC-AAACAATATCAAATAAGATCAATATGGGCCAATGCTTGGG---ACCATTTCA-TTTTTGTTCATGCTTT-CTGATTC-TT---TATTTT-AA---T----AACAA-CAACTCGTG---CCACTGTGCCATTCTTG-CGTCATT-GTGCTACTA-----TA-AATAACA-TCCCGGACG----ATTTCC-ttctttgggtagactgcgcaaaaggcctacattcctaggatgaggtatcagcttattctc
gi|12 : ggggggggagggtctgggttgtgacccacctctcacttatttgtta-TTCGTGCGCA---T-TC-AGTACAT-AAGCATTTC-GCGTGCG---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GACACTG-TTTTGACT--GC-AGTT----TT-CTG-A-A------TAAGAGGCAATGAAG--TAG-CAATTAG-TGGGCTTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-AT---AA-T--TATTCTTT--------G-TA-AGTAATG-AGTAAT---GA------TAAT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|13 : aaA-----TA-AACAAC--TCCC--ACG----ATTTCG-A-ATC------G--TAATTTAAGA-AAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---ATCGCGCA-CTTAT-TTTGTGTG-G---AATT-AGTACAA-A-GC---------------------AACGGTAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-ATTTGT-T--CC-TGTT----TT-CGG-AGATACATGTAAGAGGCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-A--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-ttaaaaaaaaaatatgcttggattgggctggaa
gi|14 : -CTTAT-TCTGTGCG-G---TATC-AATACAA-A-GCATTTC-ATG---GGTTTGTGAAATGGGAAATT-GAGCAGTCGA-GCCA-TGTTTTTGA-TTGGC-AGTT----GT-CGG-ATA------T-----GC-------------TAGTC---TG---CTATA-A---CTAGTAGGATTAGCGT-----TAA-TA---------TA----GC--------G-GG-G--AA---AC-AAC---GGGT----TAGTGA---AA------AAAC---ATGTTT-T-TG-ATTGCATA
gi|15 : aaC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAAACGGAAATC-GAGCAGTGGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GCAAGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-ACCAGTCA--TG---ATATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-T----AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATAa
gi|16 : GCTGTCGA-GCAA-TG-TTTTGT-T--GC-AGTT----GT-CGG-AAA------TCGGAGGCCATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CCGTA-C---GTGGT----CT--TGT-----GAA-TT---AA-T--------------------TA-A--AA-G-TG-AAC---GG------AAGC-----AA------ATAC---A----T-T-GGTATCGTATt
gi|17 : aaaatcaaggtatagC-AATACAATG-GCATTTT-GTG-------T---AAACG---ATTG-GAACAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGG-T--GT-AGTG----GT-TGGAAGA------TAGAAGACAATGAA-------AAGTT---------------------GT----TT--TGT-----AGT-TACC-AG-T--CA----TA--------G-TA-G--AA-G-TG-AA----GT------TAGTAATTAAA------GTAC---A----TGT-TGCATTGCATtccctgaagctcaagagacgggcat
gi|18 : GGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-TTATA----TC--------T-TA-G--AA-G-AGAAAC---GG------TAGT-----AAGTACATGTAC---A----T-T-TGTATTGCATttt
gi|19 : AA---T-G-CAGTCA--AG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--AA----TC--------G-TA-G--AA-T-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------AT-T---A----T-T-TGTATTtaatcacctgcatattatttggtggagctcaaaatcccgacaattccctagggaggtaactcattcttgaagctaaaggaccttgt
gi|21 : aagttttcggat-CAGTCA--TA---CTACA-C---ATGGT----TC--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TA--------G-TA-C--AA-G-AG-AAC---GGTACCTATAGT-----AG------ATAC---A----T-T-TGTAATGCATAatttacatattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggggggggggtatctt
gi|24 : gaaCTTT-CT---TATCTT-TT---T----GATAA-CAACTTGTGTCAC-----------TCTTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATACC--TCCC--CCG----ATTTCC-A-AACGTAATTG--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-Atcggttgtgtatttggctagctgtggcctttaatttgacatttc
gi|25 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCATTTGC--CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AATT--TA----TTGGGAAGGGG-GA-A--AA-G-AG-AAT---G--------AGT-----AA------A-AC---A----C-T-
gi|26 : tatgc----AATAA-CAAATTATTTT-C-----------CGTTGTCTTCA-T---CTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAA----ATTTCC-A-AAC------A--TAATTTTAGACGAGC-GT-ACT--AGCC
gi|27 : ttatttccatattgaaTT----TT-CGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AA-T--TA----TT--------G-AA-G--AA-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AA------ACAC---
gi|28 : aatatgcaT----TT--TTT-----ACA-TA---AA-T--GA----TC--------G-TA-G--AA-A-AG-AAC---AG------TAGT-----AA------ATAC---A----act
gi|29 : ATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---CTTGCGCAGCTTAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTaaaaataaacctgtatggtat
gi|3 : TCAT-CTTGTGCG-G---TATC-AGTACAT-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGACGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAAAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAAC-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|30 : aTA-C---ATGGT----TT---GT-----AGA-TA---AC-T--T-----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-CAA---GG------CAGT------A------ATAC---A----T-TGCGTATTaacttttatactcggtgtgttgaaaaattgaatattgttgtattaaatcgcaataaacttttacaatatttaccacccaaaaaatcgtgaaaatattgctttgttaataaaataaaaattttgaactggagacgttgttaactatttttagccactgaaaaaatccaaagttgttcgtacgtctcgggaattaacacgtgatcgaaatataaaaactgagacatcctgaatggaaattttaaaatattttcggcgatgaatgaatcattttcataaacaagtgacttactgtaaactaaaatatcgatccatccagaattaattcatgcaattttaaagattaggctagatattatttggaattgtctacagtatgcacctatatat
gi|4 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAT
gi|4 : GCCAATT---ATGTTCACCATTAAAACCATCATTT-TGC----CTGCTTT-TT---TAGCCTATC---T-------------CTGATC---T-----------TCTTG-CATCT-TCGTCTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAG----ATTTCT-G-AAC------A--TAATTTTAGATGAGT-GT-GCA--AGCCA-GTCAAAG---TTC-TGCA-CTTAT-TCTGTGTG-G---TGTC-AGTACAA-A-GCATTTT--TG---G---TGTGAAACAGGAAATC-GAGCTGTCAA-GCGA-TG-Tcaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|4 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactCA--TG---CTATAAC---ATGGT----TTC-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TAAG--AA-G-AG-AAC---AA------TAGT-----AA------ATACAATA----T-T-TGCATTACATAggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|5 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactgccaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTTT-CCT-TATGCTACTAAGTAGACAATATCAA----------TTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TATATT-TTTTAT----AACAA-CAACTTGTG---CTAT--------TCTTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTttctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|6 : aattctaaactttcgagatcatattcttttttactacagtaacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccCTTTT-CCT-TATGCTACTAAGTAGACAATATCAA----------TTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TATATT-TTTTAT----AACAA-CAACTTGTG---CTAT--------TCTTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTT
gi|6 : cAAC--TCGC--ACG----ATTTTC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-ATG---CTCACGCA-CTCA--------------------AGTACAT-A-GCATTCC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-ATTT----TA-CGA-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-A-CAGT---------------C---ATGGC----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TT----TC--------A-TA-G--AA-G-AG-AGC---GG------TAGT-----AA------ATTC---A----T-T-TGTATTGCATAatttgatcatcgtctcccaactcgcacgattttcaaacgtaattttagacgagcgtgccagccaatcatgctcacgcactcaagtacatagcattccgtggtgagaaacggaaaatcgagcagtcgagccatgttttgatgcattttacgaagataagaggcaatgaatacagtcatggctttgtagataaattttcatagaagagagcggtagtaaattcatttgtattgcata
gi|7 : ccttttccttatgctactaagtagacaatatcaattttggccaacggtggccattaaattatcagtttgcctgcatccttatattttttataacaacaacttgtgctattcttgcgtcatgtcttgctatcttgtacaatcacgagcgcacgtgctatttccataacatgtaatttatttgatcatcgtctcccGTTTCTTTATTTATTCTTTT-CCT-TATGTTACTAACTAAACAATATTAA----------TATTGGCCAGTG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC------------------------ACAA-CA-------------------------TG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCACTCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---CATC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TTGGAGGCAATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CTATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|8 : t-----TA-AACAAA--CTCC--ACG----ATTTTC-G-AAT------GCTTAA--TTAGA-AAGTAGTAGCCGAAGCCAGATC-AAAAATCT-GCG-A-CTTATCTTTGTGTG-GAGATATT-AGTACA--A-GC---------------------AACGGT-AATC-GACCAGTCGA-GCCA------TTGA-T---C-TGTTCCTGTT-CGG-ATATTCAT-TAAGA-GCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---TA-A--TA----TC--------GTTA-G--AA-GAAG-AACGGTGG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-G-TGTATTGC
gi|9 : TCAT-TATGTGCA-A---TATA-GGCACAA-A-GCATTTC-ATG---G---TGTGAAATGGGAAATC-AA---------------------------GC-AGTT-----------------------GAGTCAATGAA---C-G-CATTCA--TG---CTATA-C---ATGTT----TT--TTTTTTTTAGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AC-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AAAT----ATAC---A----T-T-TGCACTGCATAcgtatttcttttgggagttgataagccgcattacctgggggggggtgggaggaggggggtatcatttgaaagccactagttaccttgtg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACCATGTTAACCACCCCAAAAAATCAATGAAATTTGCTTTGTTAACGAAGATAAAAATGTTGAAAATTGGAGACGTTTGTTAACTATTTTTAGCTACTGAAAAAATTCAAAGTTGGTTCGACGTCTTCGGGGGAATTTACATGTGGTCCCCGAAAATAAACTGAGACATCCCTGAATGGAAATTTAAAAATATTTGTTCGGTGCGCGGTGGTCATGAATCATTTTTGTTCATGGTAAAACTTATAACATTAAACATAATGATCGAAAATGGCTTACTAAAACTAACAAAATTCGGTTGAATTAATTAGATTCATCCAGATTTATTTATGGAAGTCAGTGAAACGGACTTTAAAAAAGTTATGGTATATAATGTGGAATTTTGGTCTAATATAATAGGCTACCACTCTTTCCTATTCAGTTATTAATTGCAAAATTCTAAACCTTTCGAGCTCATATTCTTTTTTACTGTGTACGTATACTTAAAAAATACTTTGATGTGGCCAGTCTCGCTATACTCCATTTCCATGTAAAAATTATAAATCGGTAACGTCATTGTCAAGTATTAAAAGGGGGTTGGGTATACTCAGTCTTGCTATCCTCCCCCACACTCCTCATTTTGCGTGTCTATGCTGATGCAGAAACGGGGGTGGGGGGGGGGGTGGGGTACCCAATGAACACCCCCTTTCATTTTTTGGTAGTGGGCC
Unaligned ( gi|20 ): AGTGAAAATACGGACAATTTTAAAAATTAGGCCATATAATTTGGAATTGTCTATATATAGGATTACACATCTTCCCTAGTTTCATTTAGCAATGCAGATTCTAAACTTTCGAGCTCATATTCTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGTACTTTGATGTGGCCAGTCTCCTAATAGCTCCATTTCCATGTAAAACTTAAAAAAGGTAATTGTCAATTAAAAGGGTGATTGGGTATTAGTCTTGGTATCCTCCCCACACTCCTCATTTT
Unaligned ( gi|23 ): GAAAATATTGTTTAGTTAACAAAATAAAATATTGATTTGGAGACGTTATAATGTTAACTATTTTTAGCAACTGAAAAATTCCAAAGACTTGTTCGTACGTCACGGGAATTAACATGT
Unaligned ( gi|31 ): TCCAAAGTTGTTCGTACGTCACGGGAATTATTAACATGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 111 2222 33333333333333333333333 66666666666666 1111 22222 11 1111 222222 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 8 8 0 3 5555555555 8 0 0 111 111 6 6 5555 22222222222222222222222 5 2 00000000000000 5 5555 1 00000 8 33 55 5555 3 8 222222 55 2 77 4 66 5 5 000 4 5 3 3 666 3 77 3 44 5555555 3 1 3 3 3 3 6 33 2 5555 5 2 444444 666 333 555 666 2 333 4444 44 55555 2 666 2 22 4444 77777777 2 2 22 2 2 6 333 888888 77777 888888 555 4444 2 2
lowQualScore : . . . . . .......... . . . ... ... . . .... ....................... . . .............. . .... . ..... . .. .. .... . . ...... .. . .. . .. . . ... . . . . ... . .. . .. ....... . . . . . . . .. . .... . . ...... ... ... ... ... . ... .... .. ..... . ... . .. .... ........ . . .. . . . ... ...... ..... ...... ... .... . .
lowQualScore : 0 0 0 8 2 0000000000 8 6 7 777 777 7 7 8888 11111111111111111111111 0 5 44444444444444 0 6666 2 00000 0 66 00 5555 6 0 555555 55 9 11 4 11 0 0 000 0 0 6 6 444 1 66 3 33 8888888 5 6 3 1 1 1 7 99 9 7777 3 7 333333 999 000 777 111 2 999 2222 88 00000 0 222 0 88 2222 22222222 0 0 88 0 0 0 555 555555 88888 555555 555 5555 2 4
consensus : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TATNTTTT---T----AACAA-CAACTTGTG--C-AC--------TCTTGCGTCA-T----GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
Reference ( family-882 ) : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TATCTTTT---T----AACAA-CAACTTGTG--C-A---------TCTTGCGTCA-T----GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|1 : TTTTTCTTCTTCTTTT-CCT-TATGCTTCTAACTAAACAATAT--A----------T-------AGTG---ATG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGCAGCACTGCTTTACTTGCTATCTTTT---TGAAAAACAATCAACTTGTT--C-AG--------TCTTGCGTCA-T----GTCTTACTA-----TA-AAT-AC--T-CC--ACG----ATTTCCAA-AAC------G--TAATTTTAGACGAG--AT-G-C--AGCCA-ATC-AAG---CTCACGCA-CTCAT-TTTGTGC
gi|10 : ctactgaaaaaaagttgatcgtacgtctcgggaattaatatgtgatcgaaatataaaccgagacatcccgaatagaaatttaaaaatattttcggcgcggcggttaatgaatcatttttgttcatggtaaacataaagatgaaatatggcttaccaaaactacaaattcggttttaattaatcgattcatccagaattaattatggaaagtcagtgaaaatacggacaattttaaagattaggctatataatttggaattgtctatatattggcatacacatcttccctagtttcagttattattgcaaattctaaactttcgagctcatattcttttttactagtacgtattcttaaaagtactttgaaatggccatgcagtctcctaatatttccatttccatgtaaaaatcacaaacggtaacgttcattgtcaattaaaagggtggttgggtatcagtcttggtaccctccttcacactccttattttgcgtgtctatgctgatgcagaaaaccggtgggggggggagtatccatatgacacccccattcccttctcatttttatagtaggcctataG-G---TATCGAGTACAA-A-GCATTTCAGTA---GACGTGAGAAACCGGAAATCCGAGCAGTCGAAGCCG-TG-TTTTGATT--GC-A-TT----TT-ACG-AGA------TAAGATGGAATGAATTTT-A-CAGTCA--TG---CTATA-TTTGATGAT----TT--TGT-----AGATTATTTAC-T--TA----CC--------G-TA-G--AA-G-AGAAAC---G--------AGT-----AA------GTACA--A----T-C-TGCATTGCATA
gi|11 : tgGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCCTGTATGCTAGTAAC-AAACAATATCAAATAAGATCAATATGGGCCAATGCTTGGG---ACCATTTCA-TTTTTGTTCATGCTTT-CTGATTC-TT---TATTTTAA---T----AACAA-CAACTCGTGC-C-ACTGTGCCATTCTTGCGTCATT----GTGCTACTA-----TA-AATAACA-TCCCGGACG----ATTTCC-ttctttgggtagactgcgcaaaaggcctacattcctaggatgaggtatcagcttattctc
gi|12 : ggggggggagggtctgggttgtgacccacctctcacttatttgtta-TTCGTGCGCA---T-TC-AGTACAT-AAGCATTTC-GCGTGCG---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GACACTG-TTTTGACT--GC-AGTT----TT-CTG-A-A------TAAGAGGCAATGAAG--TAG-CAATTAG-TGGGCTTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-AT---AA-T--TATTCTTT--------G-TA-AGTAATG-AGTAAT---GA------TAAT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|13 : aaA-----TA-AACAAC--TCCC--ACG----ATTTCG-A-ATC------G--TAATTTAAGA-AAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---ATCGCGCA-CTTAT-TTTGTGTG-G---AATT-AGTACAA-A-GC---------------------AACGGTAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-ATTTGT-T--CC-TGTT----TT-CGG-AGATACATGTAAGAGGCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-A--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-ttaaaaaaaaaatatgcttggattgggctggaa
gi|14 : -CTTAT-TCTGTGCG-G---TATC-AATACAA-A-GCATTTC-ATG---GGTTTGTGAAATGGGAAATT-GAGCAGTCGA-GCCA-TGTTTTTGA-TTGGC-AGTT----GT-CGG-ATA------T-----GC-------------TAGTC---TG---CTATA-A---CTAGTAGGATTAGCGT-----TAA-TA---------TA----GC--------G-GG-G--AA---AC-AAC---GGGT----TAGTGA---AA------AAAC---ATGTTT-T-TG-ATTGCATA
gi|15 : aaC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAAACGGAAATC-GAGCAGTGGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GCAAGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-ACCAGTCA--TG---ATATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-T----AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATAa
gi|16 : GCTGTCGA-GCAA-TG-TTTTGT-T--GC-AGTT----GT-CGG-AAA------TCGGAGGCCATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CCGTA-C---GTGGT----CT--TGT-----GAA-TT---AA-T--------------------TA-A--AA-G-TG-AAC---GG------AAGC-----AA------ATAC---A----T-T-GGTATCGTATt
gi|17 : aaaatcaaggtatagC-AATACAATG-GCATTTT-GTG-------T---AAACG---ATTG-GAACAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGG-T--GT-AGTG----GT-TGGAAGA------TAGAAGACAATGAA-------AAGTT---------------------GT----TT--TGT-----AGT-TACC-AG-T--CA----TA--------G-TA-G--AA-G-TG-AA----GT------TAGTAATTAAA------GTAC---A----TGT-TGCATTGCATtccctgaagctcaagagacgggcat
gi|18 : GGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-TTATA----TC--------T-TA-G--AA-G-AGAAAC---GG------TAGT-----AAGTACATGTAC---A----T-T-TGTATTGCATttt
gi|19 : AA---T-G-CAGTCA--AG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--AA----TC--------G-TA-G--AA-T-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------AT-T---A----T-T-TGTATTtaatcacctgcatattatttggtggagctcaaaatcccgacaattccctagggaggtaactcattcttgaagctaaaggaccttgt
gi|21 : aagttttcggat-CAGTCA--TA---CTACA-C---ATGGT----TC--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TA--------G-TA-C--AA-G-AG-AAC---GGTACCTATAGT-----AG------ATAC---A----T-T-TGTAATGCATAatttacatattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggggggggggtatctt
gi|24 : gaaCTTT-CT---TATCTTTT---T----GATAA-CAACTTGTGT-C-AC--------TCTTGCGTCA-T----GTCTTACTA-----TA-AATACC--TCCC--CCG----ATTTCC-A-AACGTAATTG--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-Atcggttgtgtatttggctagctgtggcctttaatttgacatttc
gi|25 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCATTTGC--CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AATT--TA----TTGGGAAGGGG-GA-A--AA-G-AG-AAT---G--------AGT-----AA------A-AC---A----C-T-
gi|26 : tatgc----AATAA-CAAATT-------A---------TTTTCCGTTG-TCTTCATCTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAA----ATTTCC-A-AAC------A--TAATTTTAGACGAGC-GT-ACT--AGCC
gi|27 : ttatttccatattgaaTT----TT-CGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AA-T--TA----TT--------G-AA-G--AA-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AA------ACAC---
gi|28 : aatatgcaT----TT--TTT-----ACA-TA---AA-T--GA----TC--------G-TA-G--AA-A-AG-AAC---AG------TAGT-----AA------ATAC---A----act
gi|29 : ATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---CTTGCGCAGCTTAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTaaaaataaacctgtatggtat
gi|3 : TCAT-CTTGTGCG-G---TATC-AGTACAT-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGACGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAAAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAAC-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|30 : aTA-C---ATGGT----TT---GT-----AGA-TA---AC-T--T-----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-CAA---GG------CAGT------A------ATAC---A----T-TGCGTATTaacttttatactcggtgtgttgaaaaattgaatattgttgtattaaatcgcaataaacttttacaatatttaccacccaaaaaatcgtgaaaatattgctttgttaataaaataaaaattttgaactggagacgttgttaactatttttagccactgaaaaaatccaaagttgttcgtacgtctcgggaattaacacgtgatcgaaatataaaaactgagacatcctgaatggaaattttaaaatattttcggcgatgaatgaatcattttcataaacaagtgacttactgtaaactaaaatatcgatccatccagaattaattcatgcaattttaaagattaggctagatattatttggaattgtctacagtatgcacctatatat
gi|4 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAT
gi|4 : GCCAATT---ATGTTCACCATTAAAACCATCATTT-TGC----CTGCTT------------TTT---T----AGC---CTATCTCTGATC-T---------TCTTGCATCT-TC---GTCTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAG----ATTTCT-G-AAC------A--TAATTTTAGATGAGT-GT-GCA--AGCCA-GTCAAAG---TTC-TGCA-CTTAT-TCTGTGTG-G---TGTC-AGTACAA-A-GCATTTT--TG---G---TGTGAAACAGGAAATC-GAGCTGTCAA-GCGA-TG-Tcaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|4 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactCA--TG---CTATAAC---ATGGT----TTC-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TAAG--AA-G-AG-AAC---AA------TAGT-----AA------ATACAATA----T-T-TGCATTACATAggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|5 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactgccaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTTT-CCT-TATGCTACTAAGTAGACAATATCAA----------TTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TATATTTTTTAT----AACAA-CAACTTGTG--CTAT--------TCTTGCGTCA-T----GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTttctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|6 : aattctaaactttcgagatcatattcttttttactacagtaacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccCTTTT-CCT-TATGCTACTAAGTAGACAATATCAA----------TTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TATATTTTTTAT----AACAA-CAACTTGTG--CTAT--------TCTTGCGTCA-T----GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTT
gi|6 : cAAC--TCGC--ACG----ATTTTC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-ATG---CTCACGCA-CTCA--------------------AGTACAT-A-GCATTCC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-ATTT----TA-CGA-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-A-CAGT---------------C---ATGGC----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TT----TC--------A-TA-G--AA-G-AG-AGC---GG------TAGT-----AA------ATTC---A----T-T-TGTATTGCATAatttgatcatcgtctcccaactcgcacgattttcaaacgtaattttagacgagcgtgccagccaatcatgctcacgcactcaagtacatagcattccgtggtgagaaacggaaaatcgagcagtcgagccatgttttgatgcattttacgaagataagaggcaatgaatacagtcatggctttgtagataaattttcatagaagagagcggtagtaaattcatttgtattgcata
gi|7 : ccttttccttatgctactaagtagacaatatcaattttggccaacggtggccattaaattatcagtttgcctgcatccttatattttttataacaacaacttgtgctattcttgcgtcatgtcttgctatcttgtacaatcacgagcgcacgtgctatttccataacatgtaatttatttgatcatcgtctcccGTTTCTTTATTTATTCTTTT-CCT-TATGTTACTAACTAAACAATATTAA----------TATTGGCCAGTG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-----------------------ACAA-CA------------------------TGCGTCA-T----GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCACTCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---CATC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TTGGAGGCAATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CTATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|8 : t-----TA-AACAAA--CTCC--ACG----ATTTTC-G-AAT------GCTTAA--TTAGA-AAGTAGTAGCCGAAGCCAGATC-AAAAATCT-GCG-A-CTTATCTTTGTGTG-GAGATATT-AGTACA--A-GC---------------------AACGGT-AATC-GACCAGTCGA-GCCA------TTGA-T---C-TGTTCCTGTT-CGG-ATATTCAT-TAAGA-GCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---TA-A--TA----TC--------GTTA-G--AA-GAAG-AACGGTGG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-G-TGTATTGC
gi|9 : TCAT-TATGTGCA-A---TATA-GGCACAA-A-GCATTTC-ATG---G---TGTGAAATGGGAAATC-AA---------------------------GC-AGTT-----------------------GAGTCAATGAA---C-G-CATTCA--TG---CTATA-C---ATGTT----TT--TTTTTTTTAGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AC-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AAAT----ATAC---A----T-T-TGCACTGCATAcgtatttcttttgggagttgataagccgcattacctgggggggggtgggaggaggggggtatcatttgaaagccactagttaccttgtg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACCATGTTAACCACCCCAAAAAATCAATGAAATTTGCTTTGTTAACGAAGATAAAAATGTTGAAAATTGGAGACGTTTGTTAACTATTTTTAGCTACTGAAAAAATTCAAAGTTGGTTCGACGTCTTCGGGGGAATTTACATGTGGTCCCCGAAAATAAACTGAGACATCCCTGAATGGAAATTTAAAAATATTTGTTCGGTGCGCGGTGGTCATGAATCATTTTTGTTCATGGTAAAACTTATAACATTAAACATAATGATCGAAAATGGCTTACTAAAACTAACAAAATTCGGTTGAATTAATTAGATTCATCCAGATTTATTTATGGAAGTCAGTGAAACGGACTTTAAAAAAGTTATGGTATATAATGTGGAATTTTGGTCTAATATAATAGGCTACCACTCTTTCCTATTCAGTTATTAATTGCAAAATTCTAAACCTTTCGAGCTCATATTCTTTTTTACTGTGTACGTATACTTAAAAAATACTTTGATGTGGCCAGTCTCGCTATACTCCATTTCCATGTAAAAATTATAAATCGGTAACGTCATTGTCAAGTATTAAAAGGGGGTTGGGTATACTCAGTCTTGCTATCCTCCCCCACACTCCTCATTTTGCGTGTCTATGCTGATGCAGAAACGGGGGTGGGGGGGGGGGTGGGGTACCCAATGAACACCCCCTTTCATTTTTTGGTAGTGGGCC
Unaligned ( gi|20 ): AGTGAAAATACGGACAATTTTAAAAATTAGGCCATATAATTTGGAATTGTCTATATATAGGATTACACATCTTCCCTAGTTTCATTTAGCAATGCAGATTCTAAACTTTCGAGCTCATATTCTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGTACTTTGATGTGGCCAGTCTCCTAATAGCTCCATTTCCATGTAAAACTTAAAAAAGGTAATTGTCAATTAAAAGGGTGATTGGGTATTAGTCTTGGTATCCTCCCCACACTCCTCATTTT
Unaligned ( gi|23 ): GAAAATATTGTTTAGTTAACAAAATAAAATATTGATTTGGAGACGTTATAATGTTAACTATTTTTAGCAACTGAAAAATTCCAAAGACTTGTTCGTACGTCACGGGAATTAACATGT
Unaligned ( gi|31 ): TCCAAAGTTGTTCGTACGTCACGGGAATTATTAACATGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 111 2222 111111 111 222222222 44444444444444 22222 11 1111 222222 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 8 8 0 3 5555555555 8 0 0 111 111 6 6 5555 111111 000 3 555555555 5 0 1 11111111111111 5 5 5 1 00000 8 33 55 5555 3 8 222222 55 2 77 4 66 5 5 000 4 5 3 3 666 3 77 3 44 5555555 3 1 3 3 3 3 6 33 2 5555 5 2 444444 666 333 555 666 2 333 4444 44 55555 2 666 2 22 4444 77777777 2 2 22 2 2 6 333 888888 77777 888888 555 4444 2 2
lowQualScore : . . . . . .......... . . . ... ... . . .... ...... ... . ......... . . . .............. . . . . ..... . .. .. .... . . ...... .. . .. . .. . . ... . . . . ... . .. . .. ....... . . . . . . . .. . .... . . ...... ... ... ... ... . ... .... .. ..... . ... . .. .... ........ . . .. . . . ... ...... ..... ...... ... .... . .
lowQualScore : 0 0 0 8 2 0000000000 8 6 7 777 777 7 7 8888 999999 000 0 333333333 0 1 4 44444444444444 0 0 0 2 00000 0 66 00 5555 6 0 555555 55 9 11 4 11 0 0 000 0 0 6 6 444 1 66 3 33 8888888 5 6 3 1 1 1 7 99 9 7777 3 7 333333 999 000 777 111 2 999 2222 88 00000 0 222 0 88 2222 22222222 0 0 88 0 0 0 555 555555 88888 555555 555 5555 2 4
consensus : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TA---TNTTTT---T----AACAA-CAACTTGTG---------C-ATTCTTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
Reference ( family-882 ) : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TA---TNTTTT---T----AACAA-CAACTTGTG---------C-ACTCTTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|1 : TTTTTCTTCTTCTTTT-CCT-TATGCTTCTAACTAAACAATAT--A----------T-------AGTG---ATG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGCAGCACTGCTTTACTTGCTA---TCTTTT---TGAAAAACAATCAACTTGTT---------C-AGTCTTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AAT-AC--T-CC--ACG----ATTTCCAA-AAC------G--TAATTTTAGACGAG--AT-G-C--AGCCA-ATC-AAG---CTCACGCA-CTCAT-TTTGTGC
gi|10 : ctactgaaaaaaagttgatcgtacgtctcgggaattaatatgtgatcgaaatataaaccgagacatcccgaatagaaatttaaaaatattttcggcgcggcggttaatgaatcatttttgttcatggtaaacataaagatgaaatatggcttaccaaaactacaaattcggttttaattaatcgattcatccagaattaattatggaaagtcagtgaaaatacggacaattttaaagattaggctatataatttggaattgtctatatattggcatacacatcttccctagtttcagttattattgcaaattctaaactttcgagctcatattcttttttactagtacgtattcttaaaagtactttgaaatggccatgcagtctcctaatatttccatttccatgtaaaaatcacaaacggtaacgttcattgtcaattaaaagggtggttgggtatcagtcttggtaccctccttcacactccttattttgcgtgtctatgctgatgcagaaaaccggtgggggggggagtatccatatgacacccccattcccttctcatttttatagtaggcctataG-G---TATCGAGTACAA-A-GCATTTCAGTA---GACGTGAGAAACCGGAAATCCGAGCAGTCGAAGCCG-TG-TTTTGATT--GC-A-TT----TT-ACG-AGA------TAAGATGGAATGAATTTT-A-CAGTCA--TG---CTATA-TTTGATGAT----TT--TGT-----AGATTATTTAC-T--TA----CC--------G-TA-G--AA-G-AGAAAC---G--------AGT-----AA------GTACA--A----T-C-TGCATTGCATA
gi|11 : tgGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCCTGTATGCTAGTAAC-AAACAATATCAAATAAGATCAATATGGGCCAATGCTTGGG---ACCATTTCA-TTTTTGTTCATGCTTT-CTGATTC-TT---TA---TTTTAA---T----AACAA-CAACTCGTGCCACTGTGCC-ATTCTTG-CGTCATT-GTGCTACTA-----TA-AATAACA-TCCCGGACG----ATTTCC-ttctttgggtagactgcgcaaaaggcctacattcctaggatgaggtatcagcttattctc
gi|12 : ggggggggagggtctgggttgtgacccacctctcacttatttgtta-TTCGTGCGCA---T-TC-AGTACAT-AAGCATTTC-GCGTGCG---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GACACTG-TTTTGACT--GC-AGTT----TT-CTG-A-A------TAAGAGGCAATGAAG--TAG-CAATTAG-TGGGCTTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-AT---AA-T--TATTCTTT--------G-TA-AGTAATG-AGTAAT---GA------TAAT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|13 : aaA-----TA-AACAAC--TCCC--ACG----ATTTCG-A-ATC------G--TAATTTAAGA-AAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---ATCGCGCA-CTTAT-TTTGTGTG-G---AATT-AGTACAA-A-GC---------------------AACGGTAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-ATTTGT-T--CC-TGTT----TT-CGG-AGATACATGTAAGAGGCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-A--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-ttaaaaaaaaaatatgcttggattgggctggaa
gi|14 : -CTTAT-TCTGTGCG-G---TATC-AATACAA-A-GCATTTC-ATG---GGTTTGTGAAATGGGAAATT-GAGCAGTCGA-GCCA-TGTTTTTGA-TTGGC-AGTT----GT-CGG-ATA------T-----GC-------------TAGTC---TG---CTATA-A---CTAGTAGGATTAGCGT-----TAA-TA---------TA----GC--------G-GG-G--AA---AC-AAC---GGGT----TAGTGA---AA------AAAC---ATGTTT-T-TG-ATTGCATA
gi|15 : aaC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAAACGGAAATC-GAGCAGTGGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GCAAGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-ACCAGTCA--TG---ATATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-T----AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATAa
gi|16 : GCTGTCGA-GCAA-TG-TTTTGT-T--GC-AGTT----GT-CGG-AAA------TCGGAGGCCATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CCGTA-C---GTGGT----CT--TGT-----GAA-TT---AA-T--------------------TA-A--AA-G-TG-AAC---GG------AAGC-----AA------ATAC---A----T-T-GGTATCGTATt
gi|17 : aaaatcaaggtatagC-AATACAATG-GCATTTT-GTG-------T---AAACG---ATTG-GAACAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGG-T--GT-AGTG----GT-TGGAAGA------TAGAAGACAATGAA-------AAGTT---------------------GT----TT--TGT-----AGT-TACC-AG-T--CA----TA--------G-TA-G--AA-G-TG-AA----GT------TAGTAATTAAA------GTAC---A----TGT-TGCATTGCATtccctgaagctcaagagacgggcat
gi|18 : GGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-TTATA----TC--------T-TA-G--AA-G-AGAAAC---GG------TAGT-----AAGTACATGTAC---A----T-T-TGTATTGCATttt
gi|19 : AA---T-G-CAGTCA--AG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--AA----TC--------G-TA-G--AA-T-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------AT-T---A----T-T-TGTATTtaatcacctgcatattatttggtggagctcaaaatcccgacaattccctagggaggtaactcattcttgaagctaaaggaccttgt
gi|21 : aagttttcggat-CAGTCA--TA---CTACA-C---ATGGT----TC--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TA--------G-TA-C--AA-G-AG-AAC---GGTACCTATAGT-----AG------ATAC---A----T-T-TGTAATGCATAatttacatattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggggggggggtatctt
gi|24 : gaaCTTT-CT---TA---TCTTTT---T----GATAA-CAACTTGTGT--------C-ACTCTTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATACC--TCCC--CCG----ATTTCC-A-AACGTAATTG--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-Atcggttgtgtatttggctagctgtggcctttaatttgacatttc
gi|25 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCATTTGC--CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AATT--TA----TTGGGAAGGGG-GA-A--AA-G-AG-AAT---G--------AGT-----AA------A-AC---A----C-T-
gi|26 : tatgc----AATAA-CAAATTATT---------T-TCCGTTGTCTTCA-T---CTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAA----ATTTCC-A-AAC------A--TAATTTTAGACGAGC-GT-ACT--AGCC
gi|27 : ttatttccatattgaaTT----TT-CGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AA-T--TA----TT--------G-AA-G--AA-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AA------ACAC---
gi|28 : aatatgcaT----TT--TTT-----ACA-TA---AA-T--GA----TC--------G-TA-G--AA-A-AG-AAC---AG------TAGT-----AA------ATAC---A----act
gi|29 : ATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---CTTGCGCAGCTTAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTaaaaataaacctgtatggtat
gi|3 : TCAT-CTTGTGCG-G---TATC-AGTACAT-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGACGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAAAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAAC-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|30 : aTA-C---ATGGT----TT---GT-----AGA-TA---AC-T--T-----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-CAA---GG------CAGT------A------ATAC---A----T-TGCGTATTaacttttatactcggtgtgttgaaaaattgaatattgttgtattaaatcgcaataaacttttacaatatttaccacccaaaaaatcgtgaaaatattgctttgttaataaaataaaaattttgaactggagacgttgttaactatttttagccactgaaaaaatccaaagttgttcgtacgtctcgggaattaacacgtgatcgaaatataaaaactgagacatcctgaatggaaattttaaaatattttcggcgatgaatgaatcattttcataaacaagtgacttactgtaaactaaaatatcgatccatccagaattaattcatgcaattttaaagattaggctagatattatttggaattgtctacagtatgcacctatatat
gi|4 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAT
gi|4 : GCCAATT---ATGTTCACCATTAAAACCATCATTT-TGC----CTGCTTT-TT---TAGCCTATCTC---T----GAT------CTT-----------------CTTG-CATCT-TCGTCTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAG----ATTTCT-G-AAC------A--TAATTTTAGATGAGT-GT-GCA--AGCCA-GTCAAAG---TTC-TGCA-CTTAT-TCTGTGTG-G---TGTC-AGTACAA-A-GCATTTT--TG---G---TGTGAAACAGGAAATC-GAGCTGTCAA-GCGA-TG-Tcaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|4 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactCA--TG---CTATAAC---ATGGT----TTC-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TAAG--AA-G-AG-AAC---AA------TAGT-----AA------ATACAATA----T-T-TGCATTACATAggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|5 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactgccaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTTT-CCT-TATGCTACTAAGTAGACAATATCAA----------TTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TA---TATTTTTTAT----AACAA-CAACTTGTG---------CTATTCTTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTttctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|6 : aattctaaactttcgagatcatattcttttttactacagtaacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccCTTTT-CCT-TATGCTACTAAGTAGACAATATCAA----------TTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TA---TATTTTTTAT----AACAA-CAACTTGTG---------CTATTCTTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTT
gi|6 : cAAC--TCGC--ACG----ATTTTC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-ATG---CTCACGCA-CTCA--------------------AGTACAT-A-GCATTCC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-ATTT----TA-CGA-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-A-CAGT---------------C---ATGGC----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TT----TC--------A-TA-G--AA-G-AG-AGC---GG------TAGT-----AA------ATTC---A----T-T-TGTATTGCATAatttgatcatcgtctcccaactcgcacgattttcaaacgtaattttagacgagcgtgccagccaatcatgctcacgcactcaagtacatagcattccgtggtgagaaacggaaaatcgagcagtcgagccatgttttgatgcattttacgaagataagaggcaatgaatacagtcatggctttgtagataaattttcatagaagagagcggtagtaaattcatttgtattgcata
gi|7 : ccttttccttatgctactaagtagacaatatcaattttggccaacggtggccattaaattatcagtttgcctgcatccttatattttttataacaacaacttgtgctattcttgcgtcatgtcttgctatcttgtacaatcacgagcgcacgtgctatttccataacatgtaatttatttgatcatcgtctcccGTTTCTTTATTTATTCTTTT-CCT-TATGTTACTAACTAAACAATATTAA----------TATTGGCCAGTG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC--------------------------ACAA-CA-----------------------TG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCACTCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---CATC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TTGGAGGCAATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CTATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|8 : t-----TA-AACAAA--CTCC--ACG----ATTTTC-G-AAT------GCTTAA--TTAGA-AAGTAGTAGCCGAAGCCAGATC-AAAAATCT-GCG-A-CTTATCTTTGTGTG-GAGATATT-AGTACA--A-GC---------------------AACGGT-AATC-GACCAGTCGA-GCCA------TTGA-T---C-TGTTCCTGTT-CGG-ATATTCAT-TAAGA-GCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---TA-A--TA----TC--------GTTA-G--AA-GAAG-AACGGTGG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-G-TGTATTGC
gi|9 : TCAT-TATGTGCA-A---TATA-GGCACAA-A-GCATTTC-ATG---G---TGTGAAATGGGAAATC-AA---------------------------GC-AGTT-----------------------GAGTCAATGAA---C-G-CATTCA--TG---CTATA-C---ATGTT----TT--TTTTTTTTAGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AC-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AAAT----ATAC---A----T-T-TGCACTGCATAcgtatttcttttgggagttgataagccgcattacctgggggggggtgggaggaggggggtatcatttgaaagccactagttaccttgtg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACCATGTTAACCACCCCAAAAAATCAATGAAATTTGCTTTGTTAACGAAGATAAAAATGTTGAAAATTGGAGACGTTTGTTAACTATTTTTAGCTACTGAAAAAATTCAAAGTTGGTTCGACGTCTTCGGGGGAATTTACATGTGGTCCCCGAAAATAAACTGAGACATCCCTGAATGGAAATTTAAAAATATTTGTTCGGTGCGCGGTGGTCATGAATCATTTTTGTTCATGGTAAAACTTATAACATTAAACATAATGATCGAAAATGGCTTACTAAAACTAACAAAATTCGGTTGAATTAATTAGATTCATCCAGATTTATTTATGGAAGTCAGTGAAACGGACTTTAAAAAAGTTATGGTATATAATGTGGAATTTTGGTCTAATATAATAGGCTACCACTCTTTCCTATTCAGTTATTAATTGCAAAATTCTAAACCTTTCGAGCTCATATTCTTTTTTACTGTGTACGTATACTTAAAAAATACTTTGATGTGGCCAGTCTCGCTATACTCCATTTCCATGTAAAAATTATAAATCGGTAACGTCATTGTCAAGTATTAAAAGGGGGTTGGGTATACTCAGTCTTGCTATCCTCCCCCACACTCCTCATTTTGCGTGTCTATGCTGATGCAGAAACGGGGGTGGGGGGGGGGGTGGGGTACCCAATGAACACCCCCTTTCATTTTTTGGTAGTGGGCC
Unaligned ( gi|20 ): AGTGAAAATACGGACAATTTTAAAAATTAGGCCATATAATTTGGAATTGTCTATATATAGGATTACACATCTTCCCTAGTTTCATTTAGCAATGCAGATTCTAAACTTTCGAGCTCATATTCTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGTACTTTGATGTGGCCAGTCTCCTAATAGCTCCATTTCCATGTAAAACTTAAAAAAGGTAATTGTCAATTAAAAGGGTGATTGGGTATTAGTCTTGGTATCCTCCCCACACTCCTCATTTT
Unaligned ( gi|23 ): GAAAATATTGTTTAGTTAACAAAATAAAATATTGATTTGGAGACGTTATAATGTTAACTATTTTTAGCAACTGAAAAATTCCAAAGACTTGTTCGTACGTCACGGGAATTAACATGT
Unaligned ( gi|31 ): TCCAAAGTTGTTCGTACGTCACGGGAATTATTAACATGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 111 2222 33333333333333333333333 444444444444 22222 11 1111 222222 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 8 8 0 3 5555555555 8 0 0 111 111 6 6 5555 00000000000000000000000 5 444444444444 66 5 5 5 1 00000 8 33 55 5555 3 8 222222 55 2 77 4 66 5 5 000 4 5 3 3 666 3 77 3 44 5555555 3 1 3 3 3 3 6 33 2 5555 5 2 444444 666 333 555 666 2 333 4444 44 55555 2 666 2 22 4444 77777777 2 2 22 2 2 6 333 888888 77777 888888 555 4444 2 2
lowQualScore : . . . . . .......... . . . ... ... . . .... ....................... . ............ .. . . . . ..... . .. .. .... . . ...... .. . .. . .. . . ... . . . . ... . .. . .. ....... . . . . . . . .. . .... . . ...... ... ... ... ... . ... .... .. ..... . ... . .. .... ........ . . .. . . . ... ...... ..... ...... ... .... . .
lowQualScore : 0 0 0 8 2 0000000000 8 6 7 777 777 7 7 8888 55555555555555555555555 0 444444444444 99 0 0 0 2 00000 0 66 00 5555 6 0 555555 55 9 11 4 11 0 0 000 0 0 6 6 444 1 66 3 33 8888888 5 6 3 1 1 1 7 99 9 7777 3 7 333333 999 000 777 111 2 999 2222 88 00000 0 222 0 88 2222 22222222 0 0 88 0 0 0 555 555555 88888 555555 555 5555 2 4
consensus : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TATNTTTT---T----AACAA-CAACTTGTG---------C-ATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
Reference ( family-882 ) : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TATNTTTT---T----AACAA-CAACTTGTG---------C-ATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|1 : TTTTTCTTCTTCTTTT-CCT-TATGCTTCTAACTAAACAATAT--A----------T-------AGTG---ATG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGCAGCACTGCTTTACTTGCTATCTTTT---TGAAAAACAATCAACTTGTT---------C-AGTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AAT-AC--T-CC--ACG----ATTTCCAA-AAC------G--TAATTTTAGACGAG--AT-G-C--AGCCA-ATC-AAG---CTCACGCA-CTCAT-TTTGTGC
gi|10 : ctactgaaaaaaagttgatcgtacgtctcgggaattaatatgtgatcgaaatataaaccgagacatcccgaatagaaatttaaaaatattttcggcgcggcggttaatgaatcatttttgttcatggtaaacataaagatgaaatatggcttaccaaaactacaaattcggttttaattaatcgattcatccagaattaattatggaaagtcagtgaaaatacggacaattttaaagattaggctatataatttggaattgtctatatattggcatacacatcttccctagtttcagttattattgcaaattctaaactttcgagctcatattcttttttactagtacgtattcttaaaagtactttgaaatggccatgcagtctcctaatatttccatttccatgtaaaaatcacaaacggtaacgttcattgtcaattaaaagggtggttgggtatcagtcttggtaccctccttcacactccttattttgcgtgtctatgctgatgcagaaaaccggtgggggggggagtatccatatgacacccccattcccttctcatttttatagtaggcctataG-G---TATCGAGTACAA-A-GCATTTCAGTA---GACGTGAGAAACCGGAAATCCGAGCAGTCGAAGCCG-TG-TTTTGATT--GC-A-TT----TT-ACG-AGA------TAAGATGGAATGAATTTT-A-CAGTCA--TG---CTATA-TTTGATGAT----TT--TGT-----AGATTATTTAC-T--TA----CC--------G-TA-G--AA-G-AGAAAC---G--------AGT-----AA------GTACA--A----T-C-TGCATTGCATA
gi|11 : tgGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCCTGTATGCTAGTAAC-AAACAATATCAAATAAGATCAATATGGGCCAATGCTTGGG---ACCATTTCA-TTTTTGTTCATGCTTT-CTGATTC-TT---TATTTTAA---T----AACAA-CAACTCGTGCCACTGTGCC-ATTC--TTG-CGTCATT-GTGCTACTA-----TA-AATAACA-TCCCGGACG----ATTTCC-ttctttgggtagactgcgcaaaaggcctacattcctaggatgaggtatcagcttattctc
gi|12 : ggggggggagggtctgggttgtgacccacctctcacttatttgtta-TTCGTGCGCA---T-TC-AGTACAT-AAGCATTTC-GCGTGCG---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GACACTG-TTTTGACT--GC-AGTT----TT-CTG-A-A------TAAGAGGCAATGAAG--TAG-CAATTAG-TGGGCTTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-AT---AA-T--TATTCTTT--------G-TA-AGTAATG-AGTAAT---GA------TAAT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|13 : aaA-----TA-AACAAC--TCCC--ACG----ATTTCG-A-ATC------G--TAATTTAAGA-AAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---ATCGCGCA-CTTAT-TTTGTGTG-G---AATT-AGTACAA-A-GC---------------------AACGGTAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-ATTTGT-T--CC-TGTT----TT-CGG-AGATACATGTAAGAGGCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-A--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-ttaaaaaaaaaatatgcttggattgggctggaa
gi|14 : -CTTAT-TCTGTGCG-G---TATC-AATACAA-A-GCATTTC-ATG---GGTTTGTGAAATGGGAAATT-GAGCAGTCGA-GCCA-TGTTTTTGA-TTGGC-AGTT----GT-CGG-ATA------T-----GC-------------TAGTC---TG---CTATA-A---CTAGTAGGATTAGCGT-----TAA-TA---------TA----GC--------G-GG-G--AA---AC-AAC---GGGT----TAGTGA---AA------AAAC---ATGTTT-T-TG-ATTGCATA
gi|15 : aaC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAAACGGAAATC-GAGCAGTGGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GCAAGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-ACCAGTCA--TG---ATATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-T----AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATAa
gi|16 : GCTGTCGA-GCAA-TG-TTTTGT-T--GC-AGTT----GT-CGG-AAA------TCGGAGGCCATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CCGTA-C---GTGGT----CT--TGT-----GAA-TT---AA-T--------------------TA-A--AA-G-TG-AAC---GG------AAGC-----AA------ATAC---A----T-T-GGTATCGTATt
gi|17 : aaaatcaaggtatagC-AATACAATG-GCATTTT-GTG-------T---AAACG---ATTG-GAACAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGG-T--GT-AGTG----GT-TGGAAGA------TAGAAGACAATGAA-------AAGTT---------------------GT----TT--TGT-----AGT-TACC-AG-T--CA----TA--------G-TA-G--AA-G-TG-AA----GT------TAGTAATTAAA------GTAC---A----TGT-TGCATTGCATtccctgaagctcaagagacgggcat
gi|18 : GGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-TTATA----TC--------T-TA-G--AA-G-AGAAAC---GG------TAGT-----AAGTACATGTAC---A----T-T-TGTATTGCATttt
gi|19 : AA---T-G-CAGTCA--AG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--AA----TC--------G-TA-G--AA-T-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------AT-T---A----T-T-TGTATTtaatcacctgcatattatttggtggagctcaaaatcccgacaattccctagggaggtaactcattcttgaagctaaaggaccttgt
gi|21 : aagttttcggat-CAGTCA--TA---CTACA-C---ATGGT----TC--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TA--------G-TA-C--AA-G-AG-AAC---GGTACCTATAGT-----AG------ATAC---A----T-T-TGTAATGCATAatttacatattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggggggggggtatctt
gi|24 : gaaCTTT-CT---TATCTTTT---T----GATAA-CAACTTGTGT--------C-ACTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATACC--TCCC--CCG----ATTTCC-A-AACGTAATTG--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-Atcggttgtgtatttggctagctgtggcctttaatttgacatttc
gi|25 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCATTTGC--CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AATT--TA----TTGGGAAGGGG-GA-A--AA-G-AG-AAT---G--------AGT-----AA------A-AC---A----C-T-
gi|26 : tatgc----AATAA-CAAATTATT------------TTCCGTTGTCTTCA-T---CTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAA----ATTTCC-A-AAC------A--TAATTTTAGACGAGC-GT-ACT--AGCC
gi|27 : ttatttccatattgaaTT----TT-CGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AA-T--TA----TT--------G-AA-G--AA-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AA------ACAC---
gi|28 : aatatgcaT----TT--TTT-----ACA-TA---AA-T--GA----TC--------G-TA-G--AA-A-AG-AAC---AG------TAGT-----AA------ATAC---A----act
gi|29 : ATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---CTTGCGCAGCTTAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTaaaaataaacctgtatggtat
gi|3 : TCAT-CTTGTGCG-G---TATC-AGTACAT-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGACGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAAAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAAC-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|30 : aTA-C---ATGGT----TT---GT-----AGA-TA---AC-T--T-----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-CAA---GG------CAGT------A------ATAC---A----T-TGCGTATTaacttttatactcggtgtgttgaaaaattgaatattgttgtattaaatcgcaataaacttttacaatatttaccacccaaaaaatcgtgaaaatattgctttgttaataaaataaaaattttgaactggagacgttgttaactatttttagccactgaaaaaatccaaagttgttcgtacgtctcgggaattaacacgtgatcgaaatataaaaactgagacatcctgaatggaaattttaaaatattttcggcgatgaatgaatcattttcataaacaagtgacttactgtaaactaaaatatcgatccatccagaattaattcatgcaattttaaagattaggctagatattatttggaattgtctacagtatgcacctatatat
gi|4 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAT
gi|4 : GCCAATT---ATGTTCACCATTAAAACCATCATTT-TGC----CTGCTT------------TTT---T----AGC---CTATCTCTGAT-------C--TTC--TTG-CATCT-TCGTCTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAG----ATTTCT-G-AAC------A--TAATTTTAGATGAGT-GT-GCA--AGCCA-GTCAAAG---TTC-TGCA-CTTAT-TCTGTGTG-G---TGTC-AGTACAA-A-GCATTTT--TG---G---TGTGAAACAGGAAATC-GAGCTGTCAA-GCGA-TG-Tcaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|4 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactCA--TG---CTATAAC---ATGGT----TTC-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TAAG--AA-G-AG-AAC---AA------TAGT-----AA------ATACAATA----T-T-TGCATTACATAggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|5 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactgccaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTTT-CCT-TATGCTACTAAGTAGACAATATCAA----------TTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TATATTTTTTAT----AACAA-CAACTTGTG---------CTATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTttctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|6 : aattctaaactttcgagatcatattcttttttactacagtaacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccCTTTT-CCT-TATGCTACTAAGTAGACAATATCAA----------TTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TATATTTTTTAT----AACAA-CAACTTGTG---------CTATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTT
gi|6 : cAAC--TCGC--ACG----ATTTTC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-ATG---CTCACGCA-CTCA--------------------AGTACAT-A-GCATTCC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-ATTT----TA-CGA-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-A-CAGT---------------C---ATGGC----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TT----TC--------A-TA-G--AA-G-AG-AGC---GG------TAGT-----AA------ATTC---A----T-T-TGTATTGCATAatttgatcatcgtctcccaactcgcacgattttcaaacgtaattttagacgagcgtgccagccaatcatgctcacgcactcaagtacatagcattccgtggtgagaaacggaaaatcgagcagtcgagccatgttttgatgcattttacgaagataagaggcaatgaatacagtcatggctttgtagataaattttcatagaagagagcggtagtaaattcatttgtattgcata
gi|7 : ccttttccttatgctactaagtagacaatatcaattttggccaacggtggccattaaattatcagtttgcctgcatccttatattttttataacaacaacttgtgctattcttgcgtcatgtcttgctatcttgtacaatcacgagcgcacgtgctatttccataacatgtaatttatttgatcatcgtctcccGTTTCTTTATTTATTCTTTT-CCT-TATGTTACTAACTAAACAATATTAA----------TATTGGCCAGTG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-----------------------ACAA-CA-------------------------TG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCACTCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---CATC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TTGGAGGCAATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CTATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|8 : t-----TA-AACAAA--CTCC--ACG----ATTTTC-G-AAT------GCTTAA--TTAGA-AAGTAGTAGCCGAAGCCAGATC-AAAAATCT-GCG-A-CTTATCTTTGTGTG-GAGATATT-AGTACA--A-GC---------------------AACGGT-AATC-GACCAGTCGA-GCCA------TTGA-T---C-TGTTCCTGTT-CGG-ATATTCAT-TAAGA-GCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---TA-A--TA----TC--------GTTA-G--AA-GAAG-AACGGTGG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-G-TGTATTGC
gi|9 : TCAT-TATGTGCA-A---TATA-GGCACAA-A-GCATTTC-ATG---G---TGTGAAATGGGAAATC-AA---------------------------GC-AGTT-----------------------GAGTCAATGAA---C-G-CATTCA--TG---CTATA-C---ATGTT----TT--TTTTTTTTAGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AC-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AAAT----ATAC---A----T-T-TGCACTGCATAcgtatttcttttgggagttgataagccgcattacctgggggggggtgggaggaggggggtatcatttgaaagccactagttaccttgtg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACCATGTTAACCACCCCAAAAAATCAATGAAATTTGCTTTGTTAACGAAGATAAAAATGTTGAAAATTGGAGACGTTTGTTAACTATTTTTAGCTACTGAAAAAATTCAAAGTTGGTTCGACGTCTTCGGGGGAATTTACATGTGGTCCCCGAAAATAAACTGAGACATCCCTGAATGGAAATTTAAAAATATTTGTTCGGTGCGCGGTGGTCATGAATCATTTTTGTTCATGGTAAAACTTATAACATTAAACATAATGATCGAAAATGGCTTACTAAAACTAACAAAATTCGGTTGAATTAATTAGATTCATCCAGATTTATTTATGGAAGTCAGTGAAACGGACTTTAAAAAAGTTATGGTATATAATGTGGAATTTTGGTCTAATATAATAGGCTACCACTCTTTCCTATTCAGTTATTAATTGCAAAATTCTAAACCTTTCGAGCTCATATTCTTTTTTACTGTGTACGTATACTTAAAAAATACTTTGATGTGGCCAGTCTCGCTATACTCCATTTCCATGTAAAAATTATAAATCGGTAACGTCATTGTCAAGTATTAAAAGGGGGTTGGGTATACTCAGTCTTGCTATCCTCCCCCACACTCCTCATTTTGCGTGTCTATGCTGATGCAGAAACGGGGGTGGGGGGGGGGGTGGGGTACCCAATGAACACCCCCTTTCATTTTTTGGTAGTGGGCC
Unaligned ( gi|20 ): AGTGAAAATACGGACAATTTTAAAAATTAGGCCATATAATTTGGAATTGTCTATATATAGGATTACACATCTTCCCTAGTTTCATTTAGCAATGCAGATTCTAAACTTTCGAGCTCATATTCTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGTACTTTGATGTGGCCAGTCTCCTAATAGCTCCATTTCCATGTAAAACTTAAAAAAGGTAATTGTCAATTAAAAGGGTGATTGGGTATTAGTCTTGGTATCCTCCCCACACTCCTCATTTT
Unaligned ( gi|23 ): GAAAATATTGTTTAGTTAACAAAATAAAATATTGATTTGGAGACGTTATAATGTTAACTATTTTTAGCAACTGAAAAATTCCAAAGACTTGTTCGTACGTCACGGGAATTAACATGT
Unaligned ( gi|31 ): TCCAAAGTTGTTCGTACGTCACGGGAATTATTAACATGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 111 2222 33333333333333333333333 444444444444 22222 11 1111 222222 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 8 8 0 3 5555555555 8 0 0 111 111 6 6 5555 00000000000000000000000 5 444444444444 66 5 5 5 1 00000 8 33 55 5555 3 8 222222 55 2 77 4 66 5 5 000 4 5 3 3 666 3 77 3 44 5555555 3 1 3 3 3 3 6 33 2 5555 5 2 444444 666 333 555 666 2 333 4444 44 55555 2 666 2 22 4444 77777777 2 2 22 2 2 6 333 888888 77777 888888 555 4444 2 2
lowQualScore : . . . . . .......... . . . ... ... . . .... ....................... . ............ .. . . . . ..... . .. .. .... . . ...... .. . .. . .. . . ... . . . . ... . .. . .. ....... . . . . . . . .. . .... . . ...... ... ... ... ... . ... .... .. ..... . ... . .. .... ........ . . .. . . . ... ...... ..... ...... ... .... . .
lowQualScore : 0 0 0 8 2 0000000000 8 6 7 777 777 7 7 8888 55555555555555555555555 0 444444444444 99 0 0 0 2 00000 0 66 00 5555 6 0 555555 55 9 11 4 11 0 0 000 0 0 6 6 444 1 66 3 33 8888888 5 6 3 1 1 1 7 99 9 7777 3 7 333333 999 000 777 111 2 999 2222 88 00000 0 222 0 88 2222 22222222 0 0 88 0 0 0 555 555555 88888 555555 555 5555 2 4
consensus : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TATNTTTT---T----AACAA-CAACTTGTG---------C-ATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
Reference ( family-882 ) : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TATNTTTT---T----AACAA-CAACTTGTG---------C-ATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|1 : TTTTTCTTCTTCTTTT-CCT-TATGCTTCTAACTAAACAATAT--A----------T-------AGTG---ATG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGCAGCACTGCTTTACTTGCTATCTTTT---TGAAAAACAATCAACTTGTT---------C-AGTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AAT-AC--T-CC--ACG----ATTTCCAA-AAC------G--TAATTTTAGACGAG--AT-G-C--AGCCA-ATC-AAG---CTCACGCA-CTCAT-TTTGTGC
gi|10 : ctactgaaaaaaagttgatcgtacgtctcgggaattaatatgtgatcgaaatataaaccgagacatcccgaatagaaatttaaaaatattttcggcgcggcggttaatgaatcatttttgttcatggtaaacataaagatgaaatatggcttaccaaaactacaaattcggttttaattaatcgattcatccagaattaattatggaaagtcagtgaaaatacggacaattttaaagattaggctatataatttggaattgtctatatattggcatacacatcttccctagtttcagttattattgcaaattctaaactttcgagctcatattcttttttactagtacgtattcttaaaagtactttgaaatggccatgcagtctcctaatatttccatttccatgtaaaaatcacaaacggtaacgttcattgtcaattaaaagggtggttgggtatcagtcttggtaccctccttcacactccttattttgcgtgtctatgctgatgcagaaaaccggtgggggggggagtatccatatgacacccccattcccttctcatttttatagtaggcctataG-G---TATCGAGTACAA-A-GCATTTCAGTA---GACGTGAGAAACCGGAAATCCGAGCAGTCGAAGCCG-TG-TTTTGATT--GC-A-TT----TT-ACG-AGA------TAAGATGGAATGAATTTT-A-CAGTCA--TG---CTATA-TTTGATGAT----TT--TGT-----AGATTATTTAC-T--TA----CC--------G-TA-G--AA-G-AGAAAC---G--------AGT-----AA------GTACA--A----T-C-TGCATTGCATA
gi|11 : tgGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCCTGTATGCTAGTAAC-AAACAATATCAAATAAGATCAATATGGGCCAATGCTTGGG---ACCATTTCA-TTTTTGTTCATGCTTT-CTGATTC-TT---TATTTTAA---T----AACAA-CAACTCGTGCCACTGTGCC-ATTC--TTG-CGTCATT-GTGCTACTA-----TA-AATAACA-TCCCGGACG----ATTTCC-ttctttgggtagactgcgcaaaaggcctacattcctaggatgaggtatcagcttattctc
gi|12 : ggggggggagggtctgggttgtgacccacctctcacttatttgtta-TTCGTGCGCA---T-TC-AGTACAT-AAGCATTTC-GCGTGCG---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GACACTG-TTTTGACT--GC-AGTT----TT-CTG-A-A------TAAGAGGCAATGAAG--TAG-CAATTAG-TGGGCTTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-AT---AA-T--TATTCTTT--------G-TA-AGTAATG-AGTAAT---GA------TAAT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|13 : aaA-----TA-AACAAC--TCCC--ACG----ATTTCG-A-ATC------G--TAATTTAAGA-AAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---ATCGCGCA-CTTAT-TTTGTGTG-G---AATT-AGTACAA-A-GC---------------------AACGGTAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-ATTTGT-T--CC-TGTT----TT-CGG-AGATACATGTAAGAGGCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-A--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-ttaaaaaaaaaatatgcttggattgggctggaa
gi|14 : -CTTAT-TCTGTGCG-G---TATC-AATACAA-A-GCATTTC-ATG---GGTTTGTGAAATGGGAAATT-GAGCAGTCGA-GCCA-TGTTTTTGA-TTGGC-AGTT----GT-CGG-ATA------T-----GC-------------TAGTC---TG---CTATA-A---CTAGTAGGATTAGCGT-----TAA-TA---------TA----GC--------G-GG-G--AA---AC-AAC---GGGT----TAGTGA---AA------AAAC---ATGTTT-T-TG-ATTGCATA
gi|15 : aaC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAAACGGAAATC-GAGCAGTGGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GCAAGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-ACCAGTCA--TG---ATATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-T----AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATAa
gi|16 : GCTGTCGA-GCAA-TG-TTTTGT-T--GC-AGTT----GT-CGG-AAA------TCGGAGGCCATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CCGTA-C---GTGGT----CT--TGT-----GAA-TT---AA-T--------------------TA-A--AA-G-TG-AAC---GG------AAGC-----AA------ATAC---A----T-T-GGTATCGTATt
gi|17 : aaaatcaaggtatagC-AATACAATG-GCATTTT-GTG-------T---AAACG---ATTG-GAACAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGG-T--GT-AGTG----GT-TGGAAGA------TAGAAGACAATGAA-------AAGTT---------------------GT----TT--TGT-----AGT-TACC-AG-T--CA----TA--------G-TA-G--AA-G-TG-AA----GT------TAGTAATTAAA------GTAC---A----TGT-TGCATTGCATtccctgaagctcaagagacgggcat
gi|18 : GGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-TTATA----TC--------T-TA-G--AA-G-AGAAAC---GG------TAGT-----AAGTACATGTAC---A----T-T-TGTATTGCATttt
gi|19 : AA---T-G-CAGTCA--AG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--AA----TC--------G-TA-G--AA-T-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------AT-T---A----T-T-TGTATTtaatcacctgcatattatttggtggagctcaaaatcccgacaattccctagggaggtaactcattcttgaagctaaaggaccttgt
gi|21 : aagttttcggat-CAGTCA--TA---CTACA-C---ATGGT----TC--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TA--------G-TA-C--AA-G-AG-AAC---GGTACCTATAGT-----AG------ATAC---A----T-T-TGTAATGCATAatttacatattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggggggggggtatctt
gi|24 : gaaCTTT-CT---TATCTTTT---T----GATAA-CAACTTGTGT--------C-ACTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATACC--TCCC--CCG----ATTTCC-A-AACGTAATTG--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-Atcggttgtgtatttggctagctgtggcctttaatttgacatttc
gi|25 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCATTTGC--CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AATT--TA----TTGGGAAGGGG-GA-A--AA-G-AG-AAT---G--------AGT-----AA------A-AC---A----C-T-
gi|26 : tatgc----AATAA-CAAATTATT------------TTCCGTTGTCTTCA-T---CTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAA----ATTTCC-A-AAC------A--TAATTTTAGACGAGC-GT-ACT--AGCC
gi|27 : ttatttccatattgaaTT----TT-CGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AA-T--TA----TT--------G-AA-G--AA-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AA------ACAC---
gi|28 : aatatgcaT----TT--TTT-----ACA-TA---AA-T--GA----TC--------G-TA-G--AA-A-AG-AAC---AG------TAGT-----AA------ATAC---A----act
gi|29 : ATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---CTTGCGCAGCTTAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTaaaaataaacctgtatggtat
gi|3 : TCAT-CTTGTGCG-G---TATC-AGTACAT-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGACGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAAAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAAC-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|30 : aTA-C---ATGGT----TT---GT-----AGA-TA---AC-T--T-----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-CAA---GG------CAGT------A------ATAC---A----T-TGCGTATTaacttttatactcggtgtgttgaaaaattgaatattgttgtattaaatcgcaataaacttttacaatatttaccacccaaaaaatcgtgaaaatattgctttgttaataaaataaaaattttgaactggagacgttgttaactatttttagccactgaaaaaatccaaagttgttcgtacgtctcgggaattaacacgtgatcgaaatataaaaactgagacatcctgaatggaaattttaaaatattttcggcgatgaatgaatcattttcataaacaagtgacttactgtaaactaaaatatcgatccatccagaattaattcatgcaattttaaagattaggctagatattatttggaattgtctacagtatgcacctatatat
gi|4 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAT
gi|4 : GCCAATT---ATGTTCACCATTAAAACCATCATTT-TGC----CTGCTT------------TTT---T----AGC---CTATCTCTGAT-------C--TTC--TTG-CATCT-TCGTCTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAG----ATTTCT-G-AAC------A--TAATTTTAGATGAGT-GT-GCA--AGCCA-GTCAAAG---TTC-TGCA-CTTAT-TCTGTGTG-G---TGTC-AGTACAA-A-GCATTTT--TG---G---TGTGAAACAGGAAATC-GAGCTGTCAA-GCGA-TG-Tcaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|4 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactCA--TG---CTATAAC---ATGGT----TTC-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TAAG--AA-G-AG-AAC---AA------TAGT-----AA------ATACAATA----T-T-TGCATTACATAggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|5 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactgccaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTTT-CCT-TATGCTACTAAGTAGACAATATCAA----------TTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TATATTTTTTAT----AACAA-CAACTTGTG---------CTATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTttctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|6 : aattctaaactttcgagatcatattcttttttactacagtaacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccCTTTT-CCT-TATGCTACTAAGTAGACAATATCAA----------TTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTT-TGC----CTGCATC-CT---TATATTTTTTAT----AACAA-CAACTTGTG---------CTATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTT
gi|6 : cAAC--TCGC--ACG----ATTTTC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-ATG---CTCACGCA-CTCA--------------------AGTACAT-A-GCATTCC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-ATTT----TA-CGA-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-A-CAGT---------------C---ATGGC----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TT----TC--------A-TA-G--AA-G-AG-AGC---GG------TAGT-----AA------ATTC---A----T-T-TGTATTGCATAatttgatcatcgtctcccaactcgcacgattttcaaacgtaattttagacgagcgtgccagccaatcatgctcacgcactcaagtacatagcattccgtggtgagaaacggaaaatcgagcagtcgagccatgttttgatgcattttacgaagataagaggcaatgaatacagtcatggctttgtagataaattttcatagaagagagcggtagtaaattcatttgtattgcata
gi|7 : ccttttccttatgctactaagtagacaatatcaattttggccaacggtggccattaaattatcagtttgcctgcatccttatattttttataacaacaacttgtgctattcttgcgtcatgtcttgctatcttgtacaatcacgagcgcacgtgctatttccataacatgtaatttatttgatcatcgtctcccGTTTCTTTATTTATTCTTTT-CCT-TATGTTACTAACTAAACAATATTAA----------TATTGGCCAGTG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-----------------------ACAA-CA-------------------------TG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCACTCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---CATC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TTGGAGGCAATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CTATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|8 : t-----TA-AACAAA--CTCC--ACG----ATTTTC-G-AAT------GCTTAA--TTAGA-AAGTAGTAGCCGAAGCCAGATC-AAAAATCT-GCG-A-CTTATCTTTGTGTG-GAGATATT-AGTACA--A-GC---------------------AACGGT-AATC-GACCAGTCGA-GCCA------TTGA-T---C-TGTTCCTGTT-CGG-ATATTCAT-TAAGA-GCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---TA-A--TA----TC--------GTTA-G--AA-GAAG-AACGGTGG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-G-TGTATTGC
gi|9 : TCAT-TATGTGCA-A---TATA-GGCACAA-A-GCATTTC-ATG---G---TGTGAAATGGGAAATC-AA---------------------------GC-AGTT-----------------------GAGTCAATGAA---C-G-CATTCA--TG---CTATA-C---ATGTT----TT--TTTTTTTTAGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AC-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AAAT----ATAC---A----T-T-TGCACTGCATAcgtatttcttttgggagttgataagccgcattacctgggggggggtgggaggaggggggtatcatttgaaagccactagttaccttgtg
blockSeqs : T T G C ATAAGATCAA A CTT TTC A A TTT CCTTATATTTTTTAT . CCACTGTGCCA CG T T C A TCTTG C GA GG TGCT . T GTAATT CT C TA A GA G A AAT G G C C AGA . AT A G TGCG A A . . C T C TG A CCTG T A TACATG G AG ATT GGC A . AGGA AG TTTTT . CC T TA TTCT GGGAAGGG T A GT T A T GGT TACCTA AATTA GTACAT AAT TGTT G G
blockSeqs : A . . C . T . . . . . CCTTATATTTTTTAT . TCA . . . . A TCTTG C GA . TGCT . T AT . C T . . . . . G . . . . . T . A GGTT T T . . . . . . . . T . TTCAT . AC AG C . . . C . . . . . . . . . . . . A . GT GA AT . . . .
blockSeqs : . . C . T . . . . . CTTTATTTTAAT . ATC . . . . T . . A . . . . AT . C C . . . . . A . . . . . A . G G A G . . . . . . . . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . A . . . . . TCTTATCTTTTT . CTA . . . . T . . . . . . . . . T C . . . . . A . . . . . A . G G A G . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTTT . CTA . . . . G . . . . . . . . . C C . . . . . G . . . . . T . G G T A . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . G . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . T . G G A G . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . A . G G A A . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . T . A G T A . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . G . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** CCTTATTTTTTTAT********* CTA********* C* G* G****** *** *** *** ***
originalCons : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTC-CT---TATNTTTT---T----AACAA-CAACTTGTG---------C-ATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
finalCons : NGTTTTTTTTTTTNTTCTTTT-CCT-TATGCTACTAACTAAACAATATCAA----------TNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTT-TGC----CTGCTTCCTTATTTTTTTAT---------AACAA-CAACTTGTGCTA---------TTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTCG-TGG------TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACCATGTTAACCACCCCAAAAAATCAATGAAATTTGCTTTGTTAACGAAGATAAAAATGTTGAAAATTGGAGACGTTTGTTAACTATTTTTAGCTACTGAAAAAATTCAAAGTTGGTTCGACGTCTTCGGGGGAATTTACATGTGGTCCCCGAAAATAAACTGAGACATCCCTGAATGGAAATTTAAAAATATTTGTTCGGTGCGCGGTGGTCATGAATCATTTTTGTTCATGGTAAAACTTATAACATTAAACATAATGATCGAAAATGGCTTACTAAAACTAACAAAATTCGGTTGAATTAATTAGATTCATCCAGATTTATTTATGGAAGTCAGTGAAACGGACTTTAAAAAAGTTATGGTATATAATGTGGAATTTTGGTCTAATATAATAGGCTACCACTCTTTCCTATTCAGTTATTAATTGCAAAATTCTAAACCTTTCGAGCTCATATTCTTTTTTACTGTGTACGTATACTTAAAAAATACTTTGATGTGGCCAGTCTCGCTATACTCCATTTCCATGTAAAAATTATAAATCGGTAACGTCATTGTCAAGTATTAAAAGGGGGTTGGGTATACTCAGTCTTGCTATCCTCCCCCACACTCCTCATTTTGCGTGTCTATGCTGATGCAGAAACGGGGGTGGGGGGGGGGGTGGGGTACCCAATGAACACCCCCTTTCATTTTTTGGTAGTGGGCC
Unaligned ( gi|20 ): AGTGAAAATACGGACAATTTTAAAAATTAGGCCATATAATTTGGAATTGTCTATATATAGGATTACACATCTTCCCTAGTTTCATTTAGCAATGCAGATTCTAAACTTTCGAGCTCATATTCTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGTACTTTGATGTGGCCAGTCTCCTAATAGCTCCATTTCCATGTAAAACTTAAAAAAGGTAATTGTCAATTAAAAGGGTGATTGGGTATTAGTCTTGGTATCCTCCCCACACTCCTCATTTT
Unaligned ( gi|23 ): GAAAATATTGTTTAGTTAACAAAATAAAATATTGATTTGGAGACGTTATAATGTTAACTATTTTTAGCAACTGAAAAATTCCAAAGACTTGTTCGTACGTCACGGGAATTAACATGT
Unaligned ( gi|31 ): TCCAAAGTTGTTCGTACGTCACGGGAATTATTAACATGCC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 111 1111 444444444444444444444444444444 11111111 1111 22222 11 1111 222222 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 8 8 0 5555555555 3 8 0 0 111 111 6 99 4444 222222222222222222222222222222 5 88888888 0000 66 5 5 5 1 00000 8 33 55 5555 3 8 222222 55 2 77 4 66 5 5 000 4 5 3 3 666 3 77 3 44 5555555 3 1 3 3 3 3 6 33 2 5555 5 2 444444 666 333 555 666 2 333 4444 44 55555 2 666 2 22 4444 77777777 2 2 22 2 2 6 333 888888 77777 888888 555 4444 2 2
lowQualScore : . . . . .......... . . . . ... ... . .. .... .............................. . ........ .... .. . . . . ..... . .. .. .... . . ...... .. . .. . .. . . ... . . . . ... . .. . .. ....... . . . . . . . .. . .... . . ...... ... ... ... ... . ... .... .. ..... . ... . .. .... ........ . . .. . . . ... ...... ..... ...... ... .... . .
lowQualScore : 0 0 0 8 0000000000 2 8 6 7 777 777 7 22 2222 666666666666666666666666666666 0 11111111 9999 99 0 0 0 2 00000 0 66 00 5555 6 0 555555 55 9 11 4 11 0 0 000 0 0 6 6 444 1 66 3 33 8888888 5 6 3 1 1 1 7 99 9 7777 3 7 333333 999 000 777 111 2 999 2222 88 00000 0 222 0 88 2222 22222222 0 0 88 0 0 0 555 555555 88888 555555 555 5555 2 4
consensus : NGTTTTTTTTTTTNTTC-TTTTCCT-TATGCTACTAACTAAACAAT----------ATCAATNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTTTG--C----CTGCTTC-CT---TAT-T-----TTTTT--AT----AACAA-CAACT--------TGTGCTATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
Reference ( family-882 ) : NGTTTTTTTTTTTNTTC-TTTTCCT-TATGCTACTAACTAAACAAT----------ATCAATNTTGGCCAACG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTTTG--C----CTGCTTC-CT---TAT-T-----TTTTT--AT----AACAA-CAACT--------TGTGCTATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCGCGCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTACAN-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGGAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|1 : TTTTTCTTCTTC-TTTTCCT-TATGCTTCTAACTAAACAAT----------AT--AT-------AGTG---ATG---ACCATTAAA-TTATCATTTTG--CAGCACTGCTTTACTTGCTAT-C-----TTTTTGAAA----AACAATCAACT--------TGTTC-AGTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AAT-AC--T-CC--ACG----ATTTCCAA-AAC------G--TAATTTTAGACGAG--AT-G-C--AGCCA-ATC-AAG---CTCACGCA-CTCAT-TTTGTGC
gi|10 : ctactgaaaaaaagttgatcgtacgtctcgggaattaatatgtgatcgaaatataaaccgagacatcccgaatagaaatttaaaaatattttcggcgcggcggttaatgaatcatttttgttcatggtaaacataaagatgaaatatggcttaccaaaactacaaattcggttttaattaatcgattcatccagaattaattatggaaagtcagtgaaaatacggacaattttaaagattaggctatataatttggaattgtctatatattggcatacacatcttccctagtttcagttattattgcaaattctaaactttcgagctcatattcttttttactagtacgtattcttaaaagtactttgaaatggccatgcagtctcctaatatttccatttccatgtaaaaatcacaaacggtaacgttcattgtcaattaaaagggtggttgggtatcagtcttggtaccctccttcacactccttattttgcgtgtctatgctgatgcagaaaaccggtgggggggggagtatccatatgacacccccattcccttctcatttttatagtaggcctataG-G---TATCGAGTACAA-A-GCATTTCAGTA---GACGTGAGAAACCGGAAATCCGAGCAGTCGAAGCCG-TG-TTTTGATT--GC-A-TT----TT-ACG-AGA------TAAGATGGAATGAATTTT-A-CAGTCA--TG---CTATA-TTTGATGAT----TT--TGT-----AGATTATTTAC-T--TA----CC--------G-TA-G--AA-G-AGAAAC---G--------AGT-----AA------GTACA--A----T-C-TGCATTGCATA
gi|11 : tgGTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCCTGTATGCTAGTAAC-AAACAATATCAAATAAGATCAATATGGGCCAATGCTTGGG---ACCATT----TCAT--TTTTGTTC----ATGCTTT-CT---GAT-TCTTTATTTTA--AT----AACAA-CAACTCGTGCCACTGTGCCATTC--TTG-CGTCATT-GTGCTACTA-----TA-AATAACA-TCCCGGACG----ATTTCC-ttctttgggtagactgcgcaaaaggcctacattcctaggatgaggtatcagcttattctc
gi|12 : ggggggggagggtctgggttgtgacccacctctcacttatttgtta-TTCGTGCGCA---T-TC-AGTACAT-AAGCATTTC-GCGTGCG---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GACACTG-TTTTGACT--GC-AGTT----TT-CTG-A-A------TAAGAGGCAATGAAG--TAG-CAATTAG-TGGGCTTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-AT---AA-T--TATTCTTT--------G-TA-AGTAATG-AGTAAT---GA------TAAT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|13 : aaA-----TA-AACAAC--TCCC--ACG----ATTTCG-A-ATC------G--TAATTTAAGA-AAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---ATCGCGCA-CTTAT-TTTGTGTG-G---AATT-AGTACAA-A-GC---------------------AACGGTAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-ATTTGT-T--CC-TGTT----TT-CGG-AGATACATGTAAGAGGCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-A--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-ttaaaaaaaaaatatgcttggattgggctggaa
gi|14 : -CTTAT-TCTGTGCG-G---TATC-AATACAA-A-GCATTTC-ATG---GGTTTGTGAAATGGGAAATT-GAGCAGTCGA-GCCA-TGTTTTTGA-TTGGC-AGTT----GT-CGG-ATA------T-----GC-------------TAGTC---TG---CTATA-A---CTAGTAGGATTAGCGT-----TAA-TA---------TA----GC--------G-GG-G--AA---AC-AAC---GGGT----TAGTGA---AA------AAAC---ATGTTT-T-TG-ATTGCATA
gi|15 : aaC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAAACGGAAATC-GAGCAGTGGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GCAAGTT----TT-CGG-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-ACCAGTCA--TG---ATATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-T----AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATAa
gi|16 : GCTGTCGA-GCAA-TG-TTTTGT-T--GC-AGTT----GT-CGG-AAA------TCGGAGGCCATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CCGTA-C---GTGGT----CT--TGT-----GAA-TT---AA-T--------------------TA-A--AA-G-TG-AAC---GG------AAGC-----AA------ATAC---A----T-T-GGTATCGTATt
gi|17 : aaaatcaaggtatagC-AATACAATG-GCATTTT-GTG-------T---AAACG---ATTG-GAACAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGG-T--GT-AGTG----GT-TGGAAGA------TAGAAGACAATGAA-------AAGTT---------------------GT----TT--TGT-----AGT-TACC-AG-T--CA----TA--------G-TA-G--AA-G-TG-AA----GT------TAGTAATTAAA------GTAC---A----TGT-TGCATTGCATtccctgaagctcaagagacgggcat
gi|18 : GGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-TTATA----TC--------T-TA-G--AA-G-AGAAAC---GG------TAGT-----AAGTACATGTAC---A----T-T-TGTATTGCATttt
gi|19 : AA---T-G-CAGTCA--AG---CTATA-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--AA----TC--------G-TA-G--AA-T-AA-AAC---GG------TAGT-----AA------AT-T---A----T-T-TGTATTtaatcacctgcatattatttggtggagctcaaaatcccgacaattccctagggaggtaactcattcttgaagctaaaggaccttgt
gi|21 : aagttttcggat-CAGTCA--TA---CTACA-C---ATGGT----TC--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TA--------G-TA-C--AA-G-AG-AAC---GGTACCTATAGT-----AG------ATAC---A----T-T-TGTAATGCATAatttacatattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggggggggggtatctt
gi|24 : gaaCTTT-CT---TAT-C-----TTTTT--G------ATAA-CAACT--------TGTGTCACTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATACC--TCCC--CCG----ATTTCC-A-AACGTAATTG--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-Atcggttgtgtatttggctagctgtggcctttaatttgacatttc
gi|25 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCATTTGC--CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AATT--TA----TTGGGAAGGGG-GA-A--AA-G-AG-AAT---G--------AGT-----AA------A-AC---A----C-T-
gi|26 : tatgcT---TAT-T-----TCCAT--ATTGAAAATAA-CAAAT--------TAT--T-TTCCGTTGTCTTCA-T---CTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAA----ATTTCC-A-AAC------A--TAATTTTAGACGAGC-GT-ACT--AGCC
gi|27 : TT----TT-CGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTATA-C---ATGA-----TT--TGT-----CCA-TA---AA-T--TA----TT--------G-AA-G--AA-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AA------ACAC---
gi|28 : aatatgcaT----TT--TTT-----ACA-TA---AA-T--GA----TC--------G-TA-G--AA-A-AG-AAC---AG------TAGT-----AA------ATAC---A----act
gi|29 : ATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAA---CTTGCGCAGCTTAT-TTTGTGCG-G---TATC-AGTaaaaataaacctgtatggtat
gi|3 : TCAT-CTTGTGCG-G---TATC-AGTACAT-A-GCATTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGACGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TAAAAGGCAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAAC-C---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|30 : aTA-C---ATGGT----TT---GT-----AGA-TA---AC-T--T-----TC--------G-TA-G--AA-G-AA-CAA---GG------CAGT------A------ATAC---A----T-TGCGTATTaacttttatactcggtgtgttgaaaaattgaatattgttgtattaaatcgcaataaacttttacaatatttaccacccaaaaaatcgtgaaaatattgctttgttaataaaataaaaattttgaactggagacgttgttaactatttttagccactgaaaaaatccaaagttgttcgtacgtctcgggaattaacacgtgatcgaaatataaaaactgagacatcctgaatggaaattttaaaatattttcggcgatgaatgaatcattttcataaacaagtgacttactgtaaactaaaatatcgatccatccagaattaattcatgcaattttaaagattaggctagatattatttggaattgtctacagtatgcacctatatat
gi|4 : --GC-AGTT----TTTCGA-AGA------TAAGAGACAATGAA---T-G-CAGTCA--TG---CTAT
gi|4 : GCCAATT---ATGTTCACCATTAAAACCATCATTTTG--C----CTGCTT-------------------TTT---T----AGC---CTATC--------TCTGATCTTC--TTG-CATCT-TCGTCTTTCTA-----TA-AATAAC--TCCC--AAG----ATTTCT-G-AAC------A--TAATTTTAGATGAGT-GT-GCA--AGCCA-GTCAAAG---TTC-TGCA-CTTAT-TCTGTGTG-G---TGTC-AGTACAA-A-GCATTTT--TG---G---TGTGAAACAGGAAATC-GAGCTGTCAA-GCGA-TG-Tcaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|4 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactCA--TG---CTATAAC---ATGGT----TTC-TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TAAG--AA-G-AG-AAC---AA------TAGT-----AA------ATACAATA----T-T-TGCATTACATAggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctataacatggtttctgtagataaattatcgtaagaagagaacaatagtaaatacaatatttgcattacatattctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|5 : atagcatgactgcattcattgtctcttatcttcgaaaaactgccaattatgttcaccattaaaaccatcattttgcctgcttttttagcctatctctgatcttcttgcatcttcgtctttctataaataactcccaagatttctgaacataattttagatgagtgtgcaagccagtcaaagttctgcacttattctgtgtggtgtcagtacaaagcatttttggtgtgaaacaggaaatcgagctgtcaagcgatgtggagatctatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-TTTTCCT-TATGCTACTAAGTAGACAAT----------ATCAATTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTTTG--C----CTGCATC-CT---TATAT-----TTTTT--AT----AACAA-CAACT--------TGTGCTATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTttctttggggagcctcaaaagggctaacatttcaagggccaggggggggggtacattcagtgtcatttgaaagcctagtaaccttgtg
gi|6 : aattctaaactttcgagatcatattcttttttactacagtaacgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccC-TTTTCCT-TATGCTACTAAGTAGACAAT----------ATCAATTTTGGCCAACG---GTG---GCCATTAAA-TTATCAGTTTG--C----CTGCATC-CT---TATAT-----TTTTT--AT----AACAA-CAACT--------TGTGCTATTC--TTG-CGTCA-T-GTCTTGCTATCTTGTACAATCACGAGCGC--ACGTGCTATTTCC-ATAACAT----G--TAATTT
gi|6 : cAAC--TCGC--ACG----ATTTTC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGC-GT-GCC--AGCCA-ATC-ATG---CTCACGCA-CTCA--------------------AGTACAT-A-GCATTCC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GCCA-TG-TTTTGA-T--GC-ATTT----TA-CGA-AGA------TAAGAGGCAATGAA---T-A-CAGT---------------C---ATGGC----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TT----TC--------A-TA-G--AA-G-AG-AGC---GG------TAGT-----AA------ATTC---A----T-T-TGTATTGCATAatttgatcatcgtctcccaactcgcacgattttcaaacgtaattttagacgagcgtgccagccaatcatgctcacgcactcaagtacatagcattccgtggtgagaaacggaaaatcgagcagtcgagccatgttttgatgcattttacgaagataagaggcaatgaatacagtcatggctttgtagataaattttcatagaagagagcggtagtaaattcatttgtattgcata
gi|7 : ccttttccttatgctactaagtagacaatatcaattttggccaacggtggccattaaattatcagtttgcctgcatccttatattttttataacaacaacttgtgctattcttgcgtcatgtcttgctatcttgtacaatcacgagcgcacgtgctatttccataacatgtaatttatttgatcatcgtctcccGTTTCTTTATTTATTC-TTTTCCT-TATGTTACTAACTAAACAAT----------ATTAATATTGGCCAGTG---GTG---ACCATTAAA-TTATCATTTTG--C----CTGCTTC------------------------------ACAA-CA------------------------TG-CGTCA-T-GTCTTACTA-----TA-AATAAC--TCCC--ACG----ATTTCC-A-AAC------G--TAATTTTAGACGAGT-GT-GCC--AGCCA-ATC-AAG---CTCACTCA-CTCAT-TTTGTGCG-G---CATC-AGTACAT-A-GCACTTC-GTG---G---TGAGAAACGGAAAATC-GAGCAGTCGA-GTCA-TG-TTTTGA-T--GC-AGTT----TT-CGG-AGA------TTGGAGGCAATGAA---T-A-CAGTCA--TG---CTATA-T---ATGGT----TT--TGT-----AGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AA-G-AG-AAC---GG------TAGT-----AA------GTAC---A----T-T-TGTATTGCATA
gi|8 : t-----TA-AACAAA--CTCC--ACG----ATTTTC-G-AAT------GCTTAA--TTAGA-AAGTAGTAGCCGAAGCCAGATC-AAAAATCT-GCG-A-CTTATCTTTGTGTG-GAGATATT-AGTACA--A-GC---------------------AACGGT-AATC-GACCAGTCGA-GCCA------TTGA-T---C-TGTTCCTGTT-CGG-ATATTCAT-TAAGA-GCAATAAA---T-G-CAGTCC--TG---CTATA-C---ATGAT----TT--TGT-----AGA-TA---TA-A--TA----TC--------GTTA-G--AA-GAAG-AACGGTGG------TAGT-----AA------ATAC---A----T-G-TGTATTGC
gi|9 : TCAT-TATGTGCA-A---TATA-GGCACAA-A-GCATTTC-ATG---G---TGTGAAATGGGAAATC-AA---------------------------GC-AGTT-----------------------GAGTCAATGAA---C-G-CATTCA--TG---CTATA-C---ATGTT----TT--TTTTTTTTAGA-TA---AA-T--TA----TC--------G-TA-G--AC-G-AG-AAT---GG------TAGT-----AAAT----ATAC---A----T-T-TGCACTGCATAcgtatttcttttgggagttgataagccgcattacctgggggggggtgggaggaggggggtatcatttgaaagccactagttaccttgtg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): ACCATGTTAACCACCCCAAAAAATCAATGAAATTTGCTTTGTTAACGAAGATAAAAATGTTGAAAATTGGAGACGTTTGTTAACTATTTTTAGCTACTGAAAAAATTCAAAGTTGGTTCGACGTCTTCGGGGGAATTTACATGTGGTCCCCGAAAATAAACTGAGACATCCCTGAATGGAAATTTAAAAATATTTGTTCGGTGCGCGGTGGTCATGAATCATTTTTGTTCATGGTAAAACTTATAACATTAAACATAATGATCGAAAATGGCTTACTAAAACTAACAAAATTCGGTTGAATTAATTAGATTCATCCAGATTTATTTATGGAAGTCAGTGAAACGGACTTTAAAAAAGTTATGGTATATAATGTGGAATTTTGGTCTAATATAATAGGCTACCACTCTTTCCTATTCAGTTATTAATTGCAAAATTCTAAACCTTTCGAGCTCATATTCTTTTTTACTGTGTACGTATACTTAAAAAATACTTTGATGTGGCCAGTCTCGCTATACTCCATTTCCATGTAAAAATTATAAATCGGTAACGTCATTGTCAAGTATTAAAAGGGGGTTGGGTATACTCAGTCTTGCTATCCTCCCCCACACTCCTCATTTTGCGTGTCTATGCTGATGCAGAAACGGGGGTGGGGGGGGGGGTGGGGTACCCAATGAACACCCCCTTTCATTTTTTGGTAGTGGGCC
Unaligned ( gi|20 ): AGTGAAAATACGGACAATTTTAAAAATTAGGCCATATAATTTGGAATTGTCTATATATAGGATTACACATCTTCCCTAGTTTCATTTAGCAATGCAGATTCTAAACTTTCGAGCTCATATTCTTTTT
Unaligned ( gi|22 ): AAGTACTTTGATGTGGCCAGTCTCCTAATAGCTCCATTTCCATGTAAAACTTAAAAAAGGTAATTGTCAATTAAAAGGGTGATTGGGTATTAGTCTTGGTATCCTCCCCACACTCCTCATTTT
Unaligned ( gi|23 ): GAAAATATTGTTTAGTTAACAAAATAAAATATTGATTTGGAGACGTTATAATGTTAACTATTTTTAGCAACTGAAAAATTCCAAAGACTTGTTCGTACGTCACGGGAATTAACATGT
Unaligned ( gi|31 ): TCCAAAGTTGTTCGTACGTCACGGGAATTATTAACATGCC